单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-12-22	Deficient RPE mitochondrial energetics leads to subretinal fibrosis in age-related neovascular macular degeneration 2024-09-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06773-7 PMID:39223298	研究论文	研究揭示了视网膜色素上皮（RPE）线粒体能量代谢缺陷与年龄相关性新生血管性黄斑变性中亚视网膜纤维化的关系	首次揭示了VLDLR通过抑制TGFβ诱导的代谢重编程来抑制纤维化，并提出CPT1A作为治疗亚视网膜纤维化的潜在靶点	NA	探讨视网膜色素上皮代谢紊乱与亚视网膜纤维化的潜在机制	视网膜色素上皮细胞中的线粒体脂肪酸氧化相关基因	NA	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	NA	RNA	Vldlr小鼠模型
102	2024-12-19	A graph self-supervised residual learning framework for domain identification and data integration of spatial transcriptomics 2024-09-12, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06814-1 PMID:39266614	研究论文	本文提出了一种基于图神经网络和边际差异差异理论的图自监督残差学习框架ResST，用于空间转录组数据的域识别和数据整合	ResST通过整合基因表达、生物效应、空间位置和形态信息，捕捉细胞与其周围细胞之间的非线性关系，用于空间域识别，并基于MDD理论整合多个ST数据集以校正批次效应	NA	开发一种新的方法来准确识别空间转录组数据中的空间一致性域，并有效整合多样本数据	空间转录组数据中的基因表达模式和组织微环境	数字病理学	NA	图神经网络	图神经网络	基因表达数据	10个使用不同技术获取的空间转录组数据集
103	2024-12-19	SpatialCTD: A Large-Scale Tumor Microenvironment Spatial Transcriptomic Dataset to Evaluate Cell Type Deconvolution for Immuno-Oncology 2024-09, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2024.0532 PMID:39117342	研究论文	本文介绍了一个大规模的肿瘤微环境空间转录组数据集SpatialCTD，用于评估免疫肿瘤学中的细胞类型反卷积方法	提出了一个大规模的SpatialCTD数据集，涵盖了人类肿瘤微环境中的1.8百万个细胞和12,900个伪斑点，并提出了一种基于图神经网络的反卷积方法GNNDeconvolver	现有的细胞类型反卷积基准数据集主要是基于模拟或规模有限，且主要涵盖小鼠数据，不适用于人类免疫肿瘤学	克服现有数据集的局限性，促进对人类免疫肿瘤学中细胞类型反卷积的全面研究	人类肿瘤微环境中的细胞类型反卷积	数字病理学	NA	空间转录组学	图神经网络	转录组数据	1.8百万个细胞和12,900个伪斑点
104	2024-12-13	Stem-like exhausted CD8 T cells in pleural effusions predict improved survival in non-small cell lung cancer (NSCLC) and mesothelioma 2024-Sep-30, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-284 PMID:39430319	研究论文	研究探讨了胸腔积液中干细胞样耗竭CD8 T细胞在非小细胞肺癌和间皮瘤患者中的预后意义	首次发现胸腔积液中干细胞样耗竭CD8 T细胞（Texstem）的频率与非小细胞肺癌和间皮瘤患者的更好生存结果相关	研究为回顾性分析，样本量相对较小，且仅限于特定类型的肺癌和间皮瘤患者	探讨干细胞样耗竭CD8 T细胞在非小细胞肺癌和间皮瘤患者中的预后价值	非小细胞肺癌和间皮瘤患者的胸腔积液中的CD8 T细胞	数字病理学	肺癌	流式细胞术、质谱流式细胞术、单细胞多组学分析	NA	细胞	43例非小细胞肺癌患者和49例间皮瘤患者的胸腔积液样本，以及16例预处理胸腔积液样本和4例单细胞多组学分析样本
105	2024-12-13	Impaired Myofibroblast Proliferation is a Central Feature of Pathologic Post-Natal Alveolar Simplification 2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.21.572766 PMID:38187712	研究论文	本文研究了早产儿支气管肺发育不良（BPD）中由于肺泡简化导致的气体交换受损，并探讨了肌成纤维细胞增殖受损在其中的核心作用	通过多重小鼠模型和单细胞RNA测序，揭示了肌成纤维细胞增殖受损在BPD病理中的关键作用，并发现抑制肌成纤维细胞增殖足以导致病理性肺泡简化	本文主要基于小鼠模型，研究结果的临床转化和应用仍需进一步验证	探讨BPD病理中肺泡简化的机制，并寻找潜在的治疗策略	早产儿支气管肺发育不良（BPD）中的肺泡简化及肌成纤维细胞增殖	NA	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多重小鼠模型
106	2024-12-13	Fc-engineered antibodies promote neutrophil-dependent control of Mycobacterium tuberculosis 2024-Sep, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-024-01777-9 PMID:39174703	研究论文	本文研究了Fc工程化抗体在促进中性粒细胞依赖性控制结核分枝杆菌中的作用	本文通过工程化抗体的Fc区域，增强其促进结核分枝杆菌限制的能力，并发现这些抗体通过促进中性粒细胞的存活和抗菌程序的表达来控制结核病	本文未探讨单一Fc特征是否能普遍驱动结核分枝杆菌的控制	研究抗体在控制结核病中的作用机制，并探索其在治疗策略中的应用潜力	结核分枝杆菌、中性粒细胞、Fc工程化抗体	NA	结核病	单细胞RNA测序	NA	RNA	52种Fc变体
107	2024-12-08	The pericardium forms as a distinct structure during heart formation 2024-Sep-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.18.613484 PMID:39345600	研究论文	本文研究了心脏形成过程中心包膜的发育起源	通过活体成像、谱系追踪和单细胞转录组学技术，发现心包膜起源于侧板中胚层的特定前部间皮祖细胞，与经典心脏区域不同	NA	探讨心包膜在心脏形成过程中的发育起源及其与心脏形态发生的关系	心包膜的发育起源及其在心脏形态发生中的作用	NA	NA	活体成像、谱系追踪、单细胞转录组学	机器学习	图像	斑马鱼胚胎
108	2024-12-08	Leveraging cell type-specificity for gene set analysis of single cell transcriptomics 2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.615040 PMID:39386631	研究论文	本文描述了一种利用单细胞转录组数据中的细胞类型特异性信息来定制基因集的方法	提出了一种利用人类蛋白质图谱（HPA）单细胞类型图谱中的平均基因表达信息来计算细胞类型特异性基因和基因集权重的方法，以改进基因集测试的效力和可解释性	NA	改进单细胞转录组数据的基因集测试效力和可解释性	单细胞转录组数据中的基因集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	81种人类细胞类型
109	2024-12-08	The proteomic landscape and temporal dynamics of mammalian gastruloid development 2024-Sep-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.05.609098 PMID:39282277	研究论文	研究通过定量蛋白质组学分析人类和小鼠胚胎发育的关键阶段，揭示了蛋白质动力学和调控网络	首次将定量蛋白质组学应用于人类和小鼠胚胎发育模型，结合RNA-seq和磷酸化位点数据，揭示了翻译后调控的物种特异性差异	研究主要集中在胚胎发育的特定阶段，未涵盖整个发育过程	通过蛋白质组学分析，填补早期哺乳动物发育中蛋白质动力学和调控的空白	人类和小鼠的胚胎发育模型	生物信息学	NA	定量蛋白质组学	NA	蛋白质组数据	人类和小鼠胚胎发育模型的四个关键阶段
110	2024-12-06	Single-cell RNA sequencing facilitates the elucidation of the complete biosynthesis of the antidepressant hyperforin in St. John's wort 2024-09-02, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2024.08.003 PMID:39135343	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了贯叶连翘中抗抑郁药物金丝桃素的完整生物合成途径	首次通过单细胞RNA测序技术识别出“Hyper细胞”，并鉴定出四种跨膜法尼基转移酶（HpPT1-4），完成了金丝桃素生物合成途径的完整重建	NA	揭示贯叶连翘中金丝桃素的完整生物合成途径	贯叶连翘中的金丝桃素生物合成	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	1.54 Gb的四倍体贯叶连翘基因组，组装成32条染色体
111	2024-12-01	scEMB: Learning context representation of genes based on large-scale single-cell transcriptomics 2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.24.614685 PMID:39386549	研究论文	本文介绍了一种基于大规模单细胞转录组数据的变压器深度学习模型scEMB，用于捕获上下文感知的基因嵌入	scEMB采用了一种创新的binning策略，能够跨平台整合数据，有效保留基因表达层次和细胞类型特异性	NA	开发一种能够从大规模单细胞转录组数据中提取生物学意义洞察的工具	基因嵌入和基因关系	机器学习	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	变压器	基因表达数据	超过3000万个单细胞转录组
112	2024-12-01	Single Cell Profiling in the Sox10 Dom/+ Hirschsprung Mouse Implicates Hoxa6 in Enteric Neuron Lineage Allocation 2024-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.18.613729 PMID:39345473	研究论文	研究探讨了Sox10 Dom/+小鼠模型中Hoxa6基因在肠神经系统（ENS）神经元谱系分配中的作用	首次报告了Hox基因在肠神经元谱系多样化中的作用	NA	研究Sox10缺陷如何影响肠神经元亚型的比例	Sox10 +/+和Sox10 Dom/+小鼠的肠神经系统前体细胞、发育中的神经元和肠神经胶质细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	Sox10 +/+和Sox10 Dom/+小鼠的肠神经系统前体细胞、发育中的神经元和肠神经胶质细胞
113	2024-12-01	Single-cell analysis of human airway epithelium identifies cell type-specific responses to Aspergillus and Coccidioides 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.09.612147 PMID:39314271	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人类气道上皮细胞在感染两种不同真菌病原体后的细胞类型特异性反应	首次报道了单细胞转录组分析人类气道上皮细胞感染或后的数据，为解析疾病机制和识别可靶向通路提供了重要数据	NA	研究人类气道上皮细胞在感染不同真菌病原体后的细胞反应机制	人类气道上皮细胞和两种真菌病原体	数字病理学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
114	2024-11-27	Clustering-independent estimation of cell abundances in bulk tissues using single-cell RNA-seq data 2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.06.527318 PMID:36798206	研究论文	本文介绍了一种名为ConDecon的聚类无关方法，用于从单细胞RNA-seq数据中估计批量组织中的细胞丰度	ConDecon方法在表型分辨率和功能上相对于基于回归的方法有所改进，并且能够推断连续细胞过程如细胞分化或免疫细胞激活	NA	开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA-seq数据中推断批量组织中的细胞组成	单细胞RNA-seq数据和批量组织数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
115	2024-11-24	Targeting IL-33 reprograms the tumor microenvironment and potentiates antitumor response to anti-PD-L1 immunotherapy 2024-09-03, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009236 PMID:39231544	研究论文	研究探讨了IL-33/ST2信号在PD-L1免疫治疗中的作用，并开发了sST2-Fc融合蛋白和双功能融合蛋白anti-PD-L1-sST2，以增强抗肿瘤效果	首次揭示了IL-33/ST2信号在PD-L1免疫治疗中的免疫抑制机制，并开发了新的融合蛋白策略以增强抗肿瘤效果	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在临床试验中验证其效果	探讨IL-33/ST2信号在PD-L1免疫治疗中的作用，并开发新的治疗策略以增强抗肿瘤效果	IL-33/ST2信号、PD-L1抗体、sST2-Fc融合蛋白、双功能融合蛋白anti-PD-L1-sST2	NA	肺癌、结肠癌	RNA测序、ELISA、WB、免疫荧光	NA	RNA、蛋白质	小鼠肿瘤模型
116	2024-11-22	SIngle cell level Genotyping Using scRna Data (SIGURD) 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae604 PMID:39559832	研究论文	本文介绍了一种基于单细胞RNA测序数据进行单细胞水平基因分型的R语言管道SIGURD	SIGURD能够结合体细胞和线粒体变异进行克隆分析，并进行功能分析，如检测克隆间的差异表达基因	NA	开发一种能够结合体细胞和线粒体变异进行单细胞RNA测序数据克隆分析的计算工具	单细胞RNA测序数据中的体细胞和线粒体变异	生物信息学	血液肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自骨髓增殖性肿瘤患者的集落形成细胞的单细胞数据
117	2024-11-21	BFAST: joint dimension reduction and spatial clustering with Bayesian factor analysis for zero-inflated spatial transcriptomics data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae594 PMID:39552067	研究论文	本文提出了一种名为BFAST的新方法，结合贝叶斯因子分析进行零膨胀空间转录组数据的降维和空间聚类	BFAST方法在降维和空间聚类方面展示了卓越的性能，能够提取更多生物学上有意义的低维特征，从而提高聚类的准确性和精确度	NA	开发一种有效的方法来处理高噪声和缺失事件的空间转录组数据聚类问题	零膨胀空间转录组数据	生物信息学	NA	贝叶斯因子分析	NA	转录组数据	NA
118	2024-11-21	FixNCut: A Practical Guide to Sample Preservation by Reversible Fixation for Single Cell Assays 2024-Sep-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5063 PMID:39315321	研究论文	本文介绍了FixNCut协议的优化和实用指南，用于通过可逆固定保存单细胞样本	FixNCut协议通过可逆固定策略，实现了样本采集与下游应用的分离，避免了应激或坏死相关的人工痕迹	NA	提供FixNCut协议的优化指南，以促进该方法的全面应用	单细胞样本的保存和分析	NA	NA	可逆固定	NA	NA	NA
119	2024-11-21	Revealing novel genomic insights and therapeutic targets for juvenile idiopathic arthritis through omics 2024-09-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae078 PMID:38317060	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了幼年特发性关节炎（JIA）的新基因组见解和治疗靶点	发现了四个与JIA相关的新基因（CD247、RHOH、COLEC10和IRF8），并揭示了COLEC10与TNFRSF11B之间的新遗传联系，以及RHOH在正向胸腺细胞选择中的作用	NA	揭示幼年特发性关节炎的遗传基础和潜在治疗靶点	幼年特发性关节炎（JIA）的基因组和治疗靶点	基因组学	幼年特发性关节炎	全基因组关联研究（GWAS）、单细胞测序	NA	基因组数据	4550例JIA病例和18446例对照
120	2024-11-20	Robust self-supervised learning strategy to tackle the inherent sparsity in single-cell RNA-seq data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae586 PMID:39550222	研究论文	本文提出了一种名为scRobust的鲁棒自监督学习策略，用于解决单细胞RNA测序数据中的固有稀疏性问题	scRobust基于Transformer架构，采用对比学习和基因表达预测任务的组合策略，显著提高了细胞类型注释和转录组分析的准确性	NA	解决单细胞RNA测序数据中的稀疏性问题，提高细胞类型注释和转录组分析的准确性	单细胞RNA测序数据和scATAC-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), scATAC-seq	Transformer	基因表达数据	九个基准数据集，额外的dropout场景和组合数据集