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当前共找到 633 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-12-17 |
Inferring cell differentiation maps from lineage tracing data
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.611835
PMID:39314473
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研究论文 | 本文提出了一种基于潜能概念的数学框架和算法，用于从单细胞谱系追踪数据中推断细胞分化图谱 | 引入潜能概念平衡细胞分化图谱复杂性与谱系树上未观察到的细胞类型转换之间的权衡，相比现有方法更准确地识别分化特征 | 未明确说明算法在更广泛生物系统或噪声数据中的泛化能力 | 推断细胞分化图谱以理解发育过程中的细胞层次结构 | 哺乳动物躯干发育和小鼠造血作用的细胞分化过程 | 机器学习 | NA | 单细胞谱系追踪技术 | NA | 单细胞谱系追踪数据 | NA | NA | 单细胞谱系追踪 | NA | NA |
| 2 | 2025-12-17 |
The transcriptome of CD14 + CD163 - HLA-DR low monocytes predicts mortality in Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2024-Sep-11, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.08.07.24311386
PMID:39211854
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，发现CD14+CD163-HLA-DR低单核细胞的转录组特征与特发性肺纤维化（IPF）患者的死亡率增加相关 | 首次揭示了特定单核细胞亚群的转录组特征与IPF死亡率之间的关联，并开发了基于230个基因的评分算法来预测患者预后 | 样本量相对较小（初始队列仅18名参与者），且研究结果需要在更大规模的独立队列中进一步验证 | 确定与特发性肺纤维化（IPF）死亡率相关的免疫细胞特异性转录组特征 | 特发性肺纤维化（IPF）患者的外周血单核细胞（PBMC）、支气管肺泡灌洗液（BAL）和肺组织样本 | 单细胞转录组学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Cox回归模型、分子亚型评分算法（SAMS） | 转录组数据 | 初始队列18名参与者（包括IPF、COVID-19、COVID-19后间质性肺病和对照），验证队列416名IPF患者来自六个队列，独立验证数据集38名IPF患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2025-12-11 |
Longitudinal Multi-omic Immune Profiling Reveals Age-Related Immune Cell Dynamics in Healthy Adults
2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.10.612119
PMID:39314416
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研究论文 | 本研究通过纵向多组学免疫分析，揭示了健康成年人中与年龄相关的免疫细胞动态变化 | 结合单细胞RNA测序、蛋白质组学和流式细胞术，对300多名健康成年人进行长期跟踪，构建了包含超过1600万个PBMCs的免疫健康图谱，首次系统揭示了T细胞在衰老过程中独特的转录变化积累 | 研究主要关注外周免疫细胞，未涉及组织特异性免疫变化；样本量虽大但可能无法完全代表所有人群；纵向跟踪时间仅为两年，可能不足以捕捉更长期的衰老效应 | 探究健康免疫系统在生命周期中的基本变化，为年龄相关感染和疾病易感性的干预措施开发提供依据 | 300多名健康成年人，包括96名年轻和老年参与者进行为期两年的年度疫苗接种跟踪 | 免疫学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据、流式细胞术数据 | 超过300名健康成年人，其中96名进行纵向跟踪，产生超过1600万个外周血单个核细胞（PBMCs）数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2025-11-29 |
Craters on the melanoma surface facilitate tumor-immune interactions and demonstrate pathologic response to checkpoint blockade in humans
2024-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.18.613595
PMID:39345527
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研究论文 | 本研究通过斑马鱼和人黑色素瘤模型发现表面凹陷结构促进肿瘤-免疫相互作用并预测免疫检查点阻断治疗反应 | 首次发现黑色素瘤表面凹陷结构是CD8 T细胞识别抗原和杀伤肿瘤的主要场所，并证明其预测免疫治疗反应的价值 | 研究主要基于斑马鱼模型，人类样本验证仍需扩大 | 探索免疫治疗中促进免疫应答的肿瘤微环境结构域 | 斑马鱼内源性黑色素瘤和人类黑色素瘤样本 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 长期活体成像、高分辨率空间转录组学、多重成像 | 斑马鱼肿瘤模型 | 图像、空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5 | 2025-11-19 |
ELLA: Modeling Subcellular Spatial Variation of Gene Expression within Cells in High-Resolution Spatial Transcriptomics
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614515
PMID:39386706
|
研究论文 | 提出一种名为ELLA的计算方法，用于建模高分辨率空间转录组学中亚细胞水平的基因表达空间变异 | 创建统一细胞坐标系锚定不同细胞形态，利用非均匀泊松过程建模空间计数数据，采用表达梯度函数表征亚细胞表达模式 | NA | 开发计算工具分析高分辨率空间转录组数据中的亚细胞基因表达定位 | mRNA的亚细胞定位模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 非均匀泊松过程 | 空间基因表达数据 | 四个不同技术的空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6 | 2025-11-13 |
Single-cell analysis of human airway epithelium identifies cell type-specific responses to Aspergillus and Coccidioides
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612147
PMID:39314271
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类气道上皮细胞对两种真菌病原体的细胞类型特异性反应 | 首次报道使用单细胞转录组分析研究人类气道上皮细胞对曲霉菌和球孢子菌感染的反应 | 动物模型不能完全模拟人类疾病，需要使用先进的人类细胞模型 | 研究人类气道上皮细胞对不同真菌病原体的早期发病机制 | 原代人类气道上皮细胞 | 单细胞生物学 | 呼吸道真菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2025-11-08 |
Advancing bone biology: The mutual promotion of biology and pioneering technologies
2024-Sep-16, The innovation life
DOI:10.59717/j.xinn-life.2024.100078
PMID:41189598
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综述 | 回顾骨生物学发展历程并探讨前沿技术对骨生物学研究的推动作用 | 系统梳理骨生物学历史里程碑，强调多组学方法和人工智能等新兴技术的整合潜力 | NA | 探讨骨生物学发展历程与前沿技术的相互促进作用 | 骨组织生物学研究 | 系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多组学方法 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 8 | 2025-10-22 |
Single-cell DNA methylation analysis tool Amethyst reveals distinct noncanonical methylation patterns in human glial cells
2024-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.13.607670
PMID:39211069
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研究论文 | 开发了用于单细胞DNA甲基化数据分析的R软件包Amethyst，并发现人脑胶质细胞中存在非典型甲基化模式 | 开发了首个用于图谱级单细胞甲基化测序数据分析的综合性R软件包，并首次在人星形胶质细胞和少突胶质细胞中发现非典型甲基化模式 | 未明确说明软件包的性能限制或计算资源要求 | 开发单细胞DNA甲基化数据分析工具并探索人脑细胞中的甲基化模式 | 人外周血单核细胞(PBMC)、人脑皮层组织、星形胶质细胞和少突胶质细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞DNA甲基化测序 | NA | 单细胞甲基化测序数据 | 图谱级脑数据集，包含PBMC和脑皮层样本 | NA | 单细胞甲基化测序 | NA | NA |
| 9 | 2025-10-21 |
FixNCut: A Practical Guide to Sample Preservation by Reversible Fixation for Single Cell Assays
2024-Sep-05, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5063
PMID:39315321
|
研究论文 | 本文提供了FixNCut可逆固定方案的优化实用指南，用于单细胞分析中的样本保存 | 开发了可逆固定策略，将样本采集与下游应用分离，避免应激或坏死相关伪影 | NA | 建立可逆固定方案以改善单细胞分析中的样本保存 | 生物样本（组织和细胞悬液） | 单细胞分析 | NA | 可逆固定技术 | NA | 单细胞基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 10 | 2025-10-19 |
Smyd3-mediated immuno-modulation in HPV-negative head and neck squamous cell carcinoma mouse models
2024-Sep-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110854
PMID:39310755
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析Smyd3 ASOs治疗的小鼠口腔癌模型，揭示Smyd3在HPV阴性头颈鳞癌中的免疫调节功能及联合治疗耐药机制 | 首次在体内模型中证明Smyd3通过表观遗传调控I型IFN反应基因影响肿瘤免疫微环境，并系统解析了Smyd3 ASOs与抗PD-1联合治疗的耐药机制 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类患者中验证；耐药机制的具体分子通路尚未完全阐明 | 探究Smyd3在HPV阴性头颈鳞癌免疫调节中的作用及联合治疗耐药机制 | 小鼠口腔癌模型MOC1肿瘤组织 | 肿瘤免疫学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序，反义寡核苷酸技术 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2025-10-16 |
scEMB: Learning context representation of genes based on large-scale single-cell transcriptomics
2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.24.614685
PMID:39386549
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研究论文 | 开发了一种基于Transformer的深度学习模型scEMB，用于从大规模单细胞转录组数据中学习基因的上下文表示 | 提出创新的分箱策略整合多平台数据，同时保留基因表达层次和细胞类型特异性，在批次整合、聚类和细胞类型注释等下游任务中表现优于现有模型 | NA | 从大规模单细胞转录组数据中挖掘复杂的基因-基因关系 | 单细胞转录组数据中的基因表达模式 | 自然语言处理 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | Transformer | 单细胞转录组数据 | 超过3000万个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2025-10-15 |
Inflammation perturbs hematopoiesis by remodeling specific compartments of the bone marrow niche
2024-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.12.612751
PMID:39314376
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术验证了骨髓微环境中不同空间区室对炎症的反应差异 | 首次结合scRNA-seq和流式细胞术系统验证了骨髓中央区和骨内膜区7个关键基质细胞群体，并揭示了I型干扰素反应特异性影响中央区基质细胞的炎症表型 | 研究主要基于小鼠模型，人类骨髓微环境的可比性仍需验证 | 探究炎症对造血干细胞和骨髓微空间区室的调控机制 | 小鼠骨髓中的造血干细胞/祖细胞（HSPC）和基质细胞 | 单细胞生物学 | 炎症性疾病 | scRNA-seq, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 多个小鼠品系的骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2025-10-08 |
The pericardium forms as a distinct structure during heart formation
2024-Sep-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.18.613484
PMID:39345600
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研究论文 | 本研究通过活体成像、谱系追踪和单细胞转录组学揭示了心包膜在斑马鱼心脏形成过程中的独立发育起源 | 首次发现心包膜起源于侧板中胚层中独立于经典心区的特定前部间皮祖细胞，并揭示了其与心肌细胞谱系分离的发育过程 | 研究主要基于斑马鱼模型，哺乳动物中的验证仍需进一步研究 | 探究心包膜的发育起源及其在心脏形态发生中的作用 | 斑马鱼胚胎、哺乳动物模型、新生大鼠 | 发育生物学 | 小儿扩张型心肌病 | 活体成像、谱系追踪、单细胞转录组学、原子力显微镜 | 机器学习辅助细胞追踪 | 图像、转录组数据 | 斑马鱼胚胎和新生大鼠组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2025-10-08 |
TRPC3 suppression ameliorates synaptic dysfunctions and memory deficits in Alzheimer's disease
2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.16.611061
PMID:39345364
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研究论文 | 本研究通过抑制TRPC3通道改善阿尔茨海默病中的突触功能障碍和记忆缺陷 | 首次发现TRPC3在AD兴奋性神经元中特异性上调，并鉴定出有效抑制剂JW-65，揭示其通过调节钙稳态发挥神经保护作用的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床试验验证 | 探索TRPC3通道在阿尔茨海默病发病机制中的作用及治疗潜力 | AD患者脑组织、AD小鼠模型、大鼠海马神经元 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、生物信息学分析、功能筛选、RNA测序 | NA | 基因表达数据、电生理数据、行为学数据 | AD患者队列、急性和慢性AD小鼠模型、培养的大鼠海马神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2025-10-08 |
HIV-1 control in vivo is related to the number but not the fraction of infected cells with viral unspliced RNA
2024-Sep-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2405210121
PMID:39190360
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序方法比较HIV控制者与非控制者外周血单个核细胞中携带未剪接HIV RNA的感染细胞比例 | 首次使用灵敏定量的单细胞测序方法直接验证HIV控制者病毒控制机制，发现病毒控制与感染细胞总数而非未剪接RNA表达比例相关 | 研究样本仅限外周血单个核细胞，未涉及其他组织部位；机制分析主要基于相关性而非因果验证 | 探究HIV控制者病毒控制的关键机制，特别是未剪接HIV RNA在感染细胞中的表达特征 | HIV控制者和非控制者的外周血单个核细胞 | 传染病学 | HIV/AIDS | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | HIV控制者和非控制者的PBMC样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2025-10-05 |
Mouse blood cells types and aging prediction using penalized Latent Dirichlet Allocation
2024-Sep-18, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10763-8
PMID:39294566
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研究论文 | 本研究开发了一种基于惩罚性潜在狄利克雷分配(pLDA)的统计方法，用于分析小鼠血液单细胞RNA测序数据以预测细胞类型和衰老状态 | 提出了惩罚性潜在狄利克雷分配(pLDA)这一新型统计方法，用于单细胞RNA测序数据的降维表示学习 | 仅使用小鼠血液数据进行验证，未在其他组织或物种中进行测试 | 开发计算方法来分析单细胞RNA测序数据，以理解衰老过程中的转录组变化 | 小鼠血液细胞 | 机器学习 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | 惩罚性潜在狄利克雷分配(pLDA) | 基因表达计数数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2025-10-05 |
Positional information modulates transient regeneration-activated cell states during vertebrate appendage regeneration
2024-Sep-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110737
PMID:39286507
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研究论文 | 本研究通过非洲鳉鱼尾鳍再生模型，揭示了基底表皮中短暂再生激活细胞状态如何通过调节细胞外基质传递位置信息调控附肢再生 | 首次发现基底表皮中的短暂再生激活细胞状态能够根据截肢位置特异性调节再生过程，并通过CRISPR-Cas9技术证明ECM修饰因子可解耦再生生长速率与截肢位置的关系 | 研究仅限于非洲鳉鱼尾鳍再生模型，在其它物种和组织的普适性有待验证 | 探索位置信息在脊椎动物附肢再生过程中的调控机制 | 非洲鳉鱼尾鳍再生过程中的细胞状态和组织动态 | 发育生物学 | 组织损伤与再生 | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9基因编辑 | NA | 基因表达数据, 组织形态数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2025-10-05 |
Imputing abundance of over 2,500 surface proteins from single-cell transcriptomes with context-agnostic zero-shot deep ensembles
2024-Sep-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.08.006
PMID:39243755
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研究论文 | 提出一种名为SPIDER的上下文无关零样本深度集成模型，用于从单细胞转录组数据预测超过2,500种表面蛋白的丰度 | 开发了首个上下文无关的零样本深度集成模型，能够大规模预测表面蛋白丰度并在不同背景下具有更好的泛化能力 | 未明确说明模型在更广泛疾病类型和组织中的验证情况 | 开发能够从单细胞转录组数据准确预测表面蛋白丰度的计算方法 | 单细胞表面蛋白和转录组数据 | 机器学习 | 肝细胞癌, 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, CITE-seq | 深度集成模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2025-10-05 |
Endothelial-adipocyte Cx43 Mediated Gap Junctions Can Regulate Adiposity
2024-Sep-10, Function (Oxford, England)
DOI:10.1093/function/zqae029
PMID:38984993
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研究论文 | 本研究探讨了内皮细胞与脂肪细胞间Cx43介导的间隙连接在调节肥胖中的作用机制 | 首次发现内皮细胞特异性Cx43缺失会导致肥胖和血脂异常，而Cx43S368A突变小鼠能抵抗高脂饮食诱导的肥胖 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 研究脂肪毛细血管内皮细胞与脂肪细胞相互作用的机制及其对代谢功能的影响 | 小鼠和人类的内皮细胞与脂肪细胞 | 细胞生物学 | 肥胖症 | 单细胞RNA测序, 透射电子显微镜, 体外共培养系统 | NA | 基因表达数据, 显微镜图像 | 高脂饮食小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2025-10-05 |
Vascular heterogeneity of tight junction Claudins guides organotropic metastasis
2024-Sep, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-024-00813-1
PMID:39289595
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研究论文 | 本研究揭示了器官特异性血管异质性通过调控紧密连接蛋白Claudins的表达决定乳腺癌器官倾向性转移的机制 | 首次阐明血管内皮细胞特异性Claudins蛋白表达差异是决定器官特异性转移的关键因素，独立于癌细胞内在机制 | 研究主要聚焦于肺和肾脏转移的对比，其他器官转移机制尚未完全探索 | 探究乳腺癌器官特异性转移的机制 | 转移性乳腺 carcinoma 模型 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞测序分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |