单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 580 篇文献，本页显示第 341 - 360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2024-10-30 |
Identification of HSPG2 as a bladder pro-tumor protein through NID1/AKT signaling
2024-Oct-23, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-024-03527-7
PMID:39438949
|
研究论文 | 研究探讨了HSPG2在膀胱癌进展中的作用及其通过NID1/AKT信号通路促进肿瘤生长的机制 | 首次揭示了HSPG2在膀胱癌中的促肿瘤作用及其通过NID1/AKT信号通路的机制 | 研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床试验中验证 | 探讨HSPG2在膀胱癌进展中的作用及其分子机制 | HSPG2在膀胱癌中的表达及其对肿瘤细胞增殖和化疗耐药性的影响 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序、转录组分析、CCK-8、Transwell、Western blotting、免疫染色 | NA | RNA | 7个患者样本、28个正常组织、407个膀胱肿瘤组织、HSPG2高表达和低表达的肿瘤类器官小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 342 | 2024-10-30 |
Disulfidptosis-related subtype and prognostic signature in prostate cancer
2024-Oct-23, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-024-00544-4
PMID:39444006
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研究论文 | 研究探讨了二硫化物死亡相关基因在前列腺癌分类和肿瘤微环境调控中的作用，并开发了相关的预后模型 | 首次建立了基于二硫化物死亡相关基因的前列腺癌预后模型，并分析了其在肿瘤免疫微环境和免疫治疗敏感性中的作用 | 研究主要基于体外实验和基因表达数据，缺乏临床样本的验证 | 探讨二硫化物死亡与前列腺癌的关系，并开发相关的预后模型 | 前列腺癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 机器学习 | NA | 基因表达数据 | 前列腺癌细胞和患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 343 | 2024-10-30 |
STASCAN deciphers fine-resolution cell distribution maps in spatial transcriptomics by deep learning
2024-Oct-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03421-5
PMID:39439006
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于深度学习的方法STASCAN，用于解析空间转录组学中的细粒度细胞分布图 | 开发了一种新的基于深度学习的方法STASCAN，通过整合基因表达谱和组织学图像来预测空间细胞分布 | NA | 提高空间转录组学中细胞分布图的分辨率 | 空间转录组学中的细胞分布 | 机器学习 | NA | 深度学习 | NA | 图像 | 多种空间转录组学技术中的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 344 | 2024-10-30 |
The levels of amino acid metabolites in serum induce the pathogenesis of atopic dermatitis by mediating the inflammatory protein S100A12
2024-10-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-74522-1
PMID:39379513
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研究论文 | 研究探讨了血清中氨基酸代谢物水平通过调节炎症蛋白S100A12在特应性皮炎发病机制中的作用 | 首次揭示了氨基酸代谢物与特应性皮炎病理之间的因果关系，并阐明了S100A12作为中介蛋白的机制 | 研究主要基于遗传学分析，未涉及临床试验验证 | 确定代谢物与特应性皮炎之间的遗传关系，并揭示氨基酸代谢物影响特应性皮炎的途径 | 血清中的氨基酸代谢物和炎症蛋白S100A12 | NA | 特应性皮炎 | 全基因组关联研究（GWAS）、双向两样本孟德尔随机化（MR）、单细胞测序 | NA | 基因数据、蛋白质数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 345 | 2024-10-30 |
scDRMAE: integrating masked autoencoder with residual attention networks to leverage omics feature dependencies for accurate cell clustering
2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae599
PMID:39404795
|
研究论文 | 本文提出了一种基于掩码自编码器和残差注意力网络的细胞聚类模型scDRMAE，用于整合多组学数据并准确进行细胞聚类 | scDRMAE通过掩码机制有效学习不同特征之间的关系，并通过注意力机制动态调整不同组学数据的权重，从而在多组学数据中实现更准确的细胞聚类 | NA | 克服单组学数据信息不足的限制，通过整合多组学数据进行细胞聚类 | 单细胞测序数据中的细胞聚类 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | 掩码自编码器（Masked Autoencoder）和残差注意力网络（Residual Attention Networks） | 多组学数据 | 15个多组学数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 346 | 2024-10-30 |
A multi-modality and multi-granularity collaborative learning framework for identifying spatial domains and spatially variable genes
2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae607
PMID:39418177
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研究论文 | 本文提出了一种多模态和多粒度协同学习框架，用于识别空间域和空间变异基因 | 通过掩蔽部分基因表达数据来减轻模态偏差的影响，使用共享图卷积网络整合基因和图像特征，并采用图自监督学习处理特征融合中的噪声 | NA | 准确识别空间域和空间变异基因，以理解组织结构和生物功能 | 空间域和空间变异基因 | 机器学习 | NA | 图卷积网络 | 图卷积网络 | 多模态数据（基因表达、空间上下文、组织学图像） | NA | NA | NA | NA | NA |
| 347 | 2024-10-29 |
Integrative analysis of bulk and single-cell transcriptomic data reveals novel insights into lipid metabolism and prognostic factors in hepatocellular carcinoma
2024-Oct-25, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01487-y
PMID:39453509
|
研究论文 | 本研究整合了大量和单细胞转录组数据，揭示了肝细胞癌中脂质代谢相关基因的状态及其作为预后因子的潜力 | 首次整合大量和单细胞转录组数据，识别出与脂质代谢相关的基因，并开发了机器学习模型用于预测肝细胞癌的预后 | 研究依赖于公共数据库中的数据，可能存在数据质量和代表性的限制 | 探讨肝细胞癌中脂质代谢相关基因的状态及其作为预后因子的潜力 | 肝细胞癌患者的脂质代谢相关基因及预后因子 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | 机器学习模型 | 转录组数据 | 大量和单细胞转录组数据来自公共数据库 | NA | NA | NA | NA |
| 348 | 2024-10-29 |
The First Comprehensive Description of the Platelet Single Cell Transcriptome
2024-Oct-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.15.618506
PMID:39464035
|
研究论文 | 首次全面描述了血小板单细胞转录组 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析血小板转录组，揭示了血小板基因表达的异质性 | 现有的细胞识别算法可能导致血小板被错误分类为其他血细胞类型 | 扩展对血小板功能的理解，超越其在凝血中的传统角色 | 血小板单细胞转录组 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 7名健康供体的血小板样本 | NA | NA | NA | NA |
| 349 | 2024-10-29 |
Obesity-Associated Changes in Immune Cell Dynamics During Alphavirus Infection Revealed by Single Cell Transcriptomic Analysis
2024-Oct-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.10.617696
PMID:39416014
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析揭示了肥胖与阿尔法病毒感染期间免疫细胞动态变化的关系 | 首次探讨了肥胖对阿尔法病毒感染期间免疫细胞功能的影响，并发现了肥胖小鼠中缺失的一种独特巨噬细胞亚群 | 研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨肥胖对阿尔法病毒感染期间免疫细胞功能的影响 | 肥胖和正常体重小鼠在阿尔法病毒感染期间的免疫细胞动态变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 肥胖和正常体重小鼠样本 | NA | NA | NA | NA |
| 350 | 2024-10-29 |
Integrative Omics Strategies for Understanding and Combating Brown Planthopper Virulence in Rice Production: A Review
2024-Oct-12, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252010981
PMID:39456764
|
综述 | 本文综述了利用整合组学策略理解并对抗褐飞虱对水稻生产的危害 | 整合基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学数据，深入理解褐飞虱的生物学特性，并探讨了通过操纵宿主-微生物相互作用来增强植物保护的新机会 | 尚未全面开展利用下一代组学技术对褐飞虱的遗传相互作用和种群动态进行全面研究 | 总结近期利用组学数据对抗褐飞虱的进展和新视角，以开发更可持续的害虫管理策略 | 褐飞虱及其与水稻的相互作用 | NA | NA | 基因组测序、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、单细胞RNA测序、元基因组学 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 351 | 2024-10-29 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Cellular Heterogeneity and Drivers in Serrated Pathway-Driven Colorectal Cancer Progression
2024-Oct-11, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252010944
PMID:39456726
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了锯齿状病变在结直肠癌进展中的细胞异质性和驱动因素 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了锯齿状病变在结直肠癌进展中的细胞异质性和驱动因素 | 研究样本量有限，可能影响结果的普适性 | 阐明锯齿状病变在结直肠癌进展中的机制 | 正常结肠组织和锯齿状病变组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 三份正常结肠组织和十五份锯齿状病变组织 | NA | NA | NA | NA |
| 352 | 2024-10-29 |
Statistical batch-aware embedded integration, dimension reduction, and alignment for spatial transcriptomics
2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae611
PMID:39400541
|
研究论文 | 本文提出了一种分层隐马尔可夫随机场模型STADIA，用于空间转录组学数据的批次效应校正、维度降低和空间域识别 | STADIA模型通过联合建模多个步骤，增强了技术伪影和生物信号之间复杂相互作用的理解，从而提高了结果的准确性和洞察力 | NA | 解决空间转录组学数据中批次效应和空间域识别的问题 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 隐马尔可夫随机场模型 | 基因表达数据 | 五个来自不同物种（人类和老鼠）、不同器官（大脑、皮肤和肝脏）以及不同平台（10x Visium、ST和Slice-seqV2）的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 353 | 2024-10-28 |
Potential mechanisms of metabolic reprogramming induced by ischemia-reperfusion injury in diabetic myocardium
2024-Oct, Journal of diabetes
IF:3.0Q2
DOI:10.1111/1753-0407.70018
PMID:39450829
|
研究论文 | 研究探讨了糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后的代谢重编程及其潜在机制 | 首次通过代谢组学和单细胞RNA测序技术揭示了糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后脂肪酸代谢的显著上升趋势，并发现PPARA信号通路的过度激活可能参与了代谢重编程的调控 | 研究仅限于db/db小鼠模型，结果的普适性有待进一步验证 | 探索糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后的代谢重编程及其潜在机制 | 糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后的代谢变化 | NA | 心血管疾病 | 代谢组学, 单细胞RNA测序 | NA | 代谢物, RNA | 四组小鼠心脏组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 354 | 2024-10-27 |
AKAP12 positive fibroblast determines immunosuppressive contexture and immunotherapy response in patients with TNBC by promoting macrophage M2 polarization
2024-Oct-23, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009877
PMID:39448199
|
研究论文 | 研究AKAP12阳性成纤维细胞在三阴性乳腺癌（TNBC）中的作用及其对免疫治疗反应的影响 | 首次发现AKAP12阳性成纤维细胞通过促进巨噬细胞M2极化来塑造TNBC的免疫抑制微环境，并影响免疫治疗效果 | 研究样本量较小，仅涉及80名TNBC患者 | 识别特定成纤维细胞亚群对TNBC发展和免疫治疗反应的贡献 | 三阴性乳腺癌（TNBC）患者中的成纤维细胞和免疫微环境 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 多组学分析、免疫荧光双标记、飞行时间流式细胞术、RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 80名TNBC患者 | NA | NA | NA | NA |
| 355 | 2024-10-27 |
Heterogeneity in Dental Tissue-Derived MSCs Revealed by Single-Cell RNA-seq
2024-Oct, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345241271997
PMID:39327720
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序揭示牙源性间充质干细胞的异质性 | 首次通过单细胞RNA测序技术分析了来自牙周韧带和牙龈的间充质干细胞的异质性，并区分了供体间和组织间的差异 | 研究仅限于牙周韧带和牙龈的间充质干细胞，未涉及其他组织来源的干细胞 | 探讨牙源性间充质干细胞在转录组水平上的组织和供体特异性差异 | 来自牙周韧带和牙龈的间充质干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 5名牙周健康个体的牙周韧带和牙龈组织，共生成3,844个转录组 | NA | NA | NA | NA |
| 356 | 2024-10-27 |
Single-cell transcriptomic analysis of flowering regulation and vernalization in Chinese cabbage shoot apex
2024-Oct, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhae214
PMID:39391013
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研究论文 | 研究分析了单细胞转录组在白菜花芽分化和春化过程中的作用 | 首次建立了白菜在非春化处理25天后的单细胞转录组图谱，并分析了不同细胞类型在花芽分化和春化过程中的基因表达变化 | NA | 深入理解白菜花芽分化和春化过程中不同细胞类型的作用 | 白菜花芽分化和春化过程中的单细胞转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 19,602个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 357 | 2024-10-27 |
PLXNB1/SEMA4D signals mediate interactions between malignant epithelial and immune cells to promote colorectal cancer liver metastasis
2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70142
PMID:39443302
|
研究论文 | 研究评估了结直肠癌（CRC）和肝转移（LM）的细胞异质性，通过整合单细胞测序数据构建了预后模型，并识别了CRC和LM中上皮细胞与免疫细胞之间的细胞间受体-配体相互作用 | 发现了Epi-11细胞在LM组织中的高表达，并揭示了PLXNB1/SEMA4D轴在CRC和LM中上皮细胞与免疫细胞相互作用中的关键作用 | 研究主要集中在体外实验和免疫荧光染色，缺乏体内实验验证 | 探讨结直肠癌肝转移的机制及其与免疫细胞的相互作用 | 结直肠癌（CRC）和肝转移（LM）中的上皮细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 约17种上皮细胞亚型，HCT116细胞用于体外实验 | NA | NA | NA | NA |
| 358 | 2024-10-27 |
Mouse Corneal Immune Cell Heterogeneity Revealed by Single-Cell RNA Sequencing
2024-Oct-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.65.12.29
PMID:39432400
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和免疫荧光染色技术，揭示了小鼠角膜中免疫细胞的异质性、空间定位和功能角色 | 发现了三种新的角膜驻留巨噬细胞亚型，并揭示了从单核细胞到常规树突状细胞、驻留巨噬细胞和朗格汉斯细胞的分化途径 | NA | 定义小鼠角膜中免疫细胞的异质性、空间定位和功能角色 | 小鼠角膜中的免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | C57BL/6品系小鼠，年龄16-20周 | NA | NA | NA | NA |
| 359 | 2024-10-26 |
Dissecting the role of transcription factor AP2-M in Babesia asexual replication
2024-Oct-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202400127RRR
PMID:39441647
|
研究论文 | 本文研究了转录因子AP2-M在巴贝西虫无性复制中的作用 | 首次鉴定了巴贝西虫中的转录因子AP2-M，并揭示了其在红细胞入侵和细胞周期进展中的调控作用 | NA | 探讨转录因子AP2-M在巴贝西虫无性复制中的功能 | 巴贝西虫中的转录因子AP2-M及其靶基因 | NA | NA | Cut-Tag, RNA测序, 蛋白质组学, 单细胞RNA测序 | NA | DNA, RNA, 蛋白质 | 包含AP2-M基因敲除的巴贝西虫株 | NA | NA | NA | NA |
| 360 | 2024-10-26 |
I-mfa, Mesangial Cell TRPC1 Channel, and Regulation of Glomerular Filtration Rate
2024-Oct-24, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000533
PMID:39446484
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研究论文 | 研究探讨了I-mfa蛋白在肾小球滤过率（GFR）调节中的作用 | 首次揭示了I-mfa通过抑制TRPC1介导的钙信号传导来正向调节GFR | 研究仅在动物模型和体外细胞实验中进行，尚未在人体中验证 | 探讨I-mfa在肾小球滤过率调节中的作用 | I-mfa蛋白、肾小球滤过率（GFR）、TRPC1通道 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Western blot、钙成像 | NA | 蛋白质、RNA | 野生型（WT）和I-mfa敲除（KO）小鼠、人及小鼠系膜细胞 | NA | NA | NA | NA |