单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-02-28	Spatial multi-omics reveal intratumoral humoral immunity niches associated with tertiary lymphoid structures in pancreatic cancer immunotherapy pathologic responders 2024-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.22.613714 PMID:39386736	研究论文	本研究通过空间多组学技术揭示了胰腺癌免疫治疗病理应答者中与三级淋巴结构相关的肿瘤内体液免疫微环境	首次构建了包含26个胰腺癌肿瘤的空间多组学图谱，并利用机器学习辅助的H&E图像分类模型和无监督基因表达矩阵分解方法，揭示了三级淋巴结构（TLS）在肿瘤微环境中的空间关系及其与免疫治疗应答的关联	样本量相对较小（26个肿瘤），且研究结果需要进一步验证	探讨胰腺癌中三级淋巴结构（TLS）在免疫治疗中的作用及其空间分布特征	胰腺癌患者的肿瘤样本	数字病理学	胰腺癌	空间多组学技术、H&E图像分类、空间转录组学、空间蛋白质组学、BCR分析	机器学习模型、无监督学习模型	图像、基因表达数据、蛋白质组数据	26个胰腺癌肿瘤样本
102	2025-02-28	Type I interferon signaling pathway enhances immune-checkpoint inhibition in KRAS mutant lung tumors 2024-Sep-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2402913121 PMID:39186651	研究论文	本研究探讨了KRAS突变肺肿瘤中I型干扰素信号通路如何增强免疫检查点抑制的效果	揭示了KRAS突变肺肿瘤中I型干扰素信号通路的损伤，并证明恢复该通路可显著改变肿瘤微环境，使其从免疫学上的“冷”肿瘤转变为“热”肿瘤，从而增强免疫治疗效果	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序分析，尚未在广泛的人类临床试验中验证	探讨KRAS突变肺肿瘤中I型干扰素信号通路的功能改变及其对免疫治疗的影响	KRAS突变的肺肿瘤	癌症研究	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠肺泡II型细胞及携带p53或LKB1突变的晚期小鼠和人类肿瘤样本
103	2025-02-26	scMGATGRN: a multiview graph attention network-based method for inferring gene regulatory networks from single-cell transcriptomic data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae526 PMID:39417321	研究论文	本文提出了一种基于多视图图注意力网络的新方法scMGATGRN，用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络	scMGATGRN结合了图注意力网络（GAT）、多视图模型和视图级注意力机制，能够同时利用基因调控网络中节点的局部特征信息和高阶邻居特征信息，动态调整节点嵌入表示的相对重要性，并高效聚合来自两个视图的节点嵌入表示	NA	推断基因调控网络（GRN）以理解细胞系统的结构和动态，揭示复杂的调控关系，并探索疾病机制	单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多视图图注意力网络（scMGATGRN）	单细胞转录组数据	七个基准单细胞RNA测序数据集，来自五种细胞系（两种人类和三种小鼠），包含四种不同类型的真实网络
104	2025-02-26	Identification of microenvironment features associated with primary resistance to anti-PD-1/PD-L1 + antiangiogenesis in gastric cancer through spatial transcriptomics and plasma proteomics 2024-Sep-13, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02092-x PMID:39272096	研究论文	本研究通过空间转录组学和血浆蛋白质组学，识别了与胃癌抗PD-1/PD-L1和抗血管生成联合治疗原发性耐药相关的微环境特征	首次在Caucasian患者中评估regorafenib与avelumab联合治疗的效果，并揭示了M2巨噬细胞和S100A10蛋白在耐药机制中的关键作用	研究样本量较小，且主要针对Caucasian患者，可能限制了结果的普遍适用性	探讨胃癌患者对联合治疗的耐药机制，特别是肿瘤微环境中的免疫调节作用	晚期胃癌患者	数字病理学	胃癌	空间转录组学, 血浆蛋白质组学	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	REGOMUNE II期研究中的Caucasian患者
105	2025-02-26	CD8+ T-cell differentiation and dysfunction inform treatment response in acute myeloid leukemia 2024-09-12, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021680 PMID:38776511	研究论文	本文探讨了急性髓性白血病（AML）中CD8+ T细胞分化、功能障碍与治疗反应之间的关系	利用高维流式细胞术和单细胞转录组学，发现早期记忆CD8+ T细胞与治疗反应相关，并分化为两种不同的终末状态	研究结果需要进一步在更大样本中验证	研究AML中CD8+ T细胞分化与功能障碍对治疗反应的影响	急性髓性白血病（AML）患者	生物医学	急性髓性白血病	高维流式细胞术、单细胞转录组学	NA	流式细胞数据、单细胞转录组数据	AML患者样本
106	2025-02-21	Correlation of LLT-1 and NLRC4 inflammasome and its effect on glioblastoma prognosis 2024-Sep, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-024-04750-y PMID:38907949	研究论文	本研究探讨了LLT-1与NLRC4炎症小体在胶质母细胞瘤（GBM）组织中的表达及其相互作用，揭示了它们与肿瘤恶性程度和预后的潜在关联	揭示了LLT-1与NLRC4炎症小体在GBM中的共表达及其与肿瘤炎症和进展的潜在关联，提出了新的NK细胞介导的抗胶质瘤途径	研究样本量相对较小，且主要基于中国人群数据，可能限制了结果的普适性	探讨LLT-1与NLRC4炎症小体在GBM中的表达及其相互作用，以揭示其与肿瘤恶性程度和预后的关联	胶质母细胞瘤（GBM）组织	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	RNA测序（RNA-seq）、免疫荧光实验、单细胞RNA测序分析	NA	RNA-seq数据、免疫荧光图像	296名患者来自中国胶质瘤基因组图谱，52名患者来自CHA医疗记录
107	2025-02-14	New dimension in viral hepatitis research 2024-Sep, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2024-100136 PMID:39944365	研究论文	本文探讨了单细胞测序和空间转录组学在慢性乙型肝炎研究中的应用，旨在提高对肝脏免疫反应和乙型肝炎病毒感染细胞分布的理解	使用GeoMx nanostring数字空间分析技术，针对特定组织区域进行基因表达分析，揭示了与免疫特征和病毒负担相关的空间转录组特征	样本量较小，组织处理、数据分析和成本方面的挑战仍需解决	实现乙型肝炎的功能性治愈	三名患者的肝组织（一名HBV单感染、一名HBV/HDV共感染和一名HBV/HIV共感染）	数字病理学	乙型肝炎	单细胞测序、空间转录组学、GeoMx nanostring数字空间分析技术	NA	基因表达数据	三名患者的肝组织
108	2024-08-08	Correction to: Machine learning applications on intratumoral heterogeneity in glioblastoma using single-cell RNA sequencing data 2024-Sep-27, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad022 PMID:37226813	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
109	2025-02-12	Characterization and bioinformatic filtering of ambient gRNAs in single-cell CRISPR screens using CLEANSER 2024-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.04.611293 PMID:39282389	研究论文	本文介绍了一种名为CLEANSER的混合模型，用于在单细胞CRISPR筛选实验中识别和过滤环境gRNA噪声	开发了CLEANSER模型，利用gRNA和细胞特定的归一化参数，有效过滤环境gRNA噪声，提高gRNA-细胞分配的准确性	未明确提及具体局限性	提高单细胞CRISPR筛选实验中gRNA-细胞分配的准确性，减少假阳性结果	单细胞CRISPR筛选实验中的环境gRNA噪声	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	混合模型（CLEANSER）	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
110	2025-02-09	The choroid plexus synergizes with immune cells during neuroinflammation 2024-Sep-05, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.07.002 PMID:39089253	研究论文	本文通过纵向双光子成像和单细胞转录组学技术，揭示了脉络丛在脑炎症中的调控机制	首次详细描述了脉络丛上皮细胞在神经炎症期间如何短暂特化以滋养免疫细胞，并协调其招募、存活和分化	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨脉络丛在脑炎症中的调控机制	小鼠脉络丛和免疫细胞	神经科学	脑膜炎	纵向双光子成像，单细胞转录组学	NA	图像，转录组数据	小鼠模型
111	2025-02-09	NR3C2 affects the proliferation and invasiveness of colon cancer cells through the Wnt/β-Catenin signaling pathway 2024-Sep-05, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05935-8 PMID:39237674	研究论文	本研究探讨了核受体亚家族3组C成员2（NR3C2）与结肠癌结果之间的潜在关联及其机制	首次揭示了NR3C2通过Wnt/β-Catenin信号通路影响结肠癌细胞的增殖和侵袭性	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，样本量有限，且未进行大规模临床验证	探索NR3C2与结肠癌结果的相关性及其机制	结肠癌细胞	癌症研究	结肠癌	mRNA数据分析、生物信息学方法、ROC曲线、单细胞转录组分析、细胞培养实验	NA	mRNA数据、临床记录、单细胞数据	TCGA数据库中的结肠癌数据、GEO数据库中的单细胞数据、3个新鲜结肠癌样本及其旁癌样本
112	2025-02-07	Uncovering Plaque-Glia Niches in Human Alzheimer's Disease Brains Using Spatial Transcriptomics 2024-Sep-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.05.611566 PMID:39314329	研究论文	本研究利用空间转录组学（ST）和免疫组化（IHC）技术，揭示了阿尔茨海默病（AD）患者大脑中Aβ斑块与周围胶质细胞之间的相互作用	首次结合空间转录组学和免疫组化技术，系统地分析了AD患者大脑中Aβ斑块与周围胶质细胞的相互作用，并揭示了不同胶质细胞状态在斑块周围的免疫反应中的作用	研究样本量较小，仅涉及21名个体的78个脑切片，且所有样本均为死后脑组织，可能无法完全反映活体情况	研究阿尔茨海默病（AD）患者大脑中Aβ斑块与周围胶质细胞的相互作用及其对神经退行性变的影响	21名AD患者的78个死后脑切片	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学（ST）、免疫组化（IHC）	NA	转录组数据、图像数据	21名个体的78个脑切片，共258,987个ST点
113	2025-02-07	Leukocyte-and Platelet-Rich Fibrin for enhanced tissue repair: an in vitro study characterizing cellular composition, growth factor kinetics and transcriptomic insights 2024-Sep-04, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-09890-y PMID:39230578	研究论文	本研究对富含白细胞和血小板的纤维蛋白（L-PRF）进行了细胞组成、生长因子动力学和转录组学的深入分析	首次在细胞、蛋白质组和转录组水平上对L-PRF进行了综合表征	研究仅限于体外实验，未涉及体内应用效果	深入了解L-PRF的组成及其在组织修复中的潜在机制	富含白细胞和血小板的纤维蛋白（L-PRF）	生物医学工程	NA	流式细胞术、单细胞RNA测序、RT-qPCR、ELISA	NA	细胞数据、转录组数据、蛋白质数据	4个样本用于流式细胞术，5个样本用于单细胞RNA测序
114	2025-02-07	A unique human cord blood CD8+CD45RA+CD27+CD161+ T-cell subset identified by flow cytometric data analysis using Seurat 2024-09, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13803 PMID:38798051	研究论文	本文介绍了如何将Seurat这一R包从单细胞RNA测序分析扩展到高维流式细胞术数据分析，并识别出脐带血中独特的CD8+CD45RA+CD27+CD161+ T细胞亚群	将Seurat这一原本用于单细胞RNA测序分析的R包，创新性地应用于高维流式细胞术数据分析，并成功识别出脐带血中独特的T细胞亚群	尽管Seurat在流式细胞术数据分析中表现出色，但其灵活性和互操作性仍需进一步验证和改进	探索高维流式细胞术数据的全面和无偏分析方法，并识别脐带血中独特的T细胞亚群	成人血液和脐带血中的T细胞	临床免疫学	NA	流式细胞术, 单细胞RNA测序	Seurat, Spectre	流式细胞术数据, 单细胞RNA测序数据	成人血液和脐带血样本
115	2025-02-06	Screening and identification of susceptibility genes for cervical cancer via bioinformatics analysis and the construction of an mitophagy-related genes diagnostic model 2024-Sep-19, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05952-7 PMID:39294534	研究论文	本研究通过生物信息学方法筛选和识别宫颈癌的易感基因，并构建了一个与线粒体自噬相关基因（MRGs）的诊断模型，旨在提高对疾病发病机制的理解并改善早期诊断和治疗	通过单细胞RNA测序数据提取MRGs，并基于细胞间相互作用数据构建网络图，利用机器学习算法构建临床预后模型，并通过大量临床数据进行验证和优化	NA	提高对宫颈癌发病机制的理解并改善早期诊断和治疗	宫颈癌患者和对照组的基因组数据	生物信息学	宫颈癌	单细胞RNA测序、差异基因表达分析、通路富集分析	机器学习算法	基因表达谱、单核苷酸多态性（SNP）数据	NA
116	2025-02-06	Multi-condition and multi-modal temporal profile inference during mouse embryonic development 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.03.583179 PMID:38496477	研究论文	本文提出了一种名为Sunbear的联合建模框架，用于整合多条件和多模态的单细胞时间序列数据	Sunbear框架能够填补单细胞时间序列数据中的缺失，对齐多数据集和多模态数据，并预测缺失模态的单细胞数据	由于单细胞测量的破坏性，无法捕捉特定细胞的完整时间轨迹	研究小鼠胚胎发育过程中多条件和多模态单细胞时间序列数据的建模	小鼠胚胎发育过程中的单细胞数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	Sunbear	单细胞时间序列数据	NA
117	2025-02-05	ABCA7-dependent induction of neuropeptide Y is required for synaptic resilience in Alzheimer's disease through BDNF/NGFR signaling 2024-Sep-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100642 PMID:39216475	研究论文	本文探讨了ABCA7基因在阿尔茨海默病（AD）中的功能，特别是其通过BDNF/NGFR信号通路维持突触完整性的作用	首次使用CRISPR-Cas9技术生成abca7基因敲除斑马鱼模型，揭示了ABCA7通过神经肽Y（NPY）依赖的BDNF/NGFR信号通路在AD中的关键作用	研究主要基于斑马鱼模型和诱导多能干细胞来源的人类神经元，可能无法完全反映人类AD的复杂性	探讨ABCA7基因在阿尔茨海默病中的功能及其通过BDNF/NGFR信号通路维持突触完整性的机制	斑马鱼模型和诱导多能干细胞来源的人类神经元	神经科学	阿尔茨海默病	CRISPR-Cas9基因编辑技术、单细胞转录组学	斑马鱼模型	基因表达数据	NA
118	2025-02-05	An 18-gene signature of recurrence-associated endothelial cells predicts tumor progression and castration resistance in prostate cancer 2024-Sep, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02761-0 PMID:38997406	研究论文	本研究通过分析前列腺癌中的内皮细胞异质性，构建了一个与复发相关的18基因内皮细胞特征，用于预测肿瘤进展和去势抵抗	首次构建了一个与前列腺癌复发相关的18基因内皮细胞特征，并验证了其在预测肿瘤复发和去势抵抗中的独立预测能力	研究依赖于多个转录组数据集，但未涉及更大规模的临床验证	探索内皮细胞异质性在前列腺癌复发和去势抵抗中的预后和治疗意义	前列腺癌患者的内皮细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量转录组分析	机器学习算法（11种）	RNA测序数据	8个批量转录组数据集和4个单细胞RNA测序数据集
119	2025-02-05	Probing Dermal Immunity to Mycobacteria through a Controlled Human Infection Model 2024-09-01, ImmunoHorizons DOI:10.4049/immunohorizons.2400053 PMID:39283647	研究论文	本文通过控制性人类感染模型探讨了皮肤对分枝杆菌的免疫反应	首次在未接触过M. bovis卡介苗的人群中，通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术揭示了非免疫细胞在皮肤免疫反应中的潜在作用	样本量较小（10名参与者），且未观察到治疗组之间的差异	提高对皮肤免疫反应的理解，以启发新的治疗方法	10名接受M. bovis卡介苗皮内注射的参与者	免疫学	分枝杆菌感染	流式细胞术、批量RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序、质谱流式细胞术	NA	血液样本、皮肤活检样本	10名参与者
120	2025-02-04	MAPK/ERK signaling in gliomas modulates interferon responses, T cell recruitment, microglia phenotype, and immune checkpoint blockade efficacy 2024-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.11.612571 PMID:39345374	研究论文	本文探讨了MAPK/ERK信号在胶质瘤中对干扰素反应、T细胞招募、小胶质细胞表型及免疫检查点阻断疗效的调节作用	揭示了MAPK/ERK信号通路在胶质瘤中对免疫治疗的敏感性及机制，特别是其对干扰素反应和抗原呈递的调节作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的应用和验证仍需进一步研究	探讨MAPK/ERK信号通路在胶质瘤免疫治疗中的作用及其机制	胶质瘤细胞、T细胞、小胶质细胞	神经肿瘤学	胶质母细胞瘤	CRISPR/Cas9筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、体外切片培养	小鼠胶质瘤模型、BRAFV600E突变胶质瘤切片培养	基因表达数据、蛋白质磷酸化数据	小鼠胶质瘤模型、BRAFV600E突变的人类胶质瘤组织切片