单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 655 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-10-25 |
Points2Regions: Fast, interactive clustering of imaging-based spatial transcriptomics data
2024-Sep, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology
DOI:10.1002/cyto.a.24884
PMID:38958502
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研究论文 | 介绍了一种名为Points2Regions的计算工具，用于快速识别空间转录组学数据中具有相似mRNA组成的区域 | 通过将点（代表mRNA）栅格化到金字塔网格上进行快速特征提取，并结合层次聚类和k-means聚类进行高效聚类，实现了跨多个尺度的快速区域发现 | 未提及具体限制 | 开发一种不依赖额外数据且能快速识别空间转录组学数据中相似mRNA组成区域的工具 | 空间转录组学数据中的mRNA组成区域 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 层次聚类和k-means聚类 | 空间点数据 | 两个模拟数据集和真实世界数据集 |
| 182 | 2024-10-25 |
The role of proliferating stem-like plasma cells in relapsed or refractory multiple myeloma: Insights from single-cell RNA sequencing and proteomic analysis
2024-Sep, British journal of haematology
IF:5.1Q1
DOI:10.1111/bjh.19486
PMID:38671576
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序和蛋白质组学数据，研究了复发或难治性多发性骨髓瘤中增殖性干细胞样浆细胞的作用 | 首次鉴定出增殖性干细胞样浆细胞（PSPCs），并发现NUCKS1和LGALS1作为其标志基因，揭示了MDK信号通路在PSPCs与微环境细胞间通信中的作用 | 样本量相对较小，且仅限于特定患者群体 | 探讨复发或难治性多发性骨髓瘤中增殖性干细胞样浆细胞的分子机制及潜在治疗策略 | 复发或难治性多发性骨髓瘤患者中的浆细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序、质谱分析 | NA | RNA、蛋白质 | 15名浆细胞疾病患者和144名浆细胞疾病患者的CD138浆细胞 |
| 183 | 2024-08-07 |
FAM110A could serve as a prognostic biomarker for patients with breast cancer: A comprehensive analysis by integrating bulk and single-cell sequencing
2024-Sep, Asian journal of surgery
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.asjsur.2024.05.014
PMID:38729881
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 184 | 2024-08-07 |
ACAP1 could serve as a novel prognostic biomarker associated with tumor immunity in clear-cell renal cell carcinoma: A comprehensive analysis by integrating bulk and single-cell sequencing
2024-Sep, Asian journal of surgery
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.asjsur.2024.05.024
PMID:38724393
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 185 | 2024-10-25 |
Spatial transcriptomic analysis of adult hippocampal neurogenesis in the human brain
2024 Sep-Oct, Journal of psychiatry & neuroscience : JPN
IF:4.1Q1
DOI:10.1503/jpn.240026
PMID:39414359
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研究论文 | 研究通过空间转录组学和多重荧光原位杂交技术评估人类海马体中的成年神经发生现象 | 首次在人类海马体样本中结合空间转录组学和多重荧光原位杂交技术评估成年神经发生现象 | 样本量小且仅包含男性样本 | 评估人类海马体中的成年神经发生现象 | 人类海马体样本中的成年神经发生现象 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学和多重荧光原位杂交 | NA | 组织样本 | 共12个样本，包括婴儿、青少年、年轻成年和中年男性 |
| 186 | 2024-10-24 |
IL-1 receptor-associated kinase 3 (IRAK3) in lung adenocarcinoma predicts prognosis and immunotherapy resistance: involvement of multiple inflammation-related pathways
2024-Sep-30, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-24-391
PMID:39430338
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研究论文 | 研究探讨了IL-1受体相关激酶3（IRAK3）在肺腺癌（LUAD）中的表达及其对预后和免疫治疗反应的影响 | 首次揭示了IRAK3在LUAD中的表达与预后和免疫治疗反应的关系，并探讨了其在多个炎症相关通路中的作用 | 研究主要基于数据库分析和组织微阵列，缺乏体内实验验证 | 探讨IRAK3在肺腺癌中的预后价值和免疫治疗反应中的作用 | 肺腺癌患者及其肿瘤组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 基因集富集分析（GSEA）、组织微阵列、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、甲基化数据、蛋白质表达数据 | 中国国家癌症中心（NCC）的肺腺癌患者队列 |
| 187 | 2024-10-24 |
Disulfidptosis-related gene SLC7A11 predicts prognosis and indicates tumor immune infiltration in lung adenocarcinoma
2024-Sep-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-24-1182
PMID:39430814
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研究论文 | 研究探讨了二硫化物应激相关基因SLC7A11在肺腺癌中的预后预测和肿瘤免疫浸润中的作用 | 首次系统分析了二硫化物应激在肺腺癌中的免疫调节作用，特别是SLC7A11基因的影响 | 研究结果需要进一步的实验验证 | 分析二硫化物应激相关基因在肺腺癌中的免疫调节作用 | 肺腺癌中的二硫化物应激相关基因SLC7A11 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自TCGA的数据，包括批量和单细胞RNA测序数据 |
| 188 | 2024-10-24 |
Heterogeneity of tumor microenvironment cell groups in inflammatory and adenomatous polyposis coli mutant colorectal cancer based on single cell sequencing
2024-Sep-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-24-689
PMID:39430845
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研究论文 | 研究了基于单细胞测序的炎症性和APC突变型结直肠癌肿瘤微环境细胞组的异质性 | 揭示了炎症性CRC和APC突变型CRC的复杂肿瘤微环境，并识别了APOE作为潜在的CRC复发生物标志物 | NA | 揭示炎症性CRC和APC突变型CRC的肿瘤微环境，并为不同亚型的CRC治疗提供理论基础 | 炎症性CRC和APC突变型CRC的肿瘤微环境细胞组 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | scRNA-seq数据 | 8494个结直肠癌细胞 |
| 189 | 2024-10-24 |
Zebrafish models of human-duplicated SRGAP2 reveal novel functions in microglia and visual system development
2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.11.612570
PMID:39314374
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研究论文 | 研究通过斑马鱼模型揭示了人类SRGAP2基因重复在微胶质细胞和视觉系统发育中的新功能 | 首次在斑马鱼中研究了人类SRGAP2基因重复的影响，揭示了其在微胶质细胞和视觉系统发育中的新功能 | 研究主要集中在斑马鱼模型，尚未在其他物种中验证 | 探讨人类SRGAP2基因重复在微胶质细胞和视觉系统发育中的作用 | 斑马鱼模型中的SRGAP2基因重复 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 斑马鱼幼体 |
| 190 | 2024-10-24 |
Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state
2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.25.614841
PMID:39386468
|
研究论文 | 研究使用单细胞测序技术分析LHLK神经元在饥饿状态下的转录组变化，以识别调节睡眠与代谢状态相互作用的基因 | 首次使用单细胞测序技术研究LHLK神经元在饥饿状态下的转录组变化，并验证了Patch-seq方法的有效性 | 研究仅限于果蝇模型，且样本量较小 | 识别调节睡眠与代谢状态相互作用的基因 | 果蝇的LHLK神经元 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | RNA | 果蝇LHLK神经元在喂食和24小时饥饿状态下的样本 |
| 191 | 2024-10-24 |
Gene expansions contributing to human brain evolution
2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.26.615256
PMID:39386494
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研究论文 | 研究探讨了基因扩增在人类大脑进化中的作用 | 首次分析了完整的端粒到端粒人类基因组序列，识别出可能包含人类特异性旁系同源基因的213个重复基因家族，并通过CRISPR技术在斑马鱼模型中验证了这些基因在脑发育中的作用 | 研究主要集中在基因扩增和表达模式上，未深入探讨这些基因在人类大脑进化中的具体分子机制 | 揭示基因扩增在人类大脑进化中的作用 | 人类特异性重复基因及其在脑发育中的功能 | 基因组学 | NA | 长读长DNA测序、CRISPR基因编辑 | NA | 基因组序列、转录组数据 | 200名具有不同祖先背景的现代人类、数千个祖先多样化的基因组 |
| 192 | 2024-10-24 |
Identification of conserved and tissue-restricted transcriptional profiles for lipid associated macrophages (LAMs)
2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.24.614807
PMID:39386558
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研究论文 | 研究利用单细胞RNA测序数据分析了脂质相关巨噬细胞（LAMs）在多种组织和无菌炎症条件下的转录组特征 | 首次系统地揭示了LAMs在不同组织和炎症条件下共享的保守转录组特征以及组织特异性基因程序 | 研究主要基于小鼠和人类的数据，可能无法完全代表所有物种的LAMs特征 | 探讨脂质相关巨噬细胞在代谢和慢性炎症疾病中的作用及其潜在治疗靶点 | 脂质相关巨噬细胞（LAMs）及其在不同组织和炎症条件下的转录组特征 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类的多组织样本 |
| 193 | 2024-10-24 |
A scalable, high-throughput neural development platform identifies shared impact of ASD genes on cell fate and differentiation
2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.25.614184
PMID:39386704
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研究论文 | 本文通过优化Perturb-seq方法，结合单细胞RNA测序和结构主题建模，研究了自闭症谱系障碍（ASD）基因对细胞命运和分化的共同影响 | 本文提出了一种优化的高通量神经发育平台，结合了CRISPR干扰和单细胞RNA测序，并应用结构主题建模来同时评估细胞命运和发育阶段的影响 | 本文仅研究了60个高置信度的ASD风险基因，可能无法全面代表所有ASD基因的影响 | 识别神经发育障碍基因中的收敛通路，揭示高影响的潜在治疗靶点 | 自闭症谱系障碍（ASD）基因对神经发育的影响 | 基因组学 | 神经发育障碍 | Perturb-seq, 单细胞RNA测序 | 结构主题建模 | 基因表达数据 | 60个高置信度的ASD风险基因 |
| 194 | 2024-10-24 |
INSPIRE: interpretable, flexible and spatially-aware integration of multiple spatial transcriptomics datasets from diverse sources
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614539
PMID:39386646
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研究论文 | 本文介绍了一种名为INSPIRE的深度学习方法，用于整合来自不同来源的多个空间转录组数据集 | INSPIRE结合了图神经网络和对抗学习机制，实现了对不同来源数据的空间感知和适应性整合，并通过非负矩阵分解揭示了可解释的空间因子及其相关基因程序 | NA | 解决来自不同样本、技术和发育阶段的空间转录组数据的有效整合和解释问题 | 人类皮质切片、小鼠脑切片、小鼠海马体和胚胎切片以及包含五十万个空间点的时空器官发生图谱 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 图神经网络、对抗学习机制 | 空间转录组数据 | 人类皮质切片、小鼠脑切片、小鼠海马体和胚胎切片以及包含五十万个空间点的时空器官发生图谱 |
| 195 | 2024-10-24 |
A Paradoxical Tumor Antigen Specific Response in the Liver
2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.614002
PMID:39372792
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研究论文 | 研究肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的反应及其在肿瘤免疫中的作用 | 发现肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞数量较多但表现出耗竭表型，并揭示了外源性肿瘤通过促进中间细胞群体抑制CD8+ T细胞功能的机制 | 研究主要基于小鼠模型和患者数据，需进一步验证在人类中的适用性 | 探讨肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的反应及其在肿瘤免疫中的作用 | 肝脏中的肿瘤特异性CD8+ T细胞及其在肿瘤免疫中的作用 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序、多组学分析 | NA | RNA | 小鼠肿瘤模型和患者数据 |
| 196 | 2024-10-24 |
Deconvolving organogenesis in space and time via spatial transcriptomics in thick tissues
2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.24.614640
PMID:39386671
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研究论文 | 本文开发了一种名为3DEEP的组织清除和空间转录组学策略，用于分析厚度达400 µm的组织块，并成功捕捉了12小时龄小鼠皮肤中371个处于不同发育阶段的毛囊的转录组数据 | 本文首次通过空间转录组学技术，对毛囊发育过程中的时空景观进行了四维分析，揭示了毛囊发育的分子阶段和结构出现的顺序 | 研究仅基于单个时间点的数据，未来需要更多时间点的数据以全面理解毛囊发育的动态过程 | 通过空间转录组学技术解析毛囊发育的时空景观 | 小鼠皮肤中的毛囊 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 12小时龄小鼠皮肤中的371个毛囊，包含6百万个转录本和81个基因 |
| 197 | 2024-10-24 |
Craters on the melanoma surface facilitate tumor-immune interactions and demonstrate pathologic response to checkpoint blockade in humans
2024-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.18.613595
PMID:39345527
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研究论文 | 研究通过长期体内成像和高分辨率空间转录组学分析，揭示了黑色素瘤表面的火山口状结构在免疫治疗中的作用 | 首次发现黑色素瘤表面的火山口状结构富含β2微球蛋白和抗原识别分子，这些结构在免疫治疗中起到关键作用，并可能成为预测免疫治疗效果的新诊断工具 | 研究主要基于斑马鱼和人类黑色素瘤样本，可能需要进一步验证在其他癌症类型中的适用性 | 探讨黑色素瘤表面的火山口状结构在免疫治疗中的作用及其作为新诊断工具的潜力 | 斑马鱼和人类黑色素瘤样本 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 高分辨率空间转录组学 | NA | 图像 | 斑马鱼和人类黑色素瘤样本 |
| 198 | 2024-10-24 |
Epigenomic, transcriptomic and proteomic characterizations of reference samples
2024-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612110
PMID:39314461
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研究论文 | 本文通过多种下一代测序技术对参考样本进行了表观基因组、转录组和蛋白质组的全面分析 | 本文首次提供了包含表观基因组和蛋白质组数据的全面参考材料，并揭示了CG富集区域与开放染色质、低甲基化和基因及蛋白质高表达之间的关系 | 本文主要集中在两个细胞系的研究，未来需要扩展到更多类型的细胞和组织 | 提供高质量的参考材料，用于验证和基准测试各种组学分析方法和生物信息学方法 | 乳腺癌细胞系和B细胞系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 下一代测序技术（NGS），包括ATAC-seq、Methyl-seq、RNA-seq和蛋白质组分析 | NA | 基因组数据、表观基因组数据、转录组数据和蛋白质组数据 | 两个细胞系，包括乳腺癌细胞系和B细胞系 |
| 199 | 2024-10-24 |
Subcellular Level Spatial Transcriptomics with PHOTON
2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.10.612328
PMID:39314454
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PHOTON的方法，用于在亚细胞水平上进行空间转录组学分析 | PHOTON方法结合了高分辨率成像和高通量测序技术，能够在亚细胞分辨率下进行空间转录组分析 | NA | 研究RNA在亚细胞水平的空间分布及其功能和调控 | 卵巢中的颗粒细胞以及核仁和应激颗粒等亚细胞区室的RNA含量 | 数字病理学 | NA | 高分辨率成像和高通量测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 200 | 2024-10-24 |
Epigenetic adaptation drives monocyte differentiation into microglia-like cells upon engraftment into the retina
2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612126
PMID:39314467
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研究论文 | 研究探讨了移植到视网膜中的单核细胞如何通过表观遗传适应分化为类似小胶质细胞的细胞 | 首次展示了移植到视网膜中的单核细胞通过表观遗传和转录变化表达出类似小胶质细胞的特征 | 研究主要集中在视网膜环境中的单核细胞，未来研究需要扩展到其他中枢神经系统病理情况 | 探讨单核细胞在中枢神经系统中的分化和功能 | 单核细胞和小胶质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序、ATAC-seq、流式细胞术、免疫组化 | NA | 基因表达数据 | NA |