单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2024-10-14	Key platelet genes play important roles in predicting the prognosis of sepsis 2024-10-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-74052-w PMID:39384856	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq）数据，结合多种算法分析，构建了一个稳定的脓毒症预后模型	首次通过scRNA-seq技术识别脓毒症患者中的关键细胞，并结合批量RNA-seq数据和多种算法构建预后模型	研究样本量较小，且仅基于GEO数据库的数据，可能影响模型的普适性	通过scRNA-seq和批量RNA-seq数据，结合多种算法分析，构建一个稳定的脓毒症预后模型	脓毒症患者的预后预测	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq），定量实时PCR（qRT-PCR）	Cox回归模型	RNA测序数据	9个样本的scRNA-seq数据，批量RNA-seq数据来自GEO数据库，qRT-PCR在CLP诱导的脓毒症小鼠模型中进行
442	2024-10-14	Single-cell sequencing analysis reveals the dynamic tumour ecosystems of primary and metastatic lymph nodes in nasopharyngeal carcinoma 2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70137 PMID:39392128	研究论文	研究分析了鼻咽癌原发和转移淋巴结的单细胞转录组，揭示了肿瘤生态系统的动态变化	首次系统地描述了鼻咽癌原发和转移淋巴结肿瘤的生态系统，揭示了免疫微环境和细胞间通讯的复杂性	样本量相对较小，可能影响结果的普适性	揭示鼻咽癌淋巴结转移的肿瘤生态系统，为治疗策略提供依据	鼻咽癌原发和转移淋巴结的单细胞转录组	数字病理学	鼻咽癌	单细胞测序	NA	转录组数据	47,618个单细胞，来自8个样本
443	2024-10-14	Single-cell transcriptome and chromatin accessibility mapping of upper lip and primary palate fusion 2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70128 PMID:39392189	研究论文	研究使用单细胞转录组和染色质可及性测序技术，分析了小鼠胚胎在关键发育阶段的唇腭融合过程	首次结合单细胞RNA测序和染色质可及性测序技术，揭示了唇腭融合过程中不同细胞亚群的转录特征和染色质可及性变化	研究仅限于C57BL/6J小鼠模型，结果的普适性有待进一步验证	揭示唇腭融合的分子机制	小鼠胚胎的唇腭融合过程	数字病理学	先天性畸形	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和染色质可及性测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据和染色质可及性数据	C57BL/6J小鼠胚胎在10.5、11.5和12.5胚胎日的样本
444	2024-10-13	Landscape of epithelial cell subpopulations in the human esophageal squamous cell carcinoma microenvironment 2024-Oct-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38091 PMID:39391485	研究论文	研究揭示了人食管鳞状细胞癌微环境中上皮细胞亚群的景观及其在食管鳞状细胞癌发展中的作用	首次在单细胞分辨率下获得了食管鳞状细胞癌的上皮细胞图谱，并揭示了上皮细胞在癌症进展中的作用及其对NK/T细胞的免疫抑制信号	NA	探索上皮细胞亚群在食管鳞状细胞癌进展中的作用	食管鳞状细胞癌中的上皮细胞亚群及其在癌症发展中的作用	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及食管鳞状细胞癌及其邻近组织的11个主要细胞亚群和4个上皮细胞亚群
445	2024-10-13	Single-cell RNA sequencing profiling of mouse cardiac cells in response to retinoic acid 2024-Oct-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38301 PMID:39391486	研究论文	研究了视黄酸对小鼠心脏细胞的单细胞RNA测序分析	首次使用单细胞RNA测序技术分析视黄酸对小鼠心脏发育过程中细胞和分子机制的影响	仅限于小鼠模型，未涉及人类心脏疾病的研究	揭示视黄酸对心脏畸形的影响机制	小鼠心脏细胞	数字病理学	先天性心脏病	单细胞RNA测序	NA	RNA	69,447个细胞，来自从E8.5到E17.5的七个发育阶段
446	2024-10-13	Cross-species comparison of airway epithelium transcriptomics 2024-Oct-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38259 PMID:39391497	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较了人类、猴子、小鼠和大鼠在健康和哮喘条件下的肺细胞转录组相似性和差异	首次进行了跨物种的肺细胞转录组全面比较，揭示了跨物种细胞特异性标记基因、转录因子和生物通路的保守性	研究仅限于四种物种，且未涵盖所有可能的肺部疾病状态	探讨不同物种间肺细胞转录组的相似性和差异，以及这些差异在哮喘中的作用	人类、猴子、小鼠和大鼠的肺细胞在健康和哮喘条件下的转录组	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及四种物种的肺细胞样本
447	2024-10-13	Germinal center B-cell subgroups in the tumor microenvironment cannot be overlooked: Their involvement in prognosis, immunotherapy response, and treatment resistance in head and neck squamous carcinoma 2024-Oct-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37726 PMID:39391510	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了头颈部鳞状细胞癌中的B细胞亚群，并构建了相关的风险预测模型	首次将生发中心B细胞（GCB）识别为B细胞特异性预后生物标志物，填补了头颈部鳞状细胞癌遗传预后预测模型的研究空白	NA	寻找新的生物标志物以实现头颈部鳞状细胞癌的早期诊断和预测早期复发和转移	头颈部鳞状细胞癌中的B细胞亚群及其在预后、免疫治疗反应和治疗抵抗中的作用	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	头颈部鳞状细胞癌组织和外周血样本
448	2024-10-13	Single-cell RNA sequencing reveals vascularization-associated cell subpopulations in dental pulp: PDGFRβ+ DPSCs with activated PI3K/AKT pathway 2024-Oct-09, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxae051 PMID:39167061	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了牙髓中与血管化相关的细胞亚群，特别是PDGFRβ+ DPSCs，并探讨了其通过激活PI3K/AKT通路在牙髓再生中的作用	本研究首次定义了PDGFRβ+ DPSCs亚群，并揭示了其在牙髓再生中的重要作用和临床转化潜力	本研究主要集中在体外和基因编辑小鼠模型中，尚未进行临床试验验证	解决牙髓再生治疗中的挑战，特别是不同年龄和条件供体来源的DPSCs异质性问题	牙髓中的DPSCs及其亚群PDGFRβ+ DPSCs	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	基因编辑小鼠模型和体外培养的DPSCs
449	2024-10-13	Intestinal newborn regulatory B cell antibodies modulate microbiota communities 2024-Oct-09, Cell host & microbe IF:20.6Q1 DOI:10.1016/j.chom.2024.08.010 PMID:39243760	研究论文	研究新生儿调节性B细胞产生的抗体如何调节微生物群落	首次发现新生儿调节性B细胞通过IL-10负调节IgM的产生，影响早期微生物群落的多样性和合作	NA	探讨新生儿调节性B细胞在早期生命中对微生物群落的影响	新生儿调节性B细胞及其产生的抗体	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	205个单克隆抗体
450	2024-10-13	Colorectal cancer-associated bacteria are broadly distributed in global microbiomes and drivers of precancerous change 2024-10-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-70702-1 PMID:39384807	研究论文	研究分析了全球微生物组中与结直肠癌相关的细菌，并探讨了这些细菌在癌前病变中的作用	首次通过基因水平聚类方法识别出与结直肠癌或健康相关的细菌基因簇，并验证了这些细菌在癌前病变中的作用	研究主要基于已发表的宏基因组数据，缺乏对新样本的验证	确定全球人群中与结直肠癌和健康相关的肠道细菌的规模和成员	全球微生物组中的肠道细菌及其与结直肠癌的关系	数字病理学	结直肠癌	宏基因组测序	NA	基因数据	使用已发表的全球微生物组调查中的超深度宏基因组测序数据
451	2024-10-13	Single-cell analysis reveals alternations between the aged and young mice prostates 2024-Oct-09, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00666-x PMID:39385256	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了老年和年轻小鼠前列腺的细胞类型和基因表达变化	首次揭示了老年小鼠前列腺中细胞类型和基因表达的显著变化，包括间充质细胞和免疫细胞比例的增加，以及与细胞衰老、氧化应激和再生相关的基因和通路的改变	研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	探讨老年和年轻小鼠前列腺的细胞和分子变化	2个月和24个月的小鼠前列腺组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	UMAP算法	基因表达数据	2个月和24个月的小鼠前列腺组织样本
452	2024-10-13	Exosomal miR-106a-5p from highly metastatic colorectal cancer cells drives liver metastasis by inducing macrophage M2 polarization in the tumor microenvironment 2024-Oct-09, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03204-7 PMID:39385295	研究论文	研究了高度转移性结直肠癌细胞分泌的外泌体miR-106a-5p如何通过诱导肿瘤微环境中巨噬细胞M2极化来驱动肝转移	揭示了外泌体miR-106a-5p在结直肠癌肝转移中的新机制，并发现其作为潜在生物标志物的可能性	NA	探讨外泌体miR-106a-5p在结直肠癌肝转移中的作用及其机制	结直肠癌细胞、巨噬细胞、外泌体miR-106a-5p	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序、外泌体分离、免疫荧光、qRT-PCR、ELISA、流式细胞术	NA	RNA	NA
453	2024-09-07	Bridging gaps: a neural network approach for cross-species scRNA-seq analysis in COVID-19 2024-Oct, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105324 PMID:39236555	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
454	2024-10-13	High mortality of Acinetobacter baumannii infection is attributed to macrophage-mediated induction of cytokine storm but preventable by naproxen 2024-Oct, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105340 PMID:39303669	研究论文	研究探讨了多药耐药鲍曼不动杆菌感染的高死亡率机制，并发现萘普生可预防由巨噬细胞介导的细胞因子风暴	揭示了鲍曼不动杆菌感染中巨噬细胞介导的细胞因子风暴机制，并发现萘普生可有效抑制炎症反应和M1极化，从而保护宿主免受致命感染	NA	解析鲍曼不动杆菌感染的高死亡率机制，并探索控制耐药感染的新策略	鲍曼不动杆菌感染的免疫反应和细胞因子风暴机制	免疫学	感染性疾病	流式细胞术、RNA测序、qRT-PCR、ELISA和单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
455	2024-10-13	Neural network-assisted humanisation of COVID-19 hamster transcriptomic data reveals matching severity states in human disease 2024-Oct, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105312 PMID:39317638	研究论文	本文利用神经网络辅助的方法，分析了COVID-19仓鼠和人类单细胞转录组数据，揭示了不同疾病严重程度下的跨物种相似性	首次使用变分自编码器神经网络量化跨物种和疾病严重程度的转录组相似性，并识别出与疾病相关的关键基因和信号通路	仅限于分析仓鼠和人类的数据，未涉及其他动物模型	研究COVID-19在仓鼠和人类中的疾病机制，并开发跨物种的精确治疗策略	COVID-19仓鼠和人类的单细胞转录组数据	机器学习	COVID-19	单细胞转录组测序（scRNAseq）	变分自编码器（VAE）	转录组数据	来自人类和仓鼠的血液白细胞样本
456	2024-10-13	Single-cell multi-omics map of human fetal blood in Down syndrome 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07946-4 PMID:39322663	研究论文	研究整合了单细胞转录组学、染色质可及性和空间转录组学数据，分析了唐氏综合征胎儿血液中的造血异常	首次建立了唐氏综合征胎儿血液的单细胞多组学图谱，揭示了基因表达差异依赖于细胞类型和环境，并发现了造血干细胞在唐氏综合征中的分化倾向	研究样本量较小，仅包括3个二体和15个三体胎儿，可能影响结果的普适性	理解唐氏综合征中造血异常的分子机制	唐氏综合征胎儿的肝脏和骨髓样本	数字病理学	唐氏综合征	单细胞转录组学、染色质可及性分析、空间转录组学	NA	基因表达数据、染色质可及性数据、空间转录组数据	3个二体和15个三体胎儿的肝脏和骨髓样本，共110万个细胞
457	2024-10-12	Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics of bladder Ewing sarcoma 2024-Oct-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110921 PMID:39386756	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，深入研究了膀胱Ewing肉瘤/原始神经外胚层肿瘤的发病机制	首次揭示了膀胱Ewing肉瘤/原始神经外胚层肿瘤中特化的上皮细胞和肥大细胞的存在，并发现了TNFRSF12A的显著上调	NA	探讨膀胱Ewing肉瘤/原始神经外胚层肿瘤的发病机制	膀胱Ewing肉瘤/原始神经外胚层肿瘤中的特化细胞类型及其相互作用	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	RNA	涉及膀胱Ewing肉瘤/原始神经外胚层肿瘤的多个细胞类型
458	2024-10-12	CD8+ T cell associated scoring model helps prognostic diagnosis and immunotherapy selection in patients with colon adenocarcinoma 2024-Oct-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37998 PMID:39386801	研究论文	研究构建了一个基于CD8+ T细胞标记基因的评分模型，用于结肠腺癌患者的预后诊断和免疫治疗选择	首次基于CD8+ T细胞标记基因构建了一个新的预后评分模型，并验证了其在区分患者免疫治疗反应中的有效性	研究仅使用了5个数据集，样本量相对较小，可能影响模型的普适性	开发一种新的预后评分模型，用于结肠腺癌患者的预后预测和免疫治疗选择	结肠腺癌患者及其免疫治疗反应	数字病理学	结肠腺癌	单细胞转录组测序和Bulk转录组测序	Lasso回归模型	转录组数据	5个数据集，包括单细胞和Bulk转录组数据
459	2024-10-12	Single-cell sequencing analysis revealed that NEAT1 was a potential biomarker and therapeutic target of prostate cancer 2024-Oct-08, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12926-y PMID:39379919	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了NEAT1作为前列腺癌潜在生物标志物和治疗靶点的可能性	首次通过单细胞RNA测序数据探讨NEAT1在前列腺癌中的作用，并验证了其作为潜在生物标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于体外实验和细胞衍生异种移植模型，缺乏临床试验验证	探索前列腺癌发生相关的生物标志物，并验证NEAT1作为潜在治疗靶点的可能性	前列腺癌样本及其相关细胞亚群	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	包括正常、良性前列腺增生和前列腺癌样本，具体数量未明确提及
460	2024-10-12	The small inhibitor WM-1119 effectively targets KAT6A-rearranged AML, but not KMT2A-rearranged AML, despite shared KAT6 genetic dependency 2024-Oct-08, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01610-0 PMID:39380002	研究论文	研究评估了小分子抑制剂WM-1119对KAT6A重排的AML的疗效，并探讨了其在KMT2A重排的AML中的作用	首次评估了KAT6A抑制剂WM-1119在KAT6A和KMT2A重排的AML中的作用，发现其对KAT6A重排的AML有显著疗效，但对KMT2A重排的AML影响有限	研究主要集中在细胞和分子水平，缺乏临床试验数据支持	评估KAT6A抑制剂WM-1119在不同类型AML中的疗效	KAT6A和KMT2A重排的AML细胞	数字病理学	血液肿瘤	流式细胞术、克隆形成实验、细胞生长实验、shRNA敲减、CRISPR敲除、bulk和单细胞RNA-seq、ChIP-seq	NA	RNA	包括KAT6A和KMT2A重排的AML细胞系及患者原代AML细胞