单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-01-22	CD8+ tissue-resident memory T cells are expanded in primary Sjögren's disease and can be therapeutically targeted by CD103 blockade 2024-Sep-30, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-225069 PMID:38777379	研究论文	本文研究了原发性干燥综合征（pSS）中CD8+组织驻留记忆T细胞（Trm）的表型和功能，以及CD103在其中的作用	首次在pSS中详细描述了CD8+CD103+ Trm细胞的表型和功能，并探索了通过CD103阻断进行治疗的潜力	研究主要基于动物模型和有限的临床样本，需要进一步的大规模临床验证	探讨CD8+ Trm细胞在pSS中的作用及其治疗潜力	原发性干燥综合征（pSS）患者和非pSS干燥综合征患者的唾液腺和外周血	免疫学	干燥综合征	单细胞RNA测序（scRNAseq）和批量RNA测序	实验性干燥综合征（ESS）小鼠模型	基因表达数据	pSS和非pSS干燥综合征患者的唾液腺和外周血样本，以及ESS小鼠模型
142	2025-01-16	A Comprehensive Flow Cytometry Panel for Analysis of Idiopathic Subglottic Stenosis 2024-Sep, Otolaryngology--head and neck surgery : official journal of American Academy of Otolaryngology-Head and Neck Surgery DOI:10.1002/ohn.754 PMID:38606634	研究论文	本文介绍了一种用于分析特发性声门下狭窄（iSGS）的综合流式细胞术面板	提出了一个综合流式细胞术面板，用于分析iSGS的细胞机制，为气道科学家提供了一个共同的平台	样本量较小，仅包括9对正常和瘢痕组织样本	研究特发性声门下狭窄（iSGS）的细胞机制	特发性声门下狭窄（iSGS）患者的正常和瘢痕组织样本	生物医学研究	特发性声门下狭窄	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	细胞数据	9对正常和瘢痕组织样本
143	2025-01-15	The role of GDF15 in attenuating noise-induced hidden hearing loss by alleviating oxidative stress 2024-09-18, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09912-2 PMID:39289208	研究论文	本研究探讨了GDF15在减轻噪声引起的隐性听力损失（HHL）中的作用，通过缓解氧化应激来保护耳蜗	首次揭示了GDF15在HHL中的保护作用，并提出了针对GDF15的治疗策略	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究GDF15在噪声引起的隐性听力损失中的作用	小鼠耳蜗	生物医学	听力损失	单细胞转录组分析	小鼠模型	转录组数据	HHL小鼠的耳蜗细胞
144	2025-01-12	Loss of p53 and SMAD4 induces adenosquamous subtype pancreatic cancer in the absence of an oncogenic KRAS mutation 2024-Sep-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101711 PMID:39232498	研究论文	本研究通过基因工程小鼠模型，探讨了在无致癌KRAS突变情况下，Trp53/Smad4或Trp53/Tgfbr2缺失诱导自发性胰腺癌的机制	首次在无致癌KRAS突变背景下，通过Trp53/Smad4或Trp53/Tgfbr2缺失成功诱导出胰腺癌，并揭示了其独特的组织学特征和肿瘤免疫微环境	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类胰腺癌中验证这些发现	探讨无致癌KRAS突变情况下胰腺癌的发生机制	基因工程小鼠模型（Trp53;Smad4;Pdx1-Cre和Trp53;Tgfbr2;Pdx1-Cre）	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	基因工程小鼠模型	基因表达数据	两种基因工程小鼠模型（PPSSC和PPTTC）
145	2025-01-12	Sex-specific effects of injury and beta-adrenergic activation on metabolic and inflammatory mediators in a murine model of post-traumatic osteoarthritis 2024-Sep, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2024.03.109 PMID:38527663	研究论文	本研究探讨了损伤和β-肾上腺素能激活对小鼠创伤后骨关节炎（PTOA）模型中代谢和炎症介质的性别特异性影响	揭示了β-肾上腺素能受体激动剂异丙肾上腺素在女性小鼠中对PTOA相关炎症的抑制作用，并发现这种作用具有性别依赖性	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本，且未探讨长期治疗效果	研究β-肾上腺素能受体激活对PTOA炎症和代谢的影响	12周龄的雄性和雌性小鼠	骨关节炎研究	骨关节炎	组织学分析、多重基因表达分析、滑液代谢组学分析	小鼠PTOA模型	基因表达数据、代谢组学数据、行为学数据	未明确说明具体样本数量，但涉及雄性和雌性小鼠
146	2025-01-02	Pan-cancer analysis of the immunological and oncogenic roles of ATAD2 with verification in papillary thyroid carcinoma 2024-09-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-73274-2 PMID:39333272	研究论文	本文通过泛癌分析探讨了ATAD2在肿瘤进展和免疫相互作用中的角色，并在甲状腺乳头状癌中进行了验证	首次在泛癌范围内系统分析了ATAD2的表达、突变及其与免疫浸润的关系，并在甲状腺乳头状癌中验证了其致癌功能	研究主要依赖于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨ATAD2在肿瘤进展和免疫相互作用中的共同角色，并验证其在甲状腺乳头状癌中的致癌功能	ATAD2基因及其在多种肿瘤中的表达和突变情况	肿瘤学	甲状腺乳头状癌	单细胞测序、MTT、伤口愈合、transwell、流式细胞术	NA	基因表达数据、突变数据、单细胞测序数据	利用TCGA、GTEx、CPTAC、HPA和cBioPortal数据库中的泛癌数据
147	2025-01-01	Identification of Disulfidptosis-Related Genes in Ischemic Stroke by Combining Single-Cell Sequencing, Machine Learning Algorithms, and In Vitro Experiments 2024-Sep-15, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-024-08804-2 PMID:39278970	研究论文	本研究结合单细胞测序、机器学习算法和体外实验，探讨了二硫键死亡相关基因在缺血性卒中中的作用及其与免疫病理特征的相关性	首次将二硫键死亡相关基因与缺血性卒中的免疫病理特征联系起来，并开发了预测缺血性卒中风险的可靠模型	研究主要基于体外实验和单细胞测序数据，缺乏大规模临床验证	探讨二硫键死亡相关基因在缺血性卒中中的机制作用及其与免疫病理特征的相关性	缺血性卒中患者的外周血样本	机器学习	缺血性卒中	单细胞测序、机器学习算法（LASSO、随机森林、SVM-RFE）	预测模型（nomogram模型）	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
148	2024-12-25	Dendritic cell effector mechanisms and tumor immune microenvironment infiltration define TLR8 modulation and PD-1 blockade 2024-Sep-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.03.610636 PMID:39282367	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重染色技术，探讨了TLR8激动剂与PD-1阻断剂联合治疗在头颈部鳞状细胞癌患者中的作用机制	首次揭示了TLR8激动剂与PD-1阻断剂联合治疗在人类中的作用机制，并展示了其在提高树突状细胞和细胞毒性T淋巴细胞密度方面的显著效果	研究样本量较小，仅涉及三名患者，且为预手术临床试验，结果的广泛适用性有待进一步验证	探讨TLR8激动剂与PD-1阻断剂联合治疗在头颈部鳞状细胞癌患者中的作用机制	头颈部鳞状细胞癌患者	NA	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	三名头颈部鳞状细胞癌患者
149	2024-12-22	starTracer is an accelerated approach for precise marker gene identification in single-cell RNA-Seq analysis 2024-09-13, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06790-6 PMID:39266658	研究论文	本文介绍了一种名为starTracer的新算法，用于加速单细胞RNA-seq数据中标记基因的识别	starTracer算法通过减少冗余计算，显著提高了计算效率、特异性和准确性，相比Seurat算法速度提升了2~3个数量级	NA	提高单细胞RNA-seq数据中标记基因识别的效率、特异性和准确性	单细胞RNA-seq数据中的标记基因	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	三个独立数据集和一个模拟测试数据集
150	2024-12-22	Integrating large-scale single-cell RNA sequencing in central nervous system disease using self-supervised contrastive learning 2024-09-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06813-2 PMID:39251817	研究论文	本文介绍了一种自监督对比学习方法scCM，用于整合大规模中枢神经系统单细胞RNA测序数据	提出了scCM方法，通过比较基因表达的变化，将功能相关的细胞聚集在一起，同时将不相似的细胞分开，有效揭示了中枢神经系统细胞类型/亚型的异质性关系	NA	整合大规模中枢神经系统单细胞RNA测序数据，揭示细胞和分子机制	中枢神经系统细胞类型/亚型	单细胞RNA测序	中枢神经系统疾病	单细胞RNA测序	自监督对比学习	基因表达数据	20个中枢神经系统数据集，涵盖4个物种和10种中枢神经系统疾病
151	2024-12-22	PHD2 safeguards modest mesendoderm development 2024-09-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06824-z PMID:39244636	研究论文	本文研究了PHD2在调节HIF-1α水平和调控中胚层发育中的关键作用	首次揭示了PHD2在调控中胚层发育中的负向调节作用，并阐明了其通过HIF-1α调控Wnt/β-catenin通路的机制	研究主要集中在体外模型和早期胚胎阶段，缺乏对更晚期发育阶段的验证	探讨PHD2在中胚层发育中的作用及其与低氧和HIF-1α的相互作用	PHD2、HIF-1α、中胚层发育、Wnt/β-catenin通路	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了小鼠胚胎干细胞（mESCs）、胚胎体和鼠胚
152	2024-12-22	Deficient RPE mitochondrial energetics leads to subretinal fibrosis in age-related neovascular macular degeneration 2024-09-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06773-7 PMID:39223298	研究论文	研究揭示了视网膜色素上皮（RPE）线粒体能量代谢缺陷与年龄相关性新生血管性黄斑变性中亚视网膜纤维化的关系	首次揭示了VLDLR通过抑制TGFβ诱导的代谢重编程来抑制纤维化，并提出CPT1A作为治疗亚视网膜纤维化的潜在靶点	NA	探讨视网膜色素上皮代谢紊乱与亚视网膜纤维化的潜在机制	视网膜色素上皮细胞中的线粒体脂肪酸氧化相关基因	NA	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	NA	RNA	Vldlr小鼠模型
153	2024-12-19	A graph self-supervised residual learning framework for domain identification and data integration of spatial transcriptomics 2024-09-12, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06814-1 PMID:39266614	研究论文	本文提出了一种基于图神经网络和边际差异差异理论的图自监督残差学习框架ResST，用于空间转录组数据的域识别和数据整合	ResST通过整合基因表达、生物效应、空间位置和形态信息，捕捉细胞与其周围细胞之间的非线性关系，用于空间域识别，并基于MDD理论整合多个ST数据集以校正批次效应	NA	开发一种新的方法来准确识别空间转录组数据中的空间一致性域，并有效整合多样本数据	空间转录组数据中的基因表达模式和组织微环境	数字病理学	NA	图神经网络	图神经网络	基因表达数据	10个使用不同技术获取的空间转录组数据集
154	2024-12-19	SpatialCTD: A Large-Scale Tumor Microenvironment Spatial Transcriptomic Dataset to Evaluate Cell Type Deconvolution for Immuno-Oncology 2024-09, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2024.0532 PMID:39117342	研究论文	本文介绍了一个大规模的肿瘤微环境空间转录组数据集SpatialCTD，用于评估免疫肿瘤学中的细胞类型反卷积方法	提出了一个大规模的SpatialCTD数据集，涵盖了人类肿瘤微环境中的1.8百万个细胞和12,900个伪斑点，并提出了一种基于图神经网络的反卷积方法GNNDeconvolver	现有的细胞类型反卷积基准数据集主要是基于模拟或规模有限，且主要涵盖小鼠数据，不适用于人类免疫肿瘤学	克服现有数据集的局限性，促进对人类免疫肿瘤学中细胞类型反卷积的全面研究	人类肿瘤微环境中的细胞类型反卷积	数字病理学	NA	空间转录组学	图神经网络	转录组数据	1.8百万个细胞和12,900个伪斑点
155	2024-12-13	Stem-like exhausted CD8 T cells in pleural effusions predict improved survival in non-small cell lung cancer (NSCLC) and mesothelioma 2024-Sep-30, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-284 PMID:39430319	研究论文	研究探讨了胸腔积液中干细胞样耗竭CD8 T细胞在非小细胞肺癌和间皮瘤患者中的预后意义	首次发现胸腔积液中干细胞样耗竭CD8 T细胞（Texstem）的频率与非小细胞肺癌和间皮瘤患者的更好生存结果相关	研究为回顾性分析，样本量相对较小，且仅限于特定类型的肺癌和间皮瘤患者	探讨干细胞样耗竭CD8 T细胞在非小细胞肺癌和间皮瘤患者中的预后价值	非小细胞肺癌和间皮瘤患者的胸腔积液中的CD8 T细胞	数字病理学	肺癌	流式细胞术、质谱流式细胞术、单细胞多组学分析	NA	细胞	43例非小细胞肺癌患者和49例间皮瘤患者的胸腔积液样本，以及16例预处理胸腔积液样本和4例单细胞多组学分析样本
156	2024-12-13	Impaired Myofibroblast Proliferation is a Central Feature of Pathologic Post-Natal Alveolar Simplification 2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.21.572766 PMID:38187712	研究论文	本文研究了早产儿支气管肺发育不良（BPD）中由于肺泡简化导致的气体交换受损，并探讨了肌成纤维细胞增殖受损在其中的核心作用	通过多重小鼠模型和单细胞RNA测序，揭示了肌成纤维细胞增殖受损在BPD病理中的关键作用，并发现抑制肌成纤维细胞增殖足以导致病理性肺泡简化	本文主要基于小鼠模型，研究结果的临床转化和应用仍需进一步验证	探讨BPD病理中肺泡简化的机制，并寻找潜在的治疗策略	早产儿支气管肺发育不良（BPD）中的肺泡简化及肌成纤维细胞增殖	NA	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多重小鼠模型
157	2024-12-13	Fc-engineered antibodies promote neutrophil-dependent control of Mycobacterium tuberculosis 2024-Sep, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-024-01777-9 PMID:39174703	研究论文	本文研究了Fc工程化抗体在促进中性粒细胞依赖性控制结核分枝杆菌中的作用	本文通过工程化抗体的Fc区域，增强其促进结核分枝杆菌限制的能力，并发现这些抗体通过促进中性粒细胞的存活和抗菌程序的表达来控制结核病	本文未探讨单一Fc特征是否能普遍驱动结核分枝杆菌的控制	研究抗体在控制结核病中的作用机制，并探索其在治疗策略中的应用潜力	结核分枝杆菌、中性粒细胞、Fc工程化抗体	NA	结核病	单细胞RNA测序	NA	RNA	52种Fc变体
158	2024-12-08	Leveraging cell type-specificity for gene set analysis of single cell transcriptomics 2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.615040 PMID:39386631	研究论文	本文描述了一种利用单细胞转录组数据中的细胞类型特异性信息来定制基因集的方法	提出了一种利用人类蛋白质图谱（HPA）单细胞类型图谱中的平均基因表达信息来计算细胞类型特异性基因和基因集权重的方法，以改进基因集测试的效力和可解释性	NA	改进单细胞转录组数据的基因集测试效力和可解释性	单细胞转录组数据中的基因集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	81种人类细胞类型
159	2024-12-08	The proteomic landscape and temporal dynamics of mammalian gastruloid development 2024-Sep-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.05.609098 PMID:39282277	研究论文	研究通过定量蛋白质组学分析人类和小鼠胚胎发育的关键阶段，揭示了蛋白质动力学和调控网络	首次将定量蛋白质组学应用于人类和小鼠胚胎发育模型，结合RNA-seq和磷酸化位点数据，揭示了翻译后调控的物种特异性差异	研究主要集中在胚胎发育的特定阶段，未涵盖整个发育过程	通过蛋白质组学分析，填补早期哺乳动物发育中蛋白质动力学和调控的空白	人类和小鼠的胚胎发育模型	生物信息学	NA	定量蛋白质组学	NA	蛋白质组数据	人类和小鼠胚胎发育模型的四个关键阶段
160	2024-12-06	Single-cell RNA sequencing facilitates the elucidation of the complete biosynthesis of the antidepressant hyperforin in St. John's wort 2024-09-02, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2024.08.003 PMID:39135343	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了贯叶连翘中抗抑郁药物金丝桃素的完整生物合成途径	首次通过单细胞RNA测序技术识别出“Hyper细胞”，并鉴定出四种跨膜法尼基转移酶（HpPT1-4），完成了金丝桃素生物合成途径的完整重建	NA	揭示贯叶连翘中金丝桃素的完整生物合成途径	贯叶连翘中的金丝桃素生物合成	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	1.54 Gb的四倍体贯叶连翘基因组，组装成32条染色体