单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2024-09-17	Analysis of the Mechanism Underlying Radiotherapy Resistance Caused by Oligodendroglia Cells in Glioblastoma by Applying the Single-cell RNA Sequencing Technology 2024-Sep-12, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673337314240911053946 PMID:39279122	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了胶质母细胞瘤中少突胶质细胞导致放疗抵抗的分子机制	首次识别出两个少突胶质细胞亚群（ODC3和ODC4）作为胶质母细胞瘤放疗抵抗的群体，并揭示了它们通过不同的分子机制发展放疗抵抗	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制	探索胶质母细胞瘤放疗抵抗的分子机制并识别关键影响因素	胶质母细胞瘤中的少突胶质细胞及其放疗抵抗机制	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	从Gene Expression Omnibus (GEO)数据库下载的胶质母细胞瘤单细胞RNA测序数据
462	2024-09-17	Approximating mutual information of high-dimensional variables using learned representations 2024-Sep-03, ArXiv PMID:39279839	研究论文	本文提出了一种名为潜在互信息（LMI）近似的方法，用于在高维数据中近似互信息	LMI方法利用高维数据中的低维结构，通过非参数互信息估计器和简单理论模型架构学习到的低维表示来近似高维变量间的互信息	NA	探索在高维数据中利用低维结构近似互信息的方法	高维变量间的互信息	机器学习	NA	非参数互信息估计器	理论模型架构	高维数据	NA
463	2024-09-17	FateNet: an integration of dynamical systems and deep learning for cell fate prediction 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae525 PMID:39177093	研究论文	本文介绍了一种名为FateNet的计算方法，结合动力系统理论和深度学习，用于预测细胞命运	FateNet通过整合动力系统理论和深度学习，提高了细胞命运决策点的预测精度，并提供了对生物系统新状态的定性见解	NA	理解细胞决策过程及其对生物系统（如组织健康和功能）的影响	细胞命运决策和细胞状态动态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习	基因表达数据	使用不同的scRNA-seq数据进行验证
464	2024-09-17	Systematic comparison of sequencing-based spatial transcriptomic methods 2024-Sep, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02325-3 PMID:38965443	研究论文	本文系统比较了11种基于测序的空间转录组学方法	首次全面基准测试不同的空间转录组学平台，并强调了分子扩散作为不同方法和组织中的变量参数	现有技术之间的变异性和数据集的多样性使得制定标准化的评估指标具有挑战性	帮助生物学家选择空间转录组学平台，并促进评估标准的共识	11种空间转录组学方法	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	多个参考组织和区域
465	2024-09-17	Unlocking reproducible transcriptomic signatures for acute myeloid leukaemia: Integration, classification and drug repurposing 2024-Sep, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70085 PMID:39267259	研究论文	本研究通过整合34个数据集，识别出10,000个与急性髓系白血病（AML）相关的基因，并利用机器学习技术发现191个AML特征，同时开发了一个用户友好的数据库平台CSAMLdb，以促进研究结果的复用和个性化分析	本研究通过整合多源数据集和使用机器学习技术，成功识别出AML相关的基因和特征，并开发了一个用户友好的数据库平台，以增强研究的复现性和可定制性	NA	解决急性髓系白血病（AML）转录组研究中的异质性问题，并发现新的治疗策略	急性髓系白血病（AML）及其亚型	机器学习	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	XGBoost	转录组数据	34个数据集，包括26个对照组、6个预后数据集和2个单细胞RNA测序数据集
466	2024-09-16	Reconstitution of the Multiple Myeloma Microenvironment Following Lymphodepletion with BCMA CAR-T Therapy 2024-Sep-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0352 PMID:39024031	研究论文	研究了BCMA CAR-T细胞疗法后多发性骨髓瘤微环境的重组	揭示了BCMA CAR-T疗法后多发性骨髓瘤微环境的动态变化，并提供了预测治疗反应性的线索	样本量较小，仅涉及七名患者	研究BCMA CAR-T细胞疗法后多发性骨髓瘤微环境的重组	多发性骨髓瘤患者的骨髓样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	14个骨髓样本，来自7名患者
467	2024-09-15	Computational Strategies and Algorithms for Inferring Cellular Composition of Spatial Transcriptomics Data 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae057 PMID:39110523	综述	本文综述了空间转录组学数据中细胞成分推断的计算策略和算法	总结了最新的细胞比例估计进展，并展望了该领域的未来方向	当前空间技术无法直接测量细胞信息，只能通过空间点进行特征化	总结和展望空间转录组学数据中细胞成分推断的计算方法	空间转录组学数据中的细胞成分	生物信息学	NA	空间转录组学技术	NA	转录组数据	NA
468	2024-09-16	Exploring the relationship between the interleukin family and lung adenocarcinoma through Mendelian randomization and RNA sequencing analysis 2024-Sep-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01325-1 PMID:39264458	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和RNA测序分析探索白细胞介素家族与肺腺癌之间的关系	首次通过孟德尔随机化和RNA测序分析揭示了白细胞介素因子与肺腺癌发生和进展的因果关系	研究主要基于数据集分析，缺乏体内实验验证	揭示白细胞介素因子与肺腺癌之间的关联	白细胞介素因子与肺腺癌	数字病理学	肺癌	RNA测序	NA	RNA	多个中心的患者样本
469	2024-09-16	Spatial transcriptomics reveals tumor-derived SPP1 induces fibroblast chemotaxis and activation in the hepatocellular carcinoma microenvironment 2024-Sep-12, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05613-w PMID:39267037	研究论文	研究揭示了肝细胞癌微环境中肿瘤细胞分泌的SPP1诱导成纤维细胞趋化和激活的机制	首次阐明了SPP1-CD44信号轴在肿瘤细胞与成纤维细胞相互作用中的关键作用	研究主要基于公共数据库的数据和临床样本，缺乏体内外实验的直接验证	探讨肝细胞癌微环境中肿瘤细胞与成纤维细胞相互作用的机制	肝细胞癌微环境中的肿瘤细胞和成纤维细胞	数字病理学	肝癌	空间转录组学和单细胞转录组学	NA	转录组数据	分析了10个空间转录组和12个单细胞转录组样本，以及20个肝癌患者的肿瘤组织样本
470	2024-09-16	Single-cell sequencing of the vermiform appendix during development identifies transcriptional relationships with appendicitis in preschool children 2024-Sep-12, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-024-03611-9 PMID:39267041	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了人类阑尾在发育过程中的转录特征，并探讨了其与学龄前儿童阑尾炎的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了阑尾发育过程中的细胞图谱，并发现了BMP信号通路在阑尾上皮发育中的潜在作用	研究样本量较小，且仅限于学龄前儿童，可能影响结果的普适性	深入了解人类阑尾的发育过程及其与学龄前儿童阑尾炎的关系	人类阑尾在胎儿、儿童及学龄前炎症阶段的细胞	数字病理学	阑尾炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括胎儿、儿童及学龄前炎症阶段的阑尾样本
471	2024-09-16	Multi‑omics identification of a signature based on malignant cell-associated ligand-receptor genes for lung adenocarcinoma 2024-Sep-12, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12911-5 PMID:39267056	研究论文	本文通过多组学分析，构建了一个基于恶性细胞相关配体-受体基因的肺腺癌预后标志物	本文通过结合10种机器学习算法，开发了一种新的计算框架，用于识别肺腺癌的预后标志物	NA	开发一种新的方法来评估肺腺癌患者的预后，并提供开发更有效免疫疗法的见解	肺腺癌的恶性细胞相关配体-受体基因	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	机器学习算法	基因组数据、转录组数据、免疫数据	317例免疫治疗患者
472	2024-09-16	A novel spherical GelMA-HAMA hydrogel encapsulating APET×2 polypeptide and CFIm25-targeting sgRNA for immune microenvironment modulation and nucleus pulposus regeneration in intervertebral discs 2024-Sep-12, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02783-z PMID:39267105	研究论文	研究开发了一种新型球形GelMA-HAMA水凝胶，用于调节免疫微环境并促进椎间盘髓核再生	首次使用球形GelMA-HAMA水凝胶封装APET×2多肽和CFIm25靶向sgRNA，用于治疗椎间盘退变	NA	探讨CFIm25在椎间盘退变中的作用，并开发新型治疗策略	椎间盘髓核细胞和小鼠模型	生物医学工程	脊柱疾病	CRISPR-Cas9, 单细胞转录组学, 高通量转录组学	NA	基因表达, 蛋白质表达, 细胞活性, 细胞迁移	小鼠椎间盘髓核细胞
473	2024-09-16	Glucose deprivation-induced disulfidptosis in human nucleus pulposus cells: a novel pathological mechanism of intervertebral disc degeneration 2024-Sep-12, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00528-4 PMID:39267140	研究论文	研究了葡萄糖剥夺诱导的人椎间盘髓核细胞中的二硫化物死亡，揭示了椎间盘退变的新病理机制	首次揭示了葡萄糖剥夺诱导的二硫化物死亡在椎间盘退变中的作用，并鉴定了一个新的二硫化物死亡相关细胞亚群	研究仅限于体外实验和单细胞RNA测序分析，缺乏体内实验验证	探讨葡萄糖剥夺诱导的二硫化物死亡在椎间盘退变中的病理机制	人椎间盘髓核细胞和椎间盘退变样本	数字病理学	椎间盘退变	RNA测序、单细胞RNA测序、全基因组DNA甲基化	机器学习	基因表达数据	一个正常样本和一个椎间盘退变样本
474	2024-09-16	Identification of macrophage driver genes in fibrosis caused by different heart diseases based on omics integration 2024-Sep-12, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05624-7 PMID:39267173	研究论文	本研究利用单细胞转录组学和批量RNA测序分析，探讨了不同心脏病引起的纤维化中巨噬细胞驱动基因的关系	首次通过整合单细胞转录组学和批量RNA测序数据，揭示了四种心脏病中巨噬细胞介导的心肌纤维化的驱动基因，并验证了左心室辅助装置（LVAD）对心衰患者的治疗效果	NA	探讨不同心脏病引起的心肌纤维化中巨噬细胞的遗传病理生理机制	巨噬细胞在心肌纤维化中的作用及其驱动基因	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学、批量RNA测序	NA	转录组数据	四种心脏病（扩张型心肌病、缺血性心肌病、心肌梗死、心衰）的单细胞数据
475	2024-09-16	Construction and validation of a TAMRGs prognostic signature for gliomas by integrated analysis of scRNA and bulk RNA sequencing data 2024-Sep-11, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2024.149237 PMID:39270996	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建并验证了一种基于肿瘤相关巨噬细胞相关基因的胶质瘤预后模型	首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建了一种新的预后模型，并验证了其在胶质瘤患者中的预后价值	NA	构建并验证一种基于肿瘤相关巨噬细胞相关基因的胶质瘤预后模型	胶质瘤患者的预后预测	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序和批量RNA测序	LASSO回归和多变量Cox回归分析	RNA测序数据	三个内部胶质瘤组织样本和TCGA-GTEx数据集
476	2024-09-15	Exploring the role of KIR3DL2 on NK cells in hepatocellular carcinoma and its potential prognostic implications 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110637 PMID:39262781	研究论文	本研究探讨了KIR3DL2在肝细胞癌中对自然杀伤细胞的作用及其潜在的预后意义	首次通过单细胞测序分析了原发性和复发性肝细胞癌患者肿瘤及邻近组织中免疫细胞的数量和基因表达谱，揭示了KIR3DL2表达与NK细胞耗竭及预后的关系	研究样本量较小，需要进一步的大规模验证	识别肝细胞癌的预后分子标志物	肝细胞癌患者的肿瘤及邻近组织	数字病理学	肝癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	原发性和复发性肝细胞癌患者的肿瘤及邻近组织样本
477	2024-09-15	Targeting ALDOA to modulate tumorigenesis and energy metabolism in retinoblastoma 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110725 PMID:39262779	研究论文	本研究旨在阐明醛缩酶A（ALDOA）在视网膜母细胞瘤（RB）中的关键作用，并评估ALDOA抑制剂衣康酸在阻碍RB进展中的潜力	本研究首次揭示了ALDOA在视网膜母细胞瘤中的过度表达及其对细胞活性和代谢的影响，并验证了衣康酸作为ALDOA抑制剂的有效性	本研究主要集中在细胞和组织水平，尚未在临床试验中验证其疗效	阐明ALDOA在视网膜母细胞瘤中的作用并探索新的治疗策略	视网膜母细胞瘤细胞和组织	数字病理学	视网膜母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	多种细胞类型，包括锥前体细胞、类视网膜母细胞瘤细胞和视网膜母细胞瘤样细胞，以及视网膜母细胞瘤组织和细胞系
478	2024-09-15	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Repair Features of Human Umbilical Cord Mesenchymal Stromal Cells 2024-Sep-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202310-1975OC PMID:38564376	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术揭示人脐带间充质干细胞的修复特征，并探讨其在慢性肺病中的治疗潜力	首次通过单细胞RNA测序技术分析人脐带间充质干细胞的转录组特征，并发现具有祖细胞样转录组的干细胞在实验性支气管肺发育不良中表现出更好的肺保护作用	临床试验结果尚未完全匹配前期研究的潜力，缺乏定义功能性不同干细胞的具体标准	确定并关联单细胞人脐带间充质干细胞的转录组特征与治疗潜力	人脐带间充质干细胞和人类新生儿真皮成纤维细胞	数字病理学	慢性肺病	单细胞RNA测序	NA	转录组	五个足月捐赠者的脐带间充质干细胞和人类新生儿真皮成纤维细胞
479	2024-09-15	SLC8A1, a novel prognostic biomarker and immunotherapy target in RSA and UCEC based on scRNA-seq and pan-cancer analysis 2024-Sep-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e36899 PMID:39263055	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和泛癌分析，鉴定了SLC8A1作为RSA和UCEC的新型预后生物标志物和免疫治疗靶点	首次将SLC8A1鉴定为RSA和UCEC的预后生物标志物和免疫治疗靶点	仅限于体外实验，未进行临床试验验证	鉴定RSA和UCEC的预后生物标志物和免疫治疗靶点	RSA和UCEC患者样本	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	RSA蜕膜样本
480	2024-09-15	PGRMC2 influences the onset of postmenopausal osteoporosis through disulfidptosis in monocytes: Evidence from experimental validation and Mendelian randomization 2024-Sep-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e36570 PMID:39263088	研究论文	研究探讨了硫化物死亡在单核细胞中的作用及其与绝经后骨质疏松症的关系	首次将PGRMC2与绝经后骨质疏松症的病理机制联系起来，并提供了实验验证和孟德尔随机化分析的支持	研究主要基于实验动物模型和数据库分析，需要进一步的人体临床试验验证	探索PGRMC2在绝经后骨质疏松症发病机制中的作用	单核细胞、骨组织、骨髓间充质干细胞、成骨细胞和脂肪细胞	NA	骨质疏松症	单细胞RNA测序、微阵列分析、Western blotting、免疫组化、孟德尔随机化分析	NA	基因表达数据	使用了去卵巢小鼠模型和来自decode和GWAS数据库的数据