单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 631 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
181	2025-10-06	Unraveling the spatial organization and development of human thymocytes through integration of spatial transcriptomics and single-cell multi-omics profiling 2024-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51767-y PMID:39237503	研究论文	通过整合空间转录组学和单细胞多组学数据解析人类胸腺细胞的空间组织和发育过程	开发了TSO-his工具整合多模态数据，首次在单细胞分辨率重建胸腺空间结构，发现CD8αα与记忆B细胞和单核细胞的新共定位关系	NA	解析人类胸腺的空间组织和T细胞发育机制	人类胸腺细胞	空间生物学	免疫系统疾病	空间转录组学,单细胞多组学测序,VDJ测序	NA	空间转录组数据,单细胞多组学数据,VDJ序列数据	NA	NA	空间转录组学,单细胞多组学,VDJ测序	NA	NA
182	2025-10-06	Symbiotic symphony: Understanding host-microbiota dialogues in a spatial context 2024 Sep-Oct, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.semcdb.2024.03.001 PMID:38564842	综述	探讨在空间背景下研究宿主与微生物群对话的重要性及方法	强调空间转录组学技术在解析宿主-微生物相互作用中的创新应用，突破传统分离研究的局限	早期生命微生物研究中生物量有限，需在低生物量框架下进行分析	全面理解宿主与微生物群在空间背景下的相互作用机制	人类宿主与相关微生物群	空间转录组学	局部感染和炎症	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
183	2025-10-06	Genomic and immune heterogeneity of multiple synchronous lung adenocarcinoma at different developmental stages 2024-09-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52139-2 PMID:39256403	研究论文	本研究通过多组学技术分析多发性同步肺癌在不同发展阶段的基因组和免疫异质性	首次在单细胞分辨率揭示多发性同步肺癌从癌前病变到浸润性腺癌演变过程中的克隆独立性、趋同进化和免疫微环境动态变化	样本量较小（8例患者16个肿瘤），需要更大队列验证发现	探索多发性同步肺癌不同病理阶段的基因组和免疫异质性	8例多发性同步肺癌患者的16个肿瘤样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序,单细胞TCR测序,全外显子组测序	NA	基因组数据,转录组数据,免疫组库数据	8例患者的16个肿瘤样本	NA	单细胞RNA-seq,单细胞TCR测序,全外显子组测序	NA	NA
184	2025-10-06	Glioblastoma cells increase expression of notch signaling and synaptic genes within infiltrated brain tissue 2024-09-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52167-y PMID:39251578	研究论文	本研究利用空间转录组学分析胶质母细胞瘤恶性细胞在肿瘤核心区和浸润脑组织中的基因表达差异	首次揭示浸润脑组织中的恶性细胞表现出神经发育通路和胶质细胞分化相关基因表达增加的空间特征	样本量较小(n=11)，且浸润脑组织的特征描述仍不够全面	探索胶质母细胞瘤恶性细胞在肿瘤核心区和浸润脑组织中的空间基因表达差异	胶质母细胞瘤患者肿瘤组织和浸润脑组织中的恶性细胞	空间转录组学	胶质母细胞瘤	空间转录组学	NA	空间基因表达数据	11例样本	NA	空间转录组学	NA	NA
185	2025-10-06	ST-GEARS: Advancing 3D downstream research through accurate spatial information recovery 2024-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51935-0 PMID:39242563	研究论文	提出ST-GEARS系统通过精确空间信息恢复推进3D空间转录组学研究	引入分布式约束优化方案和数学证明的双截面场应用，实现跨截面锚点的超精确连接和原始空间谱系恢复	未明确说明系统在不同组织类型或复杂变形场景下的适用性限制	解决3D空间转录组学中空间信息丢失和实验变形导致的下游分析不可靠问题	三维空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间转录组学	优化模型	空间转录组数据	NA	NA	3D空间转录组学	NA	NA
186	2025-10-06	Intracellular spatial transcriptomic analysis toolkit (InSTAnT) 2024-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49457-w PMID:39242579	研究论文	开发了一种用于细胞内空间转录组数据分析的计算工具包InSTAnT	首个专门用于单分子分辨率空间转录组数据分析的工具包，能够检测基因对和模块在细胞内及细胞间的共定位模式	NA	开发计算工具以解锁空间转录组数据在发现亚细胞生物模式方面的潜力	五个不同数据集，代表两种细胞系、两个脑结构、两个物种和三种不同技术	空间转录组学	NA	多重误差稳健荧光原位杂交(MERFISH)，空间转录组学	统计检验和算法	空间转录组数据	五个数据集	NA	空间转录组学，单分子分辨率成像	NA	NA
187	2025-10-06	Cellular origin and clonal evolution of human dedifferentiated liposarcoma 2024-09-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52067-1 PMID:39266532	研究论文	通过单细胞RNA测序等技术揭示了人去分化脂肪肉瘤的细胞起源和克隆演化机制	首次鉴定出肿瘤脂肪干细胞作为DDLPS的细胞起源，并证明其具有多能性特征	研究样本仅来自原发肿瘤，未涉及转移性病灶	探究去分化脂肪肉瘤的细胞起源和克隆演化过程	人原发去分化脂肪肉瘤的成对分化良好和去分化组分	数字病理学	脂肪肉瘤	单细胞RNA测序, DNA测序, 原位多重免疫荧光, 功能分析	NA	单细胞转录组数据, 基因组数据, 图像数据	原发DDLPS肿瘤的成对WD和DD组分	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
188	2025-10-06	Maf expression in B cells restricts reactive plasmablast and germinal center B cell expansion 2024-09-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52224-6 PMID:39266537	研究论文	本研究揭示了Maf在B细胞中作为晚期B细胞分化、浆母细胞增殖和生发中心B细胞形成的负调控因子	首次证明Maf在B细胞中通过调控细胞代谢、转运活性和线粒体蛋白来限制浆母细胞和生发中心B细胞的扩张	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类B细胞中验证	探究Maf在B细胞分化和免疫应答中的调控作用	B细胞特异性Maf缺失小鼠的B细胞亚群	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Maf缺陷小鼠和野生型对照小鼠的脾脏B细胞	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
189	2025-10-06	Immune profiling-based targeting of pathogenic T cells with ustekinumab in ANCA-associated glomerulonephritis 2024-09-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52525-w PMID:39300109	研究论文	本研究通过空间和单细胞转录组分析识别ANCA相关性肾小球肾炎中的致病性T细胞，并验证ustekinumab靶向治疗的潜力	首次通过空间和单细胞转录组分析揭示ANCA-GN中致病性T细胞的分子特征，并应用数字药理学方法识别ustekinumab作为潜在治疗药物	样本量较小（34例分析样本，4例治疗病例），随访时间较短（26周），需要更大规模的临床试验验证	开发针对ANCA相关性肾小球肾炎的精准免疫治疗方法	ANCA相关性血管炎患者的肾脏组织和外周血样本	数字病理学	ANCA相关性血管炎/肾小球肾炎	空间转录组分析,单细胞转录组测序	NA	转录组数据,临床数据	34例ANCA-GN患者肾脏样本，4例复发患者接受治疗	NA	单细胞RNA-seq,空间转录组学	NA	NA
190	2025-10-06	Detecting anomalous anatomic regions in spatial transcriptomics with STANDS 2024-09-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52445-9 PMID:39300113	研究论文	提出基于生成对抗网络的STANDS框架，用于从多样本空间转录组数据中检测和对齐异常组织区域	首个能够从多样本空间转录组数据中进行从头异常组织区域检测与解析的方法，整合了多模态学习、迁移学习和风格迁移技术	需要正常空间转录组数据集进行对比分析，但这些数据集通常稀缺	开发空间转录组数据分析方法，检测和解析异常组织区域	多样本空间转录组数据中的异常组织区域	空间转录组学	NA	空间转录组学	GAN	空间转录组数据	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
191	2025-10-06	PRDM3/16 regulate chromatin accessibility required for NKX2-1 mediated alveolar epithelial differentiation and function 2024-09-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52154-3 PMID:39284798	研究论文	本研究揭示了PRDM3和PRDM16通过调控染色质可及性介导NKX2-1依赖的肺泡上皮细胞分化机制	首次发现PRDM3/PRDM16组蛋白甲基转移酶通过调控染色质可及性影响NKX2-1转录靶点，从而介导肺泡上皮细胞分化	研究主要关注围产期肺泡上皮细胞分化，对其他发育阶段的影响尚未明确	探究PRDM3和PRDM16在肺泡上皮细胞分化和功能中的调控机制	小鼠肺内胚层细胞和AT2肺泡上皮细胞	表观遗传学	呼吸系统疾病	单细胞RNA-seq, ATAC-seq, CUT&RUN	基因敲除小鼠模型	基因组学数据	NA	NA	单细胞RNA-seq, 批量ATAC-seq	NA	NA
192	2025-10-06	Integration of scHi-C and scRNA-seq data defines distinct 3D-regulated and biological-context dependent cell subpopulations 2024-09-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52440-0 PMID:39333113	研究论文	开发了一种整合scHi-C和scRNA-seq数据的计算方法，用于定义3D染色质结构调控的细胞亚群	首次在单细胞分辨率下整合3D染色质结构和基因表达数据，提出了拓扑整合亚群(TISPs)的新概念	方法主要在乳腺癌细胞模型系统中验证，需要进一步在其他癌症类型中测试	研究3D染色质结构如何调控细胞异质性，特别是在癌症发展中的作用	乳腺癌细胞	生物信息学	乳腺癌	scHi-C, scRNA-seq, 多组学数据整合	MUDI算法	单细胞3D基因组数据, 单细胞转录组数据	公开数据和新生成数据，包含20个TISPs	NA	单细胞Hi-C, 单细胞RNA测序	NA	NA
193	2025-10-06	Single Cell Expression Analysis of Ductal Carcinoma in Situ Identifies Complex Genotypic-Phenotypic Relationships Altering Epithelial Composition 2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.10.561724 PMID:39386437	研究论文	通过单细胞RNA测序分析乳腺导管原位癌，揭示基因型与表型关系的复杂性及其对上皮细胞组成的影响	首次在DCIS中结合单细胞RNA测序和推断的拷贝数变异进行系统发育分析，揭示肿瘤内克隆异质性与基因表达差异的关联	样本量相对有限，且主要基于回顾性档案样本分析	探索DCIS生长机制及向浸润性癌进展的关键特性	乳腺导管原位癌病变及匹配的正常乳腺组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序, 拷贝数变异推断, 系统发育分析, 反卷积分析	NA	单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据	DCIS病变和匹配正常组织的临床标本	NA	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq	NA	NA
194	2025-10-06	A sexually dimorphic hepatic cycle of periportal VLDL generation and subsequent pericentral VLDLR-mediated re-uptake 2024-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52751-2 PMID:39341814	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了肝脏功能在空间和时间上的性别二态性，特别是极低密度脂蛋白的生成与摄取循环	首次发现肝脏中存在性别二态性的门静脉周围VLDL生成和中央静脉周围VLDLR介导的再摄取循环	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证相对有限	探究性别二态性如何影响肝脏功能的时空逻辑	小鼠肝脏和人类肝脏组织	单细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
195	2025-10-06	Hypoxia induces ROS-resistant memory upon reoxygenation in vivo promoting metastasis in part via MUC1-C 2024-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51995-2 PMID:39341835	研究论文	本研究揭示缺氧通过诱导MUC1-C上调形成ROS抵抗性记忆，促进乳腺癌转移的机制	首次发现缺氧细胞在复氧后仍保持缺氧诱导基因表达，并鉴定MUC1-C在介导ROS抵抗和转移中的关键作用	主要基于动物模型和体外实验，临床验证仍需进一步研究	探究缺氧诱导肿瘤转移的分子机制	乳腺癌细胞、循环肿瘤细胞(CTCs)、患者来源异种移植模型	空间转录组学	乳腺癌	空间转录组学、基因敲除、药物抑制	NA	基因表达数据、转录组数据	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
196	2025-10-06	Introducing synthetic thermostable RNase inhibitors to single-cell RNA-seq 2024-09-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52717-4 PMID:39333520	研究论文	本研究在单细胞RNA测序中引入合成热稳定RNase抑制剂，证明其性能优于传统蛋白质类RNase抑制剂	首次将合成热稳定RNase抑制剂应用于单细胞RNA测序，可在热循环过程中保持RNase抑制活性	未明确说明样本规模和具体实验条件的局限性	改进单细胞RNA测序中的RNase抑制方法	RNase抑制剂在单细胞RNA测序中的应用	单细胞测序技术	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
197	2025-10-06	The estrogen response in fibroblasts promotes ovarian metastases of gastric cancer 2024-09-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52615-9 PMID:39349474	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了雌激素通过激活ER-MDK-LRP1信号轴促进胃癌卵巢转移的分子机制	首次在单细胞水平发现卵巢转移灶中成纤维细胞高表达雌激素受体和中期因子，并阐明雌激素-MDK-LRP1信号轴在胃癌卵巢转移中的关键作用	样本量相对有限（18例患者），需要更大规模研究验证	探究胃癌卵巢转移的分子机制，特别是雌激素在其中的作用	18例伴有卵巢转移的胃癌患者的45个肿瘤样本	单细胞测序	胃癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	18例患者的45个肿瘤样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
198	2025-10-06	Protocol for optimized nasal mucosa sample processing to obtain high-quality scRNA-seq and scATAC-seq data 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103298 PMID:39244757	研究论文	提出优化的人类鼻黏膜样本处理流程，用于同时获取高质量单细胞转录组和表观基因组数据	开发了能够同时获得高质量scRNA-seq和scATAC-seq数据的鼻黏膜样本处理协议	NA	优化鼻黏膜样本处理流程以提高单细胞测序数据质量	人类鼻黏膜组织	单细胞测序技术	鼻腔疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	NA	NA	单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序	NA	NA
199	2025-10-06	VisualZoneR: A computational protocol to identify compartmental zones from single-cell spatial transcriptomics using R 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103196 PMID:39067026	研究论文	介绍一种基于R语言的VisualZoneR计算协议，用于从单细胞空间转录组数据中识别区室化区域	开发了专门用于分析Visium和Visium HD空间转录组数据的R语言工具，能够识别从健康组织到转移区域的不同区室	NA	建立从单细胞空间转录组数据中识别区室化区域的计算方法	肝脏组织，包括健康肝组织和转移区域	空间转录组学	肝癌	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA	10x Genomics	空间转录组学	Visium, Visium HD	10x Visium空间转录组技术
200	2025-10-06	Protocol for analysis of single-cell sequencing data by Seqtometry 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103209 PMID:39096493	研究论文	介绍用于单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据分析的Seqtometry分析平台协议	提出基于基因特征高级评分的Seqtometry分析平台，可直接通过生物学可解释维度识别和表征特定细胞	NA	开发单细胞测序数据分析协议	单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序	NA	基因表达数据, 染色质可及性数据	NA	NA	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq	NA	NA