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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-03-24 |
Comprehensive review on single-cell RNA sequencing: A new frontier in Alzheimer's disease research
2024-09, Ageing research reviews
IF:12.5Q1
DOI:10.1016/j.arr.2024.102454
PMID:39142391
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综述 | 本文全面综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术在阿尔茨海默病研究中的应用、贡献与挑战 | 系统总结了scRNA-seq如何革新对AD细胞异质性的理解,并重点介绍了其在发现新生物标志物、揭示疾病相关通路及阐明非神经元细胞作用方面的最新进展 | 作为综述文章,未进行原始数据研究,主要总结现有文献,可能未涵盖所有最新研究 | 探讨scRNA-seq在阿尔茨海默病研究中的应用,以增进对疾病机制的理解并推动靶向治疗开发 | 阿尔茨海默病相关的脑组织细胞,特别是神经元、小胶质细胞和星形胶质细胞等 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2026-03-21 |
Single-cell RNA sequencing reveals microenvironmental infiltration in non-small cell lung cancer with different responses to immunotherapy
2024-09, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3736
PMID:39228151
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析非小细胞肺癌中免疫治疗不同反应样本的肿瘤微环境,揭示了CD8+ T细胞、巨噬细胞和肿瘤上皮细胞的差异,并识别了与不良预后相关的生物标志物 | 首次在非小细胞肺癌中结合单细胞RNA测序技术,比较主要病理反应和非主要病理反应样本的肿瘤微环境细胞组成差异,并发现新的预测免疫治疗反应的生物标志物 | 样本量较小(仅12个样本),且仅基于公开数据集GSE207422,缺乏独立验证队列 | 探索非小细胞肺癌对免疫治疗不同反应的肿瘤微环境机制,并寻找预测治疗反应的生物标志物 | 非小细胞肺癌患者肿瘤组织样本(包括4个主要病理反应和8个非主要病理反应样本) | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 12个非小细胞肺癌原发肿瘤样本(4个MPR,8个NMPR) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2026-03-20 |
FAT1 as a tumor mutation burden specific gene affects the immunotherapy effect in head and neck squamous cell cancer
2024-09, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy
IF:15.8Q1
DOI:10.1016/j.drup.2024.101095
PMID:38986165
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研究论文 | 本研究探讨了FAT1基因突变作为头颈部鳞状细胞癌中肿瘤突变负荷的特异性标志物,及其对免疫治疗效果的影响 | 首次在头颈部鳞状细胞癌中揭示FAT1基因突变与高肿瘤突变负荷及免疫治疗耐药性的特异性关联,并利用单细胞RNA测序技术解析了高TMB样本中免疫微环境的特征细胞群 | 样本量较小(仅33例患者),且为单中心研究,需要更大规模的多中心队列进行验证 | 探究头颈部鳞状细胞癌中肿瘤突变负荷的特异性遗传突变及其对免疫治疗反应的影响机制 | 头颈部鳞状细胞癌患者 | 肿瘤免疫学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 二代测序,单细胞RNA测序,转录组分析 | NA | 基因组测序数据,转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 33例头颈部鳞状细胞癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2026-03-20 |
A distinct subset of urothelial cells with enhanced EMT features promotes chemotherapy resistance and cancer recurrence by increasing COL4A1-ITGB1 mediated angiogenesis
2024-09, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy
IF:15.8Q1
DOI:10.1016/j.drup.2024.101116
PMID:38968684
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序在尿路上皮癌中发现了一个具有上皮-间质转化特征的细胞亚群,该亚群通过介导COL4A1-ITGB1相互作用促进血管生成,从而导致化疗耐药和癌症复发 | 首次在尿路上皮癌中通过单细胞RNA测序鉴定出具有EMT特征的特定尿路上皮细胞亚群,并揭示了其通过COL4A1-ITGB1相互作用介导血管生成和化疗耐药的新机制 | 研究未明确说明单细胞测序样本的具体数量,且EMT-UC样细胞是通过过表达ZEB1和DES构建的,可能与体内天然存在的EMT-UC存在差异 | 探究尿路上皮癌化疗耐药和肿瘤复发的潜在机制 | 尿路上皮癌患者组织样本、构建的EMT-UC样细胞 | 单细胞组学 | 尿路上皮癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2026-03-19 |
Robust identification of perturbed cell types in single-cell RNA-seq data
2024-09-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51649-3
PMID:39218971
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研究论文 | 本文提出了一种名为scDist的计算工具,用于在单细胞RNA-seq数据中稳健地识别受扰动的细胞类型 | 基于混合效应模型,提供统计严谨且计算高效的方法,以克服个体和队列变异导致的假阳性问题 | 未在摘要中明确提及 | 检测单细胞转录组数据中因疾病或条件变化而改变的细胞类型 | 单细胞RNA-seq数据中的细胞类型,特别是免疫细胞如树突状细胞、浆细胞样树突状细胞和FCER1G+NK细胞 | 单细胞转录组学 | COVID-19 | 单细胞RNA-seq | 混合效应模型 | 单细胞转录组数据 | 未在摘要中明确提及 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2026-03-17 |
Endothelial-adipocyte Cx43 Mediated Gap Junctions Can Regulate Adiposity
2024-09-10, Function (Oxford, England)
DOI:10.1093/function/zqae029
PMID:38984993
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研究论文 | 本研究探讨了内皮细胞与脂肪细胞间通过Cx43介导的间隙连接在调节脂肪组织功能和肥胖中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序和透射电镜揭示了脂肪毛细血管内皮细胞与脂肪细胞间的直接异细胞接触,并发现Cx43介导的间隙连接在调节脂肪堆积和脂质代谢中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;体外共培养系统可能无法完全模拟体内复杂微环境 | 研究脂肪毛细血管内皮细胞与脂肪细胞相互作用的机制及其对代谢功能的影响 | 高脂饮食小鼠的脂肪组织、内皮细胞和脂肪细胞 | 单细胞组学 | 肥胖 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、透射电镜(TEM) | NA | 单细胞转录组数据、图像数据 | 高脂饮食小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2026-03-15 |
Age-related epithelial defects limit thymic function and regeneration
2024-Sep, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01915-9
PMID:39112630
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学等技术,揭示了胸腺衰老过程中出现的两种非典型胸腺上皮细胞状态,它们限制了胸腺功能和再生能力 | 首次发现并定义了两种与年龄相关的非典型胸腺上皮细胞状态,揭示了它们通过消耗TEC生长因子和干扰再生通路来限制胸腺功能的机制 | 未明确aaTECs的具体起源和调控其形成的上游信号通路,也未在人体中验证这些发现 | 探究胸腺随年龄增长功能衰退和再生能力下降的细胞和分子机制 | 小鼠胸腺中的非造血基质细胞,特别是胸腺上皮细胞 | 空间转录组学 | 衰老相关免疫缺陷 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 谱系追踪, 先进成像技术 | NA | 转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 8 | 2026-03-14 |
Inferring cell differentiation maps from lineage tracing data
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.611835
PMID:39314473
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于潜能概念的细胞分化图数学框架,并开发了算法,用于从单细胞谱系追踪数据中推断最优细胞分化图 | 引入基于潜能概念的细胞分化图数学框架,开发算法平衡分化图复杂性与谱系树上未观察到的细胞类型转换数量,相比现有方法更准确地推断分化图 | NA | 推断细胞分化图,以描述多能细胞在发育过程中通过逐渐受限的祖细胞类型层次分化为特化细胞类型的过程 | 哺乳动物躯干发育模型和小鼠造血系统 | 机器学习 | NA | 单细胞谱系追踪技术 | NA | 单细胞谱系追踪数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2026-03-06 |
Spatial multi-omics reveal intratumoral humoral immunity niches associated with tertiary lymphoid structures in pancreatic cancer immunotherapy pathologic responders
2024-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.22.613714
PMID:39386736
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研究论文 | 本研究通过空间多组学分析揭示了胰腺癌免疫治疗病理应答者中三级淋巴结构相关的瘤内体液免疫微环境 | 首次结合机器学习H&E图像分类模型和无监督基因表达矩阵分解方法,系统表征了三级淋巴结构微环境中的细胞状态,并发现了与PDAC患者生存改善显著相关的TLS特异性空间基因表达特征 | 样本量相对较小(仅26个PDAC肿瘤),且研究局限于接受联合免疫治疗的患者群体 | 探究胰腺癌中三级淋巴结构在肿瘤微环境中的空间关系及其在免疫治疗中的作用机制 | 接受联合免疫治疗的胰腺导管腺癌患者的肿瘤组织 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学、空间蛋白质组学、BCR测序 | 机器学习图像分类模型、无监督基因表达矩阵分解方法 | H&E图像、空间转录组数据、空间蛋白质组数据 | 26个PDAC肿瘤样本 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, BCR测序 | NA | NA |
| 10 | 2026-03-05 |
The cell rejuvenation atlas: leveraging network biology to identify master regulators of rejuvenation strategies
2024-09-09, Aging
DOI:10.18632/aging.206105
PMID:39264584
|
研究论文 | 本研究开发了一个名为SINGULAR的细胞再生图谱,通过单细胞RNA-seq和网络生物学方法,系统分析了多种再生策略在多个器官中的分子机制 | 首次构建了统一的细胞再生图谱,利用网络生物学在单细胞分辨率下比较不同再生策略,并识别了协调再生反应的主调控因子 | 未在摘要中明确提及具体限制,可能包括数据集的覆盖范围或实验验证的不足 | 旨在揭示再生策略的分子机制,以促进更全面的细胞再生干预设计 | 多种再生策略(如热量限制和部分重编程)在多个器官中的细胞 | 网络生物学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA-seq | 网络生物学方法 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2026-03-04 |
mosna reveals different types of cellular interactions predictive of response to immunotherapies and survival in cancer
2024-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.16.532947
PMID:36993595
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研究论文 | 本文介绍了一个名为mosna的Python包,用于分析空间组学数据,以预测癌症免疫疗法反应和生存率 | 开发了一个兼容多种空间组学方法的分析工具,能整合临床数据并识别预测性细胞交互特征 | NA | 开发一个分析空间组学数据的工具,以预测免疫疗法反应和癌症生存率 | 空间组学数据,包括转录组学和蛋白质组学数据 | 数字病理学 | 癌症 | 空间组学,包括MERFISH、seqFISH、CODEX、MIBI-TOF、免疫荧光和10x Visium | 机器学习模型 | 空间组学数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium |
| 12 | 2026-03-04 |
Single-cell DNA methylation analysis tool Amethyst reveals distinct noncanonical methylation patterns in human glial cells
2024-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.13.607670
PMID:39211069
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为Amethyst的综合性R软件包,用于处理和分析图谱规模的单细胞甲基化测序数据 | 开发了首个用于图谱规模单细胞甲基化测序数据分析的综合性R软件包Amethyst,并利用该工具在人类大脑数据集中发现并描述了星形胶质细胞和少突胶质细胞中存在非典型甲基化模式,挑战了该甲基化形式主要与大脑神经元相关的传统观点 | 未明确提及具体局限性 | 开发单细胞甲基化测序数据分析工具,并探索人类胶质细胞中的甲基化模式 | 人类外周血单个核细胞(PBMC)、人类大脑皮层细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞甲基化测序 | NA | 甲基化测序数据 | NA | NA | 单细胞甲基化测序 | NA | NA |
| 13 | 2026-03-03 |
A single-cell transcriptomic dataset of pluripotent stem cell-derived astrocytes via NFIB/SOX9 overexpression
2024-09-10, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03823-x
PMID:39256463
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序,构建了NFIB/SOX9过表达诱导人多能干细胞分化为星形胶质细胞的全面转录组图谱 | 首次利用单细胞RNA测序技术,系统描绘了NFIB/SOX9过表达诱导星形胶质细胞分化的详细路径和分子特征 | 诱导星形胶质细胞的精确分化路径和分子特征仍未完全阐明 | 解析NFIB/SOX9诱导星形胶质细胞分化的分子机制,为神经系统疾病研究提供模型 | 人多能干细胞(iPSCs)及其NFIB/SOX9过表达诱导分化的星形胶质细胞 | 单细胞转录组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 64,736个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-03-02 |
Expression patterns of keratin family members during tooth development and the role of keratin 17 in cytodifferentiation of stratum intermedium and stellate reticulum
2024-09, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31387
PMID:39014890
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和微阵列分析,揭示了角蛋白家族成员在小鼠牙齿发育过程中的时空表达模式,并发现角蛋白17(Krt17)对中间层和星网状层细胞分化至关重要 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统解析牙齿发育过程中角蛋白家族的动态表达谱,并明确了Krt17在中间层细胞分化中的特异性功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类牙齿发育中的角蛋白表达模式仍需验证;细胞功能实验仅在SF2细胞系中进行,体内功能需进一步证实 | 阐明角蛋白家族在牙齿发育过程中的表达规律及其在细胞分化中的作用机制 | 出生后第1天小鼠磨牙的牙胚组织及SF2牙上皮细胞系 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、微阵列分析、细胞功能实验 | NA | 单细胞转录组数据、微阵列数据 | 未明确样本数量(基于出生后第1天小鼠磨牙的scRNA-seq数据集) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2026-03-01 |
Loss of NLRP6 increases the severity of kidney fibrosis
2024-09, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31347
PMID:38934623
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研究论文 | 本研究探讨了NLRP6在慢性肾病纤维化中的作用,发现其缺失会加剧肾脏炎症和纤维化 | 首次揭示了NLRP6在肾脏纤维化中的保护作用,并阐明了其通过p38 MAPK通路调节TGF-β1和Klotho表达的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞培养,人类临床样本验证有限,且未深入探讨NLRP6在其他肾脏细胞类型中的功能 | 探究NLRP6在慢性肾病纤维化中的功能和分子机制 | 野生型和Nlrp6缺陷小鼠、肾小管细胞培养物、人类肾脏转录组数据库 | 数字病理学 | 慢性肾病 | 单细胞转录组测序、基因表达分析、细胞培养 | NA | 转录组数据、基因表达数据 | 小鼠模型和细胞培养样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-02-27 |
SpaTopic: A statistical learning framework for exploring tumor spatial architecture from spatially resolved transcriptomic data
2024-09-27, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adp4942
PMID:39331720
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaTopic的统计学习框架,用于从空间分辨转录组数据中探索肿瘤的空间结构 | SpaTopic通过整合单细胞转录组学和空间分辨转录组数据,协调spot聚类和细胞类型反卷积,利用主题建模将肿瘤微环境分层为具有一致细胞组织的空间域,提高了空间架构注释的性能 | NA | 开发一个统计学习框架,以探索和解释肿瘤空间分辨转录组数据中的空间架构 | 肿瘤组织及其微环境 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间分辨转录组学,单细胞转录组学 | 主题建模 | 空间分辨转录组数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 空间分辨转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2026-02-27 |
Chemically programmed metabolism drives a superior cell fitness for cartilage regeneration
2024-09-13, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adp4408
PMID:39259800
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研究论文 | 本研究通过药物筛选发现化合物FPH2能增强人软骨细胞的适应性,促进关节软骨再生,并揭示其通过抑制肉碱棕榈酰转移酶I和优化代谢稳态的机制 | 首次发现FPH2能诱导软骨细胞进入“超级适应”状态,并通过代谢编程提升细胞适应性,为软骨再生提供新策略 | 研究主要基于动物模型,人类临床应用效果需进一步验证;单细胞转录组学分析可能未覆盖所有细胞亚群 | 探索增强软骨细胞适应性和促进关节软骨再生的化学方法 | 人软骨细胞和关节软骨组织 | 细胞治疗与再生医学 | 骨关节炎 | 药物筛选、单细胞转录组学、动物模型实验 | NA | 转录组数据、组织图像 | 大鼠动物模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2026-02-27 |
High-Lactate-Metabolizing Photosynthetic Bacteria Reprogram Tumor Immune Microenvironment
2024-09, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202405930
PMID:38924191
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研究论文 | 本研究筛选出一种高乳酸代谢光合细菌(LAB-1),用于重编程肿瘤免疫微环境,以增强免疫治疗效果 | 首次通过正交实验模拟肿瘤微环境并利用乳酸作为唯一有机碳源筛选高乳酸代谢光合细菌,并证明其能选择性定植于肿瘤组织、降低乳酸水平、提高pH值,从而有效重编程肿瘤免疫微环境 | 研究仅在鼠源4T1模型中进行验证,尚未在人类肿瘤或更广泛的肿瘤模型中测试其普适性与安全性 | 通过降低肿瘤组织中的乳酸水平来重编程肿瘤免疫微环境,以增强肿瘤免疫治疗的效果 | 高乳酸代谢光合细菌(LAB-1)及其在鼠源4T1肿瘤模型中的作用 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 鼠源4T1肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2026-02-26 |
Senescence-targeted MicroRNA/Organoid composite hydrogel repair cartilage defect and prevention joint degeneration via improved chondrocyte homeostasis
2024-Sep, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2024.05.036
PMID:38855061
|
研究论文 | 本研究探索了骨关节炎软骨缺损患者的细胞衰老标志物,并构建了一种靶向衰老的miR-24微球/SMSC类器官复合水凝胶用于软骨修复 | 首次发现miR-24在骨关节炎软骨缺损中作为衰老标志物,并构建了靶向衰老的复合水凝胶,通过调节软骨细胞稳态来修复软骨缺损和预防关节退变 | 研究主要基于大鼠模型,尚未在人体中进行临床试验,长期安全性和疗效需进一步验证 | 探索骨关节炎软骨缺损患者的衰老标志物,并开发一种新型的靶向衰老的复合水凝胶用于软骨修复 | 骨关节炎软骨缺损患者的临床软骨样本、SMSC类器官、大鼠模型 | 组织工程与再生医学 | 骨关节炎 | 高通量microRNA测序、单细胞RNA-seq、免疫荧光染色、SA-β-Gal染色、荧光原位杂交、qRT-PCR、荧光素酶报告基因检测 | NA | microRNA表达谱、单细胞RNA-seq数据、图像数据 | 临床软骨样本(具体数量未明确)、大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 高通量microRNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2026-02-21 |
Loss of p53 and SMAD4 induces adenosquamous subtype pancreatic cancer in the absence of an oncogenic KRAS mutation
2024-Sep-17, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101711
PMID:39232498
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研究论文 | 本研究通过建立基因工程小鼠模型,探索了在KRAS野生型背景下,Trp53/Smad4或Trp53/Tgfbr2缺失如何自发诱导胰腺癌,并揭示了其独特的组织学特征和肿瘤免疫微环境 | 首次在KRAS野生型小鼠模型中证明Trp53/Smad4或Trp53/Tgfbr2缺失足以驱动胰腺癌发生,并识别出腺鳞癌亚型,与KRAS突变型肿瘤在组织学和免疫微环境上存在差异 | 研究基于小鼠模型,可能无法完全模拟人类胰腺癌的复杂性,且样本量有限,需进一步验证 | 探究KRAS野生型胰腺癌的发病机制和分子特征 | 基因工程小鼠模型(PPSSC和PPTTC)及其胰腺肿瘤组织 | 肿瘤生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 基因工程小鼠模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |