单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2024-10-17	Epigenetic reprogramming of CAR T cells for in vivo functional persistence against solid tumors 2024-Oct, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00262-x PMID:38388813	研究论文	研究通过基因破坏人源CAR T细胞中的SUV39H1，增强其在实体肿瘤中的功能持久性	通过基因破坏SUV39H1，实现CAR T细胞的表观遗传重编程，增强其在实体肿瘤中的功能持久性	NA	增强CAR T细胞在实体肿瘤患者中的治疗效果	人源CAR T细胞和SUV39H1基因	数字病理学	实体肿瘤	单细胞转录组测序（scRNA-seq）和染色质可及性测序（scATAC-seq）	NA	单细胞转录组数据和染色质可及性数据	NA
422	2024-10-17	Disrupting YAP1-mediated glutamine metabolism induces synthetic lethality alongside ODC1 inhibition in osteosarcoma 2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-00967-1 PMID:39115605	研究论文	研究通过干扰YAP1介导的谷氨酰胺代谢，增强DFMO在骨肉瘤中的疗效	揭示了YAP1介导的谷氨酰胺代谢在DFMO抗性中的关键作用，并提出了DFMO与YAP1抑制剂CIL56联合治疗的新策略	NA	探索骨肉瘤的新治疗靶点，特别是针对转移性和复发性骨肉瘤	骨肉瘤细胞及其代谢途径	数字病理学	骨肉瘤	RNA测序、代谢组学、免疫荧光染色、CCK-8检测、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、转录组数据、代谢数据	包括MTAP缺失的骨肉瘤患者样本、复发和非复发患者组织样本、PDX和CDX模型
423	2024-10-17	Evaluation of single-cell sorting accuracy using antibody-derived tag-based qPCR 2024-Oct, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology DOI:10.1002/cyto.a.24888 PMID:39132928	研究论文	本文开发了一种基于抗体衍生标签（ADT）的qPCR方法，用于评估单细胞分选的准确性并表征单细胞水平的蛋白质表达	本文开发了一种新的检测方法，通过使用ADT和荧光抗体共染色细胞，并利用多重TaqMan™ qPCR放大ADT试剂的寡核苷酸，作为蛋白质表达的替代信号，从而确认单细胞分选的准确性	NA	开发一种新的方法来评估单细胞分选的准确性并表征单细胞水平的蛋白质表达	单细胞分选的准确性和单细胞水平的蛋白质表达	NA	NA	qPCR	NA	蛋白质表达数据	少量细胞
424	2024-10-17	Integrated analysis reveals NLRC4 as a potential biomarker in sepsis pathogenesis 2024-Oct, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00293-4 PMID:39181981	研究论文	本文通过综合分析揭示了NLRC4作为脓毒症发病机制中的潜在生物标志物	本文首次通过综合分析方法，包括bulk RNA测序、单细胞RNA测序和酶联免疫吸附测定（ELISA），揭示了NLRC4在脓毒症中的高表达，并验证了其在脓毒症诊断和治疗中的潜在作用	本文的局限性在于样本量较小，且未进行临床验证	研究脓毒症免疫反应的分子机制，并寻找潜在的生物标志物	脓毒症患者和健康个体的基因表达差异	生物信息学	脓毒症	RNA测序、酶联免疫吸附测定（ELISA）	NA	基因表达数据	脓毒症患者和健康个体的样本
425	2024-10-17	Integrated analyses reveal CST7 and DUSP5 regulate Th2 cells differentiation to promote chronic HBV infection 2024-Oct, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00296-1 PMID:39237681	研究论文	本研究通过综合分析揭示了CST7和DUSP5在调节Th2细胞分化以促进慢性HBV感染中的作用	首次揭示了CST7和DUSP5在慢性HBV感染中的关键作用，并阐明了它们通过调节Th2细胞分化来促进疾病进展的机制	研究主要基于bulk表达数据和scRNA-seq数据，缺乏体内实验验证	探讨HBV感染与宿主免疫系统之间的复杂相互作用，特别是Th2细胞分化在慢性HBV感染中的作用	慢性HBV感染患者的肝脏组织和Th2细胞	免疫学	肝炎	scRNA-seq	NA	基因表达数据	包括来自GSE83148和GSE84044的bulk表达数据，以及来自GSE182159的scRNA-seq数据
426	2024-10-17	Gene inactivation of lysyl oxidase in smooth muscle cells reduces atherosclerosis burden and plaque calcification in hyperlipidemic mice 2024-10, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2024.118582 PMID:39260002	研究论文	研究了在平滑肌细胞中敲除赖氨酰氧化酶基因对高脂血症小鼠动脉粥样硬化和斑块钙化的影响	首次探讨了赖氨酰氧化酶在平滑肌细胞中的基因敲除对动脉粥样硬化和斑块钙化的保护作用	研究仅限于高脂血症小鼠模型，未涉及其他动物模型或人类样本	探讨赖氨酰氧化酶在平滑肌细胞中的作用及其对动脉粥样硬化和斑块钙化的影响	高脂血症小鼠的平滑肌细胞和动脉粥样硬化斑块	心血管疾病	心血管疾病	基因敲除技术	NA	RNA测序和免疫荧光	高脂血症条件性敲除小鼠和对照小鼠
427	2024-10-16	Tumor-Secreted Extracellular Vesicles Counteract Therapy Response by Triggering Inflammatory Mesenchymal Stem Cell Development 2024-Oct-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-4097 PMID:39115426	研究论文	本文研究了肿瘤分泌的细胞外囊泡通过触发炎症性间充质干细胞的发育来对抗治疗反应的机制	首次揭示了肿瘤分泌的细胞外囊泡触发炎症性间充质干细胞的发育，并提出了通过阻断下游通路来克服药物抵抗的策略	研究主要基于小鼠模型和患者样本的单细胞RNA测序数据，需要进一步的临床验证	探讨骨癌治疗中药物抵抗的微环境因素，并寻找克服这种抵抗的策略	炎症性间充质干细胞及其在骨癌治疗中的作用	数字病理学	骨癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括骨癌和多发性骨髓瘤患者的活检样本以及小鼠模型
428	2024-10-16	Single-cell RNA sequencing reveals heterogeneity of ALI model and epithelial cell alterations after exposure to electronic cigarette aerosol 2024-Oct-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38552 PMID:39397927	研究论文	研究使用单细胞RNA测序揭示了电子烟气溶胶暴露后ALI模型和人支气管上皮细胞的异质性及上皮细胞的改变	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了电子烟气溶胶对人类支气管上皮细胞的转录异质性和细胞类型特异性反应	研究仅限于急性暴露后的短期效应，未探讨长期暴露的影响	探讨电子烟气溶胶对支气管上皮细胞的影响及其潜在机制	人支气管上皮细胞（ALI-HBE）及其在电子烟气溶胶暴露后的转录变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多种细胞类型，包括基底细胞、纤毛细胞和分泌细胞
429	2024-10-16	Prognostic modeling and Emerging therapeutic targets Unveiled through single-cell sequencing in esophageal squamous Cell carcinoma 2024-Oct-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38078 PMID:39397956	研究论文	研究通过单细胞测序揭示食管鳞状细胞癌中的预后模型和新治疗靶点	首次通过单细胞转录组测序结合机器学习技术，开发出区分恶性与非恶性细胞的模型，并发现IGFBP2作为潜在的生物标志物和治疗靶点	研究样本量较小，仅涉及10名患者，可能影响结果的普适性	寻找食管鳞状细胞癌的新诊断和预测生物标志物，以改善治疗效果	食管鳞状细胞癌的恶性细胞和非恶性细胞	数字病理学	食管癌	单细胞转录组测序	机器学习模型	基因表达数据	128,688个细胞，来自10名患者
430	2024-10-16	Establish a novel immune-related gene prognostic risk index (IRGPRI) associated with CD8+ cytotoxic T lymphocytes in non-small-cell lung cancer (NSCLC) 2024-Oct-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38324 PMID:39397989	研究论文	本研究旨在建立一个与非小细胞肺癌（NSCLC）中CD8+细胞毒性T淋巴细胞相关的免疫相关基因预后风险指数（IRGPRI），用于预测患者的预后和评估免疫检查点抑制剂（ICIs）治疗的疗效	本研究创新性地利用单细胞RNA测序技术识别CD8+细胞毒性T淋巴细胞与其他细胞类型的差异表达基因，并通过LASSO Cox回归分析构建IRGPRI	NA	建立一个能够预测非小细胞肺癌患者预后和评估免疫检查点抑制剂治疗疗效的免疫相关基因预后风险指数	非小细胞肺癌患者及其CD8+细胞毒性T淋巴细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	LASSO Cox回归分析	基因表达数据	109个基因，7个预后相关基因，GSE131907数据集
431	2024-10-16	Breast Cancer Disseminated Tumor Cells: Do They Stay and Fight or Run and Hide? 2024-Oct-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2408 PMID:39402990	研究论文	研究乳腺癌早期扩散的肿瘤细胞在免疫系统中的作用	探讨了NK细胞在乳腺癌早期扩散和休眠中的作用，并提出了STING通路和转录因子Sox2、Bach1的机制	需要进一步研究不同免疫类型在休眠和复发中的具体机制和重要性	探讨乳腺癌早期扩散的肿瘤细胞在免疫系统中的作用及其机制	乳腺癌早期扩散的肿瘤细胞和NK细胞	癌症研究	乳腺癌	单细胞基因组学和空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
432	2024-10-16	Differential transcriptomic host responses in the early phase of viral and bacterial infections in human lung tissue explants ex vivo 2024-Oct-12, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-024-02988-8 PMID:39395995	研究论文	研究了人类肺组织体外培养物在病毒和细菌感染早期阶段的转录组差异反应	首次使用RNA测序技术研究了人类肺组织体外培养物在流感病毒A、BCG和铜绿假单胞菌感染早期阶段的转录组变化	研究仅限于体外培养的肺组织，无法完全模拟自然感染环境	探讨人类肺组织在病毒和细菌感染早期阶段的转录组反应差异	人类肺组织体外培养物在流感病毒A、BCG和铜绿假单胞菌感染早期阶段的转录组变化	基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA	来自肺气肿患者的肺组织体外培养物
433	2024-10-16	Resting natural killer cells promote the progress of colon cancer liver metastasis by elevating tumor-derived stem cell factor 2024-Oct-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97201 PMID:39387546	研究论文	研究了自然杀伤细胞在结直肠癌肝转移中的作用及其与肿瘤微环境的关系	首次揭示了GZMK+静息状态的自然杀伤细胞在肿瘤组织中的显著增加，并发现其在肿瘤区域中的富集与较差的预后相关	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探讨自然杀伤细胞在结直肠癌肝转移中的临床相关性和细胞作用	自然杀伤细胞在结直肠癌肝转移中的生物学特性和功能	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序	NA	RNA	涉及结直肠癌和肝转移癌的肿瘤组织样本
434	2024-10-16	Visualizing scRNA-Seq data at population scale with GloScope 2024-Oct-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03398-1 PMID:39380041	研究论文	本文提出了一种名为GloScope的框架，用于在群体规模上可视化和分析scRNA-Seq数据	GloScope框架能够有效地处理样本间的变异，支持样本级别的可视化和质量控制评估	NA	开发一种新的生物信息学方法，用于在群体规模上分析scRNA-Seq数据	scRNA-Seq数据及其在不同样本中的变异	生物信息学	NA	scRNA-Seq	NA	单细胞RNA测序数据	12到300个样本
435	2024-10-16	CRIP1 regulates osteogenic differentiation of bone marrow stromal cells and pre-osteoblasts via the Wnt signaling pathway 2024-10-01, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150277 PMID:38936225	研究论文	研究CRIP1通过Wnt信号通路调控骨髓间充质干细胞和前成骨细胞的成骨分化	揭示了CRIP1在调控骨髓间充质干细胞成骨分化中的新作用，并通过Wnt信号通路增强成骨分化	NA	探索骨髓间充质干细胞分化调控机制，为骨质疏松症的治疗提供新思路	骨髓间充质干细胞和前成骨细胞	NA	骨质疏松症	单细胞RNA测序	NA	RNA	从接受全髋关节置换术的患者中收集的股骨头骨髓细胞
436	2024-10-16	Single-cell transcriptome atlas revealed bronchoalveolar immune features related to disease severity in pediatric Mycoplasma pneumoniae pneumonia 2024-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.748 PMID:39399649	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了支气管肺泡灌洗液样本中的免疫特征，揭示了轻度和重度肺炎患者之间的免疫差异	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了轻度和重度肺炎患者的支气管肺泡灌洗液免疫景观，揭示了不同疾病严重程度下的免疫特征	研究样本量有限，且仅限于儿童肺炎患者，可能影响结果的普适性	探讨轻度肺炎的保护性免疫机制和重度肺炎的病理机制	支气管肺泡灌洗液样本中的免疫细胞	数字病理学	肺炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	13名健康捐赠者和24名住院的儿童肺炎患者
437	2024-10-15	Network Medicine Approach Unravels Endophenotype Signature in Alzheimer's Disease through Large-Scale Comparative Proteomics Analysis: Vascular Dysfunction as a Prime Example 2024-Oct-14, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.4c01344 PMID:39322987	研究论文	研究通过大规模比较蛋白质组学分析，揭示了阿尔茨海默病中的内表型特征，特别是血管功能障碍	提出了基于网络的框架来识别阿尔茨海默病病理内表型的蛋白质特征，并发现了新的生物标志物候选者	NA	揭示阿尔茨海默病中的内表型特征	阿尔茨海默病患者的蛋白质特征	生物信息学	阿尔茨海默病	蛋白质组学分析	NA	蛋白质数据	23个蛋白质数据集，包括阿尔茨海默病患者和转基因小鼠模型
438	2024-10-15	Investigating PPT2's role in ovarian cancer prognosis and immunotherapy outcomes 2024-Oct-11, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-024-01527-9 PMID:39394143	研究论文	研究探讨了PPT2基因在卵巢癌预后和免疫治疗结果中的作用	首次系统研究了PPT2基因在卵巢癌中的表达与预后、免疫浸润及分子机制的关系	需要进一步研究PPT2与免疫治疗效果在卵巢癌患者中的关系	确定PPT2表达与卵巢癌预后、免疫浸润及潜在分子机制的关联	PPT2基因在卵巢癌中的表达及其对预后和免疫治疗结果的影响	数字病理学	卵巢癌	RNA测序	NA	RNA-seq数据	使用了来自TCGA、GTEx和GEO数据库的RNA-seq和临床数据，以及内部数据集
439	2024-10-15	Immunometabolic changes and potential biomarkers in CFS peripheral immune cells revealed by single-cell RNA sequencing 2024-Oct-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05710-w PMID:39394558	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了慢性疲劳综合征患者外周血单核细胞的免疫代谢变化，并发现了潜在的生物标志物	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了慢性疲劳综合征患者外周血单核细胞的免疫代谢变化，并识别出ESRRA-APP-CD74信号通路作为潜在的生物标志物	样本量较小且仅评估了外周血	探讨慢性疲劳综合征的病理机制及其潜在的生物标志物	慢性疲劳综合征患者和健康对照的外周血单核细胞	数字病理学	慢性疲劳综合征	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	4名慢性疲劳综合征患者和4名健康对照
440	2024-10-15	Single-cell RNA transcriptomic analyses of tumor microenvironment of ovarian metastasis in gastric cancer 2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-00974-2 PMID:39162990	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了胃癌卵巢转移的肿瘤微环境	首次综合分析了胃癌卵巢转移的免疫微环境，并识别了与转移相关的特定细胞类型和基因特征	样本量较小，仅分析了两对临床样本	揭示胃癌卵巢转移的免疫微环境，促进新治疗策略的发现	胃癌卵巢转移的肿瘤微环境	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两对临床样本