单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2024-09-14	Predicting spatially resolved gene expression via tissue morphology using adaptive spatial GNNs 2024-09-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae383 PMID:39230702	研究论文	本文提出了一种基于图神经网络的框架，用于从组织病理图像中预测高表达基因的空间表达	本文的创新点在于使用自适应空间图神经网络（GNNs）从组织形态学线索中预测空间基因表达，提供了一种可扩展的方法来解码组织复杂性	NA	本文的研究目的是通过组织形态学信息预测空间基因表达，以降低空间转录组技术的成本	本文的研究对象是乳腺癌数据集中的组织病理图像和基因表达数据	数字病理学	乳腺癌	图神经网络（GNNs）	图神经网络（GNNs）	图像	两个独立的乳腺癌数据集
502	2024-09-14	A physics-informed neural SDE network for learning cellular dynamics from time-series scRNA-seq data 2024-09-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae400 PMID:39230705	研究论文	本文提出了一种基于物理信息的神经随机微分方程（PI-SDE）框架，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中学习细胞动力学	结合了Hamilton-Jacobi方程和神经随机微分方程，通过强制执行HJ方程来重建细胞势能函数，提高了预测精度和可解释性	NA	通过重建细胞势能景观来学习细胞动力学	时间序列单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	神经随机微分方程	时间序列数据	两个真实单细胞RNA测序数据集
503	2024-09-14	Graspot: a graph attention network for spatial transcriptomics data integration with optimal transport 2024-09-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae394 PMID:39230711	研究论文	本文介绍了一种名为Graspot的图注意力网络，用于空间转录组学数据集成与最优传输	Graspot结合基因表达和空间信息，能够有效去除批次效应并保留生物结构变异，实现了多空间转录组数据集的部分对齐	NA	解决空间转录组学数据集成中的批次效应问题，并保留生物结构变异	空间转录组学数据	机器学习	NA	最优传输	图注意力网络	空间转录组学数据	四个真实的空间转录组学数据集
504	2024-09-13	Single-cell transcriptomics reveals subset-specific metabolic profiles underpinning the bronchial epithelial response to flagellin 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110662 PMID:39252969	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了鞭毛蛋白对人类支气管上皮细胞的细胞特异性影响	首次揭示了鞭毛蛋白暴露下人类支气管上皮细胞的功能异质性，并发现了炎症性分泌细胞和炎症性基底细胞在代谢重编程上的差异	研究仅限于体外培养的支气管上皮细胞，未涉及体内环境的影响	探究鞭毛蛋白对人类支气管上皮细胞的细胞特异性影响及其代谢重编程机制	人类支气管上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	7个细胞簇，包括纤毛细胞、离子细胞和多种状态的基底细胞和分泌细胞
505	2024-09-13	Multi-omics and Single Cell Sequencing Analyses Reveal Associations of Mitophagy-Related Genes Predicting Clinical Prognosis and Immune Infiltration Characteristics in Osteosarcoma 2024-Sep-12, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-024-01280-w PMID:39264525	研究论文	研究通过多组学和单细胞测序分析，揭示了线粒体自噬相关基因在骨肉瘤中的临床预后和免疫浸润特征的关联	首次报道了线粒体自噬在骨肉瘤中的作用，并开发了一种新的评分系统MPRG评分，用于预测骨肉瘤的预后	研究样本量较小，且未在其他癌症类型中验证MPRG评分的有效性	探讨线粒体自噬相关基因在骨肉瘤中的作用及其作为治疗靶点的潜力	骨肉瘤患者的线粒体自噬相关基因及其与临床预后和免疫浸润的关系	数字病理学	骨肉瘤	单细胞测序	LASSO-多变量Cox回归算法	基因数据	58个线粒体自噬相关基因
506	2024-09-13	Single-cell transcriptomics reveals heterogeneity in plant responses to the environment: a focus on biotic and abiotic interactions 2024-Sep-11, Journal of experimental botany IF:5.6Q1 DOI:10.1093/jxb/erae107 PMID:38466621	综述	本文综述了单细胞转录组学在植物对生物和非生物环境因素响应中的应用	单细胞转录组学提供了前所未有的细胞响应环境变化的视角	单细胞研究在植物-环境相互作用中面临技术挑战	探讨单细胞转录组学在理解植物对生物和非生物环境因素响应中的贡献	植物细胞对生物和非生物环境因素的响应	基因组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
507	2024-09-13	Unveiling impaired vascular function and cellular heterogeneity in diabetic donor-derived vascular organoids 2024-Sep-10, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxae043 PMID:39049437	研究论文	研究揭示了从糖尿病供体诱导的多能干细胞衍生的血管类器官中受损的血管功能和细胞异质性	首次展示了糖尿病供体衍生的血管类器官与非糖尿病类器官在血管功能和细胞组成上的差异，并揭示了糖尿病相关血管类器官中特定细胞亚群的异常血管生成特征	研究主要集中在糖尿病供体衍生的血管类器官，未涉及其他疾病模型或更广泛的细胞类型	探讨糖尿病供体衍生的血管类器官在血管功能和细胞异质性方面的表现	糖尿病供体衍生的血管类器官与非糖尿病类器官	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	糖尿病和非糖尿病供体衍生的血管类器官
508	2024-09-13	Endothelial-adipocyte Cx43 Mediated Gap Junctions Can Regulate Adiposity 2024-Sep-10, Function (Oxford, England) DOI:10.1093/function/zqae029 PMID:38984993	研究论文	研究探讨了内皮细胞与脂肪细胞通过Cx43介导的缝隙连接在肥胖中的调节作用	首次揭示了Cx43在调节脂肪组织功能中的作用，并提出了Cx43介导的异细胞通讯可能是调节脂肪组织功能的一种机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨内皮细胞与脂肪细胞相互作用及其对代谢功能的影响	内皮细胞与脂肪细胞的相互作用及其在肥胖中的调节机制	心血管疾病	肥胖	单细胞RNA测序 (scRNAseq) 和透射电子显微镜 (TEM)	NA	RNA	高脂饮食 (HFD) 小鼠和Cx43S368A小鼠
509	2024-09-13	Dual-specificity phosphatases 13 and 27 as key switches in muscle stem cell transition from proliferation to differentiation 2024-Sep-10, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxae045 PMID:38975693	研究论文	研究揭示了双特异性磷酸酶13和27在肌肉干细胞从增殖到分化转变中的关键作用	首次揭示了MyoD直接靶向双特异性磷酸酶13和27，并阐明了它们在肌肉干细胞命运转变中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨MyoD在肌肉干细胞命运转变中的直接靶点及其作用机制	肌肉干细胞及其在肌肉再生中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	MyoD敲入小鼠和Dusp13:Dusp27双敲除小鼠
510	2024-09-13	Increased autoreactivity and maturity of EBI2+ antibody-secreting cells from nasal polyps 2024-Sep-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.177729 PMID:39253973	研究论文	研究了鼻息肉中表达EBI2的B细胞是否具有更高的自身抗体产生倾向，并评估了鼻息肉中抗体分泌细胞的分子特征	首次揭示了鼻息肉中EBI2+抗体分泌细胞具有更高的自身抗体产生倾向，并展示了其分子特征	研究仅限于鼻息肉和扁桃体组织，未涉及其他组织或疾病状态	探讨鼻息肉中EBI2+ B细胞的自身抗体产生倾向及其分子特征	鼻息肉和扁桃体组织中的EBI2+抗体分泌细胞	免疫学	鼻息肉	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	鼻息肉和扁桃体组织的样本
511	2024-09-13	A pheromone receptor in cichlid fish mediates attraction to females but inhibits male parental care 2024-Sep-09, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2024.07.029 PMID:39094572	研究论文	研究揭示了慈鲷鱼中一种信息素受体Or113a在吸引雌性和抑制雄性亲代抚育行为中的作用	发现了一种信息素受体Or113a在慈鲷鱼中的新功能，即促进雄性吸引和交配行为，同时抑制雄性的亲代抚育行为	研究主要集中在慈鲷鱼模型中，结果的普适性需要进一步验证	探讨不同物种间交配和亲代抚育行为的控制机制	慈鲷鱼中的信息素受体Or113a及其在生殖行为中的作用	NA	NA	单细胞转录组学和CRISPR基因编辑	NA	基因表达数据	NA
512	2024-09-13	Spatiotemporal transcriptomic landscape of rice embryonic cells during seed germination 2024-Sep-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.05.016 PMID:38848718	研究论文	研究通过空间增强分辨率组学测序和单细胞RNA测序，揭示了水稻胚胎细胞在种子萌发过程中的时空转录组图谱	首次报道了两种未知的盾片细胞类型，并开发了一种基于深度学习的自动细胞分割模型	NA	研究水稻胚胎细胞在种子萌发过程中的复杂生物功能	水稻胚胎细胞在种子萌发过程中的时空转录组	基因组学	NA	空间增强分辨率组学测序（Stereo-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习	转录组	6, 24, 36, 和 48小时后的水稻胚胎细胞
513	2024-09-13	Single-cell RNA sequencing reveals the change in cytotoxic NK/T cells, epithelial cells and myeloid cells of the tumor microenvironment of high-grade serous ovarian carcinoma 2024-Sep-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01290-9 PMID:39249551	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中NK/T细胞、上皮细胞和髓系细胞的变化	揭示了高级别浆液性卵巢癌从早期到晚期阶段上皮细胞的异质性和富集通路的变化，以及细胞间通讯的增强	NA	研究高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境的变化	NK/T细胞、上皮细胞和髓系细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	45,448个单细胞
514	2024-09-13	MerlinS13 phosphorylation regulates meningioma Wnt signaling and magnetic resonance imaging features 2024-Sep-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52284-8 PMID:39251601	研究论文	研究了MerlinS13磷酸化对脑膜瘤Wnt信号传导和磁共振成像特征的调控作用	首次揭示了MerlinS13去磷酸化通过减弱与β-catenin的抑制性相互作用并激活Wnt通路来驱动脑膜瘤的生长	研究主要基于异种移植模型和患者样本，可能存在样本量和模型适用性的限制	探讨Merlin-intact脑膜瘤生长的生化机制，并寻找可用于指导治疗降级或影像监测的非侵入性生物标志物	脑膜瘤及其相关信号通路和磁共振成像特征	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序、邻近标记蛋白质组质谱分析、磁共振成像	NA	图像	涉及脑膜瘤异种移植模型和患者样本
515	2024-09-13	From bioinformatics to clinical applications: a novel prognostic model of cuproptosis-related genes based on single-cell RNA sequencing data in hepatocellular carcinoma 2024-Sep-09, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-024-00649-5 PMID:39251909	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据构建了一个基于铜死亡相关基因的肝细胞癌预后模型	开发了一种新的预后模型，利用六个生存相关基因来评估和管理肝细胞癌	NA	确定铜死亡相关基因与肝细胞癌预后之间的关系	肝细胞癌患者和正常对照组的铜死亡相关基因	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	LASSO	RNA测序数据	NA
516	2024-09-13	Revealing the crosstalk between LOX+ fibroblast and M2 macrophage in gastric cancer by single-cell sequencing 2024-Sep-09, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12861-y PMID:39251966	研究论文	本研究通过单细胞测序揭示了胃癌中LOX+成纤维细胞与M2巨噬细胞之间的相互作用	首次构建了胃癌患者的单细胞转录组图谱，并揭示了LOX+成纤维细胞与M2巨噬细胞在肿瘤微环境中的紧密定位和相互作用	研究仅限于胃癌样本，未来需在更多癌症类型中验证这些发现	揭示胃癌肿瘤微环境中成纤维细胞与巨噬细胞之间的相互作用，寻找潜在的治疗靶点	胃癌患者的肿瘤微环境中的LOX+成纤维细胞和M2巨噬细胞	数字病理学	胃癌	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	150,913个细胞
517	2024-09-13	Dimension reduction, cell clustering, and cell-cell communication inference for single-cell transcriptomics with DcjComm 2024-Sep-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03385-6 PMID:39252099	研究论文	提出了一种名为DcjComm的方法，用于单细胞转录组学的综合分析，包括降维、细胞聚类和细胞间通信推断	DcjComm通过非负矩阵分解联合学习模型进行降维和聚类，并整合配体-受体对、转录因子和靶基因来推断细胞间通信，性能优于现有方法	NA	改进单细胞转录组学分析中的降维、细胞聚类和细胞间通信推断方法	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	非负矩阵分解	联合学习模型	转录组数据	NA
518	2024-09-13	Cancer cell states: Lessons from ten years of single-cell RNA-sequencing of human tumors 2024-Sep-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.08.005 PMID:39214095	研究论文	本文回顾了过去十年单细胞RNA测序（scRNA-seq）在人类肿瘤研究中的应用，并强调了从这些研究中获得的一些重要见解	本文总结了scRNA-seq在定义癌症细胞状态和肿瘤内异质性方面的创新方法和发现	本文讨论了在定义和命名肿瘤内异质性程序时存在的模糊性	回顾和总结scRNA-seq在人类肿瘤研究中的应用，并展望未来在临床中的应用	人类肿瘤中的癌症细胞状态和肿瘤内异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
519	2024-09-13	SpatialOne: end-to-end analysis of visium data at scale 2024-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae509 PMID:39152991	研究论文	本文介绍了一个名为SpatialOne的端到端分析管道，用于简化10x Visium数据的分析	SpatialOne整合了多种先进的计算方法，简化了空间转录组数据的分析流程	NA	简化空间转录组数据的分析	10x Visium数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
520	2024-09-13	Identifying cancer cells from calling single-nucleotide variants in scRNA-seq data 2024-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae512 PMID:39163479	研究论文	开发了一种名为CCLONE的工具，用于从scRNA-seq数据中识别癌症细胞并匹配其表达谱	提出了CCLONE工具，能够处理scRNA-seq数据中SNV的不确定性和稀疏性，并联合识别癌症克隆群体及其相关变异	仅在急性髓系白血病和肺腺癌数据集上进行了验证，尚未在其他癌症类型中测试	解决从scRNA-seq数据中识别癌症细胞的挑战	scRNA-seq数据中的单核苷酸变异（SNV）	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及两个急性髓系白血病数据集和一个肺腺癌数据集