单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2024-08-20	Adenosine A2A receptor activation regulates the M1 macrophages activation to initiate innate and adaptive immunity in psoriasis 2024-Sep, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110309 PMID:39002795	研究论文	本研究探讨了腺苷A2A受体激活对M1巨噬细胞的调节作用及其在银屑病中的免疫机制	首次发现KRT16在M1巨噬细胞中的表达，并确定CXCL10/11主要来源于巨噬细胞和树突状细胞而非角质形成细胞	NA	探究M1巨噬细胞在银屑病发病机制中的作用	M1巨噬细胞在银屑病中的作用及腺苷A2A受体的调节机制	免疫学	银屑病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
642	2024-08-20	Integrated analysis reveals an aspartate metabolism-related gene signature for predicting the overall survival in patients with hepatocellular carcinoma 2024-Sep, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03431-6 PMID:38472558	研究论文	本研究通过多组学数据分析，建立了一个与天冬氨酸代谢相关的基因签名（AMGS），用于预测肝细胞癌患者的总体生存率	首次揭示了天冬氨酸代谢重编程在肝细胞癌中的作用，并建立了一个新的基因签名用于预测患者的生存率	NA	探索天冬氨酸代谢在肝细胞癌中的作用，并开发新的预测工具	肝细胞癌患者及其天冬氨酸代谢相关基因	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cox回归模型	多组学数据	来自公共数据库的肝细胞癌患者数据
643	2024-08-19	Single-cell analysis identifies critical regulators of spermatogonial development and differentiation in cattle-yak bulls 2024-Sep, Journal of dairy science IF:3.7Q2 DOI:10.3168/jds.2023-24442 PMID:38642661	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了牦牛和牛-牦牛杂交种在睾丸细胞组成和生精细胞发育轨迹上的差异	首次在单细胞水平上获得了不同生殖细胞和睾丸体细胞的转录组特征，并识别了牦牛和无生育能力牛-牦牛的生精细胞分化和减数分裂的关键调控因子	NA	探讨导致牛科物种杂交不育和物种形成的遗传机制	牦牛和牛-牦牛杂交种的生精细胞发育和分化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
644	2024-08-17	Elimination of the extra chromosome of Dup15q syndrome iPSCs for cellular and molecular investigation 2024-Sep, European journal of cell biology IF:4.5Q2 DOI:10.1016/j.ejcb.2024.151446 PMID:39059105	研究论文	本文提出了一种使用CRISPR-Cas9系统插入puro-ΔTK选择盒到多余染色体中，并通过两步药物选择去除isodicentric染色体15的策略，以消除Dup15q综合征iPSCs中的多余染色体，并分析了由此产生的细胞系的分子和细胞变化。	本文首次成功去除了Dup15q综合征iPSCs中的多余染色体，并建立了同源细胞系，为研究Dup15q综合征相关的细胞和分子改变提供了重要资源。	NA	研究Dup15q综合征中与拷贝数变异相关的病理细胞表型。	Dup15q综合征iPSCs及其同源细胞系。	分子生物学	自闭症谱系障碍	CRISPR-Cas9系统	NA	单细胞RNA测序数据	NA
645	2024-08-16	Interleukin-24: A molecular mediator of particulate matter's impact on skin aging 2024-Sep-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.116738 PMID:39029221	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现，在暴露于颗粒物（PM）的皮肤中，IL-24在角质形成细胞和成纤维细胞中高度上调，并探讨了IL-24在PM诱导的皮肤老化中的作用及潜在抑制策略。	首次揭示了IL-24在颗粒物诱导的皮肤老化中的关键作用，并通过高通量筛选找到了抑制IL-24-STAT3信号通路的化合物，如洛伐他汀。	研究主要集中在体外皮肤模型上，未来需要进一步的体内研究以验证这些发现。	探讨颗粒物对皮肤老化的影响及其分子机制，并寻找潜在的干预策略。	角质形成细胞和成纤维细胞中的IL-24表达及其在皮肤老化中的作用。	NA	皮肤老化	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及暴露于颗粒物的体外皮肤模型中的角质形成细胞和成纤维细胞
646	2024-08-16	Integration of single-cell RNA sequencing of endothelial cells and proteomics to unravel the role of ICAM1-PTGS2 communication in apical periodontitis: A laboratory investigation 2024-Sep, International endodontic journal IF:5.4Q1 DOI:10.1111/iej.14080 PMID:38713190	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学技术，探讨了内皮细胞在慢性根尖周炎中的多样性以及ICAM1与PTGS2在其中的相互作用	首次结合单细胞RNA测序和蛋白质组学技术，揭示了慢性根尖周炎中内皮细胞的多样性及其与ICAM1-PTGS2相互作用的关系	研究样本量较小，且仅限于特定的内皮细胞和巨噬细胞类型	探究内皮细胞在慢性根尖周炎中的多样性及其与ICAM1-PTGS2相互作用的关系	内皮细胞、巨噬细胞以及ICAM1和PTGS2的相互作用	数字病理学	牙周病	单细胞RNA测序、蛋白质组学	NA	RNA、蛋白质	五个慢性根尖周炎样本
647	2024-08-15	A novel STING variant triggers endothelial toxicity and SAVI disease 2024-09-02, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20232167 PMID:38953896	研究论文	本文报道并描述了一种新的STING变异体（F269S），该变异体在SAVI患者中发现，并探讨了其在细胞和分子水平上的功能及其对疾病的影响。	首次报道了STING F269S变异体，并揭示了其在SAVI发病机制中的作用，特别是在内皮细胞和免疫细胞之间的相互作用。	NA	研究STING F269S变异体在SAVI疾病中的病理作用及其分子机制。	STING F269S变异体及其在SAVI患者中的功能和影响。	NA	肺间质疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	单个SAVI患者
648	2024-08-15	Single-cell RNA sequencing data analysis utilizing multi-type graph neural networks 2024-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108921 PMID:39059210	研究论文	本文提出了一种新的单细胞RNA测序数据分析模型scDMG，利用去噪自编码器和多类型图神经网络学习细胞间的拓扑信息和潜在表示	引入零膨胀负二项分布模型到去噪自编码器中进行数据降维和去噪，并集成多类型图神经网络作为编码器处理不同类型的单细胞RNA测序数据集	NA	改进单细胞RNA测序数据的分析和处理方法	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	图神经网络	序列数据	NA
649	2024-08-15	Single-cell Transcriptome Landscape of DNA Methylome Regulators Associated with Orofacial Clefts in the Mouse Dental Pulp 2024-Sep, The Cleft palate-craniofacial journal : official publication of the American Cleft Palate-Craniofacial Association DOI:10.1177/10556656231172296 PMID:37161276	研究论文	研究通过单细胞转录组测序分析了与小鼠牙髓中DNA甲基化调控因子相关的转录组图谱，探讨其与口腔颌面裂的关系	首次在单细胞分辨率下研究了与DNA甲基化和去甲基化相关的调控基因在小鼠牙髓间充质干细胞中的表达情况	研究未涉及人类患者，且仅限于小鼠模型	旨在研究与DNA甲基化和去甲基化相关的调控基因在单细胞水平的转录组图谱	小鼠牙髓中的间充质干细胞及其在不同骨分化阶段的亚群	数字病理学	口腔颌面裂	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
650	2024-08-14	Novel prognostic alternative splicing events in colorectal Cancer: Impact on immune infiltration and therapy response 2024-Sep-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112603 PMID:39043103	研究论文	本研究旨在全面分析结直肠癌（CRC）中的选择性剪接（AS）特征，并阐明其与CRC免疫微环境的关系	本研究首次构建了一个包含15个AS事件的预测模型，并揭示了BCAS1作为ANO7\|58341\|AT剪接事件潜在调控因子的作用	NA	全面分析结直肠癌中的选择性剪接特征及其与免疫微环境的关系	结直肠癌患者的转录组数据、临床信息和AS事件的PSI值	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	Cox比例风险模型	转录组数据	CRC患者的数据来自TCGA和TCGA SpliceSeq数据库
651	2024-08-14	TIM-3/CD68 double-high expression in Glioma: Prognostic characteristics and potential therapeutic approaches 2024-Sep-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112665 PMID:39002523	研究论文	本研究探讨了TIM-3和CD68在胶质瘤中的表达及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	发现TIM-3在胶质瘤中的表达主要集中在巨噬细胞上，与CD68的双高表达可能成为胶质瘤的新升级标志物	NA	寻找胶质瘤中的有价值的免疫治疗靶点，并探索潜在的免疫治疗策略	TIM-3和CD68在胶质瘤中的表达及其与患者生存率的关系	数字病理学	胶质瘤	免疫组织化学(IHC)、多重荧光免疫组织化学(mIHC)、生物信息学分析	NA	单细胞测序数据	187名胶质瘤患者
652	2024-08-14	Comprehensive transcriptomic analysis of immune-related genes in diabetic foot ulcers: New insights into mechanisms and therapeutic targets 2024-Sep-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112638 PMID:39079197	研究论文	本研究通过RNA测序分析糖尿病足溃疡（DFU）中的免疫相关基因表达，探索DFU中免疫相关基因与病理机制的关联	首次系统性地研究了DFU中免疫相关基因的表达差异，并识别了关键的免疫相关基因	样本量较小，且仅限于DFU患者和健康对照组	探索糖尿病足溃疡中免疫相关基因的表达变化及其与病理机制的关系	糖尿病足溃疡患者的伤口活检样本	数字病理学	糖尿病	RNA测序	NA	基因表达数据	10名糖尿病足溃疡患者和11名健康对照
653	2024-08-14	Single-cell RNA-sequencing analysis reveals α-syn induced astrocyte-neuron crosstalk-mediated neurotoxicity 2024-Sep-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112676 PMID:39053230	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了α-突触核蛋白诱导的星形胶质细胞与神经元之间的交叉对话介导的神经毒性机制	首次详细探讨了α-突触核蛋白如何通过增强星形胶质细胞与神经元之间的通信，特别是通过TNF和炎症相关信号通路，导致神经毒性	研究主要基于体外实验和小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现	探讨α-突触核蛋白在星形胶质细胞与神经元交叉对话中的作用及其对神经毒性的影响	α-突触核蛋白、星形胶质细胞、神经元、TNF和炎症相关信号通路	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用来自Hua-Syn (A53T)和野生型小鼠的脑前额叶皮层和中脑样本
654	2024-08-14	Mitoclone2: an R package for elucidating clonal structure in single-cell RNA-sequencing data using mitochondrial variants 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae095 PMID:39131821	research paper	本文介绍了一个名为mitoClone2的R包，用于通过整合单细胞测序实验中发现的线粒体异质性变异来识别克隆群体结构	mitoClone2包提供了与常用克隆结构划分工具的内置兼容性，能够直接使用多重BAM文件作为输入，并包含人类和小鼠线粒体基因组的注释，以及用于调用、过滤、聚类和可视化变异的辅助函数	NA	阐明单细胞RNA测序数据中的克隆结构	单细胞RNA测序数据中的线粒体变异	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	基因组数据	NA
655	2024-08-13	Cold-adapted influenza vaccine carrying three repeats of a respiratory syncytial virus (RSV) fusion glycoprotein epitope site protects BALB/c mice and cotton rats against RSV infection 2024-Sep, Antiviral research IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.antiviral.2024.105960 PMID:38986872	研究论文	本研究开发了一种携带三个呼吸道合胞病毒（RSV）融合糖蛋白表位重复序列的冷适应流感疫苗，用于保护BALB/c小鼠和棉鼠免受RSV感染	首次开发了一种携带RSV融合蛋白中和表位重复序列的冷适应流感疫苗，显示出双重保护作用	需要进一步的临床前和临床研究来验证其安全性和有效性	开发一种新型双价疫苗，用于预防流感和RSV感染	BALB/c小鼠和棉鼠	NA	呼吸道病毒感染	反向遗传技术，单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞T细胞抗原受体（TCR）测序	NA	RNA	BALB/c小鼠和棉鼠
656	2024-08-09	New insights gained from cellular landscape changes in myocarditis and inflammatory cardiomyopathy 2024-Sep, Heart failure reviews IF:4.5Q1 DOI:10.1007/s10741-024-10406-w PMID:38896377	研究论文	本文综述了心肌炎和炎症性心肌病（ICM）的最新研究，特别是通过单细胞RNA测序揭示的细胞景观变化	利用多组学技术，特别是单细胞RNA测序，深入理解心肌炎/ICM过程中的细胞景观变化	NA	提供心肌炎/ICM最新研究的全面概述	心肌炎和炎症性心肌病	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
657	2024-08-09	Identification of the CD8 + T-cell Related Signature for Predicting the Prognosis of Gastric Cancer Based on Integrated Analysis of Bulk and Single-cell RNA Sequencing Data 2024-Sep-01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000528 PMID:38809517	研究论文	本研究通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别与胃癌预后相关的CD8+ T细胞相关特征	首次探索了CD8+ T细胞在胃癌中的作用，并构建了一个新的风险模型	NA	旨在识别与胃癌预后相关的CD8+ T细胞相关特征，并指导免疫治疗决策	胃癌患者的CD8+ T细胞相关基因特征	数字病理学	胃癌	RNA测序	风险模型	基因表达数据	896个CD8+ T细胞差异基因
658	2024-08-09	Cancer-associated fibroblasts: a versatile mediator in tumor progression, metastasis, and targeted therapy 2024-Sep, Cancer metastasis reviews DOI:10.1007/s10555-024-10186-7 PMID:38602594	research paper	本文探讨了肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肿瘤进展、转移和靶向治疗中的作用	本文通过单细胞RNA测序技术识别了CAFs的多种表型，包括已知的肌成纤维细胞CAFs（myCAFs）和炎症性CAFs（iCAFs）以及新发现的亚型如抗原呈递CAFs（apCAFs）	NA	研究CAFs在肿瘤发生、癌症干细胞性、血管生成、免疫抑制、代谢和转移中的多重功能，并探讨针对肿瘤微环境的靶向治疗	癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在肿瘤微环境中的作用	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
659	2024-08-09	SIRV: spatial inference of RNA velocity at the single-cell resolution 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae100 PMID:39108639	research paper	本文介绍了一种名为SIRV的方法，通过结合空间转录组学数据和参考单细胞RNA测序数据中的剪接和未剪接mRNA表达，实现单细胞分辨率下的空间RNA速度推断	SIRV方法能够揭示仅通过单细胞RNA测序数据无法识别的空间分化模式，并成功应用于小鼠器官发生数据和鸡心脏发育数据	空间RNA速度的估计受限于无法在高分辨率空间转录组学中空间捕获剪接和未剪接的mRNA分子	研究组织中细胞分化动力学的空间背景	小鼠大脑发育中的中脑-后脑边界细胞和皮质边缘及间脑细胞的分化轨迹	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	空间转录组学数据	小鼠大脑、鸡心脏和人类骨肉瘤细胞的数据
660	2024-08-08	A novel model combining genes associated with disulfidptosis and glycolysis to predict breast cancer prognosis, molecular subtypes, and treatment response 2024-Sep, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24329 PMID:38747344	研究论文	本文开发了一种新型模型，结合与二硫化物死亡和糖酵解相关的基因，用于预测乳腺癌的预后、分子亚型和治疗反应	首次探讨了二硫化物死亡和糖酵解相关基因在乳腺癌中的作用机制及其预后价值	NA	开发一种能够准确预测乳腺癌预后、肿瘤微环境及药物治疗反应的模型	乳腺癌及其相关基因	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	涉及正常和乳腺癌组织中的差异表达基因