单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 633 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 1 | 2026-02-12 |
Characterization of Endothelial Cell Subclusters in Localized Scleroderma Skin with Single-Cell RNA Sequencing Identifies NOTCH Signaling Pathway
2024-Sep-28, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms251910473
PMID:39408800
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，对局限性硬皮病皮肤中的内皮细胞亚群进行了表征，并识别出NOTCH信号通路在疾病中的作用 | 首次在局限性硬皮病皮肤中应用单细胞RNA测序技术详细研究内皮细胞亚群，揭示了NOTCH信号通路的激活及其在疾病进展中的潜在作用 | 研究样本量相对有限（27名患者和17名健康对照），且主要关注内皮细胞，可能未全面覆盖其他细胞类型在疾病中的作用 | 探究局限性硬皮病皮肤中内皮细胞的分子机制及其在疾病发病机制中的作用 | 局限性硬皮病患者和健康对照者的皮肤分离细胞 | 数字病理学 | 硬皮病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 27名局限性硬皮病患者（包括儿童和成人）和17名健康对照者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2026-02-06 |
Endocytosis as a critical regulator of hematopoietic stem cell fate -implications for hematopoietic stem cell and gene therapy
2024-09-27, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-024-03927-6
PMID:39334274
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评论 | 本文讨论了内吞作用作为造血干细胞命运关键调节因子的新发现及其对造血干细胞和基因治疗的影响 | 强调了MYCT1蛋白在调节造血干细胞内吞作用和环境感知中的新作用，为体外培养和扩增提供了新见解 | 对造血干细胞中所有潜在机制及其相互作用的完全理解仍存在空白，尤其是在细胞增殖时如何转化 | 探讨内吞作用在造血干细胞命运调节中的作用及其在细胞和基因治疗中的应用 | 造血干细胞，特别是脐带血造血干细胞 | 造血干细胞生物学 | 血液和免疫细胞疾病 | 敲低、过表达、单细胞RNA测序、移植实验 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2026-01-29 |
Epigenomic, transcriptomic and proteomic characterizations of reference samples
2024-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612110
PMID:39314461
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研究论文 | 本研究通过ATAC-seq、Methyl-seq、RNA-seq和蛋白质组学分析，全面表征了乳腺癌细胞系和配对B细胞系的表观基因组、转录组和蛋白质组景观，提供了多组学参考材料 | 首次为两种细胞系提供了包括表观基因组和蛋白质组在内的全面多组学参考数据，填补了现有参考材料在表观组学和蛋白质组学方面的空白 | 研究仅基于两种细胞系，可能无法完全代表更广泛的生物样本多样性 | 开发和验证用于下一代测序技术和临床应用的参考标准材料 | 乳腺癌细胞系和配对的B细胞系 | 多组学分析 | 乳腺癌 | ATAC-seq, Methyl-seq, RNA-seq, 蛋白质组学分析, 全基因组测序, HiC, scRNA-seq | NA | 基因组、表观基因组、转录组、单细胞RNA-seq和蛋白质组数据 | 两种细胞系（乳腺癌细胞系和配对B细胞系） | Illumina, PacBio, Nanopore | 全基因组测序, HiC, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 甲基化测序, RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 4 | 2026-01-21 |
STAN, a computational framework for inferring spatially informed transcription factor activity
2024-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.26.600782
PMID:38979296
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STAN的计算框架，用于从空间转录组学数据中推断空间信息化的转录因子活性 | STAN是一种线性混合效应计算方法，首次整合了转录因子-靶基因先验知识、mRNA表达、空间坐标和形态学特征，以预测斑点特异性的空间转录因子活性 | NA | 系统性地估计调控细胞身份的转录因子活性，并揭示转录因子与空间组织之间的相互作用 | 淋巴结、乳腺癌和胶质母细胞瘤的空间转录组学数据集 | 计算生物学 | 乳腺癌, 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | 线性混合效应模型 | 空间转录组学数据, 成像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5 | 2026-01-16 |
APOE ε4-associated downregulation of the IL-7/IL-7R pathway in effector memory T cells: Implications for Alzheimer's disease
2024-09, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.14173
PMID:39129310
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研究论文 | 本研究探讨了APOE ε4等位基因通过下调IL-7/IL-7R通路影响效应记忆T细胞，从而加剧阿尔茨海默病中海马萎缩的机制 | 首次揭示了APOE ε4等位基因与IL-7/IL-7R通路下调在效应记忆T细胞中的关联，并建立了血浆IL-7水平与海马萎缩程度的负相关关系 | 样本量较小（仅54名患者），且为横断面研究，无法确定因果关系 | 探究APOE ε4等位基因影响外周炎症和神经炎症的潜在机制 | 晚发性阿尔茨海默病患者（包括APOE ε4携带者和非携带者） | 单细胞组学 | 阿尔茨海默病 | bulk RNA-seq, scRNA-seq | NA | RNA序列数据 | 54名患者（28名APOE ε4携带者，26名非携带者） | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2026-01-13 |
NK cells with adhesion defects and reduced cytotoxic functions are associated with a poor prognosis in multiple myeloma
2024-09-19, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023023529
PMID:38875515
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了多发性骨髓瘤患者中NK细胞的转录组变化及其与不良预后的关联 | 首次在多发性骨髓瘤中通过单细胞RNA测序系统描绘了NK细胞的转录组景观，并鉴定出具有粘附缺陷和细胞毒性功能降低的CD16/CD226低表达NK细胞亚群与患者生存期缩短相关 | 样本量相对较小（10例患者），且为回顾性队列分析，需要更大规模的前瞻性研究验证 | 探究多发性骨髓瘤患者中NK细胞的表型和功能变化及其临床意义 | 多发性骨髓瘤患者和健康对照者的NK细胞 | 单细胞组学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 10例多发性骨髓瘤患者和10例年龄/性别匹配的健康对照者进行单细胞测序；177例患者进行回顾性队列分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2026-01-13 |
Identification of Hypoxia-ALCAMhigh Macrophage- Exhausted T Cell Axis in Tumor Microenvironment Remodeling for Immunotherapy Resistance
2024-09, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202309885
PMID:38956900
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研究论文 | 本研究通过整合bulk、单细胞和空间转录组学，揭示了肿瘤微环境中缺氧诱导的ALCAM高表达巨噬细胞与耗竭CD8 T细胞轴在免疫治疗抵抗中的作用机制 | 首次在单细胞分辨率和空间架构下系统描绘缺氧景观，并发现由恶性细胞、ALCAM巨噬细胞和耗竭CD8 T细胞组成的缺氧介导细胞间通讯枢纽 | 研究主要基于转录组学数据，缺乏蛋白质水平验证；临床前模型结果需在人体临床试验中进一步证实 | 探究肿瘤微环境中缺氧导致免疫治疗抵抗的细胞适应性机制 | 肿瘤微环境中的恶性细胞、巨噬细胞和CD8 T细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 8 | 2025-12-17 |
Inferring cell differentiation maps from lineage tracing data
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.611835
PMID:39314473
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研究论文 | 本文提出了一种基于潜能概念的数学框架和算法，用于从单细胞谱系追踪数据中推断细胞分化图谱 | 引入潜能概念平衡细胞分化图谱复杂性与谱系树上未观察到的细胞类型转换之间的权衡，相比现有方法更准确地识别分化特征 | 未明确说明算法在更广泛生物系统或噪声数据中的泛化能力 | 推断细胞分化图谱以理解发育过程中的细胞层次结构 | 哺乳动物躯干发育和小鼠造血作用的细胞分化过程 | 机器学习 | NA | 单细胞谱系追踪技术 | NA | 单细胞谱系追踪数据 | NA | NA | 单细胞谱系追踪 | NA | NA |
| 9 | 2025-12-17 |
The transcriptome of CD14 + CD163 - HLA-DR low monocytes predicts mortality in Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2024-Sep-11, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.08.07.24311386
PMID:39211854
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，发现CD14+CD163-HLA-DR低单核细胞的转录组特征与特发性肺纤维化（IPF）患者的死亡率增加相关 | 首次揭示了特定单核细胞亚群的转录组特征与IPF死亡率之间的关联，并开发了基于230个基因的评分算法来预测患者预后 | 样本量相对较小（初始队列仅18名参与者），且研究结果需要在更大规模的独立队列中进一步验证 | 确定与特发性肺纤维化（IPF）死亡率相关的免疫细胞特异性转录组特征 | 特发性肺纤维化（IPF）患者的外周血单核细胞（PBMC）、支气管肺泡灌洗液（BAL）和肺组织样本 | 单细胞转录组学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Cox回归模型、分子亚型评分算法（SAMS） | 转录组数据 | 初始队列18名参与者（包括IPF、COVID-19、COVID-19后间质性肺病和对照），验证队列416名IPF患者来自六个队列，独立验证数据集38名IPF患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10 | 2025-12-11 |
Longitudinal Multi-omic Immune Profiling Reveals Age-Related Immune Cell Dynamics in Healthy Adults
2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.10.612119
PMID:39314416
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研究论文 | 本研究通过纵向多组学免疫分析，揭示了健康成年人中与年龄相关的免疫细胞动态变化 | 结合单细胞RNA测序、蛋白质组学和流式细胞术，对300多名健康成年人进行长期跟踪，构建了包含超过1600万个PBMCs的免疫健康图谱，首次系统揭示了T细胞在衰老过程中独特的转录变化积累 | 研究主要关注外周免疫细胞，未涉及组织特异性免疫变化；样本量虽大但可能无法完全代表所有人群；纵向跟踪时间仅为两年，可能不足以捕捉更长期的衰老效应 | 探究健康免疫系统在生命周期中的基本变化，为年龄相关感染和疾病易感性的干预措施开发提供依据 | 300多名健康成年人，包括96名年轻和老年参与者进行为期两年的年度疫苗接种跟踪 | 免疫学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据、流式细胞术数据 | 超过300名健康成年人，其中96名进行纵向跟踪，产生超过1600万个外周血单个核细胞（PBMCs）数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2025-11-29 |
Craters on the melanoma surface facilitate tumor-immune interactions and demonstrate pathologic response to checkpoint blockade in humans
2024-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.18.613595
PMID:39345527
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研究论文 | 本研究通过斑马鱼和人黑色素瘤模型发现表面凹陷结构促进肿瘤-免疫相互作用并预测免疫检查点阻断治疗反应 | 首次发现黑色素瘤表面凹陷结构是CD8 T细胞识别抗原和杀伤肿瘤的主要场所，并证明其预测免疫治疗反应的价值 | 研究主要基于斑马鱼模型，人类样本验证仍需扩大 | 探索免疫治疗中促进免疫应答的肿瘤微环境结构域 | 斑马鱼内源性黑色素瘤和人类黑色素瘤样本 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 长期活体成像、高分辨率空间转录组学、多重成像 | 斑马鱼肿瘤模型 | 图像、空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 12 | 2025-11-19 |
ELLA: Modeling Subcellular Spatial Variation of Gene Expression within Cells in High-Resolution Spatial Transcriptomics
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614515
PMID:39386706
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研究论文 | 提出一种名为ELLA的计算方法，用于建模高分辨率空间转录组学中亚细胞水平的基因表达空间变异 | 创建统一细胞坐标系锚定不同细胞形态，利用非均匀泊松过程建模空间计数数据，采用表达梯度函数表征亚细胞表达模式 | NA | 开发计算工具分析高分辨率空间转录组数据中的亚细胞基因表达定位 | mRNA的亚细胞定位模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 非均匀泊松过程 | 空间基因表达数据 | 四个不同技术的空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 13 | 2025-11-13 |
Single-cell analysis of human airway epithelium identifies cell type-specific responses to Aspergillus and Coccidioides
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612147
PMID:39314271
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类气道上皮细胞对两种真菌病原体的细胞类型特异性反应 | 首次报道使用单细胞转录组分析研究人类气道上皮细胞对曲霉菌和球孢子菌感染的反应 | 动物模型不能完全模拟人类疾病，需要使用先进的人类细胞模型 | 研究人类气道上皮细胞对不同真菌病原体的早期发病机制 | 原代人类气道上皮细胞 | 单细胞生物学 | 呼吸道真菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2025-11-08 |
Advancing bone biology: The mutual promotion of biology and pioneering technologies
2024-Sep-16, The innovation life
DOI:10.59717/j.xinn-life.2024.100078
PMID:41189598
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综述 | 回顾骨生物学发展历程并探讨前沿技术对骨生物学研究的推动作用 | 系统梳理骨生物学历史里程碑，强调多组学方法和人工智能等新兴技术的整合潜力 | NA | 探讨骨生物学发展历程与前沿技术的相互促进作用 | 骨组织生物学研究 | 系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多组学方法 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 15 | 2025-10-22 |
Single-cell DNA methylation analysis tool Amethyst reveals distinct noncanonical methylation patterns in human glial cells
2024-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.13.607670
PMID:39211069
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研究论文 | 开发了用于单细胞DNA甲基化数据分析的R软件包Amethyst，并发现人脑胶质细胞中存在非典型甲基化模式 | 开发了首个用于图谱级单细胞甲基化测序数据分析的综合性R软件包，并首次在人星形胶质细胞和少突胶质细胞中发现非典型甲基化模式 | 未明确说明软件包的性能限制或计算资源要求 | 开发单细胞DNA甲基化数据分析工具并探索人脑细胞中的甲基化模式 | 人外周血单核细胞(PBMC)、人脑皮层组织、星形胶质细胞和少突胶质细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞DNA甲基化测序 | NA | 单细胞甲基化测序数据 | 图谱级脑数据集，包含PBMC和脑皮层样本 | NA | 单细胞甲基化测序 | NA | NA |
| 16 | 2025-10-21 |
FixNCut: A Practical Guide to Sample Preservation by Reversible Fixation for Single Cell Assays
2024-Sep-05, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5063
PMID:39315321
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研究论文 | 本文提供了FixNCut可逆固定方案的优化实用指南，用于单细胞分析中的样本保存 | 开发了可逆固定策略，将样本采集与下游应用分离，避免应激或坏死相关伪影 | NA | 建立可逆固定方案以改善单细胞分析中的样本保存 | 生物样本（组织和细胞悬液） | 单细胞分析 | NA | 可逆固定技术 | NA | 单细胞基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 17 | 2025-10-19 |
Smyd3-mediated immuno-modulation in HPV-negative head and neck squamous cell carcinoma mouse models
2024-Sep-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110854
PMID:39310755
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析Smyd3 ASOs治疗的小鼠口腔癌模型，揭示Smyd3在HPV阴性头颈鳞癌中的免疫调节功能及联合治疗耐药机制 | 首次在体内模型中证明Smyd3通过表观遗传调控I型IFN反应基因影响肿瘤免疫微环境，并系统解析了Smyd3 ASOs与抗PD-1联合治疗的耐药机制 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类患者中验证；耐药机制的具体分子通路尚未完全阐明 | 探究Smyd3在HPV阴性头颈鳞癌免疫调节中的作用及联合治疗耐药机制 | 小鼠口腔癌模型MOC1肿瘤组织 | 肿瘤免疫学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序，反义寡核苷酸技术 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2025-10-16 |
scEMB: Learning context representation of genes based on large-scale single-cell transcriptomics
2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.24.614685
PMID:39386549
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研究论文 | 开发了一种基于Transformer的深度学习模型scEMB，用于从大规模单细胞转录组数据中学习基因的上下文表示 | 提出创新的分箱策略整合多平台数据，同时保留基因表达层次和细胞类型特异性，在批次整合、聚类和细胞类型注释等下游任务中表现优于现有模型 | NA | 从大规模单细胞转录组数据中挖掘复杂的基因-基因关系 | 单细胞转录组数据中的基因表达模式 | 自然语言处理 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | Transformer | 单细胞转录组数据 | 超过3000万个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2025-10-15 |
Inflammation perturbs hematopoiesis by remodeling specific compartments of the bone marrow niche
2024-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.12.612751
PMID:39314376
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术验证了骨髓微环境中不同空间区室对炎症的反应差异 | 首次结合scRNA-seq和流式细胞术系统验证了骨髓中央区和骨内膜区7个关键基质细胞群体，并揭示了I型干扰素反应特异性影响中央区基质细胞的炎症表型 | 研究主要基于小鼠模型，人类骨髓微环境的可比性仍需验证 | 探究炎症对造血干细胞和骨髓微空间区室的调控机制 | 小鼠骨髓中的造血干细胞/祖细胞（HSPC）和基质细胞 | 单细胞生物学 | 炎症性疾病 | scRNA-seq, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 多个小鼠品系的骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2025-10-08 |
The pericardium forms as a distinct structure during heart formation
2024-Sep-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.18.613484
PMID:39345600
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研究论文 | 本研究通过活体成像、谱系追踪和单细胞转录组学揭示了心包膜在斑马鱼心脏形成过程中的独立发育起源 | 首次发现心包膜起源于侧板中胚层中独立于经典心区的特定前部间皮祖细胞，并揭示了其与心肌细胞谱系分离的发育过程 | 研究主要基于斑马鱼模型，哺乳动物中的验证仍需进一步研究 | 探究心包膜的发育起源及其在心脏形态发生中的作用 | 斑马鱼胚胎、哺乳动物模型、新生大鼠 | 发育生物学 | 小儿扩张型心肌病 | 活体成像、谱系追踪、单细胞转录组学、原子力显微镜 | 机器学习辅助细胞追踪 | 图像、转录组数据 | 斑马鱼胚胎和新生大鼠组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |