单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2024-11-19	A random survival forest-based pathomics signature classifies immunotherapy prognosis and profiles TIME and genomics in ES-SCLC patients 2024-Oct-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03829-9 PMID:39358575	研究论文	本文构建了一个基于随机生存森林的病理组学特征模型，用于分类广泛期小细胞肺癌患者的免疫治疗预后，并探索其与基因组学和肿瘤免疫微环境的关系	首次利用随机生存森林模型结合病理组学特征来预测广泛期小细胞肺癌患者的免疫治疗预后，并揭示了其与基因组学和肿瘤免疫微环境的潜在关联	研究样本量有限，且仅限于南京金陵医院的患者，研究结果的普适性有待进一步验证	探索广泛期小细胞肺癌患者免疫治疗预后的可靠生物标志物	广泛期小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	下一代测序	随机生存森林	图像	118名接受一线免疫治疗的广泛期小细胞肺癌患者
222	2024-11-17	Integrating Microarray Data and Single-Cell RNA-Seq Reveals Key Gene Involved in Spermatogonia Stem Cell Aging 2024-Oct-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252111653 PMID:39519201	研究论文	本文通过整合微阵列数据和单细胞RNA测序，揭示了精原干细胞衰老过程中的关键基因	本文创新性地整合了微阵列数据和单细胞RNA测序，识别出精原干细胞特异性转录因子和枢纽基因，并提出了复杂的网络调控机制	由于样本量有限且缺乏精确的衰老指标，研究结果的普适性和准确性可能受到限制	揭示精原干细胞衰老过程中的关键基因及其调控机制，为解决男性不育问题提供新思路	精原干细胞及其衰老过程中的基因表达变化	基因组学	男性不育	微阵列分析、单细胞RNA测序、ATAC-seq、DNase-seq	NA	基因表达数据	三个不同精原干细胞的人类样本
223	2024-11-17	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Monocyte-Derived Interstitial Macrophages with a Pro-Fibrotic Phenotype in Bleomycin-Induced Pulmonary Fibrosis 2024-Oct-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252111669 PMID:39519222	研究论文	通过单细胞RNA测序研究了博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型中由单核细胞衍生的间质巨噬细胞的细胞异质性和发育轨迹	首次揭示了由单核细胞衍生的间质巨噬细胞在博来霉素诱导的肺纤维化中的促纤维化表型及其与成纤维细胞的相互作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨间质巨噬细胞在特发性肺纤维化发病机制中的作用	博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型中的间质巨噬细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	博来霉素处理的小鼠肺组织
224	2024-11-17	Dual targeting macrophages and microglia is a therapeutic vulnerability in models of PTEN-deficient glioblastoma 2024-Oct-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178628 PMID:39352749	研究论文	研究探讨了在PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中，通过双重靶向巨噬细胞和微胶质细胞来实现治疗效果的可能性	首次提出通过抑制LOX和CLOCK-OLFML3轴来双重靶向巨噬细胞和微胶质细胞，结合抗PD1疗法，实现超过60%的动物模型中肿瘤完全消退	NA	探索在PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中，通过靶向巨噬细胞和微胶质细胞来增强治疗效果的策略	PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中的巨噬细胞和微胶质细胞	数字病理学	脑癌	单细胞转录组学、多重顺序免疫荧光	NA	转录组数据	NA
225	2024-11-17	Endothelial YAP/TAZ activation promotes atherosclerosis in a mouse model of Hutchinson-Gilford progeria syndrome 2024-Oct-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI173448 PMID:39352768	研究论文	研究了Hutchinson-Gilford早衰综合征（HGPS）小鼠模型中内皮细胞YAP/TAZ激活促进动脉粥样硬化的机制	首次揭示了内皮细胞YAP/TAZ信号通路在HGPS血管疾病中的关键作用，并提出了针对YAP/TAZ的治疗策略	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类HGPS患者中验证	探讨HGPS血管病理的机制	HGPS小鼠模型的主动脉内皮细胞	数字病理	心血管疾病	单细胞RNA测序、原子力显微镜、超声波评估	NA	基因表达数据	HGPS小鼠和野生型对照小鼠
226	2024-11-15	The Medaka approach to evolutionary social neuroscience 2024-Oct-30, Neuroscience research IF:2.4Q3 DOI:10.1016/j.neures.2024.10.005 PMID:39481546	综述	本文综述了利用青鳉鱼（Adrianichthyidae科，包括日本青鳉Oryzias latipes）进行进化社会神经科学研究的潜力和未来方向	介绍了单细胞转录组技术与'适应性电路普查'结合的创新工具，用于连接比较生物学方法和神经科学方法	NA	探讨利用青鳉鱼进行进化社会神经科学研究，揭示神经科学的基本原理和多样化的交配策略机制	青鳉鱼的社会认知能力和择偶行为，特别是视觉线索下的择偶偏好	神经科学	NA	单细胞转录组技术	NA	基因组信息	NA
227	2024-11-15	Single Cell Isolation from Human Diabetic Fibrovascular Membranes for Single-Cell RNA Sequencing 2024-Oct-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5096 PMID:39512888	研究论文	本文介绍了一种从增生性糖尿病视网膜病变患者手术切除的纤维血管膜中制备单细胞悬液的胶原酶I消化协议，并进行了单细胞RNA测序分析	本文提供了一种新的胶原酶I消化协议，用于从纤维血管膜中制备单细胞悬液，并进行了详细的单细胞RNA测序分析	该协议可能对某些细胞类型造成损伤，尤其是在消化纤维化组织时	研究在生理和病理条件下单细胞水平的基因表达变化	增生性糖尿病视网膜病变患者的纤维血管膜	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	从增生性糖尿病视网膜病变患者中提取的纤维血管膜样本
228	2024-11-15	The Expression of MAFB Gene in Circulating Monocytes Is Related to Chronic Inflammatory Status in T2DM Patients 2024-Oct, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-024-02012-7 PMID:38602607	研究论文	研究探讨了MAFB基因在T2DM患者循环单核细胞中的表达与慢性炎症状态的关系	首次发现MAFB基因在T2DM患者循环单核细胞中的表达与慢性炎症状态相关，并具有一定的预测价值	研究仅基于bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，未涉及其他类型的实验验证	探讨T2DM患者循环免疫细胞中的炎症标志物，预测胰岛素抵抗和T2DM的发生	T2DM患者的循环单核细胞和外周血单核细胞	NA	糖尿病	bulk RNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	T2DM患者的外周血单核细胞样本
229	2024-11-15	Mcadet: A feature selection method for fine-resolution single-cell RNA-seq data based on multiple correspondence analysis and community detection 2024-Oct, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012560 PMID:39466833	研究论文	提出了一种名为Mcadet的新特征选择方法，用于高分辨率单细胞RNA测序数据	Mcadet结合了多重对应分析、基于图的社区检测和一种新的统计测试方法，显著提高了在高分辨率单细胞RNA测序数据和少数细胞类型数据中选择高变异基因的性能	高变异基因选择对不同下游分析的影响需要进一步研究	解决现有特征选择方法在高分辨率单细胞RNA测序数据中的局限性	高分辨率单细胞RNA测序数据和少数细胞类型数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
230	2024-11-14	Adding Highly Variable Genes to Spatially Variable Genes Can Improve Cell Type Clustering Performance in Spatial Transcriptomics Data 2024-Oct-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5315913/v1 PMID:39502778	研究论文	研究探讨了在空间转录组数据中，将高变异基因与空间变异基因结合是否能提高细胞类型聚类性能	首次研究了将高变异基因与空间变异基因结合对细胞类型聚类性能的影响	仅在50个真实空间转录组数据集上进行了测试，可能需要更多数据集验证	探讨在空间转录组数据中，结合高变异基因与空间变异基因对细胞类型聚类性能的影响	空间转录组数据中的高变异基因和空间变异基因	基因组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	50个真实空间转录组数据集
231	2024-11-14	Single-cell sequencing technology to characterize stem T-cell subpopulations in acute T-lymphoblastic leukemia and the role of stem T-cells in the disease process 2024-Oct-17, Aging DOI:10.18632/aging.206123 PMID:39422621	研究论文	研究使用单细胞测序技术分析急性T淋巴母细胞白血病中的干细胞T细胞亚群及其在疾病过程中的作用	首次通过单细胞测序技术详细分析了急性T淋巴母细胞白血病中的干细胞T细胞亚群及其在疾病发展中的作用	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据质量和样本多样性的限制	探讨急性T淋巴母细胞白血病中干细胞T细胞亚群的特征及其在疾病过程中的作用	急性T淋巴母细胞白血病中的干细胞T细胞亚群	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据	来自公共数据库的单细胞测序数据
232	2024-11-13	The multifaceted role of mitochondria in cardiac function: insights and approaches 2024-Oct-29, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01899-x PMID:39472951	综述	本文综述了线粒体在心脏功能中的多方面作用及其在心血管疾病中的重要性	讨论了线粒体异质性和亚群在维持心脏功能和疾病相关重塑中的作用，并强调了线粒体与核的逆向通讯	未提供具体的研究数据或实验结果	探讨线粒体在心脏功能中的作用及其在心血管疾病中的潜在治疗策略	线粒体及其在心脏功能和疾病中的作用	心血管疾病	心血管疾病	全基因组关联研究 (GWAS)	NA	NA	NA
233	2024-11-12	Single-cell transcriptomics reveal diverging pathobiology and opportunities for precision targeting in scleroderma-associated versus idiopathic pulmonary arterial hypertension 2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.25.620225 PMID:39484590	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了硬皮病相关肺动脉高压与特发性肺动脉高压在病理生物学上的差异，并探讨了精准靶向治疗的机会	首次通过单细胞RNA测序技术比较了硬皮病相关肺动脉高压与特发性肺动脉高压的基因表达差异，揭示了潜在的治疗靶点	研究样本量较小，需要进一步的临床验证	探讨硬皮病相关肺动脉高压与特发性肺动脉高压的分子机制差异，寻找新的治疗靶点	硬皮病相关肺动脉高压和特发性肺动脉高压患者的肺组织样本	数字病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	12个肺组织样本，包括4个硬皮病相关肺动脉高压、4个特发性肺动脉高压和4个失败供体样本
234	2024-11-12	Gene expression landscape of cutaneous squamous cell carcinoma progression 2024-Oct-17, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae249 PMID:38867481	研究论文	本文通过元分析公开的RNA-Seq样本，定义了从正常皮肤到皮肤鳞状细胞癌（cSCC）不同阶段的转录组景观	本文通过整合多个研究的数据，定义了cSCC进展过程中不同阶段的差异表达基因（DEGs），并使用单细胞RNA-Seq数据验证了这些基因的表达情况	由于样本量较小和分析协议的多样性，研究结果的可转移性可能有限	定义皮肤鳞状细胞癌进展过程中不同阶段的转录组景观	正常皮肤、光化性角化病、原位鳞状细胞癌、角化棘皮瘤和皮肤鳞状细胞癌的RNA-Seq样本	数字病理学	皮肤鳞状细胞癌	RNA测序	NA	RNA-Seq数据	共分析了73个正常皮肤样本、46个光化性角化病样本、16个原位鳞状细胞癌样本、13个角化棘皮瘤样本和147个皮肤鳞状细胞癌样本
235	2024-11-12	COL10A1 expression distinguishes a subset of cancer-associated fibroblasts present in the stroma of high-risk basal cell carcinoma 2024-Oct-17, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae258 PMID:38916477	研究论文	研究探讨了基底细胞癌（BCC）不同亚型间基质中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的特征，特别是COL10A1的表达	首次发现COL10A1作为高风险BCC的标志物，特别是在硬化/浸润性和基底鳞状亚型中	研究样本量有限，且仅限于特定亚型的BCC	研究BCC不同亚型基质中CAFs的特征，以寻找新的治疗靶点和预后生物标志物	基底细胞癌的不同亚型及其基质中的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	皮肤癌	RNA测序（RNA-Seq）、激光捕获显微切割（LCM）、免疫组织化学（IHC）、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	15个BCC样本（来自5种不同纯亚型，每种3个样本），6个健康皮肤样本，93个不同BCC样本和13个健康皮肤样本
236	2024-11-11	Inhibition of PNCK inflames tumor microenvironment and sensitizes head and neck squamous cell carcinoma to immune checkpoint inhibitors 2024-Oct-12, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009893 PMID:39395840	研究论文	研究探讨了PNCK在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的作用及其与免疫检查点抑制剂的关系	首次揭示了PNCK在调节肿瘤微环境（TME）和增强免疫检查点抑制剂敏感性中的关键作用	研究主要基于体外和体内实验，需要进一步的临床验证	探讨PNCK在HNSCC中的作用及其对免疫治疗的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）及其肿瘤微环境	癌症研究	头颈部鳞状细胞癌	测序技术、单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质数据	包括体外细胞实验、体内动物模型和公共数据库数据
237	2024-11-10	Copper drives remodeling of metabolic state and progression of clear cell renal cell carcinoma 2024-Oct-31, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0187 PMID:39476412	研究论文	研究揭示了铜在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的积累及其对代谢状态和肿瘤进展的影响	首次系统性地探讨了铜在ccRCC中的作用，揭示了铜通过促进CuCOX生物合成来增强肿瘤生长，并提出了新的治疗靶点	NA	探讨铜在透明细胞肾细胞癌中的作用及其对肿瘤代谢和进展的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）	NA	肾癌	代谢组学、脂质组学、同位素标记葡萄糖和谷氨酰胺通量分析、转录组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据、代谢数据	肿瘤样本、细胞系、异种移植模型、PDX模型
238	2024-11-09	Multi-omics revealed that ELAVL3 regulates MYCN in neuroblastoma via immunogenic cell death: Risk stratification and experimental research 2024-Oct-31, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.137045 PMID:39486730	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了ELAVL3通过免疫原性细胞死亡调节神经母细胞瘤中的MYCN，并进行了风险分层和实验研究	首次报道了免疫原性细胞死亡相关指数（ICDR-Index），并发现ELAVL3在神经母细胞瘤中的关键作用	研究主要基于批量转录组数据和单细胞RNA测序数据，未涉及临床试验	研究神经母细胞瘤的风险分层和免疫原性细胞死亡机制	神经母细胞瘤患者及其免疫治疗反应	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	机器学习	转录组数据	1244个神经母细胞瘤样本和16个单细胞RNA测序数据集
239	2024-11-09	Heterotypic macrophages/microglia differentially contribute to retinal ischaemia and neovascularisation 2024-Oct, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06215-3 PMID:38977459	研究论文	研究了异型巨噬细胞/小胶质细胞在视网膜缺血和新生血管形成中的不同作用	揭示了异型巨噬细胞/小胶质细胞在视网膜缺血和新生血管形成中的不同作用，为针对特定细胞的治疗方法提供了新的基础	NA	阐明巨噬细胞/小胶质细胞在增生性缺血性视网膜病变发病机制中的不同作用	巨噬细胞和小胶质细胞在糖尿病视网膜病变中的作用	数字病理学	糖尿病视网膜病变	免疫染色、定量实时RT-PCR、流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	图像	NA
240	2024-11-08	Case report: Single-cell RNA sequencing of PBMCs highlights monocyte gene expression alterations in a type A HBV-ACLF patient 2024-Oct-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38344 PMID:39502220	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了HBV-ACLF患者外周血单核细胞的基因表达变化	首次通过单细胞RNA测序揭示了HBV-ACLF患者外周血单核细胞的基因表达变化及其M1/M2极化状态的动态变化	单细胞RNA测序技术耗时且难以在日常临床实践中应用	探究HBV-ACLF患者外周血单核细胞的基因表达变化及其在疾病发展中的作用	HBV-ACLF患者的外周血单核细胞	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA	64名患者（包括15名正常对照、10名肝硬化患者、10名慢性乙型肝炎感染者、10名慢性肝功能障碍患者和20名HBV-ACLF患者）