单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2024-09-25	Uncovering Plaque-Glia Niches in Human Alzheimer's Disease Brains Using Spatial Transcriptomics 2024-Sep-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.05.611566 PMID:39314329	研究论文	本研究利用空间转录组学和免疫组化技术，探讨了阿尔茨海默病大脑中淀粉样β斑块与周围胶质细胞的相互作用	首次通过空间转录组学技术揭示了阿尔茨海默病大脑中斑块与胶质细胞微环境的关系，并验证了Aβ对细胞凋亡和斑块周围胶质细胞炎症反应的影响	研究样本量相对较小，且仅限于人类阿尔茨海默病大脑，未来需扩大样本量并验证其他神经退行性疾病中的应用	探讨阿尔茨海默病大脑中淀粉样β斑块与周围胶质细胞的相互作用及其对神经退行性病变的影响	阿尔茨海默病患者的死后大脑组织	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学，免疫组化	NA	转录组数据，图像	21名阿尔茨海默病患者的78个大脑切片，共258,987个空间转录组学位点
362	2024-09-25	Characterization of prostate macrophage heterogeneity, foam cell markers, and CXCL17 upregulation in a mouse model of steroid hormone imbalance 2024-09-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-71137-4 PMID:39251671	研究论文	研究使用激素失衡小鼠模型，分析前列腺巨噬细胞异质性、泡沫细胞标志物及CXCL17上调	首次在激素失衡小鼠模型中详细描述了前列腺巨噬细胞的异质性，并确认了泡沫细胞在前列腺中的潜在病理作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	进一步表征激素失衡模型中前列腺的细胞异质性，并识别招募的泡沫细胞的特定转录组特征	前列腺巨噬细胞、泡沫细胞及其标志物	NA	前列腺增生	scRNA-seq	NA	转录组数据	C57BL/6J雄性小鼠，植入睾酮和雌二醇缓释颗粒或假手术，共两周
363	2024-09-25	LMNA-Related Dilated Cardiomyopathy: Single-Cell Transcriptomics during Patient-Derived iPSC Differentiation Support Cell Type and Lineage-Specific Dysregulation of Gene Expression and Development for Cardiomyocytes and Epicardium-Derived Cells with Lamin A/C Haploinsufficiency 2024-Sep-03, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13171479 PMID:39273049	研究论文	研究使用患者来源的诱导多能干细胞（iPSC）进行单细胞转录组学分析，探讨LMNA相关扩张型心肌病（DCM）的细胞类型和谱系特异性基因表达失调	首次使用单细胞RNA测序技术研究LMNA相关DCM的细胞类型和谱系特异性基因表达失调，并验证了Lamin A/C半合子不足的影响	研究方法需要改进以进一步探讨iPSC衍生模型中的机制	探讨LMNA相关DCM的分子机制	LMNA相关DCM的细胞类型和谱系特异性基因表达失调	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	12个样本（4个患者，8个对照）
364	2024-09-25	Differential expression of small bowel TGFβ1 and TGFβ3 characterizes intestinal strictures in patients with fibrostenotic Crohn's disease 2024-Sep, Histochemistry and cell biology IF:2.1Q2 DOI:10.1007/s00418-024-02290-0 PMID:38705911	研究论文	研究了TGFβ1和TGFβ3在小肠狭窄患者中的表达差异，以了解其在克罗恩病肠道纤维化中的作用	首次通过原位杂交和单细胞转录组学研究了TGFβ1和TGFβ3在小肠狭窄中的表达差异，揭示了TGFβ3在肠道纤维化中的潜在作用	研究仅限于小肠狭窄的黏膜和黏膜下层，未涉及其他组织或细胞类型	探讨TGFβ1和TGFβ3在克罗恩病小肠狭窄形成中的作用，为治疗提供理论依据	克罗恩病患者的小肠狭窄组织	NA	克罗恩病	原位杂交、单细胞转录组学	NA	基因表达数据	克罗恩病患者的小肠狭窄组织与正常小肠组织
365	2024-09-25	Human organoids with an autologous tissue-resident immune compartment 2024-Sep, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07791-5 PMID:39143209	研究论文	本文描述了一种新型的人类肠道免疫器官（IIOs），通过自组织形成包含自体组织驻留记忆T细胞的肠道器官，用于研究组织驻留免疫反应	首次在器官模型中引入自体组织驻留记忆T细胞，模拟了组织水平的免疫过程	NA	研究组织驻留免疫反应在肿瘤发生、感染和自身免疫疾病中的作用	人类肠道免疫器官（IIOs）及其在癌症治疗相关肠道炎症中的作用	生物医学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
366	2024-09-25	Heme oxygenase 1-mediated ferroptosis in Kupffer cells initiates liver injury during heat stroke 2024-Sep, Acta pharmaceutica Sinica. B DOI:10.1016/j.apsb.2024.05.007 PMID:39309491	研究论文	研究热射病期间库普弗细胞中的血红素氧合酶1介导的铁死亡如何引发肝脏损伤	首次揭示了库普弗细胞中的血红素氧合酶1在热射病期间介导铁死亡，并通过IL-1介导的炎症引发肝脏损伤	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨热射病期间库普弗细胞功能障碍与肝脏损伤的关系	库普弗细胞、血红素氧合酶1、铁死亡、热射病	NA	肝脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠的巨噬细胞
367	2024-09-24	At the interface of tumor-associated macrophages and fibroblasts: immune-suppressive networks and emerging exploitable targets 2024-Sep-23, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1690 PMID:39311702	综述	探讨肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）之间的相互作用及其在肿瘤微环境中的免疫抑制网络	利用单细胞RNA测序（sc-RNA seq）和空间转录组学技术，深入理解TAMs和CAFs之间的信号动态和空间分布	NA	研究TAMs和CAFs在实体肿瘤微环境中的相互作用，寻找新的治疗靶点	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（sc-RNA seq）	NA	转录组数据	NA
368	2024-09-24	Single-cell RNA Sequencing Demonstrates the Heterogeneity of Different Molecular Subtypes in Gastric Cancer 2024-Sep-23, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-024-10922-2 PMID:39311993	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了胃癌不同分子亚型的异质性	揭示了不同TCGA分子亚型胃癌在单细胞水平的异质性，并识别了与预后相关的亚型特异性lncRNA	NA	深入理解胃癌的异质性并预测患者预后	胃癌的不同分子亚型	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	119,878个细胞
369	2024-09-24	RGS19: A novel prognostic biomarker for tumor immunity in clear cell renal cell carcinoma revealed through comprehensive bulk and single-cell sequencing analysis 2024-Sep-21, Asian journal of surgery IF:3.5Q1 DOI:10.1016/j.asjsur.2024.09.057 PMID:39307631	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
370	2024-09-24	Single-cell transcriptome analysis of the early immune response in the lymph nodes of Borrelia burgdorferi-infected mice 2024-Sep-19, Microbes and infection IF:2.6Q3 DOI:10.1016/j.micinf.2024.105424 PMID:39306236	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了感染伯氏疏螺旋体的小鼠淋巴结中早期免疫反应的免疫景观	首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了伯氏疏螺旋体感染后四天淋巴结淋巴细胞的免疫反应特征	NA	研究伯氏疏螺旋体感染后小鼠淋巴结中早期免疫反应的特征	感染伯氏疏螺旋体的小鼠淋巴结中的淋巴细胞	NA	莱姆病	单细胞RNA测序	NA	RNA	感染伯氏疏螺旋体四天后的小鼠淋巴结样本
371	2024-09-24	Gene regulatory mechanisms of T cell exhaustion in diffuse large B cell lymphoma based on single-cell transcriptome data 2024-Sep-19, Leukemia research IF:2.1Q3 DOI:10.1016/j.leukres.2024.107588 PMID:39307100	研究论文	研究基于单细胞转录组数据分析弥漫性大B细胞淋巴瘤中T细胞耗竭的基因调控机制	首次全面分析了弥漫性大B细胞淋巴瘤中T细胞耗竭的基因表达特征，并发现了ID3基因在T细胞耗竭中的关键作用	研究依赖于公开的单细胞转录组数据，可能存在数据质量和样本多样性的限制	深入理解弥漫性大B细胞淋巴瘤中T细胞耗竭的分子病理机制，寻找新的治疗靶点	弥漫性大B细胞淋巴瘤中的T细胞耗竭及其相关基因表达特征	数字病理学	淋巴瘤	单细胞转录组	NA	转录组数据	使用公开的单细胞转录组数据
372	2024-09-23	Single-cell RNA sequencing identifies interferon-inducible monocytes/macrophages as a cellular target for mitigating the progression of abdominal aortic aneurysm and rupture risk 2024-Sep-21, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae117 PMID:38836630	研究论文	研究通过单细胞RNA测序识别出干扰素诱导的单核细胞/巨噬细胞作为减轻腹主动脉瘤进展和破裂风险的细胞靶点	首次识别出干扰素诱导的单核细胞/巨噬细胞（IFNICs）在腹主动脉瘤发展中的作用，并发现其通过cGAS-STING和JAK-STAT通路促进I型干扰素的分泌	研究主要基于AngII诱导的ApoE-/-小鼠模型，结果的普适性有待进一步验证	探讨腹主动脉瘤发展过程中细胞类型和信号通路的变化，为开发治疗手段提供依据	腹主动脉瘤及其破裂风险	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	AngII诱导的ApoE-/-小鼠的腹主动脉样本
373	2024-09-23	Immune profiling-based targeting of pathogenic T cells with ustekinumab in ANCA-associated glomerulonephritis 2024-Sep-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52525-w PMID:39300109	研究论文	本文通过空间和单细胞转录组分析，研究了ANCA相关性肾小球肾炎中致病性T细胞的特征，并探索了ustekinumab作为潜在治疗药物的效果	首次通过单细胞转录组分析识别出ANCA相关性肾小球肾炎中的致病性T细胞，并验证了ustekinumab作为治疗药物的潜力	研究样本量较小，仅涉及34名患者，且治疗效果需在更大规模的临床试验中进一步验证	探索ANCA相关性肾小球肾炎中致病性T细胞的特征，并寻找有效的治疗药物	ANCA相关性肾小球肾炎患者及其肾脏样本	NA	肾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	34名ANCA相关性肾小球肾炎患者
374	2024-09-23	Multi-omics features of immunogenic cell death in gastric cancer identified by combining single-cell sequencing analysis and machine learning 2024-09-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-73071-x PMID:39294296	研究论文	本文通过结合单细胞测序分析和机器学习，识别了胃癌中免疫原性细胞死亡的多组学特征	本文创新性地利用机器学习框架整合101种算法，构建了与免疫原性细胞死亡相关的基因特征，并验证了这些基因与胃癌免疫微环境和侵袭转移的关系	NA	阐明免疫原性细胞死亡在胃癌中的精确作用	胃癌中的免疫原性细胞死亡相关基因及其与免疫微环境和侵袭转移的关系	机器学习	胃癌	单细胞测序分析、转录组测序分析、蛋白质组分析	机器学习算法	基因数据	大量临床样本
375	2024-09-23	AtML: An Arabidopsis thaliana root cell identity recognition tool for medicinal ingredient accumulation 2024-Sep-16, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.09.010 PMID:39293728	研究论文	本文开发了一种名为AtML的机器学习系统，用于识别拟南芥根细胞阶段并识别生物标志物，以促进对药用化合物积累机制的理解	AtML系统通过完全的模型可解释性，识别了160个重要的标记基因，有助于细胞类型的注释	NA	开发一种工具，用于识别拟南芥根细胞阶段，并揭示药用化合物积累的机制	拟南芥根细胞及其药用化合物的合成与积累模式	机器学习	NA	单细胞转录组测序	机器学习系统	转录组数据	6000个细胞，来自六个细胞亚群
376	2024-09-23	Study on the prediction model of liver cancer based on chronic liver disease and the related molecular mechanism 2024-Sep-13, Annals of hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.aohep.2024.101572 PMID:39278407	研究论文	研究基于慢性肝病和相关分子机制的肝癌预测模型	建立了新的预测模型，用于准确分类肝细胞癌，以提高患者生存率	NA	开发新的预测模型，以改善肝细胞癌患者的预后	肝细胞癌患者的预后预测	数字病理学	肝癌	单细胞测序	Cox回归分析模型	基因表达数据	从TCGA和GEO数据库获取的HCV、肝硬化和肝细胞癌数据
377	2024-09-23	Altered Cell Clusters and Upregulated Aqp1 in Connexin 50 Knockout Lens Epithelium 2024-Sep-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.65.11.27 PMID:39287589	研究论文	研究了连接蛋白50敲除后晶状体上皮细胞的异质性和细胞簇，并探讨了其下游靶点对晶状体稳态和生长的调控作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了连接蛋白50敲除后晶状体上皮细胞中差异表达基因，特别是Aqp1的上调	研究仅限于一个月大的Cx50KO和野生型小鼠，样本量较小	研究连接蛋白50敲除后晶状体上皮细胞的异质性和细胞簇，以及其对晶状体稳态和生长的影响	一个月大的连接蛋白50敲除和野生型小鼠的晶状体上皮细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Cx50KO和野生型小鼠各一组
378	2024-09-23	SCIntRuler: guiding the integration of multiple single-cell RNA-seq datasets with a novel statistical metric 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae537 PMID:39226185	研究论文	介绍了一种名为SCIntRuler的新统计度量方法，用于指导多个单细胞RNA测序数据集的整合	提出了SCIntRuler，一种新的统计度量方法，帮助研究人员在数据整合时做出明智的决策	NA	解决在整合多个单细胞RNA测序数据集时面临的挑战，提供一个有效的决策工具	单细胞RNA测序数据集的整合方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	统计度量方法	单细胞RNA测序数据	NA
379	2024-09-23	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals 2 Subtypes of Tumor Cells of Sclerosing Pneumocytoma With Distinct Molecular Features and Clinical Implications 2024-Sep, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2024.100560 PMID:38972356	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了硬化性肺细胞瘤中两种具有不同分子特征和临床意义的肿瘤细胞亚型	首次提供了硬化性肺细胞瘤的单细胞转录组全面图谱，并鉴定出两种不同的肿瘤细胞亚型	样本量较小，仅涉及4个病例	阐明硬化性肺细胞瘤肿瘤细胞的分子特征，并加深对参与其形成和生物学行为的细胞过程的理解	硬化性肺细胞瘤及其对应的正常肺组织	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序和微阵列空间转录组分析	NA	转录组数据	4例硬化性肺细胞瘤及其对应的正常肺组织
380	2024-09-22	Linking transcriptome and morphology in bone cells at cellular resolution with generative AI 2024-Sep-20, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjae151 PMID:39303095	研究论文	本文探讨了生成式人工智能在骨细胞转录组和形态学数据分析中的应用	本文提出了利用生成式人工智能模型来解析骨细胞在细胞水平上的复杂生物过程	需要解决技术偏差、缺乏重要骨细胞类型的分析以及缺乏空间信息等问题	总结生成式人工智能在骨研究中的进展和前景，并探讨其在骨细胞研究中的潜在应用	骨细胞的转录组和形态学数据	机器学习	NA	生成式人工智能	生成式AI模型	图像、单细胞分子数据、空间转录组数据	NA