单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-10-11	Screening and identification of susceptibility genes for cervical cancer via bioinformatics analysis and the construction of an mitophagy-related genes diagnostic model 2024-Sep-19, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05952-7 PMID:39294534	研究论文	本研究利用生物信息学方法筛选和识别宫颈癌的易感基因，并构建和验证了一个与线粒体自噬相关基因的诊断模型	本研究通过生物信息学分析成功识别了一组与宫颈癌发展过程中表达显著差异的基因，并构建了一个可靠的临床预测模型	NA	本研究旨在通过生物信息学方法系统筛选和识别宫颈癌的易感基因，并构建和验证一个与线粒体自噬相关基因的诊断模型，以增加对疾病发病机制的理解并改善早期诊断和治疗	本研究的研究对象是宫颈癌的易感基因和线粒体自噬相关基因	生物信息学	宫颈癌	差异基因表达分析、通路富集分析、机器学习算法	临床预测模型	基因表达数据、单核苷酸多态性数据	大量基因组数据，包括对照组和宫颈癌患者的基因表达数据和单核苷酸多态性数据
182	2024-10-11	Evidence of Alveolar Macrophage Metabolic Shift Following Stereotactic Body Radiation Therapy -Induced Lung Fibrosis in Mice 2024-Sep-14, International journal of radiation oncology, biology, physics DOI:10.1016/j.ijrobp.2024.09.018 PMID:39278419	研究论文	研究立体定向体部放射治疗（SBRT）诱导的小鼠肺纤维化后肺泡巨噬细胞的代谢转变	首次在立体定向体部放射治疗诱导的肺纤维化小鼠模型中观察到肺泡巨噬细胞的代谢转变，并揭示了巨噬细胞在损伤区域的招募和增殖机制	研究仅限于小鼠模型，且未探讨人类中的适用性	探讨立体定向体部放射治疗诱导的肺纤维化中小鼠肺泡巨噬细胞的代谢变化及其在肺损伤中的作用	小鼠肺泡巨噬细胞及其在放射治疗诱导的肺纤维化中的代谢变化	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	野生型和CCR2 KO小鼠各一组，每组接受不同剂量的放射治疗
183	2024-10-11	Collaborative Structure-Preserved Missing Data Imputation for Single-Cell RNA-Seq Clustering 2024 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3404013 PMID:38776196	研究论文	本文介绍了一种名为ColImpute的协作结构保持缺失数据插补方法，用于单细胞RNA-seq聚类分析	本文提出了一种新的协作结构保持缺失数据插补方法ColImpute，通过集成聚类结构保持插补模块和子空间聚类模块，实现了缺失数据插补和细胞亚型识别的协同训练	NA	提高单细胞RNA-seq数据中缺失值插补的准确性，并改善细胞类型识别的效果	单细胞RNA-seq数据中的缺失值插补和细胞类型识别	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
184	2024-10-11	IMPLICATIONS OF YWHAH GENE EXPRESSION IN THE EARLY DETECTION OF SEPSIS 2024-Sep-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002409 PMID:38904460	研究论文	研究探讨了YWHAH基因在脓毒症早期检测中的表达及其潜在意义	首次发现YWHAH基因在感染和脓毒症患者中的表达差异，可能为脓毒症的早期检测和治疗提供新思路	研究主要基于公共单细胞转录组数据库和体外实验，缺乏临床样本的验证	探讨YWHAH基因在脓毒症早期检测中的潜在作用	YWHAH基因在感染和脓毒症患者中的表达	NA	脓毒症	实时聚合酶链反应	NA	转录组数据	NA
185	2024-10-11	scVSC: Deep Variational Subspace Clustering for Single-Cell Transcriptome Data 2024 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3405731 PMID:38801694	研究论文	提出了一种基于深度表示神经网络的无监督聚类算法scVSC，用于单细胞转录组数据分析	将变分推断引入子空间模型，对潜在空间施加正则化约束，防止过拟合	未提及	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和运行效率	单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度变分子空间聚类模型	转录组数据	多个数据集
186	2024-10-11	scATAcat: cell-type annotation for scATAC-seq data 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae135 PMID:39380946	研究论文	提出了一种名为scATAcat的新方法，利用批量ATAC-seq数据作为原型来注释scATAC-seq数据	scATAcat方法的创新之处在于利用已知的批量ATAC-seq数据作为原型，而不是依赖基因表达模式	文章未明确提及scATAcat方法的局限性	开发一种新的方法来注释scATAC-seq数据中的细胞类型	scATAC-seq数据中的细胞类型	生物信息学	NA	scATAC-seq	NA	scATAC-seq数据	多个数据集，具体样本数量未明确提及
187	2024-10-10	Clinical cell-surface targets in metastatic and primary solid cancers 2024-Sep-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.183674 PMID:39315546	研究论文	研究了转移性和原发性实体癌中细胞表面靶点的表达情况	首次整合了大量RNA-seq和微阵列数据，包括良性样本、原发性肿瘤样本和转移性肿瘤样本，并利用单细胞RNA-seq数据分析了肿瘤的异质性	依赖于现有数据集，可能存在数据偏差	探讨细胞表面靶点在转移性和原发性实体癌中的表达情况，并评估其在治疗中的潜在应用	细胞表面靶点在不同类型癌症中的表达情况	数字病理学	NA	RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA-seq	NA	RNA, 蛋白质	7,927个良性样本, 16,866个原发性肿瘤样本, 6,124个转移性肿瘤样本, 36个良性组织, 558个原发性和转移性肿瘤样本, 29个良性组织样本, 1,075个肿瘤样本, 942个细胞系
188	2024-10-10	scDFN: enhancing single-cell RNA-seq clustering with deep fusion networks 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae486 PMID:39373051	研究论文	介绍了一种名为scDFN的新型深度学习算法，用于增强单细胞RNA测序数据的聚类效果	scDFN算法通过融合网络策略，结合自编码器和改进的图自编码器，以及三重自监督策略和四种联合损失函数，显著提升了单细胞RNA测序数据的聚类效果	NA	提升单细胞RNA测序数据的聚类效果	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习模型	基因表达数据	多个数据集
189	2024-10-10	Single-cell RNA sequencing of pediatric Hodgkin lymphoma to study the inhibition of T cell subtypes 2024-Sep, HemaSphere IF:7.6Q1 DOI:10.1002/hem3.149 PMID:39233904	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了儿童霍奇金淋巴瘤中的T细胞亚型抑制机制	本研究首次通过单细胞RNA测序技术识别了霍奇金和里德-斯特恩伯格细胞中过表达的细胞表面蛋白基因，并发现了潜在的T细胞抑制相互作用	研究结果显示患者和肿瘤组织区域之间存在显著的相互作用强度变异性，这可能影响治疗效果	旨在通过单细胞RNA测序技术识别儿童霍奇金淋巴瘤中的新治疗靶点	儿童经典霍奇金淋巴瘤中的霍奇金和里德-斯特恩伯格细胞及其周围的免疫细胞	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个儿童霍奇金淋巴瘤患者的肿瘤样本
190	2024-10-10	IKKε-deficient macrophages impede cardiac repair after myocardial infarction by enhancing the macrophage-myofibroblast transition 2024-Sep, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01304-0 PMID:39261656	研究论文	研究IKKε缺陷对心肌梗死后心脏修复的影响	发现IKKε缺陷通过增强巨噬细胞向肌成纤维细胞的转化，阻碍心肌梗死后的心脏修复	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨IKKε在心肌梗死后炎症调节中的作用	IKKε敲除小鼠和野生型小鼠的心脏修复情况	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和磷酸化蛋白阵列技术	NA	RNA和蛋白质	IKKε敲除小鼠和野生型小鼠
191	2024-10-09	Integration of scHi-C and scRNA-seq data defines distinct 3D-regulated and biological-context dependent cell subpopulations 2024-Sep-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52440-0 PMID:39333113	研究论文	开发了一种多组学数据整合算法（MUDI），结合单细胞Hi-C和单细胞RNA测序数据，定义了3D调控和生物学背景依赖的细胞亚群	首次展示了在单细胞分辨率下整合3D染色质结构和基因表达数据，并定义了拓扑结构整合的亚群（TISPs）	NA	研究3D染色质结构和基因表达在单细胞分辨率下的整合，并定义生物学背景依赖的细胞亚群	乳腺癌细胞模型系统中的3D染色质结构和基因表达	生物信息学	乳腺癌	单细胞Hi-C和单细胞RNA测序	多组学数据整合算法（MUDI）	基因表达数据	公开数据和新产生的单细胞Hi-C和单细胞RNA测序数据
192	2024-10-09	Identifying genetic variants that influence the abundance of cell states in single-cell data 2024-Sep-26, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01909-1 PMID:39327486	研究论文	本文介绍了一种名为Genotype-Neighborhood Associations (GeNA)的统计工具，用于在高维单细胞数据集中识别细胞状态丰度数量性状位点(csaQTLs)	GeNA能够灵活地识别与遗传变异最相关的细胞状态丰度，而不是依赖于预定义的细胞状态	NA	研究遗传变异如何影响单细胞数据中的细胞状态丰度	单细胞RNA测序外周血数据中的细胞状态丰度	生物信息学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	基因型数据	969个个体
193	2024-10-09	COFFEE: consensus single cell-type specific inference for gene regulatory networks 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae457 PMID:39311699	研究论文	本文介绍了一种基于Borda投票的共识算法COFFEE，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	COFFEE算法通过整合10种已建立的基因调控网络推断方法，提高了在合成、精选和实验数据集上的性能	COFFEE算法目前仅在10种算法上进行了基准测试，未来可能需要扩展到更多算法	开发一种适用于单细胞RNA测序数据的共识基因调控网络推断方法	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	共识算法	基因调控网络	NA
194	2024-10-09	Scalable and unsupervised discovery from raw sequencing reads using SPLASH2 2024-Sep-23, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02381-2 PMID:39313645	研究论文	介绍了一种基于高效k-mer计数方法的SPLASH2实现，用于大规模数据集中调控序列变异的检测	提出了SPLASH2，这是一种快速、可扩展的SPLASH实现，适用于多种测序技术和生物背景	NA	开发一种可扩展且无监督的方法，用于从原始测序读取中发现序列变异	单细胞RNA测序数据和来自癌症细胞系百科全书的bulk RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	序列数据	包括单细胞RNA测序数据和bulk RNA-seq数据
195	2024-10-09	Application of Unsupervised Multi-Omic Factor Analysis to Uncover Patterns of Variation and Molecular Processes Linked to Cardiovascular Disease 2024-Sep-20, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66659 PMID:39373483	研究论文	本文展示了一种无监督的多组学因子分析方法，用于揭示与心血管疾病相关的变异模式和分子过程	本文提出了多组学因子分析（MOFA）方法，用于无监督地分析复杂的多组学数据集，揭示主要的变异轴和相关的分子特征	本文主要集中在心血管疾病的急性冠状动脉综合征和慢性冠状动脉综合征，未涵盖其他疾病类型	研究目的是通过多组学数据分析，揭示与心血管疾病相关的分子过程和变异模式	研究对象包括急性冠状动脉综合征和慢性冠状动脉综合征患者的血液样本	生物信息学	心血管疾病	多组学因子分析（MOFA）	NA	多组学数据	多个患者的血液样本，包括不同时间点的测量数据
196	2024-10-09	Autophagy unrelated transcriptional mechanisms of hydroxychloroquine resistance revealed by integrated multi-omics of evolved cancer cells 2024-Sep-19, Cell cycle (Georgetown, Tex.) DOI:10.1080/15384101.2024.2402191 PMID:39299930	研究论文	通过综合多组学分析揭示了与自噬无关的羟氯喹耐药转录机制	首次通过多组学策略揭示了与自噬无关的羟氯喹耐药的转录机制	研究仅限于卵巢癌和结直肠癌细胞，结果可能不适用于其他类型的癌症	探讨羟氯喹耐药的转录机制及其在肿瘤治疗中的应用	卵巢癌和结直肠癌细胞	数字病理学	结直肠癌	RNA测序	NA	基因组数据	卵巢癌和结直肠癌细胞各一组
197	2024-10-09	The aminophospholipid transporter, ATP8B3, as a potential biomarker and target for enhancing the therapeutic effect of PD-L1 blockade in colon adenocarcinoma 2024-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110907 PMID:39074670	研究论文	研究探讨了ATP8B3作为结肠腺癌潜在生物标志物和靶点，以增强PD-L1阻断疗法的疗效	发现ATP8B3在MSI-H结肠腺癌患者中与PD-L1表达相关，抑制ATP8B3可增加PD-L1疗法的敏感性	研究主要集中在MSI-H亚型，MSS亚型的结果有限	探索ATP8B3在结肠腺癌中的作用，评估其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	结肠腺癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	结肠腺癌	单细胞RNA测序、bulk RNA测序、siRNA、shRNA、western blot分析、流式细胞术	NA	RNA	使用TCGA和GEO数据库中的数据，具体样本数量未明确提及
198	2024-10-09	scDAPP: a comprehensive single-cell transcriptomics analysis pipeline optimized for cross-group comparison 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae134 PMID:39345754	研究论文	开发了一个名为scDAPP的R语言工作流程，用于单细胞转录组数据的跨组比较分析	scDAPP自动化了许多预处理步骤，使用数据学习参数，并生成了全面的中间数据和最终结果，适用于初学者和专家	NA	开发一个自动化和标准化的数据处理和分析管道，用于单细胞转录组数据的跨组比较分析	单细胞或核转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两个或更多组别的单细胞或核样本
199	2024-10-09	Exploring public cancer gene expression signatures across bulk, single-cell and spatial transcriptomics data with signifinder Bioconductor package 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae138 PMID:39363890	研究论文	本文介绍了一个名为signifinder的R Bioconductor包，用于在批量、单细胞和空间转录组数据中探索和使用公共癌症基因表达特征	开发了signifinder包，整合了批量、单细胞和空间转录组数据中的癌症基因表达特征，提供了一个全面的框架来解释高分辨率数据并解决肿瘤复杂性	NA	探索癌症机制、定义亚型、预测预后和评估治疗效果	癌症基因表达特征在批量、单细胞和空间转录组数据中的应用	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
200	2024-10-08	RNA Sequencing Reveals a Strong Predominance of THRA Splicing Isoform 2 in the Developing and Adult Human Brain 2024-Sep-13, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25189883 PMID:39337374	研究论文	研究通过RNA测序分析了人类大脑发育和成年期THRA剪接异构体2的表达情况	首次在健康人体组织和发育中的大脑中研究了THRA1和THRA2剪接异构体的表达模式	研究仅限于RNA测序数据，未涉及蛋白质水平的验证	探讨THRA剪接异构体在人类大脑发育和成年期的表达模式	THRA1和THRA2剪接异构体在人类大脑和中枢神经系统的表达	基因表达	NA	RNA测序	NA	RNA	四个bulk RNA-seq数据集和两个scRNA-seq数据集