单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2024-10-28	CancerSCEM 2.0: an updated data resource of single-cell expression map across various human cancers 2024-Oct-26, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae954 PMID:39460627	研究论文	CancerSCEM 2.0是一个更新后的单细胞表达图谱数据资源，涵盖多种人类癌症	CancerSCEM 2.0增加了拷贝数变异评估、转录因子富集、伪时间轨迹构建和多种生物特征评分，并引入了新的单细胞水平癌症代谢图	NA	提供一个集成、分析和可视化单细胞RNA测序数据的公共资源，支持癌症相关研究	单细胞RNA测序数据，涵盖肿瘤、匹配正常和外周血样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	1466个数据集，涵盖127个研究项目和74种癌症类型
222	2024-10-28	Atp13a5 Marker Reveals Pericyte Specification in the Mouse Central Nervous System 2024-Oct-23, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0727-24.2024 PMID:39261008	研究论文	本文报道了一种新的中枢神经系统（CNS）周细胞标记物Atp13a5，并通过单细胞转录组学和基因敲入模型验证了其在小鼠CNS中的特异性	首次发现Atp13a5作为CNS周细胞的特异性标记物，并建立了带有tdTomato报告基因和Cre重组酶的敲入模型	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	揭示CNS周细胞的功能特异性，并为研究周细胞异质性和血脑屏障功能提供可靠工具	小鼠CNS中的周细胞及其在血脑屏障中的作用	NA	NA	单细胞转录组学	基因敲入模型	基因表达数据	小鼠胚胎和成年小鼠的CNS组织
223	2024-10-28	Association between premature vascular smooth muscle cells senescence and vascular inflammation in Takayasu's arteritis 2024-Oct-21, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225630 PMID:38816066	研究论文	研究血管平滑肌细胞衰老与大动脉炎血管炎症之间的关系	首次揭示了血管平滑肌细胞衰老在大动脉炎血管炎症中的积极作用，并发现了IL-6-线粒体STAT3-MFN2信号通路在其中的关键作用	主要基于体外和离体实验，缺乏体内实验验证	探讨血管平滑肌细胞衰老是否参与大动脉炎的血管炎症，并研究相关的促衰老因子	大动脉炎患者的血管平滑肌细胞	NA	大动脉炎	RNA-Seq	NA	RNA	大动脉炎患者的血管手术样本
224	2024-10-28	Metabolic Reprogramming Induced by Aging Modifies the Tumor Microenvironment 2024-Oct-17, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13201721 PMID:39451239	研究论文	研究了衰老引起的代谢重编程如何影响肿瘤微环境（TME）以促进肿瘤发生	利用MMPC方法分析了衰老相关癌症类型的代谢可塑性事件，揭示了衰老相关代谢重编程对肿瘤微环境的影响	NA	探讨衰老与代谢重编程之间的相互作用如何影响肿瘤微环境	衰老相关癌症类型的代谢可塑性事件	生物信息学	癌症	RNA测序	MMPC（Modeling Metabolic Plasticity by Pathway Pairwise Comparison）	RNA-seq数据	17种衰老相关癌症类型的批量RNA-seq数据和单细胞RNA-seq数据
225	2024-10-28	Podoplanin Expression in Early-Stage Colorectal Cancer-Associated Fibroblasts and Its Utility as a Diagnostic Marker for Colorectal Lesions 2024-Oct-11, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13201682 PMID:39451200	研究论文	研究了早期结直肠癌相关成纤维细胞中Podoplanin的表达及其作为诊断标志物的潜力	首次详细研究了早期结直肠癌中Podoplanin阳性成纤维细胞的来源和功能	研究仅限于免疫组化和单细胞RNA测序，未涉及临床验证	探讨Podoplanin在早期结直肠癌相关成纤维细胞中的表达及其作为诊断标志物的潜力	早期结直肠癌、腺瘤、神经内分泌肿瘤及其正常邻近组织和非肿瘤性结直肠病变	数字病理学	结直肠癌	免疫组化、单细胞RNA测序	NA	组织样本	涉及多种类型的结直肠病变样本
226	2024-10-28	Potential mechanisms of metabolic reprogramming induced by ischemia-reperfusion injury in diabetic myocardium 2024-Oct, Journal of diabetes IF:3.0Q2 DOI:10.1111/1753-0407.70018 PMID:39450829	研究论文	研究探讨了糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后的代谢重编程及其潜在机制	首次通过代谢组学和单细胞RNA测序技术揭示了糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后脂肪酸代谢的显著上升趋势，并发现PPARA信号通路的过度激活可能参与了代谢重编程的调控	研究仅限于db/db小鼠模型，结果的普适性有待进一步验证	探索糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后的代谢重编程及其潜在机制	糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后的代谢变化	NA	心血管疾病	代谢组学, 单细胞RNA测序	NA	代谢物, RNA	四组小鼠心脏组织样本
227	2024-10-27	Visualizing Immune Checkpoint Inhibitors Derived Inflammation in Atherosclerosis 2024-Oct-25, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324260 PMID:39328090	研究论文	研究使用放射性示踪剂和正电子发射断层扫描（PET）评估免疫检查点抑制剂治疗后小鼠动脉粥样硬化模型中加重的炎症反应	首次使用CCR2靶向放射性示踪剂和PET非侵入性地检测免疫检查点抑制剂治疗后动脉粥样硬化中的炎症反应	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证	探索免疫检查点抑制剂治疗后动脉粥样硬化中炎症反应的机制	Apoe-/-和Ldlr-/-小鼠	数字病理学	心血管疾病	正电子发射断层扫描（PET）	NA	图像	Apoe-/-和Ldlr-/-小鼠
228	2024-10-27	Dominant immune tolerance in the intestinal tract imposed by RelB-dependent migratory dendritic cells regulates protective type 2 immunity 2024-Oct-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53112-9 PMID:39443450	研究论文	研究揭示了RelB依赖的迁移性树突状细胞在小肠中对保护性2型免疫的调节作用	首次阐明了RelB在小肠中对迁移性树突状细胞分化和功能的影响，以及其对Foxp3调节性T细胞的调节作用	研究主要集中在小肠和特定病原体感染后的免疫反应，未涉及其他器官或病原体的影响	探讨RelB在树突状细胞中的表达如何调节小肠中的免疫耐受和保护性2型免疫	小肠中的树突状细胞、Foxp3调节性T细胞以及RelB的表达	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及小鼠模型和特定病原体感染后的免疫细胞样本
229	2024-10-27	Overloading And unpacKing (OAK) - droplet-based combinatorial indexing for ultra-high throughput single-cell multiomic profiling 2024-Oct-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53227-z PMID:39443484	研究论文	本文介绍了一种名为Overloading And unpacKing (OAK)的液滴组合索引技术，用于超高通量单细胞多组学分析	OAK技术结合了液滴微流控和组合索引的优点，提高了珠子条码和试剂的利用效率，简化了操作流程	NA	开发一种高效、高通量的单细胞多组学分析方法	单细胞RNA测序、单核RNA测序和可及染色质分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	超过400,000个黑色素瘤细胞
230	2024-10-27	AKAP12 positive fibroblast determines immunosuppressive contexture and immunotherapy response in patients with TNBC by promoting macrophage M2 polarization 2024-Oct-23, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009877 PMID:39448199	研究论文	研究AKAP12阳性成纤维细胞在三阴性乳腺癌（TNBC）中的作用及其对免疫治疗反应的影响	首次发现AKAP12阳性成纤维细胞通过促进巨噬细胞M2极化来塑造TNBC的免疫抑制微环境，并影响免疫治疗效果	研究样本量较小，仅涉及80名TNBC患者	识别特定成纤维细胞亚群对TNBC发展和免疫治疗反应的贡献	三阴性乳腺癌（TNBC）患者中的成纤维细胞和免疫微环境	数字病理学	乳腺癌	多组学分析、免疫荧光双标记、飞行时间流式细胞术、RNA测序	NA	基因表达数据	80名TNBC患者
231	2024-10-27	NBAtlas: A harmonized single-cell transcriptomic reference atlas of human neuroblastoma tumors 2024-Oct-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114804 PMID:39368085	研究论文	本文整合了七个单细胞或单核转录组数据集，构建了一个涵盖61名患者362,991个细胞的协调一致的神经母细胞瘤细胞图谱	本文通过整合多个数据集，构建了一个大规模的神经母细胞瘤单细胞转录组图谱，揭示了肿瘤内部的转录组特征与临床结果之间的关联，并描述了复杂的免疫细胞景观	本文整合的数据集涉及的肿瘤和细胞数量有限，可能影响结论的普适性	构建一个协调一致的神经母细胞瘤单细胞转录组参考图谱，以揭示肿瘤异质性和免疫细胞景观	神经母细胞瘤患者的单细胞转录组数据	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	61名患者，362,991个细胞
232	2024-10-27	Persistent bone marrow hemozoin accumulation confers a survival advantage against bacterial infection via cell-intrinsic Myd88 signaling 2024-Oct-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114850 PMID:39392758	研究论文	研究了疟疾患者骨髓中血红素晶体（Hz）积累对细菌感染的生存优势及其机制	揭示了Hz通过细胞内在的MyD88信号通路促进骨髓细胞生成，增强对细菌感染的抵抗力	NA	探讨疟疾患者骨髓中Hz积累对免疫反应的影响及其机制	骨髓中的血红素晶体（Hz）及其对免疫细胞生成和功能的影响	免疫学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	疟疾康复小鼠的单细胞RNA测序数据
233	2024-10-27	Overcoming barriers to single-cell RNA sequencing adoption in low- and middle-income countries 2024-Oct, European journal of human genetics : EJHG IF:3.7Q2 DOI:10.1038/s41431-024-01564-4 PMID:38565638	研究论文	本文探讨了在低收入和中等收入国家推广单细胞RNA测序技术所面临的障碍	强调了在基因组和单细胞转录组研究中实现祖先包容性的重要性	未具体提及	探讨如何在低收入和中等收入国家推广单细胞测序研究，以实现技术的全球影响力	单细胞RNA测序技术在低收入和中等收入国家的应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
234	2024-10-27	Engineered T cell therapy for central nervous system injury 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07906-y PMID:39232158	研究论文	本文研究了中枢神经系统损伤后T细胞的克隆扩增及其在治疗中的潜在应用	首次利用单细胞RNA测序揭示了小鼠和人脊髓损伤相关T细胞的克隆扩增，并识别出CD4 T细胞对髓鞘和神经元蛋白的自体肽具有抗原特异性	NA	探讨中枢神经系统损伤后T细胞的机制及其在治疗中的应用	中枢神经系统损伤后T细胞的克隆扩增及其抗原特异性	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和人的脊髓损伤样本
235	2024-10-27	Glutaminase inhibition in combination with azacytidine in myelodysplastic syndromes: a phase 1b/2 clinical trial and correlative analyses 2024-Oct, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00811-3 PMID:39300320	研究论文	研究了谷氨酰胺酶抑制剂与阿扎胞苷联合治疗骨髓增生异常综合征的临床试验及关联分析	首次展示了谷氨酰胺酶抑制剂与阿扎胞苷联合治疗的临床安全性和有效性	研究样本量较小，需要进一步的大规模临床试验验证	评估谷氨酰胺酶抑制剂与阿扎胞苷联合治疗骨髓增生异常综合征的安全性和有效性	骨髓增生异常综合征患者	NA	血液疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	30名患者
236	2024-10-27	Spatial analysis reveals targetable macrophage-mediated mechanisms of immune evasion in hepatocellular carcinoma minimal residual disease 2024-Oct, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00828-8 PMID:39304772	研究论文	本文通过空间分析揭示了肝细胞癌微小残留病中由巨噬细胞介导的免疫逃逸机制	通过单细胞高多重流式成像和空间转录组学，揭示了PD-L1+ M2样巨噬细胞与干细胞样肿瘤细胞的相互作用，并展示了联合阻断Pdl1和Tgfβ在两种小鼠模型中消除残留干细胞样肿瘤细胞的效果	NA	揭示肝细胞癌微小残留病中巨噬细胞介导的免疫逃逸机制，并探索潜在的治疗策略	肝细胞癌微小残留病中的巨噬细胞和干细胞样肿瘤细胞	数字病理学	肝癌	单细胞高多重流式成像、空间转录组学	NA	细胞	108名患者，107万个细胞，以及两种小鼠模型
237	2024-10-27	Heterogeneity in Dental Tissue-Derived MSCs Revealed by Single-Cell RNA-seq 2024-Oct, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241271997 PMID:39327720	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示牙源性间充质干细胞的异质性	首次通过单细胞RNA测序技术分析了来自牙周韧带和牙龈的间充质干细胞的异质性，并区分了供体间和组织间的差异	研究仅限于牙周韧带和牙龈的间充质干细胞，未涉及其他组织来源的干细胞	探讨牙源性间充质干细胞在转录组水平上的组织和供体特异性差异	来自牙周韧带和牙龈的间充质干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	5名牙周健康个体的牙周韧带和牙龈组织，共生成3,844个转录组
238	2024-10-27	Single-cell transcriptomic analysis of flowering regulation and vernalization in Chinese cabbage shoot apex 2024-Oct, Horticulture research IF:7.6Q1 DOI:10.1093/hr/uhae214 PMID:39391013	研究论文	研究分析了单细胞转录组在白菜花芽分化和春化过程中的作用	首次建立了白菜在非春化处理25天后的单细胞转录组图谱，并分析了不同细胞类型在花芽分化和春化过程中的基因表达变化	NA	深入理解白菜花芽分化和春化过程中不同细胞类型的作用	白菜花芽分化和春化过程中的单细胞转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	19,602个单细胞
239	2024-10-27	PLXNB1/SEMA4D signals mediate interactions between malignant epithelial and immune cells to promote colorectal cancer liver metastasis 2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70142 PMID:39443302	研究论文	研究评估了结直肠癌（CRC）和肝转移（LM）的细胞异质性，通过整合单细胞测序数据构建了预后模型，并识别了CRC和LM中上皮细胞与免疫细胞之间的细胞间受体-配体相互作用	发现了Epi-11细胞在LM组织中的高表达，并揭示了PLXNB1/SEMA4D轴在CRC和LM中上皮细胞与免疫细胞相互作用中的关键作用	研究主要集中在体外实验和免疫荧光染色，缺乏体内实验验证	探讨结直肠癌肝转移的机制及其与免疫细胞的相互作用	结直肠癌（CRC）和肝转移（LM）中的上皮细胞和免疫细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	约17种上皮细胞亚型，HCT116细胞用于体外实验
240	2024-10-27	Mouse Corneal Immune Cell Heterogeneity Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2024-Oct-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.65.12.29 PMID:39432400	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和免疫荧光染色技术，揭示了小鼠角膜中免疫细胞的异质性、空间定位和功能角色	发现了三种新的角膜驻留巨噬细胞亚型，并揭示了从单核细胞到常规树突状细胞、驻留巨噬细胞和朗格汉斯细胞的分化途径	NA	定义小鼠角膜中免疫细胞的异质性、空间定位和功能角色	小鼠角膜中的免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	C57BL/6品系小鼠，年龄16-20周