单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2024-09-17	CYR61/CCN1: A Novel Mediator of Redox Response in Corneal Stromal Cells of Keratoconus 2024-Sep-12, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.110093 PMID:39277098	研究论文	研究探讨了CYR61/CCN1在圆锥角膜基质细胞氧化应激反应中的作用	首次揭示了CYR61在圆锥角膜基质细胞氧化应激反应中的关键作用	研究主要集中在细胞水平，缺乏临床数据支持	阐明氧化应激在圆锥角膜病理生理中的分子机制	圆锥角膜基质细胞	NA	圆锥角膜	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	圆锥角膜组和对照组的基质细胞
442	2024-09-17	Single-Cell RNA Sequencing Revealing that MMP12+ Macrophages are Associated with Cancer Liver Metastasis 2024-Sep-12, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673337385240827061539 PMID:39279118	研究论文	研究探讨了MMP12+巨噬细胞在结直肠癌肝转移中的作用	首次揭示了MMP12+巨噬细胞在结直肠癌肝转移中的关键作用及其相关信号通路	研究主要基于单细胞RNA测序数据，未涉及体内实验验证	探讨MMP12+巨噬细胞在结直肠癌肝转移中的功能	MMP12+巨噬细胞及其在结直肠癌肝转移中的作用	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	结直肠癌及其肝转移组织的单细胞RNA测序数据
443	2024-09-17	Analysis of the Mechanism Underlying Radiotherapy Resistance Caused by Oligodendroglia Cells in Glioblastoma by Applying the Single-cell RNA Sequencing Technology 2024-Sep-12, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673337314240911053946 PMID:39279122	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了胶质母细胞瘤中少突胶质细胞导致放疗抵抗的分子机制	首次识别出两个少突胶质细胞亚群（ODC3和ODC4）作为胶质母细胞瘤放疗抵抗的群体，并揭示了它们通过不同的分子机制发展放疗抵抗	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制	探索胶质母细胞瘤放疗抵抗的分子机制并识别关键影响因素	胶质母细胞瘤中的少突胶质细胞及其放疗抵抗机制	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	从Gene Expression Omnibus (GEO)数据库下载的胶质母细胞瘤单细胞RNA测序数据
444	2024-09-15	Scoping Review: Methods and Applications of Spatial Transcriptomics in Tumor Research 2024-Sep-06, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16173100 PMID:39272958	综述	本文综述了空间转录组学在肿瘤研究中的方法和应用	本文总结了当前空间转录组学在肿瘤研究中的方法、趋势和数据分析技术	近一半的研究缺乏全面的数据处理协议，影响了研究的重复性	提高肿瘤研究中空间转录组学研究的重复性和可靠性	空间转录组学在肿瘤研究中的应用和挑战	NA	肿瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	分析了41篇文章和公共数据仓库的数据
445	2024-09-17	Approximating mutual information of high-dimensional variables using learned representations 2024-Sep-03, ArXiv PMID:39279839	研究论文	本文提出了一种名为潜在互信息（LMI）近似的方法，用于在高维数据中近似互信息	LMI方法利用高维数据中的低维结构，通过非参数互信息估计器和简单理论模型架构学习到的低维表示来近似高维变量间的互信息	NA	探索在高维数据中利用低维结构近似互信息的方法	高维变量间的互信息	机器学习	NA	非参数互信息估计器	理论模型架构	高维数据	NA
446	2024-09-17	FateNet: an integration of dynamical systems and deep learning for cell fate prediction 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae525 PMID:39177093	研究论文	本文介绍了一种名为FateNet的计算方法，结合动力系统理论和深度学习，用于预测细胞命运	FateNet通过整合动力系统理论和深度学习，提高了细胞命运决策点的预测精度，并提供了对生物系统新状态的定性见解	NA	理解细胞决策过程及其对生物系统（如组织健康和功能）的影响	细胞命运决策和细胞状态动态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习	基因表达数据	使用不同的scRNA-seq数据进行验证
447	2024-09-17	Systematic comparison of sequencing-based spatial transcriptomic methods 2024-Sep, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02325-3 PMID:38965443	研究论文	本文系统比较了11种基于测序的空间转录组学方法	首次全面基准测试不同的空间转录组学平台，并强调了分子扩散作为不同方法和组织中的变量参数	现有技术之间的变异性和数据集的多样性使得制定标准化的评估指标具有挑战性	帮助生物学家选择空间转录组学平台，并促进评估标准的共识	11种空间转录组学方法	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	多个参考组织和区域
448	2024-09-17	Unlocking reproducible transcriptomic signatures for acute myeloid leukaemia: Integration, classification and drug repurposing 2024-Sep, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70085 PMID:39267259	研究论文	本研究通过整合34个数据集，识别出10,000个与急性髓系白血病（AML）相关的基因，并利用机器学习技术发现191个AML特征，同时开发了一个用户友好的数据库平台CSAMLdb，以促进研究结果的复用和个性化分析	本研究通过整合多源数据集和使用机器学习技术，成功识别出AML相关的基因和特征，并开发了一个用户友好的数据库平台，以增强研究的复现性和可定制性	NA	解决急性髓系白血病（AML）转录组研究中的异质性问题，并发现新的治疗策略	急性髓系白血病（AML）及其亚型	机器学习	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	XGBoost	转录组数据	34个数据集，包括26个对照组、6个预后数据集和2个单细胞RNA测序数据集
449	2024-09-16	Reconstitution of the Multiple Myeloma Microenvironment Following Lymphodepletion with BCMA CAR-T Therapy 2024-Sep-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0352 PMID:39024031	研究论文	研究了BCMA CAR-T细胞疗法后多发性骨髓瘤微环境的重组	揭示了BCMA CAR-T疗法后多发性骨髓瘤微环境的动态变化，并提供了预测治疗反应性的线索	样本量较小，仅涉及七名患者	研究BCMA CAR-T细胞疗法后多发性骨髓瘤微环境的重组	多发性骨髓瘤患者的骨髓样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	14个骨髓样本，来自7名患者
450	2024-09-15	Computational Strategies and Algorithms for Inferring Cellular Composition of Spatial Transcriptomics Data 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae057 PMID:39110523	综述	本文综述了空间转录组学数据中细胞成分推断的计算策略和算法	总结了最新的细胞比例估计进展，并展望了该领域的未来方向	当前空间技术无法直接测量细胞信息，只能通过空间点进行特征化	总结和展望空间转录组学数据中细胞成分推断的计算方法	空间转录组学数据中的细胞成分	生物信息学	NA	空间转录组学技术	NA	转录组数据	NA
451	2024-09-16	Exploring the relationship between the interleukin family and lung adenocarcinoma through Mendelian randomization and RNA sequencing analysis 2024-Sep-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01325-1 PMID:39264458	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和RNA测序分析探索白细胞介素家族与肺腺癌之间的关系	首次通过孟德尔随机化和RNA测序分析揭示了白细胞介素因子与肺腺癌发生和进展的因果关系	研究主要基于数据集分析，缺乏体内实验验证	揭示白细胞介素因子与肺腺癌之间的关联	白细胞介素因子与肺腺癌	数字病理学	肺癌	RNA测序	NA	RNA	多个中心的患者样本
452	2024-09-16	Cellular origin and clonal evolution of human dedifferentiated liposarcoma 2024-Sep-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52067-1 PMID:39266532	研究论文	研究了人类去分化脂肪肉瘤的细胞起源和克隆进化	通过单细胞RNA测序、DNA测序、原位多重免疫荧光和功能实验，揭示了去分化脂肪肉瘤中肿瘤脂肪干细胞的起源及其在克隆进化中的作用	NA	探讨去分化脂肪肉瘤的细胞起源和克隆进化机制	去分化脂肪肉瘤中的肿瘤脂肪干细胞及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	脂肪肉瘤	单细胞RNA测序、DNA测序、原位多重免疫荧光	NA	基因组数据	来自原发性去分化脂肪肉瘤肿瘤的配对WD和DD成分
453	2024-09-16	Maf expression in B cells restricts reactive plasmablast and germinal center B cell expansion 2024-Sep-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52224-6 PMID:39266537	研究论文	本文研究了Maf在B细胞中的表达对反应性浆母细胞和生发中心B细胞扩张的限制作用	首次揭示了Maf在B细胞中作为负调控因子，限制了浆母细胞的增殖和生发中心B细胞的形成	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类B细胞的研究	探讨Maf在B细胞分化和适应性免疫反应中的作用	小鼠B细胞中的Maf表达	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	Maf缺陷小鼠和野生型对照小鼠的脾脏B细胞
454	2024-09-16	Spatial transcriptomics reveals tumor-derived SPP1 induces fibroblast chemotaxis and activation in the hepatocellular carcinoma microenvironment 2024-Sep-12, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05613-w PMID:39267037	研究论文	研究揭示了肝细胞癌微环境中肿瘤细胞分泌的SPP1诱导成纤维细胞趋化和激活的机制	首次阐明了SPP1-CD44信号轴在肿瘤细胞与成纤维细胞相互作用中的关键作用	研究主要基于公共数据库的数据和临床样本，缺乏体内外实验的直接验证	探讨肝细胞癌微环境中肿瘤细胞与成纤维细胞相互作用的机制	肝细胞癌微环境中的肿瘤细胞和成纤维细胞	数字病理学	肝癌	空间转录组学和单细胞转录组学	NA	转录组数据	分析了10个空间转录组和12个单细胞转录组样本，以及20个肝癌患者的肿瘤组织样本
455	2024-09-16	Single-cell sequencing of the vermiform appendix during development identifies transcriptional relationships with appendicitis in preschool children 2024-Sep-12, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-024-03611-9 PMID:39267041	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了人类阑尾在发育过程中的转录特征，并探讨了其与学龄前儿童阑尾炎的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了阑尾发育过程中的细胞图谱，并发现了BMP信号通路在阑尾上皮发育中的潜在作用	研究样本量较小，且仅限于学龄前儿童，可能影响结果的普适性	深入了解人类阑尾的发育过程及其与学龄前儿童阑尾炎的关系	人类阑尾在胎儿、儿童及学龄前炎症阶段的细胞	数字病理学	阑尾炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括胎儿、儿童及学龄前炎症阶段的阑尾样本
456	2024-09-16	Multi‑omics identification of a signature based on malignant cell-associated ligand-receptor genes for lung adenocarcinoma 2024-Sep-12, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12911-5 PMID:39267056	研究论文	本文通过多组学分析，构建了一个基于恶性细胞相关配体-受体基因的肺腺癌预后标志物	本文通过结合10种机器学习算法，开发了一种新的计算框架，用于识别肺腺癌的预后标志物	NA	开发一种新的方法来评估肺腺癌患者的预后，并提供开发更有效免疫疗法的见解	肺腺癌的恶性细胞相关配体-受体基因	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	机器学习算法	基因组数据、转录组数据、免疫数据	317例免疫治疗患者
457	2024-09-16	A novel spherical GelMA-HAMA hydrogel encapsulating APET×2 polypeptide and CFIm25-targeting sgRNA for immune microenvironment modulation and nucleus pulposus regeneration in intervertebral discs 2024-Sep-12, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02783-z PMID:39267105	研究论文	研究开发了一种新型球形GelMA-HAMA水凝胶，用于调节免疫微环境并促进椎间盘髓核再生	首次使用球形GelMA-HAMA水凝胶封装APET×2多肽和CFIm25靶向sgRNA，用于治疗椎间盘退变	NA	探讨CFIm25在椎间盘退变中的作用，并开发新型治疗策略	椎间盘髓核细胞和小鼠模型	生物医学工程	脊柱疾病	CRISPR-Cas9, 单细胞转录组学, 高通量转录组学	NA	基因表达, 蛋白质表达, 细胞活性, 细胞迁移	小鼠椎间盘髓核细胞
458	2024-09-16	c-Myc alone is enough to reprogram fibroblasts into functional macrophages 2024-Sep-12, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01605-x PMID:39267119	研究论文	本文报道了一种通过c-Myc过表达将成纤维细胞重编程为具有吞噬功能巨噬细胞的新方法	首次证明c-Myc单独足以将成纤维细胞重编程为功能性巨噬细胞，为癌症免疫治疗提供了新的细胞来源	NA	探索将成纤维细胞重编程为功能性巨噬细胞的新方法，以促进基于巨噬细胞的癌症治疗	成纤维细胞、巨噬细胞、CD45+ 髓系细胞复合体（MCC）、诱导巨噬细胞（iMac）	细胞生物学	癌症	流式细胞术、单细胞RNA测序、ChIP-qPCR、荧光素酶报告基因分析、免疫荧光	NA	细胞	白血病、乳腺癌和患者来源的肿瘤异种移植模型
459	2024-09-16	Glucose deprivation-induced disulfidptosis in human nucleus pulposus cells: a novel pathological mechanism of intervertebral disc degeneration 2024-Sep-12, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00528-4 PMID:39267140	研究论文	研究了葡萄糖剥夺诱导的人椎间盘髓核细胞中的二硫化物死亡，揭示了椎间盘退变的新病理机制	首次揭示了葡萄糖剥夺诱导的二硫化物死亡在椎间盘退变中的作用，并鉴定了一个新的二硫化物死亡相关细胞亚群	研究仅限于体外实验和单细胞RNA测序分析，缺乏体内实验验证	探讨葡萄糖剥夺诱导的二硫化物死亡在椎间盘退变中的病理机制	人椎间盘髓核细胞和椎间盘退变样本	数字病理学	椎间盘退变	RNA测序、单细胞RNA测序、全基因组DNA甲基化	机器学习	基因表达数据	一个正常样本和一个椎间盘退变样本
460	2024-09-16	Identification of macrophage driver genes in fibrosis caused by different heart diseases based on omics integration 2024-Sep-12, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05624-7 PMID:39267173	研究论文	本研究利用单细胞转录组学和批量RNA测序分析，探讨了不同心脏病引起的纤维化中巨噬细胞驱动基因的关系	首次通过整合单细胞转录组学和批量RNA测序数据，揭示了四种心脏病中巨噬细胞介导的心肌纤维化的驱动基因，并验证了左心室辅助装置（LVAD）对心衰患者的治疗效果	NA	探讨不同心脏病引起的心肌纤维化中巨噬细胞的遗传病理生理机制	巨噬细胞在心肌纤维化中的作用及其驱动基因	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学、批量RNA测序	NA	转录组数据	四种心脏病（扩张型心肌病、缺血性心肌病、心肌梗死、心衰）的单细胞数据