单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 580 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-02-11 |
Antigen specificity of clonally-enriched CD8+ T cells in multiple sclerosis
2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.07.611010
PMID:39282370
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序分析，揭示了多发性硬化症患者脑脊液中高度扩增的CD8+ T细胞的抗原特异性，包括识别EB病毒抗原和新型模拟表位 | 首次结合无偏和靶向抗原发现方法，识别了多发性硬化症中CD8+ T细胞克隆对EB病毒抗原及新型模拟表位的特异性，为疾病机制提供了新见解 | 研究样本来自未接受治疗的患者，可能无法代表所有多发性硬化症人群，且样本量较小，需进一步验证 | 探究多发性硬化症中CD8+ T细胞的克隆特性、功能和抗原特异性，以揭示其在疾病中的作用 | 多发性硬化症患者和对照参与者的脑脊液和血液中的CD8+ T细胞 | 自然语言处理 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA-seq, TCR-seq | NA | RNA序列数据 | 一组未接受治疗的多发性硬化症患者和对照参与者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2026-02-10 |
Identification of kidney cell types in scRNA-seq and snRNA-seq data using machine learning algorithms
2024-Oct-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38567
PMID:39403515
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研究论文 | 本文评估了五种监督机器学习算法在自动注释肾脏单细胞和单核RNA测序数据中细胞类型的性能 | 首次系统比较了五种监督分类方法在肾脏scRNA-seq和snRNA-seq数据中的细胞类型注释性能，并展示了跨数据集和测序技术的高准确性 | 研究样本数量有限，且当模型主要在scRNA-seq数据上训练并测试于snRNA-seq数据时，性能有所下降 | 开发自动细胞类型注释方法以替代耗时的手动注释，促进肾脏疾病细胞机制研究 | 肾脏细胞 | 机器学习 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | 支持向量机, 随机森林, 多层感知器, k近邻, 极端梯度提升 | RNA测序数据 | 79个肾脏活检样本中的62,120个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2026-02-06 |
Single-cell dissection reveals promotive role of ENO1 in leukemia stem cell self-renewal and chemoresistance in acute myeloid leukemia
2024-10-08, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-024-03969-w
PMID:39380054
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了α-烯醇化酶（ENO1）在急性髓系白血病干细胞自我更新和化疗耐药中的促进作用 | 首次在单细胞水平上结合生物信息学和机器学习算法，系统分析了ENO1在白血病干细胞中的功能，并验证其作为治疗靶点和预后生物标志物的潜力 | 样本量相对较小（8名患者和4名健康对照），且功能研究主要在细胞系中进行，缺乏体内实验验证 | 探究ENO1是否以及如何影响急性髓系白血病中白血病干细胞的自我更新和化疗耐药性 | 急性髓系白血病患者的骨髓样本、健康对照者的骨髓样本以及AML细胞系 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序、生物信息学分析、机器学习算法 | 机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据 | 8名复发/难治性AML患者和4名健康对照的骨髓样本，以及37名对照受试者的表达数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2026-01-28 |
Adding Highly Variable Genes to Spatially Variable Genes Can Improve Cell Type Clustering Performance in Spatial Transcriptomics Data
2024-Oct-25, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5315913/v1
PMID:39502778
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研究论文 | 本研究探讨在空间转录组学数据中，将高变异基因与空间变异基因结合是否能提升细胞类型聚类性能 | 首次系统评估高变异基因与空间变异基因联合使用对细胞类型聚类的影响，覆盖多个平台和超过50个真实数据集 | 未详细探讨基因选择方法对聚类结果的具体影响机制，可能受数据集异质性限制 | 提高空间转录组学数据中细胞类型聚类的准确性和效率 | 空间转录组学数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | 超过50个真实空间转录组学数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5 | 2026-01-24 |
Restoring social deficits in IRSp53-deleted mice: chemogenetic inhibition of ventral dentate gyrus Emx1-expressing cells
2024-10-07, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-024-03104-6
PMID:39375329
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研究论文 | 本研究通过化学遗传学抑制小鼠腹侧齿状回Emx1表达细胞，恢复了IRSp53缺失导致的社会行为缺陷 | 首次确定腹侧齿状回是IRSp53缺失引起社会行为缺陷的关键脑区，并通过化学遗传学方法实现行为恢复 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床验证；机制研究仍待深入 | 探究IRSp53缺失导致社会行为缺陷的神经机制并寻找潜在治疗靶点 | Emx1-Cre;IRSp53 flox/flox基因工程小鼠 | 神经科学 | 精神疾病 | 化学遗传学、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 | 基因工程小鼠模型 | 行为学数据、基因表达数据 | 未明确说明，但涉及实验组和对照组小鼠 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2026-01-21 |
Single cell RNA-sequencing identifies the effect of Normothermic ex vivo liver perfusion on liver-resident T cells
2024-10, Transplant immunology
IF:1.6Q3
DOI:10.1016/j.trim.2024.102104
PMID:39128812
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了常温体外肝脏灌注对肝脏驻留记忆T细胞的影响，并评估了抗炎细胞因子在减少T细胞激活中的作用 | 首次在大鼠肝脏中创建了肝脏驻留记忆T细胞的图谱，并在单细胞基因表达水平上展示了常温体外肝脏灌注对T细胞的影响 | 研究仅基于大鼠模型，未涉及人类样本，且样本规模有限，可能影响结果的普适性 | 研究常温体外肝脏灌注对肝脏驻留记忆T细胞表型的影响，并评估抗炎细胞因子在灌注过程中的保护作用 | 大鼠肝脏及其中的组织驻留记忆T细胞 | 单细胞测序 | 肝脏移植相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 大鼠肝脏样本，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2026-01-16 |
Unveiling contact-mediated cellular crosstalk
2024-10, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2024.05.010
PMID:38906738
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综述 | 本文探讨了细胞间相互作用在复杂生物功能中的作用，并综述了单细胞测序、空间转录组学等前沿技术如何革新我们对细胞间通讯的理解 | 整合了单细胞测序、空间转录组学与生物工程工具，提供了分析细胞接触介导基因表达变化的新视角 | 作为综述文章，未涉及具体实验数据或方法验证 | 解析细胞间接触如何调控细胞反应网络 | 多细胞生物中的细胞间相互作用 | 计算生物学 | NA | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 8 | 2026-01-09 |
Characterization of cell states in biliary tract cancers identifies mechanisms of therapeutic resistance in a phase II trial of DKN-01/nivolumab
2024-Oct-08, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.10.08.24315092
PMID:39417106
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析胆道癌患者活检样本，鉴定了五种恶性细胞状态，并揭示了DKN-01/nivolumab联合治疗中免疫抑制机制与治疗抵抗的新见解 | 首次系统分类胆道癌中功能注释的细胞状态，并描述了神经样和内皮样状态在胆道癌中的新发现，这些状态在其他癌症中与治疗抵抗相关 | 研究为单臂二期临床试验，样本量有限，未观察到客观治疗反应，且机制分析基于配对活检，可能受样本异质性影响 | 探索胆道癌治疗抵抗机制，特别是针对DKN-01/nivolumab联合免疫疗法的失败原因 | 晚期胆道癌患者的配对治疗前和治疗中活检样本 | 数字病理学 | 胆道癌 | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 二期临床试验中的患者配对活检样本（具体数量未在摘要中明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2026-01-07 |
Altered AP-1, RUNX and EGR chromatin dynamics drive fibrotic lung disease
2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.23.619858
PMID:39554071
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研究论文 | 本研究通过多组学单核ATAC/RNA测序分析，揭示了AP-1、RUNX和EGR转录因子在纤维化肺病中的染色质动态变化及其对促纤维化基因程序的调控机制 | 首次使用神经网络工具ChromBPNet在单碱基对分辨率下推断转录因子结合，并开发新算法HALO确认AP-1、RUNX和EGR的活性，构建了TF-调控元件-基因网络 | 研究基于移植肺样本，可能无法完全反映疾病早期或动态变化，且样本量有限 | 探究纤维化肺病中成纤维细胞和巨噬细胞的转录调控机制 | 系统性硬化相关间质性肺病（SSc-ILD）患者和供体对照的肺组织 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单核ATAC-seq, 单核RNA-seq, 多组学分析 | 神经网络（ChromBPNet） | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2025-12-31 |
Exploring Cellular Heterogeneity: Single-Cell and Spatial Transcriptomics of Alzheimer Disease Brains and iPSC-Derived Microglia
2024-Oct-16, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5045715/v1
PMID:39483903
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学数据，揭示了阿尔茨海默病大脑中微胶质细胞的异质性及其与淀粉样斑块的空间分布关系 | 首次整合多队列、多脑区的单细胞与空间转录组学数据，系统绘制了微胶质细胞在阿尔茨海默病中的多样性图谱，并揭示了其状态与淀粉样斑块空间定位的特异性关联 | 研究主要基于转录组数据，功能验证相对有限；样本来源和脑区覆盖可能仍存在一定局限性 | 阐明阿尔茨海默病中微胶质细胞的转录状态异质性及其空间分布特征 | 实验模型和人类大脑中的微胶质细胞，包括阿尔茨海默病患者与对照样本 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学 | NA | 转录组数据, 空间定位数据, 免疫染色图像 | 多队列、多脑区样本（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 11 | 2025-12-28 |
Engineered extracellular vesicles enable high-efficient delivery of intracellular therapeutic proteins
2024-Oct-01, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwae015
PMID:38518087
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研究论文 | 本文报告了一种基于细胞外囊泡的细胞内递送方法（IDEA），用于高效递送细胞内治疗蛋白，无需使用支架 | 提出IDEA方法，无需支架即可高效包装和递送原生蛋白质，避免了传统策略对货物稳定性和功能性的影响 | NA | 开发一种高效的细胞内递送系统，以扩展作用于细胞质或核靶点的蛋白质治疗 | 细胞外囊泡（EVs）作为递送载体，以及cGAS蛋白作为概念验证货物 | 生物医学工程 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 多个同基因肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2025-11-30 |
Desmosome mutations impact the tumor microenvironment to promote melanoma proliferation
2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.19.558457
PMID:37786690
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研究论文 | 本研究揭示了桥粒基因突变通过影响肿瘤微环境促进黑色素瘤增殖的新机制 | 首次发现桥粒基因在人类癌症中的高频突变，并阐明其通过改变角质形成细胞的微环境促进黑色素瘤增殖 | 研究主要基于原发黑色素瘤样本，未在转移性黑色素瘤中观察到相同现象 | 探究桥粒基因突变在黑色素瘤发生发展中的作用机制 | 人类黑色素瘤样本、角质形成细胞与黑色素瘤细胞共培养体系 | 肿瘤生物学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学、蛋白质免疫荧光、基因敲低、细胞共培养 | 细胞共培养模型 | 基因表达数据、蛋白质定位数据、细胞增殖数据 | 未明确样本数量的人类黑色素瘤活检组织 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 13 | 2025-11-07 |
Spatiotemporal lineage tracing reveals the dynamic spatial architecture of tumor growth and metastasis
2024-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.21.619529
PMID:39484491
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研究论文 | 本研究整合空间转录组学和谱系追踪技术，揭示了肺腺癌肿瘤生长和转移过程中的时空动态结构 | 首次将高分辨率空间转录组学与演化谱系追踪技术相结合，阐明肿瘤扩张、可塑性和转移与微环境重塑的协同演化关系 | 研究基于小鼠模型，结果向人类临床转化的适用性需要进一步验证 | 探究肿瘤进展过程中癌细胞与微环境相互作用的时空动态演化机制 | Kras驱动的肺腺癌小鼠模型 | 空间转录组学 | 肺腺癌 | 空间转录组学, 谱系追踪 | 小鼠模型 | 空间转录组数据, 谱系追踪数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞技术 | NA | NA |
| 14 | 2025-11-03 |
Therapeutic single-cell landscape: methotrexate exacerbates interstitial lung disease by compromising the stemness of alveolar epithelial cells under systemic inflammation
2024-Oct, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105339
PMID:39303666
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示甲氨蝶呤在系统性炎症下通过损害肺泡上皮细胞干性加重间质性肺病 | 首次在单细胞水平揭示甲氨蝶呤通过损害肺泡上皮细胞干性加重肺纤维化的机制 | 基于小鼠模型的研究结果需在人类患者中进一步验证 | 探究甲氨蝶呤和TNF抑制剂对类风湿关节炎相关间质性肺病的影响 | SKG小鼠模型和人类RA-ILD队列 | 单细胞转录组学 | 间质性肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | SKG小鼠模型和人类RA-ILD队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2025-11-02 |
Method of moments framework for differential expression analysis of single-cell RNA sequencing data
2024-Oct-31, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.09.044
PMID:39454576
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研究论文 | 提出了一种用于单细胞RNA测序数据差异表达分析的矩量法框架工具Memento | 开发了可同时分析均值表达、变异性和基因相关性的稳健高效差异分析工具，可扩展至数百万细胞和数千样本 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中区分生物和技术变异源、评估细胞组间定量比较统计显著性的挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 矩量法框架 | 基因表达数据 | 70,000气管上皮细胞、160,000 CRISPR-Cas9扰动T细胞、120万外周血单核细胞、5000万细胞CELLxGENE数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2025-10-27 |
Visualizing Immune Checkpoint Inhibitors Derived Inflammation in Atherosclerosis
2024-Oct-25, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324260
PMID:39328090
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研究论文 | 本研究使用CCR2靶向放射性示踪剂和PET成像技术，可视化免疫检查点抑制剂引起的动脉粥样硬化炎症反应 | 首次开发非侵入性方法检测ICI治疗引起的动脉粥样硬化炎症，揭示IFNγ信号在其中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人体验证 | 探索免疫检查点抑制剂引起动脉粥样硬化的机制并开发可视化检测方法 | Apoe-/-和Ldlr-/-基因敲除小鼠 | 分子影像学 | 心血管疾病 | PET成像、单细胞RNA测序、免疫组化、流式细胞术 | NA | 影像数据、分子数据、单细胞测序数据 | Apoe-/-和Ldlr-/-小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,PET成像 | NA | 64Cu-DOTA-ECL1i PET示踪剂 |
| 17 | 2025-10-23 |
Integrated transcriptomics of human blood vessels defines a spatially controlled niche for early mesenchymal progenitor cells
2024-10-21, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.06.015
PMID:39025061
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研究论文 | 本研究通过空间和单细胞转录组学揭示了人类血管壁中早期间充质祖细胞的分布特征和功能特性 | 首次详细描绘了人类血管外膜干细胞微环境，发现CD201(PROCR)高表达定义了更原始的间充质祖细胞亚群 | NA | 表征人类血管周围祖细胞的表型、潜能和微解剖分布 | 人类血管组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2025-10-17 |
Integrative Multiomics in the Lung Reveals a Protective Role of Asporin in Pulmonary Arterial Hypertension
2024-Oct-15, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 通过整合多组学方法研究肺动脉高压，发现asporin在肺血管中发挥保护作用 | 发现ASPN基因编码的asporin是肺动脉高压中的新型保护性靶点，具有治疗潜力 | 获取人类肺动脉高压肺样本较为困难，样本量相对有限 | 阐明肺动脉高压的病理生物学机制并发现新的治疗靶点 | 肺动脉高压患者肺组织样本、肺动脉平滑肌细胞、Sugen-低氧大鼠模型 | 多组学整合分析 | 肺动脉高压 | 转录组分析、全基因组关联研究、贝叶斯调控网络、单细胞转录组学、药物转录组学 | 贝叶斯网络、动物模型 | 转录组数据、临床病理数据、单细胞数据 | 96例疾病样本和52例对照样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组分析, 多组学整合 | NA | NA |
| 19 | 2025-10-17 |
YAP1 Status Defines Two Intrinsic Subtypes of LCNEC with Distinct Molecular Features and Therapeutic Vulnerabilities
2024-Oct-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0361
PMID:39150543
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研究论文 | 本研究通过YAP1状态将大细胞神经内分泌癌分为两个具有不同分子特征和治疗脆弱性的亚型 | 首次发现YAP1状态可定义LCNEC的两个内在亚型，并揭示了各自独特的分子特征和治疗脆弱性 | 研究样本量有限，主要基于细胞系和核心针活检样本 | 阐明大细胞神经内分泌癌的生物学特征并探索个性化治疗策略 | LCNEC细胞系、患者基因组数据和临床前模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 免疫组化、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、图像、序列数据 | LCNEC患者核心针活检样本和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2025-10-16 |
Distinct tumor architectures and microenvironments for the initiation of breast cancer metastasis in the brain
2024-Oct-14, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.08.015
PMID:39270646
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研究论文 | 本研究揭示了不同类型乳腺癌脑转移的独特肿瘤结构和微环境特征 | 发现TNBC和HER2+乳腺癌在脑转移过程中形成不同的肿瘤结构，并引发差异性的阿尔茨海默病相关小胶质细胞反应 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类组织样本，需要更大规模临床验证 | 理解乳腺癌脑转移的早期定植机制 | 三阴性乳腺癌和HER2+乳腺癌的脑转移过程 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据，组织样本数据 | 小鼠模型和人类组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |