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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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201 | 2024-11-06 |
Identification of immune feature genes and intercellular profiles in diabetic cardiomyopathy
2024-Oct-15, World journal of diabetes
IF:4.2Q1
DOI:10.4239/wjd.v15.i10.2093
PMID:39493556
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研究论文 | 研究探讨了糖尿病心肌病(DCM)中的免疫分子机制,并基于免疫特征基因构建了诊断和预后模型 | 首次识别出Proenkephalin(Penk)和retinol binding protein 7(Rbp7)作为潜在的DCM生物标志物,并揭示了间质细胞与免疫细胞之间的异常表型转换和信号交流 | NA | 探讨糖尿病心肌病中的免疫分子机制并构建诊断和预后模型 | 糖尿病心肌病患者的免疫特征基因和细胞间相互作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序(RNA-seq)、单样本基因集富集分析(ssGSEA)、实时定量聚合酶链反应和蛋白质印迹技术 | 机器学习 | RNA测序数据、单细胞RNA测序数据 | 验证队列中的样本数量未明确提及 |
202 | 2024-11-06 |
Loss of Smek1 Induces Tauopathy and Triggers Neurodegeneration by Regulating Microtubule Stability
2024-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202400584
PMID:39206808
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研究论文 | 研究探讨了Smek1在tauopathy中防止神经退行性变的作用 | 首次证明Smek1缺乏通过加剧tau病理和线粒体功能障碍以年龄依赖性方式逐渐诱导神经退行性变 | NA | 研究Smek1在tauopathy和神经退行性变中的生理和病理作用 | Smek1在tauopathy中的作用及其对神经退行性变的影响 | NA | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序 | NA | 蛋白质相互作用分析 | Smek1敲除小鼠和shSmek1细胞 |
203 | 2024-11-06 |
Myeloid Cells and Sensory Nerves Mediate Peritendinous Adhesion Formation via Prostaglandin E2
2024-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202405367
PMID:39207041
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研究论文 | 研究探讨了骨髓细胞和感觉神经通过前列腺素E2介导腱周粘连形成的机制 | 首次通过单细胞RNA测序分析结合条件性敲除小鼠模型,揭示了COX2在骨髓细胞和EP4基因在感觉神经中的作用,以及PGE2在腱修复中的复杂作用 | 研究主要基于小鼠模型和人类样本的单细胞RNA测序,可能无法完全反映人类临床情况 | 阐明前列腺素E2在腱周粘连形成和腱修复中的复杂作用 | 骨髓细胞、感觉神经、腱周粘连、腱修复 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人类和小鼠样本,以及八种条件性敲除小鼠 |
204 | 2024-11-06 |
Hypoxic Upregulation of IER2 Increases Paracrine GMFG Signaling of Endoplasmic Reticulum Stress-CAF to Promote Chordoma Progression via Targeting ITGB1
2024-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202405421
PMID:39207055
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研究论文 | 研究揭示了缺氧环境下IER2上调通过靶向ITGB1促进脊索瘤进展的分子机制 | 首次阐明了缺氧微环境通过IER2上调促进脊索瘤进展的分子机制,并揭示了ERS-CAF通过IER2/GMFG/ITGB1轴调节SPP1巨噬细胞加剧脊索瘤进展 | 研究主要基于体外实验和数据分析,缺乏体内实验验证 | 揭示脊索瘤中ERS-CAF亚群的致癌机制 | 脊索瘤中的ERS-CAF亚群及其在肿瘤进展中的作用 | 数字病理学 | 脊索瘤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、GeoMx数字空间分析仪、数据独立采集蛋白质组学、批量RNA测序、多重定量免疫荧光 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据 | 多个脊索瘤样本 |
205 | 2024-11-04 |
SPP1+ macrophages and FAP+ fibroblasts promote the progression of pMMR gastric cancer
2024-Oct-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-76298-w
PMID:39482333
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研究论文 | 研究了错配修复状态对胃癌肿瘤免疫微环境的影响 | 首次揭示了pMMR胃癌中GC2细胞、SPP1+巨噬细胞和FAP+成纤维细胞在促进肿瘤进展中的作用 | 样本量相对较小,且仅限于特定类型的胃癌患者 | 探讨错配修复状态对胃癌肿瘤免疫微环境的影响 | 胃癌患者的肿瘤组织和正常组织 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 33个新鲜组织样本,来自25名患者,包括10个正常组织、6个dMMR肿瘤组织和17个pMMR肿瘤组织 |
206 | 2024-11-04 |
Hyperuricemia suppresses lumican, exacerbating adverse remodeling after myocardial infarction by promoting fibroblast phenotype transition
2024-Oct-31, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05778-4
PMID:39482719
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研究论文 | 研究尿酸血症通过抑制lumican表达加剧心肌梗死后不良重塑的机制 | 首次揭示了尿酸血症通过减少lumican表达促进心肌梗死后纤维母细胞表型转变,从而加剧不良心脏重塑 | 研究主要基于小鼠模型,需要进一步在临床患者中验证 | 探讨尿酸血症在心肌梗死病理过程中的作用及其机制 | 尿酸血症对心肌梗死后心脏重塑的影响 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 酶联免疫吸附测定、免疫荧光、单细胞RNA测序、Western blotting、实时定量PCR | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 痛风患者、心衰患者和小鼠模型的数据 |
207 | 2024-11-04 |
Theoretical framework for the difference of two negative binomial distributions and its application in comparative analysis of sequencing data
2024-Oct-29, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278843.123
PMID:39406498
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研究论文 | 本文推导了两个负二项分布差异的理论框架,并将其应用于单细胞RNA测序数据中差异表达基因的检测 | 提出了一个新的计算方法DEGage,用于检测单细胞RNA测序数据中的差异表达基因,并展示了其在模拟和真实数据集上的优越性能 | NA | 推导两个负二项分布差异的理论结果,并开发新的计算方法用于差异表达基因的检测 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及17种细胞类型的前列腺癌单细胞RNA测序数据集以及小鼠神经元单细胞RNA测序数据集 |
208 | 2024-11-04 |
Inhibitory Fcγ receptor deletion enhances CD8 T cell stemness increasing anti-PD-1 therapy responsiveness against glioblastoma
2024-Oct-26, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009449
PMID:39461881
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研究论文 | 研究通过删除抑制性Fcγ受体增强CD8 T细胞的干细胞特性,从而提高抗PD-1疗法对胶质母细胞瘤的响应 | 首次探讨了通过删除FcγRIIB受体来增强CD8 T细胞的干细胞特性,从而提高抗PD-1疗法对胶质母细胞瘤的响应 | 研究仅在鼠模型中进行,尚未在人类临床试验中验证 | 探讨通过调节CD8 T细胞的干细胞特性来提高免疫检查点阻断疗法对胶质母细胞瘤的疗效 | CD8 T细胞、FcγRIIB受体、胶质母细胞瘤 | 免疫学 | 脑肿瘤 | 流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 使用Fcgr2b-/-小鼠和GL261胶质母细胞瘤模型进行研究 |
209 | 2024-11-04 |
Single-nucleus transcriptional and chromatin accessibility analyses of maturing mouse Achilles tendon uncover the molecular landscape of tendon stem/progenitor cells
2024-Oct-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.24.619991
PMID:39484401
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研究论文 | 研究通过单核转录组和染色质可及性分析,揭示了成熟小鼠跟腱中肌腱干细胞/祖细胞的分子特征 | 首次鉴定出CD55和CD248作为肌腱干细胞/祖细胞的新型表面抗原标记物 | NA | 探讨肌腱干细胞/祖细胞在不同生长阶段的特征及其在肌腱修复中的作用 | 小鼠跟腱细胞中的肌腱干细胞/祖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、单核ATAC测序 | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据 | 2周龄和6周龄小鼠的跟腱细胞 |
210 | 2024-11-04 |
SPI1+CD68+ macrophages as a biomarker for gastric cancer metastasis: a rationale for combined antiangiogenic and immunotherapy strategies
2024-Oct-24, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009983
PMID:39455096
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研究论文 | 本研究探讨了SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌转移中的作用及其作为生物标志物的潜力 | 首次揭示了SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌中的高表达与转移性病变的关系,并探讨了其在免疫治疗和抗血管生成治疗中的潜在作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,需要进一步的人体临床试验验证 | 评估SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌中的作用及其作为生物标志物的潜力 | 胃癌组织中的SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞及其在肿瘤进展和治疗中的作用 | NA | 胃癌 | 免疫组织化学、免疫荧光、流式细胞术、单细胞转录组分析、多重荧光免疫组织化学、染色质免疫沉淀 | NA | 组织 | NA |
211 | 2024-11-04 |
Development of a humanized mouse model with functional human materno-fetal interface immunity
2024-Oct-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.176527
PMID:39435662
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研究论文 | 开发了一种具有功能性人类母胎界面免疫的人源化小鼠模型 | 通过busulfan预处理,成功构建了怀孕的人类免疫系统(HIS)小鼠模型,该模型在母胎界面重构了多谱系的人类免疫子集 | NA | 研究人类母胎界面免疫的功能和特征 | 人类母胎界面免疫 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
212 | 2024-11-04 |
Contrasting the development of larval and adult body plans during the evolution of biphasic lifecycles in sea urchins
2024-Oct-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.203015
PMID:39465623
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研究论文 | 研究了海胆在双相生命周期中幼体和成体体型的发育过程 | 使用单细胞RNA测序分析了加速的非摄食型幼体发育模式,并发现了与摄食型幼体相比的细胞类型特化变化 | NA | 探讨双相生命周期中幼体和成体发育的调控机制 | 海胆Heliocidaris erythrogramma的发育过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 从胚胎到变态前一天的海胆Heliocidaris erythrogramma幼体样本 |
213 | 2024-11-04 |
A Part-to-Whole Circular Cell Explorer
2024-Oct-14, ArXiv
PMID:39483344
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研究论文 | 设计了一种交互式可视化分析系统,用于解决现有空间转录组学方法中的感知问题,并增加了过滤、钻取和聚类分析功能 | 提出了一种新的交互式可视化分析系统,解决了现有方法中的感知问题,并增加了多种分析功能 | NA | 帮助研究人员深入理解组织内复杂生物过程的分子机制 | 空间转录组学中的细胞测量数据,如基因表达和细胞类型 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
214 | 2024-11-02 |
Single-cell analysis of tumor microenvironment and cell adhesion reveals that interleukin-1 beta promotes cancer cell proliferation in breast cancer
2024-Oct, Animal models and experimental medicine
IF:3.8Q2
DOI:10.1002/ame2.12445
PMID:38860503
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研究论文 | 研究探讨了三阴性乳腺癌中肿瘤微环境和细胞粘附的作用,发现白细胞介素-1β促进癌细胞增殖 | 首次揭示了浆细胞在三阴性乳腺癌中的作用,并识别出IL1B作为新的预后标志物 | 研究样本量较小,且仅限于三阴性乳腺癌 | 探讨三阴性乳腺癌中肿瘤微环境和细胞粘附的作用 | 三阴性乳腺癌样本中的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 26个乳腺癌样本,包括5个HER2阳性、12个ER阳性/PR阳性和9个三阴性乳腺癌样本 |
215 | 2024-11-04 |
scCaT: An explainable capsulating architecture for sepsis diagnosis transferring from single-cell RNA sequencing
2024-Oct, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012083
PMID:39432561
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scCaT的深度学习框架,用于脓毒症诊断,结合了胶囊架构和Transformer模型,利用单细胞RNA测序数据进行建模,并将其迁移到批量RNA数据上 | scCaT框架通过胶囊架构将基因按生物功能分组,提供了基因表达编码的可解释性,并利用Transformer作为解码器进行脓毒症患者和对照组的分类 | NA | 开发一种可解释的深度学习模型,用于脓毒症诊断,并将其从单细胞RNA测序数据迁移到批量RNA数据 | 脓毒症患者和对照组的分类 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | Transformer | RNA测序数据 | 单细胞测试集和七个批量RNA队列 |
216 | 2024-11-02 |
Spatial transcriptomics of meningeal inflammation reveals inflammatory gene signatures in adjacent brain parenchyma
2024-Oct-30, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.88414
PMID:39475792
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研究论文 | 研究通过磁共振成像(MRI)引导的空间转录组学分析,揭示了在小鼠自身免疫性脑膜炎模型中,脑膜炎症区域及其邻近脑实质的转录特征 | 首次在脑膜炎症模型中进行了详细的空间转录组学分析,并揭示了炎症信号通路在脑膜炎症区域及其邻近脑实质中的差异激活 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证结果 | 探讨脑膜炎症与脑灰质病理之间的机制联系 | 小鼠自身免疫性脑膜炎模型中的脑膜炎症区域及其邻近脑实质 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型 |
217 | 2024-11-02 |
Single-cell transcriptomics of rectal organoids from individuals with perianal fistulizing Crohn's disease reveals patient-specific signatures
2024-10-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-75947-4
PMID:39477985
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研究论文 | 研究分析了来自患有肛周瘘管克罗恩病患者的直肠类器官的单细胞转录组,揭示了患者特异性的基因表达特征 | 首次在单细胞水平上分析了来自不同患者的直肠类器官,揭示了与疾病、性别和祖先相关的基因表达特征 | 研究主要集中在直肠类器官的基因表达分析,未涉及炎症信号的详细研究 | 探讨肛周瘘管克罗恩病患者直肠类器官的病理决定因素 | 来自不同患者的直肠类器官和黏膜细胞 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 77,044个直肠类器官细胞(13名患者,8名CD患者,5名对照)和141,367个黏膜上皮细胞(29名患者,18名CD患者,11名对照) |
218 | 2024-11-02 |
Detecting significant expression patterns in single-cell and spatial transcriptomics with a flexible computational approach
2024-10-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-75314-3
PMID:39478009
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研究论文 | 提出了一种名为SPIRAL的算法,用于检测单细胞和空间转录组数据中的显著表达模式 | SPIRAL算法基于高斯统计,能够检测所有统计上显著的生物过程,并具有灵活性,可以构建基于统计显著性和一致性差异表达的基因和细胞子集 | NA | 开发一种新的计算方法,用于检测单细胞和空间转录组数据中的显著表达模式 | 单细胞、空间和批量RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | 高斯统计 | 基因表达数据 | NA |
219 | 2024-11-02 |
Integrating machine learning and single-cell transcriptomic analysis to identify potential biomarkers and analyze immune features of ischemic stroke
2024-10-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-77495-3
PMID:39478056
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研究论文 | 本研究利用机器学习和单细胞转录组测序分析,揭示缺血性中风的新型生物标志物及其免疫特征 | 通过整合机器学习和单细胞转录组测序分析,揭示了缺血性中风的新型生物标志物和免疫特征 | NA | 揭示缺血性中风的生物标志物和免疫特征,为治疗策略提供新见解 | 缺血性中风的生物标志物和免疫特征 | 机器学习 | 中风 | 单细胞转录组测序(scRNA-seq) | 机器学习算法 | 基因表达数据 | NA |
220 | 2024-11-02 |
The G protein-coupled receptor ADGRG6 maintains mouse growth plate homeostasis through IHH signaling
2024-Oct-29, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjae144
PMID:39236220
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研究论文 | 研究ADGRG6/GPR126在维持小鼠生长板稳态中的作用及其通过IHH信号通路的机制 | 揭示了ADGRG6在维持小鼠生长板稳态中的关键作用,特别是通过调节PTHrP/IHH信号通路来影响软骨细胞的增殖和肥大分化 | 研究主要集中在小鼠模型上,尚未在人类中验证其相关性 | 探讨ADGRG6在维持小鼠生长板稳态中的作用及其分子机制 | 小鼠生长板中的软骨细胞和骨软骨前体细胞 | NA | NA | 分子遗传学和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用甲醛固定石蜡包埋的组织样本进行研究 |