单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 580 篇文献，本页显示第 361 - 380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2024-10-24 |
Integrative multi-omics analysis reveals the role of tumor-associated endothelial cells and their signature in prognosis of intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-Oct-19, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05750-2
PMID:39427165
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研究论文 | 研究探讨了肿瘤相关内皮细胞（TECs）与肿瘤微环境（TME）中免疫细胞的相互作用及其对肿瘤预后的影响 | 通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了TECs在肿瘤血管生成中的作用及其显著异质性，并构建了TEC特征（TEC.Sig），该特征可预测患者对免疫治疗的反应 | 研究主要基于单细胞RNA测序和空间转录组学分析，可能需要更多临床数据验证TEC.Sig的预测能力 | 探讨肿瘤相关内皮细胞与免疫细胞在肿瘤微环境中的相互作用及其对肿瘤预后的影响 | 肿瘤相关内皮细胞（TECs）、免疫细胞、肿瘤微环境（TME） | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学分析 | NA | RNA | 来自肝内胆管癌（ICC）患者的肿瘤、正常和淋巴结组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 362 | 2024-10-24 |
Mapping RANKL- and OPG-expressing cells in bone tissue: the bone surface cells as activators of osteoclastogenesis and promoters of the denosumab rebound effect
2024-Oct-18, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-024-00362-4
PMID:39424806
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研究论文 | 本文研究了骨组织中RANKL和OPG表达细胞的定位，探讨了骨表面细胞在破骨细胞生成和地诺单抗反弹效应中的作用 | 首次使用原位杂交技术直接识别通过RANKL/OPG途径激活破骨细胞生成的细胞，并分析了OPG:Fc和PTH处理对RANKL和OPG表达的影响 | 研究主要基于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证 | 揭示地诺单抗停药后反弹性骨吸收的细胞机制 | 骨组织中的RANKL和OPG表达细胞 | NA | NA | 原位杂交技术 | NA | RNA | 小鼠样本，包括OPG:Fc和PTH处理组 | NA | NA | NA | NA |
| 363 | 2024-10-24 |
Integrated single-cell and spatial transcriptomics reveal microenvironment disruptions by androgen in mouse ovary
2024-Oct-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111028
PMID:39429789
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了在小鼠卵巢中，雄激素诱导的多囊卵巢综合征（PCOS）样模型中颗粒细胞和膜细胞亚群的功能和数量变化 | 首次在亚群水平上揭示了雄激素对颗粒细胞和膜细胞的影响，特别是GC5和TC2亚群的炎症和脂质代谢活动增强 | 研究仅限于小鼠模型，结果是否适用于人类PCOS患者尚需进一步验证 | 探讨雄激素在多囊卵巢综合征中对卵巢微环境的影响 | 小鼠卵巢中的颗粒细胞和膜细胞亚群 | 数字病理学 | 生殖疾病 | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠PCOS样模型 | NA | NA | NA | NA |
| 364 | 2024-10-24 |
Accurate identification of locally aneuploid cells by incorporating cytogenetic information in single cell data analysis
2024-10-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-75226-2
PMID:39406835
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研究论文 | 本文开发了两种方法partCNV和partCNVH，用于快速准确地检测具有局部拷贝数缺失或扩增的非整倍体细胞，并结合细胞遗传信息进行单细胞数据分析 | 本文提出了两种新方法partCNV和partCNVH，通过结合细胞遗传信息和隐马尔可夫模型，提高了非整倍体细胞检测的准确性和可解释性 | NA | 开发和评估用于检测血液癌症中单细胞非整倍体细胞的新方法 | 血液癌症患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 血液癌症 | 单细胞RNA测序 | 隐马尔可夫模型 | RNA测序数据 | 三个血液癌症患者的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 365 | 2024-10-24 |
Advances in long-read single-cell transcriptomics
2024-Oct, Human genetics
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s00439-024-02678-x
PMID:38787419
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综述 | 本文综述了长读长单细胞转录组学（scRNA-Seq）的最新进展，重点介绍了文库制备协议和下游生物信息学分析工具 | 长读长scRNA-Seq技术克服了传统短读长方法在完整转录本覆盖、解析异构体和识别新转录本方面的局限性 | 长读长scRNA-Seq技术在早期相比短读长方法准确性较低，但通过改进已逐渐提高 | 探讨长读长单细胞转录组学技术的发展及其在疾病异质性分析中的应用 | 长读长单细胞转录组学技术及其在疾病异质性分析中的应用 | 基因组学 | NA | 长读长单细胞转录组学（scRNA-Seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 366 | 2024-10-24 |
Effector Function Characteristics of Exhausted CD8+ T-Cell in Microsatellite Stable and Unstable Gastric Cancer
2024-Oct, Cancer research and treatment
IF:4.1Q2
DOI:10.4143/crt.2024.317
PMID:38637967
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研究论文 | 研究了微卫星稳定和不稳定胃癌中耗竭CD8+ T细胞的效应功能特征 | 发现微卫星不稳定胃癌中的耗竭T细胞保留了IFN-γ信号通路，为胃癌免疫治疗提供了新的视角 | 样本量较小，仅包括三例微卫星不稳定和三例微卫星稳定胃癌样本 | 探讨微卫星不稳定胃癌的肿瘤免疫微环境特征 | 微卫星稳定和不稳定胃癌中的CD8+ T细胞亚型 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序和空间转录组分析 | NA | 转录组数据 | 三例微卫星不稳定和三例微卫星稳定胃癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 367 | 2024-10-24 |
The crucial prognostic signaling pathways of pancreatic ductal adenocarcinoma were identified by single-cell and bulk RNA sequencing data
2024-Oct, Human genetics
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s00439-024-02663-4
PMID:38526745
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研究论文 | 通过单细胞和批量RNA测序数据识别胰腺导管腺癌的关键预后信号通路 | 利用单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出12个独立的胰腺导管腺癌预后因子，并构建了具有良好区分度和校准度的预后模型 | 研究仅基于特定的数据集，结果的普适性有待进一步验证 | 探索胰腺导管腺癌的潜在预后信号通路，提高预后预测的准确性 | 胰腺导管腺癌的预后因子及其相关信号通路 | 数字病理学 | 胰腺癌 | RNA测序 | Cox回归模型，Lasso回归模型 | RNA测序数据 | 一个单细胞RNA测序队列和四个GEO队列的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 368 | 2024-10-24 |
LTBR acts as a novel immune checkpoint of tumor-associated macrophages for cancer immunotherapy
2024-Oct, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.233
PMID:39429877
|
研究论文 | 研究揭示了淋巴毒素β受体（LTBR）作为肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的新型免疫检查点，并提出了一种新的癌症免疫治疗策略 | 首次发现LTBR作为TAMs的新型免疫检查点，并提出了一种新的免疫治疗策略，通过靶向LTBR TAMs来克服免疫检查点抑制剂的耐药性 | 研究主要基于肺腺癌（LUAD）的数据，结果的普适性需要进一步验证 | 揭示肿瘤相关巨噬细胞在癌症免疫治疗中的作用机制，并寻找新的免疫检查点 | 肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其在肺腺癌（LUAD）中的作用 | 免疫学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序（single-cell RNA-seq） | NA | 基因组数据 | 涉及肺腺癌（LUAD）的免疫多组学数据和单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 369 | 2024-10-24 |
Integrative Analysis by Mendelian Randomization and Large-Scale Single-Cell Transcriptomics Reveals Causal Links between B Cell Subtypes and Diabetic Kidney Disease
2024-Oct, Kidney diseases (Basel, Switzerland)
DOI:10.1159/000539689
PMID:39430286
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研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化和大规模单细胞转录组学分析，揭示了B细胞亚型与糖尿病肾病之间的因果关系 | 首次通过孟德尔随机化和单细胞疾病相关评分（scDRS）分析，揭示了B细胞亚型在糖尿病肾病发病中的潜在作用 | 研究主要集中在B细胞亚型，未全面探讨其他免疫细胞类型对糖尿病肾病的影响 | 深入理解糖尿病肾病的病理机制，特别是循环免疫细胞的作用 | 糖尿病肾病患者和B细胞亚型 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 孟德尔随机化分析、单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 370 | 2024-10-22 |
Graph attention automatic encoder based on contrastive learning for domain recognition of spatial transcriptomics
2024-Oct-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07037-0
PMID:39424696
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研究论文 | 本文介绍了一种基于对比学习的图注意力自动编码器方法，用于空间转录组学的领域识别 | 提出了一种新的深度学习方法GAAEST，结合空间位置信息和基因表达数据，通过图注意力网络和对比学习优化嵌入表示，显著提升了空间域识别的准确性 | 未提及 | 开发一种能够准确识别空间转录组学中空间域的深度学习方法 | 空间转录组学中的基因表达数据和空间位置信息 | 机器学习 | NA | 图注意力网络、对比学习 | 自动编码器 | 基因表达数据 | 多个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 371 | 2024-10-22 |
Insights into the molecular characteristics of embryonic cranial neural crest cells and their derived mesenchymal cell pools
2024-Oct-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07056-x
PMID:39424998
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研究论文 | 研究探讨了胚胎期颅神经嵴细胞及其衍生的间充质细胞池的分子特征 | 通过单细胞RNA测序和全基因组DNA甲基化分析，揭示了鹿角再生和牙齿间充质细胞之间的共同基因表达谱和甲基化特征 | NA | 揭示颅神经嵴细胞衍生的间充质细胞的发育生物学和再生潜力 | 胚胎期颅神经嵴细胞及其衍生的间充质细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序，全基因组DNA甲基化分析 | NA | 基因表达数据，DNA甲基化数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 372 | 2024-10-22 |
Multi-scalar data integration decoding risk genes for chronic kidney disease
2024-Oct-18, BMC nephrology
IF:2.2Q2
DOI:10.1186/s12882-024-03798-2
PMID:39425076
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研究论文 | 本研究通过整合全基因组关联研究、RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索与慢性肾脏疾病相关的基因和细胞类型 | 本研究首次整合了多种尺度的数据，包括全基因组关联研究、RNA测序和单细胞RNA测序，以揭示慢性肾脏疾病的基因和细胞类型 | 本研究主要基于现有数据库中的数据，未进行新的实验验证 | 探索与慢性肾脏疾病相关的基因、通路和细胞类型，为进一步的机制研究奠定基础 | 慢性肾脏疾病的基因和细胞类型 | 基因组学 | 肾脏疾病 | 全基因组关联研究、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 779个SNPs，涉及681个基因 | NA | NA | NA | NA |
| 373 | 2024-10-22 |
Scalable identification of lineage-specific gene regulatory networks from metacells with NetID
2024-Oct-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03418-0
PMID:39425176
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研究论文 | 本文介绍了一种名为NetID的方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别基因调控网络，特别是针对细胞谱系特异性网络 | NetID通过利用同质性metacells并避免虚假的基因-基因相关性，克服了数据稀疏性和高维度的挑战，相比基于插补的方法表现出更优越的性能 | NA | 旨在开发一种可扩展的方法来识别细胞谱系特异性的基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据中的基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 大规模单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 374 | 2024-10-21 |
Novel combination therapy using recombinant oncolytic adenovirus silk hydrogel and PD-L1 inhibitor for bladder cancer treatment
2024-Oct-18, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-024-02903-9
PMID:39420389
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研究论文 | 研究了一种新的联合治疗策略，通过联合使用重组溶瘤腺病毒丝素水凝胶和PD-L1抑制剂来治疗膀胱癌 | 开发了一种新的纳米复合水凝胶，能够有效加载和释放重组溶瘤腺病毒，并联合PD-L1抑制剂显著增强T细胞浸润和肿瘤杀伤效果 | NA | 探索一种新的联合治疗策略，以提高膀胱癌的治疗效果 | 膀胱癌组织和小鼠模型 | NA | 膀胱癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠膀胱癌组织 | NA | NA | NA | NA |
| 375 | 2024-10-21 |
Enhancing GFPT1 expression with glutamine protects chondrocytes in osteoarthritis
2024-Oct-18, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113427
PMID:39426230
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研究论文 | 研究通过孟德尔随机化分析和共定位分析，发现GFPT1在骨关节炎中的表达下调，并通过体外实验验证了补充谷氨酰胺可以上调GFPT1表达，从而改善骨关节炎中软骨细胞的代谢 | 首次通过孟德尔随机化分析和共定位分析确定GFPT1为骨关节炎的治疗靶点，并验证了谷氨酰胺在恢复GFPT1表达和软骨代谢中的作用 | 研究主要基于体外实验，尚未在临床上验证其疗效 | 识别并验证能够减缓骨关节炎进展的潜在药物靶点 | 骨关节炎中的软骨细胞和GFPT1基因 | 生物医学 | 骨关节炎 | 孟德尔随机化分析、共定位分析、RNA测序 | NA | RNA | 2645个靶点，人类和小鼠的软骨样本 | NA | NA | NA | NA |
| 376 | 2024-10-21 |
Osteopetrosis-like disorders induced by osteoblast-specific retinoic acid signaling inhibition in mice
2024-Oct-17, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-024-00353-5
PMID:39419968
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研究论文 | 研究构建了骨细胞特异性抑制视黄酸信号的小鼠模型，发现其表现出类似人类骨硬化症的症状，并揭示了视黄酸信号在骨细胞中的抑制作用导致骨骼、造血和免疫系统功能障碍的机制 | 首次揭示了骨细胞中视黄酸信号的抑制作用导致类似骨硬化症的病理机制，为骨硬化症的治疗提供了新的见解 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨骨细胞中视黄酸信号的抑制作用对骨骼、造血和免疫系统的影响 | 骨细胞特异性抑制视黄酸信号的小鼠模型 | NA | 骨硬化症 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)，RNA测序 (RNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 377 | 2024-10-21 |
Computational identification of surface markers for isolating distinct subpopulations from heterogeneous cancer cell populations
2024-Oct-17, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-024-00441-6
PMID:39420005
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研究论文 | 本文介绍了一种名为clusterCleaver的计算工具，用于识别和分离异质性癌细胞群体中的不同亚群 | 开发了一种新的计算工具clusterCleaver，用于识别单细胞RNA测序数据中的表面标记物，以分离癌细胞亚群 | NA | 开发一种计算工具，用于识别和分离癌细胞群体中的不同亚群，以提高治疗效果和理解肿瘤进展 | 癌细胞亚群的表面标记物 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | MDA-MB-231和MDA-MB-436细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 378 | 2024-10-21 |
Tregs ST2 deficiency enhances the abscopal anti-tumor response induced by microwave ablation
2024-Oct-17, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113330
PMID:39423663
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研究论文 | 研究探讨了微波消融（MWA）对肿瘤微环境中Treg细胞ST2表达的影响及其在抗肿瘤反应中的作用 | 首次研究了Treg细胞中ST2缺乏对微波消融诱导的远端抗肿瘤反应的增强作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在临床试验中验证 | 探索微波消融对肿瘤微环境中Treg细胞ST2表达的影响及其在抗肿瘤反应中的机制 | Treg细胞、肿瘤微环境、微波消融 | 数字病理学 | NA | 流式细胞术、单细胞转录组测序 | NA | 细胞 | Foxp3Cre和Foxp3CreIl1rl1fl/fl小鼠的双侧背部肿瘤模型 | NA | NA | NA | NA |
| 379 | 2024-10-21 |
Single-cell transcriptome sequencing reveals that Wolbachia induces gene expression changes in Drosophila ovary cells to favor its own maternal transmission
2024-Oct-16, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01473-24
PMID:39194189
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序研究了Wolbachia在果蝇卵巢细胞中的基因表达变化，揭示了Wolbachia如何通过改变宿主基因表达来促进其母系传播 | 首次系统地分析了Wolbachia感染对果蝇卵巢细胞基因表达的影响，揭示了Wolbachia通过调节宿主基因表达来促进其在宿主卵巢细胞中的传播 | 研究仅限于特定Wolbachia菌株（Mel）和果蝇卵巢细胞，未来需要进一步研究其他菌株和宿主物种 | 探讨Wolbachia在果蝇卵巢细胞中的基因表达变化及其对母系传播的影响 | Wolbachia感染的果蝇卵巢细胞和未感染的卵巢细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 感染和未感染Wolbachia的果蝇卵巢细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 380 | 2024-10-21 |
DGSIST: Clustering spatial transcriptome data based on deep graph structure Infomax
2024-Oct-15, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2024.10.002
PMID:39413889
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研究论文 | 提出了一种基于深度图结构互信息最大化（DGSI）模型的空间转录组数据聚类方法DGSIST | DGSIST模型结合了图卷积神经网络和无监督学习方法，能够有效捕捉节点及其邻居的局部信息，并将其整合到整体图结构中 | NA | 旨在充分利用空间转录组数据，提高细胞类型识别的准确性 | 空间转录组数据中的细胞类型 | 生物信息学 | 癌症 | 图卷积神经网络 | DGSI | 空间转录组数据 | 多种组织类型和技术平台的数据 | NA | NA | NA | NA |