单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-10-24	Dendritic cell effector mechanisms and tumor immune microenvironment infiltration define TLR8 modulation and PD-1 blockade 2024-Sep-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.03.610636 PMID:39282367	研究论文	研究探讨了TLR8激动剂与PD-1阻断剂联合治疗头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的机制	首次通过单细胞RNA测序和多重染色技术，揭示了TLR8激动剂与PD-1阻断剂联合治疗在HNSCC患者中的免疫效应机制	研究样本量较小，仅涉及三名患者	解析TLR8激动剂与PD-1阻断剂联合治疗在HNSCC患者中的作用机制	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	三名HNSCC患者
142	2024-10-24	A conserved cell-type gradient across the human mediodorsal and paraventricular thalamus 2024-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.03.611112 PMID:39282422	研究论文	研究了人类内侧背核和室旁核的细胞类型梯度，并探讨了其与认知和精神疾病的关系	通过单核和空间转录组学技术，发现了人类内侧背核中保守的兴奋性神经元梯度，并揭示了其与精神疾病遗传风险的关联	研究主要集中在人类和鼠类的内侧背核，未涵盖其他物种或脑区	探讨人类内侧背核和室旁核的细胞组成及其与认知和精神疾病的关系	人类和鼠类的内侧背核和室旁核的细胞类型	神经科学	精神疾病	单核和空间转录组学	NA	转录组数据	人类和鼠类的内侧背核和室旁核样本
143	2024-10-24	Biological sex affects functional variation across the human genome 2024-Sep-05, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.09.03.24313025 PMID:39281750	研究论文	研究探讨了生物性别对人类基因组功能变异的影响	开发了一种两步回归方法来识别性别偏倚表达数量性状位点（sb-eQTL），并发现这些sb-eQTL在多种疾病中富集	NA	揭示生物性别对基因组功能变异的影响及其在疾病中的作用	人类基因组中的性别偏倚基因和表达数量性状位点	基因组学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	480个淋巴母细胞系
144	2024-10-24	Age-related epithelial defects limit thymic function and regeneration 2024-Sep, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01915-9 PMID:39112630	研究论文	研究了年龄相关上皮缺陷如何限制胸腺功能和再生	发现了两种与年龄相关的非典型胸腺上皮细胞状态，这些细胞形成高密度皮质旁上皮簇，与胸腺细胞缺失相关，并与FOXN1下调有关	研究主要集中在胸腺上皮细胞的变化，未涉及其他细胞类型和更广泛的免疫系统影响	探讨年龄相关胸腺上皮细胞变化及其对胸腺功能和再生的影响	胸腺上皮细胞和其与年龄相关的变化	NA	NA	单细胞和空间转录组学、谱系追踪和高级成像技术	NA	转录组数据	未明确提及具体样本数量
145	2024-10-24	Spatially clustered type I interferon responses at injury borderzones 2024-Sep, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07806-1 PMID:39198639	研究论文	研究心肌梗死后心肌细胞在梗死边缘区启动的I型干扰素反应	揭示了心肌细胞在心肌梗死边缘区启动的I型干扰素反应，并发现这种反应与心肌破裂和生存率有关	仅在啮齿动物模型中进行了研究，尚未在人类中验证	探讨心肌梗死后心肌细胞在边缘区的免疫反应及其对心脏功能的影响	心肌细胞、成纤维细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和内皮细胞	心血管疾病	心血管疾病	空间转录组学分析	NA	转录组数据	小鼠和人类样本
146	2024-10-24	PoweREST: Statistical Power Estimation for Spatial Transcriptomics Experiments to Detect Differentially Expressed Genes Between Two Conditions 2024-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.30.610564 PMID:39257799	研究论文	本文介绍了一种名为PoweREST的统计功效估计工具，用于空间转录组学实验中检测两种条件下差异表达基因的统计功效	PoweREST是首个专门为10X Genomics Visium数据设计的差异表达基因检测统计功效估计工具，支持实验前和初步数据收集后的功效估计	NA	开发一种工具，用于估计空间转录组学实验中差异表达基因检测的统计功效	空间转录组学数据中的差异表达基因	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
147	2024-10-20	Bioinformatic-Experimental Screening Uncovers Multiple Targets for Increase of MHC-I Expression through Activating the Interferon Response in Breast Cancer 2024-Sep-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms251910546 PMID:39408874	研究论文	本研究通过生物信息学和实验筛选，识别出多个可以增加乳腺癌中MHC-I表达的基因靶点	首次通过综合分析MHC-I评分、基因表达相关性、生存预测和Cibersort肿瘤浸润淋巴细胞评分，识别出144个与MHC-I表达和TILs负相关的基因，并通过实验验证了其中多个基因的有效性	研究主要集中在乳腺癌细胞系和患者样本，结果的普适性需要进一步验证	识别并验证可以增加乳腺癌中MHC-I表达的基因靶点	乳腺癌细胞中的MHC-I表达和肿瘤浸润淋巴细胞	生物信息学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	乳腺癌患者样本
148	2024-10-20	Cerebrospinal Fluid and Peripheral Blood Lymphomonocyte Single-Cell Transcriptomics in a Subject with Multiple Sclerosis Acutely Infected with HIV 2024-Sep-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms251910459 PMID:39408789	研究论文	研究了多发性硬化症（MS）急性感染HIV患者的脑脊液和外周血淋巴单核细胞的单细胞转录组特征	首次在多发性硬化症和HIV感染的临床样本中使用单细胞转录组技术，揭示了神经退行性基因表达的特征	无法区分多发性硬化症和HIV感染的具体原因	探讨多发性硬化症急性感染HIV患者的脑脊液和外周血淋巴单核细胞的单细胞转录组特征	多发性硬化症急性感染HIV患者的脑脊液和外周血淋巴单核细胞	数字病理学	多发性硬化症	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	脑脊液中1446个单细胞转录组，外周血单核细胞中4647个单细胞转录组
149	2024-10-20	Characterization of Endothelial Cell Subclusters in Localized Scleroderma Skin with Single-Cell RNA Sequencing Identifies NOTCH Signaling Pathway 2024-Sep-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms251910473 PMID:39408800	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了局限性硬皮病皮肤中的内皮细胞亚群，并识别出NOTCH信号通路	首次使用单细胞RNA测序技术详细研究局限性硬皮病皮肤中的内皮细胞亚群，并识别出与疾病进展相关的信号通路	研究样本仅包括27名局限性硬皮病患者和17名健康对照，样本量有限	探讨局限性硬皮病皮肤中内皮细胞的分子机制	局限性硬皮病患者的皮肤内皮细胞	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	27名局限性硬皮病患者和17名健康对照的皮肤细胞
150	2024-10-20	Unravelling the Complexity of HNSCC Using Single-Cell Transcriptomics 2024-Sep-25, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16193265 PMID:39409886	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNAseq）在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）研究中的应用	scRNAseq技术能够详细描述肿瘤微环境（TME）中的细胞水平特征，为HNSCC的病因、诊断、预后和治疗提供了新的见解	NA	评估scRNAseq在解决HNSCC管理挑战中的效用	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）及其肿瘤微环境（TME）	数字病理学	头颈部癌症	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	NA
151	2024-10-20	SELF-Former: multi-scale gene filtration transformer for single-cell spatial reconstruction 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae523 PMID:39413798	研究论文	本文介绍了一种基于Transformer的框架SELF-Former，用于单细胞空间重构任务	引入了基因过滤模块，显著提升了空间重构任务的准确性	NA	解决单细胞RNA测序数据到空间转录组数据的空间重构问题	单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	生物信息学	NA	Transformer	Transformer	基因表达数据	四个基准数据集
152	2024-10-20	scMGATGRN: a multiview graph attention network-based method for inferring gene regulatory networks from single-cell transcriptomic data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae526 PMID:39417321	研究论文	提出了一种基于多视图图注意力网络的scMGATGRN方法，用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络	scMGATGRN模型结合了图注意力网络、多视图和视图级注意力机制，能够同时利用局部特征信息和高阶邻居特征信息，动态调整节点嵌入表示的相对重要性	NA	推断基因调控网络，揭示细胞系统的结构和动态特性	单细胞转录组数据中的基因调控网络	机器学习	NA	图注意力网络	多视图图注意力网络	转录组数据	七个基准单细胞RNA测序数据集，来自五种细胞系（两种人类细胞和三种小鼠细胞）
153	2024-10-20	Isotype-aware inference of B cell clonal lineage trees from single-cell sequencing data 2024-Sep-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100637 PMID:39208795	研究论文	本文介绍了一种名为TRIBAL的算法，用于从单细胞RNA测序数据中推断B细胞克隆系谱树，考虑了体细胞超突变和类别转换重组	TRIBAL算法能够同时考虑体细胞超突变和类别转换重组，相较于现有方法，能够更全面和准确地重建B细胞系谱树	NA	开发一种新的算法，用于从单细胞RNA测序数据中推断B细胞克隆系谱树，考虑体细胞超突变和类别转换重组	B细胞克隆系谱树的推断	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
154	2024-10-20	ABCA7-dependent induction of neuropeptide Y is required for synaptic resilience in Alzheimer's disease through BDNF/NGFR signaling 2024-Sep-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100642 PMID:39216475	研究论文	研究探讨了ABCA7基因在阿尔茨海默病中的作用及其通过BDNF/NGFR信号通路对神经肽Y（NPY）表达的影响	首次通过CRISPR-Cas9技术生成了abca7敲除斑马鱼模型，揭示了ABCA7在阿尔茨海默病中的功能相关性	研究主要基于斑马鱼模型和诱导多能干细胞衍生的神经元，缺乏直接的人类临床试验数据	探讨ABCA7基因在阿尔茨海默病中的功能及其对神经肽Y（NPY）表达的影响	ABCA7基因、神经肽Y（NPY）、脑源性神经营养因子（BDNF）、神经生长因子受体（NGFR）	神经科学	阿尔茨海默病	CRISPR-Cas9、单细胞转录组学	NA	转录组数据	斑马鱼模型、诱导多能干细胞衍生的神经元
155	2024-10-20	An isoform-resolution transcriptomic atlas of colorectal cancer from long-read single-cell sequencing 2024-Sep-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100641 PMID:39216476	研究论文	本研究通过整合短读和长读单细胞RNA测序数据，构建了结直肠癌的isoform分辨率转录组图谱	首次整合短读和长读单细胞RNA测序数据，揭示了结直肠癌中394个失调的转录结构，并开发了一种算法来识别可能用于癌症疫苗开发的复发性新抗原	NA	揭示结直肠癌中的转录异质性和潜在的治疗靶点	结直肠癌样本中的肿瘤上皮细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
156	2024-10-20	Acyl-coenzyme a binding protein (ACBP) - a risk factor for cancer diagnosis and an inhibitor of immunosurveillance 2024-Sep-06, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02098-5 PMID:39242519	研究论文	研究了ACBP/DBI在癌症诊断中的风险因素作用及其作为免疫监视抑制剂的功能	发现ACBP/DBI作为内源性免疫抑制剂，可作为改善癌症免疫监视的可行靶点	NA	探讨ACBP/DBI在癌症发展中的作用及其作为免疫监视抑制剂的潜力	ACBP/DBI在癌症患者和高风险患者中的水平，以及其在小鼠模型中的作用	NA	肺癌	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	血液	癌症患者，高风险患者，非综合征健康受试者，小鼠模型
157	2024-10-20	The choroid plexus synergizes with immune cells during neuroinflammation 2024-Sep-05, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.07.002 PMID:39089253	研究论文	本文研究了脉络丛在神经炎症期间与免疫细胞的协同作用	首次揭示了脉络丛上皮细胞在神经炎症期间临时特化，以滋养免疫细胞，协调其招募、生存和分化，并调节紧密连接以控制脉络丛血脑屏障的通透性	NA	阐明脉络丛在调节脑部炎症中的机制	脉络丛、免疫细胞、脑脊液	NA	NA	双光子成像、单细胞转录组学	NA	图像、转录组数据	清醒小鼠
158	2024-10-19	Clustering scRNA-seq data with the cross-view collaborative information fusion strategy 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae511 PMID:39402696	研究论文	本文介绍了一种基于信息瓶颈（IB）和跨视图融合策略的新型单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据聚类算法scCFIB	scCFIB算法通过信息瓶颈处理高维稀疏数据，并采用跨视图融合策略实现稳健的细胞聚类	NA	开发一种高效的scRNA-seq数据聚类方法	scRNA-seq数据中的细胞聚类	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	信息瓶颈（IB）	基因表达数据	多种scRNA-seq数据集
159	2024-10-17	Gene expression prediction from histology images via hypergraph neural networks 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae500 PMID:39401144	研究论文	提出了一种基于超图神经网络的基因表达预测模型HGGEP，用于从组织学图像中预测基因表达	引入超图神经网络模型HGGEP，通过梯度增强模块和注意力机制捕捉细胞形态信息与基因表达之间的关系，并利用多尺度特征关联提高预测性能	现有方法忽略了细胞形态信息与基因表达之间的复杂关系，以及未充分利用图像中提取的不同潜在阶段特征	解决从组织学图像预测基因表达的挑战，提高预测准确性	基因表达预测，组织学图像分析	计算机视觉	肿瘤疾病	超图神经网络	超图神经网络	图像	多个数据集，包括癌症和肿瘤疾病样本
160	2024-10-17	Keratin 8/18a.1 Expression Influences Embryonic Neural Crest Cell Dynamics and Contributes to Postnatal Corneal Regeneration in Zebrafish 2024-Sep-02, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13171473 PMID:39273043	研究论文	研究了角质蛋白8/18a.1在斑马鱼胚胎神经嵴细胞动力学和成年后角膜再生中的作用	首次揭示了角质蛋白8和18a.1在斑马鱼早期眼睛发育中的表达，并探讨了它们在神经嵴细胞迁移和成年后角膜再生中的作用	仅在斑马鱼模型中进行了研究，尚未在其他物种中验证	探讨神经嵴细胞在眼睛发育和成年后角膜再生中的机制	斑马鱼胚胎和成年后的神经嵴细胞及角膜组织	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、原位杂交、免疫荧光显微镜	NA	基因表达数据	斑马鱼胚胎和成年个体