单细胞与空转测序相关文章

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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
1	2026-09-19	Prominent role of gut dysbiosis in the pathogenesis of cystic fibrosis-related liver disease in mice 2024-09, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.03.041 PMID:38554847	研究论文	该研究探讨了肠道菌群失调在囊性纤维化相关肝病（CFLD）发病机制中的作用，通过使用Cftr敲除小鼠模型揭示了肠道-肝脏轴的关键作用	首次证明肠道菌群失调与肠道通透性增加是CFLD样肝病发生的必要辅助因素，并揭示了肠道CFTR缺陷在维持菌群失调中的必要性	研究仅基于小鼠模型，需要进一步临床验证；未完全阐明菌群失调导致肝损伤的具体分子机制	探究肠道-肝脏轴在囊性纤维化相关肝病发病机制中的作用	野生型小鼠、全身Cftr敲除小鼠、肠道校正型Cftr敲除小鼠	数字病理学, 机器学习	囊性纤维化相关肝病, 肝脏疾病	单细胞RNA测序, 16S核糖体RNA测序, 免疫组织化学, 蛋白质组阵列, FITC-葡聚糖检测	NA	图像, 文本, 基因表达数据	三种基因型小鼠（野生型、Cftr敲除、肠道校正型Cftr敲除）的肝脏和肠道样本	NA	单细胞RNA测序, 16S rRNA测序	NA	NA
2	2026-09-19	Sex and disease regulate major histocompatibility complex class I expression in human lung epithelial cells 2024-09, Physiological reports IF:2.2Q3 DOI:10.14814/phy2.70025 PMID:39223101	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和免疫染色分析人肺上皮细胞中MHC I类分子的表达，揭示性别和疾病对其的调控作用	首次系统证实人肺上皮细胞组成性低表达MHC I，并发现其在慢性呼吸系统疾病中显著上调，同时揭示了MHC I表达的性别二态性及其与氧化还原平衡的潜在关联	未明确样本具体数量及来源细节，机制研究主要基于相关性推断，缺乏功能验证实验	探究人肺上皮细胞是否低表达MHC I、慢性呼吸系统疾病是否调节其表达、以及哪些因素调控人肺上皮细胞中MHC I水平	人肺上皮细胞（来自肺实质外植体）	单细胞转录组学	慢性呼吸系统疾病	单细胞RNA测序, 免疫染色	NA	单细胞转录组数据, 图像	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
3	2026-09-16	scDTL: enhancing single-cell RNA-seq imputation through deep transfer learning with bulk cell information 2024-09-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae555 PMID:39504481	研究论文	提出了一种基于深度迁移学习的单细胞RNA测序数据插补方法scDTL，利用批量RNA测序信息来增强插补效果	利用深度迁移学习，将批量RNA-seq数据上训练的降噪自编码器知识迁移到单细胞RNA-seq插补任务中；结合1D U-Net降噪模型提供不同粒度的基因表示；采用跨通道注意力机制融合迁移模型和U-Net模型的特征	摘要中未明确提及研究的局限性	解决单细胞RNA测序数据中的 dropout 事件问题，提高单细胞表达谱的插补性能，以改善下游分析	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序，批量RNA测序	深度迁移学习，降噪自编码器，1D U-Net，跨通道注意力机制	基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA测序，批量RNA测序	NA	NA
4	2026-09-13	FateNet: an integration of dynamical systems and deep learning for cell fate prediction 2024-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae525 PMID:39177093	研究论文	本文提出了FateNet，一种结合动力系统理论和深度学习的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中预测细胞命运决策	将动力系统理论中的分岔附近正则形式和标度行为与深度学习相结合，比传统方法更准确地预测细胞决策发生点，并能对新生物学状态提供定性见解，通过计算机扰动实验识别关键基因和通路	摘要中未明确提及	理解细胞决策过程，特别是决策的时间点及其对生物系统（如组织健康和功能）的影响	单细胞RNA测序数据中的细胞命运决策过程，特别是造血过程中的分化	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	文本（基因表达数据）	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
5	2026-09-13	SCIntRuler: guiding the integration of multiple single-cell RNA-seq datasets with a novel statistical metric 2024-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae537 PMID:39226185	研究论文	本文提出了一种新的统计指标SCIntRuler，用于指导多个单细胞RNA测序数据集的整合，帮助研究者判断是否需要整合以及选择合适的整合方法	提出了SCIntRuler这一新型统计指标，能够帮助研究者在数据整合前做出是否需要整合的明智决策，并在多种现有整合方法中选择最合适的方法	摘要中未明确提及研究局限性	解决单细胞RNA测序多数据集整合中是否需要整合以及如何选择合适整合方法的决策问题	多个单细胞RNA测序数据集	机器学习	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
6	2026-09-13	A distribution-free and analytic method for power and sample size calculation in single-cell differential expression 2024-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae540 PMID:39231036	研究论文	该文章提出了一种名为 scPS 的无需分布假设的解析方法，用于单细胞差异表达分析中的功效和样本量计算	scPS 不对数据分布做任何假设，并考虑了单个样本内的细胞间相关性，且基于广义估计方程提供解析解，避免了耗时的模拟策略	摘要中未明确提及该方法的局限性	为单细胞转录组差异表达分析提供稳健的实验设计，准确计算统计功效和样本量	单细胞转录组学数据中的差异表达分析	机器学习	NA	单细胞RNA测序	广义估计方程	文本	NA	NA	NA	NA	NA
7	2026-09-13	Age-related epithelial defects limit thymic function and regeneration 2024-Sep, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01915-9 PMID:39112630	研究论文	该研究利用单细胞和空间转录组学、谱系追踪及先进成像技术，揭示了与年龄相关的胸腺上皮细胞缺陷如何限制胸腺功能和再生能力。	发现了两种与年龄相关的非典型胸腺上皮细胞（TEC）状态（aaTECs），它们形成缺乏胸腺细胞的高密度髓旁上皮簇，表现出上皮-间质转化特征，并与FOXN1下调相关；揭示了aaTECs通过从功能性TEC群体中汲取营养信号，充当TEC生长因子的“汇”，从而损害胸腺再生。	摘要中未提及具体局限性，可能在样本量、模型系统或人类转化相关性方面存在限制。	定义与年龄相关的非造血基质细胞变化，特别是胸腺上皮细胞的年龄相关改变及其对胸腺功能和再生的影响。	胸腺非造血基质细胞，特别是胸腺上皮细胞（TECs）。	数字病理学, 空间转录组学, 单细胞生物学	免疫衰老, 胸腺退化	单细胞转录组学, 空间转录组学, 谱系追踪, 先进成像	NA	图像, 文本	NA	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	NA
8	2026-09-09	Single cell RNA sequencing provides novel cellular transcriptional profiles and underlying pathogenesis of presbycusis 2024-09-30, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-024-02001-7 PMID:39350266	研究论文	通过单细胞RNA测序分析年轻和老年小鼠耳蜗样本，揭示年龄相关听力损失（耳聋）的细胞转录组特征及潜在发病机制	首次应用单细胞转录组测序结合最新整合算法Cellchat分析年轻和老年小鼠耳蜗组织中的细胞间通讯，筛选出56个差异表达基因，为耳聋的分子机制提供新见解	研究主要基于小鼠模型，需进一步验证在人类中的适用性；且仅采用生物信息学方法，缺少功能实验验证	确定年龄相关听力损失（耳聋）发病的潜在分子机制	年轻和老年小鼠的耳蜗组织样本	单细胞转录组学	年龄相关听力损失	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	年轻和老年小鼠的耳蜗样本（具体数量未提及）	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
9	2026-09-09	Isotype-aware inference of B cell clonal lineage trees from single-cell sequencing data 2024-09-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100637 PMID:39208795	研究论文	本文提出一种名为TRIBAL的算法，用于从单细胞测序数据中推断B细胞克隆谱系树，同时考虑体细胞超突变和类转换重组。	TRIBAL是首个同时考虑SHM和CSR的B细胞谱系树推断算法，相对于现有方法能产生更全面和准确的谱系树。	摘要中未提及明显的局限性，但可能受限于数据质量和模型的简化假设。	开发一种算法，以重建经历SHM和CSR的B细胞克隆谱系的进化历史，从而改进谱系追踪。	B细胞克隆谱系，涉及单细胞RNA测序数据。	单细胞测序数据分析	不适用（涉及免疫反应，而非特定疾病）	单细胞RNA测序	系统发育推断算法（TRIBAL）	单细胞RNA测序数据	模拟数据和真实世界数据集（具体样本数未说明）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
10	2026-09-09	ABCA7-dependent induction of neuropeptide Y is required for synaptic resilience in Alzheimer's disease through BDNF/NGFR signaling 2024-09-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100642 PMID:39216475	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas9介导的abca7基因敲除斑马鱼模型，结合单细胞转录组学和Aβ42毒性，揭示了ABCA7通过BDNF/NGFR信号通路诱导神经肽Y（NPY）对突触弹性的关键作用，并与阿尔茨海默病风险增加相关	首次利用CRISPR-Cas9敲除abca7的斑马鱼模型，结合单细胞转录组学，系统阐明了ABCA7通过NPY-BDNF-NGFR信号轴维持突触完整性的新机制，并整合临床数据验证NPY表达下降与AD病理及遗传变异的关系	研究主要基于斑马鱼模型和iPSC衍生神经元，未在人类脑组织中进行直接功能性验证，且临床数据为相关性分析，缺乏因果证据	探究ABCA7基因在阿尔茨海默病中的功能相关性，特别是其对突触弹性和脑 resilience 的影响机制	ABCA7基因敲除斑马鱼、iPSC衍生人类神经元、临床AD样本（包含Braak分期、遗传变异和表观遗传数据）	机器学习	阿尔茨海默病	CRISPR-Cas9基因编辑、单细胞转录组学、iPSC分化、Aβ42毒性实验	NA	单细胞转录组数据、临床表型数据、基因变异数据、表观遗传数据	未明确说明具体样本量，涉及斑马鱼个体、iPSC衍生神经元培养及临床AD患者数据	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3'
11	2026-09-09	An isoform-resolution transcriptomic atlas of colorectal cancer from long-read single-cell sequencing 2024-09-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100641 PMID:39216476	研究论文	该研究结合短读长和长读长单细胞RNA测序，构建了结直肠癌的异构体分辨率转录组图谱，并识别了肿瘤上皮细胞中失调的转录本结构及潜在新表位。	利用长读长单细胞测序实现了异构体级别的转录组分析，发现了394个失调的转录本结构，并整合新肽段与质谱数据识别复发的新表位。	摘要中未提及具体局限性。	构建结直肠癌的异构体分辨率转录组图谱，并识别与肿瘤相关的新型转录本及新表位。	结直肠癌样本中的肿瘤上皮细胞及亚群。	基因组学	结直肠癌	长读长单细胞RNA测序、短读长单细胞RNA测序、质谱分析	NA	转录组数据、质谱数据	未知（未提供具体样本量）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
12	2026-09-09	Heterogeneity effects of bisphenol A and its substitute, fluorene-9-bisphenol, on intestinal homeostasis 2024-09, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2024.108948 PMID:39167857	研究论文	本研究结合肠道类器官和单细胞RNA测序技术，探讨了双酚A及其替代物芴-9-双酚对肠道稳态的异质性影响	首次利用肠道类器官和单细胞RNA测序技术，揭示BPA和BHPF对肠道上皮细胞类型特异性和化合物依赖性效应，并连接体内小鼠模型验证表型影响	未明确说明局限性，但可能包括类器官与体内环境的差异、样本量有限等	评估BPA及其替代物BHPF对肠道上皮的毒性效应及潜在风险	肠道类器官和暴露于BPA或BHPF的小鼠模型	分子生物学、毒理学	肠道疾病	单细胞RNA测序、类器官培养	类器官模型、小鼠模型	单细胞转录组数据、形态学数据	未提供具体样本数量，涉及肠道类器官和小鼠模型	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
13	2026-09-08	Iron chelation as a new therapeutic approach to prevent senescence and liver fibrosis progression 2024-09-17, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-07063-0 PMID:39289337	研究论文	本研究探讨了铁螯合剂（去铁酮）通过减少肝细胞衰老来预防肝纤维化进展的作用机制，基于小鼠慢性肝损伤模型和体外细胞实验。	首次揭示铁积累与肝细胞衰老在肝纤维化中的机制联系，并证明铁螯合剂可通过改变衰老相关分泌表型（SASP）向抗炎方向转化来减轻纤维化。	铁螯合剂未能显著影响肝星状细胞（LX-2）中由不同试剂诱导的衰老，表明其效果可能具有细胞类型特异性。	评估铁螯合剂能否通过降低肝细胞衰老来预防肝纤维化进展。	小鼠肝纤维化模型中的肝细胞和肝星状细胞，以及人类肝细胞系HH4和肝星状细胞系LX-2。	病理学	肝纤维化	RNA-seq	NA	基因表达数据	使用了从CCl处理小鼠分离的肝细胞，分析了已发表的单细胞RNA-seq数据集；在体外实验中使用了HH4和LX-2细胞系；涉及不同病因的患者转录组数据。	NA	单细胞RNA-seq	NA	使用了来自CCl处理肝脏的单细胞RNA-seq数据集（具体平台未在标题和摘要中提供）
14	2026-09-08	Single-cell sequencing analysis of multiple myeloma heterogeneity and identification of new theranostic targets 2024-09-14, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-07027-4 PMID:39271659	研究论文	通过单细胞测序分析多发性骨髓瘤的异质性，并识别新的治疗诊断靶点，发现WNK1作为潜在治疗靶点	利用单细胞转录组图谱揭示多发性骨髓瘤中B淋巴细胞谱系的异质性，发现骨髓瘤与健康供体间的细胞通讯异常及血浆细胞亚群特异性，提出WNK1作为新的治疗靶点	该研究基于有限样本量和单细胞转录组数据，可能未涉及蛋白水平的功能验证，且需更多实验验证WNK1的临床实用性	阐明多发性骨髓瘤的细胞异质性并识别新的治疗诊断靶点	多发性骨髓瘤患者和健康供体的骨髓细胞	单细胞测序	多发性骨髓瘤	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	48,293个骨髓细胞	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
15	2026-09-08	A spatiotemporal comparative analysis on tumor immune microenvironment characteristics between neoadjuvant chemotherapy and preoperative immunotherapy for ESCC 2024-09-10, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06986-y PMID:39256364	研究论文	利用单细胞RNA测序和空间转录组技术，从时间和空间维度比较新辅助化疗与术前免疫治疗对食管鳞状细胞癌肿瘤免疫微环境的影响	首次在空间水平上对比化疗和免疫治疗对ESCC肿瘤微环境的影响，揭示免疫治疗联合化疗能促进T细胞增殖、部分恢复耗竭T细胞功能、诱导特定耗竭CD8 T细胞扩增，并增加树突状细胞产生，支持免疫热微环境	未明确提及研究的局限性	比较新辅助化疗和术前免疫治疗对ESCC肿瘤免疫微环境的时空影响，探索潜在机制，并为个性化新辅助治疗提供基础	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者的肿瘤微环境	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据、空间转录组数据	未明确提及	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA
16	2026-09-08	Targeting POLRMT by IMT1 inhibits colorectal cancer cell growth 2024-09-03, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-07023-8 PMID:39227564	研究论文	本研究探讨了新型特异性POLRMT抑制剂IMT1对结直肠癌的抗肿瘤活性，发现其通过靶向POLRMT抑制癌细胞生长、迁移和转移	首次揭示IMT1作为POLRMT特异性抑制剂在结直肠癌中的潜在抗肿瘤作用，并通过单细胞RNA测序确认POLRMT在CRC细胞中过表达	NA	探究IMT1靶向POLRMT抑制结直肠癌细胞生长的机制和效果	结直肠癌细胞（原代和永生化），以及异种移植瘤小鼠模型	数字病理学与癌症研究	结直肠癌	单细胞RNA测序、靶向shRNA沉默、慢病毒过表达、异种移植	NA	基因表达数据和细胞实验数据	涉及结直肠癌组织、细胞系及小鼠模型的样本	10x Genomics（推测基于单细胞RNA测序）	单细胞RNA测序	NA	NA
17	2026-09-07	PoweREST: Statistical Power Estimation for Spatial Transcriptomics Experiments to Detect Differentially Expressed Genes Between Two Conditions 2024-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.30.610564 PMID:39257799	研究论文	介绍PoweREST，一个用于空间转录组实验统计功效估计的工具，以检测两种条件下的差异表达基因	首次为空间转录组数据中的差异表达基因检测提供功效计算工具，并支持实验前和初步数据后的功效估计	未提及具体局限性	支持空间转录组实验设计中的功效分析，优化资源利用	空间转录组数据中两种条件下的差异表达基因	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA	10x Genomics	空间转录组学	10x Visium	10x Genomics Visium数据
18	2026-09-05	Deconvolving organogenesis in space and time via spatial transcriptomics in thick tissues 2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.24.614640 PMID:39386671	研究论文	本研究开发了3DEEP技术，一种用于厚组织（可达400微米）的空间转录组学方法，并在12小时龄小鼠皮肤中捕获了371个不同发育阶段的毛囊，从而通过分子伪时间序列构建了器官发生的四维图谱	创新点在于3DEEP技术能够分析更厚的组织块，并结合空间转录组学从单一时间点反向解析不同发育阶段的毛囊，从而实现三维和四维的器官发育分析	局限性可能包括对厚组织处理的技术复杂性，以及基因覆盖范围有限（本研究仅分析81个基因）	本研究旨在通过空间转录组学分析厚组织中的毛囊发育，以理解器官发生的时空动态	研究对象为小鼠皮肤中的毛囊，具体包括371个处于不同发育阶段的毛囊	空间转录组学	不适用	空间转录组学、组织透明化	不适用	空间转录组数据（基因表达）	371个毛囊，1毫米皮肤样本来自一只12小时龄小鼠	不适用	空间转录组学	不适用	不适用
19	2026-09-04	BCAA-producing Clostridium symbiosum promotes colorectal tumorigenesis through the modulation of host cholesterol metabolism 2024-09-11, Cell host & microbe IF:20.6Q1 DOI:10.1016/j.chom.2024.07.012 PMID:39106870	研究论文	本文发现共生梭菌在结直肠癌肿瘤组织中富集，并通过产生支链氨基酸激活刺猬信号通路，促进宿主胆固醇合成，从而推动结直肠肿瘤发生。	首次揭示共生梭菌通过支链氨基酸调控胆固醇代谢，激活Sonic hedgehog信号，促进结肠干细胞增殖和肿瘤干性，为结直肠癌的预测和防治提供新靶点。	主要基于小鼠模型和体外实验，人体中的机制验证尚不充分；饮食干预和他汀类药物的效果需进一步临床验证。	揭示共生梭菌在结直肠肿瘤发生中的作用及其分子机制，并探索潜在的治疗靶点。	结直肠癌患者肿瘤组织、结直肠腺瘤复发患者、多种小鼠模型、结肠干细胞。	微生物组学	结直肠癌	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	涉及结直肠癌患者肿瘤组织样本、结直肠腺瘤复发患者样本，以及多种小鼠模型（具体数量未在摘要中提及）	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium 单细胞3'试剂盒用于单细胞转录组分析
20	2026-09-02	Evaluating cell type deconvolution in FFPE breast tissue: application to benign breast disease 2024-09, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae098 PMID:40162103	研究论文	本研究评估了多种细胞类型反卷积方法在福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）乳腺组织中的应用，并针对良性乳腺疾病样本进行了测试。	引入了深度学习方法Scaden，证明其在FFPE伪影影响下表现稳健，并开发了R包SCdeconR以简化细胞类型反卷积评估及下游分析。	研究基于特定乳腺组织和FFPE样本，可能不适用于其他组织类型或新鲜样本。	优化从bulk FFPE样本中定义细胞类型组成的方法，并评估不同反卷积算法在FFPE伪影下的表现。	62份良性乳腺疾病FFPE组织样本，以及构建的乳腺组织单细胞RNA-seq参考数据。	生物信息学，机器学习	良性乳腺疾病	RNA-seq，单细胞RNA-seq，数字病理学	深度学习（Scaden）	基因表达数据（bulk和单细胞），图像数据（数字病理）	62份FFPE乳腺组织样本	NA	bulk RNA-seq，单细胞RNA-seq	NA	NA