单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-12-06	Characteristics of blood-brain barrier heterogeneity between brain regions revealed by profiling vascular and perivascular cells 2024-Oct, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01743-y PMID:39210068	研究论文	研究通过单细胞和空间转录组学技术，比较了小鼠中脑室旁器官与皮质的血脑屏障特性，揭示了不同脑区血脑屏障异质性的分子和解剖学基础	首次通过单细胞和空间转录组学技术，系统比较了不同脑区血脑屏障的异质性，并揭示了内皮细胞与周围细胞的分子特异性及其相互作用模式	研究仅限于小鼠中脑室旁器官与皮质，未涵盖其他脑区	探究不同脑区血脑屏障异质性的分子和解剖学基础	小鼠中脑室旁器官与皮质的内皮细胞及周围细胞	NA	NA	单细胞转录组学、空间转录组学、电子显微镜、水基组织清除法	NA	转录组数据	小鼠中脑室旁器官与皮质样本
22	2024-12-06	Single-cell transcriptomic analysis reveals dynamic activation of cellular signaling pathways regulating beige adipogenesis 2024-Oct, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01252-9 PMID:39465352	研究论文	研究通过单细胞转录组分析揭示了调节米色脂肪生成的细胞信号通路的动态激活	首次通过单细胞RNA测序揭示了PDGFRA+细胞在米色脂肪生成过程中的分子异质性，并发现了DPP4+细胞在饮食诱导肥胖中的潜在作用	研究仅限于小鼠模型，且样本量较小	阐明脂肪干细胞在米色脂肪生成中的分子异质性及其在饮食诱导肥胖中的作用	PDGFRA+细胞及其在米色脂肪生成中的分子机制	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠的腹股沟白色脂肪组织（iWAT）样本
23	2024-12-02	Loss of PI5P4Kα slows the progression of a Pten mutant basal cell model of prostate cancer 2024-Oct-09, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-0290 PMID:39382632	研究论文	研究了磷脂酰肌醇5-磷酸4-激酶α（PI5P4Kα）在前列腺癌进展中的作用，特别是在PTEN突变模型中的影响	开发了针对Pip4k2a的基底细胞特异性基因工程小鼠模型，并发现其缺失减缓了PTEN突变小鼠前列腺上皮内瘤变（mPIN）的发展	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类样本中验证	探讨PI5P4Kα在前列腺癌进展中的作用及其在PTEN突变模型中的潜在治疗靶点	前列腺基底细胞和PTEN突变小鼠模型	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用Probasin-Cre和Cytokeratin 5 (CK5)-Cre驱动的小鼠模型进行研究
24	2024-12-01	Single-Cell RNA-Seq Analysis Links DNMT3B and PFKFB4 Transcriptional Profiles with Metastatic Traits in Hepatoblastoma 2024-Oct-31, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14111394 PMID:39595571	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析DNMT3B和PFKFB4的转录特征与肝母细胞瘤转移特性的关联	首次通过ElasticNet机器学习方法评估代谢酶在肝母细胞瘤转移预测中的价值，并构建了基于代谢表达评分的临床-生物学逻辑回归模型	研究仅基于GSE131329数据集，样本量有限，可能影响结果的普适性	探讨肝母细胞瘤中代谢酶的过度表达与转移特性的关系，并开发预测模型	肝母细胞瘤患者及其转移特性	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	ElasticNet	转录组数据	GSE131329数据集中的肝母细胞瘤和非癌性肝组织样本
25	2024-12-01	Metabolic Transcriptional Activation in Ulcerative Colitis Identified Through scRNA-seq Analysis 2024-Oct-31, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15111412 PMID:39596612	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，识别了溃疡性结肠炎中的代谢转录激活	首次通过单细胞RNA测序技术识别了溃疡性结肠炎中代谢酶的差异表达，并建立了代谢表达评分模型	研究仅基于两个独立的数据集，样本量有限，可能影响结果的普适性	探讨溃疡性结肠炎中代谢酶的表达变化及其对疾病的影响	溃疡性结肠炎患者的结肠组织	数字病理学	消化系统疾病	单细胞RNA测序	Elastic Net模型	转录组数据	两个独立数据集，共涉及溃疡性结肠炎和正常对照样本
26	2024-12-01	Stratified analysis identifies HIF-2α as a therapeutic target for highly immune-infiltrated melanomas 2024-Oct-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.29.620300 PMID:39554029	研究论文	本文通过分层分析识别出HIF-2α作为高免疫浸润黑色素瘤的治疗靶点	发现高免疫浸润是联合免疫检查点阻断（ICB）反应的生物标志物，而不是单独使用抗PD-1；识别出HIF-2α作为潜在的治疗靶点	研究主要基于预临床模型，需要在临床试验中进一步验证	识别新的治疗靶点以提高黑色素瘤患者的治疗效果	高免疫浸润的黑色素瘤	数字病理学	黑色素瘤	RNA测序	NA	RNA序列数据	290例接受抗PD-1治疗的患者，175例接受抗CTLA-4治疗的患者，51例接受联合抗PD-1/抗CTLA-4治疗的患者
27	2024-11-29	Identification of a Novel Signature Based on Ferritinophagy-Related Genes to Predict Prognosis in Lung Adenocarcinoma: Focus on AHNAK2 2024-Oct-26, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering11111070 PMID:39593730	研究论文	研究构建了一个基于铁蛋白自噬相关基因的预测模型，用于预测肺腺癌的预后，并重点研究了AHNAK2的作用	首次提出基于铁蛋白自噬相关基因的预测模型，并发现AHNAK2在肺腺癌中的新调控作用	研究主要集中在体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索铁蛋白自噬相关基因在肺腺癌预后预测中的潜力	肺腺癌患者的预后预测及AHNAK2在肺腺癌中的作用	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	三个独立基因表达数据集
28	2024-11-29	Single‑cell RNA sequencing reveals heterogeneity in ovarian cancer and constructs a prognostic signature for prognostic prediction and immunotherapy 2024-Oct-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112855 PMID:39133955	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示卵巢癌的异质性，并构建了一个用于预测预后和免疫治疗的预后标志物	本研究首次基于单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了一个包含16个基因的GRG签名，为卵巢癌的预后预测和治疗策略提供了新的视角	NA	识别卵巢癌恶性上皮细胞的异质性，并构建有效的预后标志物以预测预后和免疫治疗	卵巢癌患者及其恶性上皮细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和批量RNA测序 (bulk RNA-seq)	COX回归和最小绝对收缩与选择算子 (LASSO) 回归	RNA数据	NA
29	2024-11-29	Single-Cell Analysis Reveals the Cellular and Molecular Changes of Liver Injury and Fibrosis in Mice During the Progression of Schistosoma japonicum Infection 2024-Oct-23, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb46110707 PMID:39590301	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析了血吸虫感染小鼠肝脏在感染进展过程中的细胞和分子变化	首次提供了血吸虫感染小鼠肝脏在感染进展过程中的全面单细胞转录组图谱，并揭示了关键的细胞和分子事件	NA	阐明血吸虫感染进展过程中的致病机制	血吸虫感染小鼠的肝脏细胞	数字病理学	寄生虫病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	31,847个肝脏细胞
30	2024-11-27	GnRH-Gonadotropes Interactions Revealed by Pituitary Single-cell Transcriptomics in Zebrafish 2024-Oct-30, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqae151 PMID:39499852	研究论文	通过单细胞转录组学研究斑马鱼垂体细胞中GnRH与促性腺激素细胞的相互作用	揭示了GnRH3基因在斑马鱼垂体中的直接作用及其对促性腺激素细胞的影响	GnRH3与LH促性腺激素细胞通过Gnrhr2相互作用的最终结果仍未知	阐明GnRH3和其他机制在调节斑马鱼垂体促性腺激素细胞中的作用	野生型和Gnrh3基因敲除的成年雌性斑马鱼的垂体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	野生型和Gnrh3基因敲除的成年雌性斑马鱼
31	2024-11-27	Microglia depletion reduces human neuronal APOE4-related pathologies in a chimeric Alzheimer's disease model 2024-Oct-30, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.10.005 PMID:39500314	研究论文	研究探讨了微胶质细胞在人类神经元APOE4相关阿尔茨海默病病理中的作用	首次在嵌合模型中研究了微胶质细胞耗竭对神经元APOE4相关病理的影响	研究仅限于嵌合模型，未在人体中验证	探讨微胶质细胞在神经元APOE4相关阿尔茨海默病病理中的作用	人类神经元、微胶质细胞、APOE4和APOE3基因	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括APOE4、APOE3和APOE敲除的诱导多能干细胞衍生的神经元，以及APOE3或APOE4敲入小鼠的嵌合模型
32	2024-11-27	Regulation of Diseases-Associated Microglia in the Optic Nerve by Lipoxin B4 and Ocular Hypertension 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.18.585452 PMID:38562864	研究论文	研究了脂氧素B4和眼压升高对视神经中疾病相关小胶质细胞的调控作用	首次揭示了脂氧素B4在视网膜和视神经中对小胶质细胞的调控作用，并发现其在眼压升高诱导的神经退行性变中的神经保护机制	研究主要集中在小鼠模型上，结果的临床相关性需要进一步验证	探讨脂氧素B4在眼压升高诱导的视神经退行性变中的作用及其对小胶质细胞的调控机制	视网膜和视神经中的小胶质细胞	数字病理学	眼科疾病	单细胞RNA测序、RNA测序、qPCR、免疫组化	NA	基因表达数据	小鼠眼内注射硅油诱导持续稳定的眼压升高
33	2024-11-27	Influence of Vitamin D Receptor Signalling and Vitamin D on Colonic Epithelial Cell Fate Decisions in Ulcerative Colitis 2024-Oct-15, Journal of Crohn's & colitis DOI:10.1093/ecco-jcc/jjae074 PMID:38747639	研究论文	研究维生素D受体信号和维生素D对溃疡性结肠炎中结肠上皮细胞命运决定的影响	首次探讨了维生素D-VDR轴在溃疡性结肠炎中的作用机制，并发现其在维持肠道上皮屏障完整性中的重要性	研究仅限于体外实验和患者样本，缺乏长期临床试验验证	探讨维生素D-VDR轴在溃疡性结肠炎中的作用机制	溃疡性结肠炎患者的结肠上皮细胞和健康个体的结肠上皮细胞	NA	溃疡性结肠炎	免疫组织化学、RNA表达阵列、单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9	NA	RNA	溃疡性结肠炎患者和健康个体的结肠活检样本
34	2024-11-26	Mapping intratumoral myeloid-T cell interactomes at single-cell resolution reveals targets for overcoming checkpoint inhibitor resistance 2024-Oct-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.28.620093 PMID:39554094	研究论文	本文开发了一种计算方法，用于分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）衍生的单细胞分辨率细胞间相互作用图谱，并应用于研究CD40激动剂（CD40ag）如何改变免疫细胞间的对话，特别是在肿瘤模型中与免疫检查点阻断（ICB）联合使用时	本文创新性地开发了一种计算方法，能够有效分析单细胞RNA测序数据中的细胞间相互作用，并揭示了CD40ag在改善ICB反应中的作用	本文未详细讨论该计算方法在其他类型肿瘤或不同数据集上的适用性和泛化能力	研究如何通过分析单细胞RNA测序数据中的细胞间相互作用，揭示CD40ag在克服免疫检查点抑制剂耐药性中的作用	研究对象包括肿瘤微环境中的髓系细胞和T细胞，以及它们在CD40ag和ICB治疗下的相互作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	具体样本数量未在摘要中提及
35	2024-11-26	Cell2Sentence: Teaching Large Language Models the Language of Biology 2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.11.557287 PMID:39554079	研究论文	介绍了一种名为Cell2Sentence的新方法，将大型语言模型直接适应于生物学背景，特别是单细胞转录组学	通过将基因表达数据转化为“细胞句子”，Cell2Sentence方法填补了自然语言处理与生物学之间的空白	NA	探索如何将大型语言模型应用于生物学领域，特别是单细胞转录组学	单细胞转录组学数据和大型语言模型	自然语言处理	NA	NA	GPT-2	基因表达数据	NA
36	2024-11-26	Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro 2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.24.619910 PMID:39554174	研究论文	研究探讨了一种细胞因子混合物对人类巨噬细胞进行阿尔茨海默病相关分子和细胞表型的体外重编程能力	首次使用细胞因子混合物成功诱导人类巨噬细胞向阿尔茨海默病相关表型转变	研究仅限于体外实验，尚未在体内验证其效果	研究细胞因子对人类巨噬细胞重编程的能力，以模拟阿尔茨海默病相关表型	人类THP-1巨噬细胞	细胞生物学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了细胞因子混合物处理的THP-1巨噬细胞样本
37	2024-11-26	Transcriptional profiles of murine oligodendrocyte precursor cells across the lifespan 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.27.620502 PMID:39554158	研究论文	研究了小鼠少突胶质前体细胞在不同生命阶段的转录组特征	开发了一种新的转基因小鼠模型，并进行了高通量单细胞RNA测序，揭示了不同年龄段少突胶质前体细胞的转录组变化	NA	探讨衰老对少突胶质前体细胞的影响	小鼠少突胶质前体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从30天到720天的小鼠中分离的少突胶质前体细胞
38	2024-11-26	Single-Cell Transcriptomics Unveils Skin Cell Specific Antifungal Immune Responses and IL-1Ra- IL-1R Immune Evasion Strategies of Emerging Fungal Pathogen Candida auris 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.22.619653 PMID:39463935	研究论文	研究揭示了新兴真菌病原体白色念珠菌在皮肤组织中的细胞特异性抗真菌免疫反应和IL-1Ra-IL-1R免疫逃避策略	首次通过单细胞转录组学揭示了白色念珠菌在皮肤感染中的细胞特异性免疫反应和免疫逃避机制	研究主要基于小鼠模型，可能与人类免疫反应存在差异	探讨白色念珠菌在皮肤感染中的免疫反应和免疫逃避机制	白色念珠菌感染的小鼠皮肤组织中的免疫细胞和非免疫细胞	数字病理学	真菌感染	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠皮肤组织样本
39	2024-11-24	p53 mutation biases squamocolumnar junction progenitor cells towards dysplasia rather than metaplasia in Barrett's oesophagus 2024-Oct-01, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332095 PMID:39353725	研究论文	研究p53突变在Barrett食管向食管腺癌进展中对胃贲门祖细胞命运和功能的影响	首次揭示p53突变在慢性损伤条件下抑制祖细胞向化生分化，促进向异型增生转变	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需进一步验证	探讨p53突变在Barrett食管向食管腺癌进展中的作用	Barrett食管中的胃贲门祖细胞	NA	食管腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	L2-IL1β小鼠模型中的Cck2r+贲门祖细胞
40	2024-11-23	Mouse enteric neurons control intestinal plasmacytoid dendritic cell function via serotonin-HTR7 signaling 2024-Oct-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53545-2 PMID:39455564	研究论文	研究了肠道血清素能神经元通过血清素-HTR7信号通路调控肠道浆细胞样树突状细胞功能	揭示了肠道血清素能神经元与肠道免疫稳态之间的紧密相互作用，增强了黏膜防御	NA	探讨肠道血清素能神经元在免疫反应调控中的作用	肠道血清素能神经元、肠道浆细胞样树突状细胞、IgA B细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA