单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2024-10-17	Transcriptome sequencing reveals inflammation and macrophage heterogeneity in subacromial bursa from degenerative shoulder disorders 2024-Sep, Connective tissue research IF:2.8Q1 DOI:10.1080/03008207.2024.2386548 PMID:39109563	研究论文	研究了退行性肩部疾病中肩峰下滑囊（SAB）的转录组变化	首次通过转录组测序揭示了退行性和创伤性肩部疾病中SAB的炎症和巨噬细胞异质性	研究仅限于特定类型的肩部疾病，未涵盖所有可能的病理情况	探讨退行性或创伤性肩部疾病中肩峰下滑囊（SAB）的转录组变化	退行性肩袖撕裂（RCT）、创伤性RCT和肱骨近端骨折（PHF）患者的肩峰下滑囊（SAB）	数字病理学	肩部疾病	RNA测序	NA	转录组数据	退行性RCT、创伤性RCT和PHF患者的SAB样本
162	2024-10-16	Mouse Wound Models and Preparation of Single-Cell Suspensions 2024-Sep-27, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66499 PMID:39400188	研究论文	本文研究了优化小鼠伤口模型构建和单细胞悬液制备的方法	采用单细胞转录组测序技术来深入理解伤口愈合过程中的细胞功能和机制	小鼠伤口模型制备方法的差异可能引入干扰因素，影响实验结果	优化小鼠伤口模型的构建，以准确评估伤口闭合变化，并消除影响后续测序结果的变量	小鼠伤口模型和单细胞悬液的制备	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	小鼠皮肤组织样本
163	2024-10-16	Screening of potential drugs for the treatment of diabetic kidney disease using single-cell transcriptome sequencing and connectivity map data 2024-09-17, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150263 PMID:38905995	研究论文	利用单细胞转录组测序数据和连接图谱数据库筛选糖尿病肾病潜在治疗药物	结合单细胞转录组测序和连接图谱数据库筛选糖尿病肾病潜在治疗药物	需要进一步的临床试验验证筛选出的药物疗效	探索利用单细胞转录组测序数据和连接图谱数据库筛选糖尿病肾病潜在治疗药物的可行性	糖尿病肾病及其相关药物筛选	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	糖尿病肾病小鼠模型和细胞实验
164	2024-10-16	Modeling Lewy body disease with SNCA triplication iPSC-derived cortical organoids and identifying therapeutic drugs 2024-Sep-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adk3700 PMID:39259788	研究论文	本文通过使用带有SNCA三倍体的iPSC衍生的皮层类器官模型，研究了路易体病（LBD）中的α-突触核蛋白（α-SYN）病理，并筛选出潜在的治疗药物	本文首次使用iPSC衍生的皮层类器官模型模拟了LBD中的α-SYN病理，并通过药物筛选找到了四种可能的治疗药物	本文的药物筛选仅限于FDA批准的药物，可能未涵盖所有潜在的治疗选项	研究LBD中α-SYN病理的具体机制，并寻找潜在的治疗药物	LBD患者的iPSC衍生的皮层类器官和α-SYN蛋白	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	1280种FDA批准的药物
165	2024-10-16	SuperFeat: Quantitative Feature Learning from Single-cell RNA-seq Data Facilitates Drug Repurposing 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae036 PMID:39401181	研究论文	本文提出了一种名为SuperFeat的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中学习定量特征，并评估病理组织中的典型细胞状态/特征，以促进药物再利用	创新点在于开发了一种基于人工神经网络的计算框架，能够从单细胞RNA测序数据中学习并评估病理组织中的细胞状态/特征，从而识别潜在的药物靶点	NA	研究目的是开发一种计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中学习定量特征，并评估病理组织中的细胞状态/特征，以促进药物再利用	研究对象包括单细胞RNA测序数据、病理组织中的细胞状态/特征以及潜在的药物靶点	机器学习	NA	单细胞RNA测序	人工神经网络	基因表达谱	NA
166	2024-10-15	Somatic mitochondrial DNA mutations are a source of heterogeneity among primary leukemic cells 2024-Sep-27, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.09.26.24314381 PMID:39398996	研究论文	本研究探讨了体细胞线粒体DNA（mtDNA）突变在儿童白血病中的异质性来源及其生物学意义	通过整合单细胞测序（SCS）与数学建模和网络系统生物学方法，揭示了肿瘤富集的mtDNA突变与细胞状态变化之间的关联	研究主要基于两个儿童癌症患者队列的批量全基因组测序数据，样本量有限	探讨体细胞线粒体DNA突变在白血病细胞中的异质性及其生物学意义	儿童白血病患者的肿瘤和正常样本	数字病理学	白血病	单细胞测序（SCS）	数学建模	基因组数据	两个儿童癌症患者队列的匹配肿瘤和正常样本
167	2024-10-14	Development of the TP53 mutation associated hypopharyngeal squamous cell carcinoma prognostic model through bulk multi-omics sequencing and single-cell sequencing 2024-Sep-02, Brazilian journal of otorhinolaryngology IF:1.7Q2 DOI:10.1016/j.bjorl.2024.101499 PMID:39341197	研究论文	本研究通过大量多组学测序和单细胞测序构建了基于TP53突变的下咽鳞状细胞癌预后模型	首次通过多组学和单细胞测序数据构建了基于TP53突变的下咽鳞状细胞癌预后模型，并分析了风险评分与临床病理特征及免疫评分的关联	研究结果基于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在数据偏倚；样本量有限，需进一步验证	构建基于TP53突变的下咽鳞状细胞癌预后模型，计算患者的预后风险评分	下咽鳞状细胞癌患者的TP53突变和基因表达数据	数字病理学	头颈部癌症	多组学测序、单细胞测序	LASSO分析	基因表达数据、单细胞测序数据	来自TCGA和GEO数据库的多组学数据，以及单细胞测序数据
168	2024-10-13	Revealing a cancer-associated fibroblast-based risk signature for pancreatic adenocarcinoma through single-cell and bulk RNA-seq analysis 2024-Sep-26, Aging DOI:10.18632/aging.206043 PMID:39332020	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序分析揭示胰腺腺癌中基于癌症相关成纤维细胞的风险特征	首次探索了癌症相关成纤维细胞（CAF）在胰腺腺癌（PAAD）中的预后意义，并构建了一个基于CAF的七基因风险特征	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在数据偏差和样本量不足的问题	探索胰腺腺癌中癌症相关成纤维细胞的预后意义，并构建预测模型	胰腺腺癌中的癌症相关成纤维细胞及其相关基因	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序	LASSO回归和诺模图模型	RNA测序数据和微阵列数据	TCGA-PAAD队列中的正常和肿瘤样本，以及GSE155698数据集中的单细胞RNA测序数据
169	2024-10-13	BootCellNet, a resampling-based procedure, promotes unsupervised identification of cell populations via robust inference of gene regulatory networks 2024-Sep, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012480 PMID:39348410	研究论文	本文介绍了一种名为BootCellNet的新方法，通过平滑和重采样技术推断基因调控网络（GRN），并进一步推断最小支配集（MDS），以促进单细胞RNA测序数据的无监督细胞群识别	BootCellNet通过平滑和重采样技术推断GRN和MDS，提供了一种无监督且可解释的细胞类型识别方法	NA	开发一种新的数据分析方法，用于细胞类型识别和基因调控网络推断	单细胞RNA测序数据中的细胞群和基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	外周血单核细胞和造血干细胞的scRNA-seq数据，以及COVID-19患者的细胞数据
170	2024-10-12	A spatiotemporally resolved atlas of mRNA decay in the C. elegans embryo reveals differential regulation of mRNA stability across stages and cell types 2024-Sep-20, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278980.124 PMID:39142810	研究论文	本文通过转录抑制后进行bulk和单细胞RNA测序，直接测量了秀丽隐杆线虫胚胎发育过程中时空分辨的mRNA降解速率，揭示了不同细胞类型和发育阶段的mRNA稳定性差异	首次在秀丽隐杆线虫胚胎中进行了时空分辨的mRNA降解速率的全转录组测量，并发现了mRNA降解速率与基因表达时间上的峰值相关	NA	研究胚胎发育过程中mRNA降解的时空模式及其对基因表达的调控作用	秀丽隐杆线虫胚胎中的mRNA降解速率	基因表达调控	NA	RNA测序	NA	转录组数据	秀丽隐杆线虫胚胎的全转录组数据
171	2024-10-12	Benchmarking bulk and single-cell variant-calling approaches on Chromium scRNA-seq and scATAC-seq libraries 2024-Sep-20, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.277066.122 PMID:39147582	研究论文	本文评估了在Chromium scRNA-seq和scATAC-seq库上使用批量和单细胞变异检测方法的性能	本文首次系统地比较了批量和单细胞变异检测方法在Chromium scRNA-seq和scATAC-seq库上的性能，并发现了单细胞层面的变异检测在Chromium库中的局限性	本文主要集中在Chromium scRNA-seq和scATAC-seq库上，未涵盖其他单细胞测序技术	评估不同变异检测方法在Chromium scRNA-seq和scATAC-seq库上的有效性和挑战	Chromium scRNA-seq和scATAC-seq库	基因组学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	基因组数据	匹配的批量全基因组测序样本库
172	2024-10-12	Developmental emergence of first- and higher-order thalamic neuron molecular identities 2024-Sep-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202764 PMID:39348458	研究论文	研究了发育过程中丘脑神经元分子身份的形成，特别是第一级和高级神经元的分化过程	首次揭示了高级神经元比第一级神经元更早开始分化的现象，并发现外周输入对第一级视觉丘脑兴奋性神经元的成熟至关重要	研究仅限于小鼠胚胎丘脑，未涉及其他物种或成年丘脑	探讨丘脑神经元在发育过程中分子身份的形成机制	小鼠胚胎丘脑中的第一级和高级神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠胚胎丘脑的单细胞RNA测序数据
173	2024-10-12	Targeting POLRMT by IMT1 inhibits colorectal cancer cell growth 2024-Sep-03, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-07023-8 PMID:39227564	研究论文	研究探讨了新型线粒体RNA聚合酶（POLRMT）抑制剂IMT1在抑制结直肠癌（CRC）细胞生长中的潜力	首次研究了IMT1作为POLRMT抑制剂在结直肠癌中的抗肿瘤活性	研究主要在细胞和动物模型中进行，尚未进行临床试验	探讨IMT1抑制POLRMT在结直肠癌中的抗肿瘤作用	结直肠癌细胞和组织	癌症研究	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括原代和永生化结直肠癌细胞，以及裸鼠模型
174	2024-10-12	Apelin (APLN) is a biomarker contributing to the diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma 2024-09-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-71495-z PMID:39227683	研究论文	本研究开发了用于肝细胞癌（HCC）诊断和预后的新型模型，并鉴定了新的生物标志物Apelin（APLN）	本研究首次将Apelin（APLN）鉴定为肝细胞癌的生物标志物，并开发了基于机器学习算法的诊断和预后模型	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，未涉及临床验证	开发新型诊断和预后模型，并鉴定新的肝细胞癌生物标志物	肝细胞癌（HCC）及其生物标志物Apelin（APLN）	数字病理学	肝癌	单细胞测序	LASSO和Cox回归算法	基因表达数据	基于TCGA数据库的数据，具体样本数量未明确提及
175	2024-10-12	Prostate cancer cancer-associated fibroblasts with stable markers post-androgen deprivation therapy associated with tumor progression and castration resistant prostate cancer 2024-Sep, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16267 PMID:38970292	研究论文	研究了前列腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的特异性及其在雄激素剥夺治疗（ADT）后的临床相关性	通过细胞谱系多样性和加权基因共表达网络分析（WGCNA）确定了前列腺癌特有的CAF特征，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞系RNA测序和免疫组化验证了其特异性	NA	阐明前列腺癌中CAFs的特异性及其在ADT后的影响	前列腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在雄激素剥夺治疗（ADT）后的变化	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、免疫组化	NA	RNA	收集的样本数量未明确提及
176	2024-10-11	Spatial transcriptomics reveals modulation of transcriptional networks across brain regions after auditory threat conditioning 2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.614979 PMID:39386587	研究论文	研究通过空间转录组学分析揭示了听觉威胁条件反射后大脑区域间转录网络的调节	首次通过空间转录组学技术全面分析了听觉威胁条件反射后大脑区域间的基因表达差异及其转录连接性	研究仅限于小鼠模型，且样本量较小，可能影响结果的普适性	探讨听觉威胁条件反射后大脑区域间的基因表达变化及其转录网络的调节	小鼠大脑的皮质和皮质下区域	基因组学	NA	空间转录组学 RNAseq 分析	NA	基因表达数据	小鼠样本
177	2024-10-11	Single Cell Expression Analysis of Ductal Carcinoma in Situ Identifies Complex Genotypic-Phenotypic Relationships Altering Epithelial Composition 2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.10.561724 PMID:39386437	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析导管原位癌（DCIS）及其匹配的正常乳腺组织，揭示了基因型与表型之间的复杂关系	首次通过单细胞RNA测序技术分析DCIS病变中的基因型与表型关系，并发现了与侵袭性癌症进展相关的细胞状态比例变化	研究仅限于DCIS病变及其匹配的正常乳腺组织，未涵盖其他类型的乳腺癌	揭示导管原位癌（DCIS）生长机制及其向侵袭性癌症进展的特性	导管原位癌（DCIS）病变及其匹配的正常乳腺组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	包含DCIS病变和匹配的正常乳腺组织的临床样本
178	2024-10-11	ELLA: Modeling Subcellular Spatial Variation of Gene Expression within Cells in High-Resolution Spatial Transcriptomics 2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.23.614515 PMID:39386706	研究论文	介绍了一种名为subcellular expression localization analysis (ELLA)的计算方法，用于建模高分辨率空间转录组学中的mRNA亚细胞定位和检测显示细胞内空间变异的基因	ELLA创建了一个统一的细胞坐标系统来锚定不同的细胞形状和形态，利用非均匀泊松过程建模空间计数数据，利用表达梯度函数表征亚细胞表达模式，并有效控制I类错误和高统计功效	NA	建模高分辨率空间转录组学中的mRNA亚细胞定位和检测显示细胞内空间变异的基因	mRNA的亚细胞定位和显示细胞内空间变异的基因	空间转录组学	NA	非均匀泊松过程	NA	空间转录组数据	四个来自不同技术的空间转录组数据集
179	2024-10-11	BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences 2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.23.614590 PMID:39386496	研究论文	研究探讨了BDNF增强剂逆转颅脑放射治疗引起的认知功能下降和神经退行性后果	首次在颅脑放射治疗模型中验证了RZ（利鲁唑）通过增加BDNF水平逆转认知功能下降的有效性	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证	探索逆转颅脑放射治疗引起的认知功能下降和神经退行性后果的方法	颅脑放射治疗后的成年小鼠	神经科学	NA	空间转录组学分析	NA	基因表达数据	颅脑放射治疗后的成年小鼠模型
180	2024-10-11	MultiSC: a deep learning pipeline for analyzing multiomics single-cell data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae492 PMID:39376034	研究论文	本文介绍了一种名为MultiSC的深度学习管道，用于分析多组学单细胞数据	提出了MultiSC管道，利用多模态约束自编码器和基于矩阵分解的模型来整合和分析多组学单细胞数据	NA	开发一种工具，有效整合和分析多组学单细胞数据	多组学单细胞数据，包括基因表达、染色质可及性和转录因子蛋白表达	机器学习	NA	多组学单细胞测序技术（如NEAT-seq）	多模态约束自编码器、基于矩阵分解的模型	多组学数据	NA