单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 678 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-12-22 |
Multimodal Profiling of Peripheral Blood Identifies Proliferating Circulating Effector CD4+ T Cells as Predictors for Response to Integrin α4β7-Blocking Therapy in Inflammatory Bowel Disease
2024-Sep-28, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.09.021
PMID:39343250
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研究论文 | 本研究通过多模态分析外周血中的免疫细胞，识别出增殖的循环效应CD4+ T细胞作为炎症性肠病患者对整合素α4β7阻断疗法反应的预测因子 | 本研究首次通过整合多模态参数和机器学习，识别出增殖的CD4+记忆T细胞在非应答者中的显著增加，并发现这些细胞具有激活的T辅助1/T辅助17细胞表型和升高的整合素α4β1水平 | 本研究的局限性在于仅针对接受vedolizumab治疗的炎症性肠病患者，未来需要进一步验证在其他治疗方案中的适用性 | 研究目的是识别炎症性肠病患者对整合素α4β7阻断疗法的反应预测因子，以改善个性化治疗管理 | 研究对象是接受vedolizumab治疗的炎症性肠病患者的外周血样本 | 免疫学 | 炎症性肠病 | 质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、单细胞B和T细胞受体测序（BCR/TCR-seq）、血清蛋白质组学、多参数流式细胞术 | 机器学习 | 多模态数据 | 2个队列的炎症性肠病患者 |
| 2 | 2024-12-22 |
starTracer is an accelerated approach for precise marker gene identification in single-cell RNA-Seq analysis
2024-09-13, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06790-6
PMID:39266658
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研究论文 | 本文介绍了一种名为starTracer的新算法，用于加速单细胞RNA-seq数据中标记基因的识别 | starTracer算法通过减少冗余计算，显著提高了计算效率、特异性和准确性，相比Seurat算法速度提升了2~3个数量级 | NA | 提高单细胞RNA-seq数据中标记基因识别的效率、特异性和准确性 | 单细胞RNA-seq数据中的标记基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 三个独立数据集和一个模拟测试数据集 |
| 3 | 2024-12-22 |
Integrating large-scale single-cell RNA sequencing in central nervous system disease using self-supervised contrastive learning
2024-09-10, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06813-2
PMID:39251817
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研究论文 | 本文介绍了一种自监督对比学习方法scCM，用于整合大规模中枢神经系统单细胞RNA测序数据 | 提出了scCM方法，通过比较基因表达的变化，将功能相关的细胞聚集在一起，同时将不相似的细胞分开，有效揭示了中枢神经系统细胞类型/亚型的异质性关系 | NA | 整合大规模中枢神经系统单细胞RNA测序数据，揭示细胞和分子机制 | 中枢神经系统细胞类型/亚型 | 单细胞RNA测序 | 中枢神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 自监督对比学习 | 基因表达数据 | 20个中枢神经系统数据集，涵盖4个物种和10种中枢神经系统疾病 |
| 4 | 2024-12-22 |
PHD2 safeguards modest mesendoderm development
2024-09-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06824-z
PMID:39244636
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研究论文 | 本文研究了PHD2在调节HIF-1α水平和调控中胚层发育中的关键作用 | 首次揭示了PHD2在调控中胚层发育中的负向调节作用，并阐明了其通过HIF-1α调控Wnt/β-catenin通路的机制 | 研究主要集中在体外模型和早期胚胎阶段，缺乏对更晚期发育阶段的验证 | 探讨PHD2在中胚层发育中的作用及其与低氧和HIF-1α的相互作用 | PHD2、HIF-1α、中胚层发育、Wnt/β-catenin通路 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了小鼠胚胎干细胞（mESCs）、胚胎体和鼠胚 |
| 5 | 2024-12-22 |
Deficient RPE mitochondrial energetics leads to subretinal fibrosis in age-related neovascular macular degeneration
2024-09-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06773-7
PMID:39223298
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研究论文 | 研究揭示了视网膜色素上皮（RPE）线粒体能量代谢缺陷与年龄相关性新生血管性黄斑变性中亚视网膜纤维化的关系 | 首次揭示了VLDLR通过抑制TGFβ诱导的代谢重编程来抑制纤维化，并提出CPT1A作为治疗亚视网膜纤维化的潜在靶点 | NA | 探讨视网膜色素上皮代谢紊乱与亚视网膜纤维化的潜在机制 | 视网膜色素上皮细胞中的线粒体脂肪酸氧化相关基因 | NA | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | Vldlr小鼠模型 |
| 6 | 2024-12-19 |
A graph self-supervised residual learning framework for domain identification and data integration of spatial transcriptomics
2024-09-12, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06814-1
PMID:39266614
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研究论文 | 本文提出了一种基于图神经网络和边际差异差异理论的图自监督残差学习框架ResST，用于空间转录组数据的域识别和数据整合 | ResST通过整合基因表达、生物效应、空间位置和形态信息，捕捉细胞与其周围细胞之间的非线性关系，用于空间域识别，并基于MDD理论整合多个ST数据集以校正批次效应 | NA | 开发一种新的方法来准确识别空间转录组数据中的空间一致性域，并有效整合多样本数据 | 空间转录组数据中的基因表达模式和组织微环境 | 数字病理学 | NA | 图神经网络 | 图神经网络 | 基因表达数据 | 10个使用不同技术获取的空间转录组数据集 |
| 7 | 2024-12-19 |
SpatialCTD: A Large-Scale Tumor Microenvironment Spatial Transcriptomic Dataset to Evaluate Cell Type Deconvolution for Immuno-Oncology
2024-09, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2024.0532
PMID:39117342
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研究论文 | 本文介绍了一个大规模的肿瘤微环境空间转录组数据集SpatialCTD，用于评估免疫肿瘤学中的细胞类型反卷积方法 | 提出了一个大规模的SpatialCTD数据集，涵盖了人类肿瘤微环境中的1.8百万个细胞和12,900个伪斑点，并提出了一种基于图神经网络的反卷积方法GNNDeconvolver | 现有的细胞类型反卷积基准数据集主要是基于模拟或规模有限，且主要涵盖小鼠数据，不适用于人类免疫肿瘤学 | 克服现有数据集的局限性，促进对人类免疫肿瘤学中细胞类型反卷积的全面研究 | 人类肿瘤微环境中的细胞类型反卷积 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络 | 转录组数据 | 1.8百万个细胞和12,900个伪斑点 |
| 8 | 2024-12-18 |
Cytokines reprogram airway sensory neurons in asthma
2024-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.26.525731
PMID:39345572
|
研究论文 | 本研究探讨了在过敏性气道炎症中，细胞因子如何重新编程气道感觉神经元，并揭示了相关的分子机制 | 首次揭示了IL-1β、IL-13和BDNF在过敏性气道炎症中驱动感觉神经元重新编程的作用，并发现了NPY1R在限制感觉神经元活性中的补偿机制 | 研究主要基于小鼠模型，未来需要进一步验证这些发现是否适用于人类 | 研究过敏性气道炎症中气道感觉神经元的分子特征及其重新编程的信号机制 | 气道感觉神经元及其在过敏性气道炎症中的重新编程 | NA | 哮喘 | 逆行示踪和谱系报告技术，单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用卵清蛋白小鼠模型进行研究，具体样本数量未明确提及 |
| 9 | 2024-12-14 |
Spatial microenvironments tune immune response dynamics in the Drosophila larval fat body
2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.12.612587
PMID:39345471
|
研究论文 | 研究果蝇幼虫脂肪体中抗菌肽表达的空间异质性及其与免疫反应的关系 | 首次在果蝇幼虫脂肪体中发现抗菌肽表达具有可重复的空间模式，并揭示了这种模式与微生物定位的相关性 | 研究仅限于果蝇幼虫脂肪体，未探讨其他组织或物种中的情况 | 探讨组织中免疫反应基因表达的空间和时间模式及其机制 | 果蝇幼虫脂肪体中的抗菌肽表达及其空间模式 | NA | NA | 活体光片荧光显微镜 | NA | 图像 | 果蝇幼虫 |
| 10 | 2024-12-13 |
Stem-like exhausted CD8 T cells in pleural effusions predict improved survival in non-small cell lung cancer (NSCLC) and mesothelioma
2024-Sep-30, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-24-284
PMID:39430319
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研究论文 | 研究探讨了胸腔积液中干细胞样耗竭CD8 T细胞在非小细胞肺癌和间皮瘤患者中的预后意义 | 首次发现胸腔积液中干细胞样耗竭CD8 T细胞（Texstem）的频率与非小细胞肺癌和间皮瘤患者的更好生存结果相关 | 研究为回顾性分析，样本量相对较小，且仅限于特定类型的肺癌和间皮瘤患者 | 探讨干细胞样耗竭CD8 T细胞在非小细胞肺癌和间皮瘤患者中的预后价值 | 非小细胞肺癌和间皮瘤患者的胸腔积液中的CD8 T细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 流式细胞术、质谱流式细胞术、单细胞多组学分析 | NA | 细胞 | 43例非小细胞肺癌患者和49例间皮瘤患者的胸腔积液样本，以及16例预处理胸腔积液样本和4例单细胞多组学分析样本 |
| 11 | 2024-12-13 |
Breaking new ground: Unraveling the USP1/ID3/E12/P21 axis in vascular calcification
2024-Sep-24, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1016/j.trsl.2024.09.002
PMID:39326697
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组测序技术解析了血管钙化过程中的细胞动态变化，揭示了USP1/ID3/E12/P21轴在血管钙化中的关键作用 | 首次揭示了USP1/ID3/E12/P21轴在血管钙化中的调控机制，并提供了潜在的治疗靶点 | NA | 探讨血管钙化过程中的细胞动态变化及其调控机制 | 血管平滑肌细胞及其在血管钙化中的功能 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 12 | 2024-12-13 |
Impaired Myofibroblast Proliferation is a Central Feature of Pathologic Post-Natal Alveolar Simplification
2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.21.572766
PMID:38187712
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研究论文 | 本文研究了早产儿支气管肺发育不良（BPD）中由于肺泡简化导致的气体交换受损，并探讨了肌成纤维细胞增殖受损在其中的核心作用 | 通过多重小鼠模型和单细胞RNA测序，揭示了肌成纤维细胞增殖受损在BPD病理中的关键作用，并发现抑制肌成纤维细胞增殖足以导致病理性肺泡简化 | 本文主要基于小鼠模型，研究结果的临床转化和应用仍需进一步验证 | 探讨BPD病理中肺泡简化的机制，并寻找潜在的治疗策略 | 早产儿支气管肺发育不良（BPD）中的肺泡简化及肌成纤维细胞增殖 | NA | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多重小鼠模型 |
| 13 | 2024-12-13 |
Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto
2024-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.19.604364
PMID:39071335
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研究论文 | 本文介绍了使用lr-kallisto工具对长读长测序转录组数据进行快速和准确定量的方法 | 开发了lr-kallisto工具，将kallisto的批量和单细胞RNA-seq定量方法适应于长读长测序技术 | NA | 展示长读长测序数据在转录本定量中的应用潜力 | 长读长测序数据的转录本定量 | 生物信息学 | NA | 长读长测序（ONT） | NA | 转录组数据 | NA |
| 14 | 2024-12-13 |
Fc-engineered antibodies promote neutrophil-dependent control of Mycobacterium tuberculosis
2024-Sep, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-024-01777-9
PMID:39174703
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研究论文 | 本文研究了Fc工程化抗体在促进中性粒细胞依赖性控制结核分枝杆菌中的作用 | 本文通过工程化抗体的Fc区域，增强其促进结核分枝杆菌限制的能力，并发现这些抗体通过促进中性粒细胞的存活和抗菌程序的表达来控制结核病 | 本文未探讨单一Fc特征是否能普遍驱动结核分枝杆菌的控制 | 研究抗体在控制结核病中的作用机制，并探索其在治疗策略中的应用潜力 | 结核分枝杆菌、中性粒细胞、Fc工程化抗体 | NA | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 52种Fc变体 |
| 15 | 2024-12-12 |
The Kidney Precision Medicine Project and Single-Cell Biology of the Injured Proximal Tubule
2024-Sep-26, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.09.006
PMID:39332674
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在近端小管亚型研究中的进展，并介绍了肾脏精准医学项目中单细胞RNA测序图谱定义的主要细胞状态 | 本文通过比较肾脏精准医学项目与其他重要研究，探讨了不同命名法或不同分辨率下近端小管细胞状态亚型的重叠 | NA | 帮助读者理解这一高度动态和不断发展的领域中重要的细胞损伤和再生过程的关键转录组标记 | 近端小管细胞在健康和疾病中的亚型及其在损伤和再生过程中的转录组特征 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 16 | 2024-12-12 |
CD4+ T cells exhibit distinct transcriptional phenotypes in the lymph nodes and blood following mRNA vaccination in humans
2024-Sep, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01888-9
PMID:39164479
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研究论文 | 研究评估了mRNA疫苗接种后3个月和6个月，人类血液和引流淋巴结中SARS-CoV-2刺突蛋白特异性CD4 T细胞的转录表型 | 首次通过单细胞转录组学分析了mRNA疫苗接种后不同时间点血液和引流淋巴结中SARS-CoV-2刺突蛋白特异性CD4 T细胞的异质性表型 | 研究仅限于BNT162b2 mRNA疫苗接种者和SARS-CoV-2感染者，结果可能不适用于其他疫苗或病毒感染 | 探讨mRNA疫苗接种或SARS-CoV-2感染后，人类血液和引流淋巴结中SARS-CoV-2刺突蛋白特异性CD4 T细胞的转录表型 | SARS-CoV-2刺突蛋白特异性CD4 T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学 | 深度学习 | 转录组 | 1,277个刺突蛋白特异性CD4 T细胞，包括238个使用Trex方法定义的细胞 |
| 17 | 2024-12-10 |
Cholinergic Neuronal Activity Promotes Diffuse Midline Glioma Growth through Muscarinic Signaling
2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.21.614235
PMID:39386427
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研究论文 | 本文探讨了胆碱能神经元活动通过毒蕈碱信号促进弥漫中线胶质瘤生长的机制 | 首次揭示了中脑胆碱能神经元的长程投射通过M1和M3毒蕈碱受体促进弥漫中线胶质瘤生长的机制 | NA | 研究胆碱能神经元活动对弥漫中线胶质瘤生长的影响及其机制 | 弥漫中线胶质瘤、健康少突胶质前体细胞及其恶性对应物 | NA | 脑瘤 | 光遗传学、单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 18 | 2024-12-08 |
The pericardium forms as a distinct structure during heart formation
2024-Sep-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.18.613484
PMID:39345600
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研究论文 | 本文研究了心脏形成过程中心包膜的发育起源 | 通过活体成像、谱系追踪和单细胞转录组学技术，发现心包膜起源于侧板中胚层的特定前部间皮祖细胞，与经典心脏区域不同 | NA | 探讨心包膜在心脏形成过程中的发育起源及其与心脏形态发生的关系 | 心包膜的发育起源及其在心脏形态发生中的作用 | NA | NA | 活体成像、谱系追踪、单细胞转录组学 | 机器学习 | 图像 | 斑马鱼胚胎 |
| 19 | 2024-12-08 |
Leveraging cell type-specificity for gene set analysis of single cell transcriptomics
2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.25.615040
PMID:39386631
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研究论文 | 本文描述了一种利用单细胞转录组数据中的细胞类型特异性信息来定制基因集的方法 | 提出了一种利用人类蛋白质图谱（HPA）单细胞类型图谱中的平均基因表达信息来计算细胞类型特异性基因和基因集权重的方法，以改进基因集测试的效力和可解释性 | NA | 改进单细胞转录组数据的基因集测试效力和可解释性 | 单细胞转录组数据中的基因集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 81种人类细胞类型 |
| 20 | 2024-12-08 |
The proteomic landscape and temporal dynamics of mammalian gastruloid development
2024-Sep-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.05.609098
PMID:39282277
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研究论文 | 研究通过定量蛋白质组学分析人类和小鼠胚胎发育的关键阶段，揭示了蛋白质动力学和调控网络 | 首次将定量蛋白质组学应用于人类和小鼠胚胎发育模型，结合RNA-seq和磷酸化位点数据，揭示了翻译后调控的物种特异性差异 | 研究主要集中在胚胎发育的特定阶段，未涵盖整个发育过程 | 通过蛋白质组学分析，填补早期哺乳动物发育中蛋白质动力学和调控的空白 | 人类和小鼠的胚胎发育模型 | 生物信息学 | NA | 定量蛋白质组学 | NA | 蛋白质组数据 | 人类和小鼠胚胎发育模型的四个关键阶段 |