单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
601	2024-08-21	FAT1 as a tumor mutation burden specific gene affects the immunotherapy effect in head and neck squamous cell cancer 2024-Sep, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2024.101095 PMID:38986165	研究论文	本研究探讨了FAT1基因突变与头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者免疫治疗反应之间的关系	发现FAT1基因突变与HNSCC患者对免疫治疗的抵抗性相关，并涉及多个代谢相关通路	样本量较小，仅包括33名HNSCC患者	研究肿瘤突变负荷（TMB）特异性基因如何影响头颈部鳞状细胞癌的免疫治疗效果	头颈部鳞状细胞癌患者	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	下一代测序（NGS）	NA	转录组数据	33名头颈部鳞状细胞癌患者
602	2024-08-21	Expansion of effector regulatory T cells in steroid responders of severe alcohol-associated hepatitis 2024-Sep-01, Liver transplantation : official publication of the American Association for the Study of Liver Diseases and the International Liver Transplantation Society IF:4.7Q1 DOI:10.1097/LVT.0000000000000378 PMID:38809243	研究论文	研究探讨了严重酒精相关性肝炎患者中，糖皮质激素治疗与效应调节T细胞（eTreg）的关系及其对临床结果的影响	首次揭示了糖皮质激素治疗严重酒精相关性肝炎患者中eTreg细胞数量的增加及其与治疗效果的关联	研究样本量较小，且仅包括了酒精相关性肝炎患者，可能限制了结果的普遍性	探究糖皮质激素治疗严重酒精相关性肝炎的效果及其与eTreg细胞的关系	严重酒精相关性肝炎患者及其治疗反应	NA	酒精相关性肝炎	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	血液单个核细胞	47名酒精相关性肝炎患者，其中18名接受糖皮质激素治疗，29名未接受治疗
603	2024-08-21	A distinct subset of urothelial cells with enhanced EMT features promotes chemotherapy resistance and cancer recurrence by increasing COL4A1-ITGB1 mediated angiogenesis 2024-Sep, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2024.101116 PMID:38968684	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序，发现具有上皮-间质转化（EMT）特征的尿路上皮细胞亚群（EMT-UC）与化疗耐药和癌症复发显著相关，并验证了EMT-UC通过COL4A1-ITGB1相互作用促进肿瘤血管生成的作用。	首次揭示了EMT-UC通过COL4A1-ITGB1相互作用促进尿路上皮癌化疗耐药和复发的机制。	EMT-UC不仅在肿瘤组织中被识别，也在邻近的正常组织中被发现，这限制了对EMT-UC特异性的理解。	探究尿路上皮癌化疗耐药和复发的潜在机制。	尿路上皮细胞亚群（EMT-UC）及其在化疗耐药和癌症复发中的作用。	数字病理学	尿路上皮癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自不良预后患者的尿路上皮癌组织样本
604	2024-08-21	Reversal of injury-associated retinal ganglion cell gene expression by a phosphodiesterase anchoring disruptor peptide 2024-Sep, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.110017 PMID:39097072	研究论文	本研究探讨了通过表达一种修饰的磷酸二酯酶4D3 N端肽4D3(E)来改变视网膜神经节细胞（RGCs）基因表达，以逆转损伤相关的基因表达变化	通过使用单细胞RNA测序技术，研究了4D3(E)肽表达对视网膜神经节细胞在受到视神经压迫损伤后基因表达的影响	NA	探索磷酸二酯酶4D3位移促进神经保护的机制	视网膜神经节细胞（RGCs）及其在视神经压迫损伤后的基因表达	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
605	2024-08-21	Recryopreservation impairs blastocyst implantation potential via activated endoplasmic reticulum stress pathway and induced apoptosis 2024-Sep, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.689 PMID:39156765	研究论文	本研究探讨了重复冷冻保存对胚泡植入潜能的影响及其机制	首次揭示了重复冷冻保存通过激活内质网应激途径和诱导细胞凋亡影响胚泡植入潜能的机制	研究样本仅来自一个学术生殖医学中心，可能限制了结果的普遍性	探究重复冷冻保存对胚泡植入潜能的影响及其分子机制	人类胚泡及其植入潜能	生殖医学	NA	单细胞RNA测序、免疫荧光、TUNEL检测	NA	细胞	捐赠的人类胚泡
606	2024-08-20	IL-17A/F double producing T cells, unstable Tregs and quiescent TRMs in clinically healed lesions are potential cellular candidates for recurrence of psoriasis 2024-Sep, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110328 PMID:39067676	研究论文	本研究通过单细胞测序和多重免疫组化染色技术，分析了自体愈合性病变、现场复发性银屑病变和相邻正常皮肤中的T细胞亚群，以揭示银屑病复发的细胞机制	首次在临床愈合的银屑病变中识别出IL-17A/F双产T细胞、不稳定Tregs和静息TRMs作为复发的潜在细胞候选者	研究结果需要进一步的深入工作以加深理解	阐明银屑病复发的免疫学机制	银屑病愈合病变中的T细胞亚群	NA	银屑病	单细胞测序，多重免疫组化染色	NA	细胞	自体愈合性病变、现场复发性银屑病变和相邻正常皮肤样本
607	2024-08-20	RBMS1 reflects a distinct microenvironment and promotes tumor progression in ocular melanoma 2024-Sep, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.109990 PMID:38969283	研究论文	本研究通过多种机器学习算法分析了UM患者的DNA甲基化、转录组数据及临床信息，发现甲基化驱动的基因RBMS1与UM患者的临床预后不良相关，并揭示了RBMS1在肿瘤微环境中的作用及其对肿瘤进展的影响。	首次揭示RBMS1基因在眼部黑色素瘤中的作用，及其与肿瘤微环境和预后的关联。	研究主要基于UM患者的数据，未来研究需验证RBMS1在其他类型眼部黑色素瘤中的作用。	探讨RBMS1基因在眼部黑色素瘤中的作用及其对肿瘤微环境和预后的影响。	眼部黑色素瘤，包括葡萄膜黑色素瘤（UM）和结膜黑色素瘤（CM）。	数字病理学	眼部黑色素瘤	DNA甲基化分析、RNA测序、单细胞RNA测序	机器学习算法	DNA甲基化数据、转录组数据、临床信息	具体样本数量未在摘要中明确提及
608	2024-08-20	Adenosine A2A receptor activation regulates the M1 macrophages activation to initiate innate and adaptive immunity in psoriasis 2024-Sep, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110309 PMID:39002795	研究论文	本研究探讨了腺苷A2A受体激活对M1巨噬细胞的调节作用及其在银屑病中的免疫机制	首次发现KRT16在M1巨噬细胞中的表达，并确定CXCL10/11主要来源于巨噬细胞和树突状细胞而非角质形成细胞	NA	探究M1巨噬细胞在银屑病发病机制中的作用	M1巨噬细胞在银屑病中的作用及腺苷A2A受体的调节机制	免疫学	银屑病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
609	2024-08-20	Integrated analysis reveals an aspartate metabolism-related gene signature for predicting the overall survival in patients with hepatocellular carcinoma 2024-Sep, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03431-6 PMID:38472558	研究论文	本研究通过多组学数据分析，建立了一个与天冬氨酸代谢相关的基因签名（AMGS），用于预测肝细胞癌患者的总体生存率	首次揭示了天冬氨酸代谢重编程在肝细胞癌中的作用，并建立了一个新的基因签名用于预测患者的生存率	NA	探索天冬氨酸代谢在肝细胞癌中的作用，并开发新的预测工具	肝细胞癌患者及其天冬氨酸代谢相关基因	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cox回归模型	多组学数据	来自公共数据库的肝细胞癌患者数据
610	2024-08-19	Single-cell analysis identifies critical regulators of spermatogonial development and differentiation in cattle-yak bulls 2024-Sep, Journal of dairy science IF:3.7Q2 DOI:10.3168/jds.2023-24442 PMID:38642661	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了牦牛和牛-牦牛杂交种在睾丸细胞组成和生精细胞发育轨迹上的差异	首次在单细胞水平上获得了不同生殖细胞和睾丸体细胞的转录组特征，并识别了牦牛和无生育能力牛-牦牛的生精细胞分化和减数分裂的关键调控因子	NA	探讨导致牛科物种杂交不育和物种形成的遗传机制	牦牛和牛-牦牛杂交种的生精细胞发育和分化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
611	2024-08-17	Elimination of the extra chromosome of Dup15q syndrome iPSCs for cellular and molecular investigation 2024-Sep, European journal of cell biology IF:4.5Q2 DOI:10.1016/j.ejcb.2024.151446 PMID:39059105	研究论文	本文提出了一种使用CRISPR-Cas9系统插入puro-ΔTK选择盒到多余染色体中，并通过两步药物选择去除isodicentric染色体15的策略，以消除Dup15q综合征iPSCs中的多余染色体，并分析了由此产生的细胞系的分子和细胞变化。	本文首次成功去除了Dup15q综合征iPSCs中的多余染色体，并建立了同源细胞系，为研究Dup15q综合征相关的细胞和分子改变提供了重要资源。	NA	研究Dup15q综合征中与拷贝数变异相关的病理细胞表型。	Dup15q综合征iPSCs及其同源细胞系。	分子生物学	自闭症谱系障碍	CRISPR-Cas9系统	NA	单细胞RNA测序数据	NA
612	2024-08-16	Interleukin-24: A molecular mediator of particulate matter's impact on skin aging 2024-Sep-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.116738 PMID:39029221	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现，在暴露于颗粒物（PM）的皮肤中，IL-24在角质形成细胞和成纤维细胞中高度上调，并探讨了IL-24在PM诱导的皮肤老化中的作用及潜在抑制策略。	首次揭示了IL-24在颗粒物诱导的皮肤老化中的关键作用，并通过高通量筛选找到了抑制IL-24-STAT3信号通路的化合物，如洛伐他汀。	研究主要集中在体外皮肤模型上，未来需要进一步的体内研究以验证这些发现。	探讨颗粒物对皮肤老化的影响及其分子机制，并寻找潜在的干预策略。	角质形成细胞和成纤维细胞中的IL-24表达及其在皮肤老化中的作用。	NA	皮肤老化	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及暴露于颗粒物的体外皮肤模型中的角质形成细胞和成纤维细胞
613	2024-08-16	Integration of single-cell RNA sequencing of endothelial cells and proteomics to unravel the role of ICAM1-PTGS2 communication in apical periodontitis: A laboratory investigation 2024-Sep, International endodontic journal IF:5.4Q1 DOI:10.1111/iej.14080 PMID:38713190	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学技术，探讨了内皮细胞在慢性根尖周炎中的多样性以及ICAM1与PTGS2在其中的相互作用	首次结合单细胞RNA测序和蛋白质组学技术，揭示了慢性根尖周炎中内皮细胞的多样性及其与ICAM1-PTGS2相互作用的关系	研究样本量较小，且仅限于特定的内皮细胞和巨噬细胞类型	探究内皮细胞在慢性根尖周炎中的多样性及其与ICAM1-PTGS2相互作用的关系	内皮细胞、巨噬细胞以及ICAM1和PTGS2的相互作用	数字病理学	牙周病	单细胞RNA测序、蛋白质组学	NA	RNA、蛋白质	五个慢性根尖周炎样本
614	2024-08-15	A novel STING variant triggers endothelial toxicity and SAVI disease 2024-09-02, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20232167 PMID:38953896	研究论文	本文报道并描述了一种新的STING变异体（F269S），该变异体在SAVI患者中发现，并探讨了其在细胞和分子水平上的功能及其对疾病的影响。	首次报道了STING F269S变异体，并揭示了其在SAVI发病机制中的作用，特别是在内皮细胞和免疫细胞之间的相互作用。	NA	研究STING F269S变异体在SAVI疾病中的病理作用及其分子机制。	STING F269S变异体及其在SAVI患者中的功能和影响。	NA	肺间质疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	单个SAVI患者
615	2024-08-15	Single-cell Transcriptome Landscape of DNA Methylome Regulators Associated with Orofacial Clefts in the Mouse Dental Pulp 2024-Sep, The Cleft palate-craniofacial journal : official publication of the American Cleft Palate-Craniofacial Association DOI:10.1177/10556656231172296 PMID:37161276	研究论文	研究通过单细胞转录组测序分析了与小鼠牙髓中DNA甲基化调控因子相关的转录组图谱，探讨其与口腔颌面裂的关系	首次在单细胞分辨率下研究了与DNA甲基化和去甲基化相关的调控基因在小鼠牙髓间充质干细胞中的表达情况	研究未涉及人类患者，且仅限于小鼠模型	旨在研究与DNA甲基化和去甲基化相关的调控基因在单细胞水平的转录组图谱	小鼠牙髓中的间充质干细胞及其在不同骨分化阶段的亚群	数字病理学	口腔颌面裂	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
616	2024-08-14	Novel prognostic alternative splicing events in colorectal Cancer: Impact on immune infiltration and therapy response 2024-Sep-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112603 PMID:39043103	研究论文	本研究旨在全面分析结直肠癌（CRC）中的选择性剪接（AS）特征，并阐明其与CRC免疫微环境的关系	本研究首次构建了一个包含15个AS事件的预测模型，并揭示了BCAS1作为ANO7\|58341\|AT剪接事件潜在调控因子的作用	NA	全面分析结直肠癌中的选择性剪接特征及其与免疫微环境的关系	结直肠癌患者的转录组数据、临床信息和AS事件的PSI值	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	Cox比例风险模型	转录组数据	CRC患者的数据来自TCGA和TCGA SpliceSeq数据库
617	2024-08-14	TIM-3/CD68 double-high expression in Glioma: Prognostic characteristics and potential therapeutic approaches 2024-Sep-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112665 PMID:39002523	研究论文	本研究探讨了TIM-3和CD68在胶质瘤中的表达及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	发现TIM-3在胶质瘤中的表达主要集中在巨噬细胞上，与CD68的双高表达可能成为胶质瘤的新升级标志物	NA	寻找胶质瘤中的有价值的免疫治疗靶点，并探索潜在的免疫治疗策略	TIM-3和CD68在胶质瘤中的表达及其与患者生存率的关系	数字病理学	胶质瘤	免疫组织化学(IHC)、多重荧光免疫组织化学(mIHC)、生物信息学分析	NA	单细胞测序数据	187名胶质瘤患者
618	2024-08-14	Comprehensive transcriptomic analysis of immune-related genes in diabetic foot ulcers: New insights into mechanisms and therapeutic targets 2024-Sep-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112638 PMID:39079197	研究论文	本研究通过RNA测序分析糖尿病足溃疡（DFU）中的免疫相关基因表达，探索DFU中免疫相关基因与病理机制的关联	首次系统性地研究了DFU中免疫相关基因的表达差异，并识别了关键的免疫相关基因	样本量较小，且仅限于DFU患者和健康对照组	探索糖尿病足溃疡中免疫相关基因的表达变化及其与病理机制的关系	糖尿病足溃疡患者的伤口活检样本	数字病理学	糖尿病	RNA测序	NA	基因表达数据	10名糖尿病足溃疡患者和11名健康对照
619	2024-08-14	Single-cell RNA-sequencing analysis reveals α-syn induced astrocyte-neuron crosstalk-mediated neurotoxicity 2024-Sep-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112676 PMID:39053230	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了α-突触核蛋白诱导的星形胶质细胞与神经元之间的交叉对话介导的神经毒性机制	首次详细探讨了α-突触核蛋白如何通过增强星形胶质细胞与神经元之间的通信，特别是通过TNF和炎症相关信号通路，导致神经毒性	研究主要基于体外实验和小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现	探讨α-突触核蛋白在星形胶质细胞与神经元交叉对话中的作用及其对神经毒性的影响	α-突触核蛋白、星形胶质细胞、神经元、TNF和炎症相关信号通路	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用来自Hua-Syn (A53T)和野生型小鼠的脑前额叶皮层和中脑样本
620	2024-08-14	Mitoclone2: an R package for elucidating clonal structure in single-cell RNA-sequencing data using mitochondrial variants 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae095 PMID:39131821	research paper	本文介绍了一个名为mitoClone2的R包，用于通过整合单细胞测序实验中发现的线粒体异质性变异来识别克隆群体结构	mitoClone2包提供了与常用克隆结构划分工具的内置兼容性，能够直接使用多重BAM文件作为输入，并包含人类和小鼠线粒体基因组的注释，以及用于调用、过滤、聚类和可视化变异的辅助函数	NA	阐明单细胞RNA测序数据中的克隆结构	单细胞RNA测序数据中的线粒体变异	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	基因组数据	NA