单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 632 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
21	2026-08-26	Non-thermal atmospheric pressure plasma induces selective cancer cell apoptosis by modulating redox homeostasis 2024-09-26, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01810-8 PMID:39327567	研究论文	本研究探讨了非热大气压等离子体通过调节氧化还原稳态选择性诱导癌细胞凋亡的机制，并评估其在癌症治疗中的应用潜力	揭示了NTAPP通过下调NRF2诱导的活性氧清除系统和抑制自噬来实现癌细胞选择性死亡的新机制，为癌症治疗提供新策略	研究仅限于体外实验，未进行体内模型验证；机制研究可能不足以完全解释体内复杂环境下的效应	探索NTAPP诱导癌细胞选择性死亡的机制，并评估其作为癌症疗法的应用价值	HT1080纤维肉瘤细胞和人类正常成纤维细胞	数字病理学	纤维肉瘤	单细胞RNA测序、蛋白质印迹、免疫荧光染色、荧光染色、透射电子显微镜	NA	基因表达数据、图像	NA（未提供具体样本数量）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
22	2026-08-26	Loss of p53 and SMAD4 induces adenosquamous subtype pancreatic cancer in the absence of an oncogenic KRAS mutation 2024-09-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101711 PMID:39232498	研究论文	本研究建立了携带野生型KRAS且缺失Trp53/Smad4或Trp53/Tgfbr2的基因工程小鼠模型，发现这些缺失可诱导自发性胰腺肿瘤形成，并具有腺鳞癌亚型特征及独特的肿瘤免疫微环境。	首次证明在没有致癌KRAS突变的情况下，Trp53/Smad4或Trp53/Tgfbr2的缺失足以诱导胰腺癌形成，且揭示了KRAS野生型胰腺腺鳞癌的独特组织学特征和免疫微环境。	未提供明确的局限性信息。	探究在无致癌KRAS突变背景下，Trp53/Smad4或Trp53/Tgfbr2缺失对胰腺癌发生的影响及其肿瘤特征。	基因工程小鼠模型（Trp53;Smad4;Pdx1-Cre和Trp53;Tgfbr2;Pdx1-Cre）及其胰腺肿瘤组织。	癌症研究、单细胞转录组学	胰腺癌（胰腺腺鳞癌）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	基因工程小鼠模型	单细胞转录组数据、组织学图像	两种小鼠模型（PPSSC和PPTTC）的肿瘤样本，具体数量未提及。	未提及	单细胞RNA测序	未提及	未提及
23	2026-08-21	MultiSC: a deep learning pipeline for analyzing multiomics single-cell data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae492 PMID:39376034	研究论文	MultiSC是一个用于分析多组学单细胞数据的深度学习流程，通过整合基因表达、染色质可及性和转录因子蛋白表达，实现细胞聚类和基因调控网络预测	提出了一种新颖的多模态约束自编码器（单细胞层次约束自编码器）用于聚类过程中的多组学数据整合	未提及	填补多组学单细胞数据分析工具缺乏的空白，提供综合性的分析流程	多组学单细胞数据（以NEAT-seq为例）	机器学习	NA	单细胞测序	自编码器、矩阵分解模型、多元线性回归模型	基因表达、染色质可及性、蛋白质表达数据	NA	NA	单细胞多组学	NA	NA
24	2026-08-21	Knocking Out CD70 Rescues CD70-Specific NanoCAR T Cells from Antigen-Induced Exhaustion 2024-09-03, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0677 PMID:38874582	研究论文	该研究通过敲除CD70基因，挽救了CD70特异性纳米CAR T细胞免受抗原诱导的耗竭，显著增强了其在弥漫性大B细胞淋巴瘤PDX模型中的功能	首次发现CD70特异性纳米CAR T细胞的耗竭是由CD70与CAR的顺式相互作用引起的，而非自相残杀；通过CRISPR/Cas9敲除CD70可防止抗原诱导的耗竭，提高治疗效果	研究主要在体外类器官和PDX模型中进行，可能需要进一步的临床试验验证；未深入探讨CD70敲除对T细胞其他功能的影响	优化CD70特异性纳米CAR T细胞的功能，并克服其抗原诱导的耗竭问题	CD70特异性纳米CAR T细胞，恶性横纹肌样肿瘤类器官，弥漫性大B细胞淋巴瘤PDX模型	免疫治疗	弥漫性大B细胞淋巴瘤	CRISPR/Cas9基因敲除，单细胞转录组学	纳米CAR（VHH-based CAR）	单细胞转录组数据	体外共培养（类器官）和体内PDX模型，具体样本量未提及	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	单细胞转录组测序
25	2026-08-20	Clustering-independent estimation of cell abundances in bulk tissues using single-cell RNA-seq data 2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.06.527318 PMID:36798206	研究论文	提出了ConDecon，一种不依赖聚类的方法，利用单细胞RNA-seq数据推断批量组织中每个细胞的细胞状态存在可能性，从而进行表达去卷积，并在小儿室管膜瘤中发现了神经退行性小胶质细胞炎症通路与间质转化的关联。	提出聚类无关的ConDecon方法，无需预先定义离散细胞类型，可直接推断细胞状态的存在可能性，提高了表型分辨率和功能。	摘要未明确提及局限性。	开发并验证一种不依赖聚类的去卷积方法，以更精细地解析批量组织中的细胞组成和连续生物学过程。	小儿室管膜瘤组织样本，以及单细胞RNA-seq和批量组织RNA-seq数据。	机器学习	小儿室管膜瘤	单细胞RNA测序、批量RNA测序、ATAC测序	NA	基因表达数据	未明确给出具体样本量	NA	单细胞RNA测序、批量RNA测序、批量ATAC测序	NA	NA
26	2026-08-19	Type I interferon signaling pathway enhances immune-checkpoint inhibition in KRAS mutant lung tumors 2024-09-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2402913121 PMID:39186651	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析发现，KRAS突变肺癌中I型干扰素信号通路受损，恢复该通路可将肿瘤微环境从免疫“冷”转为“热”，从而增强免疫检查点抑制剂的疗效	首次揭示KRAS癌蛋白表达在肿瘤发展早期即导致I型干扰素通路受损，并通过恢复该通路使KRAS突变肿瘤对免疫治疗敏感，不论伴随的p53或LKB1突变情况	研究主要基于小鼠模型和人类肿瘤样本，I型干扰素通路恢复策略的临床转化效果和安全性需进一步验证	识别KRAS癌蛋白表达在肿瘤早期发展中的功能改变，并探索增强免疫检查点抑制剂疗效的潜在策略	表达致癌KRAS的小鼠肺泡2型细胞、小鼠和人类KRAS突变肿瘤样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞3'测序
27	2026-08-19	HIV-1 control in vivo is related to the number but not the fraction of infected cells with viral unspliced RNA 2024-09-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2405210121 PMID:39190360	研究论文	本研究通过敏感和定量的单细胞测序方法，比较了HIV控制者和非控制者外周血单核细胞中感染细胞含有HIV未剪接RNA的比例，发现病毒血症控制与感染细胞总数而非表达HIV usRNA的比例相关	首次直接比较了HIV控制者和非控制者中感染细胞含有HIV usRNA的比例，排除了病毒库沉默作为病毒血症控制的关键机制	研究样本量可能有限，且未探讨免疫清除机制的具体细节	探讨HIV控制者病毒血症较低是否由于感染细胞中表达HIV usRNA的比例更低	HIV控制者和非控制者的外周血单核细胞	数字病理学	艾滋病	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	未提供具体样本数量	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
28	2026-08-18	Single-cell analysis via manifold fitting: A framework for RNA clustering and beyond 2024-09-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2400002121 PMID:39226348	研究论文	介绍scAMF框架，通过流形拟合去噪增强单细胞RNA测序数据的聚类准确性和可视化效果	提出基于流形拟合的单细胞分析方法scAMF，通过展开数据在环境空间中的分布来去噪，从而改善细胞间相似性评估和聚类性能	标题和摘要中未提及局限性	提高scRNA-seq数据聚类准确性和数据可视化清晰度	单细胞RNA测序数据，涵盖多种测序平台、物种和器官类型	机器学习	NA	单细胞RNA测序	流形拟合	基因表达数据	25个公开可用的scRNA-seq数据集	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
29	2026-08-18	Qki5 safeguards spinal motor neuron function by defining the motor neuron-specific transcriptome via pre-mRNA processing 2024-09-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2401531121 PMID:39226364	研究论文	本文发现RNA结合蛋白Qki5通过前体mRNA加工过程定义运动神经元特异性转录组，从而保护脊髓运动神经元功能	首次揭示Qki5通过转录后网络和剪接调控建立运动神经元特异性转录组，并证明其缺失导致运动神经元变性，为运动神经元疾病发病机制提供新见解	未提及	阐明Qki5在运动神经元特异性转录组形成和运动神经元维持中的作用及其与运动神经元疾病的关系	小鼠脊髓运动神经元	分子生物学	运动神经元疾病	单细胞RNA测序、RNA测序、免疫组化	小鼠模型	基因表达数据、图像	未提及具体样本数量，涉及产后小鼠	10x Genomics, Illumina	单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq	10x Chromium、Illumina测序平台	未提及具体配置
30	2026-08-18	Joint trajectory inference for single-cell genomics using deep learning with a mixture prior 2024-09-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2316256121 PMID:39226366	研究论文	介绍VITAE，一种结合潜在层级混合模型与变分自编码器的统计方法，用于推断单细胞基因组学中的轨迹	提出VITAE，将层次混合模型与变分自编码器集成，实现联合轨迹推断和数据整合，并提供不确定性量化	未提及明确局限性	开发一种具有统计模型和不确定性量化的轨迹推断方法，用于单细胞测序数据分析	单细胞RNA测序数据集，包括小鼠新皮层的三个不同数据集和多组学数据集	机器学习	NA	单细胞RNA测序	变分自编码器	基因表达数据	小鼠新皮层三个单细胞RNA测序数据集，多组学数据集	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
31	2026-08-16	In vivo CRISPR screens identify Mga as an immunotherapy target in triple-negative breast cancer 2024-09-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2406325121 PMID:39298484	研究论文	通过体内CRISPR筛选识别出Mga作为三阴性乳腺癌的免疫治疗靶点，并探讨其在肿瘤免疫逃逸中的作用	采用迭代式体内CRISPR筛选覆盖七种同基因肿瘤模型，识别核心及情境依赖性免疫逃逸通路，并聚焦TNBC发现Mga敲除可增强抗肿瘤免疫，结合转录组与单细胞RNA测序揭示其机制	Mga影响肿瘤免疫微环境的确切机制仍需进一步研究	识别肿瘤内在免疫调节因子，探索有效的抗癌治疗靶点，特别是针对三阴性乳腺癌	七种同基因肿瘤模型以及三阴性乳腺癌	基因组学，免疫学	三阴性乳腺癌，肿瘤	CRISPR筛选，转录组测序，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据，单细胞转录组数据	七种同基因肿瘤模型，以及乳腺癌患者样本（具体数量未提及）	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3' 或类似平台（具体配置未提及）
32	2026-08-16	Developmental emergence of first- and higher-order thalamic neuron molecular identities 2024-09-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202764 PMID:39348458	研究论文	通过单细胞RNA测序研究发育中的小鼠胚胎丘脑，揭示一阶和高阶丘脑神经元分子身份的发育出现过程	发现高阶神经元较早分化，一阶神经元的成熟依赖于出生后的外周输入，且这种依赖仅限于兴奋性神经元而非抑制性神经元	未提供具体限制信息	探究一阶和高阶丘脑神经元分子身份在发育过程中的出现机制	发育中的小鼠胚胎和出生后丘脑神经元	单细胞转录组学	不适用	单细胞RNA测序	不适用	基因表达数据	未提供具体样本量	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
33	2026-08-13	Analyzing embryo dormancy at single-cell resolution reveals dynamic transcriptional responses and activation of integrin-Yap/Taz prosurvival signaling 2024-09-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.06.015 PMID:39047740	研究论文	利用单细胞RNA测序技术，在单细胞分辨率下分析小鼠胚胎滞育状态，揭示转录动态变化及整合素-Yap/Taz促生存信号通路的激活	首次在单细胞分辨率下分子定义胚胎滞育状态，揭示胚胎在静止状态下的转录动态变化，并发现休眠多能细胞通过整合素受体感知微环境并依赖Yap/Taz信号维持存活的机制	仅使用小鼠胚胎模型，未涉及其他哺乳动物物种；未深入探讨整合素-Yap/Taz信号通路的具体下游调控机制	阐明胚胎滞育的分子调控机制，特别是休眠状态下胚胎如何维持发育潜能和细胞活力	小鼠胚胎（滞育状态和正常发育状态）	单细胞转录组学	不适用	单细胞RNA测序	不适用	基因表达数据	未明确指出具体数量，但涉及多个小鼠胚胎个体及细胞	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞3'转录组测序
34	2026-08-13	PD-L2 drives resistance to EGFR-TKIs: dynamic changes of the tumor immune environment and targeted therapy 2024-09, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01317-2 PMID:38816578	研究论文	本研究揭示了PD-L2通过动态改变肿瘤免疫环境驱动EGFR-TKIs耐药，并发现天然小分子抑制剂十一烯酸锌可逆转耐药	首次揭示PD-L2/PD-1信号通路作为驱动EGFR-TKIs耐药的关键外在因素，并鉴定出天然小分子抑制剂十一烯酸锌，为克服耐药提供新策略	研究主要基于细胞系和小鼠模型，尚需在临床样本中验证PD-L2表达与耐药的相关性及十一烯酸锌的治疗效果	探究EGFR突变肿瘤对EGFR-TKIs耐药的免疫微环境机制，并寻找克服耐药的靶向治疗措施	EGFR突变细胞系、同系荷瘤小鼠、CD8 T细胞	肿瘤免疫学	EGFR突变肿瘤（如非小细胞肺癌）	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	细胞系和小鼠模型，具体数量未提供	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
35	2026-08-12	Single-cell Transcriptome Landscape of DNA Methylome Regulators Associated with Orofacial Clefts in the Mouse Dental Pulp 2024-09, The Cleft palate-craniofacial journal : official publication of the American Cleft Palate-Craniofacial Association DOI:10.1177/10556656231172296 PMID:37161276	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，描绘了小鼠切牙牙髓中与DNA甲基化调控因子相关的单细胞转录组图谱，以探索其与口面裂的关联	首次在单细胞分辨率下表征了牙髓间充质干细胞亚群中DNA甲基化和去甲基化调控基因的转录景观，为表观遗传改变与唇腭裂多因素病因之间的潜在联系提供了机制性见解	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类患者样本，且主要聚焦于牙髓间充质干细胞，可能无法完全代表人类口面裂相关组织的复杂性	在单细胞水平上表征牙髓间充质干细胞中DNA甲基化和去甲基化调控基因的转录特征，探讨其与口面裂的潜在关联	小鼠切牙牙髓中的间充质干细胞亚群	单细胞转录组学	唇腭裂	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未提供具体样本数量	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
36	2026-08-11	Binomial models uncover biological variation during feature selection of droplet-based single-cell RNA sequencing 2024-09, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012386 PMID:39241106	研究论文	提出一种基于二项分布的特征选择模型（DDGs），用于区分单细胞RNA测序数据中的技术噪声和生物变异，并验证其优于现有方法。	首次提出使用二项采样过程作为技术变异的零模型进行特征选择，能够有效识别真实生物变异基因并改善细胞分型准确性。	未在摘要中提及局限性。	开发一种简单有效的特征选择模型，以准确区分scRNA-seq数据中的技术噪声和生物变异。	单细胞RNA测序数据，其中细胞身份已预先确定。	机器学习	NA	scRNA-seq	二项分布模型	基因表达数据（单细胞RNA测序数据）	未在摘要中提及具体样本量。	NA	scRNA-seq	NA	NA
37	2026-08-09	Zebrafish models of human-duplicated SRGAP2 reveal novel functions in microglia and visual system development 2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.11.612570 PMID:39314374	研究论文	使用斑马鱼模型研究人类重复基因SRGAP2在microglia和视觉系统发育中的新功能	首次在斑马鱼模型中研究SRGAP2基因敲除，发现其对小胶质细胞和视觉系统发育的影响，并揭示了与人类和小鼠模型的跨物种比较	未提及明确的局限性	阐明SRGAP2基因重复在皮层发育之外的功能，特别是在小胶质细胞和视觉系统中的作用	斑马鱼模型，包括SRGAP2敲除突变体幼虫和人类化幼虫	基因组学	早发性婴儿癫痫性脑病	单细胞转录组分析	NA	单细胞RNA测序数据，形态学数据，行为数据	斑马鱼幼虫（具体数量未提及）以及人类和非人类灵长类样本的转录组比较	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞转录组分析
38	2026-08-09	Computational Strategies and Algorithms for Inferring Cellular Composition of Spatial Transcriptomics Data 2024-09-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae057 PMID:39110523	综述	本文综述了空间转录组数据分析中推断每个空间点内细胞组成的最新计算策略和算法，并展望了该领域的未来方向	系统总结了近年来用于估计空间转录组每个空间点内细胞比例的计算方法	未明确列出局限性，可能受限于综述范围	总结空间转录组数据分析中推断细胞组成的最新进展，并展望未来方向	空间转录组数据中的空间点及其细胞组成	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	图像	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
39	2026-08-09	MSIsensor-RNA: Microsatellite Instability Detection for Bulk and Single-cell Gene Expression Data 2024-09-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae004 PMID:39341794	研究论文	开发了MSIsensor-RNA软件，用于基于基因表达数据（包括批量RNA-seq、微阵列和单细胞RNA-seq）检测微卫星不稳定性状态	首个能够基于单细胞表达数据进行MSI检测的软件，填补了该领域的空白	未提及具体局限性	开发一种准确、稳健、适应性强的MSI检测方法，应用于临床研究和应用	微卫星不稳定性相关基因的表达值	机器学习	癌症	RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	NA	NA	批量RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA-seq	NA	NA
40	2026-08-09	SCancerRNA: Expression at the Single-cell Level and Interaction Resource of Non-coding RNA Biomarkers for Cancers 2024-09-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae023 PMID:39341795	研究论文	开发了SCancerRNA数据库，汇总了癌症中非编码RNA生物标志物的单细胞水平表达及相互作用资源	首次提供了在单细胞水平上查询ncRNA生物标志物基因表达的综合在线资源，并整合了其生物学功能和临床应用数据	未提及具体局限性	建立一个全面的数据库，支持非编码RNA生物标志物在癌症诊断、进展监测和靶向治疗中的应用	非编码RNA生物标志物，包括长链非编码RNA、微小RNA、PIWI相互作用RNA、小核仁RNA和环状RNA	生物信息学、数据库	癌症	单细胞RNA测序	NA	文本、数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA