单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2024-09-27	Kidney fibrosis molecular mechanisms Spp1 influences fibroblast activity through transforming growth factor beta smad signaling 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109839 PMID:39323737	研究论文	本研究通过单细胞测序数据深入探讨了肾脏纤维化过程中纤维母细胞和肌纤维母细胞的关键作用，并揭示了Spp1基因通过TGF-β/Smad信号通路促进纤维母细胞向肌纤维母细胞分化的机制	首次揭示了Spp1基因在肾脏纤维化中的关键作用及其通过TGF-β/Smad信号通路促进纤维母细胞分化的机制	NA	探讨肾脏纤维化过程中的分子机制	肾脏纤维化过程中的纤维母细胞和肌纤维母细胞	NA	肾脏疾病	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
322	2024-09-28	Unraveling the impact of lysosomal dysfunction on myeloproliferative neoplasm 2024-Sep, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70238 PMID:39320136	研究论文	研究溶酶体功能障碍对骨髓增殖性肿瘤的影响及其病理机制	首次探讨了溶酶体功能障碍在骨髓增殖性肿瘤中的作用，并揭示了其通过诱导异常炎症促进肿瘤发展的机制	样本量较小，尤其是单细胞RNA测序的样本数量有限	阐明溶酶体功能障碍在骨髓增殖性肿瘤发病机制中的作用	骨髓增殖性肿瘤患者和健康对照组	NA	血液肿瘤	全转录组测序、单细胞RNA测序	NA	基因型数据、转录组数据	190名骨髓增殖性肿瘤患者和461名健康对照组
323	2024-09-27	Single-cell RNA sequencing reveals surface markers of primordial germ cells in chicken and zebra finch 2024-Sep-26, Molecular genetics and genomics : MGG IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s00438-024-02186-7 PMID:39325237	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术揭示了鸡和斑胸草雀原始生殖细胞的表面标记物	发现了鸡和斑胸草雀原始生殖细胞的新型表面标记物NEGR1、SLC34A2和ESYT3，这些标记物在后期发育阶段和生殖组织中持续表达	现有的分离方法在效率和适用性方面存在局限，特别是SSEA-1的特异性在后期发育阶段下降	揭示鸡和斑胸草雀原始生殖细胞的新型表面标记物，以解决现有分离方法的局限性	鸡和斑胸草雀的原始生殖细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	鸡和斑胸草雀的原始生殖细胞
324	2024-09-27	VisualZoneR: A computational protocol to identify compartmental zones from single-cell spatial transcriptomics using R 2024-Sep-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103196 PMID:39067026	研究论文	本文介绍了一种基于R语言的技术VisualZoneR，用于从单细胞空间转录组数据中识别分隔区	提出了VisualZoneR技术，用于分析Visium或Visium HD技术生成的空间转录组数据，并识别分隔区	NA	开发一种计算协议，用于从单细胞空间转录组数据中识别分隔区	健康肝脏组织到内部转移区域的区分区，以及转录组变化	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
325	2024-09-27	Protocol for analysis of single-cell sequencing data by Seqtometry 2024-Sep-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103209 PMID:39096493	研究论文	本文介绍了一种基于Seqtometry平台的单细胞测序数据分析协议	Seqtometry平台通过先进的基因签名评分直接分析基因表达和可及性，为单细胞分析提供了一个新的分析平台	NA	提供一种用于单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序分析的协议	单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据和染色质可及性数据	NA
326	2024-09-27	Protocol to achieve high-resolution single-cell transcriptomics of cardiomyocytes in multiple species 2024-Sep-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103194 PMID:39096494	研究论文	本文提供了一种生成多种物种心肌细胞高分辨率单细胞转录组测序的协议	本文提供了一种新的协议，用于生成高分辨率单细胞转录组测序数据，特别是针对稀有的心肌细胞群体	NA	开发一种高分辨率单细胞转录组测序协议，以详细了解心肌细胞的转录组信息	小鼠、斑马鱼心脏以及诱导多能干细胞中的心肌细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多种物种的心肌细胞
327	2024-09-27	Protocol for isolating immune cells from human gastric muscularis propria for single-cell analysis 2024-Sep-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103258 PMID:39133613	研究论文	本文提供了一种从人类胃肌层中分离免疫细胞用于单细胞分析的详细方案	本文首次详细描述了从人类胃肌层中分离免疫细胞的步骤，并介绍了单细胞RNA测序分析的方法	NA	了解胃肠道免疫细胞的多样性，特别是肌层中的免疫细胞，以揭示其在维持肠神经和平滑肌功能以及对胃肠道运动的影响	人类胃肌层中的免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
328	2024-09-27	Protocol for preparing mammalian skin samples encompassing hair follicles for spatial transcriptomics 2024-Sep-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103254 PMID:39146191	研究论文	本文介绍了一种用于空间转录组学的哺乳动物皮肤样本（包括毛囊）制备方案	提供了一种适用于皮肤样本的空间转录组学制备方法	未提及	开发适用于皮肤样本的空间转录组学制备方案	哺乳动物皮肤样本，包括毛囊	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	RNA	未提及
329	2024-09-27	Protocol for optimized nasal mucosa sample processing to obtain high-quality scRNA-seq and scATAC-seq data 2024-Sep-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103298 PMID:39244757	研究论文	本文介绍了一种优化的人类鼻黏膜样本处理协议，以获得高质量的单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）数据	提出了同时获取鼻黏膜组织单细胞转录组学和表观基因组学高质量数据的处理协议	未提及	优化鼻黏膜样本处理，以支持鼻腔疾病研究和诊断	人类鼻黏膜组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	单细胞RNA和染色质可及性数据	未提及具体样本数量
330	2024-09-27	Imputing abundance of over 2,500 surface proteins from single-cell transcriptomes with context-agnostic zero-shot deep ensembles 2024-Sep-18, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.08.006 PMID:39243755	研究论文	提出了一种名为SPIDER的上下文无关零样本深度集成模型，用于从单细胞转录组中预测超过2500种表面蛋白的丰度	SPIDER模型能够在大规模蛋白质丰度预测中表现出色，并且在不同上下文中具有更好的泛化能力	NA	开发一种能够从单细胞转录组数据中预测表面蛋白丰度的新方法	单细胞转录组数据中的表面蛋白丰度	机器学习	NA	CITE-seq	深度集成模型	转录组数据	超过2500种表面蛋白
331	2024-09-27	Multi-Omics Atlas-Assisted Discovery of Transcription Factors for Selective T Cell State Programming 2024-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.03.522354 PMID:36711632	研究论文	本文通过生成全面的转录组和表观遗传图谱，预测了九种CD8 T细胞分化状态的转录因子活性，并发现了新的调控机制，以精确编程T细胞状态以应对病毒感染和癌症	本文发现了新的TEX特异性转录因子如ZSCAN20、JDP2和ZFP324，并验证了这些因子在T细胞中的作用，增强了肿瘤控制效果	NA	精确编程T细胞状态以应对病毒感染和癌症	CD8 T细胞的分化状态和转录因子活性	数字病理学	癌症	CRISPR筛选和单细胞RNA测序（Perturb-seq）	NA	转录组和表观遗传数据	九种CD8 T细胞分化状态
332	2024-09-27	Loss of p53 and SMAD4 induces adenosquamous subtype pancreatic cancer in the absence of an oncogenic KRAS mutation 2024-Sep-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101711 PMID:39232498	研究论文	研究建立了在KRAS野生型背景下自发形成胰腺癌的转基因小鼠模型，并探讨了p53和SMAD4或TGFBR2缺失对胰腺癌亚型的影响	首次在KRAS野生型背景下通过p53和SMAD4或TGFBR2缺失诱导自发胰腺癌形成，并揭示了独特的腺鳞癌组织学特征	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类胰腺癌中验证这些发现	探讨在KRAS野生型背景下，p53和SMAD4或TGFBR2缺失对胰腺癌发生和亚型的影响	转基因小鼠模型及其胰腺肿瘤	NA	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个转基因小鼠模型
333	2024-09-27	High infiltration of immune cells with lower immune activity mediated the heterogeneity of gastric adenocarcinoma and promoted metastasis 2024-Sep-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37092 PMID:39319155	研究论文	研究使用单细胞RNA测序分析胃腺癌的转移特征	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了低免疫活性的免疫细胞高浸润与胃腺癌异质性和转移的关系	研究仅限于体外实验验证，缺乏体内实验数据	探索胃腺癌的转移特征	胃腺癌的免疫细胞和基因表达	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	7697个细胞样本
334	2024-09-27	A Quantitative Computational Framework for Allopolyploid Single-Cell Data Integration and Core Gene Ranking in Development 2024-Sep-04, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msae178 PMID:39213378	研究论文	开发了一种名为“伪基因组分化量化”（pgDQ）的定量计算框架，用于量化和追踪异源多倍体单细胞数据中的亚基因组分化	提出了pgDQ方法，能够直接在细胞水平上量化和追踪亚基因组分化，并能与单细胞RNA测序数据得出的细胞分化轨迹进行比较	未提及	探讨异源多倍体发育过程中不同基因组融合对发育的影响	异源多倍体单细胞数据中的亚基因组分化	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未提及
335	2024-09-27	Bin2cell reconstructs cells from high resolution Visium HD data 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae546 PMID:39250728	研究论文	本文介绍了Bin2cell方法，通过利用形态图像分割和基因表达信息，从高分辨率的Visium HD数据中重建细胞	Bin2cell是首个能够从2 μm分辨率的Visium HD数据中重建细胞的方法，且无需GPU支持，运行时间仅需几分钟	NA	开发一种高效的方法从高分辨率的空间转录组数据中重建细胞	从Visium HD数据中重建细胞	空间转录组学	NA	Visium HD	NA	基因表达数据	NA
336	2024-09-27	Scywalker: scalable end-to-end data analysis workflow for long-read single-cell transcriptome sequencing 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae549 PMID:39254601	研究论文	介绍了一种名为Scywalker的可扩展端到端数据分析工作流程，用于长读长单细胞转录组测序	开发了新的可扩展方法用于细胞条形码解复用和单细胞异构体调用与定量，并将其整合到一个易于部署的软件包中	NA	解决现有纳米孔单细胞数据分析工具在处理当前数据规模上的严重局限性	长读长单细胞或单核cDNA的转录组测序数据	生物信息学	NA	长读长单细胞转录组测序	NA	转录组数据	涉及人类大脑、拟南芥叶片和混合细胞系的数据集
337	2024-09-26	Transcriptomic dysregulation and autistic-like behaviors in Kmt2c haploinsufficient mice rescued by an LSD1 inhibitor 2024-Sep, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-024-02479-8 PMID:38528071	研究论文	研究探讨了Kmt2c基因半合子缺失小鼠的转录组失调和自闭症样行为，并发现LSD1抑制剂可以改善这些行为	首次揭示了Kmt2c基因半合子缺失导致的神经发育缺陷的分子机制，并证明了LSD1抑制剂在治疗这些缺陷中的有效性	研究主要集中在成年小鼠，未探讨LSD1抑制剂对幼年小鼠的影响	探讨Kmt2c基因半合子缺失如何导致神经发育缺陷及其治疗方法	Kmt2c基因半合子缺失小鼠及其行为和转录组变化	神经科学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年和新生小鼠脑组织样本
338	2024-09-27	Titration of RAS alters senescent state and influences tumour initiation 2024-Sep, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07797-z PMID:39112713	研究论文	研究探讨了RAS剂量对细胞衰老状态和肿瘤发生的影响	开发了RAS剂量递增模型，揭示了RAS剂量驱动的下游表型的非线性连续性	NA	研究RAS剂量对细胞衰老和肿瘤发生的影响	RAS剂量对肝细胞衰老和肿瘤发生的影响	NA	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
339	2024-09-27	Vascular heterogeneity of tight junction Claudins guides organotropic metastasis 2024-Sep, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00813-1 PMID:39289595	研究论文	研究探讨了紧密连接蛋白Claudins在器官特异性转移中的作用机制	揭示了血管内皮紧密连接蛋白Claudins的异质性对器官特异性转移的影响，独立于癌细胞内在机制	NA	探究器官特异性转移的机制	乳腺癌的肺和肾转移	NA	乳腺癌	单细胞测序分析	NA	NA	NA
340	2024-09-26	A necroptosis-regulated model from single-cell analysis that predicts survival and identifies the Pivotal role of MAGEA6 in hepatocellular carcinoma 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37711 PMID:39315163	研究论文	本研究开发了一种基于单细胞分析的坏死性凋亡调控模型，用于预测肝细胞癌患者的生存情况，并揭示了MAGEA6在肝细胞癌中的关键作用	本研究首次开发了一种基于坏死性凋亡相关基因的风险特征，用于预测肝细胞癌患者的预后，并通过实验验证了MAGEA6在肝癌中的作用	本研究的样本量较小，且仅基于TCGA和ICGC数据库进行验证，未来需要更大规模的临床验证	开发一种新的坏死性凋亡相关基因风险特征，用于预测肝细胞癌患者的预后	肝细胞癌患者的预后预测和坏死性凋亡在肝癌细胞中的作用	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	Cox回归分析	基因表达数据	25个关键坏死性凋亡调控因子和168个坏死性凋亡相关基因，TCGA-LIHC数据集作为训练集，ICGC数据集用于验证