单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-07-12	A Paradoxical Tumor Antigen Specific Response in the Liver 2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.19.614002 PMID:39372792	研究论文	本研究探讨了肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的反应及其在抗肿瘤免疫中的作用	揭示了肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的高频率但功能耗竭的现象，并发现了SPP1+巨噬细胞与CD8+ T细胞的相互作用在肝脏纤维化区域中的富集	研究主要基于小鼠模型和有限的临床样本，可能无法完全反映人类疾病的全貌	探究肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的功能及其对免疫检查点抑制剂治疗的影响	小鼠肿瘤模型和患者的肝脏转移瘤及原发性结肠癌	肿瘤免疫学	结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学CODEX、高维多组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质组数据	小鼠肿瘤模型和患者样本（具体数量未提及）
62	2025-07-10	Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state 2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.614841 PMID:39386468	研究论文	该研究通过单细胞测序技术，识别了果蝇中调节睡眠与代谢状态交互作用的神经元及其转录响应	首次在单神经元水平上鉴定了调节睡眠与代谢交互作用的基因，并验证了多个基因的功能	研究仅针对果蝇的特定神经元，结果在更复杂生物中的普适性尚不明确	探索睡眠与代谢状态交互作用的细胞机制	果蝇的侧脑白激肽神经元(LHLK neurons)	神经科学	NA	单细胞测序(CEL-Seq), Patch-seq	NA	RNA测序数据	喂食和24小时饥饿处理的果蝇LHLK神经元
63	2025-07-10	Single-cell RNA sequencing in pediatric research: Focusing on differentiation trajectories and immune microenvironment of neuroblastoma 2024-Sep, Pediatric discovery.. DOI:10.1002/pdi3.61 PMID:40625458	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在神经母细胞瘤（NB）研究中的应用，重点探讨了分化轨迹、肿瘤异质性和免疫微环境	利用scRNA-seq技术深入解析神经母细胞瘤的分化轨迹、肿瘤异质性及免疫微环境，为疾病机制研究和临床诊疗提供新视角	综述性质文章，未涉及具体实验设计和数据验证	总结scRNA-seq技术在神经母细胞瘤研究中的最新进展和应用价值	神经母细胞瘤（NB）	digital pathology	neuroblastoma	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
64	2025-07-03	Molecular pathology, developmental changes and synaptic dysfunction in (pre-) symptomatic human C9ORF72-ALS/FTD cerebral organoids 2024-09-18, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01857-1 PMID:39289761	研究论文	研究通过iPSC衍生的脑类器官模型，揭示了C9ORF72基因六核苷酸重复扩增（HRE）导致的肌萎缩侧索硬化症（ALS）和额颞叶痴呆（FTD）的早期分子病理和突触功能障碍	首次在3D人脑类器官模型中揭示了C9-ALS/FTD的早期分子病理和突触功能障碍，包括细胞类型丰度和分布的变化	研究样本量有限，且类器官模型可能无法完全模拟人脑的复杂性	理解C9ORF72-HRE导致的ALS和FTD的早期病理机制	C9-ALS/FTD患者、无症状C9ORF72-HRE携带者和对照组的iPSC衍生的脑类器官	分子病理学	肌萎缩侧索硬化症, 额颞叶痴呆	iPSC衍生技术, 单细胞RNA测序, 膜片钳电生理学	脑类器官模型	分子和细胞数据, 电生理数据	C9-ALS/FTD患者、无症状C9ORF72-HRE携带者和对照组的脑类器官
65	2025-07-03	Spatial transcriptomic analysis of adult hippocampal neurogenesis in the human brain 2024 Sep-Oct, Journal of psychiatry & neuroscience : JPN IF:4.1Q1 DOI:10.1503/jpn.240026 PMID:39414359	研究论文	通过空间转录组学和多重荧光原位杂交技术，评估了人类死后海马样本中的成人海马神经发生现象	结合空间转录组学和多重荧光原位杂交技术，首次在人类死后海马样本中评估成人海马神经发生的存在	样本量小且仅包括男性样本	评估人类成人海马神经发生的存在及其特征	人类死后齿状回（DG）样本	神经科学	NA	空间转录组学, 多重荧光原位杂交	NA	空间转录组数据, 荧光原位杂交图像	婴儿（n = 1, 2岁）, 青少年（n = 1, 16岁）, 年轻成人（n = 2, 平均23.5岁）, 中年（n = 2, 平均42.5岁）, 以及固定冷冻的中年男性DG组织（n = 6, 平均43.5岁）
66	2025-07-02	Identification of conserved and tissue-restricted transcriptional profiles for lipid associated macrophages (LAMs) 2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.24.614807 PMID:39386558	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，在小鼠和人类中分析了多种组织和无菌炎症条件下的脂质相关巨噬细胞（LAMs）的转录组特征	揭示了LAMs在多种组织和炎症条件下共享的保守转录特征以及组织特异性的基因程序，并与人类慢性炎症环境中的LAM群体高度保守	研究主要基于小鼠和人类的scRNA-seq数据，可能无法完全反映LAMs在活体中的全部功能特性	探究脂质相关巨噬细胞（LAMs）在不同组织和炎症条件下的转录特征及其在代谢和慢性炎症疾病中的作用	小鼠和人类中的脂质相关巨噬细胞（LAMs）	免疫学	代谢相关疾病（如动脉粥样硬化、肥胖、非酒精性脂肪肝病）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	多种小鼠和人类组织样本
67	2025-06-29	Cholinergic Neuronal Activity Promotes Diffuse Midline Glioma Growth through Muscarinic Signaling 2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.21.614235 PMID:39386427	research paper	研究发现胆碱能神经元活动通过毒蕈碱信号促进弥漫性中线胶质瘤的生长	揭示了胆碱能神经元活动通过特定回路促进健康少突胶质前体细胞和恶性胶质瘤增殖的新机制，并发现毒蕈碱受体M1和M3在此过程中的关键作用	研究主要关注胆碱能神经元的作用，其他神经调节神经元亚群的影响仍需进一步探索	探究胆碱能神经元活动对弥漫性中线胶质瘤生长的影响机制	健康少突胶质前体细胞(OPC)和恶性弥漫性中线胶质瘤(DMG)细胞	神经肿瘤学	弥漫性中线胶质瘤	光遗传学刺激、单细胞RNA测序、共培养系统	小鼠模型、hiPSC衍生神经元模型	基因表达数据、细胞增殖数据	原发性患者DMG样本和小鼠模型
68	2025-06-27	Single-cell RNA sequencing data analysis utilizing multi-type graph neural networks 2024-09, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108921 PMID:39059210	研究论文	本文提出了一种利用多类型图神经网络（scDMG）进行单细胞RNA测序数据分析的新模型	scDMG模型结合了去噪自编码器和多类型图神经网络，能够学习细胞间拓扑信息和scRNA-seq数据的潜在表示，有效处理数据降维、去噪和分类问题	未明确提及具体局限性	解决单细胞RNA测序数据分析中的降维、去噪和聚类问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	去噪自编码器（DAE）、多类型图神经网络（GNN）、ZINB模型	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本量
69	2025-06-27	Identification of miRNA signature in cancer-associated fibroblast to predict recurrent prostate cancer 2024-09, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108989 PMID:39142223	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，建立了一个与癌症相关成纤维细胞(CAFs)相关的microRNAs模型，用于预测前列腺癌的复发	首次建立了一个基于9种CAFs相关miRNAs的预后模型，用于预测前列腺癌的生化复发，并确定了NVP-TAE684作为潜在的治疗药物	研究样本量较小，仅涉及34名前列腺癌患者，且未在其他独立队列中进行验证	开发一个CAFs相关的miRNAs模型，用于预测前列腺癌的预后和指导个体化精准治疗	前列腺癌患者的癌症相关成纤维细胞(CAFs)	生物信息学	前列腺癌	scRNA-seq, buRNA-seq, qRT-PCR, CCK8, 伤口愈合实验, 克隆形成实验, 细胞迁移实验, 小鼠异种移植模型	Lasso, Random Forest, SVM	RNA测序数据	34名前列腺癌患者的样本
70	2025-06-26	scEMB: Learning context representation of genes based on large-scale single-cell transcriptomics 2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.24.614685 PMID:39386549	研究论文	介绍了一种基于transformer的深度学习模型scEMB，用于从大规模单细胞转录组数据中学习基因的上下文表示	scEMB采用创新的分箱策略整合多平台数据，有效保留基因表达层次和细胞类型特异性，并在下游任务中表现优于现有模型	未明确提及具体局限性	从复杂基因表达数据中提取有生物学意义的见解，加速精准医学和治疗开发的发现	大规模单细胞转录组数据	机器学习	阿尔茨海默病	单细胞转录组技术	transformer	单细胞转录组数据	超过3000万个单细胞转录组
71	2025-06-24	Unraveling the spatial organization and development of human thymocytes through integration of spatial transcriptomics and single-cell multi-omics profiling 2024-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51767-y PMID:39237503	研究论文	通过整合空间转录组学和单细胞多组学分析，揭示人类胸腺细胞的空间组织和发展	开发了TSO-his工具，整合单细胞和空间转录组学数据，首次在单细胞分辨率下重建胸腺空间结构，并发现新的共定位关系	NA	解析人类胸腺的空间组织结构和T细胞发育过程	人类胸腺细胞	生物信息学	NA	空间转录组学、单细胞多组学分析、VDJ测序	NA	转录组数据、空间数据	NA
72	2025-06-24	Spatial transcriptomics defines injury specific microenvironments and cellular interactions in kidney regeneration and disease 2024-09-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51186-z PMID:39237549	research paper	利用单细胞空间转录组学技术研究小鼠肾脏缺血再灌注损伤，揭示损伤特异性和空间依赖的基因表达模式	应用空间转录组学技术揭示了肾脏损伤后不同细胞微环境中的基因表达模式及细胞间相互作用，特别是Clcf1-Crfl1在近端小管细胞和成纤维细胞间的分子互作	研究仅针对小鼠模型，尚未在人类肾脏损伤中进行验证	解析肾脏损伤后分子通路和细胞互作，以增进对损伤、修复和疾病的理解	小鼠肾脏缺血再灌注损伤模型	digital pathology	kidney disease	single cell spatial transcriptomics	NA	spatial transcriptomics data	小鼠肾脏样本
73	2025-06-24	Symbiotic symphony: Understanding host-microbiota dialogues in a spatial context 2024 Sep-Oct, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.semcdb.2024.03.001 PMID:38564842	综述	本文探讨了在空间背景下理解宿主与微生物群对话的重要性及其潜在的临床意义	强调了同时分析微生物和宿主遗传信息并保持其空间完整性的重要性，以及空间转录组学在此领域的应用潜力	在早期生命微生物影响的研究中，由于群落数量有限，需要在减少的生物量框架内进行分析	研究宿主与微生物群之间的相互作用及其对人类健康的影响	人类宿主及其微生物群	微生物组学	局部感染和炎症	空间转录组学	NA	遗传信息	NA
74	2025-06-20	Genomic and immune heterogeneity of multiple synchronous lung adenocarcinoma at different developmental stages 2024-09-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52139-2 PMID:39256403	研究论文	探讨多发性同步性肺癌（MSLCs）在不同病理阶段的基因组和免疫异质性	揭示了MSLCs在从非侵袭性向侵袭性腺癌转变过程中T细胞表型的转变以及基因组和免疫特征的异质性	样本量较小（16个MSLCs来自8名患者），可能影响结果的普遍性	探索MSLCs在不同发育阶段的基因组和免疫异质性	多发性同步性肺癌（MSLCs）	基因组学与免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞TCR测序、全外显子测序	NA	基因组数据、免疫数据	16个MSLCs来自8名患者
75	2025-06-20	Glioblastoma cells increase expression of notch signaling and synaptic genes within infiltrated brain tissue 2024-09-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52167-y PMID:39251578	研究论文	该研究利用空间转录组学技术，揭示了胶质母细胞瘤恶性细胞在浸润脑组织中基因表达的差异及其与神经发育途径和胶质细胞分化的关联	首次使用空间转录组学技术对胶质母细胞瘤浸润脑组织中的恶性细胞进行基因表达分析，揭示了这些细胞在神经发育途径和胶质细胞分化相关基因表达上的变化	样本量较小（n=11），且仅针对特定亚型的胶质母细胞瘤（间充质型和前神经型）进行研究	探索胶质母细胞瘤恶性细胞在浸润脑组织中的基因表达特征及其潜在治疗靶点	胶质母细胞瘤患者中的恶性细胞及其浸润的脑组织	数字病理学	胶质母细胞瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	11例胶质母细胞瘤患者样本
76	2025-06-20	ST-GEARS: Advancing 3D downstream research through accurate spatial information recovery 2024-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51935-0 PMID:39242563	研究论文	提出ST-GEARS系统，通过精确恢复空间信息，解决现有三维空间转录组学方法在空间信息或实验诱导失真方面的不足	引入创新的分布式约束优化方案，通过锚点精确连接切片，并利用弹性场校正失真，恢复原始空间轮廓	未提及具体的技术实现细节或在不同组织类型中的适用性验证	提高三维空间转录组学数据的空间信息恢复精度，以支持更可靠的下游分析	三维空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	ST-GEARS	空间转录组数据	NA
77	2025-06-20	Intracellular spatial transcriptomic analysis toolkit (InSTAnT) 2024-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49457-w PMID:39242579	research paper	介绍了一种名为InSTAnT的计算工具包，用于从单分子分辨率的空间转录组数据中提取分子关系	开发了InSTAnT工具包，通过专门的统计测试和算法检测基因对和模块的共定位模式，揭示了细胞内和细胞间的分子关系	未提及具体的技术限制或数据集大小的限制	开发一种计算工具包，用于分析空间转录组数据，以发现亚细胞生物模式	空间转录组数据，特别是来自MERFISH等成像技术的数据	digital pathology	NA	MERFISH, 空间转录组学	NA	空间转录组数据	五个不同的数据集，代表两种细胞系、两个脑结构、两个物种和三种不同技术
78	2025-06-19	Cellular origin and clonal evolution of human dedifferentiated liposarcoma 2024-09-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52067-1 PMID:39266532	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、DNA测序等技术，探索了人类去分化脂肪肉瘤（DDLPS）的细胞起源和克隆演化	首次鉴定了肿瘤脂肪干细胞（ASC）群体，并揭示了其与白色脂肪组织中脂肪基质祖细胞的相似性，以及这些祖细胞在DDLPS肿瘤克隆演化中的作用	研究样本仅限于原发性DDLPS肿瘤，未涉及转移性肿瘤或其他肉瘤亚型	阐明去分化脂肪肉瘤的细胞起源和克隆演化机制	人类去分化脂肪肉瘤（DDLPS）的肿瘤细胞及其微环境	肿瘤生物学	脂肪肉瘤	单细胞RNA测序, DNA测序, 原位多重免疫荧光, 功能实验	NA	单细胞转录组数据, DNA序列数据, 免疫荧光图像数据	配对的WD和DD成分的原发性DDLPS肿瘤样本
79	2025-06-19	Maf expression in B cells restricts reactive plasmablast and germinal center B cell expansion 2024-09-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52224-6 PMID:39266537	研究论文	本研究探讨了Maf在B细胞中对浆母细胞和生发中心B细胞扩增的调控作用	揭示了Maf作为B细胞内在负调节因子，在浆母细胞增殖和生发中心B细胞形成中的新作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类B细胞	探究Maf在B细胞分化中的调控机制	B细胞（特别是边缘区B细胞、生发中心B细胞和浆母细胞）	免疫学	NA	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	野生型对照和Maf缺陷型小鼠
80	2025-06-18	Immune profiling-based targeting of pathogenic T cells with ustekinumab in ANCA-associated glomerulonephritis 2024-09-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52525-w PMID:39300109	research paper	该研究通过空间和单细胞转录组分析，识别了ANCA相关性肾小球肾炎中的致病性T细胞，并探索了ustekinumab作为潜在治疗药物的效果	首次利用转录组分析识别ANCA-GN中的致病性T细胞，并验证ustekinumab作为靶向治疗的潜力	样本量较小（34例患者分析，4例治疗），需要更大规模的临床试验验证	探索ANCA相关性血管炎肾损伤的新型靶向治疗方法	ANCA相关性肾小球肾炎患者	digital pathology	ANCA相关性血管炎	空间转录组分析，单细胞转录组分析	NA	转录组数据	34例患者样本分析，4例患者治疗试验