单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-11-08	Case report: Single-cell RNA sequencing of PBMCs highlights monocyte gene expression alterations in a type A HBV-ACLF patient 2024-Oct-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38344 PMID:39502220	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了HBV-ACLF患者外周血单核细胞的基因表达变化	首次通过单细胞RNA测序揭示了HBV-ACLF患者外周血单核细胞的基因表达变化及其M1/M2极化状态的动态变化	单细胞RNA测序技术耗时且难以在日常临床实践中应用	探究HBV-ACLF患者外周血单核细胞的基因表达变化及其在疾病发展中的作用	HBV-ACLF患者的外周血单核细胞	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA	64名患者（包括15名正常对照、10名肝硬化患者、10名慢性乙型肝炎感染者、10名慢性肝功能障碍患者和20名HBV-ACLF患者）
182	2024-11-08	Arabidopsis uses a molecular grounding mechanism and a biophysical circuit breaker to limit floral abscission signaling 2024-Oct-29, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2405806121 PMID:39453742	研究论文	研究了拟南芥中控制花器官脱落的分子机制和生物物理断路器	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了拟南芥花器官脱落的核心基因表达程序，并发现了MKP1基因作为该途径的负调控因子	NA	探讨拟南芥花器官脱落的分子机制和生物物理控制	拟南芥花器官脱落过程中的基因表达和信号传导	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	拟南芥花器官脱落区的单细胞样本
183	2024-11-08	Modeling Glioma Intratumoral Heterogeneity with Primary Human Neural Stem and Progenitor Cells 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.20.619254 PMID:39484434	研究论文	本文开发了一种使用人类胎儿脑组织中纯化的神经干细胞和祖细胞（NSPCs）模拟胶质瘤起始的模型	首次使用人类神经干细胞和祖细胞构建胶质瘤异质性模型，并通过单细胞RNA测序分析细胞起源对肿瘤细胞亚型的影响	研究仅限于小鼠模型，未在人类中验证	探究细胞起源如何影响胶质瘤的异质性	神经干细胞和祖细胞（NSPCs）以及胶质瘤	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用从人类胎儿脑组织中纯化的神经干细胞和祖细胞，并在免疫缺陷小鼠中进行移植和分析
184	2024-11-08	Single-cell spatiotemporal analysis reveals alveolar dendritic cell-T cell immunity hubs defending against pulmonary infection 2024-Oct-16, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00733-5 PMID:39414763	研究论文	本文通过高分辨率技术免疫制图，结合空间和单细胞RNA测序，研究了SARS-CoV-2感染的叙利亚仓鼠模型中肺部感染过程中免疫细胞的时空协调机制	首次揭示了肺泡树突状细胞-T细胞免疫枢纽在SARS-CoV-2感染中的快速扩展和病毒清除机制	研究主要基于叙利亚仓鼠模型和hACE2小鼠模型，尚未在人类中直接验证	揭示肺部感染过程中免疫细胞的时空协调机制	肺泡树突状细胞、T细胞、巨噬细胞等免疫细胞	数字病理学	肺部感染	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	142,965个细胞，45个肺叶，25只仓鼠，5个时间点
185	2024-11-08	Single-cell spatiotemporal analysis of the lungs reveals Slamf9+ macrophages involved in viral clearance and inflammation resolution 2024-Oct-16, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00734-4 PMID:39414783	研究论文	研究了SARS-CoV-2感染后肺部免疫稳态的恢复过程，发现Slamf9+巨噬细胞在病毒清除和炎症消退中的作用	首次揭示了Slamf9+巨噬细胞在SARS-CoV-2感染后肺部组织修复和炎症消退中的关键作用	研究主要基于叙利亚仓鼠模型和hACE2小鼠模型，尚未在人类中进行直接验证	探究肺部在SARS-CoV-2感染后免疫稳态的恢复机制	SARS-CoV-2感染后的肺部免疫反应和组织修复过程	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA-seq数据	叙利亚仓鼠模型和hACE2小鼠模型，以及公开的人类尸检单细胞RNA-seq数据
186	2024-11-07	Epigenetic agents plus anti-PD-1 reprogram the tumor microenvironment and restore antitumor efficacy in Hodgkin lymphoma 2024-10-31, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024024487 PMID:39093981	研究论文	研究评估了三联疗法（组蛋白去乙酰化酶抑制剂、DNA甲基转移酶抑制剂和抗PD-1抗体）在复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤中的疗效和安全性	首次评估了三联疗法在先前接受过DP疗法的患者中的疗效，并揭示了该疗法通过调节肿瘤微环境克服免疫疗法抵抗的机制	研究样本量较小，且仅限于先前接受过DP疗法的患者	评估三联疗法在复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤中的疗效和安全性，并探讨其克服免疫疗法抵抗的机制	复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤患者	肿瘤学	霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	52名患者
187	2024-11-07	GraphCVAE: Uncovering cell heterogeneity and therapeutic target discovery through residual and contrastive learning 2024-Oct-31, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.123208 PMID:39488267	研究论文	本文介绍了一种名为GraphCVAE的模型，通过结合空间和形态信息、纠正批次效应和管理异质数据，增强空间域识别能力	GraphCVAE结合了多层图卷积网络和变分自编码器，通过对比学习捕捉细胞类型和状态的细微差异，显著提高了空间信息表示和整合的准确性	NA	提高空间转录组学中空间域识别的准确性，揭示细胞异质性和治疗靶点	空间转录组学数据，特别是前额叶皮质和胶质母细胞瘤等疾病数据	机器学习	NA	图卷积网络（GCN），变分自编码器（VAE），对比学习	图卷积网络（GCN），变分自编码器（VAE）	空间转录组学数据	涉及多种空间转录组学数据集，包括前额叶皮质和胶质母细胞瘤等
188	2024-11-07	Exogenous IL-33 promotes tumor immunity via macroscopic regulation of ILC2s 2024-10-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-77751-6 PMID:39478174	研究论文	研究探讨了外源性IL-33通过宏观调控ILC2s促进肿瘤免疫的作用	首次揭示了外源性IL-33通过减少中性粒细胞积累和增加ILC2s比例来改善肿瘤免疫微环境，并促进抗肿瘤免疫反应	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证其效果	探讨外源性IL-33对肿瘤免疫微环境的影响及其机制	外源性IL-33、ILC2s、中性粒细胞、肿瘤免疫微环境	NA	黑色素瘤	scRNA-seq、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞比例数据	Il7rArg1小鼠
189	2024-11-07	The critical involvement of monocytes/macrophages in the pathogenesis of primary Sjögren's syndrome: New evidence from Mendelian randomization and single-cell sequencing 2024-Oct-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e39130 PMID:39497977	研究论文	本文探讨了单核细胞/巨噬细胞在原发性干燥综合征（pSS）发病机制中的关键作用	结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，全面揭示了单核细胞/巨噬细胞在pSS复杂发病机制中的贡献	NA	揭示单核细胞/巨噬细胞在原发性干燥综合征发病机制中的作用	单核细胞/巨噬细胞在原发性干燥综合征中的基因表达和信号通路变化	NA	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序，孟德尔随机化分析	NA	基因表达数据	1434个差异表达基因，其中60个与pSS发生密切相关
190	2024-11-07	Novel mechanisms of intestinal flora regulation in high-altitude hypoxia 2024-Oct-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38220 PMID:39498080	研究论文	研究探讨了在高海拔低氧环境下，厚壁菌门介导的巨噬细胞极化和糖酵解代谢重编程的分子机制	揭示了厚壁菌门通过抑制HIF-1α/糖酵解途径来缓解高海拔低氧引起的肠道黏膜屏障损伤	NA	探究高海拔低氧环境下肠道菌群调节的分子机制	厚壁菌门介导的巨噬细胞极化和糖酵解代谢重编程	NA	NA	单细胞转录组测序、蛋白质组分析、代谢组分析	NA	转录组数据、蛋白质数据、代谢物数据	NA
191	2024-11-07	Deciphering STAT3's negative regulation of LHPP in ESCC progression through single-cell transcriptomics analysis 2024-Oct-28, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-00962-0 PMID:39468431	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析揭示了STAT3对LHPP在食管鳞状细胞癌进展中的负调控作用	发现了STAT3对LHPP表达的显著调控作用，揭示了食管鳞状细胞癌发病机制的新方面	NA	阐明食管鳞状细胞癌中的细胞动力学和分子机制，特别是STAT3与LHPP的转录相互作用	食管鳞状细胞癌患者的肿瘤和邻近正常组织细胞	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	44,206个细胞样本，包括21名食管鳞状细胞癌患者的临床样本
192	2024-11-07	CXCL9, CXCL10, and CCL19 synergistically recruit T lymphocytes to skin in lichen planus 2024-Oct-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.179899 PMID:39190494	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和体外迁移实验，揭示了扁平苔藓中CXCL9、CXCL10和CCL19协同招募T淋巴细胞到皮肤的机制	首次发现扁平苔藓角质形成细胞和成纤维细胞特异性分泌CXCL9、CXCL10和CCL19，并证明这些细胞因子协同增强CD8+ T细胞的招募	研究样本量较小，仅涉及7名患者，可能影响结果的普适性	探讨扁平苔藓的分子发病机制并寻找新的治疗靶点	扁平苔藓患者的皮肤和血液样本	免疫学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	7名扁平苔藓患者及其健康对照者的皮肤和血液样本
193	2024-11-07	Characterization of EpCAM-Positive and EpCAM-Negative Tumor Cells in Early-Stage Breast Cancer 2024-Oct-16, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252011109 PMID:39456890	研究论文	研究早期乳腺癌中EpCAM阳性及阴性肿瘤细胞的特征	强调了EpCAM阴性CTC的存在，并评估了不同亚群中的干细胞标志物和EMT标志物	需要进一步研究以阐明EpCAM阴性和阳性CTC的预后意义	探讨早期乳腺癌中EpCAM阳性及阴性肿瘤细胞的特征及其预后意义	早期乳腺癌中的EpCAM阳性及阴性肿瘤细胞	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	RNA	涉及早期乳腺癌患者的CTC和原发肿瘤样本
194	2024-11-07	Microglia Signatures: A Cause or Consequence of Microglia-Related Brain Disorders? 2024-Oct-11, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252010951 PMID:39456734	研究论文	本文探讨了小胶质细胞特征与相关脑部疾病之间的关系	利用单细胞RNA测序技术，详细研究了小胶质细胞在不同功能状态下的独特基因表达模式	NA	探讨小胶质细胞特征与神经退行性疾病和其他脑部疾病之间的关联	小胶质细胞的基因表达特征及其在不同病理条件下的变化	NA	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
195	2024-11-07	Deubiquitinase USP18 inhibits hepatic stellate cells activation and alleviates liver fibrosis via regulation of TAK1 activity 2024-Oct-01, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2024.114235 PMID:39236989	研究论文	研究揭示了去泛素化酶USP18通过调节TAK1活性抑制肝星状细胞活化和减轻肝纤维化的机制	首次揭示了USP18在肝星状细胞活化中的作用及其通过调节TAK1活性减轻肝纤维化的机制	NA	揭示肝星状细胞活化的分子机制，寻找抑制肝纤维化的有效靶点	肝星状细胞（HSCs）和去泛素化酶USP18	NA	肝纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	小鼠原代肝星状细胞和CCl4诱导的肝纤维化小鼠模型
196	2024-11-06	Identification of immune feature genes and intercellular profiles in diabetic cardiomyopathy 2024-Oct-15, World journal of diabetes IF:4.2Q1 DOI:10.4239/wjd.v15.i10.2093 PMID:39493556	研究论文	研究探讨了糖尿病心肌病（DCM）中的免疫分子机制，并基于免疫特征基因构建了诊断和预后模型	首次识别出Proenkephalin（Penk）和retinol binding protein 7（Rbp7）作为潜在的DCM生物标志物，并揭示了间质细胞与免疫细胞之间的异常表型转换和信号交流	NA	探讨糖尿病心肌病中的免疫分子机制并构建诊断和预后模型	糖尿病心肌病患者的免疫特征基因和细胞间相互作用	数字病理学	心血管疾病	RNA测序（RNA-seq）、单样本基因集富集分析（ssGSEA）、实时定量聚合酶链反应和蛋白质印迹技术	机器学习	RNA测序数据、单细胞RNA测序数据	验证队列中的样本数量未明确提及
197	2024-11-06	Loss of Smek1 Induces Tauopathy and Triggers Neurodegeneration by Regulating Microtubule Stability 2024-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202400584 PMID:39206808	研究论文	研究探讨了Smek1在tauopathy中防止神经退行性变的作用	首次证明Smek1缺乏通过加剧tau病理和线粒体功能障碍以年龄依赖性方式逐渐诱导神经退行性变	NA	研究Smek1在tauopathy和神经退行性变中的生理和病理作用	Smek1在tauopathy中的作用及其对神经退行性变的影响	NA	阿尔茨海默病	单细胞测序	NA	蛋白质相互作用分析	Smek1敲除小鼠和shSmek1细胞
198	2024-11-06	Myeloid Cells and Sensory Nerves Mediate Peritendinous Adhesion Formation via Prostaglandin E2 2024-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405367 PMID:39207041	研究论文	研究探讨了骨髓细胞和感觉神经通过前列腺素E2介导腱周粘连形成的机制	首次通过单细胞RNA测序分析结合条件性敲除小鼠模型，揭示了COX2在骨髓细胞和EP4基因在感觉神经中的作用，以及PGE2在腱修复中的复杂作用	研究主要基于小鼠模型和人类样本的单细胞RNA测序，可能无法完全反映人类临床情况	阐明前列腺素E2在腱周粘连形成和腱修复中的复杂作用	骨髓细胞、感觉神经、腱周粘连、腱修复	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和小鼠样本，以及八种条件性敲除小鼠
199	2024-11-06	Hypoxic Upregulation of IER2 Increases Paracrine GMFG Signaling of Endoplasmic Reticulum Stress-CAF to Promote Chordoma Progression via Targeting ITGB1 2024-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405421 PMID:39207055	研究论文	研究揭示了缺氧环境下IER2上调通过靶向ITGB1促进脊索瘤进展的分子机制	首次阐明了缺氧微环境通过IER2上调促进脊索瘤进展的分子机制，并揭示了ERS-CAF通过IER2/GMFG/ITGB1轴调节SPP1巨噬细胞加剧脊索瘤进展	研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证	揭示脊索瘤中ERS-CAF亚群的致癌机制	脊索瘤中的ERS-CAF亚群及其在肿瘤进展中的作用	数字病理学	脊索瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、GeoMx数字空间分析仪、数据独立采集蛋白质组学、批量RNA测序、多重定量免疫荧光	NA	基因表达数据、蛋白质组数据	多个脊索瘤样本
200	2024-11-04	SPP1+ macrophages and FAP+ fibroblasts promote the progression of pMMR gastric cancer 2024-Oct-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-76298-w PMID:39482333	研究论文	研究了错配修复状态对胃癌肿瘤免疫微环境的影响	首次揭示了pMMR胃癌中GC2细胞、SPP1+巨噬细胞和FAP+成纤维细胞在促进肿瘤进展中的作用	样本量相对较小，且仅限于特定类型的胃癌患者	探讨错配修复状态对胃癌肿瘤免疫微环境的影响	胃癌患者的肿瘤组织和正常组织	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	33个新鲜组织样本，来自25名患者，包括10个正常组织、6个dMMR肿瘤组织和17个pMMR肿瘤组织