单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 678 篇文献，本页显示第 521 - 540 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 521 | 2024-09-13 |
scDiffusion: conditional generation of high-quality single-cell data using diffusion model
2024-09-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae518
PMID:39171840
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scDiffusion的生成模型，结合扩散模型和基础模型，用于生成高质量的单细胞RNA测序数据，并能在控制条件下生成数据 | scDiffusion通过设计多个分类器同时指导扩散过程，并提出了一种新的控制策略——梯度插值，使得模型能够生成连续的细胞发育轨迹 | NA | 开发一种能够生成高质量单细胞RNA测序数据的生成模型，并能在控制条件下生成数据 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 扩散模型 | 生成模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 522 | 2024-09-13 |
Targeting transposable elements in cancer: developments and opportunities
2024-Sep, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2024.189143
PMID:38936517
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综述 | 本文综述了转座子在癌症中的作用及其在癌症治疗中的潜在应用 | 本文探讨了转座子在癌症中的多方面作用，并提出了基于转座子的诊断和治疗新方法 | NA | 探讨转座子在癌症中的作用及其在癌症治疗中的潜在应用 | 转座子及其在癌症中的作用 | NA | 癌症 | 长读长测序、计算分析、单细胞测序、蛋白质组学、CRISPR-Cas9技术 | NA | 基因组数据 | NA |
| 523 | 2024-09-13 |
Cathepsin D is essential for the degradomic shift of macrophages required to resolve liver fibrosis
2024-Sep, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2024.101989
PMID:39019115
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研究论文 | 研究探讨了溶酶体蛋白酶Cathepsin D在巨噬细胞介导的肝纤维化逆转中的关键作用 | 首次描述了Cathepsin D驱动的溶酶体活性在纤维化逆转过程中巨噬细胞修复功能中的核心作用 | NA | 探讨Cathepsin D在肝纤维化逆转中的作用机制 | 巨噬细胞和肝细胞中的Cathepsin D表达及其在肝纤维化中的功能 | NA | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人类肝硬化样本和myeloid-CtsD及hepatocyte-CtsD敲除小鼠 |
| 524 | 2024-09-13 |
An Efficient Fluorescence-Activated Protoplast Sorting (FAPS) and Regeneration Protocol for Canola (Brassica napus)
2024-Sep, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.70008
PMID:39264225
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研究论文 | 本文介绍了一种高效的荧光激活原生质体分选（FAPS）和再生协议，用于油菜（Brassica napus）的研究 | 本文首次报道了将FAPS方法应用于油菜原生质体的分选和再生，为功能基因组学和基因编辑应用提供了新的工具 | NA | 开发一种高效的原生质体分选和再生协议，以支持植物科学中的基础和应用研究 | 油菜（Brassica napus）的原生质体 | 植物科学 | NA | 荧光激活原生质体分选（FAPS） | NA | NA | NA |
| 525 | 2024-09-11 |
Human RP105 monoclonal antibody enhances antigen-specific antibody production in unique culture conditions
2024-Sep-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110649
PMID:39246445
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研究论文 | 研究了在特定培养条件下，人RP105单克隆抗体增强抗原特异性抗体产生的能力 | 建立了新的培养条件，使得人B细胞在ɑhRP105的作用下被强烈激活，并成功检测到针对血型碳水化合物、ɑGal和SARS-CoV-2的特异性抗体产生 | 研究主要集中在体外培养条件下，尚未在临床环境中验证其效果 | 探讨人RP105单克隆抗体在特定条件下激活B细胞并促进抗体产生的能力 | 人B细胞、RP105单克隆抗体、CpGDNA | NA | 移植排斥、自身免疫疾病 | 液相色谱-电喷雾电离串联质谱、单细胞RNA测序、定量实时PCR | NA | RNA | NA |
| 526 | 2024-09-11 |
Microbiota-induced S100A11-RAGE axis underlies immune evasion in right-sided colon adenomas and is a therapeutic target to boost anti-PD1 efficacy
2024-Sep-09, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332193
PMID:39251326
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研究论文 | 研究了右半结肠腺瘤中微生物群诱导的S100A11-RAGE轴在免疫逃避中的作用，并探讨了其作为增强抗PD1疗效的治疗靶点 | 发现了右半结肠腺瘤中微生物群诱导的S100A11-RAGE轴，并验证了其作为治疗靶点可以增强抗PD1疗效 | NA | 研究右半结肠腺瘤与左半结肠腺瘤在早期结肠肿瘤发生中的差异 | 右半结肠腺瘤和左半结肠腺瘤 | NA | 结肠癌 | 单细胞和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 细胞、动物实验和临床样本 |
| 527 | 2024-09-11 |
The Transcription Factor TCF21 is necessary for adoption of cell fates by Foxd1+ stromal progenitors during kidney development
2024-Sep-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.14.607910
PMID:39211232
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研究论文 | 研究探讨了转录因子TCF21在肾脏发育中对Foxd1+基质祖细胞命运决定的作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了TCF21在Foxd1+细胞分化为肾脏基质、囊、系膜细胞、肾素细胞、周细胞和血管平滑肌细胞中的关键作用 | 研究主要集中在E14.5胚胎肾脏，未涵盖其他发育阶段 | 探究TCF21在Foxd1+基质祖细胞分化为多种肾脏细胞类型中的作用 | Foxd1+基质祖细胞及其在肾脏发育中的分化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | E14.5胚胎肾脏中的GFP+细胞 |
| 528 | 2024-09-11 |
Unraveling the spatial organization and development of human thymocytes through integration of spatial transcriptomics and single-cell multi-omics profiling
2024-Sep-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51767-y
PMID:39237503
|
研究论文 | 本文开发了TSO-his工具，通过整合单细胞和空间转录组学数据，解析人类胸腺的复杂结构 | 首次通过整合单细胞和空间转录组学数据，揭示了胸腺的空间组织和发育过程，并识别了新的共定位关系 | NA | 揭示胸腺的空间组织和T细胞发育过程 | 人类胸腺细胞 | 单细胞组学 | NA | 空间转录组学，单细胞多组学分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 529 | 2024-09-11 |
A new paradigm for generating high-quality cardiac pacemaker cells from mouse pluripotent stem cells
2024-Sep-06, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-024-01942-w
PMID:39237509
|
研究论文 | 本文开发了一种新的心脏起搏细胞分化策略，通过采用双起搏细胞标记物并模拟起搏细胞的发育路径，从多能干细胞中生成高质量的心脏起搏细胞 | 设计了FSK方法，显著提高了具有典型起搏细胞特征的SHOX2; HCN4细胞的产量，并验证了ZFP503作为心脏起搏细胞分化的关键调控因子 | NA | 开发一种新的方法从多能干细胞中生成高质量的心脏起搏细胞，以推动心脏生物起搏技术的发展 | 心脏起搏细胞 | 生物医学工程 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 530 | 2024-09-11 |
DeepKINET: a deep generative model for estimating single-cell RNA splicing and degradation rates
2024-Sep-06, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03367-8
PMID:39237934
|
研究论文 | 提出了一种名为DeepKINET的深度生成模型，用于估计单细胞RNA剪接和降解速率 | DeepKINET能够在单细胞分辨率下估计剪接和降解速率，并优于现有的方法 | NA | 研究RNA剪接和降解速率在单细胞水平上的变化及其对基因表达调控的影响 | 单细胞RNA剪接和降解速率 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 深度生成模型 | RNA-seq数据 | 包括前脑和乳腺癌数据，以及红系细胞中的剪接因子突变数据 |
| 531 | 2024-09-11 |
ST-GEARS: Advancing 3D downstream research through accurate spatial information recovery
2024-Sep-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51935-0
PMID:39242563
|
研究论文 | 本文提出了一种名为ST-GEARS的空间转录组学地理空间剖面恢复系统，通过分布式约束优化方案，精确恢复空间信息，以解决现有方法在空间信息和实验诱导失真方面的不足 | ST-GEARS通过创新的分布式约束优化方案，精确恢复空间信息，解决了现有方法在空间信息和实验诱导失真方面的不足 | NA | 解决现有空间转录组学方法在空间信息和实验诱导失真方面的不足，提高下游分析的可靠性 | 空间转录组学的空间信息恢复和实验诱导失真的校正 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 532 | 2024-09-11 |
Identifying ADGRG1 as a specific marker for tumor-reactive T cells in acute myeloid leukemia
2024-Sep-06, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-024-00560-0
PMID:39243082
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和单细胞V(D)J测序，鉴定了急性髓系白血病（AML）中肿瘤反应性T细胞的特征，并发现ADGRG1作为其特异性标记 | 首次鉴定了ADGRG1作为AML中肿瘤反应性T细胞的特异性标记，并验证了其在CAR-T和靶细胞系统中的作用 | 研究样本仅限于新诊断的AML患者，且样本量较小 | 评估AML中肿瘤反应性T细胞的特征及其特异性标记 | AML患者的骨髓T细胞 | 数字病理学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序、单细胞V(D)J测序 | NA | RNA | 新诊断的AML患者骨髓T细胞 |
| 533 | 2024-09-11 |
Single-cell RNA sequencing explored potential therapeutic targets by revealing the tumor microenvironment of neuroblastoma and its expression in cell death
2024-Sep-05, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01286-5
PMID:39235657
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示神经母细胞瘤的肿瘤微环境及其在细胞死亡中的表达，探索潜在的治疗靶点 | 首次通过单细胞RNA测序技术全面研究神经母细胞瘤，并分析了新的细胞死亡途径cuproptosis，以寻找新的临床治疗靶点 | NA | 通过单细胞RNA测序和cuproptosis分析，揭示神经母细胞瘤的肿瘤微环境，寻找新的治疗靶点 | 神经母细胞瘤及其肿瘤微环境中的神经内分泌细胞 | 数字病理学 | 儿童肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自神经母细胞瘤患者的细胞样本 |
| 534 | 2024-09-11 |
A Bayesian framework for inferring dynamic intercellular interactions from time-series single-cell data
2024-Sep-05, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279126.124
PMID:39237300
|
研究论文 | 本文介绍了一种贝叶斯框架DIISCO，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中推断动态细胞间相互作用 | DIISCO框架利用结构化高斯过程回归来揭示不同细胞类型之间的时序相互作用，并结合受体-配体复合物的先验知识 | NA | 研究细胞间通信及其随时间的变化，以理解正常发育、疾病进展和治疗反应等生物过程的协调 | 细胞间相互作用及其时间动态 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯框架 | 时间序列数据 | 包括来自T细胞与淋巴瘤细胞共培养的新数据 |
| 535 | 2024-09-11 |
Spatial transcriptomics defines injury specific microenvironments and cellular interactions in kidney regeneration and disease
2024-Sep-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51186-z
PMID:39237549
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研究论文 | 本文应用单细胞空间转录组学技术研究小鼠肾脏缺血再灌注损伤，揭示了损伤特异性和空间依赖性的基因表达模式 | 首次应用单细胞空间转录组学技术解析肾脏再生和疾病中的细胞微环境和分子相互作用 | 研究仅限于小鼠模型，结果的临床转化需进一步验证 | 揭示肾脏损伤和再生过程中的分子途径和细胞相互作用 | 小鼠肾脏缺血再灌注损伤 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肾脏样本 |
| 536 | 2024-09-11 |
Inference of single-cell network using mutual information for scRNA-seq data analysis
2024-Sep-05, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05895-3
PMID:39237886
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研究论文 | 本文介绍了一种基于互信息的单细胞网络构建方法SINUM，用于分析scRNA-seq数据 | SINUM通过估计基因间的互信息来确定基因在特定细胞中的依赖性或独立性，相比现有方法在细胞类型识别上表现更优 | NA | 构建单细胞网络以揭示生物系统的动态变化和细胞间的异质性 | scRNA-seq数据中的基因表达网络 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 互信息 | 基因表达数据 | 涉及不同细胞数量的多个scRNA-seq数据集 |
| 537 | 2024-09-11 |
Enhanced osteogenic differentiation in 3D hydrogel scaffold via macrophage mitochondrial transfer
2024-Sep-05, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-024-02757-1
PMID:39237942
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研究论文 | 评估一种新型3D生物仿生水凝胶支架在促进骨折愈合中的效果 | 通过巨噬细胞线粒体转移增强3D水凝胶支架的成骨分化能力 | NA | 评估新型3D生物仿生水凝胶支架在促进骨折愈合中的效果 | 3D生物仿生水凝胶支架、巨噬细胞、骨髓间充质干细胞、骨折愈合 | 生物医学工程 | 骨折 | 单细胞转录组测序 | NA | 细胞 | 体外实验使用骨髓间充质干细胞，体内实验使用骨折小鼠模型 |
| 538 | 2024-09-11 |
Loss of Annexin A1 in macrophages restrains efferocytosis and remodels immune microenvironment in pancreatic cancer by activating the cGAS/STING pathway
2024-Sep-04, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009318
PMID:39237260
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研究论文 | 研究了 Annexin A1 在胰腺癌中的作用，发现其在巨噬细胞中的缺失通过激活 cGAS/STING 通路抑制了吞噬作用并重塑了免疫微环境 | 揭示了巨噬细胞中 Annexin A1 在胰腺癌中的新作用，通过调节肿瘤相关巨噬细胞的吞噬作用促进抗肿瘤免疫反应 | NA | 研究 Annexin A1 在胰腺癌中的作用及其对免疫微环境的影响 | 胰腺癌患者样本和 myeloid-specific ANXA1-knockout 小鼠 | NA | 胰腺癌 | 免疫组织化学、免疫荧光、单细胞 RNA 测序、流式细胞术 | NA | 组织样本、细胞 | 151 例胰腺癌患者样本和 myeloid-specific ANXA1-knockout 小鼠 |
| 539 | 2024-09-11 |
STAN, a computational framework for inferring spatially informed transcription factor activity
2024-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.26.600782
PMID:38979296
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STAN的计算框架，用于推断空间信息转录因子活性 | STAN通过整合转录因子-靶基因先验知识、mRNA表达、空间坐标和相应的成像数据中的形态特征，预测特定空间位置的转录因子活性 | NA | 开发一种计算方法，系统地估计控制细胞身份的转录因子活性 | 转录因子活性及其在不同细胞类型、空间域、病理区域和配体-受体对中的关联 | 计算生物学 | NA | 空间转录组学 | 线性混合效应模型 | mRNA表达数据、空间坐标数据、成像数据 | 淋巴结、乳腺癌和胶质母细胞瘤的空间转录组数据 |
| 540 | 2024-09-11 |
Single-cell DNA methylation analysis tool Amethyst reveals distinct noncanonical methylation patterns in human glial cells
2024-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.13.607670
PMID:39211069
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Amethyst的R包，用于大规模单细胞甲基化测序数据分析，并展示了其在人脑数据中的应用 | Amethyst工具能够处理单细胞甲基化数据的批量整合、双峰检测、降维、聚类、细胞类型注释、差异甲基化区域调用和结果解释，揭示了人脑胶质细胞中非经典的甲基化模式 | NA | 开发和验证一种用于单细胞甲基化数据分析的综合工具 | 人外周血单核细胞和人脑皮质数据，以及大规模脑数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞甲基化测序 | NA | 甲基化数据 | 涉及人外周血单核细胞、人脑皮质数据和大规模脑数据 |