单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
521	2024-10-07	Identification and evaluation of candidate COVID-19 critical genes and medicinal drugs related to plasma cells 2024-Oct-03, BMC infectious diseases IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12879-024-10000-3 PMID:39363208	研究论文	本研究利用DESeq2和xCell算法分析COVID-19患者与对照组的差异表达基因和免疫浸润情况，识别与COVID-19相关的浆细胞模块基因，并构建蛋白质-蛋白质相互作用网络，识别关键基因和潜在药物	首次系统探索了浆细胞在COVID-19中的作用，识别了关键基因和潜在治疗药物	NA	探索COVID-19中浆细胞的作用，识别关键基因和潜在治疗药物	COVID-19患者和对照组的差异表达基因、免疫浸润情况、关键基因和潜在药物	生物信息学	COVID-19	DESeq2, xCell, WGCNA, 单细胞RNA测序, Cytoscape, cMAP, AutoDock	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	使用GSE157103、GSE152641、GSE171524、GSE152418和GSE179627数据集
522	2024-10-07	Tracking changes in functionality and morphology of repopulated microglia in young and old mice 2024-Oct-03, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03242-0 PMID:39363245	研究论文	研究了年轻和老年小鼠中再生的微胶质细胞的功能和形态变化	首次结合单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫荧光和共聚焦成像技术，研究了再生的微胶质细胞的功能和形态变化	研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全反映人类的情况	探讨再生的微胶质细胞在年轻和老年小鼠中的功能和形态变化	年轻和老年小鼠的微胶质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫荧光、共聚焦成像	NA	RNA	年轻和老年小鼠的微胶质细胞样本
523	2024-10-07	A combined analysis of bulk RNA-seq and scRNA-seq was performed to investigate the molecular mechanisms associated with the occurrence of myocardial infarction 2024-Oct-03, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10813-1 PMID:39363266	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，探讨了心肌梗死（MI）相关的分子机制	本研究首次整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，揭示了心肌梗死中细胞类型的转录变化，特别是内皮细胞的减少和巨噬细胞的增加	本研究仅使用了公开的RNA-seq数据，未进行实验验证，可能影响结果的可靠性	探讨心肌梗死相关的分子机制	心肌梗死模型中的心脏细胞	数字病理学	心血管疾病	RNA测序	NA	RNA序列	使用了来自小鼠心肌梗死模型的公开scRNA-seq（GSE136088）和bulk RNA-seq（GSE153485）数据
524	2024-10-07	Yeast9: a consensus genome-scale metabolic model for S. cerevisiae curated by the community 2024-Oct, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-024-00060-7 PMID:39134886	研究论文	本文介绍了由社区维护的S. cerevisiae的共识基因组规模代谢模型Yeast9，并评估了其在不同条件下的预测性能	Yeast9是基于社区持续更新和改进的代谢模型，结合了单细胞转录组学和蛋白质组学数据，能够更好地预测酵母在不同条件下的代谢重构	NA	评估和展示Yeast9在不同条件下的预测性能，并探讨其在系统生物学研究中的应用潜力	S. cerevisiae的基因组规模代谢模型Yeast9及其在不同条件下的代谢行为	代谢组学	NA	单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	代谢模型	163个条件特定的GEMs，1229个突变株的ssGEMs
525	2024-10-06	CALB2 drives pancreatic cancer metastasis through inflammatory reprogramming of the tumor microenvironment 2024-Oct-03, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03201-w PMID:39358777	研究论文	研究探讨了CALB2在胰腺癌转移中的作用及其通过炎症重编程肿瘤微环境的机制	首次揭示了CALB2作为炎症重编程的关键调节因子，促进胰腺癌转移的机制，并提出了αCXCL14单克隆抗体与吉西他滨联合治疗的新策略	NA	探讨CALB2在胰腺癌转移中的作用及其通过炎症重编程肿瘤微环境的机制，并开发针对性的治疗策略	胰腺导管腺癌（PDAC）及其相关成纤维细胞（CAFs）和患者来源的类器官（PDOs）	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序、多色免疫荧光、CUT&RUN测定、荧光素酶报告基因测定、RNA测序、功能获得或丧失测定	NA	基因表达数据	涉及人类PDAC样本、CAFs和PDOs的体外和体内共培养系统，以及免疫活性KPC类器官异种移植模型
526	2024-10-06	Exploring the prognostic value of BRMS1 + microglia based on single-cell anoikis regulator patterns in the immunologic microenvironment of GBM 2024-Oct, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-024-04781-5 PMID:39143438	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和非负矩阵分解技术，探讨了胶质母细胞瘤（GBM）中BRMS1+小胶质细胞在免疫微环境中的预后价值	首次揭示了BRMS1+小胶质细胞在GBM免疫微环境中的重要作用，并提出其可能成为未来治疗的潜在靶点	NA	探讨BRMS1+小胶质细胞在GBM免疫微环境中的预后价值及其对免疫治疗的影响	胶质母细胞瘤（GBM）中的BRMS1+小胶质细胞及其在免疫微环境中的作用	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组RNA测序（stRNA-seq）、非负矩阵分解（NMF）	NA	基因表达数据	使用了TCGA和CGGA数据集，具体样本数量未在摘要中提及
527	2024-10-06	Iron-laden macrophage-mediated paracrine profibrotic signaling induces lung fibroblast activation 2024-Oct-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00675.2023 PMID:39183565	研究论文	研究探讨了铁在肺纤维化中的作用，特别是巨噬细胞介导的机制	揭示了铁在巨噬细胞中积累引发脂质过氧化，从而放大TGF-β1产生，并通过旁分泌信号激活成纤维细胞的新机制	NA	研究铁代谢在肺纤维化中的作用及其机制	肺纤维化中的巨噬细胞和成纤维细胞	NA	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用小鼠模型，包括博来霉素和胺碘酮诱导的肺纤维化模型
528	2024-10-05	Skin organoid transplantation promotes tissue repair with scarless in frostbite 2024-Oct-04, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwae055 PMID:39363875	研究论文	本研究利用人诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的皮肤类器官结合明胶水凝胶治疗冻伤，评估其对冻伤愈合过程的影响	首次使用hiPSC衍生的皮肤类器官结合明胶水凝胶治疗冻伤，显著加速伤口愈合并减少瘢痕形成	研究仅在老鼠模型上进行，尚未在人体上验证	探索一种快速愈合冻伤伤口的方法，减少瘢痕形成和二次恶性肿瘤的风险	冻伤伤口的愈合过程及皮肤类器官的治疗效果	NA	冻伤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	老鼠皮肤模型
529	2024-10-05	Exploring genetic and immune cell dynamics in systemic lupus erythematosus patients with Epstein-Barr virus infection via machine learning 2024-Oct-03, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae537 PMID:39361430	研究论文	本研究通过机器学习方法探索了系统性红斑狼疮（SLE）患者中与EB病毒感染相关的关键基因和免疫细胞动态	本研究首次通过机器学习算法识别出SLE患者中与EB病毒感染相关的关键基因IFI27，并揭示了其在不同免疫细胞亚群中的表达模式	本研究主要基于公开的基因表达数据集，缺乏临床样本的直接验证	旨在识别系统性红斑狼疮患者中与EB病毒感染相关的关键基因和免疫细胞	系统性红斑狼疮患者中与EB病毒感染相关的基因和免疫细胞	机器学习	系统性红斑狼疮	机器学习	NA	基因表达数据	使用了来自Gene Expression Omnibus数据库的多个数据集，包括GSE50772、GSE81622、GSE85599和GSE45918
530	2024-10-05	CIEC: Cross-tissue Immune Cell Type Enrichment and Expression Map Visualization for Cancer 2024-Oct-03, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae067 PMID:39363510	研究论文	介绍了一种名为CIEC的网络应用程序，用于癌症中跨组织的免疫细胞类型或状态的富集分析和表达图谱可视化	CIEC是首个集成数据库和富集分析的网络应用程序，用于估计跨组织的免疫细胞类型或状态	NA	深入理解肿瘤免疫系统	癌症患者的免疫细胞	生物信息学	癌症	单细胞转录组测序技术	NA	基因表达数据	480个样本，涵盖原发肿瘤、邻近正常组织、淋巴结、转移组织和外周血，来自323名癌症患者
531	2024-10-05	Integrated Single-cell RNA-seq and Bulk RNA-seq Identify Diagnostic Biomarkers for Postmenopausal Osteoporosis 2024-Oct-03, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673343344240930054414 PMID:39364870	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了绝经后骨质疏松症的诊断生物标志物	首次整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了绝经后骨质疏松症的诊断生物标志物，并构建了诊断模型	NA	探索绝经后骨质疏松症的诊断生物标志物	绝经后骨质疏松症	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序、批量RNA测序、加权基因共表达网络分析、基因集富集分析	NA	RNA	NA
532	2024-10-05	Trophoblast Side-Population Markers are Dysregulated in Preeclampsia and Fetal Growth Restriction 2024-Oct, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-024-10764-w PMID:39028417	研究论文	研究探讨了先兆子痫和胎儿生长受限中滋养层细胞侧群标记物的失调情况	首次鉴定了在先兆子痫和胎儿生长受限中滋养层细胞侧群标记物的异常表达	样本量相对较小，可能影响结果的普遍性	研究滋养层细胞侧群标记物在先兆子痫和胎儿生长受限中的表达变化	人类胎盘中的滋养层细胞侧群标记物	NA	妊娠相关疾病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	78例先兆子痫，30例胎儿生长受限，18例孕龄匹配的对照组
533	2024-10-05	CCKBR+ cancer cells contribute to the intratumor heterogeneity of gastric cancer and confer sensitivity to FOXO inhibition 2024-Oct, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01360-z PMID:39164456	研究论文	研究通过单细胞测序分析胃腺癌患者的恶性上皮细胞，揭示了胃腺癌的异质性，并发现CCKBR+干细胞样癌细胞与不良分化和预后较差相关	首次揭示了FOXO抑制剂在减少CCKBR+胃腺癌器官形成和阻碍肿瘤进展中的作用，并阐明了FOXO-唾液酸转移酶轴在维持CCKBR+肿瘤细胞稳态和生长中的机制	研究样本量较小，仅涉及5名患者，可能影响结果的普适性	探讨胃腺癌的异质性及其与CCKBR+干细胞样癌细胞的关系，并研究FOXO抑制剂在治疗中的潜在作用	胃腺癌患者的恶性上皮细胞和CCKBR+干细胞样癌细胞	数字病理学	胃癌	单细胞测序（scRNA-seq）、CUT&Tag测序、Lectin pulldown	NA	转录组	5名胃腺癌患者，40个单细胞转录组样本
534	2024-10-05	Advanced machine learning unveils CD8 + T cell genetic markers enhancing prognosis and immunotherapy efficacy in breast cancer 2024-Oct-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12952-w PMID:39354417	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习算法，识别出与乳腺癌预后和免疫治疗效果相关的CD8+ T细胞基因标记	开发了一种新的CD8+ T细胞相关基因预后签名（CTRGPS），并验证了其在多个独立数据集中的预后价值	NA	探索CD8+ T细胞在乳腺癌中的作用，识别新的生物标志物以改善预后和治疗策略	CD8+ T细胞基因标记及其在乳腺癌中的预后和治疗效果	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序	机器学习算法	基因数据	涉及七个独立公共数据集
535	2024-10-05	Exploring the potential mechanism of Radix Bupleuri in the treatment of sepsis: a study based on network pharmacology and molecular docking 2024-Oct-01, BMC complementary medicine and therapies IF:3.3Q1 DOI:10.1186/s12906-024-04637-5 PMID:39354431	研究论文	本研究利用网络药理学和分子对接技术探讨柴胡治疗脓毒症的潜在机制	首次结合网络药理学和RNA-seq技术，系统分析了柴胡在脓毒症治疗中的活性成分和潜在靶点，并通过分子对接和分子动力学模拟验证了关键靶点的结合能力	样本量较小，且仅基于公共数据库的数据进行分析，缺乏临床试验验证	探讨柴胡治疗脓毒症的潜在机制	柴胡的活性成分及其在脓毒症治疗中的潜在靶点	网络药理学	脓毒症	RNA-seq	分子对接	基因表达数据	23名脓毒症患者和10名健康参与者
536	2024-10-05	Superior antitumor immune response achieved with proton over photon immunoradiotherapy is amplified by the nanoradioenhancer NBTXR3 2024-Oct-01, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02855-0 PMID:39354474	研究论文	比较了光子放疗（XRT）和质子放疗（PRT）结合免疫检查点阻断（αPD1）在免疫放疗（IRT）中的疗效，并评估了纳米颗粒放射增敏剂NBTXR3的影响	发现质子放疗结合NBTXR3在治疗αPD1耐药肺癌中表现出优于光子放疗的效果，并能增强记忆性抗肿瘤免疫反应	研究仅限于小鼠模型，需要进一步在临床试验中验证	探讨质子放疗与光子放疗在免疫放疗中的相对疗效，并评估NBTXR3的增效作用	αPD1耐药的肺癌（344SQR）小鼠模型	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA	涉及多个小鼠模型和三种不同的肺癌细胞系
537	2024-10-05	Expression, DNA methylation pattern and transcription factor EPB41L3 in gastric cancer: a study of 262 cases 2024-Oct-01, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01849-7 PMID:39354571	研究论文	研究胃癌中EPB41L3基因的表达、DNA甲基化模式及转录因子调控	揭示了EPB41L3基因非CpG甲基化与胃癌进展的关联，并识别了关键的转录因子和下游分子	NA	阐明EPB41L3在胃癌中的表达和甲基化，识别调控转录因子及受影响的下游通路	胃癌组织中的EPB41L3基因及其甲基化模式	数字病理学	胃癌	免疫组化、高吞吐量亚硫酸氢盐测序、染色质免疫沉淀-定量PCR、荧光素酶报告基因检测、RNA测序	NA	组织样本	262例胃癌患者
538	2024-10-05	Application of a single-cell-RNA-based biological-inspired graph neural network in diagnosis of primary liver tumors 2024-Oct-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05670-1 PMID:39354613	研究论文	本文提出了一种基于单细胞RNA测序数据的生物启发图神经网络框架，用于原发性肝肿瘤的分子诊断	该框架利用细胞间通信网络的生物合理性，通过整合细胞簇内的通路激活特征和建模单向细胞间通信，实现了对恶性肿瘤和良性肿瘤的稳健区分	NA	开发一种新的诊断方法，利用单细胞RNA测序数据进行原发性肝肿瘤的分子诊断	原发性肝肿瘤，包括肝细胞癌（HCC）、肝内胆管癌（iCCA）和局灶性结节性增生（FNH）	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络	单细胞RNA测序数据	NA
539	2024-10-05	Novel FABP4+C1q+ macrophages enhance antitumor immunity and associated with response to neoadjuvant pembrolizumab and chemotherapy in NSCLC via AMPK/JAK/STAT axis 2024-Oct-01, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-07074-x PMID:39353883	研究论文	研究了新型FABP4+C1q+巨噬细胞在非小细胞肺癌（NSCLC）患者中增强抗肿瘤免疫的作用及其与新辅助派姆单抗和化疗（NAPC）疗效的关系	发现了与新辅助化疗免疫疗法疗效相关的新型FABP4C1q巨噬细胞亚型，并揭示了其通过AMPK/JAK/STAT轴增强抗炎和吞噬能力的机制	NA	探讨新辅助派姆单抗和化疗在非小细胞肺癌中的疗效机制及预测标志物	非小细胞肺癌患者及其肿瘤组织和淋巴结中的巨噬细胞亚型	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
540	2024-10-05	SAE-Impute: imputation for single-cell data via subspace regression and auto-encoders 2024-Oct-01, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05944-x PMID:39354334	研究论文	本文介绍了一种名为SAE-Impute的新计算方法，通过结合子空间回归和自动编码器来提高单细胞数据插补的准确性和可靠性	SAE-Impute通过子空间回归评估样本相关性，并在自动编码器框架内利用这些预测进行插值，从而解决了现有方法忽略样本间相关性的问题	NA	解决单细胞RNA测序数据中的缺失值问题，提高数据分析的准确性和可靠性	单细胞RNA测序数据中的缺失值	机器学习	NA	单细胞RNA测序	自动编码器	基因表达数据	模拟和真实单细胞RNA测序数据集