单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 668 篇文献，本页显示第 421 - 440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2024-10-16 |
Establish a novel immune-related gene prognostic risk index (IRGPRI) associated with CD8+ cytotoxic T lymphocytes in non-small-cell lung cancer (NSCLC)
2024-Oct-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38324
PMID:39397989
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研究论文 | 本研究旨在建立一个与非小细胞肺癌（NSCLC）中CD8+细胞毒性T淋巴细胞相关的免疫相关基因预后风险指数（IRGPRI），用于预测患者的预后和评估免疫检查点抑制剂（ICIs）治疗的疗效 | 本研究创新性地利用单细胞RNA测序技术识别CD8+细胞毒性T淋巴细胞与其他细胞类型的差异表达基因，并通过LASSO Cox回归分析构建IRGPRI | NA | 建立一个能够预测非小细胞肺癌患者预后和评估免疫检查点抑制剂治疗疗效的免疫相关基因预后风险指数 | 非小细胞肺癌患者及其CD8+细胞毒性T淋巴细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO Cox回归分析 | 基因表达数据 | 109个基因，7个预后相关基因，GSE131907数据集 |
| 422 | 2024-10-16 |
Breast Cancer Disseminated Tumor Cells: Do They Stay and Fight or Run and Hide?
2024-Oct-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2408
PMID:39402990
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研究论文 | 研究乳腺癌早期扩散的肿瘤细胞在免疫系统中的作用 | 探讨了NK细胞在乳腺癌早期扩散和休眠中的作用，并提出了STING通路和转录因子Sox2、Bach1的机制 | 需要进一步研究不同免疫类型在休眠和复发中的具体机制和重要性 | 探讨乳腺癌早期扩散的肿瘤细胞在免疫系统中的作用及其机制 | 乳腺癌早期扩散的肿瘤细胞和NK细胞 | 癌症研究 | 乳腺癌 | 单细胞基因组学和空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 423 | 2024-10-16 |
SCG2 Mediates HNSCC Progression With CCL2/TGFβ1high M2 Macrophage Infiltration
2024-Oct-15, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.15154
PMID:39404611
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研究论文 | 研究探讨了M2巨噬细胞在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的极化机制，并识别了潜在的治疗靶点 | 发现了SCG2在HNSCC中调节M2巨噬细胞极化的关键作用，并揭示了其通过影响CCL2和TGFβ1的分泌来影响肿瘤进展 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证 | 揭示M2巨噬细胞在HNSCC中的极化机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的M2巨噬细胞极化 | NA | 头颈部鳞状细胞癌 | 生物信息学分析 | NA | 转录组数据 | 使用了来自TCGA和GEO数据库的HNSCC大量转录组数据，以及单细胞转录组数据和体外实验样本 |
| 424 | 2024-10-16 |
MitoSort: Robust Demultiplexing of Pooled Single-cell Genomics Data Using Endogenous Mitochondrial Variants
2024-Oct-15, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae073
PMID:39404807
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MitoSort的工具，利用线粒体基因组变异来对混合单细胞基因组数据进行去复用 | 提出了一种利用线粒体基因组变异进行样本去复用的新方法，适用于scATAC-seq等无法有效覆盖核基因组区域的单细胞测序技术 | MitoSort的适用性依赖于线粒体变异的可靠检测，可能不适用于所有单细胞测序方法 | 开发一种高效、准确的单细胞基因组数据去复用工具 | 混合单细胞基因组数据的去复用 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞测序技术（scRNA-seq, scATAC-seq） | NA | 基因组数据 | 包括来自八个供体的B细胞样本 |
| 425 | 2024-10-16 |
Pathogenesis of Germinal Matrix Hemorrhage: Insights from Single-Cell Transcriptomics
2024-Oct-14, Annual review of pathology
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组学在揭示产前人脑室下带出血发病机制中的最新进展 | 揭示了神经发生和血管生成的新机制，以及免疫-血管相互作用在促进血管形态发生中的关键作用 | NA | 探讨产前人脑室下带出血的发病机制及潜在治疗干预措施 | 产前人脑的室下带及其神经发生和血管生成过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | NA |
| 426 | 2024-10-16 |
Targeting HPV for the prevention, diagnosis, and treatment of Cervical Cancer
2024-Oct-14, Journal of molecular cell biology
IF:5.3Q2
DOI:10.1093/jmcb/mjae046
PMID:39402008
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综述 | 本文综述了HPV在宫颈癌预防、诊断和治疗中的关键作用 | 整合HPV检测与现有筛查方法，如宫颈细胞学和视觉检查，提高了宫颈癌筛查的敏感性和特异性 | NA | 探讨HPV在宫颈癌预防、诊断和治疗中的最新进展 | HPV感染及其相关生物标志物在宫颈癌中的作用 | NA | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 427 | 2024-10-16 |
Sandwich Therapy with Radionuclide Combined with Intralesional Injections Based on Differences in the Spatial Structure Components of Keloids
2024-Oct-14, Aesthetic plastic surgery
IF:2.0Q2
DOI:10.1007/s00266-024-04442-y
PMID:39402198
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研究论文 | 本文设计了一种基于瘢痕组织空间结构成分差异的改良“三明治”疗法，结合放射性核素和皮损内注射治疗瘢痕疙瘩 | 本文的创新点在于基于瘢痕组织空间分布模式设计了一种改良的“三明治”疗法，结合放射性核素和皮损内注射，以减少并发症的发生 | 本文的局限性在于样本量较小，仅包括40名患者和41个瘢痕疙瘩部位，需要进一步的大规模临床试验验证 | 研究目的是设计一种改良的治疗方法，减少瘢痕疙瘩治疗中的并发症 | 研究对象是瘢痕疙瘩及其治疗方法 | NA | 瘢痕疙瘩 | 单细胞测序分析、超声、病理染色 | NA | 细胞基因表达数据、超声图像、病理染色结果 | 40名患者，41个瘢痕疙瘩部位 |
| 428 | 2024-10-16 |
Spatial multiomics atlas reveals smooth muscle phenotypic transformation and metabolic reprogramming in diabetic macroangiopathy
2024-Oct-12, Cardiovascular diabetology
IF:8.5Q1
DOI:10.1186/s12933-024-02458-x
PMID:39395983
|
研究论文 | 本研究构建了糖尿病大血管病变的空间多组学图谱，揭示了平滑肌细胞表型转化和代谢重编程的分子机制 | 首次构建了前胫动脉的全基因-代谢图谱，揭示了糖尿病大血管病变中血管钙化的特征、平滑肌细胞的表型转化趋势及其转录驱动网络 | NA | 探索糖尿病大血管病变中平滑肌细胞转化和代谢重编程的机制 | 糖尿病患者的前胫动脉 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞转录组测序、空间转录组测序和空间代谢组测序 | NA | 转录组数据、代谢组数据 | 11名糖尿病患者的截肢前胫动脉样本 |
| 429 | 2024-10-16 |
Differential transcriptomic host responses in the early phase of viral and bacterial infections in human lung tissue explants ex vivo
2024-Oct-12, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-024-02988-8
PMID:39395995
|
研究论文 | 研究了人类肺组织体外培养物在病毒和细菌感染早期阶段的转录组差异反应 | 首次使用RNA测序技术研究了人类肺组织体外培养物在流感病毒A、BCG和铜绿假单胞菌感染早期阶段的转录组变化 | 研究仅限于体外培养的肺组织，无法完全模拟自然感染环境 | 探讨人类肺组织在病毒和细菌感染早期阶段的转录组反应差异 | 人类肺组织体外培养物在流感病毒A、BCG和铜绿假单胞菌感染早期阶段的转录组变化 | 基因组学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 来自肺气肿患者的肺组织体外培养物 |
| 430 | 2024-10-16 |
Best practices for differential accessibility analysis in single-cell epigenomics
2024-Oct-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53089-5
PMID:39394227
|
研究论文 | 本文系统评估了用于识别单细胞ATAC-seq数据中差异可及性区域的统计方法 | 本文通过系统评估多种统计方法，提出了单细胞ATAC-seq数据分析的最佳实践，并开发了相应的R包 | 本文主要关注单细胞ATAC-seq数据的差异可及性分析，未涵盖其他类型的单细胞数据 | 评估和确定单细胞ATAC-seq数据差异可及性分析的最佳统计方法 | 单细胞ATAC-seq数据及其匹配的bulk ATAC-seq或scRNA-seq数据 | 单细胞组学 | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | 单细胞数据 | 多个scATAC-seq实验及其匹配的bulk ATAC-seq或scRNA-seq数据 |
| 431 | 2024-10-16 |
Resting natural killer cells promote the progress of colon cancer liver metastasis by elevating tumor-derived stem cell factor
2024-Oct-10, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97201
PMID:39387546
|
研究论文 | 研究了自然杀伤细胞在结直肠癌肝转移中的作用及其与肿瘤微环境的关系 | 首次揭示了GZMK+静息状态的自然杀伤细胞在肿瘤组织中的显著增加，并发现其在肿瘤区域中的富集与较差的预后相关 | 研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证 | 探讨自然杀伤细胞在结直肠癌肝转移中的临床相关性和细胞作用 | 自然杀伤细胞在结直肠癌肝转移中的生物学特性和功能 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序 | NA | RNA | 涉及结直肠癌和肝转移癌的肿瘤组织样本 |
| 432 | 2024-10-16 |
Multidimensional profiling of human T cells reveals high CD38 expression, marking recent thymic emigrants and age-related naive T cell remodeling
2024-Oct-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.08.019
PMID:39321807
|
研究论文 | 研究分析了人类T细胞的多维特征，揭示了CD38高表达标记了最近胸腺移植物和与年龄相关的幼稚T细胞重塑 | 通过单细胞RNA-seq/ATAC-seq数据分析，确定了SOX4、IKZF2和TOX以及CD38蛋白表达作为人类RTEs的精确标记 | NA | 研究胸腺退化对人类免疫衰老的影响，特别是最近胸腺移植物（RTE）幼稚T细胞的减少 | 人类T细胞，特别是最近胸腺移植物（RTE）和成熟T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序（RNA-seq）和ATAC测序 | NA | 单细胞RNA数据和蛋白质表达数据 | 158名个体 |
| 433 | 2024-10-16 |
Detecting Rhythmic Gene Expression in Single-cell Transcriptomics
2024-Oct-08, Journal of biological rhythms
IF:2.9Q2
DOI:10.1177/07487304241273182
PMID:39377613
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研究论文 | 本文研究了在单细胞转录组数据中检测节律基因表达的方法 | 提出了结合子采样和谐波回归的高效策略来检测单细胞数据中的昼夜节律基因 | 尚未完全解决如何将现有的节律检测算法适应于单细胞RNA测序数据的问题 | 探讨如何将现有的节律检测方法适应于单细胞RNA测序数据，并提出新的检测策略 | 单细胞转录组数据中的昼夜节律基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 谐波回归 | 转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 434 | 2024-10-16 |
Multiomic single-cell sequencing defines tissue-specific responses in Stevens-Johnson syndrome and toxic epidermal necrolysis
2024-Oct-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52990-3
PMID:39379371
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研究论文 | 本文通过多组学单细胞测序技术，研究了Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症（SJS/TEN）患者的皮肤组织特异性反应 | 首次在单细胞水平上综合分析了SJS/TEN患者的转录组、表面蛋白质组和T细胞受体，揭示了细胞免疫发病机制中的关键细胞和分子 | 研究样本量较小，仅涉及15名患者，可能影响结果的普适性 | 探讨SJS/TEN的细胞免疫发病机制，并寻找潜在的治疗靶点 | SJS/TEN患者的未受影响皮肤、受影响皮肤和水肿液中的细胞 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞转录组测序、表面蛋白质组测序、T细胞受体测序 | NA | 单细胞数据 | 15名SJS/TEN患者，共109,888个细胞 |
| 435 | 2024-10-16 |
Visualizing scRNA-Seq data at population scale with GloScope
2024-Oct-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03398-1
PMID:39380041
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研究论文 | 本文提出了一种名为GloScope的框架，用于在群体规模上可视化和分析scRNA-Seq数据 | GloScope框架能够有效地处理样本间的变异，支持样本级别的可视化和质量控制评估 | NA | 开发一种新的生物信息学方法，用于在群体规模上分析scRNA-Seq数据 | scRNA-Seq数据及其在不同样本中的变异 | 生物信息学 | NA | scRNA-Seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 12到300个样本 |
| 436 | 2024-10-16 |
CD4+ T cells reactive to a hybrid peptide from insulin-chromogranin A adopt a distinct effector fate and are pathogenic in autoimmune diabetes
2024-Oct-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.07.024
PMID:39214091
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研究论文 | 研究了CD4 T细胞对胰岛素-嗜铬粒蛋白A杂合肽的反应及其在自身免疫性糖尿病中的致病性 | 揭示了胰岛素-嗜铬粒蛋白A杂合肽特异性CD4 T细胞具有独特的Th1效应表型，并且在转移后具有独特的致病性 | NA | 探讨CD4 T细胞对不同胰岛素衍生表位的反应及其在糖尿病发病中的动态和致病性 | 非肥胖糖尿病小鼠中的CD4 T细胞 | 免疫学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 437 | 2024-10-16 |
CRIP1 regulates osteogenic differentiation of bone marrow stromal cells and pre-osteoblasts via the Wnt signaling pathway
2024-10-01, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150277
PMID:38936225
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研究论文 | 研究CRIP1通过Wnt信号通路调控骨髓间充质干细胞和前成骨细胞的成骨分化 | 揭示了CRIP1在调控骨髓间充质干细胞成骨分化中的新作用，并通过Wnt信号通路增强成骨分化 | NA | 探索骨髓间充质干细胞分化调控机制，为骨质疏松症的治疗提供新思路 | 骨髓间充质干细胞和前成骨细胞 | NA | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 从接受全髋关节置换术的患者中收集的股骨头骨髓细胞 |
| 438 | 2024-10-16 |
Single-cell transcriptome atlas revealed bronchoalveolar immune features related to disease severity in pediatric Mycoplasma pneumoniae pneumonia
2024-Oct, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.748
PMID:39399649
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了支气管肺泡灌洗液样本中的免疫特征，揭示了轻度和重度肺炎患者之间的免疫差异 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了轻度和重度肺炎患者的支气管肺泡灌洗液免疫景观，揭示了不同疾病严重程度下的免疫特征 | 研究样本量有限，且仅限于儿童肺炎患者，可能影响结果的普适性 | 探讨轻度肺炎的保护性免疫机制和重度肺炎的病理机制 | 支气管肺泡灌洗液样本中的免疫细胞 | 数字病理学 | 肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 13名健康捐赠者和24名住院的儿童肺炎患者 |
| 439 | 2024-10-15 |
Network Medicine Approach Unravels Endophenotype Signature in Alzheimer's Disease through Large-Scale Comparative Proteomics Analysis: Vascular Dysfunction as a Prime Example
2024-Oct-14, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.4c01344
PMID:39322987
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研究论文 | 研究通过大规模比较蛋白质组学分析，揭示了阿尔茨海默病中的内表型特征，特别是血管功能障碍 | 提出了基于网络的框架来识别阿尔茨海默病病理内表型的蛋白质特征，并发现了新的生物标志物候选者 | NA | 揭示阿尔茨海默病中的内表型特征 | 阿尔茨海默病患者的蛋白质特征 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 蛋白质组学分析 | NA | 蛋白质数据 | 23个蛋白质数据集，包括阿尔茨海默病患者和转基因小鼠模型 |
| 440 | 2024-10-15 |
Microfluidic Chip-Based Automatic System for Sequencing Patient-Derived Organoids at the Single-Cell Level
2024-Oct-14, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.4c05111
PMID:39399894
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研究论文 | 本文介绍了一种基于微流控芯片的自动化系统，用于在单细胞水平上对患者来源的类器官进行测序 | 该研究提出了一种名为MASSO的微流控芯片自动化系统，能够在单细胞水平上高效处理临床组织样本来源的类器官，避免了珍贵类器官的损失，并确保了单细胞全基因组扩增的高质量 | NA | 旨在提高癌症精准医学中患者来源类器官的单细胞测序效率 | 患者来源的类器官（PDOs） | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 单细胞水平 |