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当前共找到 580 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-06-01 |
Insights into the molecular characteristics of embryonic cranial neural crest cells and their derived mesenchymal cell pools
2024-10-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07056-x
PMID:39424998
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析，揭示胚胎颅神经嵴细胞及其衍生间充质细胞池的分子特征 | 首次发现鹿茸源性祖细胞与牙髓间充质细胞在转录组特征上的惊人相似性，并揭示全基因组DNA甲基化分析中再生性鹿茸骨膜中CNCC衍生特征基因的低甲基化现象 | 未明确提及 | 研究颅神经嵴细胞衍生间充质细胞的分子特征及其再生潜力 | 鹿的牙齿和鹿茸组织中的颅神经嵴衍生间充质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、全基因组DNA甲基化分析 | NA | 基因表达数据、DNA甲基化数据 | 未明确说明样本数量，涉及鹿的牙齿和鹿茸组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 22 | 2026-05-31 |
Ependymal cells undergo astrocyte-like reactivity in response to neuroinflammation
2024-10, Journal of neurochemistry
IF:4.2Q2
DOI:10.1111/jnc.16120
PMID:38702968
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研究论文 | 通过单细胞转录组学比较反应性室管膜细胞和反应性星形胶质细胞的转录组，发现神经炎症中室管膜细胞呈现星形胶质细胞样反应性，并鉴定保守的胶质反应性特征 | 首次直接比较反应性室管膜细胞与反应性星形胶质细胞的转录组，揭示了保守的胶质反应性基因特征，并证明该特征在多种神经炎症背景下存在 | 未来工作需要探索驱动室管膜反应性的机制及下游功能后果 | 研究神经炎症中室管膜细胞的反应性转录特征及其与星形胶质细胞反应性的相似性 | 室管膜细胞和星形胶质细胞 | 机器学习 | 神经炎症 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2026-05-31 |
The temporal protein signature analyses of developing human deciduous molar tooth germ
2024-10, Proteomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/pmic.202300396
PMID:38522031
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研究论文 | 本研究通过蛋白质组学分析揭示了人类发育中的乳磨牙牙胚的时相性蛋白特征 | 首次利用蛋白质组学和单细胞RNA测序技术，系统分析了人类胚胎期乳磨牙从帽状期到钟状早期的时间依赖性蛋白质变化，并筛选出24个潜在的牙发育驱动蛋白 | 未提及具体局限性 | 探究人类乳磨牙牙胚发育过程中的时间依赖性蛋白质组变化，为牙齿发育和矿化组织畸形的机制研究提供资源 | 健康人类乳磨牙的牙胚组织 | 蛋白质组学 | NA | 蛋白质组学, 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析 | NA | 蛋白质组数据, 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 人类胚胎期乳磨牙样本，涵盖帽状期到钟状早期 | NA | 蛋白质组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 24 | 2026-05-31 |
Biomarker discovery in hepatocellular carcinoma (HCC) for personalized treatment and enhanced prognosis
2024-10, Cytokine & growth factor reviews
IF:9.3Q1
DOI:10.1016/j.cytogfr.2024.08.006
PMID:39191624
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综述 | 本文综述肝细胞癌生物标志物发现及其在个性化治疗和预后改善中的作用 | 系统整合了蛋白质组学技术、免疫标志物及新兴单细胞测序和机器学习在肝细胞癌生物标志物发现中的应用前景 | 生物标志物验证、标准化、临床整合及成本障碍仍存在挑战 | 探讨肝细胞癌生物标志物在早期检测、精确诊断和个性化治疗中的潜力 | 肝细胞癌患者及相关生物标志物（如甲胎蛋白、磷脂酰肌醇蛋白聚糖3、脱-γ-羧基凝血酶原、PD-L1、肿瘤浸润淋巴细胞等） | 机器学习 | 肝癌 | NGS, 质谱分析, 液体活检 | NA | NA | NA | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | NA |
| 25 | 2026-05-30 |
RIPK3 causes mitochondrial dysfunction and albuminuria in diabetic podocytopathy through PGAM5-Drp1 signaling
2024-10, Metabolism: clinical and experimental
DOI:10.1016/j.metabol.2024.155982
PMID:39089491
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研究论文 | 研究RIPK3通过PGAM5-Drp1信号通路导致糖尿病足细胞病变中线粒体功能障碍和蛋白尿的机制 | 首次揭示RIPK3在糖尿病肾病的足细胞损伤中通过PGAM5-Drp1信号调控线粒体分裂，并证明血浆RIPK3水平可作为肾功能恶化的生物标志物 | 未明确说明 | 阐明RIPK3在糖尿病肾病肾小球损伤中的作用及其分子机制 | 糖尿病肾病患者、2型糖尿病前瞻性观察队列、高脂饮食诱导的Ripk3敲除和野生型小鼠、系膜细胞及永生化足细胞 | NA | 糖尿病肾病 | ELISA、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、临床生化指标 | 活检确诊的糖尿病肾病患者（数量未明确）、2型糖尿病前瞻性队列（数量未明确）、Ripk3敲除和野生型小鼠（数量未明确） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 26 | 2026-05-30 |
Single-cell analysis of tumor microenvironment and cell adhesion reveals that interleukin-1 beta promotes cancer cell proliferation in breast cancer
2024-10, Animal models and experimental medicine
IF:3.8Q2
DOI:10.1002/ame2.12445
PMID:38860503
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研究论文 | 通过单细胞分析揭示白细胞介素1β在三阴性乳腺癌中促进癌细胞增殖的机制 | 首次发现浆细胞通过细胞间粘附分子2-整合素aLb2复合物与T细胞相互作用，释放IL1B促进TNBC肿瘤生长，并鉴定IL1B为新的预后标志物 | 未明确说明 | 探究浆细胞在三阴性乳腺癌肿瘤微环境中调控肿瘤迁移进展的作用 | 三阴性乳腺癌样本中的浆细胞和肿瘤微环境 | 机器学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5个HER2阳性、12个ER阳性/PR阳性和9个TNBC样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2026-05-29 |
Dual spatial host-bacterial gene expression in Mycobacterium abscessus respiratory infections
2024-10-09, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06929-5
PMID:39384974
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研究论文 | 该文章展示了在福尔马林固定石蜡包埋组织中利用定制细菌探针进行空间转录组学分析，以同时检测宿主和细菌基因表达的方法 | 首次在FFPE组织中成功实现宿主和病原体双空间转录组分析，揭示了宿主-病原体相互作用的时空信息 | 研究基于小鼠模型和特定细菌（脓肿分枝杆菌），可能未涵盖所有感染类型 | 探索使用定制细菌探针在FFPE组织中进行宿主和病原体空间转录组分析的可行性 | 慢性感染脓肿分枝杆菌的小鼠肺组织 | 空间转录组学 | 分枝杆菌感染 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肺组织样本（具体数量未提供） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium FFPE空间转录组学平台 |
| 28 | 2026-05-29 |
Imputing spatial transcriptomics through gene network constructed from protein language model
2024-10-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06964-2
PMID:39369061
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研究论文 | 提出stImpute方法，利用蛋白质语言模型ESM-2构建基因网络，基于参考单细胞RNA-seq数据对空间转录组学进行基因表达插补 | 首次将蛋白质语言模型ESM-2用于构建基因-基因关系网络，结合自编码器和图神经网络提升空间转录组学基因插补准确性和细胞聚类能力 | 未明确阐述局限性，但依赖参考scRNA-seq数据质量，且仅适用于有限基因检测的空间转录组学技术 | 开发一种基于基因网络的空间转录组学缺失基因插补方法，提升预测准确性和细胞群体识别能力 | 图像型空间转录组学数据与参考单细胞RNA-seq数据 | 机器学习 | NA | 空间转录组测序、单细胞RNA测序 | 自编码器、图神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 29 | 2026-05-29 |
Spatial multi-omics in whole skeletal muscle reveals complex tissue architecture
2024-10-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06949-1
PMID:39369093
|
研究论文 | 结合RNA断层扫描和质谱成像技术，揭示整个小鼠胫骨前肌的空间转录组、代谢组和脂质组组织，发现肌纤维类型比例的显著区域化分布 | 首次结合两种空间组学技术（RNA断层扫描和质谱成像）在全肌肉水平上解析三维空间组织，发现基因表达沿近端-远端轴的意外强烈区域化及代谢差异 | 仅针对小鼠胫骨前肌进行了分析，尚未验证在其他肌肉或物种中的普遍性 | 阐明整个骨骼肌组织的完整空间结构，揭示肌纤维类型比例、基因表达和代谢的沿轴区域化分布 | 小鼠胫骨前肌、趾长伸肌和比目鱼肌的整个肌肉组织 | 数字病理学 | NA | RNA-seq, 质谱成像 | NA | 图像, 文本 | 24只小鼠的胫骨前肌、趾长伸肌和比目鱼肌样本 | NA | 空间转录组学, 空间代谢组学, 空间脂质组学 | NA | RNA tomography（RNA断层扫描）和MSI（质谱成像） |
| 30 | 2026-05-29 |
STPDA: Leveraging spatial-temporal patterns for downstream analysis in spatial transcriptomic data
2024-10, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 提出STPDA框架，利用空间-时间模式分析空间转录组数据，实现基因表达空间动态的高分辨率解析 | 创新性结合ARMA和LSTM模型同时捕捉全局与局部时空动态，将空间-时间模式整合进下游分析流程，实现配体-受体相互作用识别和细胞类型分类等任务性能超越现有方法 | 未提及验证数据集多样性及计算资源需求等局限性 | 开发适用于空间转录组数据下游分析的时空模式计算框架 | 空间转录组数据中的基因表达时空模式及细胞类型、配体-受体相互作用 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | ARMA, LSTM | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 31 | 2026-05-29 |
Single-cell transcriptome sequencing revealed the metabolic changes and microenvironment changes of cardiomyocytes induced by diabetes
2024-10, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 该研究通过单细胞转录组测序分析糖尿病小鼠心肌细胞的代谢变化和微环境变化 | 通过单细胞转录组测序揭示糖尿病诱导的代谢重组及心肌细胞与心肌成纤维细胞、淋巴内皮细胞等微环境成分间配体-受体相互作用改变 | 仅基于一个公开数据集进行分析，缺乏实验验证；研究对象为小鼠模型，结论向人类转化需进一步验证 | 探究糖尿病对心肌细胞异质性及细胞间通讯特性的影响 | 对照组和链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠心脏 | 单细胞转录组学 | 糖尿病性心肌病 | 单细胞RNA测序 | 无明确模型应用 | 基因表达数据 | GEO数据库GSE213337数据集，包含糖尿病和对照小鼠心脏组织 | NA | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | NA |
| 32 | 2026-05-29 |
XgCPred: Cell type classification using XGBoost-CNN integration and exploiting gene expression imaging in single-cell RNAseq data
2024-10, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109066
PMID:39180857
|
研究论文 | 提出一种结合XGBoost和CNN的新方法XgCPred，用于单细胞RNA-seq数据中的细胞类型分类 | 首次将XGBoost与CNN集成应用于scRNA-seq细胞类型分类，利用KEGG BRITE数据库中基因层级组织生成基因表达图像表示 | 未明确提及局限性，但隐含了对不同数据集适应性的潜在挑战 | 提高单细胞RNA-seq数据中细胞类型分类的准确性和可靠性 | 单细胞RNA-seq数据集中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | XGBoost, CNN | 基因表达图像 | 多个scRNA-seq数据集，涵盖不同细胞数量、基因表达多样性和细胞异质性 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 33 | 2026-05-28 |
B cell heterogeneity in cancer comes of age
2024-Oct-14, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.09.013
PMID:39406185
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评论 | 本文评论了三项最新研究，这些研究利用单细胞RNA测序技术描绘了肿瘤浸润B细胞亚群的泛癌图谱，为理解B细胞依赖性抗肿瘤免疫的深层机制铺平了道路 | 综合多项研究，首次定义了泛癌层面肿瘤浸润B细胞亚群的异质性，揭示了B细胞在癌症免疫中的潜在新功能 | 仅基于现有研究成果进行评述，未提供新的实验数据或验证结果 | 总结并强调近期关于B细胞异质性在癌症中作用的研究进展 | 肿瘤浸润B细胞亚群 | 机器学习和数字病理学交叉领域 | 癌症（泛癌） | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个研究中的肿瘤样本，具体数量未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 34 | 2026-05-23 |
KLHL21 suppresses gastric tumourigenesis via maintaining STAT3 signalling equilibrium in stomach homoeostasis
2024-10-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-331111
PMID:38969490
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研究论文 | KLHL21通过维持STAT3信号平衡抑制胃肿瘤发生，其缺失促进PIK3CB mRNA翻译并激活STAT3，靶向STAT3可逆转癌前化生 | 发现KLHL21缺失通过稳定PABPC1-eIF4G复合物促进PIK3CB mRNA翻译，进而激活STAT3信号，首次揭示KLHL21在胃稳态中调控核糖体翻译的机制 | 未提及研究的具体局限性 | 探究KLHL21在胃黏膜化生向不典型增生转化过程中的分子机制及其对肿瘤发生的影响 | 胃组织标本、Mist1+细胞、KLHL21条件性敲除小鼠模型 | 分子生物学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序、质谱蛋白质组学、核糖体测序 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据、核糖体测序数据 | 胃癌患者组织样本（具体数量未提及）及小鼠模型样本 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序、核糖体测序 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序平台，Illumina NovaSeq进行核糖体测序 |
| 35 | 2026-05-21 |
Characterization of Ucp1-iCre knockin mice reveals the recombination activity in male germ cells
2024-10-01, American journal of physiology. Endocrinology and metabolism
DOI:10.1152/ajpendo.00128.2024
PMID:39230395
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研究论文 | 对Ucp1-iCre敲入小鼠进行表征，揭示其在雄性生殖细胞中的重组活性，并验证其作为产热脂肪组织条件基因操作工具的潜力 | 首次系统鉴定Ucp1-iCre敲入小鼠品系，明确其相较于传统Ucp1-Cre品系具有更低的异位活性，同时发现雄性生殖细胞中意外的高频重组活性 | 未深入探讨雄性生殖细胞重组对后代表型的长期影响，且雌性小鼠无类似现象的原因未阐明 | 评估Ucp1-iCre敲入小鼠作为产热脂肪组织特异性基因操作工具的实用性和局限性 | Ucp1-iCre敲入小鼠（雄性和雌性）及Rosa-tdTomato报告小鼠 | 分子生物学 | NA | 单细胞转录组分析、Cre-loxP重组系统 | NA | 基因表达数据、图像（报告基因荧光） | 涉及Ucp1-iCre雄性和雌性小鼠，与Rosa-tdTomato报告小鼠交配后的后代分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组分析用于检测精子细胞中Ucp1 mRNA表达 |
| 36 | 2026-05-10 |
Integrative Multiomics in the Lung Reveals a Protective Role of Asporin in Pulmonary Arterial Hypertension
2024-Oct-15, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 利用多组学整合分析揭示肺组织中Asorin在肺动脉高压中的保护作用 | 首次通过最大规模的PAH肺组织生物库多中心数据整合，结合转录组、基因组、单细胞和药理学分析，发现ASPN基因在PAH中的保护性角色并验证其治疗潜力 | 未明确提及限制，但可能涉及样本量虽大但仍有限，后续需进一步动物和人体验证 | 通过多组学整合阐明肺动脉高压（PAH）的病理机制，并识别潜在保护性靶点 | 人类PAH肺组织样本（96例患者和52例对照）及Sugen-缺氧大鼠模型 | 机器学习 | 肺动脉高压 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 全基因组关联分析, 贝叶斯调控网络, 药物转录组学 | 贝叶斯调控网络 | 基因表达数据, 基因组数据, 单细胞数据, 临床表型数据 | 96例PAH肺组织样本和52例对照肺组织样本 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 37 | 2026-05-09 |
ProBac-seq, a bacterial single-cell RNA sequencing methodology using droplet microfluidics and large oligonucleotide probe sets
2024-10, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01002-1
PMID:38769144
|
研究论文 | 介绍ProBac-seq这一利用液滴微流控和大寡核苷酸探针集的细菌单细胞RNA测序方法 | 通过使用mRNA特异性探针克服细菌mRNA无poly-A尾、转录本不稳定及细菌形态与现有技术不兼容的问题，实现高质量单细胞基因表达数据 | 未明确提及局限性，但方法依赖探针设计和大规模寡核苷酸合成，可能成本较高 | 提供一种适用于细菌的单细胞RNA测序方法，以研究细菌细胞异质性和基因表达状态 | 细菌细胞，如大肠杆菌或其他可通过原位杂交分析的单细胞生物 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 数千个细菌细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 液滴微流控 | NA | 基于液滴微流控的细菌单细胞RNA测序平台 |
| 38 | 2026-05-07 |
Theoretical framework for the difference of two negative binomial distributions and its application in comparative analysis of sequencing data
2024-10-29, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278843.123
PMID:39406498
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研究论文 | 提出了两个负二项分布之差的（DOTNB）理论框架，并应用于高通量测序数据的比较分析，开发了用于单细胞RNA-seq数据差异表达基因检测的方法DEGage | 首次推导了DOTNB的基本解析结果并考察其渐近性质，基于此开发的DEGage方法在检测差异表达基因时优于五种现有工具 | 未明确指出本文方法的局限性 | 建立DOTNB的理论基础并将其应用于高通量测序数据的比较分析，特别是单细胞RNA-seq数据的差异表达基因检测 | 仿真和真实单细胞RNA-seq数据集，包括前列腺癌数据和含恐惧记忆的小鼠神经元数据 | 计算生物学、生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | 负二项分布 | 单细胞RNA测序数据 | 包含多个数据集：前列腺癌数据集识别了17种细胞类型的标记基因；小鼠神经元数据揭示了8个潜在记忆相关基因 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 39 | 2026-05-07 |
Dynamic dysregulation of retrotransposons in neurodegenerative diseases at the single-cell level
2024-10-29, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279363.124
PMID:39424325
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研究论文 | 利用12个单细胞转录组图谱研究三种神经退行性疾病中逆转录转座子的动态失调 | 首次在单细胞水平系统研究神经退行性疾病中逆转录转座子的动态变化，并构建了scARE数据库 | 未明确说明 | 探究逆转录转座子在神经退行性疾病中的细胞异质性和动态调控 | 阿尔茨海默病、帕金森病和多发性硬化症患者样本 | 单细胞转录组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 单细胞转录组数据 | 12个单细胞转录组图谱 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 40 | 2026-05-07 |
Mapping RANKL- and OPG-expressing cells in bone tissue: the bone surface cells as activators of osteoclastogenesis and promoters of the denosumab rebound effect
2024-Oct-18, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-024-00362-4
PMID:39424806
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研究论文 | 通过原位杂交和单细胞RNA测序分析，揭示骨表面细胞在RANKL/OPG通路中激活破骨细胞生成及促成denosumab反弹效应的作用 | 首次利用原位杂交直接鉴定骨表面细胞在RANKL/OPG通路中的角色，并揭示OPG:Fc处理导致局部破骨细胞激活位点积累的机制 | 该研究主要基于小鼠模型，人类数据依赖公开数据库，且未完全阐明denosumab反弹效应的全部细胞机制 | 探究骨表面细胞通过RANKL/OPG通路激活破骨细胞生成及denosumab反弹效应的细胞机制 | 小鼠骨组织及人类骨样本中的骨表面细胞、骨细胞和骨髓基质细胞 | 机器学习和数字病理学 | 骨骼疾病 | 原位杂交、单细胞RNA测序 | NA | 图像、基因表达数据 | 多种物种、骨骼部位及经OPG:Fc和PTH处理的小鼠样本 | 未明确提及 | 单细胞RNA测序 | 未明确提及 | 公开可用的小鼠骨髓基质细胞单细胞RNA测序数据 |