单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 600 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2024-10-30 |
STASCAN deciphers fine-resolution cell distribution maps in spatial transcriptomics by deep learning
2024-Oct-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03421-5
PMID:39439006
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研究论文 | 本文介绍了一种基于深度学习的方法STASCAN，用于解析空间转录组学中的细粒度细胞分布图 | 开发了一种新的基于深度学习的方法STASCAN，通过整合基因表达谱和组织学图像来预测空间细胞分布 | NA | 提高空间转录组学中细胞分布图的分辨率 | 空间转录组学中的细胞分布 | 机器学习 | NA | 深度学习 | NA | 图像 | 多种空间转录组学技术中的数据集 |
| 282 | 2024-10-30 |
The levels of amino acid metabolites in serum induce the pathogenesis of atopic dermatitis by mediating the inflammatory protein S100A12
2024-10-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-74522-1
PMID:39379513
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研究论文 | 研究探讨了血清中氨基酸代谢物水平通过调节炎症蛋白S100A12在特应性皮炎发病机制中的作用 | 首次揭示了氨基酸代谢物与特应性皮炎病理之间的因果关系，并阐明了S100A12作为中介蛋白的机制 | 研究主要基于遗传学分析，未涉及临床试验验证 | 确定代谢物与特应性皮炎之间的遗传关系，并揭示氨基酸代谢物影响特应性皮炎的途径 | 血清中的氨基酸代谢物和炎症蛋白S100A12 | NA | 特应性皮炎 | 全基因组关联研究（GWAS）、双向两样本孟德尔随机化（MR）、单细胞测序 | NA | 基因数据、蛋白质数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 283 | 2024-10-30 |
DrugFormer: Graph-Enhanced Language Model to Predict Drug Sensitivity
2024-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202405861
PMID:39206872
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研究论文 | 提出了一种名为DrugFormer的新型图增强语言模型，用于预测药物敏感性 | DrugFormer整合了序列化的基因标记和基于基因的知识图谱，以提高药物反应预测的准确性 | NA | 解决药物抗性问题，提高化疗和靶向治疗的响应率 | 多发性骨髓瘤和急性髓系白血病患者的单细胞数据 | 机器学习 | 血液肿瘤 | scRNA-seq | 语言模型 | 单细胞数据 | 多发性骨髓瘤和急性髓系白血病患者的单细胞数据 |
| 284 | 2024-10-30 |
scDRMAE: integrating masked autoencoder with residual attention networks to leverage omics feature dependencies for accurate cell clustering
2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae599
PMID:39404795
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研究论文 | 本文提出了一种基于掩码自编码器和残差注意力网络的细胞聚类模型scDRMAE，用于整合多组学数据并准确进行细胞聚类 | scDRMAE通过掩码机制有效学习不同特征之间的关系，并通过注意力机制动态调整不同组学数据的权重，从而在多组学数据中实现更准确的细胞聚类 | NA | 克服单组学数据信息不足的限制，通过整合多组学数据进行细胞聚类 | 单细胞测序数据中的细胞聚类 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | 掩码自编码器（Masked Autoencoder）和残差注意力网络（Residual Attention Networks） | 多组学数据 | 15个多组学数据集 |
| 285 | 2024-10-30 |
A multi-modality and multi-granularity collaborative learning framework for identifying spatial domains and spatially variable genes
2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae607
PMID:39418177
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研究论文 | 本文提出了一种多模态和多粒度协同学习框架，用于识别空间域和空间变异基因 | 通过掩蔽部分基因表达数据来减轻模态偏差的影响，使用共享图卷积网络整合基因和图像特征，并采用图自监督学习处理特征融合中的噪声 | NA | 准确识别空间域和空间变异基因，以理解组织结构和生物功能 | 空间域和空间变异基因 | 机器学习 | NA | 图卷积网络 | 图卷积网络 | 多模态数据（基因表达、空间上下文、组织学图像） | NA |
| 286 | 2024-10-29 |
Integrative analysis of bulk and single-cell transcriptomic data reveals novel insights into lipid metabolism and prognostic factors in hepatocellular carcinoma
2024-Oct-25, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01487-y
PMID:39453509
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研究论文 | 本研究整合了大量和单细胞转录组数据，揭示了肝细胞癌中脂质代谢相关基因的状态及其作为预后因子的潜力 | 首次整合大量和单细胞转录组数据，识别出与脂质代谢相关的基因，并开发了机器学习模型用于预测肝细胞癌的预后 | 研究依赖于公共数据库中的数据，可能存在数据质量和代表性的限制 | 探讨肝细胞癌中脂质代谢相关基因的状态及其作为预后因子的潜力 | 肝细胞癌患者的脂质代谢相关基因及预后因子 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | 机器学习模型 | 转录组数据 | 大量和单细胞转录组数据来自公共数据库 |
| 287 | 2024-10-29 |
Microglia regulate GABAergic neurogenesis in prenatal human brain through IGF1
2024-Oct-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.19.619180
PMID:39464051
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研究论文 | 研究揭示了微胶质细胞通过IGF1调节人类胎儿大脑中GABA能神经元的生成 | 首次揭示了微胶质细胞通过IGF1促进神经前体细胞增殖和GABA能神经元发育的新机制 | NA | 探讨人类胎儿大脑中GABA能神经元生成的发育机制 | 人类胎儿大脑中的GABA能神经元和微胶质细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学、生物信息学和组织学分析 | NA | 转录组数据 | 使用新开发的神经免疫hMGE类器官模型进行实验 |
| 288 | 2024-10-29 |
The First Comprehensive Description of the Platelet Single Cell Transcriptome
2024-Oct-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.15.618506
PMID:39464035
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研究论文 | 首次全面描述了血小板单细胞转录组 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析血小板转录组，揭示了血小板基因表达的异质性 | 现有的细胞识别算法可能导致血小板被错误分类为其他血细胞类型 | 扩展对血小板功能的理解，超越其在凝血中的传统角色 | 血小板单细胞转录组 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 7名健康供体的血小板样本 |
| 289 | 2024-10-29 |
The mTOR Pathway: A Common Link Between Alzheimer's Disease and Down Syndrome
2024-Oct-17, Journal of clinical medicine
IF:3.0Q1
DOI:10.3390/jcm13206183
PMID:39458132
|
研究论文 | 本文探讨了mTOR通路在阿尔茨海默病和唐氏综合症之间的共同联系 | 本文首次利用基因组学、空间转录组学、蛋白质组学和代谢组学等新技术，分析mTOR通路与唐氏综合症相关阿尔茨海默病的关系 | 本文尚未完全揭示唐氏综合症相关阿尔茨海默病病理进展的机制 | 研究mTOR通路在阿尔茨海默病和唐氏综合症中的作用 | mTOR通路及其上游调控因子在唐氏综合症相关阿尔茨海默病中的作用 | NA | 阿尔茨海默病 | 基因组学、空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学 | NA | NA | NA |
| 290 | 2024-10-29 |
Single-Cell Antigen Receptor Sequencing in Pigs with Influenza
2024-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.13.617920
PMID:39464079
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研究论文 | 本文开发了适用于猪的单细胞抗原受体测序方法，结合scRNAseq和TCR/BCR序列分析，研究了猪在流感感染后的肺部免疫反应 | 首次在猪中结合scRNAseq和TCR/BCR序列分析，研究了流感感染后的肺部免疫反应 | 仅限于猪模型，未在其他物种中验证 | 研究猪在流感感染后的肺部适应性免疫系统 | 猪的肺部T细胞和B细胞受体 | 数字病理学 | 流感 | 单细胞RNA测序（scRNAseq），10x Genomics VDJ测序 | NA | RNA | 来自表达和缺乏特定基因的猪的冷冻肺细胞，以及FACS分选的T细胞 |
| 291 | 2024-10-29 |
Single-cell and spatial detection of senescent cells using DeepScence
2024-Oct-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.21.568150
PMID:38045252
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研究论文 | 本文开发了一种基于深度神经网络的方法DeepScence，用于在单细胞和空间转录组数据中识别衰老细胞 | DeepScence基于我们精心挑选的衰老相关基因集CoreScence，能够准确识别单细胞和空间转录组数据中的衰老细胞，显著优于现有方法 | NA | 开发一种能够准确识别衰老细胞的方法，以研究其空间和分子特征 | 衰老细胞 | 机器学习 | NA | 深度神经网络 | 深度神经网络 | 单细胞和空间转录组数据 | NA |
| 292 | 2024-10-29 |
Obesity-Associated Changes in Immune Cell Dynamics During Alphavirus Infection Revealed by Single Cell Transcriptomic Analysis
2024-Oct-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.10.617696
PMID:39416014
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析揭示了肥胖与阿尔法病毒感染期间免疫细胞动态变化的关系 | 首次探讨了肥胖对阿尔法病毒感染期间免疫细胞功能的影响，并发现了肥胖小鼠中缺失的一种独特巨噬细胞亚群 | 研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨肥胖对阿尔法病毒感染期间免疫细胞功能的影响 | 肥胖和正常体重小鼠在阿尔法病毒感染期间的免疫细胞动态变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 肥胖和正常体重小鼠样本 |
| 293 | 2024-10-29 |
Integrative Omics Strategies for Understanding and Combating Brown Planthopper Virulence in Rice Production: A Review
2024-Oct-12, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252010981
PMID:39456764
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综述 | 本文综述了利用整合组学策略理解并对抗褐飞虱对水稻生产的危害 | 整合基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学数据，深入理解褐飞虱的生物学特性，并探讨了通过操纵宿主-微生物相互作用来增强植物保护的新机会 | 尚未全面开展利用下一代组学技术对褐飞虱的遗传相互作用和种群动态进行全面研究 | 总结近期利用组学数据对抗褐飞虱的进展和新视角，以开发更可持续的害虫管理策略 | 褐飞虱及其与水稻的相互作用 | NA | NA | 基因组测序、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、单细胞RNA测序、元基因组学 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据 | NA |
| 294 | 2024-10-29 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Cellular Heterogeneity and Drivers in Serrated Pathway-Driven Colorectal Cancer Progression
2024-Oct-11, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252010944
PMID:39456726
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了锯齿状病变在结直肠癌进展中的细胞异质性和驱动因素 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了锯齿状病变在结直肠癌进展中的细胞异质性和驱动因素 | 研究样本量有限，可能影响结果的普适性 | 阐明锯齿状病变在结直肠癌进展中的机制 | 正常结肠组织和锯齿状病变组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 三份正常结肠组织和十五份锯齿状病变组织 |
| 295 | 2024-10-29 |
Statistical batch-aware embedded integration, dimension reduction, and alignment for spatial transcriptomics
2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae611
PMID:39400541
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研究论文 | 本文提出了一种分层隐马尔可夫随机场模型STADIA，用于空间转录组学数据的批次效应校正、维度降低和空间域识别 | STADIA模型通过联合建模多个步骤，增强了技术伪影和生物信号之间复杂相互作用的理解，从而提高了结果的准确性和洞察力 | NA | 解决空间转录组学数据中批次效应和空间域识别的问题 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 隐马尔可夫随机场模型 | 基因表达数据 | 五个来自不同物种（人类和老鼠）、不同器官（大脑、皮肤和肝脏）以及不同平台（10x Visium、ST和Slice-seqV2）的数据集 |
| 296 | 2024-10-28 |
CancerSCEM 2.0: an updated data resource of single-cell expression map across various human cancers
2024-Oct-26, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae954
PMID:39460627
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研究论文 | CancerSCEM 2.0是一个更新后的单细胞表达图谱数据资源，涵盖多种人类癌症 | CancerSCEM 2.0增加了拷贝数变异评估、转录因子富集、伪时间轨迹构建和多种生物特征评分，并引入了新的单细胞水平癌症代谢图 | NA | 提供一个集成、分析和可视化单细胞RNA测序数据的公共资源，支持癌症相关研究 | 单细胞RNA测序数据，涵盖肿瘤、匹配正常和外周血样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1466个数据集，涵盖127个研究项目和74种癌症类型 |
| 297 | 2024-10-28 |
Atp13a5 Marker Reveals Pericyte Specification in the Mouse Central Nervous System
2024-Oct-23, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0727-24.2024
PMID:39261008
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研究论文 | 本文报道了一种新的中枢神经系统（CNS）周细胞标记物Atp13a5，并通过单细胞转录组学和基因敲入模型验证了其在小鼠CNS中的特异性 | 首次发现Atp13a5作为CNS周细胞的特异性标记物，并建立了带有tdTomato报告基因和Cre重组酶的敲入模型 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种 | 揭示CNS周细胞的功能特异性，并为研究周细胞异质性和血脑屏障功能提供可靠工具 | 小鼠CNS中的周细胞及其在血脑屏障中的作用 | NA | NA | 单细胞转录组学 | 基因敲入模型 | 基因表达数据 | 小鼠胚胎和成年小鼠的CNS组织 |
| 298 | 2024-10-28 |
Potential mechanisms of metabolic reprogramming induced by ischemia-reperfusion injury in diabetic myocardium
2024-Oct, Journal of diabetes
IF:3.0Q2
DOI:10.1111/1753-0407.70018
PMID:39450829
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研究论文 | 研究探讨了糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后的代谢重编程及其潜在机制 | 首次通过代谢组学和单细胞RNA测序技术揭示了糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后脂肪酸代谢的显著上升趋势，并发现PPARA信号通路的过度激活可能参与了代谢重编程的调控 | 研究仅限于db/db小鼠模型，结果的普适性有待进一步验证 | 探索糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后的代谢重编程及其潜在机制 | 糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后的代谢变化 | NA | 心血管疾病 | 代谢组学, 单细胞RNA测序 | NA | 代谢物, RNA | 四组小鼠心脏组织样本 |
| 299 | 2024-10-27 |
Visualizing Immune Checkpoint Inhibitors Derived Inflammation in Atherosclerosis
2024-Oct-25, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324260
PMID:39328090
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研究论文 | 研究使用放射性示踪剂和正电子发射断层扫描（PET）评估免疫检查点抑制剂治疗后小鼠动脉粥样硬化模型中加重的炎症反应 | 首次使用CCR2靶向放射性示踪剂和PET非侵入性地检测免疫检查点抑制剂治疗后动脉粥样硬化中的炎症反应 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证 | 探索免疫检查点抑制剂治疗后动脉粥样硬化中炎症反应的机制 | Apoe-/-和Ldlr-/-小鼠 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 正电子发射断层扫描（PET） | NA | 图像 | Apoe-/-和Ldlr-/-小鼠 |
| 300 | 2024-10-27 |
AKAP12 positive fibroblast determines immunosuppressive contexture and immunotherapy response in patients with TNBC by promoting macrophage M2 polarization
2024-Oct-23, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009877
PMID:39448199
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研究论文 | 研究AKAP12阳性成纤维细胞在三阴性乳腺癌（TNBC）中的作用及其对免疫治疗反应的影响 | 首次发现AKAP12阳性成纤维细胞通过促进巨噬细胞M2极化来塑造TNBC的免疫抑制微环境，并影响免疫治疗效果 | 研究样本量较小，仅涉及80名TNBC患者 | 识别特定成纤维细胞亚群对TNBC发展和免疫治疗反应的贡献 | 三阴性乳腺癌（TNBC）患者中的成纤维细胞和免疫微环境 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 多组学分析、免疫荧光双标记、飞行时间流式细胞术、RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 80名TNBC患者 |