单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2024-11-04	Contrasting the development of larval and adult body plans during the evolution of biphasic lifecycles in sea urchins 2024-Oct-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.203015 PMID:39465623	研究论文	研究了海胆在双相生命周期中幼体和成体体型的发育过程	使用单细胞RNA测序分析了加速的非摄食型幼体发育模式，并发现了与摄食型幼体相比的细胞类型特化变化	NA	探讨双相生命周期中幼体和成体发育的调控机制	海胆Heliocidaris erythrogramma的发育过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	从胚胎到变态前一天的海胆Heliocidaris erythrogramma幼体样本
262	2024-11-04	A Part-to-Whole Circular Cell Explorer 2024-Oct-14, ArXiv PMID:39483344	研究论文	设计了一种交互式可视化分析系统，用于解决现有空间转录组学方法中的感知问题，并增加了过滤、钻取和聚类分析功能	提出了一种新的交互式可视化分析系统，解决了现有方法中的感知问题，并增加了多种分析功能	NA	帮助研究人员深入理解组织内复杂生物过程的分子机制	空间转录组学中的细胞测量数据，如基因表达和细胞类型	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
263	2024-11-02	Single-cell analysis of tumor microenvironment and cell adhesion reveals that interleukin-1 beta promotes cancer cell proliferation in breast cancer 2024-Oct, Animal models and experimental medicine IF:3.8Q2 DOI:10.1002/ame2.12445 PMID:38860503	研究论文	研究探讨了三阴性乳腺癌中肿瘤微环境和细胞粘附的作用，发现白细胞介素-1β促进癌细胞增殖	首次揭示了浆细胞在三阴性乳腺癌中的作用，并识别出IL1B作为新的预后标志物	研究样本量较小，且仅限于三阴性乳腺癌	探讨三阴性乳腺癌中肿瘤微环境和细胞粘附的作用	三阴性乳腺癌样本中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	26个乳腺癌样本，包括5个HER2阳性、12个ER阳性/PR阳性和9个三阴性乳腺癌样本
264	2024-11-04	scCaT: An explainable capsulating architecture for sepsis diagnosis transferring from single-cell RNA sequencing 2024-Oct, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012083 PMID:39432561	研究论文	本文介绍了一种名为scCaT的深度学习框架，用于脓毒症诊断，结合了胶囊架构和Transformer模型，利用单细胞RNA测序数据进行建模，并将其迁移到批量RNA数据上	scCaT框架通过胶囊架构将基因按生物功能分组，提供了基因表达编码的可解释性，并利用Transformer作为解码器进行脓毒症患者和对照组的分类	NA	开发一种可解释的深度学习模型，用于脓毒症诊断，并将其从单细胞RNA测序数据迁移到批量RNA数据	脓毒症患者和对照组的分类	机器学习	脓毒症	单细胞RNA测序	Transformer	RNA测序数据	单细胞测试集和七个批量RNA队列
265	2024-11-02	Spatial transcriptomics of meningeal inflammation reveals inflammatory gene signatures in adjacent brain parenchyma 2024-Oct-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.88414 PMID:39475792	研究论文	研究通过磁共振成像（MRI）引导的空间转录组学分析，揭示了在小鼠自身免疫性脑膜炎模型中，脑膜炎症区域及其邻近脑实质的转录特征	首次在脑膜炎症模型中进行了详细的空间转录组学分析，并揭示了炎症信号通路在脑膜炎症区域及其邻近脑实质中的差异激活	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证结果	探讨脑膜炎症与脑灰质病理之间的机制联系	小鼠自身免疫性脑膜炎模型中的脑膜炎症区域及其邻近脑实质	数字病理学	多发性硬化症	空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型
266	2024-11-02	Single-cell transcriptomics of rectal organoids from individuals with perianal fistulizing Crohn's disease reveals patient-specific signatures 2024-10-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-75947-4 PMID:39477985	研究论文	研究分析了来自患有肛周瘘管克罗恩病患者的直肠类器官的单细胞转录组，揭示了患者特异性的基因表达特征	首次在单细胞水平上分析了来自不同患者的直肠类器官，揭示了与疾病、性别和祖先相关的基因表达特征	研究主要集中在直肠类器官的基因表达分析，未涉及炎症信号的详细研究	探讨肛周瘘管克罗恩病患者直肠类器官的病理决定因素	来自不同患者的直肠类器官和黏膜细胞	数字病理学	克罗恩病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	77,044个直肠类器官细胞（13名患者，8名CD患者，5名对照）和141,367个黏膜上皮细胞（29名患者，18名CD患者，11名对照）
267	2024-11-02	Detecting significant expression patterns in single-cell and spatial transcriptomics with a flexible computational approach 2024-10-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-75314-3 PMID:39478009	研究论文	提出了一种名为SPIRAL的算法，用于检测单细胞和空间转录组数据中的显著表达模式	SPIRAL算法基于高斯统计，能够检测所有统计上显著的生物过程，并具有灵活性，可以构建基于统计显著性和一致性差异表达的基因和细胞子集	NA	开发一种新的计算方法，用于检测单细胞和空间转录组数据中的显著表达模式	单细胞、空间和批量RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	高斯统计	基因表达数据	NA
268	2024-11-02	Integrating machine learning and single-cell transcriptomic analysis to identify potential biomarkers and analyze immune features of ischemic stroke 2024-10-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-77495-3 PMID:39478056	研究论文	本研究利用机器学习和单细胞转录组测序分析，揭示缺血性中风的新型生物标志物及其免疫特征	通过整合机器学习和单细胞转录组测序分析，揭示了缺血性中风的新型生物标志物和免疫特征	NA	揭示缺血性中风的生物标志物和免疫特征，为治疗策略提供新见解	缺血性中风的生物标志物和免疫特征	机器学习	中风	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	机器学习算法	基因表达数据	NA
269	2024-11-02	The G protein-coupled receptor ADGRG6 maintains mouse growth plate homeostasis through IHH signaling 2024-Oct-29, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjae144 PMID:39236220	研究论文	研究ADGRG6/GPR126在维持小鼠生长板稳态中的作用及其通过IHH信号通路的机制	揭示了ADGRG6在维持小鼠生长板稳态中的关键作用，特别是通过调节PTHrP/IHH信号通路来影响软骨细胞的增殖和肥大分化	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证其相关性	探讨ADGRG6在维持小鼠生长板稳态中的作用及其分子机制	小鼠生长板中的软骨细胞和骨软骨前体细胞	NA	NA	分子遗传学和空间转录组学	NA	转录组数据	使用甲醛固定石蜡包埋的组织样本进行研究
270	2024-11-02	Application and new findings of scRNA-seq and ST-seq in prostate cancer 2024-Oct-29, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-024-00206-w PMID:39470950	综述	本文综述了scRNA-seq和ST-seq技术在前列腺癌研究中的应用和新发现	介绍了scRNA-seq和ST-seq技术在揭示前列腺癌及其微环境异质性和功能变化方面的突破	NA	探讨前列腺癌发病机制和疾病进展，为诊断和治疗提供参考	前列腺癌及其微环境	数字病理学	前列腺癌	scRNA-seq, ST-seq	NA	基因表达数据	NA
271	2024-11-02	A method for in silico exploration of potential glioblastoma multiforme attractors using single-cell RNA sequencing 2024-10-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-74985-2 PMID:39472601	研究论文	本文提出了一种利用单细胞RNA测序数据寻找潜在癌症吸引子的方法，并在胶质母细胞瘤数据集中进行了测试	本文创新性地使用癌症吸引子概念解释胶质母细胞瘤的异质性，并通过构建基因调控网络和参数估计框架来探索潜在的吸引子	本文的方法主要在胶质母细胞瘤数据集中进行了测试，其通用性在其他类型癌症中的表现尚未充分验证	研究胶质母细胞瘤的潜在吸引子，并探索其在癌症动力学模拟和治疗靶点研究中的应用	胶质母细胞瘤的单细胞RNA测序数据	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	基因调控网络	基因表达数据	NA
272	2024-11-02	Alteration of the metabolite interconversion enzyme in sperm and Sertoli cell of non-obstructive azoospermia: a microarray data and in-silico analysis 2024-10-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-77875-9 PMID:39472682	研究论文	研究非阻塞性无精子症患者精子和小管细胞中代谢物相互转化酶的基因表达模式	使用微阵列和生物信息学技术分析了2912个编码代谢物相互转化酶的基因，并预测了这些蛋白质的功能和分子相互作用，识别出关键的枢纽基因	NA	探讨非阻塞性无精子症患者睾丸细胞中代谢物相互转化酶的基因表达模式，以理解其分子机制	非阻塞性无精子症患者的精子和小管细胞	NA	NA	微阵列分析，生物信息学	NA	基因表达数据	2912个基因，3个非阻塞性无精子症患者的小管细胞样本
273	2024-11-02	HTS and scRNA-seq revealed that the location and RSS quality of the mammalian TRBV and TRBJ genes impact biased rearrangement 2024-Oct-29, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10887-x PMID:39472808	研究论文	研究探讨了哺乳动物TRBV和TRBJ基因的位置和RSS质量对偏倚重排的影响	首次通过单细胞RNA测序和高通量测序揭示了TRBV和TRBJ基因的位置和RSS质量对V(D)J重排频率的影响	尚未完全阐明具体的调控机制和效率	研究V(D)J重排的机制和效率	哺乳动物TRBV和TRBJ基因的位置和RSS质量	基因组学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和高通量测序 (HTS)	NA	RNA序列	包括灵长类（人类和猕猴）、啮齿类（BALB/c、C57BL/6和昆明小鼠）、偶蹄类（水牛）和翼手类（Rhinolophus affinis）等多个物种
274	2024-11-02	A tumorigenicity evaluation platform for cell therapies based on brain organoids 2024-Oct-29, Translational neurodegeneration IF:10.8Q1 DOI:10.1186/s40035-024-00446-5 PMID:39472972	研究论文	本文介绍了一种基于脑类器官的细胞治疗致瘤性评估平台	提出了使用脑类器官和胶质母细胞瘤样类器官模型来评估细胞治疗产品的致瘤性风险，相较于传统动物模型具有更高的检测敏感性	NA	评估脑类器官在细胞治疗致瘤性评估中的应用潜力	人多能干细胞（hPSCs）和从中衍生的中脑多巴胺（mDA）细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自人胚胎干细胞的中脑多巴胺细胞、hPSCs、混合细胞以及未成熟的中脑多巴胺细胞，并将其注射到脑类器官和NOD SCID小鼠中进行评估
275	2024-11-02	Characterization of Cancer Stem Cells in Laryngeal Squamous Cell Carcinoma by Single-cell RNA Sequencing 2024-Oct-15, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae056 PMID:39107908	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，全面表征喉鳞状细胞癌中的癌症干细胞	首次在单细胞水平上全面表征喉鳞状细胞癌中的癌症干细胞特性	研究样本仅限于三名患者，可能影响结果的普适性	识别喉鳞状细胞癌中的癌症干细胞及其分子机制	喉鳞状细胞癌中的癌症干细胞	数字病理学	喉癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三名喉鳞状细胞癌患者的匹配原发肿瘤组织、癌旁组织和局部淋巴结
276	2024-11-02	ADAMTS7 Promotes Smooth Muscle Foam Cell Expansion in Atherosclerosis 2024-Oct-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.26.582156 PMID:38463994	研究论文	研究探讨了ADAMTS7在动脉粥样硬化中促进平滑肌泡沫细胞扩张的机制	首次揭示了ADAMTS7在平滑肌细胞和内皮细胞中表达，并通过增加PU.1和CD36表达促进氧化低密度脂蛋白摄取，从而促进泡沫细胞形成和动脉粥样硬化	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨ADAMTS7在动脉粥样硬化中的细胞特异性机制	ADAMTS7在平滑肌细胞和内皮细胞中的表达及其对动脉粥样硬化的影响	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
277	2024-11-02	Unraveling the role of low-density lipoprotein-related genes in lung adenocarcinoma: Insights into tumor microenvironment and clinical prognosis 2024-Oct, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24230 PMID:38488684	研究论文	研究探讨了低密度脂蛋白相关基因在肺腺癌中的作用及其对肿瘤微环境和临床预后的影响	首次系统地研究了低密度脂蛋白相关基因在肺腺癌中的作用，并开发了一种新的低密度脂蛋白相关签名用于预后评估	研究主要基于单细胞转录组数据，可能无法全面反映所有相关基因的表达情况	揭示低密度脂蛋白相关基因在肺腺癌中的功能及其对肿瘤微环境和临床预后的影响	低密度脂蛋白相关基因在肺腺癌中的表达模式及其与肿瘤微环境和临床预后的关系	数字病理学	肺癌	单细胞转录组学	机器学习	转录组数据	NA
278	2024-10-30	ncPlantDB: a plant ncRNA database with potential ncPEP information and cell type-specific interaction 2024-Oct-29, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1017 PMID:39470718	研究论文	介绍了一个名为ncPlantDB的综合数据库，整合了43种植物的ncRNA和ncPEP数据，并提供了细胞类型特异性交互信息	ncPlantDB是首个全面整合植物ncRNA和ncPEP数据的数据库，提供了细胞特异性交互网络和可视化工具	NA	填补现有植物ncRNA数据库在ncPEP信息和细胞类型特异性交互方面的不足	植物ncRNA及其编码的ncPEP	基因组学	NA	单细胞RNA测序和Ribo-seq分析	NA	ncRNA和ncPEP数据	43种植物，包含353140个ncRNA和3799个ncPEP
279	2024-10-30	scLTdb: a comprehensive single-cell lineage tracing database 2024-Oct-29, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae913 PMID:39470724	研究论文	本文介绍了一个名为scLTdb的综合单细胞谱系追踪数据库	首次提供了一个全面的单细胞谱系追踪数据库，包含109个经过手动筛选和标准流程分析的数据集	NA	开发一个综合的单细胞谱系追踪数据库，以促进对细胞命运决定和谱系承诺的理解	单细胞谱系追踪数据集	生物信息学	NA	单细胞测序技术	NA	单细胞数据	109个数据集
280	2024-10-30	LnCeCell 2.0: an updated resource for lncRNA-associated ceRNA networks and web tools based on single-cell and spatial transcriptomics sequencing data 2024-Oct-29, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae947 PMID:39470723	研究论文	本文介绍了LnCeCell 2.0，一个基于单细胞和空间转录组测序数据的lncRNA相关ceRNA网络和网络工具的更新资源	LnCeCell 2.0数据库在数据量和功能上进行了显著扩展和改进，包括增加了257个单细胞RNA测序和stRNA-seq数据集，836,581个细胞特异性和空间点特异的ceRNA相互作用和功能网络，以及15,489个实验支持的lncRNA生物标志物	NA	开发和更新一个资源，用于研究基于单细胞和空间转录组测序数据的lncRNA相关ceRNA网络	lncRNA相关ceRNA网络及其在疾病病理、诊断和治疗中的作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序和空间转录组测序(stRNA-seq)	NA	转录组数据	257个单细胞RNA测序和stRNA-seq数据集，涉及86种疾病/表型和80种人类正常组织，以及20,326名癌症患者的临床信息