单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 615 篇文献，本页显示第 381 - 400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2024-10-19 |
Characterization of Ucp1-iCre knockin mice reveals the recombination activity in male germ cells
2024-Oct-01, American journal of physiology. Endocrinology and metabolism
DOI:10.1152/ajpendo.00128.2024
PMID:39230395
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研究论文 | 本文研究了Ucp1-iCre敲入小鼠的Cre重组活性，特别是在雄性生殖细胞中的表现 | 通过靶向插入IRES-Cre盒，生成了Ucp1-iCre小鼠，减少了Cre在非脂肪组织中的异位活性 | Ucp1-iCre小鼠在某些组织中仍表现出有限的Cre活性，需要谨慎进行小鼠交配和基因分型 | 验证Ucp1-iCre敲入小鼠在脂肪组织中的特异性基因操作能力 | Ucp1-iCre敲入小鼠及其在脂肪组织和生殖细胞中的Cre重组活性 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 涉及Ucp1-iCre小鼠和Rosa-tdTomato报告小鼠的杂交后代 |
| 382 | 2024-10-19 |
vSPACE: exploring virtual spatial representation of articular chondrocytes at the single-cell level
2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae568
PMID:39363499
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研究论文 | vSPACE是一个基于网络的应用程序，通过模拟空间转录组技术，以虚拟方式展示人类关节软骨细胞的单细胞RNA测序数据的空间表达模式 | vSPACE通过虚拟二维图展示人类关节软骨细胞的基因表达模式，揭示了科学家可以理解的沿区域轴的推断空间分布模式 | NA | 探索关节软骨细胞在单细胞水平上的虚拟空间表达模式 | 人类关节软骨细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 383 | 2024-10-19 |
Integrated analysis of bulk and single-cell RNA-seq data reveals cell differentiation-related subtypes and a scoring system in bladder cancer
2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70111
PMID:39400959
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研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，揭示了膀胱癌中与细胞分化相关的分子亚型及其预后意义 | 首次探索了与细胞分化相关基因（CDR）相关的分子亚型及其预后影响，并开发了CDR评分系统 | NA | 揭示膀胱癌中与细胞分化相关的分子亚型及其预后意义 | 膀胱癌患者及其分子亚型 | 数字病理学 | 膀胱癌 | RNA测序 | Lasso回归和Cox回归 | 单细胞RNA测序数据 | 两个GEO单细胞数据集 |
| 384 | 2024-10-18 |
A regulatory variant rs9379874 in T1D risk region 6p22.2 affects BTN3A1 expression regulating T cell function
2024-Oct-17, Acta diabetologica
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s00592-024-02389-9
PMID:39417845
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研究论文 | 研究揭示了6p22.2区域中的调控变异rs9379874通过影响BTN3A1表达来调节T细胞功能，从而与1型糖尿病（T1D）风险相关 | 发现了rs9379874变异通过FOXA1结合增加BTN3A1表达，扩展了T1D风险的基因组图谱，并提供了潜在的治疗靶点 | 研究未发现该变异与胰岛功能或自身免疫的显著关联 | 揭示6p22.2区域与T1D亚型及相关临床特征的关联，并识别该区域的因果变异和目标基因 | 6p22.2区域中的基因变异与T1D风险的关系 | NA | 糖尿病 | 全基因组关联研究（GWAS）、双荧光素酶报告基因检测、表达数量性状位点（eQTL）分析 | NA | 基因型数据、单细胞RNA测序数据 | 2608例T1D患者和4814例健康对照 |
| 385 | 2024-10-18 |
Integrating bulk and single-cell transcriptomics to elucidate the role and potential mechanisms of autophagy in aging tissue
2024-Oct-16, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00996-w
PMID:39414741
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研究论文 | 研究通过整合bulk和单细胞转录组数据，揭示了自噬在衰老组织中的作用及其潜在机制 | 首次通过整合大量bulk RNA-seq和单细胞测序数据，揭示了血液组织中自噬与衰老的最高正相关性，并发现了经典单核细胞在衰老过程中的关键作用 | 研究主要集中在血液组织和急性髓系白血病，其他组织和疾病的相关性未被探讨 | 识别与自噬和衰老最相关的组织，并探索自噬在衰老组织微环境中的功能和机制 | 正常组织样本、不同年龄的血液样本、急性髓系白血病的bulk RNA-seq和单细胞数据 | 生物信息学 | 血液疾病 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 超过7000个正常组织样本、2000多个急性髓系白血病bulk RNA-seq样本和多组AML单细胞数据 |
| 386 | 2024-10-18 |
Cross-tissue human fibroblast atlas reveals myofibroblast subtypes with distinct roles in immune modulation
2024-Oct-14, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.08.020
PMID:39303725
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析了来自517个人类样本的纤维母细胞，揭示了不同亚型在免疫调节中的独特作用 | 识别了四种转录上不同的肌纤维母细胞亚群，并揭示了它们在肿瘤微环境中的不同功能 | NA | 深入理解纤维母细胞生物学，并探索针对特定纤维母细胞亚群的癌症治疗策略 | 人类纤维母细胞及其在不同组织和病理状态下的亚型 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 517个人类样本，涵盖11种组织类型和多种病理状态 |
| 387 | 2024-10-18 |
Coagulation factor X promotes resistance to androgen-deprivation therapy in prostate cancer
2024-Oct-14, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.08.018
PMID:39303726
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研究论文 | 研究探讨了凝血因子X在前列腺癌中促进对雄激素剥夺疗法抵抗的作用 | 首次揭示了免疫抑制性中性粒细胞（PMN-MDSCs）是凝血因子X的关键非肝源性来源，并阐明了其在肿瘤微环境中通过激活PAR2和ERK1/2促进肿瘤生长的机制 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类患者中验证 | 探讨凝血因子X在前列腺癌中的作用及其对雄激素剥夺疗法的影响 | 前列腺癌、免疫抑制性中性粒细胞（PMN-MDSCs）、凝血因子X | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 小鼠模型中的前列腺肿瘤微环境样本 |
| 388 | 2024-10-18 |
Single-cell transcriptomic profiling uncovers cellular complexity and microenvironment in gastric tumorigenesis associated with Helicobacter pylori
2024-Oct-14, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.10.012
PMID:39414226
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了幽门螺杆菌相关胃癌发生过程中的细胞复杂性和微环境变化 | 首次构建了包含幽门螺杆菌感染和未感染的胃炎、胃肠化生和胃癌样本的单细胞图谱，揭示了不同细胞类型的独特癌症相关表达谱和细胞间通信网络 | 研究仅限于特定样本和数据集，可能无法完全代表所有胃癌病例 | 揭示幽门螺杆菌感染驱动胃癌发生过程中的细胞异质性和分子机制 | 胃炎、胃肠化生和胃癌样本中的单细胞转录组 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 18个胃炎、胃肠化生和胃癌样本 |
| 389 | 2024-10-18 |
Nerve-associated macrophages control adipose homeostasis across lifespan and restrain age-related inflammation
2024-Oct-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.12.618004
PMID:39416197
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研究论文 | 研究探讨了神经相关巨噬细胞在生命周期中控制脂肪稳态的作用，并揭示了其对年龄相关炎症的抑制作用 | 首次定义了生命周期中脂肪组织巨噬细胞的多样性和变化，并发现神经相关巨噬细胞在防止儿茶酚胺抵抗中的关键作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步验证在人类中的适用性 | 探讨脂肪组织巨噬细胞在年龄相关炎症中的作用及其对脂肪稳态的影响 | 脂肪组织巨噬细胞、神经相关巨噬细胞、年龄相关巨噬细胞 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | 小鼠模型 |
| 390 | 2024-10-18 |
Cancer cell-specific PD-L1 expression is a predictor of poor outcome in patients with locally advanced oral cavity squamous cell carcinoma
2024-Oct-02, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009617
PMID:39357980
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研究论文 | 研究探讨了程序性死亡配体1（PD-L1）在局部晚期口腔鳞状细胞癌（OCSCC）中的表达及其对患者预后的影响 | 首次揭示了PD-L1在癌症细胞中的表达对局部晚期OCSCC患者预后的负面影响，并发现PD-L1的表达与免疫细胞无关，而是由复杂的调控网络介导 | 样本量较小，特别是单细胞RNA测序部分仅涉及10个样本 | 研究PD-L1表达在局部晚期口腔鳞状细胞癌中的预后意义及其与免疫微环境的关系 | 局部晚期口腔鳞状细胞癌患者及其肿瘤中的PD-L1表达 | 数字病理学 | 口腔癌 | 多重免疫组化染色、单细胞RNA测序 | NA | 图像、基因表达数据 | 132名局部晚期口腔鳞状细胞癌患者，其中10名患者进行单细胞RNA测序 |
| 391 | 2024-10-18 |
OrganogenesisDB: A Comprehensive Database Exploring the Cell-Type Identities and Gene Expression Dynamics during Organogenesis
2024-Oct, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202301758
PMID:38967205
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为OrganogenesisDB的综合数据库，用于探索器官发生过程中细胞类型身份和基因表达动态 | 开发了一个包含超过140万个细胞的单细胞RNA测序数据的综合数据库，涵盖49个已发表的数据集，并手动整理了3324个细胞标记 | NA | 旨在填补理解器官发生过程中细胞分化和成熟的数据空白 | 器官发生过程中的细胞类型身份和基因表达动态 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过140万个细胞，来自49个已发表的数据集，涵盖9个人类器官和4个老鼠器官 |
| 392 | 2024-10-18 |
Single Nucleus Total RNA Sequencing of Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Gliomas
2024-Oct, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202301801
PMID:38958078
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研究论文 | 开发了一种名为snRandom-seq的高通量单核总RNA测序平台，用于固定石蜡包埋（FFPE）的胶质瘤样本，并分析了17个FFPE样本中的116,492个单核 | 开发了自动化snRandom-seq平台，优化了FFPE样本的单核总RNA测序，适用于广泛的样本类型，并应用于多种胶质瘤亚型的分析 | NA | 研究胶质瘤的分子多样性和进化过程，以推动新治疗方法的发展 | 固定石蜡包埋的胶质瘤样本及其分子特征 | 数字病理学 | 脑癌 | 单核总RNA测序 | NA | RNA | 17个FFPE样本中的116,492个单核 |
| 393 | 2024-10-18 |
Role of TOMM34 on NF-κB activation-related hyperinflammation in severely ill patients with COVID-19 and influenza
2024-Oct, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105343
PMID:39276680
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研究论文 | 研究探讨了TOMM34在COVID-19和流感重症患者中与NF-κB激活相关的过度炎症中的作用 | 首次揭示了TOMM34在病毒感染中通过招募TRAF6促进NEMO的K63连接的多聚泛素化，从而促进NF-κB激活的机制 | NA | 识别驱动NF-κB激活和炎症的未知宿主因子，以开发免疫干预策略 | COVID-19和流感重症患者 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | 健康个体27人，COVID-19重症患者21人，健康个体22人，COVID-19重症患者45人，流感重症患者16人 |
| 394 | 2024-10-18 |
Damping excessive viral-induced IFN-γ rescues the impaired anti-Aspergillus host immune response in influenza-associated pulmonary aspergillosis
2024-Oct, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105347
PMID:39353282
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研究论文 | 研究流感相关肺曲霉病（IAPA）中免疫病理机制，发现过度产生的IFN-γ是主要驱动因素，并探讨了其分子机制和潜在的免疫治疗靶点 | 揭示了流感诱导的IFN-γ过度产生是IAPA中免疫功能障碍的主要驱动因素，并提出了新的免疫治疗靶点 | NA | 揭示流感相关肺曲霉病的免疫病理机制，开发辅助免疫调节疗法 | 流感相关肺曲霉病（IAPA）的免疫病理机制 | NA | 肺曲霉病 | 微计算机断层扫描（μCT）、生物发光成像（BLI）、空间转录组学、免疫荧光染色、功能性吞噬和杀伤试验 | NA | NA | 使用免疫功能正常的鼠模型进行研究 |
| 395 | 2024-10-17 |
Identification of kidney cell types in scRNA-seq and snRNA-seq data using machine learning algorithms
2024-Oct-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38567
PMID:39403515
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研究论文 | 本文研究了使用机器学习算法在scRNA-seq和snRNA-seq数据中识别肾细胞类型的方法 | 本文测试了五种监督分类方法在自动细胞类型注释中的表现，展示了机器学习算法在肾细胞类型注释中的高准确性 | 研究样本数量有限，且在scRNA-seq数据训练的模型在snRNA-seq数据上的表现有所下降 | 旨在通过机器学习算法自动注释肾细胞类型，提高注释效率和通用性 | scRNA-seq和snRNA-seq数据中的肾细胞类型 | 机器学习 | NA | scRNA-seq, snRNA-seq | 支持向量机, 随机森林, 多层感知器, k近邻, 极端梯度提升 | 基因表达数据 | 62,120个细胞，来自79个肾活检样本 |
| 396 | 2024-10-17 |
Peripheral mononuclear cells and systemic lupus erythematosus association: Integrated study of single-cell sequencing and mendelian randomization analysis
2024-Oct-15, Lupus
IF:1.9Q3
DOI:10.1177/09612033241292705
PMID:39404110
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研究论文 | 本研究整合单细胞测序和孟德尔随机化分析，探讨外周单核细胞与系统性红斑狼疮的关联 | 本研究首次结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，揭示了系统性红斑狼疮发病机制中的关键基因和细胞亚型 | 本研究依赖于公开数据集，样本量有限，且未进行体内验证 | 探讨外周单核细胞与系统性红斑狼疮的关联，并识别疾病进展中的关键基因 | 系统性红斑狼疮患者的外周单核细胞 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自GSE135779数据集的样本 |
| 397 | 2024-10-17 |
Non-homogenous intratumor ionizing radiation doses synergize with PD1 and CXCR2 blockade
2024-Oct-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53015-9
PMID:39397001
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研究论文 | 研究非均匀肿瘤内电离辐射剂量与PD1和CXCR2阻断剂的协同作用 | 提出了一种结合低剂量和高剂量放射治疗与免疫调节剂的新策略，以增强抗肿瘤反应并减少放射治疗的毒性 | 研究仅在免疫功能正常的雌性小鼠的结直肠癌和乳腺癌模型中进行，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨非均匀肿瘤内电离辐射剂量与PD1和CXCR2阻断剂的协同作用，以提高放射治疗和免疫检查点抑制剂组合的治疗效果 | 结直肠癌和乳腺癌模型中的肿瘤免疫微环境 | 肿瘤学 | 癌症 | 流式细胞术、细胞因子分析和单细胞RNA测序 | NA | 细胞和基因表达数据 | 免疫功能正常的雌性小鼠 |
| 398 | 2024-10-17 |
Root-specific theanine metabolism and regulation at the single-cell level in tea plants (Camellia sinensis)
2024-Oct-14, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.95891
PMID:39401074
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了茶树根部特定细胞类型中L-茶氨酸的代谢途径及其调控机制 | 首次在单细胞水平上解析了茶树根部L-茶氨酸的生物合成、储存和运输过程，并提出了多细胞分隔的生物合成模型 | NA | 探讨茶树根部特定细胞类型中L-茶氨酸的代谢及其调控机制 | 茶树根部特定细胞类型中的L-茶氨酸代谢 | NA | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | NA |
| 399 | 2024-10-17 |
B cell heterogeneity in cancer comes of age
2024-Oct-14, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.09.013
PMID:39406185
|
研究论文 | 本文探讨了B细胞在癌症中的作用，并通过单细胞RNA测序定义了肿瘤浸润B细胞亚群的泛癌图谱 | 通过单细胞RNA测序技术定义了肿瘤浸润B细胞亚群的泛癌图谱，为理解B细胞依赖的抗肿瘤免疫提供了新的视角 | B细胞在癌症中的作用仍不完全清楚，需要进一步研究 | 探讨B细胞在癌症中的作用及其对肿瘤免疫的影响 | B细胞及其在癌症中的亚群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 400 | 2024-10-17 |
A pan-cancer single-cell RNA-seq atlas of intratumoral B cells
2024-Oct-14, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.09.011
PMID:39406187
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术构建了一个泛癌肿瘤内B细胞的图谱 | 首次提供了泛癌肿瘤内B细胞和浆细胞的单细胞RNA测序图谱，揭示了这些细胞在肿瘤微环境中的异质性和功能多样性 | NA | 旨在填补肿瘤浸润B细胞缺乏全面分类系统的空白 | 肿瘤浸润B细胞和浆细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | 大量样本 |