本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2025-10-06 |
LMD: Cluster-Independent Multiscale Marker Identification in Single-cell RNA-seq Data
2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.12.566780
PMID:38014159
|
研究论文 | 提出了一种名为LMD的新工具,用于在单细胞RNA测序数据中识别局部化基因标记 | 通过构建细胞-细胞亲和图并在细胞图上扩散基因表达值,基于扩散动力学为每个基因评分,实现多分辨率和细粒度的细胞多样性表征 | NA | 开发一种不依赖聚类的多尺度标记识别方法,用于单细胞RNA测序数据分析 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图扩散算法 | 基因表达数据 | 9个单细胞RNA测序数据集,包括小鼠骨髓和毛囊真皮凝聚物数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 202 | 2025-10-06 |
The spatial impact of a Western diet in enriching Galectin-1-regulated Rho, ECM, and SASP signaling in a novel MASH-HCC mouse model
2024-Oct-14, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-024-00660-3
PMID:39402682
|
研究论文 | 本研究通过新型MASH-HCC小鼠模型探讨西方饮食如何通过Galectin-1信号通路影响肿瘤微环境 | 开发了新型MASH-HCC小鼠模型,首次揭示西方饮食通过空间特异性方式调控Galectin-1介导的Rho信号、ECM重塑和SASP通路 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 阐明西方饮食通过Galectin-1信号通路促进MASH向HCC发展的机制 | MASH-HCC小鼠模型和人类MASH-HCC组织 | 空间转录组学 | 肝细胞癌 | 空间转录组学,多重免疫组织化学 | 小鼠疾病模型 | 空间转录组数据,免疫组织化学图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间转录组学,多重免疫组织化学 | NA | NA |
| 203 | 2025-10-06 |
HIV persists in late coronary atheroma and is associated with increased local inflammation and disease progression
2024-Oct-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5125826/v1
PMID:39483879
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了HIV在晚期冠状动脉粥样斑块中的持续存在及其与局部炎症加剧和疾病进展的关联 | 首次在人类晚期冠状动脉粥样斑块中检测到HIV病毒拷贝,并发现其与局部炎症程度正相关 | 样本来源于遗体捐赠者,无法进行纵向追踪研究;临床队列验证仍需进一步扩大 | 探究HIV感染者动脉粥样硬化进展的免疫机制 | HIV感染者与无HIV对照组的冠状动脉和主动脉组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | DNA/RNA检测, 空间转录组学, 高分辨率质谱分析 | NA | 组织样本, 基因表达数据, 蛋白质组数据 | 遗体捐赠者的冠状动脉和主动脉组织(具体数量未明确) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 204 | 2025-10-06 |
Sympathetic neuropeptide Y protects from obesity by sustaining thermogenic fat
2024-Oct, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07863-6
PMID:39198648
|
研究论文 | 本研究揭示了交感神经元中神经肽Y通过维持血管周细胞增殖来保护机体免受肥胖的机制 | 首次发现交感神经元来源的NPY通过维持血管周细胞增殖来促进产热脂肪生成,与中枢NPY对体重的调节作用相反 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性需要进一步验证 | 探究交感神经元中神经肽Y在肥胖发生中的作用机制 | 小鼠棕色和白色脂肪组织、交感神经元、血管周细胞 | 代谢研究 | 肥胖症 | 组织透明化成像、单细胞RNA测序 | NA | 图像数据、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 205 | 2025-10-06 |
Multiomic single-cell sequencing defines tissue-specific responses in Stevens-Johnson syndrome and toxic epidermal necrolysis
2024-10-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52990-3
PMID:39379371
|
研究论文 | 通过单细胞多组学测序技术分析Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症患者的组织特异性免疫反应 | 首次对SJS/TEN患者进行单细胞转录组、表面蛋白质组和T细胞受体测序的综合分析,识别出组织特异性细胞亚群和致病机制 | 样本量相对较小(15例患者),为罕见疾病研究 | 阐明SJS/TEN疾病的细胞免疫发病机制 | 15名SJS/TEN患者的未受累皮肤、受累皮肤和水疱液 | 单细胞多组学 | Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症 | 单细胞转录组测序、表面蛋白质组测序、T细胞受体测序 | NA | 单细胞多组学数据 | 15例患者,共109,888个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞蛋白质组学, 单细胞TCR测序 | NA | NA |
| 206 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals vascularization-associated cell subpopulations in dental pulp: PDGFRβ+ DPSCs with activated PI3K/AKT pathway
2024-10-09, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxae051
PMID:39167061
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定出牙髓中与血管化相关的PDGFRβ+ DPSCs细胞亚群,并揭示其通过PI3K/AKT通路发挥促血管生成功能 | 首次在牙髓发育过程中鉴定出具有显著促血管生成能力的PDGFRβ+ DPSCs新亚群,并阐明其通过PDGFR/PI3K/AKT信号通路发挥作用 | NA | 解决牙髓再生治疗中的挑战,特别是针对不同年龄和条件供体来源的干细胞移植问题 | 牙髓干细胞(DPSCs)、人脐静脉内皮细胞(HUVEC)、基因编辑小鼠模型 | 单细胞生物学 | 牙科疾病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学、假时序分析、转录组测序、基因编辑 | NA | 单细胞RNA测序数据、转录组数据、实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 207 | 2024-09-25 |
Unveiling Molecular Diversity in Cerebral Thrombi via Spatial Transcriptomics
2024-10, Stroke
IF:7.8Q1
DOI:10.1161/STROKEAHA.124.047907
PMID:39206540
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 208 | 2025-10-06 |
The generation of stable microvessels in ischemia is mediated by endothelial cell derived TRAIL
2024-10-04, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adn8760
PMID:39365855
|
研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞来源的TRAIL在介导缺血条件下稳定微血管生成中的关键作用 | 首次发现内皮细胞来源的TRAIL在促进新生血管形成和血管稳定中的新功能,并证明TRAIL-R2激动剂在治疗缺血中的潜力 | 研究主要基于动物模型和体外实验,临床转化仍需进一步验证 | 探究TRAIL在缺血条件下介导新生血管形成和血管稳定的分子机制 | 内皮细胞、周细胞、小鼠模型、患者动脉样本 | 血管生物学 | 外周动脉疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 209 | 2025-10-06 |
Understanding disease-associated metabolic changes in human colon epithelial cells using i ColonEpithelium metabolic reconstruction
2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.22.619644
PMID:39484551
|
研究论文 | 本研究构建了首个结肠上皮细胞特异性基因组尺度代谢模型iColonEpithelium,用于探索炎症性肠病相关的代谢变化 | 开发了首个人类结肠上皮细胞特异性基因组尺度代谢模型,包含独特的转运反应区室用于模拟与肠道微生物组的代谢相互作用 | 模型基于稳态假设,可能无法完全反映体内动态代谢过程 | 解析人类结肠上皮细胞的代谢活动,识别炎症性肠病相关的代谢特征 | 人类结肠上皮细胞 | 代谢组学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序,基因组尺度代谢模型 | 基因组尺度代谢模型 | 基因表达数据 | 克罗恩病和溃疡性结肠炎患者样本及健康对照样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 210 | 2025-10-06 |
The G4 resolvase Dhx36 modulates cardiomyocyte differentiation and ventricular conduction system development
2024-10-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52809-1
PMID:39366945
|
研究论文 | 本研究揭示了Dhx36解旋酶通过调控启动子G-四链体结构在心肌细胞分化和心室传导系统发育中的关键作用 | 首次发现Dhx36通过解析启动子G-四链体结构调控关键心脏基因网络,影响心室传导系统发育和心肌细胞分化 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究Dhx36在心脏传导系统发育和心肌细胞分化中的分子机制 | 胚胎期和新生期小鼠心脏组织 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 | 未明确样本数量 | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | NA | NA |
| 211 | 2025-10-06 |
In vivo CRISPRi screen identified lncRNA portfolio crucial for cutaneous squamous cell carcinoma tumor growth
2024-Oct-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.16.618774
PMID:39464078
|
研究论文 | 通过CRISPRi筛选和单细胞测序分析鉴定出调控皮肤鳞状细胞癌肿瘤生长的关键lncRNA组合 | 首次通过整合单细胞测序分析和体内外CRISPRi筛选系统鉴定lncRNA在cSCC中的功能,发现LINC00704和LINC01116等新型调控因子 | 研究主要基于细胞系和异种移植模型,需要在更多临床样本中验证 | 探索长链非编码RNA在皮肤鳞状细胞癌发生发展中的作用机制 | 人类正常和cSCC皮肤组织、角质形成细胞亚群、cSCC癌细胞系 | 功能基因组学 | 皮肤鳞状细胞癌 | 单细胞测序、CRISPR干扰筛选、假性批量分析、异种移植模型 | CRISPRi、xenograft | 单细胞测序数据、功能验证数据 | 正常和cSCC人类皮肤组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 212 | 2025-10-06 |
Antibody-Fab and -Fc features promote Mycobacterium tuberculosis restriction
2024-Oct-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.07.617070
PMID:39416184
|
研究论文 | 本研究通过构建结核分枝杆菌单克隆抗体库并筛选具有限制细菌能力的抗体,揭示了抗体Fab和Fc区域在结核病免疫防御中的协同作用机制 | 首次系统性地通过Fc区域交换技术优化保护性抗体,并利用单细胞转录组学揭示了抗体介导的结核分枝杆菌限制依赖于中性粒细胞的早期激活 | 研究主要在小鼠模型中进行,尚未在人体验证;抗体作用机制仍需进一步深入探索 | 探究抗体介导的结核分枝杆菌限制机制 | 结核分枝杆菌单克隆抗体及其Fc变异体 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞转录组学,Fc区域交换技术,单克隆抗体筛选 | NA | 转录组数据,免疫学数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 213 | 2025-10-06 |
The frequency of CD38+ alveolar macrophages correlates with early control of M. tuberculosis in the murine lung
2024-10-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52846-w
PMID:39358361
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示CD38+肺泡巨噬细胞在控制结核分枝杆菌感染中的关键作用 | 首次发现CD38+肺泡巨噬细胞亚群在结核感染控制中的动态作用及其表观遗传预激活特征 | 研究基于小鼠模型,人类相关性需进一步验证 | 探究肺泡巨噬细胞亚群在结核病控制中的作用机制 | 小鼠肺泡巨噬细胞亚群 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 214 | 2025-10-06 |
Concerted transcriptional regulation of the morphogenesis of hypothalamic neurons by ONECUT3
2024-10-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52762-z
PMID:39366958
|
研究论文 | 本研究揭示了转录因子ONECUT3通过调控NAV2基因影响下丘脑神经元极化和形态发生的分子机制 | 首次发现ONECUT3在脊椎动物下丘脑神经元分化中的作用,并证明其通过NAV2调控神经元形态发生的保守机制 | 研究主要聚焦于特定神经元亚型,机制在其他神经元类型中的普适性需要进一步验证 | 探究ONECUT3转录因子在下丘脑神经元形态发生中的调控作用 | 脊椎动物下丘脑神经元、C. elegans神经系统 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 功能获得实验, siRNA敲低, 基因敲除 | NA | 基因表达数据, 行为学数据 | 新生小鼠, C. elegans模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 215 | 2025-10-06 |
The lncRNA SNHG26 drives the inflammatory-to-proliferative state transition of keratinocyte progenitor cells during wound healing
2024-10-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52783-8
PMID:39366968
|
研究论文 | 本研究揭示了长链非编码RNA SNHG26在皮肤伤口愈合过程中驱动角质形成细胞前体细胞从炎症状态向增殖状态转变的关键作用 | 首次发现SNHG26通过调控转录因子ILF2的基因组定位,促进角质形成细胞前体细胞的炎症-增殖状态转换 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,在人类临床验证方面仍需进一步研究 | 探索皮肤伤口愈合过程中炎症相向增殖相转变的分子机制 | 角质形成细胞前体细胞 | 分子生物学 | 皮肤创伤 | 单细胞转录组分析、功能获得和功能缺失实验 | NA | 转录组数据 | Snhg26缺陷小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 216 | 2025-10-06 |
Trophoblast Side-Population Markers are Dysregulated in Preeclampsia and Fetal Growth Restriction
2024-10, Stem cell reviews and reports
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s12015-024-10764-w
PMID:39028417
|
研究论文 | 本研究表征了人类胎盘中滋养细胞侧群标志物在先兆子痫和胎儿生长受限中的表达特征 | 首次在胎盘功能不全疾病中系统表征了8个滋养细胞侧群标志物的表达模式及其在滋养细胞分化过程中的动态变化 | 样本量相对有限,部分标志物在体外分化模型中表达水平较低或无法检测 | 探讨滋养细胞侧群标志物在胎盘功能不全疾病中的表达异常及其病理意义 | 人类胎盘组织、滋养细胞干细胞分化模型 | 发育生物学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞转录组测序、免疫组织化学、实时荧光定量PCR | NA | 基因表达数据、组织切片图像 | 胎盘组织切片n=3,体外分化实验n=5,临床胎盘样本n=126(先兆子痫78例,FGR 30例,对照组18例) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 217 | 2025-10-06 |
Suppression of GATA3 promotes epithelial-mesenchymal transition and simultaneous cellular senescence in human extravillous trophoblasts
2024-10, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research
DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119768
PMID:38838858
|
研究论文 | 本研究探讨转录因子GATA3在早期妊娠胎盘绒毛外滋养细胞分化成熟过程中的调控机制及其与妊娠疾病的关系 | 首次揭示GATA3在调控上皮-间质转化和细胞衰老中的双重作用,并发现复发性流产患者中GATA3定位异常 | 研究主要基于细胞系模型,需要更多原代细胞和体内实验验证 | 阐明GATA3在绒毛外滋养细胞分化成熟过程中的调控机制 | 人类绒毛外滋养细胞、JEG3和HTR8/SVneo细胞系、胎盘类器官模型 | 单细胞生物学 | 妊娠疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多种细胞模型和胎盘组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 218 | 2025-10-06 |
Identifying genetic variants that influence the abundance of cell states in single-cell data
2024-Oct, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01909-1
PMID:39327486
|
研究论文 | 开发了一种名为GeNA的统计工具,用于识别单细胞数据中细胞状态丰度的数量性状位点 | 无需预定义细胞状态,灵活识别与遗传变异最相关的细胞状态丰度变化 | 仅基于969名个体的外周血单细胞RNA测序数据,样本规模相对有限 | 识别影响单细胞数据中细胞状态丰度的遗传变异 | 人类免疫细胞状态 | 生物信息学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | 单细胞RNA测序数据 | 969名个体的外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 219 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals aberrant skin-resident cell populations and identifies fibroblasts as a determinant in rosacea
2024-10-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52946-7
PMID:39384741
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示酒渣鼻患者皮肤中异常细胞群,并发现成纤维细胞是疾病发展的关键决定因素 | 首次构建酒渣鼻面部皮肤单细胞图谱,识别出特征性IFNγ介导的角质形成细胞亚群,并证实成纤维细胞是产生促炎和血管舒张信号的主要细胞类型 | 研究仅针对女性患者,样本来源局限于面部皮肤 | 解析酒渣鼻的细胞和分子机制 | 女性酒渣鼻患者和健康个体的面部皮肤样本 | 单细胞组学 | 酒渣鼻 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 酒渣鼻患者和健康个体的面部皮肤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 220 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals the pro-inflammatory roles of liver-resident Th1-like cells in primary biliary cholangitis
2024-10-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53104-9
PMID:39375367
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示原发性胆汁性胆管炎中肝脏驻留Th1样细胞的促炎作用 | 首次在PBC患者和鼠类模型中鉴定出具有JAK-STAT通路活化的肝脏驻留Th1样细胞群,并证明阻断该通路可缓解肝脏炎症 | 传统检测方法的局限性导致对PBC局部肝脏免疫发病机制的认识不完整 | 解析原发性胆汁性胆管炎的免疫细胞图谱和分子机制 | 原发性胆汁性胆管炎患者和鼠类PBC模型 | 单细胞组学 | 原发性胆汁性胆管炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | PBC患者和鼠类PBC模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |