单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-12-19	Catalytic activity of Setd2 is essential for embryonic development in mice: establishment of a mouse model harboring patient-derived Setd2 mutation 2024-Oct, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-024-1095-1 PMID:39115793	研究论文	本文研究了Setd2的催化活性对小鼠胚胎发育的重要性，并建立了一个携带患者来源Setd2突变的小鼠模型	首次建立了携带患者来源催化失活Setd2突变的小鼠模型，揭示了Setd2催化活性对小鼠胚胎发育的必要性	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类疾病的具体机制	探讨Setd2催化活性在小鼠胚胎发育中的作用	Setd2基因及其催化活性在小鼠胚胎发育中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Setd2和Setd2-CD小鼠模型
182	2024-12-18	Attenuated kidney oxidative metabolism in young adults with type 1 diabetes 2024-Oct-22, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI183984 PMID:39436695	研究论文	研究探讨了1型糖尿病年轻患者肾脏氧化代谢的变化及其与糖尿病肾病发展的关系	首次通过多模态技术（包括PET、MRI、单细胞RNA测序和空间代谢组学）全面评估1型糖尿病患者肾脏氧化代谢的变化，并使用Slingshot算法分析了近端小管细胞的伪时间轨迹	样本量较小，且仅限于年轻成人群体，研究结果的普适性可能有限	探讨1型糖尿病患者肾脏氧化代谢的变化及其与糖尿病肾病发展的关系	1型糖尿病年轻患者和健康对照组的肾脏氧化代谢	NA	糖尿病	PET、MRI、单细胞RNA测序、空间代谢组学	Slingshot算法	图像、基因表达数据、代谢物数据	30名1型糖尿病患者和20名健康对照者
183	2024-12-18	iMIRACLE: an Iterative Multi-View Graph Neural Network to Model Intercellular Gene Regulation from Spatial Transcriptomic Data 2024-Oct, Proceedings of the ... ACM International Conference on Information & Knowledge Management. ACM International Conference on Information and Knowledge Management DOI:10.1145/3627673.3679574 PMID:39679382	研究论文	本文提出了一种名为iMiracle的迭代多视图图神经网络，用于从空间转录组数据中建模细胞间的基因调控	iMiracle整合了细胞间和细胞内网络，采用迭代学习克服空间转录组数据的稀疏性，并推断细胞特异性的配体-基因调控评分	NA	填补从空间转录组数据中连接细胞间通信与基因调控的空白，提供细胞间调控的生物学见解	细胞间的基因调控	机器学习	NA	图神经网络	图神经网络	空间转录组数据	九个模拟数据集和八个真实数据集
184	2024-12-17	Advancements in Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics for Central Nervous System Disease 2024-Oct-10, Cellular and molecular neurobiology IF:3.6Q2 DOI:10.1007/s10571-024-01499-w PMID:39387975	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在中枢神经系统（CNS）疾病研究中的应用	通过scRNA-seq和ST技术，揭示了CNS疾病的细胞异质性和功能特异性，发现了新的细胞类型或亚型，提出了新的病理生理机制，并发现了潜在的治疗靶点和生物标志物	NA	探讨单细胞RNA测序和空间转录组学在中枢神经系统疾病研究中的应用	中枢神经系统疾病，包括慢性神经退行性疾病和急性中枢神经系统损伤等	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	转录组数据	NA
185	2024-12-16	Single-cell RNA-seq Reveals the Inhibitory Effect of Methamphetamine on Liver Immunity with the Involvement of Dopamine Receptor D1 2024-Oct-15, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae060 PMID:39196711	研究论文	研究通过单细胞RNA测序探讨甲基苯丙胺对肝脏免疫细胞的影响及多巴胺受体D1的参与	首次通过单细胞RNA测序揭示了甲基苯丙胺对肝脏免疫细胞的抑制作用，并发现多巴胺受体D1在其中的调节作用	研究仅限于慢性甲基苯丙胺暴露模型，未探讨急性暴露的影响	探讨甲基苯丙胺对肝脏免疫细胞的影响及多巴胺受体D1的参与	肝脏免疫细胞及多巴胺受体D1	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多种肝脏免疫细胞类型
186	2024-12-14	Characterization of cell states in biliary tract cancers identifies mechanisms of therapeutic resistance in a phase II trial of DKN-01/nivolumab 2024-Oct-08, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.10.08.24315092 PMID:39417106	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析胆道癌患者的治疗前和治疗中的活检样本，构建了恶性细胞和免疫细胞的详细分子分类，并揭示了治疗抵抗的机制	首次系统分类了胆道癌中的功能性注释细胞状态，并发现了神经样和内皮样状态在胆道癌中的存在，这些状态在其他癌症中与治疗抵抗相关	研究仅限于单一的临床试验，样本量较小，且未观察到客观反应	揭示胆道癌治疗抵抗的机制，并为下一代临床试验提供新的见解	胆道癌患者的治疗前和治疗中的活检样本	数字病理学	胆道癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	治疗前和治疗中的活检样本
187	2024-12-12	Mapping epidermal and dermal cellular senescence in human skin aging 2024-Oct-06, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14358 PMID:39370688	研究论文	研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了人类皮肤老化过程中表皮和真皮细胞衰老的分子机制	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学构建了皮肤细胞衰老图谱，并提出了SenSkin™基因集，揭示了光老化和自然老化中细胞衰老的差异	研究主要集中在皮肤细胞的衰老机制，未深入探讨其他组织或器官的细胞衰老情况	探讨人类皮肤老化过程中表皮和真皮细胞衰老的分子机制及其对皮肤功能的影响	表皮和真皮中的衰老细胞，特别是黑色素细胞和网状真皮成纤维细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确具体样本数量
188	2024-12-11	IgG autoantibodies in bullous pemphigoid directly induce a pathogenic MyD88-dependent pro-inflammatory response in keratinocytes 2024-Oct-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.07.616103 PMID:39569141	研究论文	研究探讨了天疱疮（BP）中的IgG自身抗体如何直接诱导角质形成细胞中的病理性MyD88依赖性促炎反应	首次揭示了BP-IgG自身抗体依赖的角质形成细胞反应在天疱疮病理中的作用，并证明了MyD88在BP-IgG诱导的炎症反应中的关键作用	研究主要集中在体外实验和小鼠模型上，尚未完全阐明这些发现在人类中的直接应用	探讨天疱疮中IgG自身抗体对角质形成细胞的直接影响及其在疾病病理中的作用	天疱疮患者的IgG自身抗体、角质形成细胞、MyD88信号通路	NA	天疱疮	多重免疫分析、bulk RNA测序、空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	RNA	包括天疱疮患者和对照组的IgG处理过的原代角质形成细胞，以及患病和对照皮肤样本
189	2024-12-10	Analysis of the heterogeneity and complexity of murine extraorbital lacrimal gland via single-cell RNA sequencing 2024-Oct, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2024.06.005 PMID:38945476	研究论文	通过单细胞RNA测序分析小鼠眶外泪腺的细胞异质性和复杂性	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了小鼠眶外泪腺的细胞多样性，并构建了细胞异质性的图谱	研究仅限于C57BL/6J小鼠的眶外泪腺，未涉及其他物种或组织	研究小鼠眶外泪腺的细胞类型和异质性，以了解其对维持眼表健康的作用	小鼠眶外泪腺的细胞类型和异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	43,850个高质量细胞
190	2024-12-08	Pharmacological and toxicological characteristics of baicalin in preventing spontaneous abortion and recurrent pregnancy loss: A multi-level critical review 2024-Oct-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38633 PMID:39640688	综述	本文综述了黄芩苷在预防自然流产和反复妊娠丢失中的药理学和毒理学特性	提出了基于病理动力学的多模态立体测序研究，结合单细胞RNA测序、空间转录组学和单细胞多模态组学，深入探讨黄芩苷的保胎机制	从临床角度阐述了使用黄芩苷的局限性	探讨黄芩苷在母胎界面上的代谢、毒理学和药理学效应，以及其在预防自然流产和反复妊娠丢失中的作用机制	黄芩苷及其代谢产物黄芩素在母胎界面上的生物效应	NA	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、单细胞多模态组学	NA	NA	NA
191	2024-12-08	scACT: Accurate Cross-modality Translation via Cycle-consistent Training from Unpaired Single-cell Data 2024-Oct, Proceedings of the ... ACM International Conference on Information & Knowledge Management. ACM International Conference on Information and Knowledge Management DOI:10.1145/3627673.3679576 PMID:39628660	研究论文	本文介绍了一种名为scACT的深度生成模型，用于从未配对的单细胞数据中提取跨模态生物学见解	scACT通过对抗训练对齐未配对的多模态数据，利用循环一致训练实现无先验知识的跨模态翻译，并通过模拟扰动探索可解释的调控相互联系	NA	解决现有跨模态翻译方法依赖于稀缺的高质量共测数据的问题	单细胞数据中的跨模态翻译	机器学习	NA	深度生成模型	对抗训练和循环一致训练	单细胞数据	多种单细胞数据集
192	2024-12-07	Hexokinase 2 expression in apical enterocytes correlates with inflammation severity in patients with inflammatory bowel disease 2024-10-23, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-024-03710-7 PMID:39444028	研究论文	研究了炎症性肠病患者中顶端肠上皮细胞的己糖激酶2表达与炎症严重程度的关系	首次系统研究了己糖激酶2表达与炎症性肠病活动性的关系，并提出了靶向己糖激酶2抑制作为潜在治疗途径	研究基于两个独立队列的数据，但样本量和队列数量有限	探讨己糖激酶2表达与炎症性肠病炎症严重程度的关系	炎症性肠病患者的顶端肠上皮细胞	NA	炎症性肠病	RNA测序、免疫荧光染色	NA	转录组数据	两个独立队列的炎症性肠病患者，包括克罗恩病和溃疡性结肠炎患者
193	2024-12-07	Integrative bioinformatics analysis for identifying the mitochondrial-related gene signature associated with immune infiltration in premature ovarian insufficiency 2024-10-08, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-024-03675-7 PMID:39379953	研究论文	本研究通过综合生物信息学分析，识别与早发性卵巢功能不全（POI）相关的线粒体基因特征及其与免疫浸润的关系	首次揭示了线粒体功能与免疫反应在POI发展中的相互作用，并识别出可能的生物标志物和治疗药物	研究主要基于转录组数据和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探讨线粒体功能与免疫反应在早发性卵巢功能不全中的相互作用	早发性卵巢功能不全（POI）及其相关的线粒体基因和免疫细胞	生物信息学	生殖疾病	转录组分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络构建、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括POI模型和人类颗粒细胞（GCs）在内的多种细胞类型
194	2024-12-06	An integrative single-cell atlas for exploring the cellular and temporal specificity of genes related to neurological disorders during human brain development 2024-Oct, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01328-6 PMID:39363111	研究论文	本文通过整合多个单细胞RNA测序数据集，构建了一个全面的人类大脑发育单细胞图谱，揭示了与神经系统疾病相关的基因在不同发育阶段的表达模式	本文首次整合了多个单细胞RNA测序数据集，构建了一个全面的人类大脑发育单细胞图谱，揭示了与神经系统疾病相关的基因在不同发育阶段的表达模式	本文主要依赖于单细胞RNA测序数据，可能无法全面反映基因表达的复杂性	揭示与神经系统疾病相关的基因在人类大脑发育过程中的细胞和时间特异性	人类大脑发育过程中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	393,060个单细胞
195	2024-12-06	Characteristics of blood-brain barrier heterogeneity between brain regions revealed by profiling vascular and perivascular cells 2024-Oct, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01743-y PMID:39210068	研究论文	研究通过单细胞和空间转录组学技术，比较了小鼠中脑室旁器官与皮质的血脑屏障特性，揭示了不同脑区血脑屏障异质性的分子和解剖学基础	首次通过单细胞和空间转录组学技术，系统比较了不同脑区血脑屏障的异质性，并揭示了内皮细胞与周围细胞的分子特异性及其相互作用模式	研究仅限于小鼠中脑室旁器官与皮质，未涵盖其他脑区	探究不同脑区血脑屏障异质性的分子和解剖学基础	小鼠中脑室旁器官与皮质的内皮细胞及周围细胞	NA	NA	单细胞转录组学、空间转录组学、电子显微镜、水基组织清除法	NA	转录组数据	小鼠中脑室旁器官与皮质样本
196	2024-12-06	Single-cell transcriptomic analysis reveals dynamic activation of cellular signaling pathways regulating beige adipogenesis 2024-Oct, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01252-9 PMID:39465352	研究论文	研究通过单细胞转录组分析揭示了调节米色脂肪生成的细胞信号通路的动态激活	首次通过单细胞RNA测序揭示了PDGFRA+细胞在米色脂肪生成过程中的分子异质性，并发现了DPP4+细胞在饮食诱导肥胖中的潜在作用	研究仅限于小鼠模型，且样本量较小	阐明脂肪干细胞在米色脂肪生成中的分子异质性及其在饮食诱导肥胖中的作用	PDGFRA+细胞及其在米色脂肪生成中的分子机制	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠的腹股沟白色脂肪组织（iWAT）样本
197	2024-12-01	Metabolic Transcriptional Activation in Ulcerative Colitis Identified Through scRNA-seq Analysis 2024-Oct-31, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15111412 PMID:39596612	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，识别了溃疡性结肠炎中的代谢转录激活	首次通过单细胞RNA测序技术识别了溃疡性结肠炎中代谢酶的差异表达，并建立了代谢表达评分模型	研究仅基于两个独立的数据集，样本量有限，可能影响结果的普适性	探讨溃疡性结肠炎中代谢酶的表达变化及其对疾病的影响	溃疡性结肠炎患者的结肠组织	数字病理学	消化系统疾病	单细胞RNA测序	Elastic Net模型	转录组数据	两个独立数据集，共涉及溃疡性结肠炎和正常对照样本
198	2024-11-29	Identification of a Novel Signature Based on Ferritinophagy-Related Genes to Predict Prognosis in Lung Adenocarcinoma: Focus on AHNAK2 2024-Oct-26, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering11111070 PMID:39593730	研究论文	研究构建了一个基于铁蛋白自噬相关基因的预测模型，用于预测肺腺癌的预后，并重点研究了AHNAK2的作用	首次提出基于铁蛋白自噬相关基因的预测模型，并发现AHNAK2在肺腺癌中的新调控作用	研究主要集中在体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索铁蛋白自噬相关基因在肺腺癌预后预测中的潜力	肺腺癌患者的预后预测及AHNAK2在肺腺癌中的作用	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	三个独立基因表达数据集
199	2024-11-29	Single‑cell RNA sequencing reveals heterogeneity in ovarian cancer and constructs a prognostic signature for prognostic prediction and immunotherapy 2024-Oct-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112855 PMID:39133955	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示卵巢癌的异质性，并构建了一个用于预测预后和免疫治疗的预后标志物	本研究首次基于单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了一个包含16个基因的GRG签名，为卵巢癌的预后预测和治疗策略提供了新的视角	NA	识别卵巢癌恶性上皮细胞的异质性，并构建有效的预后标志物以预测预后和免疫治疗	卵巢癌患者及其恶性上皮细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和批量RNA测序 (bulk RNA-seq)	COX回归和最小绝对收缩与选择算子 (LASSO) 回归	RNA数据	NA
200	2024-11-29	Single-Cell Analysis Reveals the Cellular and Molecular Changes of Liver Injury and Fibrosis in Mice During the Progression of Schistosoma japonicum Infection 2024-Oct-23, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb46110707 PMID:39590301	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析了血吸虫感染小鼠肝脏在感染进展过程中的细胞和分子变化	首次提供了血吸虫感染小鼠肝脏在感染进展过程中的全面单细胞转录组图谱，并揭示了关键的细胞和分子事件	NA	阐明血吸虫感染进展过程中的致病机制	血吸虫感染小鼠的肝脏细胞	数字病理学	寄生虫病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	31,847个肝脏细胞