单细胞与空转测序相关文章

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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
1	2026-05-10	Integrative Multiomics in the Lung Reveals a Protective Role of Asporin in Pulmonary Arterial Hypertension 2024-Oct-15, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.069864 PMID:39167456	研究论文	利用多组学整合分析揭示肺组织中Asorin在肺动脉高压中的保护作用	首次通过最大规模的PAH肺组织生物库多中心数据整合，结合转录组、基因组、单细胞和药理学分析，发现ASPN基因在PAH中的保护性角色并验证其治疗潜力	未明确提及限制，但可能涉及样本量虽大但仍有限，后续需进一步动物和人体验证	通过多组学整合阐明肺动脉高压（PAH）的病理机制，并识别潜在保护性靶点	人类PAH肺组织样本（96例患者和52例对照）及Sugen-缺氧大鼠模型	机器学习	肺动脉高压	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 全基因组关联分析, 贝叶斯调控网络, 药物转录组学	贝叶斯调控网络	基因表达数据, 基因组数据, 单细胞数据, 临床表型数据	96例PAH肺组织样本和52例对照肺组织样本	Illumina	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	Illumina NovaSeq	NA
2	2026-05-09	ProBac-seq, a bacterial single-cell RNA sequencing methodology using droplet microfluidics and large oligonucleotide probe sets 2024-10, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01002-1 PMID:38769144	研究论文	介绍ProBac-seq这一利用液滴微流控和大寡核苷酸探针集的细菌单细胞RNA测序方法	通过使用mRNA特异性探针克服细菌mRNA无poly-A尾、转录本不稳定及细菌形态与现有技术不兼容的问题，实现高质量单细胞基因表达数据	未明确提及局限性，但方法依赖探针设计和大规模寡核苷酸合成，可能成本较高	提供一种适用于细菌的单细胞RNA测序方法，以研究细菌细胞异质性和基因表达状态	细菌细胞，如大肠杆菌或其他可通过原位杂交分析的单细胞生物	单细胞测序技术	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数千个细菌细胞	NA	单细胞RNA-seq, 液滴微流控	NA	基于液滴微流控的细菌单细胞RNA测序平台
3	2026-05-07	Theoretical framework for the difference of two negative binomial distributions and its application in comparative analysis of sequencing data 2024-10-29, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278843.123 PMID:39406498	研究论文	提出了两个负二项分布之差的（DOTNB）理论框架，并应用于高通量测序数据的比较分析，开发了用于单细胞RNA-seq数据差异表达基因检测的方法DEGage	首次推导了DOTNB的基本解析结果并考察其渐近性质，基于此开发的DEGage方法在检测差异表达基因时优于五种现有工具	未明确指出本文方法的局限性	建立DOTNB的理论基础并将其应用于高通量测序数据的比较分析，特别是单细胞RNA-seq数据的差异表达基因检测	仿真和真实单细胞RNA-seq数据集，包括前列腺癌数据和含恐惧记忆的小鼠神经元数据	计算生物学、生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA测序	负二项分布	单细胞RNA测序数据	包含多个数据集：前列腺癌数据集识别了17种细胞类型的标记基因；小鼠神经元数据揭示了8个潜在记忆相关基因	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
4	2026-05-07	Dynamic dysregulation of retrotransposons in neurodegenerative diseases at the single-cell level 2024-10-29, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279363.124 PMID:39424325	研究论文	利用12个单细胞转录组图谱研究三种神经退行性疾病中逆转录转座子的动态失调	首次在单细胞水平系统研究神经退行性疾病中逆转录转座子的动态变化，并构建了scARE数据库	未明确说明	探究逆转录转座子在神经退行性疾病中的细胞异质性和动态调控	阿尔茨海默病、帕金森病和多发性硬化症患者样本	单细胞转录组学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	机器学习	单细胞转录组数据	12个单细胞转录组图谱	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
5	2026-05-07	Mapping RANKL- and OPG-expressing cells in bone tissue: the bone surface cells as activators of osteoclastogenesis and promoters of the denosumab rebound effect 2024-Oct-18, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-024-00362-4 PMID:39424806	研究论文	通过原位杂交和单细胞RNA测序分析，揭示骨表面细胞在RANKL/OPG通路中激活破骨细胞生成及促成denosumab反弹效应的作用	首次利用原位杂交直接鉴定骨表面细胞在RANKL/OPG通路中的角色，并揭示OPG:Fc处理导致局部破骨细胞激活位点积累的机制	该研究主要基于小鼠模型，人类数据依赖公开数据库，且未完全阐明denosumab反弹效应的全部细胞机制	探究骨表面细胞通过RANKL/OPG通路激活破骨细胞生成及denosumab反弹效应的细胞机制	小鼠骨组织及人类骨样本中的骨表面细胞、骨细胞和骨髓基质细胞	机器学习和数字病理学	骨骼疾病	原位杂交、单细胞RNA测序	NA	图像、基因表达数据	多种物种、骨骼部位及经OPG:Fc和PTH处理的小鼠样本	未明确提及	单细胞RNA测序	未明确提及	公开可用的小鼠骨髓基质细胞单细胞RNA测序数据
6	2026-05-06	Multidimensional profiling of human T cells reveals high CD38 expression, marking recent thymic emigrants and age-related naive T cell remodeling 2024-10-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.08.019 PMID:39321807	研究论文	通过多维分析人类T细胞，揭示CD38高表达标志着近期胸腺迁出细胞和与年龄相关的初始T细胞重塑	首次通过单细胞RNA-seq/ATAC-seq数据结合CD38蛋白表达精确定义人类近期胸腺迁出细胞（RTE），并揭示CD38作为通用表面标志物的作用	未说明	明确人类近期胸腺迁出细胞的精确定义及其表面标志物，并研究初始T细胞随年龄的动态变化	人类T细胞，包括CD8和CD4近期胸腺迁出细胞及成熟细胞	机器学习	未指定	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 光谱细胞术	未指定	单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据, 免疫表型数据	158名个体的队列	未说明	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq	未说明	未说明
7	2026-05-01	YY1 knockout in pro-B cells impairs lineage commitment, enabling unusual hematopoietic lineage plasticity 2024-10-16, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.351734.124 PMID:39362773	研究论文	本研究揭示YY1转录因子在pro-B细胞中敲除后导致B细胞谱系承诺丧失，赋予细胞异常的造血谱系可塑性	首次发现YY1在pro-B细胞阶段敲除可完全消除B细胞谱系承诺，并使细胞重获向T细胞等多谱系分化的能力，揭示了YY1在造血谱系决定中的关键调控作用	未明确说明研究限制	探究YY1转录因子在B细胞发育中pro-B细胞阶段对谱系承诺的调控作用	YY1敲除的pro-B细胞及其分化后的T细胞样细胞	机器学习	血液系统疾病	单细胞RNA测序、RNA测序、ChIP测序、单细胞ATAC测序	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	未明确说明样本量	NA	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq	NA	NA
8	2026-05-01	Exploring the impact of PDGFD in osteosarcoma metastasis through single-cell sequencing analysis 2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-00949-3 PMID:38652223	研究论文	通过单细胞RNA测序分析探究PDGFD在骨肉瘤转移中的作用	首次利用单细胞RNA测序技术揭示非转移性骨肉瘤原发灶中PDGF信号通路激活，并发现PDGFD通过抑制EMT信号通路发挥抑制骨肉瘤转移的作用	仅纳入两例原发骨肉瘤样本（1例非转移性和1例转移性），样本量较小；机制研究主要基于体外实验，缺乏体内验证	验证非转移性与转移性骨肉瘤之间的差异表达基因和信号通路，加深对转移机制的理解并发现潜在治疗靶点	两例原发骨肉瘤病变（1例非转移性和1例转移性）	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	2例原发骨肉瘤病变（1例非转移性和1例转移性）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
9	2026-04-01	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq reveals immune suppression subtypes and establishes a novel signature for determining the prognosis in lung adenocarcinoma 2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-00948-4 PMID:38616208	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据，揭示了肺腺癌中的免疫抑制亚型，并建立了一个新的预后特征	结合单细胞和bulk RNA测序进行多组学聚类，识别出与不良生存相关的免疫抑制亚型，并发现CDC25C基因作为新的预后生物标志物	样本量较小（仅6对配对组织），且未明确说明单细胞测序平台的具体技术细节	探索肺腺癌的生物学特性，识别新的生物标志物和治疗靶点	肺腺癌（LUAD）患者组织样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、bulk RNA测序、全外显子组测序	NA	RNA测序数据	6对配对的原发性和邻近肺腺癌组织	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
10	2026-05-01	Machine-learning and scRNA-Seq-based diagnostic and prognostic models illustrating survival and therapy response of lung adenocarcinoma 2024-10, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00289-0 PMID:39075270	研究论文	通过机器学习与单细胞RNA测序数据构建肺腺癌诊断和预后模型，以提高生存预测和治疗反应评估的准确性	利用阶段特异性肿瘤细胞标志物开发了高度灵敏和特异的诊断与预后模型，诊断模型准确率达96.4%，AUC达0.993，预后模型能有效预测总生存期，并揭示了风险评分与癌症相关成纤维细胞比例及免疫逃逸的关联	模型可能依赖于特定数据集，需在更多独立队列中验证其泛化能力	开发基于单细胞RNA测序数据的肺腺癌精确诊断与预后模型，以优化临床决策	肺腺癌肿瘤微环境中的细胞和分子特征	机器学习	肺腺癌	单细胞RNA测序	随机森林, Cox回归	单细胞RNA测序数据	涉及多个独立队列，具体样本量未明确	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	NA
11	2026-05-01	Deciphering the molecular landscape: evolutionary progression from gynecomastia to aggressive male breast cancer 2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-00964-4 PMID:38888848	研究论文	利用单细胞RNA测序解析男性乳腺增生到男性乳腺癌的进化过程及分子机制	首次在单细胞分辨率下揭示男性乳腺增生向男性乳腺癌演进的潜在致癌机制，发现共享突变特征（18p+和18q+）及CD13在驱动这一转变中的关键作用	未提及明确的局限性	阐明从男性乳腺增生到男性乳腺癌的进化进展及潜在分子机制	男性乳腺增生组织和男性乳腺癌细胞	数字病理	男性乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
12	2026-05-01	Epigenetic reprogramming of CAR T cells for in vivo functional persistence against solid tumors 2024-10, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00262-x PMID:38388813	研究论文	通过在CAR T细胞中敲除SUV39H1基因，实现表观遗传重编程，增强其在实体瘤中的持续功能	首次证明通过抑制SUV39H1甲基转移酶活性可重编程CAR T细胞表型，使其获得自我更新和干细胞样特性，显著提升抗实体瘤持久性	主要基于体外和动物模型验证，尚需临床前安全性验证及大规模生产可行性评估，且实体瘤微环境其他免疫抑制机制可能影响实际疗效	探究通过表观遗传修饰增强CAR T细胞治疗实体瘤功能持久性的方法	SUV39H1基因敲除的人源CAR T细胞及肿瘤浸润CAR T细胞	数字病理学	实体瘤	单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序	NA	基因表达数据，染色质开放性数据	人源CAR T细胞样本（具体数量未提及）及肿瘤浸润样本（具体数量未提及）	10x Genomics	单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞基因表达与染色质可及性联合分析平台
13	2026-05-01	Disrupting YAP1-mediated glutamine metabolism induces synthetic lethality alongside ODC1 inhibition in osteosarcoma 2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-00967-1 PMID:39115605	研究论文	本研究探讨了在骨肉瘤中，破坏YAP1介导的谷氨酰胺代谢与ODC1抑制联合诱导合成致死性的机制	首次揭示YAP1介导的谷氨酰胺代谢作为多胺代谢抑制后DFMO的重要旁路机制，并提出DFMO与YAP1抑制剂CIL56联合治疗的“一记重拳”策略	NA	发现转移性和复发性骨肉瘤的新型治疗靶点	骨肉瘤细胞、PDX和CDX模型、复发与非复发患者组织	机器学习和转录组学分析	骨肉瘤	单细胞转录组测序、转录组测序、高通量药物筛选、RNA-seq、代谢组学	NA	单细胞转录组数据、转录组测序数据、代谢组数据	包括单细胞RNA-seq数据、复发和非复发患者组织样本	NA	单细胞RNA-seq, 转录组测序, 代谢组学	NA	NA
14	2026-05-01	Single-cell RNA transcriptomic analyses of tumor microenvironment of ovarian metastasis in gastric cancer 2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-00974-2 PMID:39162990	研究论文	通过单细胞RNA测序分析胃癌卵巢转移的肿瘤免疫微环境	首次对胃癌卵巢转移配对临床标本进行单细胞RNA测序分析，揭示免疫微环境异质性及特定肿瘤相关成纤维细胞亚群	样本量较小，仅涉及两对配对临床标本，且缺乏功能验证实验	阐明胃癌卵巢转移的免疫微环境特征，为治疗策略开发提供基础	胃癌卵巢转移组织、原发肿瘤组织及配对的非肿瘤邻近组织	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	2对配对临床标本（原发肿瘤与卵巢转移组织）	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒
15	2026-05-01	Integrated analysis reveals NLRC4 as a potential biomarker in sepsis pathogenesis 2024-10, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00293-4 PMID:39181981	研究论文	综合运用多种技术分析发现NLRC4作为脓毒症发病机制中的潜在生物标志物	首次通过整合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和ELISA等多种技术，系统鉴定NLRC4在脓毒症中的表达升高及其在单核细胞和中性粒细胞中的变化，并利用pySCENIC识别调控NLRC4的上游转录因子	NA	揭示脓毒症免疫应答的分子机制并鉴定潜在生物标志物	脓毒症患者和健康个体的外周血样本	机器学习	脓毒症	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, ELISA, WGCNA, PPI, pySCENIC	NA	基因表达数据, 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据	包含新诊断脓毒症、脓毒症诊断6小时后及健康样本	NA	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	NA
16	2026-05-01	Integrated analyses reveal CST7 and DUSP5 regulate Th2 cells differentiation to promote chronic HBV infection 2024-10, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00296-1 PMID:39237681	研究论文	通过整合分析揭示CST7和DUSP5调节Th2细胞分化促进慢性HBV感染的机制	首次发现CST7和DUSP5在慢性乙型肝炎中高表达，并通过调控Th2细胞分化促进感染慢性化，为免疫治疗提供新靶点	未提及	探究慢性HBV感染中关键基因和免疫细胞的作用机制	慢性乙型肝炎患者肝组织样本（来自GSE83148、GSE84044和GSE182159数据集）	机器学习	慢性乙型肝炎	RNA-seq, scRNA-seq	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	bulk RNA-seq数据, scRNA-seq数据	GSE83148和GSE84044的bulk表达数据集，GSE182159的scRNA-seq数据（具体样本数量未提及）	NA	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	NA
17	2026-04-30	Single-cell heterogeneity in ribosome content and the consequences for the growth laws 2024-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.19.590370 PMID:38895328	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了酵母和细菌中单细胞核糖体含量的异质性及其对生长法则的影响	首次在单细胞水平上研究生长法则，发现单细胞核糖体含量与生长速率并不紧密相关，挑战了传统群体平均水平下的生长法则模型	仅研究了两种微生物，可能不适用于所有物种；未深入探讨引起单细胞核糖体含量变异的分子机制	探究单细胞水平的核糖体含量异质性及其与生长速率的关系，评估生长法则在单细胞层面的适用性	酿酒酵母（真核单细胞生物）与细菌（原核生物）中的单细胞	机器学习和生物信息学	不适用	单细胞RNA测序	高斯过程模型	转录组数据	来自多种条件、重复和物种的数千个单细胞	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞RNA测序平台
18	2026-04-29	Analysis of the heterogeneity and complexity of murine extraorbital lacrimal gland via single-cell RNA sequencing 2024-10, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2024.06.005 PMID:38945476	研究论文	利用单细胞RNA测序分析小鼠泪腺的细胞异质性和复杂性	首次通过单细胞RNA测序对小鼠泪腺细胞类型进行无偏分类，并构建了全面的细胞图谱	研究仅限于小鼠模型，未涉及人体样本	揭示健康泪腺的细胞类型及其异质性	C57BL/6J小鼠的泪腺细胞	机器学习和单细胞组学	不适用	单细胞RNA测序	不适用	单细胞转录组数据	43,850个高质量细胞	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞RNA测序系统
19	2026-04-29	The effects of age and dysfunction on meibomian gland population dynamics 2024-10, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2024.08.005 PMID:39122180	研究论文	利用单细胞和空间转录组学探究年龄和功能障碍对睑板腺细胞群体动态变化的影响	首次通过单细胞和空间转录组学技术，揭示睑板腺细胞分化过程中脂质生成基因的分层表达模式，以及年龄相关腺体萎缩和免疫细胞浸润的新机制	未明确提及限制条件，可能包括小鼠模型与人类差异、样本量较小或功能验证不足	研究睑板腺功能障碍（MGD）的细胞分化、脂质合成及腺体萎缩机制	年轻（6月龄）和年老（22月龄）野生型C57Bl/6小鼠，以及年轻（3月龄）和年老（13月龄）Awat2敲除小鼠的睑板腺组织	数字病理学	干眼病（睑板腺功能障碍）	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	涉及两种基因型（野生型和Awat2敲除）及不同年龄段（3-22月龄）的小鼠，具体样本数量未说明	Resolve Biosciences	单细胞RNA测序、空间转录组学	Resolve Biosciences Molecular Cartography panel	使用含100个睑板腺特异性基因的Molecular Cartography panel进行空间转录组分析
20	2026-04-28	Changes in conjunctival mononuclear phagocytes and suppressive activity of regulatory macrophages in desiccation induced dry eye 2024-10, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2024.09.003 PMID:39306240	研究论文	评估干眼症对结膜免疫细胞数量和转录谱的影响，重点关注单核吞噬细胞的变化	首次通过单细胞RNA测序揭示干眼症诱导结膜单核吞噬细胞中TLF+调节性巨噬细胞和CCR2+炎性细胞的差异化基因表达模式，并证实调节性巨噬细胞对抑制炎症和杯状细胞丢失的关键作用	主要基于小鼠模型，尚需在人类样本中验证；调节性巨噬细胞耗竭实验依赖甘露糖化氯膦酸盐脂质体，可能存在非特异性效应	阐明干眼症条件下结膜免疫细胞的动态变化及调节性巨噬细胞的免疫抑制功能	C57BL/6小鼠的结膜免疫细胞	数字病理学	干眼症	单细胞RNA测序、单细胞ATAC-seq	Monocle 3细胞轨迹模型	单细胞转录组数据、染色质开放性数据	非应激和干燥应激处理的C57BL/6小鼠	NA	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq	NA	对分选的结膜免疫细胞进行单细胞RNA测序和scATAC-seq分析