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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 541 | 2024-10-05 |
ScRNAbox: empowering single-cell RNA sequencing on high performance computing systems
2024-Oct-01, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05935-y
PMID:39354372
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研究论文 | 介绍了一种名为scRNAbox的创新性单细胞RNA测序分析管道,专为高性能计算系统设计 | scRNAbox是一个端到端的解决方案,通过SLURM工作负载管理器高效处理标准和Hashtag样本的原始数据,并集成了质量控制过滤、样本整合、聚类、聚类注释工具以及细胞类型特异性差异基因表达分析 | NA | 开发一个用户友好且适用于高性能计算系统的单细胞RNA测序数据处理和分析管道 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个公开数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 542 | 2024-10-05 |
Comprehensive analysis of bulk, single-cell RNA sequencing, and spatial transcriptomics revealed IER3 for predicting malignant progression and immunotherapy efficacy in glioma
2024-Oct-01, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-024-03511-1
PMID:39354533
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研究论文 | 本研究通过综合分析批量RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组学数据,揭示了IER3在预测胶质瘤恶性进展和免疫治疗效果中的作用 | 首次全面分析了IER3在胶质瘤中的表达及其与预后、免疫治疗效果的关系 | NA | 探讨IER3在胶质瘤病理中的作用及其作为生物标志物的潜力 | IER3在胶质瘤中的表达及其与预后、免疫治疗效果的关系 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 免疫组化、免疫荧光、Cox回归分析、Kaplan-Meier曲线 | NA | RNA测序数据 | 公开的胶质瘤数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 543 | 2024-10-04 |
Novel Long Noncoding RNA HEAT4 Affects Monocyte Subtypes, Reducing Inflammation and Promoting Vascular Healing
2024-Oct, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 研究了新型长非编码RNA HEAT4在单核细胞亚型中的作用,减少炎症并促进血管愈合 | 发现了人类特异性的长非编码RNA HEAT4,其在心血管免疫学中的作用机制,包括在单核细胞亚型转换中的作用 | 研究主要集中在体外和动物模型中,需要进一步在人体中验证其效果 | 探讨长非编码RNA在心血管疾病中的免疫调节作用 | 长非编码RNA HEAT4及其在单核细胞亚型转换中的作用 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | RNA | 包括心力衰竭、急性心肌梗死和心源性休克患者的血液样本,以及NOD.CB17-Prkdc scid/Rj小鼠的血管损伤模型 | NA | NA | NA | NA |
| 544 | 2024-10-04 |
Effector MoSDT1 enhances Magnaporthe oryzae virulence and plays a dual role in regulating rice defense
2024-Oct-01, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiae364
PMID:39046202
|
研究论文 | 研究了C2H2锌效应子MoSDT1在稻瘟病菌致病性和水稻防御中的双重作用 | 首次揭示了MoSDT1在稻瘟病菌致病性和水稻防御中的双重调节作用,并通过RNA-seq、scRNA-seq和ChIP-seq技术深入分析了其调控机制 | 研究主要集中在MoSDT1的过表达和敲除菌株上,未涉及其在自然环境中的表现 | 探讨MoSDT1在稻瘟病菌致病性和水稻防御中的作用机制 | 稻瘟病菌MoSDT1效应子和水稻防御反应 | NA | NA | RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq | NA | 基因表达数据 | 包括MoSDT1过表达菌株和两个敲除菌株 | NA | NA | NA | NA |
| 545 | 2024-10-04 |
Characterization of regeneration initiating cells during Xenopus laevis tail regeneration
2024-Oct-01, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03396-3
PMID:39350302
|
研究论文 | 本文研究了非洲爪蟾尾巴再生过程中再生启动细胞的特征 | 发现了再生启动细胞(RICs),这是一种新发现的短暂细胞状态,参与再生过程的启动 | 主要基于受伤后1天的实验评估 | 揭示再生启动的关键步骤及其在受伤后数小时内发生的现象 | 非洲爪蟾尾巴再生过程中的再生启动细胞 | NA | NA | 单细胞和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 546 | 2024-10-02 |
Potential different immune phenotypes of macrophages in oral lichen planus by integrating immunofluorescence double staining and single-cell RNA sequencing
2024-Oct, Journal of dental sciences
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.jds.2024.03.002
PMID:39347036
|
研究论文 | 本研究通过免疫荧光双染色和单细胞RNA测序技术,探讨了口腔扁平苔藓中巨噬细胞的不同免疫表型及其基因特征 | 结合免疫荧光双染色和单细胞RNA测序技术,首次全面揭示了口腔扁平苔藓中巨噬细胞的基因特征及其在炎症微环境中的作用 | 样本量较小,可能影响结果的普适性 | 研究口腔扁平苔藓中巨噬细胞的表型及其基因特征 | 口腔扁平苔藓中的巨噬细胞 | NA | 口腔扁平苔藓 | 免疫荧光双染色、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 11例口腔扁平苔藓组织样本和5例健康对照 | NA | NA | NA | NA |
| 547 | 2024-09-30 |
KNSTRN Is a Prognostic Biomarker That Is Correlated with Immune Infiltration in Breast Cancer and Promotes Cell Cycle and Proliferation
2024-Oct, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-023-10615-2
PMID:38198023
|
研究论文 | 本研究分析了KNSTRN在乳腺癌中的表达、预后、与免疫浸润的相关性及其调控细胞周期的作用 | 首次揭示了KNSTRN在乳腺癌中的生物学功能及其作为预后标志物的潜力 | 主要依赖于公共数据库和体外实验,缺乏体内实验验证 | 探讨KNSTRN在乳腺癌中的表达及其生物学功能 | KNSTRN在乳腺癌中的表达、预后、免疫浸润相关性及细胞周期调控 | NA | 乳腺癌 | 基因集富集分析、单细胞转录组数据分析 | NA | 基因表达数据 | 使用了The Cancer Genome Atlas、Gene Expression Omnibus、TIMER和The Human Protein Atlas数据库中的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 548 | 2024-09-30 |
Integrated multi-omics analyses reveal the pro-inflammatory and pro-fibrotic pulmonary macrophage subcluster in silicosis
2024-Oct-01, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.116899
PMID:39181076
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了硅肺病中促进炎症和纤维化的肺巨噬细胞亚群 | 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了硅肺病中Mmp12hi巨噬细胞亚群的异质性和空间定位 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类患者中进行验证 | 探讨硅肺病中肺巨噬细胞的表型和功能异质性 | 硅肺病小鼠模型中的肺巨噬细胞 | 数字病理学 | 职业病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、定量聚合酶链反应 | NA | RNA | 硅肺病小鼠模型和患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 549 | 2024-09-30 |
Single-cell RNA sequencing of estrual mice reveals PM2.5-induced uterine cell heterogeneity and reproductive toxicity
2024-Oct-01, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.116968
PMID:39236655
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了PM2.5暴露对小鼠子宫细胞群和基因表达的影响 | 首次揭示了PM2.5暴露导致子宫细胞异质性和生殖毒性的细胞机制,特别是NK细胞中IL-17信号通路的抑制 | 研究仅限于小鼠模型,结果的临床相关性需要进一步验证 | 探讨PM2.5暴露对小鼠子宫细胞群和基因表达的影响及其生殖毒性的机制 | 小鼠子宫细胞群和基因表达 | 数字病理学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠样本,具体数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 550 | 2024-09-30 |
Natural hydrogen gas and engineered microalgae prevent acute lung injury in sepsis
2024-Oct, Materials today. Bio
DOI:10.1016/j.mtbio.2024.101247
PMID:39328786
|
研究论文 | 研究探讨了天然氢气和工程微藻在预防脓毒症引起的急性肺损伤中的作用 | 提出了DQB@C作为一种新型生物纳米系统,具有治疗脓毒症相关急性肺损伤的巨大潜力 | NA | 整合氢气和生物纳米微藻,扩展脓毒症的治疗选择 | 研究氢气和微藻在预防脓毒症引起的急性肺损伤中的作用 | 生物医学工程 | 脓毒症 | 磷酸蛋白质组学、代谢组学和蛋白质组学分析 | NA | 蛋白质组学数据 | 小鼠样本 | NA | NA | NA | NA |
| 551 | 2024-09-28 |
[Advances in the application of single-cell sequencing technology in the study of neonatal necrotizing enterocolitis]
2024-Oct-02, Zhonghua er ke za zhi = Chinese journal of pediatrics
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 552 | 2024-09-28 |
Machine Learning Developed a MYC Expression Feature-Based Signature for Predicting Prognosis and Chemoresistance in Pancreatic Adenocarcinoma
2024-Oct, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-023-10625-0
PMID:38245886
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于MYC表达特征的签名,用于预测胰腺腺癌的预后和化疗耐药性 | 首次在胰腺腺癌中建立了基于MYC表达特征的风险模型,并发现了与MYC表达和患者生存密切相关的七个基因 | 研究主要基于TCGA和其他数据库的数据,缺乏临床验证 | 开发一种新的生物标志物,用于预测胰腺腺癌患者的预后和化疗耐药性 | 胰腺腺癌患者的基因表达数据和临床信息 | 数字病理 | 胰腺癌 | LASSO回归分析 | 风险模型 | 基因表达数据 | 训练集包括TCGA数据库的胰腺腺癌患者数据,验证集包括GSE57495、GSE62452和ICGC-PACA数据库的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 553 | 2024-09-28 |
Interactions between fibroblasts and monocyte-derived cells in chronic lung injuries induced by real-ambient particulate matter exposure
2024-Oct, Mutation research. Genetic toxicology and environmental mutagenesis
DOI:10.1016/j.mrgentox.2024.503807
PMID:39326935
|
研究论文 | 研究长期暴露于细颗粒物(PM)引起的慢性肺损伤中成纤维细胞和单核细胞来源细胞的相互作用 | 揭示了特定成纤维细胞和单核细胞来源细胞亚群在长期PM暴露下的显著增加及其促炎和促纤维化功能 | 仅在C57BL/6 J雄性小鼠中进行了实验,结果的普适性有待验证 | 探讨长期暴露于细颗粒物(PM)引起的慢性肺损伤中成纤维细胞和单核细胞来源细胞的多样性和功能 | 成纤维细胞、髓源抑制细胞(MDSCs)和间质巨噬细胞(IMs) | NA | 肺损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 16周暴露于石家庄市真实环境PM的C57BL/6 J雄性小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 554 | 2024-09-27 |
Practical Compass of Single-Cell RNA-Seq Analysis
2024-Oct, Current osteoporosis reports
IF:4.2Q1
DOI:10.1007/s11914-023-00840-4
PMID:38019344
|
综述 | 本文提供了从处理fastq数据集到绘制图表和绘制轨迹的基本过程的逐步指导 | 本文介绍了用户友好的scRNA-seq包,用于配体-受体相互作用和轨迹分析 | 更新最新信息对许多研究人员来说很困难 | 提供单细胞RNA-seq数据分析的实用指南 | 单细胞RNA-seq数据分析的基本过程和工具 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 555 | 2024-08-07 |
Spatial transcriptomics of pemphigus vulgaris and bullous pemphigoid: Insights into pathogenesis and therapy on bullous formation
2024-Oct, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV
IF:8.4Q1
DOI:10.1111/jdv.19924
PMID:38433529
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 556 | 2024-09-25 |
Single-cell RNA sequencing analysis provides novel insights into the role of apoptosis-related genes in muscle aging
2024-10, Archives of gerontology and geriatrics
IF:3.5Q2
DOI:10.1016/j.archger.2024.105499
PMID:38852373
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了细胞凋亡相关基因在肌肉衰老中的作用 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术识别了22个与肌肉衰老相关的凋亡相关基因,并评估了它们的诊断价值 | 本研究仅基于GSE143704数据集,样本量有限,可能影响结果的普适性 | 探讨细胞凋亡相关基因在肌肉衰老中的作用及其潜在的诊断价值 | 肌肉衰老患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 老年病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 肌肉衰老患者和年轻对照样本 | NA | NA | NA | NA |
| 557 | 2024-09-25 |
Mechanisms of radiation-induced tissue damage and response
2024-Oct, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.725
PMID:39309694
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综述 | 本文综述了辐射诱导组织损伤(RITI)的分子机制,并探讨了单细胞测序(Sc-seq)在揭示RITI分子机制和识别潜在预防靶点中的应用 | 利用单细胞测序技术深入解析了RITI的分子机制,并提出了基于Sc-seq的个性化治疗策略 | NA | 揭示辐射诱导组织损伤的分子机制,并探讨相应的预防和治疗策略 | 辐射诱导组织损伤及其分子机制 | NA | NA | 单细胞测序(Sc-seq) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 558 | 2024-09-23 |
Spatiotemporal single-cell RNA sequencing reveals the role of steroid hormone pathway during chicken primordial follicle formation
2024-Oct, Poultry science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.psj.2024.104090
PMID:39096826
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研究论文 | 研究通过时空单细胞RNA测序揭示了鸡原始卵泡形成过程中类固醇激素通路的作用 | 首次通过单细胞mRNA测序和空间转录组分析探索了鸡原始卵泡形成过程中的卵巢微环境和调控通路 | 研究仅限于鸡的卵巢组织,未涉及其他物种 | 揭示鸡原始卵泡形成过程中的分子调控机制 | 鸡的卵巢组织和原始卵泡形成过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞mRNA测序 | NA | mRNA | 收集了2天、5.5天和10.5天孵化的鸡的左侧卵巢组织 | NA | NA | NA | NA |
| 559 | 2024-09-19 |
A novel study on CXXC5: unraveling its regulatory mechanisms in hematopoietic stem cell biology through proteomics and gene editing
2024-Oct, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-024-01540-8
PMID:39150611
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研究论文 | 本研究探讨了CXXC5在造血干细胞自我更新和分化中的调控机制 | 通过单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9基因编辑和蛋白质组学分析,揭示了CXXC5在造血干细胞生物学中的重要作用 | NA | 研究CXXC5在造血干细胞自我更新和分化中的调控机制 | 造血干细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9、蛋白质组学分析 | NA | RNA、蛋白质 | 从骨髓样本中分离的造血干细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 560 | 2024-09-19 |
The interaction of innate immune and adaptive immune system
2024-Oct, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.714
PMID:39286776
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综述 | 本文详细剖析了先天免疫系统和适应性免疫系统的组成和功能,强调了它们在生理和病理环境中的协同作用 | 揭示了先天免疫和适应性免疫之间更复杂的相互作用,并提供了新的见解 | NA | 增强对先天免疫和适应性免疫复杂相互作用的理解,并提供新的视角 | 先天免疫系统和适应性免疫系统的相互作用 | 免疫学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |