单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-04-02	DNA methylation memory of pancreatic acinar-ductal metaplasia transition state altering Kras-downstream PI3K and Rho GTPase signaling in the absence of Kras mutation 2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.26.620414 PMID:39553977	research paper	该研究探讨了胰腺腺泡-导管化生（ADM）过渡状态在无Kras突变情况下的DNA甲基化记忆及其对Kras下游PI3K和Rho GTPase信号通路的影响	揭示了在无致癌基因突变情况下，ADM过渡状态的表观遗传记忆及其在肿瘤细胞可塑性中的作用	研究未涉及致癌基因突变背景下的ADM表观遗传变化	探究ADM过渡状态的表观遗传记忆及其在胰腺导管腺癌（PDAC）发生中的作用	胰腺腺泡细胞及其ADM过渡状态	表观遗传学	胰腺导管腺癌	DNA甲基化分析、单细胞空间转录组学	NA	基因表达数据、甲基化数据	人类胰腺上皮内瘤变（PanIN）样本及实验诱导的ADM细胞
2	2025-03-29	Identifying genetic variants that influence the abundance of cell states in single-cell data 2024-Oct, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01909-1 PMID:39327486	研究论文	本文介绍了一种名为Genotype-Neighborhood Associations (GeNA)的统计工具，用于在高维单细胞数据中识别细胞状态丰度的数量性状位点(csaQTLs)	GeNA工具无需预定义细胞状态，灵活识别与遗传变异最相关的细胞状态	研究仅基于969名个体的外周血单细胞RNA测序数据，样本量和多样性可能有限	识别影响单细胞数据中细胞状态丰度的遗传变异	单细胞RNA测序数据中的免疫细胞状态	基因组学	自身免疫疾病(如银屑病)	单细胞RNA测序	GeNA统计模型	单细胞RNA测序数据	969名个体的外周血样本
3	2025-03-28	Distinct tumor architectures and microenvironments for the initiation of breast cancer metastasis in the brain 2024-Oct-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.08.015 PMID:39270646	research paper	研究探讨了乳腺癌脑转移的早期阶段，重点关注三阴性乳腺癌（TNBC）和HER2阳性乳腺癌（HER2BC）在脑部定植时的不同肿瘤结构和微环境	揭示了TNBC和HER2BC在脑部定植时形成的不同肿瘤结构和微环境，以及这些结构如何引发不同的阿尔茨海默病相关小胶质细胞（DAM）反应和GAS6受体AXL的参与	研究主要基于小鼠模型和人类组织样本，可能无法完全反映人类体内复杂的生物学过程	理解乳腺癌脑转移的早期定植阶段	三阴性乳腺癌（TNBC）和HER2阳性乳腺癌（HER2BC）	肿瘤学	乳腺癌	单细胞转录组学	小鼠模型	组织样本	NA
4	2025-03-28	B-cell depletion limits HTLV-1-infected T-cell expansion and ameliorate HTLV-1-associated myelopathy 2024-Oct, Annals of clinical and translational neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/acn3.52190 PMID:39186315	研究论文	本研究探讨了B细胞耗竭对HTLV-1相关脊髓病（HAM）的治疗效果及其机制	首次提出并验证了B细胞耗竭作为HAM治疗的新策略，并揭示了B细胞在HTLV-1感染免疫中的作用	样本量较小（14例患者），且未设置安慰剂对照组	探索HAM的新治疗方法和发病机制	HTLV-1感染的T细胞和B细胞，以及HAM患者	传染病学	HTLV-1相关脊髓病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），体外细胞培养，临床试验	NA	基因表达数据，临床数据	14例HAM患者
5	2025-03-26	Integrative spatial and genomic analysis of tumor heterogeneity with Tumoroscope 2024-Oct-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53374-3 PMID:39472583	研究论文	提出了一种名为Tumoroscope的概率模型，通过整合病理图像、全外显子组测序和空间转录组数据，准确推断癌症克隆及其在接近单细胞分辨率下的定位	首个能够通过整合多模态数据在接近单细胞分辨率下推断癌症克隆及其空间定位的概率模型，并明确解决了空间转录组点中克隆比例的反卷积问题	未提及具体样本量限制或模型验证的广泛性	研究肿瘤的空间和基因组异质性及其对癌症进展、治疗和生存的影响	前列腺癌和乳腺癌数据集中的肿瘤组织	数字病理学	前列腺癌, 乳腺癌	全外显子组测序, 空间转录组学	概率模型	病理图像, 基因组数据, 空间转录组数据	一个参考前列腺癌数据集和一个新生成的乳腺癌数据集
6	2025-03-26	An aberrant immune-epithelial progenitor niche drives viral lung sequelae 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07926-8 PMID:39232171	研究论文	研究揭示了呼吸道病毒感染后长期生理后果的细胞和分子机制，特别是COVID-19后的PASC	发现了一个独特的免疫-上皮祖细胞生态位，该生态位在呼吸道PASC的纤维增生中起关键作用，并提出了针对IFNγ、TNF或IL-1β的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类患者样本的验证仍需进一步研究	揭示PASC的细胞和分子机制，并探索潜在的治疗策略	呼吸道PASC患者和小鼠模型	免疫学	COVID-19后遗症	空间转录组学和成像技术	小鼠模型	基因表达数据和图像数据	三个患者队列和小鼠模型
7	2025-03-20	A spatiotemporal molecular atlas of mouse spinal cord injury identifies a distinct astrocyte subpopulation and therapeutic potential of IGFBP2 2024-Oct-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.06.016 PMID:39029468	研究论文	本研究解析了小鼠脊髓损伤后的时空分子图谱，并定量评估了损伤后的细胞间通讯	识别了一类表达Igfbp2的星形胶质细胞亚群Astro-GMii，并揭示了IGFBP2在促进星形胶质细胞迁移、增殖和反应性中的作用及其治疗潜力	NA	解析脊髓损伤后的分子和细胞变化，评估细胞间通讯，探索治疗潜力	小鼠脊髓损伤模型	分子生物学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
8	2025-03-20	The SWI/SNF chromatin remodelling complex regulates pancreatic endocrine cell expansion and differentiation in mice in vivo 2024-Oct, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06211-7 PMID:38958700	研究论文	本研究探讨了SWI/SNF染色质重塑复合体在小鼠胰腺内分泌细胞扩展和分化中的调控作用	揭示了BRG1和BRM ATPase亚基在内分泌细胞发育中的关键作用，并通过单细胞RNA-seq技术分析了基因表达的变化	研究主要基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	研究SWI/SNF染色质重塑复合体在内分泌细胞发育中的作用	小鼠的胰腺内分泌细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	胚胎15.5天的小鼠内分泌细胞
9	2025-03-19	Single-Cell Proteomic and Transcriptomic Characterization of Drug-Resistant Prostate Cancer Cells Reveals Molecular Signatures Associated with Morphological Changes 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.23.619905 PMID:39553982	研究论文	本研究通过单细胞蛋白质组学（SCP）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，深入探讨了前列腺癌耐药细胞（DRCs）的蛋白质组学特征及其与形态变化的关联	采用优化的高通量数据独立采集（DIA）方法，首次在单细胞水平上实现了对耐药细胞蛋白质组的稳健和可重复定量，并揭示了与细胞大小变化密切相关的蛋白质亚群	研究主要集中于前列腺癌细胞系PC3，可能无法完全代表所有前列腺癌耐药细胞的多样性	揭示前列腺癌耐药细胞的分子特征及其在治疗抵抗、复发和转移中的作用	前列腺癌耐药细胞（DRCs）和亲本PC3细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞蛋白质组学（SCP）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、数据独立采集（DIA）	NA	蛋白质组数据、RNA测序数据	每日60个样本的高通量分析
10	2025-03-19	Association between biological ageing and periodontitis: Evidence from a cross-sectional survey and multi-omics Mendelian randomization analysis 2024-10, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.14040 PMID:38956929	研究论文	本文通过横断面调查和多组学孟德尔随机化分析，探讨了生物老化与牙周炎之间的关系及其潜在因果关系	结合横断面数据、孟德尔随机化（MR）和多组学整合分析，首次揭示了生物老化与牙周炎之间的因果关系及其潜在分子机制	研究主要基于观察性数据，因果关系的确立仍需进一步实验验证	探讨生物老化与牙周炎之间的关系及其潜在因果关系	3189名NHANES数据参与者及大规模meta-牙周炎GWAS数据集	生物医学	牙周炎	多组学整合分析、孟德尔随机化（MR）、单细胞测序	多变量回归分析、两步MR中介分析	基因组数据、横断面调查数据	3189名NHANES数据参与者
11	2025-03-16	Understanding disease-associated metabolic changes in human colon epithelial cells using i ColonEpithelium metabolic reconstruction 2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.22.619644 PMID:39484551	研究论文	本研究通过构建首个特定细胞类型的人类结肠上皮细胞基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，揭示了与炎症性肠病相关的代谢变化	首次构建了人类结肠上皮细胞的特定细胞类型基因组尺度代谢模型，并整合单细胞RNA测序数据预测了克罗恩病和溃疡性结肠炎的代谢特征	模型预测结果需要进一步实验验证，且尚未与肠道微生物组模型整合以探索宿主与微生物组之间的代谢相互作用	揭示人类结肠上皮细胞的代谢活动及其在炎症性肠病中的变化	人类结肠上皮细胞	代谢组学	炎症性肠病	单细胞RNA测序	基因组尺度代谢模型（GEM）	RNA测序数据	克罗恩病和溃疡性结肠炎患者的单细胞RNA测序样本
12	2025-03-16	SDePER: a hybrid machine learning and regression method for cell-type deconvolution of spatial barcoding-based transcriptomic data 2024-Oct-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03416-2 PMID:39402626	研究论文	本文提出了一种混合机器学习和回归方法SDePER，用于基于空间条形码的转录组数据的细胞类型去卷积	SDePER方法解决了ST数据和scRNA-seq数据之间的平台效应，确保它们之间的线性关系，同时处理捕获点间细胞类型的稀疏性和空间相关性	未明确提及具体局限性	提高基于空间条形码的转录组数据的细胞类型去卷积精度和鲁棒性	基于空间条形码的转录组数据和参考单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	混合机器学习和回归方法	转录组数据	模拟数据和四个真实数据集
13	2025-03-01	Single-cell RNA sequencing data identify a conserved population of metallothionein-expressing macrophages that may be ubiquitous in vital human organs 2024-Oct, Clinical and translational discovery DOI:10.1002/ctd2.348 PMID:40018369	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
14	2025-03-15	Inflammation-induced epigenetic imprinting regulates intestinal stem cells 2024-Oct-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.08.006 PMID:39232559	研究论文	本文探讨了炎症对肠道干细胞（ISCs）的影响及其表观遗传印记的持久性	揭示了炎症通过代谢变化导致琥珀酸积累，进而重编程ISCs的表观基因组，影响其分化和再生能力	研究主要基于急性胃肠道移植物抗宿主病（GI GVHD）模型，可能不适用于其他炎症类型	研究炎症对肠道干细胞的影响及其表观遗传印记的持久性	Lgr5标记的肠道干细胞	表观遗传学	胃肠道疾病	单细胞转录组学、类器官培养、代谢组学、表观基因组学	NA	单细胞转录组数据、代谢数据、表观遗传数据	NA
15	2025-03-13	Characterization of HPV6/11-reactive T-cell subsets in papillomas of patients with juvenile-onset recurrent respiratory papillomatosis and identification of HPV11 E7-specific candidate TCR clonotypes 2024-Oct-22, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00677-24 PMID:39258910	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和RNA微阵列技术，分析了青少年复发性呼吸道乳头状瘤病（JORRP）患者乳头状瘤中HPV6/11反应性T细胞亚群的特征，并鉴定了HPV11 E7特异性候选TCR克隆型	首次在JORRP乳头状瘤组织中鉴定出HPV11 E7特异性候选TCR克隆型，并揭示了IFN-γ+ CD8+记忆T细胞在抗HPV6/11 T细胞免疫中的重要性	研究样本量有限，且未进行体内实验验证候选TCR克隆型的治疗效果	研究JORRP患者乳头状瘤中HPV6/11反应性T细胞亚群的特征，并探索其在免疫治疗中的应用	青少年复发性呼吸道乳头状瘤病（JORRP）患者的乳头状瘤组织	免疫学	青少年复发性呼吸道乳头状瘤病（JORRP）	单细胞RNA测序，RNA微阵列	NA	RNA测序数据，微阵列数据	未明确说明样本数量，但涉及JORRP患者的乳头状瘤组织
16	2025-03-12	VCAM-1 mediates proximal tubule-immune cell cross talk in failed tubule recovery during AKI-to-CKD transition 2024-Oct-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00076.2024 PMID:39116349	研究论文	本研究探讨了在急性肾损伤（AKI）向慢性肾病（CKD）转变过程中，血管细胞粘附蛋白-1（VCAM-1）在近端肾小管细胞中的表达及其在修复失败状态中的作用	首次揭示了VCAM-1在AKI向CKD转变过程中通过NF-κB信号通路介导近端肾小管与免疫细胞间的相互作用，促进修复失败状态	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	探讨VCAM-1在AKI向CKD转变过程中的作用机制	近端肾小管细胞和免疫细胞	肾脏病学	肾脏疾病	单细胞转录组分析、RNA测序、蛋白质分析	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	AKI和CKD患者的单细胞转录组数据、小鼠模型的肾脏RNA和蛋白质数据
17	2025-03-09	Comprehensive multi-omics integration uncovers mitochondrial gene signatures for prognosis and personalized therapy in lung adenocarcinoma 2024-Oct-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05754-y PMID:39434164	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了线粒体相关基因在肺腺癌（LUAD）中的预后意义，并开发了个性化治疗策略	首次通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，结合机器学习算法，开发了基于线粒体相关基因的人工智能预后签名（AIDPS）模型，并验证了其在多个独立数据集中的预后准确性	研究依赖于公开数据库中的数据，可能存在数据偏差或样本量不足的问题	阐明线粒体相关基因在肺腺癌中的预后意义，并开发个性化治疗策略	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习算法、AIDPS模型	转录组数据、单细胞RNA测序数据、临床数据	来自公开数据库的肺腺癌患者数据
18	2025-03-09	The effects of age and dysfunction on meibomian gland population dynamics 2024-Oct, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2024.08.005 PMID:39122180	研究论文	本研究利用单细胞和空间转录组学技术，探究了与年龄相关的腺体萎缩和Awat2基因敲除小鼠中腺体功能异常的细胞组成、分化和基因表达变化	首次使用单细胞和空间转录组学技术揭示了腺体功能异常的分子机制，包括脂质生成基因的分层表达和免疫细胞浸润的增加	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本，可能限制了结果的普适性	探究年龄和功能障碍对睑板腺细胞组成、分化和基因表达的影响	野生型小鼠和Awat2基因敲除小鼠的睑板腺	生物医学	干眼病	单细胞转录组学、空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据	年轻（6个月）和老年（22个月）野生型C57Bl/6小鼠，年轻（3个月）和老年（13个月）Awat2 KO小鼠
19	2025-03-08	Recessive variants in MYO1C as a potential novel cause of proteinuric kidney disease 2024-Oct, Pediatric nephrology (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00467-024-06426-1 PMID:38904753	研究论文	本研究通过外显子测序和纯合性定位，在全球1649名肾病综合征（NS）儿童患者中，发现了MYO1C基因的隐性变异，作为NS的潜在新病因	首次发现MYO1C基因的隐性变异与儿童肾病综合征的关联，并通过结构建模揭示了这些变异对蛋白质结构和功能的影响	研究样本量相对较小，且仅针对儿童患者，未涵盖成人患者	阐明肾病综合征的新单基因病因	1649名肾病综合征儿童患者	遗传学	肾病综合征	外显子测序，纯合性定位，单细胞RNA测序，结构建模	NA	基因序列数据，RNA测序数据	1649名儿童患者
20	2025-03-05	Therapeutic single-cell landscape: methotrexate exacerbates interstitial lung disease by compromising the stemness of alveolar epithelial cells under systemic inflammation 2024-Oct, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105339 PMID:39303666	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了甲氨蝶呤（MTX）和TNF抑制剂对类风湿性关节炎相关间质性肺病（RA-ILD）的影响	揭示了MTX通过促进免疫细胞浸润、Th17激活和纤维化加剧肺炎症，而TNF抑制剂则改善这些特征并抑制ILD进展	研究主要基于SKG小鼠模型，人类数据仅来自一个RA-ILD队列，样本量有限	探讨MTX和TNF抑制剂对RA-ILD的影响	SKG小鼠模型和人类RA-ILD患者	数字病理学	间质性肺病	单细胞转录组学	SKG小鼠模型	转录组数据	SKG小鼠模型和人类RA-ILD队列