单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2024-10-08	Exploring the prognostic and diagnostic value of lactylation-related genes in sepsis 2024-10-04, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-74040-0 PMID:39367086	研究论文	本研究探讨了乳酸化相关基因在脓毒症中的预后和诊断价值	首次识别出与脓毒症相关的55个乳酸化基因，并通过多种分析方法验证了这些基因的预后和诊断价值	样本量较小，且仅限于中国西南医科大学附属医院的患者	研究乳酸化相关基因在脓毒症中的预后和诊断作用	脓毒症患者和健康个体的血液样本	NA	脓毒症	RNA测序、单细胞RNA测序、基因本体论分析、京都基因与基因组百科全书分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析	NA	RNA序列数据	20名脓毒症患者和10名健康个体的血液样本，以及5个外周血样本用于单细胞RNA测序
502	2024-10-08	Leveraging explainable deep learning methodologies to elucidate the biological underpinnings of Huntington's disease using single-cell RNA sequencing data 2024-Oct-04, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10855-5 PMID:39367331	研究论文	利用可解释深度学习方法阐明亨廷顿病生物学基础的研究	使用单细胞RNA测序数据和残差神经网络（ResNet）模型，结合SHapley Additive exPlanations（SHAP）算法，揭示了影响亨廷顿病预测的基因及其在病理生物学中的作用	尽管模型在测试集上的F1分数达到96.53%，但仍存在一定的局限性	阐明亨廷顿病病理学的潜在机制	亨廷顿病细胞与健康细胞的差异基因表达模式	数字病理学	亨廷顿病	单细胞RNA测序	残差神经网络（ResNet）	基因表达数据	NA
503	2024-10-08	Deep learning to estimate response of concurrent chemoradiotherapy in non-small-cell lung carcinoma 2024-Oct-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05708-4 PMID:39367461	研究论文	本文构建了一个深度学习模型，用于预测非小细胞肺癌患者在接受同步放化疗后的反应，并探索了相关的生物信号通路	首次使用深度学习模型预测非小细胞肺癌患者在接受同步放化疗后的反应	NA	开发和验证一个深度学习模型，用于预测非小细胞肺癌患者在接受同步放化疗后的反应	非小细胞肺癌患者在接受同步放化疗后的反应	机器学习	肺癌	深度学习	ResNet50	图像	229名非小细胞肺癌患者
504	2024-10-08	Multi-omics analysis unveils the predictive value of IGF2BP3/SPHK1 signaling in cancer stem cells for prognosis and immunotherapeutic response in muscle-invasive bladder cancer 2024-Oct-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05685-8 PMID:39367493	研究论文	研究揭示了IGF2BP3/SPHK1信号在肌层浸润性膀胱癌中的预测价值，特别是在癌症干细胞的预后和免疫治疗反应中的作用	首次发现IGF2BP3在CD274+ALDH+癌症干细胞样细胞中的上调表达与不良临床预后相关，并揭示了IGF2BP3/SPHK1信号在免疫治疗反应中的潜在预测价值	研究主要基于特定样本和数据集，结果的普适性需要进一步验证	探讨IGF2BP3/SPHK1信号在肌层浸润性膀胱癌中的作用及其作为预后和免疫治疗反应标志物的潜力	肌层浸润性膀胱癌中的癌症干细胞样细胞及其与免疫治疗的关系	数字病理学	膀胱癌	单细胞质谱流式细胞术、RNA测序、甲基化RNA免疫沉淀测序、单核RNA测序、空间转录组学、共检测索引	NA	单细胞数据、bulk RNA数据、空间转录组数据	38个肌层浸润性膀胱癌组织样本，包含179,483个单细胞；25个肌层浸润性膀胱癌组织样本，包含67,988个细胞
505	2024-10-08	Uncovering the role of traditional Chinese medicine in immune-metabolic balance of gastritis from the perspective of Cold and Hot: Jin Hong Tablets as a case study 2024-Oct-04, Chinese medicine IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s13020-024-00998-8 PMID:39367502	研究论文	本研究探讨了传统中药在慢性胃炎免疫代谢平衡中的作用，特别是从寒热角度出发，以金红片为例进行分析	首次结合转录组数据和机器学习算法，揭示了寒热证型慢性胃炎的分子特征及其对应中药的作用机制	样本量较小，且仅基于转录组数据进行分析，缺乏更全面的生物学验证	探讨传统中药在慢性胃炎免疫代谢平衡中的作用机制	慢性胃炎患者及其寒热证型，以及金红片等中药配方	机器学习	胃炎	转录组测序	机器学习算法	转录组数据	35名寒热证型慢性胃炎患者和3例单细胞RNA测序样本
506	2024-10-08	ERP29 regulates the proliferation of endometrial carcinoma via M6A modification 2024-Oct-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.122976 PMID:39142507	研究论文	研究ERP29通过M6A修饰调控子宫内膜癌增殖的作用	首次揭示了ERP29在子宫内膜癌中的高表达及其通过M6A修饰调控癌细胞增殖的机制	研究主要基于GEO和TCGA数据库，缺乏体内实验验证	探讨ERP29和M6A在子宫内膜癌进展中的作用	ERP29基因、M6A修饰及其对子宫内膜癌细胞增殖的影响	数字病理学	子宫内膜癌	WGCNA、机器学习算法、scRNA-seq、qPCR、Western blot、免疫组化、m6A Dot blot、MeRIP-qPCR	NA	基因表达数据	基于GEO和TCGA数据库的多个样本
507	2024-10-08	Proteomic Analysis Reveals Oxidative Phosphorylation and JAK-STAT Pathways Mediated Pathogenesis of Pemphigus Vulgaris 2024-Oct, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.15184 PMID:39373252	研究论文	本研究通过蛋白质组学分析揭示了寻常型天疱疮发病机制中氧化磷酸化和JAK-STAT通路的潜在作用	首次通过蛋白质组学和单细胞RNA测序技术揭示了寻常型天疱疮中氧化磷酸化和JAK-STAT通路的激活	研究仅限于体外细胞模型，尚未在临床试验中验证	阐明寻常型天疱疮的信号机制	寻常型天疱疮患者和健康志愿者的皮肤样本	蛋白质组学	自身免疫性疾病	LC-MS/MS, scRNA-seq	NA	蛋白质, 单细胞RNA	880, 605, 586个差异表达蛋白
508	2024-10-07	Serial single-cell RNA sequencing unveils drug resistance and metastatic traits in stage IV breast cancer 2024-Oct-03, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00723-6 PMID:39363009	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了IV期乳腺癌患者的肿瘤细胞在化疗抵抗和转移过程中的转录组、基因组和表观基因组变化	首次在单个患者样本中系统分析了化疗抵抗和转移前细胞的特征，揭示了化疗抵抗细胞的克隆扩增和转移前细胞的表达谱变化	研究仅基于单个患者样本，结果的普适性有待进一步验证	探讨IV期乳腺癌患者肿瘤细胞在化疗抵抗和转移过程中的分子机制	IV期乳腺癌患者的原发肿瘤和远处转移瘤样本	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	单个IV期乳腺癌患者样本
509	2024-10-07	Multi-scale transcriptomics reveals that specific tumor cells promote lung adenocarcinoma metastasis through crosstalk with the microenvironment 2024-Oct-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01306-4 PMID:39363121	研究论文	研究通过整合单细胞RNA测序、空间RNA测序和批量RNA测序，揭示了特定肿瘤细胞通过与微环境的相互作用促进肺腺癌转移的机制	建立了肺腺癌转移风险评分模型（LMRS），并识别出42个转移驱动基因和两种肿瘤上皮细胞亚型	NA	揭示肺腺癌转移的机制	肺腺癌的转移驱动基因、细胞间相互作用和细胞与配体-受体对的共定位关系	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间RNA测序（stRNA-seq）和批量RNA测序	NA	RNA	NA
510	2024-10-07	Single-cell transcriptome analysis reveals immune microenvironment changes and insights into the transition from DCIS to IDC with associated prognostic genes 2024-Oct-03, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05706-6 PMID:39363164	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了从导管原位癌（DCIS）到浸润性导管癌（IDC）的免疫微环境变化，并发现了与预后相关的关键基因	本文首次通过单细胞转录组分析揭示了DCIS到IDC转变过程中免疫细胞的动态变化，并识别出五个可能作为乳腺癌预后标志物的关键基因	本文主要基于单细胞转录组数据进行分析，未涉及其他类型的数据或实验验证	研究DCIS向IDC转变的生物学机制，并寻找潜在的预后标志物	乳腺癌中的导管原位癌（DCIS）和浸润性导管癌（IDC）	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	涉及DCIS和IDC的多个样本
511	2024-10-07	Identification and evaluation of candidate COVID-19 critical genes and medicinal drugs related to plasma cells 2024-Oct-03, BMC infectious diseases IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12879-024-10000-3 PMID:39363208	研究论文	本研究利用DESeq2和xCell算法分析COVID-19患者与对照组的差异表达基因和免疫浸润情况，识别与COVID-19相关的浆细胞模块基因，并构建蛋白质-蛋白质相互作用网络，识别关键基因和潜在药物	首次系统探索了浆细胞在COVID-19中的作用，识别了关键基因和潜在治疗药物	NA	探索COVID-19中浆细胞的作用，识别关键基因和潜在治疗药物	COVID-19患者和对照组的差异表达基因、免疫浸润情况、关键基因和潜在药物	生物信息学	COVID-19	DESeq2, xCell, WGCNA, 单细胞RNA测序, Cytoscape, cMAP, AutoDock	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	使用GSE157103、GSE152641、GSE171524、GSE152418和GSE179627数据集
512	2024-10-07	Tracking changes in functionality and morphology of repopulated microglia in young and old mice 2024-Oct-03, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03242-0 PMID:39363245	研究论文	研究了年轻和老年小鼠中再生的微胶质细胞的功能和形态变化	首次结合单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫荧光和共聚焦成像技术，研究了再生的微胶质细胞的功能和形态变化	研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全反映人类的情况	探讨再生的微胶质细胞在年轻和老年小鼠中的功能和形态变化	年轻和老年小鼠的微胶质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫荧光、共聚焦成像	NA	RNA	年轻和老年小鼠的微胶质细胞样本
513	2024-10-07	A combined analysis of bulk RNA-seq and scRNA-seq was performed to investigate the molecular mechanisms associated with the occurrence of myocardial infarction 2024-Oct-03, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10813-1 PMID:39363266	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，探讨了心肌梗死（MI）相关的分子机制	本研究首次整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，揭示了心肌梗死中细胞类型的转录变化，特别是内皮细胞的减少和巨噬细胞的增加	本研究仅使用了公开的RNA-seq数据，未进行实验验证，可能影响结果的可靠性	探讨心肌梗死相关的分子机制	心肌梗死模型中的心脏细胞	数字病理学	心血管疾病	RNA测序	NA	RNA序列	使用了来自小鼠心肌梗死模型的公开scRNA-seq（GSE136088）和bulk RNA-seq（GSE153485）数据
514	2024-10-07	Yeast9: a consensus genome-scale metabolic model for S. cerevisiae curated by the community 2024-Oct, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-024-00060-7 PMID:39134886	研究论文	本文介绍了由社区维护的S. cerevisiae的共识基因组规模代谢模型Yeast9，并评估了其在不同条件下的预测性能	Yeast9是基于社区持续更新和改进的代谢模型，结合了单细胞转录组学和蛋白质组学数据，能够更好地预测酵母在不同条件下的代谢重构	NA	评估和展示Yeast9在不同条件下的预测性能，并探讨其在系统生物学研究中的应用潜力	S. cerevisiae的基因组规模代谢模型Yeast9及其在不同条件下的代谢行为	代谢组学	NA	单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	代谢模型	163个条件特定的GEMs，1229个突变株的ssGEMs
515	2024-10-06	CALB2 drives pancreatic cancer metastasis through inflammatory reprogramming of the tumor microenvironment 2024-Oct-03, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03201-w PMID:39358777	研究论文	研究探讨了CALB2在胰腺癌转移中的作用及其通过炎症重编程肿瘤微环境的机制	首次揭示了CALB2作为炎症重编程的关键调节因子，促进胰腺癌转移的机制，并提出了αCXCL14单克隆抗体与吉西他滨联合治疗的新策略	NA	探讨CALB2在胰腺癌转移中的作用及其通过炎症重编程肿瘤微环境的机制，并开发针对性的治疗策略	胰腺导管腺癌（PDAC）及其相关成纤维细胞（CAFs）和患者来源的类器官（PDOs）	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序、多色免疫荧光、CUT&RUN测定、荧光素酶报告基因测定、RNA测序、功能获得或丧失测定	NA	基因表达数据	涉及人类PDAC样本、CAFs和PDOs的体外和体内共培养系统，以及免疫活性KPC类器官异种移植模型
516	2024-10-06	Exploring the prognostic value of BRMS1 + microglia based on single-cell anoikis regulator patterns in the immunologic microenvironment of GBM 2024-Oct, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-024-04781-5 PMID:39143438	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和非负矩阵分解技术，探讨了胶质母细胞瘤（GBM）中BRMS1+小胶质细胞在免疫微环境中的预后价值	首次揭示了BRMS1+小胶质细胞在GBM免疫微环境中的重要作用，并提出其可能成为未来治疗的潜在靶点	NA	探讨BRMS1+小胶质细胞在GBM免疫微环境中的预后价值及其对免疫治疗的影响	胶质母细胞瘤（GBM）中的BRMS1+小胶质细胞及其在免疫微环境中的作用	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组RNA测序（stRNA-seq）、非负矩阵分解（NMF）	NA	基因表达数据	使用了TCGA和CGGA数据集，具体样本数量未在摘要中提及
517	2024-10-06	Iron-laden macrophage-mediated paracrine profibrotic signaling induces lung fibroblast activation 2024-Oct-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00675.2023 PMID:39183565	研究论文	研究探讨了铁在肺纤维化中的作用，特别是巨噬细胞介导的机制	揭示了铁在巨噬细胞中积累引发脂质过氧化，从而放大TGF-β1产生，并通过旁分泌信号激活成纤维细胞的新机制	NA	研究铁代谢在肺纤维化中的作用及其机制	肺纤维化中的巨噬细胞和成纤维细胞	NA	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用小鼠模型，包括博来霉素和胺碘酮诱导的肺纤维化模型
518	2024-10-05	Integrated Single-cell RNA-seq and Bulk RNA-seq Identify Diagnostic Biomarkers for Postmenopausal Osteoporosis 2024-Oct-03, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673343344240930054414 PMID:39364870	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了绝经后骨质疏松症的诊断生物标志物	首次整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了绝经后骨质疏松症的诊断生物标志物，并构建了诊断模型	NA	探索绝经后骨质疏松症的诊断生物标志物	绝经后骨质疏松症	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序、批量RNA测序、加权基因共表达网络分析、基因集富集分析	NA	RNA	NA
519	2024-10-05	CCKBR+ cancer cells contribute to the intratumor heterogeneity of gastric cancer and confer sensitivity to FOXO inhibition 2024-Oct, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01360-z PMID:39164456	研究论文	研究通过单细胞测序分析胃腺癌患者的恶性上皮细胞，揭示了胃腺癌的异质性，并发现CCKBR+干细胞样癌细胞与不良分化和预后较差相关	首次揭示了FOXO抑制剂在减少CCKBR+胃腺癌器官形成和阻碍肿瘤进展中的作用，并阐明了FOXO-唾液酸转移酶轴在维持CCKBR+肿瘤细胞稳态和生长中的机制	研究样本量较小，仅涉及5名患者，可能影响结果的普适性	探讨胃腺癌的异质性及其与CCKBR+干细胞样癌细胞的关系，并研究FOXO抑制剂在治疗中的潜在作用	胃腺癌患者的恶性上皮细胞和CCKBR+干细胞样癌细胞	数字病理学	胃癌	单细胞测序（scRNA-seq）、CUT&Tag测序、Lectin pulldown	NA	转录组	5名胃腺癌患者，40个单细胞转录组样本
520	2024-10-05	Advanced machine learning unveils CD8 + T cell genetic markers enhancing prognosis and immunotherapy efficacy in breast cancer 2024-Oct-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12952-w PMID:39354417	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习算法，识别出与乳腺癌预后和免疫治疗效果相关的CD8+ T细胞基因标记	开发了一种新的CD8+ T细胞相关基因预后签名（CTRGPS），并验证了其在多个独立数据集中的预后价值	NA	探索CD8+ T细胞在乳腺癌中的作用，识别新的生物标志物以改善预后和治疗策略	CD8+ T细胞基因标记及其在乳腺癌中的预后和治疗效果	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序	机器学习算法	基因数据	涉及七个独立公共数据集