单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2024-09-14	Microvascular and cellular dysfunctions in Alzheimer's disease: an integrative analysis perspective 2024-09-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-71888-0 PMID:39251797	研究论文	本研究整合了阿尔茨海默病患者脑血管系统的单细胞测序和全基因组关联分析，旨在阐明周细胞损伤、细胞外基质紊乱和少突胶质细胞功能障碍在阿尔茨海默病发病机制中的关联和潜在机制	本研究首次揭示了周细胞PI3K-AKT-FOXO信号通路异常可能在阿尔茨海默病的发病过程中起作用	NA	阐明阿尔茨海默病发病机制中的关联和潜在机制	阿尔茨海默病患者的脑血管系统	NA	阿尔茨海默病	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
502	2024-09-14	Exploring single-cell RNA sequencing as a decision-making tool in the clinical management of Fuchs' endothelial corneal dystrophy 2024-Sep, Progress in retinal and eye research IF:18.6Q1 DOI:10.1016/j.preteyeres.2024.101286 PMID:38969166	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在Fuchs角膜内皮营养不良临床管理中的应用	利用单细胞RNA测序技术识别Fuchs角膜内皮营养不良的亚型及其相关基因特征，为精准医疗提供新方法	NA	探讨单细胞RNA测序技术在Fuchs角膜内皮营养不良临床诊断和治疗中的应用潜力	Fuchs角膜内皮营养不良及其亚型	基因组学	眼科疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
503	2024-09-14	Lin-CD117+CD34+FcεRI+ progenitor cells are increased in chronic spontaneous urticaria and predict clinical responsiveness to anti-IgE therapy 2024-Sep, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16127 PMID:38634175	研究论文	研究慢性自发性荨麻疹患者血液中Lin-CD117+CD34+FcεRI+祖细胞的增加及其对omalizumab治疗的临床反应预测作用	首次发现慢性自发性荨麻疹患者血液中Lin-CD117+CD34+FcεRI+祖细胞的增加，并证明这些细胞的高表达与omalizumab治疗的更好临床反应相关	样本量较小，且仅限于慢性自发性荨麻疹患者，研究结果的普适性有待进一步验证	探讨慢性自发性荨麻疹患者血液中特定祖细胞的增加及其对抗IgE治疗的临床反应预测作用	慢性自发性荨麻疹患者和健康对照者的血液样本	NA	慢性自发性荨麻疹	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	血液样本	55名慢性自发性荨麻疹患者和22名健康对照者
504	2024-09-14	scNODE : generative model for temporal single cell transcriptomic data prediction 2024-09-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae393 PMID:39230694	研究论文	本文提出了一种名为scNODE的深度学习模型，用于预测未观测时间点的单细胞基因表达数据	scNODE结合了变分自编码器和神经常微分方程，使用连续非线性潜在空间进行基因表达预测，并引入动态正则化项以提高预测的鲁棒性	NA	开发一种能够预测未观测时间点的单细胞基因表达数据的深度学习模型	单细胞基因表达数据	机器学习	NA	深度学习	变分自编码器、神经常微分方程	基因表达数据	三个真实世界的scRNA-seq数据集
505	2024-09-14	Predicting spatially resolved gene expression via tissue morphology using adaptive spatial GNNs 2024-09-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae383 PMID:39230702	研究论文	本文提出了一种基于图神经网络的框架，用于从组织病理图像中预测高表达基因的空间表达	本文的创新点在于使用自适应空间图神经网络（GNNs）从组织形态学线索中预测空间基因表达，提供了一种可扩展的方法来解码组织复杂性	NA	本文的研究目的是通过组织形态学信息预测空间基因表达，以降低空间转录组技术的成本	本文的研究对象是乳腺癌数据集中的组织病理图像和基因表达数据	数字病理学	乳腺癌	图神经网络（GNNs）	图神经网络（GNNs）	图像	两个独立的乳腺癌数据集
506	2024-09-14	A physics-informed neural SDE network for learning cellular dynamics from time-series scRNA-seq data 2024-09-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae400 PMID:39230705	研究论文	本文提出了一种基于物理信息的神经随机微分方程（PI-SDE）框架，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中学习细胞动力学	结合了Hamilton-Jacobi方程和神经随机微分方程，通过强制执行HJ方程来重建细胞势能函数，提高了预测精度和可解释性	NA	通过重建细胞势能景观来学习细胞动力学	时间序列单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	神经随机微分方程	时间序列数据	两个真实单细胞RNA测序数据集
507	2024-09-14	Graspot: a graph attention network for spatial transcriptomics data integration with optimal transport 2024-09-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae394 PMID:39230711	研究论文	本文介绍了一种名为Graspot的图注意力网络，用于空间转录组学数据集成与最优传输	Graspot结合基因表达和空间信息，能够有效去除批次效应并保留生物结构变异，实现了多空间转录组数据集的部分对齐	NA	解决空间转录组学数据集成中的批次效应问题，并保留生物结构变异	空间转录组学数据	机器学习	NA	最优传输	图注意力网络	空间转录组学数据	四个真实的空间转录组学数据集
508	2024-09-13	Single-cell transcriptomics reveals subset-specific metabolic profiles underpinning the bronchial epithelial response to flagellin 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110662 PMID:39252969	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了鞭毛蛋白对人类支气管上皮细胞的细胞特异性影响	首次揭示了鞭毛蛋白暴露下人类支气管上皮细胞的功能异质性，并发现了炎症性分泌细胞和炎症性基底细胞在代谢重编程上的差异	研究仅限于体外培养的支气管上皮细胞，未涉及体内环境的影响	探究鞭毛蛋白对人类支气管上皮细胞的细胞特异性影响及其代谢重编程机制	人类支气管上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	7个细胞簇，包括纤毛细胞、离子细胞和多种状态的基底细胞和分泌细胞
509	2024-09-13	Single-cell transcriptomics reveals heterogeneity in plant responses to the environment: a focus on biotic and abiotic interactions 2024-Sep-11, Journal of experimental botany IF:5.6Q1 DOI:10.1093/jxb/erae107 PMID:38466621	综述	本文综述了单细胞转录组学在植物对生物和非生物环境因素响应中的应用	单细胞转录组学提供了前所未有的细胞响应环境变化的视角	单细胞研究在植物-环境相互作用中面临技术挑战	探讨单细胞转录组学在理解植物对生物和非生物环境因素响应中的贡献	植物细胞对生物和非生物环境因素的响应	基因组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
510	2024-09-13	Endothelial-adipocyte Cx43 Mediated Gap Junctions Can Regulate Adiposity 2024-Sep-10, Function (Oxford, England) DOI:10.1093/function/zqae029 PMID:38984993	研究论文	研究探讨了内皮细胞与脂肪细胞通过Cx43介导的缝隙连接在肥胖中的调节作用	首次揭示了Cx43在调节脂肪组织功能中的作用，并提出了Cx43介导的异细胞通讯可能是调节脂肪组织功能的一种机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨内皮细胞与脂肪细胞相互作用及其对代谢功能的影响	内皮细胞与脂肪细胞的相互作用及其在肥胖中的调节机制	心血管疾病	肥胖	单细胞RNA测序 (scRNAseq) 和透射电子显微镜 (TEM)	NA	RNA	高脂饮食 (HFD) 小鼠和Cx43S368A小鼠
511	2024-09-13	Increased autoreactivity and maturity of EBI2+ antibody-secreting cells from nasal polyps 2024-Sep-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.177729 PMID:39253973	研究论文	研究了鼻息肉中表达EBI2的B细胞是否具有更高的自身抗体产生倾向，并评估了鼻息肉中抗体分泌细胞的分子特征	首次揭示了鼻息肉中EBI2+抗体分泌细胞具有更高的自身抗体产生倾向，并展示了其分子特征	研究仅限于鼻息肉和扁桃体组织，未涉及其他组织或疾病状态	探讨鼻息肉中EBI2+ B细胞的自身抗体产生倾向及其分子特征	鼻息肉和扁桃体组织中的EBI2+抗体分泌细胞	免疫学	鼻息肉	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	鼻息肉和扁桃体组织的样本
512	2024-09-13	Single-cell RNA sequencing reveals the change in cytotoxic NK/T cells, epithelial cells and myeloid cells of the tumor microenvironment of high-grade serous ovarian carcinoma 2024-Sep-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01290-9 PMID:39249551	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中NK/T细胞、上皮细胞和髓系细胞的变化	揭示了高级别浆液性卵巢癌从早期到晚期阶段上皮细胞的异质性和富集通路的变化，以及细胞间通讯的增强	NA	研究高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境的变化	NK/T细胞、上皮细胞和髓系细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	45,448个单细胞
513	2024-09-13	From bioinformatics to clinical applications: a novel prognostic model of cuproptosis-related genes based on single-cell RNA sequencing data in hepatocellular carcinoma 2024-Sep-09, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-024-00649-5 PMID:39251909	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据构建了一个基于铜死亡相关基因的肝细胞癌预后模型	开发了一种新的预后模型，利用六个生存相关基因来评估和管理肝细胞癌	NA	确定铜死亡相关基因与肝细胞癌预后之间的关系	肝细胞癌患者和正常对照组的铜死亡相关基因	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	LASSO	RNA测序数据	NA
514	2024-09-13	Revealing the crosstalk between LOX+ fibroblast and M2 macrophage in gastric cancer by single-cell sequencing 2024-Sep-09, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12861-y PMID:39251966	研究论文	本研究通过单细胞测序揭示了胃癌中LOX+成纤维细胞与M2巨噬细胞之间的相互作用	首次构建了胃癌患者的单细胞转录组图谱，并揭示了LOX+成纤维细胞与M2巨噬细胞在肿瘤微环境中的紧密定位和相互作用	研究仅限于胃癌样本，未来需在更多癌症类型中验证这些发现	揭示胃癌肿瘤微环境中成纤维细胞与巨噬细胞之间的相互作用，寻找潜在的治疗靶点	胃癌患者的肿瘤微环境中的LOX+成纤维细胞和M2巨噬细胞	数字病理学	胃癌	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	150,913个细胞
515	2024-09-13	Dimension reduction, cell clustering, and cell-cell communication inference for single-cell transcriptomics with DcjComm 2024-Sep-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03385-6 PMID:39252099	研究论文	提出了一种名为DcjComm的方法，用于单细胞转录组学的综合分析，包括降维、细胞聚类和细胞间通信推断	DcjComm通过非负矩阵分解联合学习模型进行降维和聚类，并整合配体-受体对、转录因子和靶基因来推断细胞间通信，性能优于现有方法	NA	改进单细胞转录组学分析中的降维、细胞聚类和细胞间通信推断方法	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	非负矩阵分解	联合学习模型	转录组数据	NA
516	2024-09-13	Cancer cell states: Lessons from ten years of single-cell RNA-sequencing of human tumors 2024-Sep-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.08.005 PMID:39214095	研究论文	本文回顾了过去十年单细胞RNA测序（scRNA-seq）在人类肿瘤研究中的应用，并强调了从这些研究中获得的一些重要见解	本文总结了scRNA-seq在定义癌症细胞状态和肿瘤内异质性方面的创新方法和发现	本文讨论了在定义和命名肿瘤内异质性程序时存在的模糊性	回顾和总结scRNA-seq在人类肿瘤研究中的应用，并展望未来在临床中的应用	人类肿瘤中的癌症细胞状态和肿瘤内异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
517	2024-09-13	SpatialOne: end-to-end analysis of visium data at scale 2024-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae509 PMID:39152991	研究论文	本文介绍了一个名为SpatialOne的端到端分析管道，用于简化10x Visium数据的分析	SpatialOne整合了多种先进的计算方法，简化了空间转录组数据的分析流程	NA	简化空间转录组数据的分析	10x Visium数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
518	2024-09-13	Identifying cancer cells from calling single-nucleotide variants in scRNA-seq data 2024-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae512 PMID:39163479	研究论文	开发了一种名为CCLONE的工具，用于从scRNA-seq数据中识别癌症细胞并匹配其表达谱	提出了CCLONE工具，能够处理scRNA-seq数据中SNV的不确定性和稀疏性，并联合识别癌症克隆群体及其相关变异	仅在急性髓系白血病和肺腺癌数据集上进行了验证，尚未在其他癌症类型中测试	解决从scRNA-seq数据中识别癌症细胞的挑战	scRNA-seq数据中的单核苷酸变异（SNV）	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及两个急性髓系白血病数据集和一个肺腺癌数据集
519	2024-09-13	scDiffusion: conditional generation of high-quality single-cell data using diffusion model 2024-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae518 PMID:39171840	研究论文	本文介绍了一种名为scDiffusion的生成模型，结合扩散模型和基础模型，用于生成高质量的单细胞RNA测序数据，并能在控制条件下生成数据	scDiffusion通过设计多个分类器同时指导扩散过程，并提出了一种新的控制策略——梯度插值，使得模型能够生成连续的细胞发育轨迹	NA	开发一种能够生成高质量单细胞RNA测序数据的生成模型，并能在控制条件下生成数据	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	扩散模型	生成模型	单细胞RNA测序数据	NA
520	2024-09-13	Targeting transposable elements in cancer: developments and opportunities 2024-Sep, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2024.189143 PMID:38936517	综述	本文综述了转座子在癌症中的作用及其在癌症治疗中的潜在应用	本文探讨了转座子在癌症中的多方面作用，并提出了基于转座子的诊断和治疗新方法	NA	探讨转座子在癌症中的作用及其在癌症治疗中的潜在应用	转座子及其在癌症中的作用	NA	癌症	长读长测序、计算分析、单细胞测序、蛋白质组学、CRISPR-Cas9技术	NA	基因组数据	NA