单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-05-08	Inferring Characteristics of the Tumor Immune Microenvironment of Patients with HNSCC from Single-Cell Transcriptomics of Peripheral Blood 2024-09-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0092 PMID:39113621	研究论文	本研究探讨了从血液中推断肿瘤免疫微环境特征的可能性，特别是在头颈部鳞状细胞癌患者中	研究发现，可以通过外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据推断肿瘤微环境中免疫细胞的组成和基因表达谱，并发现耗竭T细胞特征可作为免疫治疗反应的预后血液生物标志物	研究样本量有限，需要更大规模的研究进一步验证	探索从血液中推断肿瘤免疫微环境特征的方法及其在癌症免疫治疗中的应用	头颈部鳞状细胞癌患者的外周血单个核细胞和肿瘤组织	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	两个数据集的头颈部鳞状细胞癌患者样本
62	2025-05-01	Cytokines reprogram airway sensory neurons in asthma 2024-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.26.525731 PMID:39345572	研究论文	研究探讨了在过敏性气道炎症中，气道伤害感受神经元如何通过细胞因子重编程获得促炎表型	发现了一类独特的炎症性迷走神经伤害感受神经元，并揭示了IL-1β、IL-13和BDNF在神经元重编程中的作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究过敏性气道炎症中伤害感受神经元获得促炎特性的分子机制	气道伤害感受神经元	神经免疫学	哮喘	逆行追踪、谱系报告、单细胞RNA测序	卵清蛋白小鼠模型	基因表达数据	哮喘小鼠模型
63	2025-04-27	Aberrant activation of wound healing programs within the metastatic niche facilitates lung colonization by osteosarcoma cells 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.10.575008 PMID:38260361	research paper	该研究通过单细胞转录组学和空间转录组学技术，揭示了骨肉瘤细胞如何通过激活肺微环境中的伤口愈合程序促进肺转移，并测试了抗纤维化药物nintedanib在抑制转移中的效果	首次揭示了骨肉瘤肺转移过程中肿瘤细胞诱导肺组织纤维化的分子机制，并验证了抗纤维化药物nintedanib的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，临床转化效果需要进一步验证	阐明骨肉瘤肺转移微环境形成的细胞和分子机制，寻找转移特异性治疗靶点	骨肉瘤细胞和肺转移微环境	肿瘤生物学	骨肉瘤	scRNA-seq, 空间转录组学, 多参数免疫荧光	免疫健全小鼠转移模型和免疫缺陷人源异种移植模型	转录组数据, 蛋白质表达数据, 空间分布数据	小鼠模型和有限的患者样本（具体数量未明确说明）
64	2025-04-26	MSIsensor-RNA: Microsatellite Instability Detection for Bulk and Single-cell Gene Expression Data 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae004 PMID:39341794	research paper	开发了一种名为MSIsensor-RNA的软件，用于基于基因表达数据检测微卫星不稳定性（MSI）状态	首次提出了适用于单细胞基因表达数据的MSI检测方法，填补了该领域的空白	未明确说明在特定癌症类型或临床场景下的验证结果	开发一种准确、稳健且适应性强的MSI检测工具，扩展MSI检测的临床应用范围	批量基因表达数据和单细胞基因表达数据	生物信息学	癌症	RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
65	2025-04-26	SCancerRNA: Expression at the Single-cell Level and Interaction Resource of Non-coding RNA Biomarkers for Cancers 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae023 PMID:39341795	research paper	介绍了一个名为SCancerRNA的数据库，该数据库总结了实验支持的长链非编码RNA、微RNA、PIWI相互作用RNA、小核仁RNA和环状RNA生物标志物的数据，以及它们在细胞水平上的差异表达数据	开发了一个全面且组织良好的在线资源SCancerRNA，用于提供单细胞水平上非编码RNA生物标志物的表达数据及其相互作用网络，这在之前是不可用的	NA	促进非编码RNA生物标志物在癌症诊断、进展监测和靶向治疗中的应用	非编码RNA生物标志物及其在单细胞水平上的表达和相互作用	digital pathology	cancers	single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	NA	RNA-seq数据	NA
66	2025-04-26	SuperFeat: Quantitative Feature Learning from Single-cell RNA-seq Data Facilitates Drug Repurposing 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae036 PMID:39401181	研究论文	本研究开发了一个名为SuperFeat的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中学习定量特征，以促进药物再利用	提出了SuperFeat框架，能够训练机器学习模型并评估病理组织中的典型细胞状态/特征，从而识别潜在药物靶点	NA	开发一个计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中学习特征，以促进药物再利用	单细胞RNA测序数据集，涵盖细胞特征发育过程中的特定细胞谱系	机器学习	癌症	单细胞RNA测序	人工神经网络	基因表达谱	NA
67	2025-04-18	A targetable type III immune response with increase of IL-17A expressing CD4+ T cells is associated with immunotherapy-induced toxicity in melanoma 2024-09, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00810-4 PMID:39210005	研究论文	该研究探讨了免疫检查点抑制剂治疗黑色素瘤时引发的免疫相关不良事件与III型免疫反应及IL-17A表达CD4+ T细胞增加之间的关系	首次揭示了III型CD4 T细胞在免疫治疗相关不良事件发展中的潜在作用，并提供了使用抗IL-17A治疗这些不良事件的临床前证据	样本量较小，仅在两例患者中测试了抗IL-17A的效果	研究免疫检查点抑制剂治疗黑色素瘤时引发免疫相关不良事件的机制	黑色素瘤患者	免疫治疗	黑色素瘤	蛋白质组学分析、多重细胞因子和趋化因子检测、流式细胞术、多重免疫组化、空间转录组学	NA	血清样本、外周血、皮肤疹和结肠炎组织	未明确说明总样本量，仅提及在两例患者中进行了抗IL-17A治疗
68	2025-04-14	Vascular heterogeneity of tight junction Claudins guides organotropic metastasis 2024-Sep, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00813-1 PMID:39289595	research paper	研究揭示了血管异质性在器官特异性转移中的作用，特别是通过紧密连接蛋白Claudins的调控	发现Ang2介导的Claudin 5抑制促进肺转移，而Claudins 2和10的抑制则能诱导肾转移，揭示了血管异质性在器官特异性转移中的独立作用	研究主要关注乳腺癌症的肺和肾转移，可能不适用于其他癌症类型或转移器官	探索器官特异性转移的机制	乳腺癌症的肺和肾转移	癌症研究	乳腺癌	单细胞测序分析、功能研究	自发性和植入性转移性乳腺癌症模型	NA	NA
69	2025-04-12	Gene expansions contributing to human brain evolution 2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.26.615256 PMID:39386494	研究论文	该研究通过分析完整的人类基因组序列，识别出与人类大脑进化相关的复制基因家族，并通过斑马鱼模型验证这些基因在脑发育中的作用	首次利用完整的人类基因组序列（T2T-CHM13）识别人类特异性复制基因家族，并通过斑马鱼CRISPR敲除模型验证这些基因在脑发育中的潜在作用	研究主要基于基因组和转录组数据，功能验证仅在斑马鱼模型中进行，可能无法完全反映人类大脑的复杂性	探索人类大脑进化的基因组驱动因素	人类基因组中的复制基因家族及其在脑发育中的作用	基因组学	NA	长读长DNA测序、CRISPR敲除、单细胞RNA-seq	斑马鱼模型	基因组序列、转录组数据	200个不同祖先背景的现代人类基因组
70	2025-04-08	MultiSC: a deep learning pipeline for analyzing multiomics single-cell data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae492 PMID:39376034	研究论文	提出了一种名为MultiSC的深度学习流程，用于分析多组学单细胞数据	开发了一个新的流程MultiSC，利用多模态约束自编码器和基于矩阵分解的模型来整合多组学数据并预测转录因子调控的靶基因	未提及具体的局限性	解决多组学单细胞数据整合和分析工具缺乏的问题	多组学单细胞数据	机器学习	NA	NEAT-seq	多模态约束自编码器（single-cell hierarchical constraint autoencoder）、基于矩阵分解的模型（scMF）、多元线性回归模型	基因表达、染色质可及性、转录因子蛋白表达	未提及具体样本数量
71	2025-04-04	Trem2 deficiency attenuates breast cancer tumor growth in lean, but not obese or weight loss, mice and is associated with alterations of clonal T cell populations 2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.614811 PMID:39386686	research paper	该研究探讨了肥胖与乳腺癌预后之间的关系，以及TREM2在瘦弱、肥胖和减肥小鼠中对乳腺癌肿瘤生长的影响	揭示了TREM2缺乏在瘦弱小鼠中减缓肿瘤生长的机制，并发现了肥胖和减肥条件下免疫反应的显著差异	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索肥胖与乳腺癌预后之间的机制，以及TREM2抑制的潜在疗效	瘦弱、肥胖和减肥小鼠模型中的乳腺癌肿瘤	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序，VDJ测序	基因功能缺失模型	RNA测序数据，免疫细胞数据	瘦弱、肥胖和减肥小鼠模型
72	2025-04-04	Analyses of combined Merkel cell carcinomas with neuroblastic components suggests that loss of T antigen expression in Merkel cell carcinoma may result in cell cycle arrest and neuroblastic transdifferentiation 2024-09, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6304 PMID:39049595	research paper	该研究分析了两种具有神经母细胞分化的组合性Merkel细胞癌（MCC），并对其形态学、免疫组化、转录组学、遗传学和表观遗传学特征进行了全面表征	首次报道了两种罕见的组合性MCC与神经母细胞分化的病例，并提供了全面的分子特征分析，揭示了T抗原表达缺失可能导致细胞周期停滞和神经母细胞转分化	研究样本量较小（仅2例），可能限制了结论的普遍性	探讨组合性MCC中神经母细胞分化的分子机制	两种具有神经母细胞分化的组合性MCC肿瘤	digital pathology	Merkel cell carcinoma	全外显子测序、空间转录组学、DNA甲基化分析	NA	组织样本、基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	2例组合性MCC/神经母细胞瘤（来自老年男性患者）
73	2025-04-01	Single-cell transcriptomes and chromatin accessibility of endothelial cells unravel transcription factors associated with dysregulated angiogenesis in systemic sclerosis 2024-Sep-30, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-225415 PMID:38754983	research paper	通过单细胞转录组和染色质可及性分析，研究系统性硬化症中内皮细胞的转录因子与血管生成失调的关系	揭示了系统性硬化症内皮细胞的转录和染色质变化，提出ELK4、ERF和ETS1作为治疗血管并发症的新靶点	研究主要基于单细胞测序数据，需要进一步的体内实验验证	探究系统性硬化症中内皮细胞转录组和表观基因组的变化及其在血管病变中的作用	系统性硬化症患者和对照的内皮细胞	digital pathology	systemic sclerosis	single-cell RNA sequencing, single-nucleus transposase-accessible chromatin sequencing, immunofluorescent staining, proteomics assay	NA	transcriptomic data, chromatin accessibility data	未明确提及样本数量，但包括对照组和系统性硬化症患者的内皮细胞
74	2025-04-01	Multimodal contrastive learning for spatial gene expression prediction using histology images 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae551 PMID:39471412	研究论文	提出了一种名为mclSTExp的多模态对比学习方法，用于利用组织学图像预测空间基因表达	结合Transformer和Densenet-121编码器，通过自注意力机制整合基因表达的空间上下文信息，并利用对比学习融合图像特征，提升了预测性能	未提及具体的技术局限性	开发一种成本效益高的方法，利用H&E染色图像预测空间基因表达，以克服空间转录组技术的高成本问题	乳腺癌和皮肤鳞状细胞癌数据集中的高度可变基因	数字病理学	乳腺癌, 皮肤鳞状细胞癌	空间转录组学(ST), 对比学习	Transformer, Densenet-121	图像, 基因表达数据	两个乳腺癌数据集和一个皮肤鳞状细胞癌数据集
75	2025-04-01	Preexisting Skin-Resident CD8 and γδ T-cell Circuits Mediate Immune Response in Merkel Cell Carcinoma and Predict Immunotherapy Efficacy 2024-Sep-04, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0798 PMID:39058036	研究论文	该研究通过整合大量和单细胞RNA测序以及空间转录组学数据，揭示了默克尔细胞癌（MCC）中预先存在的皮肤驻留CD8和γδ T细胞回路对免疫检查点阻断（ICB）治疗反应的预测作用	发现了CD8 Trm和Vδ1 T细胞作为ICB反应的可临床操作的生物标志物，并揭示了它们在MCC中的功能趋同和克隆扩增	样本量虽然较大（n=116），但仍需更多独立队列验证这些发现	识别预测MCC对ICB治疗反应的生物标志物和治疗靶点	默克尔细胞癌（MCC）患者	肿瘤免疫学	默克尔细胞癌	bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	116名患者的186个样本，包括14对ICB治疗前后的匹配样本
76	2025-03-30	Comprehensive Characterization of a Subfamily of Ca2+-Binding Proteins in Mouse and Human Retinal Neurons at Single-Cell Resolution 2024-Sep, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0145-24.2024 PMID:39260891	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据集全面分析了小鼠和人类视网膜神经元中Ca2+结合蛋白亚家族（CaBPs）的基因表达谱	揭示了CaBP1、CaBP2和CaBP5在视网膜内神经元中的表达模式，特别是发现双极细胞类型表达CaBP1、CaBP2和CaBP5的不同组合，而非单一CaBP	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证	探究CaBPs在小鼠和人类视网膜神经元中的表达模式及其在视觉功能中的作用	小鼠和人类视网膜神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序、单细胞逆转录聚合酶链反应	NA	转录组数据	小鼠和人类视网膜神经元样本
77	2025-03-29	Cross-expression analysis reveals patterns of coordinated gene expression in spatial transcriptomics 2024-Sep-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.17.613579 PMID:39345494	research paper	该研究提出了一种名为交叉表达的新框架，用于发现邻近细胞间协调表达的基因对	引入了交叉表达框架，能够量化空间相邻细胞间的协调基因表达，从而在单细胞分辨率下理解组织基因表达程序	NA	研究邻近细胞如何协调其基因表达	空间转录组数据中的基因对	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
78	2025-03-29	IKKε-deficient macrophages impede cardiac repair after myocardial infarction by enhancing the macrophage-myofibroblast transition 2024-Sep, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01304-0 PMID:39261656	研究论文	本研究探讨了IKKε在心肌梗死后炎症中的调控作用及其对心脏修复的影响	揭示了IKKε通过调控巨噬细胞-肌成纤维细胞转变(MMT)影响心肌梗死后的心脏修复过程，并发现5-氮杂胞苷(5-Aza)可恢复p-p38水平并减少MMT	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究IKKε在心肌梗死后炎症反应和心脏修复中的作用机制	IKKε敲除小鼠和野生型小鼠的心脏巨噬细胞	心血管疾病	心肌梗死	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和磷酸化蛋白阵列技术	小鼠心肌梗死模型	基因表达数据和蛋白质磷酸化数据	未明确说明具体样本数量，使用IKKε敲除小鼠和野生型小鼠进行实验
79	2025-03-28	An initial game-theoretic assessment of enhanced tissue preparation and imaging protocols for improved deep learning inference of spatial transcriptomics from tissue morphology 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae476 PMID:39367648	research paper	本文探讨了通过改进组织制备和成像协议来提升深度学习在空间转录组学中从组织形态推断基因表达的性能	提出了一种优化的组织处理和成像协议，采用临床级标准（永久切片、自动组织染色和临床级扫描），显著提升了模型性能	研究仅针对13例病理T分期为III期的结直肠癌患者，样本量较小	评估改进的组织制备和成像协议对深度学习模型在空间转录组学中性能的影响	结直肠癌患者的组织切片	digital pathology	colorectal cancer	spatial transcriptomics, automated hematoxylin and eosin staining	Inceptionv3	whole slide images	13例病理T分期为III期的结直肠癌患者
80	2025-03-28	An integrated single-cell reference atlas of the human endometrium 2024-Sep, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01873-w PMID:39198675	研究论文	介绍了一个高分辨率的人类子宫内膜单细胞参考图谱（HECA），整合了63名女性的子宫内膜单细胞转录组数据集，包括有和无子宫内膜异位症的患者	首次构建了一个高分辨率的子宫内膜单细胞参考图谱，识别了先前未报告的细胞类型，并通过空间转录组学验证	样本量虽然较大，但仍可能不足以覆盖所有子宫内膜异位症的亚型	研究人类子宫内膜的细胞组成及其在子宫内膜异位症中的变化	人类子宫内膜细胞	单细胞转录组学	子宫内膜异位症	单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	313,527个细胞（63名女性），312,246个细胞核（63名捐赠者）