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当前共找到 633 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-16 |
INSPIRE: interpretable, flexible and spatially-aware integration of multiple spatial transcriptomics datasets from diverse sources
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614539
PMID:39386646
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研究论文 | 提出INSPIRE，一种基于深度学习的多空间转录组数据集整合方法，可解释、灵活且空间感知 | 结合图神经网络和对抗学习机制，实现空间感知的数据整合；使用非负矩阵分解揭示可解释的空间因子和基因程序，并能够构建3D组织模型 | 未在论文标题和摘要中明确提及 | 开发一种方法，有效整合和解释来自不同样本、技术和发育阶段的多空间转录组数据集 | 人类皮层切片、小鼠脑切片、小鼠海马和胚胎切片、时空器官发生图谱（包含50万个空间点） | 计算机视觉, 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络 | 1D | 多种数据集，包括人类皮层切片、小鼠脑切片、小鼠海马和胚胎切片，以及包含约50万个空间点的时空器官发生图谱 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2 | 2026-05-12 |
STAN, a computational framework for inferring spatially informed transcription factor activity
2024-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.26.600782
PMID:38979296
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研究论文 | 提出了一种计算框架STAN，用于推断空间信息指导的转录因子活性 | 首次利用空间转录组数据系统估计细胞身份相关的转录因子活性，并整合了形态学特征 | 未明确提及局限性 | 开发一种计算方法，从空间转录组数据推断转录因子的空间活性 | 空间转录组数据集中的点（spots） | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 线性混合效应模型 | 基因表达数据、空间坐标、形态学特征 | 三个数据集：淋巴结、乳腺癌、胶质母细胞瘤 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3 | 2026-05-10 |
Muscle-resident mesenchymal progenitors sense and repair peripheral nerve injury via the GDNF-BDNF axis
2024-Sep-26, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97662
PMID:39324575
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研究论文 | 发现肌肉驻留间充质祖细胞（FAPs）通过GDNF-BDNF轴感知并修复周围神经损伤 | 首次揭示FAPs在周围神经再生中的先前未被认识的作用，以及其通过GDNF-BDNF轴响应损伤的分子机制 | 未提及明显局限性 | 研究FAPs如何感知解剖上遥远的周围神经损伤及其对神经再生的直接贡献 | 肌肉驻留间充质祖细胞（FAPs）和周围神经损伤 | NA | 周围神经损伤 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型（包括年轻和年老小鼠） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2026-05-09 |
The transcriptome of CD14 + CD163 - HLA-DR low monocytes predicts mortality in Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2024-Sep-11, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.08.07.24311386
PMID:39211854
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析外周血单核细胞中CD14+CD163-HLA-DRlow单核细胞的转录组，发现其能够预测特发性肺纤维化患者的死亡率 | 首次发现CD14+CD163-HLA-DRlow单核细胞的230个基因表达特征可独立预测IPF死亡率，并验证了T细胞共刺激基因的低表达与高风险相关 | 样本量相对较小，且研究主要基于外周血和支气管肺泡灌洗液，未全面探索肺组织中其他免疫细胞的贡献 | 确定与特发性肺纤维化（IPF）死亡率相关的免疫细胞特异性转录组特征 | 416例IPF患者来自六个队列，外加一个独立验证队列（38例），包括外周血、支气管肺泡灌洗液和肺组织样本 | 机器学习 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Cox回归模型 | 基因表达数据（单细胞RNA测序数据） | 初始队列18例（包括IPF、COVID-19、COVID-19后间质性肺病和对照组），验证队列416例来自六个队列，独立验证38例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2026-05-09 |
The aminophospholipid transporter, ATP8B3, as a potential biomarker and target for enhancing the therapeutic effect of PD-L1 blockade in colon adenocarcinoma
2024-09, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110907
PMID:39074670
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，发现ATP8B3在结肠腺癌中可作为潜在生物标志物，抑制ATP8B3可降低PD-L1表达并增强免疫治疗效果 | 首次揭示ATP8B3在结肠腺癌中调控PD-L1表达及免疫抑制微环境的作用，并提出联合ATP8B3抑制剂与免疫疗法的新策略 | 由于MSS亚型微环境中缺乏免疫杀伤细胞，ATP8B3高表达未能增加该类患者对PD-L1抑制剂的敏感性 | 探究ATP8B3作为结肠腺癌潜在生物标志物及增强PD-L1阻断治疗效果的靶点 | 结肠腺癌患者及细胞系 | 机器学习, 数字病理学 | 结肠腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, siRNA, shRNA, 蛋白质印迹分析, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 免疫浸润数据 | TCGA和GEO数据库中的结肠腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2026-05-09 |
Multi-omics analysis reveals a pericyte-associated gene expression signature for predicting prognosis and therapeutic responses in solid cancers
2024-09, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110942
PMID:39326641
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示周细胞相关基因表达特征，用于预测实体癌预后和治疗反应 | 首次识别肿瘤来源周细胞中的51个差异表达基因，并基于其中5个关键基因构建预后风险模型，可准确预测肝癌和肺癌的预后及治疗反应 | 仅验证了肝癌和肺癌中的发现，未在其他实体瘤中进行广泛验证 | 探究肿瘤微环境中血管周细胞对癌症进展的影响，并构建基于周细胞的预后预测模型 | 实体癌（肝癌和肺癌）患者 | 机器学习 | 肝癌, 肺癌 | 转录组测序, 蛋白质组学, 单细胞RNA测序, 免疫染色 | 预后风险模型 | 转录组数据, 蛋白质组数据, 单细胞RNA测序数据 | TCGA及GEO数据库中的多个样本集（具体数量未在摘要中说明） | NA | NA | NA | NA |
| 7 | 2026-05-08 |
Deciphering cellular heterogeneity in Spodoptera frugiperda midgut cell line through single cell RNA sequencing
2024-09, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110898
PMID:39047877
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示草地贪夜蛾中肠细胞系的细胞异质性 | 首次在非模式生物中肠细胞系中应用单细胞RNA测序技术，发现并分类了十种独特的细胞群，包括干细胞、成肠细胞、肠细胞和肠内分泌细胞，并鉴定其特异性标记基因 | 未明确提及，可能包括细胞系与体内环境的差异、样本量有限以及缺乏功能验证等 | 探讨草地贪夜蛾中肠细胞系的细胞异质性，并研究呼吸和中肠膜杀虫剂靶标基因的表达 | 草地贪夜蛾中肠细胞系SfMG-0617细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 18,794个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 8 | 2026-05-08 |
Genetic structure analysis of yak breeds and their response to adaptive evolution
2024-09, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110933
PMID:39218165
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研究论文 | 通过全基因组重测序和单细胞RNA测序，研究牦牛品种的遗传结构及其对高海拔环境的适应性进化 | 首次结合全基因组重测序和单细胞RNA测序方法，系统分析牦牛肺和皮肤组织的转录图谱，揭示高海拔适应相关基因在不同细胞类型中的表达特征 | 未对牦牛的其他组织进行系统细胞分析，样本量可能有限 | 研究牦牛品种的遗传结构、遗传多样性及其对高海拔环境的适应性分子机制 | 不同牦牛品种（如TZ_牦牛、PL_牦牛、SB_牦牛等）及其肺组织和皮肤组织 | 机器学习和基因组学 | 高海拔适应 | 全基因组重测序（WGRS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组测序数据、单细胞转录组数据 | 八个牦牛群体 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2026-05-07 |
A spatiotemporally resolved atlas of mRNA decay in the C. elegans embryo reveals differential regulation of mRNA stability across stages and cell types
2024-09-20, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278980.124
PMID:39142810
|
研究论文 | 通过转录抑制结合批量及单细胞RNA测序，直接测量线虫胚胎发育过程中全转录组的mRNA降解速率，揭示mRNA稳定性在不同阶段和细胞类型中的差异调控 | 首次实现胚胎发育过程中时空分辨的mRNA降解速率全转录组测量，并识别不同细胞类型和发育阶段中差异调控的mRNA降解 | NA | 研究线虫胚胎发育过程中mRNA降解的时空调控及其对基因表达动态的影响 | 线虫胚胎 | NA | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-05-07 |
Benchmarking bulk and single-cell variant-calling approaches on Chromium scRNA-seq and scATAC-seq libraries
2024-09-20, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277066.122
PMID:39147582
|
研究论文 | 评估在Chromium scRNA-seq和scATAC-seq文库上进行批量与单细胞变异检测的方法 | 系统比较了基于批量聚合读取与单个细胞的变异检测方法在10x Genomics平台上的表现，发现批量方法显著优于单细胞方法，并揭示了单细胞方法中RNA编辑事件的潜在捕获与噪声模式 | 未涵盖所有变异检测工具，且结果基于特定平台（10x Genomics Chromium），可能不适用于其他单细胞技术 | 评估在Chromium scRNA-seq和scATAC-seq文库上不同变异检测方法的优劣与挑战 | 匹配的批量全基因组测序样本库 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, 全基因组测序 | NA | 测序数据 | 多个匹配的批量全基因组测序样本库（具体数量未在摘要中提供） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序文库 |
| 11 | 2026-05-05 |
Single-cell analysis revealing the metabolic landscape of prostate cancer
2024-09-01, Asian journal of andrology
IF:3.0Q1
DOI:10.4103/aja20243
PMID:38657119
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示前列腺癌的代谢景观 | 利用计算流程进行单细胞RNA测序，首次描绘了前列腺癌中上皮细胞与基质细胞的代谢活性差异，并发现神经内分泌细胞具有高代谢率，可能解释神经内分泌前列腺癌的高营养和能量需求 | 仅基于计算和部分实验验证，未进行大规模临床样本验证 | 通过单细胞水平分析揭示前列腺癌的代谢异质性和疾病进展机制 | 前列腺癌细胞及其微环境中的上皮细胞、基质细胞和神经内分泌细胞 | 数字病理 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2026-05-04 |
Titration of RAS alters senescent state and influences tumour initiation
2024-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07797-z
PMID:39112713
|
研究论文 | 通过体内外模型研究致癌RAS剂量滴定如何改变衰老状态并影响肿瘤起始 | 首次开发RAS剂量递增模型，揭示低剂量RAS驱动的非连续性下游表型，并发现NRAS(G12V)水平降低可导致肝细胞免疫逃逸与肿瘤形成 | 未明确说明局限性 | 探究致癌RAS剂量变化对衰老表型及肿瘤起始的影响 | 肝细胞衰老模型中的小鼠肝细胞及肿瘤 | 机器学习 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肝细胞样本及肿瘤样本（具体数量未提供） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2026-05-01 |
Developmental regulation of dermal adipose tissue by BCL11b
2024-09-19, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.351907.124
PMID:39266447
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研究论文 | 利用单细胞转录组学技术研究BCL11b对小鼠胚胎真皮脂肪组织发育的调控作用 | 首次发现BCL11b表达通过调节Wnt信号微环境促进真皮脂肪细胞分化，揭示了真皮与皮下及内脏脂肪组织在胚胎发育中的不同调控机制 | 未提供 | 研究胚胎发生过程中真皮脂肪组织的发育调控机制及其对代谢疾病的影响 | 小鼠胚胎发生过程中的细胞群体 | 单细胞转录组学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠胚胎样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3'测序 |
| 14 | 2026-05-01 |
Gene expression profile of human placental villous pericytes in the first trimester - An analysis by single-cell RNA sequencing
2024-Sep, Reproductive biology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.repbio.2024.100919
PMID:38941941
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类早期妊娠胎盘绒毛周细胞的基因表达谱 | 首次鉴定出胎盘绒毛周细胞的特异性标志物REN和AREG，并揭示其组织特异性功能，如整合素介导信号通路和胞外囊泡相关功能 | 未提及明确局限性 | 阐明早期妊娠胎盘绒毛周细胞的标志物和功能，为胎盘源性妊娠并发症提供潜在治疗靶点 | 人类早期妊娠胎盘绒毛周细胞 | 数字病理学 | 妊娠并发症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 早期妊娠胎盘绒毛样本（具体数量未提供） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Genomics平台（具体产品未明确） | Seurat工具用于细胞类型鉴定，DAVID数据库用于GO分析，Cellchat工具用于细胞互作分析 |
| 15 | 2026-04-30 |
mosna reveals different types of cellular interactions predictive of response to immunotherapies and survival in cancer
2024-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.16.532947
PMID:36993595
|
研究论文 | mosna是一个Python包，用于分析空间组学数据并整合临床数据，以揭示与免疫治疗反应和癌症生存相关的细胞相互作用模式 | 开发了一个与所有空间组学方法兼容的Python包，能够整合多种算法并利用临床数据构建准确的空间网络，无缝训练机器学习模型并识别最具预测力的变量 | NA | 使空间组学数据与临床或生物数据的集成分析更加易于进行，从而获得对细胞相互作用模式或组织结构的生物学洞察 | 空间组学数据产生的数据集，包括亚细胞分辨转录组学（MERFISH、seqFISH）、蛋白质组学（CODEX、MIBI-TOF、低多重免疫荧光）以及基于斑点的空间转录组学（10x Visium） | 计算机视觉 | 癌症 | 空间组学 | 机器学习 | 模态数据（空间组学数据与临床数据） | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台 |
| 16 | 2026-04-29 |
The proteomic landscape and temporal dynamics of mammalian gastruloid development
2024-Sep-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.05.609098
PMID:39282277
|
研究论文 | 应用定量蛋白质组学分析人类和小鼠类原肠胚四个关键分化阶段的蛋白质动态，并整合转录组和磷酸化数据揭示翻译及翻译后调控的物种特异性 | 首次通过定量蛋白质组学系统描绘类原肠胚发育过程中的蛋白质动态图谱，并整合多组学数据揭示线粒体转录组与蛋白质组在围原肠胚阶段的物种差异性 | 未在体内胚胎模型中验证类原肠胚的蛋白质组学发现；磷酸化调控的激酶-底物关系仅基于动态相关性推测 | 揭示哺乳动物早期发育中蛋白质动态及调控机制 | 人类和小鼠的类原肠胚（包括初始态ESC、激发态ESC、早期类原肠胚、晚期类原肠胚） | 数字病理学 | 先天性遗传病 | 定量蛋白质组学、RNA-seq、磷酸化位点分析 | NA | 蛋白质组学数据、转录组数据、磷酸化修饰数据 | 人类和小鼠各四个发育阶段的类原肠胚样本 | NA | 定量蛋白质组学、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2026-04-24 |
Age-related epithelial defects limit thymic function and regeneration
2024-Sep, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01915-9
PMID:39112630
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组、空间转录组、谱系追踪和先进成像技术，揭示了与年龄相关的胸腺上皮细胞缺陷限制了胸腺功能和再生能力 | 首次发现两种非典型的与年龄相关的胸腺上皮细胞（aaTECs）状态的产生，这些细胞形成高密度髓周上皮簇，缺乏胸腺细胞，并与FOXN1下调相关，为胸腺衰老和免疫衰老提供了新机制 | 未明确提及 | 探索胸腺衰老过程中非造血基质细胞的年龄相关变化及其对胸腺功能和再生的影响 | 胸腺中的非造血基质细胞，特别是胸腺上皮细胞（TECs） | 数字病理学 | 老年病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、成像数据 | 未明确说明样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序、10x Visium空间转录组学 |
| 18 | 2026-04-24 |
CD4+ T cells exhibit distinct transcriptional phenotypes in the lymph nodes and blood following mRNA vaccination in humans
2024-Sep, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01888-9
PMID:39164479
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研究论文 | 通过单细胞转录组学评估mRNA疫苗接种后人类血液和淋巴结中CD4+ T细胞的转录表型 | 利用深度学习反向表位映射方法Trex预测抗原特异性，结合单细胞转录组学揭示了淋巴结和血液中刺突蛋白特异性CD4+ T细胞的异质性表型，并比较了疫苗接种与感染后的差异 | 未在论文标题和摘要中明确提及局限性 | 探究mRNA疫苗接种后人类血液和引流淋巴结中CD4+ T细胞的转录表型特征 | BNT162b2 mRNA疫苗接种者和SARS-CoV-2感染者的刺突蛋白特异性CD4+ T细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学 | 深度学习模型Trex | 单细胞转录组数据 | 1277个刺突特异性CD4+ T细胞（其中238个通过Trex方法预测） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2026-04-17 |
Oncogenic Calreticulin Induces Immune Escape by Stimulating TGFβ Expression and Regulatory T-cell Expansion in the Bone Marrow Microenvironment
2024-Sep-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3553
PMID:38885318
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研究论文 | 本研究揭示了致癌性钙网蛋白通过刺激TGFβ表达和调节性T细胞扩增，在骨髓微环境中诱导免疫逃逸的机制 | 首次在骨髓增殖性肿瘤中鉴定出ERK/Sp1/TGFβ1轴作为免疫抑制机制，并证明靶向该轴可增强T细胞活性和糖酵解能力 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果需进一步验证 | 探究致癌性钙网蛋白突变如何影响骨髓微环境并促进免疫逃逸 | 骨髓增殖性肿瘤患者和小鼠模型中的骨髓细胞及T细胞 | 肿瘤免疫学 | 骨髓增殖性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 四个独立患者队列及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2026-04-17 |
CD8+ T-cell differentiation and dysfunction inform treatment response in acute myeloid leukemia
2024-09-12, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023021680
PMID:38776511
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研究论文 | 本研究通过多模态方法揭示了急性髓系白血病中CD8+ T细胞分化状态、功能障碍与治疗反应之间的关联 | 首次发现早期记忆CD8+ T细胞在AML治疗反应中的关键作用，并揭示其分化为激活状态与NK样/衰老状态两种终末状态的动态过程 | 研究主要基于观察性数据，需要进一步实验验证CD8+ T细胞衰老与治疗抵抗的因果机制 | 探究急性髓系白血病中CD8+ T细胞分化状态与治疗反应的关系 | 急性髓系白血病患者的CD8+ T细胞 | 单细胞组学 | 急性髓系白血病 | 高维流式细胞术，单细胞转录组测序 | NA | 流式细胞数据，单细胞RNA测序数据 | 整合多个独立数据集的AML CD8+ T细胞单细胞图谱 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |