单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2024-10-24	Advances in long-read single-cell transcriptomics 2024-Oct, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-024-02678-x PMID:38787419	综述	本文综述了长读长单细胞转录组学（scRNA-Seq）的最新进展，重点介绍了文库制备协议和下游生物信息学分析工具	长读长scRNA-Seq技术克服了传统短读长方法在完整转录本覆盖、解析异构体和识别新转录本方面的局限性	长读长scRNA-Seq技术在早期相比短读长方法准确性较低，但通过改进已逐渐提高	探讨长读长单细胞转录组学技术的发展及其在疾病异质性分析中的应用	长读长单细胞转录组学技术及其在疾病异质性分析中的应用	基因组学	NA	长读长单细胞转录组学（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	NA
342	2024-10-24	Effector Function Characteristics of Exhausted CD8+ T-Cell in Microsatellite Stable and Unstable Gastric Cancer 2024-Oct, Cancer research and treatment IF:4.1Q2 DOI:10.4143/crt.2024.317 PMID:38637967	研究论文	研究了微卫星稳定和不稳定胃癌中耗竭CD8+ T细胞的效应功能特征	发现微卫星不稳定胃癌中的耗竭T细胞保留了IFN-γ信号通路，为胃癌免疫治疗提供了新的视角	样本量较小，仅包括三例微卫星不稳定和三例微卫星稳定胃癌样本	探讨微卫星不稳定胃癌的肿瘤免疫微环境特征	微卫星稳定和不稳定胃癌中的CD8+ T细胞亚型	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序和空间转录组分析	NA	转录组数据	三例微卫星不稳定和三例微卫星稳定胃癌样本
343	2024-10-24	The crucial prognostic signaling pathways of pancreatic ductal adenocarcinoma were identified by single-cell and bulk RNA sequencing data 2024-Oct, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-024-02663-4 PMID:38526745	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序数据识别胰腺导管腺癌的关键预后信号通路	利用单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出12个独立的胰腺导管腺癌预后因子，并构建了具有良好区分度和校准度的预后模型	研究仅基于特定的数据集，结果的普适性有待进一步验证	探索胰腺导管腺癌的潜在预后信号通路，提高预后预测的准确性	胰腺导管腺癌的预后因子及其相关信号通路	数字病理学	胰腺癌	RNA测序	Cox回归模型，Lasso回归模型	RNA测序数据	一个单细胞RNA测序队列和四个GEO队列的数据
344	2024-10-24	LTBR acts as a novel immune checkpoint of tumor-associated macrophages for cancer immunotherapy 2024-Oct, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.233 PMID:39429877	研究论文	研究揭示了淋巴毒素β受体（LTBR）作为肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的新型免疫检查点，并提出了一种新的癌症免疫治疗策略	首次发现LTBR作为TAMs的新型免疫检查点，并提出了一种新的免疫治疗策略，通过靶向LTBR TAMs来克服免疫检查点抑制剂的耐药性	研究主要基于肺腺癌（LUAD）的数据，结果的普适性需要进一步验证	揭示肿瘤相关巨噬细胞在癌症免疫治疗中的作用机制，并寻找新的免疫检查点	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其在肺腺癌（LUAD）中的作用	免疫学	肺腺癌	单细胞RNA测序（single-cell RNA-seq）	NA	基因组数据	涉及肺腺癌（LUAD）的免疫多组学数据和单细胞RNA测序数据
345	2024-10-24	Integrative Analysis by Mendelian Randomization and Large-Scale Single-Cell Transcriptomics Reveals Causal Links between B Cell Subtypes and Diabetic Kidney Disease 2024-Oct, Kidney diseases (Basel, Switzerland) DOI:10.1159/000539689 PMID:39430286	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和大规模单细胞转录组学分析，揭示了B细胞亚型与糖尿病肾病之间的因果关系	首次通过孟德尔随机化和单细胞疾病相关评分（scDRS）分析，揭示了B细胞亚型在糖尿病肾病发病中的潜在作用	研究主要集中在B细胞亚型，未全面探讨其他免疫细胞类型对糖尿病肾病的影响	深入理解糖尿病肾病的病理机制，特别是循环免疫细胞的作用	糖尿病肾病患者和B细胞亚型	生物信息学	糖尿病肾病	孟德尔随机化分析、单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量
346	2024-10-22	Graph attention automatic encoder based on contrastive learning for domain recognition of spatial transcriptomics 2024-Oct-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07037-0 PMID:39424696	研究论文	本文介绍了一种基于对比学习的图注意力自动编码器方法，用于空间转录组学的领域识别	提出了一种新的深度学习方法GAAEST，结合空间位置信息和基因表达数据，通过图注意力网络和对比学习优化嵌入表示，显著提升了空间域识别的准确性	未提及	开发一种能够准确识别空间转录组学中空间域的深度学习方法	空间转录组学中的基因表达数据和空间位置信息	机器学习	NA	图注意力网络、对比学习	自动编码器	基因表达数据	多个数据集
347	2024-10-22	Insights into the molecular characteristics of embryonic cranial neural crest cells and their derived mesenchymal cell pools 2024-Oct-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07056-x PMID:39424998	研究论文	研究探讨了胚胎期颅神经嵴细胞及其衍生的间充质细胞池的分子特征	通过单细胞RNA测序和全基因组DNA甲基化分析，揭示了鹿角再生和牙齿间充质细胞之间的共同基因表达谱和甲基化特征	NA	揭示颅神经嵴细胞衍生的间充质细胞的发育生物学和再生潜力	胚胎期颅神经嵴细胞及其衍生的间充质细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序，全基因组DNA甲基化分析	NA	基因表达数据，DNA甲基化数据	NA
348	2024-10-22	Multi-scalar data integration decoding risk genes for chronic kidney disease 2024-Oct-18, BMC nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1186/s12882-024-03798-2 PMID:39425076	研究论文	本研究通过整合全基因组关联研究、RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索与慢性肾脏疾病相关的基因和细胞类型	本研究首次整合了多种尺度的数据，包括全基因组关联研究、RNA测序和单细胞RNA测序，以揭示慢性肾脏疾病的基因和细胞类型	本研究主要基于现有数据库中的数据，未进行新的实验验证	探索与慢性肾脏疾病相关的基因、通路和细胞类型，为进一步的机制研究奠定基础	慢性肾脏疾病的基因和细胞类型	基因组学	肾脏疾病	全基因组关联研究、RNA测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	779个SNPs，涉及681个基因
349	2024-10-22	Scalable identification of lineage-specific gene regulatory networks from metacells with NetID 2024-Oct-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03418-0 PMID:39425176	研究论文	本文介绍了一种名为NetID的方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别基因调控网络，特别是针对细胞谱系特异性网络	NetID通过利用同质性metacells并避免虚假的基因-基因相关性，克服了数据稀疏性和高维度的挑战，相比基于插补的方法表现出更优越的性能	NA	旨在开发一种可扩展的方法来识别细胞谱系特异性的基因调控网络	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	大规模单细胞转录组数据
350	2024-10-22	MEF2C is a Potential Prognostic Biomarker and is Correlated with Immune Infiltrates in Lung Adenocarcinoma 2024-Oct-18, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673317910241003101925 PMID:39428936	研究论文	研究探讨了MEF2C在肺腺癌中的表达及其作为预后生物标志物的潜力，并分析了其与免疫浸润的关系	首次系统分析了MEF2C在肺腺癌中的表达及其与临床特征、预后指标和免疫系统相互作用的关系	研究主要基于TCGA数据和部分实验验证，缺乏大规模临床验证	探讨MEF2C在肺腺癌中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	MEF2C在肺腺癌中的表达及其与临床特征、预后指标和免疫系统相互作用的关系	数字病理学	肺癌	生物信息学分析、定量实时PCR	NA	基因表达数据	使用TCGA数据集，涉及多种癌症类型，重点研究肺腺癌
351	2024-10-22	Revealing Fibrosis Genes as Biomarkers of Ulcerative Colitis: A Bioinformatics Study Based on ScRNA and Bulk RNA Datasets 2024-Oct-18, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303332155240912050838 PMID:39428941	研究论文	本研究旨在通过分析单细胞和批量RNA测序数据，揭示与纤维化相关的基因作为溃疡性结肠炎的生物标志物，并预测对TNFα抑制剂的敏感性	本研究首次结合单细胞和批量RNA测序数据，利用多种机器学习算法识别与纤维化相关的基因，并开发了用于诊断溃疡性结肠炎的模型	本研究仅基于有限的UC患者数据，且未在其他疾病或健康人群中验证模型的普适性	揭示与纤维化相关的基因作为溃疡性结肠炎的生物标志物，并预测对TNFα抑制剂的敏感性	溃疡性结肠炎患者及其纤维化相关基因	生物信息学	消化系统疾病	RNA测序	随机森林、支持向量机、Xgboost、多层感知器、逻辑回归	RNA数据	8个批量RNA测序数据集和1个单细胞RNA测序数据集，来自溃疡性结肠炎患者
352	2024-10-21	Impact of Curcumin on the IL-17A-Mediated p53-Fibrinolytic System: Mouse Proteomics and Integrated Human Fibrosis scRNAseq Insights 2024-Oct-19, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-024-02167-3 PMID:39424752	研究论文	研究了姜黄素对IL-17A介导的p53-纤溶系统的影响，通过小鼠蛋白质组学和综合人类纤维化scRNA-seq数据进行分析	首次探讨了IL-17A在p53-纤溶系统中的直接作用，并评估了姜黄素在调节急性肺损伤向特发性肺纤维化进展中的潜力	研究主要基于小鼠模型和人类纤维化scRNA-seq数据，缺乏直接的人体试验数据	评估IL-17A在p53-纤溶系统中的作用机制，并探讨姜黄素在调节急性肺损伤向特发性肺纤维化进展中的潜力	C57BL/6小鼠和人类特发性肺纤维化患者	生物医学	肺损伤	蛋白质组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子生物学、Schroedinger方法	NA	蛋白质、RNA	20例特发性肺纤维化患者和10例对照肺样本
353	2024-10-21	Novel combination therapy using recombinant oncolytic adenovirus silk hydrogel and PD-L1 inhibitor for bladder cancer treatment 2024-Oct-18, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02903-9 PMID:39420389	研究论文	研究了一种新的联合治疗策略，通过联合使用重组溶瘤腺病毒丝素水凝胶和PD-L1抑制剂来治疗膀胱癌	开发了一种新的纳米复合水凝胶，能够有效加载和释放重组溶瘤腺病毒，并联合PD-L1抑制剂显著增强T细胞浸润和肿瘤杀伤效果	NA	探索一种新的联合治疗策略，以提高膀胱癌的治疗效果	膀胱癌组织和小鼠模型	NA	膀胱癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	小鼠膀胱癌组织
354	2024-10-21	Enhancing GFPT1 expression with glutamine protects chondrocytes in osteoarthritis 2024-Oct-18, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113427 PMID:39426230	研究论文	研究通过孟德尔随机化分析和共定位分析，发现GFPT1在骨关节炎中的表达下调，并通过体外实验验证了补充谷氨酰胺可以上调GFPT1表达，从而改善骨关节炎中软骨细胞的代谢	首次通过孟德尔随机化分析和共定位分析确定GFPT1为骨关节炎的治疗靶点，并验证了谷氨酰胺在恢复GFPT1表达和软骨代谢中的作用	研究主要基于体外实验，尚未在临床上验证其疗效	识别并验证能够减缓骨关节炎进展的潜在药物靶点	骨关节炎中的软骨细胞和GFPT1基因	生物医学	骨关节炎	孟德尔随机化分析、共定位分析、RNA测序	NA	RNA	2645个靶点，人类和小鼠的软骨样本
355	2024-10-21	Osteopetrosis-like disorders induced by osteoblast-specific retinoic acid signaling inhibition in mice 2024-Oct-17, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-024-00353-5 PMID:39419968	研究论文	研究构建了骨细胞特异性抑制视黄酸信号的小鼠模型，发现其表现出类似人类骨硬化症的症状，并揭示了视黄酸信号在骨细胞中的抑制作用导致骨骼、造血和免疫系统功能障碍的机制	首次揭示了骨细胞中视黄酸信号的抑制作用导致类似骨硬化症的病理机制，为骨硬化症的治疗提供了新的见解	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨骨细胞中视黄酸信号的抑制作用对骨骼、造血和免疫系统的影响	骨细胞特异性抑制视黄酸信号的小鼠模型	NA	骨硬化症	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)，RNA测序 (RNA-seq)	NA	基因表达数据	小鼠模型
356	2024-10-21	Computational identification of surface markers for isolating distinct subpopulations from heterogeneous cancer cell populations 2024-Oct-17, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00441-6 PMID:39420005	研究论文	本文介绍了一种名为clusterCleaver的计算工具，用于识别和分离异质性癌细胞群体中的不同亚群	开发了一种新的计算工具clusterCleaver，用于识别单细胞RNA测序数据中的表面标记物，以分离癌细胞亚群	NA	开发一种计算工具，用于识别和分离癌细胞群体中的不同亚群，以提高治疗效果和理解肿瘤进展	癌细胞亚群的表面标记物	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	MDA-MB-231和MDA-MB-436细胞
357	2024-10-21	Tregs ST2 deficiency enhances the abscopal anti-tumor response induced by microwave ablation 2024-Oct-17, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113330 PMID:39423663	研究论文	研究探讨了微波消融（MWA）对肿瘤微环境中Treg细胞ST2表达的影响及其在抗肿瘤反应中的作用	首次研究了Treg细胞中ST2缺乏对微波消融诱导的远端抗肿瘤反应的增强作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在临床试验中验证	探索微波消融对肿瘤微环境中Treg细胞ST2表达的影响及其在抗肿瘤反应中的机制	Treg细胞、肿瘤微环境、微波消融	数字病理学	NA	流式细胞术、单细胞转录组测序	NA	细胞	Foxp3Cre和Foxp3CreIl1rl1fl/fl小鼠的双侧背部肿瘤模型
358	2024-10-21	Single-cell transcriptome sequencing reveals that Wolbachia induces gene expression changes in Drosophila ovary cells to favor its own maternal transmission 2024-Oct-16, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01473-24 PMID:39194189	研究论文	本文通过单细胞转录组测序研究了Wolbachia在果蝇卵巢细胞中的基因表达变化，揭示了Wolbachia如何通过改变宿主基因表达来促进其母系传播	首次系统地分析了Wolbachia感染对果蝇卵巢细胞基因表达的影响，揭示了Wolbachia通过调节宿主基因表达来促进其在宿主卵巢细胞中的传播	研究仅限于特定Wolbachia菌株（Mel）和果蝇卵巢细胞，未来需要进一步研究其他菌株和宿主物种	探讨Wolbachia在果蝇卵巢细胞中的基因表达变化及其对母系传播的影响	Wolbachia感染的果蝇卵巢细胞和未感染的卵巢细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	感染和未感染Wolbachia的果蝇卵巢细胞
359	2024-10-21	DGSIST: Clustering spatial transcriptome data based on deep graph structure Infomax 2024-Oct-15, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.10.002 PMID:39413889	研究论文	提出了一种基于深度图结构互信息最大化（DGSI）模型的空间转录组数据聚类方法DGSIST	DGSIST模型结合了图卷积神经网络和无监督学习方法，能够有效捕捉节点及其邻居的局部信息，并将其整合到整体图结构中	NA	旨在充分利用空间转录组数据，提高细胞类型识别的准确性	空间转录组数据中的细胞类型	生物信息学	癌症	图卷积神经网络	DGSI	空间转录组数据	多种组织类型和技术平台的数据
360	2024-10-21	A self-training interpretable cell type annotation framework using specific marker gene 2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae569 PMID:39312689	研究论文	本文介绍了一种基于自训练和伪标签技术的可解释细胞类型注释框架sICTA	结合了自训练策略和Transformer的非线性关联捕捉能力，并利用注意力机制融入基因和通路的生物学先验知识，增强了模型的透明度	未提及	开发一种新的细胞类型注释方法，以提高单细胞RNA测序分析的准确性和可解释性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Transformer	基因表达数据	11个公开的单细胞数据集