单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-06-18	Detecting anomalous anatomic regions in spatial transcriptomics with STANDS 2024-09-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52445-9 PMID:39300113	研究论文	介绍了一种名为STANDS的创新框架，用于从多样本空间转录组数据中检测和解剖异常组织区域	首次提出基于生成对抗网络的框架STANDS，整合了多样本异常组织区域检测、对齐和亚型分析三大核心任务，并采用多模态学习、迁移学习和风格迁移技术解决关键挑战	未提及具体样本量限制或计算资源需求	开发能够从多样本空间转录组数据中进行从头异常组织区域检测与分析的算法	空间转录组数据中的异常组织区域	数字病理	NA	空间转录组技术	GAN	空间转录组数据	NA
82	2025-06-18	PRDM3/16 regulate chromatin accessibility required for NKX2-1 mediated alveolar epithelial differentiation and function 2024-09-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52154-3 PMID:39284798	研究论文	研究PRDM3和PRDM16如何通过调控染色质可及性影响NKX2-1介导的肺泡上皮细胞分化和功能	揭示了PRDM3和PRDM16通过调节染色质可及性在NKX2-1依赖的肺泡上皮细胞分化中的关键作用	未明确PRDM3/16与其他共激活因子的具体相互作用机制	探究肺泡上皮细胞分化和功能的表观遗传调控机制	肺泡上皮细胞（AT2细胞和AT1细胞）	表观遗传学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ATAC-seq、CUT&RUN	NA	基因组数据、表观遗传数据	基因敲除小鼠模型
83	2025-06-17	Integration of scHi-C and scRNA-seq data defines distinct 3D-regulated and biological-context dependent cell subpopulations 2024-09-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52440-0 PMID:39333113	研究论文	开发了一种计算方法来整合scHi-C和scRNA-seq数据，以精确定义3D调控和生物背景依赖的细胞亚群	首次在单细胞分辨率上整合了3D染色质结构和基因表达数据，定义了新的拓扑整合亚群（TISPs）和拓扑保守关联域（CAD）	研究主要基于乳腺癌细胞模型系统，可能在其他癌症类型中的适用性有待验证	探索3D染色质结构在单细胞分辨率上对细胞异质性的调控机制	乳腺癌细胞	计算生物学	乳腺癌	scHi-C, scRNA-seq	MUDI算法	单细胞测序数据	公开可用的和新生成的scHi-C和scRNA-seq数据
84	2025-06-17	Single Cell Expression Analysis of Ductal Carcinoma in Situ Identifies Complex Genotypic-Phenotypic Relationships Altering Epithelial Composition 2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.10.561724 PMID:39386437	研究论文	通过单细胞RNA测序分析导管原位癌（DCIS）和匹配的正常乳腺组织，揭示了基因型与表型之间的复杂关系及其对上皮组成的影响	利用单细胞RNA测序和推断的拷贝数变异（CNV）分析DCIS病变，揭示了肿瘤内克隆异质性与基因表达差异的关联，并发现特定细胞状态比例的改变与癌症进展相关	研究主要基于临床标本和档案样本，可能受到样本数量和质量的限制	探究导管原位癌（DCIS）生长及进展为浸润性癌症的机制	导管原位癌（DCIS）病变和匹配的正常乳腺组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、拷贝数变异（CNV）分析、系统发育分析	NA	RNA-seq数据	临床标本和档案样本中的DCIS病变及正常乳腺组织
85	2025-06-14	A sexually dimorphic hepatic cycle of periportal VLDL generation and subsequent pericentral VLDLR-mediated re-uptake 2024-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52751-2 PMID:39341814	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠肝脏中性别、空间和时间对异源物质解毒和脂蛋白代谢的显著影响，并发现了一种性别二态性的肝循环机制	首次揭示了性别二态性如何影响肝脏的时空功能逻辑，特别是在VLDL生成和再摄取方面的性别差异	研究主要基于小鼠模型，人类数据相对有限	探究性别二态性对肝脏功能时空逻辑的影响	小鼠和人类肝脏	分子生物学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及小鼠和人类肝脏样本
86	2025-06-14	Hypoxia induces ROS-resistant memory upon reoxygenation in vivo promoting metastasis in part via MUC1-C 2024-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51995-2 PMID:39341835	research paper	该研究探讨了缺氧条件下乳腺癌细胞如何通过MUC1-C促进转移的机制	揭示了缺氧诱导的ROS抵抗记忆在再氧合过程中促进转移的新机制，特别是通过MUC1-C的作用	研究主要基于动物模型和体外实验，临床应用的直接证据仍需进一步验证	研究缺氧如何通过MUC1-C促进乳腺癌转移	乳腺癌细胞和循环肿瘤细胞(CTCs)	癌症生物学	乳腺癌	空间转录组学	动物模型和患者来源的异种移植模型	基因表达数据和细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，但涉及动物模型和患者来源的异种移植模型
87	2025-06-14	Introducing synthetic thermostable RNase inhibitors to single-cell RNA-seq 2024-09-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52717-4 PMID:39333520	研究论文	本文介绍了一种合成热稳定RNase抑制剂（SEQURNA）在单细胞RNA测序中的应用，证明其性能优于常用的蛋白质重组RNase抑制剂（RRIs）	提出了一种新型合成热稳定RNase抑制剂，相比传统RRIs在重现性、通量和实验流程上具有独特优势，并能减少干冰运输需求	未提及具体样本量或实验规模限制	改进单细胞转录组学中的RNase抑制技术	合成热稳定RNase抑制剂（SEQURNA）与蛋白质重组RNase抑制剂（RRIs）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
88	2025-06-13	The estrogen response in fibroblasts promotes ovarian metastases of gastric cancer 2024-09-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52615-9 PMID:39349474	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了雌激素通过激活ER-MDK-LRP1信号轴促进胃癌卵巢转移的分子机制	首次发现卵巢成纤维细胞在雌激素刺激下分泌MDK，通过MDK-LRP1轴促进胃癌细胞迁移和侵袭	样本量较小（18例患者），且仅关注了雌激素-MDK-LRP1这一条信号通路	探究胃癌卵巢转移的分子机制	胃癌患者的卵巢转移瘤样本	肿瘤生物学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	18例胃癌患者的45个肿瘤样本
89	2025-06-12	Protocol for optimized nasal mucosa sample processing to obtain high-quality scRNA-seq and scATAC-seq data 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103298 PMID:39244757	研究论文	本文提出了一种优化的人类鼻黏膜样本处理协议，以同时获得高质量的scRNA-seq和scATAC-seq数据	开发了一种能够同时处理鼻黏膜样本以获得scRNA-seq和scATAC-seq数据的优化协议	未提及样本处理协议在不同实验室条件下的可重复性	优化鼻黏膜样本处理流程，以支持鼻腔疾病研究和诊断	人类鼻黏膜组织	单细胞组学	鼻腔疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组和表观基因组数据	未明确提及样本数量
90	2025-06-11	VisualZoneR: A computational protocol to identify compartmental zones from single-cell spatial transcriptomics using R 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103196 PMID:39067026	研究论文	介绍了一种基于R的计算协议VisualZoneR，用于从单细胞空间转录组数据中识别分区区域	开发了VisualZoneR技术，能够分析Visium或Visium HD技术生成的空间转录组数据，识别从健康肝组织到内部转移区域的不同分区	NA	开发一种计算协议，用于分析空间转录组数据并识别分区区域	单细胞空间转录组数据	数字病理学	肝癌	Visium, Visium HD, 空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
91	2025-06-11	Protocol for analysis of single-cell sequencing data by Seqtometry 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103209 PMID:39096493	研究论文	本文介绍了使用Seqtometry平台分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）数据的协议	提出了一种基于基因签名的高级评分方法，用于直接分析基因表达和可及性，实现了对特定细胞的直接识别和全面表征	未提及具体的技术限制或样本大小限制	开发并描述一种用于单细胞测序数据分析的协议，以促进生物学的直接解释	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	NA
92	2025-06-11	Protocol to achieve high-resolution single-cell transcriptomics of cardiomyocytes in multiple species 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103194 PMID:39096494	研究论文	本文提供了一个用于生成高分辨率单细胞RNA测序(scRNA-seq)的协议，专注于罕见心肌细胞群体的转录组分析	提供了针对罕见心肌细胞群体(如再生/分裂细胞)的高分辨率scRNA-seq协议，并适用于多种物种	需要参考Bak等人的完整细节来执行该协议	开发一个高分辨率的单细胞转录组分析协议	小鼠和斑马鱼心脏以及诱导多能干细胞中的罕见心肌细胞群体	单细胞转录组学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	转录组数据	多种物种(小鼠、斑马鱼)的心脏细胞和诱导多能干细胞
93	2025-06-11	Protocol to study the immune profile of syngeneic mouse tumor models 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103139 PMID:38878286	研究论文	本文介绍了一种用于表征荷瘤小鼠免疫特征的实验方案	提供了一套详细的实验流程，结合流式细胞术和单细胞RNA测序等技术，全面分析肿瘤微环境的免疫特征	实验方案仅适用于小鼠模型，未涉及人类样本	研究肿瘤微环境的免疫特征	荷瘤小鼠模型	肿瘤免疫学	肿瘤	流式细胞术, 单细胞RNA测序, 其他组学分析	NA	单细胞数据, 流式细胞数据	NA
94	2025-06-11	Protocol for isolating immune cells from human gastric muscularis propria for single-cell analysis 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103258 PMID:39133613	研究论文	本文详细介绍了从人类胃肌层分离单个免疫细胞用于单细胞分析的实验方案	提供了一种从人类胃肌层分离免疫细胞并进行单细胞RNA测序分析的详细实验方案	未提及样本量大小和实验结果的验证数据	研究胃肠道免疫细胞多样性及其在维持肠神经元和平滑肌中的作用	人类胃肌层免疫细胞	单细胞分析	胃肠道疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 磁珠分选(CD45)	NA	RNA序列数据	NA
95	2025-06-11	Protocol for preparing mammalian skin samples encompassing hair follicles for spatial transcriptomics 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103254 PMID:39146191	研究论文	本文提出了一种用于空间转录组学的哺乳动物皮肤样本制备协议，特别关注包含毛囊的样本	针对皮肤样本在空间转录组学应用中的固有挑战，提出了一套完整的样本制备流程	未提及该协议在不同类型皮肤样本中的普适性或验证结果	开发适用于空间转录组学的皮肤样本制备方法	哺乳动物皮肤样本（特别关注含毛囊的样本）	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
96	2024-09-04	Hydatidiform mole identification using non-invasive single-cell sequencing of fetal circulating extravillous trophoblasts isolated from maternal blood 2024-09, Ultrasound in obstetrics & gynecology : the official journal of the International Society of Ultrasound in Obstetrics and Gynecology IF:6.1Q1 DOI:10.1002/uog.27615 PMID:38354218	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
97	2025-06-05	WGCNA reveals a biomarker for cancer-associated fibroblasts to predict prognosis in cervical cancer 2024-Sep-01, Journal of the Chinese Medical Association : JCMA IF:1.9Q2 DOI:10.1097/JCMA.0000000000001129 PMID:38946034	研究论文	本研究通过WGCNA分析宫颈癌中与癌症相关成纤维细胞(CAFs)相关的基因，并构建了一个预测模型	首次利用WGCNA识别CAFs相关基因并构建宫颈癌预后预测模型，发现了COL4A1等关键基因标志物	研究主要基于TCGA和GEO数据库数据，需要更多独立队列验证	开发基于CAFs基因特征的宫颈癌预后预测模型	宫颈癌患者和CAFs相关基因	生物信息学	宫颈癌	WGCNA, LASSO Cox回归分析, 单细胞RNA测序, 实时荧光定量PCR, 免疫组化	LASSO Cox回归模型	转录组测序数据, 临床数据	来自TCGA和GEO数据库的宫颈癌患者数据
98	2025-06-04	Multimodal Spatial Profiling Reveals Immune Suppression and Microenvironment Remodeling in Fallopian Tube Precursors to High-Grade Serous Ovarian Carcinoma 2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.615007 PMID:39386723	研究论文	通过多模态空间分析揭示输卵管高级别浆液性卵巢癌前病变中的免疫抑制和微环境重塑	整合高复杂度成像和空间转录组学技术，首次在HGSOC发展的不同阶段（包括p53特征、浆液性输卵管上皮内癌和侵袭性HGSOC）分析了人类组织样本，揭示了前体上皮中的免疫调节机制	研究样本可能不足以代表所有HGSOC亚型，且未探讨发现的分子改变是否具有因果关系	阐明从癌前病变进展为高级别浆液性卵巢癌的分子变化	人类输卵管组织样本（p53特征、浆液性输卵管上皮内癌和侵袭性HGSOC）	数字病理学	卵巢癌	高复杂度成像、空间转录组学	NA	图像、转录组数据	不同发展阶段的HGSOC人类组织样本（具体数量未明确说明）
99	2025-06-04	Bronchopulmonary Dysplasia with Pulmonary Hypertension Associates with Loss of Semaphorin Signaling and Functional Decrease in FOXF1 Expression 2024-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.27.609955 PMID:39253423	研究论文	研究早产儿肺损伤导致的支气管肺发育不良（BPD）及伴随的肺动脉高压（PH）的细胞和分子机制	通过单细胞RNA测序揭示了BPD+PH患者肺部独特的异常毛细血管细胞状态，并发现semaphorin信号通路缺陷及FOXF1表达降低	研究样本可能有限，且机制研究部分依赖于小鼠模型	探究BPD及BPD+PH的发病机制	早产儿肺部组织及小鼠模型	生物医学	支气管肺发育不良（BPD）及肺动脉高压（PH）	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	早产儿肺部组织样本及小鼠模型
100	2025-05-31	The pericardium forms as a distinct structure during heart formation 2024-Sep-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.18.613484 PMID:39345600	研究论文	该研究通过活体成像、谱系追踪和单细胞转录组学技术，揭示了心包在斑马鱼心脏形成过程中的独立起源和发育机制	首次明确了心包起源于侧板中胚层中的特定前部间皮祖细胞，而非经典心区，并发现心包形成与心脏管形成是两个独立过程	主要研究在斑马鱼模型中进行，虽发现基因表达特征在哺乳动物中保守，但需进一步验证人类发育中的适用性	探究心包的发育起源及其在心脏形态发生中的作用	斑马鱼胚胎心脏发育过程	发育生物学	小儿扩张型心肌病	活体成像、谱系追踪、单细胞转录组学、光片显微镜、原子力显微镜	机器学习辅助细胞追踪	图像数据、转录组数据	斑马鱼胚胎模型及新生大鼠模型