单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 657 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2024-11-20 |
Tipping points in epithelial-mesenchymal lineages from single-cell transcriptomics data
2024-09-03, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2024.03.021
PMID:38504523
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研究论文 | 本文提出了一种利用单细胞转录组数据推断细胞谱系稳定性和基因调控网络的计算方法 | 该方法通过单细胞RNA测序数据中的未剪接和剪接计数以及细胞在谱系轨迹上的排序，训练了一个RNA剪接多元模型，并基于模型的雅可比矩阵的光谱分析推断细胞状态的稳定性 | NA | 研究细胞在复杂生物过程中的命运决策机制 | 卵巢癌和肺癌来源的细胞系中的上皮-间质转化过程 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | RNA剪接多元模型 | 转录组数据 | 卵巢癌和肺癌来源的细胞系 |
| 122 | 2024-11-20 |
Disruption of memory B-cell trafficking by belimumab in patients with systemic lupus erythematosus
2024-09-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keae286
PMID:38775637
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研究论文 | 研究探讨了贝利木单抗对系统性红斑狼疮患者记忆B细胞迁移的影响 | 首次深入分析了贝利木单抗对记忆B细胞的影响，揭示了其在治疗系统性红斑狼疮中的新机制 | 研究样本量较小，且仅限于特定的患者群体 | 探讨贝利木单抗对系统性红斑狼疮患者记忆B细胞的影响 | 系统性红斑狼疮患者的记忆B细胞 | NA | 系统性红斑狼疮 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据，转录组数据 | 1245名系统性红斑狼疮患者 |
| 123 | 2024-11-20 |
Spatiotemporal evolutionary process of osteosarcoma immune microenvironment remodeling and C1QBP-driven drug resistance deciphered through single-cell multi-dimensional analysis
2024-Sep, Bioengineering & translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/btm2.10654
PMID:39553438
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研究论文 | 本研究通过单细胞多维分析揭示了骨肉瘤免疫微环境重塑的时空演化过程及C1QBP驱动的药物抗性机制 | 本研究首次整合了多个单细胞RNA测序数据集，构建了骨肉瘤微环境的全面图谱，并发现了C1QBP在骨肉瘤中的重要作用及其与药物抗性的关联 | NA | 探索骨肉瘤发生和进展的内在机制 | 骨肉瘤的免疫微环境及C1QBP在其中的作用 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个单细胞RNA测序数据集及批量RNA测序数据 |
| 124 | 2024-11-19 |
Recent developments and new directions in the use of natural products for the treatment of inflammatory bowel disease
2024-Sep, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2024.155812
PMID:38905845
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综述 | 本文系统回顾了利用天然产物治疗炎症性肠病（IBD）的最新研究进展 | 介绍了利用元基因组学、单细胞测序、靶点识别技术和药物递送系统等前沿技术克服天然产物在临床转化和药物发现中的挑战 | 天然产物在临床转化和药物发现方面仍面临挑战 | 探讨如何利用当代技术创新发现和利用生物活性天然产物治疗IBD | 天然产物在治疗IBD中的应用 | NA | 炎症性肠病 | 元基因组学、单细胞测序、靶点识别技术、药物递送系统 | NA | NA | NA |
| 125 | 2024-11-18 |
CXCL8 secreted by immature granulocytes inhibits WT hematopoiesis in chronic myelomonocytic leukemia
2024-Sep-17, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI180738
PMID:39545419
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研究论文 | 研究探讨了不成熟粒细胞（iGRANs）在慢性粒单核细胞白血病（CMML）进展中的作用 | 发现CXCL8在不成熟粒细胞中高表达，抑制了野生型造血干细胞和祖细胞的增殖，而CXCL8受体抑制剂和CXCL8阻断剂可以恢复野生型造血干细胞的增殖 | 研究仅限于体外实验，尚未在临床上验证CXCL8抑制剂的治疗效果 | 探讨不成熟粒细胞在慢性粒单核细胞白血病进展中的作用及其潜在治疗策略 | 慢性粒单核细胞白血病患者的外周血中的不成熟粒细胞及其分泌的细胞因子CXCL8 | 血液学 | 白血病 | 流式细胞术、RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 慢性粒单核细胞白血病患者的外周血样本 |
| 126 | 2024-11-18 |
Comprehensive profiling of the human fecal proteome from IBD patients with DIA-MS enables evaluation of disease-relevant proteins
2024-Sep, Proteomics. Clinical applications
DOI:10.1002/prca.202300075
PMID:38552248
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研究论文 | 本文使用DIA-MS技术对IBD患者的粪便蛋白质组进行全面分析，以评估与疾病相关的蛋白质 | 本文揭示了新的粪便蛋白质，这些蛋白质可能作为非侵入性生物标志物来监测IBD疾病活动的特定方面 | NA | 评估与炎症性肠病（IBD）相关的非侵入性生物标志物 | IBD患者的粪便蛋白质组 | NA | 炎症性肠病 | DIA-MS | NA | 蛋白质组数据 | 两个独立队列，Cohort 1：健康5例，UC 5例，CD 5例；Cohort 2：健康20例，UC 10例，CD 10例 |
| 127 | 2024-11-17 |
SpaDiT: diffusion transformer for spatial gene expression prediction using scRNA-seq
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae571
PMID:39508444
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研究论文 | 本文提出了一种名为SpaDiT的深度学习框架，用于利用scRNA-seq数据进行空间基因表达预测 | SpaDiT通过使用scRNA-seq数据作为先验条件，并利用ST和scRNA-seq数据之间的共享基因作为潜在表示来构建输入，从而提高了空间基因表达预测的准确性 | NA | 解决空间转录组学数据中未检测到的基因数量多，应用价值有限的问题 | 空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | Transformer | 基因表达数据 | 涉及多种空间转录组学数据集 |
| 128 | 2024-11-17 |
Graph domain adaptation-based framework for gene expression enhancement and cell type identification in large-scale spatially resolved transcriptomics
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae576
PMID:39508445
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研究论文 | 本文介绍了一种基于图域适应的深度学习框架SpaGDA，用于增强大规模空间转录组学中的基因表达和细胞类型识别 | SpaGDA通过从参考单细胞RNA测序数据中无偏地转移知识，实现了基因表达插补和细胞类型识别的双重功能 | NA | 克服当前空间转录组学技术在基因检测灵敏度和基因通量方面的限制，提供更精确的生物学过程或疾病发展洞察 | 空间转录组学数据中的基因表达和细胞类型 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 图域适应框架 | 转录组数据 | 涉及多个空间转录组学数据集和三种不同生物学背景的数据集 |
| 129 | 2024-11-17 |
Deciphering lineage-relevant gene regulatory networks during endoderm formation by InPheRNo-ChIP
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae592
PMID:39535258
|
研究论文 | 开发了一种名为InPheRNo-ChIP的计算框架，用于整合多模态数据以重建与内胚层发育相关的表型相关基因调控网络 | InPheRNo-ChIP直接在基因调控网络推断过程中整合表型信息，能够区分谱系特异性和普遍的调控相互作用 | NA | 揭示早期人类胚胎发生过程中调控内胚层形成的基因调控网络 | 人类胚胎干细胞向内胚层的分化过程 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, ChIP-seq | 概率图模型 | 多模态数据 | 三个实验研究的数据 |
| 130 | 2024-11-17 |
Identifying cell types by lasso-constraint regularized Gaussian graphical model based on weighted distance penalty
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae572
PMID:39541187
|
研究论文 | 本文提出了一种基于加权距离惩罚的Lasso约束正则化高斯图模型的新算法框架WLGG，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别 | 引入加权距离惩罚项和高斯核函数，捕捉非线性信息；使用Lasso约束增强模型捕捉线性数据特征的能力；利用Eigengap策略预测细胞类型数量 | 未提及 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 高斯图模型 | 基因表达数据 | 14个测试数据集 |
| 131 | 2024-11-17 |
SpaGIC: graph-informed clustering in spatial transcriptomics via self-supervised contrastive learning
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae578
PMID:39541189
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaGIC的新型图神经网络框架，结合图卷积网络和自监督对比学习技术，用于空间转录组学中的聚类分析 | SpaGIC通过最大化图结构中的边和局部邻域的互信息，以及最小化空间相邻点的嵌入距离，学习有意义的潜在嵌入 | NA | 开发一种新的深度学习框架，以更有效地利用空间转录组学中的基因和空间数据，准确识别空间域 | 空间转录组学数据中的空间域识别、数据去噪、可视化和轨迹推断 | 机器学习 | NA | 图卷积网络、自监督对比学习 | 图神经网络 | 基因表达数据 | 七个空间转录组学数据集 |
| 132 | 2024-11-17 |
Deciphering gene expression patterns using large-scale transcriptomic data and its applications
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae590
PMID:39541191
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研究论文 | 本研究分析了大规模转录组数据，探索了基因表达模式及其在癌症等疾病中的应用 | 提出了基于偏度的度量方法来量化数据集间的分布变化，并改进了朴素贝叶斯方法以提高模拟性能 | NA | 揭示基因表达模式，识别信息基因，分类样本，并理解疾病 | 基因表达模式及其在癌症等疾病中的应用 | 基因组学 | 癌症 | RNA-seq | 朴素贝叶斯 | 转录组数据 | 11,252个bulk RNA-seq样本和4,884个单细胞RNA-seq样本 |
| 133 | 2024-09-22 |
Correction: Single-cell transcriptomics reveals writers of RNA modification-mediated immune microenvironment and cardiac resident Macro-MYL2 macrophages in heart failure
2024-Sep-20, BMC cardiovascular disorders
IF:2.0Q3
DOI:10.1186/s12872-024-04172-8
PMID:39304827
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 134 | 2024-11-14 |
IKKα-STAT3-S727 axis: a novel mechanism in DOX-induced cardiomyopathy
2024-Sep-17, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-024-05439-1
PMID:39287798
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研究论文 | 研究探讨了IKKα在DOX诱导的心肌病中的作用及其机制 | 发现了IKKα-STAT3-S727信号通路在DOX诱导的心肌病中的关键作用 | 研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证 | 研究IKKα如何调节巨噬细胞激活并导致DOX诱导的心肌病 | 巨噬细胞IKKα在小鼠模型中的作用 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞测序分析 | NA | 基因表达数据 | 使用巨噬细胞特异性IKKα敲除小鼠进行研究 |
| 135 | 2024-11-13 |
Plasma proteometabolome in lung cancer: exploring biomarkers through bidirectional Mendelian randomization and colocalization analysis
2024-09-19, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddae110
PMID:39011643
|
研究论文 | 研究利用孟德尔随机化方法探索肺癌相关的血浆蛋白质组和代谢组生物标志物 | 首次通过双向孟德尔随机化和共定位分析识别出与肺癌相关的血浆蛋白质和代谢物的新关联 | NA | 开发非侵入性诊断生物标志物以改善肺癌管理 | 血浆蛋白质组和代谢组 | 生物标志物 | 肺癌 | 孟德尔随机化 | NA | 蛋白质组学数据、代谢组学数据 | NA |
| 136 | 2024-11-13 |
ADAMTS12 promotes fibrosis by restructuring extracellular matrix to enable activation of injury-responsive fibroblasts
2024-Sep-17, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI170246
PMID:39286973
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研究论文 | 研究揭示了ADAMTS12在纤维化过程中的作用，通过重构细胞外基质促进损伤响应性成纤维细胞的激活 | 首次发现ADAMTS12在纤维化中的关键作用，并阐明了其通过重构细胞外基质和切割HMCN1来激活特定成纤维细胞亚群的机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证其结果 | 探讨ADAMTS12在纤维化中的作用及其分子机制 | ADAMTS12在心脏和肾脏纤维化中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 137 | 2024-11-12 |
Integrative approach using network pharmacology, bioinformatics, and experimental methods to explore the mechanism of cantharidin in treating colorectal cancer
2024-09, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-024-03041-7
PMID:38507104
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研究论文 | 研究利用网络药理学、生物信息学和实验方法探讨斑蝥素治疗结直肠癌的机制 | 首次综合利用网络药理学、生物信息学和实验方法系统研究斑蝥素治疗结直肠癌的机制 | 研究主要集中在体外实验，缺乏体内实验验证；样本量较小，可能影响结果的普适性 | 探讨斑蝥素治疗结直肠癌的生物活性、影响及其抗癌机制 | 斑蝥素及其在结直肠癌治疗中的作用 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 基因表达分析、基因集富集分析、加权基因共表达网络分析、蛋白质-蛋白质相互作用分析 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 197个斑蝥素相关靶基因和480个与疾病发展相关的关键基因 |
| 138 | 2024-11-09 |
Utilizing epigenetic regulators to improve HSC-based lentiviral gene therapy
2024-09-24, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024013047
PMID:38916861
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研究论文 | 本文探讨了利用表观遗传调节剂优化培养条件，以提高造血干细胞（HSC）为基础的慢病毒基因治疗效果 | 本文首次探索了使用组蛋白去乙酰化酶抑制剂和溴域抑制剂来增强HSC的体外扩增和基因转导效率 | NA | 优化HSC的体外扩增条件，以提高基于HSC的基因治疗效果 | 造血干细胞（HSC）及其早期祖细胞 | 基因治疗 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 139 | 2024-11-09 |
scDTL: enhancing single-cell RNA-seq imputation through deep transfer learning with bulk cell information
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae555
PMID:39504481
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研究论文 | 本文提出了一种基于深度迁移学习的单细胞RNA测序数据插补方法scDTL，通过利用批量细胞信息来增强插补效果 | scDTL利用批量RNA测序数据训练的去噪自编码器作为初始插补模型，并通过领域适应框架将批量插补模型的知识迁移到单细胞RNA测序学习任务中，同时采用1D U-Net去噪模型进行并行操作，捕捉单细胞RNA测序数据的粗粒度和细粒度特征，并通过交叉通道注意力机制融合特征 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的缺失值问题，提高下游分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | 去噪自编码器、1D U-Net | RNA测序数据 | NA |
| 140 | 2024-11-09 |
PAC1 constrains type 2 inflammation through promotion of CGRP signaling in ILC2s
2024-Sep-17, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI180109
PMID:39287985
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研究论文 | 研究探讨了PAC1通过促进CGRP信号传导在ILC2中调节2型炎症的作用 | 首次揭示了PAC1在ILC2中通过细胞内在机制促进CGRP信号传导，从而调节2型炎症 | 研究主要基于小鼠模型和人类循环ILC2，未来需进一步验证在其他物种和疾病模型中的适用性 | 探讨PAC1在ILC2中调节2型炎症的机制 | PAC1在ILC2中的作用及其对CGRP信号传导的影响 | 免疫学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类循环ILC2样本 |