单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2024-09-15	Identification of neutrophil extracellular trap-related biomarkers in non-alcoholic fatty liver disease through machine learning and single-cell analysis 2024-09-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-72151-2 PMID:39256536	研究论文	通过机器学习和单细胞分析识别非酒精性脂肪肝病中与中性粒细胞外陷阱相关的生物标志物	本研究利用AddModuleScore、ssGSEA和WGCNA等技术，结合随机森林、支持向量机、最小绝对收缩和选择算子等算法，识别了与中性粒细胞外陷阱（NETs）相关的关键基因，并构建了预测模型	研究主要基于单细胞和批量转录组数据，未来需要更多临床验证和跨平台验证	探索非酒精性脂肪肝病中中性粒细胞外陷阱相关基因的分子特征，并识别潜在的生物标志物	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）中的中性粒细胞外陷阱（NETs）相关基因	机器学习	肝病	AddModuleScore, ssGSEA, WGCNA, scRNA-seq	随机森林, 支持向量机, 最小绝对收缩和选择算子	基因表达数据	116个与NETs相关的基因
482	2024-09-15	Characteristics and transcriptional regulators of spontaneous epithelial-mesenchymal transition in genetically unperturbed patient-derived non-spindled breast carcinoma 2024-Sep-10, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-024-01888-5 PMID:39256881	研究论文	研究了在遗传未扰动的非纺锤形乳腺癌中自发上皮-间质转化的特征和转录调控因子	首次探讨了在非纺锤形乳腺癌中自发上皮-间质转化的特征和转录调控因子，发现ZEB1和ZEB2在EMT过程中的关键作用	研究仅限于非纺锤形乳腺癌，未涵盖其他类型的癌症	探讨自发上皮-间质转化的特征和转录调控因子	非纺锤形乳腺癌	数字病理学	乳腺癌	RNA测序 (RNA-seq), 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 原位RNA测序	NA	RNA	NA
483	2024-09-15	Screening, identification and targeted intervention of necroptotic biomarkers of asthma 2024-Sep-10, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150674 PMID:39270557	研究论文	本研究旨在筛选、鉴定与哮喘相关的坏死性凋亡生物标志物，并探索针对这些标志物的潜在治疗干预措施	首次系统地鉴定了与哮喘相关的坏死性凋亡生物标志物，并发现了两种潜在的治疗药物	研究主要基于机器学习算法和体外实验，缺乏体内实验验证	揭示坏死性凋亡在哮喘发病机制中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	哮喘患者的坏死性凋亡相关基因及其在疾病中的功能	数字病理学	呼吸系统疾病	机器学习算法、Western blot、qPCR、单细胞RNA测序、分子对接研究	LASSO、随机森林、支持向量机-递归特征消除	基因表达数据、临床指标数据	哮喘患者与健康对照组
484	2024-09-15	Type I interferon signaling pathway enhances immune-checkpoint inhibition in KRAS mutant lung tumors 2024-Sep-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2402913121 PMID:39186651	研究论文	研究探讨了I型干扰素信号通路在KRAS突变型肺癌肿瘤中增强免疫检查点抑制的作用	发现I型干扰素信号通路的恢复可以显著改变肿瘤微环境，使其从免疫学上的“冷”肿瘤转变为“热”肿瘤，从而增强免疫疗法的效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨KRAS突变型肺癌肿瘤中I型干扰素信号通路的功能变化及其对免疫疗法的影响	KRAS突变型肺癌肿瘤及其微环境	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类肿瘤样本
485	2024-09-15	HIV-1 control in vivo is related to the number but not the fraction of infected cells with viral unspliced RNA 2024-Sep-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2405210121 PMID:39190360	研究论文	本文探讨了HIV-1控制者与非控制者之间感染细胞中未剪接HIV RNA的比例差异及其对病毒血症水平的影响	首次通过单细胞测序方法直接比较了控制者与非控制者外周血单核细胞中感染细胞内HIV未剪接RNA的比例，发现病毒血症水平与感染细胞总数而非比例相关	研究仅限于外周血单核细胞，未涵盖其他可能影响病毒血症水平的细胞类型	探讨HIV-1控制者与非控制者之间感染细胞中未剪接HIV RNA的比例差异及其对病毒血症水平的影响	HIV-1控制者与非控制者外周血单核细胞中感染细胞内HIV未剪接RNA的比例	NA	HIV感染	单细胞测序	NA	RNA	控制者与非控制者的外周血单核细胞样本
486	2024-09-15	Inferring super-resolution tissue architecture by integrating spatial transcriptomics with histology 2024-Sep, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-02019-9 PMID:38168986	研究论文	本文介绍了一种名为iStar的方法，通过整合空间转录组学数据和高分辨率组织学图像，实现超分辨率的空间基因表达预测	iStar方法基于分层图像特征提取，能够将基因表达分辨率提升至接近单细胞水平，并能在仅有组织学图像的情况下预测基因表达	NA	开发一种方法，将空间转录组学数据与组织学图像整合，以实现超分辨率的空间基因表达预测	空间转录组学数据和高分辨率组织学图像	数字病理学	NA	分层图像特征提取	NA	图像	NA
487	2024-08-07	Advancing sequencing-based spatial transcriptomics with a comprehensive benchmarking study 2024-Sep, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02326-2 PMID:38977827	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
488	2024-09-15	Regulator of G-protein signaling expression in human intestinal enteroendocrine cells and potential role in satiety hormone secretion in health and obesity 2024-Sep, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105283 PMID:39142076	研究论文	研究了人类肠道肠内分泌细胞中G蛋白信号调节因子（RGS）的表达及其在肥胖和健康状态下对饱腹激素分泌的潜在作用	首次揭示了RGS在人类肠内分泌细胞中的表达谱及其在肥胖状态下的变化，并提出了RGS蛋白作为肠道肠内分泌细胞分泌GLP-1和PYY的调节因子的可能性	研究样本量有限，且主要集中在肠道组织，未来需要更大规模的研究来验证这些发现	探讨RGS在人类肠内分泌细胞中的表达及其在肥胖和健康状态下对饱腹激素分泌的影响	人类肠道肠内分泌细胞中的RGS表达及其在肥胖和健康状态下的变化	NA	肥胖	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	61名患者（其中42名肥胖，19名健康）的肠道组织和部分患者的餐后血浆
489	2024-09-15	Lymphotoxin-β promotes breast cancer bone metastasis colonization and osteolytic outgrowth 2024-Sep, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-024-01478-9 PMID:39147874	研究论文	研究探讨了淋巴毒素-β在乳腺癌骨转移中的作用及其分子机制	首次揭示了淋巴毒素-β在乳腺癌骨转移中的关键作用，并提出了其作为治疗靶点的潜力	NA	研究淋巴毒素-β在乳腺癌骨转移中的分子机制及其治疗潜力	乳腺癌骨转移中的肿瘤细胞和骨微环境	NA	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个乳腺癌模型中的肿瘤细胞和骨微环境样本
490	2024-09-15	Loss-of-function variants in RNA binding motif protein X-linked induce neuronal defects contributing to amyotrophic lateral sclerosis pathogenesis 2024-Sep, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.712 PMID:39263607	研究论文	研究探讨了m6A相关基因的遗传缺陷在肌萎缩侧索硬化症（ALS）发病机制中的作用	揭示了RNA结合基序蛋白X-linked（RBMX）变异在ALS患者中的显著富集，并发现这些变异与不良临床结果显著相关	研究样本仅包括508名ALS患者和1660名匹配的对照组，样本量有限	探索m6A相关基因的遗传缺陷在ALS发病机制中的作用	m6A相关基因的突变情况及其在ALS中的作用	数字病理学	肌萎缩侧索硬化症	全外显子测序	NA	基因数据	508名ALS患者和1660名匹配的对照组
491	2024-09-15	Adenoid cystic carcinoma: insights from molecular characterization and therapeutic advances 2024-Sep, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.734 PMID:39263605	综述	本文综述了腺样囊性癌（ACC）的病理和分子特征，并探讨了基于单细胞RNA测序（scRNA-seq）的最新治疗进展	利用单细胞RNA测序揭示了ACC的异质性和亚群多样性，为个性化治疗提供了新视角	NA	探讨腺样囊性癌的分子特征和治疗进展	腺样囊性癌	NA	唾液腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
492	2024-09-14	Single-cell RNA sequencing: an emerging tool revealing dysregulated innate and adaptive immune response at single cell level in Kawasaki disease 2024-Sep-13, Expert review of clinical immunology IF:3.9Q2 DOI:10.1080/1744666X.2024.2401105 PMID:39230194	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在川崎病免疫反应研究中的应用	单细胞RNA测序技术提供了比以往方法更高的分辨率，揭示了川崎病中免疫细胞的转录组特征和信号/反应途径	NA	探讨单细胞RNA测序技术在川崎病诊断、预后和治疗中的潜力	川崎病中的免疫细胞和信号/反应途径	数字病理学	儿童疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
493	2024-09-14	A New Graph Autoencoder-Based Multi-level Kernel Subspace Fusion Framework for Single-cell Type Identification 2024-Sep-12, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3459960 PMID:39264790	研究论文	提出了一种基于图自编码器的多层次核子空间融合框架scGAMF，用于单细胞类型识别	结合深度特征嵌入和核空间分析，通过多层次核子空间融合策略，学习准确的聚类亲和矩阵	NA	提高单细胞RNA测序数据分析中的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	图自编码器	基因表达数据	多个真实数据集
494	2024-09-14	PerturbDB for unraveling gene functions and regulatory networks 2024-Sep-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae777 PMID:39265120	研究论文	开发了一个名为PerturbDB的平台，用于利用Perturb-Seq数据集揭示基因功能和调控网络	首次开发了一个用户友好的平台PerturbDB，用于高效重用Perturb-Seq数据集，并整合了化学扰动转录组数据以识别潜在抑制剂	NA	开发一个平台，帮助用户利用Perturb-Seq数据集揭示基因功能和调控网络	Perturb-Seq数据集中的基因功能和调控网络	基因组学	癌症	CRISPR、单细胞RNA测序	Mixscape算法	单细胞转录组数据	66个Perturb-Seq数据集，包含4,518,521个单细胞转录组，涉及10,194个基因和19种不同细胞系
495	2024-09-14	Glioblastoma cells increase expression of notch signaling and synaptic genes within infiltrated brain tissue 2024-Sep-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52167-y PMID:39251578	研究论文	研究了胶质母细胞瘤细胞在侵入脑组织后基因表达的变化	首次使用空间转录组学技术分析了胶质母细胞瘤细胞在侵入脑组织后的基因表达差异，揭示了恶性细胞在健康脑组织中的表达特征	研究样本量较小，仅包括11个样本	探讨胶质母细胞瘤细胞在侵入脑组织后的基因表达变化及其对治疗的影响	胶质母细胞瘤细胞及其在脑组织中的基因表达	数字病理学	脑癌	空间转录组学	NA	基因表达数据	11个样本
496	2024-09-14	Development of a prognostic model for NSCLC based on differential genes in tumour stem cells 2024-09-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-71317-2 PMID:39251710	研究论文	开发基于肿瘤干细胞差异基因的非小细胞肺癌（NSCLC）预后模型	结合10种机器学习方法及其101种组合，开发出最佳的预后风险模型，并验证了其在TCGA和GEO数据集中的预测准确性	NA	开发和验证一种基于肿瘤干细胞差异基因的NSCLC预后模型	非小细胞肺癌（NSCLC）及其肿瘤干细胞的差异基因	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, RNA-seq	机器学习	基因表达数据	218379个细胞，162个差异基因
497	2024-09-14	Microvascular and cellular dysfunctions in Alzheimer's disease: an integrative analysis perspective 2024-09-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-71888-0 PMID:39251797	研究论文	本研究整合了阿尔茨海默病患者脑血管系统的单细胞测序和全基因组关联分析，旨在阐明周细胞损伤、细胞外基质紊乱和少突胶质细胞功能障碍在阿尔茨海默病发病机制中的关联和潜在机制	本研究首次揭示了周细胞PI3K-AKT-FOXO信号通路异常可能在阿尔茨海默病的发病过程中起作用	NA	阐明阿尔茨海默病发病机制中的关联和潜在机制	阿尔茨海默病患者的脑血管系统	NA	阿尔茨海默病	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
498	2024-09-14	Exploring single-cell RNA sequencing as a decision-making tool in the clinical management of Fuchs' endothelial corneal dystrophy 2024-Sep, Progress in retinal and eye research IF:18.6Q1 DOI:10.1016/j.preteyeres.2024.101286 PMID:38969166	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在Fuchs角膜内皮营养不良临床管理中的应用	利用单细胞RNA测序技术识别Fuchs角膜内皮营养不良的亚型及其相关基因特征，为精准医疗提供新方法	NA	探讨单细胞RNA测序技术在Fuchs角膜内皮营养不良临床诊断和治疗中的应用潜力	Fuchs角膜内皮营养不良及其亚型	基因组学	眼科疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
499	2024-09-14	Lin-CD117+CD34+FcεRI+ progenitor cells are increased in chronic spontaneous urticaria and predict clinical responsiveness to anti-IgE therapy 2024-Sep, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16127 PMID:38634175	研究论文	研究慢性自发性荨麻疹患者血液中Lin-CD117+CD34+FcεRI+祖细胞的增加及其对omalizumab治疗的临床反应预测作用	首次发现慢性自发性荨麻疹患者血液中Lin-CD117+CD34+FcεRI+祖细胞的增加，并证明这些细胞的高表达与omalizumab治疗的更好临床反应相关	样本量较小，且仅限于慢性自发性荨麻疹患者，研究结果的普适性有待进一步验证	探讨慢性自发性荨麻疹患者血液中特定祖细胞的增加及其对抗IgE治疗的临床反应预测作用	慢性自发性荨麻疹患者和健康对照者的血液样本	NA	慢性自发性荨麻疹	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	血液样本	55名慢性自发性荨麻疹患者和22名健康对照者
500	2024-09-14	scNODE : generative model for temporal single cell transcriptomic data prediction 2024-09-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae393 PMID:39230694	研究论文	本文提出了一种名为scNODE的深度学习模型，用于预测未观测时间点的单细胞基因表达数据	scNODE结合了变分自编码器和神经常微分方程，使用连续非线性潜在空间进行基因表达预测，并引入动态正则化项以提高预测的鲁棒性	NA	开发一种能够预测未观测时间点的单细胞基因表达数据的深度学习模型	单细胞基因表达数据	机器学习	NA	深度学习	变分自编码器、神经常微分方程	基因表达数据	三个真实世界的scRNA-seq数据集