单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-20	MerlinS13 phosphorylation regulates meningioma Wnt signaling and magnetic resonance imaging features 2024-09-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52284-8 PMID:39251601	研究论文	该研究探讨了MerlinS13磷酸化如何调节脑膜瘤的Wnt信号传导及MRI特征	揭示了Merlin丝氨酸13（S13）去磷酸化通过减弱与β-连环蛋白的抑制性相互作用并激活Wnt通路来驱动脑膜瘤生长，并发现高表观扩散系数（ADC）与Merlin完整脑膜瘤的良好临床结果相关	未明确提及研究的局限性	阐明Merlin完整脑膜瘤生长的生化机制，并寻找可用于指导治疗降级或影像监测的非侵入性生物标志物	脑膜瘤异种移植模型和患者样本	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序、邻近标记蛋白质组质谱、MRI	NA	RNA测序数据、质谱数据、MRI影像数据	未明确提及具体样本数量，但包括脑膜瘤异种移植模型和患者样本
22	2025-06-20	ST-GEARS: Advancing 3D downstream research through accurate spatial information recovery 2024-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51935-0 PMID:39242563	研究论文	提出ST-GEARS系统，通过精确恢复空间信息，解决现有三维空间转录组学方法在空间信息或实验诱导失真方面的不足	引入创新的分布式约束优化方案，通过锚点精确连接切片，并利用弹性场校正失真，恢复原始空间轮廓	未提及具体的技术实现细节或在不同组织类型中的适用性验证	提高三维空间转录组学数据的空间信息恢复精度，以支持更可靠的下游分析	三维空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	ST-GEARS	空间转录组数据	NA
23	2025-06-20	Intracellular spatial transcriptomic analysis toolkit (InSTAnT) 2024-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49457-w PMID:39242579	research paper	介绍了一种名为InSTAnT的计算工具包，用于从单分子分辨率的空间转录组数据中提取分子关系	开发了InSTAnT工具包，通过专门的统计测试和算法检测基因对和模块的共定位模式，揭示了细胞内和细胞间的分子关系	未提及具体的技术限制或数据集大小的限制	开发一种计算工具包，用于分析空间转录组数据，以发现亚细胞生物模式	空间转录组数据，特别是来自MERFISH等成像技术的数据	digital pathology	NA	MERFISH, 空间转录组学	NA	空间转录组数据	五个不同的数据集，代表两种细胞系、两个脑结构、两个物种和三种不同技术
24	2025-06-19	Cellular origin and clonal evolution of human dedifferentiated liposarcoma 2024-09-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52067-1 PMID:39266532	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、DNA测序等技术，探索了人类去分化脂肪肉瘤（DDLPS）的细胞起源和克隆演化	首次鉴定了肿瘤脂肪干细胞（ASC）群体，并揭示了其与白色脂肪组织中脂肪基质祖细胞的相似性，以及这些祖细胞在DDLPS肿瘤克隆演化中的作用	研究样本仅限于原发性DDLPS肿瘤，未涉及转移性肿瘤或其他肉瘤亚型	阐明去分化脂肪肉瘤的细胞起源和克隆演化机制	人类去分化脂肪肉瘤（DDLPS）的肿瘤细胞及其微环境	肿瘤生物学	脂肪肉瘤	单细胞RNA测序, DNA测序, 原位多重免疫荧光, 功能实验	NA	单细胞转录组数据, DNA序列数据, 免疫荧光图像数据	配对的WD和DD成分的原发性DDLPS肿瘤样本
25	2025-06-19	Maf expression in B cells restricts reactive plasmablast and germinal center B cell expansion 2024-09-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52224-6 PMID:39266537	研究论文	本研究探讨了Maf在B细胞中对浆母细胞和生发中心B细胞扩增的调控作用	揭示了Maf作为B细胞内在负调节因子，在浆母细胞增殖和生发中心B细胞形成中的新作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类B细胞	探究Maf在B细胞分化中的调控机制	B细胞（特别是边缘区B细胞、生发中心B细胞和浆母细胞）	免疫学	NA	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	野生型对照和Maf缺陷型小鼠
26	2025-06-18	Immune profiling-based targeting of pathogenic T cells with ustekinumab in ANCA-associated glomerulonephritis 2024-09-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52525-w PMID:39300109	research paper	该研究通过空间和单细胞转录组分析，识别了ANCA相关性肾小球肾炎中的致病性T细胞，并探索了ustekinumab作为潜在治疗药物的效果	首次利用转录组分析识别ANCA-GN中的致病性T细胞，并验证ustekinumab作为靶向治疗的潜力	样本量较小（34例患者分析，4例治疗），需要更大规模的临床试验验证	探索ANCA相关性血管炎肾损伤的新型靶向治疗方法	ANCA相关性肾小球肾炎患者	digital pathology	ANCA相关性血管炎	空间转录组分析，单细胞转录组分析	NA	转录组数据	34例患者样本分析，4例患者治疗试验
27	2025-06-18	Detecting anomalous anatomic regions in spatial transcriptomics with STANDS 2024-09-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52445-9 PMID:39300113	研究论文	介绍了一种名为STANDS的创新框架，用于从多样本空间转录组数据中检测和解剖异常组织区域	首次提出基于生成对抗网络的框架STANDS，整合了多样本异常组织区域检测、对齐和亚型分析三大核心任务，并采用多模态学习、迁移学习和风格迁移技术解决关键挑战	未提及具体样本量限制或计算资源需求	开发能够从多样本空间转录组数据中进行从头异常组织区域检测与分析的算法	空间转录组数据中的异常组织区域	数字病理	NA	空间转录组技术	GAN	空间转录组数据	NA
28	2025-06-18	Multiplex, single-cell CRISPRa screening for cell type specific regulatory elements 2024-09-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52490-4 PMID:39294132	研究论文	本文提出了一种结合高度多重扰动与单细胞RNA测序的实验框架，用于识别细胞类型特异的CRISPRa响应顺式调控元件及其调控的基因	开发了一种新的实验框架，结合多重扰动和单细胞RNA测序，能够高效识别细胞类型特异的CRISPRa响应元件	增强子对CRISPRa的响应受限于细胞类型，可能依赖于染色质景观或其他反式作用因子	开发一种方法用于大规模筛选细胞类型特异的基因激活gRNA	K562细胞和iPSC衍生的兴奋性神经元	基因编辑与单细胞测序	自闭症谱系障碍(ASD)和神经发育障碍(NDD)	CRISPRa, sc-RNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	493个gRNAs靶向候选顺式调控元件
29	2025-06-18	PRDM3/16 regulate chromatin accessibility required for NKX2-1 mediated alveolar epithelial differentiation and function 2024-09-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52154-3 PMID:39284798	研究论文	研究PRDM3和PRDM16如何通过调控染色质可及性影响NKX2-1介导的肺泡上皮细胞分化和功能	揭示了PRDM3和PRDM16通过调节染色质可及性在NKX2-1依赖的肺泡上皮细胞分化中的关键作用	未明确PRDM3/16与其他共激活因子的具体相互作用机制	探究肺泡上皮细胞分化和功能的表观遗传调控机制	肺泡上皮细胞（AT2细胞和AT1细胞）	表观遗传学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ATAC-seq、CUT&RUN	NA	基因组数据、表观遗传数据	基因敲除小鼠模型
30	2025-06-17	Integration of scHi-C and scRNA-seq data defines distinct 3D-regulated and biological-context dependent cell subpopulations 2024-09-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52440-0 PMID:39333113	研究论文	开发了一种计算方法来整合scHi-C和scRNA-seq数据，以精确定义3D调控和生物背景依赖的细胞亚群	首次在单细胞分辨率上整合了3D染色质结构和基因表达数据，定义了新的拓扑整合亚群（TISPs）和拓扑保守关联域（CAD）	研究主要基于乳腺癌细胞模型系统，可能在其他癌症类型中的适用性有待验证	探索3D染色质结构在单细胞分辨率上对细胞异质性的调控机制	乳腺癌细胞	计算生物学	乳腺癌	scHi-C, scRNA-seq	MUDI算法	单细胞测序数据	公开可用的和新生成的scHi-C和scRNA-seq数据
31	2025-06-17	Single Cell Expression Analysis of Ductal Carcinoma in Situ Identifies Complex Genotypic-Phenotypic Relationships Altering Epithelial Composition 2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.10.561724 PMID:39386437	研究论文	通过单细胞RNA测序分析导管原位癌（DCIS）和匹配的正常乳腺组织，揭示了基因型与表型之间的复杂关系及其对上皮组成的影响	利用单细胞RNA测序和推断的拷贝数变异（CNV）分析DCIS病变，揭示了肿瘤内克隆异质性与基因表达差异的关联，并发现特定细胞状态比例的改变与癌症进展相关	研究主要基于临床标本和档案样本，可能受到样本数量和质量的限制	探究导管原位癌（DCIS）生长及进展为浸润性癌症的机制	导管原位癌（DCIS）病变和匹配的正常乳腺组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、拷贝数变异（CNV）分析、系统发育分析	NA	RNA-seq数据	临床标本和档案样本中的DCIS病变及正常乳腺组织
32	2025-06-14	A sexually dimorphic hepatic cycle of periportal VLDL generation and subsequent pericentral VLDLR-mediated re-uptake 2024-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52751-2 PMID:39341814	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠肝脏中性别、空间和时间对异源物质解毒和脂蛋白代谢的显著影响，并发现了一种性别二态性的肝循环机制	首次揭示了性别二态性如何影响肝脏的时空功能逻辑，特别是在VLDL生成和再摄取方面的性别差异	研究主要基于小鼠模型，人类数据相对有限	探究性别二态性对肝脏功能时空逻辑的影响	小鼠和人类肝脏	分子生物学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及小鼠和人类肝脏样本
33	2025-06-14	Hypoxia induces ROS-resistant memory upon reoxygenation in vivo promoting metastasis in part via MUC1-C 2024-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51995-2 PMID:39341835	research paper	该研究探讨了缺氧条件下乳腺癌细胞如何通过MUC1-C促进转移的机制	揭示了缺氧诱导的ROS抵抗记忆在再氧合过程中促进转移的新机制，特别是通过MUC1-C的作用	研究主要基于动物模型和体外实验，临床应用的直接证据仍需进一步验证	研究缺氧如何通过MUC1-C促进乳腺癌转移	乳腺癌细胞和循环肿瘤细胞(CTCs)	癌症生物学	乳腺癌	空间转录组学	动物模型和患者来源的异种移植模型	基因表达数据和细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，但涉及动物模型和患者来源的异种移植模型
34	2025-06-14	Introducing synthetic thermostable RNase inhibitors to single-cell RNA-seq 2024-09-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52717-4 PMID:39333520	研究论文	本文介绍了一种合成热稳定RNase抑制剂（SEQURNA）在单细胞RNA测序中的应用，证明其性能优于常用的蛋白质重组RNase抑制剂（RRIs）	提出了一种新型合成热稳定RNase抑制剂，相比传统RRIs在重现性、通量和实验流程上具有独特优势，并能减少干冰运输需求	未提及具体样本量或实验规模限制	改进单细胞转录组学中的RNase抑制技术	合成热稳定RNase抑制剂（SEQURNA）与蛋白质重组RNase抑制剂（RRIs）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
35	2025-06-13	The estrogen response in fibroblasts promotes ovarian metastases of gastric cancer 2024-09-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52615-9 PMID:39349474	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了雌激素通过激活ER-MDK-LRP1信号轴促进胃癌卵巢转移的分子机制	首次发现卵巢成纤维细胞在雌激素刺激下分泌MDK，通过MDK-LRP1轴促进胃癌细胞迁移和侵袭	样本量较小（18例患者），且仅关注了雌激素-MDK-LRP1这一条信号通路	探究胃癌卵巢转移的分子机制	胃癌患者的卵巢转移瘤样本	肿瘤生物学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	18例胃癌患者的45个肿瘤样本
36	2025-06-12	Protocol for optimized nasal mucosa sample processing to obtain high-quality scRNA-seq and scATAC-seq data 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103298 PMID:39244757	研究论文	本文提出了一种优化的人类鼻黏膜样本处理协议，以同时获得高质量的scRNA-seq和scATAC-seq数据	开发了一种能够同时处理鼻黏膜样本以获得scRNA-seq和scATAC-seq数据的优化协议	未提及样本处理协议在不同实验室条件下的可重复性	优化鼻黏膜样本处理流程，以支持鼻腔疾病研究和诊断	人类鼻黏膜组织	单细胞组学	鼻腔疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组和表观基因组数据	未明确提及样本数量
37	2025-06-11	VisualZoneR: A computational protocol to identify compartmental zones from single-cell spatial transcriptomics using R 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103196 PMID:39067026	研究论文	介绍了一种基于R的计算协议VisualZoneR，用于从单细胞空间转录组数据中识别分区区域	开发了VisualZoneR技术，能够分析Visium或Visium HD技术生成的空间转录组数据，识别从健康肝组织到内部转移区域的不同分区	NA	开发一种计算协议，用于分析空间转录组数据并识别分区区域	单细胞空间转录组数据	数字病理学	肝癌	Visium, Visium HD, 空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
38	2025-06-11	Protocol for analysis of single-cell sequencing data by Seqtometry 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103209 PMID:39096493	研究论文	本文介绍了使用Seqtometry平台分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）数据的协议	提出了一种基于基因签名的高级评分方法，用于直接分析基因表达和可及性，实现了对特定细胞的直接识别和全面表征	未提及具体的技术限制或样本大小限制	开发并描述一种用于单细胞测序数据分析的协议，以促进生物学的直接解释	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	NA
39	2025-06-11	Protocol to achieve high-resolution single-cell transcriptomics of cardiomyocytes in multiple species 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103194 PMID:39096494	研究论文	本文提供了一个用于生成高分辨率单细胞RNA测序(scRNA-seq)的协议，专注于罕见心肌细胞群体的转录组分析	提供了针对罕见心肌细胞群体(如再生/分裂细胞)的高分辨率scRNA-seq协议，并适用于多种物种	需要参考Bak等人的完整细节来执行该协议	开发一个高分辨率的单细胞转录组分析协议	小鼠和斑马鱼心脏以及诱导多能干细胞中的罕见心肌细胞群体	单细胞转录组学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	转录组数据	多种物种(小鼠、斑马鱼)的心脏细胞和诱导多能干细胞
40	2025-06-11	Protocol to study the immune profile of syngeneic mouse tumor models 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103139 PMID:38878286	研究论文	本文介绍了一种用于表征荷瘤小鼠免疫特征的实验方案	提供了一套详细的实验流程，结合流式细胞术和单细胞RNA测序等技术，全面分析肿瘤微环境的免疫特征	实验方案仅适用于小鼠模型，未涉及人类样本	研究肿瘤微环境的免疫特征	荷瘤小鼠模型	肿瘤免疫学	肿瘤	流式细胞术, 单细胞RNA测序, 其他组学分析	NA	单细胞数据, 流式细胞数据	NA