单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 668 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2024-10-25 |
LineageVAE: reconstructing historical cell states and transcriptomes toward unobserved progenitors
2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae520
PMID:39172488
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研究论文 | 本文介绍了一种名为LineageVAE的新型计算方法，利用深度学习技术重建不可观测的细胞状态和转录组 | 开发了LineageVAE，一种基于深度生成模型的计算方法，能够将具有相同谱系条码的scRNA-seq观测数据转换为潜在细胞状态空间中的序列轨迹，从而重建不可观测的细胞状态转变、历史转录组和调控动力学 | 由于实验性质，观测数据稀疏，早期状态的细胞并非后期观测细胞的直接祖先 | 克服单细胞RNA测序在动态过程中测量基因表达变化的限制，重建不可观测的细胞状态和转录组 | 细胞状态转变、历史转录组和调控动力学 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | VAE | 基因表达数据 | 涉及造血和重编程成纤维细胞数据集 |
| 282 | 2024-10-25 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal apelin/APJ pathway's role in microvessel formation and tumour progression in hepatocellular carcinoma
2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70152
PMID:39434201
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研究论文 | 本研究探讨了apelin/APJ通路在肝细胞癌（HCC）中的作用及其对微血管形成和肿瘤进展的影响 | 首次通过单细胞和空间转录组学技术揭示了apelin/APJ通路在HCC中的功能，并验证了其作为潜在治疗靶点的可能性 | 实验验证主要集中在基因沉默对血管生成的影响，未涉及其他治疗策略的探索 | 阐明apelin/APJ通路在HCC中的功能，并识别潜在的治疗生物标志物 | 肝细胞癌（HCC）中的apelin/APJ通路及其对微血管形成和肿瘤进展的影响 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 283 | 2024-10-25 |
Research progress on single-cell expression quantitative trait loci
2024-Oct, Yi chuan = Hereditas
DOI:10.16288/j.yczz.24-162
PMID:39443309
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综述 | 本文综述了单细胞表达定量性状位点（sc-eQTL）研究的最新进展 | 利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）揭示依赖于细胞类型、状态和动态的eQTL，增强了对基因表达相关遗传变异的分析能力 | 当前研究面临实验设计和建模方法的挑战 | 提供新的视角来识别与疾病相关的位点并阐明基因调控机制 | 单细胞表达定量性状位点（sc-eQTL） | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 284 | 2024-10-24 |
Senescent Syncytiotrophoblast Secretion During Early Onset Preeclampsia
2024-Oct-23, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979)
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研究论文 | 研究早发型子痫前期中衰老的合体滋养层细胞分泌物的变化 | 首次通过单核RNA测序结合空间转录组学技术，识别出早发型子痫前期中合体滋养层细胞的转录组状态变化，并验证了其在临床多中心队列中的应用 | 研究主要集中在早发型子痫前期的早期预测标记物，未涉及治疗策略的开发 | 探索早发型子痫前期的发病机制，寻找有效的早期预测标记物 | 早发型子痫前期和健康对照组的母胎界面单位（胎儿绒毛和母体蜕膜） | NA | 妊娠相关疾病 | 单核RNA测序，空间转录组学 | NA | RNA | 早发型子痫前期和健康对照组的母胎界面单位样本 |
| 285 | 2024-10-24 |
Bioengineered Extracellular Vesicles Delivering siMDM2 Sensitize Oxaliplatin Therapy Efficacy in Colorectal Cancer
2024-Oct-23, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.202403531
PMID:39440640
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研究论文 | 研究通过生物工程改造的外泌体递送siMDM2，增强奥沙利铂在结直肠癌治疗中的疗效 | 首次结合单细胞转录组测序和动态网络生物标志物，揭示了奥沙利铂耐药早期阶段线粒体电子传递链复合物I功能抑制的现象，并通过工程化外泌体递送siMDM2，验证了其在改善奥沙利铂化疗疗效中的应用 | 研究主要集中在体外和动物模型中，尚未在临床试验中验证 | 探讨奥沙利铂耐药的早期机制，并开发新的治疗策略 | 结直肠癌细胞和动物模型 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 包括患者来源的异种移植模型和肝肺转移小鼠模型 |
| 286 | 2024-10-24 |
Distinct deregulation trends of transcriptional protein complexes in aging naive T cells
2024-Oct-22, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae231
PMID:39437255
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研究论文 | 研究了衰老对幼稚CD4+和CD8+ T细胞中转录蛋白复合物的影响 | 整合单细胞RNA测序数据和蛋白质-蛋白质及域-域相互作用网络，预测和比较了衰老相关的转录蛋白复合物，并识别了其解释衰老相关变异的能力 | NA | 研究衰老对T细胞亚群的影响及其潜在的免疫系统功能障碍 | 幼稚CD4+和CD8+ T细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自三个不同年龄组的幼稚CD4+和CD8+ T细胞 |
| 287 | 2024-10-24 |
-RAMP3 promotes hepatocellular carcinoma tumor cell-mediated CCL2 degradation by supporting membrane distribution of ACKR2
2024-Oct-21, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113419
PMID:39437486
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研究论文 | 研究探讨了RAMP3与ACKR2的结合及其在肝细胞癌肿瘤微环境中对CCL2降解的协同调控作用 | 首次揭示了RAMP3通过支持ACKR2的膜分布促进CCL2在肝细胞癌中的降解 | 研究主要基于细胞系和生物信息学分析，缺乏临床样本的验证 | 探索RAMP3与ACKR2在肝细胞癌中的相互作用及其对CCL2降解的影响 | RAMP3、ACKR2、CCL2以及肝细胞癌细胞系 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序、蛋白质-蛋白质相互作用分析 | NA | RNA序列、蛋白质相互作用数据 | 使用了人肝细胞癌细胞系Huh7和HepG2以及小鼠肝细胞癌细胞系Hepa1-6 |
| 288 | 2024-10-24 |
Multiple Machine Learning Models, Molecular Subtyping and Singlecell Analysis Identify PANoptosis-related Core Genes and their Association with Subtypes in Crohn's Disease
2024-Oct-21, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究利用多种机器学习模型和单细胞分析技术，识别了与克罗恩病相关的PANoptosis核心基因及其与亚型的关联 | 首次构建了具有良好识别效果的PANoptosis特征，揭示了PANoptosis在克罗恩病中的潜在作用 | NA | 探讨PANoptosis与克罗恩病的关系及其在疾病中的作用机制 | 克罗恩病患者的PANoptosis相关基因及其亚型 | 机器学习 | 消化系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 随机森林、支持向量机、决策树、高斯混合模型 | 基因表达数据 | 多个队列的克罗恩病患者样本 |
| 289 | 2024-10-24 |
Perioperative chemoimmunotherapy induces strong immune responses and long-term survival in patients with HLA class I-deficient non-small cell lung cancer
2024-Oct-20, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009762
PMID:39428126
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研究论文 | 研究了围手术期化疗免疫疗法在HLA I类缺陷的非小细胞肺癌患者中的疗效和免疫反应机制 | 首次探讨了围手术期化疗免疫疗法在HLA I类缺陷的非小细胞肺癌患者中的疗效和免疫反应机制 | 样本量较小，需要进一步的大规模研究验证 | 探讨围手术期化疗免疫疗法在HLA I类缺陷的非小细胞肺癌患者中的疗效和免疫反应机制 | HLA I类缺陷的非小细胞肺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 免疫组化、空间转录组学 | NA | 组织样本 | 24名非小细胞肺癌患者 |
| 290 | 2024-10-24 |
Integrative multi-omics analysis reveals the role of tumor-associated endothelial cells and their signature in prognosis of intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-Oct-19, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05750-2
PMID:39427165
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研究论文 | 研究探讨了肿瘤相关内皮细胞（TECs）与肿瘤微环境（TME）中免疫细胞的相互作用及其对肿瘤预后的影响 | 通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了TECs在肿瘤血管生成中的作用及其显著异质性，并构建了TEC特征（TEC.Sig），该特征可预测患者对免疫治疗的反应 | 研究主要基于单细胞RNA测序和空间转录组学分析，可能需要更多临床数据验证TEC.Sig的预测能力 | 探讨肿瘤相关内皮细胞与免疫细胞在肿瘤微环境中的相互作用及其对肿瘤预后的影响 | 肿瘤相关内皮细胞（TECs）、免疫细胞、肿瘤微环境（TME） | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学分析 | NA | RNA | 来自肝内胆管癌（ICC）患者的肿瘤、正常和淋巴结组织样本 |
| 291 | 2024-10-24 |
Mapping RANKL- and OPG-expressing cells in bone tissue: the bone surface cells as activators of osteoclastogenesis and promoters of the denosumab rebound effect
2024-Oct-18, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-024-00362-4
PMID:39424806
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研究论文 | 本文研究了骨组织中RANKL和OPG表达细胞的定位，探讨了骨表面细胞在破骨细胞生成和地诺单抗反弹效应中的作用 | 首次使用原位杂交技术直接识别通过RANKL/OPG途径激活破骨细胞生成的细胞，并分析了OPG:Fc和PTH处理对RANKL和OPG表达的影响 | 研究主要基于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证 | 揭示地诺单抗停药后反弹性骨吸收的细胞机制 | 骨组织中的RANKL和OPG表达细胞 | NA | NA | 原位杂交技术 | NA | RNA | 小鼠样本，包括OPG:Fc和PTH处理组 |
| 292 | 2024-10-24 |
Integrated single-cell and spatial transcriptomics reveal microenvironment disruptions by androgen in mouse ovary
2024-Oct-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111028
PMID:39429789
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了在小鼠卵巢中，雄激素诱导的多囊卵巢综合征（PCOS）样模型中颗粒细胞和膜细胞亚群的功能和数量变化 | 首次在亚群水平上揭示了雄激素对颗粒细胞和膜细胞的影响，特别是GC5和TC2亚群的炎症和脂质代谢活动增强 | 研究仅限于小鼠模型，结果是否适用于人类PCOS患者尚需进一步验证 | 探讨雄激素在多囊卵巢综合征中对卵巢微环境的影响 | 小鼠卵巢中的颗粒细胞和膜细胞亚群 | 数字病理学 | 生殖疾病 | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠PCOS样模型 |
| 293 | 2024-10-24 |
Antigen specificity of clonally-enriched CD8+ T cells in multiple sclerosis
2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.07.611010
PMID:39282370
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研究论文 | 研究了多发性硬化症（MS）中克隆扩增的CD8+ T细胞的抗原特异性 | 首次综合运用单细胞RNA测序和T细胞受体测序分析MS患者脑脊液和血液中的CD8+ T细胞，并发现了识别EBV抗原和新模拟表位的CD8+ T细胞克隆型 | 研究样本仅限于治疗前的MS患者和对照组，且样本量较小 | 揭示多发性硬化症中CD8+ T细胞的克隆身份、功能和抗原特异性 | 多发性硬化症患者的脑脊液和血液中的CD8+ T细胞 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序，T细胞受体测序 | NA | RNA | 治疗前的MS患者和对照组 |
| 294 | 2024-10-24 |
Accurate identification of locally aneuploid cells by incorporating cytogenetic information in single cell data analysis
2024-10-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-75226-2
PMID:39406835
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研究论文 | 本文开发了两种方法partCNV和partCNVH，用于快速准确地检测具有局部拷贝数缺失或扩增的非整倍体细胞，并结合细胞遗传信息进行单细胞数据分析 | 本文提出了两种新方法partCNV和partCNVH，通过结合细胞遗传信息和隐马尔可夫模型，提高了非整倍体细胞检测的准确性和可解释性 | NA | 开发和评估用于检测血液癌症中单细胞非整倍体细胞的新方法 | 血液癌症患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 血液癌症 | 单细胞RNA测序 | 隐马尔可夫模型 | RNA测序数据 | 三个血液癌症患者的单细胞RNA测序数据集 |
| 295 | 2024-10-24 |
Polybacterial Intracellular Macromolecules Shape Single-Cell Epikine Profiles in Upper Airway Mucosa
2024-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.08.617279
PMID:39416216
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研究论文 | 研究了上呼吸道黏膜中多细菌胞内大分子如何塑造单细胞表观素谱 | 通过单细胞RNA测序和免疫组化技术，揭示了多细菌胞内大分子在黏膜上皮细胞中的持久存在及其对细胞信号传导和药物反应的影响 | 研究主要集中在口腔黏膜，未涵盖其他上呼吸道部位 | 探讨宿主与微生物在上呼吸道黏膜中的相互作用及其对细胞行为的影响 | 上呼吸道黏膜中的上皮细胞和基质细胞 | 数字病理学 | 慢性炎症疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及人类口腔黏膜的单细胞RNA测序数据 |
| 296 | 2024-10-24 |
Advances in long-read single-cell transcriptomics
2024-Oct, Human genetics
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s00439-024-02678-x
PMID:38787419
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综述 | 本文综述了长读长单细胞转录组学（scRNA-Seq）的最新进展，重点介绍了文库制备协议和下游生物信息学分析工具 | 长读长scRNA-Seq技术克服了传统短读长方法在完整转录本覆盖、解析异构体和识别新转录本方面的局限性 | 长读长scRNA-Seq技术在早期相比短读长方法准确性较低，但通过改进已逐渐提高 | 探讨长读长单细胞转录组学技术的发展及其在疾病异质性分析中的应用 | 长读长单细胞转录组学技术及其在疾病异质性分析中的应用 | 基因组学 | NA | 长读长单细胞转录组学（scRNA-Seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 297 | 2024-10-24 |
Effector Function Characteristics of Exhausted CD8+ T-Cell in Microsatellite Stable and Unstable Gastric Cancer
2024-Oct, Cancer research and treatment
IF:4.1Q2
DOI:10.4143/crt.2024.317
PMID:38637967
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研究论文 | 研究了微卫星稳定和不稳定胃癌中耗竭CD8+ T细胞的效应功能特征 | 发现微卫星不稳定胃癌中的耗竭T细胞保留了IFN-γ信号通路，为胃癌免疫治疗提供了新的视角 | 样本量较小，仅包括三例微卫星不稳定和三例微卫星稳定胃癌样本 | 探讨微卫星不稳定胃癌的肿瘤免疫微环境特征 | 微卫星稳定和不稳定胃癌中的CD8+ T细胞亚型 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序和空间转录组分析 | NA | 转录组数据 | 三例微卫星不稳定和三例微卫星稳定胃癌样本 |
| 298 | 2024-10-24 |
The crucial prognostic signaling pathways of pancreatic ductal adenocarcinoma were identified by single-cell and bulk RNA sequencing data
2024-Oct, Human genetics
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s00439-024-02663-4
PMID:38526745
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研究论文 | 通过单细胞和批量RNA测序数据识别胰腺导管腺癌的关键预后信号通路 | 利用单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出12个独立的胰腺导管腺癌预后因子，并构建了具有良好区分度和校准度的预后模型 | 研究仅基于特定的数据集，结果的普适性有待进一步验证 | 探索胰腺导管腺癌的潜在预后信号通路，提高预后预测的准确性 | 胰腺导管腺癌的预后因子及其相关信号通路 | 数字病理学 | 胰腺癌 | RNA测序 | Cox回归模型，Lasso回归模型 | RNA测序数据 | 一个单细胞RNA测序队列和四个GEO队列的数据 |
| 299 | 2024-10-24 |
LTBR acts as a novel immune checkpoint of tumor-associated macrophages for cancer immunotherapy
2024-Oct, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.233
PMID:39429877
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研究论文 | 研究揭示了淋巴毒素β受体（LTBR）作为肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的新型免疫检查点，并提出了一种新的癌症免疫治疗策略 | 首次发现LTBR作为TAMs的新型免疫检查点，并提出了一种新的免疫治疗策略，通过靶向LTBR TAMs来克服免疫检查点抑制剂的耐药性 | 研究主要基于肺腺癌（LUAD）的数据，结果的普适性需要进一步验证 | 揭示肿瘤相关巨噬细胞在癌症免疫治疗中的作用机制，并寻找新的免疫检查点 | 肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其在肺腺癌（LUAD）中的作用 | 免疫学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序（single-cell RNA-seq） | NA | 基因组数据 | 涉及肺腺癌（LUAD）的免疫多组学数据和单细胞RNA测序数据 |
| 300 | 2024-10-24 |
Integrative Analysis by Mendelian Randomization and Large-Scale Single-Cell Transcriptomics Reveals Causal Links between B Cell Subtypes and Diabetic Kidney Disease
2024-Oct, Kidney diseases (Basel, Switzerland)
DOI:10.1159/000539689
PMID:39430286
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研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化和大规模单细胞转录组学分析，揭示了B细胞亚型与糖尿病肾病之间的因果关系 | 首次通过孟德尔随机化和单细胞疾病相关评分（scDRS）分析，揭示了B细胞亚型在糖尿病肾病发病中的潜在作用 | 研究主要集中在B细胞亚型，未全面探讨其他免疫细胞类型对糖尿病肾病的影响 | 深入理解糖尿病肾病的病理机制，特别是循环免疫细胞的作用 | 糖尿病肾病患者和B细胞亚型 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 孟德尔随机化分析、单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 |