单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2024-10-01	Single-Cell RNA Sequencing Reveals an Atlas of Hezuo Pig Testis Cells 2024-Sep-10, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25189786 PMID:39337274	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了合作猪睾丸细胞图谱	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了合作猪睾丸细胞的转录组特征，揭示了不同细胞类型在精子发生过程中的动态变化	研究仅限于4个月大的成熟合作猪，未涵盖不同年龄段的合作猪	探究合作猪睾丸细胞在精子发生过程中的转录组变化	合作猪睾丸中的生殖细胞和体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	16,082个细胞
282	2024-10-01	GSK-3β in Dendritic Cells Exerts Opposite Functions in Regulating Cross-Priming and Memory CD8 T Cell Responses Independent of β-Catenin 2024-Sep-10, Vaccines IF:5.2Q1 DOI:10.3390/vaccines12091037 PMID:39340067	研究论文	研究GSK-3β在树突状细胞中对交叉启动和记忆CD8 T细胞反应的相反调节作用，并探讨其与β-catenin无关的功能	发现GSK-3β在树突状细胞中对交叉启动和记忆CD8 T细胞反应具有相反的调节作用，且其功能独立于β-catenin的调控	研究主要基于CD11c-GSK-3β条件性敲除小鼠模型，可能存在模型局限性	探讨GSK-3β在树突状细胞中对CD8 T细胞免疫和抗肿瘤免疫的调节作用	GSK-3β在树突状细胞中的功能及其对CD8 T细胞反应的影响	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	CD11c-GSK-3β条件性敲除小鼠
283	2024-10-01	Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Dynamic Cellular Processes in Corneal Epithelium During Wound Healing in Cynomolgus Monkeys 2024-Sep-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.65.11.43 PMID:39330987	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了食蟹猴角膜上皮细胞在伤口愈合过程中的细胞活动和转录变化	首次全面探索了非人灵长类动物角膜细胞在伤口愈合过程中的详细转录组特征	NA	揭示角膜伤口愈合过程中的动态调控机制	食蟹猴角膜上皮细胞在不同愈合阶段的细胞活动和转录变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	食蟹猴角膜边缘组织在未受伤、1天和3天愈合阶段的样本
284	2024-10-01	ICOS-expressing Regulatory T Cells Influence the Composition of Antitumor CTL Populations 2024-Sep-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300154 PMID:38995175	研究论文	研究探讨了ICOS在抗肿瘤T细胞反应和肿瘤进展中的作用，发现ICOS在调节性T细胞中的特异性敲除可以减少肿瘤负担并增加CD8+ CTLs的数量	首次揭示了ICOS在调节性T细胞中对CTL成熟过程的抑制作用，并提出了ICOS激动剂抗体在低调节性T细胞肿瘤中的潜在治疗效果	研究仅在实验小鼠模型中进行，结果可能不完全适用于人类	探讨ICOS在抗肿瘤T细胞反应中的作用及其对肿瘤进展的影响	ICOS在调节性T细胞和所有T细胞中的特异性敲除对肿瘤进展的影响	肿瘤学	黑色素瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	实验小鼠模型
285	2024-10-01	IFIT3 mediates TBK1 phosphorylation to promote activation of pDCs and exacerbate systemic sclerosis in mice 2024-Sep, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1800 PMID:39305055	研究论文	研究IFIT3/TBK1信号通路在激活浆细胞样树突状细胞（pDCs）及其在系统性硬化症（SSc）发展中的作用	揭示了IFIT3作为TBK1的上游调节因子，通过干预IFIT3/TBK1信号通路抑制pDC激活和纤维母细胞功能，为SSc提供了新的治疗靶点	NA	评估IFIT3/TBK1信号通路在激活pDCs和系统性硬化症（SSc）发展中的作用	浆细胞样树突状细胞（pDCs）和系统性硬化症（SSc）	NA	系统性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和高通量转录组RNA测序	NA	RNA	构建了IFIT3-/-小鼠模型
286	2024-09-30	SpaTopic: A statistical learning framework for exploring tumor spatial architecture from spatially resolved transcriptomic data 2024-Sep-27, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp4942 PMID:39331720	研究论文	介绍了一种名为SpaTopic的统计学习框架，用于整合单细胞转录组学和空间转录组学数据，以探索肿瘤微环境的空间结构	SpaTopic通过主题建模将肿瘤微环境划分为具有一致细胞组织的空间域，提高了空间结构注释的性能，并能准确预测三级淋巴结构和肿瘤边界	NA	开发一种新的分析框架，用于探索、比较和解释肿瘤空间转录组学数据	肿瘤微环境的空间结构	生物信息学	NA	空间转录组学	主题建模	转录组数据	涉及多种肿瘤类型
287	2024-09-30	Single-cell sequencing suggests a conserved function of Hedgehog-signalling in spider eye development 2024-Sep-26, EvoDevo IF:4.1Q1 DOI:10.1186/s13227-024-00230-6 PMID:39327634	研究论文	本文通过单细胞测序数据重新分析，揭示了Hedgehog信号通路在蜘蛛眼睛发育中的保守功能	本文首次发现Hedgehog信号通路在蜘蛛眼睛发育中的作用，并展示了其在蜘蛛中的保守性	本文主要基于已发表的单细胞测序数据进行分析，未进行新的实验验证	探讨Hedgehog信号通路在蜘蛛眼睛发育中的作用及其保守性	蜘蛛眼睛发育过程中的基因表达调控网络	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个蜘蛛物种的胚胎样本
288	2024-09-30	POU4F3 is a Sensitive and Specific Marker of Merkel Cell Carcinoma 2024-Sep-26, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2024.100627 PMID:39341281	研究论文	研究确定了POU4F3作为Merkel细胞癌的敏感和特异性标记物	首次发现POU4F3作为Merkel细胞癌的特异性标记物，并验证了其在区分Merkel细胞癌与其他类似肿瘤中的应用	研究样本主要集中在TCGA数据集和其他公开数据集，可能存在数据偏倚	寻找和验证Merkel细胞癌的敏感和特异性标记物	Merkel细胞癌及其类似肿瘤	数字病理学	皮肤癌	RNA测序	NA	RNA	9264个实体肿瘤和超过600,000个单细胞转录组数据
289	2024-09-30	Single-cell RNA sequencing revealed the roles of macromolecule epidermal growth factor receptor (EGFR) in the hybrid sterility of hermaphroditic Argopecten scallops 2024-Sep-26, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.136062 PMID:39341320	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了巨分子表皮生长因子受体（EGFR）在雌雄同体扇贝杂交不育中的作用	首次在杂交扇贝的性腺中进行全面的单细胞RNA测序，揭示了EGFR在杂交不育中的关键作用	NA	探讨EGFR在雌雄同体扇贝杂交不育中的遗传机制	雌雄同体扇贝的杂交不育性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	雌雄同体扇贝的杂交不育性腺样本
290	2024-09-30	nsDCC: dual-level contrastive clustering with nonuniform sampling for scRNA-seq data analysis 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae477 PMID:39327063	研究论文	提出了一种名为nsDCC的双层对比聚类方法，结合非均匀采样技术用于单细胞RNA测序数据分析	引入双层对比聚类方法，结合实例级和聚类级对比，同时优化降维和聚类任务，并通过非均匀采样和注意力机制增强模型性能	NA	开发一种新的方法来优化单细胞RNA测序数据的降维和聚类任务	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	对比学习	对比聚类模型	RNA测序数据	涉及真实和模拟的单细胞RNA测序数据集
291	2024-09-30	Single-Cell Transcriptomics Applied in Plants 2024-Sep-17, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181561 PMID:39329745	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在植物科学中的应用	本文介绍了scRNA-seq技术在植物组织中的研究与应用，并提供了五个数据库以促进不同细胞类型特异性表达标记基因的鉴定	本文未详细探讨scRNA-seq技术在植物科学中的全部潜力	探讨scRNA-seq技术在植物科学中的应用，并为其未来研究提供理论基础	主要关注模型植物、作物和木材的组织	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
292	2024-09-30	A Novel Non-Invasive Murine Model of Neonatal Hypoxic-Ischemic Encephalopathy Demonstrates Developmental Delay and Motor Deficits with Activation of Inflammatory Pathways in Monocytes 2024-Sep-14, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181551 PMID:39329733	研究论文	本文介绍了一种新颖的无创小鼠模型，用于研究新生儿缺氧缺血性脑病（HIE），并探讨了其对发育延迟和运动障碍的影响	本文创新性地结合了母体免疫激活（MIA）和新生儿缺氧，构建了一种无创的HIE小鼠模型	该模型产生的HIE表型较轻，且未发现性别差异	研究新生儿缺氧缺血性脑病（HIE）的发病机制及其对发育和运动功能的影响	小鼠模型中的HIE及其相关炎症途径	NA	新生儿疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	NA
293	2024-09-30	MSIsensor-RNA: Microsatellite Instability Detection for Bulk and Single-cell Gene Expression Data 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae004 PMID:39341794	研究论文	开发了一种名为MSIsensor-RNA的软件，用于基于MSI相关基因的表达值检测微卫星不稳定性状态	首次提出了针对批量和单细胞基因表达数据的微卫星不稳定性检测方法	NA	开发一种新的方法来检测癌症免疫治疗中的微卫星不稳定性	批量和单细胞基因表达数据	数字病理学	癌症	RNA测序	NA	基因表达数据	NA
294	2024-09-30	SCancerRNA: Expression at the Single-cell Level and Interaction Resource of Non-coding RNA Biomarkers for Cancers 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae023 PMID:39341795	研究论文	开发了一个名为SCancerRNA的数据库，用于汇总单细胞水平上非编码RNA生物标志物的表达数据及其相互作用资源	首次提供了一个全面的在线资源，汇总了单细胞水平上不同细胞类型中非编码RNA生物标志物的表达数据及其相互作用网络	NA	开发一个数据库，用于汇总和分析单细胞水平上非编码RNA生物标志物的表达数据及其相互作用	非编码RNA生物标志物及其在癌症诊断和治疗中的应用	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
295	2024-09-30	Deep Immunoprofiling of Large-Scale Tuberculosis Dataset at Single Cell Resolution Reveals a CD81bright γδ T Cell Population Associated with Latency 2024-Sep-12, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181529 PMID:39329713	研究论文	本研究通过大规模单细胞分辨率的结核病数据集，揭示了与潜伏期相关的CD81bright γδ T细胞群体	本研究首次在大规模结核病数据集中识别出与潜伏期相关的CD81bright γδ T细胞群体，并验证了其在免疫信号传导和免疫反应调节中的特殊作用	本研究主要基于单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，未涉及其他类型的实验验证	探讨γδ T细胞在结核病中的作用及其与疾病进展的关系	γδ T细胞及其在结核病中的功能	免疫学	结核病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和批量RNA测序 (bulk RNA-seq)	NA	RNA	大规模结核病数据集
296	2024-09-30	Characterizing the Tumor Microenvironment and Its Prognostic Impact in Breast Cancer 2024-Sep-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181518 PMID:39329702	研究论文	研究通过整合分析大量和单细胞RNA测序数据，揭示了乳腺癌肿瘤微环境中的免疫景观和细胞间通信，并探讨了其对患者预后的影响	首次通过整合分析大量和单细胞RNA测序数据，全面描述了乳腺癌肿瘤微环境中免疫细胞的组成和动态相互作用，并揭示了免疫浸润程度与临床结果之间的关联	研究仅限于乳腺癌，且依赖于特定数据集，可能无法完全推广到其他癌症类型或不同数据集	探讨乳腺癌肿瘤微环境中的免疫景观及其对患者预后的影响	乳腺癌患者的肿瘤微环境中的免疫细胞和细胞间通信	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	RNA	多个乳腺癌患者样本
297	2024-09-30	Identification of Hypoxia-ALCAMhigh Macrophage- Exhausted T Cell Axis in Tumor Microenvironment Remodeling for Immunotherapy Resistance 2024-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202309885 PMID:38956900	研究论文	研究通过整合bulk、单细胞和空间转录组学数据，揭示了肿瘤微环境中缺氧与免疫逃逸的关系，并发现了一个由恶性细胞、ALCAM巨噬细胞和耗竭的CD8 T细胞组成的缺氧相关细胞间通讯枢纽	首次揭示了缺氧通过ALCAM巨噬细胞-耗竭T细胞轴影响免疫治疗抵抗的机制，并提出了通过抑制HIF-1ɑ来增强免疫治疗效果的新策略	研究主要基于预临床数据，需要在临床试验中进一步验证	揭示肿瘤微环境中缺氧与免疫逃逸的关系，并探索克服缺氧引起的免疫治疗抵抗的新策略	肿瘤微环境中的缺氧、ALCAM巨噬细胞和耗竭的CD8 T细胞	数字病理学	癌症	bulk、单细胞和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
298	2024-09-30	Integrated single-cell and bulk RNA sequencing analysis reveal immune-related biomarkers in postmenopausal osteoporosis 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38022 PMID:39328516	研究论文	研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了绝经后骨质疏松症中的免疫相关生物标志物	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，识别出六个免疫相关差异表达基因（IR-DEGs），并构建了绝经后骨质疏松症的分子亚型和诊断模型	研究主要基于公共数据库中的数据，缺乏临床样本的验证	探讨绝经后骨质疏松症的免疫调节机制和早期诊断生物标志物	绝经后骨质疏松症患者的外周血单核细胞	生物信息学	骨质疏松症	RNA测序	随机森林（RF）、支持向量机递归特征消除（SVM-RFE）和LASSO回归模型	RNA	训练组使用GSE56815数据集，验证组使用GSE2208数据集，涉及单细胞RNA测序数据分析11个不同的细胞簇
299	2024-09-30	NOX2 mediates NLRP3/ROS facilitating nasal mucosal epithelial inflammation in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38029 PMID:39328569	研究论文	本研究探讨了NOX2在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中通过NLRP3/ROS途径促进鼻黏膜上皮炎症的机制	首次利用单细胞RNA测序数据揭示了NOX2在CRSwNP中通过ROS积累和NLRP3炎症小体激活的关键作用	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探讨氧化应激在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）鼻黏膜上皮细胞中的机制	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）的鼻黏膜上皮细胞	NA	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	HRA000772数据集中的单细胞RNA测序数据
300	2024-09-30	Twin study identifies early immunological and metabolic dysregulation of CD8+ T cells in multiple sclerosis 2024-Sep-27, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adj8094 PMID:39331727	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和单细胞T细胞受体分析，比较了同卵双胞胎中CD8 T细胞克隆在血液和脑脊液中的差异，揭示了多发性硬化症早期免疫和代谢失调的机制	首次通过同卵双胞胎研究，揭示了CD8 T细胞在多发性硬化症早期阶段的免疫和代谢失调，并识别了潜在的治疗靶点	研究样本量较小，且仅限于同卵双胞胎，可能影响结果的普适性	探讨CD8 T细胞在多发性硬化症早期阶段的免疫和代谢失调机制	CD8 T细胞在血液和脑脊液中的克隆及其免疫和代谢特征	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序和单细胞T细胞受体分析	NA	单细胞RNA测序数据	同卵双胞胎样本对