单细胞与空转测序相关文章

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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
21	2026-04-28	Tumour evolution and microenvironment interactions in 2D and 3D space 2024-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08087-4 PMID:39478210	研究论文	通过空间转录组学分析了来自6种癌症类型的131个肿瘤切片，结合单核RNA测序和CODEX数据，研究了肿瘤在二维和三维空间中的演化及其与微环境的相互作用	首次大规模结合Visium空间转录组学、单核RNA测序和CODEX多模态数据，定义了肿瘤微区域和空间亚克隆，并利用深度学习算法重建三维肿瘤结构，揭示了免疫热区和冷区的空间分布	样本量有限且仅涵盖6种癌症类型；三维重构基于连续切片可能引入对齐误差；深度学习算法依赖未监督学习，需进一步验证其生物学意义	研究肿瘤细胞与非癌细胞在二维和三维空间中的空间相互作用和演化机制	来自78例病例的131个肿瘤切片，涵盖6种癌症类型	数字病理学	多种癌症	空间转录组学, 单核RNA测序, CODEX多重免疫荧光	无监督深度学习	空间转录组数据, 单核RNA测序数据, CODEX多重成像数据	131个肿瘤切片（78例患者，6种癌症类型），48例匹配的单核RNA测序样本，22例匹配的CODEX样本	10x Genomics	空间转录组学, 单核RNA测序	10x Visium	Visium空间转录组学平台，结合10x单核RNA测序和CODEX多重免疫荧光技术
22	2026-04-25	Single-cell transcriptomics of rectal organoids from individuals with perianal fistulizing Crohn's disease reveals patient-specific signatures 2024-10-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-75947-4 PMID:39477985	研究论文	通过对肛周瘘管型克罗恩病患者直肠类器官进行单细胞转录组测序，揭示了患者特异性基因表达特征	首次利用单细胞转录组技术对直肠类器官进行分析，发现了与疾病、性别和祖源相关的基因表达特征，并确认类器官保留了干细胞和扩增区的疾病信号	类器官缺乏在病变粘膜上皮细胞中观察到的许多炎症信号，可能限制了其模拟炎症微环境的能力	探讨肛周瘘管型克罗恩病患者直肠上皮干细胞区室在转录水平上的病理决定因素	肛周瘘管型克罗恩病患者和健康对照的直肠类器官与粘膜上皮细胞	单细胞转录组学	克罗恩病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	13例患者（8例CD、5例对照）提供77,044个类器官细胞；29例患者（18例CD、11例对照）提供141,367个粘膜上皮细胞	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞3'测序平台
23	2026-04-25	Characterization of cell states in biliary tract cancers identifies mechanisms of therapeutic resistance in a phase II trial of DKN-01/nivolumab 2024-Oct-08, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.10.08.24315092 PMID:39417106	临床试验/研究论文	通过单细胞RNA测序分析胆道癌患者在接受DKN-01联合纳武利尤单抗治疗前后的细胞状态，揭示治疗耐药机制	首次系统分类胆道癌恶性细胞状态（包括此前未描述的神经样和内皮样状态），并阐明联合免疫治疗的耐药机制	单臂II期试验未观察到客观缓解，样本量有限，需进一步验证细胞状态分类的普适性	探索胆道癌对DKN-01/纳武利尤单抗联合治疗的耐药机制	晚期胆道癌患者配对的治疗前和治疗中活检样本	数字病理学	胆道癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	晚期胆道癌患者（具体数量未在摘要中提及）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
24	2026-04-25	A Prime-Boost Vaccination Approach Induces Lung Resident Memory CD8+ T Cells Derived from Central Memory T Cells That Prevent Tumor Lung Metastasis 2024-Oct-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3257 PMID:39350665	研究论文	通过初免-加强疫苗接种策略诱导源自中央记忆T细胞的肺部常驻记忆CD8+ T细胞，从而预防肿瘤肺转移	发现通过肌肉注射DNA疫苗初免后鼻腔喷注减毒流感病毒载体疫苗加强的免疫策略，能高效诱导肺部CD8+常驻记忆T细胞，并证实这些细胞来源于DNA疫苗诱导的中央记忆T细胞，且通过单细胞RNA测序揭示了其转录组重编程过程	未提及具体限制	探究疫苗诱导的肺部常驻记忆T细胞的来源及其在预防肿瘤肺转移中的作用	小鼠模型中的中央记忆T细胞、肺部常驻记忆T细胞及转移性黑色素瘤和间皮瘤	免疫学	黑色素瘤、间皮瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠样本，具体数量未提及	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞RNA测序平台
25	2026-04-20	Single-cell transcriptome analysis reveals the regulatory functions of islet exocrine cells after short-time obesogenic diet 2024-10, Endocrine IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s12020-024-03883-4 PMID:38806892	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，探讨了高脂饮食诱导的肥胖早期阶段胰岛外分泌细胞亚型的调控功能及其在胰岛素抵抗发展中的作用	首次在肥胖早期阶段利用单细胞RNA测序数据，系统分析了胰岛外分泌细胞亚型的差异功能和细胞间相互作用变化，特别是导管细胞在胰岛素抵抗中的潜在调控机制	研究基于已发表的单细胞RNA测序数据集，缺乏实验验证；样本量可能有限，且仅关注短期高脂饮食干预，长期效应未知	研究高脂饮食诱导的肥胖早期阶段胰岛外分泌细胞亚型的功能及其在胰岛素抵抗发展中的调控作用	高脂饮食和低脂饮食喂养的小鼠胰岛细胞	单细胞转录组学	肥胖与胰岛素抵抗	单细胞RNA测序	生物信息学分析工具（如findMarkers、Cellchat、KEGG、GO）	单细胞RNA测序数据	未明确指定样本数量，但基于已发表数据集，涉及高脂饮食和低脂饮食组的小鼠胰岛细胞	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
26	2026-04-20	Engineered T cell therapy for central nervous system injury 2024-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07906-y PMID:39232158	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了中枢神经系统损伤后T细胞的克隆扩增及其抗原特异性，并开发了一种基于mRNA的工程化瞬时自身免疫T细胞疗法，在损伤模型中显示出神经保护效果	首次通过单细胞RNA测序系统揭示了小鼠和人类脊髓损伤相关T细胞的克隆扩增，并识别出CD4 T细胞对髓鞘和神经元蛋白自身肽段的抗原特异性，同时创新性地利用mRNA-based TCR重构技术开发了工程化瞬时自身免疫T细胞疗法	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证可能有限；工程化T细胞的长期安全性和潜在副作用仍需进一步评估	开发针对中枢神经系统损伤的有效T细胞疗法	小鼠和人类脊髓损伤后的T细胞	数字病理学	中枢神经系统损伤	单细胞RNA测序，mRNA-based T细胞受体重构	NA	RNA序列数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
27	2026-04-18	Network dynamics-based subtyping of Alzheimer's disease with microglial genetic risk factors 2024-10-16, Alzheimer's research & therapy DOI:10.1186/s13195-024-01583-9 PMID:39415193	研究论文	本研究利用系统生物学方法，基于小胶质细胞遗传风险因子，通过构建患者特异性分子调控网络模型对阿尔茨海默病进行亚型分类，并识别潜在治疗靶点	首次结合单细胞RNA测序数据和文献构建患者特异性小胶质细胞分子调控网络模型，通过大规模计算机模拟和动态网络分析识别出九个AD亚型，并解释了先前关于AKT或INPP5D激活与抑制矛盾实验结果的动态机制	研究基于现有文献和单细胞RNA测序数据构建网络模型，可能未涵盖所有未知风险因子或通路，且模拟结果需进一步实验验证	通过小胶质细胞遗传风险因子对阿尔茨海默病进行亚型分类，以支持精准有效的治疗策略开发	阿尔茨海默病患者，聚焦于小胶质细胞及其遗传风险因子	系统生物学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序，大规模计算机模拟，动态网络分析	分子调控网络模型	基因组数据，单细胞RNA测序数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
28	2026-04-17	CD4+ T cells reactive to a hybrid peptide from insulin-chromogranin A adopt a distinct effector fate and are pathogenic in autoimmune diabetes 2024-10-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.07.024 PMID:39214091	研究论文	本研究探讨了在非肥胖糖尿病小鼠中，针对胰岛素衍生表位的CD4 T细胞反应的动态性和致病性，揭示了InsC-ChgA特异性CD4 T细胞的独特致病作用	首次通过单细胞RNA测序分析了胰腺中胰岛素特异性CD4 T细胞的命运异质性，并发现InsC-ChgA特异性CD4 T细胞偏向于独特的Th1效应表型且具有致病性	研究仅基于非肥胖糖尿病小鼠模型，结果可能不完全适用于人类自身免疫性糖尿病	探究自身免疫性糖尿病中胰岛素特异性CD4 T细胞的反应异质性和致病机制	非肥胖糖尿病小鼠的胰腺CD4 T细胞	免疫学	自身免疫性糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
29	2026-04-15	A scalable approach to topic modelling in single-cell data by approximate pseudobulk projection 2024-10, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202402713 PMID:39107066	研究论文	本文提出了一种名为ASAP的可扩展近似方法，用于单细胞RNA-seq数据中的主题建模，通过近似伪批量投影提高计算效率	ASAP方法在单细胞RNA-seq数据分析中实现了比现有方法更准确且计算时间和内存消耗大幅降低的可扩展近似主题建模	未在摘要中明确说明	开发一种可扩展的近似方法，用于单细胞数据中的主题建模，以降低计算资源需求	单细胞RNA-seq数据	机器学习	NA	单细胞RNA-seq	概率主题模型	单细胞基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
30	2026-04-14	The periosteum provides a stromal defence against cancer invasion into the bone 2024-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07822-1 PMID:39169177	研究论文	本研究揭示了骨膜通过形成基质屏障来抵御头颈部鳞状细胞癌骨侵袭的机制	首次证明骨膜反应是抵御癌症骨侵袭的天然防御机制，并发现HIF1α-TIMP1信号轴在此过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床样本验证相对有限	探究骨膜在癌症骨侵袭过程中的生理功能和分子机制	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的骨侵袭过程	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序，组织学分析，基因编辑小鼠模型	基因可调控小鼠模型	单细胞转录组数据，组织图像数据	人类HNSCC病变样本和小鼠模型样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
31	2026-04-09	Single-cell sequencing technology to characterize stem T-cell subpopulations in acute T-lymphoblastic leukemia and the role of stem T-cells in the disease process 2024-10-17, Aging DOI:10.18632/aging.206123 PMID:39422621	研究论文	本研究利用单细胞测序技术分析前体T细胞急性淋巴细胞白血病中的干细胞T细胞亚群及其在疾病过程中的作用	通过单细胞测序识别Pre-T ALL中的关键免疫细胞亚群，特别是干细胞T细胞，并揭示其通过转录因子KLF2和FOS以及配体-受体对参与疾病发展的机制	数据来源于公共数据库，可能受样本来源和测序质量的限制，且未进行实验验证	探究Pre-T ALL中干细胞T细胞亚群的特征及其在疾病进展中的角色	前体T细胞急性淋巴细胞白血病患者的单细胞测序数据	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	AUCell, Monocle, inferCNV, CellphoneDB	单细胞RNA测序数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
32	2026-04-02	Single-cell multi-omics map of human fetal blood in Down syndrome 2024-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07946-4 PMID:39322663	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学、染色质可及性和空间转录组学数据，构建了人类唐氏综合征胎儿血液的高分辨率多组学图谱	首次结合单细胞多组学与空间转录组学，揭示了唐氏综合征中造血干细胞被“启动”分化的分子机制，并发现了非编码元件与基因调控网络的重构	样本量相对较小（仅18个胎儿），且仅关注胎儿期，未涉及出生后或成人阶段的造血异常	理解唐氏综合征中失调的造血过程及其分子基础	人类胎儿肝脏和骨髓样本，包括3个二倍体和15个三倍体（唐氏综合征）胎儿	数字病理学	唐氏综合征	单细胞转录组学，染色质可及性分析，空间转录组学	NA	单细胞RNA-seq数据，ATAC-seq数据，空间转录组数据	18个胎儿样本（3个二倍体，15个三倍体），超过110万个细胞	10x Genomics	单细胞多组学，空间转录组学	10x Chromium，10x Visium	10x Chromium Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression，10x Visium空间转录组技术
33	2026-03-28	Single-Cell RNA-Seq Analysis Links DNMT3B and PFKFB4 Transcriptional Profiles with Metastatic Traits in Hepatoblastoma 2024-10-31, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14111394 PMID:39595571	研究论文	本研究通过单细胞RNA-Seq分析，将DNMT3B和PFKFB4的转录谱与肝母细胞瘤的转移特性联系起来	利用弹性网络机器学习方法识别了DNMT3B和PFKFB4作为肝母细胞瘤转移的关键预测因子，并构建了一个基于这两个酶表达的代谢评分，该评分在预测转移方面比现有分类器更敏感	研究基于GSE131329转录组数据集，样本来源可能有限，且未涉及实验验证或机制探讨	探究肝母细胞瘤中代谢酶的过表达与转移风险之间的关联，并开发预测转移的临床-生物学模型	肝母细胞瘤肿瘤组织与非癌性肝组织，重点关注代谢酶的表达差异	单细胞组学	肝母细胞瘤	单细胞RNA-Seq，转录组分析	ElasticNet机器学习，逻辑回归模型	转录组数据	基于GSE131329转录组数据集，具体样本数量未明确说明	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
34	2026-03-21	Characterization of HPV6/11-reactive T-cell subsets in papillomas of patients with juvenile-onset recurrent respiratory papillomatosis and identification of HPV11 E7-specific candidate TCR clonotypes 2024-10-22, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00677-24 PMID:39258910	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和RNA微阵列技术，分析了青少年发病型复发性呼吸道乳头状瘤病（JORRP）患者乳头状瘤组织中HPV6/11反应性T细胞亚群的特征，并鉴定了HPV11 E7特异性候选TCR克隆型	首次在JORRP乳头状瘤组织中鉴定出CD8+组织驻留记忆T细胞作为局部抗HPV6/11免疫的主要T细胞亚群，并成功分离出HPV11 E7特异性候选TCR克隆型，为TCR-T细胞疗法提供了潜在靶点	研究样本量有限，且主要聚焦于HPV11 E7特异性反应，未全面评估其他HPV抗原或更广泛的免疫细胞相互作用	阐明JORRP患者乳头状瘤组织中HPV6/11特异性T细胞免疫反应的细胞基础和分子特征	青少年发病型复发性呼吸道乳头状瘤病（JORRP）患者的乳头状瘤组织	免疫学	复发性呼吸道乳头状瘤病	单细胞RNA测序, RNA微阵列	NA	单细胞转录组数据, 微阵列数据	未明确说明样本数量，但涉及JORRP患者的乳头状瘤组织	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
35	2026-03-21	Polybacterial Intracellular Macromolecules Shape Single-Cell Epikine Profiles in Upper Airway Mucosa 2024-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.08.617279 PMID:39416216	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了上呼吸道黏膜上皮细胞中多细菌细胞内大分子（PIMs）的存在及其对单细胞效应细胞因子表达和药物反应的线性驱动作用	首次在单细胞分辨率下发现并量化了人类口腔黏膜上皮细胞中持久存在的多细菌细胞内大分子（包括细菌rRNA、mRNA和糖脂），并证明这些PIMs能线性驱动效应细胞因子表达并影响药物疗效预测	研究主要基于人类口腔黏膜样本，可能无法完全代表其他上呼吸道区域；PIMs的具体来源和持久性机制仍需进一步探究	探究宿主与微生物在黏膜上皮细胞类型中的相互作用，特别是在健康与炎症疾病状态下	人类口腔黏膜上皮细胞，包括人类口腔角质形成细胞（HOKs）	数字病理学	慢性炎症性疾病	单细胞RNA测序，杂交技术，免疫组织化学	NA	单细胞RNA测序数据，杂交和免疫组织化学图像数据	基于人类口腔黏膜单细胞RNA测序图谱的重新分析，具体样本数量未明确说明	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
36	2026-03-20	Attenuated kidney oxidative metabolism in young adults with type 1 diabetes 2024-Oct-22, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI183984 PMID:39436695	研究论文	本研究探讨了1型糖尿病年轻成人患者肾脏氧化代谢减弱与胰岛素敏感性及早期肾脏结构变化的关系	首次在1型糖尿病年轻成人中，结合高胰岛素-正常血糖钳夹、多模态成像、肾脏活检、单细胞RNA测序和空间代谢组学，系统揭示了近端肾小管细胞从稳定状态向适应/适应不良亚型转变的谱系，并发现其与氧化代谢减弱和早期肾脏结构损伤相关	样本量相对较小（T1D组30人，健康对照组20人），且研究对象为年轻成人，结果可能无法推广至其他年龄段的1型糖尿病患者或疾病晚期阶段	探究1型糖尿病中胰岛素敏感性受损是否通过改变肾脏氧化代谢而促进糖尿病肾病的发生	年轻1型糖尿病成人患者和健康对照者	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序，空间代谢组学，高胰岛素-正常血糖钳夹，MRI，11C-乙酸盐PET，肾脏活检	Slingshot算法（用于伪时间轨迹分析）	单细胞转录组数据，空间代谢组数据，影像数据，临床生化数据	1型糖尿病患者30人，健康对照20人	NA	单细胞RNA-seq，空间代谢组学	NA	NA
37	2026-03-18	Human Anti-Glycan Reactivity is Driven by the Selection of B cells Utilizing Private Antibody Gene Rearrangements that are Affinity Maturated in Germinal Centers 2024-Oct-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.15.618486 PMID:39464096	研究论文	本研究通过BCR受体克隆、表达及单细胞转录组学分析，探讨了人类对普遍存在的N-乙酰-D-葡萄糖胺（GlcNAc）表位的B细胞库，并揭示了抗糖抗体在生发中心依赖的亲和力成熟过程	结合BCR克隆表达与单细胞转录组学，首次系统分析了人类抗GlcNAc B细胞库的免疫系统发育史，揭示了其在早期儿童期通过生发中心进行亲和力成熟的新机制	研究主要关注GlcNAc表位，可能未全面覆盖其他糖类抗原；样本队列和年龄范围可能限制结论的普遍性	解析人类抗体库对碳水化合物抗原的广泛反应性机制，特别是针对GlcNAc表位的B细胞选择与成熟过程	人类队列中的循环抗GlcNAc B细胞及其BCR受体	免疫学	NA	BCR受体克隆与表达、单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据、BCR序列数据	人类队列（具体数量未明确说明）	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
38	2026-03-17	ADAMTS7 Promotes Smooth Muscle Foam Cell Expansion in Atherosclerosis 2024-Oct-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.26.582156 PMID:38463994	研究论文	本研究探讨了ADAMTS7在动脉粥样硬化中促进平滑肌泡沫细胞扩增的机制	揭示了ADAMTS7通过上调PU.1和CD36表达促进平滑肌细胞氧化低密度脂蛋白摄取的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	阐明ADAMTS7在动脉粥样硬化中的细胞特异性促动脉粥样硬化机制	平滑肌细胞、内皮细胞、小鼠模型、人类颈动脉粥样硬化组织	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、RNA测序	条件性基因敲除小鼠、转基因小鼠	基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
39	2026-03-15	Gene Regulatory Network Analysis of Decidual Stromal Cells and Natural Killer Cells 2024-10, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-024-01653-1 PMID:39090334	研究论文	本文通过单细胞转录组数据分析，首次对早孕期蜕膜基质细胞和自然杀伤细胞进行了基因调控网络分析，揭示了与妊娠成功相关的关键转录因子	首次对早孕期蜕膜基质细胞和自然杀伤细胞亚群进行基因调控网络分析，发现了新的蜕膜化驱动转录因子（如DDIT3和BRF2）以及免疫耐受相关的转录因子（如IRX3和RELB）	研究基于第一孕期妊娠终止样本的单细胞转录组数据，样本来源和时间点可能存在局限性	研究蜕膜基质细胞和自然杀伤细胞的转录调控网络，以理解其在妊娠成功中的作用机制	早孕期蜕膜基质细胞和自然杀伤细胞	单细胞转录组学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序	基因调控网络分析	单细胞转录组数据	第一孕期妊娠终止样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
40	2026-03-13	Perivascular NOTCH3+ Stem Cells Drive Meningioma Tumorigenesis and Resistance to Radiotherapy 2024-Oct-04, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-1459 PMID:38742767	研究论文	本研究揭示了血管周围NOTCH3+干细胞驱动脑膜瘤发生和放疗抵抗的作用机制	首次在人、狗和小鼠的脑膜瘤中发现并证实了血管周围NOTCH3+干细胞的保守存在及其在肿瘤发生和放疗抵抗中的关键驱动作用	研究主要基于基因工程小鼠模型和异种移植模型，临床转化效果需进一步验证	探究脑膜瘤发生和放疗抵抗的细胞类型与信号机制	脑膜瘤（来自人类、狗和小鼠）	肿瘤生物学	脑膜瘤	单细胞转录组学、谱系追踪、成像技术	基因工程小鼠模型、异种移植模型	转录组数据、图像数据	跨物种（人、狗、小鼠）的脑膜瘤样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA