单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2024-12-01	Single Cell Profiling in the Sox10 Dom/+ Hirschsprung Mouse Implicates Hoxa6 in Enteric Neuron Lineage Allocation 2024-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.18.613729 PMID:39345473	研究论文	研究探讨了Sox10 Dom/+小鼠模型中Hoxa6基因在肠神经系统（ENS）神经元谱系分配中的作用	首次报告了Hox基因在肠神经元谱系多样化中的作用	NA	研究Sox10缺陷如何影响肠神经元亚型的比例	Sox10 +/+和Sox10 Dom/+小鼠的肠神经系统前体细胞、发育中的神经元和肠神经胶质细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	Sox10 +/+和Sox10 Dom/+小鼠的肠神经系统前体细胞、发育中的神经元和肠神经胶质细胞
162	2024-12-01	Single-cell analysis of human airway epithelium identifies cell type-specific responses to Aspergillus and Coccidioides 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.09.612147 PMID:39314271	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人类气道上皮细胞在感染两种不同真菌病原体后的细胞类型特异性反应	首次报道了单细胞转录组分析人类气道上皮细胞感染或后的数据，为解析疾病机制和识别可靶向通路提供了重要数据	NA	研究人类气道上皮细胞在感染不同真菌病原体后的细胞反应机制	人类气道上皮细胞和两种真菌病原体	数字病理学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
163	2024-11-27	Clustering-independent estimation of cell abundances in bulk tissues using single-cell RNA-seq data 2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.06.527318 PMID:36798206	研究论文	本文介绍了一种名为ConDecon的聚类无关方法，用于从单细胞RNA-seq数据中估计批量组织中的细胞丰度	ConDecon方法在表型分辨率和功能上相对于基于回归的方法有所改进，并且能够推断连续细胞过程如细胞分化或免疫细胞激活	NA	开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA-seq数据中推断批量组织中的细胞组成	单细胞RNA-seq数据和批量组织数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
164	2024-11-24	Targeting IL-33 reprograms the tumor microenvironment and potentiates antitumor response to anti-PD-L1 immunotherapy 2024-09-03, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009236 PMID:39231544	研究论文	研究探讨了IL-33/ST2信号在PD-L1免疫治疗中的作用，并开发了sST2-Fc融合蛋白和双功能融合蛋白anti-PD-L1-sST2，以增强抗肿瘤效果	首次揭示了IL-33/ST2信号在PD-L1免疫治疗中的免疫抑制机制，并开发了新的融合蛋白策略以增强抗肿瘤效果	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在临床试验中验证其效果	探讨IL-33/ST2信号在PD-L1免疫治疗中的作用，并开发新的治疗策略以增强抗肿瘤效果	IL-33/ST2信号、PD-L1抗体、sST2-Fc融合蛋白、双功能融合蛋白anti-PD-L1-sST2	NA	肺癌、结肠癌	RNA测序、ELISA、WB、免疫荧光	NA	RNA、蛋白质	小鼠肿瘤模型
165	2024-11-22	SIngle cell level Genotyping Using scRna Data (SIGURD) 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae604 PMID:39559832	研究论文	本文介绍了一种基于单细胞RNA测序数据进行单细胞水平基因分型的R语言管道SIGURD	SIGURD能够结合体细胞和线粒体变异进行克隆分析，并进行功能分析，如检测克隆间的差异表达基因	NA	开发一种能够结合体细胞和线粒体变异进行单细胞RNA测序数据克隆分析的计算工具	单细胞RNA测序数据中的体细胞和线粒体变异	生物信息学	血液肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自骨髓增殖性肿瘤患者的集落形成细胞的单细胞数据
166	2024-11-21	BFAST: joint dimension reduction and spatial clustering with Bayesian factor analysis for zero-inflated spatial transcriptomics data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae594 PMID:39552067	研究论文	本文提出了一种名为BFAST的新方法，结合贝叶斯因子分析进行零膨胀空间转录组数据的降维和空间聚类	BFAST方法在降维和空间聚类方面展示了卓越的性能，能够提取更多生物学上有意义的低维特征，从而提高聚类的准确性和精确度	NA	开发一种有效的方法来处理高噪声和缺失事件的空间转录组数据聚类问题	零膨胀空间转录组数据	生物信息学	NA	贝叶斯因子分析	NA	转录组数据	NA
167	2024-11-21	FixNCut: A Practical Guide to Sample Preservation by Reversible Fixation for Single Cell Assays 2024-Sep-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5063 PMID:39315321	研究论文	本文介绍了FixNCut协议的优化和实用指南，用于通过可逆固定保存单细胞样本	FixNCut协议通过可逆固定策略，实现了样本采集与下游应用的分离，避免了应激或坏死相关的人工痕迹	NA	提供FixNCut协议的优化指南，以促进该方法的全面应用	单细胞样本的保存和分析	NA	NA	可逆固定	NA	NA	NA
168	2024-11-21	Revealing novel genomic insights and therapeutic targets for juvenile idiopathic arthritis through omics 2024-09-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae078 PMID:38317060	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了幼年特发性关节炎（JIA）的新基因组见解和治疗靶点	发现了四个与JIA相关的新基因（CD247、RHOH、COLEC10和IRF8），并揭示了COLEC10与TNFRSF11B之间的新遗传联系，以及RHOH在正向胸腺细胞选择中的作用	NA	揭示幼年特发性关节炎的遗传基础和潜在治疗靶点	幼年特发性关节炎（JIA）的基因组和治疗靶点	基因组学	幼年特发性关节炎	全基因组关联研究（GWAS）、单细胞测序	NA	基因组数据	4550例JIA病例和18446例对照
169	2024-11-20	Robust self-supervised learning strategy to tackle the inherent sparsity in single-cell RNA-seq data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae586 PMID:39550222	研究论文	本文提出了一种名为scRobust的鲁棒自监督学习策略，用于解决单细胞RNA测序数据中的固有稀疏性问题	scRobust基于Transformer架构，采用对比学习和基因表达预测任务的组合策略，显著提高了细胞类型注释和转录组分析的准确性	NA	解决单细胞RNA测序数据中的稀疏性问题，提高细胞类型注释和转录组分析的准确性	单细胞RNA测序数据和scATAC-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), scATAC-seq	Transformer	基因表达数据	九个基准数据集，额外的dropout场景和组合数据集
170	2024-11-20	Tipping points in epithelial-mesenchymal lineages from single-cell transcriptomics data 2024-09-03, Biophysical journal IF:3.2Q2 DOI:10.1016/j.bpj.2024.03.021 PMID:38504523	研究论文	本文提出了一种利用单细胞转录组数据推断细胞谱系稳定性和基因调控网络的计算方法	该方法通过单细胞RNA测序数据中的未剪接和剪接计数以及细胞在谱系轨迹上的排序，训练了一个RNA剪接多元模型，并基于模型的雅可比矩阵的光谱分析推断细胞状态的稳定性	NA	研究细胞在复杂生物过程中的命运决策机制	卵巢癌和肺癌来源的细胞系中的上皮-间质转化过程	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序	RNA剪接多元模型	转录组数据	卵巢癌和肺癌来源的细胞系
171	2024-11-20	Disruption of memory B-cell trafficking by belimumab in patients with systemic lupus erythematosus 2024-09-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae286 PMID:38775637	研究论文	研究探讨了贝利木单抗对系统性红斑狼疮患者记忆B细胞迁移的影响	首次深入分析了贝利木单抗对记忆B细胞的影响，揭示了其在治疗系统性红斑狼疮中的新机制	研究样本量较小，且仅限于特定的患者群体	探讨贝利木单抗对系统性红斑狼疮患者记忆B细胞的影响	系统性红斑狼疮患者的记忆B细胞	NA	系统性红斑狼疮	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞数据，转录组数据	1245名系统性红斑狼疮患者
172	2024-11-20	Spatiotemporal evolutionary process of osteosarcoma immune microenvironment remodeling and C1QBP-driven drug resistance deciphered through single-cell multi-dimensional analysis 2024-Sep, Bioengineering & translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1002/btm2.10654 PMID:39553438	研究论文	本研究通过单细胞多维分析揭示了骨肉瘤免疫微环境重塑的时空演化过程及C1QBP驱动的药物抗性机制	本研究首次整合了多个单细胞RNA测序数据集，构建了骨肉瘤微环境的全面图谱，并发现了C1QBP在骨肉瘤中的重要作用及其与药物抗性的关联	NA	探索骨肉瘤发生和进展的内在机制	骨肉瘤的免疫微环境及C1QBP在其中的作用	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个单细胞RNA测序数据集及批量RNA测序数据
173	2024-11-19	Recent developments and new directions in the use of natural products for the treatment of inflammatory bowel disease 2024-Sep, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.155812 PMID:38905845	综述	本文系统回顾了利用天然产物治疗炎症性肠病（IBD）的最新研究进展	介绍了利用元基因组学、单细胞测序、靶点识别技术和药物递送系统等前沿技术克服天然产物在临床转化和药物发现中的挑战	天然产物在临床转化和药物发现方面仍面临挑战	探讨如何利用当代技术创新发现和利用生物活性天然产物治疗IBD	天然产物在治疗IBD中的应用	NA	炎症性肠病	元基因组学、单细胞测序、靶点识别技术、药物递送系统	NA	NA	NA
174	2024-11-18	CXCL8 secreted by immature granulocytes inhibits WT hematopoiesis in chronic myelomonocytic leukemia 2024-Sep-17, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI180738 PMID:39545419	研究论文	研究探讨了不成熟粒细胞（iGRANs）在慢性粒单核细胞白血病（CMML）进展中的作用	发现CXCL8在不成熟粒细胞中高表达，抑制了野生型造血干细胞和祖细胞的增殖，而CXCL8受体抑制剂和CXCL8阻断剂可以恢复野生型造血干细胞的增殖	研究仅限于体外实验，尚未在临床上验证CXCL8抑制剂的治疗效果	探讨不成熟粒细胞在慢性粒单核细胞白血病进展中的作用及其潜在治疗策略	慢性粒单核细胞白血病患者的外周血中的不成熟粒细胞及其分泌的细胞因子CXCL8	血液学	白血病	流式细胞术、RNA测序	NA	单细胞数据	慢性粒单核细胞白血病患者的外周血样本
175	2024-11-18	Comprehensive profiling of the human fecal proteome from IBD patients with DIA-MS enables evaluation of disease-relevant proteins 2024-Sep, Proteomics. Clinical applications DOI:10.1002/prca.202300075 PMID:38552248	研究论文	本文使用DIA-MS技术对IBD患者的粪便蛋白质组进行全面分析，以评估与疾病相关的蛋白质	本文揭示了新的粪便蛋白质，这些蛋白质可能作为非侵入性生物标志物来监测IBD疾病活动的特定方面	NA	评估与炎症性肠病（IBD）相关的非侵入性生物标志物	IBD患者的粪便蛋白质组	NA	炎症性肠病	DIA-MS	NA	蛋白质组数据	两个独立队列，Cohort 1：健康5例，UC 5例，CD 5例；Cohort 2：健康20例，UC 10例，CD 10例
176	2024-11-17	SpaDiT: diffusion transformer for spatial gene expression prediction using scRNA-seq 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae571 PMID:39508444	研究论文	本文提出了一种名为SpaDiT的深度学习框架，用于利用scRNA-seq数据进行空间基因表达预测	SpaDiT通过使用scRNA-seq数据作为先验条件，并利用ST和scRNA-seq数据之间的共享基因作为潜在表示来构建输入，从而提高了空间基因表达预测的准确性	NA	解决空间转录组学数据中未检测到的基因数量多，应用价值有限的问题	空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	Transformer	基因表达数据	涉及多种空间转录组学数据集
177	2024-11-17	Graph domain adaptation-based framework for gene expression enhancement and cell type identification in large-scale spatially resolved transcriptomics 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae576 PMID:39508445	研究论文	本文介绍了一种基于图域适应的深度学习框架SpaGDA，用于增强大规模空间转录组学中的基因表达和细胞类型识别	SpaGDA通过从参考单细胞RNA测序数据中无偏地转移知识，实现了基因表达插补和细胞类型识别的双重功能	NA	克服当前空间转录组学技术在基因检测灵敏度和基因通量方面的限制，提供更精确的生物学过程或疾病发展洞察	空间转录组学数据中的基因表达和细胞类型	机器学习	NA	深度学习	图域适应框架	转录组数据	涉及多个空间转录组学数据集和三种不同生物学背景的数据集
178	2024-11-17	Deciphering lineage-relevant gene regulatory networks during endoderm formation by InPheRNo-ChIP 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae592 PMID:39535258	研究论文	开发了一种名为InPheRNo-ChIP的计算框架，用于整合多模态数据以重建与内胚层发育相关的表型相关基因调控网络	InPheRNo-ChIP直接在基因调控网络推断过程中整合表型信息，能够区分谱系特异性和普遍的调控相互作用	NA	揭示早期人类胚胎发生过程中调控内胚层形成的基因调控网络	人类胚胎干细胞向内胚层的分化过程	生物信息学	NA	RNA-seq, ChIP-seq	概率图模型	多模态数据	三个实验研究的数据
179	2024-11-17	Identifying cell types by lasso-constraint regularized Gaussian graphical model based on weighted distance penalty 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae572 PMID:39541187	研究论文	本文提出了一种基于加权距离惩罚的Lasso约束正则化高斯图模型的新算法框架WLGG，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	引入加权距离惩罚项和高斯核函数，捕捉非线性信息；使用Lasso约束增强模型捕捉线性数据特征的能力；利用Eigengap策略预测细胞类型数量	未提及	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	高斯图模型	基因表达数据	14个测试数据集
180	2024-11-17	SpaGIC: graph-informed clustering in spatial transcriptomics via self-supervised contrastive learning 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae578 PMID:39541189	研究论文	本文介绍了一种名为SpaGIC的新型图神经网络框架，结合图卷积网络和自监督对比学习技术，用于空间转录组学中的聚类分析	SpaGIC通过最大化图结构中的边和局部邻域的互信息，以及最小化空间相邻点的嵌入距离，学习有意义的潜在嵌入	NA	开发一种新的深度学习框架，以更有效地利用空间转录组学中的基因和空间数据，准确识别空间域	空间转录组学数据中的空间域识别、数据去噪、可视化和轨迹推断	机器学习	NA	图卷积网络、自监督对比学习	图神经网络	基因表达数据	七个空间转录组学数据集