单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-05	Spatial transcriptomics of a parasitic flatworm provides a molecular map of drug targets and drug resistance genes 2024-10-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53215-3 PMID:39414795	研究论文	本研究通过空间转录组学技术绘制了寄生虫肝片吸虫的分子图谱，识别了八个不同组织的基因表达谱和标记基因	首次提供了肝片吸虫的空间转录组图谱，揭示了具有医学重要性的基因（如疫苗候选基因和耐药基因）的独特表达模式	研究仅针对肝片吸虫一种寄生虫，结果可能不适用于其他寄生虫	解析寄生虫组织的基因表达空间分布及其功能	肝片吸虫（Fasciola hepatica）	空间转录组学	寄生虫感染	空间转录组学，原位杂交	NA	空间基因表达数据	NA
22	2025-06-05	TGF-β-mediated crosstalk between TIGIT+ Tregs and CD226+CD8+ T cells in the progression and remission of type 1 diabetes 2024-10-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53264-8 PMID:39406740	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了1型糖尿病（T1D）不同阶段免疫细胞景观的动态变化，并鉴定了与疾病进展和缓解相关的关键免疫细胞亚群	首次发现TIGIT+CCR7+ Tregs和CD226+CD8+ T细胞在T1D缓解期的动态变化，并揭示它们通过TGF-β信号通路相互作用	研究结果主要基于观察性数据，需要进一步的机制研究验证	探索1型糖尿病进展和缓解过程中的免疫细胞动态变化及其机制	1型糖尿病患者和小鼠糖尿病模型中的免疫细胞	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序、机器学习算法、细胞通讯分析、体外功能实验	预测模型（未明确具体算法）	单细胞转录组数据	未明确说明患者数量，但包含多个T1D阶段的患者样本和两种小鼠糖尿病模型
23	2025-06-05	Non-homogenous intratumor ionizing radiation doses synergize with PD1 and CXCR2 blockade 2024-10-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53015-9 PMID:39397001	研究论文	研究探讨了非均匀肿瘤内电离辐射剂量与PD1和CXCR2阻断的协同作用	提出了一种结合低剂量放疗(LDRT)和高剂量放疗(HDRT)的部分肿瘤照射方法，与免疫调节剂联合使用可增强抗肿瘤反应	研究仅在免疫活性雌性小鼠的结直肠癌和乳腺癌模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索减少放疗毒性并提高放疗与免疫检查点组合治疗效果的策略	结直肠癌和乳腺癌模型中的免疫活性雌性小鼠	肿瘤免疫治疗	结直肠癌, 乳腺癌	流式细胞术, 细胞因子分析, 单细胞RNA测序	小鼠肿瘤模型	生物分子数据, 细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，但涉及结直肠癌和乳腺癌模型的小鼠
24	2025-06-05	Cell type and regulatory analysis in amphioxus illuminates evolutionary origin of the vertebrate head 2024-10-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52938-7 PMID:39402029	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学、信号通路扰动和顺式调控分析，揭示了脊椎动物头部起源的进化线索	首次在文昌鱼中鉴定出类似前脊索板、前迁移和迁移神经嵴样细胞群，并揭示了Nodal、Hedgehog和Wnt信号通路在这些细胞群发育中的保守作用	研究主要基于文昌鱼模型，可能无法完全代表所有脊椎动物的进化过程	阐明脊椎动物头部的进化起源	文昌鱼胚胎发育过程中的细胞类型	进化发育生物学	NA	单细胞转录组学、信号通路扰动分析、顺式调控分析、跨物种转基因实验	NA	单细胞转录组数据	文昌鱼胚胎发育过程中的细胞样本
25	2025-06-05	Best practices for differential accessibility analysis in single-cell epigenomics 2024-10-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53089-5 PMID:39394227	研究论文	本文对单细胞表观基因组数据中的差异可及性（DA）分析方法进行了系统评估，并提出了最佳实践指南	首次系统评估了用于识别单细胞ATAC-seq数据中DA区域的统计方法，并开发了实现这些最佳实践的R包	研究主要基于scATAC-seq数据，可能不适用于其他类型的单细胞表观基因组数据	评估单细胞表观基因组数据中差异可及性分析方法的性能并建立最佳实践	单细胞ATAC-seq数据中的差异可及性区域	表观基因组学	NA	scATAC-seq, bulk ATAC-seq, scRNA-seq	NA	单细胞表观基因组数据	基于多个scATAC-seq实验的数据集
26	2025-06-04	Single-cell RNA sequencing reveals the process of CA19-9 production and dynamics of the immune microenvironment between CA19-9 (+) and CA19-9 (-) PDAC 2024-Oct-20, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003130 PMID:38816396	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了CA19-9的产生过程以及CA19-9阳性和阴性PDAC中免疫微环境的动态变化	首次在单细胞分辨率下描述了CA19-9的产生过程，并发现CA19-9可促进胰腺肿瘤微环境中巨噬细胞的M2极化	样本量较小（6个PDAC样本和2个癌旁样本），且部分数据来自在线数据库	阐明CA19-9在PDAC进展中的产生机制和潜在作用	胰腺导管腺癌（PDAC）患者样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	6个PDAC样本（3个CA19-9阳性和3个阴性）和2个癌旁样本，外加在线数据库中的6个PDAC样本（3个CA19-9阳性和3个阴性）
27	2025-06-04	The integrated molecular and histological analysis defines subtypes of esophageal squamous cell carcinoma 2024-10-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53164-x PMID:39419971	研究论文	通过整合分子和组学分析定义食管鳞状细胞癌的亚型	利用基因组-转录组特征分析和AI辅助组织病理学图像分析，将食管鳞状细胞癌分为四种亚型，并揭示了各亚型的分子和病理特征	研究样本仅来自中国患者，可能限制了结果的普适性	提高对食管鳞状细胞癌分子和免疫景观的理解，以促进个性化治疗策略的开发	120名中国食管鳞状细胞癌患者	数字病理学	食管鳞状细胞癌	基因组-转录组分析，单细胞RNA-seq，免疫组织化学	深度学习模型	基因组数据，转录组数据，图像数据	120名患者
28	2025-06-04	In vivo CRISPRi screen identified lncRNA portfolio crucial for cutaneous squamous cell carcinoma tumor growth 2024-Oct-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.16.618774 PMID:39464078	研究论文	通过体内CRISPRi筛选鉴定出对皮肤鳞状细胞癌肿瘤生长至关重要的lncRNA组合	首次通过CRISPR干扰筛选和异种移植模型鉴定出调控cSCC生长的lncRNAs，并验证了LINC00704和LINC01116作为潜在生物标志物	研究主要基于体外和异种移植模型，尚未在人体内进行验证	揭示lncRNAs在皮肤鳞状细胞癌发展中的作用机制	皮肤鳞状细胞癌(cSCC)相关的长链非编码RNA(lncRNA)	癌症研究	皮肤鳞状细胞癌	CRISPR干扰筛选、单细胞测序、异种移植模型	xenograft模型	单细胞测序数据	正常和cSCC人类皮肤组织的单细胞测序数据
29	2025-06-01	Dominant immune tolerance in the intestinal tract imposed by RelB-dependent migratory dendritic cells regulates protective type 2 immunity 2024-10-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53112-9 PMID:39443450	研究论文	本研究揭示了在小肠固有层中，NF-κB家族成员RelB对隐窝斑和孤立淋巴滤泡相关树突状细胞（CIA-DCs）分化的必要性，并发现RelB缺陷的常规树突状细胞（cDCs）通过释放趋化因子CCL22促进与调节性T细胞（Treg）的相互作用，从而调控肠道免疫耐受	首次发现RelB在小肠树突状细胞中的关键作用，及其通过CCL22调控DC-Treg细胞相互作用的机制	研究主要关注RelB在小肠免疫调控中的作用，未涉及其他组织或器官的免疫调节机制	探究RelB在树突状细胞中对肠道免疫耐受的调控作用	隐窝斑和孤立淋巴滤泡相关树突状细胞（CIA-DCs）及调节性T细胞（Treg）	免疫学	肠道感染	单细胞RNA测序	DC特异性RelB敲除动物模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
30	2025-06-01	Overloading And unpacKing (OAK) - droplet-based combinatorial indexing for ultra-high throughput single-cell multiomic profiling 2024-10-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53227-z PMID:39443484	research paper	本文介绍了一种名为OAK的高通量单细胞多组学分析方法，通过液滴条形码系统和组合索引技术提高效率	OAK方法结合了液滴条形码系统和组合索引技术，显著提高了单细胞多组学分析的效率和通量	NA	开发一种高效的单细胞多组学分析方法	单细胞RNA测序、单核RNA测序和可及染色质分析	单细胞测序技术	黑色素瘤	液滴条形码系统、组合索引技术	NA	单细胞多组学数据	超过40万个黑色素瘤细胞
31	2025-06-01	IL-1β-induced epithelial cell and fibroblast transdifferentiation promotes neutrophil recruitment in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2024-10-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53307-0 PMID:39438439	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了IL-1β诱导的上皮细胞和成纤维细胞转分化在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中促进中性粒细胞募集的机制	发现了两种IL-1信号诱导的细胞亚群（LY6D club细胞和IDO1成纤维细胞）通过释放特定趋化因子促进中性粒细胞募集的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证可能有限	探究CRSwNP中中性粒细胞炎症的分子机制及潜在治疗靶点	人类鼻黏膜组织（下鼻甲、中鼻甲和鼻息肉）及LPS诱导的CRSwNP小鼠模型	免疫学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LPS诱导的小鼠CRSwNP模型	RNA测序数据	CRSwNP患者的多部位鼻黏膜组织
32	2025-06-01	Single-cell sequencing reveals immune features of treatment response to neoadjuvant immunochemotherapy in esophageal squamous cell carcinoma 2024-10-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52977-0 PMID:39438438	研究论文	通过单细胞测序技术揭示了食管鳞状细胞癌新辅助免疫化疗治疗反应的免疫特征	揭示了CXCL13CD8 Tex细胞作为新辅助免疫化疗反应改善的预测因子，并发现CXCL13可增强体内抗PD-1疗效	未明确说明样本量是否足够大以支持广泛结论	探索影响食管鳞状细胞癌对新辅助免疫化疗反应的因素	接受新辅助免疫化疗治疗的食管鳞状细胞癌患者组织	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序与T细胞受体测序配对	NA	单细胞测序数据	未明确说明具体样本数量
33	2025-06-01	Activation-Induced Marker Assay to Identify and Isolate HCV-Specific T Cells for Single-Cell RNA-Seq Analysis 2024-10-17, Viruses DOI:10.3390/v16101623 PMID:39459954	研究论文	开发了一种激活诱导标记（AIM）检测方法，用于检测、分选和单细胞RNA测序分析HCV特异性T细胞	利用AIM方法高灵敏度检测稀有抗原特异性T细胞，不受MHC多聚体可用性的限制	仅在一个受试者中进行了验证，样本量较小	开发一种新方法来识别和分离HCV特异性T细胞，用于单细胞RNA测序分析	HCV特异性T细胞	免疫学	丙型肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据和T细胞受体（TCR）使用数据	1名受试者的HCV特异性T细胞
34	2025-06-01	Putting proteins in context 2024-Oct-16, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.09.009 PMID:39418999	research paper	该论文介绍了一种名为PINNACLE的几何深度学习方法，用于生成蛋白质的上下文表示	通过结合蛋白质相互作用和多器官单细胞转录组学分析，生成具有生物或环境背景的蛋白质表示	NA	解决蛋白质表示缺乏生物或环境背景的问题	蛋白质	machine learning	NA	几何深度学习，单细胞转录组学	PINNACLE	蛋白质相互作用数据，单细胞转录组数据	NA
35	2025-05-31	Mouse enteric neurons control intestinal plasmacytoid dendritic cell function via serotonin-HTR7 signaling 2024-10-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53545-2 PMID:39455564	研究论文	研究揭示了小鼠肠道神经元通过血清素-HTR7信号通路调控肠道浆细胞样树突状细胞功能，从而增强黏膜防御	首次发现肠道5-羟色胺能神经元通过HTR7信号轴调控pDC介导的IgA B细胞分化，揭示了神经-免疫互作新机制	研究仅限于小鼠模型，未验证人类肠道中是否存在相同机制	探究肠道5-羟色胺能神经元在免疫稳态调控中的作用	小鼠肠道5-羟色胺能神经元和浆细胞样树突状细胞(pDC)	免疫神经生物学	肠道感染	小鼠遗传学模型、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
36	2025-05-31	Single-Cell Transcriptomics Unveils Skin Cell Specific Antifungal Immune Responses and IL-1Ra- IL-1R Immune Evasion Strategies of Emerging Fungal Pathogen Candida auris 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.22.619653 PMID:39463935	research paper	该研究通过单细胞转录组学揭示了皮肤细胞对新兴真菌病原体Candida auris的特异性抗真菌免疫反应以及IL-1Ra-IL-1R免疫逃逸策略	首次使用单细胞转录组学技术全面解析了Candida auris皮肤感染期间的免疫和非免疫细胞的转录组特征，并揭示了该病原体通过上调IL-1RN基因表达和独特细胞壁甘露聚糖外层逃逸宿主防御的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明宿主免疫因素如何调控Candida auris在皮肤组织的定植和持久性	Candida auris感染的鼠皮肤组织	免疫学	真菌感染	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
37	2025-05-31	Antigen specificity of clonally-enriched CD8+ T cells in multiple sclerosis 2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.07.611010 PMID:39282370	研究论文	通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序分析，研究多发性硬化症(MS)患者脑脊液和血液中CD8+ T细胞的克隆特性、功能和抗原特异性	首次全面分析了MS患者中CD8+ T细胞的克隆特性、功能和抗原特异性，并识别出识别EB病毒抗原和多个新模拟表位的CD8+ T细胞克隆型	样本量相对较小，且仅包括未接受治疗的MS患者	探究多发性硬化症中CD8+ T细胞的抗原特异性及其在疾病中的作用	多发性硬化症患者和对照参与者的脑脊液和血液中的CD8+ T细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), T细胞受体测序(TCR-seq)	NA	单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据	一组未接受治疗的多发性硬化症患者和对照参与者
38	2025-05-31	Single-cell transcriptomic profiling of human pancreatic islets reveals genes responsive to glucose exposure over 24 h 2024-Oct, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06214-4 PMID:38967666	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，研究人类胰岛细胞在24小时内对葡萄糖暴露的基因表达变化	首次在单细胞分辨率下全面描述人类胰岛细胞对葡萄糖暴露的24小时转录组响应，并结合遗传关联研究数据鉴定出与2型糖尿病相关的候选效应基因	仅使用两名捐赠者的胰岛细胞样本，样本量较小	探索高血糖条件下人类胰岛细胞基因表达的变化及其与2型糖尿病发病机制的关系	人类胰岛细胞（α细胞、β细胞、γ细胞、δ细胞、导管细胞和腺泡细胞）	单细胞转录组学	2型糖尿病	scRNA-seq, CRISPR干扰	离散时间和连续时间模型	单细胞RNA测序数据	两名捐赠者的胰岛细胞
39	2025-05-31	OrganogenesisDB: A Comprehensive Database Exploring the Cell-Type Identities and Gene Expression Dynamics during Organogenesis 2024-10, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202301758 PMID:38967205	研究论文	介绍了一个名为OrganogenesisDB的综合性数据库，用于探索器官发生过程中的细胞类型识别和基因表达动态	开发了一个包含超过140万个细胞的单细胞RNA测序数据的数据库，并手动整理了3324个细胞标记物，覆盖1120种细胞类型	NA	为解密细胞谱系确定和揭示器官发生机制提供关键资源和有用工具	人类和小鼠的器官发生过程中的细胞类型和基因表达	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	超过140万个细胞，来自49个已发表的数据集
40	2025-05-31	Single Nucleus Total RNA Sequencing of Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Gliomas 2024-10, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202301801 PMID:38958078	研究论文	开发了一种名为snRandom-seq的高通量单核总RNA测序平台，用于分析福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）的胶质瘤样本，以探索其分子多样性和肿瘤进化	开发了自动化snRandom-seq平台，优化用于FFPE样本的单核RNA测序，能够处理多种样本类型，并识别了丰富的非编码RNA和复发相关靶点	当前的单细胞RNA测序平台在大规模临床应用方面存在不足	探索胶质瘤的分子多样性和进化过程，以促进新治疗方法的开发	福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）的胶质瘤样本	数字病理学	胶质瘤	单核总RNA测序（snRandom-seq）	NA	RNA测序数据	17个FFPE样本中的116,492个单核