单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2024-10-10	Single-cell RNA sequencing of pediatric Hodgkin lymphoma to study the inhibition of T cell subtypes 2024-Sep, HemaSphere IF:7.6Q1 DOI:10.1002/hem3.149 PMID:39233904	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了儿童霍奇金淋巴瘤中的T细胞亚型抑制机制	本研究首次通过单细胞RNA测序技术识别了霍奇金和里德-斯特恩伯格细胞中过表达的细胞表面蛋白基因，并发现了潜在的T细胞抑制相互作用	研究结果显示患者和肿瘤组织区域之间存在显著的相互作用强度变异性，这可能影响治疗效果	旨在通过单细胞RNA测序技术识别儿童霍奇金淋巴瘤中的新治疗靶点	儿童经典霍奇金淋巴瘤中的霍奇金和里德-斯特恩伯格细胞及其周围的免疫细胞	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个儿童霍奇金淋巴瘤患者的肿瘤样本
242	2024-10-09	Integration of scHi-C and scRNA-seq data defines distinct 3D-regulated and biological-context dependent cell subpopulations 2024-Sep-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52440-0 PMID:39333113	研究论文	开发了一种多组学数据整合算法（MUDI），结合单细胞Hi-C和单细胞RNA测序数据，定义了3D调控和生物学背景依赖的细胞亚群	首次展示了在单细胞分辨率下整合3D染色质结构和基因表达数据，并定义了拓扑结构整合的亚群（TISPs）	NA	研究3D染色质结构和基因表达在单细胞分辨率下的整合，并定义生物学背景依赖的细胞亚群	乳腺癌细胞模型系统中的3D染色质结构和基因表达	生物信息学	乳腺癌	单细胞Hi-C和单细胞RNA测序	多组学数据整合算法（MUDI）	基因表达数据	公开数据和新产生的单细胞Hi-C和单细胞RNA测序数据
243	2024-10-09	COFFEE: consensus single cell-type specific inference for gene regulatory networks 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae457 PMID:39311699	研究论文	本文介绍了一种基于Borda投票的共识算法COFFEE，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	COFFEE算法通过整合10种已建立的基因调控网络推断方法，提高了在合成、精选和实验数据集上的性能	COFFEE算法目前仅在10种算法上进行了基准测试，未来可能需要扩展到更多算法	开发一种适用于单细胞RNA测序数据的共识基因调控网络推断方法	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	共识算法	基因调控网络	NA
244	2024-10-09	Scalable and unsupervised discovery from raw sequencing reads using SPLASH2 2024-Sep-23, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02381-2 PMID:39313645	研究论文	介绍了一种基于高效k-mer计数方法的SPLASH2实现，用于大规模数据集中调控序列变异的检测	提出了SPLASH2，这是一种快速、可扩展的SPLASH实现，适用于多种测序技术和生物背景	NA	开发一种可扩展且无监督的方法，用于从原始测序读取中发现序列变异	单细胞RNA测序数据和来自癌症细胞系百科全书的bulk RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	序列数据	包括单细胞RNA测序数据和bulk RNA-seq数据
245	2024-10-09	Application of Unsupervised Multi-Omic Factor Analysis to Uncover Patterns of Variation and Molecular Processes Linked to Cardiovascular Disease 2024-Sep-20, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66659 PMID:39373483	研究论文	本文展示了一种无监督的多组学因子分析方法，用于揭示与心血管疾病相关的变异模式和分子过程	本文提出了多组学因子分析（MOFA）方法，用于无监督地分析复杂的多组学数据集，揭示主要的变异轴和相关的分子特征	本文主要集中在心血管疾病的急性冠状动脉综合征和慢性冠状动脉综合征，未涵盖其他疾病类型	研究目的是通过多组学数据分析，揭示与心血管疾病相关的分子过程和变异模式	研究对象包括急性冠状动脉综合征和慢性冠状动脉综合征患者的血液样本	生物信息学	心血管疾病	多组学因子分析（MOFA）	NA	多组学数据	多个患者的血液样本，包括不同时间点的测量数据
246	2024-10-09	The aminophospholipid transporter, ATP8B3, as a potential biomarker and target for enhancing the therapeutic effect of PD-L1 blockade in colon adenocarcinoma 2024-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110907 PMID:39074670	研究论文	研究探讨了ATP8B3作为结肠腺癌潜在生物标志物和靶点，以增强PD-L1阻断疗法的疗效	发现ATP8B3在MSI-H结肠腺癌患者中与PD-L1表达相关，抑制ATP8B3可增加PD-L1疗法的敏感性	研究主要集中在MSI-H亚型，MSS亚型的结果有限	探索ATP8B3在结肠腺癌中的作用，评估其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	结肠腺癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	结肠腺癌	单细胞RNA测序、bulk RNA测序、siRNA、shRNA、western blot分析、流式细胞术	NA	RNA	使用TCGA和GEO数据库中的数据，具体样本数量未明确提及
247	2024-10-09	Exploring public cancer gene expression signatures across bulk, single-cell and spatial transcriptomics data with signifinder Bioconductor package 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae138 PMID:39363890	研究论文	本文介绍了一个名为signifinder的R Bioconductor包，用于在批量、单细胞和空间转录组数据中探索和使用公共癌症基因表达特征	开发了signifinder包，整合了批量、单细胞和空间转录组数据中的癌症基因表达特征，提供了一个全面的框架来解释高分辨率数据并解决肿瘤复杂性	NA	探索癌症机制、定义亚型、预测预后和评估治疗效果	癌症基因表达特征在批量、单细胞和空间转录组数据中的应用	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
248	2024-10-08	RNA Sequencing Reveals a Strong Predominance of THRA Splicing Isoform 2 in the Developing and Adult Human Brain 2024-Sep-13, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25189883 PMID:39337374	研究论文	研究通过RNA测序分析了人类大脑发育和成年期THRA剪接异构体2的表达情况	首次在健康人体组织和发育中的大脑中研究了THRA1和THRA2剪接异构体的表达模式	研究仅限于RNA测序数据，未涉及蛋白质水平的验证	探讨THRA剪接异构体在人类大脑发育和成年期的表达模式	THRA1和THRA2剪接异构体在人类大脑和中枢神经系统的表达	基因表达	NA	RNA测序	NA	RNA	四个bulk RNA-seq数据集和两个scRNA-seq数据集
249	2024-10-08	Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology 2024-09-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000387 PMID:37002587	综述	本文综述了单细胞和空间转录组学技术在肝脏生物学中的应用，涵盖了肝脏稳态、发育、再生、慢性肝病和癌症等方面的关键生物学见解	本文介绍了肝脏细胞图谱的最新进展，包括细胞组成的全面特征、多样性和功能、空间结构如肝脏分区、细胞通信和邻近关系、细胞身份转换和与肝脏病理相关的细胞特异性改变，以及新的治疗靶点	本文讨论了当前研究中的突出挑战，并提出了先进的实验技术和计算方法来解决这些挑战	综述单细胞和空间转录组学技术在肝脏生物学中的应用，并讨论相关技术的进展和挑战	肝脏稳态、发育、再生、慢性肝病和癌症	基因组学	肝病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
250	2024-10-08	Deciphering cellular heterogeneity in Spodoptera frugiperda midgut cell line through single cell RNA sequencing 2024-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110898 PMID:39047877	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了秋粘虫中肠细胞系的细胞异质性	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了秋粘虫中肠细胞系的细胞异质性，并鉴定了多种细胞类型及其特异性标记基因	NA	揭示秋粘虫中肠细胞系的细胞异质性，并研究呼吸和肠道膜杀虫剂靶标基因的表达	秋粘虫中肠细胞系SfMG-0617的细胞异质性	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	18,794个细胞
251	2024-10-08	Molecular profiling of core immune-escape genes highlights TNFAIP3 as an immune-related prognostic biomarker in neuroblastoma 2024-Sep, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-024-01914-4 PMID:39028490	研究论文	本文通过转录组表达谱分析，鉴定出TNFAIP3作为神经母细胞瘤中与免疫逃逸相关的关键基因，并探讨了其在免疫治疗中的潜在作用	首次将TNFAIP3鉴定为神经母细胞瘤中与免疫逃逸相关的关键基因，并验证了其在免疫治疗中的潜在作用	初步实验验证了TNFAIP3在TAMs中的生物学功能，但仍需进一步的临床试验验证其作为治疗靶点的有效性	鉴定神经母细胞瘤中与免疫逃逸相关的关键基因，并探讨其在免疫治疗中的潜在作用	神经母细胞瘤中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其相关基因	生物信息学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	17个临床神经母细胞瘤样本
252	2024-10-08	Genetic structure analysis of yak breeds and their response to adaptive evolution 2024-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110933 PMID:39218165	研究论文	研究了牦牛品种的遗传结构及其对适应性进化的响应	首次系统地分析了牦牛的细胞水平适应性特征，并结合scRNA-seq方法构建了牦牛肺组织和皮肤组织的转录图谱	研究主要集中在牦牛的遗传结构和适应性基因上，未涉及其他可能影响适应性的因素	探讨牦牛品种的遗传结构及其对高海拔环境的适应性进化	牦牛的遗传多样性和适应性相关基因	遗传学	NA	WGRS, scRNA-seq	NA	基因表达数据	涉及八个牦牛群体的基因数据和牦牛肺组织及皮肤组织的单细胞RNA测序数据
253	2024-10-08	Multi-omics analysis reveals a pericyte-associated gene expression signature for predicting prognosis and therapeutic responses in solid cancers 2024-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110942 PMID:39326641	研究论文	本文通过多组学分析揭示了与周细胞相关的基因表达特征，用于预测实体癌的预后和治疗反应	首次通过整合转录组和蛋白质组数据，识别出肿瘤来源周细胞中的51个差异表达基因，并构建了预测肝癌和肺癌预后及治疗反应的风险模型	研究主要集中在肝癌和肺癌，未涵盖其他类型的实体癌	探讨周细胞在肿瘤微环境中的作用，并开发预测实体癌预后和治疗反应的基因表达特征	肿瘤来源周细胞及其相关基因	数字病理学	NA	转录组分析、蛋白质组分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、蛋白质数据	涉及TCGA数据库和GEO数据库中的多个样本
254	2024-10-07	Full-length nanopore sequencing of circular RNA landscape in peripheral blood cells following sequential BNT162b2 mRNA vaccination 2024-Sep-27, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148971 PMID:39343185	研究论文	本研究评估了BNT162b2 mRNA疫苗接种后外周血细胞中内源性circRNA的响应	通过纳米孔全长测序技术，识别了4217种在疫苗接种期间特异性表达的新circRNA，并发现这些circRNA富集在应激颗粒组装和SARS-CoV-2 RNA结合蛋白的结合基序中	样本量较小，仅包括五名无SARS-CoV-2感染或既往疫苗接种史的医护人员	研究BNT162b2 mRNA疫苗接种后外周血细胞中circRNA的表达变化	circRNA在疫苗接种后的表达变化及其与应激颗粒组装和SARS-CoV-2 RNA结合蛋白的关系	数字病理学	NA	纳米孔全长测序	NA	RNA	15个样本，包括接种前、第一次和第二次接种后的外周血样本
255	2024-10-07	Protocol to study the immune profile of syngeneic mouse tumor models 2024-Sep-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103139 PMID:38878286	研究论文	本文介绍了一种用于研究同基因小鼠肿瘤模型免疫特征的实验方案	本文提供了一种系统的方法来表征肿瘤微环境中免疫细胞的特征	NA	研究肿瘤微环境中免疫细胞的特征	同基因小鼠肿瘤模型中的免疫细胞	NA	NA	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
256	2024-10-06	Single-cell analysis revealing the metabolic landscape of prostate cancer 2024-Sep-01, Asian journal of andrology IF:3.0Q1 DOI:10.4103/aja20243 PMID:38657119	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了前列腺癌的代谢景观	首次通过单细胞RNA测序技术展示了前列腺癌中上皮细胞和基质细胞的代谢活性差异，并识别了神经内分泌细胞的高代谢率	研究主要集中在前列腺癌的代谢特征，未涉及其他癌症类型的比较	揭示前列腺癌的代谢重编程机制及其在治疗中的应用潜力	前列腺癌中的上皮细胞、基质细胞和神经内分泌细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	未具体说明样本数量
257	2024-10-05	Hypoxia induces ROS-resistant memory upon reoxygenation in vivo promoting metastasis in part via MUC1-C 2024-Sep-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51995-2 PMID:39341835	研究论文	研究探讨了缺氧诱导的ROS抗性记忆在再氧合过程中的作用及其通过MUC1-C促进转移的机制	首次揭示了缺氧后细胞在再氧合过程中保留缺氧诱导基因表达的现象，并证明了MUC1-C在其中的关键作用	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探讨缺氧如何通过MUC1-C促进肿瘤转移	乳腺癌细胞及其在缺氧和再氧合条件下的基因表达和转移能力	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	基因表达数据	涉及动物模型和患者来源的异种移植模型
258	2024-10-05	Glioblastoma induces the recruitment and differentiation of dendritic-like "hybrid" neutrophils from skull bone marrow 2024-Sep-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.08.008 PMID:39255776	研究论文	研究揭示了胶质母细胞瘤如何诱导颅骨骨髓中的中性粒细胞招募和分化为具有树突状特征的“混合”中性粒细胞，并探讨了这些细胞在肿瘤微环境中的作用	首次发现胶质母细胞瘤诱导颅骨骨髓中的中性粒细胞分化为具有树突状特征的“混合”中性粒细胞，并揭示了这些细胞在抑制肿瘤生长中的作用	NA	探讨肿瘤相关中性粒细胞在胶质母细胞瘤生物学中的作用	胶质母细胞瘤、肿瘤相关中性粒细胞、颅骨骨髓	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	患者和鼠类胶质母细胞瘤样本
259	2024-10-05	Immunobiology of primary sclerosing cholangitis 2024-Sep-02, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001080 PMID:39226402	综述	本文综述了原发性硬化性胆管炎（PSC）的免疫生物学最新进展	重点介绍了单细胞RNA测序和空间转录组学等新技术在PSC研究中的应用	NA	全面概述PSC的免疫生物学机制	PSC相关的免疫细胞类型及其在疾病中的作用	NA	肝胆疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA	NA
260	2024-10-05	Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity of MYH11+ tumour-associated fibroblasts between left-sided and right-sided colorectal cancer 2024-Sep, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70102 PMID:39294858	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了左半结肠癌和右半结肠癌中MYH11+肿瘤相关成纤维细胞的异质性	首次全面注释了左半结肠癌和右半结肠癌的特征和差异，并发现了一种新的MYH11+癌症相关成纤维细胞亚群	样本量较小，仅包括12例左半结肠癌和10例右半结肠癌患者	探讨左半结肠癌和右半结肠癌的异质性及其潜在机制	左半结肠癌和右半结肠癌患者的免疫和基质细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	12例左半结肠癌和10例右半结肠癌患者