单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2024-09-28	Systemic comparison of molecular characteristics in different skin fibroblast senescent models 2024-Sep-27, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003312 PMID:39329281	研究论文	本研究比较了不同皮肤成纤维细胞衰老模型中的转录组特征	首次系统比较了儿童和老年人皮肤成纤维细胞与四种衰老模型之间的转录组特征差异	研究仅限于体外模型，未涉及体内实验	比较不同衰老模型中成纤维细胞的转录组特征	儿童和老年人皮肤成纤维细胞及四种衰老模型	NA	NA	流式细胞术、免疫荧光染色、实时定量聚合酶链反应、共培养免疫细胞、批量RNA测序	NA	RNA	儿童和老年人皮肤成纤维细胞及四种衰老模型样本
362	2024-09-28	A Ctnnb1 enhancer transcriptionally regulates Wnt signaling dosage to balance homeostasis and tumorigenesis of intestinal epithelia 2024-Sep-25, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98238 PMID:39320349	研究论文	本文研究了Ctnnb1增强子对Wnt信号通量调控在肠道上皮稳态和肿瘤发生中的作用	发现了ieCtnnb1增强子在肠道稳态和肿瘤发生中的关键作用，揭示了增强子依赖的Wnt信号调控机制	NA	研究Wnt信号通量调控在肠道上皮稳态和肿瘤发生中的机制	Ctnnb1增强子及其在肠道上皮中的功能	NA	结直肠癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
363	2024-09-27	Kidney fibrosis molecular mechanisms Spp1 influences fibroblast activity through transforming growth factor beta smad signaling 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109839 PMID:39323737	研究论文	本研究通过单细胞测序数据深入探讨了肾脏纤维化过程中纤维母细胞和肌纤维母细胞的关键作用，并揭示了Spp1基因通过TGF-β/Smad信号通路促进纤维母细胞向肌纤维母细胞分化的机制	首次揭示了Spp1基因在肾脏纤维化中的关键作用及其通过TGF-β/Smad信号通路促进纤维母细胞分化的机制	NA	探讨肾脏纤维化过程中的分子机制	肾脏纤维化过程中的纤维母细胞和肌纤维母细胞	NA	肾脏疾病	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
364	2024-09-28	Unraveling the impact of lysosomal dysfunction on myeloproliferative neoplasm 2024-Sep, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70238 PMID:39320136	研究论文	研究溶酶体功能障碍对骨髓增殖性肿瘤的影响及其病理机制	首次探讨了溶酶体功能障碍在骨髓增殖性肿瘤中的作用，并揭示了其通过诱导异常炎症促进肿瘤发展的机制	样本量较小，尤其是单细胞RNA测序的样本数量有限	阐明溶酶体功能障碍在骨髓增殖性肿瘤发病机制中的作用	骨髓增殖性肿瘤患者和健康对照组	NA	血液肿瘤	全转录组测序、单细胞RNA测序	NA	基因型数据、转录组数据	190名骨髓增殖性肿瘤患者和461名健康对照组
365	2024-09-27	Single-cell RNA sequencing reveals surface markers of primordial germ cells in chicken and zebra finch 2024-Sep-26, Molecular genetics and genomics : MGG IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s00438-024-02186-7 PMID:39325237	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术揭示了鸡和斑胸草雀原始生殖细胞的表面标记物	发现了鸡和斑胸草雀原始生殖细胞的新型表面标记物NEGR1、SLC34A2和ESYT3，这些标记物在后期发育阶段和生殖组织中持续表达	现有的分离方法在效率和适用性方面存在局限，特别是SSEA-1的特异性在后期发育阶段下降	揭示鸡和斑胸草雀原始生殖细胞的新型表面标记物，以解决现有分离方法的局限性	鸡和斑胸草雀的原始生殖细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	鸡和斑胸草雀的原始生殖细胞
366	2024-09-27	Imputing abundance of over 2,500 surface proteins from single-cell transcriptomes with context-agnostic zero-shot deep ensembles 2024-Sep-18, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.08.006 PMID:39243755	研究论文	提出了一种名为SPIDER的上下文无关零样本深度集成模型，用于从单细胞转录组中预测超过2500种表面蛋白的丰度	SPIDER模型能够在大规模蛋白质丰度预测中表现出色，并且在不同上下文中具有更好的泛化能力	NA	开发一种能够从单细胞转录组数据中预测表面蛋白丰度的新方法	单细胞转录组数据中的表面蛋白丰度	机器学习	NA	CITE-seq	深度集成模型	转录组数据	超过2500种表面蛋白
367	2024-09-27	High infiltration of immune cells with lower immune activity mediated the heterogeneity of gastric adenocarcinoma and promoted metastasis 2024-Sep-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37092 PMID:39319155	研究论文	研究使用单细胞RNA测序分析胃腺癌的转移特征	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了低免疫活性的免疫细胞高浸润与胃腺癌异质性和转移的关系	研究仅限于体外实验验证，缺乏体内实验数据	探索胃腺癌的转移特征	胃腺癌的免疫细胞和基因表达	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	7697个细胞样本
368	2024-09-27	A Quantitative Computational Framework for Allopolyploid Single-Cell Data Integration and Core Gene Ranking in Development 2024-Sep-04, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msae178 PMID:39213378	研究论文	开发了一种名为“伪基因组分化量化”（pgDQ）的定量计算框架，用于量化和追踪异源多倍体单细胞数据中的亚基因组分化	提出了pgDQ方法，能够直接在细胞水平上量化和追踪亚基因组分化，并能与单细胞RNA测序数据得出的细胞分化轨迹进行比较	未提及	探讨异源多倍体发育过程中不同基因组融合对发育的影响	异源多倍体单细胞数据中的亚基因组分化	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未提及
369	2024-09-27	Scywalker: scalable end-to-end data analysis workflow for long-read single-cell transcriptome sequencing 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae549 PMID:39254601	研究论文	介绍了一种名为Scywalker的可扩展端到端数据分析工作流程，用于长读长单细胞转录组测序	开发了新的可扩展方法用于细胞条形码解复用和单细胞异构体调用与定量，并将其整合到一个易于部署的软件包中	NA	解决现有纳米孔单细胞数据分析工具在处理当前数据规模上的严重局限性	长读长单细胞或单核cDNA的转录组测序数据	生物信息学	NA	长读长单细胞转录组测序	NA	转录组数据	涉及人类大脑、拟南芥叶片和混合细胞系的数据集
370	2024-09-26	Transcriptomic dysregulation and autistic-like behaviors in Kmt2c haploinsufficient mice rescued by an LSD1 inhibitor 2024-Sep, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-024-02479-8 PMID:38528071	研究论文	研究探讨了Kmt2c基因半合子缺失小鼠的转录组失调和自闭症样行为，并发现LSD1抑制剂可以改善这些行为	首次揭示了Kmt2c基因半合子缺失导致的神经发育缺陷的分子机制，并证明了LSD1抑制剂在治疗这些缺陷中的有效性	研究主要集中在成年小鼠，未探讨LSD1抑制剂对幼年小鼠的影响	探讨Kmt2c基因半合子缺失如何导致神经发育缺陷及其治疗方法	Kmt2c基因半合子缺失小鼠及其行为和转录组变化	神经科学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年和新生小鼠脑组织样本
371	2024-09-26	A necroptosis-regulated model from single-cell analysis that predicts survival and identifies the Pivotal role of MAGEA6 in hepatocellular carcinoma 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37711 PMID:39315163	研究论文	本研究开发了一种基于单细胞分析的坏死性凋亡调控模型，用于预测肝细胞癌患者的生存情况，并揭示了MAGEA6在肝细胞癌中的关键作用	本研究首次开发了一种基于坏死性凋亡相关基因的风险特征，用于预测肝细胞癌患者的预后，并通过实验验证了MAGEA6在肝癌中的作用	本研究的样本量较小，且仅基于TCGA和ICGC数据库进行验证，未来需要更大规模的临床验证	开发一种新的坏死性凋亡相关基因风险特征，用于预测肝细胞癌患者的预后	肝细胞癌患者的预后预测和坏死性凋亡在肝癌细胞中的作用	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	Cox回归分析	基因表达数据	25个关键坏死性凋亡调控因子和168个坏死性凋亡相关基因，TCGA-LIHC数据集作为训练集，ICGC数据集用于验证
372	2024-09-26	Meiotic chromatin-associated HSF5 is indispensable for pachynema progression and male fertility 2024-Sep-23, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae701 PMID:39162221	研究论文	本研究鉴定了一种新的睾丸特异性蛋白HSF5，该蛋白通过染色质结合调控雄性减数分裂中的粗线期进展	首次发现HSF5在粗线期进展中的关键作用，并揭示了其与SMARCA5、SMARCA4和SMARCE1的生物学相互作用	NA	探讨HSF5在雄性减数分裂粗线期进展中的调控作用	HSF5蛋白及其在减数分裂中的功能	NA	NA	scRNA-seq, CUT&Tag	NA	基因表达数据	Hsf5-/-个体
373	2024-09-26	Single-cell exome sequencing reveals polyclonal seeding and TRPS1 mutations in colon cancer metastasis 2024-Sep-23, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01960-8 PMID:39307879	研究论文	研究通过单细胞外显子测序揭示了结肠癌肝转移中的多克隆播种和TRPS1基因突变	首次通过单细胞外显子测序揭示了结肠癌肝转移的多克隆播种机制，并发现了TRPS1基因突变在肝转移中的重要作用	研究仅基于一个IV期结肠癌患者的样本，结果的普适性有待进一步验证	探索结肠癌肝转移的克隆进化和遗传异质性，识别驱动基因突变	结肠癌患者的原发肿瘤、肝转移和淋巴转移的单细胞	数字病理学	结肠癌	单细胞外显子测序	NA	基因组数据	150个单细胞
374	2024-09-26	Patient-derived xenografts and single-cell sequencing identifies three subtypes of tumor-reactive lymphocytes in uveal melanoma metastases 2024-Sep-23, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.91705 PMID:39312285	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和患者来源的异种移植模型，识别并验证了葡萄膜黑色素瘤肝转移中的肿瘤反应性T细胞的三个亚型	首次结合单细胞测序和功能分析，揭示了葡萄膜黑色素瘤肝转移中肿瘤反应性T细胞的多样性	研究仅限于葡萄膜黑色素瘤肝转移，结果可能不适用于其他类型的黑色素瘤或其他器官的转移	通过识别和功能验证肿瘤反应性T细胞，提高葡萄膜黑色素瘤肝转移的免疫治疗效果	葡萄膜黑色素瘤肝转移中的肿瘤反应性T细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自患者的生物样本和肿瘤浸润淋巴细胞
375	2024-09-26	SPRR1B+ keratinocytes prime oral mucosa for rapid wound healing via STAT3 activation 2024-Sep-16, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06864-5 PMID:39300285	研究论文	研究通过综合分析bulk-mRNA和单细胞测序数据，揭示了STAT3激活的SPRR1B+角质形成细胞在口腔黏膜快速愈合中的关键作用	首次揭示了STAT3激活的SPRR1B+角质形成细胞在口腔黏膜快速愈合中的重要作用，并发现这些细胞在未受伤的正常黏膜中丰富，但在正常皮肤中缺失	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨口腔黏膜快速愈合的细胞机制	口腔黏膜和皮肤的伤口愈合过程	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	mRNA	小鼠模型中的口腔黏膜和皮肤样本
376	2024-09-25	Investigation of the pharmacological mechanisms of Shenfu injection in acute pancreatitis through network pharmacology and experimental validation 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37491 PMID:39309824	研究论文	本研究通过网络药理学和实验验证探讨了参附注射液在急性胰腺炎治疗中的药理机制	首次通过网络药理学和实验验证揭示了参附注射液在急性胰腺炎治疗中的多成分、多靶点和多细胞特性	NA	探讨参附注射液在急性胰腺炎治疗中的潜在机制	参附注射液在急性胰腺炎中的作用机制	NA	急性胰腺炎	网络药理学、分子对接、单细胞转录组分析、HE染色、流式细胞术、Tunel染色、CCK-8检测、Western blot、ELISA	NA	基因、蛋白质、细胞	体外实验涉及多种细胞类型，体内实验涉及急性胰腺炎大鼠模型
377	2024-09-25	Single-cell RNA sequencing analysis reveals the distinct features of colorectal cancer with or without Fusobacterium nucleatum infection in PD-L1 blockade therapy 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37511 PMID:39309908	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了在PD-L1阻断疗法下，有无Fusobacterium nucleatum感染的结直肠癌的特征	首次通过单细胞RNA测序揭示了Fusobacterium nucleatum感染对PD-L1阻断疗法在结直肠癌中作用的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中验证结果	探讨PD-L1阻断疗法在结直肠癌中的作用机制，特别是Fusobacterium nucleatum感染的影响	结直肠癌肿瘤微环境中的细胞组成和功能	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型中的结直肠癌肿瘤样本
378	2024-09-25	Single-cell RNA sequencing reveals intratumoral heterogeneity and multicellular community in primary hepatocellular carcinoma underlying microvascular invasion 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37233 PMID:39309949	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了原发性肝细胞癌中微血管侵犯的肿瘤内异质性和多细胞社区	首次对肝细胞癌中的微血管侵犯进行了详细的单细胞分析，揭示了免疫抑制生态系统和与微血管侵犯相关的上调信号	样本量较小，仅包括3个微血管侵犯阳性样本和14个阴性样本	研究肝细胞癌中微血管侵犯的肿瘤微环境，为免疫治疗提供潜在靶点	肝细胞癌患者的肿瘤组织及其配对的非肿瘤组织	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	3个微血管侵犯阳性样本和14个阴性样本，以及它们的配对非肿瘤组织
379	2024-09-25	Smyd3-mediated immuno-modulation in HPV-negative head and neck squamous cell carcinoma mouse models 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110854 PMID:39310755	研究论文	研究了SMYD3在HPV阴性头颈鳞状细胞癌小鼠模型中的免疫调节作用	发现SMYD3通过表观遗传抑制I型IFN反应基因，使用SMYD3 ASO和抗PD-1疗法联合治疗可以增强肿瘤对治疗的敏感性	NA	探讨SMYD3在HPV阴性头颈鳞状细胞癌中的免疫调节功能及其对治疗抵抗机制的影响	SMYD3在HPV阴性头颈鳞状细胞癌中的作用及其对免疫治疗的影响	数字病理学	头颈癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了MOC1小鼠口腔癌模型
380	2024-09-25	Single-cell transcriptome and crosstalk analysis reveals immune alterations and key pathways in the bone marrow of knee OA patients 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110827 PMID:39310769	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，研究了膝骨关节炎患者骨髓抽吸物中的免疫变化和关键通路	本文首次深入研究了骨髓在膝骨关节炎中的免疫变化，不同于以往关注损伤部位或外周血的研究	NA	揭示膝骨关节炎患者骨髓中的免疫变化和关键通路	膝骨关节炎患者的骨髓抽吸物	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自随机临床试验（MILES: NCT03818737）的骨髓抽吸物样本