单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2024-09-22	Tumor endothelium-derived PODXL correlates with immunosuppressive microenvironment and poor prognosis in cervical cancer patients receiving radiotherapy or chemoradiotherapy 2024-Sep-18, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00655-0 PMID:39294825	研究论文	研究探讨了宫颈癌患者接受放疗或放化疗后，肿瘤内皮细胞来源的PODXL蛋白与免疫抑制微环境和预后的关系	首次揭示了PODXL在宫颈癌肿瘤内皮细胞中的表达，并探讨了其在放疗或放化疗后的作用及其对患者预后的影响	研究样本量有限，且仅限于接受放疗或放化疗的宫颈癌患者	探讨PODXL在宫颈癌中的表达及其对患者预后的影响	宫颈癌患者及其肿瘤内皮细胞	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	180例免疫染色数据，29,453个单细胞RNA测序数据，187例宫颈癌样本的批量RNA测序数据
422	2024-09-22	UnTWISTing intestinal fibrosis: single-cell transcriptomics deciphers fibroblast heterogeneity, uncovers molecular pathways, and identifies therapeutic targets 2024-Sep-17, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI184112 PMID:39286981	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术揭示了肠道纤维化过程中成纤维细胞的异质性，并发现了关键的分子通路和治疗靶点	本研究首次鉴定了TWIST1+FAP+成纤维细胞亚群及其与CXCL9+巨噬细胞的相互作用，揭示了TWIST1在纤维化微环境中的核心调控作用	NA	揭示肠道纤维化的分子机制并寻找潜在的治疗靶点	肠道纤维化中的成纤维细胞和巨噬细胞	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
423	2024-09-22	S100A9 and HMGB1 orchestrate MDSC-mediated immunosuppression in melanoma through TLR4 signaling 2024-Sep-11, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009552 PMID:39266214	研究论文	研究探讨了S100A9和HMGB1通过TLR4信号传导在黑色素瘤中调控MDSC介导的免疫抑制的作用	揭示了TLR4和RAGE信号在将单核细胞转化为MDSC样细胞中的关键作用，并提出了靶向S100A9以防止这种转化的潜力	NA	研究TLR4和RAGE信号及其配体S100A9和HMGB1在黑色素瘤中MDSC介导的免疫抑制中的作用	MDSC、单核细胞、TLR4信号、RAGE信号、S100A9、HMGB1	NA	黑色素瘤	ELISA、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA数据	来自晚期黑色素瘤患者的外周血MDSC和健康供体来源的单核细胞
424	2024-09-22	Binomial models uncover biological variation during feature selection of droplet-based single-cell RNA sequencing 2024-Sep, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012386 PMID:39241106	研究论文	本文提出了一种名为“差异分布基因”（DDGs）的简单特征选择模型，用于区分单细胞RNA测序数据中的技术噪声和生物变异	提出的DDG模型在区分真实生物变异基因、减少邻域失真和准确划分细胞类型方面优于现有方法	NA	区分单细胞RNA测序数据中的技术噪声和生物变异	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	二项式模型	基因表达数据	NA
425	2024-09-22	Single-cell RNA sequencing reveals melanoma cell state-dependent heterogeneity of response to MAPK inhibitors 2024-Sep, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105308 PMID:39216232	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析黑色素瘤细胞在MAPK抑制剂治疗下的状态依赖性异质性反应	引入了一种综合计算方法来识别不同转录细胞状态下的响应和非响应黑色素瘤细胞	NA	研究黑色素瘤细胞在MAPK抑制剂治疗下的反应和耐药性	免疫治疗前和免疫治疗抵抗的黑色素瘤肿瘤	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
426	2024-09-21	Single-Cell RNA-Sequencing of Soybean Reveals Transcriptional Changes and Antiviral Functions of GmGSTU23 and GmGSTU24 in Response to Soybean Mosaic Virus 2024-Sep-20, Plant, cell & environment DOI:10.1111/pce.15164 PMID:39301882	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示大豆在响应大豆花叶病毒感染时GmGSTU23和GmGSTU24的转录变化及其抗病毒功能	首次通过单细胞RNA测序技术在大豆中研究大豆花叶病毒感染后的转录变化，并发现GmGSTU23和GmGSTU24在抗病毒反应中的重要作用	研究仅限于大豆和烟草的实验，未涉及其他植物或病毒	深入理解大豆在响应大豆花叶病毒感染时的转录网络变化及其抗病毒机制	大豆的表皮细胞、叶肉细胞和维管细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	50,294个原生质体
427	2024-09-21	Iron chelation as a new therapeutic approach to prevent senescence and liver fibrosis progression 2024-Sep-17, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-07063-0 PMID:39289337	研究论文	研究探讨了铁螯合剂在预防衰老和肝纤维化进展中的作用	首次探讨了铁过载与细胞衰老在肝纤维化中的机制联系，并验证了铁螯合剂在预防肝纤维化和细胞衰老中的效果	铁螯合剂对不同诱导剂引起的衰老和激活标记的影响有限	探讨铁过载与细胞衰老在肝纤维化中的机制联系，并验证铁螯合剂的治疗潜力	肝纤维化模型中的铁积累、细胞衰老及相关基因表达	NA	肝病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括CCl处理的小鼠、人肝细胞HH4细胞和肝星状细胞LX-2细胞
428	2024-09-21	High ratio of resident to exhausted CD4 + T cells predicts favorable prognosis and potentially better immunotherapeutic efficacy in hepatocellular carcinoma 2024-Sep-17, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12916-0 PMID:39289669	研究论文	研究探讨了肝细胞癌中肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）的驻留和耗竭状态对预后和免疫治疗效果的影响	首次揭示了驻留与耗竭CD4+ T细胞比例在肝细胞癌中的独立预后价值，并发现SASS6基因作为免疫荒漠亚型的关键预测因子	研究主要基于单细胞RNA测序数据，未来需进一步验证临床样本中的发现	探讨肝细胞癌中肿瘤浸润淋巴细胞的驻留和耗竭状态对预后和免疫治疗效果的影响	肝细胞癌患者的肿瘤浸润淋巴细胞及其驻留和耗竭状态	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确具体数量
429	2024-09-21	Dual role of targeting NAE1 in nasopharyngeal carcinoma: Antitumor effects yet inducing radiotherapy resistance 2024-Sep-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37219 PMID:39296043	研究论文	研究NAE1在鼻咽癌中的双重作用，即抑制肿瘤生长但增加放疗抵抗性	首次探讨了NAE1抑制剂MLN4924在鼻咽癌中的双重作用，即抑制肿瘤生长同时增加放疗抵抗性	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏更大规模的临床试验验证	探讨NAE1在鼻咽癌中的作用及其对放疗敏感性的影响	鼻咽癌细胞及其对放疗的敏感性	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	机器学习模型	RNA	体外和体内实验样本
430	2024-09-21	Single-cell transcriptomics reveals the cellular identity of a novel progenitor population crucial for murine neural tube closure 2024-Sep-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37259 PMID:39296075	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了在小鼠神经管闭合中起关键作用的新型前体细胞群体的细胞身份	发现了在神经管闭合过程中起关键作用的新型前体细胞群体，并揭示了其细胞身份	NA	研究小鼠神经管闭合过程中关键的前体细胞群体	小鼠神经管闭合过程中的前体细胞群体	单细胞转录组学	脊柱裂	单细胞转录组学	NA	转录组数据	E8.5时期的小鼠神经管前体细胞群体
431	2024-09-21	Neutrophil extracellular trap genes predict immunotherapy response in gastric cancer 2024-Sep-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37357 PMID:39296112	研究论文	研究探讨了中性粒细胞外陷阱（NET）相关基因在胃癌（GC）中的表达模式及其与临床病理特征、预后、肿瘤微环境（TME）特征和免疫治疗疗效的关系	首次构建了NET相关基因特征，并验证了其在预测胃癌免疫治疗反应中的高准确性	NA	研究NET相关基因在胃癌中的表达及其与免疫治疗反应的关系	胃癌患者的中性粒细胞外陷阱相关基因表达	数字病理学	胃癌	转录组测序和单细胞RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	共1033例胃癌样本，来自TCGA-STAD（415例）、GSE62254（300例）、GSE15459（192例）和GSE183904（26例）
432	2024-09-21	Performance comparison of high throughput single-cell RNA-Seq platforms in complex tissues 2024-Sep-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37185 PMID:39296129	研究论文	本文系统比较了两种高吞吐量的3'-scRNAseq平台（10× Chromium和BD Rhapsody）在复杂肿瘤组织中的性能	首次全面比较了10× Chromium和BD Rhapsody在复杂肿瘤组织中的性能，并探讨了它们在不同条件下的表现差异	研究仅限于两种平台，未涵盖所有scRNAseq系统	比较不同单细胞RNA测序平台在复杂组织中的性能	10× Chromium和BD Rhapsody平台在肿瘤组织中的性能	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	来自同一肿瘤的新鲜和人工损伤样本
433	2024-09-21	The contribution of adiponectin to diabetic retinopathy progression: Association with the AGEs-RAGE pathway 2024-Sep-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e36111 PMID:39296166	研究论文	研究探讨了脂联素在糖尿病视网膜病变进展中的作用及其与AGEs-RAGE通路的关系	首次揭示了脂联素在AGEs-RAGE轴中的中心作用，并通过scRNA-seq和ELISA验证了其在糖尿病视网膜病变进展中的关键角色	研究样本量较小，且仅限于特定人群和动物模型，可能影响结果的普适性	阐明脂联素在糖尿病视网膜病变进展中的分子机制	脂联素及其在AGEs-RAGE轴中的作用	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ELISA	NA	基因表达数据	31名患者和11名对照组受试者，以及小鼠模型
434	2024-09-20	PTN from Leydig cells activates SDC2 and modulates human spermatogonial stem cell proliferation and survival via GFRA1 2024-Sep-16, Biological research IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s40659-024-00546-6 PMID:39285301	研究论文	研究探讨了睾丸间质细胞通过PTN激活SDC2，从而调控人类精原干细胞增殖和生存的机制	揭示了人类精原干细胞调控的新机制，并提出了潜在的治疗男性不育的靶点	仅在约50%的细胞中观察到PTN和SDC2的共定位	探讨人类精原干细胞发育的机制及其在男性不育中的潜在作用	人类精原干细胞及其在男性精子发生中的作用	细胞生物学	男性不育	单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了GEO数据库中的GSE149512和GSE112013数据集
435	2024-09-20	Single-cell analysis via manifold fitting: A framework for RNA clustering and beyond 2024-Sep-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2400002121 PMID:39226348	研究论文	本文介绍了一种名为scAMF的框架，通过流形拟合技术提高单细胞RNA测序数据的聚类精度和可视化效果	提出了scAMF框架，通过流形拟合模块有效去噪单细胞RNA测序数据，提高了聚类效率和数据可视化清晰度	NA	提高单细胞RNA测序数据的分析精度和可靠性	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	流形拟合	RNA数据	25个公开的单细胞RNA测序数据集，涵盖多种测序平台、物种和器官类型
436	2024-09-20	Qki5 safeguards spinal motor neuron function by defining the motor neuron-specific transcriptome via pre-mRNA processing 2024-Sep-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2401531121 PMID:39226364	研究论文	本文研究了RNA结合蛋白Qki5通过调节前mRNA加工过程，保护脊髓运动神经元功能并定义运动神经元特异性转录组	首次揭示了Qki5在运动神经元特异性转录组形成中的关键作用，并通过实验验证了其在运动神经元保护和疾病发病机制中的重要性	NA	探讨Qki5在运动神经元疾病中的分子机制及其对运动神经元功能的影响	脊髓运动神经元及其特异性转录组	数字病理学	运动神经元疾病	RNA测序 (RNA-seq), 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	小鼠模型
437	2024-09-20	ScRNA-seq reveals the spatiotemporal distribution of camptothecin pathway and transposon activity in Camptotheca acuminata shoot apexes and leaves 2024 Sep-Oct, Physiologia plantarum IF:5.4Q1 DOI:10.1111/ppl.14508 PMID:39295090	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析了喜树（Camptotheca acuminata）的顶芽和叶片的细胞类型及其在喜树碱合成途径和转座子活动中的时空分布	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了喜树碱合成途径和转座子活动在喜树顶芽和叶片中的时空分布特征	NA	探讨喜树碱合成途径和转座子活动在喜树顶芽和叶片中的时空分布特征	喜树（Camptotheca acuminata）的顶芽和叶片	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	超过60,000个细胞
438	2024-09-19	3D spheroid culture synchronizes heterogeneous MSCs into an immunomodulatory phenotype with enhanced anti-inflammatory effects 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110811 PMID:39286508	研究论文	研究通过3D球状培养将异质性间充质干细胞（MSCs）同步化为具有增强抗炎作用的免疫调节表型	首次发现3D球状培养可以将异质性MSCs同步化为统一的免疫抑制表型，并显著增强其抗炎效果	NA	探索3D球状培养对MSCs表型和功能的影响	间充质干细胞（MSCs）及其在3D球状培养下的表型和功能变化	NA	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	异质性MSCs在2D和3D培养条件下的细胞样本
439	2024-09-19	Type I interferon signaling regulates myeloid and T cell crosstalk in the glioblastoma tumor microenvironment 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110810 PMID:39286510	研究论文	研究探讨了I型干扰素信号在胶质母细胞瘤肿瘤微环境中对髓系细胞和T细胞相互作用的影响	利用单细胞RNA测序分析肿瘤浸润淋巴细胞，揭示了I型干扰素信号在髓系细胞中对T细胞功能的调节作用	研究基于Gl261小鼠胶质母细胞瘤模型，结果的临床转化性有待进一步验证	探讨I型干扰素信号在胶质母细胞瘤肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗的影响	胶质母细胞瘤肿瘤微环境中的髓系细胞和T细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用Gl261小鼠胶质母细胞瘤模型进行研究
440	2024-09-19	Positional information modulates transient regeneration-activated cell states during vertebrate appendage regeneration 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110737 PMID:39286507	研究论文	研究了非洲齿鲤尾部再生过程中的组织动态变化，发现位置特异性的空间分布调节、持久性和增殖幅度	揭示了基底表皮中一种瞬时再生激活细胞状态（TRACS），并通过重塑细胞外基质（ECM）传递位置信息	NA	探讨脊椎动物附肢再生过程中位置信息传递的机制	非洲齿鲤的尾部再生组织	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA