单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 580 篇文献，本页显示第 301 - 320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2024-11-04 |
Contrasting the development of larval and adult body plans during the evolution of biphasic lifecycles in sea urchins
2024-Oct-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.203015
PMID:39465623
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研究论文 | 研究了海胆在双相生命周期中幼体和成体体型的发育过程 | 使用单细胞RNA测序分析了加速的非摄食型幼体发育模式，并发现了与摄食型幼体相比的细胞类型特化变化 | NA | 探讨双相生命周期中幼体和成体发育的调控机制 | 海胆Heliocidaris erythrogramma的发育过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 从胚胎到变态前一天的海胆Heliocidaris erythrogramma幼体样本 | NA | NA | NA | NA |
| 302 | 2024-11-04 |
A Part-to-Whole Circular Cell Explorer
2024-Oct-14, ArXiv
PMID:39483344
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研究论文 | 设计了一种交互式可视化分析系统，用于解决现有空间转录组学方法中的感知问题，并增加了过滤、钻取和聚类分析功能 | 提出了一种新的交互式可视化分析系统，解决了现有方法中的感知问题，并增加了多种分析功能 | NA | 帮助研究人员深入理解组织内复杂生物过程的分子机制 | 空间转录组学中的细胞测量数据，如基因表达和细胞类型 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 303 | 2024-11-02 |
Single-cell analysis of tumor microenvironment and cell adhesion reveals that interleukin-1 beta promotes cancer cell proliferation in breast cancer
2024-Oct, Animal models and experimental medicine
IF:3.8Q2
DOI:10.1002/ame2.12445
PMID:38860503
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研究论文 | 研究探讨了三阴性乳腺癌中肿瘤微环境和细胞粘附的作用，发现白细胞介素-1β促进癌细胞增殖 | 首次揭示了浆细胞在三阴性乳腺癌中的作用，并识别出IL1B作为新的预后标志物 | 研究样本量较小，且仅限于三阴性乳腺癌 | 探讨三阴性乳腺癌中肿瘤微环境和细胞粘附的作用 | 三阴性乳腺癌样本中的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 26个乳腺癌样本，包括5个HER2阳性、12个ER阳性/PR阳性和9个三阴性乳腺癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 304 | 2024-11-04 |
scCaT: An explainable capsulating architecture for sepsis diagnosis transferring from single-cell RNA sequencing
2024-Oct, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012083
PMID:39432561
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scCaT的深度学习框架，用于脓毒症诊断，结合了胶囊架构和Transformer模型，利用单细胞RNA测序数据进行建模，并将其迁移到批量RNA数据上 | scCaT框架通过胶囊架构将基因按生物功能分组，提供了基因表达编码的可解释性，并利用Transformer作为解码器进行脓毒症患者和对照组的分类 | NA | 开发一种可解释的深度学习模型，用于脓毒症诊断，并将其从单细胞RNA测序数据迁移到批量RNA数据 | 脓毒症患者和对照组的分类 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | Transformer | RNA测序数据 | 单细胞测试集和七个批量RNA队列 | NA | NA | NA | NA |
| 305 | 2024-11-02 |
Spatial transcriptomics of meningeal inflammation reveals inflammatory gene signatures in adjacent brain parenchyma
2024-Oct-30, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.88414
PMID:39475792
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研究论文 | 研究通过磁共振成像（MRI）引导的空间转录组学分析，揭示了在小鼠自身免疫性脑膜炎模型中，脑膜炎症区域及其邻近脑实质的转录特征 | 首次在脑膜炎症模型中进行了详细的空间转录组学分析，并揭示了炎症信号通路在脑膜炎症区域及其邻近脑实质中的差异激活 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证结果 | 探讨脑膜炎症与脑灰质病理之间的机制联系 | 小鼠自身免疫性脑膜炎模型中的脑膜炎症区域及其邻近脑实质 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 306 | 2024-11-02 |
Single-cell transcriptomics of rectal organoids from individuals with perianal fistulizing Crohn's disease reveals patient-specific signatures
2024-10-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-75947-4
PMID:39477985
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研究论文 | 研究分析了来自患有肛周瘘管克罗恩病患者的直肠类器官的单细胞转录组，揭示了患者特异性的基因表达特征 | 首次在单细胞水平上分析了来自不同患者的直肠类器官，揭示了与疾病、性别和祖先相关的基因表达特征 | 研究主要集中在直肠类器官的基因表达分析，未涉及炎症信号的详细研究 | 探讨肛周瘘管克罗恩病患者直肠类器官的病理决定因素 | 来自不同患者的直肠类器官和黏膜细胞 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 77,044个直肠类器官细胞（13名患者，8名CD患者，5名对照）和141,367个黏膜上皮细胞（29名患者，18名CD患者，11名对照） | NA | NA | NA | NA |
| 307 | 2024-11-02 |
Detecting significant expression patterns in single-cell and spatial transcriptomics with a flexible computational approach
2024-10-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-75314-3
PMID:39478009
|
研究论文 | 提出了一种名为SPIRAL的算法，用于检测单细胞和空间转录组数据中的显著表达模式 | SPIRAL算法基于高斯统计，能够检测所有统计上显著的生物过程，并具有灵活性，可以构建基于统计显著性和一致性差异表达的基因和细胞子集 | NA | 开发一种新的计算方法，用于检测单细胞和空间转录组数据中的显著表达模式 | 单细胞、空间和批量RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | 高斯统计 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 308 | 2024-11-02 |
Integrating machine learning and single-cell transcriptomic analysis to identify potential biomarkers and analyze immune features of ischemic stroke
2024-10-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-77495-3
PMID:39478056
|
研究论文 | 本研究利用机器学习和单细胞转录组测序分析，揭示缺血性中风的新型生物标志物及其免疫特征 | 通过整合机器学习和单细胞转录组测序分析，揭示了缺血性中风的新型生物标志物和免疫特征 | NA | 揭示缺血性中风的生物标志物和免疫特征，为治疗策略提供新见解 | 缺血性中风的生物标志物和免疫特征 | 机器学习 | 中风 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | 机器学习算法 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 309 | 2024-11-02 |
The G protein-coupled receptor ADGRG6 maintains mouse growth plate homeostasis through IHH signaling
2024-Oct-29, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjae144
PMID:39236220
|
研究论文 | 研究ADGRG6/GPR126在维持小鼠生长板稳态中的作用及其通过IHH信号通路的机制 | 揭示了ADGRG6在维持小鼠生长板稳态中的关键作用，特别是通过调节PTHrP/IHH信号通路来影响软骨细胞的增殖和肥大分化 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证其相关性 | 探讨ADGRG6在维持小鼠生长板稳态中的作用及其分子机制 | 小鼠生长板中的软骨细胞和骨软骨前体细胞 | NA | NA | 分子遗传学和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用甲醛固定石蜡包埋的组织样本进行研究 | NA | NA | NA | NA |
| 310 | 2024-11-02 |
Application and new findings of scRNA-seq and ST-seq in prostate cancer
2024-Oct-29, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-024-00206-w
PMID:39470950
|
综述 | 本文综述了scRNA-seq和ST-seq技术在前列腺癌研究中的应用和新发现 | 介绍了scRNA-seq和ST-seq技术在揭示前列腺癌及其微环境异质性和功能变化方面的突破 | NA | 探讨前列腺癌发病机制和疾病进展，为诊断和治疗提供参考 | 前列腺癌及其微环境 | 数字病理学 | 前列腺癌 | scRNA-seq, ST-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 311 | 2024-11-02 |
A method for in silico exploration of potential glioblastoma multiforme attractors using single-cell RNA sequencing
2024-10-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-74985-2
PMID:39472601
|
研究论文 | 本文提出了一种利用单细胞RNA测序数据寻找潜在癌症吸引子的方法，并在胶质母细胞瘤数据集中进行了测试 | 本文创新性地使用癌症吸引子概念解释胶质母细胞瘤的异质性，并通过构建基因调控网络和参数估计框架来探索潜在的吸引子 | 本文的方法主要在胶质母细胞瘤数据集中进行了测试，其通用性在其他类型癌症中的表现尚未充分验证 | 研究胶质母细胞瘤的潜在吸引子，并探索其在癌症动力学模拟和治疗靶点研究中的应用 | 胶质母细胞瘤的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 基因调控网络 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 312 | 2024-11-02 |
Alteration of the metabolite interconversion enzyme in sperm and Sertoli cell of non-obstructive azoospermia: a microarray data and in-silico analysis
2024-10-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-77875-9
PMID:39472682
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研究论文 | 研究非阻塞性无精子症患者精子和小管细胞中代谢物相互转化酶的基因表达模式 | 使用微阵列和生物信息学技术分析了2912个编码代谢物相互转化酶的基因，并预测了这些蛋白质的功能和分子相互作用，识别出关键的枢纽基因 | NA | 探讨非阻塞性无精子症患者睾丸细胞中代谢物相互转化酶的基因表达模式，以理解其分子机制 | 非阻塞性无精子症患者的精子和小管细胞 | NA | NA | 微阵列分析，生物信息学 | NA | 基因表达数据 | 2912个基因，3个非阻塞性无精子症患者的小管细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 313 | 2024-11-02 |
HTS and scRNA-seq revealed that the location and RSS quality of the mammalian TRBV and TRBJ genes impact biased rearrangement
2024-Oct-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10887-x
PMID:39472808
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研究论文 | 研究探讨了哺乳动物TRBV和TRBJ基因的位置和RSS质量对偏倚重排的影响 | 首次通过单细胞RNA测序和高通量测序揭示了TRBV和TRBJ基因的位置和RSS质量对V(D)J重排频率的影响 | 尚未完全阐明具体的调控机制和效率 | 研究V(D)J重排的机制和效率 | 哺乳动物TRBV和TRBJ基因的位置和RSS质量 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和高通量测序 (HTS) | NA | RNA序列 | 包括灵长类（人类和猕猴）、啮齿类（BALB/c、C57BL/6和昆明小鼠）、偶蹄类（水牛）和翼手类（Rhinolophus affinis）等多个物种 | NA | NA | NA | NA |
| 314 | 2024-11-02 |
Characterization of Cancer Stem Cells in Laryngeal Squamous Cell Carcinoma by Single-cell RNA Sequencing
2024-Oct-15, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae056
PMID:39107908
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，全面表征喉鳞状细胞癌中的癌症干细胞 | 首次在单细胞水平上全面表征喉鳞状细胞癌中的癌症干细胞特性 | 研究样本仅限于三名患者，可能影响结果的普适性 | 识别喉鳞状细胞癌中的癌症干细胞及其分子机制 | 喉鳞状细胞癌中的癌症干细胞 | 数字病理学 | 喉癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 三名喉鳞状细胞癌患者的匹配原发肿瘤组织、癌旁组织和局部淋巴结 | NA | NA | NA | NA |
| 315 | 2024-11-02 |
Unraveling the role of low-density lipoprotein-related genes in lung adenocarcinoma: Insights into tumor microenvironment and clinical prognosis
2024-Oct, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24230
PMID:38488684
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研究论文 | 研究探讨了低密度脂蛋白相关基因在肺腺癌中的作用及其对肿瘤微环境和临床预后的影响 | 首次系统地研究了低密度脂蛋白相关基因在肺腺癌中的作用，并开发了一种新的低密度脂蛋白相关签名用于预后评估 | 研究主要基于单细胞转录组数据，可能无法全面反映所有相关基因的表达情况 | 揭示低密度脂蛋白相关基因在肺腺癌中的功能及其对肿瘤微环境和临床预后的影响 | 低密度脂蛋白相关基因在肺腺癌中的表达模式及其与肿瘤微环境和临床预后的关系 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组学 | 机器学习 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 316 | 2024-10-30 |
IRescue: uncertainty-aware quantification of transposable elements expression at single cell level
2024-Oct-28, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae793
PMID:39271103
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研究论文 | 本文介绍了一种名为IRescue的软件，用于在单细胞水平上量化转座元件的表达 | IRescue软件结合了独特的UMI去重算法和期望最大化过程，有效纠正测序错误并重新分配多重映射读数的计数 | NA | 研究转座元件在不同组织中的细胞多样性及其在疾病进展中的潜在作用 | 转座元件在单细胞水平上的表达 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 包括来自人类结直肠癌、脑部、皮肤老化和SARS-CoV-2感染及恢复期间的PBMCs的单细胞和细胞核RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA |
| 317 | 2024-10-30 |
Caerin 1.1 and 1.9 peptides halt B16 melanoma metastatic tumours via expanding cDC1 and reprogramming tumour macrophages
2024-Oct-28, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05763-x
PMID:39468595
|
研究论文 | 研究了caerin 1.1和1.9肽在B16黑色素瘤模型中通过扩增cDC1和重编程肿瘤相关巨噬细胞来抑制转移性肿瘤的潜力 | 结合免疫疗法，caerin 1.1和1.9肽能够有效调节原发和继发性肿瘤的微环境，减少肿瘤生长并增强系统性免疫 | NA | 探讨caerin 1.1和1.9肽在B16黑色素瘤模型中与免疫疗法结合的治疗潜力 | B16黑色素瘤模型中的肿瘤生长和转移 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 318 | 2024-10-30 |
Integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing reveals the impact of nicotinamide and tryptophan metabolism on glioma prognosis and immunotherapy sensitivity
2024-Oct-28, BMC neurology
IF:2.2Q3
DOI:10.1186/s12883-024-03924-5
PMID:39468708
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研究论文 | 本研究通过整合批量和单细胞RNA测序数据，探讨了烟酰胺和色氨酸代谢对胶质瘤预后和免疫治疗敏感性的影响 | 首次全面评估了烟酰胺和色氨酸代谢对胶质瘤预后和肿瘤免疫微环境的影响，并开发了相关模型用于预测胶质瘤的预后和免疫治疗敏感性 | 研究主要基于TCGA、CGGA和GSE159416的数据，体外实验验证范围有限 | 探讨烟酰胺和色氨酸代谢与胶质瘤预后及免疫状态的关系，并开发预测模型 | 胶质瘤患者的批量和单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | RNA测序 | LASSO回归 | 转录组数据 | TCGA、CGGA和GSE159416的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 319 | 2024-10-30 |
Comprehensive analysis of clinical features, mRNA splicing, and immunological role of REEP5 in esophageal squamous cell carcinoma
2024-10-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-77631-z
PMID:39463444
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研究论文 | 本文综合分析了REEEP5在食管鳞状细胞癌中的临床特征、mRNA剪接和免疫学作用 | 首次全面探讨了REEEP5在食管鳞状细胞癌中的生物学功能及其在肿瘤微环境中的作用，并验证了其在肿瘤和非肿瘤组织中的表达差异 | 研究样本量相对较小，且仅限于食管鳞状细胞癌，可能限制了结果的普适性 | 探讨REEEP5在食管鳞状细胞癌中的生物学功能及其在肿瘤微环境中的作用 | REEEP5在食管鳞状细胞癌中的表达及其与临床特征、mRNA剪接和免疫反应的关系 | 数字病理学 | 食管癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 272名食管鳞状细胞癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 320 | 2024-10-30 |
Multiple cell types including melanocytes contribute to elastogenesis in the developing murine aortic valve
2024-10-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-73673-5
PMID:39461968
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研究论文 | 研究探讨了小鼠主动脉瓣发育过程中弹性纤维的生成机制，发现多种细胞类型包括黑色素细胞参与其中 | 首次揭示了黑色素细胞在小鼠主动脉瓣弹性纤维生成中的关键作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，未来需进一步验证在人类中的适用性 | 探讨主动脉瓣发育过程中弹性纤维的生成机制 | 小鼠主动脉瓣中的弹性纤维生成 | NA | NA | 空间转录组学和RT-qPCR | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |