单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-22	BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences 2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.23.614590 PMID:39386496	研究论文	研究探讨了利鲁唑（RZ）通过增加脑源性神经营养因子（BDNF）来逆转颅脑放疗（RT）引起的认知功能下降和神经退行性后果的效果	首次证明RZ通过增加BDNF水平，改善RT引起的认知功能障碍，并揭示了其神经保护机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索减轻颅脑放疗引起的认知功能障碍的潜在治疗方法	成年小鼠模型	神经科学	脑癌	空间转录组学分析、双免疫荧光染色、生化评估	小鼠模型	基因表达数据、生化数据、行为数据	未明确说明小鼠数量，但涉及RT+Veh和RT+RZ两组比较
42	2025-07-22	Gene expression prediction from histology images via hypergraph neural networks 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae500 PMID:39401144	研究论文	提出了一种新的超图神经网络模型HGGEP，用于从组织学图像预测基因表达	HGGEP模型通过梯度增强模块增强对细胞形态信息的感知，并利用注意力机制和多尺度特征关联来提高预测性能	NA	基于成本效益高的组织学图像预测基因表达	组织学图像和基因表达数据	数字病理学	癌症和肿瘤疾病	超图神经网络	HGGEP	图像	多个疾病样本数据集
43	2025-07-22	Genetic association with autoimmune diseases identifies molecular mechanisms of coronary artery disease 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110715 PMID:39262791	研究论文	本研究利用GWAS数据探索冠状动脉疾病（CAD）与自身免疫性疾病之间的遗传关系	通过统计遗传学方法识别CAD与多种自身免疫性疾病之间的相关性和因果性SNP，并利用单细胞RNA测序技术解析冠状动脉粥样硬化斑块中的细胞类型	未提及样本量具体数据，且可能受限于GWAS数据的覆盖范围	揭示CAD与自身免疫性疾病的遗传关联机制	冠状动脉疾病（CAD）与自身免疫性疾病	遗传学	冠状动脉疾病	GWAS, CPASSOC, MR, COLOC, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
44	2025-07-22	NK cells with adhesion defects and reduced cytotoxic functions are associated with a poor prognosis in multiple myeloma 2024-09-19, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023023529 PMID:38875515	研究论文	通过单细胞RNA测序分析多发性骨髓瘤患者和健康捐赠者的NK细胞，揭示了NK细胞在骨髓和外周血中的转录组变化及其与患者预后的关联	首次在多发性骨髓瘤患者中发现CD16/CD226Lo NK细胞的积累及其与不良预后的关联	样本量较小（10名患者和10名健康捐赠者），且部分分析基于回顾性队列	研究多发性骨髓瘤患者中NK细胞的功能缺陷及其对预后的影响	多发性骨髓瘤患者和健康捐赠者的NK细胞	免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	10名多发性骨髓瘤患者和10名健康捐赠者，以及177名患者的回顾性队列
45	2025-07-22	A Novel Non-Invasive Murine Model of Neonatal Hypoxic-Ischemic Encephalopathy Demonstrates Developmental Delay and Motor Deficits with Activation of Inflammatory Pathways in Monocytes 2024-09-14, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181551 PMID:39329733	research paper	该研究提出了一种新型非侵入性小鼠模型，用于模拟新生儿缺氧缺血性脑病（HIE），并展示了发育延迟和运动缺陷与单核细胞炎症通路的激活	首次将母体免疫激活（MIA）与产后缺氧结合，创建了一种非侵入性HIE模型，揭示了炎症基因上调及微胶质细胞亚群的变化	该模型产生的表型较现有HIE模型更温和，而HIE在临床上具有异质性，可能导致不同的人类结果	开发一种新型非侵入性小鼠模型，用于研究HIE的发病机制及潜在治疗靶点	新生小鼠	NA	新生儿缺氧缺血性脑病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但使用了新生小鼠作为研究对象
46	2025-07-22	Isotype-aware inference of B cell clonal lineage trees from single-cell sequencing data 2024-Sep-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100637 PMID:39208795	研究论文	本文提出了一种名为TRIBAL的算法，用于从单细胞RNA测序数据中重建B细胞克隆谱系的进化历史，包括体细胞高频突变和类别转换重组	TRIBAL算法首次同时考虑了体细胞高频突变和类别转换重组，相比现有方法能更全面、准确地重建B细胞谱系树	NA	改进B细胞谱系追踪，用于疫苗反应建模、疾病进展研究和治疗性抗体识别	B细胞克隆谱系	生物信息学	NA	scRNA-seq	TRIBAL算法	单细胞RNA测序数据	NA
47	2025-07-22	Preexisting Skin-Resident CD8 and γδ T-cell Circuits Mediate Immune Response in Merkel Cell Carcinoma and Predict Immunotherapy Efficacy 2024-Sep-04, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0798 PMID:39058036	research paper	该研究通过整合大量和单细胞RNA测序与空间转录组学数据，揭示了默克尔细胞癌（MCC）中预先存在的皮肤驻留CD8和γδ T细胞回路如何介导免疫反应并预测免疫治疗疗效	首次在MCC中识别出CD8 Trm和Vδ1 γδ T细胞作为免疫检查点阻断（ICB）反应的临床可操作生物标志物和治疗靶点	样本量虽为迄今最大但仍有限（116例患者），且需要进一步验证这些生物标志物的临床实用性	探索MCC中预测ICB疗效的生物标志物和免疫机制	默克尔细胞癌（MCC）患者肿瘤样本和免疫细胞	肿瘤免疫学	默克尔细胞癌	bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	116例患者的186份样本（包括14对ICB治疗前后匹配样本）
48	2025-07-22	Multi-omic analysis and validation reveal ZBP1 as a potential prognostic and immunotherapy-related biomarker in head and neck squamous cell carcinoma 2024-09, Journal of stomatology, oral and maxillofacial surgery DOI:10.1016/j.jormas.2024.101901 PMID:38688403	研究论文	本研究通过多组学分析验证了ZBP1作为头颈部鳞状细胞癌潜在预后和免疫治疗相关生物标志物的作用	首次全面揭示了ZBP1在HNSCC中的预后价值和免疫治疗相关性	验证队列样本量较小(66例肿瘤样本和37例对照)	探索ZBP1在头颈部鳞状细胞癌中的潜在功能	头颈部鳞状细胞癌患者	癌症基因组学	头颈部鳞状细胞癌	多组学分析、单细胞转录组分析	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA数据库数据+独立验证队列(66例肿瘤样本和37例对照)
49	2025-07-21	Inferring super-resolution tissue architecture by integrating spatial transcriptomics with histology 2024-Sep, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-02019-9 PMID:38168986	research paper	该研究提出了一种名为iStar的方法，通过整合空间转录组学数据和高分辨率组织学图像，以超分辨率预测空间基因表达	iStar基于分层图像特征提取，能够将基因表达分辨率提升至接近单细胞水平，并能在仅具备组织学图像的组织切片中预测基因表达	NA	开发一种整合空间转录组学和组织学图像的方法，以提高基因表达预测的分辨率	空间转录组学数据和高分辨率组织学图像	digital pathology	NA	空间转录组学(ST)	分层图像特征提取	图像和基因表达数据	NA
50	2025-07-21	Regulator of G-protein signaling expression in human intestinal enteroendocrine cells and potential role in satiety hormone secretion in health and obesity 2024-Sep, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105283 PMID:39142076	研究论文	本研究探讨了G蛋白信号调节因子（RGS）在人类肠道内分泌细胞中的表达及其在健康和肥胖状态下对饱腹激素分泌的潜在影响	首次揭示了RGS在人类肠道内分泌细胞中的表达谱，并发现其在肥胖状态下发生改变，提出RGS蛋白作为肠道内分泌细胞中GLP-1和PYY分泌调节因子的新角色	样本量相对有限（61例患者），且部分数据来自公开数据库	探究RGS在肠道内分泌细胞中的表达及其对饱腹激素分泌的调控作用	人类肠道L型内分泌细胞（EECs）	分子生物学	肥胖症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、RNA测序（RNAseq）	体外细胞模型（NCI-H716细胞）	基因表达数据、激素分泌数据	61例患者（42例肥胖，19例瘦削）的肠道组织样本，部分患者餐后血浆样本
51	2025-07-20	Deciphering the role of LGALS2: insights into tertiary lymphoid structure-associated dendritic cell activation and immunotherapeutic potential in breast cancer patients 2024-Sep-30, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02126-4 PMID:39350165	研究论文	本文通过整合分析乳腺癌样本的转录组数据，揭示了LGALS2在三级淋巴结构（TLSs）相关树突状细胞激活中的关键作用及其免疫治疗潜力	首次发现LGALS2作为TLSs中的关键标志物，并揭示了其在乳腺癌免疫微环境中的复杂作用及其与患者生存期的关联	研究主要基于计算分析和实验验证，但未涉及LGALS2在临床治疗中的实际应用效果	探索LGALS2在乳腺癌免疫微环境中的作用及其免疫治疗潜力	乳腺癌患者样本	癌症研究	乳腺癌	单细胞测序、空间转录组学、免疫组织化学（IHC）、体内验证分析	机器学习（ML）	转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据	超过6000个乳腺癌样本
52	2025-07-20	Permethrin exposure primes neuroinflammatory stress response to drive depression-like behavior through microglial activation in a mouse model of Gulf War Illness 2024-Sep-13, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03215-3 PMID:39272155	研究论文	本研究探讨了氯菊酯暴露如何通过小胶质细胞激活引发神经炎症应激反应，从而在模拟海湾战争疾病的小鼠模型中诱导抑郁样行为	首次揭示了氯菊酯暴露可通过小胶质细胞激活引发神经炎症应激反应，并与心理压力协同作用导致抑郁样行为	研究仅使用小鼠模型，结果需在人类中进一步验证	评估氯菊酯暴露是否会导致神经炎症应激反应并引发与海湾战争疾病相关的精神症状	海湾战争疾病小鼠模型	神经科学	海湾战争疾病	单细胞RNA测序分析	DREADD受体技术	基因表达数据	21,566个来自小鼠海马区的单细胞核
53	2025-07-20	SCIntRuler: guiding the integration of multiple single-cell RNA-seq datasets with a novel statistical metric 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae537 PMID:39226185	研究论文	介绍了一种名为SCIntRuler的新型统计指标，用于指导多个单细胞RNA测序数据集的整合	提出了SCIntRuler这一新型统计指标，帮助研究人员决定是否需要数据整合以及选择合适的整合方法	未明确提及具体局限性	解决多个单细胞RNA测序数据集整合中的挑战，提高分析稳健性	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
54	2024-08-07	Advancing sequencing-based spatial transcriptomics with a comprehensive benchmarking study 2024-Sep, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02326-2 PMID:38977827	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
55	2025-07-19	Unveiling impaired vascular function and cellular heterogeneity in diabetic donor-derived vascular organoids 2024-09-10, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxae043 PMID:39049437	research paper	该研究通过糖尿病供体来源的血管类器官（VOs）揭示了糖尿病血管功能障碍和细胞异质性	首次在糖尿病供体来源的VOs中发现血管功能受损、ROS水平升高及特定内皮细胞亚群的存在	VOs是否能完全模拟人类血管疾病及细胞组成尚不明确，可能需要额外的器官特异性分化因子诱导	探究糖尿病供体来源VOs的血管功能异常及细胞异质性	糖尿病和非糖尿病供体来源的诱导多能干细胞（iPSCs）生成的血管类器官	digital pathology	diabetes	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	糖尿病和非糖尿病供体来源的VOs样本
56	2025-07-19	Dual-specificity phosphatases 13 and 27 as key switches in muscle stem cell transition from proliferation to differentiation 2024-09-10, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxae045 PMID:38975693	研究论文	该研究揭示了双特异性磷酸酶DUSP13和DUSP27在肌肉干细胞从增殖向分化转变过程中的关键作用	首次发现MyoD直接靶向DUSP13和DUSP27，并阐明其在肌肉干细胞命运转变中的调控机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类细胞中验证	探究肌肉干细胞从增殖向分化转变的分子机制	肌肉干细胞（MuSCs）	分子生物学	肌肉疾病	单细胞RNA测序、基因敲除	MyoD敲入小鼠模型	基因表达数据	MyoD敲入小鼠的肌肉干细胞
57	2025-07-19	Integrative analysis of long isoform sequencing and functional data identifies distinct cortical layer neuronal subtypes derived from human iPSCs 2024-09-01, Journal of neurophysiology IF:2.1Q3 DOI:10.1152/jn.00045.2024 PMID:38988287	研究论文	通过整合长读长测序和功能数据，鉴定了源自人类iPSCs的不同皮质层神经元亚型	比较了两种培养基（StemFlex Medium和Essential 8 Medium）在iPSCs向神经元分化中的效率，发现E8M培养基能在更短时间内高效生成功能性神经元	研究仅比较了两种培养基，可能未涵盖所有潜在的高效分化条件	提高iPSCs向神经元分化的效率，以促进再生医学和药物发现	人类诱导多能干细胞（iPSCs）及其分化的神经元	再生医学	NA	长读长单细胞RNA测序、免疫细胞化学、全细胞膜片钳记录	NA	RNA测序数据、功能数据	未明确提及具体样本数量，但涉及iPSCs在两种培养基中的分化比较
58	2025-07-14	Identifying ADGRG1 as a specific marker for tumor-reactive T cells in acute myeloid leukemia 2024-Sep-06, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-024-00560-0 PMID:39243082	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和V(D)J测序技术，识别了ADGRG1作为急性髓系白血病(AML)中肿瘤反应性T细胞的特定标志物	首次将ADGRG1鉴定为AML中CD8+T肿瘤反应性T细胞的特定标志物，并通过小鼠模型和CAR-T系统验证其功能	研究样本仅限于RUNX1::RUNX1T1突变的AML患者，可能不适用于其他亚型	探索AML中肿瘤反应性T细胞的特征及其特异性标志物	急性髓系白血病患者的骨髓T细胞	肿瘤免疫学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序，单细胞V(D)J测序，STARTRAC-like算法	Runx1; Mx1-Cre小鼠模型	单细胞转录组数据	新诊断的RUNX1::RUNX1T1突变AML患者的骨髓T细胞
59	2025-07-12	Loss of synovial tissue macrophage homeostasis precedes rheumatoid arthritis clinical onset 2024-09-27, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj1252 PMID:39321281	研究论文	该研究深入探讨了类风湿关节炎（RA）患者、RA风险个体和健康对照者滑膜中的髓系细胞景观	发现了一种表达CD40的CD206CD163巨噬细胞群体在RA炎症滑膜中占主导地位，并揭示了其在疾病活动性和治疗反应中的作用	未明确说明样本量是否足够大以覆盖所有可能的RA亚型	探索RA发病前滑膜组织巨噬细胞的稳态变化及其在疾病发生中的作用	类风湿关节炎患者、RA风险个体和健康对照者的滑膜组织	免疫学	类风湿关节炎	流式细胞术、RNA测序、代谢分析、单细胞RNA测序	NA	细胞数据、基因表达数据	67,908个RA和健康对照的滑膜组织细胞
60	2025-07-12	Skewed epithelial cell differentiation and premature aging of the thymus in the absence of vitamin D signaling 2024-09-27, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm9582 PMID:39321290	研究论文	本文研究了维生素D信号缺失对胸腺上皮细胞分化和胸腺早衰的影响	揭示了维生素D信号在维持胸腺上皮细胞正常分化和功能以及延缓胸腺衰老中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究维生素D信号对胸腺上皮细胞分化和胸腺功能的影响	Cyp27b1基因敲除小鼠的胸腺上皮细胞	免疫学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量