单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-02-26	Identification of microenvironment features associated with primary resistance to anti-PD-1/PD-L1 + antiangiogenesis in gastric cancer through spatial transcriptomics and plasma proteomics 2024-Sep-13, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02092-x PMID:39272096	研究论文	本研究通过空间转录组学和血浆蛋白质组学，识别了与胃癌抗PD-1/PD-L1和抗血管生成联合治疗原发性耐药相关的微环境特征	首次在Caucasian患者中评估regorafenib与avelumab联合治疗的效果，并揭示了M2巨噬细胞和S100A10蛋白在耐药机制中的关键作用	研究样本量较小，且主要针对Caucasian患者，可能限制了结果的普遍适用性	探讨胃癌患者对联合治疗的耐药机制，特别是肿瘤微环境中的免疫调节作用	晚期胃癌患者	数字病理学	胃癌	空间转录组学, 血浆蛋白质组学	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	REGOMUNE II期研究中的Caucasian患者
42	2025-02-26	CD8+ T-cell differentiation and dysfunction inform treatment response in acute myeloid leukemia 2024-09-12, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021680 PMID:38776511	研究论文	本文探讨了急性髓性白血病（AML）中CD8+ T细胞分化、功能障碍与治疗反应之间的关系	利用高维流式细胞术和单细胞转录组学，发现早期记忆CD8+ T细胞与治疗反应相关，并分化为两种不同的终末状态	研究结果需要进一步在更大样本中验证	研究AML中CD8+ T细胞分化与功能障碍对治疗反应的影响	急性髓性白血病（AML）患者	生物医学	急性髓性白血病	高维流式细胞术、单细胞转录组学	NA	流式细胞数据、单细胞转录组数据	AML患者样本
43	2025-02-21	Correlation of LLT-1 and NLRC4 inflammasome and its effect on glioblastoma prognosis 2024-Sep, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-024-04750-y PMID:38907949	研究论文	本研究探讨了LLT-1与NLRC4炎症小体在胶质母细胞瘤（GBM）组织中的表达及其相互作用，揭示了它们与肿瘤恶性程度和预后的潜在关联	揭示了LLT-1与NLRC4炎症小体在GBM中的共表达及其与肿瘤炎症和进展的潜在关联，提出了新的NK细胞介导的抗胶质瘤途径	研究样本量相对较小，且主要基于中国人群数据，可能限制了结果的普适性	探讨LLT-1与NLRC4炎症小体在GBM中的表达及其相互作用，以揭示其与肿瘤恶性程度和预后的关联	胶质母细胞瘤（GBM）组织	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	RNA测序（RNA-seq）、免疫荧光实验、单细胞RNA测序分析	NA	RNA-seq数据、免疫荧光图像	296名患者来自中国胶质瘤基因组图谱，52名患者来自CHA医疗记录
44	2025-02-20	Inflammation perturbs hematopoiesis by remodeling specific compartments of the bone marrow niche 2024-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.12.612751 PMID:39314376	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术验证，研究了炎症对骨髓微环境中造血干细胞和祖细胞的影响	首次全面验证了单细胞RNA测序与流式细胞术结合的方法，可重复识别小鼠骨髓中的关键细胞群，并揭示了炎症对不同骨髓区室的特异性影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨炎症对骨髓微环境中造血干细胞和祖细胞调控的影响	小鼠骨髓中的造血干细胞和祖细胞（HSPC）及基质细胞	生物医学	炎症	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据	多种小鼠品系
45	2025-02-20	Titration of RAS alters senescent state and influences tumour initiation 2024-Sep, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07797-z PMID:39112713	研究论文	本文通过体外和体内模型研究了致癌RAS剂量对衰老状态和肿瘤发生的影响	揭示了RAS剂量驱动的非线性连续表型，并定义了致癌剂量驱动的OIS谱，调和了衰老和肿瘤起始表型	研究主要基于小鼠模型，人类肝癌的适用性需要进一步验证	研究致癌RAS剂量对衰老状态和肿瘤发生的影响	肝细胞	肿瘤学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型中的肝细胞
46	2025-02-14	New dimension in viral hepatitis research 2024-Sep, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2024-100136 PMID:39944365	研究论文	本文探讨了单细胞测序和空间转录组学在慢性乙型肝炎研究中的应用，旨在提高对肝脏免疫反应和乙型肝炎病毒感染细胞分布的理解	使用GeoMx nanostring数字空间分析技术，针对特定组织区域进行基因表达分析，揭示了与免疫特征和病毒负担相关的空间转录组特征	样本量较小，组织处理、数据分析和成本方面的挑战仍需解决	实现乙型肝炎的功能性治愈	三名患者的肝组织（一名HBV单感染、一名HBV/HDV共感染和一名HBV/HIV共感染）	数字病理学	乙型肝炎	单细胞测序、空间转录组学、GeoMx nanostring数字空间分析技术	NA	基因表达数据	三名患者的肝组织
47	2024-08-08	Correction to: Machine learning applications on intratumoral heterogeneity in glioblastoma using single-cell RNA sequencing data 2024-Sep-27, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad022 PMID:37226813	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
48	2025-02-12	Characterization and bioinformatic filtering of ambient gRNAs in single-cell CRISPR screens using CLEANSER 2024-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.04.611293 PMID:39282389	研究论文	本文介绍了一种名为CLEANSER的混合模型，用于在单细胞CRISPR筛选实验中识别和过滤环境gRNA噪声	开发了CLEANSER模型，利用gRNA和细胞特定的归一化参数，有效过滤环境gRNA噪声，提高gRNA-细胞分配的准确性	未明确提及具体局限性	提高单细胞CRISPR筛选实验中gRNA-细胞分配的准确性，减少假阳性结果	单细胞CRISPR筛选实验中的环境gRNA噪声	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	混合模型（CLEANSER）	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
49	2025-02-09	Modeling Lewy body disease with SNCA triplication iPSC-derived cortical organoids and identifying therapeutic drugs 2024-Sep-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adk3700 PMID:39259788	研究论文	本文通过使用SNCA三倍体诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的皮质类器官模拟路易体病（LBD），并筛选出四种潜在的治疗药物	首次使用SNCA三倍体iPSCs衍生的皮质类器官模拟LBD，并通过单细胞RNA测序和功能验证揭示了兴奋性神经元中的突触和线粒体功能障碍	研究主要基于体外模型，尚未在体内验证药物的疗效	研究路易体病（LBD）中α-突触核蛋白（α-SYN）病理的机制，并筛选潜在的治疗药物	SNCA三倍体iPSCs衍生的皮质类器官和兴奋性神经元	数字病理学	路易体病	单细胞RNA测序，实时震动诱导转化实验	iPSCs衍生的皮质类器官	基因表达数据，药物筛选数据	1280种FDA批准的药物，SNCA三倍体iPSCs衍生的皮质类器官
50	2025-02-09	The choroid plexus synergizes with immune cells during neuroinflammation 2024-Sep-05, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.07.002 PMID:39089253	研究论文	本文通过纵向双光子成像和单细胞转录组学技术，揭示了脉络丛在脑炎症中的调控机制	首次详细描述了脉络丛上皮细胞在神经炎症期间如何短暂特化以滋养免疫细胞，并协调其招募、存活和分化	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨脉络丛在脑炎症中的调控机制	小鼠脉络丛和免疫细胞	神经科学	脑膜炎	纵向双光子成像，单细胞转录组学	NA	图像，转录组数据	小鼠模型
51	2025-02-09	NR3C2 affects the proliferation and invasiveness of colon cancer cells through the Wnt/β-Catenin signaling pathway 2024-Sep-05, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05935-8 PMID:39237674	研究论文	本研究探讨了核受体亚家族3组C成员2（NR3C2）与结肠癌结果之间的潜在关联及其机制	首次揭示了NR3C2通过Wnt/β-Catenin信号通路影响结肠癌细胞的增殖和侵袭性	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，样本量有限，且未进行大规模临床验证	探索NR3C2与结肠癌结果的相关性及其机制	结肠癌细胞	癌症研究	结肠癌	mRNA数据分析、生物信息学方法、ROC曲线、单细胞转录组分析、细胞培养实验	NA	mRNA数据、临床记录、单细胞数据	TCGA数据库中的结肠癌数据、GEO数据库中的单细胞数据、3个新鲜结肠癌样本及其旁癌样本
52	2025-02-07	Uncovering Plaque-Glia Niches in Human Alzheimer's Disease Brains Using Spatial Transcriptomics 2024-Sep-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.05.611566 PMID:39314329	研究论文	本研究利用空间转录组学（ST）和免疫组化（IHC）技术，揭示了阿尔茨海默病（AD）患者大脑中Aβ斑块与周围胶质细胞之间的相互作用	首次结合空间转录组学和免疫组化技术，系统地分析了AD患者大脑中Aβ斑块与周围胶质细胞的相互作用，并揭示了不同胶质细胞状态在斑块周围的免疫反应中的作用	研究样本量较小，仅涉及21名个体的78个脑切片，且所有样本均为死后脑组织，可能无法完全反映活体情况	研究阿尔茨海默病（AD）患者大脑中Aβ斑块与周围胶质细胞的相互作用及其对神经退行性变的影响	21名AD患者的78个死后脑切片	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学（ST）、免疫组化（IHC）	NA	转录组数据、图像数据	21名个体的78个脑切片，共258,987个ST点
53	2025-02-07	Leukocyte-and Platelet-Rich Fibrin for enhanced tissue repair: an in vitro study characterizing cellular composition, growth factor kinetics and transcriptomic insights 2024-Sep-04, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-09890-y PMID:39230578	研究论文	本研究对富含白细胞和血小板的纤维蛋白（L-PRF）进行了细胞组成、生长因子动力学和转录组学的深入分析	首次在细胞、蛋白质组和转录组水平上对L-PRF进行了综合表征	研究仅限于体外实验，未涉及体内应用效果	深入了解L-PRF的组成及其在组织修复中的潜在机制	富含白细胞和血小板的纤维蛋白（L-PRF）	生物医学工程	NA	流式细胞术、单细胞RNA测序、RT-qPCR、ELISA	NA	细胞数据、转录组数据、蛋白质数据	4个样本用于流式细胞术，5个样本用于单细胞RNA测序
54	2025-02-07	A unique human cord blood CD8+CD45RA+CD27+CD161+ T-cell subset identified by flow cytometric data analysis using Seurat 2024-09, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13803 PMID:38798051	研究论文	本文介绍了如何将Seurat这一R包从单细胞RNA测序分析扩展到高维流式细胞术数据分析，并识别出脐带血中独特的CD8+CD45RA+CD27+CD161+ T细胞亚群	将Seurat这一原本用于单细胞RNA测序分析的R包，创新性地应用于高维流式细胞术数据分析，并成功识别出脐带血中独特的T细胞亚群	尽管Seurat在流式细胞术数据分析中表现出色，但其灵活性和互操作性仍需进一步验证和改进	探索高维流式细胞术数据的全面和无偏分析方法，并识别脐带血中独特的T细胞亚群	成人血液和脐带血中的T细胞	临床免疫学	NA	流式细胞术, 单细胞RNA测序	Seurat, Spectre	流式细胞术数据, 单细胞RNA测序数据	成人血液和脐带血样本
55	2025-02-06	Screening and identification of susceptibility genes for cervical cancer via bioinformatics analysis and the construction of an mitophagy-related genes diagnostic model 2024-Sep-19, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05952-7 PMID:39294534	研究论文	本研究通过生物信息学方法筛选和识别宫颈癌的易感基因，并构建了一个与线粒体自噬相关基因（MRGs）的诊断模型，旨在提高对疾病发病机制的理解并改善早期诊断和治疗	通过单细胞RNA测序数据提取MRGs，并基于细胞间相互作用数据构建网络图，利用机器学习算法构建临床预后模型，并通过大量临床数据进行验证和优化	NA	提高对宫颈癌发病机制的理解并改善早期诊断和治疗	宫颈癌患者和对照组的基因组数据	生物信息学	宫颈癌	单细胞RNA测序、差异基因表达分析、通路富集分析	机器学习算法	基因表达谱、单核苷酸多态性（SNP）数据	NA
56	2025-02-06	Multi-condition and multi-modal temporal profile inference during mouse embryonic development 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.03.583179 PMID:38496477	研究论文	本文提出了一种名为Sunbear的联合建模框架，用于整合多条件和多模态的单细胞时间序列数据	Sunbear框架能够填补单细胞时间序列数据中的缺失，对齐多数据集和多模态数据，并预测缺失模态的单细胞数据	由于单细胞测量的破坏性，无法捕捉特定细胞的完整时间轨迹	研究小鼠胚胎发育过程中多条件和多模态单细胞时间序列数据的建模	小鼠胚胎发育过程中的单细胞数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	Sunbear	单细胞时间序列数据	NA
57	2025-02-06	Proteomic signatures improve risk prediction for common and rare diseases 2024-Sep, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03142-z PMID:39039249	研究论文	本研究通过整合41,931名个体的血浆蛋白质组数据和临床信息，开发了稀疏预测模型，用于预测218种常见和罕见疾病的10年发病率	利用稀疏蛋白质模型预测疾病发病率，其性能优于仅使用基本临床信息或结合临床检测数据的模型	研究结果需要在外部研究中进一步验证，且样本主要来自英国生物银行，可能存在地域和种族偏差	提高常见和罕见疾病的早期诊断和风险预测能力	41,931名来自英国生物银行的个体	生物信息学	多种疾病（包括多发性骨髓瘤、非霍奇金淋巴瘤、运动神经元疾病、肺纤维化和扩张型心肌病等）	蛋白质组学、单细胞RNA测序	稀疏预测模型	血浆蛋白质组数据、临床信息	41,931名个体
58	2025-02-05	Protocol for isolating immune cells from human gastric muscularis propria for single-cell analysis 2024-Sep-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103258 PMID:39133613	研究论文	本文提供了一个详细的协议，用于从人类胃肌层分离单个免疫细胞，以进行单细胞分析	提出了一个详细的协议，专门用于从人类胃肌层分离免疫细胞，并进行单细胞RNA测序分析	未提及样本量或具体实验结果	研究胃肌层免疫细胞的多样性及其在维持肠神经元和平滑肌中的作用	人类胃肌层的免疫细胞	单细胞分析	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	未提及具体样本量
59	2025-02-05	ABCA7-dependent induction of neuropeptide Y is required for synaptic resilience in Alzheimer's disease through BDNF/NGFR signaling 2024-Sep-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100642 PMID:39216475	研究论文	本文探讨了ABCA7基因在阿尔茨海默病（AD）中的功能，特别是其通过BDNF/NGFR信号通路维持突触完整性的作用	首次使用CRISPR-Cas9技术生成abca7基因敲除斑马鱼模型，揭示了ABCA7通过神经肽Y（NPY）依赖的BDNF/NGFR信号通路在AD中的关键作用	研究主要基于斑马鱼模型和诱导多能干细胞来源的人类神经元，可能无法完全反映人类AD的复杂性	探讨ABCA7基因在阿尔茨海默病中的功能及其通过BDNF/NGFR信号通路维持突触完整性的机制	斑马鱼模型和诱导多能干细胞来源的人类神经元	神经科学	阿尔茨海默病	CRISPR-Cas9基因编辑技术、单细胞转录组学	斑马鱼模型	基因表达数据	NA
60	2025-02-05	An 18-gene signature of recurrence-associated endothelial cells predicts tumor progression and castration resistance in prostate cancer 2024-Sep, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02761-0 PMID:38997406	研究论文	本研究通过分析前列腺癌中的内皮细胞异质性，构建了一个与复发相关的18基因内皮细胞特征，用于预测肿瘤进展和去势抵抗	首次构建了一个与前列腺癌复发相关的18基因内皮细胞特征，并验证了其在预测肿瘤复发和去势抵抗中的独立预测能力	研究依赖于多个转录组数据集，但未涉及更大规模的临床验证	探索内皮细胞异质性在前列腺癌复发和去势抵抗中的预后和治疗意义	前列腺癌患者的内皮细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量转录组分析	机器学习算法（11种）	RNA测序数据	8个批量转录组数据集和4个单细胞RNA测序数据集