单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-03-28	scDAPP: a comprehensive single-cell transcriptomics analysis pipeline optimized for cross-group comparison 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae134 PMID:39345754	research paper	本文介绍了一个名为scDAPP的R语言工作流程，用于单细胞或细胞核转录组数据的比较分析	开发了一个自动化、标准化的单细胞转录组数据分析流程，支持跨组比较，并提供了丰富的数据可视化	未提及具体的性能对比或与其他工具的详细比较	解决单细胞转录组数据分析中自动化、标准化和跨组比较的需求	单细胞或细胞核转录组数据	bioinformatics	NA	scRNA-seq	NA	transcriptomic data	NA
82	2025-03-27	Characterization of a novel mitophagy-related 5-genes signature for diagnosis of acute myocardial infarction 2024-09, Vascular pharmacology IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.vph.2024.107417 PMID:39159737	研究论文	本研究通过线粒体自噬相关基因表达特征，开发了一种用于急性心肌梗死诊断的5基因标记	首次基于线粒体自噬相关基因表达特征，开发了急性心肌梗死的诊断标记，并通过单细胞转录组分析验证了其在特定细胞类型中的表达模式	研究样本量未明确说明，且诊断模型的AUC值为0.813，仍有提升空间	开发急性心肌梗死的诊断方法	心肌梗死患者	数字病理学	心血管疾病	支持向量机-递归特征消除(SVM-RFE)、随机森林、单细胞转录组分析	SVM、随机森林	基因表达数据	NA
83	2025-03-26	GSK-3β in Dendritic Cells Exerts Opposite Functions in Regulating Cross-Priming and Memory CD8 T Cell Responses Independent of β-Catenin 2024-Sep-10, Vaccines IF:5.2Q1 DOI:10.3390/vaccines12091037 PMID:39340067	研究论文	本文研究了GSK-3β在树突状细胞中对CD8 T细胞免疫反应的调控作用，发现其独立于β-catenin信号通路	揭示了GSK-3β在树突状细胞中调控CD8 T细胞免疫反应的双重作用，且这一作用独立于β-catenin信号通路	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类细胞中进行验证	探究GSK-3β在树突状细胞中对CD8 T细胞免疫反应的调控机制	CD11c-GSK-3β条件性敲除小鼠及其树突状细胞	免疫学	肿瘤免疫	Western blot、流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	CD11c-GSK-3β条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量，使用基因工程小鼠模型
84	2025-03-25	Twin study identifies early immunological and metabolic dysregulation of CD8+ T cells in multiple sclerosis 2024-09-27, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adj8094 PMID:39331727	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体分析，比较了多发性硬化症（MS）患者及其同卵双胞胎的CD8+ T细胞克隆，揭示了MS早期免疫和代谢失调的特征	首次在MS患者及其同卵双胞胎中，通过单细胞分析揭示了CD8+ T细胞的免疫和代谢异常，为MS的早期诊断和治疗提供了新靶点	研究样本量有限，且主要基于同卵双胞胎，可能无法完全代表更广泛的人群	探讨CD8+ T细胞在多发性硬化症（MS）病理中的作用及其早期免疫和代谢变化	同卵双胞胎中的CD8+ T细胞克隆，包括血液和脑脊液样本	免疫学	多发性硬化症	高通量单细胞RNA测序，单细胞T细胞受体分析	NA	单细胞RNA测序数据，T细胞受体数据	同卵双胞胎对及独立的MS患者验证队列
85	2025-03-25	Targeting Fibroblast-Endothelial Interactions in LAM Pathogenesis: 3D Spheroid and Spatial Transcriptomic Insights for Therapeutic Innovation 2024-Sep-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.12.544372 PMID:37398026	研究论文	本研究探讨了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）发病机制中成纤维细胞与内皮细胞的相互作用，并通过3D球体模型和空间转录组学提出了治疗创新	使用空间转录组学技术识别了与肌成纤维细胞相关的激酶信号通路基因簇，并验证了多激酶抑制剂sorafenib在减少LAMF-LEC球体侵袭中的效果优于Rapamycin	研究主要基于体外3D球体模型，尚未进行体内实验验证	探索LAM发病机制中成纤维细胞-内皮细胞相互作用的分子机制并寻找潜在治疗靶点	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者的肺组织、原代LAM相关成纤维细胞（LAMFs）和淋巴管内皮细胞（LECs）	分子病理学	淋巴管平滑肌瘤病	空间转录组学、3D共培养球体模型、激酶阵列分析	3D球体共培养模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明样本数量（使用原代LAMFs和LECs）
86	2025-03-21	Endocytosis as a critical regulator of hematopoietic stem cell fate -implications for hematopoietic stem cell and gene therapy 2024-Sep-27, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03927-6 PMID:39334274	评论	本文讨论了内吞作用在造血干细胞（HSCs）命运中的关键调节作用，及其对造血干细胞和基因治疗的影响	揭示了MYCT1蛋白在HSCs维持中的新作用，特别是在调节内吞作用和环境感知方面	尽管在体外培养HSCs方面取得了显著进展，但仍未完全理解所有潜在机制及其在HSCs增殖时的变化	探讨内吞作用在HSCs命运中的调节作用，及其对细胞治疗和基因治疗应用的影响	造血干细胞（HSCs）和造血祖细胞（HSPCs）	再生医学	血液和免疫细胞相关疾病	敲低、过表达、单细胞RNA测序和移植实验	NA	NA	NA
87	2025-03-21	In vivo CRISPR screens identify Mga as an immunotherapy target in triple-negative breast cancer 2024-Sep-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2406325121 PMID:39298484	研究论文	本文通过体内CRISPR筛选，识别了Mga作为三阴性乳腺癌免疫治疗的潜在靶点	通过七种同源肿瘤模型的迭代体内CRISPR筛选，识别了跨癌症类型的核心和上下文依赖性免疫逃逸途径，并发现Mga敲除显著增强抗肿瘤免疫并抑制肿瘤生长	Mga在肿瘤免疫景观中的精确调控机制尚需进一步研究	探索肿瘤免疫逃逸机制，并寻找有效的抗癌治疗靶点	三阴性乳腺癌（TNBC）	癌症研究	乳腺癌	CRISPR筛选、转录组学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	七种同源肿瘤模型
88	2025-03-21	A practical handbook on single-cell RNA sequencing data quality control and downstream analysis 2024-Sep, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.mocell.2024.100103 PMID:39094968	review	本文提供了一本实用的手册，指导单细胞RNA测序数据的质量控制和下游分析	提出了选择高质量细胞的指南和分析过程中的注意事项，为改进单细胞分析质量奠定了基础	未提及具体的技术或模型限制	提高单细胞RNA测序数据的质量和分析流程的标准化	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
89	2025-03-20	Spatial microenvironments tune immune response dynamics in the Drosophila larval fat body 2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.12.612587 PMID:39345471	研究论文	本文研究了果蝇幼虫脂肪体中抗菌肽的异质表达，揭示了免疫反应在空间上的动态模式	首次使用活体光片荧光显微镜在单细胞分辨率下捕捉整个幼虫组织的免疫反应动态，并发现抗菌肽表达的空间模式与微生物定位相关但不受其驱动	研究仅限于果蝇幼虫脂肪体，未涉及其他组织或物种	探讨组织免疫反应的空间动态模式及其机制	果蝇幼虫脂肪体	生物医学	NA	活体光片荧光显微镜、空间转录组学	NA	图像、基因表达数据	果蝇幼虫
90	2025-03-15	Prominent role of gut dysbiosis in the pathogenesis of cystic fibrosis-related liver disease in mice 2024-Sep, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.03.041 PMID:38554847	研究论文	本研究探讨了肠道菌群失调在囊性纤维化相关肝病（CFLD）发病机制中的重要作用	揭示了肠道菌群失调与CFLD发病的直接关联，并提出了通过恢复肠道CFTR功能或调节菌群来预防或减轻肝病的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行临床验证	研究囊性纤维化相关肝病（CFLD）的发病机制，特别是肠道-肝脏轴的作用	野生型（WT）、全身性Cftr敲除（CFTR-KO）和肠道校正（CFTR-KO-GC）小鼠	NA	囊性纤维化相关肝病	单细胞RNA测序、16S核糖体RNA测序、FITC-葡聚糖测定	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据、微生物组数据	野生型、CFTR-KO和CFTR-KO-GC小鼠
91	2025-03-12	Age-related epithelial defects limit thymic function and regeneration 2024-Sep, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01915-9 PMID:39112630	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学、谱系追踪和先进成像技术，定义了非造血基质细胞中与年龄相关的变化，并发现了两类非典型胸腺上皮细胞（aaTECs）状态的出现	发现了与年龄相关的胸腺上皮细胞（aaTECs）状态，这些细胞在胸腺髓质周围形成高密度的上皮簇，缺乏胸腺细胞，并表现出上皮-间质转化特征	未明确aaTECs在胸腺再生中的具体分子机制	研究胸腺随年龄增长的功能衰退和再生能力下降的原因	非造血基质细胞，特别是胸腺上皮细胞（TECs）	免疫学	老年疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、谱系追踪、先进成像	NA	转录组数据、成像数据	未明确具体样本数量，但涉及年龄相关的胸腺组织
92	2025-03-12	CD4+ T cells exhibit distinct transcriptional phenotypes in the lymph nodes and blood following mRNA vaccination in humans 2024-Sep, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01888-9 PMID:39164479	研究论文	本文通过单细胞转录组学评估了BNT162b2 mRNA疫苗接种后3个月和6个月时，血液和引流淋巴结中针对SARS-CoV-2刺突蛋白的CD4 T细胞反应	使用深度学习反向表位映射方法Trex预测抗原特异性，揭示了人类引流淋巴结中刺突特异性CD4滤泡辅助T细胞的异质性表型	研究样本量相对较小，仅分析了1,277个刺突特异性CD4 T细胞	研究SARS-CoV-2 mRNA疫苗接种后CD4 T细胞的转录表型变化	接种BNT162b2 mRNA疫苗的个体以及SARS-CoV-2感染后的个体	免疫学	COVID-19	单细胞转录组学，深度学习反向表位映射方法Trex	深度学习	单细胞转录组数据	1,277个刺突特异性CD4 T细胞
93	2025-03-08	Longitudinal Multi-omic Immune Profiling Reveals Age-Related Immune Cell Dynamics in Healthy Adults 2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.10.612119 PMID:39314416	研究论文	本文通过多组学分析（单细胞RNA测序、蛋白质组学、流式细胞术）研究了300多名健康成年人的外周免疫系统，揭示了年龄相关的免疫细胞动态变化	利用多组学技术对健康成年人进行长期免疫分析，创建了包含超过1600万个PBMC的单细胞RNA测序数据集，并开发了新的免疫健康图谱	研究主要关注健康成年人，未涉及特定疾病状态下的免疫变化	研究健康免疫系统在生命周期中的基本变化，以开发针对年龄相关感染和疾病的干预措施	300多名健康成年人，包括96名年轻和年长成年人，进行了为期两年的年度疫苗接种跟踪	免疫学	NA	scRNA-seq, 蛋白质组学, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据, 流式细胞数据	300多名健康成年人，包括96名年轻和年长成年人，进行了为期两年的年度疫苗接种跟踪
94	2025-03-06	Single-Cell Profiling Uncovers Evolutionary Divergence of Hypocretin/Orexin Neuronal Subpopulations 2024-Sep-04, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0095-24.2024 PMID:39122556	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和高分辨率成像技术，揭示了斑马鱼下丘脑中Hcrt神经元的亚群功能异质性及其在进化中的保守与分歧	首次在斑马鱼中通过单细胞RNA测序和高分辨率成像技术，揭示了Hcrt神经元的亚群功能异质性及其在进化中的保守与分歧	研究主要集中于斑马鱼和小鼠，未涉及其他脊椎动物，可能限制了结果的普适性	揭示下丘脑中Hcrt神经元的亚群功能异质性及其在进化中的保守与分歧	成年雄性和雌性斑马鱼下丘脑室周区的神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），高分辨率成像	NA	RNA测序数据，成像数据	成年雄性和雌性斑马鱼下丘脑室周区的神经元
95	2025-03-05	Joint trajectory inference for single-cell genomics using deep learning with a mixture prior 2024-Sep-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2316256121 PMID:39226366	研究论文	本文介绍了一种名为VITAE的统计方法，通过结合潜在层次混合模型和变分自编码器来推断单细胞测序数据集中的细胞发育轨迹	VITAE方法通过整合潜在层次混合模型和变分自编码器，提高了轨迹推断的准确性和可解释性，并提供了细胞投影的不确定性量化	尽管VITAE在多种轨迹拓扑结构上表现优异，但其在更广泛的数据集和应用中的通用性仍需进一步验证	研究目标是开发一种能够同时进行轨迹推断和数据整合的统计方法，以提高单细胞测序数据分析的准确性和鲁棒性	研究对象是单细胞测序数据集中的细胞发育轨迹	机器学习	NA	单细胞RNA测序	变分自编码器（VAE）	单细胞测序数据	三个不同的小鼠新皮层单细胞RNA测序数据集
96	2025-03-05	Acyl-coenzyme a binding protein (ACBP) - a risk factor for cancer diagnosis and an inhibitor of immunosurveillance 2024-Sep-06, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02098-5 PMID:39242519	研究论文	本文研究了酰基辅酶A结合蛋白（ACBP/DBI）在癌症诊断和免疫监视中的作用	发现ACBP/DBI水平升高是癌症发展的风险因素，并证明其中和可以增强化疗免疫疗法的效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模临床试验	探讨ACBP/DBI在癌症发展和免疫监视中的作用	癌症高风险个体、携带TP53或BRCA1/2突变的患者、非综合征健康个体以及小鼠模型	癌症研究	肺癌、乳腺癌、肉瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	血浆样本、小鼠模型数据	癌症高风险个体、携带TP53或BRCA1/2突变的患者、非综合征健康个体以及小鼠模型
97	2025-03-03	Study on the prediction model of liver cancer based on chronic liver disease and the related molecular mechanism 2024-Sep-13, Annals of hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.aohep.2024.101572 PMID:39278407	研究论文	本研究基于慢性肝病和相关分子机制，开发了一种新的预测模型，用于准确分类肝细胞癌（HCC），以提高患者的生存率	通过整合分析肝炎、肝硬化和肝细胞癌数据集，识别了10个与预后相关的肝病进展基因，并建立了预测HCC患者预后的模型	NA	开发一种新的预测模型，用于准确分类肝细胞癌（HCC），以提高患者的生存率	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单细胞测序	多变量Cox回归模型	基因表达数据	从TCGA和GEO数据库中获取的HCV、肝硬化和HCC数据
98	2025-03-03	Inferring super-resolution tissue architecture by integrating spatial transcriptomics with histology 2024-Sep, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-02019-9 PMID:38168986	研究论文	本文介绍了一种名为iStar的方法，通过整合空间转录组学数据和高分辨率组织学图像，预测超分辨率的空间基因表达	iStar方法基于分层图像特征提取，能够将基因表达分辨率提升至接近单细胞水平，并能在仅有组织学图像的组织切片中预测基因表达	未明确提及具体限制	提升空间转录组学数据的基因表达分辨率，并扩展其在仅有组织学图像的组织切片中的应用	空间转录组学数据和高分辨率组织学图像	数字病理学	NA	空间转录组学	分层图像特征提取	图像和基因表达数据	未明确提及样本数量
99	2025-03-01	Intestinal Stromal Cells in the Turmoil of Inflammation and Defective Connective Tissue Remodeling in Inflammatory Bowel Disease 2024-09-03, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izae066 PMID:38581412	研究论文	本文探讨了炎症性肠病（IBD）中肠道基质细胞在炎症和结缔组织重塑缺陷中的作用	揭示了肠道基质细胞在IBD中的复杂表型和功能，以及它们在炎症和细胞外基质重塑中的主动作用	当前IBD治疗主要针对炎症，对纤维狭窄或瘘管形成的疾病效果不佳	研究肠道基质细胞在IBD中的角色及其在炎症和细胞外基质重塑中的作用	肠道基质细胞，特别是肠道上皮下肌成纤维细胞	病理学	炎症性肠病	单细胞测序，空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
100	2025-03-01	HIV-1 control in vivo is related to the number but not the fraction of infected cells with viral unspliced RNA 2024-Sep-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2405210121 PMID:39190360	研究论文	本文研究了HIV-1感染者在无抗逆转录病毒治疗（ART）情况下，血浆病毒载量与感染细胞中未剪接HIV RNA（HIV usRNA）的关系	研究发现，病毒控制与感染细胞中未剪接HIV RNA的比例无关，而是与感染细胞的总数相关	研究仅基于外周血单核细胞（PBMC），未涉及其他组织或细胞类型	探讨HIV-1感染者在无ART情况下血浆病毒载量控制的机制	HIV控制者和非控制者的外周血单核细胞（PBMC）	NA	HIV感染	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序数据	HIV控制者和非控制者的PBMC样本