单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2024-09-15	Full-length target sequences of GeoMx digital spatial profiling probes reveal that gene-promiscuity predicts probe sensitivity to EDTA tissue decalcification 2024-09-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-72335-w PMID:39256467	研究论文	研究了GeoMx数字空间分析探针对EDTA组织脱钙作用的敏感性与探针基因杂合性的关系	揭示了探针基因杂合性是影响探针对EDTA脱钙敏感性的重要因素	NA	探讨GeoMx数字空间分析探针对EDTA组织脱钙作用的敏感性及其影响因素	GeoMx数字空间分析探针及其对EDTA脱钙作用的敏感性	数字病理学	NA	数字空间分析	NA	转录组数据	NA
482	2024-09-15	Identification of neutrophil extracellular trap-related biomarkers in non-alcoholic fatty liver disease through machine learning and single-cell analysis 2024-09-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-72151-2 PMID:39256536	研究论文	通过机器学习和单细胞分析识别非酒精性脂肪肝病中与中性粒细胞外陷阱相关的生物标志物	本研究利用AddModuleScore、ssGSEA和WGCNA等技术，结合随机森林、支持向量机、最小绝对收缩和选择算子等算法，识别了与中性粒细胞外陷阱（NETs）相关的关键基因，并构建了预测模型	研究主要基于单细胞和批量转录组数据，未来需要更多临床验证和跨平台验证	探索非酒精性脂肪肝病中中性粒细胞外陷阱相关基因的分子特征，并识别潜在的生物标志物	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）中的中性粒细胞外陷阱（NETs）相关基因	机器学习	肝病	AddModuleScore, ssGSEA, WGCNA, scRNA-seq	随机森林, 支持向量机, 最小绝对收缩和选择算子	基因表达数据	116个与NETs相关的基因
483	2024-09-15	Characteristics and transcriptional regulators of spontaneous epithelial-mesenchymal transition in genetically unperturbed patient-derived non-spindled breast carcinoma 2024-Sep-10, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-024-01888-5 PMID:39256881	研究论文	研究了在遗传未扰动的非纺锤形乳腺癌中自发上皮-间质转化的特征和转录调控因子	首次探讨了在非纺锤形乳腺癌中自发上皮-间质转化的特征和转录调控因子，发现ZEB1和ZEB2在EMT过程中的关键作用	研究仅限于非纺锤形乳腺癌，未涵盖其他类型的癌症	探讨自发上皮-间质转化的特征和转录调控因子	非纺锤形乳腺癌	数字病理学	乳腺癌	RNA测序 (RNA-seq), 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 原位RNA测序	NA	RNA	NA
484	2024-08-07	Advancing sequencing-based spatial transcriptomics with a comprehensive benchmarking study 2024-Sep, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02326-2 PMID:38977827	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
485	2024-09-15	Regulator of G-protein signaling expression in human intestinal enteroendocrine cells and potential role in satiety hormone secretion in health and obesity 2024-Sep, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105283 PMID:39142076	研究论文	研究了人类肠道肠内分泌细胞中G蛋白信号调节因子（RGS）的表达及其在肥胖和健康状态下对饱腹激素分泌的潜在作用	首次揭示了RGS在人类肠内分泌细胞中的表达谱及其在肥胖状态下的变化，并提出了RGS蛋白作为肠道肠内分泌细胞分泌GLP-1和PYY的调节因子的可能性	研究样本量有限，且主要集中在肠道组织，未来需要更大规模的研究来验证这些发现	探讨RGS在人类肠内分泌细胞中的表达及其在肥胖和健康状态下对饱腹激素分泌的影响	人类肠道肠内分泌细胞中的RGS表达及其在肥胖和健康状态下的变化	NA	肥胖	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	61名患者（其中42名肥胖，19名健康）的肠道组织和部分患者的餐后血浆
486	2024-09-15	Lymphotoxin-β promotes breast cancer bone metastasis colonization and osteolytic outgrowth 2024-Sep, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-024-01478-9 PMID:39147874	研究论文	研究探讨了淋巴毒素-β在乳腺癌骨转移中的作用及其分子机制	首次揭示了淋巴毒素-β在乳腺癌骨转移中的关键作用，并提出了其作为治疗靶点的潜力	NA	研究淋巴毒素-β在乳腺癌骨转移中的分子机制及其治疗潜力	乳腺癌骨转移中的肿瘤细胞和骨微环境	NA	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个乳腺癌模型中的肿瘤细胞和骨微环境样本
487	2024-09-15	Loss-of-function variants in RNA binding motif protein X-linked induce neuronal defects contributing to amyotrophic lateral sclerosis pathogenesis 2024-Sep, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.712 PMID:39263607	研究论文	研究探讨了m6A相关基因的遗传缺陷在肌萎缩侧索硬化症（ALS）发病机制中的作用	揭示了RNA结合基序蛋白X-linked（RBMX）变异在ALS患者中的显著富集，并发现这些变异与不良临床结果显著相关	研究样本仅包括508名ALS患者和1660名匹配的对照组，样本量有限	探索m6A相关基因的遗传缺陷在ALS发病机制中的作用	m6A相关基因的突变情况及其在ALS中的作用	数字病理学	肌萎缩侧索硬化症	全外显子测序	NA	基因数据	508名ALS患者和1660名匹配的对照组
488	2024-09-15	Adenoid cystic carcinoma: insights from molecular characterization and therapeutic advances 2024-Sep, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.734 PMID:39263605	综述	本文综述了腺样囊性癌（ACC）的病理和分子特征，并探讨了基于单细胞RNA测序（scRNA-seq）的最新治疗进展	利用单细胞RNA测序揭示了ACC的异质性和亚群多样性，为个性化治疗提供了新视角	NA	探讨腺样囊性癌的分子特征和治疗进展	腺样囊性癌	NA	唾液腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
489	2024-09-14	PerturbDB for unraveling gene functions and regulatory networks 2024-Sep-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae777 PMID:39265120	研究论文	开发了一个名为PerturbDB的平台，用于利用Perturb-Seq数据集揭示基因功能和调控网络	首次开发了一个用户友好的平台PerturbDB，用于高效重用Perturb-Seq数据集，并整合了化学扰动转录组数据以识别潜在抑制剂	NA	开发一个平台，帮助用户利用Perturb-Seq数据集揭示基因功能和调控网络	Perturb-Seq数据集中的基因功能和调控网络	基因组学	癌症	CRISPR、单细胞RNA测序	Mixscape算法	单细胞转录组数据	66个Perturb-Seq数据集，包含4,518,521个单细胞转录组，涉及10,194个基因和19种不同细胞系
490	2024-09-14	Development of a prognostic model for NSCLC based on differential genes in tumour stem cells 2024-09-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-71317-2 PMID:39251710	研究论文	开发基于肿瘤干细胞差异基因的非小细胞肺癌（NSCLC）预后模型	结合10种机器学习方法及其101种组合，开发出最佳的预后风险模型，并验证了其在TCGA和GEO数据集中的预测准确性	NA	开发和验证一种基于肿瘤干细胞差异基因的NSCLC预后模型	非小细胞肺癌（NSCLC）及其肿瘤干细胞的差异基因	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, RNA-seq	机器学习	基因表达数据	218379个细胞，162个差异基因
491	2024-09-14	Microvascular and cellular dysfunctions in Alzheimer's disease: an integrative analysis perspective 2024-09-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-71888-0 PMID:39251797	研究论文	本研究整合了阿尔茨海默病患者脑血管系统的单细胞测序和全基因组关联分析，旨在阐明周细胞损伤、细胞外基质紊乱和少突胶质细胞功能障碍在阿尔茨海默病发病机制中的关联和潜在机制	本研究首次揭示了周细胞PI3K-AKT-FOXO信号通路异常可能在阿尔茨海默病的发病过程中起作用	NA	阐明阿尔茨海默病发病机制中的关联和潜在机制	阿尔茨海默病患者的脑血管系统	NA	阿尔茨海默病	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
492	2024-09-14	Exploring single-cell RNA sequencing as a decision-making tool in the clinical management of Fuchs' endothelial corneal dystrophy 2024-Sep, Progress in retinal and eye research IF:18.6Q1 DOI:10.1016/j.preteyeres.2024.101286 PMID:38969166	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在Fuchs角膜内皮营养不良临床管理中的应用	利用单细胞RNA测序技术识别Fuchs角膜内皮营养不良的亚型及其相关基因特征，为精准医疗提供新方法	NA	探讨单细胞RNA测序技术在Fuchs角膜内皮营养不良临床诊断和治疗中的应用潜力	Fuchs角膜内皮营养不良及其亚型	基因组学	眼科疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
493	2024-09-14	Lin-CD117+CD34+FcεRI+ progenitor cells are increased in chronic spontaneous urticaria and predict clinical responsiveness to anti-IgE therapy 2024-Sep, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16127 PMID:38634175	研究论文	研究慢性自发性荨麻疹患者血液中Lin-CD117+CD34+FcεRI+祖细胞的增加及其对omalizumab治疗的临床反应预测作用	首次发现慢性自发性荨麻疹患者血液中Lin-CD117+CD34+FcεRI+祖细胞的增加，并证明这些细胞的高表达与omalizumab治疗的更好临床反应相关	样本量较小，且仅限于慢性自发性荨麻疹患者，研究结果的普适性有待进一步验证	探讨慢性自发性荨麻疹患者血液中特定祖细胞的增加及其对抗IgE治疗的临床反应预测作用	慢性自发性荨麻疹患者和健康对照者的血液样本	NA	慢性自发性荨麻疹	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	血液样本	55名慢性自发性荨麻疹患者和22名健康对照者
494	2024-09-14	scNODE : generative model for temporal single cell transcriptomic data prediction 2024-09-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae393 PMID:39230694	研究论文	本文提出了一种名为scNODE的深度学习模型，用于预测未观测时间点的单细胞基因表达数据	scNODE结合了变分自编码器和神经常微分方程，使用连续非线性潜在空间进行基因表达预测，并引入动态正则化项以提高预测的鲁棒性	NA	开发一种能够预测未观测时间点的单细胞基因表达数据的深度学习模型	单细胞基因表达数据	机器学习	NA	深度学习	变分自编码器、神经常微分方程	基因表达数据	三个真实世界的scRNA-seq数据集
495	2024-09-14	Predicting spatially resolved gene expression via tissue morphology using adaptive spatial GNNs 2024-09-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae383 PMID:39230702	研究论文	本文提出了一种基于图神经网络的框架，用于从组织病理图像中预测高表达基因的空间表达	本文的创新点在于使用自适应空间图神经网络（GNNs）从组织形态学线索中预测空间基因表达，提供了一种可扩展的方法来解码组织复杂性	NA	本文的研究目的是通过组织形态学信息预测空间基因表达，以降低空间转录组技术的成本	本文的研究对象是乳腺癌数据集中的组织病理图像和基因表达数据	数字病理学	乳腺癌	图神经网络（GNNs）	图神经网络（GNNs）	图像	两个独立的乳腺癌数据集
496	2024-09-14	A physics-informed neural SDE network for learning cellular dynamics from time-series scRNA-seq data 2024-09-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae400 PMID:39230705	研究论文	本文提出了一种基于物理信息的神经随机微分方程（PI-SDE）框架，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中学习细胞动力学	结合了Hamilton-Jacobi方程和神经随机微分方程，通过强制执行HJ方程来重建细胞势能函数，提高了预测精度和可解释性	NA	通过重建细胞势能景观来学习细胞动力学	时间序列单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	神经随机微分方程	时间序列数据	两个真实单细胞RNA测序数据集
497	2024-09-14	Graspot: a graph attention network for spatial transcriptomics data integration with optimal transport 2024-09-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae394 PMID:39230711	研究论文	本文介绍了一种名为Graspot的图注意力网络，用于空间转录组学数据集成与最优传输	Graspot结合基因表达和空间信息，能够有效去除批次效应并保留生物结构变异，实现了多空间转录组数据集的部分对齐	NA	解决空间转录组学数据集成中的批次效应问题，并保留生物结构变异	空间转录组学数据	机器学习	NA	最优传输	图注意力网络	空间转录组学数据	四个真实的空间转录组学数据集
498	2024-09-13	Single-cell transcriptomics reveals subset-specific metabolic profiles underpinning the bronchial epithelial response to flagellin 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110662 PMID:39252969	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了鞭毛蛋白对人类支气管上皮细胞的细胞特异性影响	首次揭示了鞭毛蛋白暴露下人类支气管上皮细胞的功能异质性，并发现了炎症性分泌细胞和炎症性基底细胞在代谢重编程上的差异	研究仅限于体外培养的支气管上皮细胞，未涉及体内环境的影响	探究鞭毛蛋白对人类支气管上皮细胞的细胞特异性影响及其代谢重编程机制	人类支气管上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	7个细胞簇，包括纤毛细胞、离子细胞和多种状态的基底细胞和分泌细胞
499	2024-09-13	Multi-omics and Single Cell Sequencing Analyses Reveal Associations of Mitophagy-Related Genes Predicting Clinical Prognosis and Immune Infiltration Characteristics in Osteosarcoma 2024-Sep-12, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-024-01280-w PMID:39264525	研究论文	研究通过多组学和单细胞测序分析，揭示了线粒体自噬相关基因在骨肉瘤中的临床预后和免疫浸润特征的关联	首次报道了线粒体自噬在骨肉瘤中的作用，并开发了一种新的评分系统MPRG评分，用于预测骨肉瘤的预后	研究样本量较小，且未在其他癌症类型中验证MPRG评分的有效性	探讨线粒体自噬相关基因在骨肉瘤中的作用及其作为治疗靶点的潜力	骨肉瘤患者的线粒体自噬相关基因及其与临床预后和免疫浸润的关系	数字病理学	骨肉瘤	单细胞测序	LASSO-多变量Cox回归算法	基因数据	58个线粒体自噬相关基因
500	2024-09-13	Single-cell transcriptomics reveals heterogeneity in plant responses to the environment: a focus on biotic and abiotic interactions 2024-Sep-11, Journal of experimental botany IF:5.6Q1 DOI:10.1093/jxb/erae107 PMID:38466621	综述	本文综述了单细胞转录组学在植物对生物和非生物环境因素响应中的应用	单细胞转录组学提供了前所未有的细胞响应环境变化的视角	单细胞研究在植物-环境相互作用中面临技术挑战	探讨单细胞转录组学在理解植物对生物和非生物环境因素响应中的贡献	植物细胞对生物和非生物环境因素的响应	基因组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA