单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2024-09-13	Dual-specificity phosphatases 13 and 27 as key switches in muscle stem cell transition from proliferation to differentiation 2024-Sep-10, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxae045 PMID:38975693	研究论文	研究揭示了双特异性磷酸酶13和27在肌肉干细胞从增殖到分化转变中的关键作用	首次揭示了MyoD直接靶向双特异性磷酸酶13和27，并阐明了它们在肌肉干细胞命运转变中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨MyoD在肌肉干细胞命运转变中的直接靶点及其作用机制	肌肉干细胞及其在肌肉再生中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	MyoD敲入小鼠和Dusp13:Dusp27双敲除小鼠
502	2024-09-13	Increased autoreactivity and maturity of EBI2+ antibody-secreting cells from nasal polyps 2024-Sep-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.177729 PMID:39253973	研究论文	研究了鼻息肉中表达EBI2的B细胞是否具有更高的自身抗体产生倾向，并评估了鼻息肉中抗体分泌细胞的分子特征	首次揭示了鼻息肉中EBI2+抗体分泌细胞具有更高的自身抗体产生倾向，并展示了其分子特征	研究仅限于鼻息肉和扁桃体组织，未涉及其他组织或疾病状态	探讨鼻息肉中EBI2+ B细胞的自身抗体产生倾向及其分子特征	鼻息肉和扁桃体组织中的EBI2+抗体分泌细胞	免疫学	鼻息肉	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	鼻息肉和扁桃体组织的样本
503	2024-09-13	A pheromone receptor in cichlid fish mediates attraction to females but inhibits male parental care 2024-Sep-09, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2024.07.029 PMID:39094572	研究论文	研究揭示了慈鲷鱼中一种信息素受体Or113a在吸引雌性和抑制雄性亲代抚育行为中的作用	发现了一种信息素受体Or113a在慈鲷鱼中的新功能，即促进雄性吸引和交配行为，同时抑制雄性的亲代抚育行为	研究主要集中在慈鲷鱼模型中，结果的普适性需要进一步验证	探讨不同物种间交配和亲代抚育行为的控制机制	慈鲷鱼中的信息素受体Or113a及其在生殖行为中的作用	NA	NA	单细胞转录组学和CRISPR基因编辑	NA	基因表达数据	NA
504	2024-09-13	Spatiotemporal transcriptomic landscape of rice embryonic cells during seed germination 2024-Sep-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.05.016 PMID:38848718	研究论文	研究通过空间增强分辨率组学测序和单细胞RNA测序，揭示了水稻胚胎细胞在种子萌发过程中的时空转录组图谱	首次报道了两种未知的盾片细胞类型，并开发了一种基于深度学习的自动细胞分割模型	NA	研究水稻胚胎细胞在种子萌发过程中的复杂生物功能	水稻胚胎细胞在种子萌发过程中的时空转录组	基因组学	NA	空间增强分辨率组学测序（Stereo-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习	转录组	6, 24, 36, 和 48小时后的水稻胚胎细胞
505	2024-09-13	Single-cell RNA sequencing reveals the change in cytotoxic NK/T cells, epithelial cells and myeloid cells of the tumor microenvironment of high-grade serous ovarian carcinoma 2024-Sep-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01290-9 PMID:39249551	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中NK/T细胞、上皮细胞和髓系细胞的变化	揭示了高级别浆液性卵巢癌从早期到晚期阶段上皮细胞的异质性和富集通路的变化，以及细胞间通讯的增强	NA	研究高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境的变化	NK/T细胞、上皮细胞和髓系细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	45,448个单细胞
506	2024-09-13	MerlinS13 phosphorylation regulates meningioma Wnt signaling and magnetic resonance imaging features 2024-Sep-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52284-8 PMID:39251601	研究论文	研究了MerlinS13磷酸化对脑膜瘤Wnt信号传导和磁共振成像特征的调控作用	首次揭示了MerlinS13去磷酸化通过减弱与β-catenin的抑制性相互作用并激活Wnt通路来驱动脑膜瘤的生长	研究主要基于异种移植模型和患者样本，可能存在样本量和模型适用性的限制	探讨Merlin-intact脑膜瘤生长的生化机制，并寻找可用于指导治疗降级或影像监测的非侵入性生物标志物	脑膜瘤及其相关信号通路和磁共振成像特征	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序、邻近标记蛋白质组质谱分析、磁共振成像	NA	图像	涉及脑膜瘤异种移植模型和患者样本
507	2024-09-13	From bioinformatics to clinical applications: a novel prognostic model of cuproptosis-related genes based on single-cell RNA sequencing data in hepatocellular carcinoma 2024-Sep-09, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-024-00649-5 PMID:39251909	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据构建了一个基于铜死亡相关基因的肝细胞癌预后模型	开发了一种新的预后模型，利用六个生存相关基因来评估和管理肝细胞癌	NA	确定铜死亡相关基因与肝细胞癌预后之间的关系	肝细胞癌患者和正常对照组的铜死亡相关基因	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	LASSO	RNA测序数据	NA
508	2024-09-13	Revealing the crosstalk between LOX+ fibroblast and M2 macrophage in gastric cancer by single-cell sequencing 2024-Sep-09, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12861-y PMID:39251966	研究论文	本研究通过单细胞测序揭示了胃癌中LOX+成纤维细胞与M2巨噬细胞之间的相互作用	首次构建了胃癌患者的单细胞转录组图谱，并揭示了LOX+成纤维细胞与M2巨噬细胞在肿瘤微环境中的紧密定位和相互作用	研究仅限于胃癌样本，未来需在更多癌症类型中验证这些发现	揭示胃癌肿瘤微环境中成纤维细胞与巨噬细胞之间的相互作用，寻找潜在的治疗靶点	胃癌患者的肿瘤微环境中的LOX+成纤维细胞和M2巨噬细胞	数字病理学	胃癌	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	150,913个细胞
509	2024-09-13	Dimension reduction, cell clustering, and cell-cell communication inference for single-cell transcriptomics with DcjComm 2024-Sep-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03385-6 PMID:39252099	研究论文	提出了一种名为DcjComm的方法，用于单细胞转录组学的综合分析，包括降维、细胞聚类和细胞间通信推断	DcjComm通过非负矩阵分解联合学习模型进行降维和聚类，并整合配体-受体对、转录因子和靶基因来推断细胞间通信，性能优于现有方法	NA	改进单细胞转录组学分析中的降维、细胞聚类和细胞间通信推断方法	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	非负矩阵分解	联合学习模型	转录组数据	NA
510	2024-09-13	Cancer cell states: Lessons from ten years of single-cell RNA-sequencing of human tumors 2024-Sep-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.08.005 PMID:39214095	研究论文	本文回顾了过去十年单细胞RNA测序（scRNA-seq）在人类肿瘤研究中的应用，并强调了从这些研究中获得的一些重要见解	本文总结了scRNA-seq在定义癌症细胞状态和肿瘤内异质性方面的创新方法和发现	本文讨论了在定义和命名肿瘤内异质性程序时存在的模糊性	回顾和总结scRNA-seq在人类肿瘤研究中的应用，并展望未来在临床中的应用	人类肿瘤中的癌症细胞状态和肿瘤内异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
511	2024-09-13	SpatialOne: end-to-end analysis of visium data at scale 2024-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae509 PMID:39152991	研究论文	本文介绍了一个名为SpatialOne的端到端分析管道，用于简化10x Visium数据的分析	SpatialOne整合了多种先进的计算方法，简化了空间转录组数据的分析流程	NA	简化空间转录组数据的分析	10x Visium数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
512	2024-09-13	Identifying cancer cells from calling single-nucleotide variants in scRNA-seq data 2024-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae512 PMID:39163479	研究论文	开发了一种名为CCLONE的工具，用于从scRNA-seq数据中识别癌症细胞并匹配其表达谱	提出了CCLONE工具，能够处理scRNA-seq数据中SNV的不确定性和稀疏性，并联合识别癌症克隆群体及其相关变异	仅在急性髓系白血病和肺腺癌数据集上进行了验证，尚未在其他癌症类型中测试	解决从scRNA-seq数据中识别癌症细胞的挑战	scRNA-seq数据中的单核苷酸变异（SNV）	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及两个急性髓系白血病数据集和一个肺腺癌数据集
513	2024-09-13	scDiffusion: conditional generation of high-quality single-cell data using diffusion model 2024-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae518 PMID:39171840	研究论文	本文介绍了一种名为scDiffusion的生成模型，结合扩散模型和基础模型，用于生成高质量的单细胞RNA测序数据，并能在控制条件下生成数据	scDiffusion通过设计多个分类器同时指导扩散过程，并提出了一种新的控制策略——梯度插值，使得模型能够生成连续的细胞发育轨迹	NA	开发一种能够生成高质量单细胞RNA测序数据的生成模型，并能在控制条件下生成数据	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	扩散模型	生成模型	单细胞RNA测序数据	NA
514	2024-09-13	Targeting transposable elements in cancer: developments and opportunities 2024-Sep, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2024.189143 PMID:38936517	综述	本文综述了转座子在癌症中的作用及其在癌症治疗中的潜在应用	本文探讨了转座子在癌症中的多方面作用，并提出了基于转座子的诊断和治疗新方法	NA	探讨转座子在癌症中的作用及其在癌症治疗中的潜在应用	转座子及其在癌症中的作用	NA	癌症	长读长测序、计算分析、单细胞测序、蛋白质组学、CRISPR-Cas9技术	NA	基因组数据	NA
515	2024-09-13	Cathepsin D is essential for the degradomic shift of macrophages required to resolve liver fibrosis 2024-Sep, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.101989 PMID:39019115	研究论文	研究探讨了溶酶体蛋白酶Cathepsin D在巨噬细胞介导的肝纤维化逆转中的关键作用	首次描述了Cathepsin D驱动的溶酶体活性在纤维化逆转过程中巨噬细胞修复功能中的核心作用	NA	探讨Cathepsin D在肝纤维化逆转中的作用机制	巨噬细胞和肝细胞中的Cathepsin D表达及其在肝纤维化中的功能	NA	肝纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类肝硬化样本和myeloid-CtsD及hepatocyte-CtsD敲除小鼠
516	2024-09-13	An Efficient Fluorescence-Activated Protoplast Sorting (FAPS) and Regeneration Protocol for Canola (Brassica napus) 2024-Sep, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.70008 PMID:39264225	研究论文	本文介绍了一种高效的荧光激活原生质体分选（FAPS）和再生协议，用于油菜（Brassica napus）的研究	本文首次报道了将FAPS方法应用于油菜原生质体的分选和再生，为功能基因组学和基因编辑应用提供了新的工具	NA	开发一种高效的原生质体分选和再生协议，以支持植物科学中的基础和应用研究	油菜（Brassica napus）的原生质体	植物科学	NA	荧光激活原生质体分选（FAPS）	NA	NA	NA
517	2024-09-11	Human RP105 monoclonal antibody enhances antigen-specific antibody production in unique culture conditions 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110649 PMID:39246445	研究论文	研究了在特定培养条件下，人RP105单克隆抗体增强抗原特异性抗体产生的能力	建立了新的培养条件，使得人B细胞在ɑhRP105的作用下被强烈激活，并成功检测到针对血型碳水化合物、ɑGal和SARS-CoV-2的特异性抗体产生	研究主要集中在体外培养条件下，尚未在临床环境中验证其效果	探讨人RP105单克隆抗体在特定条件下激活B细胞并促进抗体产生的能力	人B细胞、RP105单克隆抗体、CpGDNA	NA	移植排斥、自身免疫疾病	液相色谱-电喷雾电离串联质谱、单细胞RNA测序、定量实时PCR	NA	RNA	NA
518	2024-09-11	Unraveling the spatial organization and development of human thymocytes through integration of spatial transcriptomics and single-cell multi-omics profiling 2024-Sep-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51767-y PMID:39237503	研究论文	本文开发了TSO-his工具，通过整合单细胞和空间转录组学数据，解析人类胸腺的复杂结构	首次通过整合单细胞和空间转录组学数据，揭示了胸腺的空间组织和发育过程，并识别了新的共定位关系	NA	揭示胸腺的空间组织和T细胞发育过程	人类胸腺细胞	单细胞组学	NA	空间转录组学，单细胞多组学分析	NA	转录组数据	NA
519	2024-09-11	A new paradigm for generating high-quality cardiac pacemaker cells from mouse pluripotent stem cells 2024-Sep-06, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01942-w PMID:39237509	研究论文	本文开发了一种新的心脏起搏细胞分化策略，通过采用双起搏细胞标记物并模拟起搏细胞的发育路径，从多能干细胞中生成高质量的心脏起搏细胞	设计了FSK方法，显著提高了具有典型起搏细胞特征的SHOX2; HCN4细胞的产量，并验证了ZFP503作为心脏起搏细胞分化的关键调控因子	NA	开发一种新的方法从多能干细胞中生成高质量的心脏起搏细胞，以推动心脏生物起搏技术的发展	心脏起搏细胞	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
520	2024-09-11	DeepKINET: a deep generative model for estimating single-cell RNA splicing and degradation rates 2024-Sep-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03367-8 PMID:39237934	研究论文	提出了一种名为DeepKINET的深度生成模型，用于估计单细胞RNA剪接和降解速率	DeepKINET能够在单细胞分辨率下估计剪接和降解速率，并优于现有的方法	NA	研究RNA剪接和降解速率在单细胞水平上的变化及其对基因表达调控的影响	单细胞RNA剪接和降解速率	机器学习	NA	scRNA-seq	深度生成模型	RNA-seq数据	包括前脑和乳腺癌数据，以及红系细胞中的剪接因子突变数据