单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 644 篇文献，本页显示第 301 - 320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2024-10-04 |
Pharmacological targets and validation of remdesivir for the treatment of COVID-19-associated pulmonary fibrosis: A network-based pharmacology and bioinformatics study
2024-Sep-27, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000039062
PMID:39331891
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研究论文 | 本研究利用生物信息学和网络药理学方法，探讨瑞德西韦在治疗COVID-19相关肺纤维化中的靶点和分子机制 | 本研究首次通过网络药理学和生物信息学方法，系统分析了瑞德西韦在COVID-19相关肺纤维化治疗中的潜在机制，并验证了其关键靶点 | 研究主要基于公开数据库和模拟分析，缺乏体内外实验验证 | 探讨瑞德西韦在治疗COVID-19相关肺纤维化中的靶点和分子机制 | 瑞德西韦在COVID-19相关肺纤维化治疗中的靶点和分子机制 | 生物信息学 | 肺纤维化 | 网络药理学、分子对接 | NA | 基因组数据、蛋白质相互作用数据 | 利用公开的组织学和单细胞测序数据库进行验证 |
| 302 | 2024-10-04 |
Adaptive circuits for action and value information in rodent operant learning
2024-Sep-26, Neuroscience research
IF:2.4Q3
DOI:10.1016/j.neures.2024.09.003
PMID:39341460
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综述 | 本文综述了啮齿动物操作性学习中支持行为和价值信息适应的神经回路 | 探讨了中脑多巴胺神经元在整合动作启动和奖励反馈中的复杂作用，并讨论了单细胞RNA测序等转录组分析技术在操作性学习中的应用 | NA | 深入理解啮齿动物操作性学习中的神经回路机制 | 啮齿动物操作性学习中的神经回路、突触可塑性和基因表达变化 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 303 | 2024-10-04 |
Immunosuppressive tumor microenvironment in gastric signet-ring cell carcinoma
2024-Sep-24, World journal of clinical oncology
IF:2.6Q3
DOI:10.5306/wjco.v15.i9.1126
PMID:39351457
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研究论文 | 研究胃印戒细胞癌（GSRCC）的免疫抑制性肿瘤微环境（TME）及其与预后的关系 | 通过单细胞RNA测序和时间飞行质谱流式细胞术技术，揭示了GSRCC中独特的免疫抑制性TME，并探讨了其与预后的关联 | NA | 探讨胃印戒细胞癌的免疫抑制性肿瘤微环境及其与预后的关系，以期开发更有效的免疫治疗策略 | 胃印戒细胞癌（GSRCC）的肿瘤微环境及其免疫抑制性特征 | NA | 胃癌 | 单细胞RNA测序、时间飞行质谱流式细胞术 | NA | RNA | NA |
| 304 | 2024-10-04 |
Uncovering the Bronchoalveolar Single-Cell Landscape of Patients With Pulmonary Tuberculosis With Human Immunodeficiency Virus Type 1 Coinfection
2024-Sep-23, The Journal of infectious diseases
IF:5.0Q1
DOI:10.1093/infdis/jiae042
PMID:38412342
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研究论文 | 研究了HIV-1和肺结核共感染患者的支气管肺泡灌洗液中的单细胞转录组景观 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析了HIV-1和肺结核共感染患者的肺部免疫细胞组成和功能变化 | 样本量相对较小，可能影响结果的普适性 | 探讨HIV-1感染对肺结核患者肺部免疫反应的影响 | HIV-1和肺结核共感染患者的支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞 | 数字病理学 | 肺结核 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 19名患者，其中9名HIV-1和肺结核共感染，10名仅肺结核 |
| 305 | 2024-10-04 |
mosna reveals different types of cellular interactions predictive of response to immunotherapies and survival in cancer
2024-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.16.532947
PMID:36993595
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研究论文 | 开发了一个名为mosna的Python包，用于分析空间组学数据并整合临床或生物学数据，以揭示细胞相互作用模式或组织架构 | mosna包整合了多种算法和条件，如临床数据，使得空间组学数据的分析更加便捷和全面 | NA | 开发一种工具，使空间组学数据的分析更加便捷，并能整合临床数据以揭示细胞相互作用和组织架构 | 空间组学数据和临床数据 | 生物信息学 | 癌症 | 空间组学 | 机器学习模型 | 蛋白质组学数据 | 两个空间解析的蛋白质组学数据集 |
| 306 | 2024-10-04 |
DrugReSC: targeting disease-critical cell subpopulations with single-cell transcriptomic data for drug repurposing in cancer
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae490
PMID:39350337
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研究论文 | 本文提出了一种利用单细胞转录组数据进行药物再利用的新方法DrugReSC | DrugReSC利用单细胞RNA测序数据，针对疾病病理关键的细胞亚群进行药物再利用，构建了药物与细胞的转录关系矩阵，并使用基于排列的方法评估药物对细胞表型变化的贡献 | NA | 开发一种利用单细胞转录组数据进行药物再利用的新方法，以推进癌症精准医学 | 癌症中的关键细胞亚群 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个癌症案例 |
| 307 | 2024-10-04 |
scPanel: a tool for automatic identification of sparse gene panels for generalizable patient classification using scRNA-seq datasets
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae482
PMID:39350339
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研究论文 | 介绍了一种名为scPanel的计算框架，用于从scRNA-seq数据中自动识别稀疏基因面板，以实现患者分类 | scPanel通过数据驱动的方式自动确定最小数量的信息性生物标志物基因，并在多个疾病数据集上展示了高分类准确性 | NA | 开发一种计算工具，用于从scRNA-seq数据中识别稀疏基因面板，以实现患者分类并降低测序成本 | scRNA-seq数据中的稀疏基因面板 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及硬皮病、结直肠癌和COVID-19的数据集 |
| 308 | 2024-10-04 |
Decoding the genetic landscape of autism: A comprehensive review
2024-Sep-09, World journal of clinical pediatrics
DOI:10.5409/wjcp.v13.i3.98468
PMID:39350903
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综述 | 本文综述了自闭症谱系障碍（ASD）的遗传和表观遗传机制，探讨了基因突变和基因-环境相互作用对ASD的影响 | 本文整合了基因变异、表观遗传机制（如DNA甲基化和组蛋白修饰）以及新兴技术（如CRISPR-Cas9和单细胞RNA测序）的研究成果，提供了对ASD遗传景观的全面理解 | 尽管识别了许多与ASD相关的风险基因和突变，但仍有许多病例无法通过已知因素解释，表明存在未发现的遗传成分 | 探索ASD的遗传结构，阐明基因突变的机制，并研究基因-环境相互作用 | 自闭症谱系障碍（ASD）的遗传和表观遗传机制 | NA | 自闭症 | CRISPR-Cas9、单细胞RNA测序、DNA甲基化、组蛋白修饰 | NA | 基因组数据 | NA |
| 309 | 2024-10-04 |
Single-cell transcriptomic analysis of radiation-induced lung injury in rat
2024-Sep-06, Biomolecules & biomedicine
DOI:10.17305/bb.2024.10357
PMID:38552230
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了放射线诱导的肺损伤在大鼠中的细胞机制 | 揭示了放射线暴露后肺组织中细胞间通讯增加以及不同细胞类型的亚群特征 | 仅限于大鼠模型，且样本量较小 | 探究放射线诱导肺损伤的细胞机制 | 大鼠肺组织中的单细胞 | 数字病理学 | 肺损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 大鼠肺组织样本 |
| 310 | 2024-10-04 |
Inactivated cGAS-STING Signaling Facilitates Endocrine Resistance by Forming a Positive Feedback Loop with AKT Kinase in ER+HER2- Breast Cancer
2024-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202403592
PMID:39023171
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研究论文 | 本文研究了cGAS-STING信号通路在ER+HER2-乳腺癌内分泌抵抗中的作用及其与AKT激酶的正反馈机制 | 首次揭示了cGAS-STING信号通路在ER+HER2-乳腺癌内分泌抵抗中的作用，并发现其与AKT1激酶形成正反馈循环 | 研究主要基于RNA测序数据和空间转录组学分析，缺乏直接的细胞和动物实验验证 | 探讨ER+HER2-乳腺癌内分泌抵抗的分子机制及潜在治疗策略 | ER+HER2-乳腺癌细胞及其内分泌抵抗机制 | NA | 乳腺癌 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | ER+HER2-乳腺癌患者样本 |
| 311 | 2024-10-04 |
Single-Cell RNA Sequencing Deconstructs the Distribution of Immune Cells Within Abdominal Aortic Aneurysms in Mice
2024-09, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321129
PMID:39051127
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了小鼠腹主动脉瘤中CD45+细胞的分布和相互作用 | 首次在单细胞水平上解析了腹主动脉瘤中免疫细胞的分布和相互作用，并发现了AAA组织中特有的常规树突状细胞类型1 | 研究仅限于小鼠模型，尚未完全验证在人类AAA中的适用性 | 探讨腹主动脉瘤发展过程中免疫细胞的作用及其相互作用 | 小鼠腹主动脉瘤组织中的免疫细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个时间点的小鼠腹主动脉瘤组织样本 |
| 312 | 2024-10-04 |
IL-33 Facilitates Fibro-Adipogenic Progenitors to Establish the Pro-Regenerative Niche after Muscle Injury
2024-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202405299
PMID:39037903
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研究论文 | 研究探讨了肌肉损伤后IL-33通过激活纤维脂肪祖细胞（FAPs）促进肌肉再生的机制 | 首次揭示了IL-33/IL1RL1信号通路在肌肉再生中的作用，为肌肉相关疾病和损伤的治疗提供了新的策略 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证 | 探讨肌肉损伤后促进肌肉再生的机制 | 肌肉干细胞（MuSCs）、纤维脂肪祖细胞（FAPs）和巨噬细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 14种不同的肌肉细胞 |
| 313 | 2024-10-04 |
Cross-modal integration of bulk RNA-seq and single-cell RNA sequencing data to reveal T-cell exhaustion in colorectal cancer
2024-Sep, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70101
PMID:39344205
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研究论文 | 本文提出了一种名为DeepTEX的多组学深度学习方法，通过整合bulk RNA-seq和单细胞RNA测序数据，研究结直肠癌中T细胞耗竭的异质性 | 本文创新性地提出了DeepTEX方法，通过跨模态数据整合和知识蒸馏模型，预测T细胞耗竭的异质性，并识别关键功能通路和基因 | NA | 研究结直肠癌中T细胞耗竭的异质性，并探索相关的治疗靶点 | 结直肠癌中的T细胞耗竭 | 机器学习 | 结直肠癌 | RNA-seq | 深度学习模型 | RNA-seq数据 | NA |
| 314 | 2024-10-02 |
Apigenin ameliorates lupus nephritis by inhibiting SAT3 signaling in CD8+ T cells
2024-Sep-30, Food & function
IF:5.1Q1
DOI:10.1039/d4fo02773f
PMID:39283308
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研究论文 | 研究了芹菜素通过抑制CD8+ T细胞中的SAT3信号通路改善狼疮性肾炎的效果 | 首次揭示了芹菜素通过抑制STAT3/IL-17信号通路减少CD8 T细胞招募巨噬细胞，从而改善狼疮性肾炎 | 研究仅在MRL/lpr小鼠模型和LN患者单细胞测序数据上进行，需要进一步在人体临床试验中验证 | 探讨芹菜素对狼疮性肾炎的治疗效果及其潜在机制 | 芹菜素对MRL/lpr小鼠和LN患者CD8+ T细胞的影响 | NA | 自身免疫性疾病 | 单细胞测序 | NA | 血液样本 | MRL/lpr小鼠模型和LN患者单细胞测序数据 |
| 315 | 2024-10-02 |
Exploring tumor microenvironment in molecular subtyping and prognostic signatures in ovarian cancer and identification of SH2D1A as a key regulator of ovarian cancer carcinogenesis
2024-Sep-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38014
PMID:39347397
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研究论文 | 研究探讨了卵巢癌中的肿瘤微环境（TME）在分子分型和预后标志物中的作用，并识别出SH2D1A作为卵巢癌致癌的关键调节因子 | 首次通过共识聚类和机器学习技术构建了基于TME的卵巢癌预后模型，并发现SH2D1A在卵巢癌中的重要作用 | 研究主要基于体外实验和公共数据库数据，缺乏临床验证 | 探讨肿瘤微环境在卵巢癌分子分型和预后中的作用，并识别关键调节因子 | 卵巢癌肿瘤微环境、SH2D1A基因 | 数字病理学 | 卵巢癌 | RNA测序 | 机器学习模型 | RNA序列数据 | 使用了来自TCGA-OV、GSE26712、GSE102073、ICGC、EMTAB8107、GSE118828、GSE130000和GSE154600等多个数据集的样本 |
| 316 | 2024-10-02 |
Full-length single-cell BCR sequencing paired with RNA sequencing reveals convergent responses to pneumococcal vaccination
2024-Sep-28, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06823-0
PMID:39341987
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研究论文 | 本文介绍了一种从3'-barcoded单细胞RNA测序库中恢复配对的全长B细胞受体（BCR）可变区序列的方法，并应用于研究肺炎链球菌疫苗接种后的B细胞反应 | 开发了一种新的方法（B3E-seq），可以从广泛使用的3'-barcoded单细胞RNA测序库中恢复配对的全长BCR可变区序列 | NA | 研究肺炎链球菌疫苗接种后B细胞的反应 | B细胞受体（BCR）和单细胞RNA测序 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | 五只婴儿恒河猴 |
| 317 | 2024-10-02 |
Metabolic and Immunological Implications of MME+CAF-Mediated Hypoxia Signaling in Pancreatic Cancer Progression: Therapeutic Insights and Translational Opportunities
2024-Sep-28, Biological procedures online
IF:3.7Q1
DOI:10.1186/s12575-024-00254-1
PMID:39342097
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术，识别了胰腺癌中表达MME的CAF亚群（MMECAF），并探讨了其在胰腺癌进展中的代谢和免疫学作用 | 首次识别并验证了MMECAF亚群在胰腺癌微环境中的独特作用，并开发了针对MMECAF的抑制剂IOX2，结合化疗和免疫疗法，显示出良好的抗肿瘤效果 | 研究主要集中在体外和动物实验，尚未进行临床试验验证其疗效 | 探讨MMECAF在胰腺癌进展中的作用，并开发新的治疗策略 | 胰腺癌中的MMECAF亚群及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 涉及胰腺癌患者的样本，具体数量未明确提及 |
| 318 | 2024-10-02 |
Single-cell transcriptomics reveals e-cigarette vapor-induced airway epithelial remodeling and injury
2024-Sep-28, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-024-02962-4
PMID:39342154
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研究论文 | 研究揭示了电子烟蒸汽引起的气道上皮重塑和损伤 | 首次通过单细胞转录组学分析了电子烟蒸汽提取物对人类支气管上皮细胞分化的影响，并发现Notch信号通路在其中的作用 | 研究仅限于特定的细胞类型和样本，可能无法全面代表所有电子烟使用者的影响 | 探讨电子烟使用对人类支气管上皮细胞的影响及其潜在机制 | 健康非吸烟者和慢性阻塞性肺病吸烟者的支气管上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 慢性阻塞性肺病 | 单细胞RNA测序、免疫染色、HE染色、qPCR和ELISA | NA | RNA | 健康非吸烟者、吸烟者和电子烟使用者的血清和痰液样本 |
| 319 | 2024-10-02 |
Muscle-resident mesenchymal progenitors sense and repair peripheral nerve injury via the GDNF-BDNF axis
2024-Sep-26, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97662
PMID:39324575
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研究论文 | 研究肌肉驻留间充质前体细胞通过GDNF-BDNF轴感知和修复周围神经损伤的机制 | 揭示了肌肉驻留间充质前体细胞（FAPs）在周围神经再生中的新作用及其响应神经损伤的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型，临床相关性需进一步验证 | 探讨肌肉驻留间充质前体细胞在周围神经损伤修复中的作用及其分子机制 | 肌肉驻留间充质前体细胞（FAPs）及其在周围神经损伤后的响应和修复作用 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型 |
| 320 | 2024-10-02 |
Deconvolution from bulk gene expression by leveraging sample-wise and gene-wise similarities and single-cell RNA-Seq data
2024-Sep-18, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10728-x
PMID:39294558
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研究论文 | 提出了一种新的去卷积算法DSSC，通过利用基因间和样本间的相似性以及单细胞RNA-Seq数据，同时推断异质样本的细胞类型特异性基因表达和细胞类型比例 | DSSC算法能够同时推断细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达，并且在模拟和实验数据中表现出色 | NA | 开发更准确的去卷积方法以推断细胞类型丰度和细胞类型特异性基因表达 | 异质样本的细胞类型特异性基因表达和细胞类型比例 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | 去卷积算法 | 基因表达数据 | NA |