单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2024-10-25	Elucidating the role of FOS in modulating the immune microenvironment through fibroblast and myeloid cell regulation in locoregional recurrent HNSCC 2024-Oct, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24262 PMID:38567514	研究论文	本研究探讨了FOS在调节头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）局部复发中的免疫微环境中的作用，特别是其对成纤维细胞和髓系细胞的影响	本研究揭示了FOS在HNSCC肿瘤微环境中不同细胞群体中的表达差异，并探讨了其与免疫和缺氧相关通路的关联，为HNSCC的治疗提供了新的潜在靶点	NA	研究FOS在HNSCC局部复发中的免疫微环境调节作用	FOS在HNSCC肿瘤微环境中对成纤维细胞和髓系细胞的调节作用	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	RNA测序	NA	RNA	HNSCC患者组织样本及相邻非癌组织样本
302	2024-10-25	Single-cell and bulk RNA-sequencing reveal SPP1 and CXCL12 as cell-to-cell communication markers to predict prognosis in lung adenocarcinoma 2024-Oct, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24297 PMID:38622884	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序数据，揭示了SPP1和CXCL12作为细胞间通讯标志物，用于预测肺腺癌预后的潜力	首次揭示了SPP1和CXCL12在肺腺癌微环境中的细胞间通讯作用，并探讨了它们与免疫细胞的关系	研究依赖于公共数据集，可能存在数据质量和样本偏差的问题	探讨肺腺癌微环境中的细胞间通讯特征及其与预后的关系	肺腺癌肿瘤组织及其邻近的非肿瘤组织	数字病理学	肺癌	RNA测序	NA	RNA	使用了来自公共数据集的肺腺癌批量RNA测序数据和单细胞RNA测序数据
303	2024-10-25	PTPN7 mediates macrophage-polarization and determines immunotherapy in gliomas: A single-cell sequencing analysis 2024-Oct, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24259 PMID:38581214	研究论文	研究探讨了PTPN7在胶质瘤微环境中的作用及其对免疫治疗的影响	首次系统分析了PTPN7在胶质瘤微环境中的特征及其对免疫治疗的影响	研究主要基于单细胞测序和细胞培养实验，缺乏临床验证	探讨PTPN7在胶质瘤中的作用及其对免疫治疗的影响	PTPN7在胶质瘤中的表达、预后价值、基因组特征、免疫特性及对化疗和免疫治疗的预测作用	数字病理学	脑肿瘤	单细胞测序	NA	基因组数据	涉及HMC3和M0细胞与U251和T98G细胞的共培养实验
304	2024-10-25	RNA modification-related EIF4G2 is an immunotherapy determinant in osteosarcoma: A single-cell sequencing analysis 2024-Oct, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24261 PMID:38578024	研究论文	本研究探讨了RNA修饰与骨肉瘤免疫治疗之间的关系，并识别出EIF4G2作为关键的免疫治疗决定因素	首次建立了RNA修饰与骨肉瘤免疫治疗之间的联系，并识别出EIF4G2作为潜在的治疗靶点	NA	探索骨肉瘤中RNA修饰与免疫治疗之间的关系，以识别新的治疗靶点	骨肉瘤中的RNA修饰和免疫治疗	数字病理学	骨肉瘤	单细胞测序	随机森林	RNA修饰相关特征	NA
305	2024-10-25	Using single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing data to reveal a correlation between smoking and neutrophil activation in esophageal carcinoma patients 2024-Oct, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24312 PMID:38700434	研究论文	研究使用单细胞RNA测序和批量RNA测序数据揭示吸烟与食管癌患者中性粒细胞激活之间的关联	首次揭示了吸烟与食管癌患者中性粒细胞激活之间的关联，并探讨了中性粒细胞在肿瘤微环境中的促癌作用	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制	探讨吸烟与食管癌患者中性粒细胞激活之间的关系	食管癌患者的中性粒细胞	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序	NA	RNA测序数据	公共数据库中的数据，具体样本数量未提及
306	2024-10-25	LineageVAE: reconstructing historical cell states and transcriptomes toward unobserved progenitors 2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae520 PMID:39172488	研究论文	本文介绍了一种名为LineageVAE的新型计算方法，利用深度学习技术重建不可观测的细胞状态和转录组	开发了LineageVAE，一种基于深度生成模型的计算方法，能够将具有相同谱系条码的scRNA-seq观测数据转换为潜在细胞状态空间中的序列轨迹，从而重建不可观测的细胞状态转变、历史转录组和调控动力学	由于实验性质，观测数据稀疏，早期状态的细胞并非后期观测细胞的直接祖先	克服单细胞RNA测序在动态过程中测量基因表达变化的限制，重建不可观测的细胞状态和转录组	细胞状态转变、历史转录组和调控动力学	机器学习	NA	单细胞RNA测序	VAE	基因表达数据	涉及造血和重编程成纤维细胞数据集
307	2024-10-25	Single-cell and spatial transcriptomics reveal apelin/APJ pathway's role in microvessel formation and tumour progression in hepatocellular carcinoma 2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70152 PMID:39434201	研究论文	本研究探讨了apelin/APJ通路在肝细胞癌（HCC）中的作用及其对微血管形成和肿瘤进展的影响	首次通过单细胞和空间转录组学技术揭示了apelin/APJ通路在HCC中的功能，并验证了其作为潜在治疗靶点的可能性	实验验证主要集中在基因沉默对血管生成的影响，未涉及其他治疗策略的探索	阐明apelin/APJ通路在HCC中的功能，并识别潜在的治疗生物标志物	肝细胞癌（HCC）中的apelin/APJ通路及其对微血管形成和肿瘤进展的影响	数字病理学	肝癌	单细胞转录组学、空间转录组学	机器学习模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
308	2024-10-25	Research progress on single-cell expression quantitative trait loci 2024-Oct, Yi chuan = Hereditas DOI:10.16288/j.yczz.24-162 PMID:39443309	综述	本文综述了单细胞表达定量性状位点（sc-eQTL）研究的最新进展	利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）揭示依赖于细胞类型、状态和动态的eQTL，增强了对基因表达相关遗传变异的分析能力	当前研究面临实验设计和建模方法的挑战	提供新的视角来识别与疾病相关的位点并阐明基因调控机制	单细胞表达定量性状位点（sc-eQTL）	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
309	2024-10-24	-RAMP3 promotes hepatocellular carcinoma tumor cell-mediated CCL2 degradation by supporting membrane distribution of ACKR2 2024-Oct-21, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113419 PMID:39437486	研究论文	研究探讨了RAMP3与ACKR2的结合及其在肝细胞癌肿瘤微环境中对CCL2降解的协同调控作用	首次揭示了RAMP3通过支持ACKR2的膜分布促进CCL2在肝细胞癌中的降解	研究主要基于细胞系和生物信息学分析，缺乏临床样本的验证	探索RAMP3与ACKR2在肝细胞癌中的相互作用及其对CCL2降解的影响	RAMP3、ACKR2、CCL2以及肝细胞癌细胞系	数字病理学	肝癌	RNA测序、蛋白质-蛋白质相互作用分析	NA	RNA序列、蛋白质相互作用数据	使用了人肝细胞癌细胞系Huh7和HepG2以及小鼠肝细胞癌细胞系Hepa1-6
310	2024-10-24	Multiple Machine Learning Models, Molecular Subtyping and Singlecell Analysis Identify PANoptosis-related Core Genes and their Association with Subtypes in Crohn's Disease 2024-Oct-21, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673330894241008060309 PMID:39440782	研究论文	本研究利用多种机器学习模型和单细胞分析技术，识别了与克罗恩病相关的PANoptosis核心基因及其与亚型的关联	首次构建了具有良好识别效果的PANoptosis特征，揭示了PANoptosis在克罗恩病中的潜在作用	NA	探讨PANoptosis与克罗恩病的关系及其在疾病中的作用机制	克罗恩病患者的PANoptosis相关基因及其亚型	机器学习	消化系统疾病	单细胞RNA测序	随机森林、支持向量机、决策树、高斯混合模型	基因表达数据	多个队列的克罗恩病患者样本
311	2024-10-24	Perioperative chemoimmunotherapy induces strong immune responses and long-term survival in patients with HLA class I-deficient non-small cell lung cancer 2024-Oct-20, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009762 PMID:39428126	研究论文	研究了围手术期化疗免疫疗法在HLA I类缺陷的非小细胞肺癌患者中的疗效和免疫反应机制	首次探讨了围手术期化疗免疫疗法在HLA I类缺陷的非小细胞肺癌患者中的疗效和免疫反应机制	样本量较小，需要进一步的大规模研究验证	探讨围手术期化疗免疫疗法在HLA I类缺陷的非小细胞肺癌患者中的疗效和免疫反应机制	HLA I类缺陷的非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	免疫组化、空间转录组学	NA	组织样本	24名非小细胞肺癌患者
312	2024-10-24	Integrative multi-omics analysis reveals the role of tumor-associated endothelial cells and their signature in prognosis of intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Oct-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05750-2 PMID:39427165	研究论文	研究探讨了肿瘤相关内皮细胞（TECs）与肿瘤微环境（TME）中免疫细胞的相互作用及其对肿瘤预后的影响	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了TECs在肿瘤血管生成中的作用及其显著异质性，并构建了TEC特征（TEC.Sig），该特征可预测患者对免疫治疗的反应	研究主要基于单细胞RNA测序和空间转录组学分析，可能需要更多临床数据验证TEC.Sig的预测能力	探讨肿瘤相关内皮细胞与免疫细胞在肿瘤微环境中的相互作用及其对肿瘤预后的影响	肿瘤相关内皮细胞（TECs）、免疫细胞、肿瘤微环境（TME）	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学分析	NA	RNA	来自肝内胆管癌（ICC）患者的肿瘤、正常和淋巴结组织样本
313	2024-10-24	Mapping RANKL- and OPG-expressing cells in bone tissue: the bone surface cells as activators of osteoclastogenesis and promoters of the denosumab rebound effect 2024-Oct-18, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-024-00362-4 PMID:39424806	研究论文	本文研究了骨组织中RANKL和OPG表达细胞的定位，探讨了骨表面细胞在破骨细胞生成和地诺单抗反弹效应中的作用	首次使用原位杂交技术直接识别通过RANKL/OPG途径激活破骨细胞生成的细胞，并分析了OPG:Fc和PTH处理对RANKL和OPG表达的影响	研究主要基于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证	揭示地诺单抗停药后反弹性骨吸收的细胞机制	骨组织中的RANKL和OPG表达细胞	NA	NA	原位杂交技术	NA	RNA	小鼠样本，包括OPG:Fc和PTH处理组
314	2024-10-24	Integrated single-cell and spatial transcriptomics reveal microenvironment disruptions by androgen in mouse ovary 2024-Oct-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111028 PMID:39429789	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了在小鼠卵巢中，雄激素诱导的多囊卵巢综合征（PCOS）样模型中颗粒细胞和膜细胞亚群的功能和数量变化	首次在亚群水平上揭示了雄激素对颗粒细胞和膜细胞的影响，特别是GC5和TC2亚群的炎症和脂质代谢活动增强	研究仅限于小鼠模型，结果是否适用于人类PCOS患者尚需进一步验证	探讨雄激素在多囊卵巢综合征中对卵巢微环境的影响	小鼠卵巢中的颗粒细胞和膜细胞亚群	数字病理学	生殖疾病	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠PCOS样模型
315	2024-10-24	Accurate identification of locally aneuploid cells by incorporating cytogenetic information in single cell data analysis 2024-10-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-75226-2 PMID:39406835	研究论文	本文开发了两种方法partCNV和partCNVH，用于快速准确地检测具有局部拷贝数缺失或扩增的非整倍体细胞，并结合细胞遗传信息进行单细胞数据分析	本文提出了两种新方法partCNV和partCNVH，通过结合细胞遗传信息和隐马尔可夫模型，提高了非整倍体细胞检测的准确性和可解释性	NA	开发和评估用于检测血液癌症中单细胞非整倍体细胞的新方法	血液癌症患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	血液癌症	单细胞RNA测序	隐马尔可夫模型	RNA测序数据	三个血液癌症患者的单细胞RNA测序数据集
316	2024-10-24	Polybacterial Intracellular Macromolecules Shape Single-Cell Epikine Profiles in Upper Airway Mucosa 2024-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.08.617279 PMID:39416216	研究论文	研究了上呼吸道黏膜中多细菌胞内大分子如何塑造单细胞表观素谱	通过单细胞RNA测序和免疫组化技术，揭示了多细菌胞内大分子在黏膜上皮细胞中的持久存在及其对细胞信号传导和药物反应的影响	研究主要集中在口腔黏膜，未涵盖其他上呼吸道部位	探讨宿主与微生物在上呼吸道黏膜中的相互作用及其对细胞行为的影响	上呼吸道黏膜中的上皮细胞和基质细胞	数字病理学	慢性炎症疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及人类口腔黏膜的单细胞RNA测序数据
317	2024-10-24	Advances in long-read single-cell transcriptomics 2024-Oct, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-024-02678-x PMID:38787419	综述	本文综述了长读长单细胞转录组学（scRNA-Seq）的最新进展，重点介绍了文库制备协议和下游生物信息学分析工具	长读长scRNA-Seq技术克服了传统短读长方法在完整转录本覆盖、解析异构体和识别新转录本方面的局限性	长读长scRNA-Seq技术在早期相比短读长方法准确性较低，但通过改进已逐渐提高	探讨长读长单细胞转录组学技术的发展及其在疾病异质性分析中的应用	长读长单细胞转录组学技术及其在疾病异质性分析中的应用	基因组学	NA	长读长单细胞转录组学（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	NA
318	2024-10-24	Effector Function Characteristics of Exhausted CD8+ T-Cell in Microsatellite Stable and Unstable Gastric Cancer 2024-Oct, Cancer research and treatment IF:4.1Q2 DOI:10.4143/crt.2024.317 PMID:38637967	研究论文	研究了微卫星稳定和不稳定胃癌中耗竭CD8+ T细胞的效应功能特征	发现微卫星不稳定胃癌中的耗竭T细胞保留了IFN-γ信号通路，为胃癌免疫治疗提供了新的视角	样本量较小，仅包括三例微卫星不稳定和三例微卫星稳定胃癌样本	探讨微卫星不稳定胃癌的肿瘤免疫微环境特征	微卫星稳定和不稳定胃癌中的CD8+ T细胞亚型	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序和空间转录组分析	NA	转录组数据	三例微卫星不稳定和三例微卫星稳定胃癌样本
319	2024-10-24	The crucial prognostic signaling pathways of pancreatic ductal adenocarcinoma were identified by single-cell and bulk RNA sequencing data 2024-Oct, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-024-02663-4 PMID:38526745	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序数据识别胰腺导管腺癌的关键预后信号通路	利用单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出12个独立的胰腺导管腺癌预后因子，并构建了具有良好区分度和校准度的预后模型	研究仅基于特定的数据集，结果的普适性有待进一步验证	探索胰腺导管腺癌的潜在预后信号通路，提高预后预测的准确性	胰腺导管腺癌的预后因子及其相关信号通路	数字病理学	胰腺癌	RNA测序	Cox回归模型，Lasso回归模型	RNA测序数据	一个单细胞RNA测序队列和四个GEO队列的数据
320	2024-10-24	LTBR acts as a novel immune checkpoint of tumor-associated macrophages for cancer immunotherapy 2024-Oct, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.233 PMID:39429877	研究论文	研究揭示了淋巴毒素β受体（LTBR）作为肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的新型免疫检查点，并提出了一种新的癌症免疫治疗策略	首次发现LTBR作为TAMs的新型免疫检查点，并提出了一种新的免疫治疗策略，通过靶向LTBR TAMs来克服免疫检查点抑制剂的耐药性	研究主要基于肺腺癌（LUAD）的数据，结果的普适性需要进一步验证	揭示肿瘤相关巨噬细胞在癌症免疫治疗中的作用机制，并寻找新的免疫检查点	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其在肺腺癌（LUAD）中的作用	免疫学	肺腺癌	单细胞RNA测序（single-cell RNA-seq）	NA	基因组数据	涉及肺腺癌（LUAD）的免疫多组学数据和单细胞RNA测序数据