单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2024-10-24	Lipid-siRNA conjugate accesses perivascular transport and achieves durable knockdown throughout the central nervous system 2024-Sep-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.09.598079 PMID:38915549	研究论文	本文描述了一种白蛋白结合脂质-siRNA偶联物，通过脑脊液途径运输，实现中枢神经系统广泛分布的持久基因敲低	开发了一种新的白蛋白结合脂质-siRNA偶联物，能够在中枢神经系统中实现长达五个月的持久基因敲低，且无明显毒性	NA	研究一种新的siRNA递送系统，以实现中枢神经系统中持久且广泛的基因抑制	白蛋白结合脂质-siRNA偶联物在中枢神经系统中的运输和基因敲低效果	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
242	2024-10-24	Construction of thyroid cancer classification and iodine metabolism related diagnostic model using thyroid differentiation score and bioinformation 2024-Sep-06, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000039464 PMID:39252309	研究论文	构建了一个与甲状腺癌亚型碘代谢相关的诊断模型，利用甲状腺分化评分和生物信息	通过GSVA获取与甲状腺分化评分相关的基因，构建了一个具有准确预测能力的诊断模型	NA	提高不同亚型甲状腺癌患者的诊断和治疗准确性	甲状腺癌亚型及其碘代谢	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	逻辑回归模型	基因表达数据	104个交叉基因，5个关键基因
243	2024-10-24	Spatially clustered type I interferon responses at injury borderzones 2024-Sep, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07806-1 PMID:39198639	研究论文	研究心肌梗死后心肌细胞在梗死边缘区启动的I型干扰素反应	揭示了心肌细胞在心肌梗死边缘区启动的I型干扰素反应，并发现这种反应与心肌破裂和生存率有关	仅在啮齿动物模型中进行了研究，尚未在人类中验证	探讨心肌梗死后心肌细胞在边缘区的免疫反应及其对心脏功能的影响	心肌细胞、成纤维细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和内皮细胞	心血管疾病	心血管疾病	空间转录组学分析	NA	转录组数据	小鼠和人类样本
244	2024-10-24	PoweREST: Statistical Power Estimation for Spatial Transcriptomics Experiments to Detect Differentially Expressed Genes Between Two Conditions 2024-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.30.610564 PMID:39257799	研究论文	本文介绍了一种名为PoweREST的统计功效估计工具，用于空间转录组学实验中检测两种条件下差异表达基因的统计功效	PoweREST是首个专门为10X Genomics Visium数据设计的差异表达基因检测统计功效估计工具，支持实验前和初步数据收集后的功效估计	NA	开发一种工具，用于估计空间转录组学实验中差异表达基因检测的统计功效	空间转录组学数据中的差异表达基因	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
245	2024-10-20	Bioinformatic-Experimental Screening Uncovers Multiple Targets for Increase of MHC-I Expression through Activating the Interferon Response in Breast Cancer 2024-Sep-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms251910546 PMID:39408874	研究论文	本研究通过生物信息学和实验筛选，识别出多个可以增加乳腺癌中MHC-I表达的基因靶点	首次通过综合分析MHC-I评分、基因表达相关性、生存预测和Cibersort肿瘤浸润淋巴细胞评分，识别出144个与MHC-I表达和TILs负相关的基因，并通过实验验证了其中多个基因的有效性	研究主要集中在乳腺癌细胞系和患者样本，结果的普适性需要进一步验证	识别并验证可以增加乳腺癌中MHC-I表达的基因靶点	乳腺癌细胞中的MHC-I表达和肿瘤浸润淋巴细胞	生物信息学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	乳腺癌患者样本
246	2024-10-20	Cerebrospinal Fluid and Peripheral Blood Lymphomonocyte Single-Cell Transcriptomics in a Subject with Multiple Sclerosis Acutely Infected with HIV 2024-Sep-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms251910459 PMID:39408789	研究论文	研究了多发性硬化症（MS）急性感染HIV患者的脑脊液和外周血淋巴单核细胞的单细胞转录组特征	首次在多发性硬化症和HIV感染的临床样本中使用单细胞转录组技术，揭示了神经退行性基因表达的特征	无法区分多发性硬化症和HIV感染的具体原因	探讨多发性硬化症急性感染HIV患者的脑脊液和外周血淋巴单核细胞的单细胞转录组特征	多发性硬化症急性感染HIV患者的脑脊液和外周血淋巴单核细胞	数字病理学	多发性硬化症	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	脑脊液中1446个单细胞转录组，外周血单核细胞中4647个单细胞转录组
247	2024-10-20	Characterization of Endothelial Cell Subclusters in Localized Scleroderma Skin with Single-Cell RNA Sequencing Identifies NOTCH Signaling Pathway 2024-Sep-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms251910473 PMID:39408800	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了局限性硬皮病皮肤中的内皮细胞亚群，并识别出NOTCH信号通路	首次使用单细胞RNA测序技术详细研究局限性硬皮病皮肤中的内皮细胞亚群，并识别出与疾病进展相关的信号通路	研究样本仅包括27名局限性硬皮病患者和17名健康对照，样本量有限	探讨局限性硬皮病皮肤中内皮细胞的分子机制	局限性硬皮病患者的皮肤内皮细胞	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	27名局限性硬皮病患者和17名健康对照的皮肤细胞
248	2024-10-20	Unravelling the Complexity of HNSCC Using Single-Cell Transcriptomics 2024-Sep-25, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16193265 PMID:39409886	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNAseq）在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）研究中的应用	scRNAseq技术能够详细描述肿瘤微环境（TME）中的细胞水平特征，为HNSCC的病因、诊断、预后和治疗提供了新的见解	NA	评估scRNAseq在解决HNSCC管理挑战中的效用	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）及其肿瘤微环境（TME）	数字病理学	头颈部癌症	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	NA
249	2024-10-20	SELF-Former: multi-scale gene filtration transformer for single-cell spatial reconstruction 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae523 PMID:39413798	研究论文	本文介绍了一种基于Transformer的框架SELF-Former，用于单细胞空间重构任务	引入了基因过滤模块，显著提升了空间重构任务的准确性	NA	解决单细胞RNA测序数据到空间转录组数据的空间重构问题	单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	生物信息学	NA	Transformer	Transformer	基因表达数据	四个基准数据集
250	2024-10-20	Isotype-aware inference of B cell clonal lineage trees from single-cell sequencing data 2024-Sep-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100637 PMID:39208795	研究论文	本文介绍了一种名为TRIBAL的算法，用于从单细胞RNA测序数据中推断B细胞克隆系谱树，考虑了体细胞超突变和类别转换重组	TRIBAL算法能够同时考虑体细胞超突变和类别转换重组，相较于现有方法，能够更全面和准确地重建B细胞系谱树	NA	开发一种新的算法，用于从单细胞RNA测序数据中推断B细胞克隆系谱树，考虑体细胞超突变和类别转换重组	B细胞克隆系谱树的推断	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
251	2024-10-20	An isoform-resolution transcriptomic atlas of colorectal cancer from long-read single-cell sequencing 2024-Sep-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100641 PMID:39216476	研究论文	本研究通过整合短读和长读单细胞RNA测序数据，构建了结直肠癌的isoform分辨率转录组图谱	首次整合短读和长读单细胞RNA测序数据，揭示了结直肠癌中394个失调的转录结构，并开发了一种算法来识别可能用于癌症疫苗开发的复发性新抗原	NA	揭示结直肠癌中的转录异质性和潜在的治疗靶点	结直肠癌样本中的肿瘤上皮细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
252	2024-10-19	Clustering scRNA-seq data with the cross-view collaborative information fusion strategy 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae511 PMID:39402696	研究论文	本文介绍了一种基于信息瓶颈（IB）和跨视图融合策略的新型单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据聚类算法scCFIB	scCFIB算法通过信息瓶颈处理高维稀疏数据，并采用跨视图融合策略实现稳健的细胞聚类	NA	开发一种高效的scRNA-seq数据聚类方法	scRNA-seq数据中的细胞聚类	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	信息瓶颈（IB）	基因表达数据	多种scRNA-seq数据集
253	2024-10-17	Gene expression prediction from histology images via hypergraph neural networks 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae500 PMID:39401144	研究论文	提出了一种基于超图神经网络的基因表达预测模型HGGEP，用于从组织学图像中预测基因表达	引入超图神经网络模型HGGEP，通过梯度增强模块和注意力机制捕捉细胞形态信息与基因表达之间的关系，并利用多尺度特征关联提高预测性能	现有方法忽略了细胞形态信息与基因表达之间的复杂关系，以及未充分利用图像中提取的不同潜在阶段特征	解决从组织学图像预测基因表达的挑战，提高预测准确性	基因表达预测，组织学图像分析	计算机视觉	肿瘤疾病	超图神经网络	超图神经网络	图像	多个数据集，包括癌症和肿瘤疾病样本
254	2024-10-17	Transcriptome sequencing reveals inflammation and macrophage heterogeneity in subacromial bursa from degenerative shoulder disorders 2024-Sep, Connective tissue research IF:2.8Q1 DOI:10.1080/03008207.2024.2386548 PMID:39109563	研究论文	研究了退行性肩部疾病中肩峰下滑囊（SAB）的转录组变化	首次通过转录组测序揭示了退行性和创伤性肩部疾病中SAB的炎症和巨噬细胞异质性	研究仅限于特定类型的肩部疾病，未涵盖所有可能的病理情况	探讨退行性或创伤性肩部疾病中肩峰下滑囊（SAB）的转录组变化	退行性肩袖撕裂（RCT）、创伤性RCT和肱骨近端骨折（PHF）患者的肩峰下滑囊（SAB）	数字病理学	肩部疾病	RNA测序	NA	转录组数据	退行性RCT、创伤性RCT和PHF患者的SAB样本
255	2024-10-16	Mouse Wound Models and Preparation of Single-Cell Suspensions 2024-Sep-27, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66499 PMID:39400188	研究论文	本文研究了优化小鼠伤口模型构建和单细胞悬液制备的方法	采用单细胞转录组测序技术来深入理解伤口愈合过程中的细胞功能和机制	小鼠伤口模型制备方法的差异可能引入干扰因素，影响实验结果	优化小鼠伤口模型的构建，以准确评估伤口闭合变化，并消除影响后续测序结果的变量	小鼠伤口模型和单细胞悬液的制备	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	小鼠皮肤组织样本
256	2024-10-16	Screening of potential drugs for the treatment of diabetic kidney disease using single-cell transcriptome sequencing and connectivity map data 2024-09-17, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150263 PMID:38905995	研究论文	利用单细胞转录组测序数据和连接图谱数据库筛选糖尿病肾病潜在治疗药物	结合单细胞转录组测序和连接图谱数据库筛选糖尿病肾病潜在治疗药物	需要进一步的临床试验验证筛选出的药物疗效	探索利用单细胞转录组测序数据和连接图谱数据库筛选糖尿病肾病潜在治疗药物的可行性	糖尿病肾病及其相关药物筛选	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	糖尿病肾病小鼠模型和细胞实验
257	2024-10-15	Somatic mitochondrial DNA mutations are a source of heterogeneity among primary leukemic cells 2024-Sep-27, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.09.26.24314381 PMID:39398996	研究论文	本研究探讨了体细胞线粒体DNA（mtDNA）突变在儿童白血病中的异质性来源及其生物学意义	通过整合单细胞测序（SCS）与数学建模和网络系统生物学方法，揭示了肿瘤富集的mtDNA突变与细胞状态变化之间的关联	研究主要基于两个儿童癌症患者队列的批量全基因组测序数据，样本量有限	探讨体细胞线粒体DNA突变在白血病细胞中的异质性及其生物学意义	儿童白血病患者的肿瘤和正常样本	数字病理学	白血病	单细胞测序（SCS）	数学建模	基因组数据	两个儿童癌症患者队列的匹配肿瘤和正常样本
258	2024-10-13	Revealing a cancer-associated fibroblast-based risk signature for pancreatic adenocarcinoma through single-cell and bulk RNA-seq analysis 2024-Sep-26, Aging DOI:10.18632/aging.206043 PMID:39332020	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序分析揭示胰腺腺癌中基于癌症相关成纤维细胞的风险特征	首次探索了癌症相关成纤维细胞（CAF）在胰腺腺癌（PAAD）中的预后意义，并构建了一个基于CAF的七基因风险特征	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在数据偏差和样本量不足的问题	探索胰腺腺癌中癌症相关成纤维细胞的预后意义，并构建预测模型	胰腺腺癌中的癌症相关成纤维细胞及其相关基因	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序	LASSO回归和诺模图模型	RNA测序数据和微阵列数据	TCGA-PAAD队列中的正常和肿瘤样本，以及GSE155698数据集中的单细胞RNA测序数据
259	2024-10-13	BootCellNet, a resampling-based procedure, promotes unsupervised identification of cell populations via robust inference of gene regulatory networks 2024-Sep, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012480 PMID:39348410	研究论文	本文介绍了一种名为BootCellNet的新方法，通过平滑和重采样技术推断基因调控网络（GRN），并进一步推断最小支配集（MDS），以促进单细胞RNA测序数据的无监督细胞群识别	BootCellNet通过平滑和重采样技术推断GRN和MDS，提供了一种无监督且可解释的细胞类型识别方法	NA	开发一种新的数据分析方法，用于细胞类型识别和基因调控网络推断	单细胞RNA测序数据中的细胞群和基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	外周血单核细胞和造血干细胞的scRNA-seq数据，以及COVID-19患者的细胞数据
260	2024-10-12	Developmental emergence of first- and higher-order thalamic neuron molecular identities 2024-Sep-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202764 PMID:39348458	研究论文	研究了发育过程中丘脑神经元分子身份的形成，特别是第一级和高级神经元的分化过程	首次揭示了高级神经元比第一级神经元更早开始分化的现象，并发现外周输入对第一级视觉丘脑兴奋性神经元的成熟至关重要	研究仅限于小鼠胚胎丘脑，未涉及其他物种或成年丘脑	探讨丘脑神经元在发育过程中分子身份的形成机制	小鼠胚胎丘脑中的第一级和高级神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠胚胎丘脑的单细胞RNA测序数据