单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-11-02	WIP1-mediated regulation of p38 MAPK signaling attenuates pyroptosis in sepsis-associated acute kidney injury 2024-Sep, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2024.152832 PMID:38943814	研究论文	研究探讨了WIP1在脓毒症相关急性肾损伤中的作用及其通过p38 MAPK信号通路调控细胞焦亡的机制	首次揭示了WIP1在肾脏中的作用及其在脓毒症相关急性肾损伤中通过p38 MAPK信号通路调控细胞焦亡的机制	研究主要集中在小鼠模型和体外细胞实验，缺乏人体临床数据	探讨WIP1在脓毒症相关急性肾损伤中的作用及其调控机制	小鼠和人类肾2细胞	NA	急性肾损伤	单细胞测序(scRNA-seq)	NA	蛋白质	小鼠和人类肾2细胞
82	2024-11-02	Six1 Regulates Mouse Incisor Development by Promoting Dlx1/2/5 Expression 2024-Sep, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241256286 PMID:39101661	研究论文	研究探讨了Six1在调控小鼠下门齿发育中的关键作用及其分子机制	首次揭示了Six1通过促进Dlx1/2/5表达在牙胚发育中的重要作用	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证	阐明Six1在牙胚发育中的调控作用及其分子机制	小鼠下门齿发育过程中的牙胚细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠牙胚发育不同阶段的样本
83	2024-11-02	APOE ε4-associated downregulation of the IL-7/IL-7R pathway in effector memory T cells: Implications for Alzheimer's disease 2024-Sep, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.14173 PMID:39129310	研究论文	研究探讨了APOE ε4等位基因对IL-7/IL-7R通路的影响及其在阿尔茨海默病中的作用	揭示了APOE ε4等位基因下调IL-7/IL-7R通路在调节神经炎症和海马萎缩中的作用	NA	探讨APOE ε4等位基因对IL-7/IL-7R通路的影响及其在阿尔茨海默病中的作用	APOE ε4携带者和非携带者的外周血单核细胞	NA	阿尔茨海默病	RNA测序	NA	RNA	54名晚期阿尔茨海默病患者（包括28名APOE ε4携带者和26名非携带者）
84	2024-11-02	Autophagy Regulates Age-Related Jawbone Loss via LepR+ Stromal Cells 2024-Sep, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241264810 PMID:39185629	研究论文	研究探讨了自噬在年龄相关性下颌骨丢失中的作用，特别是通过LepR+基质细胞	首次揭示了自噬在年龄相关性下颌骨丢失中的关键作用，并提出了通过激活自噬来缓解下颌骨丢失的新方法	研究主要集中在小鼠模型上，需要进一步在人类中验证	研究自噬在下颌骨老化和骨量减少中的作用	下颌骨及其衍生的基质细胞（JBSCs）	NA	NA	RNA测序、单细胞转录组学	NA	RNA序列数据	包括老年人和老年小鼠的下颌骨样本，以及LepR-Cre/JBSCs
85	2024-10-30	A Single-Cell Atlas of the Substantia Nigra Reveals Therapeutic Effects of Icaritin in a Rat Model of Parkinson's Disease 2024-Sep-30, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox13101183 PMID:39456437	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术揭示了黑质中的细胞多样性，并探讨了黄酮类化合物icariin在帕金森病大鼠模型中的治疗效果	首次在帕金森病大鼠模型中识别出一种新的细胞亚型——突触丰富的细胞（SRCs），并发现icariin能够改善SRCs与其他细胞群的紧密相互作用，具有抗神经炎症、抗氧化和免疫改善作用	研究仅限于大鼠模型，尚未在人类中验证icariin的治疗效果	探讨帕金森病中黑质细胞的多样性及其在疾病中的作用，并评估icariin作为潜在治疗药物的效果	帕金森病大鼠模型中的黑质细胞	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	帕金森病大鼠模型中的黑质细胞
86	2024-10-30	Spatial multi-omics reveal intratumoral humoral immunity niches associated with tertiary lymphoid structures in pancreatic cancer immunotherapy pathologic responders 2024-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.22.613714 PMID:39386736	研究论文	研究探讨了胰腺癌中三级淋巴结构与免疫治疗反应者的关系及其在肿瘤微环境中的空间关系	首次通过空间多组学技术揭示了胰腺癌中三级淋巴结构与免疫治疗反应者的关系，并分析了其在肿瘤微环境中的空间特征	研究样本量较小，仅涵盖26个胰腺癌肿瘤样本	探讨胰腺癌中三级淋巴结构与免疫治疗反应者的关系及其在肿瘤微环境中的空间特征	胰腺癌肿瘤样本及其在免疫治疗中的反应	数字病理学	胰腺癌	空间多组学技术	机器学习模型	图像和基因表达数据	26个胰腺癌肿瘤样本
87	2024-10-30	Revolutionizing soybean genomics: How CRISPR and advanced sequencing are unlocking new potential 2024-Sep-03, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01435-7 PMID:39223394	研究论文	本文探讨了CRISPR和高级测序技术如何革新大豆基因组学，推动大豆遗传改良	利用CRISPR-Cas9基因编辑技术和单细胞RNA测序（scRNA-seq）等先进技术，实现了对大豆基因组的精确修改和深入研究	NA	探索大豆基因组学的革新方法，推动大豆遗传改良	大豆（Glycine max L.）的基因组和遗传改良	基因组学	NA	CRISPR-Cas9基因编辑技术，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	涉及野生和栽培大豆的基因组数据
88	2024-10-29	Machine learning-based gene expression biomarkers to distinguish Zika and Dengue virus infections: implications for diagnosis 2024-Sep, Virusdisease DOI:10.1007/s13337-024-00885-8 PMID:39464736	研究论文	本研究利用机器学习算法和生物信息学分析，识别用于区分寨卡病毒和登革病毒感染的基因生物标志物	本研究首次使用机器学习算法和生物信息学分析，识别出10个基因生物标志物，用于区分寨卡病毒和登革病毒感染	本研究的结果需要进一步的实验验证	识别用于区分寨卡病毒和登革病毒感染的基因生物标志物，以改进诊断方法	寨卡病毒和登革病毒感染	机器学习	NA	单细胞RNA测序	逻辑回归、支持向量机、随机森林、决策树	基因表达数据	GSE110496数据集中的24小时时间点的单细胞RNA测序数据
89	2024-10-29	Utilization of Microfluidic Droplet-Based Methods in Diagnosis and Treatment Methods of Hepatocellular Carcinoma: A Review 2024-Sep-25, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15101242 PMID:39457366	综述	本文综述了微流控液滴技术在肝细胞癌诊断和治疗中的应用	介绍了微流控液滴技术在肝细胞癌研究中的新应用，如单细胞RNA测序和其他单细胞分析方法	微流控技术的应用仍有限，尤其是在肝细胞癌的分子机制研究中	探讨微流控液滴技术在肝细胞癌研究中的优势和局限性	肝细胞癌的诊断和治疗	数字病理学	肝癌	微流控液滴技术	NA	基因组和转录组数据	单细胞
90	2024-10-29	An integrated approach identifies the molecular underpinnings of murine anterior visceral endoderm migration 2024-Sep-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.05.014 PMID:38843837	研究论文	本文通过综合单细胞RNA测序、磷酸蛋白质组学、高分辨率活体成像和短期谱系标记与干预，研究了小鼠前脏内胚层迁移的分子基础	本文首次揭示了前脏内胚层迁移过程中基因表达的短暂性及其与细胞位置的紧密耦合，并识别了调控前脏内胚层迁移的分子控制器	NA	研究小鼠前脏内胚层迁移的分子基础	小鼠前脏内胚层及其迁移行为	NA	NA	单细胞RNA测序、磷酸蛋白质组学、高分辨率活体成像、短期谱系标记与干预	NA	RNA序列、磷酸蛋白质数据、活体成像数据	小鼠胚胎中的前脏内胚层细胞
91	2024-10-26	Single-Cell RNA Sequencing and Combinatorial Approaches for Understanding Heart Biology and Disease 2024-Sep-30, Biology DOI:10.3390/biology13100783 PMID:39452092	综述	本文综述了单细胞RNA测序和组合方法在理解心脏生物学和疾病中的最新进展	结合转录组与空间维度和其他组学数据，提供对单细胞功能、微环境、动态过程及其相互关系的全面理解	NA	介绍单细胞分辨率下心脏健康和疾病的最新进展及其未来应用前景	心脏细胞的多样性及其在心脏发育和疾病中的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组、基因组、表观基因组和蛋白质组数据	数百到数百万个单细胞
92	2024-10-28	Catching the Big Fish in Big Data: A Meta-Analysis of Zebrafish Kidney scRNA-Seq Datasets Highlights Conserved Molecular Profiles of Macrophages and Neutrophils in Vertebrates 2024-Sep-27, Biology DOI:10.3390/biology13100773 PMID:39452082	meta-analysis	本文通过meta分析斑马鱼肾脏单细胞RNA测序数据，揭示了脊椎动物巨噬细胞和中性粒细胞的保守分子特征	首次对斑马鱼肾脏免疫细胞进行大规模单细胞RNA测序meta分析，确认了与哺乳动物相似的关键遗传通路	研究仅限于斑马鱼肾脏免疫细胞，未涵盖其他物种或组织	探讨脊椎动物先天免疫系统的保守分子特征	斑马鱼肾脏中的巨噬细胞和中性粒细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约250,000个免疫细胞
93	2024-10-28	A robust statistical approach for finding informative spatially associated pathways 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae543 PMID:39451157	研究论文	本文介绍了一种新的统计框架，用于识别与空间变异性相关的功能通路	该方法通过创新地应用布朗距离协方差检验，直接识别与空间变异性相关的功能通路，避免了基因选择和参数选择的限制，允许非线性和复杂依赖关系	NA	旨在通过分析空间转录组数据，深入理解细胞在不同空间域中的活动协调机制	人类和小鼠的实际数据集	生物信息学	NA	空间转录组学	布朗距离协方差检验	基因表达数据	人类和小鼠的数据集
94	2024-10-28	Intracellular spatial transcriptomic analysis toolkit (InSTAnT) 2024-Sep-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49457-w PMID:39242579	研究论文	本文介绍了一种名为InSTAnT的计算工具包，用于从空间转录组数据中提取分子关系	InSTAnT通过专门的统计测试和算法，能够检测基因对和模块在单分子分辨率下的共定位模式	NA	开发一种工具来解锁基于成像的空间转录组技术（如MERFISH）的全部潜力，以发现亚细胞生物模式	基因对和模块在单细胞和细胞景观中的共定位模式	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	五个不同数据集，代表两种不同的细胞系、两种脑结构、两种物种和三种不同技术
95	2024-10-28	Single-cell sequencing reveals the transcriptional alternations of 17β-estradiol suppressing primordial follicle formation in neonatal mouse ovaries 2024-Sep, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13713 PMID:38988058	研究论文	研究揭示了17β-雌二醇抑制新生小鼠卵巢原始卵泡形成的转录变化	首次通过单细胞RNA测序揭示了17β-雌二醇处理对新生小鼠卵巢原始卵泡形成和细胞增殖的抑制作用及其分子机制	研究仅限于新生小鼠模型，未探讨其他动物模型或人类中的情况	探讨雌激素在原始卵泡形成中的调控作用	新生小鼠卵巢中的原始卵泡和相关细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	新生小鼠卵巢样本
96	2024-10-27	Structure-preserved integration of scRNA-seq data using heterogeneous graph neural network 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae538 PMID:39446194	研究论文	提出了一种利用异构图神经网络（scHetG）进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据整合的方法	通过构建异构图来表示多批次细胞和基因之间的相互作用，并结合异构图神经网络和对比学习，同时获取包含结构信息的细胞和基因嵌入	NA	消除批次效应并保留细胞和基因的结构信息	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	异构图神经网络（Heterogeneous Graph Neural Network）	基因表达数据	涉及多个物种、组织和尺度的数据
97	2024-10-27	Single-cell RNA sequencing to map tumor heterogeneity in gastric carcinogenesis paving roads to individualized therapy 2024-Sep-13, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03820-4 PMID:39271545	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在胃癌（GC）研究中的应用，探讨了其在揭示肿瘤异质性和个性化治疗中的潜力	scRNA-seq技术提供了前所未有的分子、细胞和免疫层面的肿瘤微环境（TME）复杂生物组成和特征的见解	NA	探讨scRNA-seq在胃癌研究中的应用及其在个性化治疗中的潜力	胃癌的肿瘤异质性、肿瘤微环境中的免疫细胞和基质细胞	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
98	2024-10-27	NR3C2 affects the proliferation and invasiveness of colon cancer cells through the Wnt/β-Catenin signaling pathway 2024-Sep-05, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05935-8 PMID:39237674	研究论文	研究探讨了核受体亚家族3组C成员2（NR3C2）与结肠癌预后及机制之间的潜在关联	首次揭示了NR3C2通过Wnt/β-Catenin信号通路影响结肠癌细胞的增殖、侵袭、凋亡和自噬	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，实验验证仅限于体外和动物模型	探索NR3C2与结肠癌预后及机制之间的关联	结肠癌细胞的增殖、侵袭、凋亡和自噬	数字病理学	结肠癌	RNA测序	NA	mRNA数据	包括TCGA数据库中的结肠癌样本和GEO数据库中的单细胞数据，以及三个新鲜结肠癌样本及其对应的癌旁样本
99	2024-10-26	HKDC1 promotes liver cancer stemness under hypoxia through stabilizing β-catenin 2024-Sep-06, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001085 PMID:39250463	研究论文	研究探讨了HKDC1在低氧条件下通过稳定β-catenin促进肝癌细胞干性的机制	首次揭示了HKDC1在肝癌转移中的特异性作用及其通过稳定β-catenin增强肝癌细胞干性的分子机制	NA	比较HKDC1与其他HKs在肝癌中的细胞特异性，并研究其在肝癌转移中的分子机制	HKDC1、HK1、HK2在肝癌中的表达及其对肝癌转移的影响	数字病理学	肝癌	RNA原位杂交、单细胞RNA测序、代谢组学分析	NA	RNA	两个肝癌小鼠模型及肝癌和胆管癌患者肿瘤样本
100	2024-10-26	Osr1-mediated mesothelial transition of liver mesenchymal cells exacerbates fibrotic liver damage 2024-Sep-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.02.024 PMID:38414241	研究论文	研究揭示了在非酒精性脂肪性肝炎（NASH）模型小鼠中，肝星状细胞（HSCs）在肝损伤后向间皮细胞（MCs）的转变过程，并探讨了Osr1基因在这一过程中的作用	首次发现肝星状细胞在肝损伤后可以转变为间皮细胞，并揭示了Osr1基因在这一转变中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨肝星状细胞在肝损伤后的转变过程及其在肝纤维化中的作用	肝星状细胞、间皮细胞、Osr1基因	NA	肝病	单细胞RNA测序、体内谱系追踪	NA	RNA	非酒精性脂肪性肝炎（NASH）模型小鼠