单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 679 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-11-18 |
FABP5+ lipid-loaded macrophages process tumour-derived unsaturated fatty acid signal to suppress T-cell antitumour immunity
2024-Sep-30, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.09.029
PMID:39357545
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研究论文 | 研究探讨了FABP5+脂质化巨噬细胞如何处理肿瘤来源的不饱和脂肪酸信号以抑制T细胞的抗肿瘤免疫 | 揭示了FABP5通过不饱和脂肪酸代谢在调节抗肿瘤T细胞免疫中的关键作用，并提出了靶向FABP5作为肝癌治疗新策略的可能性 | NA | 阐明脂质代谢如何增强肿瘤相关巨噬细胞的促肿瘤效应机制 | 肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其在肝细胞癌（HCC）中的作用 | NA | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人肝细胞癌肿瘤样本 |
| 42 | 2024-11-18 |
CXCL8 secreted by immature granulocytes inhibits WT hematopoiesis in chronic myelomonocytic leukemia
2024-Sep-17, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI180738
PMID:39545419
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研究论文 | 研究探讨了不成熟粒细胞（iGRANs）在慢性粒单核细胞白血病（CMML）进展中的作用 | 发现CXCL8在不成熟粒细胞中高表达，抑制了野生型造血干细胞和祖细胞的增殖，而CXCL8受体抑制剂和CXCL8阻断剂可以恢复野生型造血干细胞的增殖 | 研究仅限于体外实验，尚未在临床上验证CXCL8抑制剂的治疗效果 | 探讨不成熟粒细胞在慢性粒单核细胞白血病进展中的作用及其潜在治疗策略 | 慢性粒单核细胞白血病患者的外周血中的不成熟粒细胞及其分泌的细胞因子CXCL8 | 血液学 | 白血病 | 流式细胞术、RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 慢性粒单核细胞白血病患者的外周血样本 |
| 43 | 2024-11-18 |
Comprehensive profiling of the human fecal proteome from IBD patients with DIA-MS enables evaluation of disease-relevant proteins
2024-Sep, Proteomics. Clinical applications
DOI:10.1002/prca.202300075
PMID:38552248
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研究论文 | 本文使用DIA-MS技术对IBD患者的粪便蛋白质组进行全面分析，以评估与疾病相关的蛋白质 | 本文揭示了新的粪便蛋白质，这些蛋白质可能作为非侵入性生物标志物来监测IBD疾病活动的特定方面 | NA | 评估与炎症性肠病（IBD）相关的非侵入性生物标志物 | IBD患者的粪便蛋白质组 | NA | 炎症性肠病 | DIA-MS | NA | 蛋白质组数据 | 两个独立队列，Cohort 1：健康5例，UC 5例，CD 5例；Cohort 2：健康20例，UC 10例，CD 10例 |
| 44 | 2024-11-17 |
SpaDiT: diffusion transformer for spatial gene expression prediction using scRNA-seq
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae571
PMID:39508444
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研究论文 | 本文提出了一种名为SpaDiT的深度学习框架，用于利用scRNA-seq数据进行空间基因表达预测 | SpaDiT通过使用scRNA-seq数据作为先验条件，并利用ST和scRNA-seq数据之间的共享基因作为潜在表示来构建输入，从而提高了空间基因表达预测的准确性 | NA | 解决空间转录组学数据中未检测到的基因数量多，应用价值有限的问题 | 空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | Transformer | 基因表达数据 | 涉及多种空间转录组学数据集 |
| 45 | 2024-11-17 |
Graph domain adaptation-based framework for gene expression enhancement and cell type identification in large-scale spatially resolved transcriptomics
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae576
PMID:39508445
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研究论文 | 本文介绍了一种基于图域适应的深度学习框架SpaGDA，用于增强大规模空间转录组学中的基因表达和细胞类型识别 | SpaGDA通过从参考单细胞RNA测序数据中无偏地转移知识，实现了基因表达插补和细胞类型识别的双重功能 | NA | 克服当前空间转录组学技术在基因检测灵敏度和基因通量方面的限制，提供更精确的生物学过程或疾病发展洞察 | 空间转录组学数据中的基因表达和细胞类型 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 图域适应框架 | 转录组数据 | 涉及多个空间转录组学数据集和三种不同生物学背景的数据集 |
| 46 | 2024-11-17 |
Deciphering lineage-relevant gene regulatory networks during endoderm formation by InPheRNo-ChIP
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae592
PMID:39535258
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研究论文 | 开发了一种名为InPheRNo-ChIP的计算框架，用于整合多模态数据以重建与内胚层发育相关的表型相关基因调控网络 | InPheRNo-ChIP直接在基因调控网络推断过程中整合表型信息，能够区分谱系特异性和普遍的调控相互作用 | NA | 揭示早期人类胚胎发生过程中调控内胚层形成的基因调控网络 | 人类胚胎干细胞向内胚层的分化过程 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, ChIP-seq | 概率图模型 | 多模态数据 | 三个实验研究的数据 |
| 47 | 2024-11-17 |
Identifying cell types by lasso-constraint regularized Gaussian graphical model based on weighted distance penalty
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae572
PMID:39541187
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研究论文 | 本文提出了一种基于加权距离惩罚的Lasso约束正则化高斯图模型的新算法框架WLGG，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别 | 引入加权距离惩罚项和高斯核函数，捕捉非线性信息；使用Lasso约束增强模型捕捉线性数据特征的能力；利用Eigengap策略预测细胞类型数量 | 未提及 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 高斯图模型 | 基因表达数据 | 14个测试数据集 |
| 48 | 2024-11-17 |
SpaGIC: graph-informed clustering in spatial transcriptomics via self-supervised contrastive learning
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae578
PMID:39541189
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaGIC的新型图神经网络框架，结合图卷积网络和自监督对比学习技术，用于空间转录组学中的聚类分析 | SpaGIC通过最大化图结构中的边和局部邻域的互信息，以及最小化空间相邻点的嵌入距离，学习有意义的潜在嵌入 | NA | 开发一种新的深度学习框架，以更有效地利用空间转录组学中的基因和空间数据，准确识别空间域 | 空间转录组学数据中的空间域识别、数据去噪、可视化和轨迹推断 | 机器学习 | NA | 图卷积网络、自监督对比学习 | 图神经网络 | 基因表达数据 | 七个空间转录组学数据集 |
| 49 | 2024-11-17 |
Deciphering gene expression patterns using large-scale transcriptomic data and its applications
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae590
PMID:39541191
|
研究论文 | 本研究分析了大规模转录组数据，探索了基因表达模式及其在癌症等疾病中的应用 | 提出了基于偏度的度量方法来量化数据集间的分布变化，并改进了朴素贝叶斯方法以提高模拟性能 | NA | 揭示基因表达模式，识别信息基因，分类样本，并理解疾病 | 基因表达模式及其在癌症等疾病中的应用 | 基因组学 | 癌症 | RNA-seq | 朴素贝叶斯 | 转录组数据 | 11,252个bulk RNA-seq样本和4,884个单细胞RNA-seq样本 |
| 50 | 2024-09-22 |
Correction: Single-cell transcriptomics reveals writers of RNA modification-mediated immune microenvironment and cardiac resident Macro-MYL2 macrophages in heart failure
2024-Sep-20, BMC cardiovascular disorders
IF:2.0Q3
DOI:10.1186/s12872-024-04172-8
PMID:39304827
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-11-14 |
Unraveling the phenotypic states of human innate-like T cells: Comparative insights with conventional T cells and mouse models
2024-Sep-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114705
PMID:39264810
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术，比较了人类先天样T细胞与常规T细胞在胸腺和血液中的转录组特征 | 揭示了人类先天样T细胞与常规T细胞在转录组水平上的差异，并发现了人类与小鼠在T细胞分化上的物种特异性差异 | NA | 探索人类先天样T细胞的表型状态及其与常规T细胞和小鼠模型的比较 | 人类先天样T细胞和常规T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和流式细胞术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 52 | 2024-11-14 |
IKKα-STAT3-S727 axis: a novel mechanism in DOX-induced cardiomyopathy
2024-Sep-17, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-024-05439-1
PMID:39287798
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研究论文 | 研究探讨了IKKα在DOX诱导的心肌病中的作用及其机制 | 发现了IKKα-STAT3-S727信号通路在DOX诱导的心肌病中的关键作用 | 研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证 | 研究IKKα如何调节巨噬细胞激活并导致DOX诱导的心肌病 | 巨噬细胞IKKα在小鼠模型中的作用 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞测序分析 | NA | 基因表达数据 | 使用巨噬细胞特异性IKKα敲除小鼠进行研究 |
| 53 | 2024-11-13 |
Plasma proteometabolome in lung cancer: exploring biomarkers through bidirectional Mendelian randomization and colocalization analysis
2024-09-19, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddae110
PMID:39011643
|
研究论文 | 研究利用孟德尔随机化方法探索肺癌相关的血浆蛋白质组和代谢组生物标志物 | 首次通过双向孟德尔随机化和共定位分析识别出与肺癌相关的血浆蛋白质和代谢物的新关联 | NA | 开发非侵入性诊断生物标志物以改善肺癌管理 | 血浆蛋白质组和代谢组 | 生物标志物 | 肺癌 | 孟德尔随机化 | NA | 蛋白质组学数据、代谢组学数据 | NA |
| 54 | 2024-11-13 |
ADAMTS12 promotes fibrosis by restructuring extracellular matrix to enable activation of injury-responsive fibroblasts
2024-Sep-17, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI170246
PMID:39286973
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研究论文 | 研究揭示了ADAMTS12在纤维化过程中的作用，通过重构细胞外基质促进损伤响应性成纤维细胞的激活 | 首次发现ADAMTS12在纤维化中的关键作用，并阐明了其通过重构细胞外基质和切割HMCN1来激活特定成纤维细胞亚群的机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证其结果 | 探讨ADAMTS12在纤维化中的作用及其分子机制 | ADAMTS12在心脏和肾脏纤维化中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 55 | 2024-11-12 |
Integrative approach using network pharmacology, bioinformatics, and experimental methods to explore the mechanism of cantharidin in treating colorectal cancer
2024-09, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-024-03041-7
PMID:38507104
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研究论文 | 研究利用网络药理学、生物信息学和实验方法探讨斑蝥素治疗结直肠癌的机制 | 首次综合利用网络药理学、生物信息学和实验方法系统研究斑蝥素治疗结直肠癌的机制 | 研究主要集中在体外实验，缺乏体内实验验证；样本量较小，可能影响结果的普适性 | 探讨斑蝥素治疗结直肠癌的生物活性、影响及其抗癌机制 | 斑蝥素及其在结直肠癌治疗中的作用 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 基因表达分析、基因集富集分析、加权基因共表达网络分析、蛋白质-蛋白质相互作用分析 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 197个斑蝥素相关靶基因和480个与疾病发展相关的关键基因 |
| 56 | 2024-11-10 |
Unveiling Cancer-Related Metaplastic Cells in Both Helicobacter pylori Infection and Autoimmune Gastritis
2024-Sep-03, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.08.032
PMID:39236896
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研究论文 | 研究揭示了幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎中与癌症相关的化生细胞的特征 | 首次在幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎中发现了一种独特的表达ANPEP/CD13的与癌症相关的化生细胞亚型 | 研究主要基于小鼠模型和人类样本，可能无法完全代表所有患者的情况 | 探讨幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎中化生细胞的差异及其与胃癌风险的关系 | 幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎中的化生细胞及其分子特征 | NA | 胃癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型和人类患者样本 |
| 57 | 2024-11-09 |
Utilizing epigenetic regulators to improve HSC-based lentiviral gene therapy
2024-09-24, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024013047
PMID:38916861
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研究论文 | 本文探讨了利用表观遗传调节剂优化培养条件，以提高造血干细胞（HSC）为基础的慢病毒基因治疗效果 | 本文首次探索了使用组蛋白去乙酰化酶抑制剂和溴域抑制剂来增强HSC的体外扩增和基因转导效率 | NA | 优化HSC的体外扩增条件，以提高基于HSC的基因治疗效果 | 造血干细胞（HSC）及其早期祖细胞 | 基因治疗 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 58 | 2024-11-09 |
scDTL: enhancing single-cell RNA-seq imputation through deep transfer learning with bulk cell information
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae555
PMID:39504481
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研究论文 | 本文提出了一种基于深度迁移学习的单细胞RNA测序数据插补方法scDTL，通过利用批量细胞信息来增强插补效果 | scDTL利用批量RNA测序数据训练的去噪自编码器作为初始插补模型，并通过领域适应框架将批量插补模型的知识迁移到单细胞RNA测序学习任务中，同时采用1D U-Net去噪模型进行并行操作，捕捉单细胞RNA测序数据的粗粒度和细粒度特征，并通过交叉通道注意力机制融合特征 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的缺失值问题，提高下游分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | 去噪自编码器、1D U-Net | RNA测序数据 | NA |
| 59 | 2024-11-09 |
PAC1 constrains type 2 inflammation through promotion of CGRP signaling in ILC2s
2024-Sep-17, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI180109
PMID:39287985
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研究论文 | 研究探讨了PAC1通过促进CGRP信号传导在ILC2中调节2型炎症的作用 | 首次揭示了PAC1在ILC2中通过细胞内在机制促进CGRP信号传导，从而调节2型炎症 | 研究主要基于小鼠模型和人类循环ILC2，未来需进一步验证在其他物种和疾病模型中的适用性 | 探讨PAC1在ILC2中调节2型炎症的机制 | PAC1在ILC2中的作用及其对CGRP信号传导的影响 | 免疫学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类循环ILC2样本 |
| 60 | 2024-11-09 |
Epigenetic regulation of cell state by H2AFY governs immunogenicity in high-risk neuroblastoma
2024-Sep-10, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI175310
PMID:39255035
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研究论文 | 研究探讨了H2AFY在高度风险神经母细胞瘤中的表观遗传调控作用及其对免疫原性的影响 | 通过全基因组CRISPR/Cas9筛选识别出H2AFY作为PD-1阻断抗体nivolumab的耐药基因，并揭示了其在单细胞RNA-Seq数据中的富集及其与患者生存的关联 | NA | 阐明H2AFY在高度风险神经母细胞瘤中的表观遗传调控作用及其对免疫原性的影响 | H2AFY在神经母细胞瘤中的作用及其对PD-1阻断疗法的耐药性 | NA | 神经母细胞瘤 | CRISPR/Cas9筛选、单细胞RNA-Seq、多组学分析 | NA | RNA-Seq数据 | NA |