单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2024-10-19	TGF-β-mediated crosstalk between TIGIT+ Tregs and CD226+CD8+ T cells in the progression and remission of type 1 diabetes 2024-Oct-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53264-8 PMID:39406740	研究论文	研究探讨了TGF-β介导的TIGIT+ Tregs与CD226+CD8+ T细胞在1型糖尿病进展和缓解中的相互作用	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了不同1型糖尿病阶段免疫细胞的动态变化，并发现TIGITCCR7 Tregs和CD226CCR7CD8细胞毒性T细胞在疾病进展和缓解中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体临床验证	探讨1型糖尿病进展和缓解过程中免疫细胞的相互作用及其潜在的治疗靶点	TIGIT+ Tregs和CD226+CD8+ T细胞	免疫学	糖尿病	单细胞RNA测序	机器学习算法	RNA	涉及不同1型糖尿病阶段的多个患者样本
362	2024-10-19	Comprehensive analysis of a necroptosis-associated diagnostic signature for myelodysplastic syndromes based on single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq 2024-Oct-15, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-024-00335-x PMID:39407301	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，全面分析了与坏死性凋亡相关的骨髓增生异常综合征诊断特征	开发了一种新的坏死性凋亡基因特征，用于早期区分和诊断骨髓增生异常综合征	NA	探讨坏死性凋亡在骨髓增生异常综合征中的作用和机制，并开发新的诊断特征	骨髓增生异常综合征患者和健康对照组的单细胞RNA测序数据	数字病理学	血液疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	骨髓增生异常综合征患者和健康对照组
363	2024-10-19	BRD4 inhibitor reduces exhaustion and blocks terminal differentiation in CAR-T cells by modulating BATF and EGR1 2024-Oct-15, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00667-w PMID:39407311	研究论文	研究探讨了BRD4抑制剂通过调节BATF和EGR1来减少CAR-T细胞的耗竭并阻止其终末分化	首次揭示了BRD4抑制剂通过下调BATF活性和表达以及上调EGR1活性和表达来减少CAR-T细胞的耗竭并阻止其终末分化	研究仅限于体外实验，未涉及临床试验	阐明BRD4抑制剂减少CAR-T细胞耗竭的机制	CAR-T细胞和BRD4抑制剂	细胞治疗	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自白血病患者的耗竭T细胞
364	2024-10-19	Pyroptosis-related genes features on prediction of the prognosis in liver cancer: An integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing 2024-Oct-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38438 PMID:39416843	研究论文	本研究探讨了细胞焦亡相关基因（PRG）对肝癌（LC）预后的影响	构建了一个基于细胞焦亡的风险评分模型，用于预测肝癌患者的预后，并发现该模型在区分高风险和低风险患者方面具有显著效果	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，未涉及临床试验验证	探讨细胞焦亡相关基因对肝癌预后的影响，并构建预测模型	肝癌患者的预后和细胞焦亡相关基因	数字病理学	肝癌	RNA测序	Lasso Cox回归	RNA表达数据	421个样本（371个肿瘤样本和50个正常样本）
365	2024-10-19	Intratumoral STING agonist reverses immune evasion in PD-(L)1-refractory Merkel cell carcinoma: mechanistic insights from detailed biomarker analyses 2024-Oct-14, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009803 PMID:39401968	研究论文	本文报道了一例抗PD-L1耐药的Merkel细胞癌患者在接受STING激动剂和抗PD-1抗体联合治疗后，实现了持久的客观缓解，并进行了详细的生物标志物分析	首次揭示了STING激动剂在Merkel细胞癌中通过肿瘤微环境中的免疫和基质细胞间接发挥作用，而不一定需要癌细胞表达STING	研究仅基于单个病例，需要进一步的临床试验验证	探讨STING激动剂在PD-(L)1耐药的Merkel细胞癌中的作用机制	抗PD-L1耐药的Merkel细胞癌患者及其肿瘤微环境	NA	皮肤癌	单细胞RNA测序、30参数流式细胞术、T细胞受体测序、多重免疫组化	NA	基因表达数据、免疫细胞数据、组织切片数据	1例患者，88例Merkel细胞癌肿瘤标本
366	2024-10-19	Cell type and regulatory analysis in amphioxus illuminates evolutionary origin of the vertebrate head 2024-Oct-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52938-7 PMID:39402029	研究论文	本研究通过结合单细胞转录组学、信号通路扰动和顺式调控分析，揭示了文昌鱼中脊椎动物头部发育的进化起源	本研究首次在文昌鱼中识别出类似前脊索板、前迁移和迁移神经嵴细胞群，并通过跨物种转基因实验揭示了神经嵴和前脊索板发育程序在脊椎动物和文昌鱼中的调控环境相似性	NA	揭示脊椎动物头部发育的进化起源	文昌鱼中的细胞类型和发育信号通路	发育生物学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
367	2024-10-19	Computational approach for decoding malaria drug targets from single-cell transcriptomics and finding potential drug molecule 2024-10-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-72427-7 PMID:39402081	研究论文	本文提出了一种基于单细胞转录组数据的计算方法，用于识别疟疾药物靶点并预测潜在的药物分子	本文创新性地结合了互信息特征选择算法和分类算法，从单细胞转录组数据中筛选出关键蛋白质，并通过蛋白质-蛋白质相互作用网络分析确定重要靶点，最终利用深度学习技术预测潜在药物分子	本文仅针对恶性疟原虫进行了研究，未涵盖其他疟原虫种类	旨在通过单细胞转录组数据识别疟疾药物靶点，并预测潜在的新药物分子	恶性疟原虫的单细胞转录组数据及其蛋白质-蛋白质相互作用网络	机器学习	疟疾	单细胞RNA测序	深度学习	转录组数据	恶性疟原虫的有性和无性阶段样本
368	2024-10-19	Sex-specific proximal tubular cell differentiation pathways identified by single-nucleus RNA sequencing 2024-10-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-73102-7 PMID:39402239	研究论文	通过单核RNA测序技术，研究了小鼠肾脏近端小管细胞在不同年龄段的性别特异性分化途径	首次揭示了近端小管细胞在晚期时间点的性别特异性表达谱，并使用轨迹和RNA速度分析技术描绘了这些细胞的分化途径	研究仅限于小鼠模型，且样本量相对较小	探讨肾脏近端小管细胞在不同年龄段的性别特异性分化途径	小鼠肾脏近端小管细胞	数字病理学	NA	单核RNA测序 (snRNA-seq)	NA	基因表达数据	68,775个细胞核，来自16只小鼠
369	2024-10-19	CTPAD: an interactive web application for comprehensive transcriptomic profiling in allergic diseases 2024-Oct-14, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05459-2 PMID:39402558	研究论文	开发了一个名为CTPAD的交互式网络应用程序，用于过敏性疾病的全基因组表达谱分析和可视化	CTPAD整合了公共数据库和多种算法，提供了丰富的转录组可视化功能，并支持自定义选项和高分辨率图像下载	NA	提供一个全面的网络工具，用于过敏性疾病的多种分析	人类和小鼠与过敏性疾病相关的基因表达数据	生物信息学	过敏性疾病	转录组分析	NA	基因表达数据	人类和小鼠样本
370	2024-10-19	Pan-cancer analysis of Sp1 with a focus on immunomodulatory roles in gastric cancer 2024-Oct-14, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03521-z PMID:39402565	研究论文	本文通过生物信息学工具和公共数据集，全面分析了Sp1在不同癌症中的表达及其在胃癌中的免疫调节作用	首次进行了全面的泛癌分析，探讨了Sp1在肿瘤发生中的多方面作用，并验证了其在胃癌患者免疫治疗中的预后和预测价值	研究主要基于公共数据集和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探讨Sp1在不同癌症中的表达及其在胃癌中的免疫调节作用，评估其在胃癌患者免疫治疗中的预后和预测价值	Sp1在正常组织、肿瘤和免疫细胞中的表达及其与免疫细胞浸润、肿瘤突变负荷和免疫检查点信号的关系	数字病理学	胃癌	生物信息学分析、免疫组化、多重免疫荧光	Cox回归模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	免疫治疗患者队列
371	2024-10-19	Identification of the metabolic protein ATP5MF as a potential therapeutic target of TNBC 2024-Oct-14, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05692-9 PMID:39402579	研究论文	本文研究了三阴性乳腺癌（TNBC）中代谢蛋白ATP5MF作为潜在治疗靶点的可能性	首次将ATP5MF确定为非BRCA1/2突变型TNBC的潜在治疗靶点	研究仅限于体外和动物模型实验，尚未进行临床试验	开发针对非BRCA1/2突变型TNBC的新治疗策略	三阴性乳腺癌细胞和相关基因	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）、蛋白质-蛋白质相互作用分析	NA	基因表达数据	包括两个TNBC细胞系（MDA-MB-231和BT-549）和裸鼠肿瘤异种移植模型
372	2024-10-19	BNIP3+ fibroblasts associated with hypoxia and inflammation predict prognosis and immunotherapy response in pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-Oct-14, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05674-x PMID:39402590	研究论文	研究探讨了BNIP3+纤维母细胞亚型在胰腺导管腺癌中的作用及其与预后和免疫治疗反应的关系	首次揭示了BNIP3+纤维母细胞亚型与低氧和炎症反应的关联，并发现其与胰腺导管腺癌患者的预后和免疫治疗反应密切相关	研究样本量较小，且仅基于单细胞测序数据，可能影响结果的普适性	探索胰腺导管腺癌中癌症相关纤维母细胞的新靶点，以改善治疗策略	胰腺导管腺癌患者的癌症相关纤维母细胞及其与预后和免疫治疗反应的关系	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	NA	单细胞数据	35例胰腺导管腺癌患者的单细胞测序数据
373	2024-10-19	scCTS: identifying the cell type-specific marker genes from population-level single-cell RNA-seq 2024-Oct-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03410-8 PMID:39402623	研究论文	本文介绍了一种名为scCTS的统计模型，用于从群体水平的单细胞RNA测序数据中识别细胞类型特异性标记基因	开发了一种新的统计模型scCTS，能够更有效地从群体水平的单细胞RNA测序数据中识别细胞类型特异性基因	未提及	旨在改进从群体水平单细胞RNA测序数据中识别细胞类型特异性标记基因的方法	群体水平的单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性标记基因	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	统计模型	基因表达数据	多个供体的单细胞RNA测序数据
374	2024-10-17	Transcriptional landscape of sweetpotato root tip development at the single-cell level 2024-Oct-12, BMC plant biology IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s12870-024-05574-8 PMID:39394068	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术揭示了甘薯根尖分生组织的细胞异质性	首次利用单细胞转录组测序技术分析甘薯根尖组织的细胞类型和发育轨迹	NA	研究甘薯根尖分生组织的细胞类型和发育调控机制	甘薯根尖分生组织的单细胞	基因组学	NA	单细胞转录组测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	12,172个单细胞和27,355个基因
375	2024-10-19	Deletion of platelet-derived growth factor receptor β suppresses tumorigenesis in metabolic dysfunction-associated steatohepatitis (MASH) mice with diabetes 2024-10-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-75713-6 PMID:39394459	研究论文	研究了血小板衍生生长因子受体β（PDGFRβ）在糖尿病相关代谢功能障碍性脂肪性肝炎（MASH）小鼠模型中的表达及其对肿瘤发生的影响	首次探讨了PDGFRβ在糖尿病MASH小鼠模型中的作用，并发现其缺失可抑制肿瘤发生	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证结果	探讨PDGFRβ在糖尿病MASH中的作用及其对肿瘤发生的影响	糖尿病MASH小鼠模型中的PDGFRβ表达及其对肿瘤发生的影响	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型（KO和FL）
376	2024-10-19	Dual spatial host-bacterial gene expression in Mycobacterium abscessus respiratory infections 2024-Oct-09, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06929-5 PMID:39384974	研究论文	本文展示了定制细菌探针在甲醛固定石蜡包埋（FFPE）组织中识别宿主-病原体相互作用的能力	本文首次通过探针空间转录组技术，在FFPE组织中同时检测宿主和细菌的基因表达	研究仅在慢性感染的鼠肺组织中进行，结果的普适性有待验证	探索宿主和病原体在空间转录组信息上的共定位，以深化对微生物致病机制的理解	慢性感染了脓肿分枝杆菌的鼠肺组织	NA	NA	探针空间转录组技术	NA	基因表达数据	鼠肺组织样本
377	2024-10-19	Hyperbaric oxygen therapy enhances osteointegration of reimplanted cranial flap by regulating osteogenesis-angiogenesis coupling 2024-Oct, Journal of orthopaedic research : official publication of the Orthopaedic Research Society IF:2.1Q2 DOI:10.1002/jor.25875 PMID:38751166	研究论文	研究高压氧治疗对颅骨瓣再植后骨整合的影响	首次通过单细胞RNA测序揭示高压氧治疗对颅骨瓣再植后骨形成和血管形成的具体细胞类型和信号通路的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在临床上验证	探讨高压氧治疗在颅骨瓣再植后骨整合中的作用	颅骨瓣再植后的骨形成和血管形成	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
378	2024-10-19	Neutrophils Recruited by NKX2-1 Suppression via Activation of CXCLs/CXCR2 Axis Promote Lung Adenocarcinoma Progression 2024-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202400370 PMID:39113226	研究论文	研究探讨了NKX2-1通过激活CXCLs/CXCR2轴招募中性粒细胞促进肺腺癌进展的机制	揭示了NKX2-1在调控肿瘤免疫微环境中通过抑制CXCLs/CXCR2依赖机制影响中性粒细胞浸润的新机制	NA	研究NKX2-1在肺腺癌进展中的作用及其对肿瘤免疫微环境的影响	肺腺癌细胞、中性粒细胞及CXCLs/CXCR2信号通路	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、Visium原位捕获分析、qRT-PCR、ATAC-seq	NA	基因表达数据	NA
379	2024-10-19	Endothelial Cell-Derived Extracellular Vesicles Promote Aberrant Neutrophil Trafficking and Subsequent Remote Lung Injury 2024-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202400647 PMID:39119837	研究论文	研究揭示了内皮细胞衍生的外泌体在促进中性粒细胞异常迁移和随后的远端肺损伤中的作用	首次通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析揭示了内皮细胞释放的外泌体在促进中性粒细胞反向跨内皮迁移中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和临床样本，缺乏人体内直接干预实验	探讨脓毒症相关急性呼吸窘迫综合征（ARDS）中中性粒细胞异常迁移的分子机制	中性粒细胞、内皮细胞及其衍生的外泌体	数字病理学	急性呼吸窘迫综合征	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据	小鼠模型和脓毒症相关ARDS患者的血液样本
380	2024-10-19	Identification of a Novel ECM Remodeling Macrophage Subset in AKI to CKD Transition by Integrative Spatial and Single-Cell Analysis 2024-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202309752 PMID:39119903	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学分析，研究了AKI到CKD过渡期间巨噬细胞的时空异质性	发现了与肾纤维化相关的新的巨噬细胞亚群，即细胞外基质重塑相关巨噬细胞（EAMs）	研究仅限于小鼠模型，结果的临床适用性需要进一步验证	探讨AKI到CKD过渡期间巨噬细胞的异质性和动态特征	AKI到CKD过渡期间的小鼠巨噬细胞	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠AKI-to-CKD模型中的多个时间点样本