单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
621	2024-08-09	SIRV: spatial inference of RNA velocity at the single-cell resolution 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae100 PMID:39108639	research paper	本文介绍了一种名为SIRV的方法，通过结合空间转录组学数据和参考单细胞RNA测序数据中的剪接和未剪接mRNA表达，实现单细胞分辨率下的空间RNA速度推断	SIRV方法能够揭示仅通过单细胞RNA测序数据无法识别的空间分化模式，并成功应用于小鼠器官发生数据和鸡心脏发育数据	空间RNA速度的估计受限于无法在高分辨率空间转录组学中空间捕获剪接和未剪接的mRNA分子	研究组织中细胞分化动力学的空间背景	小鼠大脑发育中的中脑-后脑边界细胞和皮质边缘及间脑细胞的分化轨迹	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	空间转录组学数据	小鼠大脑、鸡心脏和人类骨肉瘤细胞的数据
622	2024-08-08	A novel model combining genes associated with disulfidptosis and glycolysis to predict breast cancer prognosis, molecular subtypes, and treatment response 2024-Sep, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24329 PMID:38747344	研究论文	本文开发了一种新型模型，结合与二硫化物死亡和糖酵解相关的基因，用于预测乳腺癌的预后、分子亚型和治疗反应	首次探讨了二硫化物死亡和糖酵解相关基因在乳腺癌中的作用机制及其预后价值	NA	开发一种能够准确预测乳腺癌预后、肿瘤微环境及药物治疗反应的模型	乳腺癌及其相关基因	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	涉及正常和乳腺癌组织中的差异表达基因
623	2024-08-05	scGAAC: A graph attention autoencoder for clustering single-cell RNA-sequencing data 2024-Sep, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.06.010 PMID:38950719	研究论文	提出了一种基于图注意力自编码器的聚类方法scGAAC，以处理单细胞RNA测序数据	引入了一种新的聚类方法，通过图注意力自编码器利用细胞间的结构信息，发现潜在关系	尽管scGAAC有效，但可能仍然受到数据噪声和高维度的影响	研究并改进单细胞RNA测序数据的聚类分析	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	数字病理学	NA	RNA-seq	图注意力自编码器	基因表达数据	四个真实的单细胞RNA测序数据集
624	2024-08-04	Dissecting prostate Cancer: Single-Cell insight into Macrophage Diversity, molecular Prognosticators, and the role of Peptidylprolyl Isomerase F 2024-Sep-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112599 PMID:38959543	研究论文	本研究探讨了前列腺癌中的单细胞转录组学，确定了巨噬细胞的异质性及其预后基因标记。	揭示了前列腺癌肿瘤微环境中的巨噬细胞异质性和功能特化，并识别了与预后相关的基因，特别是PPIF的作用。	研究主要依赖于现有的单细胞RNA测序数据，可能存在选择偏倚或数据完整性的问题。	研究前列腺癌中的肿瘤微环境及其与巨噬细胞的相互作用，识别潜在的预后基因。	前列腺癌的单细胞转录组学数据以及与巨噬细胞相关的基因。	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	分析了9,178个细胞，归类为10种主要细胞类型
625	2024-08-04	CYP24A1 affected macrophage polarization through degradation of vitamin D as a candidate biomarker for ovarian cancer prognosis 2024-Sep-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112575 PMID:38963981	研究论文	本研究探讨了CYP24A1如何通过维生素D降解影响巨噬细胞极化，并作为卵巢癌预后候选生物标志物。	发现CYP24A1通过调节巨噬细胞极化与维生素D的相互作用，促进卵巢癌的恶性进展。	研究在体外构建了异种移植模型，但缺乏临床样本验证。	旨在筛选与卵巢癌预后相关的线粒体相关基因。	主要研究CYP24A1在卵巢癌细胞中的表达及其功能。	数字病理	卵巢癌	单细胞测序技术	NA	基因表达数据	使用TCGA卵巢癌数据进行分析
626	2024-08-05	The complex association between the immune system and the skeletal system in osteoporosis: A study of single-cell RNA sequencing 2024-Sep-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112611 PMID:38976947	研究论文	本研究探讨了免疫系统与骨骼系统在骨质疏松症中的复杂关系	揭示了特定细胞亚群及其细胞间相互作用在骨质疏松症发病机制中的关键角色	缺乏对临床样本的广泛验证以增强研究结果的适用性	探索免疫系统与骨骼系统之间的生态联系以寻找临床预防和治疗的新策略	以人类腰椎层组织为研究对象，进行了单细胞RNA测序	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	人类腰椎层组织的质量控制单细胞样本
627	2024-08-04	Deciphering the spatiotemporal transcriptional landscape of intestinal diseases (Review) 2024-09, Molecular medicine reports IF:3.4Q2 DOI:10.3892/mmr.2024.13281 PMID:38994768	综述	本文总结了空间转录组学在肠道疾病中的应用。	通过空间转录组技术，深入揭示了肠道中细胞、基因、蛋白及信号之间的相互作用。	NA	探讨空间转录组学如何帮助理解与胃肠道相关的疾病机制。	肠道中的不同细胞类型及其相互作用。	数字病理学	肠道疾病	空间转录组学(ST)	NA	NA	NA
628	2024-08-05	From genes to therapy: A comprehensive exploration of congenital heart disease through the lens of genetics and emerging technologies 2024-Sep, Current problems in cardiology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.cpcardiol.2024.102726 PMID:38944223	综述	本研究全面探索了先天性心脏病(CHD)的遗传学和新兴技术。	探讨了单基因和多基因因素对CHD的影响，并强调了新兴技术在该领域的变革性影响。	关于CHD病因的主要部分仍然不清楚，且研究可能未覆盖所有相关因素。	提升对先天性心脏病遗传机制的理解，以改善诊断和开发新疗法。	先天性心脏病的遗传学及其相关的疾病机制。	数字病理学	先天性心脏病	靶向新一代测序(NGS)、全基因组测序(WGS)、全外显子测序(WES)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、人诱导多能干细胞(hiPSCs)	NA	NA	NA
629	2024-08-05	IL-17 signaling pathway: A potential therapeutic target for reducing skeletal muscle inflammation 2024-Sep, Cytokine IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cyto.2024.156691 PMID:38986253	研究论文	该研究探讨了IL-17信号通路在骨骼肌炎症中的作用及其治疗潜力	研究首次揭示IL-17信号通路在骨骼肌炎症中的重要性，并探讨了抗IL-17抗体的治疗效果	尚未充分研究IL-17信号通路与其他炎症通路之间的相互作用	研究IL-17信号通路在骨骼肌炎症中的作用及其作为治疗靶点的潜力	使用小鼠模型研究IL-17信号通路与骨骼肌炎症的关系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），酶联免疫吸附实验（ELISA），免疫荧光，Western blot	NA	NA	使用C57BL6/J小鼠模型进行实验
630	2024-08-04	Circular RNA-based therapy provides sustained and robust neuroprotection for retinal ganglion cells 2024-Sep-10, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2024.102258 PMID:39045516	研究论文	这篇文章探讨了一种基于环状RNA的疗法，该疗法为视网膜神经节细胞提供持久且强效的保护	本研究利用环状RNA（circRNA）来提高神经生长因子（NGF）的蛋白质表达，并为视网膜神经节细胞提供保护，这是一种创新的治疗方法	本研究未提及具体的药物传递系统的长期影响和临床转化的可行性	研究基于环状RNA的疗法在治疗眼部神经退行性疾病中的效果	研究对象为小鼠视神经挫伤模型中的视网膜神经节细胞	数字病理学	眼部神经退行性疾病	脂质纳米颗粒（LNP）制备的circNGF	小鼠视神经挫伤模型	单细胞转录组数据	未提供具体样本大小
631	2024-08-05	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Transcriptional Landscape of Neutrophils and Highlights the Role of TREM-1 in EAE 2024-Sep, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000200278 PMID:38954781	研究论文	本文揭示了中性粒细胞的转录组特征，并强调了TREM-1在实验性自身免疫性脑脊髓炎中的作用	首次构建了EAE中颈部淋巴结内中性粒细胞的单细胞免疫细胞图谱，并发现TREM-1在中性粒细胞迁移中的关键作用	该研究在EAE小鼠模型中进行，结果可能不能完全代表人类多发性硬化症的病理机制	研究中性粒细胞在EAE进展过程中的功能及其转录组特征	中性粒细胞及其在颈部淋巴结中的不同亚型	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	EAE小鼠中观察到的大量中性粒细胞和多发性硬化症患者的外周中性粒细胞
632	2024-08-05	A general pHLA-CD80 scaffold fusion protein to promote efficient antigen-specific T cell-based immunotherapy 2024-Sep-19, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2024.200827 PMID:39027379	研究论文	本文介绍了一种通用的pHLA-CD80融合蛋白，以促进有效的抗原特异性T细胞免疫治疗	文中提出的APC-mimic融合蛋白有效模仿了抗原呈递细胞的自然抗原呈递模式，能够直接扩展T细胞	研究中未提及特定抗原呈递细胞的需求，可能在应用中存在局限	研究旨在提高抗原特异性T细胞的激活和扩展	研究对象为抗原特异性T细胞及其在小鼠模型中的应用	NA	肿瘤	单细胞TCR测序（scTCR-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA	OT-1小鼠模型
633	2024-08-04	Coupled single-cell and bulk RNA-seq analysis reveals the engulfment role of endothelial cells in atherosclerosis 2024-Sep, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101250 PMID:39022128	研究论文	本研究探讨了内皮细胞在动脉粥样硬化中吞噬凋亡细胞碎片的角色	发现了内皮细胞中一种独特亚群以及SR-B1在吞噬作用中的重要性	NA	研究内皮细胞在动脉粥样硬化中对凋亡细胞碎片的吞噬作用	内皮细胞和凋亡细胞碎片	数字病理学	心血管疾病	RNA-seq	NA	RNA数据	小鼠主动脉和人类主动脉的样本
634	2024-08-05	s CIRCLE-An interactive visual exploration tool for single cell RNA-Seq data 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae084 PMID:39022325	研究论文	CIRCLE是一个用于单细胞RNA-seq数据集的探索性分析工具，专注于细菌的单细胞RNA-seq。	该软件从信息设计的角度重新构思了对单细胞RNA-seq数据低维表示的可视化和交互式探索。	NA	研究旨在提供一个交互式工具以探索单细胞RNA-seq数据。	单细胞RNA-seq数据集，特别是细菌的单细胞RNA-seq。	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	数据集	NA
635	2024-08-05	A broken network of susceptibility genes in the monocytes of Crohn's disease patients 2024-Sep, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202302394 PMID:38925865	研究论文	本研究探讨了Crohn病患者和健康对照组中232个易感基因的表达网络	研究提供了单细胞水平上单核细胞易感基因网络状态的新见解，强调了基因网络的破裂与Crohn病的发病机制之间的关系	缺乏对其他免疫细胞类型易感基因表达的综合分析	明确Crohn病患者单核细胞中易感基因的表达网络及其在病理中的作用	Crohn病患者及健康对照组的单核细胞	数字病理学	克罗恩病	生物信息学分析和单细胞转录组数据集	NA	基因表达数据	包含了多个克罗恩病患者和健康对照的单细胞转录组数据
636	2024-08-04	Polypeptide N-Acetylgalactosaminyl transferase 14 is a novel mediator in pancreatic β-cell function and growth 2024-Sep-15, Molecular and cellular endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1016/j.mce.2024.112269 PMID:38763428	研究论文	研究表明GALNT14在胰腺β细胞中高度表达，并调节其功能和生长	发现GALNT14是调节β细胞生物学的新型调节因子，为β细胞O-糖基化与糖尿病发展的关系提供了新的视角	研究主要集中在小鼠模型，尚未在其他物种中验证	探讨GALNT14在胰腺β细胞功能和生长中的作用	主要研究GALNT14在小鼠胰腺β细胞中的表达和功能	数字病理学	糖尿病	CRISPR/Cas9	NA	单细胞测序	三个啮齿动物2型糖尿病模型的初级岛屿
637	2024-08-04	Advances and applications of biomimetic biomaterials for endogenous skin regeneration 2024-Sep, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2024.04.011 PMID:38883311	综述	文章概述了生物仿生材料在促进自体皮肤再生中的最新进展	提出了新型的生物仿生材料，具备精确的结构、化学成分和生物物理特性	当前应用的生物材料在结构和功能上过于简单，无法精确模拟复杂的组织结构	探讨生物仿生材料在自体皮肤再生中的应用及其进展	关注生物仿生材料如何促进自体皮肤的再生	数字病理学	NA	重编程、柔性电子皮肤、人工智能、单细胞测序和空间转录组	NA	NA	NA
638	2024-08-04	Senescence-targeted MicroRNA/Organoid composite hydrogel repair cartilage defect and prevention joint degeneration via improved chondrocyte homeostasis 2024-Sep, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2024.05.036 PMID:38855061	研究论文	本研究探讨了衰老标记物在骨关节炎患者软骨缺损修复中的作用	该研究开发了一种针对衰老的miR-24/SMSC类器官复合水凝胶，能够提高软骨修复效果并预防关节退化	该研究仅在动物模型中进行了评估，缺乏临床试验的数据支持	研究衰老标记物在骨关节炎患者软骨缺损中的作用，为软骨修复提供新视角	骨关节炎患者的软骨缺损样本	数字病理学	骨关节炎	高通量miRNA测序和qRT-PCR	NA	临床样本	来自骨关节炎CD患者的临床软骨样本