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当前共找到 634 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2024-10-12 |
Apelin (APLN) is a biomarker contributing to the diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma
2024-09-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-71495-z
PMID:39227683
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研究论文 | 本研究开发了用于肝细胞癌（HCC）诊断和预后的新型模型，并鉴定了新的生物标志物Apelin（APLN） | 本研究首次将Apelin（APLN）鉴定为肝细胞癌的生物标志物，并开发了基于机器学习算法的诊断和预后模型 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，未涉及临床验证 | 开发新型诊断和预后模型，并鉴定新的肝细胞癌生物标志物 | 肝细胞癌（HCC）及其生物标志物Apelin（APLN） | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | LASSO和Cox回归算法 | 基因表达数据 | 基于TCGA数据库的数据，具体样本数量未明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 322 | 2024-10-12 |
Prostate cancer cancer-associated fibroblasts with stable markers post-androgen deprivation therapy associated with tumor progression and castration resistant prostate cancer
2024-Sep, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.16267
PMID:38970292
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研究论文 | 研究了前列腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的特异性及其在雄激素剥夺治疗（ADT）后的临床相关性 | 通过细胞谱系多样性和加权基因共表达网络分析（WGCNA）确定了前列腺癌特有的CAF特征，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞系RNA测序和免疫组化验证了其特异性 | NA | 阐明前列腺癌中CAFs的特异性及其在ADT后的影响 | 前列腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在雄激素剥夺治疗（ADT）后的变化 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、免疫组化 | NA | RNA | 收集的样本数量未明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 323 | 2024-10-11 |
Spatial transcriptomics reveals modulation of transcriptional networks across brain regions after auditory threat conditioning
2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.25.614979
PMID:39386587
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研究论文 | 研究通过空间转录组学分析揭示了听觉威胁条件反射后大脑区域间转录网络的调节 | 首次通过空间转录组学技术全面分析了听觉威胁条件反射后大脑区域间的基因表达差异及其转录连接性 | 研究仅限于小鼠模型，且样本量较小，可能影响结果的普适性 | 探讨听觉威胁条件反射后大脑区域间的基因表达变化及其转录网络的调节 | 小鼠大脑的皮质和皮质下区域 | 基因组学 | NA | 空间转录组学 RNAseq 分析 | NA | 基因表达数据 | 小鼠样本 | NA | NA | NA | NA |
| 324 | 2024-10-11 |
Collaborative Structure-Preserved Missing Data Imputation for Single-Cell RNA-Seq Clustering
2024 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3404013
PMID:38776196
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ColImpute的协作结构保持缺失数据插补方法，用于单细胞RNA-seq聚类分析 | 本文提出了一种新的协作结构保持缺失数据插补方法ColImpute，通过集成聚类结构保持插补模块和子空间聚类模块，实现了缺失数据插补和细胞亚型识别的协同训练 | NA | 提高单细胞RNA-seq数据中缺失值插补的准确性，并改善细胞类型识别的效果 | 单细胞RNA-seq数据中的缺失值插补和细胞类型识别 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 325 | 2024-10-11 |
scVSC: Deep Variational Subspace Clustering for Single-Cell Transcriptome Data
2024 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3405731
PMID:38801694
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研究论文 | 提出了一种基于深度表示神经网络的无监督聚类算法scVSC，用于单细胞转录组数据分析 | 将变分推断引入子空间模型，对潜在空间施加正则化约束，防止过拟合 | 未提及 | 提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和运行效率 | 单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度变分子空间聚类模型 | 转录组数据 | 多个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 326 | 2024-10-11 |
scATAcat: cell-type annotation for scATAC-seq data
2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae135
PMID:39380946
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研究论文 | 提出了一种名为scATAcat的新方法，利用批量ATAC-seq数据作为原型来注释scATAC-seq数据 | scATAcat方法的创新之处在于利用已知的批量ATAC-seq数据作为原型，而不是依赖基因表达模式 | 文章未明确提及scATAcat方法的局限性 | 开发一种新的方法来注释scATAC-seq数据中的细胞类型 | scATAC-seq数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | scATAC-seq | NA | scATAC-seq数据 | 多个数据集，具体样本数量未明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 327 | 2024-10-10 |
Clinical cell-surface targets in metastatic and primary solid cancers
2024-Sep-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.183674
PMID:39315546
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研究论文 | 研究了转移性和原发性实体癌中细胞表面靶点的表达情况 | 首次整合了大量RNA-seq和微阵列数据，包括良性样本、原发性肿瘤样本和转移性肿瘤样本，并利用单细胞RNA-seq数据分析了肿瘤的异质性 | 依赖于现有数据集，可能存在数据偏差 | 探讨细胞表面靶点在转移性和原发性实体癌中的表达情况，并评估其在治疗中的潜在应用 | 细胞表面靶点在不同类型癌症中的表达情况 | 数字病理学 | NA | RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA-seq | NA | RNA, 蛋白质 | 7,927个良性样本, 16,866个原发性肿瘤样本, 6,124个转移性肿瘤样本, 36个良性组织, 558个原发性和转移性肿瘤样本, 29个良性组织样本, 1,075个肿瘤样本, 942个细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 328 | 2024-10-10 |
scDFN: enhancing single-cell RNA-seq clustering with deep fusion networks
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae486
PMID:39373051
|
研究论文 | 介绍了一种名为scDFN的新型深度学习算法，用于增强单细胞RNA测序数据的聚类效果 | scDFN算法通过融合网络策略，结合自编码器和改进的图自编码器，以及三重自监督策略和四种联合损失函数，显著提升了单细胞RNA测序数据的聚类效果 | NA | 提升单细胞RNA测序数据的聚类效果 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习模型 | 基因表达数据 | 多个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 329 | 2024-10-10 |
Single-cell RNA sequencing of pediatric Hodgkin lymphoma to study the inhibition of T cell subtypes
2024-Sep, HemaSphere
IF:7.6Q1
DOI:10.1002/hem3.149
PMID:39233904
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了儿童霍奇金淋巴瘤中的T细胞亚型抑制机制 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术识别了霍奇金和里德-斯特恩伯格细胞中过表达的细胞表面蛋白基因，并发现了潜在的T细胞抑制相互作用 | 研究结果显示患者和肿瘤组织区域之间存在显著的相互作用强度变异性，这可能影响治疗效果 | 旨在通过单细胞RNA测序技术识别儿童霍奇金淋巴瘤中的新治疗靶点 | 儿童经典霍奇金淋巴瘤中的霍奇金和里德-斯特恩伯格细胞及其周围的免疫细胞 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个儿童霍奇金淋巴瘤患者的肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 330 | 2024-10-09 |
COFFEE: consensus single cell-type specific inference for gene regulatory networks
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae457
PMID:39311699
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于Borda投票的共识算法COFFEE，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络 | COFFEE算法通过整合10种已建立的基因调控网络推断方法，提高了在合成、精选和实验数据集上的性能 | COFFEE算法目前仅在10种算法上进行了基准测试，未来可能需要扩展到更多算法 | 开发一种适用于单细胞RNA测序数据的共识基因调控网络推断方法 | 单细胞RNA测序数据中的基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 共识算法 | 基因调控网络 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 331 | 2024-10-09 |
Application of Unsupervised Multi-Omic Factor Analysis to Uncover Patterns of Variation and Molecular Processes Linked to Cardiovascular Disease
2024-Sep-20, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/66659
PMID:39373483
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研究论文 | 本文展示了一种无监督的多组学因子分析方法，用于揭示与心血管疾病相关的变异模式和分子过程 | 本文提出了多组学因子分析（MOFA）方法，用于无监督地分析复杂的多组学数据集，揭示主要的变异轴和相关的分子特征 | 本文主要集中在心血管疾病的急性冠状动脉综合征和慢性冠状动脉综合征，未涵盖其他疾病类型 | 研究目的是通过多组学数据分析，揭示与心血管疾病相关的分子过程和变异模式 | 研究对象包括急性冠状动脉综合征和慢性冠状动脉综合征患者的血液样本 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 多组学因子分析（MOFA） | NA | 多组学数据 | 多个患者的血液样本，包括不同时间点的测量数据 | NA | NA | NA | NA |
| 332 | 2024-10-09 |
The aminophospholipid transporter, ATP8B3, as a potential biomarker and target for enhancing the therapeutic effect of PD-L1 blockade in colon adenocarcinoma
2024-Sep, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110907
PMID:39074670
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研究论文 | 研究探讨了ATP8B3作为结肠腺癌潜在生物标志物和靶点，以增强PD-L1阻断疗法的疗效 | 发现ATP8B3在MSI-H结肠腺癌患者中与PD-L1表达相关，抑制ATP8B3可增加PD-L1疗法的敏感性 | 研究主要集中在MSI-H亚型，MSS亚型的结果有限 | 探索ATP8B3在结肠腺癌中的作用，评估其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 结肠腺癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 结肠腺癌 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、siRNA、shRNA、western blot分析、流式细胞术 | NA | RNA | 使用TCGA和GEO数据库中的数据，具体样本数量未明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 333 | 2024-10-09 |
Exploring public cancer gene expression signatures across bulk, single-cell and spatial transcriptomics data with signifinder Bioconductor package
2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae138
PMID:39363890
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研究论文 | 本文介绍了一个名为signifinder的R Bioconductor包，用于在批量、单细胞和空间转录组数据中探索和使用公共癌症基因表达特征 | 开发了signifinder包，整合了批量、单细胞和空间转录组数据中的癌症基因表达特征，提供了一个全面的框架来解释高分辨率数据并解决肿瘤复杂性 | NA | 探索癌症机制、定义亚型、预测预后和评估治疗效果 | 癌症基因表达特征在批量、单细胞和空间转录组数据中的应用 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 334 | 2024-10-08 |
RNA Sequencing Reveals a Strong Predominance of THRA Splicing Isoform 2 in the Developing and Adult Human Brain
2024-Sep-13, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25189883
PMID:39337374
|
研究论文 | 研究通过RNA测序分析了人类大脑发育和成年期THRA剪接异构体2的表达情况 | 首次在健康人体组织和发育中的大脑中研究了THRA1和THRA2剪接异构体的表达模式 | 研究仅限于RNA测序数据，未涉及蛋白质水平的验证 | 探讨THRA剪接异构体在人类大脑发育和成年期的表达模式 | THRA1和THRA2剪接异构体在人类大脑和中枢神经系统的表达 | 基因表达 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 四个bulk RNA-seq数据集和两个scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 335 | 2024-10-08 |
Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology
2024-09-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000387
PMID:37002587
|
综述 | 本文综述了单细胞和空间转录组学技术在肝脏生物学中的应用，涵盖了肝脏稳态、发育、再生、慢性肝病和癌症等方面的关键生物学见解 | 本文介绍了肝脏细胞图谱的最新进展，包括细胞组成的全面特征、多样性和功能、空间结构如肝脏分区、细胞通信和邻近关系、细胞身份转换和与肝脏病理相关的细胞特异性改变，以及新的治疗靶点 | 本文讨论了当前研究中的突出挑战，并提出了先进的实验技术和计算方法来解决这些挑战 | 综述单细胞和空间转录组学技术在肝脏生物学中的应用，并讨论相关技术的进展和挑战 | 肝脏稳态、发育、再生、慢性肝病和癌症 | 基因组学 | 肝病 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 336 | 2024-10-08 |
Deciphering cellular heterogeneity in Spodoptera frugiperda midgut cell line through single cell RNA sequencing
2024-Sep, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110898
PMID:39047877
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术揭示了秋粘虫中肠细胞系的细胞异质性 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了秋粘虫中肠细胞系的细胞异质性，并鉴定了多种细胞类型及其特异性标记基因 | NA | 揭示秋粘虫中肠细胞系的细胞异质性，并研究呼吸和肠道膜杀虫剂靶标基因的表达 | 秋粘虫中肠细胞系SfMG-0617的细胞异质性 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 18,794个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 337 | 2024-10-08 |
Molecular profiling of core immune-escape genes highlights TNFAIP3 as an immune-related prognostic biomarker in neuroblastoma
2024-Sep, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-024-01914-4
PMID:39028490
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研究论文 | 本文通过转录组表达谱分析，鉴定出TNFAIP3作为神经母细胞瘤中与免疫逃逸相关的关键基因，并探讨了其在免疫治疗中的潜在作用 | 首次将TNFAIP3鉴定为神经母细胞瘤中与免疫逃逸相关的关键基因，并验证了其在免疫治疗中的潜在作用 | 初步实验验证了TNFAIP3在TAMs中的生物学功能，但仍需进一步的临床试验验证其作为治疗靶点的有效性 | 鉴定神经母细胞瘤中与免疫逃逸相关的关键基因，并探讨其在免疫治疗中的潜在作用 | 神经母细胞瘤中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其相关基因 | 生物信息学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 17个临床神经母细胞瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 338 | 2024-10-08 |
Genetic structure analysis of yak breeds and their response to adaptive evolution
2024-Sep, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110933
PMID:39218165
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研究论文 | 研究了牦牛品种的遗传结构及其对适应性进化的响应 | 首次系统地分析了牦牛的细胞水平适应性特征，并结合scRNA-seq方法构建了牦牛肺组织和皮肤组织的转录图谱 | 研究主要集中在牦牛的遗传结构和适应性基因上，未涉及其他可能影响适应性的因素 | 探讨牦牛品种的遗传结构及其对高海拔环境的适应性进化 | 牦牛的遗传多样性和适应性相关基因 | 遗传学 | NA | WGRS, scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及八个牦牛群体的基因数据和牦牛肺组织及皮肤组织的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 339 | 2024-10-08 |
Multi-omics analysis reveals a pericyte-associated gene expression signature for predicting prognosis and therapeutic responses in solid cancers
2024-Sep, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110942
PMID:39326641
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研究论文 | 本文通过多组学分析揭示了与周细胞相关的基因表达特征，用于预测实体癌的预后和治疗反应 | 首次通过整合转录组和蛋白质组数据，识别出肿瘤来源周细胞中的51个差异表达基因，并构建了预测肝癌和肺癌预后及治疗反应的风险模型 | 研究主要集中在肝癌和肺癌，未涵盖其他类型的实体癌 | 探讨周细胞在肿瘤微环境中的作用，并开发预测实体癌预后和治疗反应的基因表达特征 | 肿瘤来源周细胞及其相关基因 | 数字病理学 | NA | 转录组分析、蛋白质组分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | 涉及TCGA数据库和GEO数据库中的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 340 | 2024-10-07 |
Full-length nanopore sequencing of circular RNA landscape in peripheral blood cells following sequential BNT162b2 mRNA vaccination
2024-Sep-27, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2024.148971
PMID:39343185
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研究论文 | 本研究评估了BNT162b2 mRNA疫苗接种后外周血细胞中内源性circRNA的响应 | 通过纳米孔全长测序技术，识别了4217种在疫苗接种期间特异性表达的新circRNA，并发现这些circRNA富集在应激颗粒组装和SARS-CoV-2 RNA结合蛋白的结合基序中 | 样本量较小，仅包括五名无SARS-CoV-2感染或既往疫苗接种史的医护人员 | 研究BNT162b2 mRNA疫苗接种后外周血细胞中circRNA的表达变化 | circRNA在疫苗接种后的表达变化及其与应激颗粒组装和SARS-CoV-2 RNA结合蛋白的关系 | 数字病理学 | NA | 纳米孔全长测序 | NA | RNA | 15个样本，包括接种前、第一次和第二次接种后的外周血样本 | NA | NA | NA | NA |