单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2024-10-04	Single-cell transcriptomic analysis of radiation-induced lung injury in rat 2024-Sep-06, Biomolecules & biomedicine DOI:10.17305/bb.2024.10357 PMID:38552230	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了放射线诱导的肺损伤在大鼠中的细胞机制	揭示了放射线暴露后肺组织中细胞间通讯增加以及不同细胞类型的亚群特征	仅限于大鼠模型，且样本量较小	探究放射线诱导肺损伤的细胞机制	大鼠肺组织中的单细胞	数字病理学	肺损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	大鼠肺组织样本
242	2024-10-04	Targeting Fibroblast-Endothelial Interactions in LAM Pathogenesis: 3D Spheroid and Spatial Transcriptomic Insights for Therapeutic Innovation 2024-Sep-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.12.544372 PMID:37398026	研究论文	研究探讨了淋巴管肌瘤病（LAM）发病机制中成纤维细胞与内皮细胞的相互作用，并利用3D球体模型和空间转录组学技术为治疗创新提供了新见解	首次利用空间转录组学技术分析LAM肺组织，并发现与肌成纤维细胞相关的激酶信号通路基因簇，以及多激酶抑制剂索拉非尼在减少LAMF-LEC球体侵袭中的显著效果	研究主要基于体外实验和空间转录组学分析，缺乏体内实验验证	探索淋巴管肌瘤病（LAM）发病机制中的成纤维细胞与内皮细胞相互作用，并为治疗提供新策略	LAM相关成纤维细胞（LAMFs）和淋巴管内皮细胞（LECs）	数字病理学	肺部疾病	空间转录组学	3D球体模型	基因表达数据	LAM肺组织样本
243	2024-10-04	Inactivated cGAS-STING Signaling Facilitates Endocrine Resistance by Forming a Positive Feedback Loop with AKT Kinase in ER+HER2- Breast Cancer 2024-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202403592 PMID:39023171	研究论文	本文研究了cGAS-STING信号通路在ER+HER2-乳腺癌内分泌抵抗中的作用及其与AKT激酶的正反馈机制	首次揭示了cGAS-STING信号通路在ER+HER2-乳腺癌内分泌抵抗中的作用，并发现其与AKT1激酶形成正反馈循环	研究主要基于RNA测序数据和空间转录组学分析，缺乏直接的细胞和动物实验验证	探讨ER+HER2-乳腺癌内分泌抵抗的分子机制及潜在治疗策略	ER+HER2-乳腺癌细胞及其内分泌抵抗机制	NA	乳腺癌	RNA测序	NA	基因表达数据	ER+HER2-乳腺癌患者样本
244	2024-10-04	Single-Cell RNA Sequencing Deconstructs the Distribution of Immune Cells Within Abdominal Aortic Aneurysms in Mice 2024-09, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321129 PMID:39051127	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了小鼠腹主动脉瘤中CD45+细胞的分布和相互作用	首次在单细胞水平上解析了腹主动脉瘤中免疫细胞的分布和相互作用，并发现了AAA组织中特有的常规树突状细胞类型1	研究仅限于小鼠模型，尚未完全验证在人类AAA中的适用性	探讨腹主动脉瘤发展过程中免疫细胞的作用及其相互作用	小鼠腹主动脉瘤组织中的免疫细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个时间点的小鼠腹主动脉瘤组织样本
245	2024-10-04	IL-33 Facilitates Fibro-Adipogenic Progenitors to Establish the Pro-Regenerative Niche after Muscle Injury 2024-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405299 PMID:39037903	研究论文	研究探讨了肌肉损伤后IL-33通过激活纤维脂肪祖细胞（FAPs）促进肌肉再生的机制	首次揭示了IL-33/IL1RL1信号通路在肌肉再生中的作用，为肌肉相关疾病和损伤的治疗提供了新的策略	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证	探讨肌肉损伤后促进肌肉再生的机制	肌肉干细胞（MuSCs）、纤维脂肪祖细胞（FAPs）和巨噬细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	14种不同的肌肉细胞
246	2024-10-04	Cross-modal integration of bulk RNA-seq and single-cell RNA sequencing data to reveal T-cell exhaustion in colorectal cancer 2024-Sep, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70101 PMID:39344205	研究论文	本文提出了一种名为DeepTEX的多组学深度学习方法，通过整合bulk RNA-seq和单细胞RNA测序数据，研究结直肠癌中T细胞耗竭的异质性	本文创新性地提出了DeepTEX方法，通过跨模态数据整合和知识蒸馏模型，预测T细胞耗竭的异质性，并识别关键功能通路和基因	NA	研究结直肠癌中T细胞耗竭的异质性，并探索相关的治疗靶点	结直肠癌中的T细胞耗竭	机器学习	结直肠癌	RNA-seq	深度学习模型	RNA-seq数据	NA
247	2024-10-02	CD8+ tissue-resident memory T cells are expanded in primary Sjögren's disease and can be therapeutically targeted by CD103 blockade 2024-Sep-30, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-225069 PMID:38777379	研究论文	研究了原发性干燥综合征（pSS）中CD8+组织驻留记忆T细胞（Trm）的表型和功能，并探讨了CD103在其中的作用	首次在pSS和实验性干燥综合征（ESS）小鼠模型中研究了CD103+CD8+Trm细胞的扩增及其在组织炎症中的作用，并证明了CD103阻断的潜在治疗效果	NA	研究pSS中Trm细胞的表型和功能，并探讨CD103在其中的作用	原发性干燥综合征（pSS）患者和实验性干燥综合征（ESS）小鼠模型中的Trm细胞	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	包括pSS和非pSS干燥综合征患者以及实验性干燥综合征（ESS）小鼠模型
248	2024-10-02	Apigenin ameliorates lupus nephritis by inhibiting SAT3 signaling in CD8+ T cells 2024-Sep-30, Food & function IF:5.1Q1 DOI:10.1039/d4fo02773f PMID:39283308	研究论文	研究了芹菜素通过抑制CD8+ T细胞中的SAT3信号通路改善狼疮性肾炎的效果	首次揭示了芹菜素通过抑制STAT3/IL-17信号通路减少CD8 T细胞招募巨噬细胞，从而改善狼疮性肾炎	研究仅在MRL/lpr小鼠模型和LN患者单细胞测序数据上进行，需要进一步在人体临床试验中验证	探讨芹菜素对狼疮性肾炎的治疗效果及其潜在机制	芹菜素对MRL/lpr小鼠和LN患者CD8+ T细胞的影响	NA	自身免疫性疾病	单细胞测序	NA	血液样本	MRL/lpr小鼠模型和LN患者单细胞测序数据
249	2024-10-02	Exploring tumor microenvironment in molecular subtyping and prognostic signatures in ovarian cancer and identification of SH2D1A as a key regulator of ovarian cancer carcinogenesis 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38014 PMID:39347397	研究论文	研究探讨了卵巢癌中的肿瘤微环境（TME）在分子分型和预后标志物中的作用，并识别出SH2D1A作为卵巢癌致癌的关键调节因子	首次通过共识聚类和机器学习技术构建了基于TME的卵巢癌预后模型，并发现SH2D1A在卵巢癌中的重要作用	研究主要基于体外实验和公共数据库数据，缺乏临床验证	探讨肿瘤微环境在卵巢癌分子分型和预后中的作用，并识别关键调节因子	卵巢癌肿瘤微环境、SH2D1A基因	数字病理学	卵巢癌	RNA测序	机器学习模型	RNA序列数据	使用了来自TCGA-OV、GSE26712、GSE102073、ICGC、EMTAB8107、GSE118828、GSE130000和GSE154600等多个数据集的样本
250	2024-10-02	Full-length single-cell BCR sequencing paired with RNA sequencing reveals convergent responses to pneumococcal vaccination 2024-Sep-28, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06823-0 PMID:39341987	研究论文	本文介绍了一种从3'-barcoded单细胞RNA测序库中恢复配对的全长B细胞受体（BCR）可变区序列的方法，并应用于研究肺炎链球菌疫苗接种后的B细胞反应	开发了一种新的方法（B3E-seq），可以从广泛使用的3'-barcoded单细胞RNA测序库中恢复配对的全长BCR可变区序列	NA	研究肺炎链球菌疫苗接种后B细胞的反应	B细胞受体（BCR）和单细胞RNA测序	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	五只婴儿恒河猴
251	2024-10-02	Metabolic and Immunological Implications of MME+CAF-Mediated Hypoxia Signaling in Pancreatic Cancer Progression: Therapeutic Insights and Translational Opportunities 2024-Sep-28, Biological procedures online IF:3.7Q1 DOI:10.1186/s12575-024-00254-1 PMID:39342097	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，识别了胰腺癌中表达MME的CAF亚群（MMECAF），并探讨了其在胰腺癌进展中的代谢和免疫学作用	首次识别并验证了MMECAF亚群在胰腺癌微环境中的独特作用，并开发了针对MMECAF的抑制剂IOX2，结合化疗和免疫疗法，显示出良好的抗肿瘤效果	研究主要集中在体外和动物实验，尚未进行临床试验验证其疗效	探讨MMECAF在胰腺癌进展中的作用，并开发新的治疗策略	胰腺癌中的MMECAF亚群及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	涉及胰腺癌患者的样本，具体数量未明确提及
252	2024-10-02	Single-cell transcriptomics reveals e-cigarette vapor-induced airway epithelial remodeling and injury 2024-Sep-28, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-024-02962-4 PMID:39342154	研究论文	研究揭示了电子烟蒸汽引起的气道上皮重塑和损伤	首次通过单细胞转录组学分析了电子烟蒸汽提取物对人类支气管上皮细胞分化的影响，并发现Notch信号通路在其中的作用	研究仅限于特定的细胞类型和样本，可能无法全面代表所有电子烟使用者的影响	探讨电子烟使用对人类支气管上皮细胞的影响及其潜在机制	健康非吸烟者和慢性阻塞性肺病吸烟者的支气管上皮细胞	单细胞转录组学	慢性阻塞性肺病	单细胞RNA测序、免疫染色、HE染色、qPCR和ELISA	NA	RNA	健康非吸烟者、吸烟者和电子烟使用者的血清和痰液样本
253	2024-10-02	Single-cell profiling of intrahepatic immune cells reveals an expansion of tissue-resident cytotoxic CD4+ T lymphocyte subset associated with pathogenesis of alcoholic-associated liver diseases 2024-Sep-28, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101411 PMID:39349248	研究论文	研究探讨了酒精相关性肝病（ALD）中肝内免疫细胞的转录组特征，发现CD4+ T细胞亚群在ALD患者肝脏中的显著积累与疾病进展相关	首次揭示了GZMK+CD4+ T淋巴细胞亚群在ALD发病机制中的关键作用	研究样本量有限，需要进一步验证和扩展	探索酒精相关性肝病（ALD）中肝内免疫细胞的转录组特征	ALD患者、代谢功能障碍相关性脂肪性肝病（MASLD）患者和健康个体的肝内免疫细胞	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括健康个体、MASLD患者和ALD患者的肝脏样本
254	2024-10-02	Pan-cancer analysis of the immunological and oncogenic roles of ATAD2 with verification in papillary thyroid carcinoma 2024-Sep-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-73274-2 PMID:39333272	研究论文	本文分析了ATAD2在多种肿瘤类型中的表达及其在肿瘤进展和免疫相互作用中的作用，并通过实验验证了其在甲状腺乳头状癌中的致癌功能	首次全面分析了ATAD2在泛癌中的免疫和致癌作用，并验证了其在甲状腺乳头状癌中的具体功能	主要依赖于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨ATAD2在泛癌中的表达及其与肿瘤进展和免疫相互作用的关系	ATAD2在多种肿瘤类型中的表达及其在肿瘤进展和免疫相互作用中的作用	数字病理学	甲状腺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了TCGA、GTEx、CPTAC、HPA和cBioPortal数据库中的数据，具体样本数量未明确提及
255	2024-10-02	Muscle-resident mesenchymal progenitors sense and repair peripheral nerve injury via the GDNF-BDNF axis 2024-Sep-26, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97662 PMID:39324575	研究论文	研究肌肉驻留间充质前体细胞通过GDNF-BDNF轴感知和修复周围神经损伤的机制	揭示了肌肉驻留间充质前体细胞（FAPs）在周围神经再生中的新作用及其响应神经损伤的分子机制	研究主要基于小鼠模型，临床相关性需进一步验证	探讨肌肉驻留间充质前体细胞在周围神经损伤修复中的作用及其分子机制	肌肉驻留间充质前体细胞（FAPs）及其在周围神经损伤后的响应和修复作用	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型
256	2024-10-02	Plasma exosomes from individuals with type 2 diabetes drive breast cancer aggression in patient-derived organoids 2024-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.13.612950 PMID:39345362	研究论文	研究探讨了来自2型糖尿病患者的血浆外泌体如何促进乳腺癌患者来源的类器官的侵袭性	首次在乳腺癌患者来源的类器官中保留了原生肿瘤浸润淋巴细胞，并使用单细胞RNA测序分析了外泌体信号对类器官的影响	NA	研究2型糖尿病患者的血浆外泌体对乳腺癌侵袭性的影响	乳腺癌患者来源的类器官和外泌体	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自2型糖尿病患者和非糖尿病患者的血浆外泌体样本
257	2024-10-02	Deconvolution from bulk gene expression by leveraging sample-wise and gene-wise similarities and single-cell RNA-Seq data 2024-Sep-18, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10728-x PMID:39294558	研究论文	提出了一种新的去卷积算法DSSC，通过利用基因间和样本间的相似性以及单细胞RNA-Seq数据，同时推断异质样本的细胞类型特异性基因表达和细胞类型比例	DSSC算法能够同时推断细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达，并且在模拟和实验数据中表现出色	NA	开发更准确的去卷积方法以推断细胞类型丰度和细胞类型特异性基因表达	异质样本的细胞类型特异性基因表达和细胞类型比例	生物信息学	NA	RNA-seq	去卷积算法	基因表达数据	NA
258	2024-10-02	Oncogenic Calreticulin Induces Immune Escape by Stimulating TGFβ Expression and Regulatory T-cell Expansion in the Bone Marrow Microenvironment 2024-Sep-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3553 PMID:38885318	研究论文	研究了致癌性钙网蛋白通过刺激TGFβ表达和调节性T细胞在骨髓微环境中的扩增，诱导免疫逃逸的机制	首次揭示了致癌性CALRdel52通过ERK/Sp1/TGFβ1轴在骨髓增生性肿瘤中作为免疫抑制机制，并提出了针对该轴的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和患者样本，需要进一步的临床试验验证	探讨致癌性钙网蛋白在骨髓微环境中诱导免疫逃逸的机制，并提出潜在的治疗策略	致癌性CALRdel52在骨髓增生性肿瘤中的作用及其对骨髓微环境的影响	NA	骨髓增生性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	四个独立患者队列的骨髓样本
259	2024-10-02	Anti-CTLA-4 m2a Antibody Exacerbates Cardiac Injury in Experimental Autoimmune Myocarditis Mice By Promoting Ccl5-Neutrophil Infiltration 2024-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202400486 PMID:38978328	研究论文	研究探讨了抗CTLA-4 m2a抗体在实验性自身免疫性心肌炎小鼠模型中加重心脏损伤的机制	首次揭示了抗CTLA-4 m2a抗体通过促进Ccl5-中性粒细胞浸润加重心脏损伤的机制	研究仅限于实验性自身免疫性心肌炎小鼠模型，尚未在临床患者中验证	阐明抗CTLA-4 m2a抗体在实验性自身免疫性心肌炎小鼠中加重心脏损伤的机制	实验性自身免疫性心肌炎小鼠	心血管疾病	心血管疾病	空间转录组学、单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	转录组数据	实验性自身免疫性心肌炎小鼠
260	2024-10-02	Complement Factor C1q Mediates Vascular Endothelial Dysfunction in STZ-Induced Diabetic Mice 2024-Sep-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db23-0981 PMID:38869460	研究论文	研究探讨了补体因子C1q在STZ诱导的糖尿病小鼠血管内皮功能障碍中的作用	首次揭示了C1qa在糖尿病相关内皮功能障碍中的关键作用，并通过AAV-Tie2-shRNA-C1qa抑制C1qa表达，改善了血管功能	研究仅限于STZ诱导的糖尿病小鼠模型，未探讨其他糖尿病模型或人类样本	比较正常和STZ诱导的糖尿病小鼠主动脉的细胞和分子特性，揭示内皮功能障碍的潜在机制	正常和STZ诱导的糖尿病小鼠的主动脉细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	32,573个细胞