单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2024-10-29	Integrative Omics Strategies for Understanding and Combating Brown Planthopper Virulence in Rice Production: A Review 2024-Oct-12, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252010981 PMID:39456764	综述	本文综述了利用整合组学策略理解并对抗褐飞虱对水稻生产的危害	整合基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学数据，深入理解褐飞虱的生物学特性，并探讨了通过操纵宿主-微生物相互作用来增强植物保护的新机会	尚未全面开展利用下一代组学技术对褐飞虱的遗传相互作用和种群动态进行全面研究	总结近期利用组学数据对抗褐飞虱的进展和新视角，以开发更可持续的害虫管理策略	褐飞虱及其与水稻的相互作用	NA	NA	基因组测序、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、单细胞RNA测序、元基因组学	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据	NA
262	2024-10-29	Single-Cell Transcriptomics Reveals Cellular Heterogeneity and Drivers in Serrated Pathway-Driven Colorectal Cancer Progression 2024-Oct-11, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252010944 PMID:39456726	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了锯齿状病变在结直肠癌进展中的细胞异质性和驱动因素	首次通过单细胞RNA测序揭示了锯齿状病变在结直肠癌进展中的细胞异质性和驱动因素	研究样本量有限，可能影响结果的普适性	阐明锯齿状病变在结直肠癌进展中的机制	正常结肠组织和锯齿状病变组织	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	三份正常结肠组织和十五份锯齿状病变组织
263	2024-10-29	Statistical batch-aware embedded integration, dimension reduction, and alignment for spatial transcriptomics 2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae611 PMID:39400541	研究论文	本文提出了一种分层隐马尔可夫随机场模型STADIA，用于空间转录组学数据的批次效应校正、维度降低和空间域识别	STADIA模型通过联合建模多个步骤，增强了技术伪影和生物信号之间复杂相互作用的理解，从而提高了结果的准确性和洞察力	NA	解决空间转录组学数据中批次效应和空间域识别的问题	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	隐马尔可夫随机场模型	基因表达数据	五个来自不同物种（人类和老鼠）、不同器官（大脑、皮肤和肝脏）以及不同平台（10x Visium、ST和Slice-seqV2）的数据集
264	2024-10-28	CancerSCEM 2.0: an updated data resource of single-cell expression map across various human cancers 2024-Oct-26, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae954 PMID:39460627	研究论文	CancerSCEM 2.0是一个更新后的单细胞表达图谱数据资源，涵盖多种人类癌症	CancerSCEM 2.0增加了拷贝数变异评估、转录因子富集、伪时间轨迹构建和多种生物特征评分，并引入了新的单细胞水平癌症代谢图	NA	提供一个集成、分析和可视化单细胞RNA测序数据的公共资源，支持癌症相关研究	单细胞RNA测序数据，涵盖肿瘤、匹配正常和外周血样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	1466个数据集，涵盖127个研究项目和74种癌症类型
265	2024-10-28	Atp13a5 Marker Reveals Pericyte Specification in the Mouse Central Nervous System 2024-Oct-23, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0727-24.2024 PMID:39261008	研究论文	本文报道了一种新的中枢神经系统（CNS）周细胞标记物Atp13a5，并通过单细胞转录组学和基因敲入模型验证了其在小鼠CNS中的特异性	首次发现Atp13a5作为CNS周细胞的特异性标记物，并建立了带有tdTomato报告基因和Cre重组酶的敲入模型	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	揭示CNS周细胞的功能特异性，并为研究周细胞异质性和血脑屏障功能提供可靠工具	小鼠CNS中的周细胞及其在血脑屏障中的作用	NA	NA	单细胞转录组学	基因敲入模型	基因表达数据	小鼠胚胎和成年小鼠的CNS组织
266	2024-10-28	Potential mechanisms of metabolic reprogramming induced by ischemia-reperfusion injury in diabetic myocardium 2024-Oct, Journal of diabetes IF:3.0Q2 DOI:10.1111/1753-0407.70018 PMID:39450829	研究论文	研究探讨了糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后的代谢重编程及其潜在机制	首次通过代谢组学和单细胞RNA测序技术揭示了糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后脂肪酸代谢的显著上升趋势，并发现PPARA信号通路的过度激活可能参与了代谢重编程的调控	研究仅限于db/db小鼠模型，结果的普适性有待进一步验证	探索糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后的代谢重编程及其潜在机制	糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后的代谢变化	NA	心血管疾病	代谢组学, 单细胞RNA测序	NA	代谢物, RNA	四组小鼠心脏组织样本
267	2024-10-27	Visualizing Immune Checkpoint Inhibitors Derived Inflammation in Atherosclerosis 2024-Oct-25, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324260 PMID:39328090	研究论文	研究使用放射性示踪剂和正电子发射断层扫描（PET）评估免疫检查点抑制剂治疗后小鼠动脉粥样硬化模型中加重的炎症反应	首次使用CCR2靶向放射性示踪剂和PET非侵入性地检测免疫检查点抑制剂治疗后动脉粥样硬化中的炎症反应	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证	探索免疫检查点抑制剂治疗后动脉粥样硬化中炎症反应的机制	Apoe-/-和Ldlr-/-小鼠	数字病理学	心血管疾病	正电子发射断层扫描（PET）	NA	图像	Apoe-/-和Ldlr-/-小鼠
268	2024-10-27	Dominant immune tolerance in the intestinal tract imposed by RelB-dependent migratory dendritic cells regulates protective type 2 immunity 2024-Oct-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53112-9 PMID:39443450	研究论文	研究揭示了RelB依赖的迁移性树突状细胞在小肠中对保护性2型免疫的调节作用	首次阐明了RelB在小肠中对迁移性树突状细胞分化和功能的影响，以及其对Foxp3调节性T细胞的调节作用	研究主要集中在小肠和特定病原体感染后的免疫反应，未涉及其他器官或病原体的影响	探讨RelB在树突状细胞中的表达如何调节小肠中的免疫耐受和保护性2型免疫	小肠中的树突状细胞、Foxp3调节性T细胞以及RelB的表达	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及小鼠模型和特定病原体感染后的免疫细胞样本
269	2024-10-27	Overloading And unpacKing (OAK) - droplet-based combinatorial indexing for ultra-high throughput single-cell multiomic profiling 2024-Oct-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53227-z PMID:39443484	研究论文	本文介绍了一种名为Overloading And unpacKing (OAK)的液滴组合索引技术，用于超高通量单细胞多组学分析	OAK技术结合了液滴微流控和组合索引的优点，提高了珠子条码和试剂的利用效率，简化了操作流程	NA	开发一种高效、高通量的单细胞多组学分析方法	单细胞RNA测序、单核RNA测序和可及染色质分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	超过400,000个黑色素瘤细胞
270	2024-10-27	AKAP12 positive fibroblast determines immunosuppressive contexture and immunotherapy response in patients with TNBC by promoting macrophage M2 polarization 2024-Oct-23, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009877 PMID:39448199	研究论文	研究AKAP12阳性成纤维细胞在三阴性乳腺癌（TNBC）中的作用及其对免疫治疗反应的影响	首次发现AKAP12阳性成纤维细胞通过促进巨噬细胞M2极化来塑造TNBC的免疫抑制微环境，并影响免疫治疗效果	研究样本量较小，仅涉及80名TNBC患者	识别特定成纤维细胞亚群对TNBC发展和免疫治疗反应的贡献	三阴性乳腺癌（TNBC）患者中的成纤维细胞和免疫微环境	数字病理学	乳腺癌	多组学分析、免疫荧光双标记、飞行时间流式细胞术、RNA测序	NA	基因表达数据	80名TNBC患者
271	2024-10-27	Glutaminase inhibition in combination with azacytidine in myelodysplastic syndromes: a phase 1b/2 clinical trial and correlative analyses 2024-Oct, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00811-3 PMID:39300320	研究论文	研究了谷氨酰胺酶抑制剂与阿扎胞苷联合治疗骨髓增生异常综合征的临床试验及关联分析	首次展示了谷氨酰胺酶抑制剂与阿扎胞苷联合治疗的临床安全性和有效性	研究样本量较小，需要进一步的大规模临床试验验证	评估谷氨酰胺酶抑制剂与阿扎胞苷联合治疗骨髓增生异常综合征的安全性和有效性	骨髓增生异常综合征患者	NA	血液疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	30名患者
272	2024-10-27	Spatial analysis reveals targetable macrophage-mediated mechanisms of immune evasion in hepatocellular carcinoma minimal residual disease 2024-Oct, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00828-8 PMID:39304772	研究论文	本文通过空间分析揭示了肝细胞癌微小残留病中由巨噬细胞介导的免疫逃逸机制	通过单细胞高多重流式成像和空间转录组学，揭示了PD-L1+ M2样巨噬细胞与干细胞样肿瘤细胞的相互作用，并展示了联合阻断Pdl1和Tgfβ在两种小鼠模型中消除残留干细胞样肿瘤细胞的效果	NA	揭示肝细胞癌微小残留病中巨噬细胞介导的免疫逃逸机制，并探索潜在的治疗策略	肝细胞癌微小残留病中的巨噬细胞和干细胞样肿瘤细胞	数字病理学	肝癌	单细胞高多重流式成像、空间转录组学	NA	细胞	108名患者，107万个细胞，以及两种小鼠模型
273	2024-10-27	Heterogeneity in Dental Tissue-Derived MSCs Revealed by Single-Cell RNA-seq 2024-Oct, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241271997 PMID:39327720	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示牙源性间充质干细胞的异质性	首次通过单细胞RNA测序技术分析了来自牙周韧带和牙龈的间充质干细胞的异质性，并区分了供体间和组织间的差异	研究仅限于牙周韧带和牙龈的间充质干细胞，未涉及其他组织来源的干细胞	探讨牙源性间充质干细胞在转录组水平上的组织和供体特异性差异	来自牙周韧带和牙龈的间充质干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	5名牙周健康个体的牙周韧带和牙龈组织，共生成3,844个转录组
274	2024-10-27	Single-cell transcriptomic analysis of flowering regulation and vernalization in Chinese cabbage shoot apex 2024-Oct, Horticulture research IF:7.6Q1 DOI:10.1093/hr/uhae214 PMID:39391013	研究论文	研究分析了单细胞转录组在白菜花芽分化和春化过程中的作用	首次建立了白菜在非春化处理25天后的单细胞转录组图谱，并分析了不同细胞类型在花芽分化和春化过程中的基因表达变化	NA	深入理解白菜花芽分化和春化过程中不同细胞类型的作用	白菜花芽分化和春化过程中的单细胞转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	19,602个单细胞
275	2024-10-27	PLXNB1/SEMA4D signals mediate interactions between malignant epithelial and immune cells to promote colorectal cancer liver metastasis 2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70142 PMID:39443302	研究论文	研究评估了结直肠癌（CRC）和肝转移（LM）的细胞异质性，通过整合单细胞测序数据构建了预后模型，并识别了CRC和LM中上皮细胞与免疫细胞之间的细胞间受体-配体相互作用	发现了Epi-11细胞在LM组织中的高表达，并揭示了PLXNB1/SEMA4D轴在CRC和LM中上皮细胞与免疫细胞相互作用中的关键作用	研究主要集中在体外实验和免疫荧光染色，缺乏体内实验验证	探讨结直肠癌肝转移的机制及其与免疫细胞的相互作用	结直肠癌（CRC）和肝转移（LM）中的上皮细胞和免疫细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	约17种上皮细胞亚型，HCT116细胞用于体外实验
276	2024-10-27	Mouse Corneal Immune Cell Heterogeneity Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2024-Oct-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.65.12.29 PMID:39432400	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和免疫荧光染色技术，揭示了小鼠角膜中免疫细胞的异质性、空间定位和功能角色	发现了三种新的角膜驻留巨噬细胞亚型，并揭示了从单核细胞到常规树突状细胞、驻留巨噬细胞和朗格汉斯细胞的分化途径	NA	定义小鼠角膜中免疫细胞的异质性、空间定位和功能角色	小鼠角膜中的免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	C57BL/6品系小鼠，年龄16-20周
277	2024-10-26	Dissecting the role of transcription factor AP2-M in Babesia asexual replication 2024-Oct-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202400127RRR PMID:39441647	研究论文	本文研究了转录因子AP2-M在巴贝西虫无性复制中的作用	首次鉴定了巴贝西虫中的转录因子AP2-M，并揭示了其在红细胞入侵和细胞周期进展中的调控作用	NA	探讨转录因子AP2-M在巴贝西虫无性复制中的功能	巴贝西虫中的转录因子AP2-M及其靶基因	NA	NA	Cut-Tag, RNA测序, 蛋白质组学, 单细胞RNA测序	NA	DNA, RNA, 蛋白质	包含AP2-M基因敲除的巴贝西虫株
278	2024-10-26	I-mfa, Mesangial Cell TRPC1 Channel, and Regulation of Glomerular Filtration Rate 2024-Oct-24, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000533 PMID:39446484	研究论文	研究探讨了I-mfa蛋白在肾小球滤过率（GFR）调节中的作用	首次揭示了I-mfa通过抑制TRPC1介导的钙信号传导来正向调节GFR	研究仅在动物模型和体外细胞实验中进行，尚未在人体中验证	探讨I-mfa在肾小球滤过率调节中的作用	I-mfa蛋白、肾小球滤过率（GFR）、TRPC1通道	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Western blot、钙成像	NA	蛋白质、RNA	野生型（WT）和I-mfa敲除（KO）小鼠、人及小鼠系膜细胞
279	2024-10-26	Senescence landscape in the liver following sepsis and senolytics as potential therapeutics 2024-Oct-23, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14354 PMID:39444093	研究论文	研究了败血症后肝脏中的细胞衰老现象，并探讨了衰老细胞作为潜在治疗靶点的可能性	首次描述了败血症肝脏中的衰老景观，并证明了衰老细胞在败血症恶化结果中的作用	NA	探讨败血症后肝脏中的细胞衰老现象及其对治疗的影响	败血症后的小鼠肝脏细胞	NA	NA	单细胞测序	NA	细胞	败血症诱导后的小鼠肝脏细胞
280	2024-10-26	FABP5+ macrophages contribute to lipid metabolism dysregulation in type A aortic dissection 2024-Oct-23, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113438 PMID:39447410	研究论文	本文研究了FABP5+巨噬细胞在A型主动脉夹层中对脂质代谢失调的贡献	首次系统评估了非免疫细胞和免疫细胞在主动脉夹层中的相互作用及其对代谢的影响	NA	阐明A型主动脉夹层中脂质代谢的全面图景	FABP5+巨噬细胞在A型主动脉夹层中的作用	NA	心血管疾病	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 脂质代谢组学	NA	RNA, 脂质	A型主动脉夹层模型小鼠和患者