单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 615 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2024-10-30 |
Identification of HSPG2 as a bladder pro-tumor protein through NID1/AKT signaling
2024-Oct-23, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-024-03527-7
PMID:39438949
|
研究论文 | 研究探讨了HSPG2在膀胱癌进展中的作用及其通过NID1/AKT信号通路促进肿瘤生长的机制 | 首次揭示了HSPG2在膀胱癌中的促肿瘤作用及其通过NID1/AKT信号通路的机制 | 研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床试验中验证 | 探讨HSPG2在膀胱癌进展中的作用及其分子机制 | HSPG2在膀胱癌中的表达及其对肿瘤细胞增殖和化疗耐药性的影响 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序、转录组分析、CCK-8、Transwell、Western blotting、免疫染色 | NA | RNA | 7个患者样本、28个正常组织、407个膀胱肿瘤组织、HSPG2高表达和低表达的肿瘤类器官小鼠模型 |
| 242 | 2024-10-30 |
Disulfidptosis-related subtype and prognostic signature in prostate cancer
2024-Oct-23, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-024-00544-4
PMID:39444006
|
研究论文 | 研究探讨了二硫化物死亡相关基因在前列腺癌分类和肿瘤微环境调控中的作用，并开发了相关的预后模型 | 首次建立了基于二硫化物死亡相关基因的前列腺癌预后模型，并分析了其在肿瘤免疫微环境和免疫治疗敏感性中的作用 | 研究主要基于体外实验和基因表达数据，缺乏临床样本的验证 | 探讨二硫化物死亡与前列腺癌的关系，并开发相关的预后模型 | 前列腺癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 机器学习 | NA | 基因表达数据 | 前列腺癌细胞和患者样本 |
| 243 | 2024-10-30 |
STASCAN deciphers fine-resolution cell distribution maps in spatial transcriptomics by deep learning
2024-Oct-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03421-5
PMID:39439006
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于深度学习的方法STASCAN，用于解析空间转录组学中的细粒度细胞分布图 | 开发了一种新的基于深度学习的方法STASCAN，通过整合基因表达谱和组织学图像来预测空间细胞分布 | NA | 提高空间转录组学中细胞分布图的分辨率 | 空间转录组学中的细胞分布 | 机器学习 | NA | 深度学习 | NA | 图像 | 多种空间转录组学技术中的数据集 |
| 244 | 2024-10-30 |
Desmosome mutations impact the tumor microenvironment to promote melanoma proliferation
2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.19.558457
PMID:37786690
|
研究论文 | 研究报告了在人类癌症中频繁的桥粒基因突变，特别是在皮肤黑色素瘤中，并探讨了这些突变对肿瘤微环境的影响 | 首次揭示了桥粒基因突变在黑色素瘤中的高频率，并发现这些突变通过影响微环境中的角质形成细胞来促进黑色素瘤细胞的增殖 | 研究主要集中在原发性黑色素瘤样本上，未充分探讨转移性黑色素瘤的情况 | 探讨桥粒基因突变在黑色素瘤中的作用及其对肿瘤微环境的影响 | 桥粒基因、黑色素瘤细胞、角质形成细胞 | NA | 黑色素瘤 | 空间转录组学、蛋白质免疫荧光 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | 包括原发性黑色素瘤和转移性黑色素瘤的活检样本，以及角质形成细胞和黑色素瘤细胞的共培养实验 |
| 245 | 2024-10-30 |
The levels of amino acid metabolites in serum induce the pathogenesis of atopic dermatitis by mediating the inflammatory protein S100A12
2024-10-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-74522-1
PMID:39379513
|
研究论文 | 研究探讨了血清中氨基酸代谢物水平通过调节炎症蛋白S100A12在特应性皮炎发病机制中的作用 | 首次揭示了氨基酸代谢物与特应性皮炎病理之间的因果关系，并阐明了S100A12作为中介蛋白的机制 | 研究主要基于遗传学分析，未涉及临床试验验证 | 确定代谢物与特应性皮炎之间的遗传关系，并揭示氨基酸代谢物影响特应性皮炎的途径 | 血清中的氨基酸代谢物和炎症蛋白S100A12 | NA | 特应性皮炎 | 全基因组关联研究（GWAS）、双向两样本孟德尔随机化（MR）、单细胞测序 | NA | 基因数据、蛋白质数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 246 | 2024-10-30 |
DrugFormer: Graph-Enhanced Language Model to Predict Drug Sensitivity
2024-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202405861
PMID:39206872
|
研究论文 | 提出了一种名为DrugFormer的新型图增强语言模型，用于预测药物敏感性 | DrugFormer整合了序列化的基因标记和基于基因的知识图谱，以提高药物反应预测的准确性 | NA | 解决药物抗性问题，提高化疗和靶向治疗的响应率 | 多发性骨髓瘤和急性髓系白血病患者的单细胞数据 | 机器学习 | 血液肿瘤 | scRNA-seq | 语言模型 | 单细胞数据 | 多发性骨髓瘤和急性髓系白血病患者的单细胞数据 |
| 247 | 2024-10-30 |
scDRMAE: integrating masked autoencoder with residual attention networks to leverage omics feature dependencies for accurate cell clustering
2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae599
PMID:39404795
|
研究论文 | 本文提出了一种基于掩码自编码器和残差注意力网络的细胞聚类模型scDRMAE，用于整合多组学数据并准确进行细胞聚类 | scDRMAE通过掩码机制有效学习不同特征之间的关系，并通过注意力机制动态调整不同组学数据的权重，从而在多组学数据中实现更准确的细胞聚类 | NA | 克服单组学数据信息不足的限制，通过整合多组学数据进行细胞聚类 | 单细胞测序数据中的细胞聚类 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | 掩码自编码器（Masked Autoencoder）和残差注意力网络（Residual Attention Networks） | 多组学数据 | 15个多组学数据集 |
| 248 | 2024-10-30 |
A multi-modality and multi-granularity collaborative learning framework for identifying spatial domains and spatially variable genes
2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae607
PMID:39418177
|
研究论文 | 本文提出了一种多模态和多粒度协同学习框架，用于识别空间域和空间变异基因 | 通过掩蔽部分基因表达数据来减轻模态偏差的影响，使用共享图卷积网络整合基因和图像特征，并采用图自监督学习处理特征融合中的噪声 | NA | 准确识别空间域和空间变异基因，以理解组织结构和生物功能 | 空间域和空间变异基因 | 机器学习 | NA | 图卷积网络 | 图卷积网络 | 多模态数据（基因表达、空间上下文、组织学图像） | NA |
| 249 | 2024-10-29 |
Blocking the HIF-1α/glycolysis axis inhibits allergic airway inflammation by reducing ILC2 metabolism and function
2024-Oct-27, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.16361
PMID:39462230
|
研究论文 | 研究HIF-1α/糖酵解轴在ILC2介导的过敏性气道炎症中的作用 | 首次揭示了HIF-1α/糖酵解轴在ILC2介导的过敏性气道炎症中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体中验证 | 探讨HIF-1α/糖酵解轴在ILC2介导的过敏性气道炎症中的作用 | 小鼠和人类的ILC2细胞 | NA | 哮喘 | 糖酵解抑制剂和HIF-1α抑制剂 | NA | 转录组数据、代谢数据和染色质免疫沉淀分析 | 小鼠和人类样本 |
| 250 | 2024-10-29 |
Integrative analysis of bulk and single-cell transcriptomic data reveals novel insights into lipid metabolism and prognostic factors in hepatocellular carcinoma
2024-Oct-25, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01487-y
PMID:39453509
|
研究论文 | 本研究整合了大量和单细胞转录组数据，揭示了肝细胞癌中脂质代谢相关基因的状态及其作为预后因子的潜力 | 首次整合大量和单细胞转录组数据，识别出与脂质代谢相关的基因，并开发了机器学习模型用于预测肝细胞癌的预后 | 研究依赖于公共数据库中的数据，可能存在数据质量和代表性的限制 | 探讨肝细胞癌中脂质代谢相关基因的状态及其作为预后因子的潜力 | 肝细胞癌患者的脂质代谢相关基因及预后因子 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | 机器学习模型 | 转录组数据 | 大量和单细胞转录组数据来自公共数据库 |
| 251 | 2024-10-29 |
Microglia regulate GABAergic neurogenesis in prenatal human brain through IGF1
2024-Oct-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.19.619180
PMID:39464051
|
研究论文 | 研究揭示了微胶质细胞通过IGF1调节人类胎儿大脑中GABA能神经元的生成 | 首次揭示了微胶质细胞通过IGF1促进神经前体细胞增殖和GABA能神经元发育的新机制 | NA | 探讨人类胎儿大脑中GABA能神经元生成的发育机制 | 人类胎儿大脑中的GABA能神经元和微胶质细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学、生物信息学和组织学分析 | NA | 转录组数据 | 使用新开发的神经免疫hMGE类器官模型进行实验 |
| 252 | 2024-10-29 |
The First Comprehensive Description of the Platelet Single Cell Transcriptome
2024-Oct-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.15.618506
PMID:39464035
|
研究论文 | 首次全面描述了血小板单细胞转录组 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析血小板转录组，揭示了血小板基因表达的异质性 | 现有的细胞识别算法可能导致血小板被错误分类为其他血细胞类型 | 扩展对血小板功能的理解，超越其在凝血中的传统角色 | 血小板单细胞转录组 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 7名健康供体的血小板样本 |
| 253 | 2024-10-29 |
In vivo CRISPRi screen identified lncRNA portfolio crucial for cutaneous squamous cell carcinoma tumor growth
2024-Oct-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.16.618774
PMID:39464078
|
研究论文 | 通过体内CRISPRi筛选，识别出对皮肤鳞状细胞癌肿瘤生长至关重要的lncRNA组合 | 首次通过单细胞测序数据和CRISPR干扰筛选，识别出在皮肤鳞状细胞癌中起关键作用的lncRNA组合 | 研究主要集中在体外和异种移植模型中，未来需要进一步验证这些lncRNA在人体内的作用 | 揭示皮肤鳞状细胞癌发展中的非编码RNA的作用 | 皮肤鳞状细胞癌中的lncRNA | 数字病理学 | 皮肤癌 | CRISPR干扰筛选 | NA | 单细胞测序数据 | 来自正常和皮肤鳞状细胞癌的人类皮肤组织样本 |
| 254 | 2024-10-29 |
The mTOR Pathway: A Common Link Between Alzheimer's Disease and Down Syndrome
2024-Oct-17, Journal of clinical medicine
IF:3.0Q1
DOI:10.3390/jcm13206183
PMID:39458132
|
研究论文 | 本文探讨了mTOR通路在阿尔茨海默病和唐氏综合症之间的共同联系 | 本文首次利用基因组学、空间转录组学、蛋白质组学和代谢组学等新技术，分析mTOR通路与唐氏综合症相关阿尔茨海默病的关系 | 本文尚未完全揭示唐氏综合症相关阿尔茨海默病病理进展的机制 | 研究mTOR通路在阿尔茨海默病和唐氏综合症中的作用 | mTOR通路及其上游调控因子在唐氏综合症相关阿尔茨海默病中的作用 | NA | 阿尔茨海默病 | 基因组学、空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学 | NA | NA | NA |
| 255 | 2024-10-29 |
Single-Cell Antigen Receptor Sequencing in Pigs with Influenza
2024-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.13.617920
PMID:39464079
|
研究论文 | 本文开发了适用于猪的单细胞抗原受体测序方法，结合scRNAseq和TCR/BCR序列分析，研究了猪在流感感染后的肺部免疫反应 | 首次在猪中结合scRNAseq和TCR/BCR序列分析，研究了流感感染后的肺部免疫反应 | 仅限于猪模型，未在其他物种中验证 | 研究猪在流感感染后的肺部适应性免疫系统 | 猪的肺部T细胞和B细胞受体 | 数字病理学 | 流感 | 单细胞RNA测序（scRNAseq），10x Genomics VDJ测序 | NA | RNA | 来自表达和缺乏特定基因的猪的冷冻肺细胞，以及FACS分选的T细胞 |
| 256 | 2024-10-29 |
Single-cell and spatial detection of senescent cells using DeepScence
2024-Oct-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.21.568150
PMID:38045252
|
研究论文 | 本文开发了一种基于深度神经网络的方法DeepScence，用于在单细胞和空间转录组数据中识别衰老细胞 | DeepScence基于我们精心挑选的衰老相关基因集CoreScence，能够准确识别单细胞和空间转录组数据中的衰老细胞，显著优于现有方法 | NA | 开发一种能够准确识别衰老细胞的方法，以研究其空间和分子特征 | 衰老细胞 | 机器学习 | NA | 深度神经网络 | 深度神经网络 | 单细胞和空间转录组数据 | NA |
| 257 | 2024-10-29 |
Obesity-Associated Changes in Immune Cell Dynamics During Alphavirus Infection Revealed by Single Cell Transcriptomic Analysis
2024-Oct-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.10.617696
PMID:39416014
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析揭示了肥胖与阿尔法病毒感染期间免疫细胞动态变化的关系 | 首次探讨了肥胖对阿尔法病毒感染期间免疫细胞功能的影响，并发现了肥胖小鼠中缺失的一种独特巨噬细胞亚群 | 研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨肥胖对阿尔法病毒感染期间免疫细胞功能的影响 | 肥胖和正常体重小鼠在阿尔法病毒感染期间的免疫细胞动态变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 肥胖和正常体重小鼠样本 |
| 258 | 2024-10-29 |
Integrative Omics Strategies for Understanding and Combating Brown Planthopper Virulence in Rice Production: A Review
2024-Oct-12, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252010981
PMID:39456764
|
综述 | 本文综述了利用整合组学策略理解并对抗褐飞虱对水稻生产的危害 | 整合基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学数据，深入理解褐飞虱的生物学特性，并探讨了通过操纵宿主-微生物相互作用来增强植物保护的新机会 | 尚未全面开展利用下一代组学技术对褐飞虱的遗传相互作用和种群动态进行全面研究 | 总结近期利用组学数据对抗褐飞虱的进展和新视角，以开发更可持续的害虫管理策略 | 褐飞虱及其与水稻的相互作用 | NA | NA | 基因组测序、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、单细胞RNA测序、元基因组学 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据 | NA |
| 259 | 2024-10-29 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Cellular Heterogeneity and Drivers in Serrated Pathway-Driven Colorectal Cancer Progression
2024-Oct-11, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252010944
PMID:39456726
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了锯齿状病变在结直肠癌进展中的细胞异质性和驱动因素 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了锯齿状病变在结直肠癌进展中的细胞异质性和驱动因素 | 研究样本量有限，可能影响结果的普适性 | 阐明锯齿状病变在结直肠癌进展中的机制 | 正常结肠组织和锯齿状病变组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 三份正常结肠组织和十五份锯齿状病变组织 |
| 260 | 2024-10-29 |
Statistical batch-aware embedded integration, dimension reduction, and alignment for spatial transcriptomics
2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae611
PMID:39400541
|
研究论文 | 本文提出了一种分层隐马尔可夫随机场模型STADIA，用于空间转录组学数据的批次效应校正、维度降低和空间域识别 | STADIA模型通过联合建模多个步骤，增强了技术伪影和生物信号之间复杂相互作用的理解，从而提高了结果的准确性和洞察力 | NA | 解决空间转录组学数据中批次效应和空间域识别的问题 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 隐马尔可夫随机场模型 | 基因表达数据 | 五个来自不同物种（人类和老鼠）、不同器官（大脑、皮肤和肝脏）以及不同平台（10x Visium、ST和Slice-seqV2）的数据集 |