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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2025-10-07 |
New dimension in viral hepatitis research
2024-Sep, eGastroenterology
DOI:10.1136/egastro-2024-100136
PMID:39944365
|
研究论文 | 使用GeoMx数字空间分析技术研究乙型肝炎患者肝组织中基因表达的空间分布特征 | 首次应用GeoMx DSP技术对HBV感染肝组织进行空间转录组分析,能够靶向选择特定组织区域进行精确基因表达定位 | 样本量较小(仅3例患者),目前仍处于概念验证阶段 | 通过空间转录组学技术深入了解肝脏免疫反应和HBV感染细胞分布,最终实现HBV功能性治愈 | 三名患者的肝组织(一名HBV单感染、一名HBV/HDV共感染、一名HBV/HIV共感染) | 空间转录组学 | 病毒性肝炎 | 数字空间分析,空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 3例患者肝组织样本 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx DSP | GeoMx数字空间分析技术,支持靶向选择特定组织区域(感兴趣区域)进行分析 |
| 182 | 2024-08-08 |
Correction to: Machine learning applications on intratumoral heterogeneity in glioblastoma using single-cell RNA sequencing data
2024-Sep-27, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad022
PMID:37226813
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 183 | 2025-10-07 |
NR3C2 affects the proliferation and invasiveness of colon cancer cells through the Wnt/β-Catenin signaling pathway
2024-Sep-05, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-05935-8
PMID:39237674
|
研究论文 | 本研究探讨NR3C2通过Wnt/β-Catenin信号通路调控结肠癌细胞增殖和侵袭的机制 | 首次揭示NR3C2通过调控Wnt/β-Catenin信号通路影响结肠癌细胞增殖、侵袭、自噬和凋亡的分子机制 | 研究样本量有限,主要依赖公共数据库数据,需要更多临床样本验证 | 探索NR3C2与结肠癌预后的相关性及其作用机制 | 结肠癌组织、结肠癌细胞系、裸鼠移植瘤模型 | 癌症生物学 | 结肠癌 | 生物信息学分析、慢病毒转染、CCK-8检测、Transwell实验、Western blot | 动物移植瘤模型、细胞模型 | mRNA表达数据、单细胞转录组数据、临床数据 | TCGA数据库结肠癌数据、GEO数据库单细胞数据、3对新鲜结肠癌及癌旁样本 | NA | 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 184 | 2025-10-07 |
Leukocyte-and Platelet-Rich Fibrin for enhanced tissue repair: an in vitro study characterizing cellular composition, growth factor kinetics and transcriptomic insights
2024-Sep-04, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-024-09890-y
PMID:39230578
|
研究论文 | 本研究通过体外实验深入分析白细胞和富血小板纤维蛋白的细胞组成、生长因子动力学和转录组特征 | 首次在细胞、蛋白质组和转录组水平上全面表征L-PRF,揭示了单核细胞向巨噬细胞分化的过程 | 样本量较小(流式细胞术n=4,单细胞RNA测序n=5),仅为体外研究 | 深入了解L-PRF的组成及其在组织愈合中的可能机制作用 | 人类L-PRF膜和液体L-PRF胶 | 组织工程 | 组织修复 | 流式细胞术,单细胞RNA测序,RT-qPCR,ELISA | NA | 细胞计数数据,基因表达数据,蛋白质浓度数据 | 流式细胞术4个样本,单细胞RNA测序5个样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 185 | 2025-10-07 |
A unique human cord blood CD8+CD45RA+CD27+CD161+ T-cell subset identified by flow cytometric data analysis using Seurat
2024-09, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13803
PMID:38798051
|
研究论文 | 本研究将原本用于单细胞RNA测序分析的Seurat软件包成功应用于高维流式细胞术数据分析,并鉴定出脐带血中独特的CD8+CD45RA+CD27+CD161+ T细胞亚群 | 首次将Seurat软件包重新用于流式细胞术数据分析,并发现脐带血中特有的T细胞亚群 | 方法验证相对有限,仅与另一种分析包和传统手动分析进行了比较 | 开发高维流式细胞术数据分析方法并鉴定新型免疫细胞亚群 | 成人血液和脐带血中的T细胞 | 临床免疫学 | NA | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | Seurat, Spectre | 流式细胞术数据, 单细胞RNA测序数据 | 成人血液和脐带血样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 流式细胞术 | NA | 20标记抗体panel |
| 186 | 2025-10-07 |
Screening and identification of susceptibility genes for cervical cancer via bioinformatics analysis and the construction of an mitophagy-related genes diagnostic model
2024-Sep-19, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-05952-7
PMID:39294534
|
研究论文 | 通过生物信息学方法筛选宫颈癌易感基因并构建线粒体自噬相关基因诊断模型 | 首次结合单细胞RNA测序数据和机器学习算法构建宫颈癌线粒体自噬相关基因的临床预后模型 | 未提及外部验证队列或模型泛化能力的详细评估 | 探索宫颈癌发病机制并改善早期诊断和治疗 | 宫颈癌患者和对照组的基因组数据 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, 差异基因表达分析, 通路富集分析, 机器学习 | 临床预后模型 | 基因表达谱, 单核苷酸多态性数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 187 | 2025-10-07 |
ABCA7-dependent induction of neuropeptide Y is required for synaptic resilience in Alzheimer's disease through BDNF/NGFR signaling
2024-Sep-11, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100642
PMID:39216475
|
研究论文 | 本研究通过构建abca7基因敲除斑马鱼模型,揭示了ABCA7通过调控神经肽Y表达维持阿尔茨海默病中突触完整性的新机制 | 首次发现ABCA7通过BDNF/NGFR信号通路调控神经肽Y表达,从而维持突触可塑性和脑韧性 | 研究主要基于动物模型和体外细胞实验,需要进一步在人类样本中验证 | 探究ABCA7基因在阿尔茨海默病发病机制中的功能作用 | 斑马鱼模型、人诱导多能干细胞分化的神经元、临床患者数据 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | CRISPR-Cas9基因编辑、单细胞转录组测序 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据、转录组数据、临床数据 | 斑马鱼模型、人类神经元细胞、临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 188 | 2025-10-07 |
An 18-gene signature of recurrence-associated endothelial cells predicts tumor progression and castration resistance in prostate cancer
2024-Sep, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02761-0
PMID:38997406
|
研究论文 | 本研究开发了一个18基因复发相关内皮细胞特征,用于预测前列腺癌的肿瘤进展和去势抵抗 | 首次识别并验证了与前列腺癌复发相关的内皮细胞亚群及其18基因特征,该特征在预测肿瘤复发和去势抵抗方面优于临床病理因素和商业基因签名 | 研究基于多个队列但样本量有限,需要进一步的功能验证和前瞻性研究确认临床适用性 | 探索前列腺癌中内皮细胞异质性对肿瘤复发和去势抵抗的预后和治疗意义 | 前列腺癌患者样本中的内皮细胞 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,批量转录组分析,机器学习算法 | 11种机器学习算法通过嵌套交叉验证比较 | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 8个批量转录组队列和4个单细胞RNA测序队列 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 189 | 2025-02-04 |
MAPK/ERK signaling in gliomas modulates interferon responses, T cell recruitment, microglia phenotype, and immune checkpoint blockade efficacy
2024-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.11.612571
PMID:39345374
|
研究论文 | 本文探讨了MAPK/ERK信号在胶质瘤中对干扰素反应、T细胞招募、小胶质细胞表型及免疫检查点阻断疗效的调节作用 | 揭示了MAPK/ERK信号通路在胶质瘤中对免疫治疗的敏感性及机制,特别是其对干扰素反应和抗原呈递的调节作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类样本的应用和验证仍需进一步研究 | 探讨MAPK/ERK信号通路在胶质瘤免疫治疗中的作用及其机制 | 胶质瘤细胞、T细胞、小胶质细胞 | 神经肿瘤学 | 胶质母细胞瘤 | CRISPR/Cas9筛选、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学、体外切片培养 | 小鼠胶质瘤模型、BRAFV600E突变胶质瘤切片培养 | 基因表达数据、蛋白质磷酸化数据 | 小鼠胶质瘤模型、BRAFV600E突变的人类胶质瘤组织切片 | NA | NA | NA | NA |
| 190 | 2025-10-07 |
Benchmarking bulk and single-cell variant-calling approaches on Chromium scRNA-seq and scATAC-seq libraries
2024-Sep-20, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277066.122
PMID:39147582
|
研究论文 | 评估在10x Genomics单细胞RNA测序和ATAC测序文库上应用不同变异检测方法的性能 | 首次系统比较批量变异检测和单细胞水平变异检测在Chromium平台单细胞测序数据上的表现 | 研究主要针对10x Genomics平台,结果可能不适用于其他单细胞测序技术 | 评估不同变异检测方法在单细胞测序数据中的准确性和可行性 | 单细胞RNA测序和ATAC测序文库 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, 全基因组测序 | NA | 基因组测序数据 | NA | 10x Genomics | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序和ATAC测序文库 |
| 191 | 2025-10-07 |
Developmental regulation of dermal adipose tissue by BCL11b
2024-Sep-19, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.351907.124
PMID:39266447
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了BCL11b通过调节Wnt信号微环境调控真皮白色脂肪组织发育的机制 | 首次发现BCL11b在胚胎发育过程中通过调控Wnt信号通路影响真皮脂肪组织的形成 | 研究主要基于小鼠模型,人类代谢疾病的相关性需要进一步验证 | 探究真皮脂肪组织的胚胎发育起源及其调控机制 | 小鼠胚胎发育过程中的脂肪组织 | 发育生物学 | 代谢疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠胚胎发育不同阶段样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 192 | 2025-10-07 |
Computational estimation of clonal diversity in autoimmunity
2024-09, Immunology and cell biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1111/imcb.12801
PMID:39010261
|
综述 | 本文综述了通过单细胞测序测量T细胞和B细胞受体多样性及其在自身免疫病研究中的应用 | 结合单细胞测序与多样性评估方法,推动自身免疫病机制发现和治疗创新 | NA | 探讨免疫受体多样性测量方法及其在自身免疫病研究中的意义 | T细胞受体和B细胞受体 | 生物信息学 | 自身免疫病 | 单细胞测序 | NA | 序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 193 | 2025-10-07 |
Scoping Review: Methods and Applications of Spatial Transcriptomics in Tumor Research
2024-Sep-06, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16173100
PMID:39272958
|
综述 | 本文通过范围综述方法总结了空间转录组学在肿瘤研究中的方法学进展和应用现状 | 系统分析了截至2023年底的41篇文献和公共数据库,明确了空间转录组学在肿瘤研究中的主流平台、数据分析方法和应用趋势 | 近半数研究缺乏完整的数据处理流程描述,影响了研究的可重复性 | 评估空间转录组学在肿瘤研究中的方法学挑战和实际应用价值 | 41篇已发表文献和公共数据资源库 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组学,单细胞测序,免疫组织化学 | SCTransform | 基因表达数据,空间位置信息 | 41篇文献分析 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组平台 |
| 194 | 2025-10-07 |
WIP1-mediated regulation of p38 MAPK signaling attenuates pyroptosis in sepsis-associated acute kidney injury
2024-09, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152832
PMID:38943814
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研究论文 | 本研究探讨WIP1通过调节p38 MAPK信号通路在脓毒症相关急性肾损伤中抑制细胞焦亡的作用机制 | 首次揭示WIP1在急性肾损伤中通过p38 MAPK信号通路调控肾小管细胞焦亡的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和HK2细胞系,尚未在更复杂的人类病理环境中验证 | 阐明WIP1在脓毒症相关急性肾损伤中的分子调控机制 | 小鼠模型、人类HK2肾小管上皮细胞、急性肾损伤患者组织样本 | 分子病理学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序, 蛋白质印迹, 细胞活力检测 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞功能数据 | 小鼠模型和细胞系实验,包含人类患者组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 195 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome analysis of macrophage subpopulations contributing to chemotherapy resistance in ovarian cancer
2024-09, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152811
PMID:38941863
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示卵巢癌化疗耐药中巨噬细胞亚群的作用机制 | 首次在单细胞水平鉴定出与卵巢癌化疗耐药相关的CXCL5+、THBS1+和MMP9+巨噬细胞亚群,并揭示其促肿瘤分子表达特征 | 样本量未明确说明,机制研究主要基于生物信息学分析缺乏实验验证 | 探究巨噬细胞在卵巢癌化疗耐药中的功能和机制 | 卵巢癌组织中的巨噬细胞亚群 | 单细胞组学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组测序 | Seurat分析流程 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 196 | 2025-10-07 |
Identification and validation of potential biomarkers related to oxidative stress in idiopathic pulmonary fibrosis
2024-09, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152791
PMID:39180853
|
研究论文 | 通过生物信息学技术鉴定与特发性肺纤维化氧化应激相关的潜在诊断生物标志物 | 首次结合随机森林算法和LASSO回归从氧化应激相关基因中筛选出7个诊断基因,并构建了具有出色预测能力的列线图模型 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 鉴定与特发性肺纤维化氧化应激相关的可靠诊断生物标志物 | 特发性肺纤维化患者基因表达数据 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | 基因表达分析,单细胞RNA测序,生物信息学分析 | 随机森林,LASSO回归,列线图 | 基因表达数据 | GSE70866和GSE141939数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 197 | 2025-10-07 |
Single-Cell Transcriptomics Applied in Plants
2024-09-17, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13181561
PMID:39329745
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在植物研究中的应用现状、挑战与未来方向 | 首次系统梳理了scRNA-seq技术在植物科学中的研究进展,并提供了五个有助于识别不同细胞类型标记基因的数据库 | 主要关注模式植物、作物和木材植物,可能未完全覆盖所有植物物种 | 探索scRNA-seq技术在植物研究中的应用潜力 | 植物组织,特别是模式植物、作物和木材 | 植物科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 198 | 2025-10-07 |
Deep Immunoprofiling of Large-Scale Tuberculosis Dataset at Single Cell Resolution Reveals a CD81bright γδ T Cell Population Associated with Latency
2024-09-12, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13181529
PMID:39329713
|
研究论文 | 通过大规模单细胞RNA测序分析揭示了与结核潜伏感染相关的CD81高表达γδ T细胞亚群 | 首次在大规模结核病数据集中通过单细胞分辨率免疫分析发现CD81bright γδ T细胞亚群与潜伏感染相关 | 研究主要关注外周血γδ T细胞,未深入探讨其他免疫细胞类型或组织特异性反应 | 探索γδ T细胞不同亚群在结核病保护性免疫或疾病进展中的作用 | 结核病患者外周血γδ T细胞 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据, 流式细胞数据 | 大规模结核病数据集(具体样本数未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 199 | 2025-10-07 |
Characterizing the Tumor Microenvironment and Its Prognostic Impact in Breast Cancer
2024-09-10, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13181518
PMID:39329702
|
研究论文 | 通过整合分析bulk和单细胞RNA测序数据,系统表征乳腺癌肿瘤微环境的免疫景观和细胞间通讯 | 识别了三种不同的免疫浸润患者亚型,发现中等免疫浸润患者预后最佳,并揭示了SPP1和EGF信号通路在低免疫浸润组中的特异性激活 | NA | 研究乳腺癌肿瘤微环境的免疫特征及其预后价值 | 乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA测序 | 聚类分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 200 | 2025-10-07 |
Cryo-PRO facilitates whole blood cryopreservation for single-cell RNA sequencing of immune cells from clinical samples
2024-Sep-19, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.09.18.24313760
PMID:39371152
|
研究论文 | 开发了一种名为Cryo-PRO的全血冷冻保存方法,用于临床样本免疫细胞的单细胞RNA测序 | 首次提出直接从冷冻保存的全血中分离PBMC的方法,将现场处理时间从2小时以上缩短至15分钟以内 | 仅在23名脓毒症患者中进行了验证,样本量相对较小 | 开发更便捷的临床样本处理方法以促进单细胞RNA测序在多中心研究中的应用 | 脓毒症患者的外周血单核细胞(PBMC) | 单细胞测序 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 23名脓毒症患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |