单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
401	2024-10-17	Exposure to PFOA, PFOS, and PFHxS induces Alzheimer's disease-like neuropathology in cerebral organoids 2024-Oct-09, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2024.125098 PMID:39389246	研究论文	研究探讨了全氟烷基物质（PFASs）暴露对大脑类器官的神经毒性影响	首次使用单细胞RNA测序和大脑类器官模型，揭示了PFASs暴露与阿尔茨海默病样神经病理学之间的关联	研究仅限于体外模型，需要进一步的体内实验验证	探究PFASs暴露对人类长期神经健康的影响	大脑类器官和单细胞RNA测序数据	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA	大脑类器官暴露于不同浓度的PFAS混合物，持续35天，并在第70天进行后续分析
402	2024-10-17	Bulk integrated single-cell-spatial transcriptomics reveals the impact of preoperative chemotherapy on cancer-associated fibroblasts and tumor cells in colorectal cancer, and construction of related predictive models using machine learning 2024-10-05, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167535 PMID:39374811	研究论文	研究探讨了术前化疗对结直肠癌中成纤维细胞和上皮细胞生物学功能的影响，并构建了相关的预测模型	首次识别了与术前化疗相关的三个细胞亚群（NOTCH3+成纤维细胞、TNNT1+上皮细胞和HSPA1A+上皮细胞），并构建了术前化疗风险签名模型（PCRSM），该模型在结直肠癌的预后和治疗中显示出潜力	NA	探讨术前化疗对结直肠癌中成纤维细胞和上皮细胞的影响，并构建预测模型以改善患者预后	结直肠癌中的成纤维细胞和上皮细胞	数字病理学	结直肠癌	转录组测序	机器学习	转录组数据	22个独立结直肠癌队列的数据
403	2024-10-17	Mechanism exploration and model construction for small cell transformation in EGFR-mutant lung adenocarcinomas 2024-Oct-02, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01981-3 PMID:39353908	研究论文	研究探索了EGFR突变型肺腺癌中向小细胞肺癌转化的机制，并构建了一个预测模型	首次通过转录组分析和多重免疫荧光技术揭示了EGFR-TKI治疗后肺腺癌向小细胞肺癌转化的潜在分子机制，并构建了一个高灵敏度和特异性的预测模型	研究样本量较小，且仅限于EGFR突变型肺腺癌，可能限制了结果的普适性	探索EGFR突变型肺腺癌中向小细胞肺癌转化的分子机制，并开发预测模型	EGFR-TKI治疗前后的肺腺癌和小细胞肺癌样本	数字病理学	肺癌	转录组分析、空间转录组学、多重免疫荧光	预测模型	转录组数据、免疫荧光图像	包括LUAD-NT、SCLC-P、LUAD-BT和SCLC-AT的多个样本
404	2024-10-17	Exploring the impact of PDGFD in osteosarcoma metastasis through single-cell sequencing analysis 2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-00949-3 PMID:38652223	研究论文	通过单细胞RNA测序分析探索PDGFD在骨肉瘤转移中的影响	使用单细胞RNA测序技术验证了非转移性和转移性骨肉瘤之间的差异表达基因和信号通路，揭示了PDGFD在抑制骨肉瘤转移中的作用	研究主要集中在PDGFD和PDGFRB的表达和功能上，未全面探讨其他潜在的转移机制	验证非转移性和转移性骨肉瘤之间的差异表达基因和信号通路，以增强对转移机制的理解并揭示潜在的治疗靶点	非转移性和转移性骨肉瘤的基因表达和信号通路	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两个原发性骨肉瘤病变（1个非转移性和1个转移性）
405	2024-10-17	Machine-learning and scRNA-Seq-based diagnostic and prognostic models illustrating survival and therapy response of lung adenocarcinoma 2024-Oct, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00289-0 PMID:39075270	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据开发了用于诊断和预测肺腺癌生存和治疗反应的机器学习模型	本研究通过随机森林算法和Cox回归模型开发了高度准确的诊断和预后模型，并验证了其在独立队列中的有效性	NA	开发用于肺腺癌诊断和预后的高精度机器学习模型	肺腺癌的诊断和预后	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	随机森林算法, Cox回归模型	基因表达数据	NA
406	2024-10-17	Exponential family measurement error models for single-cell CRISPR screens 2024-Oct-01, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxae010 PMID:38649751	研究论文	本文介绍了一种新的单细胞CRISPR筛选分析方法GLM-EIV，用于解决现有方法中的偏差问题	提出了GLM-EIV方法，扩展了经典的误差变量模型，适用于指数族分布的响应和噪声预测变量，并可能受到相同混杂变量的影响	NA	开发一种新的统计方法来分析单细胞CRISPR筛选数据，以克服现有方法的局限性	单细胞CRISPR筛选数据	生物信息学	NA	CRISPR, 单细胞RNA测序	GLM-EIV	基因表达数据	两个大规模的单细胞CRISPR筛选数据集
407	2024-10-17	Osteocyte ferroptosis induced by ATF3/TFR1 contributes to cortical bone loss during ageing 2024-Oct, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13657 PMID:38764128	研究论文	研究揭示了激活转录因子3（ATF3）通过调节铁摄取和脂质过氧化，诱导成骨细胞铁死亡，从而导致老年皮质骨丢失	首次揭示了ATF3在老年成骨细胞铁死亡中的关键作用，并提出了通过抑制ATF3来缓解老年皮质骨丢失的治疗策略	研究主要在老年小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨老年皮质骨丢失的机制，并寻找潜在的治疗策略	老年小鼠的皮质骨和成骨细胞	NA	骨质疏松症	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	老年小鼠
408	2024-10-17	Autoimmunity Against Surfactant Protein B Is Associated with Pneumonitis During Checkpoint Blockade 2024-Oct-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202311-2136OC PMID:38626354	研究论文	研究探讨了自体抗体和自反应T细胞对表面活性蛋白B在免疫检查点抑制剂相关肺炎发展中的作用	首次揭示了表面活性蛋白B特异性免疫球蛋白G自体抗体和CD4 T细胞的共存与免疫检查点抑制剂治疗期间肺炎发展的关联	研究样本量有限，需要进一步验证和扩大样本以确认结果的普适性	探究自体抗体和自反应T细胞在免疫检查点抑制剂相关肺炎发展中的作用	非小细胞肺癌和黑色素瘤患者	免疫学	肺癌	蛋白质组学分析、T细胞刺激试验、单细胞RNA测序	NA	血液样本	包括非小细胞肺癌和黑色素瘤患者的两组队列
409	2024-10-17	Epigenetic reprogramming of CAR T cells for in vivo functional persistence against solid tumors 2024-Oct, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00262-x PMID:38388813	研究论文	研究通过基因破坏人源CAR T细胞中的SUV39H1，增强其在实体肿瘤中的功能持久性	通过基因破坏SUV39H1，实现CAR T细胞的表观遗传重编程，增强其在实体肿瘤中的功能持久性	NA	增强CAR T细胞在实体肿瘤患者中的治疗效果	人源CAR T细胞和SUV39H1基因	数字病理学	实体肿瘤	单细胞转录组测序（scRNA-seq）和染色质可及性测序（scATAC-seq）	NA	单细胞转录组数据和染色质可及性数据	NA
410	2024-10-17	Disrupting YAP1-mediated glutamine metabolism induces synthetic lethality alongside ODC1 inhibition in osteosarcoma 2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-00967-1 PMID:39115605	研究论文	研究通过干扰YAP1介导的谷氨酰胺代谢，增强DFMO在骨肉瘤中的疗效	揭示了YAP1介导的谷氨酰胺代谢在DFMO抗性中的关键作用，并提出了DFMO与YAP1抑制剂CIL56联合治疗的新策略	NA	探索骨肉瘤的新治疗靶点，特别是针对转移性和复发性骨肉瘤	骨肉瘤细胞及其代谢途径	数字病理学	骨肉瘤	RNA测序、代谢组学、免疫荧光染色、CCK-8检测、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、转录组数据、代谢数据	包括MTAP缺失的骨肉瘤患者样本、复发和非复发患者组织样本、PDX和CDX模型
411	2024-10-17	Evaluation of single-cell sorting accuracy using antibody-derived tag-based qPCR 2024-Oct, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology DOI:10.1002/cyto.a.24888 PMID:39132928	研究论文	本文开发了一种基于抗体衍生标签（ADT）的qPCR方法，用于评估单细胞分选的准确性并表征单细胞水平的蛋白质表达	本文开发了一种新的检测方法，通过使用ADT和荧光抗体共染色细胞，并利用多重TaqMan™ qPCR放大ADT试剂的寡核苷酸，作为蛋白质表达的替代信号，从而确认单细胞分选的准确性	NA	开发一种新的方法来评估单细胞分选的准确性并表征单细胞水平的蛋白质表达	单细胞分选的准确性和单细胞水平的蛋白质表达	NA	NA	qPCR	NA	蛋白质表达数据	少量细胞
412	2024-10-17	Integrated analysis reveals NLRC4 as a potential biomarker in sepsis pathogenesis 2024-Oct, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00293-4 PMID:39181981	研究论文	本文通过综合分析揭示了NLRC4作为脓毒症发病机制中的潜在生物标志物	本文首次通过综合分析方法，包括bulk RNA测序、单细胞RNA测序和酶联免疫吸附测定（ELISA），揭示了NLRC4在脓毒症中的高表达，并验证了其在脓毒症诊断和治疗中的潜在作用	本文的局限性在于样本量较小，且未进行临床验证	研究脓毒症免疫反应的分子机制，并寻找潜在的生物标志物	脓毒症患者和健康个体的基因表达差异	生物信息学	脓毒症	RNA测序、酶联免疫吸附测定（ELISA）	NA	基因表达数据	脓毒症患者和健康个体的样本
413	2024-10-17	Integrated analyses reveal CST7 and DUSP5 regulate Th2 cells differentiation to promote chronic HBV infection 2024-Oct, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00296-1 PMID:39237681	研究论文	本研究通过综合分析揭示了CST7和DUSP5在调节Th2细胞分化以促进慢性HBV感染中的作用	首次揭示了CST7和DUSP5在慢性HBV感染中的关键作用，并阐明了它们通过调节Th2细胞分化来促进疾病进展的机制	研究主要基于bulk表达数据和scRNA-seq数据，缺乏体内实验验证	探讨HBV感染与宿主免疫系统之间的复杂相互作用，特别是Th2细胞分化在慢性HBV感染中的作用	慢性HBV感染患者的肝脏组织和Th2细胞	免疫学	肝炎	scRNA-seq	NA	基因表达数据	包括来自GSE83148和GSE84044的bulk表达数据，以及来自GSE182159的scRNA-seq数据
414	2024-10-17	Gene inactivation of lysyl oxidase in smooth muscle cells reduces atherosclerosis burden and plaque calcification in hyperlipidemic mice 2024-10, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2024.118582 PMID:39260002	研究论文	研究了在平滑肌细胞中敲除赖氨酰氧化酶基因对高脂血症小鼠动脉粥样硬化和斑块钙化的影响	首次探讨了赖氨酰氧化酶在平滑肌细胞中的基因敲除对动脉粥样硬化和斑块钙化的保护作用	研究仅限于高脂血症小鼠模型，未涉及其他动物模型或人类样本	探讨赖氨酰氧化酶在平滑肌细胞中的作用及其对动脉粥样硬化和斑块钙化的影响	高脂血症小鼠的平滑肌细胞和动脉粥样硬化斑块	心血管疾病	心血管疾病	基因敲除技术	NA	RNA测序和免疫荧光	高脂血症条件性敲除小鼠和对照小鼠
415	2024-10-17	A protocol for time-resolved transcriptomics through metabolic labeling and combinatorial indexing 2024-Oct-01, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103356 PMID:39356643	研究论文	本文介绍了一种通过代谢标记和组合索引进行时间分辨转录组学的优化协议	提出了一个自动化友好的协议，结合代谢标记和单细胞RNA测序，通过组合索引捕获单细胞水平的时间信息	NA	研究基因表达的动态变化	单细胞RNA的时间分辨转录组学	基因组学	NA	代谢标记（4-thiouridine，4sU）和单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
416	2024-10-17	FANCD2 as a ferroptosis-related target for recurrent implantation failure by integrated bioinformatics and Mendelian randomization analysis 2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70119 PMID:39400935	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析和孟德尔随机化分析，探讨了FANCD2作为反复植入失败（RIF）相关铁死亡靶点的表达和意义	本研究首次通过整合生物信息学和孟德尔随机化分析，揭示了FANCD2在RIF中的保护作用，并提出了个性化治疗策略	本研究主要基于生物信息学分析和孟德尔随机化分析，缺乏体内实验验证	探讨FANCD2在反复植入失败中的作用及其作为治疗靶点的潜力	反复植入失败患者和健康个体中的铁死亡相关基因	生物信息学	生殖系统疾病	孟德尔随机化分析	机器学习模型	基因表达数据	484个铁死亡相关基因和515个差异表达基因的交集，以及反复植入失败患者和健康个体的单细胞RNA测序数据
417	2024-10-16	CD74+ fibroblasts proliferate upon mechanical stretching to promote angiogenesis in keloids 2024-Oct-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401302R PMID:39400419	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了CD74+成纤维细胞在机械拉伸下促进瘢痕疙瘩血管生成的机制	首次发现CD74+成纤维细胞在机械拉伸下具有促血管生成和增殖能力，是瘢痕疙瘩进展的关键因素	仅在体外实验中验证了CD74+成纤维细胞的功能，缺乏体内实验验证	探讨机械拉伸下瘢痕疙瘩进展的细胞机制	CD74+成纤维细胞在瘢痕疙瘩中的作用	NA	瘢痕疙瘩	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个瘢痕疙瘩样本
418	2024-10-16	Tumor-Secreted Extracellular Vesicles Counteract Therapy Response by Triggering Inflammatory Mesenchymal Stem Cell Development 2024-Oct-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-4097 PMID:39115426	研究论文	本文研究了肿瘤分泌的细胞外囊泡通过触发炎症性间充质干细胞的发育来对抗治疗反应的机制	首次揭示了肿瘤分泌的细胞外囊泡触发炎症性间充质干细胞的发育，并提出了通过阻断下游通路来克服药物抵抗的策略	研究主要基于小鼠模型和患者样本的单细胞RNA测序数据，需要进一步的临床验证	探讨骨癌治疗中药物抵抗的微环境因素，并寻找克服这种抵抗的策略	炎症性间充质干细胞及其在骨癌治疗中的作用	数字病理学	骨癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括骨癌和多发性骨髓瘤患者的活检样本以及小鼠模型
419	2024-10-16	Single-cell RNA sequencing reveals heterogeneity of ALI model and epithelial cell alterations after exposure to electronic cigarette aerosol 2024-Oct-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38552 PMID:39397927	研究论文	研究使用单细胞RNA测序揭示了电子烟气溶胶暴露后ALI模型和人支气管上皮细胞的异质性及上皮细胞的改变	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了电子烟气溶胶对人类支气管上皮细胞的转录异质性和细胞类型特异性反应	研究仅限于急性暴露后的短期效应，未探讨长期暴露的影响	探讨电子烟气溶胶对支气管上皮细胞的影响及其潜在机制	人支气管上皮细胞（ALI-HBE）及其在电子烟气溶胶暴露后的转录变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多种细胞类型，包括基底细胞、纤毛细胞和分泌细胞
420	2024-10-16	Prognostic modeling and Emerging therapeutic targets Unveiled through single-cell sequencing in esophageal squamous Cell carcinoma 2024-Oct-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38078 PMID:39397956	研究论文	研究通过单细胞测序揭示食管鳞状细胞癌中的预后模型和新治疗靶点	首次通过单细胞转录组测序结合机器学习技术，开发出区分恶性与非恶性细胞的模型，并发现IGFBP2作为潜在的生物标志物和治疗靶点	研究样本量较小，仅涉及10名患者，可能影响结果的普适性	寻找食管鳞状细胞癌的新诊断和预测生物标志物，以改善治疗效果	食管鳞状细胞癌的恶性细胞和非恶性细胞	数字病理学	食管癌	单细胞转录组测序	机器学习模型	基因表达数据	128,688个细胞，来自10名患者