单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 638 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2024-10-24 |
INSPIRE: interpretable, flexible and spatially-aware integration of multiple spatial transcriptomics datasets from diverse sources
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614539
PMID:39386646
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研究论文 | 本文介绍了一种名为INSPIRE的深度学习方法，用于整合来自不同来源的多个空间转录组数据集 | INSPIRE结合了图神经网络和对抗学习机制，实现了对不同来源数据的空间感知和适应性整合，并通过非负矩阵分解揭示了可解释的空间因子及其相关基因程序 | NA | 解决来自不同样本、技术和发育阶段的空间转录组数据的有效整合和解释问题 | 人类皮质切片、小鼠脑切片、小鼠海马体和胚胎切片以及包含五十万个空间点的时空器官发生图谱 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 图神经网络、对抗学习机制 | 空间转录组数据 | 人类皮质切片、小鼠脑切片、小鼠海马体和胚胎切片以及包含五十万个空间点的时空器官发生图谱 |
| 262 | 2024-10-24 |
Deconvolving organogenesis in space and time via spatial transcriptomics in thick tissues
2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.24.614640
PMID:39386671
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研究论文 | 本文开发了一种名为3DEEP的组织清除和空间转录组学策略，用于分析厚度达400 µm的组织块，并成功捕捉了12小时龄小鼠皮肤中371个处于不同发育阶段的毛囊的转录组数据 | 本文首次通过空间转录组学技术，对毛囊发育过程中的时空景观进行了四维分析，揭示了毛囊发育的分子阶段和结构出现的顺序 | 研究仅基于单个时间点的数据，未来需要更多时间点的数据以全面理解毛囊发育的动态过程 | 通过空间转录组学技术解析毛囊发育的时空景观 | 小鼠皮肤中的毛囊 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 12小时龄小鼠皮肤中的371个毛囊，包含6百万个转录本和81个基因 |
| 263 | 2024-10-24 |
Craters on the melanoma surface facilitate tumor-immune interactions and demonstrate pathologic response to checkpoint blockade in humans
2024-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.18.613595
PMID:39345527
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研究论文 | 研究通过长期体内成像和高分辨率空间转录组学分析，揭示了黑色素瘤表面的火山口状结构在免疫治疗中的作用 | 首次发现黑色素瘤表面的火山口状结构富含β2微球蛋白和抗原识别分子，这些结构在免疫治疗中起到关键作用，并可能成为预测免疫治疗效果的新诊断工具 | 研究主要基于斑马鱼和人类黑色素瘤样本，可能需要进一步验证在其他癌症类型中的适用性 | 探讨黑色素瘤表面的火山口状结构在免疫治疗中的作用及其作为新诊断工具的潜力 | 斑马鱼和人类黑色素瘤样本 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 高分辨率空间转录组学 | NA | 图像 | 斑马鱼和人类黑色素瘤样本 |
| 264 | 2024-10-24 |
Epigenomic, transcriptomic and proteomic characterizations of reference samples
2024-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612110
PMID:39314461
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研究论文 | 本文通过多种下一代测序技术对参考样本进行了表观基因组、转录组和蛋白质组的全面分析 | 本文首次提供了包含表观基因组和蛋白质组数据的全面参考材料，并揭示了CG富集区域与开放染色质、低甲基化和基因及蛋白质高表达之间的关系 | 本文主要集中在两个细胞系的研究，未来需要扩展到更多类型的细胞和组织 | 提供高质量的参考材料，用于验证和基准测试各种组学分析方法和生物信息学方法 | 乳腺癌细胞系和B细胞系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 下一代测序技术（NGS），包括ATAC-seq、Methyl-seq、RNA-seq和蛋白质组分析 | NA | 基因组数据、表观基因组数据、转录组数据和蛋白质组数据 | 两个细胞系，包括乳腺癌细胞系和B细胞系 |
| 265 | 2024-10-24 |
Epigenetic adaptation drives monocyte differentiation into microglia-like cells upon engraftment into the retina
2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612126
PMID:39314467
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研究论文 | 研究探讨了移植到视网膜中的单核细胞如何通过表观遗传适应分化为类似小胶质细胞的细胞 | 首次展示了移植到视网膜中的单核细胞通过表观遗传和转录变化表达出类似小胶质细胞的特征 | 研究主要集中在视网膜环境中的单核细胞，未来研究需要扩展到其他中枢神经系统病理情况 | 探讨单核细胞在中枢神经系统中的分化和功能 | 单核细胞和小胶质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序、ATAC-seq、流式细胞术、免疫组化 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 266 | 2024-10-24 |
Hyperedge Representations with Hypergraph Wavelets: Applications to Spatial Transcriptomics
2024-Sep-14, ArXiv
PMID:39314512
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研究论文 | 本文介绍了超图扩散小波及其在空间转录组学中的应用 | 引入了超图扩散小波，并展示了其在捕捉复杂交互中的优势 | NA | 探索超图在空间转录组学中的应用 | 超图扩散小波在阿尔茨海默病相关细胞微环境中的表示 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | NA | NA | 转录组数据 | NA |
| 267 | 2024-10-24 |
Inferring cell differentiation maps from lineage tracing data
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.611835
PMID:39314473
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研究论文 | 本文介绍了一种基于潜能概念的细胞分化图谱数学框架，并开发了一种算法，用于从单细胞谱系追踪数据中推断出最优的细胞分化图谱 | 本文提出的算法能够更准确地推断细胞分化图谱，并在模拟数据和真实数据中表现优于现有方法 | NA | 推断细胞分化图谱 | 单细胞谱系追踪数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据 | NA |
| 268 | 2024-10-24 |
Novel Role of Endothelial CD45 in Regulating Endothelial-to-Mesenchymal Transition in Atherosclerosis
2024-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.03.610974
PMID:39282400
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研究论文 | 研究探讨了内皮细胞中CD45在调节动脉粥样硬化中的内皮间质转化（EndoMT）的作用 | 首次揭示了内皮细胞中CD45缺失通过增加KLF2表达抑制TGFβ信号传导和EndoMT标记物表达，从而保护动脉粥样硬化 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证 | 探讨内皮细胞中CD45在动脉粥样硬化中的作用及其分子机制 | 内皮细胞、动脉粥样硬化小鼠模型 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 内皮细胞特异性CD45缺失小鼠（EC-iCD45KO）和ApoE-/-小鼠模型 |
| 269 | 2024-10-24 |
The Cardioprotective Role of Neutrophil-Specific STING in Myocardial Ischemia/Reperfusion Injury
2024-Sep-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.06.611551
PMID:39314411
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研究论文 | 研究中性粒细胞特异性STING在心肌缺血/再灌注损伤中的心脏保护作用 | 首次探讨了中性粒细胞中富含I型干扰素信号的亚群及其在心肌缺血/再灌注损伤中的作用 | 研究仅限于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证 | 研究中性粒细胞在心肌缺血/再灌注损伤中的异质性及其对心脏损伤的影响 | 中性粒细胞及其STING信号在心肌缺血/再灌注损伤中的作用 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、细胞数据 | 小鼠模型 |
| 270 | 2024-10-24 |
Lipid-siRNA conjugate accesses perivascular transport and achieves durable knockdown throughout the central nervous system
2024-Sep-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.09.598079
PMID:38915549
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研究论文 | 本文描述了一种白蛋白结合脂质-siRNA偶联物，通过脑脊液途径运输，实现中枢神经系统广泛分布的持久基因敲低 | 开发了一种新的白蛋白结合脂质-siRNA偶联物，能够在中枢神经系统中实现长达五个月的持久基因敲低，且无明显毒性 | NA | 研究一种新的siRNA递送系统，以实现中枢神经系统中持久且广泛的基因抑制 | 白蛋白结合脂质-siRNA偶联物在中枢神经系统中的运输和基因敲低效果 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 271 | 2024-10-24 |
Spatially clustered type I interferon responses at injury borderzones
2024-Sep, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07806-1
PMID:39198639
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研究论文 | 研究心肌梗死后心肌细胞在梗死边缘区启动的I型干扰素反应 | 揭示了心肌细胞在心肌梗死边缘区启动的I型干扰素反应，并发现这种反应与心肌破裂和生存率有关 | 仅在啮齿动物模型中进行了研究，尚未在人类中验证 | 探讨心肌梗死后心肌细胞在边缘区的免疫反应及其对心脏功能的影响 | 心肌细胞、成纤维细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和内皮细胞 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 空间转录组学分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类样本 |
| 272 | 2024-10-20 |
Bioinformatic-Experimental Screening Uncovers Multiple Targets for Increase of MHC-I Expression through Activating the Interferon Response in Breast Cancer
2024-Sep-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms251910546
PMID:39408874
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研究论文 | 本研究通过生物信息学和实验筛选，识别出多个可以增加乳腺癌中MHC-I表达的基因靶点 | 首次通过综合分析MHC-I评分、基因表达相关性、生存预测和Cibersort肿瘤浸润淋巴细胞评分，识别出144个与MHC-I表达和TILs负相关的基因，并通过实验验证了其中多个基因的有效性 | 研究主要集中在乳腺癌细胞系和患者样本，结果的普适性需要进一步验证 | 识别并验证可以增加乳腺癌中MHC-I表达的基因靶点 | 乳腺癌细胞中的MHC-I表达和肿瘤浸润淋巴细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 乳腺癌患者样本 |
| 273 | 2024-10-20 |
Cerebrospinal Fluid and Peripheral Blood Lymphomonocyte Single-Cell Transcriptomics in a Subject with Multiple Sclerosis Acutely Infected with HIV
2024-Sep-28, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms251910459
PMID:39408789
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研究论文 | 研究了多发性硬化症（MS）急性感染HIV患者的脑脊液和外周血淋巴单核细胞的单细胞转录组特征 | 首次在多发性硬化症和HIV感染的临床样本中使用单细胞转录组技术，揭示了神经退行性基因表达的特征 | 无法区分多发性硬化症和HIV感染的具体原因 | 探讨多发性硬化症急性感染HIV患者的脑脊液和外周血淋巴单核细胞的单细胞转录组特征 | 多发性硬化症急性感染HIV患者的脑脊液和外周血淋巴单核细胞 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 脑脊液中1446个单细胞转录组，外周血单核细胞中4647个单细胞转录组 |
| 274 | 2024-10-20 |
Characterization of Endothelial Cell Subclusters in Localized Scleroderma Skin with Single-Cell RNA Sequencing Identifies NOTCH Signaling Pathway
2024-Sep-28, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms251910473
PMID:39408800
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了局限性硬皮病皮肤中的内皮细胞亚群，并识别出NOTCH信号通路 | 首次使用单细胞RNA测序技术详细研究局限性硬皮病皮肤中的内皮细胞亚群，并识别出与疾病进展相关的信号通路 | 研究样本仅包括27名局限性硬皮病患者和17名健康对照，样本量有限 | 探讨局限性硬皮病皮肤中内皮细胞的分子机制 | 局限性硬皮病患者的皮肤内皮细胞 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 27名局限性硬皮病患者和17名健康对照的皮肤细胞 |
| 275 | 2024-10-20 |
Unravelling the Complexity of HNSCC Using Single-Cell Transcriptomics
2024-Sep-25, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16193265
PMID:39409886
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNAseq）在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）研究中的应用 | scRNAseq技术能够详细描述肿瘤微环境（TME）中的细胞水平特征，为HNSCC的病因、诊断、预后和治疗提供了新的见解 | NA | 评估scRNAseq在解决HNSCC管理挑战中的效用 | 头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）及其肿瘤微环境（TME） | 数字病理学 | 头颈部癌症 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 276 | 2024-10-20 |
SELF-Former: multi-scale gene filtration transformer for single-cell spatial reconstruction
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae523
PMID:39413798
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研究论文 | 本文介绍了一种基于Transformer的框架SELF-Former，用于单细胞空间重构任务 | 引入了基因过滤模块，显著提升了空间重构任务的准确性 | NA | 解决单细胞RNA测序数据到空间转录组数据的空间重构问题 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | Transformer | Transformer | 基因表达数据 | 四个基准数据集 |
| 277 | 2024-10-20 |
An isoform-resolution transcriptomic atlas of colorectal cancer from long-read single-cell sequencing
2024-Sep-11, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100641
PMID:39216476
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研究论文 | 本研究通过整合短读和长读单细胞RNA测序数据，构建了结直肠癌的isoform分辨率转录组图谱 | 首次整合短读和长读单细胞RNA测序数据，揭示了结直肠癌中394个失调的转录结构，并开发了一种算法来识别可能用于癌症疫苗开发的复发性新抗原 | NA | 揭示结直肠癌中的转录异质性和潜在的治疗靶点 | 结直肠癌样本中的肿瘤上皮细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 278 | 2024-10-19 |
Clustering scRNA-seq data with the cross-view collaborative information fusion strategy
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae511
PMID:39402696
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研究论文 | 本文介绍了一种基于信息瓶颈（IB）和跨视图融合策略的新型单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据聚类算法scCFIB | scCFIB算法通过信息瓶颈处理高维稀疏数据，并采用跨视图融合策略实现稳健的细胞聚类 | NA | 开发一种高效的scRNA-seq数据聚类方法 | scRNA-seq数据中的细胞聚类 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 信息瓶颈（IB） | 基因表达数据 | 多种scRNA-seq数据集 |
| 279 | 2024-10-17 |
Transcriptome sequencing reveals inflammation and macrophage heterogeneity in subacromial bursa from degenerative shoulder disorders
2024-Sep, Connective tissue research
IF:2.8Q1
DOI:10.1080/03008207.2024.2386548
PMID:39109563
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研究论文 | 研究了退行性肩部疾病中肩峰下滑囊（SAB）的转录组变化 | 首次通过转录组测序揭示了退行性和创伤性肩部疾病中SAB的炎症和巨噬细胞异质性 | 研究仅限于特定类型的肩部疾病，未涵盖所有可能的病理情况 | 探讨退行性或创伤性肩部疾病中肩峰下滑囊（SAB）的转录组变化 | 退行性肩袖撕裂（RCT）、创伤性RCT和肱骨近端骨折（PHF）患者的肩峰下滑囊（SAB） | 数字病理学 | 肩部疾病 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 退行性RCT、创伤性RCT和PHF患者的SAB样本 |
| 280 | 2024-10-16 |
Mouse Wound Models and Preparation of Single-Cell Suspensions
2024-Sep-27, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/66499
PMID:39400188
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研究论文 | 本文研究了优化小鼠伤口模型构建和单细胞悬液制备的方法 | 采用单细胞转录组测序技术来深入理解伤口愈合过程中的细胞功能和机制 | 小鼠伤口模型制备方法的差异可能引入干扰因素，影响实验结果 | 优化小鼠伤口模型的构建，以准确评估伤口闭合变化，并消除影响后续测序结果的变量 | 小鼠伤口模型和单细胞悬液的制备 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠皮肤组织样本 |