单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2024-09-06	A novel in vitro tubular model to recapitulate features of distal airways: The bronchioid 2024-Sep-04, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.00562-2024 PMID:39231631	研究论文	本文介绍了一种新型体外管状模型，用于再现远端气道的特征	开发了一种名为bronchioid的模型，通过封装人支气管成体干细胞在海藻酸盐凝胶管状支架中，成功模拟了小气道的结构和功能	需要精细控制收缩水平以建立具有生理相关形状和大小的bronchiole模型	旨在克服当前体外培养系统的局限性，建立一种能够再现小气道结构和功能的模型	人支气管成体干细胞和小气道的结构与功能	数字病理学	NA	3D成像、基因表达分析和单细胞RNA测序	NA	细胞	从临床样本中提取的人支气管成体干细胞
582	2024-09-06	Identification of Therapy-Induced Clonal Evolution and Resistance Pathways in Minimal Residual Clones in Multiple Myeloma through Single-Cell Sequencing 2024-Sep-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0545 PMID:38900040	研究论文	通过单细胞RNA测序研究多发性骨髓瘤中治疗诱导的克隆进化和耐药途径	首次应用单细胞RNA测序技术分析多发性骨髓瘤患者治疗前后的骨髓样本，揭示了治疗后转录组进化的三种主要轨迹，并发现了遗传和非遗传因素在驱动克隆进化中的显著相关性	样本量相对较小，且仅限于骨髓样本，可能无法全面反映所有患者的治疗反应	深入理解多发性骨髓瘤中治疗诱导的克隆进化分子机制	多发性骨髓瘤患者的骨髓样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	38个骨髓样本，包括1个意义未明的单克隆丙种球蛋白病、19个诊断时的多发性骨髓瘤患者、17个治疗后的多发性骨髓瘤患者和1个健康供体
583	2024-09-06	RAB13 regulates macrophage polarization in sepsis 2024-09-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-71771-y PMID:39223234	研究论文	研究RAB13在脓毒症患者外周血中的核心靶点作用及其分子功能和可能的机制	首次揭示RAB13在脓毒症中的潜在核心靶点作用，并通过单细胞测序和细胞实验验证了其促进巨噬细胞向M2表型分化的功能	研究样本量较小，且仅限于脓毒症患者和健康对照组，未来需扩大样本量并纳入更多疾病状态以验证结果的普适性	探讨RAB13在脓毒症中的分子功能及其可能的机制	脓毒症患者的外周血和单核细胞	NA	脓毒症	RNA-seq, 10×单细胞测序	NA	RNA	脓毒症患者21例，健康个体9例
584	2024-09-06	Combined deletion of Mct8 and Dio2 impairs SVZ neurogliogenesis and olfactory function in adult mice 2024-Sep, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2024.106572 PMID:38901782	研究论文	研究了Mct8和Dio2基因缺失对成年小鼠SVZ神经胶质发生和嗅觉功能的影响	首次探讨了MCT8和DIO2在成年小鼠SVZ神经胶质发生中的作用，并揭示了其在神经退行性和脱髓鞘疾病中的潜在治疗靶点	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨MCT8和DIO2在成年小鼠SVZ神经胶质发生中的作用	成年小鼠的SVZ神经干细胞和嗅觉功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Mct8/Dio2敲除小鼠和野生型小鼠
585	2024-09-06	An 18-gene signature of recurrence-associated endothelial cells predicts tumor progression and castration resistance in prostate cancer 2024-Sep, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02761-0 PMID:38997406	研究论文	研究探讨了前列腺癌中内皮细胞异质性与复发和去势抵抗的关系，并构建了一个18基因的复发相关内皮细胞特征	首次构建了一个18基因的复发相关内皮细胞特征，该特征能够独立预测肿瘤复发和去势抵抗	研究仅基于8个bulk转录组和4个单细胞RNA-seq数据集，样本量有限	探讨前列腺癌中内皮细胞异质性与复发和去势抵抗的关系	前列腺癌中的内皮细胞异质性	数字病理学	前列腺癌	RNA-seq	机器学习算法	转录组数据	8个bulk转录组和4个单细胞RNA-seq数据集
586	2024-09-06	Hematopoiesis after anti-CD117 monoclonal antibody treatment in the settings of wild-type and Fanconi anemia mice 2024-Sep-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2023.284275 PMID:38572555	研究论文	研究抗CD117单克隆抗体在野生型和范可尼贫血小鼠中的造血作用	发现抗CD117单克隆抗体ACK2在治疗后不会引起短期DNA损伤，并且在范可尼贫血小鼠中增加了集落形成，表明其对造血干细胞的潜在靶向作用	未完全探索这些治疗的短期和长期效应	评估抗CD117单克隆抗体ACK2在野生型和范可尼贫血小鼠中的造血效应	野生型和范可尼贫血小鼠	NA	范可尼贫血	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	野生型和范可尼贫血小鼠
587	2024-09-06	Robust identification of perturbed cell types in single-cell RNA-seq data 2024-Sep-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51649-3 PMID:39218971	研究论文	本文提出了一种名为scDist的计算工具，基于混合效应模型，用于在单细胞RNA测序数据中识别受扰动的细胞类型	scDist通过混合效应模型提供了一种统计上严谨且计算高效的检测转录组差异的方法，显著优于现有方法	NA	开发一种新的计算工具，以准确识别单细胞RNA测序数据中的受扰动细胞类型	单细胞RNA测序数据中的细胞类型变化	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	混合效应模型	转录组数据	有限样本量
588	2024-09-06	The immune microenvironment of steatotic hepatocellular carcinoma: Current findings and future prospects 2024-Sep-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000516 PMID:39225682	研究论文	本文综述了非酒精性脂肪性肝炎相关肝细胞癌（MASH-HCC）的免疫微环境，并探讨了利用单细胞RNA测序、空间转录组学和质谱成像等前沿技术解析其复杂性	本文介绍了利用代谢抑制剂、表观遗传抑制剂和免疫调节剂等新型治疗手段，以改善MASH-HCC对PD-1抑制剂的反应	本文主要基于临床前模型讨论治疗创新，尚未涉及临床试验数据	探讨MASH-HCC的免疫微环境及其对免疫检查点抑制剂的反应，并提出个性化治疗策略	非酒精性脂肪性肝炎相关肝细胞癌（MASH-HCC）及其免疫微环境	数字病理	肝癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、质谱成像	NA	RNA	NA
589	2024-09-05	CelltypeR: A flow cytometry pipeline to characterize single cells from brain organoids 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110613 PMID:39224516	研究论文	本文开发了一个完整的流程，用于在复杂组织中可重复地表征细胞类型，特别是脑组织和诱导多能干细胞（iPSC）衍生的脑模型	结合流式细胞术（FC）抗体面板与计算流程CelltypeR，实现了数据对齐、无监督聚类优化、细胞类型注释和统计比较	NA	开发一个通用的方法，用于在复杂组织中可重复地识别细胞类型	人诱导多能干细胞衍生的中脑类器官中的主要脑细胞类型	数字病理学	帕金森病	流式细胞术（FC）, 单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
590	2024-09-05	Gut Microbiota Defines Functional Direction of Colonic Regulatory T Cells with Unique TCR Repertoires 2024-Sep-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300395 PMID:39101764	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了无特定病原体和无菌小鼠结肠调节T细胞的转录组和TCR特异性，发现肠道微生物群影响结肠调节T细胞的功能方向和克隆型扩展	首次揭示了肠道微生物群与免疫细胞相互作用的新模块，该模块可能有助于开发治疗肠道炎症疾病的新疗法	NA	研究肠道微生物群如何改变结肠调节T细胞的转录组和TCR特异性	结肠调节T细胞	免疫学	肠道炎症疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	无特定病原体和无菌小鼠的结肠调节T细胞
591	2024-09-05	Glycolysis in Peritubular Endothelial Cells and Microvascular Rarefaction in CKD 2024-Sep-03, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000000000488 PMID:39226371	研究论文	本研究探讨了慢性肾脏病（CKD）中肾小管周围内皮细胞的糖酵解代谢重编程及其对微血管稀疏的影响。	首次揭示了肾小管周围内皮细胞中糖酵解失调是CKD中微血管稀疏的启动因素，并通过恢复糖酵解改善了微血管稀疏和纤维化病变。	NA	研究CKD中肾小管周围内皮细胞的代谢重编程及其对微血管稀疏的影响。	CKD患者的肾小管周围内皮细胞和CKD小鼠模型。	NA	慢性肾脏病	单细胞测序和代谢分析	NA	细胞代谢数据	CKD患者和CKD小鼠模型的肾小管周围内皮细胞
592	2024-09-05	The heterogeneity of erythroid cells: insight at the single-cell transcriptome level 2024-Sep, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-024-03903-9 PMID:38953986	综述	本文综述了单细胞转录组测序技术在红细胞研究中的最新进展及其对红细胞功能异质性、新亚群识别、不同红细胞谱系追踪和命运决定机制揭示的贡献	强调了单细胞转录组测序技术在红细胞研究中的应用，特别是在识别前所未知的细胞亚群、分析细胞异质性和单个细胞的转录组特征方面的优势	NA	系统总结单细胞转录组测序技术的最新发展及其对红细胞研究的影响	红细胞及其在血液中的异质性和功能	生命科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
593	2024-08-07	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq reveals heterogeneity in epithelial cells between high- and low-grade bladder urothelial carcinoma 2024-Sep, Asian journal of surgery IF:3.5Q1 DOI:10.1016/j.asjsur.2024.05.078 PMID:38796363	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
594	2024-09-05	Single-cell RNA sequencing integrated with bulk RNA sequencing analysis reveals the protective effects of lactate-mediated lactylation of microglia-related proteins on spinal cord injury 2024-Sep, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70028 PMID:39218784	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序与批量RNA测序分析，揭示了乳酸介导的微胶质蛋白乳酸化对脊髓损伤的保护作用	首次探讨了乳酸介导的微胶质蛋白乳酸化在脊髓损伤后的神经保护机制	NA	阐明糖酵解产生的乳酸对微胶质功能及其在脊髓损伤后潜在神经保护机制的影响	微胶质细胞及其相关蛋白的乳酸化	数字病理学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	成年雄性C57BL/6小鼠
595	2024-09-05	Aging-Associated Molecular Changes in Human Alveolar Type I Cells 2024-Sep, Journal of respiratory biology and translational medicine DOI:10.35534/jrbtm.2024.10012 PMID:39220636	研究论文	本研究利用单细胞转录组学数据，分析了老年人肺泡I型细胞的分子变化	首次详细描述了老年人肺泡I型细胞的分子变化，包括细胞衰老和趋化因子基因表达增加，以及上皮特征的减少	研究仅限于健康人肺部的数据，未涉及疾病状态下的情况	探讨年龄相关的人肺泡I型细胞分子变化机制	人肺泡I型细胞	NA	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
596	2024-09-05	Single-cell RNA sequencing reveals microenvironmental infiltration in non-small cell lung cancer with different responses to immunotherapy 2024-Sep, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3736 PMID:39228151	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了非小细胞肺癌中主要病理反应（MPR）和非主要病理反应（NMPR）样本的细胞组成，揭示了免疫治疗反应不同的肿瘤微环境差异	本研究发现了在MPR和NMPR样本中CD8+ T细胞群体的明显差异，并识别出一系列新的生物标志物，为预测治疗反应和克服免疫治疗耐药性提供了理论基础	NA	探索非小细胞肺癌中不同免疫治疗反应的肿瘤微环境差异	非小细胞肺癌中的主要病理反应（MPR）和非主要病理反应（NMPR）样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	包括四个主要MPR样本和八个主要NMPR样本
597	2024-09-04	SCG2 mediates blood-brain barrier dysfunction and schizophrenia-like behaviors after traumatic brain injury 2024-Sep-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401117R PMID:39225388	研究论文	研究通过单细胞RNA测序评估创伤性脑损伤后额叶皮层细胞的转录变化，并探讨了SCG2在TBI诱发的精神分裂症中的介导作用及其机制。	首次揭示了SCG2通过CypA-MMP-9信号通路触发血脑屏障破坏，并提供了治疗TBI后精神障碍的新疗法。	NA	探究创伤性脑损伤后神经功能障碍的机制及其与精神分裂症样行为的关系。	创伤性脑损伤后的额叶皮层细胞及SCG2的作用。	神经科学	精神分裂症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
598	2024-09-04	Intestinal Stromal Cells in the Turmoil of Inflammation and Defective Connective Tissue Remodeling in Inflammatory Bowel Disease 2024-Sep-03, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izae066 PMID:38581412	综述	本文综述了在炎症性肠病（IBD）中，肠道间质细胞在炎症和缺陷的结缔组织重塑中的作用	利用单细胞测序数据揭示了间质细胞的多重表型复杂性及其在IBD中的不同作用和可塑性	当前IBD治疗方法主要针对炎症，但在纤维狭窄或瘘管形成疾病中效果不佳	探讨肠道间质细胞在IBD中的病理生理作用，并寻找相关的药物治疗靶点	肠道间质细胞及其在IBD中的功能和分子机制	NA	炎症性肠病	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
599	2024-09-04	A best practices framework for spatial biology studies in drug discovery and development: enabling successful cohort studies using digital spatial profiling 2024-Sep-03, Journal of histotechnology IF:0.6Q4 DOI:10.1080/01478885.2024.2391683 PMID:39225147	研究论文	本文介绍了数字空间分析技术（DSP）在药物发现和开发中的应用，并提出了最佳实践框架以优化空间生物学研究。	DSP技术通过使用单一组织切片实现全转录组和超高多重蛋白分析，克服了传统空间转录组学平台的局限性。	DSP方法不提供单细胞分辨率，这可能限制了对细胞间相互作用的深入解析。	旨在通过空间生物学工具深化对疾病生物学的理解，并识别潜在的治疗靶点和生物标志物。	主要研究对象为组织样本，特别是通过DSP技术分析的固体组织样本。	数字病理学	NA	数字空间分析（DSP）	NA	组织样本	NA
600	2024-09-04	Single-cell transcriptomics reveals tumor-infiltrating B cell function after neoadjuvant pembrolizumab and chemotherapy in non-small cell lung cancer 2024-Sep-02, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiad138 PMID:37931147	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了12名III期非小细胞肺癌患者的免疫细胞，探讨了新辅助化疗免疫治疗后B细胞亚型及其功能	首次详细探讨了肿瘤浸润B细胞在非小细胞肺癌中的抗肿瘤作用及其与新辅助化疗免疫治疗效果的关系	研究样本量有限，且仅限于III期非小细胞肺癌患者	探讨非小细胞肺癌中新辅助化疗免疫治疗后B细胞亚型及其功能	III期非小细胞肺癌患者的免疫细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	12名III期非小细胞肺癌患者