单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2024-10-08	Molecular profiling of core immune-escape genes highlights TNFAIP3 as an immune-related prognostic biomarker in neuroblastoma 2024-Sep, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-024-01914-4 PMID:39028490	研究论文	本文通过转录组表达谱分析，鉴定出TNFAIP3作为神经母细胞瘤中与免疫逃逸相关的关键基因，并探讨了其在免疫治疗中的潜在作用	首次将TNFAIP3鉴定为神经母细胞瘤中与免疫逃逸相关的关键基因，并验证了其在免疫治疗中的潜在作用	初步实验验证了TNFAIP3在TAMs中的生物学功能，但仍需进一步的临床试验验证其作为治疗靶点的有效性	鉴定神经母细胞瘤中与免疫逃逸相关的关键基因，并探讨其在免疫治疗中的潜在作用	神经母细胞瘤中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其相关基因	生物信息学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	17个临床神经母细胞瘤样本
282	2024-10-08	Genetic structure analysis of yak breeds and their response to adaptive evolution 2024-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110933 PMID:39218165	研究论文	研究了牦牛品种的遗传结构及其对适应性进化的响应	首次系统地分析了牦牛的细胞水平适应性特征，并结合scRNA-seq方法构建了牦牛肺组织和皮肤组织的转录图谱	研究主要集中在牦牛的遗传结构和适应性基因上，未涉及其他可能影响适应性的因素	探讨牦牛品种的遗传结构及其对高海拔环境的适应性进化	牦牛的遗传多样性和适应性相关基因	遗传学	NA	WGRS, scRNA-seq	NA	基因表达数据	涉及八个牦牛群体的基因数据和牦牛肺组织及皮肤组织的单细胞RNA测序数据
283	2024-10-08	Multi-omics analysis reveals a pericyte-associated gene expression signature for predicting prognosis and therapeutic responses in solid cancers 2024-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110942 PMID:39326641	研究论文	本文通过多组学分析揭示了与周细胞相关的基因表达特征，用于预测实体癌的预后和治疗反应	首次通过整合转录组和蛋白质组数据，识别出肿瘤来源周细胞中的51个差异表达基因，并构建了预测肝癌和肺癌预后及治疗反应的风险模型	研究主要集中在肝癌和肺癌，未涵盖其他类型的实体癌	探讨周细胞在肿瘤微环境中的作用，并开发预测实体癌预后和治疗反应的基因表达特征	肿瘤来源周细胞及其相关基因	数字病理学	NA	转录组分析、蛋白质组分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、蛋白质数据	涉及TCGA数据库和GEO数据库中的多个样本
284	2024-10-07	Full-length nanopore sequencing of circular RNA landscape in peripheral blood cells following sequential BNT162b2 mRNA vaccination 2024-Sep-27, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148971 PMID:39343185	研究论文	本研究评估了BNT162b2 mRNA疫苗接种后外周血细胞中内源性circRNA的响应	通过纳米孔全长测序技术，识别了4217种在疫苗接种期间特异性表达的新circRNA，并发现这些circRNA富集在应激颗粒组装和SARS-CoV-2 RNA结合蛋白的结合基序中	样本量较小，仅包括五名无SARS-CoV-2感染或既往疫苗接种史的医护人员	研究BNT162b2 mRNA疫苗接种后外周血细胞中circRNA的表达变化	circRNA在疫苗接种后的表达变化及其与应激颗粒组装和SARS-CoV-2 RNA结合蛋白的关系	数字病理学	NA	纳米孔全长测序	NA	RNA	15个样本，包括接种前、第一次和第二次接种后的外周血样本
285	2024-10-06	Single-cell analysis revealing the metabolic landscape of prostate cancer 2024-Sep-01, Asian journal of andrology IF:3.0Q1 DOI:10.4103/aja20243 PMID:38657119	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了前列腺癌的代谢景观	首次通过单细胞RNA测序技术展示了前列腺癌中上皮细胞和基质细胞的代谢活性差异，并识别了神经内分泌细胞的高代谢率	研究主要集中在前列腺癌的代谢特征，未涉及其他癌症类型的比较	揭示前列腺癌的代谢重编程机制及其在治疗中的应用潜力	前列腺癌中的上皮细胞、基质细胞和神经内分泌细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	未具体说明样本数量
286	2024-10-05	Glioblastoma induces the recruitment and differentiation of dendritic-like "hybrid" neutrophils from skull bone marrow 2024-Sep-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.08.008 PMID:39255776	研究论文	研究揭示了胶质母细胞瘤如何诱导颅骨骨髓中的中性粒细胞招募和分化为具有树突状特征的“混合”中性粒细胞，并探讨了这些细胞在肿瘤微环境中的作用	首次发现胶质母细胞瘤诱导颅骨骨髓中的中性粒细胞分化为具有树突状特征的“混合”中性粒细胞，并揭示了这些细胞在抑制肿瘤生长中的作用	NA	探讨肿瘤相关中性粒细胞在胶质母细胞瘤生物学中的作用	胶质母细胞瘤、肿瘤相关中性粒细胞、颅骨骨髓	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	患者和鼠类胶质母细胞瘤样本
287	2024-10-05	Immunobiology of primary sclerosing cholangitis 2024-Sep-02, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001080 PMID:39226402	综述	本文综述了原发性硬化性胆管炎（PSC）的免疫生物学最新进展	重点介绍了单细胞RNA测序和空间转录组学等新技术在PSC研究中的应用	NA	全面概述PSC的免疫生物学机制	PSC相关的免疫细胞类型及其在疾病中的作用	NA	肝胆疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA	NA
288	2024-10-05	Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity of MYH11+ tumour-associated fibroblasts between left-sided and right-sided colorectal cancer 2024-Sep, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70102 PMID:39294858	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了左半结肠癌和右半结肠癌中MYH11+肿瘤相关成纤维细胞的异质性	首次全面注释了左半结肠癌和右半结肠癌的特征和差异，并发现了一种新的MYH11+癌症相关成纤维细胞亚群	样本量较小，仅包括12例左半结肠癌和10例右半结肠癌患者	探讨左半结肠癌和右半结肠癌的异质性及其潜在机制	左半结肠癌和右半结肠癌患者的免疫和基质细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	12例左半结肠癌和10例右半结肠癌患者
289	2024-10-05	Identification of functional heterogeneity of immune cells and tubular-immune cellular interplay action in diabetic kidney disease 2024-Sep, Journal of translational internal medicine IF:4.7Q1 DOI:10.2478/jtim-2023-0130 PMID:39360161	研究论文	研究探讨了糖尿病肾病中免疫细胞的功能异质性和肾小管-免疫细胞相互作用	首次揭示了dapagliflozin治疗对M2巨噬细胞抗炎功能的代谢转变，并识别了新的分子特征和信号通路	研究主要基于数据库分析和免疫组化验证，缺乏体内实验验证	探讨糖尿病肾病中免疫细胞的异质性和治疗机制	糖尿病肾病中的免疫细胞和肾小管细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组学分析	NA	转录组数据	58760个细胞
290	2024-10-04	Dynamic glycolytic reprogramming effects on dendritic cells in pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-Sep-30, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03192-8 PMID:39343933	研究论文	研究胰腺导管腺癌中葡萄糖和乳酸水平对树突状细胞抗原呈递功能的影响	首次阐明葡萄糖和乳酸水平对胰腺导管腺癌中树突状细胞抗原呈递功能的影响及其机制	研究主要基于小鼠模型和患者来源的类器官，可能与人体实际情况存在差异	探讨葡萄糖和乳酸水平对胰腺导管腺癌中树突状细胞功能的影响	胰腺导管腺癌中的树突状细胞及其抗原呈递功能	NA	胰腺癌	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	使用患者来源的类器官和切除标本，以及KPC小鼠的细胞系
291	2024-10-04	SPP1+ macrophages in HR+ breast cancer are associated with tumor-infiltrating lymphocytes 2024-Sep-30, NPJ breast cancer IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s41523-024-00695-7 PMID:39349495	研究论文	研究探讨了HR+乳腺癌中SPP1+巨噬细胞与肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）之间的关系	揭示了SPP1+巨噬细胞在TIL-high HR+乳腺癌中对T细胞的新影响	研究样本量较小，仅涉及31名乳腺癌患者	探索不同乳腺癌亚型中TIL水平的变化及其对预后的影响	HR+乳腺癌中的SPP1+巨噬细胞和肿瘤浸润淋巴细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	31名乳腺癌患者
292	2024-10-04	Integrated analysis to identify biological features and molecular markers of poorly cohesive gastric carcinoma (PCC) 2024-09-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-73062-y PMID:39349535	研究论文	本文通过综合分析单细胞RNA测序和批量数据，揭示了低黏附性胃癌（PCC）的生物学特征和分子标记	首次识别出IGFBP7作为深层PCC成分的标记物，并揭示了PCC在深层DGC中的特定免疫抑制特征	研究主要基于数据库中的数据，缺乏临床样本的验证	揭示低黏附性胃癌（PCC）的分子异质性和生物学特征	低黏附性胃癌（PCC）及其在弥漫性胃癌（DGC）中的分布和特征	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自肿瘤免疫单细胞中心、公共基因表达综合数据库和癌症基因组图谱数据库的数据
293	2024-10-04	Low protein diet protects the liver from Salmonella Typhimurium-mediated injury by modulating the mTOR/autophagy axis in macrophages 2024-Sep-30, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06932-w PMID:39349819	研究论文	研究低蛋白饮食对小鼠肝脏在沙门氏菌感染下的保护作用及其机制	首次探讨了低蛋白饮食通过调节mTOR/自噬轴在巨噬细胞中对肝脏的保护作用	研究仅限于小鼠模型和人类外周血单核细胞衍生的巨噬细胞，未涉及其他物种或细胞类型	探讨低蛋白饮食对肝脏在细菌感染下的免疫反应的影响	小鼠肝脏和巨噬细胞	NA	NA	RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类外周血单核细胞衍生的巨噬细胞
294	2024-10-04	Exploring the interaction between immune cells in the prostate cancer microenvironment combining weighted correlation gene network analysis and single-cell sequencing: An integrated bioinformatics analysis 2024-Sep-30, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01399-x PMID:39349877	研究论文	本文通过结合加权相关基因网络分析和单细胞测序技术，研究了前列腺癌微环境中免疫细胞之间的相互作用	本文创新性地结合了加权基因共表达网络分析和单细胞测序技术，识别出九个与前列腺癌进展相关的失调免疫枢纽基因	本文主要基于TCGA数据库的高通量基因组数据进行分析，未涉及实验验证	研究前列腺癌微环境中免疫细胞之间的相互作用，以期为前列腺癌的精准治疗提供新思路	前列腺癌微环境中的免疫细胞及其相互作用	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序	加权基因共表达网络分析	基因组数据	基于TCGA数据库的高通量基因组数据
295	2024-10-04	Single-cell analysis of preimplantation embryonic development in guinea pigs 2024-Sep-30, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10815-z PMID:39350018	研究论文	本研究通过单细胞测序分析了豚鼠植入前胚胎发育过程中的转录组变化	首次系统构建了豚鼠植入前胚胎发育的细胞图谱，并揭示了细胞类型分化和关键基因激活的时间点	NA	探究豚鼠植入前胚胎发育的详细过程，并比较其与人类胚胎发育的异同	豚鼠植入前胚胎的细胞类型及其转录组特征	发育生物学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	从受精卵到植入前阶段的豚鼠胚胎细胞
296	2024-10-04	Deciphering the role of LGALS2: insights into tertiary lymphoid structure-associated dendritic cell activation and immunotherapeutic potential in breast cancer patients 2024-Sep-30, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02126-4 PMID:39350165	研究论文	本文通过综合分析大量转录组数据，揭示了LGALS2在三级淋巴结构中的关键作用及其在乳腺癌免疫治疗中的潜力	首次通过生物网络计算策略和机器学习方法，识别出LGALS2作为三级淋巴结构中的关键标记物，并揭示其在树突状细胞激活中的作用	NA	探讨LGALS2在乳腺癌中的作用及其在免疫治疗中的潜力	LGALS2在三级淋巴结构中的作用及其对乳腺癌患者生存的影响	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序、空间转录组学	机器学习	转录组数据	超过6000个乳腺癌样本
297	2024-10-04	Single cell RNA sequencing provides novel cellular transcriptional profiles and underlying pathogenesis of presbycusis 2024-Sep-30, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-024-02001-7 PMID:39350266	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了年轻和老年小鼠耳蜗样本的转录组，揭示了与年龄相关听力损失（ARHL）相关的细胞转录谱和潜在分子机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了ARHL的细胞转录谱和潜在分子机制，并分析了细胞间通信	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	揭示年龄相关听力损失（ARHL）的潜在分子机制	年轻和老年小鼠的耳蜗样本	数字病理学	老年病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	年轻和老年小鼠的耳蜗样本
298	2024-10-04	Exploring a new signature for lung adenocarcinoma: analyzing cuproptosis-related genes through Integrated single-cell and bulk RNA sequencing 2024-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01389-z PMID:39342548	研究论文	研究探索了肺腺癌中与铜死亡相关基因的新特征，通过整合单细胞和批量RNA测序数据进行分析	首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别与肺腺癌进展相关的铜死亡相关基因，并构建了新的预后特征	研究主要基于生物信息学分析，体外实验验证有限	研究肺腺癌的异质性，识别与疾病进展相关的关键基因，并探索细胞间通信网络	肺腺癌细胞及其异质性、铜死亡相关基因、细胞间通信网络	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序	LASSO回归	RNA	单细胞RNA测序数据来自TISCH2，批量RNA测序数据来自TCGA
299	2024-10-04	Pan-cancer analysis reveals that TK1 promotes tumor progression by mediating cell proliferation and Th2 cell polarization 2024-Sep-29, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03515-x PMID:39343871	研究论文	研究探讨了TK1在泛癌中的作用及其对肿瘤进展和免疫微环境的影响	首次全面分析了TK1在泛癌中的表达及其对肿瘤诊断、预后和免疫细胞浸润的影响	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探究TK1在泛癌中的综合作用及其对肿瘤进展和免疫微环境的影响	TK1在不同癌症类型中的表达及其对肿瘤细胞增殖和Th2细胞极化的影响	NA	NA	qPCR, 免疫印迹, 免疫组化, CCK-8, 集落形成, ELISA, 流式细胞术	NA	基因表达数据, 单细胞测序数据	涉及TCGA, TARGET, GTEx, CPTAC等多个数据库的数据, 以及肝细胞癌组织和细胞系
300	2024-10-04	Combination of bulk RNA and single-cell sequencing unveils PANoptosis-related immunological ecology hallmarks and classification for clinical decision-making in hepatocellular carcinoma 2024-09-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-73847-1 PMID:39342037	研究论文	本文通过结合bulk RNA和单细胞测序技术，揭示了肝细胞癌中PANoptosis相关的免疫生态特征，并提出了用于临床决策的分类系统	本文首次结合bulk RNA和单细胞测序技术，系统解析了PANoptosis在肝细胞癌中的分子和免疫生态特征，并开发了基于机器学习的PANoptosis评分系统，为个性化治疗提供了新思路	本文主要基于RNA测序数据，未涉及其他类型的数据如蛋白质组学数据，可能影响结果的全面性	研究PANoptosis在肝细胞癌中的免疫生态特征及其对临床决策的影响	肝细胞癌患者及其肿瘤组织	数字病理学	肝癌	RNA测序	机器学习	RNA	101个样本