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当前共找到 631 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2024-12-19 |
A graph self-supervised residual learning framework for domain identification and data integration of spatial transcriptomics
2024-09-12, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06814-1
PMID:39266614
|
研究论文 | 本文提出了一种基于图神经网络和边际差异差异理论的图自监督残差学习框架ResST，用于空间转录组数据的域识别和数据整合 | ResST通过整合基因表达、生物效应、空间位置和形态信息，捕捉细胞与其周围细胞之间的非线性关系，用于空间域识别，并基于MDD理论整合多个ST数据集以校正批次效应 | NA | 开发一种新的方法来准确识别空间转录组数据中的空间一致性域，并有效整合多样本数据 | 空间转录组数据中的基因表达模式和组织微环境 | 数字病理学 | NA | 图神经网络 | 图神经网络 | 基因表达数据 | 10个使用不同技术获取的空间转录组数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 282 | 2024-12-19 |
SpatialCTD: A Large-Scale Tumor Microenvironment Spatial Transcriptomic Dataset to Evaluate Cell Type Deconvolution for Immuno-Oncology
2024-09, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2024.0532
PMID:39117342
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研究论文 | 本文介绍了一个大规模的肿瘤微环境空间转录组数据集SpatialCTD，用于评估免疫肿瘤学中的细胞类型反卷积方法 | 提出了一个大规模的SpatialCTD数据集，涵盖了人类肿瘤微环境中的1.8百万个细胞和12,900个伪斑点，并提出了一种基于图神经网络的反卷积方法GNNDeconvolver | 现有的细胞类型反卷积基准数据集主要是基于模拟或规模有限，且主要涵盖小鼠数据，不适用于人类免疫肿瘤学 | 克服现有数据集的局限性，促进对人类免疫肿瘤学中细胞类型反卷积的全面研究 | 人类肿瘤微环境中的细胞类型反卷积 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络 | 转录组数据 | 1.8百万个细胞和12,900个伪斑点 | NA | NA | NA | NA |
| 283 | 2024-12-13 |
Stem-like exhausted CD8 T cells in pleural effusions predict improved survival in non-small cell lung cancer (NSCLC) and mesothelioma
2024-Sep-30, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-24-284
PMID:39430319
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研究论文 | 研究探讨了胸腔积液中干细胞样耗竭CD8 T细胞在非小细胞肺癌和间皮瘤患者中的预后意义 | 首次发现胸腔积液中干细胞样耗竭CD8 T细胞（Texstem）的频率与非小细胞肺癌和间皮瘤患者的更好生存结果相关 | 研究为回顾性分析，样本量相对较小，且仅限于特定类型的肺癌和间皮瘤患者 | 探讨干细胞样耗竭CD8 T细胞在非小细胞肺癌和间皮瘤患者中的预后价值 | 非小细胞肺癌和间皮瘤患者的胸腔积液中的CD8 T细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 流式细胞术、质谱流式细胞术、单细胞多组学分析 | NA | 细胞 | 43例非小细胞肺癌患者和49例间皮瘤患者的胸腔积液样本，以及16例预处理胸腔积液样本和4例单细胞多组学分析样本 | NA | NA | NA | NA |
| 284 | 2024-12-13 |
Impaired Myofibroblast Proliferation is a Central Feature of Pathologic Post-Natal Alveolar Simplification
2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.21.572766
PMID:38187712
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研究论文 | 本文研究了早产儿支气管肺发育不良（BPD）中由于肺泡简化导致的气体交换受损，并探讨了肌成纤维细胞增殖受损在其中的核心作用 | 通过多重小鼠模型和单细胞RNA测序，揭示了肌成纤维细胞增殖受损在BPD病理中的关键作用，并发现抑制肌成纤维细胞增殖足以导致病理性肺泡简化 | 本文主要基于小鼠模型，研究结果的临床转化和应用仍需进一步验证 | 探讨BPD病理中肺泡简化的机制，并寻找潜在的治疗策略 | 早产儿支气管肺发育不良（BPD）中的肺泡简化及肌成纤维细胞增殖 | NA | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多重小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 285 | 2024-12-08 |
Leveraging cell type-specificity for gene set analysis of single cell transcriptomics
2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.25.615040
PMID:39386631
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研究论文 | 本文描述了一种利用单细胞转录组数据中的细胞类型特异性信息来定制基因集的方法 | 提出了一种利用人类蛋白质图谱（HPA）单细胞类型图谱中的平均基因表达信息来计算细胞类型特异性基因和基因集权重的方法，以改进基因集测试的效力和可解释性 | NA | 改进单细胞转录组数据的基因集测试效力和可解释性 | 单细胞转录组数据中的基因集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 81种人类细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 286 | 2024-12-06 |
Single-cell RNA sequencing facilitates the elucidation of the complete biosynthesis of the antidepressant hyperforin in St. John's wort
2024-09-02, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2024.08.003
PMID:39135343
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了贯叶连翘中抗抑郁药物金丝桃素的完整生物合成途径 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出“Hyper细胞”，并鉴定出四种跨膜法尼基转移酶（HpPT1-4），完成了金丝桃素生物合成途径的完整重建 | NA | 揭示贯叶连翘中金丝桃素的完整生物合成途径 | 贯叶连翘中的金丝桃素生物合成 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 1.54 Gb的四倍体贯叶连翘基因组，组装成32条染色体 | NA | NA | NA | NA |
| 287 | 2024-11-27 |
Clustering-independent estimation of cell abundances in bulk tissues using single-cell RNA-seq data
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.06.527318
PMID:36798206
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ConDecon的聚类无关方法，用于从单细胞RNA-seq数据中估计批量组织中的细胞丰度 | ConDecon方法在表型分辨率和功能上相对于基于回归的方法有所改进，并且能够推断连续细胞过程如细胞分化或免疫细胞激活 | NA | 开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA-seq数据中推断批量组织中的细胞组成 | 单细胞RNA-seq数据和批量组织数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 288 | 2024-11-24 |
Targeting IL-33 reprograms the tumor microenvironment and potentiates antitumor response to anti-PD-L1 immunotherapy
2024-09-03, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009236
PMID:39231544
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研究论文 | 研究探讨了IL-33/ST2信号在PD-L1免疫治疗中的作用，并开发了sST2-Fc融合蛋白和双功能融合蛋白anti-PD-L1-sST2，以增强抗肿瘤效果 | 首次揭示了IL-33/ST2信号在PD-L1免疫治疗中的免疫抑制机制，并开发了新的融合蛋白策略以增强抗肿瘤效果 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在临床试验中验证其效果 | 探讨IL-33/ST2信号在PD-L1免疫治疗中的作用，并开发新的治疗策略以增强抗肿瘤效果 | IL-33/ST2信号、PD-L1抗体、sST2-Fc融合蛋白、双功能融合蛋白anti-PD-L1-sST2 | NA | 肺癌、结肠癌 | RNA测序、ELISA、WB、免疫荧光 | NA | RNA、蛋白质 | 小鼠肿瘤模型 | NA | NA | NA | NA |
| 289 | 2024-11-22 |
SIngle cell level Genotyping Using scRna Data (SIGURD)
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae604
PMID:39559832
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于单细胞RNA测序数据进行单细胞水平基因分型的R语言管道SIGURD | SIGURD能够结合体细胞和线粒体变异进行克隆分析，并进行功能分析，如检测克隆间的差异表达基因 | NA | 开发一种能够结合体细胞和线粒体变异进行单细胞RNA测序数据克隆分析的计算工具 | 单细胞RNA测序数据中的体细胞和线粒体变异 | 生物信息学 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自骨髓增殖性肿瘤患者的集落形成细胞的单细胞数据 | NA | NA | NA | NA |
| 290 | 2024-11-21 |
BFAST: joint dimension reduction and spatial clustering with Bayesian factor analysis for zero-inflated spatial transcriptomics data
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae594
PMID:39552067
|
研究论文 | 本文提出了一种名为BFAST的新方法，结合贝叶斯因子分析进行零膨胀空间转录组数据的降维和空间聚类 | BFAST方法在降维和空间聚类方面展示了卓越的性能，能够提取更多生物学上有意义的低维特征，从而提高聚类的准确性和精确度 | NA | 开发一种有效的方法来处理高噪声和缺失事件的空间转录组数据聚类问题 | 零膨胀空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 贝叶斯因子分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 291 | 2024-11-21 |
Revealing novel genomic insights and therapeutic targets for juvenile idiopathic arthritis through omics
2024-09-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keae078
PMID:38317060
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了幼年特发性关节炎（JIA）的新基因组见解和治疗靶点 | 发现了四个与JIA相关的新基因（CD247、RHOH、COLEC10和IRF8），并揭示了COLEC10与TNFRSF11B之间的新遗传联系，以及RHOH在正向胸腺细胞选择中的作用 | NA | 揭示幼年特发性关节炎的遗传基础和潜在治疗靶点 | 幼年特发性关节炎（JIA）的基因组和治疗靶点 | 基因组学 | 幼年特发性关节炎 | 全基因组关联研究（GWAS）、单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 4550例JIA病例和18446例对照 | NA | NA | NA | NA |
| 292 | 2024-11-20 |
Robust self-supervised learning strategy to tackle the inherent sparsity in single-cell RNA-seq data
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae586
PMID:39550222
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研究论文 | 本文提出了一种名为scRobust的鲁棒自监督学习策略，用于解决单细胞RNA测序数据中的固有稀疏性问题 | scRobust基于Transformer架构，采用对比学习和基因表达预测任务的组合策略，显著提高了细胞类型注释和转录组分析的准确性 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的稀疏性问题，提高细胞类型注释和转录组分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据和scATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), scATAC-seq | Transformer | 基因表达数据 | 九个基准数据集，额外的dropout场景和组合数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 293 | 2024-11-20 |
Tipping points in epithelial-mesenchymal lineages from single-cell transcriptomics data
2024-09-03, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2024.03.021
PMID:38504523
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研究论文 | 本文提出了一种利用单细胞转录组数据推断细胞谱系稳定性和基因调控网络的计算方法 | 该方法通过单细胞RNA测序数据中的未剪接和剪接计数以及细胞在谱系轨迹上的排序，训练了一个RNA剪接多元模型，并基于模型的雅可比矩阵的光谱分析推断细胞状态的稳定性 | NA | 研究细胞在复杂生物过程中的命运决策机制 | 卵巢癌和肺癌来源的细胞系中的上皮-间质转化过程 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | RNA剪接多元模型 | 转录组数据 | 卵巢癌和肺癌来源的细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 294 | 2024-11-20 |
Disruption of memory B-cell trafficking by belimumab in patients with systemic lupus erythematosus
2024-09-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keae286
PMID:38775637
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研究论文 | 研究探讨了贝利木单抗对系统性红斑狼疮患者记忆B细胞迁移的影响 | 首次深入分析了贝利木单抗对记忆B细胞的影响，揭示了其在治疗系统性红斑狼疮中的新机制 | 研究样本量较小，且仅限于特定的患者群体 | 探讨贝利木单抗对系统性红斑狼疮患者记忆B细胞的影响 | 系统性红斑狼疮患者的记忆B细胞 | NA | 系统性红斑狼疮 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据，转录组数据 | 1245名系统性红斑狼疮患者 | NA | NA | NA | NA |
| 295 | 2024-11-20 |
Spatiotemporal evolutionary process of osteosarcoma immune microenvironment remodeling and C1QBP-driven drug resistance deciphered through single-cell multi-dimensional analysis
2024-Sep, Bioengineering & translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/btm2.10654
PMID:39553438
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研究论文 | 本研究通过单细胞多维分析揭示了骨肉瘤免疫微环境重塑的时空演化过程及C1QBP驱动的药物抗性机制 | 本研究首次整合了多个单细胞RNA测序数据集，构建了骨肉瘤微环境的全面图谱，并发现了C1QBP在骨肉瘤中的重要作用及其与药物抗性的关联 | NA | 探索骨肉瘤发生和进展的内在机制 | 骨肉瘤的免疫微环境及C1QBP在其中的作用 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个单细胞RNA测序数据集及批量RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 296 | 2024-11-17 |
SpaDiT: diffusion transformer for spatial gene expression prediction using scRNA-seq
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae571
PMID:39508444
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SpaDiT的深度学习框架，用于利用scRNA-seq数据进行空间基因表达预测 | SpaDiT通过使用scRNA-seq数据作为先验条件，并利用ST和scRNA-seq数据之间的共享基因作为潜在表示来构建输入，从而提高了空间基因表达预测的准确性 | NA | 解决空间转录组学数据中未检测到的基因数量多，应用价值有限的问题 | 空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | Transformer | 基因表达数据 | 涉及多种空间转录组学数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 297 | 2024-11-17 |
Graph domain adaptation-based framework for gene expression enhancement and cell type identification in large-scale spatially resolved transcriptomics
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae576
PMID:39508445
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于图域适应的深度学习框架SpaGDA，用于增强大规模空间转录组学中的基因表达和细胞类型识别 | SpaGDA通过从参考单细胞RNA测序数据中无偏地转移知识，实现了基因表达插补和细胞类型识别的双重功能 | NA | 克服当前空间转录组学技术在基因检测灵敏度和基因通量方面的限制，提供更精确的生物学过程或疾病发展洞察 | 空间转录组学数据中的基因表达和细胞类型 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 图域适应框架 | 转录组数据 | 涉及多个空间转录组学数据集和三种不同生物学背景的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 298 | 2024-11-17 |
Deciphering lineage-relevant gene regulatory networks during endoderm formation by InPheRNo-ChIP
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae592
PMID:39535258
|
研究论文 | 开发了一种名为InPheRNo-ChIP的计算框架，用于整合多模态数据以重建与内胚层发育相关的表型相关基因调控网络 | InPheRNo-ChIP直接在基因调控网络推断过程中整合表型信息，能够区分谱系特异性和普遍的调控相互作用 | NA | 揭示早期人类胚胎发生过程中调控内胚层形成的基因调控网络 | 人类胚胎干细胞向内胚层的分化过程 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, ChIP-seq | 概率图模型 | 多模态数据 | 三个实验研究的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 299 | 2024-11-17 |
Identifying cell types by lasso-constraint regularized Gaussian graphical model based on weighted distance penalty
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae572
PMID:39541187
|
研究论文 | 本文提出了一种基于加权距离惩罚的Lasso约束正则化高斯图模型的新算法框架WLGG，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别 | 引入加权距离惩罚项和高斯核函数，捕捉非线性信息；使用Lasso约束增强模型捕捉线性数据特征的能力；利用Eigengap策略预测细胞类型数量 | 未提及 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 高斯图模型 | 基因表达数据 | 14个测试数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 300 | 2024-11-17 |
SpaGIC: graph-informed clustering in spatial transcriptomics via self-supervised contrastive learning
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae578
PMID:39541189
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaGIC的新型图神经网络框架，结合图卷积网络和自监督对比学习技术，用于空间转录组学中的聚类分析 | SpaGIC通过最大化图结构中的边和局部邻域的互信息，以及最小化空间相邻点的嵌入距离，学习有意义的潜在嵌入 | NA | 开发一种新的深度学习框架，以更有效地利用空间转录组学中的基因和空间数据，准确识别空间域 | 空间转录组学数据中的空间域识别、数据去噪、可视化和轨迹推断 | 机器学习 | NA | 图卷积网络、自监督对比学习 | 图神经网络 | 基因表达数据 | 七个空间转录组学数据集 | NA | NA | NA | NA |