单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 633 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-10-06 |
Analyzing embryo dormancy at single-cell resolution reveals dynamic transcriptional responses and activation of integrin-Yap/Taz prosurvival signaling
2024-Sep-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.06.015
PMID:39047740
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析小鼠胚胎滞育过程，揭示转录动态变化及整合素-Yap/Taz促生存信号通路的激活机制 | 首次在单细胞分辨率下分子定义胚胎滞育状态，发现休眠多能细胞通过整合素受体感知微环境并通过Yap/Taz信号维持存活的新机制 | 研究仅使用小鼠胚胎模型，未验证其他哺乳动物物种 | 解析胚胎滞育的分子调控机制 | 小鼠胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 142 | 2025-10-06 |
A conserved cell-type gradient across the human mediodorsal and paraventricular thalamus
2024-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.03.611112
PMID:39282422
|
研究论文 | 通过单核和空间转录组学揭示人类丘脑背内侧核和室旁核中保守的兴奋性神经元梯度 | 发现跨物种保守的兴奋性神经元梯度，揭示人类MD区域相较于小鼠的扩张特征，并建立特定神经元亚群与精神疾病遗传风险的关联 | NA | 解析丘脑背内侧核及相邻中线核团的细胞组成及其与精神疾病的关联 | 人类和小鼠的丘脑背内侧核及室旁核区域 | 空间转录组学 | 精神疾病 | 单核转录组测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 143 | 2025-10-06 |
Proteomic signatures improve risk prediction for common and rare diseases
2024-Sep, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-03142-z
PMID:39039249
|
研究论文 | 本研究通过整合约3000种血浆蛋白质与临床信息，开发了针对218种常见和罕见疾病的稀疏预测模型 | 首次在大规模人群（41,931人）中系统评估血浆蛋白质组学对多种疾病风险预测的价值，并证明仅需5-20个蛋白质的稀疏模型优于传统临床预测模型 | 研究主要基于英国生物银行数据，需要在其他人群中进一步验证模型泛化能力 | 评估血浆蛋白质组学在常见和罕见疾病风险预测中的临床效用 | 41,931名英国生物银行参与者，涵盖218种常见和罕见疾病（81-6,038病例） | 生物医学信息学 | 多种疾病（包括多发性骨髓瘤、非霍奇金淋巴瘤、运动神经元疾病等） | 蛋白质组学分析，单细胞RNA测序 | 稀疏预测模型 | 蛋白质组数据，临床信息，单细胞RNA测序数据 | 41,931名个体，涵盖218种疾病 | NA | 蛋白质组学，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 144 | 2025-10-06 |
Titration of RAS alters senescent state and influences tumour initiation
2024-Sep, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07797-z
PMID:39112713
|
研究论文 | 本研究通过建立RAS剂量递增模型，揭示了致癌RAS剂量驱动的非线性表型连续谱及其在肿瘤发生中的作用 | 首次系统性地展示了致癌RAS剂量如何驱动从衰老到肿瘤起始的非线性表型连续谱 | 研究主要聚焦于肝细胞模型，其他细胞类型和组织中的表现仍需进一步验证 | 探究致癌RAS剂量对细胞衰老状态和肿瘤发生的影响 | 肝细胞和肝癌发生过程 | 癌症生物学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 145 | 2025-10-06 |
Subcellular Level Spatial Transcriptomics with PHOTON
2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.10.612328
PMID:39314454
|
研究论文 | 介绍PHOTON方法实现亚细胞分辨率空间转录组分析 | 结合高分辨率成像与高通量测序，实现亚细胞水平空间转录组分析 | NA | 开发亚细胞分辨率空间转录组分析方法 | 卵巢颗粒细胞、核仁、应激颗粒中的RNA | 空间转录组学 | NA | 高分辨率成像、高通量测序 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | PHOTON | PHOTON（纳米尺度转录组光选法） |
| 146 | 2025-10-06 |
Spatiotemporal transcriptomic landscape of rice embryonic cells during seed germination
2024-09-09, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.05.016
PMID:38848718
|
研究论文 | 本研究利用空间增强分辨率组学测序和单细胞RNA测序技术，绘制了水稻种子萌发过程中胚胎细胞的时空转录组图谱 | 开发了基于深度学习的自动细胞分割模型，发现了两种先前未报道的盾片细胞类型，并提供了探索胚胎细胞在种子萌发中作用的新方法 | NA | 阐明不同胚胎细胞在调控种子活力和幼苗建成中的复杂生物学功能 | 水稻胚胎细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间增强分辨率组学测序(Stereo-seq), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 原位杂交 | 深度学习 | 空间转录组数据, 单细胞转录组数据 | 吸水后6、24、36和48小时的水稻胚胎样本 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 147 | 2025-10-06 |
An integrated approach identifies the molecular underpinnings of murine anterior visceral endoderm migration
2024-09-09, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.05.014
PMID:38843837
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学和高分辨率活体成像技术，揭示了小鼠胚胎前内脏内胚层迁移的分子机制 | 首次结合单细胞转录组、磷酸化蛋白质组和活体成像技术系统研究AVE迁移，发现转录状态与细胞位置的紧密关联及信号素信号的关键作用 | 研究仅针对小鼠胚胎模型，结果在其他物种中的普适性有待验证 | 阐明前内脏内胚层独特迁移行为和功能的分子基础 | 小鼠胚胎前内脏内胚层细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 磷酸化蛋白质组学, 活体成像, 晶格光片显微镜, 短期谱系标记 | NA | 基因表达数据, 蛋白质磷酸化数据, 影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 148 | 2025-10-06 |
c-Myc alone is enough to reprogram fibroblasts into functional macrophages
2024-09-12, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-024-01605-x
PMID:39267119
|
研究论文 | 本研究开发了一种通过c-Myc过表达将成纤维细胞重编程为功能性巨噬细胞的新方法 | 首次证明仅通过c-Myc单独过表达即可实现成纤维细胞向功能性巨噬细胞的重编程 | NA | 开发高效获取巨噬细胞的新方法以促进抗癌免疫治疗 | 成纤维细胞、巨噬细胞、白血病模型、乳腺癌模型、患者来源肿瘤异种移植模型 | 细胞重编程 | 白血病、乳腺癌 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、ChIP-qPCR、双荧光素酶报告基因检测 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据、分子生物学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 149 | 2025-10-07 |
Pharmacological targets and validation of remdesivir for the treatment of COVID-19-associated pulmonary fibrosis: A network-based pharmacology and bioinformatics study
2024-Sep-27, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000039062
PMID:39331891
|
研究论文 | 通过生物信息学和网络药理学方法研究瑞德西韦治疗COVID-19相关肺纤维化的靶点和分子机制 | 首次系统整合网络药理学、分子对接和单细胞测序数据验证瑞德西韦对COVID-19相关肺纤维化的多靶点作用机制 | 研究主要基于公开数据库的预测分析，需要后续实验验证 | 探究瑞德西韦治疗COVID-19相关肺纤维化的药理靶点和作用机制 | 瑞德西韦、COVID-19和肺纤维化的共同靶点 | 生物信息学 | COVID-19相关肺纤维化 | 网络药理学、生物信息学分析、分子对接、单细胞测序 | 蛋白互作网络分析、转录因子调控网络分析 | 组学数据、测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 150 | 2025-10-07 |
Cytokines reprogram airway sensory neurons in asthma
2024-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.26.525731
PMID:39345572
|
研究论文 | 本研究揭示了哮喘中细胞因子如何重编程气道感觉神经元及其在过敏反应中的作用机制 | 发现了一类特异性支配气道的炎症性迷走伤害感受神经元，并阐明了IL-13通过JAK/STAT6通路驱动神经元重编程的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探究过敏性气道炎症中伤害感受神经元获得促炎特性的分子机制 | 小鼠气道伤害感受神经元和肺免疫细胞 | 神经免疫学 | 哮喘 | 逆行追踪、谱系报告、单细胞RNA测序、细胞特异性基因敲除 | NA | 基因表达数据、细胞测序数据 | 卵清蛋白诱导的气道炎症小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 151 | 2025-10-07 |
Aberrant activation of wound healing programs within the metastatic niche facilitates lung colonization by osteosarcoma cells
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.10.575008
PMID:38260361
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了骨肉瘤细胞通过诱导肺纤维化形成转移前微环境的机制，并验证了抗纤维化药物尼达尼布的治疗潜力 | 首次发现骨肉瘤细胞通过诱导肺泡上皮损伤和慢性伤口愈合表型来创建肺转移前微环境，并证明抗纤维化药物可阻断此过程 | 研究主要基于小鼠模型和异种移植模型，人类样本验证有限 | 阐明骨肉瘤肺转移前微环境形成的细胞和分子机制，并寻找转移特异性治疗靶点 | 骨肉瘤细胞、肺组织微环境、免疫活性小鼠模型、免疫缺陷人源异种移植模型 | 单细胞生物学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组测序, 空间转录组学, 多参数免疫荧光 | NA | 转录组数据, 蛋白质表达数据, 空间定位数据 | 免疫活性小鼠模型和免疫缺陷人源异种移植模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 152 | 2025-10-07 |
MSIsensor-RNA: Microsatellite Instability Detection for Bulk and Single-cell Gene Expression Data
2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae004
PMID:39341794
|
研究论文 | 开发了一种基于基因表达数据检测微卫星不稳定性的软件工具MSIsensor-RNA | 首个能够同时处理批量和单细胞基因表达数据的MSI检测方法 | 未在摘要中明确说明 | 开发微卫星不稳定性检测工具 | 批量和单细胞基因表达数据 | 生物信息学 | 癌症 | RNA测序, 微阵列, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 153 | 2025-10-07 |
SCancerRNA: Expression at the Single-cell Level and Interaction Resource of Non-coding RNA Biomarkers for Cancers
2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae023
PMID:39341795
|
研究论文 | 开发了一个名为SCancerRNA的综合性数据库，用于汇总非编码RNA生物标志物在单细胞水平的表达数据和相互作用网络 | 首个系统整理单细胞水平非编码RNA生物标志物表达数据的在线资源，整合了多种ncRNA类型及其相互作用网络 | 数据库内容依赖于已有的实验支持数据，可能无法覆盖所有相关研究 | 构建一个全面的非编码RNA生物标志物数据库，支持癌症诊断和治疗监测 | 长链非编码RNA、microRNA、PIWI互作RNA、小核仁RNA和环状RNA等非编码RNA生物标志物 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、相互作用网络数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 154 | 2025-10-07 |
A targetable type III immune response with increase of IL-17A expressing CD4+ T cells is associated with immunotherapy-induced toxicity in melanoma
2024-09, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-024-00810-4
PMID:39210005
|
研究论文 | 本研究探讨了免疫检查点抑制剂治疗黑色素瘤时引发不良反应的免疫机制，发现III型免疫反应和IL-17A表达CD4+T细胞与免疫治疗毒性相关 | 首次揭示了III型免疫反应特征和IL-17A表达CD4+T细胞在免疫治疗毒性中的作用，并提供了抗IL-17A治疗不良反应的概念验证证据 | 样本量有限，抗IL-17A治疗仅在两名患者中验证，需要更大规模的临床试验确认疗效 | 研究免疫检查点抑制剂治疗黑色素瘤时引发不良反应的免疫机制 | 黑色素瘤患者接受免疫检查点抑制剂治疗期间出现不良反应的患者 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 蛋白质组学分析、多重细胞因子检测、流式细胞术、多重免疫组织化学、空间转录组学 | NA | 血清蛋白质组数据、细胞因子数据、流式细胞数据、组织病理数据、空间转录组数据 | 未明确具体样本数量，包括血清样本、外周血样本、皮肤皮疹和结肠炎组织样本 | NA | 空间转录组学, 蛋白质组学, 流式细胞术, 多重免疫组织化学 | NA | NA |
| 155 | 2025-10-07 |
Evaluating cell type deconvolution in FFPE breast tissue: application to benign breast disease
2024-09, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae098
PMID:40162103
|
研究论文 | 评估FFPE乳腺组织中细胞类型反卷积方法的性能，并开发用于良性乳腺疾病分析的R包 | 构建了乳腺组织单细胞RNA-seq参考数据，测试了多种反卷积方法在FFPE样本中的表现，发现深度学习方法的优越性 | FFPE伪影显著影响反卷积方法的准确性，RMSE误差范围在0.04-0.17之间 | 优化从FFPE样本中定义个体细胞类型组成的策略 | 良性乳腺疾病组织 | 生物信息学 | 乳腺疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 数字病理学 | 深度学习, 细胞类型反卷积方法 | 转录组数据, 图像数据 | 62个良性乳腺疾病RNA-seq样本 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 156 | 2025-10-07 |
Gene expansions contributing to human brain evolution
2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.26.615256
PMID:39386494
|
研究论文 | 本研究通过分析完整的人类基因组序列，识别了与人类大脑进化相关的基因复制事件 | 首次利用完整端粒到端粒人类基因组序列(T2T-CHM13)系统识别人类特异性基因复制，并通过斑马鱼模型验证这些基因在大脑发育中的功能 | 研究主要关注基因复制事件，可能忽略了其他类型的基因组变异对大脑进化的贡献 | 探索人类大脑进化过程中基因复制事件的贡献 | 人类基因组序列、大脑转录组数据、斑马鱼模型 | 基因组学 | NA | 长读长DNA测序、单细胞RNA-seq、CRISPR基因编辑 | NA | 基因组序列、转录组数据、图像、行为数据 | 200个不同祖先背景的现代人类样本，多个斑马鱼模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 长读长测序 | NA | NA |
| 157 | 2025-10-07 |
Inferring Characteristics of the Tumor Immune Microenvironment of Patients with HNSCC from Single-Cell Transcriptomics of Peripheral Blood
2024-09-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0092
PMID:39113621
|
研究论文 | 本研究探索从头颈鳞状细胞癌患者外周血单细胞转录组数据推断肿瘤免疫微环境特征的可能性 | 首次证明可从外周血单细胞RNA测序数据推断肿瘤免疫微环境中的免疫细胞比例和基因表达谱，并开发了TIMEP预测工具 | 研究样本量有限，需要在更大规模研究中验证 | 探索从外周血推断肿瘤免疫微环境特征的方法及其在癌症免疫治疗中的应用价值 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两个头颈鳞状细胞癌患者数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 外周血单个核细胞和肿瘤组织的单细胞RNA测序 |
| 158 | 2025-10-07 |
Trem2 deficiency attenuates breast cancer tumor growth in lean, but not obese or weight loss, mice and is associated with alterations of clonal T cell populations
2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.25.614811
PMID:39386686
|
研究论文 | 本研究探讨了TREM2缺陷在不同体重状态下对乳腺癌肿瘤生长的影响及其与T细胞克隆群体的关联 | 首次揭示TREM2缺陷在瘦小鼠而非肥胖或减重小鼠中抑制肿瘤生长，并发现肿瘤与周围脂肪组织间存在共享的T细胞克隆型 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中验证 | 探究肥胖与乳腺癌预后的关联机制及TREM2在其中的作用 | 绝经后乳腺癌小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, VDJ测序 | 基因敲除模型 | 基因表达数据, T细胞受体序列数据 | 不同饮食干预组的小鼠样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 159 | 2025-10-07 |
Analyses of combined Merkel cell carcinomas with neuroblastic components suggests that loss of T antigen expression in Merkel cell carcinoma may result in cell cycle arrest and neuroblastic transdifferentiation
2024-09, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6304
PMID:39049595
|
研究论文 | 本研究通过对两例合并神经母细胞分化的默克尔细胞癌进行多组学分析，探讨了T抗原表达缺失导致细胞周期停滞和神经母细胞转分化的机制 | 首次对合并神经母细胞分化的默克尔细胞癌进行全面的形态学、免疫组化、转录组、遗传和表观遗传特征分析，揭示了T抗原表达缺失与神经母细胞转分化的关联 | 仅分析了两例罕见病例，样本量有限 | 探究默克尔细胞癌中神经母细胞分化的分子机制 | 两例合并神经母细胞分化的默克尔细胞癌病例 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 全外显子测序,空间转录组学,DNA甲基化分析,免疫组化 | NA | 基因组数据,转录组数据,表观遗传数据,病理图像 | 2例老年男性患者的肿瘤样本 | NA | 全外显子测序,空间转录组学,DNA甲基化分析 | NA | NA |
| 160 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomes and chromatin accessibility of endothelial cells unravel transcription factors associated with dysregulated angiogenesis in systemic sclerosis
2024-Sep-30, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2023-225415
PMID:38754983
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了系统性硬化症中内皮细胞的转录组和染色质可及性变化，发现ETS转录因子家族在血管异常调控中的关键作用 | 首次在系统性硬化症中整合单细胞转录组和染色质可及性分析，识别出ELK4、ERF和ETS1作为调控血管异常的新靶点 | 样本量相对有限，主要聚焦皮肤组织，需要进一步验证这些发现在其他血管床的普适性 | 阐明系统性硬化症中内皮细胞功能障碍的分子机制 | 系统性硬化症患者和对照的内皮细胞 | 单细胞组学 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序, 单核转座酶可及染色质测序, 免疫荧光染色, 蛋白质组学分析 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据, 蛋白质组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |