单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
401	2024-09-21	Performance comparison of high throughput single-cell RNA-Seq platforms in complex tissues 2024-Sep-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37185 PMID:39296129	研究论文	本文系统比较了两种高吞吐量的3'-scRNAseq平台（10× Chromium和BD Rhapsody）在复杂肿瘤组织中的性能	首次全面比较了10× Chromium和BD Rhapsody在复杂肿瘤组织中的性能，并探讨了它们在不同条件下的表现差异	研究仅限于两种平台，未涵盖所有scRNAseq系统	比较不同单细胞RNA测序平台在复杂组织中的性能	10× Chromium和BD Rhapsody平台在肿瘤组织中的性能	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	来自同一肿瘤的新鲜和人工损伤样本
402	2024-09-21	The contribution of adiponectin to diabetic retinopathy progression: Association with the AGEs-RAGE pathway 2024-Sep-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e36111 PMID:39296166	研究论文	研究探讨了脂联素在糖尿病视网膜病变进展中的作用及其与AGEs-RAGE通路的关系	首次揭示了脂联素在AGEs-RAGE轴中的中心作用，并通过scRNA-seq和ELISA验证了其在糖尿病视网膜病变进展中的关键角色	研究样本量较小，且仅限于特定人群和动物模型，可能影响结果的普适性	阐明脂联素在糖尿病视网膜病变进展中的分子机制	脂联素及其在AGEs-RAGE轴中的作用	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ELISA	NA	基因表达数据	31名患者和11名对照组受试者，以及小鼠模型
403	2024-09-21	A practical handbook on single-cell RNA sequencing data quality control and downstream analysis 2024-Sep, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.mocell.2024.100103 PMID:39094968	review	本文提供了一个关于单细胞RNA测序数据质量控制和下游分析的实用手册	本文通过详细阐述高质量细胞选择和分析过程中的注意事项，为单细胞分析提供了基础	NA	本文旨在改进单细胞分析的质量，并提供一个有价值的分析指南	单细胞RNA测序数据的质量控制和下游分析	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
404	2024-09-20	PTN from Leydig cells activates SDC2 and modulates human spermatogonial stem cell proliferation and survival via GFRA1 2024-Sep-16, Biological research IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s40659-024-00546-6 PMID:39285301	研究论文	研究探讨了睾丸间质细胞通过PTN激活SDC2，从而调控人类精原干细胞增殖和生存的机制	揭示了人类精原干细胞调控的新机制，并提出了潜在的治疗男性不育的靶点	仅在约50%的细胞中观察到PTN和SDC2的共定位	探讨人类精原干细胞发育的机制及其在男性不育中的潜在作用	人类精原干细胞及其在男性精子发生中的作用	细胞生物学	男性不育	单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了GEO数据库中的GSE149512和GSE112013数据集
405	2024-09-20	Single-cell analysis via manifold fitting: A framework for RNA clustering and beyond 2024-Sep-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2400002121 PMID:39226348	研究论文	本文介绍了一种名为scAMF的框架，通过流形拟合技术提高单细胞RNA测序数据的聚类精度和可视化效果	提出了scAMF框架，通过流形拟合模块有效去噪单细胞RNA测序数据，提高了聚类效率和数据可视化清晰度	NA	提高单细胞RNA测序数据的分析精度和可靠性	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	流形拟合	RNA数据	25个公开的单细胞RNA测序数据集，涵盖多种测序平台、物种和器官类型
406	2024-09-20	Qki5 safeguards spinal motor neuron function by defining the motor neuron-specific transcriptome via pre-mRNA processing 2024-Sep-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2401531121 PMID:39226364	研究论文	本文研究了RNA结合蛋白Qki5通过调节前mRNA加工过程，保护脊髓运动神经元功能并定义运动神经元特异性转录组	首次揭示了Qki5在运动神经元特异性转录组形成中的关键作用，并通过实验验证了其在运动神经元保护和疾病发病机制中的重要性	NA	探讨Qki5在运动神经元疾病中的分子机制及其对运动神经元功能的影响	脊髓运动神经元及其特异性转录组	数字病理学	运动神经元疾病	RNA测序 (RNA-seq), 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	小鼠模型
407	2024-09-20	Joint trajectory inference for single-cell genomics using deep learning with a mixture prior 2024-Sep-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2316256121 PMID:39226366	研究论文	本文介绍了一种名为VITAE的统计方法，通过结合潜在层次混合模型和变分自编码器来推断单细胞测序数据中的轨迹	VITAE方法在现有工具缺乏一致统计模型和可靠不确定性量化的基础上，引入了层次混合模型和变分自编码器，增强了框架的可解释性并提供了计算效率和不确定性量化	NA	开发一种新的统计方法来提高单细胞测序数据中轨迹推断的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据中的细胞发育路径和分化过程	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	变分自编码器	基因表达数据	涉及三个小鼠新皮质单细胞RNA测序数据集
408	2024-09-20	A distribution-free and analytic method for power and sample size calculation in single-cell differential expression 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae540 PMID:39231036	研究论文	提出了一种基于广义估计方程的分析方法scPS，用于单细胞差异表达分析中的功效和样本量计算	scPS方法不假设数据分布，并考虑了个体样本内的细胞间相关性，避免了现有方法的局限性	未提及具体局限性	开发一种无需特定分布假设且能准确考虑细胞间相关性的方法，用于单细胞差异表达分析中的功效和样本量计算	单细胞转录组数据中的差异表达分析	生物信息学	NA	广义估计方程	NA	转录组数据	未提及具体样本量
409	2024-09-20	Proteomic signatures improve risk prediction for common and rare diseases 2024-Sep, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03142-z PMID:39039249	研究论文	本文研究了通过整合3000种血浆蛋白质测量数据与临床信息，来提高常见和罕见疾病的10年发病率预测模型的性能	本文首次在41,931名英国生物银行药理蛋白质组学项目参与者中，通过整合血浆蛋白质数据与临床信息，开发了稀疏预测模型，显著提高了对多种疾病的预测性能	本文的研究结果主要基于英国生物银行和EPIC-Norfolk研究的数据，可能存在样本偏倚和外部验证不足的问题	提高常见和罕见疾病的10年发病率预测模型的准确性	41,931名英国生物银行药理蛋白质组学项目参与者的血浆蛋白质数据和临床信息	生物信息学	多种疾病	蛋白质组学	稀疏预测模型	蛋白质数据和临床信息	41,931名参与者
410	2024-09-20	An integrated single-cell reference atlas of the human endometrium 2024-Sep, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01873-w PMID:39198675	研究论文	本文介绍了人类子宫内膜的单细胞参考图谱，整合了63名女性（包括子宫内膜异位症患者和非患者）的单细胞转录组数据	本文创新性地构建了高分辨率的人类子宫内膜细胞图谱（HECA），并识别了先前未报告的细胞类型，通过空间转录组学和新的独立单核数据集进行了验证	NA	研究人类子宫内膜的复杂和动态细胞组成，并识别与子宫内膜异位症相关的细胞类型	人类子宫内膜的单细胞转录组数据，包括63名女性（子宫内膜异位症患者和非患者）的数据	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	313,527个细胞和312,246个核，来自63名女性
411	2024-09-20	ScRNA-seq reveals the spatiotemporal distribution of camptothecin pathway and transposon activity in Camptotheca acuminata shoot apexes and leaves 2024 Sep-Oct, Physiologia plantarum IF:5.4Q1 DOI:10.1111/ppl.14508 PMID:39295090	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析了喜树（Camptotheca acuminata）的顶芽和叶片的细胞类型及其在喜树碱合成途径和转座子活动中的时空分布	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了喜树碱合成途径和转座子活动在喜树顶芽和叶片中的时空分布特征	NA	探讨喜树碱合成途径和转座子活动在喜树顶芽和叶片中的时空分布特征	喜树（Camptotheca acuminata）的顶芽和叶片	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	超过60,000个细胞
412	2024-09-19	3D spheroid culture synchronizes heterogeneous MSCs into an immunomodulatory phenotype with enhanced anti-inflammatory effects 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110811 PMID:39286508	研究论文	研究通过3D球状培养将异质性间充质干细胞（MSCs）同步化为具有增强抗炎作用的免疫调节表型	首次发现3D球状培养可以将异质性MSCs同步化为统一的免疫抑制表型，并显著增强其抗炎效果	NA	探索3D球状培养对MSCs表型和功能的影响	间充质干细胞（MSCs）及其在3D球状培养下的表型和功能变化	NA	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	异质性MSCs在2D和3D培养条件下的细胞样本
413	2024-09-19	Type I interferon signaling regulates myeloid and T cell crosstalk in the glioblastoma tumor microenvironment 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110810 PMID:39286510	研究论文	研究探讨了I型干扰素信号在胶质母细胞瘤肿瘤微环境中对髓系细胞和T细胞相互作用的影响	利用单细胞RNA测序分析肿瘤浸润淋巴细胞，揭示了I型干扰素信号在髓系细胞中对T细胞功能的调节作用	研究基于Gl261小鼠胶质母细胞瘤模型，结果的临床转化性有待进一步验证	探讨I型干扰素信号在胶质母细胞瘤肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗的影响	胶质母细胞瘤肿瘤微环境中的髓系细胞和T细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用Gl261小鼠胶质母细胞瘤模型进行研究
414	2024-09-19	Positional information modulates transient regeneration-activated cell states during vertebrate appendage regeneration 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110737 PMID:39286507	研究论文	研究了非洲齿鲤尾部再生过程中的组织动态变化，发现位置特异性的空间分布调节、持久性和增殖幅度	揭示了基底表皮中一种瞬时再生激活细胞状态（TRACS），并通过重塑细胞外基质（ECM）传递位置信息	NA	探讨脊椎动物附肢再生过程中位置信息传递的机制	非洲齿鲤的尾部再生组织	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
415	2024-09-19	Single-cell RNA-seq reveals a resolving immune phenotype in the oral mucosa 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110735 PMID:39280609	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了口腔黏膜在不同牙周健康状态下的免疫反应	首次通过单细胞RNA测序揭示了口腔黏膜在牙周疾病和恢复过程中的免疫表型变化	研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	探讨口腔黏膜在不同牙周状态下的免疫反应机制	口腔黏膜中的巨噬细胞和中性粒细胞在牙周健康、疾病和恢复过程中的基因表达变化	数字病理学	牙周疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠口腔黏膜样本，涵盖牙周健康、疾病和恢复三种状态
416	2024-09-19	CellChat for systematic analysis of cell-cell communication from single-cell transcriptomics 2024-Sep-16, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01045-4 PMID:39289562	研究论文	本文介绍了一种名为CellChat的计算工具，用于从单细胞转录组数据中推断和分析细胞间通信网络	CellChat v2版本增加了比较功能、扩展了配体-受体对数据库并提供了丰富的功能注释，以及交互式CellChat Explorer	使用该工具需要对R和单细胞数据分析有基本了解，但不需要专门的生物信息学培训	开发和优化一种计算工具，用于系统分析单细胞转录组数据中的细胞间通信	单细胞转录组数据中的细胞间通信网络	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	取决于数据集大小
417	2024-09-19	Foam Cells: The Origin of Formation and Target for Plant-derived Bioactive Compounds 2024-Sep-16, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673316025240829105311 PMID:39289928	综述	本文综述了泡沫细胞的形成来源及其作为植物来源生物活性化合物靶点的研究进展	本文探讨了植物来源的生物活性成分对泡沫细胞形成的抑制作用，并提出了基于细胞靶点的治疗策略	NA	探讨泡沫细胞的形成机制及其作为治疗动脉粥样硬化的潜在靶点	泡沫细胞及其在动脉粥样硬化中的作用	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
418	2024-09-19	Multiomics integrated analysis and experimental validation identify TLR4 and ALOX5 as oxidative stress-related biomarkers in intracranial aneurysms 2024-Sep-15, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03226-0 PMID:39278904	研究论文	通过多组学分析和实验验证，识别与氧化应激相关的颅内动脉瘤诊断标志物TLR4和ALOX5	首次通过多组学分析和实验验证，识别出与氧化应激相关的颅内动脉瘤诊断标志物TLR4和ALOX5，并探讨了其潜在的治疗药物	NA	识别与氧化应激相关的颅内动脉瘤诊断标志物，并探讨其潜在的治疗药物	颅内动脉瘤及其相关基因TLR4和ALOX5	生物信息学	脑血管疾病	多组学分析、单细胞测序、免疫荧光	NA	基因表达数据、单细胞数据	23,342个细胞来自2个颅内动脉瘤和3个浅表颞动脉样本
419	2024-09-19	Identification of Disulfidptosis-Related Genes in Ischemic Stroke by Combining Single-Cell Sequencing, Machine Learning Algorithms, and In Vitro Experiments 2024-Sep-15, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-024-08804-2 PMID:39278970	研究论文	本研究通过结合单细胞测序、机器学习算法和体外实验，识别了缺血性中风中与二硫化物死亡相关的基因	首次将二硫化物死亡相关基因与缺血性中风的病理机制联系起来，并开发了预测缺血性中风风险的诺模图模型	NA	探讨二硫化物死亡相关基因在缺血性中风中的机制作用及其与免疫病理特征的相关性	缺血性中风患者的外周血表达谱及二硫化物死亡相关基因	机器学习	中风	单细胞测序	LASSO、随机森林、SVM-RFE	基因表达数据	NA
420	2024-09-19	Human umbilical cord mesenchymal stem cell-derived exosomes mitigate diabetic nephropathy via enhancing M2 macrophages polarization 2024-Sep-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37002 PMID:39286156	研究论文	研究探讨了人脐带间充质干细胞衍生的外泌体对糖尿病肾病的治疗效果及其分子机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了外泌体在糖尿病肾病中的作用机制，特别是M2巨噬细胞的极化	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证其疗效	研究人脐带间充质干细胞衍生的外泌体对糖尿病肾病的治疗效果及其分子机制	人脐带间充质干细胞衍生的外泌体、糖尿病肾病小鼠模型、M2巨噬细胞	NA	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	糖尿病肾病小鼠模型