单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2024-10-20	Unveiling the Enigmatic Role of SLC35F3 in Lung Adenocarcinoma 2024-Oct, The clinical respiratory journal DOI:10.1111/crj.70023 PMID:39414367	研究论文	研究探讨了SLC35F3在肺腺癌中的作用及其临床相关性	首次系统分析了SLC35F3在肺腺癌中的表达模式及其与免疫浸润、肿瘤突变负荷和药物敏感性的关系	研究主要基于TCGA数据库和细胞系实验，缺乏临床样本的直接验证	揭示SLC35F3在肺腺癌中的作用及其潜在的临床应用	SLC35F3在不同癌症类型中的表达及其在肺腺癌中的临床相关性	数字病理学	肺癌	qRT-PCR	NA	基因表达数据	包括来自TCGA数据库的肺腺癌患者数据和细胞系样本
342	2024-10-20	Single-cell transcriptome analysis reveals evolving tumour microenvironment induced by immunochemotherapy in nasopharyngeal carcinoma 2024-Oct, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70061 PMID:39415331	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了免疫化疗诱导的鼻咽癌肿瘤微环境的变化	首次在单细胞水平上探讨了免疫化疗对鼻咽癌肿瘤微环境的影响，揭示了不同治疗反应的分子机制	样本量较小，仅包括18个bulk和11个单细胞RNA测序样本	探讨免疫化疗对鼻咽癌肿瘤微环境的影响及其机制	高风险转移性局部晚期鼻咽癌患者治疗前后的肿瘤微环境	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	18个bulk样本和11个单细胞RNA测序样本
343	2024-10-20	Single-cell transcriptional atlas of human breast cancers and model systems 2024-Oct, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70044 PMID:39417215	研究论文	本文构建了人类乳腺癌的单细胞转录组图谱，并比较了不同模型系统与患者样本的异同	首次整合了来自患者肿瘤、淋巴转移、PDX模型、PDXO模型和细胞系的单细胞RNA测序数据，揭示了不同模型系统与患者样本在肿瘤异质性和细胞周期特征上的相似性和差异	未详细讨论数据整合过程中可能存在的批次效应和技术偏差	深入理解乳腺癌的转录组复杂性，识别有效的治疗策略	乳腺癌的不同亚型及其在不同模型系统中的表现	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	117个样本，包含506,719个细胞
344	2024-10-19	MAPbrain: a multi-omics atlas of the primate brain 2024-Oct-18, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae911 PMID:39420633	研究论文	介绍了MAPbrain，一个整合了灵长类大脑多组学数据的图谱平台	MAPbrain整合并标准化了实验室和公开的多组学数据，提供了一个独特的、强大的、交互式的平台，用于全面探索大脑发育	NA	理解基因如何影响大脑发育，解码人类认知功能的形成和神经疾病的潜在机制	灵长类大脑的多组学数据	生物信息学	NA	多组学技术	NA	转录组学、表观基因组学和空间转录组学数据	2100万大脑细胞，来自38个关键脑区和436个子区域，涵盖胚胎和成年阶段，164个时间点
345	2024-10-19	scTWAS Atlas: an integrative knowledgebase of single-cell transcriptome-wide association studies 2024-Oct-18, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae931 PMID:39420631	研究论文	介绍了scTWAS Atlas，一个整合单细胞转录组全关联研究的全面数据库	提出了scTWAS Atlas，整合了文献整理和数据分析，提供了交互式知识图谱和跨细胞类型分析功能	NA	解决传统TWAS结果中细胞类型异质性的解释难题，并提供一个整合scTWAS数据的平台	单细胞转录组全关联研究的数据和基因-性状关联	生物信息学	NA	单细胞转录组全关联研究	NA	基因表达数据	2,765,211个关联，涵盖34个性状，30种细胞类型，9种细胞条件和16,470个基因
346	2024-10-19	Single-cell transcriptomics reveal potent extrafollicular B cell response linked with granzyme K+ CD8 T cell activation in lupus kidney 2024-Oct-17, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225876 PMID:39419536	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了狼疮性肾炎患者肾脏中B细胞和T细胞的特定适应性免疫景观	发现了肾脏中非典型B细胞和抗体分泌细胞的高浸润，以及GZMK+ CD8 T细胞的过度激活，这些发现可能为狼疮性肾炎的治疗提供新的思路	NA	探索活动性狼疮性肾炎患者肾脏中特定的适应性免疫景观	狼疮性肾炎患者肾脏和配对外周血中的B细胞和T细胞	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序、B细胞受体测序、T细胞受体测序、流式细胞术、转座酶可及性测序、多重免疫组化	NA	单细胞转录组数据	活动性狼疮性肾炎患者和匹配对照的外周血和肾脏样本
347	2024-10-19	Employing single-cell RNA sequencing coupled with an array of bioinformatics approaches to ascertain the shared genetic characteristics between osteoporosis and obesity 2024-Oct-16, Bone & joint research IF:4.7Q1 DOI:10.1302/2046-3758.1310.BJR-2023-0366.R1 PMID:39412449	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序结合多种生物信息学方法，探讨了骨质疏松症和肥胖之间的共享遗传特征	本研究首次揭示了Toll样受体2（TLR2）在连接骨质疏松症和肥胖中的关键作用，并提出TLR2作为治疗这两种疾病的潜在双重靶点	本研究主要依赖于公共数据库中的数据，未来需要更多的实验验证和临床数据来进一步确认结果	旨在识别骨质疏松症和肥胖之间的共享遗传标记和分子机制，以促进针对这两种疾病同时治疗的疗法开发	骨质疏松症和肥胖的共享遗传特征	生物信息学	骨质疏松症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自Gene Expression Omnibus数据库的数据集
348	2024-10-19	Ccl5+ Macrophages drive pro-inflammatory responses and neutrophil recruitment in sepsis-associated acute kidney injury 2024-Oct-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113339 PMID:39418726	研究论文	研究探讨了Ccl5+巨噬细胞在脓毒症相关急性肾损伤中的促炎反应和嗜中性粒细胞招募的作用	首次揭示了Ccl5+巨噬细胞在脓毒症中的促炎作用及其通过CCL5-CCR1配体受体对招募嗜中性粒细胞的影响	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证	深入了解脓毒症相关急性肾损伤的分子机制	Ccl5+巨噬细胞在脓毒症中的作用	NA	急性肾损伤	单细胞测序	NA	单细胞数据	小鼠模型
349	2024-10-19	Putting proteins in context 2024-Oct-16, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.09.009 PMID:39418999	研究论文	本文介绍了一种通过几何深度学习方法生成蛋白质上下文表示的新技术	引入了PINNACLE方法，通过结合蛋白质相互作用和多器官单细胞转录组学分析，生成蛋白质的上下文表示	NA	解决现有蛋白质表示方法缺乏生物学和环境上下文的问题	蛋白质的细胞类型特异性功能和相互作用	机器学习	NA	几何深度学习	NA	蛋白质相互作用数据和单细胞转录组学数据	NA
350	2024-10-19	Cancer-Associated Fibroblasts Expressing Sulfatase 1 Facilitate VEGFA-Dependent Microenvironmental Remodeling to Support Colorectal Cancer 2024-Oct-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3987 PMID:39250301	研究论文	研究揭示了表达硫酸酯酶1（SULF1）的癌症相关成纤维细胞（CAF）在结直肠癌中的促肿瘤作用	首次发现SULF1+ CAF通过增强VEGFA的释放促进结直肠癌的微环境重塑和肿瘤进展	研究主要基于小鼠模型和单细胞测序数据，需要进一步的人体临床验证	探讨癌症相关成纤维细胞在结直肠癌中的分子机制及其治疗潜力	结直肠癌患者和表达SULF1的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	涉及结直肠癌患者的单细胞测序数据和小鼠模型
351	2024-10-19	YAP1 Status Defines Two Intrinsic Subtypes of LCNEC with Distinct Molecular Features and Therapeutic Vulnerabilities 2024-Oct-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0361 PMID:39150543	研究论文	研究探讨了YAP1状态在大细胞神经内分泌癌（LCNEC）中的作用，定义了两种内在亚型，并分析了其分子特征和治疗脆弱性	首次通过YAP1状态区分LCNEC的两种亚型，并揭示了其独特的分子特征和治疗策略	NA	研究LCNEC的生物学特性，并探索基于YAP1状态的个性化治疗策略	大细胞神经内分泌癌（LCNEC）及其亚型	数字病理学	肺癌	免疫组化（IHC）和单细胞RNA测序	NA	基因组数据	来自LCNEC患者的核心针活检样本和临床前模型
352	2024-10-19	TGF-β-mediated crosstalk between TIGIT+ Tregs and CD226+CD8+ T cells in the progression and remission of type 1 diabetes 2024-Oct-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53264-8 PMID:39406740	研究论文	研究探讨了TGF-β介导的TIGIT+ Tregs与CD226+CD8+ T细胞在1型糖尿病进展和缓解中的相互作用	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了不同1型糖尿病阶段免疫细胞的动态变化，并发现TIGITCCR7 Tregs和CD226CCR7CD8细胞毒性T细胞在疾病进展和缓解中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体临床验证	探讨1型糖尿病进展和缓解过程中免疫细胞的相互作用及其潜在的治疗靶点	TIGIT+ Tregs和CD226+CD8+ T细胞	免疫学	糖尿病	单细胞RNA测序	机器学习算法	RNA	涉及不同1型糖尿病阶段的多个患者样本
353	2024-10-19	Comprehensive analysis of a necroptosis-associated diagnostic signature for myelodysplastic syndromes based on single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq 2024-Oct-15, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-024-00335-x PMID:39407301	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，全面分析了与坏死性凋亡相关的骨髓增生异常综合征诊断特征	开发了一种新的坏死性凋亡基因特征，用于早期区分和诊断骨髓增生异常综合征	NA	探讨坏死性凋亡在骨髓增生异常综合征中的作用和机制，并开发新的诊断特征	骨髓增生异常综合征患者和健康对照组的单细胞RNA测序数据	数字病理学	血液疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	骨髓增生异常综合征患者和健康对照组
354	2024-10-19	BRD4 inhibitor reduces exhaustion and blocks terminal differentiation in CAR-T cells by modulating BATF and EGR1 2024-Oct-15, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00667-w PMID:39407311	研究论文	研究探讨了BRD4抑制剂通过调节BATF和EGR1来减少CAR-T细胞的耗竭并阻止其终末分化	首次揭示了BRD4抑制剂通过下调BATF活性和表达以及上调EGR1活性和表达来减少CAR-T细胞的耗竭并阻止其终末分化	研究仅限于体外实验，未涉及临床试验	阐明BRD4抑制剂减少CAR-T细胞耗竭的机制	CAR-T细胞和BRD4抑制剂	细胞治疗	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自白血病患者的耗竭T细胞
355	2024-10-19	Pyroptosis-related genes features on prediction of the prognosis in liver cancer: An integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing 2024-Oct-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38438 PMID:39416843	研究论文	本研究探讨了细胞焦亡相关基因（PRG）对肝癌（LC）预后的影响	构建了一个基于细胞焦亡的风险评分模型，用于预测肝癌患者的预后，并发现该模型在区分高风险和低风险患者方面具有显著效果	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，未涉及临床试验验证	探讨细胞焦亡相关基因对肝癌预后的影响，并构建预测模型	肝癌患者的预后和细胞焦亡相关基因	数字病理学	肝癌	RNA测序	Lasso Cox回归	RNA表达数据	421个样本（371个肿瘤样本和50个正常样本）
356	2024-10-19	Intratumoral STING agonist reverses immune evasion in PD-(L)1-refractory Merkel cell carcinoma: mechanistic insights from detailed biomarker analyses 2024-Oct-14, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009803 PMID:39401968	研究论文	本文报道了一例抗PD-L1耐药的Merkel细胞癌患者在接受STING激动剂和抗PD-1抗体联合治疗后，实现了持久的客观缓解，并进行了详细的生物标志物分析	首次揭示了STING激动剂在Merkel细胞癌中通过肿瘤微环境中的免疫和基质细胞间接发挥作用，而不一定需要癌细胞表达STING	研究仅基于单个病例，需要进一步的临床试验验证	探讨STING激动剂在PD-(L)1耐药的Merkel细胞癌中的作用机制	抗PD-L1耐药的Merkel细胞癌患者及其肿瘤微环境	NA	皮肤癌	单细胞RNA测序、30参数流式细胞术、T细胞受体测序、多重免疫组化	NA	基因表达数据、免疫细胞数据、组织切片数据	1例患者，88例Merkel细胞癌肿瘤标本
357	2024-10-19	Cell type and regulatory analysis in amphioxus illuminates evolutionary origin of the vertebrate head 2024-Oct-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52938-7 PMID:39402029	研究论文	本研究通过结合单细胞转录组学、信号通路扰动和顺式调控分析，揭示了文昌鱼中脊椎动物头部发育的进化起源	本研究首次在文昌鱼中识别出类似前脊索板、前迁移和迁移神经嵴细胞群，并通过跨物种转基因实验揭示了神经嵴和前脊索板发育程序在脊椎动物和文昌鱼中的调控环境相似性	NA	揭示脊椎动物头部发育的进化起源	文昌鱼中的细胞类型和发育信号通路	发育生物学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
358	2024-10-19	Computational approach for decoding malaria drug targets from single-cell transcriptomics and finding potential drug molecule 2024-10-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-72427-7 PMID:39402081	研究论文	本文提出了一种基于单细胞转录组数据的计算方法，用于识别疟疾药物靶点并预测潜在的药物分子	本文创新性地结合了互信息特征选择算法和分类算法，从单细胞转录组数据中筛选出关键蛋白质，并通过蛋白质-蛋白质相互作用网络分析确定重要靶点，最终利用深度学习技术预测潜在药物分子	本文仅针对恶性疟原虫进行了研究，未涵盖其他疟原虫种类	旨在通过单细胞转录组数据识别疟疾药物靶点，并预测潜在的新药物分子	恶性疟原虫的单细胞转录组数据及其蛋白质-蛋白质相互作用网络	机器学习	疟疾	单细胞RNA测序	深度学习	转录组数据	恶性疟原虫的有性和无性阶段样本
359	2024-10-19	Sex-specific proximal tubular cell differentiation pathways identified by single-nucleus RNA sequencing 2024-10-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-73102-7 PMID:39402239	研究论文	通过单核RNA测序技术，研究了小鼠肾脏近端小管细胞在不同年龄段的性别特异性分化途径	首次揭示了近端小管细胞在晚期时间点的性别特异性表达谱，并使用轨迹和RNA速度分析技术描绘了这些细胞的分化途径	研究仅限于小鼠模型，且样本量相对较小	探讨肾脏近端小管细胞在不同年龄段的性别特异性分化途径	小鼠肾脏近端小管细胞	数字病理学	NA	单核RNA测序 (snRNA-seq)	NA	基因表达数据	68,775个细胞核，来自16只小鼠
360	2024-10-19	CTPAD: an interactive web application for comprehensive transcriptomic profiling in allergic diseases 2024-Oct-14, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05459-2 PMID:39402558	研究论文	开发了一个名为CTPAD的交互式网络应用程序，用于过敏性疾病的全基因组表达谱分析和可视化	CTPAD整合了公共数据库和多种算法，提供了丰富的转录组可视化功能，并支持自定义选项和高分辨率图像下载	NA	提供一个全面的网络工具，用于过敏性疾病的多种分析	人类和小鼠与过敏性疾病相关的基因表达数据	生物信息学	过敏性疾病	转录组分析	NA	基因表达数据	人类和小鼠样本