单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 631 篇文献，本页显示第 341 - 360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2024-10-24 |
Lipid-siRNA conjugate accesses perivascular transport and achieves durable knockdown throughout the central nervous system
2024-Sep-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.09.598079
PMID:38915549
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研究论文 | 本文描述了一种白蛋白结合脂质-siRNA偶联物，通过脑脊液途径运输，实现中枢神经系统广泛分布的持久基因敲低 | 开发了一种新的白蛋白结合脂质-siRNA偶联物，能够在中枢神经系统中实现长达五个月的持久基因敲低，且无明显毒性 | NA | 研究一种新的siRNA递送系统，以实现中枢神经系统中持久且广泛的基因抑制 | 白蛋白结合脂质-siRNA偶联物在中枢神经系统中的运输和基因敲低效果 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 342 | 2024-10-24 |
Spatially clustered type I interferon responses at injury borderzones
2024-Sep, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07806-1
PMID:39198639
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研究论文 | 研究心肌梗死后心肌细胞在梗死边缘区启动的I型干扰素反应 | 揭示了心肌细胞在心肌梗死边缘区启动的I型干扰素反应，并发现这种反应与心肌破裂和生存率有关 | 仅在啮齿动物模型中进行了研究，尚未在人类中验证 | 探讨心肌梗死后心肌细胞在边缘区的免疫反应及其对心脏功能的影响 | 心肌细胞、成纤维细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和内皮细胞 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 空间转录组学分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类样本 | NA | NA | NA | NA |
| 343 | 2024-10-20 |
Bioinformatic-Experimental Screening Uncovers Multiple Targets for Increase of MHC-I Expression through Activating the Interferon Response in Breast Cancer
2024-Sep-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms251910546
PMID:39408874
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学和实验筛选，识别出多个可以增加乳腺癌中MHC-I表达的基因靶点 | 首次通过综合分析MHC-I评分、基因表达相关性、生存预测和Cibersort肿瘤浸润淋巴细胞评分，识别出144个与MHC-I表达和TILs负相关的基因，并通过实验验证了其中多个基因的有效性 | 研究主要集中在乳腺癌细胞系和患者样本，结果的普适性需要进一步验证 | 识别并验证可以增加乳腺癌中MHC-I表达的基因靶点 | 乳腺癌细胞中的MHC-I表达和肿瘤浸润淋巴细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 乳腺癌患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 344 | 2024-10-20 |
Cerebrospinal Fluid and Peripheral Blood Lymphomonocyte Single-Cell Transcriptomics in a Subject with Multiple Sclerosis Acutely Infected with HIV
2024-Sep-28, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms251910459
PMID:39408789
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研究论文 | 研究了多发性硬化症（MS）急性感染HIV患者的脑脊液和外周血淋巴单核细胞的单细胞转录组特征 | 首次在多发性硬化症和HIV感染的临床样本中使用单细胞转录组技术，揭示了神经退行性基因表达的特征 | 无法区分多发性硬化症和HIV感染的具体原因 | 探讨多发性硬化症急性感染HIV患者的脑脊液和外周血淋巴单核细胞的单细胞转录组特征 | 多发性硬化症急性感染HIV患者的脑脊液和外周血淋巴单核细胞 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 脑脊液中1446个单细胞转录组，外周血单核细胞中4647个单细胞转录组 | NA | NA | NA | NA |
| 345 | 2024-10-20 |
Unravelling the Complexity of HNSCC Using Single-Cell Transcriptomics
2024-Sep-25, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16193265
PMID:39409886
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNAseq）在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）研究中的应用 | scRNAseq技术能够详细描述肿瘤微环境（TME）中的细胞水平特征，为HNSCC的病因、诊断、预后和治疗提供了新的见解 | NA | 评估scRNAseq在解决HNSCC管理挑战中的效用 | 头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）及其肿瘤微环境（TME） | 数字病理学 | 头颈部癌症 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 346 | 2024-10-20 |
SELF-Former: multi-scale gene filtration transformer for single-cell spatial reconstruction
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae523
PMID:39413798
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于Transformer的框架SELF-Former，用于单细胞空间重构任务 | 引入了基因过滤模块，显著提升了空间重构任务的准确性 | NA | 解决单细胞RNA测序数据到空间转录组数据的空间重构问题 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | Transformer | Transformer | 基因表达数据 | 四个基准数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 347 | 2024-10-20 |
An isoform-resolution transcriptomic atlas of colorectal cancer from long-read single-cell sequencing
2024-Sep-11, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100641
PMID:39216476
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研究论文 | 本研究通过整合短读和长读单细胞RNA测序数据，构建了结直肠癌的isoform分辨率转录组图谱 | 首次整合短读和长读单细胞RNA测序数据，揭示了结直肠癌中394个失调的转录结构，并开发了一种算法来识别可能用于癌症疫苗开发的复发性新抗原 | NA | 揭示结直肠癌中的转录异质性和潜在的治疗靶点 | 结直肠癌样本中的肿瘤上皮细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 348 | 2024-10-19 |
Clustering scRNA-seq data with the cross-view collaborative information fusion strategy
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae511
PMID:39402696
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于信息瓶颈（IB）和跨视图融合策略的新型单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据聚类算法scCFIB | scCFIB算法通过信息瓶颈处理高维稀疏数据，并采用跨视图融合策略实现稳健的细胞聚类 | NA | 开发一种高效的scRNA-seq数据聚类方法 | scRNA-seq数据中的细胞聚类 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 信息瓶颈（IB） | 基因表达数据 | 多种scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 349 | 2024-10-17 |
Transcriptome sequencing reveals inflammation and macrophage heterogeneity in subacromial bursa from degenerative shoulder disorders
2024-Sep, Connective tissue research
IF:2.8Q1
DOI:10.1080/03008207.2024.2386548
PMID:39109563
|
研究论文 | 研究了退行性肩部疾病中肩峰下滑囊（SAB）的转录组变化 | 首次通过转录组测序揭示了退行性和创伤性肩部疾病中SAB的炎症和巨噬细胞异质性 | 研究仅限于特定类型的肩部疾病，未涵盖所有可能的病理情况 | 探讨退行性或创伤性肩部疾病中肩峰下滑囊（SAB）的转录组变化 | 退行性肩袖撕裂（RCT）、创伤性RCT和肱骨近端骨折（PHF）患者的肩峰下滑囊（SAB） | 数字病理学 | 肩部疾病 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 退行性RCT、创伤性RCT和PHF患者的SAB样本 | NA | NA | NA | NA |
| 350 | 2024-10-16 |
Mouse Wound Models and Preparation of Single-Cell Suspensions
2024-Sep-27, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/66499
PMID:39400188
|
研究论文 | 本文研究了优化小鼠伤口模型构建和单细胞悬液制备的方法 | 采用单细胞转录组测序技术来深入理解伤口愈合过程中的细胞功能和机制 | 小鼠伤口模型制备方法的差异可能引入干扰因素，影响实验结果 | 优化小鼠伤口模型的构建，以准确评估伤口闭合变化，并消除影响后续测序结果的变量 | 小鼠伤口模型和单细胞悬液的制备 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠皮肤组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 351 | 2024-10-16 |
Screening of potential drugs for the treatment of diabetic kidney disease using single-cell transcriptome sequencing and connectivity map data
2024-09-17, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150263
PMID:38905995
|
研究论文 | 利用单细胞转录组测序数据和连接图谱数据库筛选糖尿病肾病潜在治疗药物 | 结合单细胞转录组测序和连接图谱数据库筛选糖尿病肾病潜在治疗药物 | 需要进一步的临床试验验证筛选出的药物疗效 | 探索利用单细胞转录组测序数据和连接图谱数据库筛选糖尿病肾病潜在治疗药物的可行性 | 糖尿病肾病及其相关药物筛选 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 糖尿病肾病小鼠模型和细胞实验 | NA | NA | NA | NA |
| 352 | 2024-10-15 |
Somatic mitochondrial DNA mutations are a source of heterogeneity among primary leukemic cells
2024-Sep-27, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.09.26.24314381
PMID:39398996
|
研究论文 | 本研究探讨了体细胞线粒体DNA（mtDNA）突变在儿童白血病中的异质性来源及其生物学意义 | 通过整合单细胞测序（SCS）与数学建模和网络系统生物学方法，揭示了肿瘤富集的mtDNA突变与细胞状态变化之间的关联 | 研究主要基于两个儿童癌症患者队列的批量全基因组测序数据，样本量有限 | 探讨体细胞线粒体DNA突变在白血病细胞中的异质性及其生物学意义 | 儿童白血病患者的肿瘤和正常样本 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞测序（SCS） | 数学建模 | 基因组数据 | 两个儿童癌症患者队列的匹配肿瘤和正常样本 | NA | NA | NA | NA |
| 353 | 2024-10-13 |
BootCellNet, a resampling-based procedure, promotes unsupervised identification of cell populations via robust inference of gene regulatory networks
2024-Sep, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012480
PMID:39348410
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为BootCellNet的新方法，通过平滑和重采样技术推断基因调控网络（GRN），并进一步推断最小支配集（MDS），以促进单细胞RNA测序数据的无监督细胞群识别 | BootCellNet通过平滑和重采样技术推断GRN和MDS，提供了一种无监督且可解释的细胞类型识别方法 | NA | 开发一种新的数据分析方法，用于细胞类型识别和基因调控网络推断 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群和基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 外周血单核细胞和造血干细胞的scRNA-seq数据，以及COVID-19患者的细胞数据 | NA | NA | NA | NA |
| 354 | 2024-10-12 |
Developmental emergence of first- and higher-order thalamic neuron molecular identities
2024-Sep-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202764
PMID:39348458
|
研究论文 | 研究了发育过程中丘脑神经元分子身份的形成，特别是第一级和高级神经元的分化过程 | 首次揭示了高级神经元比第一级神经元更早开始分化的现象，并发现外周输入对第一级视觉丘脑兴奋性神经元的成熟至关重要 | 研究仅限于小鼠胚胎丘脑，未涉及其他物种或成年丘脑 | 探讨丘脑神经元在发育过程中分子身份的形成机制 | 小鼠胚胎丘脑中的第一级和高级神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠胚胎丘脑的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 355 | 2024-10-12 |
Targeting POLRMT by IMT1 inhibits colorectal cancer cell growth
2024-Sep-03, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-07023-8
PMID:39227564
|
研究论文 | 研究探讨了新型线粒体RNA聚合酶（POLRMT）抑制剂IMT1在抑制结直肠癌（CRC）细胞生长中的潜力 | 首次研究了IMT1作为POLRMT抑制剂在结直肠癌中的抗肿瘤活性 | 研究主要在细胞和动物模型中进行，尚未进行临床试验 | 探讨IMT1抑制POLRMT在结直肠癌中的抗肿瘤作用 | 结直肠癌细胞和组织 | 癌症研究 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括原代和永生化结直肠癌细胞，以及裸鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 356 | 2024-10-12 |
Apelin (APLN) is a biomarker contributing to the diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma
2024-09-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-71495-z
PMID:39227683
|
研究论文 | 本研究开发了用于肝细胞癌（HCC）诊断和预后的新型模型，并鉴定了新的生物标志物Apelin（APLN） | 本研究首次将Apelin（APLN）鉴定为肝细胞癌的生物标志物，并开发了基于机器学习算法的诊断和预后模型 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，未涉及临床验证 | 开发新型诊断和预后模型，并鉴定新的肝细胞癌生物标志物 | 肝细胞癌（HCC）及其生物标志物Apelin（APLN） | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | LASSO和Cox回归算法 | 基因表达数据 | 基于TCGA数据库的数据，具体样本数量未明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 357 | 2024-10-12 |
Prostate cancer cancer-associated fibroblasts with stable markers post-androgen deprivation therapy associated with tumor progression and castration resistant prostate cancer
2024-Sep, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.16267
PMID:38970292
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研究论文 | 研究了前列腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的特异性及其在雄激素剥夺治疗（ADT）后的临床相关性 | 通过细胞谱系多样性和加权基因共表达网络分析（WGCNA）确定了前列腺癌特有的CAF特征，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞系RNA测序和免疫组化验证了其特异性 | NA | 阐明前列腺癌中CAFs的特异性及其在ADT后的影响 | 前列腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在雄激素剥夺治疗（ADT）后的变化 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、免疫组化 | NA | RNA | 收集的样本数量未明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 358 | 2024-10-11 |
Spatial transcriptomics reveals modulation of transcriptional networks across brain regions after auditory threat conditioning
2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.25.614979
PMID:39386587
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研究论文 | 研究通过空间转录组学分析揭示了听觉威胁条件反射后大脑区域间转录网络的调节 | 首次通过空间转录组学技术全面分析了听觉威胁条件反射后大脑区域间的基因表达差异及其转录连接性 | 研究仅限于小鼠模型，且样本量较小，可能影响结果的普适性 | 探讨听觉威胁条件反射后大脑区域间的基因表达变化及其转录网络的调节 | 小鼠大脑的皮质和皮质下区域 | 基因组学 | NA | 空间转录组学 RNAseq 分析 | NA | 基因表达数据 | 小鼠样本 | NA | NA | NA | NA |
| 359 | 2024-10-11 |
Collaborative Structure-Preserved Missing Data Imputation for Single-Cell RNA-Seq Clustering
2024 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3404013
PMID:38776196
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ColImpute的协作结构保持缺失数据插补方法，用于单细胞RNA-seq聚类分析 | 本文提出了一种新的协作结构保持缺失数据插补方法ColImpute，通过集成聚类结构保持插补模块和子空间聚类模块，实现了缺失数据插补和细胞亚型识别的协同训练 | NA | 提高单细胞RNA-seq数据中缺失值插补的准确性，并改善细胞类型识别的效果 | 单细胞RNA-seq数据中的缺失值插补和细胞类型识别 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 360 | 2024-10-11 |
scVSC: Deep Variational Subspace Clustering for Single-Cell Transcriptome Data
2024 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3405731
PMID:38801694
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研究论文 | 提出了一种基于深度表示神经网络的无监督聚类算法scVSC，用于单细胞转录组数据分析 | 将变分推断引入子空间模型，对潜在空间施加正则化约束，防止过拟合 | 未提及 | 提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和运行效率 | 单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度变分子空间聚类模型 | 转录组数据 | 多个数据集 | NA | NA | NA | NA |