单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2024-11-04	Hyperuricemia suppresses lumican, exacerbating adverse remodeling after myocardial infarction by promoting fibroblast phenotype transition 2024-Oct-31, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05778-4 PMID:39482719	研究论文	研究尿酸血症通过抑制lumican表达加剧心肌梗死后不良重塑的机制	首次揭示了尿酸血症通过减少lumican表达促进心肌梗死后纤维母细胞表型转变，从而加剧不良心脏重塑	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在临床患者中验证	探讨尿酸血症在心肌梗死病理过程中的作用及其机制	尿酸血症对心肌梗死后心脏重塑的影响	心血管疾病	心血管疾病	酶联免疫吸附测定、免疫荧光、单细胞RNA测序、Western blotting、实时定量PCR	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	痛风患者、心衰患者和小鼠模型的数据
242	2024-11-04	Theoretical framework for the difference of two negative binomial distributions and its application in comparative analysis of sequencing data 2024-Oct-29, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278843.123 PMID:39406498	研究论文	本文推导了两个负二项分布差异的理论框架，并将其应用于单细胞RNA测序数据中差异表达基因的检测	提出了一个新的计算方法DEGage，用于检测单细胞RNA测序数据中的差异表达基因，并展示了其在模拟和真实数据集上的优越性能	NA	推导两个负二项分布差异的理论结果，并开发新的计算方法用于差异表达基因的检测	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及17种细胞类型的前列腺癌单细胞RNA测序数据集以及小鼠神经元单细胞RNA测序数据集
243	2024-11-04	Inhibitory Fcγ receptor deletion enhances CD8 T cell stemness increasing anti-PD-1 therapy responsiveness against glioblastoma 2024-Oct-26, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009449 PMID:39461881	研究论文	研究通过删除抑制性Fcγ受体增强CD8 T细胞的干细胞特性，从而提高抗PD-1疗法对胶质母细胞瘤的响应	首次探讨了通过删除FcγRIIB受体来增强CD8 T细胞的干细胞特性，从而提高抗PD-1疗法对胶质母细胞瘤的响应	研究仅在鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探讨通过调节CD8 T细胞的干细胞特性来提高免疫检查点阻断疗法对胶质母细胞瘤的疗效	CD8 T细胞、FcγRIIB受体、胶质母细胞瘤	免疫学	脑肿瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	使用Fcgr2b-/-小鼠和GL261胶质母细胞瘤模型进行研究
244	2024-11-04	Single-nucleus transcriptional and chromatin accessibility analyses of maturing mouse Achilles tendon uncover the molecular landscape of tendon stem/progenitor cells 2024-Oct-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.24.619991 PMID:39484401	研究论文	研究通过单核转录组和染色质可及性分析，揭示了成熟小鼠跟腱中肌腱干细胞/祖细胞的分子特征	首次鉴定出CD55和CD248作为肌腱干细胞/祖细胞的新型表面抗原标记物	NA	探讨肌腱干细胞/祖细胞在不同生长阶段的特征及其在肌腱修复中的作用	小鼠跟腱细胞中的肌腱干细胞/祖细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、单核ATAC测序	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	2周龄和6周龄小鼠的跟腱细胞
245	2024-11-04	Development of a humanized mouse model with functional human materno-fetal interface immunity 2024-Oct-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176527 PMID:39435662	研究论文	开发了一种具有功能性人类母胎界面免疫的人源化小鼠模型	通过busulfan预处理，成功构建了怀孕的人类免疫系统（HIS）小鼠模型，该模型在母胎界面重构了多谱系的人类免疫子集	NA	研究人类母胎界面免疫的功能和特征	人类母胎界面免疫	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
246	2024-11-04	Contrasting the development of larval and adult body plans during the evolution of biphasic lifecycles in sea urchins 2024-Oct-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.203015 PMID:39465623	研究论文	研究了海胆在双相生命周期中幼体和成体体型的发育过程	使用单细胞RNA测序分析了加速的非摄食型幼体发育模式，并发现了与摄食型幼体相比的细胞类型特化变化	NA	探讨双相生命周期中幼体和成体发育的调控机制	海胆Heliocidaris erythrogramma的发育过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	从胚胎到变态前一天的海胆Heliocidaris erythrogramma幼体样本
247	2024-11-04	A Part-to-Whole Circular Cell Explorer 2024-Oct-14, ArXiv PMID:39483344	研究论文	设计了一种交互式可视化分析系统，用于解决现有空间转录组学方法中的感知问题，并增加了过滤、钻取和聚类分析功能	提出了一种新的交互式可视化分析系统，解决了现有方法中的感知问题，并增加了多种分析功能	NA	帮助研究人员深入理解组织内复杂生物过程的分子机制	空间转录组学中的细胞测量数据，如基因表达和细胞类型	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
248	2024-11-02	Single-cell analysis of tumor microenvironment and cell adhesion reveals that interleukin-1 beta promotes cancer cell proliferation in breast cancer 2024-Oct, Animal models and experimental medicine IF:3.8Q2 DOI:10.1002/ame2.12445 PMID:38860503	研究论文	研究探讨了三阴性乳腺癌中肿瘤微环境和细胞粘附的作用，发现白细胞介素-1β促进癌细胞增殖	首次揭示了浆细胞在三阴性乳腺癌中的作用，并识别出IL1B作为新的预后标志物	研究样本量较小，且仅限于三阴性乳腺癌	探讨三阴性乳腺癌中肿瘤微环境和细胞粘附的作用	三阴性乳腺癌样本中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	26个乳腺癌样本，包括5个HER2阳性、12个ER阳性/PR阳性和9个三阴性乳腺癌样本
249	2024-11-04	scCaT: An explainable capsulating architecture for sepsis diagnosis transferring from single-cell RNA sequencing 2024-Oct, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012083 PMID:39432561	研究论文	本文介绍了一种名为scCaT的深度学习框架，用于脓毒症诊断，结合了胶囊架构和Transformer模型，利用单细胞RNA测序数据进行建模，并将其迁移到批量RNA数据上	scCaT框架通过胶囊架构将基因按生物功能分组，提供了基因表达编码的可解释性，并利用Transformer作为解码器进行脓毒症患者和对照组的分类	NA	开发一种可解释的深度学习模型，用于脓毒症诊断，并将其从单细胞RNA测序数据迁移到批量RNA数据	脓毒症患者和对照组的分类	机器学习	脓毒症	单细胞RNA测序	Transformer	RNA测序数据	单细胞测试集和七个批量RNA队列
250	2024-11-02	Spatial transcriptomics of meningeal inflammation reveals inflammatory gene signatures in adjacent brain parenchyma 2024-Oct-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.88414 PMID:39475792	研究论文	研究通过磁共振成像（MRI）引导的空间转录组学分析，揭示了在小鼠自身免疫性脑膜炎模型中，脑膜炎症区域及其邻近脑实质的转录特征	首次在脑膜炎症模型中进行了详细的空间转录组学分析，并揭示了炎症信号通路在脑膜炎症区域及其邻近脑实质中的差异激活	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证结果	探讨脑膜炎症与脑灰质病理之间的机制联系	小鼠自身免疫性脑膜炎模型中的脑膜炎症区域及其邻近脑实质	数字病理学	多发性硬化症	空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型
251	2024-11-02	Single-cell transcriptomics of rectal organoids from individuals with perianal fistulizing Crohn's disease reveals patient-specific signatures 2024-10-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-75947-4 PMID:39477985	研究论文	研究分析了来自患有肛周瘘管克罗恩病患者的直肠类器官的单细胞转录组，揭示了患者特异性的基因表达特征	首次在单细胞水平上分析了来自不同患者的直肠类器官，揭示了与疾病、性别和祖先相关的基因表达特征	研究主要集中在直肠类器官的基因表达分析，未涉及炎症信号的详细研究	探讨肛周瘘管克罗恩病患者直肠类器官的病理决定因素	来自不同患者的直肠类器官和黏膜细胞	数字病理学	克罗恩病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	77,044个直肠类器官细胞（13名患者，8名CD患者，5名对照）和141,367个黏膜上皮细胞（29名患者，18名CD患者，11名对照）
252	2024-11-02	Detecting significant expression patterns in single-cell and spatial transcriptomics with a flexible computational approach 2024-10-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-75314-3 PMID:39478009	研究论文	提出了一种名为SPIRAL的算法，用于检测单细胞和空间转录组数据中的显著表达模式	SPIRAL算法基于高斯统计，能够检测所有统计上显著的生物过程，并具有灵活性，可以构建基于统计显著性和一致性差异表达的基因和细胞子集	NA	开发一种新的计算方法，用于检测单细胞和空间转录组数据中的显著表达模式	单细胞、空间和批量RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	高斯统计	基因表达数据	NA
253	2024-11-02	Integrating machine learning and single-cell transcriptomic analysis to identify potential biomarkers and analyze immune features of ischemic stroke 2024-10-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-77495-3 PMID:39478056	研究论文	本研究利用机器学习和单细胞转录组测序分析，揭示缺血性中风的新型生物标志物及其免疫特征	通过整合机器学习和单细胞转录组测序分析，揭示了缺血性中风的新型生物标志物和免疫特征	NA	揭示缺血性中风的生物标志物和免疫特征，为治疗策略提供新见解	缺血性中风的生物标志物和免疫特征	机器学习	中风	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	机器学习算法	基因表达数据	NA
254	2024-11-02	The G protein-coupled receptor ADGRG6 maintains mouse growth plate homeostasis through IHH signaling 2024-Oct-29, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjae144 PMID:39236220	研究论文	研究ADGRG6/GPR126在维持小鼠生长板稳态中的作用及其通过IHH信号通路的机制	揭示了ADGRG6在维持小鼠生长板稳态中的关键作用，特别是通过调节PTHrP/IHH信号通路来影响软骨细胞的增殖和肥大分化	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证其相关性	探讨ADGRG6在维持小鼠生长板稳态中的作用及其分子机制	小鼠生长板中的软骨细胞和骨软骨前体细胞	NA	NA	分子遗传学和空间转录组学	NA	转录组数据	使用甲醛固定石蜡包埋的组织样本进行研究
255	2024-11-02	Application and new findings of scRNA-seq and ST-seq in prostate cancer 2024-Oct-29, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-024-00206-w PMID:39470950	综述	本文综述了scRNA-seq和ST-seq技术在前列腺癌研究中的应用和新发现	介绍了scRNA-seq和ST-seq技术在揭示前列腺癌及其微环境异质性和功能变化方面的突破	NA	探讨前列腺癌发病机制和疾病进展，为诊断和治疗提供参考	前列腺癌及其微环境	数字病理学	前列腺癌	scRNA-seq, ST-seq	NA	基因表达数据	NA
256	2024-11-02	A method for in silico exploration of potential glioblastoma multiforme attractors using single-cell RNA sequencing 2024-10-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-74985-2 PMID:39472601	研究论文	本文提出了一种利用单细胞RNA测序数据寻找潜在癌症吸引子的方法，并在胶质母细胞瘤数据集中进行了测试	本文创新性地使用癌症吸引子概念解释胶质母细胞瘤的异质性，并通过构建基因调控网络和参数估计框架来探索潜在的吸引子	本文的方法主要在胶质母细胞瘤数据集中进行了测试，其通用性在其他类型癌症中的表现尚未充分验证	研究胶质母细胞瘤的潜在吸引子，并探索其在癌症动力学模拟和治疗靶点研究中的应用	胶质母细胞瘤的单细胞RNA测序数据	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	基因调控网络	基因表达数据	NA
257	2024-11-02	Alteration of the metabolite interconversion enzyme in sperm and Sertoli cell of non-obstructive azoospermia: a microarray data and in-silico analysis 2024-10-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-77875-9 PMID:39472682	研究论文	研究非阻塞性无精子症患者精子和小管细胞中代谢物相互转化酶的基因表达模式	使用微阵列和生物信息学技术分析了2912个编码代谢物相互转化酶的基因，并预测了这些蛋白质的功能和分子相互作用，识别出关键的枢纽基因	NA	探讨非阻塞性无精子症患者睾丸细胞中代谢物相互转化酶的基因表达模式，以理解其分子机制	非阻塞性无精子症患者的精子和小管细胞	NA	NA	微阵列分析，生物信息学	NA	基因表达数据	2912个基因，3个非阻塞性无精子症患者的小管细胞样本
258	2024-11-02	HTS and scRNA-seq revealed that the location and RSS quality of the mammalian TRBV and TRBJ genes impact biased rearrangement 2024-Oct-29, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10887-x PMID:39472808	研究论文	研究探讨了哺乳动物TRBV和TRBJ基因的位置和RSS质量对偏倚重排的影响	首次通过单细胞RNA测序和高通量测序揭示了TRBV和TRBJ基因的位置和RSS质量对V(D)J重排频率的影响	尚未完全阐明具体的调控机制和效率	研究V(D)J重排的机制和效率	哺乳动物TRBV和TRBJ基因的位置和RSS质量	基因组学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和高通量测序 (HTS)	NA	RNA序列	包括灵长类（人类和猕猴）、啮齿类（BALB/c、C57BL/6和昆明小鼠）、偶蹄类（水牛）和翼手类（Rhinolophus affinis）等多个物种
259	2024-11-02	A tumorigenicity evaluation platform for cell therapies based on brain organoids 2024-Oct-29, Translational neurodegeneration IF:10.8Q1 DOI:10.1186/s40035-024-00446-5 PMID:39472972	研究论文	本文介绍了一种基于脑类器官的细胞治疗致瘤性评估平台	提出了使用脑类器官和胶质母细胞瘤样类器官模型来评估细胞治疗产品的致瘤性风险，相较于传统动物模型具有更高的检测敏感性	NA	评估脑类器官在细胞治疗致瘤性评估中的应用潜力	人多能干细胞（hPSCs）和从中衍生的中脑多巴胺（mDA）细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自人胚胎干细胞的中脑多巴胺细胞、hPSCs、混合细胞以及未成熟的中脑多巴胺细胞，并将其注射到脑类器官和NOD SCID小鼠中进行评估
260	2024-11-02	Human Anti-Glycan Reactivity is Driven by the Selection of B cells Utilizing Private Antibody Gene Rearrangements that are Affinity Maturated in Germinal Centers 2024-Oct-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.15.618486 PMID:39464096	研究论文	研究分析了人类抗糖抗体的B细胞受体库，揭示了抗糖反应的驱动机制	首次结合BCR受体克隆与表达以及单细胞转录组学分析，探讨了抗N-乙酰-D-氨基葡萄糖(GlcNAc)抗体的B细胞库及其免疫进化	NA	探讨人类抗糖抗体反应的驱动机制及其在早期儿童时期的亲和力成熟过程	抗N-乙酰-D-氨基葡萄糖(GlcNAc)抗体的B细胞库	免疫学	NA	BCR受体克隆与表达、单细胞转录组学	NA	转录组	人类队列中的B细胞