单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 632 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-08-08 |
Microglia and macrophages alterations in the CNS during acute SIV infection: A single-cell analysis in rhesus macaques
2024-09, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1012168
PMID:39283947
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了急性SIV感染期间恒河猴中枢神经系统中微胶质细胞和巨噬细胞的动态变化。 | 首次在急性SIV感染模型中，通过单细胞RNA测序详细解析了脑内微胶质细胞和CNS相关巨噬细胞的亚群变化及转录组特征，发现了与神经退行性疾病相关的基因上调。 | 样本量较小（每组的3只恒河猴），可能限制结果的普遍性；仅关注了急性感染时间点，缺乏对感染全程的动态追踪。 | 探究急性SIV感染对恒河猴中枢神经系统中微胶质细胞和CNS相关巨噬细胞的影响，以理解HIV/SIV神经发病机制及病毒储存库的形成。 | 恒河猴脑内的微胶质细胞和CNS相关巨噬细胞。 | 单细胞转录组学 | HIV/SIV感染相关神经认知障碍 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 无特定模型（基于聚类分析） | 单细胞转录组数据 | 6只恒河猴（3只感染SIV，3只未感染对照） | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2026-08-08 |
BootCellNet, a resampling-based procedure, promotes unsupervised identification of cell populations via robust inference of gene regulatory networks
2024-09, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012480
PMID:39348410
|
研究论文 | 提出了一种基于重采样的新方法BootCellNet，通过平滑和重采样推断基因调控网络，并利用最小支配集实现单细胞RNA测序数据的无监督细胞群识别。 | 采用平滑和重采样技术稳健地推断基因调控网络，并以其最小支配集实现无监督和可解释的细胞类型识别。 | 摘要未提及具体局限性。 | 开发并验证一种新的数据分析方法，以促进单细胞RNA测序数据中细胞类型的无监督识别和基因调控网络的推断。 | 外周血单核细胞和造血过程中的单细胞RNA测序数据集，以及COVID-19患者特异性细胞。 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 外周血单核细胞和造血过程的scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 43 | 2026-08-07 |
TRPC3 suppression ameliorates synaptic dysfunctions and memory deficits in Alzheimer's disease
2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.16.611061
PMID:39345364
|
研究论文 | 该研究通过生物信息学分析和实验验证，发现TRPC3通道在阿尔茨海默病中异常上调，并开发了抑制剂JW-65，可改善突触功能障碍和记忆缺陷。 | 首次揭示TRPC3在AD病理中对钙稳态失调的独特作用，并开发了靶向TRPC3的有效抑制剂JW-65，为AD治疗提供新靶点。 | 未提及明确的局限性。 | 探究TRPC3通道在阿尔茨海默病神经退行性变中的作用，并评估其作为治疗靶点的潜力。 | AD患者脑组织、5xFAD小鼠模型、大鼠海马神经元。 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、RNA测序、药物筛选、电生理记录 | NA | 基因表达数据、电生理数据、行为数据 | 未明确样本数量；涉及AD患者队列、5xFAD小鼠、大鼠海马神经元培养。 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | 10x Chromium | 用于分析AD患者队列的单细胞RNA-seq数据；海马RNA-seq用于5xFAD小鼠。 |
| 44 | 2025-10-06 |
Inhibition of Renin Expression Is Regulated by an Epigenetic Switch From an Active to a Poised State
2024-09, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979)
|
研究论文 | 本研究揭示了肾素表达抑制通过表观遗传开关从活跃状态转变为预备状态的调控机制 | 首次发现肾素表达抑制涉及从活跃状态到预备状态的表观遗传转换，并关联细胞间通讯减少和上皮-间质转化 | 研究仅使用小鼠来源的As4.1肿瘤细胞系，未在原发性细胞或体内模型中验证 | 探究肾素表达抑制的表观遗传调控机制 | 小鼠肾小球旁细胞来源的As4.1肿瘤细胞系 | 表观遗传学 | NA | ATAC-seq, 单细胞RNA测序, CUT&Tag, 染色质免疫沉淀测序 | NA | 基因组学数据, 表观基因组数据, 转录组数据 | As4.1细胞系的生物学重复样本 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, ChIP-seq, CUT&Tag | NA | NA |
| 45 | 2026-07-13 |
ASIC1/RIP1 accelerates atherosclerosis via disrupting lipophagy
2024-09, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2023.11.004
PMID:37931656
|
研究论文 | 本研究揭示了ASIC1通过与RIP1相互作用抑制脂质自噬从而加速动脉粥样硬化的机制 | 首次阐明ASIC1通过RIP1/TFEB信号通路调控脂质自噬在动脉粥样硬化中的作用 | 未提及具体局限性 | 探究ASIC1在动脉粥样硬化中的作用及其潜在机制 | 人类和小鼠主动脉病变组织、RAW264.7和HTP-1巨噬细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类主动脉病变样本和ApoE-/-小鼠模型，具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 46 | 2026-07-06 |
ADAMTS12 promotes fibrosis by restructuring extracellular matrix to enable activation of injury-responsive fibroblasts
2024-09-17, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI170246
PMID:39286973
|
研究论文 | 发现ADAMTS12通过重塑细胞外基质促进纤维化，并激活损伤反应性成纤维细胞 | 无偏见地鉴定出ADAMTS12为成纤维细胞特异性基因，结合空间转录组学和催化活性/非活性ADAMTS12表达揭示其通过切割HMCN1和重塑ECM驱动特定成纤维细胞亚群活化的机制 | 新识别的成纤维细胞群体在分化分子机制和纤维化作用上仍定义不清 | 研究ADAMTS12在纤维化中的作用及其调控成纤维细胞活化的分子机制 | 成纤维细胞、细胞外基质和纤维化小鼠模型 | 数字病理学 | 纤维化疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、遗传命运追踪 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 人类和小鼠纤维化组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序，10x Visium空间转录组学 |
| 47 | 2026-07-06 |
Epigenetic regulation of cell state by H2AFY governs immunogenicity in high-risk neuroblastoma
2024-09-10, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI175310
PMID:39255035
|
研究论文 | 本研究通过全基因组CRISPR/Cas9筛选发现H2AFY作为PD-1阻断抗体耐药的调控基因，揭示了其在高危神经母细胞瘤中通过表观遗传调控细胞状态和免疫原性的作用 | 首次发现H2AFY作为PD-1阻断疗法耐药的表观遗传调控因子，并通过多组学整合分析阐明其促进细胞向间充质样状态转变的机制 | 仅基于MYCN驱动的小鼠模型和有限的患者样本，且H2AFY在免疫微环境中的具体分子机制需进一步验证 | 探究高危神经母细胞瘤中与PD-1/L1轴免疫检查点疗法相关的癌细胞内在免疫调控网络 | MYCN扩增的高危神经母细胞瘤细胞及小鼠模型 | NA | 神经母细胞瘤 | CRISPR/Cas9筛选, 单细胞RNA测序, 表观遗传学分析, 多组学整合分析 | NA | 单细胞测序数据, 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3'测序平台 |
| 48 | 2026-07-06 |
Itm2a expression marks periosteal skeletal stem cells that contribute to bone fracture healing
2024-09-03, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI176528
PMID:39225088
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学鉴定Itm2a作为骨膜骨骼干细胞的标记，揭示其在骨折愈合中的贡献 | 首次发现跨膜蛋白2A（Itm2a）作为骨膜骨骼干细胞（P-SSCs）的特异性标记，并展示了其在骨折愈合中的干细胞特性和治疗潜力 | 未明确提及 | 鉴定骨膜骨骼干细胞（P-SSCs）的体内身份及膜蛋白标记，以促进骨折愈合和组织工程 | 小鼠和人类的骨膜骨骼干细胞（Itm2a+ P-SSCs） | 数字病理学 | 骨折 | 单细胞转录组学 | 不适用 | 基因表达数据 | 未明确提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞转录组学分析，使用10x Chromium平台进行单细胞RNA测序 |
| 49 | 2026-07-06 |
Type 1 innate lymphoid cells: a biomarker and therapeutic candidate in sarcoidosis
2024-09-03, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI183708
PMID:39225095
|
研究论文 | 使用单细胞RNA测序和空间转录组学分析发现ILC1是结节病的生物标志物和治疗候选靶点 | 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示结节病中基质-免疫CXCL12/CXCR4轴的上调及ILC1的积累，并证明ILC1可作为结节病的诊断生物标志物和潜在治疗靶点 | 主要基于皮肤样本和肺肉芽肿小鼠模型，可能不全面反映结节病的全身性特征 | 探索结节病中免疫细胞的特异性变化及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 结节病和非结节病肉芽肿性疾病患者的皮肤样本 | 数字病理学 | 结节病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 结节病和非结节病肉芽肿性疾病患者皮肤样本 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 50 | 2026-07-05 |
UnTWISTing intestinal fibrosis: single-cell transcriptomics deciphers fibroblast heterogeneity, uncovers molecular pathways, and identifies therapeutic targets
2024-09-17, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI184112
PMID:39286981
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示肠道纤维化中成纤维细胞异质性、分子通路并识别治疗靶点 | 首次鉴定出TWIST1+FAP+成纤维细胞亚群与CXCL9+巨噬细胞的相互作用，并发现TWIST1是纤维化微环境的关键调节因子 | NA | 解析肠道纤维化的细胞和分子机制 | 克罗恩病相关的肠道纤维化组织中的成纤维细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 克罗恩病, 肠道纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 51 | 2026-07-05 |
PAC1 constrains type 2 inflammation through promotion of CGRP signaling in ILC2s
2024-09-17, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI180109
PMID:39287985
|
研究论文 | PAC1通过促进ILC2中的CGRP信号传导来约束2型炎症 | 发现PAC1以细胞内在方式选择性促进ILC2对CGRP信号的响应，并揭示其在2型炎症相关疾病中的调控作用 | NA | 探究ILC2如何内在调控对神经信号的响应及其在2型炎症中的作用 | 小鼠和人体的2型先天淋巴样细胞（ILC2s） | NA | 哮喘、肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和人体外周血ILC2样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 52 | 2026-07-04 |
CXCL8 secreted by immature granulocytes inhibits WT hematopoiesis in chronic myelomonocytic leukemia
2024-09-17, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI180738
PMID:39545419
|
研究论文 | 本研究探讨了未成熟粒细胞分泌的CXCL8抑制慢性粒单核细胞白血病中正常造血干细胞增殖的机制 | 首次发现未成熟粒细胞通过分泌CXCL8选择性抑制正常造血干细胞，而白血病干细胞因下调CXCL8受体得以逃逸，并证明阻断CXCL8可恢复正常造血 | 未提及具体局限性，但需进一步验证CXCL8靶向治疗的临床可行性 | 阐明未成熟粒细胞在CMML进展中的炎症作用及其对正常造血的抑制机制 | 慢性粒单核细胞白血病患者的未成熟粒细胞、正常和白血病造血干细胞与祖细胞 | 数字病理学， 机器学习 | 慢性粒单核细胞白血病 | 单细胞RNA测序， 批量RNA测序， 流式细胞术 | NA | 基因表达数据， 细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序， 批量RNA测序 | NA | NA |
| 53 | 2026-07-04 |
Points2Regions: Fast, interactive clustering of imaging-based spatial transcriptomics data
2024-09, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology
DOI:10.1002/cyto.a.24884
PMID:38958502
|
研究论文 | 介绍了一种用于成像空间转录组学数据快速交互聚类的工具Points2Regions | 通过将mRNA点栅格化到金字塔网格上进行快速特征提取，并结合层次聚类和K-means聚类实现高效的多尺度区域发现，无需依赖分割细胞等补充数据 | 未明确提及局限性，可能包括对真实数据集的验证有限或需要进一步评估不同实验条件下的性能 | 开发一种快速交互式的计算工具，用于识别成像空间转录组学数据中具有相似mRNA组成区域，支持多尺度分析 | 成像空间转录组学数据中的mRNA空间点数据 | 数字病理学 | NA | 成像空间转录组学 | 层次聚类和K-means聚类 | 图像 | 两个模拟数据集和多个真实世界数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 54 | 2026-07-03 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Repair Features of Human Umbilical Cord Mesenchymal Stromal Cells
2024-09-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202310-1975OC
PMID:38564376
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示人脐带间充质基质细胞的修复特征 | 首次通过单细胞RNA测序识别出脐带间充质基质细胞中具有不同治疗潜力的亚群，发现祖细胞样亚群而非成纤维细胞样亚群能改善实验性支气管肺发育不良的肺功能，并鉴定出主要组织相容性复合体I类作为非治疗性细胞的分子标志物 | 研究仅基于5名供体的脐带间充质基质细胞，样本量有限，且实验仅在动物模型中进行，结果向临床转化的可行性需进一步验证 | 探究单细胞水平上脐带间充质基质细胞的转录组特征与其治疗潜力之间的关系 | 人脐带间充质基质细胞和人新生儿真皮成纤维细胞 | 数字病理学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5名足月供体的脐带间充质基质细胞和对照人新生儿真皮成纤维细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 55 | 2026-06-30 |
s CIRCLE-An interactive visual exploration tool for single cell RNA-Seq data
2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae084
PMID:39022325
|
研究论文 | CIRCLE是一款用于单细胞RNA-seq数据探索性分析的交互式可视化工具，特别关注细菌单细胞RNA-seq | 从信息设计角度重新构想单细胞RNA-seq数据低维表示的视觉和交互式探索，提供实时3D和2D投影及丰富的元数据查询功能 | 未提及具体局限性 | 开发用于单细胞RNA-seq数据探索性分析的交互式可视化工具 | 单细胞RNA-seq数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 56 | 2026-06-30 |
Cell Culture Differentiation and Proliferation Conditions Influence the In Vitro Regeneration of the Human Airway Epithelium
2024-09, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2023-0356MA
PMID:38843491
|
研究论文 | 本研究评估不同培养基对气液界面培养的人气道上皮细胞类型分布的影响 | 首次使用单细胞RNA测序全面比较四种培养基对气道上皮细胞组成、基因表达、信号传导和形态的影响，并揭示增殖培养基对分泌细胞命运的决定作用 | 未提及具体局限性 | 评估不同培养基对气液界面培养的人气道上皮细胞分化和增殖的影响 | 人原代气道上皮细胞 | 数字病理学 | 呼吸道疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、图像 | 使用原代细胞培养，未明确样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞RNA测序 |
| 57 | 2026-06-30 |
Lung Fibrosis Is Linked to Increased Endothelial Cell Activation and Dysfunctional Vascular Barrier Integrity
2024-09, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0046OC
PMID:38843440
|
研究论文 | 通过透射电子显微镜、免疫组织化学和单细胞RNA测序分析肺纤维化患者与供体肺血管差异，揭示内皮细胞异常活化及血管屏障功能障碍 | 首次系统阐明肺纤维化中不同内皮亚群（动脉、静脉、毛细血管、肺泡细胞）的基因表达变化及其与血管屏障功能的关系 | 未揭示内皮功能障碍与纤维化进展的因果关系，且样本量有限 | 探究肺纤维化中肺血管内皮细胞的病理变化及其在疾病发病机制中的作用 | 肺纤维化患者和健康供体的肺组织及血浆样本 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、透射电子显微镜、免疫组织化学、ELISA | NA | 图像、文本、数值 | 肺纤维化患者与健康供体肺组织及血浆样本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 58 | 2026-06-26 |
Ketamine ameliorates post-traumatic social avoidance by erasing the traumatic memory encoded in VTA-innervated BLA engram cells
2024-09-25, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2024.06.026
PMID:39032491
|
研究论文 | 本文研究氯胺酮通过抹除VTA-支配的BLA印记神经元编码的创伤记忆来改善创伤后社交回避的机制 | 发现亚麻醉剂量氯胺酮在再暴露时间窗内给药能有效消除创伤记忆，通过影响VTA-BLA多巴胺能投射和D2受体依赖机制，结合单细胞RNA测序揭示记忆相关通路变化 | 未提及 | 研究氯胺酮抹除创伤记忆并改善创伤后应激障碍症状的机制 | 急性社交挫败应激小鼠模型 | 机器学习 | 创伤后应激障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 59 | 2026-06-20 |
Unlocking reproducible transcriptomic signatures for acute myeloid leukaemia: Integration, classification and drug repurposing
2024-09, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70085
PMID:39267259
|
研究论文 | 通过整合34个数据集（包括单细胞RNA测序数据）识别急性髓系白血病（AML）相关基因签名，结合XGBoost模型进行亚型分类和药物重定位，并构建了CSAMLdb数据库平台 | 首次整合多组公开数据集（含scRNA-seq）系统性筛选出191个低变异高一致性的AML特征基因，并开发了结合XGBoost和自定义框架的亚型分类方法，同时通过药物重定位发现solasonine对高危患者潜在疗效 | 未明确说明研究局限性 | 解决AML转录组研究的异质性问题，通过数据整合和机器学习方法实现可重复的分子分型和药物重定位 | 急性髓系白血病患者转录组数据（包含34个数据集，26个对照组、6个预后数据集和2个scRNA-seq数据集） | 机器学习 | 急性髓系白血病 | RNA-seq, scRNA-seq, 分子对接 | XGBoost | 转录组数据 | 34个数据集（含26个对照组、6个预后数据集和2个单细胞RNA测序数据集） | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 60 | 2026-06-20 |
Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity of MYH11+ tumour-associated fibroblasts between left-sided and right-sided colorectal cancer
2024-09, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70102
PMID:39294858
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示左右侧结直肠癌中MYH11+肿瘤相关成纤维细胞的异质性 | 首次发现MYH11+癌相关成纤维细胞亚群在左侧结直肠癌中富集，并揭示其通过与巨噬细胞相互作用促进肿瘤迁移，为左右侧结直肠癌异质性提供新见解 | NA | 探讨左右侧结直肠癌中免疫和基质细胞的异质性特征及差异 | 12例左侧结直肠癌和10例右侧结直肠癌患者的免疫细胞和基质细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 22例患者（12例左侧结直肠癌，10例右侧结直肠癌） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |