单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-05-31	Inflammation perturbs hematopoiesis by remodeling specific compartments of the bone marrow niche 2024-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.12.612751 PMID:39314376	研究论文	本文研究了炎症如何通过重塑骨髓微环境的特定区域来影响造血过程	通过结合scRNA-seq分析和流式细胞术分离，首次系统地验证了骨髓中7个关键中央骨髓和骨内膜群体的存在，并揭示了炎症对不同区域的特定影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类系统中的适用性需要进一步验证	探究骨髓微环境空间区室化在炎症和肿瘤反应中的重要性	造血干细胞和祖细胞(HSPC)与骨髓基质细胞的相互作用	细胞生物学	造血系统疾病	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据	多个小鼠品系
102	2025-05-31	Light and dopamine impact two circadian neurons to promote morning wakefulness 2024-Sep-09, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2024.07.056 PMID:39142287	research paper	该研究探讨了光和 dopamine 如何影响果蝇的两个昼夜节律神经元以促进早晨清醒	揭示了 dopamine 受体 Dop1R1 在早晨清醒中的关键作用，并发现光依赖性上调早晨 Dop1R1 转录水平	研究仅基于果蝇模型，尚未在哺乳动物中验证	探究光和 dopamine 如何调控果蝇的早晨清醒行为	果蝇的两个 lateral neurons (LNs)	神经科学	NA	CRISPR-Cas9 mutagenesis, live imaging	NA	mRNA levels, cAMP responses	果蝇的两个 ITP LNs 神经元
103	2025-05-31	Analyzing embryo dormancy at single-cell resolution reveals dynamic transcriptional responses and activation of integrin-Yap/Taz prosurvival signaling 2024-Sep-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.06.015 PMID:39047740	research paper	通过单细胞RNA测序分析小鼠胚胎休眠状态，揭示了胚胎滞育的分子机制和转录动态	首次在单细胞分辨率下定义了胚胎滞育的分子特征，并发现休眠多能细胞通过整合素受体感知微环境并通过Yap/Taz介导的生存信号维持其活力	研究仅基于小鼠胚胎，未涉及其他哺乳动物物种	探究胚胎滞育的分子机制和转录动态	小鼠胚胎	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量
104	2025-05-31	A conserved cell-type gradient across the human mediodorsal and paraventricular thalamus 2024-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.03.611112 PMID:39282422	研究论文	利用单核和空间转录组学技术，研究人类内侧背侧丘脑和旁室丘脑的细胞组成及其与精神疾病的遗传风险关联	发现了一个保守的兴奋性神经元梯度，并揭示了其在人类和小鼠中的差异，以及与精神分裂症和双相情感障碍遗传风险的关联	研究主要聚焦于内侧背侧丘脑和旁室丘脑，可能未涵盖其他相关脑区	探究内侧背侧丘脑和旁室丘脑的细胞组成及其在认知和精神疾病中的作用	人类和小鼠的内侧背侧丘脑和旁室丘脑	神经科学	精神分裂症、双相情感障碍、重度抑郁症	单核转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	未明确提及样本数量，但涉及人类和小鼠的脑组织
105	2025-05-31	Bin2cell reconstructs cells from high resolution Visium HD data 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae546 PMID:39250728	research paper	Bin2cell是一种从高分辨率Visium HD数据中重建细胞的方法	Bin2cell通过结合形态学图像分割和基因表达信息，首次实现了从2微米分辨率的数据中重建细胞	未提及具体局限性	开发一种从Visium HD数据中高效重建细胞的方法	小鼠脑组织和人类结直肠癌数据	空间转录组学	结直肠癌	Visium HD	NA	转录组数据和形态学图像	未明确提及样本数量
106	2025-05-31	Proteomic signatures improve risk prediction for common and rare diseases 2024-Sep, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03142-z PMID:39039249	research paper	该研究通过整合约3000种血浆蛋白的测量数据与临床信息，开发了稀疏预测模型，用于预测218种常见和罕见疾病的10年发病率	研究发现，仅包含5至20种蛋白质的稀疏模型在预测性能上优于仅基于基本临床信息的模型，甚至优于结合临床检测数据的模型	研究样本主要来自英国生物银行，可能限制了结果的普遍性	提高对常见和罕见疾病发病风险的预测准确性	41,931名来自英国生物银行药物蛋白质组学项目的个体	生物医学	多种常见和罕见疾病	血浆蛋白质组学测量、单细胞RNA测序	稀疏预测模型	蛋白质组数据、临床数据	41,931名个体，涉及81-6,038个病例
107	2025-05-31	Titration of RAS alters senescent state and influences tumour initiation 2024-Sep, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07797-z PMID:39112713	research paper	该研究探讨了致癌RAS剂量对衰老状态和肿瘤起始的影响，揭示了RAS剂量驱动的非线性连续表型	开发了致癌RAS剂量递增模型，揭示了RAS剂量驱动的非线性连续表型，并鉴定了两种不同的肿瘤类型	研究主要基于肝细胞模型，可能不适用于其他细胞类型或癌症类型	探究致癌RAS剂量对衰老状态和肿瘤起始的影响	肝细胞和肝癌	肿瘤生物学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
108	2025-05-21	Subcellular Level Spatial Transcriptomics with PHOTON 2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.10.612328 PMID:39314454	研究论文	本文介绍了一种名为PHOTON的高分辨率空间转录组学方法，用于在亚细胞水平上分析RNA的分布	PHOTON结合了高分辨率成像与高通量测序技术，实现了亚细胞分辨率的空间转录组分析，并揭示了mRNA中mA修饰对压力颗粒分区的功能作用	NA	开发一种能够在亚细胞水平上分析RNA空间分布的方法，以增进对RNA功能与调控的理解	RNA在亚细胞结构（如核仁和压力颗粒）中的分布	空间转录组学	NA	高通量测序，高分辨率成像	NA	RNA测序数据，图像数据	特定细胞类型（如卵巢中的颗粒细胞）及亚细胞结构（如核仁和压力颗粒）
109	2025-05-21	Spatiotemporal transcriptomic landscape of rice embryonic cells during seed germination 2024-09-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.05.016 PMID:38848718	研究论文	本研究利用Stereo-seq和scRNA-seq技术，结合深度学习细胞分割模型，解析了水稻种子萌发过程中胚胎细胞的时空转录组图谱	发现了两种未报道的盾片细胞类型，并揭示了不同胚胎细胞类型在种子萌发过程中的基因表达动态	NA	探究水稻种子萌发过程中胚胎细胞的生物学功能及其调控机制	水稻胚胎细胞	植物生物学	NA	Stereo-seq, scRNA-seq, 原位杂交	深度学习细胞分割模型	转录组数据	吸水后6、24、36和48小时的水稻胚胎样本
110	2025-05-21	An integrated approach identifies the molecular underpinnings of murine anterior visceral endoderm migration 2024-09-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.05.014 PMID:38843837	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学、高分辨率实时成像和短期谱系标记与干预，揭示了小鼠前内脏内胚层（AVE）迁移的分子基础	结合多种技术手段揭示了AVE迁移的分子机制，并发现信号素信号传导对正常AVE迁移的必要性	研究仅针对小鼠模型，未涉及其他物种	阐明前内脏内胚层（AVE）独特迁移行为的分子基础	小鼠胚胎前内脏内胚层（AVE）细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学、高分辨率实时成像、晶格光片显微镜	NA	基因表达数据、蛋白质组数据、影像数据	未明确说明样本数量的小鼠胚胎细胞
111	2025-05-16	c-Myc alone is enough to reprogram fibroblasts into functional macrophages 2024-09-12, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01605-x PMID:39267119	research paper	该研究报道了一种通过c-Myc过表达将成纤维细胞重编程为具有吞噬活性的功能性巨噬细胞的新方法	首次证明仅c-Myc单独表达就足以将成纤维细胞重编程为功能性巨噬细胞，为抗癌免疫治疗提供了新的细胞来源	研究未涉及长期安全性和稳定性评估，且未在更多肿瘤模型中验证疗效	开发一种高效获取功能性巨噬细胞的新方法，用于抗癌免疫治疗	成纤维细胞和重编程后的巨噬细胞	细胞重编程	白血病、乳腺癌	流式细胞术、单细胞RNA测序、ChIP-qPCR、双荧光素酶报告基因检测	NA	基因表达数据、流式细胞数据、单细胞转录组数据	涉及白血病、乳腺癌和患者来源的肿瘤异种移植模型
112	2025-05-16	Evaluating cell type deconvolution in FFPE breast tissue: application to benign breast disease 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae098 PMID:40162103	研究论文	评估在FFPE乳腺组织中进行细胞类型反卷积的方法，并应用于良性乳腺疾病	构建了乳腺组织的单细胞RNA-seq参考数据，测试了多种反卷积方法，并发现深度学习为基础的Scaden方法在FFPE伪影影响下表现最优	FFPE伪影显著影响了反卷积方法的性能，RMSE在0.04到0.17之间	优化从FFPE样本中定义单个细胞类型组成的策略	乳腺组织，特别是良性乳腺疾病	数字病理学	乳腺疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	深度学习（Scaden）	RNA-seq数据	62例RNA-seq良性乳腺疾病队列
113	2025-05-08	Inferring Characteristics of the Tumor Immune Microenvironment of Patients with HNSCC from Single-Cell Transcriptomics of Peripheral Blood 2024-09-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0092 PMID:39113621	研究论文	本研究探讨了从血液中推断肿瘤免疫微环境特征的可能性，特别是在头颈部鳞状细胞癌患者中	研究发现，可以通过外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据推断肿瘤微环境中免疫细胞的组成和基因表达谱，并发现耗竭T细胞特征可作为免疫治疗反应的预后血液生物标志物	研究样本量有限，需要更大规模的研究进一步验证	探索从血液中推断肿瘤免疫微环境特征的方法及其在癌症免疫治疗中的应用	头颈部鳞状细胞癌患者的外周血单个核细胞和肿瘤组织	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	两个数据集的头颈部鳞状细胞癌患者样本
114	2025-05-01	Cytokines reprogram airway sensory neurons in asthma 2024-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.26.525731 PMID:39345572	研究论文	研究探讨了在过敏性气道炎症中，气道伤害感受神经元如何通过细胞因子重编程获得促炎表型	发现了一类独特的炎症性迷走神经伤害感受神经元，并揭示了IL-1β、IL-13和BDNF在神经元重编程中的作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究过敏性气道炎症中伤害感受神经元获得促炎特性的分子机制	气道伤害感受神经元	神经免疫学	哮喘	逆行追踪、谱系报告、单细胞RNA测序	卵清蛋白小鼠模型	基因表达数据	哮喘小鼠模型
115	2025-04-27	Aberrant activation of wound healing programs within the metastatic niche facilitates lung colonization by osteosarcoma cells 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.10.575008 PMID:38260361	research paper	该研究通过单细胞转录组学和空间转录组学技术，揭示了骨肉瘤细胞如何通过激活肺微环境中的伤口愈合程序促进肺转移，并测试了抗纤维化药物nintedanib在抑制转移中的效果	首次揭示了骨肉瘤肺转移过程中肿瘤细胞诱导肺组织纤维化的分子机制，并验证了抗纤维化药物nintedanib的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，临床转化效果需要进一步验证	阐明骨肉瘤肺转移微环境形成的细胞和分子机制，寻找转移特异性治疗靶点	骨肉瘤细胞和肺转移微环境	肿瘤生物学	骨肉瘤	scRNA-seq, 空间转录组学, 多参数免疫荧光	免疫健全小鼠转移模型和免疫缺陷人源异种移植模型	转录组数据, 蛋白质表达数据, 空间分布数据	小鼠模型和有限的患者样本（具体数量未明确说明）
116	2025-04-26	MSIsensor-RNA: Microsatellite Instability Detection for Bulk and Single-cell Gene Expression Data 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae004 PMID:39341794	research paper	开发了一种名为MSIsensor-RNA的软件，用于基于基因表达数据检测微卫星不稳定性（MSI）状态	首次提出了适用于单细胞基因表达数据的MSI检测方法，填补了该领域的空白	未明确说明在特定癌症类型或临床场景下的验证结果	开发一种准确、稳健且适应性强的MSI检测工具，扩展MSI检测的临床应用范围	批量基因表达数据和单细胞基因表达数据	生物信息学	癌症	RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
117	2025-04-26	SCancerRNA: Expression at the Single-cell Level and Interaction Resource of Non-coding RNA Biomarkers for Cancers 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae023 PMID:39341795	research paper	介绍了一个名为SCancerRNA的数据库，该数据库总结了实验支持的长链非编码RNA、微RNA、PIWI相互作用RNA、小核仁RNA和环状RNA生物标志物的数据，以及它们在细胞水平上的差异表达数据	开发了一个全面且组织良好的在线资源SCancerRNA，用于提供单细胞水平上非编码RNA生物标志物的表达数据及其相互作用网络，这在之前是不可用的	NA	促进非编码RNA生物标志物在癌症诊断、进展监测和靶向治疗中的应用	非编码RNA生物标志物及其在单细胞水平上的表达和相互作用	digital pathology	cancers	single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	NA	RNA-seq数据	NA
118	2025-04-26	SuperFeat: Quantitative Feature Learning from Single-cell RNA-seq Data Facilitates Drug Repurposing 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae036 PMID:39401181	研究论文	本研究开发了一个名为SuperFeat的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中学习定量特征，以促进药物再利用	提出了SuperFeat框架，能够训练机器学习模型并评估病理组织中的典型细胞状态/特征，从而识别潜在药物靶点	NA	开发一个计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中学习特征，以促进药物再利用	单细胞RNA测序数据集，涵盖细胞特征发育过程中的特定细胞谱系	机器学习	癌症	单细胞RNA测序	人工神经网络	基因表达谱	NA
119	2025-04-18	A targetable type III immune response with increase of IL-17A expressing CD4+ T cells is associated with immunotherapy-induced toxicity in melanoma 2024-09, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00810-4 PMID:39210005	研究论文	该研究探讨了免疫检查点抑制剂治疗黑色素瘤时引发的免疫相关不良事件与III型免疫反应及IL-17A表达CD4+ T细胞增加之间的关系	首次揭示了III型CD4 T细胞在免疫治疗相关不良事件发展中的潜在作用，并提供了使用抗IL-17A治疗这些不良事件的临床前证据	样本量较小，仅在两例患者中测试了抗IL-17A的效果	研究免疫检查点抑制剂治疗黑色素瘤时引发免疫相关不良事件的机制	黑色素瘤患者	免疫治疗	黑色素瘤	蛋白质组学分析、多重细胞因子和趋化因子检测、流式细胞术、多重免疫组化、空间转录组学	NA	血清样本、外周血、皮肤疹和结肠炎组织	未明确说明总样本量，仅提及在两例患者中进行了抗IL-17A治疗
120	2025-04-14	Vascular heterogeneity of tight junction Claudins guides organotropic metastasis 2024-Sep, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00813-1 PMID:39289595	research paper	研究揭示了血管异质性在器官特异性转移中的作用，特别是通过紧密连接蛋白Claudins的调控	发现Ang2介导的Claudin 5抑制促进肺转移，而Claudins 2和10的抑制则能诱导肾转移，揭示了血管异质性在器官特异性转移中的独立作用	研究主要关注乳腺癌症的肺和肾转移，可能不适用于其他癌症类型或转移器官	探索器官特异性转移的机制	乳腺癌症的肺和肾转移	癌症研究	乳腺癌	单细胞测序分析、功能研究	自发性和植入性转移性乳腺癌症模型	NA	NA