单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 679 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-12-06 |
Multi-condition and multi-modal temporal profile inference during mouse embryonic development
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.03.583179
PMID:38496477
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研究论文 | 提出了一种名为Sunbear的联合建模框架，用于整合多条件和多模态单细胞数据的时间变化 | Sunbear框架能够填补单细胞时间变化数据，对齐多数据集和多模态数据，并推断缺失模态的单细胞数据 | 由于单细胞测量的破坏性，无法完全捕捉特定细胞的完整时间轨迹 | 研究小鼠胚胎发育过程中多条件和多模态单细胞数据的时间变化 | 小鼠胚胎发育过程中的单细胞数据 | 单细胞测序 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | Sunbear | 单细胞数据 | NA |
| 22 | 2024-12-06 |
Single-cell RNA sequencing facilitates the elucidation of the complete biosynthesis of the antidepressant hyperforin in St. John's wort
2024-09-02, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2024.08.003
PMID:39135343
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了贯叶连翘中抗抑郁药物金丝桃素的完整生物合成途径 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出“Hyper细胞”，并鉴定出四种跨膜法尼基转移酶（HpPT1-4），完成了金丝桃素生物合成途径的完整重建 | NA | 揭示贯叶连翘中金丝桃素的完整生物合成途径 | 贯叶连翘中的金丝桃素生物合成 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 1.54 Gb的四倍体贯叶连翘基因组，组装成32条染色体 |
| 23 | 2024-12-01 |
scEMB: Learning context representation of genes based on large-scale single-cell transcriptomics
2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.24.614685
PMID:39386549
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研究论文 | 本文介绍了一种基于大规模单细胞转录组数据的变压器深度学习模型scEMB，用于捕获上下文感知的基因嵌入 | scEMB采用了一种创新的binning策略，能够跨平台整合数据，有效保留基因表达层次和细胞类型特异性 | NA | 开发一种能够从大规模单细胞转录组数据中提取生物学意义洞察的工具 | 基因嵌入和基因关系 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学 | 变压器 | 基因表达数据 | 超过3000万个单细胞转录组 |
| 24 | 2024-12-01 |
Single Cell Profiling in the Sox10 Dom/+ Hirschsprung Mouse Implicates Hoxa6 in Enteric Neuron Lineage Allocation
2024-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.18.613729
PMID:39345473
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研究论文 | 研究探讨了Sox10 Dom/+小鼠模型中Hoxa6基因在肠神经系统（ENS）神经元谱系分配中的作用 | 首次报告了Hox基因在肠神经元谱系多样化中的作用 | NA | 研究Sox10缺陷如何影响肠神经元亚型的比例 | Sox10 +/+和Sox10 Dom/+小鼠的肠神经系统前体细胞、发育中的神经元和肠神经胶质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | Sox10 +/+和Sox10 Dom/+小鼠的肠神经系统前体细胞、发育中的神经元和肠神经胶质细胞 |
| 25 | 2024-12-01 |
Single-cell analysis of human airway epithelium identifies cell type-specific responses to Aspergillus and Coccidioides
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612147
PMID:39314271
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人类气道上皮细胞在感染两种不同真菌病原体后的细胞类型特异性反应 | 首次报道了单细胞转录组分析人类气道上皮细胞感染或后的数据，为解析疾病机制和识别可靶向通路提供了重要数据 | NA | 研究人类气道上皮细胞在感染不同真菌病原体后的细胞反应机制 | 人类气道上皮细胞和两种真菌病原体 | 数字病理学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 26 | 2024-11-29 |
Bronchopulmonary Dysplasia with Pulmonary Hypertension Associates with Loss of Semaphorin Signaling and Functional Decrease in FOXF1 Expression
2024-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.27.609955
PMID:39253423
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研究论文 | 研究探讨了早产儿肺损伤导致的支气管肺发育不良（BPD）及其伴随的肺动脉高压（PH）与信号分子Sema3G和转录因子FOXF1表达减少之间的关系 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了BPD和BPD+PH中内皮细胞的异常状态，并发现了Sema3G信号通路和FOXF1表达的缺陷 | 研究仅限于早产儿肺样本和一个小鼠模型，可能无法完全代表所有BPD病例 | 探讨BPD和BPD+PH的细胞和分子机制 | 早产儿肺组织中的内皮细胞和肺泡上皮细胞 | 数字病理学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 早产儿肺样本和一个小鼠模型 |
| 27 | 2024-11-27 |
Clustering-independent estimation of cell abundances in bulk tissues using single-cell RNA-seq data
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.06.527318
PMID:36798206
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ConDecon的聚类无关方法，用于从单细胞RNA-seq数据中估计批量组织中的细胞丰度 | ConDecon方法在表型分辨率和功能上相对于基于回归的方法有所改进，并且能够推断连续细胞过程如细胞分化或免疫细胞激活 | NA | 开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA-seq数据中推断批量组织中的细胞组成 | 单细胞RNA-seq数据和批量组织数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 28 | 2024-11-24 |
Targeting IL-33 reprograms the tumor microenvironment and potentiates antitumor response to anti-PD-L1 immunotherapy
2024-09-03, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009236
PMID:39231544
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研究论文 | 研究探讨了IL-33/ST2信号在PD-L1免疫治疗中的作用，并开发了sST2-Fc融合蛋白和双功能融合蛋白anti-PD-L1-sST2，以增强抗肿瘤效果 | 首次揭示了IL-33/ST2信号在PD-L1免疫治疗中的免疫抑制机制，并开发了新的融合蛋白策略以增强抗肿瘤效果 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在临床试验中验证其效果 | 探讨IL-33/ST2信号在PD-L1免疫治疗中的作用，并开发新的治疗策略以增强抗肿瘤效果 | IL-33/ST2信号、PD-L1抗体、sST2-Fc融合蛋白、双功能融合蛋白anti-PD-L1-sST2 | NA | 肺癌、结肠癌 | RNA测序、ELISA、WB、免疫荧光 | NA | RNA、蛋白质 | 小鼠肿瘤模型 |
| 29 | 2024-11-22 |
An initial game-theoretic assessment of enhanced tissue preparation and imaging protocols for improved deep learning inference of spatial transcriptomics from tissue morphology
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae476
PMID:39367648
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研究论文 | 本文通过游戏理论评估了改进的组织准备和成像协议对深度学习在空间转录组学推断中的影响 | 本文首次通过游戏理论视角评估了组织处理和成像质量对深度学习模型性能的影响，并提出了一个优化的组织处理和成像协议 | 本文仅评估了13名III期结直肠癌患者的样本，样本量较小 | 研究改进的组织准备和成像协议对深度学习模型在空间转录组学推断中的性能影响 | III期结直肠癌患者的组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | Inceptionv3神经网络 | 全切片图像 | 13名III期结直肠癌患者 |
| 30 | 2024-11-22 |
SIngle cell level Genotyping Using scRna Data (SIGURD)
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae604
PMID:39559832
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研究论文 | 本文介绍了一种基于单细胞RNA测序数据进行单细胞水平基因分型的R语言管道SIGURD | SIGURD能够结合体细胞和线粒体变异进行克隆分析，并进行功能分析，如检测克隆间的差异表达基因 | NA | 开发一种能够结合体细胞和线粒体变异进行单细胞RNA测序数据克隆分析的计算工具 | 单细胞RNA测序数据中的体细胞和线粒体变异 | 生物信息学 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自骨髓增殖性肿瘤患者的集落形成细胞的单细胞数据 |
| 31 | 2024-11-22 |
Characterization and bioinformatic filtering of ambient gRNAs in single-cell CRISPR screens using CLEANSER
2024-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.04.611293
PMID:39282389
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研究论文 | 本文利用CRISPR barnyard实验研究单细胞CRISPR筛选中的环境gRNA噪声，并开发了CLEANSER模型来识别和过滤这些噪声 | 开发了CLEANSER模型，利用双峰分布区分本征和环境gRNA，并包含gRNA和细胞特异性归一化参数，提高了gRNA-细胞分配的准确性 | 未提及 | 研究单细胞CRISPR筛选中的环境gRNA噪声，并开发过滤方法 | 环境gRNA噪声及其对基因表达分析的影响 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 混合模型 | RNA | 未提及 |
| 32 | 2024-11-21 |
BFAST: joint dimension reduction and spatial clustering with Bayesian factor analysis for zero-inflated spatial transcriptomics data
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae594
PMID:39552067
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研究论文 | 本文提出了一种名为BFAST的新方法，结合贝叶斯因子分析进行零膨胀空间转录组数据的降维和空间聚类 | BFAST方法在降维和空间聚类方面展示了卓越的性能，能够提取更多生物学上有意义的低维特征，从而提高聚类的准确性和精确度 | NA | 开发一种有效的方法来处理高噪声和缺失事件的空间转录组数据聚类问题 | 零膨胀空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 贝叶斯因子分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 33 | 2024-11-21 |
FixNCut: A Practical Guide to Sample Preservation by Reversible Fixation for Single Cell Assays
2024-Sep-05, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5063
PMID:39315321
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研究论文 | 本文介绍了FixNCut协议的优化和实用指南，用于通过可逆固定保存单细胞样本 | FixNCut协议通过可逆固定策略，实现了样本采集与下游应用的分离，避免了应激或坏死相关的人工痕迹 | NA | 提供FixNCut协议的优化指南，以促进该方法的全面应用 | 单细胞样本的保存和分析 | NA | NA | 可逆固定 | NA | NA | NA |
| 34 | 2024-11-21 |
Revealing novel genomic insights and therapeutic targets for juvenile idiopathic arthritis through omics
2024-09-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keae078
PMID:38317060
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了幼年特发性关节炎（JIA）的新基因组见解和治疗靶点 | 发现了四个与JIA相关的新基因（CD247、RHOH、COLEC10和IRF8），并揭示了COLEC10与TNFRSF11B之间的新遗传联系，以及RHOH在正向胸腺细胞选择中的作用 | NA | 揭示幼年特发性关节炎的遗传基础和潜在治疗靶点 | 幼年特发性关节炎（JIA）的基因组和治疗靶点 | 基因组学 | 幼年特发性关节炎 | 全基因组关联研究（GWAS）、单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 4550例JIA病例和18446例对照 |
| 35 | 2024-11-20 |
Robust self-supervised learning strategy to tackle the inherent sparsity in single-cell RNA-seq data
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae586
PMID:39550222
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研究论文 | 本文提出了一种名为scRobust的鲁棒自监督学习策略，用于解决单细胞RNA测序数据中的固有稀疏性问题 | scRobust基于Transformer架构，采用对比学习和基因表达预测任务的组合策略，显著提高了细胞类型注释和转录组分析的准确性 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的稀疏性问题，提高细胞类型注释和转录组分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据和scATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), scATAC-seq | Transformer | 基因表达数据 | 九个基准数据集，额外的dropout场景和组合数据集 |
| 36 | 2024-11-20 |
Aberrant activation of wound healing programs within the metastatic niche facilitates lung colonization by osteosarcoma cells
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.10.575008
PMID:38260361
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研究论文 | 研究探讨了骨肉瘤细胞如何通过激活肺部微环境中的伤口愈合程序促进肺转移，并评估了尼达尼布作为治疗药物的潜力 | 首次揭示了骨肉瘤细胞通过诱导肺部微环境中的纤维化来促进肺转移，并证明了尼达尼布作为靶向治疗药物的有效性 | 研究主要基于小鼠模型和患者样本，需要进一步的临床试验验证 | 识别骨肉瘤肺转移的特定治疗靶点，阐明骨肉瘤肺转移微环境形成的细胞和分子机制 | 骨肉瘤细胞、肺部微环境、尼达尼布 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组学（scRNA-seq）、多参数免疫荧光、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 免疫功能正常的小鼠模型、患者样本、免疫缺陷的人源异种移植模型 |
| 37 | 2024-11-20 |
Tipping points in epithelial-mesenchymal lineages from single-cell transcriptomics data
2024-09-03, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2024.03.021
PMID:38504523
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研究论文 | 本文提出了一种利用单细胞转录组数据推断细胞谱系稳定性和基因调控网络的计算方法 | 该方法通过单细胞RNA测序数据中的未剪接和剪接计数以及细胞在谱系轨迹上的排序，训练了一个RNA剪接多元模型，并基于模型的雅可比矩阵的光谱分析推断细胞状态的稳定性 | NA | 研究细胞在复杂生物过程中的命运决策机制 | 卵巢癌和肺癌来源的细胞系中的上皮-间质转化过程 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | RNA剪接多元模型 | 转录组数据 | 卵巢癌和肺癌来源的细胞系 |
| 38 | 2024-11-20 |
Disruption of memory B-cell trafficking by belimumab in patients with systemic lupus erythematosus
2024-09-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keae286
PMID:38775637
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研究论文 | 研究探讨了贝利木单抗对系统性红斑狼疮患者记忆B细胞迁移的影响 | 首次深入分析了贝利木单抗对记忆B细胞的影响，揭示了其在治疗系统性红斑狼疮中的新机制 | 研究样本量较小，且仅限于特定的患者群体 | 探讨贝利木单抗对系统性红斑狼疮患者记忆B细胞的影响 | 系统性红斑狼疮患者的记忆B细胞 | NA | 系统性红斑狼疮 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据，转录组数据 | 1245名系统性红斑狼疮患者 |
| 39 | 2024-11-20 |
Spatiotemporal evolutionary process of osteosarcoma immune microenvironment remodeling and C1QBP-driven drug resistance deciphered through single-cell multi-dimensional analysis
2024-Sep, Bioengineering & translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/btm2.10654
PMID:39553438
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研究论文 | 本研究通过单细胞多维分析揭示了骨肉瘤免疫微环境重塑的时空演化过程及C1QBP驱动的药物抗性机制 | 本研究首次整合了多个单细胞RNA测序数据集，构建了骨肉瘤微环境的全面图谱，并发现了C1QBP在骨肉瘤中的重要作用及其与药物抗性的关联 | NA | 探索骨肉瘤发生和进展的内在机制 | 骨肉瘤的免疫微环境及C1QBP在其中的作用 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个单细胞RNA测序数据集及批量RNA测序数据 |
| 40 | 2024-11-19 |
Recent developments and new directions in the use of natural products for the treatment of inflammatory bowel disease
2024-Sep, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2024.155812
PMID:38905845
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综述 | 本文系统回顾了利用天然产物治疗炎症性肠病（IBD）的最新研究进展 | 介绍了利用元基因组学、单细胞测序、靶点识别技术和药物递送系统等前沿技术克服天然产物在临床转化和药物发现中的挑战 | 天然产物在临床转化和药物发现方面仍面临挑战 | 探讨如何利用当代技术创新发现和利用生物活性天然产物治疗IBD | 天然产物在治疗IBD中的应用 | NA | 炎症性肠病 | 元基因组学、单细胞测序、靶点识别技术、药物递送系统 | NA | NA | NA |