单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 615 篇文献，本页显示第 341 - 360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2024-10-21 |
A self-training interpretable cell type annotation framework using specific marker gene
2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae569
PMID:39312689
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研究论文 | 本文介绍了一种基于自训练和伪标签技术的可解释细胞类型注释框架sICTA | 结合了自训练策略和Transformer的非线性关联捕捉能力，并利用注意力机制融入基因和通路的生物学先验知识，增强了模型的透明度 | 未提及 | 开发一种新的细胞类型注释方法，以提高单细胞RNA测序分析的准确性和可解释性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer | 基因表达数据 | 11个公开的单细胞数据集 |
| 342 | 2024-10-21 |
Comprehensive transcriptome and scRNA-seq analyses uncover the expression and underlying mechanism of SYNJ2 in papillary thyroid carcinoma
2024-Oct, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.12099
PMID:39370684
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研究论文 | 研究探讨了SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的表达及其潜在机制 | 首次揭示了SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的高表达及其与临床特征的关联，并探讨了其在肿瘤进展中的作用 | 研究主要基于现有数据和分析，缺乏体内实验验证 | 探讨SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的表达及其潜在机制 | SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的表达及其与临床特征的关联 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 免疫组化、mRNA芯片、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及多个甲状腺乳头状癌样本 |
| 343 | 2024-10-21 |
Functional plasticity shapes neutrophil response to Leishmania major infection in susceptible and resistant strains of mice
2024-Oct, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1012592
PMID:39378227
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研究论文 | 研究了不同品系小鼠在利什曼原虫感染下中性粒细胞的功能可塑性及其对感染反应的影响 | 揭示了易感小鼠和抗性小鼠中性粒细胞在利什曼原虫感染下NETs形成和吞噬作用的差异，并探讨了中性粒细胞弹性蛋白酶在吞噬作用调节中的作用 | 研究仅限于特定品系的小鼠，未涉及其他物种或人类 | 探讨中性粒细胞在利什曼原虫感染中的功能可塑性及其对感染易感性和抗性的影响 | BALB/c和C57BL/6小鼠的中性粒细胞 | 免疫学 | 利什曼病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | BALB/c和C57BL/6小鼠各一组 |
| 344 | 2024-10-21 |
Single-cell characterization of differentiation trajectories and drug resistance features in gastric cancer with peritoneal metastasis
2024-Oct, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70054
PMID:39422697
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研究论文 | 研究胃癌腹膜转移患者的单细胞分化轨迹和药物耐药特征 | 揭示了MUC1+癌细胞在胃癌腹膜转移中的驱动作用，以及C1Q+巨噬细胞与GZMA+ T淋巴细胞在治疗失败中的相关性 | 样本量相对较小，且仅限于胃癌腹膜转移患者 | 阐明胃癌腹膜转移微环境中的细胞分化轨迹和关键药物耐药特征 | 胃癌腹膜转移患者的原发肿瘤、腹膜转移和化疗/免疫治疗前后的恶性腹水样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序、多重免疫荧光和空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像和空间转录组数据 | 48名患者，包括30个单细胞RNA测序样本、30个多重免疫荧光样本和3个空间转录组样本 |
| 345 | 2024-10-20 |
Characterization of mitochondrial metabolism related molecular subtypes and immune infiltration in colorectal adenocarcinoma
2024-10-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-75482-2
PMID:39414905
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研究论文 | 研究了结直肠腺癌中与线粒体代谢相关的分子亚型及其免疫浸润特征 | 通过无监督共识聚类分析筛选出与结直肠腺癌预后相关的线粒体代谢相关基因，并构建了预测模型，同时发现了新的潜在治疗靶点SEC11A | NA | 探索结直肠腺癌的预后因素及其可能的机制 | 结直肠腺癌中的线粒体代谢相关基因及其分子亚型 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序分析 | LASSO-单变量Cox分析 | 基因表达数据 | NA |
| 346 | 2024-10-20 |
Key genes and immune pathways in T-cell mediated rejection post-liver transplantation identified via integrated RNA-seq and machine learning
2024-10-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-74874-8
PMID:39414868
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研究论文 | 本研究通过整合RNA测序和机器学习方法，识别了肝移植后T细胞介导的排斥反应中的关键基因及其潜在的生物学过程和机制 | 本研究首次通过综合分析RNA测序数据和机器学习算法，识别了与T细胞介导的排斥反应相关的关键基因，并揭示了其生物学意义和潜在的治疗靶点 | 本研究主要基于GSE145780数据集和单细胞RNA测序数据，样本量有限，可能影响结果的普适性 | 识别肝移植后T细胞介导的排斥反应中的关键基因及其生物学过程和机制 | 肝移植后T细胞介导的排斥反应中的关键基因及其生物学过程和机制 | 机器学习 | NA | RNA测序 | 机器学习算法 | RNA测序数据 | GSE145780数据集和来自患者的单细胞RNA测序数据及肝活检组织 |
| 347 | 2024-10-20 |
Network dynamics-based subtyping of Alzheimer's disease with microglial genetic risk factors
2024-Oct-16, Alzheimer's research & therapy
DOI:10.1186/s13195-024-01583-9
PMID:39415193
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研究论文 | 本文利用系统生物学方法，通过构建患者特异性的小胶质细胞分子调控网络模型，对阿尔茨海默病进行亚型分类，并识别潜在的治疗靶点 | 本文创新性地结合大规模计算机模拟和动态网络分析，对阿尔茨海默病进行亚型分类，并识别出多个亚型共有的治疗靶点 | 本文的局限性在于依赖于现有的文献和单细胞RNA测序数据，可能存在数据偏差 | 本文旨在通过系统生物学方法对阿尔茨海默病进行亚型分类，并识别潜在的治疗靶点 | 本文的研究对象是阿尔茨海默病患者的小胶质细胞及其分子调控网络 | 系统生物学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 分子调控网络模型 | 基因组数据 | NA |
| 348 | 2024-10-20 |
The molecular anatomy of cashmere goat hair follicle during cytodifferentiation stage
2024-Oct-15, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10820-2
PMID:39407092
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研究论文 | 研究了绒山羊毛囊在细胞分化阶段的分子结构及其对纤维质量的影响 | 揭示了绒山羊毛囊内层细胞分化过程中的复杂过程和转录动态，识别了九种细胞群体和关键结构，并发现了三种主要内层谱系及其在特化和信号传导中的作用 | NA | 深入理解绒山羊次级毛囊发育及其对纤维质量的影响，为育种策略提供信息 | 绒山羊的次级毛囊及其在细胞分化阶段的分子结构 | NA | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 349 | 2024-10-17 |
Multimodal Identification of Molecular Factors Linked to Severe Diabetic Foot Ulcers Using Artificial Intelligence
2024-Oct-04, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms251910686
PMID:39409014
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研究论文 | 利用多模态方法和人工智能技术识别与严重糖尿病足溃疡相关的分子因素 | 本研究通过整合电子健康记录和单细胞转录组学数据，识别出与糖尿病足溃疡严重程度相关的细胞类型特异性和分子因素，并考虑了关键的人口统计学差异 | NA | 识别与严重糖尿病足溃疡相关的分子因素 | 糖尿病足溃疡的分子因素 | 机器学习 | 糖尿病 | RNA测序 | NA | 文本 | 数千名患者 |
| 350 | 2024-10-20 |
FICTURE: scalable segmentation-free analysis of submicron-resolution spatial transcriptomics
2024-Oct, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02415-2
PMID:39266749
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为FICTURE的可扩展的无分割空间转录组分析方法 | FICTURE是一种无分割的空间因子分解方法，能够处理带有数十亿亚微米分辨率空间坐标的转录组数据，并且比现有方法效率高几个数量级 | NA | 开发一种能够处理高分辨率空间转录组数据的可扩展分析方法 | 亚微米分辨率的空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间因子分解 | 多层Dirichlet模型 | 空间转录组数据 | 数十亿亚微米分辨率空间坐标的数据 |
| 351 | 2024-09-15 |
Analyzing submicron spatial transcriptomics data at their original resolution
2024-Oct, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02416-1
PMID:39271936
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 352 | 2024-10-20 |
Gene signatures for cancer research: A 25-year retrospective and future avenues
2024-Oct, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012512
PMID:39413055
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评论 | 本文回顾了过去25年基因签名在癌症研究中的应用，并探讨了未来的发展方向 | 提出了多组学数据整合、机器学习技术、开放科学实践和协作努力等未来发展方向 | 基因签名在不同队列中的重叠和一致性有限，且由于每个患者的转录组独特性，存在可重复性问题 | 探讨基因签名在疾病转录组研究中的可靠性，并提出标准化实践和先进方法 | 基因签名在癌症研究中的应用及其未来发展 | NA | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 353 | 2024-10-20 |
Unveiling the Enigmatic Role of SLC35F3 in Lung Adenocarcinoma
2024-Oct, The clinical respiratory journal
DOI:10.1111/crj.70023
PMID:39414367
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研究论文 | 研究探讨了SLC35F3在肺腺癌中的作用及其临床相关性 | 首次系统分析了SLC35F3在肺腺癌中的表达模式及其与免疫浸润、肿瘤突变负荷和药物敏感性的关系 | 研究主要基于TCGA数据库和细胞系实验，缺乏临床样本的直接验证 | 揭示SLC35F3在肺腺癌中的作用及其潜在的临床应用 | SLC35F3在不同癌症类型中的表达及其在肺腺癌中的临床相关性 | 数字病理学 | 肺癌 | qRT-PCR | NA | 基因表达数据 | 包括来自TCGA数据库的肺腺癌患者数据和细胞系样本 |
| 354 | 2024-10-20 |
Single-cell transcriptome analysis reveals evolving tumour microenvironment induced by immunochemotherapy in nasopharyngeal carcinoma
2024-Oct, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70061
PMID:39415331
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了免疫化疗诱导的鼻咽癌肿瘤微环境的变化 | 首次在单细胞水平上探讨了免疫化疗对鼻咽癌肿瘤微环境的影响，揭示了不同治疗反应的分子机制 | 样本量较小，仅包括18个bulk和11个单细胞RNA测序样本 | 探讨免疫化疗对鼻咽癌肿瘤微环境的影响及其机制 | 高风险转移性局部晚期鼻咽癌患者治疗前后的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 18个bulk样本和11个单细胞RNA测序样本 |
| 355 | 2024-10-19 |
MAPbrain: a multi-omics atlas of the primate brain
2024-Oct-18, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae911
PMID:39420633
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研究论文 | 介绍了MAPbrain，一个整合了灵长类大脑多组学数据的图谱平台 | MAPbrain整合并标准化了实验室和公开的多组学数据，提供了一个独特的、强大的、交互式的平台，用于全面探索大脑发育 | NA | 理解基因如何影响大脑发育，解码人类认知功能的形成和神经疾病的潜在机制 | 灵长类大脑的多组学数据 | 生物信息学 | NA | 多组学技术 | NA | 转录组学、表观基因组学和空间转录组学数据 | 2100万大脑细胞，来自38个关键脑区和436个子区域，涵盖胚胎和成年阶段，164个时间点 |
| 356 | 2024-10-19 |
scTWAS Atlas: an integrative knowledgebase of single-cell transcriptome-wide association studies
2024-Oct-18, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae931
PMID:39420631
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研究论文 | 介绍了scTWAS Atlas，一个整合单细胞转录组全关联研究的全面数据库 | 提出了scTWAS Atlas，整合了文献整理和数据分析，提供了交互式知识图谱和跨细胞类型分析功能 | NA | 解决传统TWAS结果中细胞类型异质性的解释难题，并提供一个整合scTWAS数据的平台 | 单细胞转录组全关联研究的数据和基因-性状关联 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组全关联研究 | NA | 基因表达数据 | 2,765,211个关联，涵盖34个性状，30种细胞类型，9种细胞条件和16,470个基因 |
| 357 | 2024-10-19 |
Ccl5+ Macrophages drive pro-inflammatory responses and neutrophil recruitment in sepsis-associated acute kidney injury
2024-Oct-16, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113339
PMID:39418726
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研究论文 | 研究探讨了Ccl5+巨噬细胞在脓毒症相关急性肾损伤中的促炎反应和嗜中性粒细胞招募的作用 | 首次揭示了Ccl5+巨噬细胞在脓毒症中的促炎作用及其通过CCL5-CCR1配体受体对招募嗜中性粒细胞的影响 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 深入了解脓毒症相关急性肾损伤的分子机制 | Ccl5+巨噬细胞在脓毒症中的作用 | NA | 急性肾损伤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | 小鼠模型 |
| 358 | 2024-10-19 |
Putting proteins in context
2024-Oct-16, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.09.009
PMID:39418999
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研究论文 | 本文介绍了一种通过几何深度学习方法生成蛋白质上下文表示的新技术 | 引入了PINNACLE方法，通过结合蛋白质相互作用和多器官单细胞转录组学分析，生成蛋白质的上下文表示 | NA | 解决现有蛋白质表示方法缺乏生物学和环境上下文的问题 | 蛋白质的细胞类型特异性功能和相互作用 | 机器学习 | NA | 几何深度学习 | NA | 蛋白质相互作用数据和单细胞转录组学数据 | NA |
| 359 | 2024-10-19 |
Cancer-Associated Fibroblasts Expressing Sulfatase 1 Facilitate VEGFA-Dependent Microenvironmental Remodeling to Support Colorectal Cancer
2024-Oct-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3987
PMID:39250301
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研究论文 | 研究揭示了表达硫酸酯酶1（SULF1）的癌症相关成纤维细胞（CAF）在结直肠癌中的促肿瘤作用 | 首次发现SULF1+ CAF通过增强VEGFA的释放促进结直肠癌的微环境重塑和肿瘤进展 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞测序数据，需要进一步的人体临床验证 | 探讨癌症相关成纤维细胞在结直肠癌中的分子机制及其治疗潜力 | 结直肠癌患者和表达SULF1的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及结直肠癌患者的单细胞测序数据和小鼠模型 |
| 360 | 2024-10-19 |
YAP1 Status Defines Two Intrinsic Subtypes of LCNEC with Distinct Molecular Features and Therapeutic Vulnerabilities
2024-Oct-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0361
PMID:39150543
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研究论文 | 研究探讨了YAP1状态在大细胞神经内分泌癌（LCNEC）中的作用，定义了两种内在亚型，并分析了其分子特征和治疗脆弱性 | 首次通过YAP1状态区分LCNEC的两种亚型，并揭示了其独特的分子特征和治疗策略 | NA | 研究LCNEC的生物学特性，并探索基于YAP1状态的个性化治疗策略 | 大细胞神经内分泌癌（LCNEC）及其亚型 | 数字病理学 | 肺癌 | 免疫组化（IHC）和单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 来自LCNEC患者的核心针活检样本和临床前模型 |