单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-15	Construction of thyroid cancer classification and iodine metabolism related diagnostic model using thyroid differentiation score and bioinformation 2024-Sep-06, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000039464 PMID:39252309	研究论文	构建基于甲状腺分化评分和生物信息学的甲状腺癌分类及碘代谢相关诊断模型	整合甲状腺分化评分、多组学数据和机器学习方法，首次开发出与碘代谢相关的THCA亚型诊断模型，并鉴定出5个独立预测基因	NA	提高甲状腺癌不同亚型的诊断准确性和治疗针对性	甲状腺癌（THCA）患者	生物信息学	甲状腺癌	RNA-seq, qRT-PCR, GSVA, 机器学习	逻辑回归诊断模型	基因表达数据，临床病理信息，单细胞RNA测序数据	来自TCGA和GEO数据库的甲状腺癌样本
2	2025-09-14	CD8+ T-cell differentiation and dysfunction inform treatment response in acute myeloid leukemia 2024-09-12, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021680 PMID:38776511	研究论文	本研究通过多模态方法揭示了CD8+ T细胞分化状态与急性髓系白血病治疗反应的关系	发现早期记忆CD8+ T细胞分化为两种不同终末状态，并揭示向衰老状态倾斜的分化轨迹与治疗抵抗相关	NA	探究CD8+ T细胞分化状态和功能障碍与AML治疗反应的关系	急性髓系白血病患者的CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	急性髓系白血病	高维流式细胞术、单细胞转录组学	NA	流式细胞数据、单细胞转录组数据	整合多个独立数据集的AML CD8+单细胞图谱
3	2025-09-13	Single-cell RNA sequencing identifies interferon-inducible monocytes/macrophages as a cellular target for mitigating the progression of abdominal aortic aneurysm and rupture risk 2024-09-21, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae117 PMID:38836630	研究论文	通过单细胞RNA测序识别干扰素诱导性单核细胞/巨噬细胞作为减轻腹主动脉瘤进展和破裂风险的细胞靶点	发现并鉴定了一种新型干扰素诱导性单核细胞/巨噬细胞(IFNICs)群体，并阐明其通过cGAS-STING和JAK-STAT通路在腹主动脉瘤发展中的关键作用	研究基于AngII灌注的ApoE-/-小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究腹主动脉瘤发展和进展中的细胞类型和信号通路	AngII灌注的ApoE-/-小鼠的腹主动脉标本	单细胞基因组学	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序），基因集变异分析，骨髓移植	NA	单细胞转录组数据	AngII灌注的ApoE-/-小鼠模型，使用骨髓特异性Sting1敲除(Lyz2-Cre+/-; Sting1flox/flox)小鼠
4	2025-09-12	Multi-condition and multi-modal temporal profile inference during mouse embryonic development 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.03.583179 PMID:38496477	研究论文	提出一种名为Sunbear的联合建模框架，用于整合跨时间的多条件和多模态单细胞数据	能够同时处理多条件和多模态单细胞时间序列数据，实现时间剖面推断、数据对齐和模态外推	基于破坏性单细胞测量，无法捕获特定细胞的完整时间轨迹	开发单细胞时间序列数据的整合与推断方法	小鼠胚胎发育过程中的单细胞数据	计算生物学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	联合建模框架	单细胞时间序列数据	未明确说明样本数量
5	2025-09-11	Modeling Lewy body disease with SNCA triplication iPSC-derived cortical organoids and identifying therapeutic drugs 2024-09-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adk3700 PMID:39259788	研究论文	利用SNCA基因三倍体iPSC来源的皮质类器官模拟路易体病并筛选潜在治疗药物	首次建立人源皮质类器官模型模拟路易体病α-突触核蛋白病理，并通过高通量药物筛选发现四种FDA批准药物可抑制α-突触核蛋白聚集	研究基于特定基因突变（SNCA三倍体）模型，可能无法完全代表所有路易体病亚型的病理机制	探究路易体病皮质神经元中α-突触核蛋白病理机制并筛选治疗药物	人诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的皮质类器官和兴奋性神经元	神经退行性疾病研究	路易体病	单细胞RNA测序、实时震动诱导转化检测（RT-QuIC）、高通量药物筛选	类器官模型	基因表达数据、分子功能验证数据	1280种FDA批准药物筛选，使用患者来源iPSC类器官和人脑组织样本
6	2025-09-11	A pheromone receptor in cichlid fish mediates attraction to females but inhibits male parental care 2024-Sep-09, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2024.07.029 PMID:39094572	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和CRISPR基因编辑技术，揭示了慈鲷鱼中信息素受体Or113a在介导雄性对雌性吸引行为及抑制雄性亲代抚育中的双重作用	发现信息素受体Or113a能够感知非PGF配体，并首次证明单个信息素受体在行为调控中获得新功能，驱动雄性避免亲代抚育	研究聚焦于特定慈鲷鱼谱系，结论在其他鱼类中的普适性尚未验证	探究脊椎动物信息素信号演化如何导致新生殖行为策略的产生	慈鲷鱼（特别是雌性繁殖信号感知及雄性行为调控）	NA	NA	单细胞转录组学, CRISPR基因编辑	NA	基因表达数据, 行为观测数据	NA（未明确说明样本数量，但使用慈鲷鱼模型进行研究）
7	2025-09-11	Glioblastoma induces the recruitment and differentiation of dendritic-like "hybrid" neutrophils from skull bone marrow 2024-Sep-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.08.008 PMID:39255776	研究论文	本文揭示了胶质母细胞瘤通过招募和分化颅骨骨髓中的树突状“杂交”中性粒细胞来抑制肿瘤生长的机制	首次发现具有树突状特征的中性粒细胞亚群来源于颅骨骨髓而非循环系统，并证实其通过抗原呈递激活T细胞抗肿瘤免疫	NA	探究肿瘤相关中性粒细胞在胶质母细胞瘤中的生物学作用及来源机制	胶质母细胞瘤患者和小鼠模型中的中性粒细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、标记颅骨移植、靶向消融	NA	基因表达数据、细胞功能实验数据	患者和小鼠胶质母细胞瘤样本（具体数量未明确说明）
8	2025-09-07	MultiSC: a deep learning pipeline for analyzing multiomics single-cell data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae492 PMID:39376034	研究论文	提出一种名为MultiSC的深度学习流程，用于整合和分析多组学单细胞数据	开发了新型多模态约束自编码器和基于矩阵分解的模型，有效整合三种组学数据类型并预测转录因子调控的靶基因	NA	解决多组学单细胞数据整合分析工具缺乏的问题，提供全面的细胞活动和基因调控网络分析	单细胞多组学数据（基因表达、染色质可及性、转录因子蛋白表达）	机器学习	NA	NEAT-seq多组学测序技术	多模态约束自编码器（single-cell hierarchical constraint autoencoder）、基于矩阵分解的模型（scMF）、多元线性回归模型	多组学数据（基因表达、染色质可及性、蛋白表达）	NA
9	2025-09-07	The choroid plexus synergizes with immune cells during neuroinflammation 2024-Sep-05, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.07.002 PMID:39089253	研究论文	本研究通过活体双光子成像和单细胞转录组学揭示了脉络丛在神经炎症中与免疫细胞协同作用的机制	首次发现脉络丛上皮细胞短暂特化以滋养免疫细胞，并协调其招募、存活和分化，同时揭示了巨噬细胞从脑脊液向脉络丛反向招募的新现象	研究基于小鼠LPS诱导的脑膜炎模型，可能无法完全反映人类神经炎症疾病的复杂性	阐明脉络丛在脑炎症调控中的分子机制和细胞动态过程	小鼠脉络丛、中性粒细胞、单核细胞和巨噬细胞	神经免疫学	神经炎症性疾病	纵向双光子成像、单细胞转录组学、脑室内LPS注射	NA	影像数据、转录组数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
10	2025-09-07	HA-1-targeted T-cell receptor T-cell therapy for recurrent leukemia after hematopoietic stem cell transplantation 2024-09-05, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024024105 PMID:38683966	研究论文	本研究评估了靶向HA-1的T细胞受体T细胞疗法在造血干细胞移植后复发白血病患者中的可行性和安全性	首次使用基因工程改造的HA-1特异性TCR-T细胞治疗移植后复发白血病，并展示了临床应用的可行性	研究样本量较小（9例患者），且非设计用于评估疗效的随机对照试验	评估HA-1靶向TCR-T细胞疗法在造血干细胞移植后复发白血病患者中的安全性和可行性	造血干细胞移植后出现疾病复发的白血病和髓系肿瘤患者	细胞免疫治疗	白血病	T细胞受体基因工程、单细胞RNA测序	NA	临床数据、基因表达数据	9例造血干细胞移植受者
11	2025-09-06	Identification of Disulfidptosis-Related Genes in Ischemic Stroke by Combining Single-Cell Sequencing, Machine Learning Algorithms, and In Vitro Experiments 2024-09-15, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-024-08804-2 PMID:39278970	研究论文	本研究结合单细胞测序、机器学习算法和体外实验，探索二硫键死亡相关基因在缺血性脑卒中中的作用机制及其与免疫病理特征的相关性	首次将二硫键死亡（disulfidptosis）机制与缺血性脑卒中研究结合，并利用多算法机器学习模型和单细胞通讯网络分析揭示基因与免疫微环境的相互作用	研究主要基于公共数据库和体外模型，缺乏大规模临床样本验证	探究二硫键死亡相关基因在缺血性脑卒中发病机制中的作用及免疫关联	缺血性脑卒中患者外周血样本、体外氧糖剥夺（OGD）模型小胶质细胞	生物信息学与计算生物学	缺血性脑卒中	单细胞测序、机器学习算法（LASSO/随机森林/SVM-RFE）、氧糖剥夺模型	LASSO, Random Forest, SVM-RFE, 诺莫图预测模型	基因表达数据、单细胞测序数据	GEO数据库中缺血性脑卒中患者外周血样本（未明确数量）及体外细胞模型
12	2025-09-06	Osr1-mediated mesothelial transition of liver mesenchymal cells exacerbates fibrotic liver damage 2024-Sep-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.02.024 PMID:38414241	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和谱系追踪揭示肝星状细胞在损伤后向间皮细胞样状态逆转的过程，并发现靶向Osr1可减轻肝纤维化	首次发现肝星状细胞在损伤后发生间质-间皮转化（MMT），并鉴定出关键转录因子Osr1调控这一过程	研究主要基于小鼠NASH模型，人类临床相关性需进一步验证	探究慢性肝病中肝纤维化的形成机制并寻找治疗靶点	肝星状细胞（HSCs）及其转化产生的损伤相关中间细胞（DIHMs）	数字病理学	肝纤维化/肝硬化	单细胞RNA测序（scRNA-seq），体内谱系追踪，双重组酶系统	NA	基因表达数据	NASH模型小鼠（具体数量未在摘要中说明）
13	2025-09-05	Spatial microenvironments tune immune response dynamics in the Drosophila larval fat body 2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.12.612587 PMID:39345471	研究论文	本研究通过活体光片荧光显微镜技术揭示果蝇幼虫脂肪体中抗菌肽表达的空间模式及其免疫微环境特征	首次在果蝇脂肪体中发现可重复的空间免疫应答模式，并证明该模式与血流微生物定位相关但非由其引起，揭示了组织空间分区化免疫活动的进化保守性	研究局限于果蝇模型系统，尚未在高等生物中直接验证空间组织的保守性	探究组织空间免疫应答的动态调控机制与生物学逻辑	果蝇幼虫脂肪体（功能类似肝脏的器官）	生物医学成像	感染性疾病	活体光片荧光显微镜、空间转录组学	NA	显微成像数据、基因表达数据	果蝇幼虫整体样本（未明确具体数量）
14	2025-09-03	PD-L2 drives resistance to EGFR-TKIs: dynamic changes of the tumor immune environment and targeted therapy 2024-Sep, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01317-2 PMID:38816578	研究论文	本研究揭示PD-L2通过动态改变肿瘤免疫环境驱动EGFR-TKI耐药，并发现天然小分子抑制剂锌十一烯酸盐可逆转耐药	首次发现PD-L2/PD-1信号通路是介导EGFR-TKI耐药的关键驱动因素，并鉴定出新型天然PD-L2抑制剂	研究基于细胞系和同源肿瘤小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探究EGFR-TKI耐药机制并开发靶向治疗策略	EGFR突变肿瘤细胞系和同源肿瘤小鼠	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞测序、体内外功能实验	NA	测序数据、实验数据	细胞系和小鼠模型（具体数量未明确说明）
15	2025-09-03	Prominent role of gut dysbiosis in the pathogenesis of cystic fibrosis-related liver disease in mice 2024-Sep, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.03.041 PMID:38554847	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示肠道菌群失调在囊性纤维化相关肝病（CFLD）发病机制中的关键作用	首次证明肠道CFTR功能缺陷通过维持病原性微生物群、增加肠道通透性和炎症环境，是CFLD样肝病发展的必要因素	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究肠-肝轴在CFLD发病机制中的作用	野生型、全身性Cftr敲除和肠道校正CFTR小鼠	疾病机制研究	囊性纤维化相关肝病	单细胞RNA测序、16S核糖体RNA测序、蛋白质组阵列、FITC-葡聚糖检测	NA	转录组数据、微生物组数据、蛋白质数据	多组基因修饰小鼠模型（具体数量未明确说明）
16	2025-09-03	Sex-specific effects of injury and beta-adrenergic activation on metabolic and inflammatory mediators in a murine model of post-traumatic osteoarthritis 2024-Sep, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2024.03.109 PMID:38527663	研究论文	本研究探讨在小鼠创伤后骨关节炎模型中，损伤和β-肾上腺素能激活对代谢及炎症介质的性别特异性影响	揭示了β-肾上腺素能受体激动剂异丙肾上腺素在雌性小鼠中特异性抑制促纤维化和促炎基因表达，并首次发现损伤后关节滑液代谢物的显著变化	研究仅使用小鼠模型，结果可能无法直接外推至人类；代谢组学变化未受异丙肾上腺素显著影响	研究β-肾上腺素能受体刺激对创伤后骨关节炎相关炎症的调控作用	12周龄雄性和雌性小鼠的膝关节组织（髌下脂肪垫和滑膜）及滑液	骨关节疾病研究	骨关节炎	组织学分析、多重基因表达检测、代谢组学分析、机械性异常性疼痛测试	NA	基因表达数据、代谢物数据、组织图像数据、行为学数据	雄性和雌性小鼠膝关节样本（具体数量未明确说明）
17	2025-09-03	Inhibition of Renin Expression Is Regulated by an Epigenetic Switch From an Active to a Poised State 2024-Sep, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979) DOI:10.1161/HYPERTENSIONAHA.124.22886 PMID:38989586	研究论文	本研究探讨了肾素表达抑制的表观遗传调控机制，揭示了从活跃状态向预备状态转变的开关	首次发现肾素表达抑制涉及表观遗传状态切换，并关联细胞间通讯减少和上皮-间质转化	研究基于小鼠肿瘤源细胞系(As4.1)，可能不完全代表体内正常肾素细胞行为	阐明肾素表达的表观遗传调控机制及细胞表型转换的分子基础	小鼠肾小球旁细胞来源的As4.1肿瘤细胞系	表观遗传学	心血管疾病	ATAC-seq, 单细胞RNA测序, CUT&Tag, ChIP-seq	NA	基因组学数据，表观遗传学数据	经三种抑制剂处理和对照的As4.1细胞生物学重复样本
18	2025-09-03	Reversal of injury-associated retinal ganglion cell gene expression by a phosphodiesterase anchoring disruptor peptide 2024-Sep, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.110017 PMID:39097072	研究论文	研究通过干扰肽4D3(E)逆转损伤诱导的视网膜神经节细胞基因表达变化，探索其神经保护机制	首次利用单细胞RNA测序技术分析PDE4D3位移对损伤后RGC基因表达的影响，揭示其通过增强核周PKA信号通路实现神经保护	研究基于小鼠视神经压伤模型，结果向人类疾病的转化需进一步验证	探究PDE4D3位移促进神经保护的分子机制	小鼠视网膜神经节细胞(RGCs)	神经科学	青光眼等视神经病变	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、腺相关病毒载体技术	NA	基因表达数据	经视神经压伤处理并注射AAV-4D3(E)-mCherry的小鼠视网膜样本
19	2025-09-03	A Comprehensive Flow Cytometry Panel for Analysis of Idiopathic Subglottic Stenosis 2024-Sep, Otolaryngology--head and neck surgery : official journal of American Academy of Otolaryngology-Head and Neck Surgery DOI:10.1002/ohn.754 PMID:38606634	研究论文	本文介绍了一种用于分析特发性声门下狭窄（iSGS）的综合流式细胞术检测方案	开发了针对iSGS的全面流式细胞术检测组合，首次系统描述了瘢痕组织与正常组织在细胞组成上的差异	样本量较小（9对样本），且为单中心研究	阐明iSGS的细胞机制并建立标准化检测平台	特发性声门下狭窄患者的成对正常和瘢痕组织样本	病理学	呼吸道疾病	流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	细胞样本	9对来自iSGS患者的正常和瘢痕组织样本
20	2025-09-03	Machine learning-based gene expression biomarkers to distinguish Zika and Dengue virus infections: implications for diagnosis 2024-Sep, Virusdisease DOI:10.1007/s13337-024-00885-8 PMID:39464736	研究论文	利用机器学习算法识别区分寨卡病毒和登革热病毒感染的基因表达生物标志物	首次结合单细胞RNA测序数据和多种机器学习分类器，筛选出10个高精度基因标志物用于两种病毒的鉴别诊断	研究仅基于体外细胞系数据（Huh7细胞），且仅分析24小时时间点，需进一步实验验证	开发基于基因表达的诊断方法以区分寨卡病毒和登革热病毒感染	人类肝癌细胞系（Huh7）感染寨卡病毒和登革热病毒后的基因表达数据	生物信息学	病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq），生物信息学分析	Logistic回归，支持向量机，随机森林，决策树	基因表达矩阵	GSE110496数据集中的24小时时间点样本（具体数量未明确说明）