单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 595 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-09-14 |
An aberrant immune-epithelial progenitor niche drives viral lung sequelae
2024-Oct, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07926-8
PMID:39232171
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研究论文 | 研究揭示了呼吸道病毒感染后长期肺纤维化的免疫-上皮祖细胞异常生态位机制 | 首次发现CD8 T细胞-巨噬细胞互作通过IFNγ/TNF-IL-1β轴抑制肺泡再生并驱动纤维化 | 基于小鼠模型，人类临床转化需进一步验证 | 阐明新冠病毒等呼吸道病毒后遗症（PASC）的分子机制并探索治疗策略 | 病毒感染后肺纤维化小鼠模型及三个呼吸道PASC患者队列 | 免疫病理学 | 呼吸道病毒感染后遗症 | 空间转录组学、成像技术、细胞因子中和疗法 | NA | 基因表达数据、影像数据、临床样本数据 | 三个患者队列（具体样本数未注明）及小鼠模型 |
| 2 | 2025-09-13 |
Learning antibody sequence constraints from allelic inclusion
2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.22.619760
PMID:39484623
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研究论文 | 本研究利用等位基因包含现象，通过机器学习模型识别抗体序列中的异常序列，并探索其与抗体特性的关联 | 首次大规模利用单细胞测序数据发现数千个等位基因包含的naive-B细胞，比现有数据集大一个数量级，并证明这些数据包含新的有用信息 | NA | 学习抗体序列约束并探索其与抗体功能特性的关系 | 人类和小鼠的B细胞及其抗体序列 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 机器学习模型 | 序列数据 | 数千个naive-B细胞（人类数据）及小鼠重链数据 |
| 3 | 2025-09-13 |
Antigen specificity of clonally-enriched CD8+ T cells in multiple sclerosis
2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.07.611010
PMID:39282370
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研究论文 | 通过单细胞测序分析揭示多发性硬化症中克隆扩增CD8+ T细胞的抗原特异性 | 首次结合无偏和靶向抗原发现方法，鉴定出识别EBV抗原和新型模拟表位的MS特异性CD8+ T细胞克隆型 | 样本仅限于未经治疗的MS患者，需进一步验证临床适用性 | 探究多发性硬化症中CD8+ T细胞的克隆特性、功能及抗原特异性 | 多发性硬化症患者和对照组的脑脊液及血液样本 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA-seq, TCR-seq | NA | 单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据 | 一组未经治疗的多发性硬化症患者及对照组参与者 |
| 4 | 2025-09-13 |
Nerve-associated macrophages control adipose homeostasis across lifespan and restrain age-related inflammation
2024-Oct-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.12.618004
PMID:39416197
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了脂肪组织巨噬细胞（ATMs）在衰老过程中控制炎症和脂肪稳态的机制 | 首次定义了神经相关巨噬细胞（NAMs）亚群，并发现其通过防止儿茶酚胺抵抗来抑制年龄相关炎症 | 研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证 | 探究脂肪组织巨噬细胞在衰老相关炎症（inflammaging）中的作用机制 | 小鼠内脏白色脂肪组织（VAT）中的巨噬细胞亚群 | 免疫学 | 老年性疾病 | 单细胞测序、血管内标记、正交验证 | NA | 单细胞转录组数据 | 不同年龄阶段的小鼠脂肪组织样本 |
| 5 | 2025-09-13 |
Proximity-dependent labeling identifies dendritic cells that drive the tumor-specific CD4+ T cell response
2024-10-04, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adq8843
PMID:39365874
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研究论文 | 利用LIPSTIC单细胞转录组学识别在肿瘤引流淋巴结和肿瘤微环境中驱动CD4+ T细胞应答的树突状细胞 | 首次应用LIPSTIC技术实现在单细胞水平追踪树突状细胞与T细胞的相互作用，并揭示检查点阻断疗法通过增强CD40驱动的DC激活促进抗肿瘤免疫 | NA | 探究树突状细胞在肿瘤特异性CD4+ T细胞应答中的具体作用机制 | 树突状细胞、CD4+ T细胞、肿瘤引流淋巴结、肿瘤微环境 | 免疫学 | 肿瘤 | LIPSTIC（基于SorTagging的细胞接触标记技术）、单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 6 | 2025-09-12 |
Modeling Glioma Intratumoral Heterogeneity with Primary Human Neural Stem and Progenitor Cells
2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.20.619254
PMID:39484434
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研究论文 | 利用人类神经干细胞和祖细胞建立胶质瘤模型，研究肿瘤内异质性 | 首次使用从胎儿脑组织纯化的同源神经干细胞和祖细胞系，结合scRNA-seq技术量化细胞起源对胶质瘤异质性的影响 | 研究基于免疫缺陷小鼠模型，可能无法完全模拟人体免疫环境 | 探究细胞起源如何塑造胶质瘤的肿瘤内异质性 | 人类神经干细胞(NSCs)、胶质祖细胞(GPCs)和少突胶质前体细胞(OPCs) | 肿瘤生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因敲减, 细胞移植 | NA | 基因表达数据 | 三种同源人类神经细胞系移植到免疫缺陷小鼠大脑 |
| 7 | 2025-09-01 |
Spatiotemporal lineage tracing reveals the dynamic spatial architecture of tumor growth and metastasis
2024-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.21.619529
PMID:39484491
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研究论文 | 本研究整合空间转录组学和谱系追踪技术，揭示肺腺癌模型中肿瘤生长、可塑性和转移与微环境重塑的协同演化 | 结合高分辨率空间转录组学与动态谱系追踪技术，首次在时空维度解析肿瘤亚克隆与微环境的共进化关系 | 研究基于小鼠模型，人类肿瘤的适用性需进一步验证 | 阐明肿瘤细胞状态与微环境结构如何协同促进肿瘤进展 | Kras驱动的肺腺癌小鼠模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学, 谱系追踪 | NA | 空间转录组数据 | 小鼠模型样本（具体数量未明确说明） |
| 8 | 2025-08-29 |
Perivascular NOTCH3+ Stem Cells Drive Meningioma Tumorigenesis and Resistance to Radiotherapy
2024-Oct-04, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-1459
PMID:38742767
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研究论文 | 研究发现血管周围NOTCH3+干细胞驱动脑膜瘤发生和放疗抵抗，并验证靶向NOTCH3的治疗策略 | 首次鉴定NOTCH3+干细胞作为脑膜瘤发生和放疗抵抗的关键驱动因素，并开发靶向NOTCH3的抗体治疗 | NA | 探究脑膜瘤发生和放疗抵抗的细胞类型与信号机制 | 人类、犬类和鼠类脑膜瘤样本 | 肿瘤生物学 | 脑膜瘤 | 单细胞转录组学、谱系追踪、成像技术、基因工程小鼠模型、异种移植 | NA | 基因表达数据、影像数据 | 跨物种（人、犬、鼠）脑膜瘤样本 |
| 9 | 2025-08-29 |
DC-derived CXCL10 promotes CTL activation to suppress ovarian cancer
2024-10, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1016/j.trsl.2024.05.013
PMID:38823437
|
研究论文 | 本研究探讨树突状细胞（DCs）及其CXCL10标记基因在卵巢癌微环境中激活细胞毒性T淋巴细胞（CTLs）的作用及其对疾病进展的影响 | 首次通过scRNA-seq和免疫浸润分析明确DC来源的CXCL10作为调控CTL激活的关键因子，并证实其抑制卵巢癌生长和转移的机制 | NA | 阐明DC来源的CXCL10在卵巢癌免疫微环境中的功能及治疗潜力 | 卵巢癌微环境中的树突状细胞和细胞毒性T淋巴细胞 | 肿瘤免疫学 | 卵巢癌 | scRNA-seq, 免疫浸润分析, 体外实验, 动物模型 | NA | 单细胞RNA测序数据, 实验数据 | NA |
| 10 | 2025-08-07 |
Biologically informed machine learning modeling of immune cells to reveal physiological and pathological aging process
2024-Oct-24, Immunity & ageing : I & A
IF:5.2Q1
DOI:10.1186/s12979-024-00479-4
PMID:39449067
|
研究论文 | 本研究构建了涵盖人类生命周期的首个免疫细胞转录组图谱，并开发了一个新的生物年龄预测模型PHARE，用于揭示健康和疾病中与衰老相关的免疫细胞比例和功能变化 | 首次构建涵盖人类生命周期的免疫细胞转录组图谱，并开发新的生物年龄预测模型PHARE | 未明确提及样本的具体数量及多样性限制 | 研究衰老如何影响免疫细胞功能，以精确治疗不同生命阶段的患者 | 从新生儿到超百岁老人的免疫细胞 | 机器学习 | COVID-19、川崎病、冠状动脉疾病 | scRNA-seq、bulk RNA-seq | PHARE | 转录组数据 | 涵盖从新生儿到超百岁老人，未明确具体数量 |
| 11 | 2025-08-07 |
Multi-omics analysis unveils the predictive value of IGF2BP3/SPHK1 signaling in cancer stem cells for prognosis and immunotherapeutic response in muscle-invasive bladder cancer
2024-Oct-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05685-8
PMID:39367493
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了IGF2BP3/SPHK1信号在肌肉浸润性膀胱癌（MIBC）癌症干细胞中的预测价值 | 首次发现IGF2BP3/SPHK1信号通路在MIBC癌症干细胞中的关键作用，并验证其作为免疫治疗反应预测生物标志物的潜力 | 样本量相对有限（38例MIBC组织），需要更大规模队列验证 | 探索MIBC中癌症干细胞特征与免疫治疗反应的关系 | 肌肉浸润性膀胱癌组织和患者来源的类器官 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞质谱流式(CyTOF)、RNA测序(bulk RNA-seq)、甲基化RNA免疫沉淀测序(MeRIP-seq)、单核RNA测序(snRNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学(ST)、CODEX多重成像 | NA | 单细胞数据、转录组数据、空间分布数据 | 38例MIBC组织（179,483个单细胞）、25例MIBC组织（67,988个细胞） |
| 12 | 2025-08-06 |
Single-Cell Antigen Receptor Sequencing in Pigs with Influenza
2024-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.13.617920
PMID:39464079
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研究论文 | 本研究通过单细胞抗原受体测序技术，探究了猪在流感病毒感染后的肺适应性免疫系统反应 | 首次在猪中结合单细胞RNA测序与T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）的配对恢复，以研究其受体库 | 研究仅针对流感病毒感染的猪模型，可能不适用于其他病原体或物种 | 探究自然杀伤T（NKT）细胞是否改变猪肺中TCR和BCR库的选择，并追踪克隆扩增对流感病毒暴露的反应 | 流感病毒感染的猪肺细胞和FACS分选的T细胞 | 免疫学 | 流感 | 单细胞RNA测序（scRNAseq）、10x Genomics VDJ测序协议 | NA | 单细胞RNA测序数据、TCR和BCR序列数据 | 流感病毒感染或疫苗接种后的猪肺细胞样本 |
| 13 | 2025-08-04 |
Integrated immuno-transcriptomic analysis of ovarian cancer identifies a four-chemokine-dominated subtype with antitumor immune-active phenotype and favorable prognosis
2024-Oct, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02803-7
PMID:39095528
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研究论文 | 该研究通过整合免疫转录组学分析，识别出一种以四种趋化因子为主导的卵巢癌亚型，该亚型具有抗肿瘤免疫活性表型和良好的预后 | 发现了一个由四种趋化因子（CXCL9、CXCL10、CXCL11和CXCL13）组成的关键基因面板，这些趋化因子在建立活跃的T细胞浸润抗肿瘤表型中起关键作用，并引入了一种新的卵巢癌免疫分类 | 研究主要基于转录组数据，虽然进行了免疫组化验证，但仍需更多实验验证趋化因子的具体作用机制 | 探究卵巢癌中免疫活性表型与临床结果的关系，并识别新的免疫分类标志物 | 卵巢癌患者 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 转录组测序、单细胞RNA测序、免疫组化 | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、免疫组化数据 | 2850个卵巢癌样本（来自19个数据集）、39个卵巢癌样本（单细胞RNA测序）、39个样本（免疫组化验证） |
| 14 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Interaction between CCL19+ Inflammatory Keratinocytes and CCR7+ Dendritic Cells and B Cells in Pemphigus
2024-Oct, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2024.03.016
PMID:38537931
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2024-09-07 |
Bridging gaps: a neural network approach for cross-species scRNA-seq analysis in COVID-19
2024-Oct, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105324
PMID:39236555
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2025-07-26 |
Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro
2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.24.619910
PMID:39554174
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研究论文 | 本研究探讨了细胞因子混合物对人类THP-1巨噬细胞重编程的能力，使其表现出与阿尔茨海默病相关的分子和细胞表型 | 首次使用IL4、CSF1/MCSF、IL34和TGFβ等细胞因子混合物诱导人类巨噬细胞向疾病相关状态重编程，模拟了疾病相关小胶质细胞（DAM）和脂质相关巨噬细胞（LAM）的转录状态 | 研究仅在体外THP-1巨噬细胞系中进行，未在体内或原代细胞中验证 | 探索巨噬细胞在神经退行性疾病中的作用及其治疗潜力 | 人类THP-1巨噬细胞 | 神经退行性疾病研究 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、转录组分析、功能实验 | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 体外培养的THP-1巨噬细胞系 |
| 17 | 2025-07-24 |
Human Anti-Glycan Reactivity is Driven by the Selection of B cells Utilizing Private Antibody Gene Rearrangements that are Affinity Maturated in Germinal Centers
2024-Oct-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.15.618486
PMID:39464096
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研究论文 | 该研究通过BCR受体克隆与表达及单细胞转录组学技术，分析了人类群体中对普遍存在的N-乙酰-D-葡萄糖胺（GlcNAc）表位的B细胞库，并解析了这类主要抗体的免疫系统发育史 | 揭示了循环抗GlcNAc B细胞在出生后迅速出现，并提供了早期儿童期糖类特异性B细胞受体在生发中心依赖性亲和力成熟的证据 | 研究主要关注GlcNAc表位，可能未涵盖其他糖类抗原的免疫反应 | 探究人类抗体库对广泛存在的糖类抗原的反应性及其发育机制 | 人类B细胞库及抗GlcNAc B细胞 | 免疫学 | NA | BCR受体克隆与表达、单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 人类群体样本 |
| 18 | 2025-07-24 |
Identification of kidney cell types in scRNA-seq and snRNA-seq data using machine learning algorithms
2024-Oct-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38567
PMID:39403515
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研究论文 | 该研究利用五种监督分类方法自动注释肾脏细胞类型，以解决scRNA-seq和snRNA-seq数据中细胞类型注释的挑战 | 首次比较了五种机器学习算法在肾脏细胞类型自动注释中的性能，并展示了它们在跨数据集应用中的高准确性和泛化能力 | 研究样本数量有限，且当模型主要在scRNA-seq数据上训练时，在snRNA-seq数据上的表现有所下降 | 开发自动注释肾脏细胞类型的方法，以促进肾脏疾病细胞机制的研究 | 肾脏细胞 | 机器学习 | 肾脏疾病 | scRNA-seq, snRNA-seq | 支持向量机、随机森林、多层感知器、k近邻、极端梯度提升 | RNA测序数据 | 79个肾脏活检样本中的62,120个细胞 |
| 19 | 2025-07-24 |
Tumor editing suppresses innate and adaptive antitumor immunity and is reversed by inhibiting DNA methylation
2024-Oct, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01932-8
PMID:39169233
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了乳腺癌基因工程小鼠模型中肿瘤编辑对先天和适应性抗肿瘤免疫的抑制作用，并发现抑制DNA甲基化可以逆转这种效应 | 首次在全基因组范围内研究了早期肿瘤发生过程中的基因编辑现象，并发现低剂量地西他滨可以逆转免疫基因的抑制，恢复免疫控制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类肿瘤中进行验证 | 探究肿瘤编辑对免疫逃逸的影响及可能的干预策略 | 乳腺癌基因工程小鼠模型及植入的乳腺癌和黑色素瘤肿瘤 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 基因工程小鼠模型(GEMM) | RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量，但使用了GEMM和植入肿瘤模型 |
| 20 | 2025-07-24 |
Transcriptomic analysis of mouse TRAMP cell lines and tumors provide insights into shared pathways and therapeutic targets
2024-Oct, Cell insight
DOI:10.1016/j.cellin.2024.100184
PMID:39175940
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研究论文 | 本研究通过比较不同小鼠前列腺癌模型的基因表达谱，重点关注TRAMP转基因模型及其衍生细胞系，并扩展到相关基因工程小鼠模型和人类前列腺癌数据集 | 发现了TC2R肿瘤中与侵袭性肿瘤行为和不良生存相关的基因特征，并在人类样本中通过单细胞RNA-seq验证了免疫细胞景观的变化 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据集的验证仍需进一步扩展 | 探索前列腺癌的共享通路和治疗靶点 | TRAMP转基因小鼠模型及其衍生细胞系(TC2, TC2R)和人类前列腺癌数据集 | 转录组学 | 前列腺癌 | RNA测序(RNA-seq), 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 多种小鼠模型(TRAMP, TC2, TC2R)和人类前列腺癌数据集 |