单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-02-05	Probing Dermal Immunity to Mycobacteria through a Controlled Human Infection Model 2024-09-01, ImmunoHorizons DOI:10.4049/immunohorizons.2400053 PMID:39283647	研究论文	本文通过控制性人类感染模型探讨了皮肤对分枝杆菌的免疫反应	首次在未接触过M. bovis卡介苗的人群中，通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术揭示了非免疫细胞在皮肤免疫反应中的潜在作用	样本量较小（10名参与者），且未观察到治疗组之间的差异	提高对皮肤免疫反应的理解，以启发新的治疗方法	10名接受M. bovis卡介苗皮内注射的参与者	免疫学	分枝杆菌感染	流式细胞术、批量RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序、质谱流式细胞术	NA	血液样本、皮肤活检样本	10名参与者
62	2025-02-04	MAPK/ERK signaling in gliomas modulates interferon responses, T cell recruitment, microglia phenotype, and immune checkpoint blockade efficacy 2024-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.11.612571 PMID:39345374	研究论文	本文探讨了MAPK/ERK信号在胶质瘤中对干扰素反应、T细胞招募、小胶质细胞表型及免疫检查点阻断疗效的调节作用	揭示了MAPK/ERK信号通路在胶质瘤中对免疫治疗的敏感性及机制，特别是其对干扰素反应和抗原呈递的调节作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的应用和验证仍需进一步研究	探讨MAPK/ERK信号通路在胶质瘤免疫治疗中的作用及其机制	胶质瘤细胞、T细胞、小胶质细胞	神经肿瘤学	胶质母细胞瘤	CRISPR/Cas9筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、体外切片培养	小鼠胶质瘤模型、BRAFV600E突变胶质瘤切片培养	基因表达数据、蛋白质磷酸化数据	小鼠胶质瘤模型、BRAFV600E突变的人类胶质瘤组织切片
63	2024-10-12	A spatiotemporally resolved atlas of mRNA decay in the C. elegans embryo reveals differential regulation of mRNA stability across stages and cell types 2024-Sep-20, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278980.124 PMID:39142810	研究论文	本文通过转录抑制后进行bulk和单细胞RNA测序，直接测量了秀丽隐杆线虫胚胎发育过程中时空分辨的mRNA降解速率，揭示了不同细胞类型和发育阶段的mRNA稳定性差异	首次在秀丽隐杆线虫胚胎中进行了时空分辨的mRNA降解速率的全转录组测量，并发现了mRNA降解速率与基因表达时间上的峰值相关	NA	研究胚胎发育过程中mRNA降解的时空模式及其对基因表达的调控作用	秀丽隐杆线虫胚胎中的mRNA降解速率	基因表达调控	NA	RNA测序	NA	转录组数据	秀丽隐杆线虫胚胎的全转录组数据
64	2024-10-12	Benchmarking bulk and single-cell variant-calling approaches on Chromium scRNA-seq and scATAC-seq libraries 2024-Sep-20, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.277066.122 PMID:39147582	研究论文	本文评估了在Chromium scRNA-seq和scATAC-seq库上使用批量和单细胞变异检测方法的性能	本文首次系统地比较了批量和单细胞变异检测方法在Chromium scRNA-seq和scATAC-seq库上的性能，并发现了单细胞层面的变异检测在Chromium库中的局限性	本文主要集中在Chromium scRNA-seq和scATAC-seq库上，未涵盖其他单细胞测序技术	评估不同变异检测方法在Chromium scRNA-seq和scATAC-seq库上的有效性和挑战	Chromium scRNA-seq和scATAC-seq库	基因组学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	基因组数据	匹配的批量全基因组测序样本库
65	2025-02-03	Developmental regulation of dermal adipose tissue by BCL11b 2024-Sep-19, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.351907.124 PMID:39266447	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术研究了小鼠胚胎发育过程中真皮白色脂肪组织（dWAT）的发育调控机制，发现BCL11b通过调节Wnt信号微环境促进真皮脂肪细胞的分化	揭示了BCL11b在真皮脂肪组织发育中的调控作用，并阐明了不同解剖位置脂肪组织在胚胎发育和成年肥胖刺激下的不同调控途径	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	研究真皮脂肪组织的胚胎起源及其发育调控机制，以理解其在代谢疾病中的作用	小鼠胚胎发育过程中的真皮白色脂肪组织	发育生物学	代谢疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠胚胎发育过程中的细胞群体
66	2025-02-01	Computational estimation of clonal diversity in autoimmunity 2024-09, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.12801 PMID:39010261	综述	本文综述了当前用于从单细胞T细胞受体和B细胞受体测序中测量多样性的方法，并讨论了单细胞测序和多样性估计在自身免疫性疾病发现和治疗创新中的突破	讨论了单细胞测序和多样性估计在自身免疫性疾病研究中的应用及其重要性	NA	探讨适应性免疫系统中多样性的测量和解释方法，及其在自身免疫性疾病中的作用	单细胞T细胞受体和B细胞受体测序数据	生物信息学	自身免疫性疾病	单细胞测序	NA	测序数据	NA
67	2025-01-31	Scoping Review: Methods and Applications of Spatial Transcriptomics in Tumor Research 2024-Sep-06, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16173100 PMID:39272958	综述	本文综述了空间转录组学（ST）在肿瘤研究中的方法和应用，总结了当前的方法、趋势和数据分析技术	总结了空间转录组学在肿瘤研究中的最新进展和应用，提出了提高研究可重复性和可靠性的建议	近一半的研究缺乏全面的数据处理协议，影响了其可重复性	探讨空间转录组学在肿瘤研究中的挑战和实际应用	肿瘤组织和肿瘤微环境	数字病理学	癌症	空间转录组学（ST）、单细胞测序、免疫组织化学	NA	基因表达数据、单细胞测序数据、免疫组织化学数据	分析了41篇截至2023年底发表的文章和公共数据仓库
68	2024-10-24	Trem2 deficiency attenuates breast cancer tumor growth in lean, but not obese or weight loss, mice and is associated with alterations of clonal T cell populations 2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.614811 PMID:39386686	研究论文	研究探讨了TREM2缺乏对不同体重（瘦、肥胖和体重减轻）小鼠乳腺癌肿瘤生长的影响，并分析了克隆T细胞群体的变化	首次揭示了TREM2缺乏在瘦小鼠中减轻乳腺癌肿瘤生长，并伴随T细胞克隆性的变化，而肥胖和体重减轻小鼠中未观察到此现象	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨肥胖和体重减轻对TREM2抑制在乳腺癌中疗效的影响	TREM2缺乏对不同体重小鼠乳腺癌肿瘤生长的影响及克隆T细胞群体的变化	免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序和VDJ测序	NA	RNA	涉及瘦、肥胖和体重减轻的小鼠模型
69	2024-11-02	WIP1-mediated regulation of p38 MAPK signaling attenuates pyroptosis in sepsis-associated acute kidney injury 2024-09, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2024.152832 PMID:38943814	研究论文	研究探讨了WIP1在脓毒症相关急性肾损伤中的作用及其通过p38 MAPK信号通路调控细胞焦亡的机制	首次揭示了WIP1在肾脏中的作用及其在脓毒症相关急性肾损伤中通过p38 MAPK信号通路调控细胞焦亡的机制	研究主要集中在小鼠模型和体外细胞实验，缺乏人体临床数据	探讨WIP1在脓毒症相关急性肾损伤中的作用及其调控机制	小鼠和人类肾2细胞	NA	急性肾损伤	单细胞测序(scRNA-seq)	NA	蛋白质	小鼠和人类肾2细胞
70	2024-08-05	Single-cell transcriptome analysis of macrophage subpopulations contributing to chemotherapy resistance in ovarian cancer 2024-09, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2024.152811 PMID:38941863	研究论文	这项研究探讨了巨噬细胞亚群在卵巢癌化疗耐药中的复杂功能和机制	识别并分析了卵巢癌中与化疗耐药相关的15个不同巨噬细胞亚群	尚未提及具体的实验设计和样本代表性	了解巨噬细胞在卵巢癌化疗耐药中的作用和机制	卵巢癌细胞中的巨噬细胞亚群	数字病理学	卵巢癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
71	2024-08-27	Identification and validation of potential biomarkers related to oxidative stress in idiopathic pulmonary fibrosis 2024-09, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2024.152791 PMID:39180853	研究论文	本研究旨在通过生物信息学技术识别与特发性肺纤维化（IPF）中氧化应激相关的可靠诊断生物标志物	利用随机森林算法结合随机最小绝对收缩和选择算子（LASSO）回归识别诊断基因，并构建诺模图评估疾病风险	NA	识别与特发性肺纤维化中氧化应激相关的诊断生物标志物	特发性肺纤维化中的氧化应激相关基因	生物信息学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	随机森林算法	基因表达数据	使用GSE70866和GSE141939数据集，涉及437个氧化应激相关基因和10个差异表达的氧化应激相关基因
72	2025-01-28	Single-Cell Transcriptomics Applied in Plants 2024-09-17, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181561 PMID:39329745	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在植物科学中的应用，并探讨了其潜力和挑战	首次全面回顾了scRNA-seq在植物科学中的研究进展，并提出了五个数据库以帮助识别不同细胞类型的表达标记基因	scRNA-seq在植物科学中的全部潜力尚未完全阐明，且存在一些潜在问题和挑战	探索scRNA-seq技术在植物研究中的应用，并为未来研究提供理论基础	植物组织，特别是模式植物、作物和木材	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
73	2025-01-28	A Novel Non-Invasive Murine Model of Neonatal Hypoxic-Ischemic Encephalopathy Demonstrates Developmental Delay and Motor Deficits with Activation of Inflammatory Pathways in Monocytes 2024-09-14, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181551 PMID:39329733	研究论文	本文介绍了一种新型的非侵入性小鼠模型，用于研究新生儿缺氧缺血性脑病（HIE），并展示了该模型在发育延迟和运动缺陷方面的表现，以及单核细胞中炎症通路的激活	该模型首次将妊娠晚期的母体免疫激活（MIA）与出生后的缺氧相结合，模拟HIE的发病机制，并揭示了微胶质细胞中炎症基因的上调	该模型产生的表型较现有HIE模型更温和，且HIE在临床上具有异质性，导致人类中的结果多种多样	研究新生儿缺氧缺血性脑病（HIE）的发病机制及其对发育和运动功能的影响	小鼠模型	NA	新生儿缺氧缺血性脑病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	NA
74	2025-01-28	Deep Immunoprofiling of Large-Scale Tuberculosis Dataset at Single Cell Resolution Reveals a CD81bright γδ T Cell Population Associated with Latency 2024-09-12, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181529 PMID:39329713	研究论文	本研究通过大规模单细胞RNA测序和批量RNA测序数据整合，揭示了外周血γδ T细胞的表型和分子特征，并发现了一个与潜伏性结核感染相关的CD81bright γδ T细胞群体	首次在大规模结核病数据集中通过单细胞分辨率进行深度免疫分析，发现了一个独特的CD81bright γδ T细胞群体，并揭示了其在免疫信号传导和免疫反应调节中的特殊作用	研究主要集中在外周血γδ T细胞，未涉及其他免疫细胞或组织中的γδ T细胞	探索γδ T细胞在结核病保护或疾病进展中的作用	外周血γδ T细胞	免疫学	结核病	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据	大规模结核病数据集
75	2025-01-28	Characterizing the Tumor Microenvironment and Its Prognostic Impact in Breast Cancer 2024-09-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181518 PMID:39329702	研究论文	本研究通过整合分析和单细胞RNA测序数据，探讨了乳腺癌肿瘤微环境中的免疫景观和细胞间通讯	首次通过整合分析和单细胞RNA测序数据，全面描述了乳腺癌肿瘤微环境的组成和动态相互作用，并揭示了免疫浸润程度与临床结果之间的关联	研究结果主要基于RNA测序数据，未涉及其他类型的数据验证	探讨乳腺癌肿瘤微环境中的免疫景观和细胞间通讯，以提供患者分层的预后信息	乳腺癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
76	2025-01-25	Cryo-PRO facilitates whole blood cryopreservation for single-cell RNA sequencing of immune cells from clinical samples 2024-Sep-19, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.09.18.24313760 PMID:39371152	研究论文	本文介绍了一种名为Cryo-PRO的新方法，用于从冷冻保存的全血中分离外周血单核细胞（PBMCs），以便进行单细胞RNA测序（scRNA-seq），从而减少现场处理时间并促进多中心研究	开发了Cryo-PRO方法，允许现场立即冷冻保存样本，并在中央实验室进行后续PBMC分离，显著减少了现场处理时间	研究样本量较小，仅涉及23名脓毒症患者，且仅在两个招募点进行了验证	提高单细胞RNA测序在临床样本中的可扩展性，特别是在脓毒症等复杂免疫反应疾病的研究中	脓毒症患者的外周血单核细胞（PBMCs）	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	23名脓毒症患者
77	2025-01-25	Scalable imaging-free spatial genomics through computational reconstruction 2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.05.606465 PMID:39149311	研究论文	本文介绍了一种无需成像的空间转录组学方法，通过分子扩散模式计算重建空间数据	开发了一种无需成像的空间转录组学方法，利用分子扩散模式计算重建空间数据，提高了空间基因组学的可访问性和可扩展性	需要与实验数据进行比较以验证重建的准确性，且技术尚未在大规模应用中验证	开发一种无需成像的空间转录组学方法，以提高空间基因组学的可访问性和可扩展性	二维条形码阵列上的分子扩散模式	空间基因组学	NA	分子扩散模式、UMAP算法	NA	空间转录组学数据	NA
78	2025-01-25	LMNA-Related Dilated Cardiomyopathy: Single-Cell Transcriptomics during Patient-Derived iPSC Differentiation Support Cell Type and Lineage-Specific Dysregulation of Gene Expression and Development for Cardiomyocytes and Epicardium-Derived Cells with Lamin A/C Haploinsufficiency 2024-09-03, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13171479 PMID:39273049	研究论文	本文研究了与LMNA相关的扩张型心肌病（DCM），通过患者来源的诱导多能干细胞（iPSC）分化过程中的单细胞转录组学分析，支持了心肌细胞和心外膜来源细胞在Lamin A/C单倍体不足情况下的基因表达和发育失调	使用患者来源的iPSC模型，结合单细胞RNA测序技术，揭示了Lamin A/C单倍体不足在不同细胞类型和谱系中的基因表达和通路失调	研究中识别的影响表观遗传和分化的其他因素需要进一步改进模型来深入探讨	探讨LMNA相关扩张型心肌病的分子机制	患者来源的诱导多能干细胞（iPSC）及其分化过程中的心肌细胞和心外膜来源细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	iPSC模型	RNA测序数据	12个样本（4个来自患者，8个来自对照）
79	2025-01-25	Keratin 8/18a.1 Expression Influences Embryonic Neural Crest Cell Dynamics and Contributes to Postnatal Corneal Regeneration in Zebrafish 2024-09-02, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13171473 PMID:39273043	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了斑马鱼早期眼睛发育过程中角蛋白中间丝基因K8和K18a.1的表达及其对神经嵴细胞动态和角膜再生的影响	首次揭示了K8和K18a.1在斑马鱼早期眼睛发育和神经嵴细胞迁移中的重要作用，并发现K18a.1的表达受视黄酸调控	研究主要基于斑马鱼模型，结果在哺乳动物中的适用性尚需进一步验证	探讨神经嵴细胞在眼部发育和再生中的机制	斑马鱼胚胎和成体角膜	发育生物学	眼科疾病	单细胞RNA测序、原位杂交、免疫荧光显微镜	NA	RNA测序数据、显微镜图像	斑马鱼胚胎和成体角膜组织
80	2025-01-24	Unraveling the phenotypic states of human innate-like T cells: Comparative insights with conventional T cells and mouse models 2024-09-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114705 PMID:39264810	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术，比较了人类胸腺和血液中先天样T细胞与传统T细胞的转录组特征，揭示了它们在效应程序和发展路径上的差异	揭示了人类先天样T细胞与传统T细胞在转录组特征上的差异，并发现了跨物种间的特异性区别，如人类缺乏类型2 T细胞	研究主要基于人类和小鼠模型，可能不适用于其他物种	探索先天样T细胞与传统T细胞的转录组特征及其发展路径	人类胸腺和血液中的先天样T细胞与传统T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	RNA测序数据，流式细胞数据	人类胸腺和血液样本