单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 668 篇文献，本页显示第 521 - 540 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 521 | 2024-10-10 |
Enhanced interactions within microenvironment accelerates dismal prognosis in HBV-related HCC after TACE
2024-Oct-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000548
PMID:39365124
|
研究论文 | 本文研究了TACE治疗后HBV相关HCC患者的微环境变化及其对预后的影响 | 首次通过单细胞RNA测序分析了TACE治疗后HCC的全球细胞图谱，揭示了TACE诱导的肿瘤异质性和促炎微环境的增强 | 研究样本主要集中在HBV相关HCC患者，结果可能不适用于其他类型的HCC | 探讨TACE治疗后HBV相关HCC患者的微环境变化及其对预后的影响 | HBV相关HCC患者的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 6个新鲜HBV相关HCC样本和757个大规模多中心队列样本 |
| 522 | 2024-10-10 |
Next-generation spatial transcriptomics: unleashing the power to gear up translational oncology
2024-Oct, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.765
PMID:39376738
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综述 | 本文系统回顾了空间转录组学（ST）技术在转化肿瘤学领域的最新进展和应用 | 本文更新了ST技术的范围，并提出了一个用于ST数据探索的工具箱，特别关注肿瘤微环境中的应用 | 需要实际经验来整合和利用ST工具以实现特定的研究目标 | 探讨空间转录组学在转化肿瘤学中的应用和进展 | 空间转录组学技术及其在肿瘤微环境中的应用 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学（ST） | NA | 转录组数据 | NA |
| 523 | 2024-10-10 |
Correction to "Single-cell RNA sequencing of pediatric Hodgkin lymphoma to study the inhibition of T cell subtypes"
2024-Oct, HemaSphere
IF:7.6Q1
DOI:10.1002/hem3.70023
PMID:39380840
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correction | 对文章“单细胞RNA测序研究儿童霍奇金淋巴瘤中T细胞亚型抑制”的更正 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 524 | 2024-10-09 |
Multiplexed, image-based pooled screens in primary cells and tissues with PerturbView
2024-Oct-07, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-024-02391-0
PMID:39375449
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PerturbView的光学池筛选技术，通过体外转录放大条形码并进行原位测序，实现了在多种系统中进行高度多重化的表型读出 | PerturbView技术通过体外转录放大条形码，克服了原位测序的限制，使得在初级细胞和组织中进行高度多重化的光学池筛选成为可能 | NA | 开发一种新的光学池筛选技术，以实现初级细胞和组织中的高度多重化表型读出 | 诱导多能干细胞衍生的神经元、初级免疫细胞和动物模型中的肿瘤组织切片 | 生物技术 | NA | 光学池筛选、体外转录、原位测序 | NA | 图像、转录组 | 初级骨髓来源的巨噬细胞、小鼠异种移植模型中的组织切片 |
| 525 | 2024-10-09 |
Maternal infection with SARS-CoV-2 during early pregnancy induces hypoxia at the maternal-fetal interface
2024-Oct-07, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13749
PMID:39375953
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研究论文 | 研究探讨了早期妊娠期间母亲感染SARS-CoV-2对母胎界面的影响，发现感染导致母胎界面缺氧 | 首次揭示了早期妊娠期间SARS-CoV-2感染导致母胎界面缺氧及其相关细胞代谢变化 | 研究样本量较小，且仅限于早期妊娠阶段，未来需进一步扩大样本量并研究不同妊娠阶段的影响 | 探讨SARS-CoV-2感染对母胎界面的影响 | 早期妊娠期间感染SARS-CoV-2的孕妇胎盘样本 | NA | NA | 免疫荧光、免疫组化、单细胞RNA测序、代谢组学测序 | NA | 胎盘样本 | 早期妊娠期间感染SARS-CoV-2的孕妇胎盘样本 |
| 526 | 2024-10-09 |
RNA-seq and bulk RNA-seq data analysis of cancer-related fibroblasts (CAF) in LUAD to construct a CAF-based risk signature
2024-10-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-74336-1
PMID:39369095
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研究论文 | 研究通过分析LUAD中的CAF相关RNA-seq数据，构建了一个基于CAF的风险特征，用于预测LUAD患者的预后 | 构建了一个新的基于CAF的风险特征，并验证了其在预测LUAD预后和免疫治疗反应中的有效性 | NA | 开发一种基于CAF的风险特征，用于预测LUAD患者的预后和免疫治疗反应 | LUAD中的CAF及其相关基因表达数据 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA-seq | Lasso回归 | RNA-seq数据 | 2811个差异表达基因，其中1002个与CAF簇显著相关 |
| 527 | 2024-10-09 |
Lumican promotes calcific aortic valve disease through H3 histone lactylation
2024-Oct-05, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehae407
PMID:38976370
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研究论文 | 研究揭示了lumican在钙化性主动脉瓣疾病（CAVD）中的关键调节作用，特别是通过H3组蛋白乳酸化促进钙化过程 | 首次发现lumican通过介导H3组蛋白乳酸化促进主动脉瓣钙化 | NA | 探讨lumican在钙化性主动脉瓣疾病中的作用机制 | 主动脉瓣间质细胞（VICs）及其在钙化过程中的转变 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 9个人类主动脉瓣 |
| 528 | 2024-10-09 |
Imputing spatial transcriptomics through gene network constructed from protein language model
2024-Oct-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06964-2
PMID:39369061
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研究论文 | 本文介绍了一种基于蛋白质语言模型构建基因网络的空间转录组学插补方法stImpute | stImpute利用蛋白质语言模型ESM-2构建基因网络，通过图神经网络进行基因表达插补，显著提高了插补和聚类的准确性 | NA | 开发一种新的计算方法来克服空间转录组学中基因数量有限的挑战 | 空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络 | 基因表达数据 | 多个数据集 |
| 529 | 2024-10-09 |
Spatial multi-omics in whole skeletal muscle reveals complex tissue architecture
2024-Oct-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06949-1
PMID:39369093
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研究论文 | 本文通过结合RNA断层扫描和质谱成像技术，揭示了小鼠胫骨前肌的完整组织结构 | 首次在全组织水平上展示了基因表达、代谢差异和肌纤维类型比例的区域化特征 | NA | 阐明骨骼肌的完整组织结构 | 小鼠胫骨前肌的基因表达、代谢和脂质组织 | 数字病理学 | NA | RNA断层扫描和质谱成像 | NA | 空间转录组学、空间代谢组学和空间脂质组学数据 | 小鼠胫骨前肌、趾长伸肌和比目鱼肌 |
| 530 | 2024-10-09 |
C-ziptf: stable tensor factorization for zero-inflated multi-dimensional genomics data
2024-Oct-05, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05886-4
PMID:39369208
|
研究论文 | 本文介绍了一种新的零膨胀多维基因组数据分解方法，名为零膨胀泊松张量分解（ZIPTF），并提出了共识ZIPTF（C-ZIPTF）以解决随机性问题 | 提出了ZIPTF和C-ZIPTF方法，能够有效处理零膨胀的多维基因组数据，并在重建精度和一致性方面优于传统方法 | NA | 开发一种能够有效处理零膨胀多维基因组数据的稳定张量分解方法 | 零膨胀的多维基因组数据，特别是单细胞RNA测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 张量分解（TF） | 基因组数据 | 涉及合成数据、模拟scRNA-seq数据和真实的多样本多条件scRNA-seq数据 |
| 531 | 2024-10-09 |
The G4 resolvase Dhx36 modulates cardiomyocyte differentiation and ventricular conduction system development
2024-Oct-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52809-1
PMID:39366945
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研究论文 | 研究揭示了G4解旋酶Dhx36在心肌细胞分化和心室传导系统发育中的调节作用 | 首次揭示了Dhx36在心脏传导系统发育和心肌细胞分化中的关键作用，并识别了调控心室传导系统和浦肯野纤维网络发育和功能的关键基因和通路 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨Dhx36在心肌细胞分化和心室传导系统发育中的作用机制 | Dhx36基因缺失的小鼠心脏 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 基因表达数据 | Dhx36基因缺失的小鼠胚胎和新生心脏样本 |
| 532 | 2024-10-09 |
Distinctive CD39+CD9+ lung interstitial macrophages suppress IL-23/Th17-mediated neutrophilic asthma by inhibiting NETosis
2024-Oct-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53038-2
PMID:39366998
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研究论文 | 研究发现了CD39+CD9+肺间质巨噬细胞通过抑制NETosis来抑制IL-23/Th17介导的嗜中性哮喘 | 首次揭示了CD39+CD9+肺间质巨噬细胞在抑制IL-23/Th17介导的嗜中性哮喘中的作用 | 研究主要基于模型和患者数据，缺乏临床试验验证 | 探索抑制嗜中性哮喘的新途径 | CD39+CD9+肺间质巨噬细胞和IL-23/Th17轴 | NA | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及哮喘患者的转录组数据 |
| 533 | 2024-10-09 |
A versatile tissue-rolling technique for spatial-omics analyses of the entire murine gastrointestinal tract
2024-Oct, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01001-2
PMID:38906985
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研究论文 | 本文介绍了一种用于小鼠整个胃肠道空间组学分析的多功能组织滚动技术 | 开发了一种简单的固定技术，可以最大化分析的组织面积，涵盖小鼠整个胃肠道，并结合了先进的转录组学和蛋白质组学方法 | 整个过程需要2-3天，对于空间转录组学和蛋白质组学分析分别需要额外2天和3-4天 | 全面表征和理解组织内生物过程背后的细胞电路 | 小鼠整个胃肠道 | 数字病理学 | NA | 组织滚动技术、Visium空间转录组学、ChipCytometry和CODEX-PhenoCycler蛋白质组学 | NA | 基因和蛋白质表达数据 | 小鼠整个胃肠道 |
| 534 | 2024-10-09 |
Antagonistic effects of the cytotoxic molecules granzyme B and TRAIL in the immunopathogenesis of sclerosing cholangitis
2024-10-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000830
PMID:38441998
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研究论文 | 研究了细胞毒性分子GzmB和TRAIL在硬化性胆管炎免疫发病机制中的拮抗作用 | 首次揭示了GzmB和TRAIL在硬化性胆管炎中的不同作用机制，GzmB促进细胞凋亡和纤维化，而TRAIL则调节炎症和细胞毒性免疫反应，减少肝损伤和纤维化 | 研究主要基于Mdr2-/-小鼠模型和患者样本，可能不完全适用于所有硬化性胆管炎病例 | 探讨GzmB和TRAIL在硬化性胆管炎中的作用及其对疾病进展的影响 | 硬化性胆管炎患者样本和Mdr2-/-小鼠 | NA | 肝病 | 单细胞RNA测序、多参数流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | 患者样本和Mdr2-/-小鼠 |
| 535 | 2024-10-09 |
Single cell RNA sequencing of human eosinophils from nasal polyps reveals eosinophil heterogeneity in chronic rhinosinusitis tissue
2024-Oct, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.05.014
PMID:38797240
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析鼻息肉组织中的嗜酸性粒细胞，揭示其在慢性鼻窦炎中的异质性和作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了鼻息肉组织中嗜酸性粒细胞的异质性及其在慢性鼻窦炎中的潜在病理作用 | 研究样本量较小，且仅限于鼻息肉和对照鼻窦组织，可能影响结果的普遍性 | 揭示嗜酸性粒细胞在鼻息肉组织中的作用及其异质性 | 鼻息肉组织中的嗜酸性粒细胞 | 数字病理学 | 鼻窦炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5名对照患者和5名慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的鼻息肉组织和外周血样本 |
| 536 | 2024-10-09 |
Single-cell RNA-sequencing of human eosinophils in allergic inflammation in the esophagus
2024-Oct, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.05.029
PMID:38871184
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了过敏性炎症中食管嗜酸性粒细胞的转录组特征 | 首次全面描述了食管嗜酸性粒细胞在过敏性炎症中的转录组特征和生物学功能 | 样本量较小，仅包括6名患者和6名对照个体 | 全面表征过敏性炎症中食管嗜酸性粒细胞的转录组和生物学功能 | 过敏性炎症中食管嗜酸性粒细胞 | 数字病理学 | 过敏性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 586个嗜酸性粒细胞（血液中188个，食管中398个） |
| 537 | 2024-10-09 |
All-optical voltage imaging-guided postsynaptic single-cell transcriptome profiling with Voltage-Seq
2024-Oct, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01005-y
PMID:38834919
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Voltage-Seq的新技术，结合光学电压成像和单细胞转录组测序，用于研究神经元突触后反应类型 | 开发了Voltage-Seq技术，结合遗传编码电压指示剂Voltron和单细胞RNA测序，实现了基于特定突触后反应类型的高通量光学成像和单细胞转录组分析 | 技术需要基本实验室技能、显微操作技能以及分子生物学和生物信息学经验 | 克服传统低通量电生理方法的限制，实现基于特定突触后反应类型的高通量单细胞RNA测序 | 神经元突触后反应类型及其与基因表达的关系 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自小鼠急性脑切片的多个动物的连接组数据 |
| 538 | 2024-10-09 |
ProBac-seq, a bacterial single-cell RNA sequencing methodology using droplet microfluidics and large oligonucleotide probe sets
2024-Oct, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01002-1
PMID:38769144
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研究论文 | 介绍了一种名为ProBac-seq的细菌单细胞RNA测序方法，该方法利用液滴微流控技术和大型寡核苷酸探针集 | ProBac-seq克服了现有技术在细菌样本中的技术难题，提供了高质量的单细胞基因表达数据 | 从探针扩增到文库制备需要约7天时间 | 开发一种适用于细菌单细胞RNA测序的新方法 | 细菌单细胞的基因表达数据 | 基因组学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 数千个细菌细胞 |
| 539 | 2024-10-08 |
Glioblastoma-cortical organoids recapitulate cell state heterogeneity and intercellular transfer
2024-Oct-07, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-1336
PMID:39373549
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研究论文 | 本文通过将胶质母细胞瘤细胞培养成长期的人类皮质类器官，模拟了神经胶质微环境中的细胞状态异质性和细胞间转移 | 本文创新性地使用皮质类器官模型，更准确地再现了患者肿瘤中恶性细胞状态的多样性和表达程序 | NA | 研究胶质母细胞瘤在神经胶质微环境中的细胞状态异质性和细胞间转移 | 胶质母细胞瘤细胞和皮质类器官 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 540 | 2024-10-08 |
Disulfiram ameliorates bone loss in ovariectomized mice by suppressing osteoclastogenesis
2024-Oct-07, Journal of bone and mineral metabolism
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s00774-024-01555-x
PMID:39373772
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研究论文 | 研究探讨了双硫仑（DSF）在卵巢切除小鼠中通过抑制破骨细胞生成来改善骨质流失的效果 | 首次证明了双硫仑在体内能够有效预防破骨细胞生成，从而改善骨质疏松 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 研究双硫仑在骨质疏松小鼠中的作用及其对破骨细胞生成的影响 | 卵巢切除小鼠的骨形态和破骨细胞生成 | NA | 骨质疏松 | 微计算机断层扫描分析、骨形态计量分析、scRNA-seq分析、流式细胞术分析 | NA | NA | 卵巢切除小鼠的骨髓细胞 |