单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2024-10-21	Enhancing GFPT1 expression with glutamine protects chondrocytes in osteoarthritis 2024-Oct-18, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113427 PMID:39426230	研究论文	研究通过孟德尔随机化分析和共定位分析，发现GFPT1在骨关节炎中的表达下调，并通过体外实验验证了补充谷氨酰胺可以上调GFPT1表达，从而改善骨关节炎中软骨细胞的代谢	首次通过孟德尔随机化分析和共定位分析确定GFPT1为骨关节炎的治疗靶点，并验证了谷氨酰胺在恢复GFPT1表达和软骨代谢中的作用	研究主要基于体外实验，尚未在临床上验证其疗效	识别并验证能够减缓骨关节炎进展的潜在药物靶点	骨关节炎中的软骨细胞和GFPT1基因	生物医学	骨关节炎	孟德尔随机化分析、共定位分析、RNA测序	NA	RNA	2645个靶点，人类和小鼠的软骨样本
362	2024-10-21	Osteopetrosis-like disorders induced by osteoblast-specific retinoic acid signaling inhibition in mice 2024-Oct-17, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-024-00353-5 PMID:39419968	研究论文	研究构建了骨细胞特异性抑制视黄酸信号的小鼠模型，发现其表现出类似人类骨硬化症的症状，并揭示了视黄酸信号在骨细胞中的抑制作用导致骨骼、造血和免疫系统功能障碍的机制	首次揭示了骨细胞中视黄酸信号的抑制作用导致类似骨硬化症的病理机制，为骨硬化症的治疗提供了新的见解	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨骨细胞中视黄酸信号的抑制作用对骨骼、造血和免疫系统的影响	骨细胞特异性抑制视黄酸信号的小鼠模型	NA	骨硬化症	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)，RNA测序 (RNA-seq)	NA	基因表达数据	小鼠模型
363	2024-10-21	Computational identification of surface markers for isolating distinct subpopulations from heterogeneous cancer cell populations 2024-Oct-17, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00441-6 PMID:39420005	研究论文	本文介绍了一种名为clusterCleaver的计算工具，用于识别和分离异质性癌细胞群体中的不同亚群	开发了一种新的计算工具clusterCleaver，用于识别单细胞RNA测序数据中的表面标记物，以分离癌细胞亚群	NA	开发一种计算工具，用于识别和分离癌细胞群体中的不同亚群，以提高治疗效果和理解肿瘤进展	癌细胞亚群的表面标记物	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	MDA-MB-231和MDA-MB-436细胞
364	2024-10-21	Tregs ST2 deficiency enhances the abscopal anti-tumor response induced by microwave ablation 2024-Oct-17, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113330 PMID:39423663	研究论文	研究探讨了微波消融（MWA）对肿瘤微环境中Treg细胞ST2表达的影响及其在抗肿瘤反应中的作用	首次研究了Treg细胞中ST2缺乏对微波消融诱导的远端抗肿瘤反应的增强作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在临床试验中验证	探索微波消融对肿瘤微环境中Treg细胞ST2表达的影响及其在抗肿瘤反应中的机制	Treg细胞、肿瘤微环境、微波消融	数字病理学	NA	流式细胞术、单细胞转录组测序	NA	细胞	Foxp3Cre和Foxp3CreIl1rl1fl/fl小鼠的双侧背部肿瘤模型
365	2024-10-21	Single-cell transcriptome sequencing reveals that Wolbachia induces gene expression changes in Drosophila ovary cells to favor its own maternal transmission 2024-Oct-16, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01473-24 PMID:39194189	研究论文	本文通过单细胞转录组测序研究了Wolbachia在果蝇卵巢细胞中的基因表达变化，揭示了Wolbachia如何通过改变宿主基因表达来促进其母系传播	首次系统地分析了Wolbachia感染对果蝇卵巢细胞基因表达的影响，揭示了Wolbachia通过调节宿主基因表达来促进其在宿主卵巢细胞中的传播	研究仅限于特定Wolbachia菌株（Mel）和果蝇卵巢细胞，未来需要进一步研究其他菌株和宿主物种	探讨Wolbachia在果蝇卵巢细胞中的基因表达变化及其对母系传播的影响	Wolbachia感染的果蝇卵巢细胞和未感染的卵巢细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	感染和未感染Wolbachia的果蝇卵巢细胞
366	2024-10-21	DGSIST: Clustering spatial transcriptome data based on deep graph structure Infomax 2024-Oct-15, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.10.002 PMID:39413889	研究论文	提出了一种基于深度图结构互信息最大化（DGSI）模型的空间转录组数据聚类方法DGSIST	DGSIST模型结合了图卷积神经网络和无监督学习方法，能够有效捕捉节点及其邻居的局部信息，并将其整合到整体图结构中	NA	旨在充分利用空间转录组数据，提高细胞类型识别的准确性	空间转录组数据中的细胞类型	生物信息学	癌症	图卷积神经网络	DGSI	空间转录组数据	多种组织类型和技术平台的数据
367	2024-10-21	A self-training interpretable cell type annotation framework using specific marker gene 2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae569 PMID:39312689	研究论文	本文介绍了一种基于自训练和伪标签技术的可解释细胞类型注释框架sICTA	结合了自训练策略和Transformer的非线性关联捕捉能力，并利用注意力机制融入基因和通路的生物学先验知识，增强了模型的透明度	未提及	开发一种新的细胞类型注释方法，以提高单细胞RNA测序分析的准确性和可解释性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Transformer	基因表达数据	11个公开的单细胞数据集
368	2024-10-21	Comprehensive transcriptome and scRNA-seq analyses uncover the expression and underlying mechanism of SYNJ2 in papillary thyroid carcinoma 2024-Oct, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.12099 PMID:39370684	研究论文	研究探讨了SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的表达及其潜在机制	首次揭示了SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的高表达及其与临床特征的关联，并探讨了其在肿瘤进展中的作用	研究主要基于现有数据和分析，缺乏体内实验验证	探讨SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的表达及其潜在机制	SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的表达及其与临床特征的关联	数字病理学	甲状腺癌	免疫组化、mRNA芯片、RNA测序、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多个甲状腺乳头状癌样本
369	2024-10-21	Functional plasticity shapes neutrophil response to Leishmania major infection in susceptible and resistant strains of mice 2024-Oct, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012592 PMID:39378227	研究论文	研究了不同品系小鼠在利什曼原虫感染下中性粒细胞的功能可塑性及其对感染反应的影响	揭示了易感小鼠和抗性小鼠中性粒细胞在利什曼原虫感染下NETs形成和吞噬作用的差异，并探讨了中性粒细胞弹性蛋白酶在吞噬作用调节中的作用	研究仅限于特定品系的小鼠，未涉及其他物种或人类	探讨中性粒细胞在利什曼原虫感染中的功能可塑性及其对感染易感性和抗性的影响	BALB/c和C57BL/6小鼠的中性粒细胞	免疫学	利什曼病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	BALB/c和C57BL/6小鼠各一组
370	2024-10-21	Single-cell characterization of differentiation trajectories and drug resistance features in gastric cancer with peritoneal metastasis 2024-Oct, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70054 PMID:39422697	研究论文	研究胃癌腹膜转移患者的单细胞分化轨迹和药物耐药特征	揭示了MUC1+癌细胞在胃癌腹膜转移中的驱动作用，以及C1Q+巨噬细胞与GZMA+ T淋巴细胞在治疗失败中的相关性	样本量相对较小，且仅限于胃癌腹膜转移患者	阐明胃癌腹膜转移微环境中的细胞分化轨迹和关键药物耐药特征	胃癌腹膜转移患者的原发肿瘤、腹膜转移和化疗/免疫治疗前后的恶性腹水样本	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光和空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像和空间转录组数据	48名患者，包括30个单细胞RNA测序样本、30个多重免疫荧光样本和3个空间转录组样本
371	2024-10-20	Characterization of mitochondrial metabolism related molecular subtypes and immune infiltration in colorectal adenocarcinoma 2024-10-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-75482-2 PMID:39414905	研究论文	研究了结直肠腺癌中与线粒体代谢相关的分子亚型及其免疫浸润特征	通过无监督共识聚类分析筛选出与结直肠腺癌预后相关的线粒体代谢相关基因，并构建了预测模型，同时发现了新的潜在治疗靶点SEC11A	NA	探索结直肠腺癌的预后因素及其可能的机制	结直肠腺癌中的线粒体代谢相关基因及其分子亚型	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序分析	LASSO-单变量Cox分析	基因表达数据	NA
372	2024-10-20	Key genes and immune pathways in T-cell mediated rejection post-liver transplantation identified via integrated RNA-seq and machine learning 2024-10-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-74874-8 PMID:39414868	研究论文	本研究通过整合RNA测序和机器学习方法，识别了肝移植后T细胞介导的排斥反应中的关键基因及其潜在的生物学过程和机制	本研究首次通过综合分析RNA测序数据和机器学习算法，识别了与T细胞介导的排斥反应相关的关键基因，并揭示了其生物学意义和潜在的治疗靶点	本研究主要基于GSE145780数据集和单细胞RNA测序数据，样本量有限，可能影响结果的普适性	识别肝移植后T细胞介导的排斥反应中的关键基因及其生物学过程和机制	肝移植后T细胞介导的排斥反应中的关键基因及其生物学过程和机制	机器学习	NA	RNA测序	机器学习算法	RNA测序数据	GSE145780数据集和来自患者的单细胞RNA测序数据及肝活检组织
373	2024-10-20	Network dynamics-based subtyping of Alzheimer's disease with microglial genetic risk factors 2024-Oct-16, Alzheimer's research & therapy DOI:10.1186/s13195-024-01583-9 PMID:39415193	研究论文	本文利用系统生物学方法，通过构建患者特异性的小胶质细胞分子调控网络模型，对阿尔茨海默病进行亚型分类，并识别潜在的治疗靶点	本文创新性地结合大规模计算机模拟和动态网络分析，对阿尔茨海默病进行亚型分类，并识别出多个亚型共有的治疗靶点	本文的局限性在于依赖于现有的文献和单细胞RNA测序数据，可能存在数据偏差	本文旨在通过系统生物学方法对阿尔茨海默病进行亚型分类，并识别潜在的治疗靶点	本文的研究对象是阿尔茨海默病患者的小胶质细胞及其分子调控网络	系统生物学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	分子调控网络模型	基因组数据	NA
374	2024-10-20	The molecular anatomy of cashmere goat hair follicle during cytodifferentiation stage 2024-Oct-15, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10820-2 PMID:39407092	研究论文	研究了绒山羊毛囊在细胞分化阶段的分子结构及其对纤维质量的影响	揭示了绒山羊毛囊内层细胞分化过程中的复杂过程和转录动态，识别了九种细胞群体和关键结构，并发现了三种主要内层谱系及其在特化和信号传导中的作用	NA	深入理解绒山羊次级毛囊发育及其对纤维质量的影响，为育种策略提供信息	绒山羊的次级毛囊及其在细胞分化阶段的分子结构	NA	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
375	2024-10-17	Multimodal Identification of Molecular Factors Linked to Severe Diabetic Foot Ulcers Using Artificial Intelligence 2024-Oct-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms251910686 PMID:39409014	研究论文	利用多模态方法和人工智能技术识别与严重糖尿病足溃疡相关的分子因素	本研究通过整合电子健康记录和单细胞转录组学数据，识别出与糖尿病足溃疡严重程度相关的细胞类型特异性和分子因素，并考虑了关键的人口统计学差异	NA	识别与严重糖尿病足溃疡相关的分子因素	糖尿病足溃疡的分子因素	机器学习	糖尿病	RNA测序	NA	文本	数千名患者
376	2024-10-20	FICTURE: scalable segmentation-free analysis of submicron-resolution spatial transcriptomics 2024-Oct, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02415-2 PMID:39266749	研究论文	本文介绍了一种名为FICTURE的可扩展的无分割空间转录组分析方法	FICTURE是一种无分割的空间因子分解方法，能够处理带有数十亿亚微米分辨率空间坐标的转录组数据，并且比现有方法效率高几个数量级	NA	开发一种能够处理高分辨率空间转录组数据的可扩展分析方法	亚微米分辨率的空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间因子分解	多层Dirichlet模型	空间转录组数据	数十亿亚微米分辨率空间坐标的数据
377	2024-09-15	Analyzing submicron spatial transcriptomics data at their original resolution 2024-Oct, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02416-1 PMID:39271936	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
378	2024-10-20	Gene signatures for cancer research: A 25-year retrospective and future avenues 2024-Oct, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012512 PMID:39413055	评论	本文回顾了过去25年基因签名在癌症研究中的应用，并探讨了未来的发展方向	提出了多组学数据整合、机器学习技术、开放科学实践和协作努力等未来发展方向	基因签名在不同队列中的重叠和一致性有限，且由于每个患者的转录组独特性，存在可重复性问题	探讨基因签名在疾病转录组研究中的可靠性，并提出标准化实践和先进方法	基因签名在癌症研究中的应用及其未来发展	NA	癌症	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
379	2024-10-20	Unveiling the Enigmatic Role of SLC35F3 in Lung Adenocarcinoma 2024-Oct, The clinical respiratory journal DOI:10.1111/crj.70023 PMID:39414367	研究论文	研究探讨了SLC35F3在肺腺癌中的作用及其临床相关性	首次系统分析了SLC35F3在肺腺癌中的表达模式及其与免疫浸润、肿瘤突变负荷和药物敏感性的关系	研究主要基于TCGA数据库和细胞系实验，缺乏临床样本的直接验证	揭示SLC35F3在肺腺癌中的作用及其潜在的临床应用	SLC35F3在不同癌症类型中的表达及其在肺腺癌中的临床相关性	数字病理学	肺癌	qRT-PCR	NA	基因表达数据	包括来自TCGA数据库的肺腺癌患者数据和细胞系样本
380	2024-10-20	Single-cell transcriptome analysis reveals evolving tumour microenvironment induced by immunochemotherapy in nasopharyngeal carcinoma 2024-Oct, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70061 PMID:39415331	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了免疫化疗诱导的鼻咽癌肿瘤微环境的变化	首次在单细胞水平上探讨了免疫化疗对鼻咽癌肿瘤微环境的影响，揭示了不同治疗反应的分子机制	样本量较小，仅包括18个bulk和11个单细胞RNA测序样本	探讨免疫化疗对鼻咽癌肿瘤微环境的影响及其机制	高风险转移性局部晚期鼻咽癌患者治疗前后的肿瘤微环境	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	18个bulk样本和11个单细胞RNA测序样本