单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-08-29	WITHDRAWN: Single-cell RNA Sequencing Revealing that MMP12+ Macrophages are Associated with Cancer Liver Metastasis 2024-09-12, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673337385240827061539 PMID:39279118	撤稿声明	作者要求撤回一篇关于MMP12+巨噬细胞与癌症肝转移关系的单细胞RNA测序研究论文	NA	NA	NA	NA	NA	癌症肝转移	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
22	2025-08-29	Integration of single-cell RNA sequencing of endothelial cells and proteomics to unravel the role of ICAM1-PTGS2 communication in apical periodontitis: A laboratory investigation 2024-09, International endodontic journal IF:5.4Q1 DOI:10.1111/iej.14080 PMID:38713190	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和蛋白质组学技术，探讨ICAM1-PTGS2信号通路在根尖周炎内皮细胞中的作用机制	首次结合scRNA-seq和蛋白质组学分析根尖周炎内皮细胞异质性，并揭示ICAM1通过调控铁死亡相关蛋白PTGS2影响炎症微环境的新机制	样本量较小（5例CAP样本），且主要基于体外细胞实验（HUVECs和THP-1巨噬细胞），临床直接证据有限	阐明根尖周炎中内皮细胞的多样性及ICAM1-PTGS2通讯在炎症调控中的作用	慢性根尖周炎患者组织样本、人脐静脉内皮细胞（HUVECs）、THP-1来源的巨噬细胞	单细胞组学	根尖周炎	scRNA-seq, 蛋白质组学, 实时PCR, 蛋白质印迹, 免疫荧光染色	NA	单细胞转录组数据, 蛋白质组数据	5例CAP样本（GSE181688和GSE197680数据集），另含体外细胞实验
23	2025-08-11	Single Cell Profiling in the Sox10 Dom/+ Hirschsprung Mouse Implicates Hoxa6 in Enteric Neuron Lineage Allocation 2024-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.18.613729 PMID:39345473	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了Sox10 Dom/+突变对肠神经系统神经元谱系分配的影响，特别是Hoxa6在神经元分化中的作用	首次报道了Hox基因在肠神经元谱系多样化中的作用，揭示了Sox10 Dom/+突变通过改变神经元轨迹影响神经元类型的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Sox10缺陷如何改变肠神经元亚型的比例及其分子机制	Sox10 +/+和Sox10 Dom/+同窝小鼠的肠神经系统前体细胞、发育中的神经元和肠胶质细胞	发育生物学	先天性巨结肠症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、杂交链式反应(HCR)	小鼠模型	单细胞转录组数据	Sox10 +/+和Sox10 Dom/+同窝小鼠的肠神经系统细胞
24	2025-08-10	Lost in space: what single-cell RNA sequencing cannot tell you 2024-09, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2024.03.010 PMID:38570278	综述	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在植物科学研究中的应用及其局限性，特别是空间信息的丢失问题	强调了现有单细胞分析流程无法完全恢复空间信息的问题，并讨论了利用空间信息指导单细胞分析的可能性	单细胞RNA测序技术本身导致的空间信息丢失限制了其在复杂生物系统表征中的应用	探讨如何最大化单细胞RNA测序技术的潜力，特别是在保留和利用空间信息方面	植物细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、RNA原位杂交	NA	RNA测序数据	NA
25	2025-08-07	MerlinS13 phosphorylation regulates meningioma Wnt signaling and magnetic resonance imaging features 2024-09-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52284-8 PMID:39251601	研究论文	该研究探讨了MerlinS13磷酸化如何调节脑膜瘤的Wnt信号传导和MRI特征	发现了Merlin丝氨酸13（S13）去磷酸化通过减弱与β-连环蛋白的抑制性相互作用并激活Wnt通路来驱动脑膜瘤的生长，并提出了一个潜在的MRI生物标志物	研究样本可能有限，且需要进一步验证MRI生物标志物的临床应用价值	揭示Merlin完整的脑膜瘤生长的生化机制，并寻找非侵入性生物标志物以指导治疗或影像监测	脑膜瘤异种移植模型和患者样本	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序、邻近标记蛋白质组质谱、MRI	NA	RNA测序数据、质谱数据、MRI图像	脑膜瘤异种移植模型和患者样本（具体数量未提及）
26	2025-08-06	Uncovering Plaque-Glia Niches in Human Alzheimer's Disease Brains Using Spatial Transcriptomics 2024-Sep-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.05.611566 PMID:39314329	研究论文	利用空间转录组学揭示人类阿尔茨海默病脑中斑块-胶质细胞微环境的相互作用	首次结合空间转录组学(ST)和免疫组化(IHC)技术，系统分析了Aβ斑块与周围胶质细胞在人类大脑中的相互作用及其对神经元损失和炎症的影响	研究样本量相对有限(21例个体)，且均为死后脑组织，可能无法完全反映活体状态下的动态变化	探究阿尔茨海默病中Aβ斑块与周围胶质细胞的相互作用及其病理机制	21例个体的78个死后脑切片中的258,987个ST位点	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学(ST), 免疫组化(IHC)	NA	转录组数据, 图像数据	21例个体的78个脑切片(258,987个ST位点)
27	2025-08-06	PoweREST: Statistical Power Estimation for Spatial Transcriptomics Experiments to Detect Differentially Expressed Genes Between Two Conditions 2024-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.30.610564 PMID:39257799	研究论文	介绍了一个名为PoweREST的统计功效估计工具，用于支持10X Genomics Visium数据中差异表达基因检测的功效计算	填补了空间转录组学研究中差异表达基因检测功效计算工具的空白，提供了实验前和初步数据收集后的功效估计功能	仅适用于10X Genomics Visium数据，未涵盖其他空间转录组学技术	开发一个工具来估计空间转录组学实验中检测差异表达基因的统计功效	空间转录组学数据中的差异表达基因	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组学数据	NA
28	2025-08-05	Identification of the CD8 + T-cell Related Signature for Predicting the Prognosis of Gastric Cancer Based on Integrated Analysis of Bulk and Single-cell RNA Sequencing Data 2024-Sep-01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000528 PMID:38809517	research paper	该研究通过整合大量和单细胞RNA测序数据，识别了与CD8 + T细胞相关的特征，用于预测胃癌患者的预后	首次探索了CD8 + T细胞在胃癌中的作用，并构建了一个新的风险模型和定量列线图来预测预后和指导免疫治疗决策	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	预测胃癌患者的预后并指导免疫治疗决策	胃癌患者的基因表达数据和CD8 + T细胞相关基因	digital pathology	gastric cancer	RNA-seq, scRNA-seq	risk model, nomogram	gene expression data	数据来源于The Cancer Genome Atlas数据库和GSE134520数据集
29	2025-07-26	Single-cell analysis of human airway epithelium identifies cell type-specific responses to Aspergillus and Coccidioides 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.09.612147 PMID:39314271	研究论文	利用原代人呼吸道上皮细胞（hAECs）模拟肺部环境，研究两种临床重要真菌病原体的细胞特异性反应	首次报道了对感染曲霉和球孢子菌的hAECs进行单细胞转录分析，提供了关键的疾病机制数据集	动物模型不能完全模拟人类疾病，研究依赖于体外模型	研究呼吸系统真菌感染的早期发病机制	原代人呼吸道上皮细胞（hAECs）	单细胞分析	呼吸系统真菌感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
30	2025-07-25	Single-cell sequencing reveals LRRc17-mediated modulation of cardiac fibroblast ferroptosis in regulating myocardial fibrosis after myocardial infarction 2024-09, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111293 PMID:38996956	研究论文	通过单细胞测序揭示LRRc17介导的心脏成纤维细胞铁死亡在心肌梗死后心肌纤维化中的调节作用	首次发现LRRc17通过调节心脏成纤维细胞的铁死亡影响心肌梗死后纤维化的程度	研究仅基于GEO数据库中的两个数据集，样本量有限	阐明心肌梗死后纤维化的发病机制并寻找调节心室重构的治疗靶点	心脏成纤维细胞(CFs)	生物医学	心血管疾病	单细胞测序、WGCNA、qRT-PCR、Western blotting	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的GSE153485和GSE210159数据集
31	2025-07-25	IMPLICATIONS OF YWHAH GENE EXPRESSION IN THE EARLY DETECTION OF SEPSIS 2024-09-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002409 PMID:38904460	研究论文	本研究探讨了YWHAH基因表达在脓毒症早期检测中的潜在作用	首次发现YWHAH基因表达在感染和脓毒症患者之间存在差异，为脓毒症的早期检测和治疗策略提供了新见解	研究主要基于公共单细胞转录组数据库和体外分析，需要进一步的临床验证	探索YWHAH基因表达与脓毒症早期检测的关联	感染个体和健康对照组的YWHAH基因表达	基因表达分析	脓毒症	实时聚合酶链反应（real-time PCR），加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	基因表达数据	公共单细胞转录组数据库中的样本
32	2025-07-24	Lysosomal dysfunction-derived autophagy impairment of gingival epithelial cells in diabetes-associated periodontitis with altered protein acetylation 2024-09, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111273 PMID:38950874	研究论文	本研究探讨了糖尿病相关牙周炎中牙龈上皮细胞溶酶体功能障碍导致的自噬障碍及其与炎症反应的关系	揭示了高糖环境下溶酶体功能障碍通过阻断自噬流加剧炎症反应的机制，并发现相关蛋白质乙酰化修饰的改变	研究主要基于体外细胞实验和部分临床样本分析，需要更多体内实验验证	探索糖尿病相关牙周炎中牙龈上皮细胞过度炎症反应的分子机制	糖尿病相关牙周炎患者的牙龈上皮细胞和体外培养的人牙龈上皮细胞	分子病理学	牙周炎/糖尿病并发症	单细胞RNA测序、免疫组化分析、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据	临床牙龈上皮样本和体外培养的人牙龈上皮细胞
33	2025-07-23	Monocytes Reprogrammed by 4-PBA Potently Contribute to the Resolution of Inflammation and Atherosclerosis 2024-Sep-27, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325023 PMID:39224974	research paper	本研究探讨了4-PBA如何重编程单核细胞，使其具有抗炎特性，从而有效缓解动脉粥样硬化的炎症过程	发现4-PBA能通过减少过氧化物酶体应激和减弱SYK-mTOR信号通路，降低ICAM-1表达，并通过促进PPARγ的neddylation增强CD24的表达，从而重编程单核细胞	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索通过重编程单核细胞来治疗动脉粥样硬化的新方法	单核细胞和动脉粥样硬化小鼠模型	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序、免疫学方法、共培养实验	ApoE-/-小鼠模型	基因表达数据、免疫学数据	高脂饮食喂养的ApoE-/-小鼠
34	2025-07-23	Spatial multi-omics reveal intratumoral humoral immunity niches associated with tertiary lymphoid structures in pancreatic cancer immunotherapy pathologic responders 2024-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.22.613714 PMID:39386736	研究论文	本研究通过空间多组学技术揭示了胰腺癌免疫治疗病理应答者中与三级淋巴结构相关的肿瘤内体液免疫微环境	首次构建了胰腺癌免疫治疗患者的空间多组学图谱，并利用机器学习方法鉴定了与生存改善相关的TLS特异性空间基因表达特征	样本量相对较小（26例PDAC肿瘤），且仅针对特定免疫治疗方案的患者	探究三级淋巴结构(TLS)在胰腺癌免疫治疗中的作用及其空间特征	26例接受联合免疫治疗的胰腺导管腺癌(PDAC)患者的肿瘤样本	数字病理学	胰腺癌	空间多组学（包括空间转录组学、空间蛋白质组学和BCR分析）	机器学习图像分类模型和无监督基因表达矩阵分解方法	H&E图像、基因表达数据、蛋白质组数据	26例PDAC肿瘤样本
35	2025-07-23	Multiplex, single-cell CRISPRa screening for cell type specific regulatory elements 2024-09-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52490-4 PMID:39294132	研究论文	提出了一种结合多重扰动和单细胞RNA测序的实验框架，用于识别细胞类型特异性的CRISPRa响应顺式调控元件及其调控的基因	开发了一种新的实验方法，结合了高度多重化的扰动和单细胞RNA测序技术，能够识别细胞类型特异性的CRISPRa响应元件	未明确提及样本量是否足够大或是否覆盖了更多细胞类型	识别细胞类型特异性的CRISPRa响应顺式调控元件及其调控的基因	K562细胞和iPSC衍生的兴奋性神经元	基因编辑与调控	自闭症谱系障碍(ASD)和神经发育障碍(NDD)	CRISPRa, sc-RNA-seq	NA	基因表达数据	493个gRNA靶向候选顺式调控元件
36	2025-07-23	Oncogenic Calreticulin Induces Immune Escape by Stimulating TGFβ Expression and Regulatory T-cell Expansion in the Bone Marrow Microenvironment 2024-Sep-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3553 PMID:38885318	研究论文	该研究揭示了致癌性钙网蛋白（CALRdel52）通过刺激TGFβ1表达和调节性T细胞扩增，在骨髓微环境中诱导免疫逃逸的机制	发现了CALRdel52通过ERK/Sp1/TGFβ1轴介导免疫抑制的新机制，并证明靶向该轴可增强T细胞活性和糖酵解能力	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果需进一步验证	探索致癌性CALR突变如何影响骨髓微环境并导致免疫逃逸	骨髓增生性肿瘤（MPN）患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	骨髓增生性肿瘤	单细胞RNA测序	小鼠MPN模型	RNA测序数据、流式细胞术数据	四个独立患者队列的骨髓样本
37	2025-07-23	STAN, a computational framework for inferring spatially informed transcription factor activity 2024-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.26.600782 PMID:38979296	research paper	介绍了一种名为STAN的计算框架，用于推断空间信息转录因子活性	提出了一个线性混合效应计算方法STAN，整合了TF-靶基因先验、mRNA表达、空间坐标和形态学特征，预测特定点的空间信息转录因子活性	未明确提及	系统估计调控细胞身份的转录因子活性	淋巴结、乳腺癌和胶质母细胞瘤的空间转录组数据集	computational biology	breast cancer, glioblastoma	spatial transcriptomics (ST)	linear mixed-effects model	mRNA expression, spatial coordinates, imaging data	未明确提及
38	2025-07-23	A distribution-free and analytic method for power and sample size calculation in single-cell differential expression 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae540 PMID:39231036	research paper	提出了一种名为scPS的无分布分析方法，用于单细胞差异表达分析中的统计功效和样本量计算	scPS方法不假设数据分布，并考虑了样本内细胞间的相关性，提供了一种快速且强大的实验设计工具	未提及方法在特定类型单细胞数据上的适用性或验证范围	开发一种更准确和高效的单细胞差异表达分析实验设计方法	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	广义估计方程(GEE)	单细胞RNA-seq数据	未明确说明具体样本量，但涉及单细胞样本
39	2025-07-23	Age-related epithelial defects limit thymic function and regeneration 2024-Sep, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01915-9 PMID:39112630	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学、谱系追踪和先进成像技术，揭示了与年龄相关的胸腺上皮细胞缺陷如何限制胸腺功能和再生	发现了两种与年龄相关的非典型胸腺上皮细胞状态（aaTECs），这些细胞形成高密度的髓质周围上皮簇，缺乏胸腺细胞，并表现出上皮-间质转化的特征	研究未明确aaTECs的具体分子机制及其在免疫衰老中的确切作用	探究年龄相关的胸腺上皮细胞变化及其对胸腺功能和再生的影响	非造血基质细胞，特别是胸腺上皮细胞（TECs）	免疫学	免疫衰老	单细胞转录组学、空间转录组学、谱系追踪、先进成像	NA	转录组数据、成像数据	NA
40	2025-07-23	Fc-engineered antibodies promote neutrophil-dependent control of Mycobacterium tuberculosis 2024-Sep, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-024-01777-9 PMID:39174703	research paper	研究通过工程化抗体的Fc区域，探索了抗体在结核病控制中的潜在机制及其治疗应用	通过设计52种Fc变体，构建了能够增强结核分枝杆菌限制能力的抗体，并发现了几种依赖中性粒细胞的Fc工程化抗体	可能不存在单一Fc特征能够普遍驱动结核分枝杆菌的控制	探索抗体在结核病控制中的机制及其治疗潜力	结核分枝杆菌（Mtb）	免疫学	结核病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA