单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量
181 2024-11-21
New insight into the development of synpolydactyly caused by expansion of HOXD13 polyalanine based on weighted gene co-expression network analysis
2024-10-29, BMC medical genomics IF:2.1Q3
研究论文 本研究通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)探讨了HOXD13多聚丙氨酸扩展引起的并指多指畸形(SPD)的分子机制 首次通过WGCNA分析揭示了HOXD13多聚丙氨酸扩展对免疫反应、破骨细胞分化和DNA复制的调控作用 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 探讨HOXD13多聚丙氨酸扩展引起的并指多指畸形的分子机制 HOXD13多聚丙氨酸扩展小鼠模型的肢芽细胞 NA 先天性畸形 加权基因共表达网络分析(WGCNA) NA 单细胞RNA测序数据 HOXD13+7A杂合子并指多指畸形小鼠模型的肢芽细胞
182 2024-11-21
Synergic activity of FGFR2 and MEK inhibitors in the treatment of FGFR2-amplified cancers of unknown primary
2024-Oct-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1
研究论文 研究探讨了FGFR2和MEK抑制剂在治疗FGFR2扩增的未知原发癌中的协同作用 首次在未知原发癌模型中验证了FGFR2和MEK抑制剂的协同治疗效果 研究仅限于两个CUP细胞系和相应的患者来源的异种移植模型 探索FGFR2和MEK抑制剂在治疗FGFR2扩增的未知原发癌中的潜在疗效 未知原发癌的细胞系和患者来源的异种移植模型 癌症研究 未知原发癌 荧光原位杂交分析 NA 基因表达数据 两个CUP细胞系和相应的患者来源的异种移植模型
183 2024-11-21
Stiff Hydrogel Encapsulation Retains Mesenchymal Stem Cell Stemness for Regenerative Medicine
2024-Oct-02, Matter IF:17.3Q1
研究论文 研究通过微流控技术制备薄壳海藻酸盐水凝胶微胶囊,探讨其对间充质干细胞(MSC)增殖和干性的影响 首次通过调整海藻酸分子量控制水凝胶壳的机械性能,发现较硬的水凝胶壳能促进MSC的增殖和干性维持 未详细探讨不同机械性能水凝胶对MSC亚群的具体影响机制 探讨水凝胶封装对MSC在再生医学中应用的潜力 间充质干细胞(MSC)和水凝胶封装技术 再生医学 NA 微流控技术、单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 未具体说明样本数量
184 2024-11-21
Non-genetic differences underlie variability in proliferation among esophageal epithelial clones
2024-Oct, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 研究了食管上皮细胞克隆在体外培养中的增殖变异性,发现非遗传因素在不同克隆的增殖能力中起重要作用 通过成像和细胞条形码技术追踪克隆,结合单细胞RNA测序,揭示了与高增殖克隆相关的细胞状态和基因通路 研究仅限于体外模型,未涉及体内环境的影响 探讨食管上皮细胞克隆在体外培养中的增殖变异性和相关细胞状态 食管上皮细胞(EPC2-hTERT)的克隆增殖行为 数字病理学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 数学模型 图像数据和基因表达数据 涉及约10%的指数增长克隆和其余的非增殖克隆
185 2024-11-20
Identifying a CD8T cell signature in the tumor microenvironment to forecast gastric cancer outcomes from sequencing data
2024-Oct-31, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3
研究论文 研究通过分析肿瘤微环境中CD8T细胞相关基因,预测胃癌患者的预后 首次利用CD8T细胞相关基因构建胃癌预后预测模型 研究仅基于TCGA数据库的数据,样本量有限 探索肿瘤微环境中CD8T细胞相关基因在胃癌预后预测中的作用 胃癌患者的肿瘤微环境及CD8T细胞相关基因 数字病理学 胃癌 单细胞mRNA测序 Cox回归模型 基因数据 TCGA数据库中的胃癌患者数据
186 2024-11-20
Altered AP-1, RUNX and EGR chromatin dynamics drive fibrotic lung disease
2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 研究分析了系统性硬化症相关间质性肺病(SSc-ILD)和对照肺组织的单细胞多组学数据,揭示了AP-1、RUNX和EGR转录因子在驱动纤维化基因程序中的作用 开发了HALO算法,验证了AP-1、RUNX和EGR转录因子在控制纤维化基因程序中的活性,并建立了转录因子-调控元件-基因网络 NA 探讨转录因子在纤维化肺病中的调控机制 系统性硬化症相关间质性肺病(SSc-ILD)和对照肺组织中的成纤维细胞和巨噬细胞 数字病理学 肺纤维化 单细胞RNA测序(snRNA-seq)和单细胞ATAC测序(snATAC-seq) 神经网络工具ChromBPNet 基因组数据 系统性硬化症相关间质性肺病(SSc-ILD)和对照肺组织
187 2024-11-20
Landscape of immune cells in systematic lupus erythematosus patients with Epstein-Barr virus infection: assessed by single-cell sequencing
2024-10-01, Rheumatology (Oxford, England)
研究论文 研究分析了系统性红斑狼疮患者在有无EB病毒感染情况下的免疫细胞和B细胞受体(BCR)谱,并通过单细胞RNA测序识别两者之间的差异 首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了系统性红斑狼疮患者在EB病毒感染前后的免疫细胞和BCR谱,揭示了CD8+增殖T细胞比例和IFN-α/β通路在感染组中的变化 样本量较小,仅包括两名健康对照,可能影响结果的普遍性 分析系统性红斑狼疮患者在EB病毒感染前后的免疫细胞和BCR谱,以更好地理解免疫反应机制 系统性红斑狼疮患者及其在EB病毒感染前后的免疫细胞和BCR谱 数字病理学 系统性红斑狼疮 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 共8名参与者,包括2名SLE-EBV+患者,4名SLE-EBV-患者和2名健康对照,共获得83,478个细胞
188 2024-11-20
Biallelic RXFP2 variants lead to congenital bilateral cryptorchidism and male infertility, supporting a role of RXFP2 in spermatogenesis
2024-10-01, Human reproduction (Oxford, England)
研究论文 研究探讨了RXFP2基因的双等位变异如何导致先天性双侧隐睾和男性不育,并支持RXFP2在精子发生中的作用 首次在人类病例中证实RXFP2在精子发生成熟中的作用,并发现双等位变异导致男性不育 目前仅基于一个家庭的研究,需要更多病例验证 探讨RXFP2基因变异对男性生育能力的影响 RXFP2基因及其在精子发生中的作用 NA 男性不育 长读长测序、单细胞RNA测序、环AMP报告基因检测 NA 基因组数据、单细胞RNA测序数据 一个家庭中的两名男性成员
189 2024-11-20
Single-cell RNA sequencing reveals transcriptomic landscape and potential targets for human testicular ageing
2024-10-01, Human reproduction (Oxford, England)
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了人类睾丸衰老的转录组图谱和潜在靶点 首次提供了年轻和老年人类睾丸的全面单细胞转录组图谱,并揭示了与睾丸衰老相关的分子机制和潜在治疗靶点 由于收集人类睾丸组织的困难,样本量有限,未来需要进一步的功能和机制研究 探讨人类睾丸衰老的分子基础和潜在治疗靶点 年轻和老年人类睾丸组织中的单细胞转录组 基因组学 男性生殖系统疾病 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 基因表达数据 6个年轻个体和6个老年个体的睾丸组织样本,以及10个年轻捐赠者和10个老年捐赠者的更大样本集
190 2024-11-20
The Inflammatory Characteristics of Symptomatic Glioma Associated With Poor Prognosis and Chemoresistance via Tumor Necrosis Factor Signaling Pathway
2024-Oct, Brain tumor research and treatment
研究论文 研究分析了有症状和无症状胶质瘤的分子和免疫微环境差异,发现有症状胶质瘤通过肿瘤坏死因子信号通路增强炎症反应,导致预后不良和化疗耐药 首次揭示了有症状胶质瘤通过肿瘤坏死因子信号通路增强炎症反应,导致预后不良和化疗耐药 研究为回顾性分析,样本量有限,需要进一步的前瞻性研究验证 探讨有症状和无症状胶质瘤的分子和免疫微环境差异及其对预后和化疗耐药的影响 有症状和无症状胶质瘤样本 数字病理学 脑肿瘤 RNA测序 (RNA-seq) 和单细胞RNA测序 (scRNA-seq) NA RNA数据 TCGA和CGGA数据集中的胶质瘤样本
191 2024-11-19
VAPOR: Variational autoencoder with transport operators decouples co-occurring biological processes in development
2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为VAPOR的方法,通过变分自编码器与传输算子来解耦发育过程中同时发生的生物学过程 VAPOR方法能够将基因表达动态分解为多个子空间,每个子空间的动态由常微分方程模型控制,从而揭示不同生物学过程的多方面时间尺度 NA 开发一种新的计算方法来解耦发育过程中同时发生的生物学过程的基因表达动态 发育过程中的人类大脑单细胞RNA测序数据和空间转录组数据 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 变分自编码器 基因表达数据 发育过程中的人类大脑单细胞RNA测序数据和空间转录组数据
192 2024-11-19
Integrative analyses of bulk and single-cell RNA-seq reveals the correlation between SPP1+ macrophages and resistance to neoadjuvant chemoimmunotherapy in esophageal squamous cell carcinoma
2024-Oct-05, Cancer immunology, immunotherapy : CII
研究论文 本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序数据,揭示了SPP1+巨噬细胞与食管鳞状细胞癌患者对新辅助化疗免疫治疗抵抗之间的关联 首次通过单细胞RNA测序技术分析了食管鳞状细胞癌患者在接受新辅助化疗免疫治疗后的细胞异质性,并发现了SPP1+巨噬细胞在治疗抵抗中的关键作用 研究样本量较小,且仅基于公开数据集,未来需要更大规模的临床验证 探讨新辅助化疗免疫治疗在食管鳞状细胞癌中的疗效差异及其潜在机制 食管鳞状细胞癌患者在接受新辅助化疗免疫治疗后的细胞异质性及巨噬细胞的作用 数字病理学 食管癌 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 32例接受手术的食管鳞状细胞癌患者
193 2024-11-19
NitraTh epitope-based neoantigen vaccines for effective tumor immunotherapy
2024-Oct-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII
研究论文 介绍了一种基于NitraTh表位的肿瘤新抗原疫苗设计方法,该方法不依赖于计算预测CD4 T细胞表位,并在肝癌小鼠模型中显著抑制了肿瘤进展 提出了一种新的NitraTh表位,不依赖于计算预测CD4 T细胞表位,成功设计出能引发强烈新抗原特异性免疫反应的肿瘤新抗原疫苗 NA 开发一种有效的新抗原疫苗设计方法,用于肿瘤免疫治疗 肿瘤新抗原疫苗及其在肝癌小鼠模型中的效果 肿瘤免疫治疗 肝癌 单细胞测序 NA NA H22细胞异种移植和患者来源的异种移植(PDX)肝癌小鼠模型
194 2024-11-19
A random survival forest-based pathomics signature classifies immunotherapy prognosis and profiles TIME and genomics in ES-SCLC patients
2024-Oct-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII
研究论文 本文构建了一个基于随机生存森林的病理组学特征模型,用于分类广泛期小细胞肺癌患者的免疫治疗预后,并探索其与基因组学和肿瘤免疫微环境的关系 首次利用随机生存森林模型结合病理组学特征来预测广泛期小细胞肺癌患者的免疫治疗预后,并揭示了其与基因组学和肿瘤免疫微环境的潜在关联 研究样本量有限,且仅限于南京金陵医院的患者,研究结果的普适性有待进一步验证 探索广泛期小细胞肺癌患者免疫治疗预后的可靠生物标志物 广泛期小细胞肺癌患者 数字病理学 肺癌 下一代测序 随机生存森林 图像 118名接受一线免疫治疗的广泛期小细胞肺癌患者
195 2024-11-18
Biologically informed machine learning modeling of immune cells to reveal physiological and pathological aging process
2024-Oct-24, Immunity & ageing : I & A IF:5.2Q1
研究论文 研究构建了首个涵盖人类生命周期的免疫细胞转录组图谱,并开发了一种新的生物年龄预测模型PHARE,用于揭示生理和病理衰老过程 首次构建了涵盖人类生命周期的免疫细胞转录组图谱,并开发了新的生物年龄预测模型PHARE NA 揭示免疫细胞功能随年龄变化的过程,并为不同生命阶段的患者提供精准治疗 免疫细胞在不同年龄段的组成和功能变化 机器学习 冠状动脉疾病 scRNA-seq和bulk RNA-seq PHARE模型 转录组数据 涵盖从新生儿到超级百岁老人的多个年龄段样本
196 2024-11-17
Integrating Microarray Data and Single-Cell RNA-Seq Reveals Key Gene Involved in Spermatogonia Stem Cell Aging
2024-Oct-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 本文通过整合微阵列数据和单细胞RNA测序,揭示了精原干细胞衰老过程中的关键基因 本文创新性地整合了微阵列数据和单细胞RNA测序,识别出精原干细胞特异性转录因子和枢纽基因,并提出了复杂的网络调控机制 由于样本量有限且缺乏精确的衰老指标,研究结果的普适性和准确性可能受到限制 揭示精原干细胞衰老过程中的关键基因及其调控机制,为解决男性不育问题提供新思路 精原干细胞及其衰老过程中的基因表达变化 基因组学 男性不育 微阵列分析、单细胞RNA测序、ATAC-seq、DNase-seq NA 基因表达数据 三个不同精原干细胞的人类样本
197 2024-11-17
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Monocyte-Derived Interstitial Macrophages with a Pro-Fibrotic Phenotype in Bleomycin-Induced Pulmonary Fibrosis
2024-Oct-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 通过单细胞RNA测序研究了博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型中由单核细胞衍生的间质巨噬细胞的细胞异质性和发育轨迹 首次揭示了由单核细胞衍生的间质巨噬细胞在博来霉素诱导的肺纤维化中的促纤维化表型及其与成纤维细胞的相互作用 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 探讨间质巨噬细胞在特发性肺纤维化发病机制中的作用 博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型中的间质巨噬细胞 数字病理学 肺纤维化 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 博来霉素处理的小鼠肺组织
198 2024-11-17
Dual targeting macrophages and microglia is a therapeutic vulnerability in models of PTEN-deficient glioblastoma
2024-Oct-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 研究探讨了在PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中,通过双重靶向巨噬细胞和微胶质细胞来实现治疗效果的可能性 首次提出通过抑制LOX和CLOCK-OLFML3轴来双重靶向巨噬细胞和微胶质细胞,结合抗PD1疗法,实现超过60%的动物模型中肿瘤完全消退 NA 探索在PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中,通过靶向巨噬细胞和微胶质细胞来增强治疗效果的策略 PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中的巨噬细胞和微胶质细胞 数字病理学 脑癌 单细胞转录组学、多重顺序免疫荧光 NA 转录组数据 NA
199 2024-11-17
Endothelial YAP/TAZ activation promotes atherosclerosis in a mouse model of Hutchinson-Gilford progeria syndrome
2024-Oct-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 研究了Hutchinson-Gilford早衰综合征(HGPS)小鼠模型中内皮细胞YAP/TAZ激活促进动脉粥样硬化的机制 首次揭示了内皮细胞YAP/TAZ信号通路在HGPS血管疾病中的关键作用,并提出了针对YAP/TAZ的治疗策略 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类HGPS患者中验证 探讨HGPS血管病理的机制 HGPS小鼠模型的主动脉内皮细胞 数字病理 心血管疾病 单细胞RNA测序、原子力显微镜、超声波评估 NA 基因表达数据 HGPS小鼠和野生型对照小鼠
200 2024-11-15
Method of moments framework for differential expression analysis of single-cell RNA sequencing data
2024-Oct-31, Cell IF:45.5Q1
研究论文 本文介绍了一种用于单细胞RNA测序数据差异表达分析的方法Memento Memento能够稳健且高效地进行差异分析,包括均值表达、变异性和基因相关性,并可扩展到数百万个细胞和数千个样本 NA 开发一种能够区分生物和技术来源的细胞间变异性的工具,并评估细胞组间定量比较的统计显著性 单细胞RNA测序数据 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 包括70,000个气管上皮细胞、160,000个CRISPR-Cas9扰动的T细胞、120万个外周血单核细胞和5000万个细胞的CELLxGENE Discover语料库
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