单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2024-09-25	Single-cell sequencing reveals the heterogeneity of pancreatic neuroendocrine tumors under genomic instability and histological grading 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110836 PMID:39310774	研究论文	本文通过单细胞测序分析了胰腺神经内分泌肿瘤在基因组不稳定性和组织学分级下的异质性	揭示了肿瘤细胞在不同组织学分级和基因组不稳定性模式下激活的核心通路存在显著差异，并发现多种细胞类型可能参与肝转移过程	NA	研究胰腺神经内分泌肿瘤在基因组不稳定性和组织学分级下的异质性	胰腺神经内分泌肿瘤细胞及其在不同分级和基因组不稳定性下的异质性	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
382	2024-09-25	Single-cell RNA-seq analysis of rat molars reveals cell identity and driver genes associated with dental mesenchymal cell differentiation 2024-Sep-11, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-01996-w PMID:39256700	研究论文	研究使用单细胞RNA测序分析大鼠磨牙，揭示了与牙髓间充质细胞分化相关的细胞身份和驱动基因	首次在大鼠磨牙的晚期钟形阶段使用单细胞RNA测序分析，揭示了牙髓间充质细胞的异质性和分化轨迹，并鉴定了新的细胞标记基因	研究仅限于大鼠磨牙的晚期钟形阶段，未涵盖其他物种或发育阶段	研究牙齿形态发生中的分子机制和信号通路，特别是牙髓间充质细胞的分化	大鼠下颌第一和第二磨牙的牙髓间充质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	大鼠下颌第一和第二磨牙的多个细胞样本
383	2024-09-25	A single-cell transcriptomic dataset of pluripotent stem cell-derived astrocytes via NFIB/SOX9 overexpression 2024-Sep-10, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03823-x PMID:39256463	研究论文	本文通过NFIB/SOX9过表达诱导多能干细胞分化为星形胶质细胞，并进行了单细胞转录组测序分析	建立了NFIB/SOX9诱导的星形胶质细胞分化路径的全面图谱，揭示了分化过程中的分子变化	对诱导星形胶质细胞的精确分化路径和分子特征的理解仍不完全	研究人类神经疾病并识别治疗靶点	多能干细胞衍生的星形胶质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	64,736个细胞
384	2024-09-25	Characterization of prostate macrophage heterogeneity, foam cell markers, and CXCL17 upregulation in a mouse model of steroid hormone imbalance 2024-09-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-71137-4 PMID:39251671	研究论文	研究使用激素失衡小鼠模型，分析前列腺巨噬细胞异质性、泡沫细胞标志物及CXCL17上调	首次在激素失衡小鼠模型中详细描述了前列腺巨噬细胞的异质性，并确认了泡沫细胞在前列腺中的潜在病理作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	进一步表征激素失衡模型中前列腺的细胞异质性，并识别招募的泡沫细胞的特定转录组特征	前列腺巨噬细胞、泡沫细胞及其标志物	NA	前列腺增生	scRNA-seq	NA	转录组数据	C57BL/6J雄性小鼠，植入睾酮和雌二醇缓释颗粒或假手术，共两周
385	2024-09-25	Differential expression of small bowel TGFβ1 and TGFβ3 characterizes intestinal strictures in patients with fibrostenotic Crohn's disease 2024-Sep, Histochemistry and cell biology IF:2.1Q2 DOI:10.1007/s00418-024-02290-0 PMID:38705911	研究论文	研究了TGFβ1和TGFβ3在小肠狭窄患者中的表达差异，以了解其在克罗恩病肠道纤维化中的作用	首次通过原位杂交和单细胞转录组学研究了TGFβ1和TGFβ3在小肠狭窄中的表达差异，揭示了TGFβ3在肠道纤维化中的潜在作用	研究仅限于小肠狭窄的黏膜和黏膜下层，未涉及其他组织或细胞类型	探讨TGFβ1和TGFβ3在克罗恩病小肠狭窄形成中的作用，为治疗提供理论依据	克罗恩病患者的小肠狭窄组织	NA	克罗恩病	原位杂交、单细胞转录组学	NA	基因表达数据	克罗恩病患者的小肠狭窄组织与正常小肠组织
386	2024-09-25	Human organoids with an autologous tissue-resident immune compartment 2024-Sep, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07791-5 PMID:39143209	研究论文	本文描述了一种新型的人类肠道免疫器官（IIOs），通过自组织形成包含自体组织驻留记忆T细胞的肠道器官，用于研究组织驻留免疫反应	首次在器官模型中引入自体组织驻留记忆T细胞，模拟了组织水平的免疫过程	NA	研究组织驻留免疫反应在肿瘤发生、感染和自身免疫疾病中的作用	人类肠道免疫器官（IIOs）及其在癌症治疗相关肠道炎症中的作用	生物医学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
387	2024-09-25	Heme oxygenase 1-mediated ferroptosis in Kupffer cells initiates liver injury during heat stroke 2024-Sep, Acta pharmaceutica Sinica. B DOI:10.1016/j.apsb.2024.05.007 PMID:39309491	研究论文	研究热射病期间库普弗细胞中的血红素氧合酶1介导的铁死亡如何引发肝脏损伤	首次揭示了库普弗细胞中的血红素氧合酶1在热射病期间介导铁死亡，并通过IL-1介导的炎症引发肝脏损伤	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨热射病期间库普弗细胞功能障碍与肝脏损伤的关系	库普弗细胞、血红素氧合酶1、铁死亡、热射病	NA	肝脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠的巨噬细胞
388	2024-09-24	At the interface of tumor-associated macrophages and fibroblasts: immune-suppressive networks and emerging exploitable targets 2024-Sep-23, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1690 PMID:39311702	综述	探讨肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）之间的相互作用及其在肿瘤微环境中的免疫抑制网络	利用单细胞RNA测序（sc-RNA seq）和空间转录组学技术，深入理解TAMs和CAFs之间的信号动态和空间分布	NA	研究TAMs和CAFs在实体肿瘤微环境中的相互作用，寻找新的治疗靶点	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（sc-RNA seq）	NA	转录组数据	NA
389	2024-09-24	Single-cell RNA Sequencing Demonstrates the Heterogeneity of Different Molecular Subtypes in Gastric Cancer 2024-Sep-23, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-024-10922-2 PMID:39311993	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了胃癌不同分子亚型的异质性	揭示了不同TCGA分子亚型胃癌在单细胞水平的异质性，并识别了与预后相关的亚型特异性lncRNA	NA	深入理解胃癌的异质性并预测患者预后	胃癌的不同分子亚型	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	119,878个细胞
390	2024-09-24	RGS19: A novel prognostic biomarker for tumor immunity in clear cell renal cell carcinoma revealed through comprehensive bulk and single-cell sequencing analysis 2024-Sep-21, Asian journal of surgery IF:3.5Q1 DOI:10.1016/j.asjsur.2024.09.057 PMID:39307631	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
391	2024-09-24	Gene regulatory mechanisms of T cell exhaustion in diffuse large B cell lymphoma based on single-cell transcriptome data 2024-Sep-19, Leukemia research IF:2.1Q3 DOI:10.1016/j.leukres.2024.107588 PMID:39307100	研究论文	研究基于单细胞转录组数据分析弥漫性大B细胞淋巴瘤中T细胞耗竭的基因调控机制	首次全面分析了弥漫性大B细胞淋巴瘤中T细胞耗竭的基因表达特征，并发现了ID3基因在T细胞耗竭中的关键作用	研究依赖于公开的单细胞转录组数据，可能存在数据质量和样本多样性的限制	深入理解弥漫性大B细胞淋巴瘤中T细胞耗竭的分子病理机制，寻找新的治疗靶点	弥漫性大B细胞淋巴瘤中的T细胞耗竭及其相关基因表达特征	数字病理学	淋巴瘤	单细胞转录组	NA	转录组数据	使用公开的单细胞转录组数据
392	2024-09-23	Single-cell RNA sequencing identifies interferon-inducible monocytes/macrophages as a cellular target for mitigating the progression of abdominal aortic aneurysm and rupture risk 2024-Sep-21, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae117 PMID:38836630	研究论文	研究通过单细胞RNA测序识别出干扰素诱导的单核细胞/巨噬细胞作为减轻腹主动脉瘤进展和破裂风险的细胞靶点	首次识别出干扰素诱导的单核细胞/巨噬细胞（IFNICs）在腹主动脉瘤发展中的作用，并发现其通过cGAS-STING和JAK-STAT通路促进I型干扰素的分泌	研究主要基于AngII诱导的ApoE-/-小鼠模型，结果的普适性有待进一步验证	探讨腹主动脉瘤发展过程中细胞类型和信号通路的变化，为开发治疗手段提供依据	腹主动脉瘤及其破裂风险	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	AngII诱导的ApoE-/-小鼠的腹主动脉样本
393	2024-09-23	Multi-omics features of immunogenic cell death in gastric cancer identified by combining single-cell sequencing analysis and machine learning 2024-09-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-73071-x PMID:39294296	研究论文	本文通过结合单细胞测序分析和机器学习，识别了胃癌中免疫原性细胞死亡的多组学特征	本文创新性地利用机器学习框架整合101种算法，构建了与免疫原性细胞死亡相关的基因特征，并验证了这些基因与胃癌免疫微环境和侵袭转移的关系	NA	阐明免疫原性细胞死亡在胃癌中的精确作用	胃癌中的免疫原性细胞死亡相关基因及其与免疫微环境和侵袭转移的关系	机器学习	胃癌	单细胞测序分析、转录组测序分析、蛋白质组分析	机器学习算法	基因数据	大量临床样本
394	2024-09-23	AtML: An Arabidopsis thaliana root cell identity recognition tool for medicinal ingredient accumulation 2024-Sep-16, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.09.010 PMID:39293728	研究论文	本文开发了一种名为AtML的机器学习系统，用于识别拟南芥根细胞阶段并识别生物标志物，以促进对药用化合物积累机制的理解	AtML系统通过完全的模型可解释性，识别了160个重要的标记基因，有助于细胞类型的注释	NA	开发一种工具，用于识别拟南芥根细胞阶段，并揭示药用化合物积累的机制	拟南芥根细胞及其药用化合物的合成与积累模式	机器学习	NA	单细胞转录组测序	机器学习系统	转录组数据	6000个细胞，来自六个细胞亚群
395	2024-09-23	Altered Cell Clusters and Upregulated Aqp1 in Connexin 50 Knockout Lens Epithelium 2024-Sep-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.65.11.27 PMID:39287589	研究论文	研究了连接蛋白50敲除后晶状体上皮细胞的异质性和细胞簇，并探讨了其下游靶点对晶状体稳态和生长的调控作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了连接蛋白50敲除后晶状体上皮细胞中差异表达基因，特别是Aqp1的上调	研究仅限于一个月大的Cx50KO和野生型小鼠，样本量较小	研究连接蛋白50敲除后晶状体上皮细胞的异质性和细胞簇，以及其对晶状体稳态和生长的影响	一个月大的连接蛋白50敲除和野生型小鼠的晶状体上皮细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Cx50KO和野生型小鼠各一组
396	2024-09-23	SCIntRuler: guiding the integration of multiple single-cell RNA-seq datasets with a novel statistical metric 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae537 PMID:39226185	研究论文	介绍了一种名为SCIntRuler的新统计度量方法，用于指导多个单细胞RNA测序数据集的整合	提出了SCIntRuler，一种新的统计度量方法，帮助研究人员在数据整合时做出明智的决策	NA	解决在整合多个单细胞RNA测序数据集时面临的挑战，提供一个有效的决策工具	单细胞RNA测序数据集的整合方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	统计度量方法	单细胞RNA测序数据	NA
397	2024-09-23	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals 2 Subtypes of Tumor Cells of Sclerosing Pneumocytoma With Distinct Molecular Features and Clinical Implications 2024-Sep, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2024.100560 PMID:38972356	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了硬化性肺细胞瘤中两种具有不同分子特征和临床意义的肿瘤细胞亚型	首次提供了硬化性肺细胞瘤的单细胞转录组全面图谱，并鉴定出两种不同的肿瘤细胞亚型	样本量较小，仅涉及4个病例	阐明硬化性肺细胞瘤肿瘤细胞的分子特征，并加深对参与其形成和生物学行为的细胞过程的理解	硬化性肺细胞瘤及其对应的正常肺组织	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序和微阵列空间转录组分析	NA	转录组数据	4例硬化性肺细胞瘤及其对应的正常肺组织
398	2024-09-22	New insights into allergic rhinitis treatment: MSC nanovesicles targeting dendritic cells 2024-Sep-19, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02748-2 PMID:39294599	研究论文	研究探讨了间充质干细胞（MSC）纳米囊泡作为过敏性鼻炎（AR）新型疗法的潜力，特别是通过靶向树突状细胞（DCs）的机制	首次研究了MSC纳米囊泡靶向DCs在过敏性鼻炎治疗中的应用，并揭示了其通过抑制Fut1/ICAM1/P38 MAPK信号通路重塑DC代谢和抑制Th2分化及ILC2激活的机制	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中进行验证	探索MSC纳米囊泡作为过敏性鼻炎新型疗法的潜力及其作用机制	过敏性鼻炎小鼠模型及树突状细胞（DCs）	NA	过敏性鼻炎	转录组测序、单细胞测序	NA	基因表达数据	实验涉及过敏性鼻炎小鼠及体外细胞实验
399	2024-09-22	Characterizing m6A modification factors and their interactions in colorectal cancer: implications for tumor subtypes and clinical outcomes 2024-Sep-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01298-1 PMID:39292326	研究论文	研究分析了m6A修饰因子及其在结直肠癌中的相互作用，探讨了其对肿瘤亚型和临床结果的影响	首次综合分析了m6A修饰因子在结直肠癌中的突变频率、表达差异、相互作用、分子聚类、预后效果及其与肿瘤特征的关联，并在单细胞水平上进行了验证	研究主要基于现有数据集，未进行体内外实验验证	探讨m6A修饰因子在结直肠癌中的作用及其对肿瘤亚型和临床结果的影响	m6A修饰因子及其在结直肠癌中的相互作用	数字病理学	结直肠癌	RNA测序	NA	基因表达数据	583名结直肠癌患者
400	2024-09-22	Transcriptional profiling in microglia across physiological and pathological states identifies a transcriptional module associated with neurodegeneration 2024-Sep-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06684-7 PMID:39294270	研究论文	研究通过分析跨生理和病理状态的微胶质细胞转录组数据，识别出与神经退行性疾病相关的转录模块	整合了来自阿尔茨海默病、多发性硬化症和帕金森病的多个单细胞RNA测序数据集，识别出跨疾病的微胶质细胞特异性转录特征	NA	识别与神经退行性疾病相关的微胶质细胞转录模块	微胶质细胞在不同疾病和健康状态下的转录组特征	基因组学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个公开的基因表达数据集和单细胞RNA测序数据集