单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2024-10-24	-RAMP3 promotes hepatocellular carcinoma tumor cell-mediated CCL2 degradation by supporting membrane distribution of ACKR2 2024-Oct-21, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113419 PMID:39437486	研究论文	研究探讨了RAMP3与ACKR2的结合及其在肝细胞癌肿瘤微环境中对CCL2降解的协同调控作用	首次揭示了RAMP3通过支持ACKR2的膜分布促进CCL2在肝细胞癌中的降解	研究主要基于细胞系和生物信息学分析，缺乏临床样本的验证	探索RAMP3与ACKR2在肝细胞癌中的相互作用及其对CCL2降解的影响	RAMP3、ACKR2、CCL2以及肝细胞癌细胞系	数字病理学	肝癌	RNA测序、蛋白质-蛋白质相互作用分析	NA	RNA序列、蛋白质相互作用数据	使用了人肝细胞癌细胞系Huh7和HepG2以及小鼠肝细胞癌细胞系Hepa1-6
342	2024-10-24	Multiple Machine Learning Models, Molecular Subtyping and Singlecell Analysis Identify PANoptosis-related Core Genes and their Association with Subtypes in Crohn's Disease 2024-Oct-21, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673330894241008060309 PMID:39440782	研究论文	本研究利用多种机器学习模型和单细胞分析技术，识别了与克罗恩病相关的PANoptosis核心基因及其与亚型的关联	首次构建了具有良好识别效果的PANoptosis特征，揭示了PANoptosis在克罗恩病中的潜在作用	NA	探讨PANoptosis与克罗恩病的关系及其在疾病中的作用机制	克罗恩病患者的PANoptosis相关基因及其亚型	机器学习	消化系统疾病	单细胞RNA测序	随机森林、支持向量机、决策树、高斯混合模型	基因表达数据	多个队列的克罗恩病患者样本
343	2024-10-24	Perioperative chemoimmunotherapy induces strong immune responses and long-term survival in patients with HLA class I-deficient non-small cell lung cancer 2024-Oct-20, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009762 PMID:39428126	研究论文	研究了围手术期化疗免疫疗法在HLA I类缺陷的非小细胞肺癌患者中的疗效和免疫反应机制	首次探讨了围手术期化疗免疫疗法在HLA I类缺陷的非小细胞肺癌患者中的疗效和免疫反应机制	样本量较小，需要进一步的大规模研究验证	探讨围手术期化疗免疫疗法在HLA I类缺陷的非小细胞肺癌患者中的疗效和免疫反应机制	HLA I类缺陷的非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	免疫组化、空间转录组学	NA	组织样本	24名非小细胞肺癌患者
344	2024-10-24	Integrative multi-omics analysis reveals the role of tumor-associated endothelial cells and their signature in prognosis of intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Oct-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05750-2 PMID:39427165	研究论文	研究探讨了肿瘤相关内皮细胞（TECs）与肿瘤微环境（TME）中免疫细胞的相互作用及其对肿瘤预后的影响	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了TECs在肿瘤血管生成中的作用及其显著异质性，并构建了TEC特征（TEC.Sig），该特征可预测患者对免疫治疗的反应	研究主要基于单细胞RNA测序和空间转录组学分析，可能需要更多临床数据验证TEC.Sig的预测能力	探讨肿瘤相关内皮细胞与免疫细胞在肿瘤微环境中的相互作用及其对肿瘤预后的影响	肿瘤相关内皮细胞（TECs）、免疫细胞、肿瘤微环境（TME）	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学分析	NA	RNA	来自肝内胆管癌（ICC）患者的肿瘤、正常和淋巴结组织样本
345	2024-10-24	Mapping RANKL- and OPG-expressing cells in bone tissue: the bone surface cells as activators of osteoclastogenesis and promoters of the denosumab rebound effect 2024-Oct-18, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-024-00362-4 PMID:39424806	研究论文	本文研究了骨组织中RANKL和OPG表达细胞的定位，探讨了骨表面细胞在破骨细胞生成和地诺单抗反弹效应中的作用	首次使用原位杂交技术直接识别通过RANKL/OPG途径激活破骨细胞生成的细胞，并分析了OPG:Fc和PTH处理对RANKL和OPG表达的影响	研究主要基于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证	揭示地诺单抗停药后反弹性骨吸收的细胞机制	骨组织中的RANKL和OPG表达细胞	NA	NA	原位杂交技术	NA	RNA	小鼠样本，包括OPG:Fc和PTH处理组
346	2024-10-24	Integrated single-cell and spatial transcriptomics reveal microenvironment disruptions by androgen in mouse ovary 2024-Oct-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111028 PMID:39429789	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了在小鼠卵巢中，雄激素诱导的多囊卵巢综合征（PCOS）样模型中颗粒细胞和膜细胞亚群的功能和数量变化	首次在亚群水平上揭示了雄激素对颗粒细胞和膜细胞的影响，特别是GC5和TC2亚群的炎症和脂质代谢活动增强	研究仅限于小鼠模型，结果是否适用于人类PCOS患者尚需进一步验证	探讨雄激素在多囊卵巢综合征中对卵巢微环境的影响	小鼠卵巢中的颗粒细胞和膜细胞亚群	数字病理学	生殖疾病	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠PCOS样模型
347	2024-10-24	Accurate identification of locally aneuploid cells by incorporating cytogenetic information in single cell data analysis 2024-10-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-75226-2 PMID:39406835	研究论文	本文开发了两种方法partCNV和partCNVH，用于快速准确地检测具有局部拷贝数缺失或扩增的非整倍体细胞，并结合细胞遗传信息进行单细胞数据分析	本文提出了两种新方法partCNV和partCNVH，通过结合细胞遗传信息和隐马尔可夫模型，提高了非整倍体细胞检测的准确性和可解释性	NA	开发和评估用于检测血液癌症中单细胞非整倍体细胞的新方法	血液癌症患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	血液癌症	单细胞RNA测序	隐马尔可夫模型	RNA测序数据	三个血液癌症患者的单细胞RNA测序数据集
348	2024-10-24	Advances in long-read single-cell transcriptomics 2024-Oct, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-024-02678-x PMID:38787419	综述	本文综述了长读长单细胞转录组学（scRNA-Seq）的最新进展，重点介绍了文库制备协议和下游生物信息学分析工具	长读长scRNA-Seq技术克服了传统短读长方法在完整转录本覆盖、解析异构体和识别新转录本方面的局限性	长读长scRNA-Seq技术在早期相比短读长方法准确性较低，但通过改进已逐渐提高	探讨长读长单细胞转录组学技术的发展及其在疾病异质性分析中的应用	长读长单细胞转录组学技术及其在疾病异质性分析中的应用	基因组学	NA	长读长单细胞转录组学（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	NA
349	2024-10-24	Effector Function Characteristics of Exhausted CD8+ T-Cell in Microsatellite Stable and Unstable Gastric Cancer 2024-Oct, Cancer research and treatment IF:4.1Q2 DOI:10.4143/crt.2024.317 PMID:38637967	研究论文	研究了微卫星稳定和不稳定胃癌中耗竭CD8+ T细胞的效应功能特征	发现微卫星不稳定胃癌中的耗竭T细胞保留了IFN-γ信号通路，为胃癌免疫治疗提供了新的视角	样本量较小，仅包括三例微卫星不稳定和三例微卫星稳定胃癌样本	探讨微卫星不稳定胃癌的肿瘤免疫微环境特征	微卫星稳定和不稳定胃癌中的CD8+ T细胞亚型	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序和空间转录组分析	NA	转录组数据	三例微卫星不稳定和三例微卫星稳定胃癌样本
350	2024-10-24	The crucial prognostic signaling pathways of pancreatic ductal adenocarcinoma were identified by single-cell and bulk RNA sequencing data 2024-Oct, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-024-02663-4 PMID:38526745	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序数据识别胰腺导管腺癌的关键预后信号通路	利用单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出12个独立的胰腺导管腺癌预后因子，并构建了具有良好区分度和校准度的预后模型	研究仅基于特定的数据集，结果的普适性有待进一步验证	探索胰腺导管腺癌的潜在预后信号通路，提高预后预测的准确性	胰腺导管腺癌的预后因子及其相关信号通路	数字病理学	胰腺癌	RNA测序	Cox回归模型，Lasso回归模型	RNA测序数据	一个单细胞RNA测序队列和四个GEO队列的数据
351	2024-10-24	LTBR acts as a novel immune checkpoint of tumor-associated macrophages for cancer immunotherapy 2024-Oct, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.233 PMID:39429877	研究论文	研究揭示了淋巴毒素β受体（LTBR）作为肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的新型免疫检查点，并提出了一种新的癌症免疫治疗策略	首次发现LTBR作为TAMs的新型免疫检查点，并提出了一种新的免疫治疗策略，通过靶向LTBR TAMs来克服免疫检查点抑制剂的耐药性	研究主要基于肺腺癌（LUAD）的数据，结果的普适性需要进一步验证	揭示肿瘤相关巨噬细胞在癌症免疫治疗中的作用机制，并寻找新的免疫检查点	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其在肺腺癌（LUAD）中的作用	免疫学	肺腺癌	单细胞RNA测序（single-cell RNA-seq）	NA	基因组数据	涉及肺腺癌（LUAD）的免疫多组学数据和单细胞RNA测序数据
352	2024-10-24	Integrative Analysis by Mendelian Randomization and Large-Scale Single-Cell Transcriptomics Reveals Causal Links between B Cell Subtypes and Diabetic Kidney Disease 2024-Oct, Kidney diseases (Basel, Switzerland) DOI:10.1159/000539689 PMID:39430286	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和大规模单细胞转录组学分析，揭示了B细胞亚型与糖尿病肾病之间的因果关系	首次通过孟德尔随机化和单细胞疾病相关评分（scDRS）分析，揭示了B细胞亚型在糖尿病肾病发病中的潜在作用	研究主要集中在B细胞亚型，未全面探讨其他免疫细胞类型对糖尿病肾病的影响	深入理解糖尿病肾病的病理机制，特别是循环免疫细胞的作用	糖尿病肾病患者和B细胞亚型	生物信息学	糖尿病肾病	孟德尔随机化分析、单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量
353	2024-10-22	Graph attention automatic encoder based on contrastive learning for domain recognition of spatial transcriptomics 2024-Oct-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07037-0 PMID:39424696	研究论文	本文介绍了一种基于对比学习的图注意力自动编码器方法，用于空间转录组学的领域识别	提出了一种新的深度学习方法GAAEST，结合空间位置信息和基因表达数据，通过图注意力网络和对比学习优化嵌入表示，显著提升了空间域识别的准确性	未提及	开发一种能够准确识别空间转录组学中空间域的深度学习方法	空间转录组学中的基因表达数据和空间位置信息	机器学习	NA	图注意力网络、对比学习	自动编码器	基因表达数据	多个数据集
354	2024-10-22	Insights into the molecular characteristics of embryonic cranial neural crest cells and their derived mesenchymal cell pools 2024-Oct-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07056-x PMID:39424998	研究论文	研究探讨了胚胎期颅神经嵴细胞及其衍生的间充质细胞池的分子特征	通过单细胞RNA测序和全基因组DNA甲基化分析，揭示了鹿角再生和牙齿间充质细胞之间的共同基因表达谱和甲基化特征	NA	揭示颅神经嵴细胞衍生的间充质细胞的发育生物学和再生潜力	胚胎期颅神经嵴细胞及其衍生的间充质细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序，全基因组DNA甲基化分析	NA	基因表达数据，DNA甲基化数据	NA
355	2024-10-22	Multi-scalar data integration decoding risk genes for chronic kidney disease 2024-Oct-18, BMC nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1186/s12882-024-03798-2 PMID:39425076	研究论文	本研究通过整合全基因组关联研究、RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索与慢性肾脏疾病相关的基因和细胞类型	本研究首次整合了多种尺度的数据，包括全基因组关联研究、RNA测序和单细胞RNA测序，以揭示慢性肾脏疾病的基因和细胞类型	本研究主要基于现有数据库中的数据，未进行新的实验验证	探索与慢性肾脏疾病相关的基因、通路和细胞类型，为进一步的机制研究奠定基础	慢性肾脏疾病的基因和细胞类型	基因组学	肾脏疾病	全基因组关联研究、RNA测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	779个SNPs，涉及681个基因
356	2024-10-22	Scalable identification of lineage-specific gene regulatory networks from metacells with NetID 2024-Oct-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03418-0 PMID:39425176	研究论文	本文介绍了一种名为NetID的方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别基因调控网络，特别是针对细胞谱系特异性网络	NetID通过利用同质性metacells并避免虚假的基因-基因相关性，克服了数据稀疏性和高维度的挑战，相比基于插补的方法表现出更优越的性能	NA	旨在开发一种可扩展的方法来识别细胞谱系特异性的基因调控网络	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	大规模单细胞转录组数据
357	2024-10-22	MEF2C is a Potential Prognostic Biomarker and is Correlated with Immune Infiltrates in Lung Adenocarcinoma 2024-Oct-18, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673317910241003101925 PMID:39428936	研究论文	研究探讨了MEF2C在肺腺癌中的表达及其作为预后生物标志物的潜力，并分析了其与免疫浸润的关系	首次系统分析了MEF2C在肺腺癌中的表达及其与临床特征、预后指标和免疫系统相互作用的关系	研究主要基于TCGA数据和部分实验验证，缺乏大规模临床验证	探讨MEF2C在肺腺癌中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	MEF2C在肺腺癌中的表达及其与临床特征、预后指标和免疫系统相互作用的关系	数字病理学	肺癌	生物信息学分析、定量实时PCR	NA	基因表达数据	使用TCGA数据集，涉及多种癌症类型，重点研究肺腺癌
358	2024-10-22	Revealing Fibrosis Genes as Biomarkers of Ulcerative Colitis: A Bioinformatics Study Based on ScRNA and Bulk RNA Datasets 2024-Oct-18, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303332155240912050838 PMID:39428941	研究论文	本研究旨在通过分析单细胞和批量RNA测序数据，揭示与纤维化相关的基因作为溃疡性结肠炎的生物标志物，并预测对TNFα抑制剂的敏感性	本研究首次结合单细胞和批量RNA测序数据，利用多种机器学习算法识别与纤维化相关的基因，并开发了用于诊断溃疡性结肠炎的模型	本研究仅基于有限的UC患者数据，且未在其他疾病或健康人群中验证模型的普适性	揭示与纤维化相关的基因作为溃疡性结肠炎的生物标志物，并预测对TNFα抑制剂的敏感性	溃疡性结肠炎患者及其纤维化相关基因	生物信息学	消化系统疾病	RNA测序	随机森林、支持向量机、Xgboost、多层感知器、逻辑回归	RNA数据	8个批量RNA测序数据集和1个单细胞RNA测序数据集，来自溃疡性结肠炎患者
359	2024-10-21	Impact of Curcumin on the IL-17A-Mediated p53-Fibrinolytic System: Mouse Proteomics and Integrated Human Fibrosis scRNAseq Insights 2024-Oct-19, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-024-02167-3 PMID:39424752	研究论文	研究了姜黄素对IL-17A介导的p53-纤溶系统的影响，通过小鼠蛋白质组学和综合人类纤维化scRNA-seq数据进行分析	首次探讨了IL-17A在p53-纤溶系统中的直接作用，并评估了姜黄素在调节急性肺损伤向特发性肺纤维化进展中的潜力	研究主要基于小鼠模型和人类纤维化scRNA-seq数据，缺乏直接的人体试验数据	评估IL-17A在p53-纤溶系统中的作用机制，并探讨姜黄素在调节急性肺损伤向特发性肺纤维化进展中的潜力	C57BL/6小鼠和人类特发性肺纤维化患者	生物医学	肺损伤	蛋白质组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子生物学、Schroedinger方法	NA	蛋白质、RNA	20例特发性肺纤维化患者和10例对照肺样本
360	2024-10-21	Novel combination therapy using recombinant oncolytic adenovirus silk hydrogel and PD-L1 inhibitor for bladder cancer treatment 2024-Oct-18, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02903-9 PMID:39420389	研究论文	研究了一种新的联合治疗策略，通过联合使用重组溶瘤腺病毒丝素水凝胶和PD-L1抑制剂来治疗膀胱癌	开发了一种新的纳米复合水凝胶，能够有效加载和释放重组溶瘤腺病毒，并联合PD-L1抑制剂显著增强T细胞浸润和肿瘤杀伤效果	NA	探索一种新的联合治疗策略，以提高膀胱癌的治疗效果	膀胱癌组织和小鼠模型	NA	膀胱癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	小鼠膀胱癌组织