单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 638 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2025-01-15 |
The role of GDF15 in attenuating noise-induced hidden hearing loss by alleviating oxidative stress
2024-09-18, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-024-09912-2
PMID:39289208
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研究论文 | 本研究探讨了GDF15在减轻噪声引起的隐性听力损失（HHL）中的作用，通过缓解氧化应激来保护耳蜗 | 首次揭示了GDF15在HHL中的保护作用，并提出了针对GDF15的治疗策略 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 研究GDF15在噪声引起的隐性听力损失中的作用 | 小鼠耳蜗 | 生物医学 | 听力损失 | 单细胞转录组分析 | 小鼠模型 | 转录组数据 | HHL小鼠的耳蜗细胞 |
| 182 | 2025-01-12 |
Loss of p53 and SMAD4 induces adenosquamous subtype pancreatic cancer in the absence of an oncogenic KRAS mutation
2024-Sep-17, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101711
PMID:39232498
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研究论文 | 本研究通过基因工程小鼠模型，探讨了在无致癌KRAS突变情况下，Trp53/Smad4或Trp53/Tgfbr2缺失诱导自发性胰腺癌的机制 | 首次在无致癌KRAS突变背景下，通过Trp53/Smad4或Trp53/Tgfbr2缺失成功诱导出胰腺癌，并揭示了其独特的组织学特征和肿瘤免疫微环境 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类胰腺癌中验证这些发现 | 探讨无致癌KRAS突变情况下胰腺癌的发生机制 | 基因工程小鼠模型（Trp53;Smad4;Pdx1-Cre和Trp53;Tgfbr2;Pdx1-Cre） | 癌症研究 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 基因工程小鼠模型 | 基因表达数据 | 两种基因工程小鼠模型（PPSSC和PPTTC） |
| 183 | 2025-01-02 |
Pan-cancer analysis of the immunological and oncogenic roles of ATAD2 with verification in papillary thyroid carcinoma
2024-09-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-73274-2
PMID:39333272
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研究论文 | 本文通过泛癌分析探讨了ATAD2在肿瘤进展和免疫相互作用中的角色，并在甲状腺乳头状癌中进行了验证 | 首次在泛癌范围内系统分析了ATAD2的表达、突变及其与免疫浸润的关系，并在甲状腺乳头状癌中验证了其致癌功能 | 研究主要依赖于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探讨ATAD2在肿瘤进展和免疫相互作用中的共同角色，并验证其在甲状腺乳头状癌中的致癌功能 | ATAD2基因及其在多种肿瘤中的表达和突变情况 | 肿瘤学 | 甲状腺乳头状癌 | 单细胞测序、MTT、伤口愈合、transwell、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、突变数据、单细胞测序数据 | 利用TCGA、GTEx、CPTAC、HPA和cBioPortal数据库中的泛癌数据 |
| 184 | 2024-12-25 |
Dendritic cell effector mechanisms and tumor immune microenvironment infiltration define TLR8 modulation and PD-1 blockade
2024-Sep-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.03.610636
PMID:39282367
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多重染色技术，探讨了TLR8激动剂与PD-1阻断剂联合治疗在头颈部鳞状细胞癌患者中的作用机制 | 首次揭示了TLR8激动剂与PD-1阻断剂联合治疗在人类中的作用机制，并展示了其在提高树突状细胞和细胞毒性T淋巴细胞密度方面的显著效果 | 研究样本量较小，仅涉及三名患者，且为预手术临床试验，结果的广泛适用性有待进一步验证 | 探讨TLR8激动剂与PD-1阻断剂联合治疗在头颈部鳞状细胞癌患者中的作用机制 | 头颈部鳞状细胞癌患者 | NA | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 三名头颈部鳞状细胞癌患者 |
| 185 | 2024-12-22 |
starTracer is an accelerated approach for precise marker gene identification in single-cell RNA-Seq analysis
2024-09-13, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06790-6
PMID:39266658
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研究论文 | 本文介绍了一种名为starTracer的新算法，用于加速单细胞RNA-seq数据中标记基因的识别 | starTracer算法通过减少冗余计算，显著提高了计算效率、特异性和准确性，相比Seurat算法速度提升了2~3个数量级 | NA | 提高单细胞RNA-seq数据中标记基因识别的效率、特异性和准确性 | 单细胞RNA-seq数据中的标记基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 三个独立数据集和一个模拟测试数据集 |
| 186 | 2024-12-22 |
Integrating large-scale single-cell RNA sequencing in central nervous system disease using self-supervised contrastive learning
2024-09-10, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06813-2
PMID:39251817
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研究论文 | 本文介绍了一种自监督对比学习方法scCM，用于整合大规模中枢神经系统单细胞RNA测序数据 | 提出了scCM方法，通过比较基因表达的变化，将功能相关的细胞聚集在一起，同时将不相似的细胞分开，有效揭示了中枢神经系统细胞类型/亚型的异质性关系 | NA | 整合大规模中枢神经系统单细胞RNA测序数据，揭示细胞和分子机制 | 中枢神经系统细胞类型/亚型 | 单细胞RNA测序 | 中枢神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 自监督对比学习 | 基因表达数据 | 20个中枢神经系统数据集，涵盖4个物种和10种中枢神经系统疾病 |
| 187 | 2024-12-22 |
PHD2 safeguards modest mesendoderm development
2024-09-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06824-z
PMID:39244636
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研究论文 | 本文研究了PHD2在调节HIF-1α水平和调控中胚层发育中的关键作用 | 首次揭示了PHD2在调控中胚层发育中的负向调节作用，并阐明了其通过HIF-1α调控Wnt/β-catenin通路的机制 | 研究主要集中在体外模型和早期胚胎阶段，缺乏对更晚期发育阶段的验证 | 探讨PHD2在中胚层发育中的作用及其与低氧和HIF-1α的相互作用 | PHD2、HIF-1α、中胚层发育、Wnt/β-catenin通路 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了小鼠胚胎干细胞（mESCs）、胚胎体和鼠胚 |
| 188 | 2024-12-22 |
Deficient RPE mitochondrial energetics leads to subretinal fibrosis in age-related neovascular macular degeneration
2024-09-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06773-7
PMID:39223298
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研究论文 | 研究揭示了视网膜色素上皮（RPE）线粒体能量代谢缺陷与年龄相关性新生血管性黄斑变性中亚视网膜纤维化的关系 | 首次揭示了VLDLR通过抑制TGFβ诱导的代谢重编程来抑制纤维化，并提出CPT1A作为治疗亚视网膜纤维化的潜在靶点 | NA | 探讨视网膜色素上皮代谢紊乱与亚视网膜纤维化的潜在机制 | 视网膜色素上皮细胞中的线粒体脂肪酸氧化相关基因 | NA | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | Vldlr小鼠模型 |
| 189 | 2024-12-19 |
A graph self-supervised residual learning framework for domain identification and data integration of spatial transcriptomics
2024-09-12, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06814-1
PMID:39266614
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研究论文 | 本文提出了一种基于图神经网络和边际差异差异理论的图自监督残差学习框架ResST，用于空间转录组数据的域识别和数据整合 | ResST通过整合基因表达、生物效应、空间位置和形态信息，捕捉细胞与其周围细胞之间的非线性关系，用于空间域识别，并基于MDD理论整合多个ST数据集以校正批次效应 | NA | 开发一种新的方法来准确识别空间转录组数据中的空间一致性域，并有效整合多样本数据 | 空间转录组数据中的基因表达模式和组织微环境 | 数字病理学 | NA | 图神经网络 | 图神经网络 | 基因表达数据 | 10个使用不同技术获取的空间转录组数据集 |
| 190 | 2024-12-19 |
SpatialCTD: A Large-Scale Tumor Microenvironment Spatial Transcriptomic Dataset to Evaluate Cell Type Deconvolution for Immuno-Oncology
2024-09, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2024.0532
PMID:39117342
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研究论文 | 本文介绍了一个大规模的肿瘤微环境空间转录组数据集SpatialCTD，用于评估免疫肿瘤学中的细胞类型反卷积方法 | 提出了一个大规模的SpatialCTD数据集，涵盖了人类肿瘤微环境中的1.8百万个细胞和12,900个伪斑点，并提出了一种基于图神经网络的反卷积方法GNNDeconvolver | 现有的细胞类型反卷积基准数据集主要是基于模拟或规模有限，且主要涵盖小鼠数据，不适用于人类免疫肿瘤学 | 克服现有数据集的局限性，促进对人类免疫肿瘤学中细胞类型反卷积的全面研究 | 人类肿瘤微环境中的细胞类型反卷积 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络 | 转录组数据 | 1.8百万个细胞和12,900个伪斑点 |
| 191 | 2024-12-13 |
Stem-like exhausted CD8 T cells in pleural effusions predict improved survival in non-small cell lung cancer (NSCLC) and mesothelioma
2024-Sep-30, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-24-284
PMID:39430319
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研究论文 | 研究探讨了胸腔积液中干细胞样耗竭CD8 T细胞在非小细胞肺癌和间皮瘤患者中的预后意义 | 首次发现胸腔积液中干细胞样耗竭CD8 T细胞（Texstem）的频率与非小细胞肺癌和间皮瘤患者的更好生存结果相关 | 研究为回顾性分析，样本量相对较小，且仅限于特定类型的肺癌和间皮瘤患者 | 探讨干细胞样耗竭CD8 T细胞在非小细胞肺癌和间皮瘤患者中的预后价值 | 非小细胞肺癌和间皮瘤患者的胸腔积液中的CD8 T细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 流式细胞术、质谱流式细胞术、单细胞多组学分析 | NA | 细胞 | 43例非小细胞肺癌患者和49例间皮瘤患者的胸腔积液样本，以及16例预处理胸腔积液样本和4例单细胞多组学分析样本 |
| 192 | 2024-12-13 |
Impaired Myofibroblast Proliferation is a Central Feature of Pathologic Post-Natal Alveolar Simplification
2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.21.572766
PMID:38187712
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研究论文 | 本文研究了早产儿支气管肺发育不良（BPD）中由于肺泡简化导致的气体交换受损，并探讨了肌成纤维细胞增殖受损在其中的核心作用 | 通过多重小鼠模型和单细胞RNA测序，揭示了肌成纤维细胞增殖受损在BPD病理中的关键作用，并发现抑制肌成纤维细胞增殖足以导致病理性肺泡简化 | 本文主要基于小鼠模型，研究结果的临床转化和应用仍需进一步验证 | 探讨BPD病理中肺泡简化的机制，并寻找潜在的治疗策略 | 早产儿支气管肺发育不良（BPD）中的肺泡简化及肌成纤维细胞增殖 | NA | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多重小鼠模型 |
| 193 | 2024-12-08 |
Leveraging cell type-specificity for gene set analysis of single cell transcriptomics
2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.25.615040
PMID:39386631
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研究论文 | 本文描述了一种利用单细胞转录组数据中的细胞类型特异性信息来定制基因集的方法 | 提出了一种利用人类蛋白质图谱（HPA）单细胞类型图谱中的平均基因表达信息来计算细胞类型特异性基因和基因集权重的方法，以改进基因集测试的效力和可解释性 | NA | 改进单细胞转录组数据的基因集测试效力和可解释性 | 单细胞转录组数据中的基因集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 81种人类细胞类型 |
| 194 | 2024-12-08 |
The proteomic landscape and temporal dynamics of mammalian gastruloid development
2024-Sep-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.05.609098
PMID:39282277
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研究论文 | 研究通过定量蛋白质组学分析人类和小鼠胚胎发育的关键阶段，揭示了蛋白质动力学和调控网络 | 首次将定量蛋白质组学应用于人类和小鼠胚胎发育模型，结合RNA-seq和磷酸化位点数据，揭示了翻译后调控的物种特异性差异 | 研究主要集中在胚胎发育的特定阶段，未涵盖整个发育过程 | 通过蛋白质组学分析，填补早期哺乳动物发育中蛋白质动力学和调控的空白 | 人类和小鼠的胚胎发育模型 | 生物信息学 | NA | 定量蛋白质组学 | NA | 蛋白质组数据 | 人类和小鼠胚胎发育模型的四个关键阶段 |
| 195 | 2024-12-06 |
Single-cell RNA sequencing facilitates the elucidation of the complete biosynthesis of the antidepressant hyperforin in St. John's wort
2024-09-02, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2024.08.003
PMID:39135343
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了贯叶连翘中抗抑郁药物金丝桃素的完整生物合成途径 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出“Hyper细胞”，并鉴定出四种跨膜法尼基转移酶（HpPT1-4），完成了金丝桃素生物合成途径的完整重建 | NA | 揭示贯叶连翘中金丝桃素的完整生物合成途径 | 贯叶连翘中的金丝桃素生物合成 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 1.54 Gb的四倍体贯叶连翘基因组，组装成32条染色体 |
| 196 | 2024-11-27 |
Clustering-independent estimation of cell abundances in bulk tissues using single-cell RNA-seq data
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.06.527318
PMID:36798206
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ConDecon的聚类无关方法，用于从单细胞RNA-seq数据中估计批量组织中的细胞丰度 | ConDecon方法在表型分辨率和功能上相对于基于回归的方法有所改进，并且能够推断连续细胞过程如细胞分化或免疫细胞激活 | NA | 开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA-seq数据中推断批量组织中的细胞组成 | 单细胞RNA-seq数据和批量组织数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 197 | 2024-11-24 |
Targeting IL-33 reprograms the tumor microenvironment and potentiates antitumor response to anti-PD-L1 immunotherapy
2024-09-03, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009236
PMID:39231544
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研究论文 | 研究探讨了IL-33/ST2信号在PD-L1免疫治疗中的作用，并开发了sST2-Fc融合蛋白和双功能融合蛋白anti-PD-L1-sST2，以增强抗肿瘤效果 | 首次揭示了IL-33/ST2信号在PD-L1免疫治疗中的免疫抑制机制，并开发了新的融合蛋白策略以增强抗肿瘤效果 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在临床试验中验证其效果 | 探讨IL-33/ST2信号在PD-L1免疫治疗中的作用，并开发新的治疗策略以增强抗肿瘤效果 | IL-33/ST2信号、PD-L1抗体、sST2-Fc融合蛋白、双功能融合蛋白anti-PD-L1-sST2 | NA | 肺癌、结肠癌 | RNA测序、ELISA、WB、免疫荧光 | NA | RNA、蛋白质 | 小鼠肿瘤模型 |
| 198 | 2024-11-22 |
SIngle cell level Genotyping Using scRna Data (SIGURD)
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae604
PMID:39559832
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于单细胞RNA测序数据进行单细胞水平基因分型的R语言管道SIGURD | SIGURD能够结合体细胞和线粒体变异进行克隆分析，并进行功能分析，如检测克隆间的差异表达基因 | NA | 开发一种能够结合体细胞和线粒体变异进行单细胞RNA测序数据克隆分析的计算工具 | 单细胞RNA测序数据中的体细胞和线粒体变异 | 生物信息学 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自骨髓增殖性肿瘤患者的集落形成细胞的单细胞数据 |
| 199 | 2024-11-21 |
BFAST: joint dimension reduction and spatial clustering with Bayesian factor analysis for zero-inflated spatial transcriptomics data
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae594
PMID:39552067
|
研究论文 | 本文提出了一种名为BFAST的新方法，结合贝叶斯因子分析进行零膨胀空间转录组数据的降维和空间聚类 | BFAST方法在降维和空间聚类方面展示了卓越的性能，能够提取更多生物学上有意义的低维特征，从而提高聚类的准确性和精确度 | NA | 开发一种有效的方法来处理高噪声和缺失事件的空间转录组数据聚类问题 | 零膨胀空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 贝叶斯因子分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 200 | 2024-11-21 |
FixNCut: A Practical Guide to Sample Preservation by Reversible Fixation for Single Cell Assays
2024-Sep-05, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5063
PMID:39315321
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研究论文 | 本文介绍了FixNCut协议的优化和实用指南，用于通过可逆固定保存单细胞样本 | FixNCut协议通过可逆固定策略，实现了样本采集与下游应用的分离，避免了应激或坏死相关的人工痕迹 | NA | 提供FixNCut协议的优化指南，以促进该方法的全面应用 | 单细胞样本的保存和分析 | NA | NA | 可逆固定 | NA | NA | NA |