单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 644 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-06-11 |
Protocol for isolating immune cells from human gastric muscularis propria for single-cell analysis
2024-09-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103258
PMID:39133613
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研究论文 | 本文详细介绍了从人类胃肌层分离单个免疫细胞用于单细胞分析的实验方案 | 提供了一种从人类胃肌层分离免疫细胞并进行单细胞RNA测序分析的详细实验方案 | 未提及样本量大小和实验结果的验证数据 | 研究胃肠道免疫细胞多样性及其在维持肠神经元和平滑肌中的作用 | 人类胃肌层免疫细胞 | 单细胞分析 | 胃肠道疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 磁珠分选(CD45) | NA | RNA序列数据 | NA |
| 42 | 2025-06-11 |
Protocol for preparing mammalian skin samples encompassing hair follicles for spatial transcriptomics
2024-09-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103254
PMID:39146191
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研究论文 | 本文提出了一种用于空间转录组学的哺乳动物皮肤样本制备协议，特别关注包含毛囊的样本 | 针对皮肤样本在空间转录组学应用中的固有挑战，提出了一套完整的样本制备流程 | 未提及该协议在不同类型皮肤样本中的普适性或验证结果 | 开发适用于空间转录组学的皮肤样本制备方法 | 哺乳动物皮肤样本（特别关注含毛囊的样本） | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 43 | 2025-06-06 |
Oncogenic Calreticulin Induces Immune Escape by Stimulating TGFβ Expression and Regulatory T-cell Expansion in the Bone Marrow Microenvironment
2024-Sep-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3553
PMID:38885318
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研究论文 | 该研究揭示了致癌性钙网蛋白（CALRdel52）通过刺激TGFβ表达和调节性T细胞扩增在骨髓微环境中诱导免疫逃逸的机制 | 发现CALRdel52通过ERK/Sp1/TGFβ1轴介导免疫抑制，并证明靶向该轴可增强T细胞活性和糖酵解能力 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果需进一步验证 | 探索致癌性CALR突变在骨髓增殖性肿瘤（MPN）中介导免疫逃逸的机制 | CALRdel52突变、骨髓微环境、TGFβ1、调节性T细胞（Treg） | 肿瘤免疫学 | 骨髓增殖性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 小鼠MPN模型 | 基因表达数据 | 四个独立患者队列的骨髓样本 |
| 44 | 2024-09-04 |
Hydatidiform mole identification using non-invasive single-cell sequencing of fetal circulating extravillous trophoblasts isolated from maternal blood
2024-09, Ultrasound in obstetrics & gynecology : the official journal of the International Society of Ultrasound in Obstetrics and Gynecology
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/uog.27615
PMID:38354218
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2025-06-05 |
WGCNA reveals a biomarker for cancer-associated fibroblasts to predict prognosis in cervical cancer
2024-Sep-01, Journal of the Chinese Medical Association : JCMA
IF:1.9Q2
DOI:10.1097/JCMA.0000000000001129
PMID:38946034
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研究论文 | 本研究通过WGCNA分析宫颈癌中与癌症相关成纤维细胞(CAFs)相关的基因，并构建了一个预测模型 | 首次利用WGCNA识别CAFs相关基因并构建宫颈癌预后预测模型，发现了COL4A1等关键基因标志物 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库数据，需要更多独立队列验证 | 开发基于CAFs基因特征的宫颈癌预后预测模型 | 宫颈癌患者和CAFs相关基因 | 生物信息学 | 宫颈癌 | WGCNA, LASSO Cox回归分析, 单细胞RNA测序, 实时荧光定量PCR, 免疫组化 | LASSO Cox回归模型 | 转录组测序数据, 临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的宫颈癌患者数据 |
| 46 | 2025-06-04 |
Multimodal Spatial Profiling Reveals Immune Suppression and Microenvironment Remodeling in Fallopian Tube Precursors to High-Grade Serous Ovarian Carcinoma
2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.25.615007
PMID:39386723
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研究论文 | 通过多模态空间分析揭示输卵管高级别浆液性卵巢癌前病变中的免疫抑制和微环境重塑 | 整合高复杂度成像和空间转录组学技术，首次在HGSOC发展的不同阶段（包括p53特征、浆液性输卵管上皮内癌和侵袭性HGSOC）分析了人类组织样本，揭示了前体上皮中的免疫调节机制 | 研究样本可能不足以代表所有HGSOC亚型，且未探讨发现的分子改变是否具有因果关系 | 阐明从癌前病变进展为高级别浆液性卵巢癌的分子变化 | 人类输卵管组织样本（p53特征、浆液性输卵管上皮内癌和侵袭性HGSOC） | 数字病理学 | 卵巢癌 | 高复杂度成像、空间转录组学 | NA | 图像、转录组数据 | 不同发展阶段的HGSOC人类组织样本（具体数量未明确说明） |
| 47 | 2025-06-04 |
Bronchopulmonary Dysplasia with Pulmonary Hypertension Associates with Loss of Semaphorin Signaling and Functional Decrease in FOXF1 Expression
2024-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.27.609955
PMID:39253423
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研究论文 | 研究早产儿肺损伤导致的支气管肺发育不良（BPD）及伴随的肺动脉高压（PH）的细胞和分子机制 | 通过单细胞RNA测序揭示了BPD+PH患者肺部独特的异常毛细血管细胞状态，并发现semaphorin信号通路缺陷及FOXF1表达降低 | 研究样本可能有限，且机制研究部分依赖于小鼠模型 | 探究BPD及BPD+PH的发病机制 | 早产儿肺部组织及小鼠模型 | 生物医学 | 支气管肺发育不良（BPD）及肺动脉高压（PH） | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | RNA测序数据 | 早产儿肺部组织样本及小鼠模型 |
| 48 | 2025-05-31 |
The pericardium forms as a distinct structure during heart formation
2024-Sep-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.18.613484
PMID:39345600
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研究论文 | 该研究通过活体成像、谱系追踪和单细胞转录组学技术，揭示了心包在斑马鱼心脏形成过程中的独立起源和发育机制 | 首次明确了心包起源于侧板中胚层中的特定前部间皮祖细胞，而非经典心区，并发现心包形成与心脏管形成是两个独立过程 | 主要研究在斑马鱼模型中进行，虽发现基因表达特征在哺乳动物中保守，但需进一步验证人类发育中的适用性 | 探究心包的发育起源及其在心脏形态发生中的作用 | 斑马鱼胚胎心脏发育过程 | 发育生物学 | 小儿扩张型心肌病 | 活体成像、谱系追踪、单细胞转录组学、光片显微镜、原子力显微镜 | 机器学习辅助细胞追踪 | 图像数据、转录组数据 | 斑马鱼胚胎模型及新生大鼠模型 |
| 49 | 2025-05-31 |
Inflammation perturbs hematopoiesis by remodeling specific compartments of the bone marrow niche
2024-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.12.612751
PMID:39314376
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研究论文 | 本文研究了炎症如何通过重塑骨髓微环境的特定区域来影响造血过程 | 通过结合scRNA-seq分析和流式细胞术分离，首次系统地验证了骨髓中7个关键中央骨髓和骨内膜群体的存在，并揭示了炎症对不同区域的特定影响 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类系统中的适用性需要进一步验证 | 探究骨髓微环境空间区室化在炎症和肿瘤反应中的重要性 | 造血干细胞和祖细胞(HSPC)与骨髓基质细胞的相互作用 | 细胞生物学 | 造血系统疾病 | scRNA-seq, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据 | 多个小鼠品系 |
| 50 | 2025-05-31 |
Light and dopamine impact two circadian neurons to promote morning wakefulness
2024-Sep-09, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2024.07.056
PMID:39142287
|
research paper | 该研究探讨了光和 dopamine 如何影响果蝇的两个昼夜节律神经元以促进早晨清醒 | 揭示了 dopamine 受体 Dop1R1 在早晨清醒中的关键作用，并发现光依赖性上调早晨 Dop1R1 转录水平 | 研究仅基于果蝇模型，尚未在哺乳动物中验证 | 探究光和 dopamine 如何调控果蝇的早晨清醒行为 | 果蝇的两个 lateral neurons (LNs) | 神经科学 | NA | CRISPR-Cas9 mutagenesis, live imaging | NA | mRNA levels, cAMP responses | 果蝇的两个 ITP LNs 神经元 |
| 51 | 2025-05-31 |
Analyzing embryo dormancy at single-cell resolution reveals dynamic transcriptional responses and activation of integrin-Yap/Taz prosurvival signaling
2024-Sep-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.06.015
PMID:39047740
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research paper | 通过单细胞RNA测序分析小鼠胚胎休眠状态，揭示了胚胎滞育的分子机制和转录动态 | 首次在单细胞分辨率下定义了胚胎滞育的分子特征，并发现休眠多能细胞通过整合素受体感知微环境并通过Yap/Taz介导的生存信号维持其活力 | 研究仅基于小鼠胚胎，未涉及其他哺乳动物物种 | 探究胚胎滞育的分子机制和转录动态 | 小鼠胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 52 | 2025-05-31 |
A conserved cell-type gradient across the human mediodorsal and paraventricular thalamus
2024-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.03.611112
PMID:39282422
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研究论文 | 利用单核和空间转录组学技术，研究人类内侧背侧丘脑和旁室丘脑的细胞组成及其与精神疾病的遗传风险关联 | 发现了一个保守的兴奋性神经元梯度，并揭示了其在人类和小鼠中的差异，以及与精神分裂症和双相情感障碍遗传风险的关联 | 研究主要聚焦于内侧背侧丘脑和旁室丘脑，可能未涵盖其他相关脑区 | 探究内侧背侧丘脑和旁室丘脑的细胞组成及其在认知和精神疾病中的作用 | 人类和小鼠的内侧背侧丘脑和旁室丘脑 | 神经科学 | 精神分裂症、双相情感障碍、重度抑郁症 | 单核转录组学、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 未明确提及样本数量，但涉及人类和小鼠的脑组织 |
| 53 | 2025-05-31 |
Bin2cell reconstructs cells from high resolution Visium HD data
2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae546
PMID:39250728
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research paper | Bin2cell是一种从高分辨率Visium HD数据中重建细胞的方法 | Bin2cell通过结合形态学图像分割和基因表达信息，首次实现了从2微米分辨率的数据中重建细胞 | 未提及具体局限性 | 开发一种从Visium HD数据中高效重建细胞的方法 | 小鼠脑组织和人类结直肠癌数据 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | Visium HD | NA | 转录组数据和形态学图像 | 未明确提及样本数量 |
| 54 | 2025-05-31 |
Proteomic signatures improve risk prediction for common and rare diseases
2024-Sep, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-03142-z
PMID:39039249
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research paper | 该研究通过整合约3000种血浆蛋白的测量数据与临床信息，开发了稀疏预测模型，用于预测218种常见和罕见疾病的10年发病率 | 研究发现，仅包含5至20种蛋白质的稀疏模型在预测性能上优于仅基于基本临床信息的模型，甚至优于结合临床检测数据的模型 | 研究样本主要来自英国生物银行，可能限制了结果的普遍性 | 提高对常见和罕见疾病发病风险的预测准确性 | 41,931名来自英国生物银行药物蛋白质组学项目的个体 | 生物医学 | 多种常见和罕见疾病 | 血浆蛋白质组学测量、单细胞RNA测序 | 稀疏预测模型 | 蛋白质组数据、临床数据 | 41,931名个体，涉及81-6,038个病例 |
| 55 | 2025-05-31 |
Titration of RAS alters senescent state and influences tumour initiation
2024-Sep, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07797-z
PMID:39112713
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research paper | 该研究探讨了致癌RAS剂量对衰老状态和肿瘤起始的影响，揭示了RAS剂量驱动的非线性连续表型 | 开发了致癌RAS剂量递增模型，揭示了RAS剂量驱动的非线性连续表型，并鉴定了两种不同的肿瘤类型 | 研究主要基于肝细胞模型，可能不适用于其他细胞类型或癌症类型 | 探究致癌RAS剂量对衰老状态和肿瘤起始的影响 | 肝细胞和肝癌 | 肿瘤生物学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 56 | 2025-05-21 |
Subcellular Level Spatial Transcriptomics with PHOTON
2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.10.612328
PMID:39314454
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PHOTON的高分辨率空间转录组学方法，用于在亚细胞水平上分析RNA的分布 | PHOTON结合了高分辨率成像与高通量测序技术，实现了亚细胞分辨率的空间转录组分析，并揭示了mRNA中mA修饰对压力颗粒分区的功能作用 | NA | 开发一种能够在亚细胞水平上分析RNA空间分布的方法，以增进对RNA功能与调控的理解 | RNA在亚细胞结构（如核仁和压力颗粒）中的分布 | 空间转录组学 | NA | 高通量测序，高分辨率成像 | NA | RNA测序数据，图像数据 | 特定细胞类型（如卵巢中的颗粒细胞）及亚细胞结构（如核仁和压力颗粒） |
| 57 | 2025-05-21 |
Spatiotemporal transcriptomic landscape of rice embryonic cells during seed germination
2024-09-09, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.05.016
PMID:38848718
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研究论文 | 本研究利用Stereo-seq和scRNA-seq技术，结合深度学习细胞分割模型，解析了水稻种子萌发过程中胚胎细胞的时空转录组图谱 | 发现了两种未报道的盾片细胞类型，并揭示了不同胚胎细胞类型在种子萌发过程中的基因表达动态 | NA | 探究水稻种子萌发过程中胚胎细胞的生物学功能及其调控机制 | 水稻胚胎细胞 | 植物生物学 | NA | Stereo-seq, scRNA-seq, 原位杂交 | 深度学习细胞分割模型 | 转录组数据 | 吸水后6、24、36和48小时的水稻胚胎样本 |
| 58 | 2025-05-21 |
An integrated approach identifies the molecular underpinnings of murine anterior visceral endoderm migration
2024-09-09, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.05.014
PMID:38843837
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研究论文 | 该研究通过整合单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学、高分辨率实时成像和短期谱系标记与干预，揭示了小鼠前内脏内胚层（AVE）迁移的分子基础 | 结合多种技术手段揭示了AVE迁移的分子机制，并发现信号素信号传导对正常AVE迁移的必要性 | 研究仅针对小鼠模型，未涉及其他物种 | 阐明前内脏内胚层（AVE）独特迁移行为的分子基础 | 小鼠胚胎前内脏内胚层（AVE）细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学、高分辨率实时成像、晶格光片显微镜 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据、影像数据 | 未明确说明样本数量的小鼠胚胎细胞 |
| 59 | 2025-05-16 |
c-Myc alone is enough to reprogram fibroblasts into functional macrophages
2024-09-12, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-024-01605-x
PMID:39267119
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research paper | 该研究报道了一种通过c-Myc过表达将成纤维细胞重编程为具有吞噬活性的功能性巨噬细胞的新方法 | 首次证明仅c-Myc单独表达就足以将成纤维细胞重编程为功能性巨噬细胞，为抗癌免疫治疗提供了新的细胞来源 | 研究未涉及长期安全性和稳定性评估，且未在更多肿瘤模型中验证疗效 | 开发一种高效获取功能性巨噬细胞的新方法，用于抗癌免疫治疗 | 成纤维细胞和重编程后的巨噬细胞 | 细胞重编程 | 白血病、乳腺癌 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、ChIP-qPCR、双荧光素酶报告基因检测 | NA | 基因表达数据、流式细胞数据、单细胞转录组数据 | 涉及白血病、乳腺癌和患者来源的肿瘤异种移植模型 |
| 60 | 2025-05-16 |
Evaluating cell type deconvolution in FFPE breast tissue: application to benign breast disease
2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae098
PMID:40162103
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研究论文 | 评估在FFPE乳腺组织中进行细胞类型反卷积的方法，并应用于良性乳腺疾病 | 构建了乳腺组织的单细胞RNA-seq参考数据，测试了多种反卷积方法，并发现深度学习为基础的Scaden方法在FFPE伪影影响下表现最优 | FFPE伪影显著影响了反卷积方法的性能，RMSE在0.04到0.17之间 | 优化从FFPE样本中定义单个细胞类型组成的策略 | 乳腺组织，特别是良性乳腺疾病 | 数字病理学 | 乳腺疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 深度学习（Scaden） | RNA-seq数据 | 62例RNA-seq良性乳腺疾病队列 |