单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2024-10-12	Targeting POLRMT by IMT1 inhibits colorectal cancer cell growth 2024-Sep-03, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-07023-8 PMID:39227564	研究论文	研究探讨了新型线粒体RNA聚合酶（POLRMT）抑制剂IMT1在抑制结直肠癌（CRC）细胞生长中的潜力	首次研究了IMT1作为POLRMT抑制剂在结直肠癌中的抗肿瘤活性	研究主要在细胞和动物模型中进行，尚未进行临床试验	探讨IMT1抑制POLRMT在结直肠癌中的抗肿瘤作用	结直肠癌细胞和组织	癌症研究	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括原代和永生化结直肠癌细胞，以及裸鼠模型
262	2024-10-12	Apelin (APLN) is a biomarker contributing to the diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma 2024-09-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-71495-z PMID:39227683	研究论文	本研究开发了用于肝细胞癌（HCC）诊断和预后的新型模型，并鉴定了新的生物标志物Apelin（APLN）	本研究首次将Apelin（APLN）鉴定为肝细胞癌的生物标志物，并开发了基于机器学习算法的诊断和预后模型	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，未涉及临床验证	开发新型诊断和预后模型，并鉴定新的肝细胞癌生物标志物	肝细胞癌（HCC）及其生物标志物Apelin（APLN）	数字病理学	肝癌	单细胞测序	LASSO和Cox回归算法	基因表达数据	基于TCGA数据库的数据，具体样本数量未明确提及
263	2024-10-12	Prostate cancer cancer-associated fibroblasts with stable markers post-androgen deprivation therapy associated with tumor progression and castration resistant prostate cancer 2024-Sep, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16267 PMID:38970292	研究论文	研究了前列腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的特异性及其在雄激素剥夺治疗（ADT）后的临床相关性	通过细胞谱系多样性和加权基因共表达网络分析（WGCNA）确定了前列腺癌特有的CAF特征，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞系RNA测序和免疫组化验证了其特异性	NA	阐明前列腺癌中CAFs的特异性及其在ADT后的影响	前列腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在雄激素剥夺治疗（ADT）后的变化	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、免疫组化	NA	RNA	收集的样本数量未明确提及
264	2024-10-11	Spatial transcriptomics reveals modulation of transcriptional networks across brain regions after auditory threat conditioning 2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.614979 PMID:39386587	研究论文	研究通过空间转录组学分析揭示了听觉威胁条件反射后大脑区域间转录网络的调节	首次通过空间转录组学技术全面分析了听觉威胁条件反射后大脑区域间的基因表达差异及其转录连接性	研究仅限于小鼠模型，且样本量较小，可能影响结果的普适性	探讨听觉威胁条件反射后大脑区域间的基因表达变化及其转录网络的调节	小鼠大脑的皮质和皮质下区域	基因组学	NA	空间转录组学 RNAseq 分析	NA	基因表达数据	小鼠样本
265	2024-10-11	ELLA: Modeling Subcellular Spatial Variation of Gene Expression within Cells in High-Resolution Spatial Transcriptomics 2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.23.614515 PMID:39386706	研究论文	介绍了一种名为subcellular expression localization analysis (ELLA)的计算方法，用于建模高分辨率空间转录组学中的mRNA亚细胞定位和检测显示细胞内空间变异的基因	ELLA创建了一个统一的细胞坐标系统来锚定不同的细胞形状和形态，利用非均匀泊松过程建模空间计数数据，利用表达梯度函数表征亚细胞表达模式，并有效控制I类错误和高统计功效	NA	建模高分辨率空间转录组学中的mRNA亚细胞定位和检测显示细胞内空间变异的基因	mRNA的亚细胞定位和显示细胞内空间变异的基因	空间转录组学	NA	非均匀泊松过程	NA	空间转录组数据	四个来自不同技术的空间转录组数据集
266	2024-10-11	Collaborative Structure-Preserved Missing Data Imputation for Single-Cell RNA-Seq Clustering 2024 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3404013 PMID:38776196	研究论文	本文介绍了一种名为ColImpute的协作结构保持缺失数据插补方法，用于单细胞RNA-seq聚类分析	本文提出了一种新的协作结构保持缺失数据插补方法ColImpute，通过集成聚类结构保持插补模块和子空间聚类模块，实现了缺失数据插补和细胞亚型识别的协同训练	NA	提高单细胞RNA-seq数据中缺失值插补的准确性，并改善细胞类型识别的效果	单细胞RNA-seq数据中的缺失值插补和细胞类型识别	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
267	2024-10-11	IMPLICATIONS OF YWHAH GENE EXPRESSION IN THE EARLY DETECTION OF SEPSIS 2024-Sep-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002409 PMID:38904460	研究论文	研究探讨了YWHAH基因在脓毒症早期检测中的表达及其潜在意义	首次发现YWHAH基因在感染和脓毒症患者中的表达差异，可能为脓毒症的早期检测和治疗提供新思路	研究主要基于公共单细胞转录组数据库和体外实验，缺乏临床样本的验证	探讨YWHAH基因在脓毒症早期检测中的潜在作用	YWHAH基因在感染和脓毒症患者中的表达	NA	脓毒症	实时聚合酶链反应	NA	转录组数据	NA
268	2024-10-11	scVSC: Deep Variational Subspace Clustering for Single-Cell Transcriptome Data 2024 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3405731 PMID:38801694	研究论文	提出了一种基于深度表示神经网络的无监督聚类算法scVSC，用于单细胞转录组数据分析	将变分推断引入子空间模型，对潜在空间施加正则化约束，防止过拟合	未提及	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和运行效率	单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度变分子空间聚类模型	转录组数据	多个数据集
269	2024-10-11	scATAcat: cell-type annotation for scATAC-seq data 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae135 PMID:39380946	研究论文	提出了一种名为scATAcat的新方法，利用批量ATAC-seq数据作为原型来注释scATAC-seq数据	scATAcat方法的创新之处在于利用已知的批量ATAC-seq数据作为原型，而不是依赖基因表达模式	文章未明确提及scATAcat方法的局限性	开发一种新的方法来注释scATAC-seq数据中的细胞类型	scATAC-seq数据中的细胞类型	生物信息学	NA	scATAC-seq	NA	scATAC-seq数据	多个数据集，具体样本数量未明确提及
270	2024-10-10	Clinical cell-surface targets in metastatic and primary solid cancers 2024-Sep-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.183674 PMID:39315546	研究论文	研究了转移性和原发性实体癌中细胞表面靶点的表达情况	首次整合了大量RNA-seq和微阵列数据，包括良性样本、原发性肿瘤样本和转移性肿瘤样本，并利用单细胞RNA-seq数据分析了肿瘤的异质性	依赖于现有数据集，可能存在数据偏差	探讨细胞表面靶点在转移性和原发性实体癌中的表达情况，并评估其在治疗中的潜在应用	细胞表面靶点在不同类型癌症中的表达情况	数字病理学	NA	RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA-seq	NA	RNA, 蛋白质	7,927个良性样本, 16,866个原发性肿瘤样本, 6,124个转移性肿瘤样本, 36个良性组织, 558个原发性和转移性肿瘤样本, 29个良性组织样本, 1,075个肿瘤样本, 942个细胞系
271	2024-10-10	scDFN: enhancing single-cell RNA-seq clustering with deep fusion networks 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae486 PMID:39373051	研究论文	介绍了一种名为scDFN的新型深度学习算法，用于增强单细胞RNA测序数据的聚类效果	scDFN算法通过融合网络策略，结合自编码器和改进的图自编码器，以及三重自监督策略和四种联合损失函数，显著提升了单细胞RNA测序数据的聚类效果	NA	提升单细胞RNA测序数据的聚类效果	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习模型	基因表达数据	多个数据集
272	2024-10-10	Single-cell RNA sequencing of pediatric Hodgkin lymphoma to study the inhibition of T cell subtypes 2024-Sep, HemaSphere IF:7.6Q1 DOI:10.1002/hem3.149 PMID:39233904	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了儿童霍奇金淋巴瘤中的T细胞亚型抑制机制	本研究首次通过单细胞RNA测序技术识别了霍奇金和里德-斯特恩伯格细胞中过表达的细胞表面蛋白基因，并发现了潜在的T细胞抑制相互作用	研究结果显示患者和肿瘤组织区域之间存在显著的相互作用强度变异性，这可能影响治疗效果	旨在通过单细胞RNA测序技术识别儿童霍奇金淋巴瘤中的新治疗靶点	儿童经典霍奇金淋巴瘤中的霍奇金和里德-斯特恩伯格细胞及其周围的免疫细胞	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个儿童霍奇金淋巴瘤患者的肿瘤样本
273	2024-10-09	COFFEE: consensus single cell-type specific inference for gene regulatory networks 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae457 PMID:39311699	研究论文	本文介绍了一种基于Borda投票的共识算法COFFEE，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	COFFEE算法通过整合10种已建立的基因调控网络推断方法，提高了在合成、精选和实验数据集上的性能	COFFEE算法目前仅在10种算法上进行了基准测试，未来可能需要扩展到更多算法	开发一种适用于单细胞RNA测序数据的共识基因调控网络推断方法	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	共识算法	基因调控网络	NA
274	2024-10-09	Scalable and unsupervised discovery from raw sequencing reads using SPLASH2 2024-Sep-23, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02381-2 PMID:39313645	研究论文	介绍了一种基于高效k-mer计数方法的SPLASH2实现，用于大规模数据集中调控序列变异的检测	提出了SPLASH2，这是一种快速、可扩展的SPLASH实现，适用于多种测序技术和生物背景	NA	开发一种可扩展且无监督的方法，用于从原始测序读取中发现序列变异	单细胞RNA测序数据和来自癌症细胞系百科全书的bulk RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	序列数据	包括单细胞RNA测序数据和bulk RNA-seq数据
275	2024-10-09	Application of Unsupervised Multi-Omic Factor Analysis to Uncover Patterns of Variation and Molecular Processes Linked to Cardiovascular Disease 2024-Sep-20, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66659 PMID:39373483	研究论文	本文展示了一种无监督的多组学因子分析方法，用于揭示与心血管疾病相关的变异模式和分子过程	本文提出了多组学因子分析（MOFA）方法，用于无监督地分析复杂的多组学数据集，揭示主要的变异轴和相关的分子特征	本文主要集中在心血管疾病的急性冠状动脉综合征和慢性冠状动脉综合征，未涵盖其他疾病类型	研究目的是通过多组学数据分析，揭示与心血管疾病相关的分子过程和变异模式	研究对象包括急性冠状动脉综合征和慢性冠状动脉综合征患者的血液样本	生物信息学	心血管疾病	多组学因子分析（MOFA）	NA	多组学数据	多个患者的血液样本，包括不同时间点的测量数据
276	2024-10-09	The aminophospholipid transporter, ATP8B3, as a potential biomarker and target for enhancing the therapeutic effect of PD-L1 blockade in colon adenocarcinoma 2024-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110907 PMID:39074670	研究论文	研究探讨了ATP8B3作为结肠腺癌潜在生物标志物和靶点，以增强PD-L1阻断疗法的疗效	发现ATP8B3在MSI-H结肠腺癌患者中与PD-L1表达相关，抑制ATP8B3可增加PD-L1疗法的敏感性	研究主要集中在MSI-H亚型，MSS亚型的结果有限	探索ATP8B3在结肠腺癌中的作用，评估其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	结肠腺癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	结肠腺癌	单细胞RNA测序、bulk RNA测序、siRNA、shRNA、western blot分析、流式细胞术	NA	RNA	使用TCGA和GEO数据库中的数据，具体样本数量未明确提及
277	2024-10-09	Exploring public cancer gene expression signatures across bulk, single-cell and spatial transcriptomics data with signifinder Bioconductor package 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae138 PMID:39363890	研究论文	本文介绍了一个名为signifinder的R Bioconductor包，用于在批量、单细胞和空间转录组数据中探索和使用公共癌症基因表达特征	开发了signifinder包，整合了批量、单细胞和空间转录组数据中的癌症基因表达特征，提供了一个全面的框架来解释高分辨率数据并解决肿瘤复杂性	NA	探索癌症机制、定义亚型、预测预后和评估治疗效果	癌症基因表达特征在批量、单细胞和空间转录组数据中的应用	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
278	2024-10-08	RNA Sequencing Reveals a Strong Predominance of THRA Splicing Isoform 2 in the Developing and Adult Human Brain 2024-Sep-13, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25189883 PMID:39337374	研究论文	研究通过RNA测序分析了人类大脑发育和成年期THRA剪接异构体2的表达情况	首次在健康人体组织和发育中的大脑中研究了THRA1和THRA2剪接异构体的表达模式	研究仅限于RNA测序数据，未涉及蛋白质水平的验证	探讨THRA剪接异构体在人类大脑发育和成年期的表达模式	THRA1和THRA2剪接异构体在人类大脑和中枢神经系统的表达	基因表达	NA	RNA测序	NA	RNA	四个bulk RNA-seq数据集和两个scRNA-seq数据集
279	2024-10-08	Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology 2024-09-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000387 PMID:37002587	综述	本文综述了单细胞和空间转录组学技术在肝脏生物学中的应用，涵盖了肝脏稳态、发育、再生、慢性肝病和癌症等方面的关键生物学见解	本文介绍了肝脏细胞图谱的最新进展，包括细胞组成的全面特征、多样性和功能、空间结构如肝脏分区、细胞通信和邻近关系、细胞身份转换和与肝脏病理相关的细胞特异性改变，以及新的治疗靶点	本文讨论了当前研究中的突出挑战，并提出了先进的实验技术和计算方法来解决这些挑战	综述单细胞和空间转录组学技术在肝脏生物学中的应用，并讨论相关技术的进展和挑战	肝脏稳态、发育、再生、慢性肝病和癌症	基因组学	肝病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
280	2024-10-08	Deciphering cellular heterogeneity in Spodoptera frugiperda midgut cell line through single cell RNA sequencing 2024-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110898 PMID:39047877	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了秋粘虫中肠细胞系的细胞异质性	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了秋粘虫中肠细胞系的细胞异质性，并鉴定了多种细胞类型及其特异性标记基因	NA	揭示秋粘虫中肠细胞系的细胞异质性，并研究呼吸和肠道膜杀虫剂靶标基因的表达	秋粘虫中肠细胞系SfMG-0617的细胞异质性	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	18,794个细胞