单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 668 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2024-10-21 |
Unraveling aging from transcriptomics
2024-Oct-17, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2024.09.006
PMID:39424502
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综述 | 本文综述了转录组学技术在衰老研究中的最新进展 | 介绍了bulk RNA测序、单细胞转录组学和空间转录组学等新技术在衰老研究中的应用 | NA | 旨在阐明衰老和与年龄相关疾病的生物学机制，并促进健康长寿 | 衰老过程中的mRNA、长非编码RNA、tRNA和miRNA等不同类型的转录物 | 基因组学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 322 | 2024-10-21 |
Single-cell transcriptome sequencing reveals that Wolbachia induces gene expression changes in Drosophila ovary cells to favor its own maternal transmission
2024-Oct-16, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01473-24
PMID:39194189
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序研究了Wolbachia在果蝇卵巢细胞中的基因表达变化，揭示了Wolbachia如何通过改变宿主基因表达来促进其母系传播 | 首次系统地分析了Wolbachia感染对果蝇卵巢细胞基因表达的影响，揭示了Wolbachia通过调节宿主基因表达来促进其在宿主卵巢细胞中的传播 | 研究仅限于特定Wolbachia菌株（Mel）和果蝇卵巢细胞，未来需要进一步研究其他菌株和宿主物种 | 探讨Wolbachia在果蝇卵巢细胞中的基因表达变化及其对母系传播的影响 | Wolbachia感染的果蝇卵巢细胞和未感染的卵巢细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 感染和未感染Wolbachia的果蝇卵巢细胞 |
| 323 | 2024-10-21 |
Spatial transcriptomics of a parasitic flatworm provides a molecular map of drug targets and drug resistance genes
2024-Oct-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53215-3
PMID:39414795
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研究论文 | 本文展示了寄生扁虫肝片吸虫的空间转录组学，并提供了药物靶点和药物抗性基因的分子图谱 | 首次提供了肝片吸虫的空间转录组数据，并识别了八个不同组织的基因表达谱和标记基因 | NA | 揭示寄生扁虫肝片吸虫的基因表达空间组织，识别药物靶点和药物抗性基因 | 肝片吸虫的基因表达和组织特异性功能 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 一个肝片吸虫样本 |
| 324 | 2024-10-21 |
Integrative Multiomics in the Lung Reveals a Protective Role of Asporin in Pulmonary Arterial Hypertension
2024-Oct-15, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本文通过多组学整合分析，揭示了肺动脉高压中保护性基因ASPN的作用 | 首次发现ASPN基因在肺动脉高压中的保护作用，并验证了其在多个独立队列中的表达与肺动脉高压严重程度的相关性 | 研究依赖于现有的肺动脉高压肺样本，样本量有限 | 揭示肺动脉高压的病理生物学机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 肺动脉高压患者的肺组织和血浆 | 基因组学 | 肺动脉高压 | 转录组分析、单细胞转录组学、全基因组关联研究 | NA | 基因表达数据 | 96例肺动脉高压患者和52例对照组 |
| 325 | 2024-10-21 |
DGSIST: Clustering spatial transcriptome data based on deep graph structure Infomax
2024-Oct-15, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2024.10.002
PMID:39413889
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研究论文 | 提出了一种基于深度图结构互信息最大化（DGSI）模型的空间转录组数据聚类方法DGSIST | DGSIST模型结合了图卷积神经网络和无监督学习方法，能够有效捕捉节点及其邻居的局部信息，并将其整合到整体图结构中 | NA | 旨在充分利用空间转录组数据，提高细胞类型识别的准确性 | 空间转录组数据中的细胞类型 | 生物信息学 | 癌症 | 图卷积神经网络 | DGSI | 空间转录组数据 | 多种组织类型和技术平台的数据 |
| 326 | 2024-10-21 |
Regionalized cell and gene signatures govern esophageal epithelial homeostasis
2024-Oct-15, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.09.025
PMID:39426382
|
研究论文 | 研究使用Smart-seq3单细胞测序技术，构建了成年小鼠食管的综合细胞图谱，揭示了食管上皮细胞、成纤维细胞和免疫细胞的区域性分布特征 | 首次展示了食管轴线上不同细胞亚群的转录组特征，并证明了这些特征在食管区域化中的作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证这些发现 | 探讨食管上皮稳态的区域化调控机制 | 成年小鼠食管的细胞和基因特征 | 数字病理学 | NA | Smart-seq3单细胞测序 | NA | 细胞数据 | 成年小鼠食管样本 |
| 327 | 2024-10-21 |
A self-training interpretable cell type annotation framework using specific marker gene
2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae569
PMID:39312689
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研究论文 | 本文介绍了一种基于自训练和伪标签技术的可解释细胞类型注释框架sICTA | 结合了自训练策略和Transformer的非线性关联捕捉能力，并利用注意力机制融入基因和通路的生物学先验知识，增强了模型的透明度 | 未提及 | 开发一种新的细胞类型注释方法，以提高单细胞RNA测序分析的准确性和可解释性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer | 基因表达数据 | 11个公开的单细胞数据集 |
| 328 | 2024-10-21 |
Comprehensive transcriptome and scRNA-seq analyses uncover the expression and underlying mechanism of SYNJ2 in papillary thyroid carcinoma
2024-Oct, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.12099
PMID:39370684
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研究论文 | 研究探讨了SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的表达及其潜在机制 | 首次揭示了SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的高表达及其与临床特征的关联，并探讨了其在肿瘤进展中的作用 | 研究主要基于现有数据和分析，缺乏体内实验验证 | 探讨SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的表达及其潜在机制 | SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的表达及其与临床特征的关联 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 免疫组化、mRNA芯片、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及多个甲状腺乳头状癌样本 |
| 329 | 2024-10-21 |
Functional plasticity shapes neutrophil response to Leishmania major infection in susceptible and resistant strains of mice
2024-Oct, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1012592
PMID:39378227
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研究论文 | 研究了不同品系小鼠在利什曼原虫感染下中性粒细胞的功能可塑性及其对感染反应的影响 | 揭示了易感小鼠和抗性小鼠中性粒细胞在利什曼原虫感染下NETs形成和吞噬作用的差异，并探讨了中性粒细胞弹性蛋白酶在吞噬作用调节中的作用 | 研究仅限于特定品系的小鼠，未涉及其他物种或人类 | 探讨中性粒细胞在利什曼原虫感染中的功能可塑性及其对感染易感性和抗性的影响 | BALB/c和C57BL/6小鼠的中性粒细胞 | 免疫学 | 利什曼病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | BALB/c和C57BL/6小鼠各一组 |
| 330 | 2024-10-21 |
Single-cell characterization of differentiation trajectories and drug resistance features in gastric cancer with peritoneal metastasis
2024-Oct, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70054
PMID:39422697
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研究论文 | 研究胃癌腹膜转移患者的单细胞分化轨迹和药物耐药特征 | 揭示了MUC1+癌细胞在胃癌腹膜转移中的驱动作用，以及C1Q+巨噬细胞与GZMA+ T淋巴细胞在治疗失败中的相关性 | 样本量相对较小，且仅限于胃癌腹膜转移患者 | 阐明胃癌腹膜转移微环境中的细胞分化轨迹和关键药物耐药特征 | 胃癌腹膜转移患者的原发肿瘤、腹膜转移和化疗/免疫治疗前后的恶性腹水样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序、多重免疫荧光和空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像和空间转录组数据 | 48名患者，包括30个单细胞RNA测序样本、30个多重免疫荧光样本和3个空间转录组样本 |
| 331 | 2024-10-20 |
Characterization of mitochondrial metabolism related molecular subtypes and immune infiltration in colorectal adenocarcinoma
2024-10-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-75482-2
PMID:39414905
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研究论文 | 研究了结直肠腺癌中与线粒体代谢相关的分子亚型及其免疫浸润特征 | 通过无监督共识聚类分析筛选出与结直肠腺癌预后相关的线粒体代谢相关基因，并构建了预测模型，同时发现了新的潜在治疗靶点SEC11A | NA | 探索结直肠腺癌的预后因素及其可能的机制 | 结直肠腺癌中的线粒体代谢相关基因及其分子亚型 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序分析 | LASSO-单变量Cox分析 | 基因表达数据 | NA |
| 332 | 2024-10-20 |
Key genes and immune pathways in T-cell mediated rejection post-liver transplantation identified via integrated RNA-seq and machine learning
2024-10-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-74874-8
PMID:39414868
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研究论文 | 本研究通过整合RNA测序和机器学习方法，识别了肝移植后T细胞介导的排斥反应中的关键基因及其潜在的生物学过程和机制 | 本研究首次通过综合分析RNA测序数据和机器学习算法，识别了与T细胞介导的排斥反应相关的关键基因，并揭示了其生物学意义和潜在的治疗靶点 | 本研究主要基于GSE145780数据集和单细胞RNA测序数据，样本量有限，可能影响结果的普适性 | 识别肝移植后T细胞介导的排斥反应中的关键基因及其生物学过程和机制 | 肝移植后T细胞介导的排斥反应中的关键基因及其生物学过程和机制 | 机器学习 | NA | RNA测序 | 机器学习算法 | RNA测序数据 | GSE145780数据集和来自患者的单细胞RNA测序数据及肝活检组织 |
| 333 | 2024-10-20 |
Network dynamics-based subtyping of Alzheimer's disease with microglial genetic risk factors
2024-Oct-16, Alzheimer's research & therapy
DOI:10.1186/s13195-024-01583-9
PMID:39415193
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研究论文 | 本文利用系统生物学方法，通过构建患者特异性的小胶质细胞分子调控网络模型，对阿尔茨海默病进行亚型分类，并识别潜在的治疗靶点 | 本文创新性地结合大规模计算机模拟和动态网络分析，对阿尔茨海默病进行亚型分类，并识别出多个亚型共有的治疗靶点 | 本文的局限性在于依赖于现有的文献和单细胞RNA测序数据，可能存在数据偏差 | 本文旨在通过系统生物学方法对阿尔茨海默病进行亚型分类，并识别潜在的治疗靶点 | 本文的研究对象是阿尔茨海默病患者的小胶质细胞及其分子调控网络 | 系统生物学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 分子调控网络模型 | 基因组数据 | NA |
| 334 | 2024-10-20 |
DEPICT-seq: Single-Cell Transcriptomic Analysis of Rare Cell Subsets Isolated via Nucleic Acid Cytometry
2024-Oct-15, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.4c03075
PMID:39287475
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DEPICT-seq的高通量液滴核酸细胞分选方法，用于通过核酸标记物分离和分析稀有细胞亚群的单细胞转录组 | 提出了DEPICT-seq方法，结合了批量细胞固定、双乳化数字PCR细胞分选和单细胞分辨率的全长转录组分析，以提高基于核酸标记物的细胞分选和分析能力 | NA | 开发一种新的方法来深入研究特定稀有细胞群体的转录组特征，以理解组织生理和病理 | T细胞受体（TCR）工程化的T细胞 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 混合细胞群体中的T细胞受体（TCR）工程化的T细胞 |
| 335 | 2024-10-20 |
The molecular anatomy of cashmere goat hair follicle during cytodifferentiation stage
2024-Oct-15, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10820-2
PMID:39407092
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研究论文 | 研究了绒山羊毛囊在细胞分化阶段的分子结构及其对纤维质量的影响 | 揭示了绒山羊毛囊内层细胞分化过程中的复杂过程和转录动态，识别了九种细胞群体和关键结构，并发现了三种主要内层谱系及其在特化和信号传导中的作用 | NA | 深入理解绒山羊次级毛囊发育及其对纤维质量的影响，为育种策略提供信息 | 绒山羊的次级毛囊及其在细胞分化阶段的分子结构 | NA | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 336 | 2024-10-17 |
Multimodal Identification of Molecular Factors Linked to Severe Diabetic Foot Ulcers Using Artificial Intelligence
2024-Oct-04, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms251910686
PMID:39409014
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研究论文 | 利用多模态方法和人工智能技术识别与严重糖尿病足溃疡相关的分子因素 | 本研究通过整合电子健康记录和单细胞转录组学数据，识别出与糖尿病足溃疡严重程度相关的细胞类型特异性和分子因素，并考虑了关键的人口统计学差异 | NA | 识别与严重糖尿病足溃疡相关的分子因素 | 糖尿病足溃疡的分子因素 | 机器学习 | 糖尿病 | RNA测序 | NA | 文本 | 数千名患者 |
| 337 | 2024-10-20 |
Inferring pattern-driving intercellular flows from single-cell and spatial transcriptomics
2024-Oct, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02380-w
PMID:39187683
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FlowSig的方法，用于从单细胞RNA测序和空间转录组数据中推断由通信驱动的细胞间流动 | FlowSig方法通过图形因果建模和条件独立性，填补了描述细胞间流动的方法空白 | NA | 开发一种方法来推断由通信驱动的细胞间流动 | 单细胞RNA测序和空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组 (ST) | 图形因果建模 | 基因表达数据 | 使用了新产生的皮质类器官数据和数学模型生成的合成数据进行基准测试 |
| 338 | 2024-10-20 |
FICTURE: scalable segmentation-free analysis of submicron-resolution spatial transcriptomics
2024-Oct, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02415-2
PMID:39266749
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FICTURE的可扩展的无分割空间转录组分析方法 | FICTURE是一种无分割的空间因子分解方法，能够处理带有数十亿亚微米分辨率空间坐标的转录组数据，并且比现有方法效率高几个数量级 | NA | 开发一种能够处理高分辨率空间转录组数据的可扩展分析方法 | 亚微米分辨率的空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间因子分解 | 多层Dirichlet模型 | 空间转录组数据 | 数十亿亚微米分辨率空间坐标的数据 |
| 339 | 2024-09-15 |
Analyzing submicron spatial transcriptomics data at their original resolution
2024-Oct, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02416-1
PMID:39271936
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 340 | 2024-10-20 |
Gene signatures for cancer research: A 25-year retrospective and future avenues
2024-Oct, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012512
PMID:39413055
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评论 | 本文回顾了过去25年基因签名在癌症研究中的应用，并探讨了未来的发展方向 | 提出了多组学数据整合、机器学习技术、开放科学实践和协作努力等未来发展方向 | 基因签名在不同队列中的重叠和一致性有限，且由于每个患者的转录组独特性，存在可重复性问题 | 探讨基因签名在疾病转录组研究中的可靠性，并提出标准化实践和先进方法 | 基因签名在癌症研究中的应用及其未来发展 | NA | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |