单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2024-10-16	Screening of potential drugs for the treatment of diabetic kidney disease using single-cell transcriptome sequencing and connectivity map data 2024-09-17, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150263 PMID:38905995	研究论文	利用单细胞转录组测序数据和连接图谱数据库筛选糖尿病肾病潜在治疗药物	结合单细胞转录组测序和连接图谱数据库筛选糖尿病肾病潜在治疗药物	需要进一步的临床试验验证筛选出的药物疗效	探索利用单细胞转录组测序数据和连接图谱数据库筛选糖尿病肾病潜在治疗药物的可行性	糖尿病肾病及其相关药物筛选	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	糖尿病肾病小鼠模型和细胞实验
282	2024-10-15	Somatic mitochondrial DNA mutations are a source of heterogeneity among primary leukemic cells 2024-Sep-27, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.09.26.24314381 PMID:39398996	研究论文	本研究探讨了体细胞线粒体DNA（mtDNA）突变在儿童白血病中的异质性来源及其生物学意义	通过整合单细胞测序（SCS）与数学建模和网络系统生物学方法，揭示了肿瘤富集的mtDNA突变与细胞状态变化之间的关联	研究主要基于两个儿童癌症患者队列的批量全基因组测序数据，样本量有限	探讨体细胞线粒体DNA突变在白血病细胞中的异质性及其生物学意义	儿童白血病患者的肿瘤和正常样本	数字病理学	白血病	单细胞测序（SCS）	数学建模	基因组数据	两个儿童癌症患者队列的匹配肿瘤和正常样本
283	2024-10-13	Revealing a cancer-associated fibroblast-based risk signature for pancreatic adenocarcinoma through single-cell and bulk RNA-seq analysis 2024-Sep-26, Aging DOI:10.18632/aging.206043 PMID:39332020	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序分析揭示胰腺腺癌中基于癌症相关成纤维细胞的风险特征	首次探索了癌症相关成纤维细胞（CAF）在胰腺腺癌（PAAD）中的预后意义，并构建了一个基于CAF的七基因风险特征	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在数据偏差和样本量不足的问题	探索胰腺腺癌中癌症相关成纤维细胞的预后意义，并构建预测模型	胰腺腺癌中的癌症相关成纤维细胞及其相关基因	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序	LASSO回归和诺模图模型	RNA测序数据和微阵列数据	TCGA-PAAD队列中的正常和肿瘤样本，以及GSE155698数据集中的单细胞RNA测序数据
284	2024-10-13	BootCellNet, a resampling-based procedure, promotes unsupervised identification of cell populations via robust inference of gene regulatory networks 2024-Sep, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012480 PMID:39348410	研究论文	本文介绍了一种名为BootCellNet的新方法，通过平滑和重采样技术推断基因调控网络（GRN），并进一步推断最小支配集（MDS），以促进单细胞RNA测序数据的无监督细胞群识别	BootCellNet通过平滑和重采样技术推断GRN和MDS，提供了一种无监督且可解释的细胞类型识别方法	NA	开发一种新的数据分析方法，用于细胞类型识别和基因调控网络推断	单细胞RNA测序数据中的细胞群和基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	外周血单核细胞和造血干细胞的scRNA-seq数据，以及COVID-19患者的细胞数据
285	2024-10-12	Developmental emergence of first- and higher-order thalamic neuron molecular identities 2024-Sep-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202764 PMID:39348458	研究论文	研究了发育过程中丘脑神经元分子身份的形成，特别是第一级和高级神经元的分化过程	首次揭示了高级神经元比第一级神经元更早开始分化的现象，并发现外周输入对第一级视觉丘脑兴奋性神经元的成熟至关重要	研究仅限于小鼠胚胎丘脑，未涉及其他物种或成年丘脑	探讨丘脑神经元在发育过程中分子身份的形成机制	小鼠胚胎丘脑中的第一级和高级神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠胚胎丘脑的单细胞RNA测序数据
286	2024-10-12	Targeting POLRMT by IMT1 inhibits colorectal cancer cell growth 2024-Sep-03, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-07023-8 PMID:39227564	研究论文	研究探讨了新型线粒体RNA聚合酶（POLRMT）抑制剂IMT1在抑制结直肠癌（CRC）细胞生长中的潜力	首次研究了IMT1作为POLRMT抑制剂在结直肠癌中的抗肿瘤活性	研究主要在细胞和动物模型中进行，尚未进行临床试验	探讨IMT1抑制POLRMT在结直肠癌中的抗肿瘤作用	结直肠癌细胞和组织	癌症研究	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括原代和永生化结直肠癌细胞，以及裸鼠模型
287	2024-10-12	Apelin (APLN) is a biomarker contributing to the diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma 2024-09-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-71495-z PMID:39227683	研究论文	本研究开发了用于肝细胞癌（HCC）诊断和预后的新型模型，并鉴定了新的生物标志物Apelin（APLN）	本研究首次将Apelin（APLN）鉴定为肝细胞癌的生物标志物，并开发了基于机器学习算法的诊断和预后模型	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，未涉及临床验证	开发新型诊断和预后模型，并鉴定新的肝细胞癌生物标志物	肝细胞癌（HCC）及其生物标志物Apelin（APLN）	数字病理学	肝癌	单细胞测序	LASSO和Cox回归算法	基因表达数据	基于TCGA数据库的数据，具体样本数量未明确提及
288	2024-10-12	Prostate cancer cancer-associated fibroblasts with stable markers post-androgen deprivation therapy associated with tumor progression and castration resistant prostate cancer 2024-Sep, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16267 PMID:38970292	研究论文	研究了前列腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的特异性及其在雄激素剥夺治疗（ADT）后的临床相关性	通过细胞谱系多样性和加权基因共表达网络分析（WGCNA）确定了前列腺癌特有的CAF特征，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞系RNA测序和免疫组化验证了其特异性	NA	阐明前列腺癌中CAFs的特异性及其在ADT后的影响	前列腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在雄激素剥夺治疗（ADT）后的变化	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、免疫组化	NA	RNA	收集的样本数量未明确提及
289	2024-10-11	Spatial transcriptomics reveals modulation of transcriptional networks across brain regions after auditory threat conditioning 2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.614979 PMID:39386587	研究论文	研究通过空间转录组学分析揭示了听觉威胁条件反射后大脑区域间转录网络的调节	首次通过空间转录组学技术全面分析了听觉威胁条件反射后大脑区域间的基因表达差异及其转录连接性	研究仅限于小鼠模型，且样本量较小，可能影响结果的普适性	探讨听觉威胁条件反射后大脑区域间的基因表达变化及其转录网络的调节	小鼠大脑的皮质和皮质下区域	基因组学	NA	空间转录组学 RNAseq 分析	NA	基因表达数据	小鼠样本
290	2024-10-11	ELLA: Modeling Subcellular Spatial Variation of Gene Expression within Cells in High-Resolution Spatial Transcriptomics 2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.23.614515 PMID:39386706	研究论文	介绍了一种名为subcellular expression localization analysis (ELLA)的计算方法，用于建模高分辨率空间转录组学中的mRNA亚细胞定位和检测显示细胞内空间变异的基因	ELLA创建了一个统一的细胞坐标系统来锚定不同的细胞形状和形态，利用非均匀泊松过程建模空间计数数据，利用表达梯度函数表征亚细胞表达模式，并有效控制I类错误和高统计功效	NA	建模高分辨率空间转录组学中的mRNA亚细胞定位和检测显示细胞内空间变异的基因	mRNA的亚细胞定位和显示细胞内空间变异的基因	空间转录组学	NA	非均匀泊松过程	NA	空间转录组数据	四个来自不同技术的空间转录组数据集
291	2024-10-11	Collaborative Structure-Preserved Missing Data Imputation for Single-Cell RNA-Seq Clustering 2024 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3404013 PMID:38776196	研究论文	本文介绍了一种名为ColImpute的协作结构保持缺失数据插补方法，用于单细胞RNA-seq聚类分析	本文提出了一种新的协作结构保持缺失数据插补方法ColImpute，通过集成聚类结构保持插补模块和子空间聚类模块，实现了缺失数据插补和细胞亚型识别的协同训练	NA	提高单细胞RNA-seq数据中缺失值插补的准确性，并改善细胞类型识别的效果	单细胞RNA-seq数据中的缺失值插补和细胞类型识别	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
292	2024-10-11	scVSC: Deep Variational Subspace Clustering for Single-Cell Transcriptome Data 2024 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3405731 PMID:38801694	研究论文	提出了一种基于深度表示神经网络的无监督聚类算法scVSC，用于单细胞转录组数据分析	将变分推断引入子空间模型，对潜在空间施加正则化约束，防止过拟合	未提及	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和运行效率	单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度变分子空间聚类模型	转录组数据	多个数据集
293	2024-10-11	scATAcat: cell-type annotation for scATAC-seq data 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae135 PMID:39380946	研究论文	提出了一种名为scATAcat的新方法，利用批量ATAC-seq数据作为原型来注释scATAC-seq数据	scATAcat方法的创新之处在于利用已知的批量ATAC-seq数据作为原型，而不是依赖基因表达模式	文章未明确提及scATAcat方法的局限性	开发一种新的方法来注释scATAC-seq数据中的细胞类型	scATAC-seq数据中的细胞类型	生物信息学	NA	scATAC-seq	NA	scATAC-seq数据	多个数据集，具体样本数量未明确提及
294	2024-10-10	Clinical cell-surface targets in metastatic and primary solid cancers 2024-Sep-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.183674 PMID:39315546	研究论文	研究了转移性和原发性实体癌中细胞表面靶点的表达情况	首次整合了大量RNA-seq和微阵列数据，包括良性样本、原发性肿瘤样本和转移性肿瘤样本，并利用单细胞RNA-seq数据分析了肿瘤的异质性	依赖于现有数据集，可能存在数据偏差	探讨细胞表面靶点在转移性和原发性实体癌中的表达情况，并评估其在治疗中的潜在应用	细胞表面靶点在不同类型癌症中的表达情况	数字病理学	NA	RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA-seq	NA	RNA, 蛋白质	7,927个良性样本, 16,866个原发性肿瘤样本, 6,124个转移性肿瘤样本, 36个良性组织, 558个原发性和转移性肿瘤样本, 29个良性组织样本, 1,075个肿瘤样本, 942个细胞系
295	2024-10-10	scDFN: enhancing single-cell RNA-seq clustering with deep fusion networks 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae486 PMID:39373051	研究论文	介绍了一种名为scDFN的新型深度学习算法，用于增强单细胞RNA测序数据的聚类效果	scDFN算法通过融合网络策略，结合自编码器和改进的图自编码器，以及三重自监督策略和四种联合损失函数，显著提升了单细胞RNA测序数据的聚类效果	NA	提升单细胞RNA测序数据的聚类效果	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习模型	基因表达数据	多个数据集
296	2024-10-10	Single-cell RNA sequencing of pediatric Hodgkin lymphoma to study the inhibition of T cell subtypes 2024-Sep, HemaSphere IF:7.6Q1 DOI:10.1002/hem3.149 PMID:39233904	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了儿童霍奇金淋巴瘤中的T细胞亚型抑制机制	本研究首次通过单细胞RNA测序技术识别了霍奇金和里德-斯特恩伯格细胞中过表达的细胞表面蛋白基因，并发现了潜在的T细胞抑制相互作用	研究结果显示患者和肿瘤组织区域之间存在显著的相互作用强度变异性，这可能影响治疗效果	旨在通过单细胞RNA测序技术识别儿童霍奇金淋巴瘤中的新治疗靶点	儿童经典霍奇金淋巴瘤中的霍奇金和里德-斯特恩伯格细胞及其周围的免疫细胞	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个儿童霍奇金淋巴瘤患者的肿瘤样本
297	2024-10-09	COFFEE: consensus single cell-type specific inference for gene regulatory networks 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae457 PMID:39311699	研究论文	本文介绍了一种基于Borda投票的共识算法COFFEE，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	COFFEE算法通过整合10种已建立的基因调控网络推断方法，提高了在合成、精选和实验数据集上的性能	COFFEE算法目前仅在10种算法上进行了基准测试，未来可能需要扩展到更多算法	开发一种适用于单细胞RNA测序数据的共识基因调控网络推断方法	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	共识算法	基因调控网络	NA
298	2024-10-09	Application of Unsupervised Multi-Omic Factor Analysis to Uncover Patterns of Variation and Molecular Processes Linked to Cardiovascular Disease 2024-Sep-20, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66659 PMID:39373483	研究论文	本文展示了一种无监督的多组学因子分析方法，用于揭示与心血管疾病相关的变异模式和分子过程	本文提出了多组学因子分析（MOFA）方法，用于无监督地分析复杂的多组学数据集，揭示主要的变异轴和相关的分子特征	本文主要集中在心血管疾病的急性冠状动脉综合征和慢性冠状动脉综合征，未涵盖其他疾病类型	研究目的是通过多组学数据分析，揭示与心血管疾病相关的分子过程和变异模式	研究对象包括急性冠状动脉综合征和慢性冠状动脉综合征患者的血液样本	生物信息学	心血管疾病	多组学因子分析（MOFA）	NA	多组学数据	多个患者的血液样本，包括不同时间点的测量数据
299	2024-10-09	The aminophospholipid transporter, ATP8B3, as a potential biomarker and target for enhancing the therapeutic effect of PD-L1 blockade in colon adenocarcinoma 2024-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110907 PMID:39074670	研究论文	研究探讨了ATP8B3作为结肠腺癌潜在生物标志物和靶点，以增强PD-L1阻断疗法的疗效	发现ATP8B3在MSI-H结肠腺癌患者中与PD-L1表达相关，抑制ATP8B3可增加PD-L1疗法的敏感性	研究主要集中在MSI-H亚型，MSS亚型的结果有限	探索ATP8B3在结肠腺癌中的作用，评估其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	结肠腺癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	结肠腺癌	单细胞RNA测序、bulk RNA测序、siRNA、shRNA、western blot分析、流式细胞术	NA	RNA	使用TCGA和GEO数据库中的数据，具体样本数量未明确提及
300	2024-10-09	Exploring public cancer gene expression signatures across bulk, single-cell and spatial transcriptomics data with signifinder Bioconductor package 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae138 PMID:39363890	研究论文	本文介绍了一个名为signifinder的R Bioconductor包，用于在批量、单细胞和空间转录组数据中探索和使用公共癌症基因表达特征	开发了signifinder包，整合了批量、单细胞和空间转录组数据中的癌症基因表达特征，提供了一个全面的框架来解释高分辨率数据并解决肿瘤复杂性	NA	探索癌症机制、定义亚型、预测预后和评估治疗效果	癌症基因表达特征在批量、单细胞和空间转录组数据中的应用	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA